Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC5941560
Fig. 3Comparison of variant loci counts from each tool.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "3Comparison", "of", "variant", "loci", "counts", "from", "each", "tool", "." ] } ]
PMC11656048
More and more attention has been paid to the value of TCM extracts in the treatment of cancers (Xing et al., 2024).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "More", "and", "more", "attention", "has", "been", "paid", "to", "the", "value", "of", "TCM", "extracts", "in", "the", "treatment", "of", "cancers", "(", "Xing", "et", "al.", ",", "2024", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Using NGS on 20 MPN patients with unusual site VTE, molecular analysis identified the mutation in the hotspot exon 14 region of JAK2 in 13 patients, among them the 92% as isolated alteration.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Using", "NGS", "on", "20", "MPN", "patients", "with", "unusual", "site", "VTE", ",", "molecular", "analysis", "identified", "the", "mutation", "in", "the", "hotspot", "exon", "14", "region", "of", "JAK2", "in", "13", "patients", ",", "among", "them", "the", "92", "%", "as", "isolated", "alteration", "." ] } ]
PMC9429973
M. Sun, J. Qi, Y. Song, K. Zhou, H. Liu, A. Shen, L. Geng, F. Zhou, J. Huang, Z. Chen, H. Zhang, M. Lu, M. Ahmad, L. Men, D. Yang, Y. Zhai, J. Wang State Key Laboratory of Experimental Hematology, National Clinical Research Center for Blood Diseases, Institute of Hematology and Blood Diseases Hospital, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Tianjin; Department of Hematology, Affiliated Cancer Hospital of Zhengzhou University, Zhengzhou; First Affiliated Hospital of University of Science and Technology of China (USTC) Anhui Provincial Hospital, Hefei; Zhongnan Hospital, Wuhan University, Wuhan; Ascentage Pharma (Suzhou) Co., Ltd., Suzhou, China; Ascentage Pharma Group Inc., Rockville, United States of America; State Key Laboratory of Oncology in South China Collaborative Innovation Center for Cancer Medicine, Sun Yat-sen University Cancer Center, Guangzhou, China Background: Many B-cell malignancies evade apoptosis by overexpressing BCL-2 proteins.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "M.", "Sun", ",", "J.", "Qi", ",", "Y.", "Song", ",", "K.", "Zhou", ",", "H.", "Liu", ",", "A.", "Shen", ",", "L.", "Geng", ",", "F.", "Zhou", ",", "J.", "Huang", ",", "Z.", "Chen", ",", "H.", "Zhang", ",", "M.", "Lu", ",", "M.", "Ahmad", ",", "L.", "Men", ",", "D.", "Yang", ",", "Y.", "Zhai", ",", "J.", "Wang", "State", "Key", "Laboratory", "of", "Experimental", "Hematology", ",", "National", "Clinical", "Research", "Center", "for", "Blood", "Diseases", ",", "Institute", "of", "Hematology", "and", "Blood", "Diseases", "Hospital", ",", "Chinese", "Academy", "of", "Medical", "Sciences", "and", "Peking", "Union", "Medical", "College", ",", "Tianjin", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "Affiliated", "Cancer", "Hospital", "of", "Zhengzhou", "University", ",", "Zhengzhou", ";", "First", "Affiliated", "Hospital", "of", "University", "of", "Science", "and", "Technology", "of", "China", "(", "USTC", ")", "Anhui", "Provincial", "Hospital", ",", "Hefei", ";", "Zhongnan", "Hospital", ",", "Wuhan", "University", ",", "Wuhan", ";", "Ascentage", "Pharma", "(", "Suzhou", ")", "Co.", ",", "Ltd.", ",", "Suzhou", ",", "China", ";", "Ascentage", "Pharma", "Group", "Inc.", ",", "Rockville", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "State", "Key", "Laboratory", "of", "Oncology", "in", "South", "China", "Collaborative", "Innovation", "Center", "for", "Cancer", "Medicine", ",", "Sun", "Yat-sen", "University", "Cancer", "Center", ",", "Guangzhou", ",", "China", "Background", ":", "Many", "B-cell", "malignancies", "evade", "apoptosis", "by", "overexpressing", "BCL-2", "proteins", "." ] } ]
PMC11794847
Some studies have reported a tumor-like Warburg effect during T cell activation, wherein there is a metabolic shift from oxidative phosphorylation to aerobic glycolysis .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Some", "studies", "have", "reported", "a", "tumor-like", "Warburg", "effect", "during", "T", "cell", "activation", ",", "wherein", "there", "is", "a", "metabolic", "shift", "from", "oxidative", "phosphorylation", "to", "aerobic", "glycolysis", "." ] } ]
PMC10092581
These results render the new selenourea metal complexes especially useful towards cancer cells that have acquired drug resistance by activating mechanisms of DNA damage repair.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "results", "render", "the", "new", "selenourea", "metal", "complexes", "especially", "useful", "towards", "cancer", "cells", "that", "have", "acquired", "drug", "resistance", "by", "activating", "mechanisms", "of", "DNA", "damage", "repair", "." ] } ]
PMC9019892
The findings described here support a basis for extending the application of nintedanib as a new strategy to improve the treatment of GIST patients with de novo or acquired resistance to imatinib.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "findings", "described", "here", "support", "a", "basis", "for", "extending", "the", "application", "of", "nintedanib", "as", "a", "new", "strategy", "to", "improve", "the", "treatment", "of", "GIST", "patients", "with", "de", "novo", "or", "acquired", "resistance", "to", "imatinib", "." ] } ]
PMC11759543
However, weight loss was observed in the treatment groups with doxorubicin (Fig. 8D), which indicates the toxicity of doxorubicin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "weight", "loss", "was", "observed", "in", "the", "treatment", "groups", "with", "doxorubicin", "(", "Fig.", "8D", ")", ",", "which", "indicates", "the", "toxicity", "of", "doxorubicin", "." ] } ]
PMC11190062
In most patients, cancer cells produce large amounts of monoclonal antibodies (paraproteins) that can be detected in the circulation (1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "most", "patients", ",", "cancer", "cells", "produce", "large", "amounts", "of", "monoclonal", "antibodies", "(", "paraproteins", ")", "that", "can", "be", "detected", "in", "the", "circulation", "(", "1", ")", "." ] } ]
PMC9964635
The reactions were supervised by thin layer chromatography.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "reactions", "were", "supervised", "by", "thin", "layer", "chromatography", "." ] } ]
PMC11400680
Without proper refinement, the analysis may lead to incorrect conclusions, impacting clinical decision-making.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Without", "proper", "refinement", ",", "the", "analysis", "may", "lead", "to", "incorrect", "conclusions", ",", "impacting", "clinical", "decision-making", "." ] } ]
PMC9429973
Preclinical data of BMF-219, a highly selective, orally bioavailable, small-molecule irreversible inhibitor of menin, show sustained potent abrogation of menin-dependent oncogenic signaling in vitro and in vivo.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Preclinical", "data", "of", "BMF-219", ",", "a", "highly", "selective", ",", "orally", "bioavailable", ",", "small-molecule", "irreversible", "inhibitor", "of", "menin", ",", "show", "sustained", "potent", "abrogation", "of", "menin-dependent", "oncogenic", "signaling", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "." ] } ]
PMC11770130
Double-stranded cDNA was generated from the first-strand cDNA by an NEBNext mRNA Second Strand Synthesis kit (E6111S), and sequencing libraries were generated by tagmentation using Nextera XT DNA Library Preparation kit.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Double-stranded", "cDNA", "was", "generated", "from", "the", "first-strand", "cDNA", "by", "an", "NEBNext", "mRNA", "Second", "Strand", "Synthesis", "kit", "(", "E6111S", ")", ",", "and", "sequencing", "libraries", "were", "generated", "by", "tagmentation", "using", "Nextera", "XT", "DNA", "Library", "Preparation", "kit", "." ] } ]
PMC11751675
Guaianolide constitutes a wide range of sesquiterpene lactones with diverse biological activities.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Guaianolide", "constitutes", "a", "wide", "range", "of", "sesquiterpene", "lactones", "with", "diverse", "biological", "activities", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: To interrogate the impact of ZRSR2 and TET2 mutations in gene expression and alternative splicing in the context of hematopoiesis and MDS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "To", "interrogate", "the", "impact", "of", "ZRSR2", "and", "TET2", "mutations", "in", "gene", "expression", "and", "alternative", "splicing", "in", "the", "context", "of", "hematopoiesis", "and", "MDS", "." ] } ]
PMC8316344
Further, we have elucidated that E3 βTrCP-mediated TFRC ubiquitination is important for TRIB2 to reduce labile iron (Fig. 7I).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Further", ",", "we", "have", "elucidated", "that", "E3", "βTrCP-mediated", "TFRC", "ubiquitination", "is", "important", "for", "TRIB2", "to", "reduce", "labile", "iron", "(", "Fig.", "7I", ")", "." ] } ]
PMC11397654
Its complexation with copper(II) perchlorate led to a 1:1 complex, as proved by spectroscopic analyses (UV-Vis, NMR, EPR, IR) and fluorimetric studies.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Its", "complexation", "with", "copper(II", ")", "perchlorate", "led", "to", "a", "1:1", "complex", ",", "as", "proved", "by", "spectroscopic", "analyses", "(", "UV-Vis", ",", "NMR", ",", "EPR", ",", "IR", ")", "and", "fluorimetric", "studies", "." ] } ]
PMC10654497
C and D) Enrichment analysis of the GO and KEGG pathways. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "and", "D", ")", "Enrichment", "analysis", "of", "the", "GO", "and", "KEGG", "pathways", ".", "(" ] } ]
PMC11471157
In the present study, our focus was on the unique properties of dried fish.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "present", "study", ",", "our", "focus", "was", "on", "the", "unique", "properties", "of", "dried", "fish", "." ] } ]
PMC10376064
To assess the degradation of DMF in water, we prepared solutions at the relevant concentration of 0.6 mg/mL. Absorbance was measured in freshly prepared solutions as well as in aliquots kept for 1–2 weeks either at room temperature or in the fridge.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "assess", "the", "degradation", "of", "DMF", "in", "water", ",", "we", "prepared", "solutions", "at", "the", "relevant", "concentration", "of", "0.6", "mg/mL.", "Absorbance", "was", "measured", "in", "freshly", "prepared", "solutions", "as", "well", "as", "in", "aliquots", "kept", "for", "1–2", "weeks", "either", "at", "room", "temperature", "or", "in", "the", "fridge", "." ] } ]
PMC11240448
Each batch included (i) a full set of perturbation data for one or two cell lines under Epidermal Growth Factor (EGF) stimulation of serum-starved cells, (ii) data from the same cells growing in serum, and (iii) the data for HCC70 cell line measured under serum-starved conditions For each sample, each antibody and every batch, we calculated the average intensity value, and normalized it to the average signal level for this antibody in the batch control, i.e., HCC70 cell line data within the same batch.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Each", "batch", "included", "(", "i", ")", "a", "full", "set", "of", "perturbation", "data", "for", "one", "or", "two", "cell", "lines", "under", "Epidermal", "Growth", "Factor", "(", "EGF", ")", "stimulation", "of", "serum-starved", "cells", ",", "(", "ii", ")", "data", "from", "the", "same", "cells", "growing", "in", "serum", ",", "and", "(", "iii", ")", "the", "data", "for", "HCC70", "cell", "line", "measured", "under", "serum-starved", "conditions", "For", "each", "sample", ",", "each", "antibody", "and", "every", "batch", ",", "we", "calculated", "the", "average", "intensity", "value", ",", "and", "normalized", "it", "to", "the", "average", "signal", "level", "for", "this", "antibody", "in", "the", "batch", "control", ",", "i.e.", ",", "HCC70", "cell", "line", "data", "within", "the", "same", "batch", "." ] } ]
PMC10440586
The GSEA plot in the hypoxia genes set of the TCGA dataset. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "GSEA", "plot", "in", "the", "hypoxia", "genes", "set", "of", "the", "TCGA", "dataset", ".", "(" ] } ]
PMC9817179
To achieve final concentration of 4% PFA with 0.2% GA (Sigma-Aldrich, 340855-25ML), 1 mL of 8% PFA with 0.4% GA in PBS buffer was added to the culture dishes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "achieve", "final", "concentration", "of", "4", "%", "PFA", "with", "0.2", "%", "GA", "(", "Sigma-Aldrich", ",", "340855", "-", "25ML", ")", ",", "1", "mL", "of", "8", "%", "PFA", "with", "0.4", "%", "GA", "in", "PBS", "buffer", "was", "added", "to", "the", "culture", "dishes", "." ] } ]
PMC10900886
mDCs were defined by the increased expression of HLA-DR, CD86, PD-L1, and CD83 compared to imDCs (Fig. S3) and the determination of the cellular marker expression by flow cytometry is described below.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "mDCs", "were", "defined", "by", "the", "increased", "expression", "of", "HLA-DR", ",", "CD86", ",", "PD-L1", ",", "and", "CD83", "compared", "to", "imDCs", "(", "Fig.", "S3", ")", "and", "the", "determination", "of", "the", "cellular", "marker", "expression", "by", "flow", "cytometry", "is", "described", "below", "." ] } ]
PMC8097906
The translocation positive subtypes are characterized by the expression of pax3/7-foxo1 fusion transcription factors which promote pathogenesis, oncogenesis and the formation of metastasis as well as drug resistance mechanism in these cancer types [2, 10–13].
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "translocation", "positive", "subtypes", "are", "characterized", "by", "the", "expression", "of", "pax3/7-foxo1", "fusion", "transcription", "factors", "which", "promote", "pathogenesis", ",", "oncogenesis", "and", "the", "formation", "of", "metastasis", "as", "well", "as", "drug", "resistance", "mechanism", "in", "these", "cancer", "types", "[", "2", ",", "10–13", "]", "." ] } ]
PMC11752767
However, T cells expressing these “first-generation” CARs, which only included the CD3ζ chain for T-cell signaling, generally failed to produce strong anti-tumor responses.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "T", "cells", "expressing", "these", "“", "first-generation", "”", "CARs", ",", "which", "only", "included", "the", "CD3ζ", "chain", "for", "T-cell", "signaling", ",", "generally", "failed", "to", "produce", "strong", "anti-tumor", "responses", "." ] } ]
PMC11699465
This article does not report the original code.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "article", "does", "not", "report", "the", "original", "code", "." ] } ]
PMC5308810
High levels of SDF-1 and CXCR4 in malignant ascites , and in the tumors and sera of OVC patients correlate to drug resistance, poor disease prognosis, and metastasis [13–16].
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "High", "levels", "of", "SDF-1", "and", "CXCR4", "in", "malignant", "ascites", ",", "and", "in", "the", "tumors", "and", "sera", "of", "OVC", "patients", "correlate", "to", "drug", "resistance", ",", "poor", "disease", "prognosis", ",", "and", "metastasis", "[", "13–16", "]", "." ] } ]
PMC10631132
No significant differences were observed in osteoclast size or number of nuclei when the EB protocol was used with the different iPSC lines (J, K).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "No", "significant", "differences", "were", "observed", "in", "osteoclast", "size", "or", "number", "of", "nuclei", "when", "the", "EB", "protocol", "was", "used", "with", "the", "different", "iPSC", "lines", "(", "J", ",", "K", ")", "." ] } ]
PMC11365427
Our research found that ATF3, not ATF4, plays a role in the ERS pathway.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "research", "found", "that", "ATF3", ",", "not", "ATF4", ",", "plays", "a", "role", "in", "the", "ERS", "pathway", "." ] } ]
PMC10291556
The other cells were grown in DMEM medium (high glucose 4.5 g L, PAA) supplemented with gentamycin (50 μg mL, Serva) and 10% heat-inactivated FBS (Biosera).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "other", "cells", "were", "grown", "in", "DMEM", "medium", "(", "high", "glucose", "4.5", "g", "L", ",", "PAA", ")", "supplemented", "with", "gentamycin", "(", "50", "μg", "mL", ",", "Serva", ")", "and", "10", "%", "heat-inactivated", "FBS", "(", "Biosera", ")", "." ] } ]
PMC11763126
Therefore, we hypothesized that YTHDF2 plays a role in the regulation of TRPM3 mRNA stability.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "we", "hypothesized", "that", "YTHDF2", "plays", "a", "role", "in", "the", "regulation", "of", "TRPM3", "mRNA", "stability", "." ] } ]
PMC11632064
Immunoblotting of OXPHOS complex I–V proteins in protein extracts from selected melanoma cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Immunoblotting", "of", "OXPHOS", "complex", "I", "–", "V", "proteins", "in", "protein", "extracts", "from", "selected", "melanoma", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC8009078
On docking of both Camostat and Ambroxol through ADV, the binding energy was obtained as − 7.90 and − 7.20 kcal/mol, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "docking", "of", "both", "Camostat", "and", "Ambroxol", "through", "ADV", ",", "the", "binding", "energy", "was", "obtained", "as", "−", "7.90", "and", "−", "7.20", "kcal/mol", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC9479186
Tumor formation occurred about 1–2 weeks later.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tumor", "formation", "occurred", "about", "1–2", "weeks", "later", "." ] } ]
PMC8348645
We added 0.2 mL of acetic acid to this solution and the mixture was cooled on ice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "added", "0.2", "mL", "of", "acetic", "acid", "to", "this", "solution", "and", "the", "mixture", "was", "cooled", "on", "ice", "." ] } ]
PMC11499381
NC – no curve could be fit to the data.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NC", "–", "no", "curve", "could", "be", "fit", "to", "the", "data", "." ] } ]
PMC9429973
S. Thibaud, T. Brander, M. Balwani, T. Mouhieddine, D. Melnekoff, O. Van Oekelen, A. Lagana, J. Houldsworth, A. Chari, J. Richter, L. Sanchez, S. Richard, C. Rodriguez, A. Rossi, H. J. Cho, S. Jagannath, K. Onel, S. Parekh Hematology & Medical Oncology; Genetics and Genomic Sciences; Molecular Pathology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York; Sema4, Stamford, United States of America Background: Next-generation sequencing (NGS) is increasingly used to characterize the somatic mutational landscape of patients with multiple myeloma (MM) and guide precision medicine approaches.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "S.", "Thibaud", ",", "T.", "Brander", ",", "M.", "Balwani", ",", "T.", "Mouhieddine", ",", "D.", "Melnekoff", ",", "O.", "Van", "Oekelen", ",", "A.", "Lagana", ",", "J.", "Houldsworth", ",", "A.", "Chari", ",", "J.", "Richter", ",", "L.", "Sanchez", ",", "S.", "Richard", ",", "C.", "Rodriguez", ",", "A.", "Rossi", ",", "H.", "J.", "Cho", ",", "S.", "Jagannath", ",", "K.", "Onel", ",", "S.", "Parekh", "Hematology", "&", "Medical", "Oncology", ";", "Genetics", "and", "Genomic", "Sciences", ";", "Molecular", "Pathology", ",", "Icahn", "School", "of", "Medicine", "at", "Mount", "Sinai", ",", "New", "York", ";", "Sema4", ",", "Stamford", ",", "United", "States", "of", "America", "Background", ":", "Next-generation", "sequencing", "(", "NGS", ")", "is", "increasingly", "used", "to", "characterize", "the", "somatic", "mutational", "landscape", "of", "patients", "with", "multiple", "myeloma", "(", "MM", ")", "and", "guide", "precision", "medicine", "approaches", "." ] } ]
PMC6642070
However, our findings represent a new insight into this field, and may be complementary to other hypotheses in different forms/contexts of SAMS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "our", "findings", "represent", "a", "new", "insight", "into", "this", "field", ",", "and", "may", "be", "complementary", "to", "other", "hypotheses", "in", "different", "forms/contexts", "of", "SAMS", "." ] } ]
PMC9429973
Standard statistical analyses were performed using JMP Pro (Version 16.0.0).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Standard", "statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "JMP", "Pro", "(", "Version", "16.0.0", ")", "." ] } ]
PMC10813895
The observation that breast tissue at risk for cancer exhibits an aging phenotype suggests that this pattern arises independently of the women’s specific genetic makeup or their age-related breast cancer risk.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "observation", "that", "breast", "tissue", "at", "risk", "for", "cancer", "exhibits", "an", "aging", "phenotype", "suggests", "that", "this", "pattern", "arises", "independently", "of", "the", "women", "’s", "specific", "genetic", "makeup", "or", "their", "age-related", "breast", "cancer", "risk", "." ] } ]
PMC10850553
1505LE05, #CL005LE, CiteAb, Bath, UK) was administered intravenously to the rats.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "1505LE05", ",", "#", "CL005LE", ",", "CiteAb", ",", "Bath", ",", "UK", ")", "was", "administered", "intravenously", "to", "the", "rats", "." ] } ]
PMC11769516
This study demonstrated the high permeability of ENN B and ENN B1 from blood to the brain via passive transport.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "study", "demonstrated", "the", "high", "permeability", "of", "ENN", "B", "and", "ENN", "B1", "from", "blood", "to", "the", "brain", "via", "passive", "transport", "." ] } ]
PMC11506670
Subsequently, they were incubated with a freshly prepared secondary antibody solution (diluted at 1:10,000 for both the antibody and Precision Protein™ StrepTactin-HRP conjugate from Bio-Rad) in the blocking solution for 1 h at room temperature.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "they", "were", "incubated", "with", "a", "freshly", "prepared", "secondary", "antibody", "solution", "(", "diluted", "at", "1:10,000", "for", "both", "the", "antibody", "and", "Precision", "Protein", "™", "StrepTactin-HRP", "conjugate", "from", "Bio-Rad", ")", "in", "the", "blocking", "solution", "for", "1", "h", "at", "room", "temperature", "." ] } ]
PMC11670407
Cells were incubated at room temperature for 20 min, protected from light.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "incubated", "at", "room", "temperature", "for", "20", "min", ",", "protected", "from", "light", "." ] } ]
PMC11590870
Results are expressed as Trolox equivalent micromoles per gram (µmol TE/g).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", "are", "expressed", "as", "Trolox", "equivalent", "micromoles", "per", "gram", "(", "µmol", "TE/g", ")", "." ] } ]
PMC11657744
All mouse experiments, housing, and breeding protocols were approved by the Institutional Animal Care and Use Committee of Yonsei University, Korea.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "mouse", "experiments", ",", "housing", ",", "and", "breeding", "protocols", "were", "approved", "by", "the", "Institutional", "Animal", "Care", "and", "Use", "Committee", "of", "Yonsei", "University", ",", "Korea", "." ] } ]
PMC11588008
We found when the concentration of PM was 50 µM, it would remarkably hinder the proliferation of granulosa cells in a concentration-dependent manner.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "when", "the", "concentration", "of", "PM", "was", "50", "µM", ",", "it", "would", "remarkably", "hinder", "the", "proliferation", "of", "granulosa", "cells", "in", "a", "concentration-dependent", "manner", "." ] } ]
PMC11680982
In addition, we advocate the systematic inclusion of HR/HER2-low breast cancer patient-derived xenograft (PDX) and organoid models in future studies, which represents a promising avenue to unravel this intricate aspect.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "we", "advocate", "the", "systematic", "inclusion", "of", "HR/HER2-low", "breast", "cancer", "patient-derived", "xenograft", "(", "PDX", ")", "and", "organoid", "models", "in", "future", "studies", ",", "which", "represents", "a", "promising", "avenue", "to", "unravel", "this", "intricate", "aspect", "." ] } ]
PMC11075223
In the Yuan Dynasty, Laoya San was applied to treat gingiva with erosion, pain, red and swelling (ulcerative gingivitis in TCM theories) documented in Lanshi Micang written by Li Gao.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "Yuan", "Dynasty", ",", "Laoya", "San", "was", "applied", "to", "treat", "gingiva", "with", "erosion", ",", "pain", ",", "red", "and", "swelling", "(", "ulcerative", "gingivitis", "in", "TCM", "theories", ")", "documented", "in", "Lanshi", "Micang", "written", "by", "Li", "Gao", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: The distribution of the hemostasis system genes in 198 women was analyzed: 84 women with recurrent pregnancy loss (ICD-10: N96) with 3 or more missed abortions (anatomical, gynecological, infectious and endocrine aggravating factors are excluded).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "The", "distribution", "of", "the", "hemostasis", "system", "genes", "in", "198", "women", "was", "analyzed", ":", "84", "women", "with", "recurrent", "pregnancy", "loss", "(", "ICD-10", ":", "N96", ")", "with", "3", "or", "more", "missed", "abortions", "(", "anatomical", ",", "gynecological", ",", "infectious", "and", "endocrine", "aggravating", "factors", "are", "excluded", ")", "." ] } ]
PMC6799808
Similar results were observed in at least three independent experiments Since both mTORC1 and mTORC2 are positively mediated by the IGFR-PI3K pathway and negatively regulated by PTEN, to understand how GLPT inhibits mTORC1/2, we next investigated whether GLPT inhibits mTORC1/2 by altering the expression/activity of these signaling proteins.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Similar", "results", "were", "observed", "in", "at", "least", "three", "independent", "experiments", "Since", "both", "mTORC1", "and", "mTORC2", "are", "positively", "mediated", "by", "the", "IGFR-PI3", "K", "pathway", "and", "negatively", "regulated", "by", "PTEN", ",", "to", "understand", "how", "GLPT", "inhibits", "mTORC1/2", ",", "we", "next", "investigated", "whether", "GLPT", "inhibits", "mTORC1/2", "by", "altering", "the", "expression/activity", "of", "these", "signaling", "proteins", "." ] } ]
PMC9429973
Results: A total of 856 HDT-ASCT treated lymphoma patients and 4,280 matched comparators were followed for a median of 8 years.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "A", "total", "of", "856", "HDT-ASCT", "treated", "lymphoma", "patients", "and", "4,280", "matched", "comparators", "were", "followed", "for", "a", "median", "of", "8", "years", "." ] } ]
PMC11661040
F-G) The CCK-8 assay demonstrated that inhibition of the Wnt pathway attenuated the promotive effect of CGREF1 overexpression on cellular proliferation. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F-G", ")", "The", "CCK-8", "assay", "demonstrated", "that", "inhibition", "of", "the", "Wnt", "pathway", "attenuated", "the", "promotive", "effect", "of", "CGREF1", "overexpression", "on", "cellular", "proliferation", ".", "(" ] } ]
PMC8875242
Digoxin, the probe used in this study, is frequently prescribed by clinicians despite its narrow therapeutic index and high frequency of DDI, including with antiviral drugs .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Digoxin", ",", "the", "probe", "used", "in", "this", "study", ",", "is", "frequently", "prescribed", "by", "clinicians", "despite", "its", "narrow", "therapeutic", "index", "and", "high", "frequency", "of", "DDI", ",", "including", "with", "antiviral", "drugs", "." ] } ]
PMC11506670
Similar to previously characterized NRAS mutants, including G12D, G12V, Q61K, A11V, and E132K, the novel NRAS Q43K and E37K mutants showed no effect on cellular migration .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Similar", "to", "previously", "characterized", "NRAS", "mutants", ",", "including", "G12D", ",", "G12V", ",", "Q61", "K", ",", "A11V", ",", "and", "E132", "K", ",", "the", "novel", "NRAS", "Q43", "K", "and", "E37", "K", "mutants", "showed", "no", "effect", "on", "cellular", "migration", "." ] } ]
PMC11792766
Food simulants A, B, D1, and the combination of acetone and methanol used for preparing samples from simulant E were tested via the bacterial reverse mutation assay for background effects.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Food", "simulants", "A", ",", "B", ",", "D1", ",", "and", "the", "combination", "of", "acetone", "and", "methanol", "used", "for", "preparing", "samples", "from", "simulant", "E", "were", "tested", "via", "the", "bacterial", "reverse", "mutation", "assay", "for", "background", "effects", "." ] } ]
PMC11724582
For example, hepatocyte growth factor (HGF) is a MET ligand, and the abnormal expansion of the MET proto-oncogene is an important mechanism underlying EGFR-TKI resistance.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "hepatocyte", "growth", "factor", "(", "HGF", ")", "is", "a", "MET", "ligand", ",", "and", "the", "abnormal", "expansion", "of", "the", "MET", "proto-oncogene", "is", "an", "important", "mechanism", "underlying", "EGFR-TKI", "resistance", "." ] } ]
PMC11621493
K, L) Selected core enriched genes from gene sets shown in (I, J).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "K", ",", "L", ")", "Selected", "core", "enriched", "genes", "from", "gene", "sets", "shown", "in", "(", "I", ",", "J", ")", "." ] } ]
PMC2196094
The clone contains an open reading frame of 740 bp encoding an 19-aa signal sequence, a 2-aa activation peptide (GlyGlu) and the entire coding region of the mature protein, but lacks the first A of the initiation codon.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "clone", "contains", "an", "open", "reading", "frame", "of", "740", "bp", "encoding", "an", "19-aa", "signal", "sequence", ",", "a", "2-aa", "activation", "peptide", "(", "GlyGlu", ")", "and", "the", "entire", "coding", "region", "of", "the", "mature", "protein", ",", "but", "lacks", "the", "first", "A", "of", "the", "initiation", "codon", "." ] } ]
PMC11334037
IGF2 also upregulated the expression of glycolytic and mitochondrial respiration markers.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IGF2", "also", "upregulated", "the", "expression", "of", "glycolytic", "and", "mitochondrial", "respiration", "markers", "." ] } ]
PMC11754094
Overall, we suggest that both excision of uracil by UNG or of inosine by eMPG, and a nick by Cas9 (D10A) contribute to the generation of DSB and subsequent large-deletion events (Fig. 4g).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Overall", ",", "we", "suggest", "that", "both", "excision", "of", "uracil", "by", "UNG", "or", "of", "inosine", "by", "eMPG", ",", "and", "a", "nick", "by", "Cas9", "(", "D10A", ")", "contribute", "to", "the", "generation", "of", "DSB", "and", "subsequent", "large-deletion", "events", "(", "Fig.", "4", "g", ")", "." ] } ]
PMC8567602
E, Tumor growth by caliper measurements in littermate cohorts of mice homozygous for hSS2 and either wild-type or Smarcb1/fl genotype following TATCre injection at age 4 weeks (two-tailed t test, P = 1.3 × 10 for time to detectable tumor).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "E", ",", "Tumor", "growth", "by", "caliper", "measurements", "in", "littermate", "cohorts", "of", "mice", "homozygous", "for", "hSS2", "and", "either", "wild-type", "or", "Smarcb1/fl", "genotype", "following", "TATCre", "injection", "at", "age", "4", "weeks", "(", "two-tailed", "t", "test", ",", "P", "=", "1.3", "×", "10", "for", "time", "to", "detectable", "tumor", ")", "." ] } ]
PMC11248911
C NMR (DMSO-d6, δ ppm): 15.84, 47.66, 64.31, 104.17, 125.91, 127.12, 127.79, 127.89, 128.80, 135.02, 142.67, 150.73, 155.82, 165.59.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "NMR", "(", "DMSO-d6", ",", "δ", "ppm", "):", "15.84", ",", "47.66", ",", "64.31", ",", "104.17", ",", "125.91", ",", "127.12", ",", "127.79", ",", "127.89", ",", "128.80", ",", "135.02", ",", "142.67", ",", "150.73", ",", "155.82", ",", "165.59", "." ] } ]
PMC11711127
Combination of signal 1 (Ag) and signal 2 (co-stimulation) are enough to initiate the clonal expansion of the relevant T cell subset.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Combination", "of", "signal", "1", "(", "Ag", ")", "and", "signal", "2", "(", "co-stimulation", ")", "are", "enough", "to", "initiate", "the", "clonal", "expansion", "of", "the", "relevant", "T", "cell", "subset", "." ] } ]
PMC11461833
The SNARE proteins STXBP5 and STXBP6 were identified through analysis of public datasets.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "SNARE", "proteins", "STXBP5", "and", "STXBP6", "were", "identified", "through", "analysis", "of", "public", "datasets", "." ] } ]
PMC3765139
Since the expression of CD133 was associated with a significantly higher clonogenic capacity in D10 cells the tumorigenic potential of this subset was investigated in vivo.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Since", "the", "expression", "of", "CD133", "was", "associated", "with", "a", "significantly", "higher", "clonogenic", "capacity", "in", "D10", "cells", "the", "tumorigenic", "potential", "of", "this", "subset", "was", "investigated", "in", "vivo", "." ] } ]
PMC11350568
Quantification of PTK7 proteins in (a). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quantification", "of", "PTK7", "proteins", "in", "(", "a", ")", ".", "(" ] } ]
PMC6267596
Similarly, KEGG analysis identified 31 biological pathways related to tyrosine kinase signaling of which the top ten are shown (Table 1c).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Similarly", ",", "KEGG", "analysis", "identified", "31", "biological", "pathways", "related", "to", "tyrosine", "kinase", "signaling", "of", "which", "the", "top", "ten", "are", "shown", "(", "Table", "1c", ")", "." ] } ]
PMC11348300
However, if this PpIX production is combined with DF imaging under low-oxygen conditions, it makes PRESTO a tool for surgical guidance in cases where probe distribution alone fails to provide sufficient contrast.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "if", "this", "PpIX", "production", "is", "combined", "with", "DF", "imaging", "under", "low-oxygen", "conditions", ",", "it", "makes", "PRESTO", "a", "tool", "for", "surgical", "guidance", "in", "cases", "where", "probe", "distribution", "alone", "fails", "to", "provide", "sufficient", "contrast", "." ] } ]
PMC11471176
Effective concentration (EC50) and inhibitory concentration (IC50) were calculated using the four-parameter sigmoidal equation at the following pages (URL: https://www.aatbio.com/tools/ec50-calculator) and (URl: https://www.aatbio.com/tools/ec50-calculator), respectively, both accessed on Tuesday, December 5th, 2023).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Effective", "concentration", "(", "EC50", ")", "and", "inhibitory", "concentration", "(", "IC50", ")", "were", "calculated", "using", "the", "four-parameter", "sigmoidal", "equation", "at", "the", "following", "pages", "(", "URL", ":", "https://www.aatbio.com/tools/ec50-calculator", ")", "and", "(", "URl", ":", "https://www.aatbio.com/tools/ec50-calculator", ")", ",", "respectively", ",", "both", "accessed", "on", "Tuesday", ",", "December", "5th", ",", "2023", ")", "." ] } ]
PMC11033180
In the cell-attached configuration, we observed several changes induced by Sema5A-Fc exposure compared to control Fc, including a decreased number of spontaneously firing neurons (56% vs. 33% of total neurons upon Fc and Sema5A-Fc exposure, respectively; Figure 9B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "cell-attached", "configuration", ",", "we", "observed", "several", "changes", "induced", "by", "Sema5A-Fc", "exposure", "compared", "to", "control", "Fc", ",", "including", "a", "decreased", "number", "of", "spontaneously", "firing", "neurons", "(", "56", "%", "vs.", "33", "%", "of", "total", "neurons", "upon", "Fc", "and", "Sema5A-Fc", "exposure", ",", "respectively", ";", "Figure", "9B", ")", "." ] } ]
PMC5839394
We found that SKBR3 treated with AgNPs-EPS underwent morphologic and biochemical changes consistent with the induction of autophagy and secondarily of apoptosis, as suggested by the upregulation of lysosomes, autophagolysosomes and acidic vescicular organelles, the down regulation of AKT, p-AKT, HSP90 and p62 the increment of ATG5, ATG7 and beclin-1 and the conversion of LC3-I to LC3-II.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "SKBR3", "treated", "with", "AgNPs-EPS", "underwent", "morphologic", "and", "biochemical", "changes", "consistent", "with", "the", "induction", "of", "autophagy", "and", "secondarily", "of", "apoptosis", ",", "as", "suggested", "by", "the", "upregulation", "of", "lysosomes", ",", "autophagolysosomes", "and", "acidic", "vescicular", "organelles", ",", "the", "down", "regulation", "of", "AKT", ",", "p-AKT", ",", "HSP90", "and", "p62", "the", "increment", "of", "ATG5", ",", "ATG7", "and", "beclin-1", "and", "the", "conversion", "of", "LC3-I", "to", "LC3-II", "." ] } ]
PMC9918897
Xanthohumol did not induce higher levels of plasma antioxidant capacity, neither in beer nor in the water–ethanol matrix.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Xanthohumol", "did", "not", "induce", "higher", "levels", "of", "plasma", "antioxidant", "capacity", ",", "neither", "in", "beer", "nor", "in", "the", "water", "–", "ethanol", "matrix", "." ] } ]
PMC11401358
In the zebrafish tail injury model, ROS and inflammatory infiltration were alleviated at the injury site treated with SF, indicating the future clinic utilization of silk fibroin as an antioxidant biomaterial.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "zebrafish", "tail", "injury", "model", ",", "ROS", "and", "inflammatory", "infiltration", "were", "alleviated", "at", "the", "injury", "site", "treated", "with", "SF", ",", "indicating", "the", "future", "clinic", "utilization", "of", "silk", "fibroin", "as", "an", "antioxidant", "biomaterial", "." ] } ]
PMC7039683
This implies that Irf6 acts early in the GRN; the notion that Irf6 activates a periderm program and is then no longer necessary is consistent with the fact that zygotic irf6 mutants are viable (Li et al., 2017).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "implies", "that", "Irf6", "acts", "early", "in", "the", "GRN", ";", "the", "notion", "that", "Irf6", "activates", "a", "periderm", "program", "and", "is", "then", "no", "longer", "necessary", "is", "consistent", "with", "the", "fact", "that", "zygotic", "irf6", "mutants", "are", "viable", "(", "Li", "et", "al.", ",", "2017", ")", "." ] } ]
PMC11745823
Furthermore, the study investigated its influence on glioma progression through a series of functional experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "the", "study", "investigated", "its", "influence", "on", "glioma", "progression", "through", "a", "series", "of", "functional", "experiments", "." ] } ]
PMC11653533
The synergistic relationship between ethnopharmacology and modern scientific research highlights the importance of Ficus species as a promising source of bioactive compounds for drug discovery and the development of natural health products.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "synergistic", "relationship", "between", "ethnopharmacology", "and", "modern", "scientific", "research", "highlights", "the", "importance", "of", "Ficus", "species", "as", "a", "promising", "source", "of", "bioactive", "compounds", "for", "drug", "discovery", "and", "the", "development", "of", "natural", "health", "products", "." ] } ]
PMC11765243
Since PI3K p110α is expressed at high levels in T cells, it is of interest to know its potential in immunomodulation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Since", "PI3", "K", "p110α", "is", "expressed", "at", "high", "levels", "in", "T", "cells", ",", "it", "is", "of", "interest", "to", "know", "its", "potential", "in", "immunomodulation", "." ] } ]
PMC11204465
Available data in the literature suggest that the cellular mechanisms of STC-induced toxicity include the induction of oxidative stress, mitochondrial dysfunction, apoptosis, and cell cycle arrest, as well as alteration of immune system function and activation of different signalling pathways.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Available", "data", "in", "the", "literature", "suggest", "that", "the", "cellular", "mechanisms", "of", "STC-induced", "toxicity", "include", "the", "induction", "of", "oxidative", "stress", ",", "mitochondrial", "dysfunction", ",", "apoptosis", ",", "and", "cell", "cycle", "arrest", ",", "as", "well", "as", "alteration", "of", "immune", "system", "function", "and", "activation", "of", "different", "signalling", "pathways", "." ] } ]
PMC10547921
The binding of cryptophycin-52 (36) to tubulin is very tight, and the affinity of the cryptophycin-52 (36)-tubulin complex to microtubules is very high (Kd = 47 nmol/L).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "binding", "of", "cryptophycin-52", "(", "36", ")", "to", "tubulin", "is", "very", "tight", ",", "and", "the", "affinity", "of", "the", "cryptophycin-52", "(36)-tubulin", "complex", "to", "microtubules", "is", "very", "high", "(", "Kd", "=", "47", "nmol/L", ")", "." ] } ]
PMC11653533
This was evidenced by a significant decrease in elevated levels of serum glutamic oxaloacetic transaminase, serum glutamic pyruvic transaminase, alkaline phosphatase, and total bilirubin, comparable to the effects of silymarin, a known hepatoprotective drug (Kanaujia et al., 2011).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "was", "evidenced", "by", "a", "significant", "decrease", "in", "elevated", "levels", "of", "serum", "glutamic", "oxaloacetic", "transaminase", ",", "serum", "glutamic", "pyruvic", "transaminase", ",", "alkaline", "phosphatase", ",", "and", "total", "bilirubin", ",", "comparable", "to", "the", "effects", "of", "silymarin", ",", "a", "known", "hepatoprotective", "drug", "(", "Kanaujia", "et", "al.", ",", "2011", ")", "." ] } ]
PMC3995603
Additionally, the total plasma IgE levels were significantly increased in the control group (211.3 ± 13.35 ng/mL) compared to the normal group (41.56 ± 7.022 ng/mL, P < 0.01).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "the", "total", "plasma", "IgE", "levels", "were", "significantly", "increased", "in", "the", "control", "group", "(", "211.3", "±", "13.35", "ng/mL", ")", "compared", "to", "the", "normal", "group", "(", "41.56", "±", "7.022", "ng/mL", ",", "P", "<", "0.01", ")", "." ] } ]
PMC5173112
786-O cells were transfected with control or USP21 siRNA.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "786-O", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "or", "USP21", "siRNA", "." ] } ]
PMC9429973
Lacking data about SCD hinder informed decision making on healthcare, research and health policies in Saudi Arabia.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lacking", "data", "about", "SCD", "hinder", "informed", "decision", "making", "on", "healthcare", ",", "research", "and", "health", "policies", "in", "Saudi", "Arabia", "." ] } ]
PMC8481254
These cell lines were authenticated, and no mycoplasma contamination was detected.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "cell", "lines", "were", "authenticated", ",", "and", "no", "mycoplasma", "contamination", "was", "detected", "." ] } ]
PMC11718274
Intensity of fluorescence emission by the 2,7-DCFH-DA dye (ROS level) or Rhodamine-123 dye (mitochondrial membrane integrity) stained control (untreated) and doxorubicin- or Y2O3NPs-treated A-431 cancer cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Intensity", "of", "fluorescence", "emission", "by", "the", "2,7-DCFH-DA", "dye", "(", "ROS", "level", ")", "or", "Rhodamine-123", "dye", "(", "mitochondrial", "membrane", "integrity", ")", "stained", "control", "(", "untreated", ")", "and", "doxorubicin-", "or", "Y2O3NPs-treated", "A-431", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC6364197
It has been reported that DDR1 activates STAT3 signaling during tumor progression in human breast cancer metastasis (25).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "has", "been", "reported", "that", "DDR1", "activates", "STAT3", "signaling", "during", "tumor", "progression", "in", "human", "breast", "cancer", "metastasis", "(", "25", ")", "." ] } ]
PMC11471176
However, more studies are needed, with more cell lines, to fully characterize these mechanistic pathways and their contribution to cancer metastasis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "more", "studies", "are", "needed", ",", "with", "more", "cell", "lines", ",", "to", "fully", "characterize", "these", "mechanistic", "pathways", "and", "their", "contribution", "to", "cancer", "metastasis", "." ] } ]
PMC11013014
H NMR (400 MHz, CDCl3), δ (ppm): 8.57 (s, 1H), 8.36 (s, 1H), 7.97 (s, 1H), 7.41–7.29 (m, 2H), 7.27–7.18 (m, 2H), 6.92 (d, JHH = 8.5 Hz, 1H), 6.56 (s, 1H), 5.99 (s, 1H), 5.63 (s, 1H), 4.72 (s, 2H), 2.51 (q, JHH = 7.4 Hz, 2H), 1.18 (t, JHH = 7.4 Hz, 3H).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H", "NMR", "(", "400", "MHz", ",", "CDCl3", ")", ",", "δ", "(", "ppm", "):", "8.57", "(", "s", ",", "1H", ")", ",", "8.36", "(", "s", ",", "1H", ")", ",", "7.97", "(", "s", ",", "1H", ")", ",", "7.41–7.29", "(", "m", ",", "2H", ")", ",", "7.27–7.18", "(", "m", ",", "2H", ")", ",", "6.92", "(", "d", ",", "JHH", "=", "8.5", "Hz", ",", "1H", ")", ",", "6.56", "(", "s", ",", "1H", ")", ",", "5.99", "(", "s", ",", "1H", ")", ",", "5.63", "(", "s", ",", "1H", ")", ",", "4.72", "(", "s", ",", "2H", ")", ",", "2.51", "(", "q", ",", "JHH", "=", "7.4", "Hz", ",", "2H", ")", ",", "1.18", "(", "t", ",", "JHH", "=", "7.4", "Hz", ",", "3H", ")", "." ] } ]
PMC10079526
Combination therapies targeting malignancies aim to increase treatment efficacy and reduce toxicity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Combination", "therapies", "targeting", "malignancies", "aim", "to", "increase", "treatment", "efficacy", "and", "reduce", "toxicity", "." ] } ]
PMC11185260
The transcriptional expression of SMARCB1 was monitored by RT-qPCR at 24, 48 and 72h after transfection (Figure 2B, left panel).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "transcriptional", "expression", "of", "SMARCB1", "was", "monitored", "by", "RT-qPCR", "at", "24", ",", "48", "and", "72h", "after", "transfection", "(", "Figure", "2B", ",", "left", "panel", ")", "." ] } ]
PMC9429973
As a murine model of human AML, we knocked in the human GFI1-36S or GFI1-36N variant into the murine Gfi1 gene locus and retrovirally expressed MLL-AF9 to induce AML.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "a", "murine", "model", "of", "human", "AML", ",", "we", "knocked", "in", "the", "human", "GFI1", "-", "36S", "or", "GFI1", "-", "36N", "variant", "into", "the", "murine", "Gfi1", "gene", "locus", "and", "retrovirally", "expressed", "MLL-AF9", "to", "induce", "AML", "." ] } ]
PMC10006224
Unlike cohesin-STAG1, cohesin-STAG2 may be preferentially loaded at sites devoid of CTCF, and thus requires binding to NIPBL to translocate and reach CTCF positions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Unlike", "cohesin-STAG1", ",", "cohesin-STAG2", "may", "be", "preferentially", "loaded", "at", "sites", "devoid", "of", "CTCF", ",", "and", "thus", "requires", "binding", "to", "NIPBL", "to", "translocate", "and", "reach", "CTCF", "positions", "." ] } ]
PMC10538569
iDCs were then washed three times and incubated in 500 µl FluoroBrite DMEM at a 1:1 ratio with CEMss-GPI GFP cells at 37°C for two hours in a 5mL polystyrene tube (Falcon).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "iDCs", "were", "then", "washed", "three", "times", "and", "incubated", "in", "500", "µl", "FluoroBrite", "DMEM", "at", "a", "1:1", "ratio", "with", "CEMss-GPI", "GFP", "cells", "at", "37", "°", "C", "for", "two", "hours", "in", "a", "5mL", "polystyrene", "tube", "(", "Falcon", ")", "." ] } ]
PMC10607604
PTPN13’s role in the responsiveness to cancer therapies appears to be highly dependent on the tumor type.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PTPN13", "’s", "role", "in", "the", "responsiveness", "to", "cancer", "therapies", "appears", "to", "be", "highly", "dependent", "on", "the", "tumor", "type", "." ] } ]
PMC11422497
Fig. 8Oncogenic role of circ_SMA4 in GISTs progression in vivo. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "8Oncogenic", "role", "of", "circ_SMA4", "in", "GISTs", "progression", "in", "vivo", ".", "(" ] } ]
PMC11604768
Data were scaled (baseline normalized) to the Fluc/Rluc ratio in untreated cells (N.D. – no drug).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "were", "scaled", "(", "baseline", "normalized", ")", "to", "the", "Fluc/Rluc", "ratio", "in", "untreated", "cells", "(", "N.D.", "–", "no", "drug", ")", "." ] } ]
PMC11543853
The data are first normalized to the housekeeping gene (GAPDH or B2M), which provides the dCt value.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "data", "are", "first", "normalized", "to", "the", "housekeeping", "gene", "(", "GAPDH", "or", "B2", "M", ")", ",", "which", "provides", "the", "dCt", "value", "." ] } ]
PMC10667689
Galectin-9 (Gal-9), a β-galactoside binding lectin, was declared as its natural ligand in AML, as it binds to the IgV domain of TIM-3 and induces the phosphorylation of two tyrosine residues in the cytoplasmic tail of TIM-3 (30, 31).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Galectin-9", "(", "Gal-9", ")", ",", "a", "β-galactoside", "binding", "lectin", ",", "was", "declared", "as", "its", "natural", "ligand", "in", "AML", ",", "as", "it", "binds", "to", "the", "IgV", "domain", "of", "TIM-3", "and", "induces", "the", "phosphorylation", "of", "two", "tyrosine", "residues", "in", "the", "cytoplasmic", "tail", "of", "TIM-3", "(", "30", ",", "31", ")", "." ] } ]