Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
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1
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ner
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PMC10631132
This is regulated by proteins such as dendritic cell-specific transmembrane protein (DC-STAMP), osteoclast stimulatory transmembrane protein (OC-STAMP) and syncytin-B [90–92], to form a large multinucleated cell.
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PMC7685376
Relative expression levels of MCM2, MCM3, and MCM4 in 369 HCC tissues and 160 normal tissues got form GEPIA database. (
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PMC11507371
In addition to free charged particles, CAP generates other physical and chemical variables such as UV photons (100–380 nm), electromagnetic fields, heat, and biologically active species, including radicals .
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PMC10656496
Library size and quality were assessed using the Agilent BioAnalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA) and sequencing was performed using the NextSeq 500 v2 sequencer (150 cycles) to generate a targeted 80 million 75-base paired-end reads.
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PMC11612315
Scale bar: 5 µm.
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PMC11361748
Tissue sections were blocked with blocking buffer (2% normal goat or donkey serum, 1% bovine serum albumin in 1× PBS) for 30 min at room temperature.
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PMC9429973
Seven CAN106 subjects experienced 20 treatment-emergent adverse events (TEAEs), and three placebo subjects experienced five TEAEs.
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PMC9429973
We found a weak negative correlation between age and CD19+ cell depletion (p<0.01, R=-0.39) and a moderate positive correlation between age and PD-1 expression on CD19+ cells (p<0.001, R=0.43) at the moment of withdrawal.
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PMC10547921
PROTAC molecule 126, which has a CRBN as E3 ligase and targets the TGFβR2 protein, can be conjugated to an anti-HER2 antibody via a non-cleavable linker.
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PMC11657695
This hypothesis is all the more relevant given that KCNA2 is not expressed in any healthy tissue, except the brain.
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PMC11621565
The data were expressed as the mean ± SEM of two independent experiments in triplicate (n = 6).
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PMC11365983
The diverse signaling crosstalk extends from retinoic acid and BMP signaling to FGFs and others; from these we selected two ciliary-mediated pathways for analysis.
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PMC11740508
Thus, the enhanced death phenotype we saw in our isogenic M231-derived variants was not limited to the M231 genetic background, or to breast cancer.
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PMC9895440
Acute stimulation controls were only cultured as Trest with IL2 on days 0, 3, 6, and with tumor cells + peptide + IL2 on day 9 after plating.
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PMC11697065
Here, Mt_rRNA, ND6, ND3 and Gas7 represent upregulated genes and Wsb2 and Col6a1 represent downregulated genes shared by at least two ETE cell pools.
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PMC6617630
Despite the poor prognosis in DHL, R-CHOP remains the backbone of treatment; it is an area of active preclinical and early-phase clinical research for exploring novel approaches for the treatment of difficult lymphomas.
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PMC11437637
%)Age(years) <5576 (52.1) ≥5570 (47.9)Menopause No61 (41.8) Yes85 (58.2)BMI(kg/m2) <2583 (56.9) ≥2563 (43.1)Hypertension No115 (78.8) Yes31 (21.2)Diabetes No126 (86.3) Yes20 (13.7)Pathological type Endometrioid adenocarcinoma121 (82.9) Serous adenocarcinoma8 (5.5) Clear cell carcinoma4 (2.7) Unknown4 (2.7) Carcinosarcoma5 (3.4) Mixed carcinoma of endometrium3 (2.1) Mucinous carcinoma1 (0.7)FIGO stage I118 (80.8) II5 (3.4) III21 (14.4) IV2 (1.4)The unknown included 3 cases of atypical endometrial hyperplasia with cancer, and 1 case of endometrial atypical hyperplasia suspicious cancerousMixed carcinoma included 2 cases of clear cell carcinoma - endometrial carcinoma, and 1 cases of clear cell carcinoma - serous carcinomaAll patients were staged according to the FIGO 2009 version Clinical characteristics of the 146 patients with endometrial carcinoma The unknown included 3 cases of atypical endometrial hyperplasia with cancer, and 1 case of endometrial atypical hyperplasia suspicious cancerous Mixed carcinoma included 2 cases of clear cell carcinoma - endometrial carcinoma, and 1 cases of clear cell carcinoma - serous carcinoma All patients were staged according to the FIGO 2009 version The results of normal immune function detection in 180 healthy individuals were compared with those in EC patients.
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PMC11742231
However, MGATAF outperforms all baseline methods in terms of both PCC and RMSE in this experiment, demonstrating its effectiveness in predicting responses for unseen cells.
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PMC11575040
After 48 h of transfection, the expression levels of miR-1270 were analyzed using stem–loop real-time quantitative PCR.
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PMC10996034
The transcriptome of the A2780/Taxol cell line was sequenced, and 498 differentially expressed genes were obtained contained in the Gene Expression Omnibus dataset.
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PMC11640247
The embryos, still in utero, were placed between tweezer-type disc electrodes (5 mm diameter; CUY650-5, NEPA Gene, Chiba, Japan), and five electric pulses (35 V, 50 ms) were applied at 450 ms intervals using a NEPA21 electroporator (NEPA Gene) to efficiently target the somatosensory region of the parietal lobe.
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PMC10747160
Other studies show Wild-Type Griffithsin causes aggregation of flagellated unicellular pathogens .
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PMC11345828
Cells were seeded at 750–1500 cells per well (depending on growth kinetics) in 384-well plates (Corning, Catalog No. 3707) or at 3000 cells per well in 96-well plates in the respective growth medium and allowed to settle overnight.
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PMC9429973
Methods: The study included 69 cases of bloodstream infections, confirmed by bacteriological blood testing in patients with acute leukaemia between January 2020 and January 2022, 46.4% of which were male and 53.6% were female, with a median age of 44 years.
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PMC9429973
N. Mannering, D. L. Hansen, G. Moulis, W. Ghanima, A. Pottegård, H. Frederiksen Department of Hematology, Odense University Hospital; Clinical Institute, University of Southern Denmark, Odense, Denmark; Department of Internal Medicin; Clinical Investigation Center 1436, Team PEPSS, Toulouse University Hospital, Toulouse, France; Department of Hematology, Østfold Hospital; Institute for Clinical Medicine, University of Oslo, Oslo, Norway; Department of Public Health, University of Southern Denmark, Odense, Denmark Background: The mainstay of first line treatment in immune thrombocytopenia (ITP) has remained high-dose corticosteroids for decades.
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PMC9577200
The pellets were washed 3 times with deionized water and rehung in deionized water.
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PMC11687167
Patients at risk of or with ASCVDNeed further confirmationBMS-962476 Preclinical trialsGenomic transgenic mice; Cynomolgus monkeysGene silencingUse siRNA to reduce the production of PCSK9 protein by decreasing PCSK9 mRNA levelsInclisiran [45–47]ORION-1High-risk ASCVD patients with elevated LDL-C levelsInjection-site reactionsORION-9Patients with heterozygous FHORION-10 and ORION-11Patients with ASCVD or an ASCVD risk equivalent with elevated LDL-CGene editingDirect modification of the PCSK9 gene using CRISPR/Cas9 technology VERVE-101 Heart-1 clinical trialPatients with FH and ASCVDNeed further confirmationActive immunizationDevelopment of vaccines to induce antibody production against PCSK9AT04A anti-PCSK9 vaccine Preclinical trialsCETP miceNeed further confirmationL-IFPTA vaccine Hypercholesterolemic and atherosclerotic miceRef Reference, LDL-C Low-density lipoprotein cholesterol, LDLR Low-density lipoprotein receptor, siRNA Small interfering RNA, ASCVD Atherosclerotic cardiovascular disease, AMI Acute myocardial infarction, FH Familial hypercholesterolemia, L-IFPTA Liposomal Immunogenic Fused PCSK9-Tetanus peptide plus Alum adjuvant, CETP Cholesterol ester transfer protein PCSK9 inhibitors in clinical/preclinical trials 1.
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PMC11777207
Six- to eight-week-old C57BL/6 “WT” mice were bred in-house or purchased from Charles River NCI.
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Analysis of RBC membranes by WB, revealed a reduction of Band 3 expression, confirming the pathogenicity of the variant.
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PMC11743975
After 18–24 h of transfection, the cells were used for imaging or functional evaluation experiments.
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all-grade and grade 3 or higher hematological toxicity were 100% and 65%,11 patient observed grade 3 or higher neutropenia and 3 patients had severe pneumonia during treatment.
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PMC11684297
24 h post-treatment, MTT solution was added to each well (5 mg/ml, 50 µl) and incubated 4 h further in the CO2 incubator for the formazan crystal formation.
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PMC11321678
We also observed distinctive CNV events in tumor cells from different patients, such as chromosomal loss of chr17p in G8 and chromosomal gain of chr3p in both patients G8 and C3 (Figure 2A; Figure S3I,J, Supporting Information).
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PMC10093184
However, soft agar colonies producing cells (COS3600B, COS4288, and D-17) revealed high migration and/or invasion potential in our experiments.
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PMC7759933
Data for the individual genes were compared to the expression of genes from the monolayer culture at the age of 2 days and are presented as the ratio between 2D (at 2 days of culturing) and 3D at the corresponding time point.
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PMC11627060
The anti-proliferative activity of isolated TQ, cisplatin, and TQ-BSA NPs was measured after a 24-h incubation, with the results presented in Table 2 and Figure 3.
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PMC11589157
Genomic DNA was extracted by a Blood & Cell Culture DNA Kit (Qiagen 13323, Qiagen, Germany) according to the manufacturer’s instructions.
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PMC8584319
Protein synthesis is important for maintaining cellular homeostasis under various stress responses.
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The aim of the present study was to characterise the HepG2 cells grown in 3D conformation in terms of hepatic properties and the mRNA expression profile of selected genes coding for cell proliferation, drug-metabolising enzymes, transporters, and liver-specific factors.
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PMC8409415
Tumor staging was based on the 2014 International Federation of Gynecology and Obstetrics staging system.
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PMC7602170
Most exon 11 deletion mutations involve codon 557 and/or 558, leading to Trp557_Lys558 deletion .
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PMC10006224
All cell lines were grown at 37 °C under 90% humidity and 5% CO2.
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PMC11754432
Significant elevation of CCL2 secretion was detected following ALOX15B silencing at 24 and 48 h (Fig. 2F), and IL-6 at 48 h (Fig. 2I), whilst secretion of IL-8 was reduced from 6–48 h (Fig. 2J).Fig.
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PMC11366496
Develop or screen for compounds that can directly inhibit the activity of RNF122, which can be used alone or in combination with other antitumor drugs.
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PMC11774251
Molecular structure of Tan-I. (B) Scheme of the in vivo experiments on IMQ-induced mice model and animal treatments. (
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PMC11471176
and 0.1 % Non-Essential Amino acids (X0557, Biowest, Nuaillé, France).
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PMC10747139
TLD1433 (also known as Ruvidar and “Theralase) was the first Ru(II)-based photosensitizer to enter clinical trials and successfully complete a phase 1b human clinical trial (NCT03053635).
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PMC11267830
To further explore this relationship, we knocked down RBM39 in two T-ALL cell lines (J.gamma1 and Jurkat) via shRNA constructs and confirmed the efficacy of the knockdown at both the mRNA and protein levels (Fig. 4c-d).
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PMC8357004
A: Combined, 5-Aza-CdR (5 μm) in combination with TSA (2.5 μm), treated cells at 24h, B: Combined, 5-Aza-CdR (5 μm) in combination with TSA (2.5 μm), treated cells at 24h, C: Control group, D: Apoptotic graph The comparative apoptotic effects of 5-Aza-CdR (5 μm) and TSA (2.5 μm), as alone and combined, on Caco-2 cell at 24 and 48 h. As shown above, the first column of each group belongs to the control group and the others belong to treated cells at 24 and 48 h. Asterisks (*) indicate significant differences between the treated and untreated control groups The result of RT-PCR analysis demonstrated that treatment with 5-Aza-CdR (5 μm) and TSA (2.5 μm), as alone and combined, at 24 and 48 h up-regulated p16INK4a, p14ARF, p15INK4b significantly (P < 0.001), Table 2 and Figures 6, 7.
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PMC11352746
One of the drawbacks is that the green fluorescence excitation wavelength (440–480 nm) kills primary rat cortical neurons (Figure 4).
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SUMO machinery components are regularly overexpressed in many different cancer tissues .
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Tumor sections from lungs were fixed with ice-cold acetone to determine the number of CD31 microvessels (representative image) and quantitative results of immunohistochemical staining of angiogenic activity.
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The expression pattern of ACYP2 in HCC cell lines was analyzed in order to investigate its biological functions.
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PMC11665584
were not detected in the Xenium data because of the limited number of marker genes employed.
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PMC9429973
Patients will remain on study until disease progression, relapse, loss of clinical benefit, or unacceptable toxicities, or until other discontinuation criteria are met.
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PMC11585254
While our study is restricted to HEK293 cells and the mode of CXCR5 internalization in B cells remains to be determined, it is possible that a β-arrestin-independent mode of internalization could be physiologically advantageous if other simultaneously activated GPCRs are regulated by β-arrestins.
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PMC11724582
Group comparisons were performed via Student’s t test, and ANOVA of variance was performed via GraphPad software.
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Phorbol 12-myristate 13-acetate (PMA) and ethylene glycol tetraacetic acid (EGTA) (both Sigma Aldrich) were used at a concentration of 50nM and 15mM respectively.
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Expression and secretion of pro-angiogenic factors like VEGF and angiopoietin, recruiting fibroblasts and macrophages to secrete pro-angiogenic mediators and differentiation into vascular progenitor and endothelial cells are prominent examples.
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PMC9841531
Further investigations are warranted to explore these novel potential therapeutic options.
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CDH1 encodes E-cadherin—the membrane protein responsible for cell-to-cell adhesion .
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Further experiments could expand the novelty of the study.
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Thus, more efforts are needed to identify regulators that suppress the production of progerin.
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Interestingly, proteomics results highlights important pathways involved in the mechanism of action of AgNPs-EPS on SKBR3 cells and strengthens our previous observations on its biological function.
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The following fusion kinase constructs were analyzed in this study; BTK-SYK, BTK-SYK-KD, BTK-SYK R28C, ITK-SYK, ITK-SYK-KD, ITK-SYK R29C, TEL-SYK, Δ-TEL-SYK and SLP-76.
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PMC11768927
Based on the hypothesis that the neurotoxicity of VSV is mediated by the G protein’s ability to facilitate infection of neuronal cells, several research groups have investigated the pseudotyping of VSV with glycoproteins from non-neurotropic viruses to mitigate neurovirulence.
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However, the lysosomal inhibitor chloroquine did not prevent CIP2A degradation (Figure 5H).
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To allow in vitro tracking in a cellular system, MNPs were labeled with a fluorescent dye 5(6)-TAMRA cadaverine [tetramethylrhodamine 5-(and-6)-carboxamide cadaverine].
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Krab-Cys (Cys), including a Cys substitution for Sec driven by each promoter, predictably reduced luciferase activity compared with that of the control mock vector (-).
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PMC11794847
To determine the interplay between HVEM and GPT2, especially in the context of T cell metabolism and activation, we designed and executed a rescue experiment.
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The expression of QSOX and survival was validated by Western blot analysis (Figure 1C), which demonstrated the background expression of QSOX1 (67 kDa) and the overexpression of EQK protein (96.5 kDa), as well as the overexpression of survivin (16 kDa).
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After 12 days of therapy, a 67% reduction of tumor volume in the group treated with Phorbiplatin 8 and irradiation compared to the group treated with saline was observed.
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The fragmentation observed in the MS spectrum of quercetin ([M – H] at m/z = 301) shows the typical product ions resulting from the losses of CO (m/z = 273) and CO2 (m/z = 257) and the consecutive losses of CO2 and CO (m/z = 229).
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This change in HIF-1α polysome association occurs downstream of microtubule disruption, as the presence of a tubulin mutation in either the taxane- or 2-methoxyestradiol (2ME2)–binding site prevented the drug-induced changes.
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Topical treatment of human skin with isotonic solution (saline) prevented an increase in burn depth over time suggesting that further study of early saline treatment may provide a therapeutic avenue to improve burn wound healing potential in patients.
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PMC9429973
Methods: Our prior, reference 8-block chemotherapy protocol (Blood Cancer J 2020;10:119) was modified to include pegaspargase 2000 IU/m at courses 1 (d10), 2 (d8), 5 (d3, with HD-MTX) and 6 (d8), with dose reductions in patients >55 years (pegaspargase 1000 IU/m).
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PMC9917080
Application of sorafenib at concentrations of 1, 3, and 10 μg/mL to A-172 cells (Figure 1A) or astrocytes (Figure 1B) did not cause the generation of Ca-responses.
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PMC11742670
Drug discovery involves many strategies such as virtual screening, high-throughput screening, phenotypic screening, structure-based drug design, fragment-based drug design, and ligand-based drug design.
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PMC11656657
Since we have recapitulated the mechanism of modulating MDSC in the OS model based on the 143B cell line, further studies involving large cohorts of OS patients are needed to validate these findings in a clinical context to corroborate the correlation between G-CSF, and elevated MDSC levels, increased metastasis, heightened aggressiveness, and poor prognosis.
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PMC10391797
Then, the xenograft mice were treated with 1×10 CD123 CAR-T cells (with or without two concentrations of VPA) or non-treated T cells (figure 4A).
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PMC11566417
Cells were washed with RPMI + 2% FBS by centrifugation at 300 × g for 5 min at RT.
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PMC11763126
B CCK-8 assay evaluating RCC cell proliferation after different treatments.
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PMC9429973
Flowcytometry analysis, CFU test and single cell RNA sequecing methods were jointly used to explore the influence of our CD123-CD33 CAR-T on hematopoiesis.
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PMC11615828
The ciliated cells were then treated with 0.1% DMSO or rapamycin (Rapa, 100 nM) and observed by live‐cell imaging for the indicated time points.
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PMC11591794
In the study, DOX and GA were applied to HeLa and HaCaT cell lines at nine different concentrations for 24, 48, and 72 h. The data obtained within the scope of the study could not find the IC50 value in 24 h of DOX application to the HeLa cell line.
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PMC11180402
In contrast, knockdown of miR-129 using its specific inhibitor (Fig. 5H) abolished the ISO-induced downregulation of SNHG1 (Fig. 5I), SOX2, MMP-2, and MMP-9 and the ISO-induced upregulation of PTEN expression in 5637 cells (Fig. 5J).
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PMC11672881
Caspase-8 is primarily associated with the extrinsic apoptotic pathway, started by binding death ligands (such as the Fas ligand or TNF-alpha) to death receptors on the cell surface.
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PMC7823217
Figure A is reproduced from Ref.
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PMC9429973
Compared to M SAT, the TLNext cohort was slightly older and had more female pts.
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One explanation for this is that still today, it is hard for many people to use the word cancer, being considered to some extent a taboo disease (or forbidden word).
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PMC11528603
A member of this family, Sphaerocoryne affinis, colloquially known as romduol, is commonly used in folk medicine of several Southeast Asian nations.
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PMC11063646
Various physicochemical parameters were determined, revealing the following values: pH of 6.4 ± 0.5, viscosity of 5258 ± 132 poise, Spreadability of 30.14 gm.cm/sec, and extrudability of 29.47 gm /cm.
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PMC11502327
Therefore, to improve the poor solubility of TP, cytotoxic compounds, Liu et al. (175) developed a new bio-derived nanomaterial, Triptolide-loaded exosomes delivery system (TP-EXOS), a drug delivery system using EXO as a delivery carrier.
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Finally, KEGG pathway enrichment of alternative splicing targets identified the MAPK family and the Fanconi anemia pathway as the most altered targets in Zrsr2Tet2 cells.
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PMC11129910
On checking the expression of several EMT factors as outlined in Figure 7, Slug expression was increased at the mRNA level and Snail expression at the protein level (Figures 7(a) and 7(b)).
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Preclinical and clinical molecular biomarkers, including p16, EGFR, TP53, and Cyclin D1, have also demonstrated their ability to distinguish between patients and control groups and show disparities in survival based on cutoff values.
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PMC8567602
Mechanisms by which normal cells regulate differentiation and stemness (the capacity for subsequent differentiation) are often repurposed or dysregulated in oncogenesis.
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PMC6312945
Reaction conditions for the PCR were: 37°C for 45 min and 95°C for 5 min.
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PMC11319300
Interacting partners of the MYEOV-3′-putative enhancer. (
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PMC11363012
Here, we report a method for single-cell mass spectrometry-based metabolomics (scMS) that can detect and quantify the iridoid-type monoterpenes, flavonoids, anthocyanins, and monoterpene indole alkaloids in individual cells from three different tissues (leaf, root, and petal) of C. roseus.
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