PMCID string | Sentences string | ner list |
|---|---|---|
PMC11320084 | p < 0.05, ##p < 0.01, compared with si‐TNNT1 + LiCl group. | [
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"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O"
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"#",
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"LiCl",
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"."
]
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] |
PMC10158546 | Differentiated cultures made from the neural progenitor cell lines overexpressed PrP within 3D spheroid-like structures of TUBB3 neurons and we observed evidence that PrP modulates formation of these structures, consistent with PrP’s role in neurogenesis. | [
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
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"neurogenesis",
"."
]
}
] |
PMC11633763 | Protein and mRNA levels of β‐catenin assessed by western blotting and qRT‐PCR in osteosarcoma cells transfected with shUSP22 or shNC. ( | [
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],
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"osteosarcoma",
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"with",
"shUSP22",
"or",
"shNC",
".",
"("
]
}
] |
PMC11774747 | Median persistence of CD19.CAR-EBVST was improved significantly with vaccination directed with EBV antigens: 0 day (range: 0-28) without vaccination compared to 56 days (range: 0-221) with vaccination (P=0.06). | [
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
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":",
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"-",
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")",
"with",
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"(",
"P=0.06",
")",
"."
]
}
] |
PMC7189327 | Fourthly, the relevant clinical characteristics are also required to be collected to assess BCC prognosis. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
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"O",
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],
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",",
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"to",
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"BCC",
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"."
]
}
] |
PMC11770746 | The mice were acclimatized for 3 days and given access to food and water ad libitum. | [
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"libitum",
"."
]
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] |
PMC10443665 | Pure deionized water (1000 mL) was added and the mixture was kept on a magnetic stirrer at room temperature and gently stirred overnight. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"at",
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"temperature",
"and",
"gently",
"stirred",
"overnight",
"."
]
}
] |
PMC11754291 | Regazzetti et al. observed that primary cultures of melanocytes were greatly stimulated by blue light (Regazzetti et al., 2018). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O"
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"Regazzetti",
"et",
"al.",
",",
"2018",
")",
"."
]
}
] |
PMC11470381 | Note: Ideally, any point within each bisected ROI would enable Fiji to use the Wand tool and detect each bisected ROI. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
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"O",
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":",
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"the",
"Wand",
"tool",
"and",
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"each",
"bisected",
"ROI",
"."
]
}
] |
PMC11488203 | Taxol treatment of the different MSC revealed an up-regulation of tetraspanins and a 2.2-fold to 5.4-fold increased expression of SDF-1 among others. | [
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
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"5.4-fold",
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"expression",
"of",
"SDF-1",
"among",
"others",
"."
]
}
] |
PMC11599565 | Panel D: stemness and neuronal signature in primary OC cells cultivated in 2D. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O"
],
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"D",
":",
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"and",
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"primary",
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"cells",
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"in",
"2D",
"."
]
}
] |
PMC10538569 | Immature DCs (iDCs) play a significant role in promoting the dissemination and amplification of HIV-1 infection. | [
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"O",
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"O",
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"O",
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"infection",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Our validation tests confirmed this metabolic dependency, MYC OE cell lines failed to proliferate in the context of glutamine starvation and showed higher sensitivity to CB-839 and V-9302 inhibiting GLS1 and SLC1A5, respectively. | [
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"validation",
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"and",
"SLC1A5",
",",
"respectively",
"."
]
}
] |
PMC10936243 | There are multiple measures which have been identified to help improve cat care management in practice and these mainly involve continuous education and an awareness of the importance of post-operative cat care among stakeholders (veterinarians, veterinary assistant/ nurse and clients) and the establishment of well-written guidelines such as SOP to follow in practice. | [
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"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"SOP",
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"follow",
"in",
"practice",
"."
]
}
] |
PMC11711127 | Such Treg synapses exhibit constitutive recruitment of CTLA-4, but not CD28, compared with other cell types (141), which in turn outcompetes CD28 binding from naive cells further limiting their activation (140). | [
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"O",
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"."
]
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PMC8193046 | Compound was reported before . | [
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PMC11770130 | For the adipose tissues, a 2 mg eWAT sample was added to 200 µL of water and 500 µL of methanol, and homogenized using the same approach as in the hydrophilic metabolite extraction above. | [
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"µL",
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"same",
"approach",
"as",
"in",
"the",
"hydrophilic",
"metabolite",
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"above",
"."
]
}
] |
PMC2118063 | AICDA transcripts are detected only in peripheral lymphoid tissues, where they are almost exclusively associated with GC (56). | [
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"O",
"O",
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"almost",
"exclusively",
"associated",
"with",
"GC",
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"56",
")",
"."
]
}
] |
PMC11731614 | Fraction 2/3 KDEVs had sizes within the range of small EVs of 59.2 ± 14.5nm (RD; Fig. 1C) and 70 ± 26.3nm (HFD; Supplemental Fig. 2B) by dynamic light scattering (DLS) and concentration peaks at 95 ± 6.1nm (RD; Fig. 1D) and 86 ± 8.7nm (HFD; Supplemental Fig. 2C) by nanoparticle tracking analysis (NTA). | [
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"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"1C",
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"and",
"70",
"±",
"26.3",
"nm",
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"HFD",
";",
"Supplemental",
"Fig.",
"2B",
")",
"by",
"dynamic",
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"scattering",
"(",
"DLS",
")",
"and",
"concentration",
"peaks",
"at",
"95",
"±",
"6.1",
"nm",
"(",
"RD",
";",
"Fig.",
"1D",
")",
"and",
"86",
"±",
"8.7",
"nm",
"(",
"HFD",
";",
"Supplemental",
"Fig.",
"2C",
")",
"by",
"nanoparticle",
"tracking",
"analysis",
"(",
"NTA",
")",
"."
]
}
] |
PMC11723210 | Stages 1 through 3 involve the generation and fusion of phase data from two planes, which serve as the initial input for Stage 4. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Stages",
"1",
"through",
"3",
"involve",
"the",
"generation",
"and",
"fusion",
"of",
"phase",
"data",
"from",
"two",
"planes",
",",
"which",
"serve",
"as",
"the",
"initial",
"input",
"for",
"Stage",
"4",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Functionally, TAP followed by MS analysis of BCAT1 interacting proteins disclosed that BCAT1 may be implicated in non-metabolic processes such as DNA replication and repair and rRNA processing. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O"
],
"tokens": [
"Functionally",
",",
"TAP",
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"by",
"MS",
"analysis",
"of",
"BCAT1",
"interacting",
"proteins",
"disclosed",
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"may",
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"implicated",
"in",
"non-metabolic",
"processes",
"such",
"as",
"DNA",
"replication",
"and",
"repair",
"and",
"rRNA",
"processing",
"."
]
}
] |
PMC11656657 | E The graph shows the modulation of the distribution of CD4 + and CD8 + subpopulations of CAR.GD2 T-cells before (day 0) and after RD tumor cell addition at day + 5, + 10, + 15 and + 20. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"E",
"The",
"graph",
"shows",
"the",
"modulation",
"of",
"the",
"distribution",
"of",
"CD4",
"+",
"and",
"CD8",
"+",
"subpopulations",
"of",
"CAR.GD2",
"T-cells",
"before",
"(",
"day",
"0",
")",
"and",
"after",
"RD",
"tumor",
"cell",
"addition",
"at",
"day",
"+",
"5",
",",
"+",
"10",
",",
"+",
"15",
"and",
"+",
"20",
"."
]
}
] |
PMC11747467 | The membranes were subsequently incubated with the corresponding secondary antibodies. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"membranes",
"were",
"subsequently",
"incubated",
"with",
"the",
"corresponding",
"secondary",
"antibodies",
"."
]
}
] |
PMC10577955 | Following a 24-hour incubation period, A549 cells were treated with IC50 of ALUP, BA, and LUP for 48 h before being rinsed three times with ice-cold PBS. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Following",
"a",
"24-hour",
"incubation",
"period",
",",
"A549",
"cells",
"were",
"treated",
"with",
"IC50",
"of",
"ALUP",
",",
"BA",
",",
"and",
"LUP",
"for",
"48",
"h",
"before",
"being",
"rinsed",
"three",
"times",
"with",
"ice-cold",
"PBS",
"."
]
}
] |
PMC11434983 | Survival fractions were calculated and plotted as a function of the radiation dose on a semi-log scale. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Survival",
"fractions",
"were",
"calculated",
"and",
"plotted",
"as",
"a",
"function",
"of",
"the",
"radiation",
"dose",
"on",
"a",
"semi-log",
"scale",
"."
]
}
] |
PMC11528603 | Differences were statistically significant if P < 0.05. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Differences",
"were",
"statistically",
"significant",
"if",
"P",
"<",
"0.05",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | γ-secretase) and released to the plasma as soluble proteins and can be easily detected using readily available commercial enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"γ-secretase",
")",
"and",
"released",
"to",
"the",
"plasma",
"as",
"soluble",
"proteins",
"and",
"can",
"be",
"easily",
"detected",
"using",
"readily",
"available",
"commercial",
"enzyme-linked",
"immunosorbent",
"assays",
"(",
"ELISA",
")",
"."
]
}
] |
PMC3995603 | flavonoids (isorhamnetin, quercetin, isoquercitrin, hyperoside, etc.), | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"flavonoids",
"(",
"isorhamnetin",
",",
"quercetin",
",",
"isoquercitrin",
",",
"hyperoside",
",",
"etc",
".",
")",
","
]
}
] |
PMC9964654 | Unloaded micelles were prepared using the same procedure, in the absence of the gold complex (Figure 2). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Unloaded",
"micelles",
"were",
"prepared",
"using",
"the",
"same",
"procedure",
",",
"in",
"the",
"absence",
"of",
"the",
"gold",
"complex",
"(",
"Figure",
"2",
")",
"."
]
}
] |
PMC11740907 | Moreover, the computational findings demonstrate a strong connection with the actual data, providing a plausible explanation for the notable chemopreventive efficacy of POM against HeLa cell lines. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Moreover",
",",
"the",
"computational",
"findings",
"demonstrate",
"a",
"strong",
"connection",
"with",
"the",
"actual",
"data",
",",
"providing",
"a",
"plausible",
"explanation",
"for",
"the",
"notable",
"chemopreventive",
"efficacy",
"of",
"POM",
"against",
"HeLa",
"cell",
"lines",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | The most frequent reason was joint bleeds(59.6%, N=28). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"most",
"frequent",
"reason",
"was",
"joint",
"bleeds(59.6",
"%",
",",
"N=28",
")",
"."
]
}
] |
PMC6684588 | The robust activity of ACE-083 observed here depends on its ability to sequester and neutralize multiple TGFβ superfamily ligands acting as homeostatic inhibitors of muscle growth. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"robust",
"activity",
"of",
"ACE-083",
"observed",
"here",
"depends",
"on",
"its",
"ability",
"to",
"sequester",
"and",
"neutralize",
"multiple",
"TGFβ",
"superfamily",
"ligands",
"acting",
"as",
"homeostatic",
"inhibitors",
"of",
"muscle",
"growth",
"."
]
}
] |
PMC11767582 | Triazole derivative 3a, with no substitution on the B-ring, was found to be non-cytotoxic in the concentration range tested for any cell line, as well as compounds mono-substituted at the ortho position with bromine (3b) or nitro groups (3c) (Table 3). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Triazole",
"derivative",
"3a",
",",
"with",
"no",
"substitution",
"on",
"the",
"B-ring",
",",
"was",
"found",
"to",
"be",
"non-cytotoxic",
"in",
"the",
"concentration",
"range",
"tested",
"for",
"any",
"cell",
"line",
",",
"as",
"well",
"as",
"compounds",
"mono-substituted",
"at",
"the",
"ortho",
"position",
"with",
"bromine",
"(",
"3b",
")",
"or",
"nitro",
"groups",
"(",
"3c",
")",
"(",
"Table",
"3",
")",
"."
]
}
] |
PMC11697703 | We found that GoF of either miR-193b or miR-365 results in a significant increase in neurite branching compared to scrambled controls, whereas either miR-193b or miR-365 LoF results in a significant decrease in neurite branching compared to scrambled controls (Figures 4B and 4C). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"We",
"found",
"that",
"GoF",
"of",
"either",
"miR-193b",
"or",
"miR-365",
"results",
"in",
"a",
"significant",
"increase",
"in",
"neurite",
"branching",
"compared",
"to",
"scrambled",
"controls",
",",
"whereas",
"either",
"miR-193b",
"or",
"miR-365",
"LoF",
"results",
"in",
"a",
"significant",
"decrease",
"in",
"neurite",
"branching",
"compared",
"to",
"scrambled",
"controls",
"(",
"Figures",
"4B",
"and",
"4C",
")",
"."
]
}
] |
PMC11720808 | To establish 143B osteosarcoma cells stably overexpressing TLR4 (TLR4 OE), pLVX-TLR4-FLAG plasmids, psPAX2 packing vector, and pCMV-VSV-G envelope vector were transfected into HEK293T cells to obtain supernatant containing lentivirus. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"I-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"To",
"establish",
"143B",
"osteosarcoma",
"cells",
"stably",
"overexpressing",
"TLR4",
"(",
"TLR4",
"OE",
")",
",",
"pLVX-TLR4-FLAG",
"plasmids",
",",
"psPAX2",
"packing",
"vector",
",",
"and",
"pCMV-VSV-G",
"envelope",
"vector",
"were",
"transfected",
"into",
"HEK293",
"T",
"cells",
"to",
"obtain",
"supernatant",
"containing",
"lentivirus",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Immunofluorescence experiments were performed to assess if SETD2 forced expression was able to restore DNA damage repair by using p-H2AX (S139), RAD51, MSH6 and THEX1 antibodies. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Immunofluorescence",
"experiments",
"were",
"performed",
"to",
"assess",
"if",
"SETD2",
"forced",
"expression",
"was",
"able",
"to",
"restore",
"DNA",
"damage",
"repair",
"by",
"using",
"p-H2AX",
"(",
"S139",
")",
",",
"RAD51",
",",
"MSH6",
"and",
"THEX1",
"antibodies",
"."
]
}
] |
PMC11783017 | XPS spectrum of Mn@Lipo-IL11. ( | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"XPS",
"spectrum",
"of",
"Mn@Lipo-IL11",
".",
"("
]
}
] |
PMC11506827 | no. 9542S), caspase-3 (cat. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"no.",
"9542S",
")",
",",
"caspase-3",
"(",
"cat",
"."
]
}
] |
PMC6182045 | Previous studies have indicated that binding of gp120s to different bNAbs varies considerably as a result of primary sequence, glycan occupancy, and higher order structure (26, 27). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Previous",
"studies",
"have",
"indicated",
"that",
"binding",
"of",
"gp120s",
"to",
"different",
"bNAbs",
"varies",
"considerably",
"as",
"a",
"result",
"of",
"primary",
"sequence",
",",
"glycan",
"occupancy",
",",
"and",
"higher",
"order",
"structure",
"(",
"26",
",",
"27",
")",
"."
]
}
] |
PMC11347429 | Blue: not significant genes with an adjusted p-value < 0.05. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Blue",
":",
"not",
"significant",
"genes",
"with",
"an",
"adjusted",
"p-value",
"<",
"0.05",
"."
]
}
] |
PMC11754094 | Read pairs in category (1) are considered wildtype. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Read",
"pairs",
"in",
"category",
"(",
"1",
")",
"are",
"considered",
"wildtype",
"."
]
}
] |
PMC8193046 | Finally, the 846 compounds were screened for the extended positive hits. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Finally",
",",
"the",
"846",
"compounds",
"were",
"screened",
"for",
"the",
"extended",
"positive",
"hits",
"."
]
}
] |
PMC11789597 | B and C) A heatmap showing the normalized mean expression of the indicated markers in 15 FlowSOM clusters of (B) MM1S or (C) RPMI 8226 cells. ( | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"I-CellLine",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"B",
"and",
"C",
")",
"A",
"heatmap",
"showing",
"the",
"normalized",
"mean",
"expression",
"of",
"the",
"indicated",
"markers",
"in",
"15",
"FlowSOM",
"clusters",
"of",
"(",
"B",
")",
"MM1S",
"or",
"(",
"C",
")",
"RPMI",
"8226",
"cells",
".",
"("
]
}
] |
PMC6835428 | IGROV1, characterized by few CNAs and many mutations not present in HGSOC, resembles the molecular features of the endometrioid carcinoma. | [
{
"tags": [
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"IGROV1",
",",
"characterized",
"by",
"few",
"CNAs",
"and",
"many",
"mutations",
"not",
"present",
"in",
"HGSOC",
",",
"resembles",
"the",
"molecular",
"features",
"of",
"the",
"endometrioid",
"carcinoma",
"."
]
}
] |
PMC7053076 | Amplification of cDNA was performed using Real-Time 2x-PCR SYBR Master Mix (A&A Biotechnology, Gdynia, Poland) and gene specific primers (RelA, RelB, NF-κB1, NF-κB2 and c-Rel) (Table 1) in Stratagene MX3005P QPCR System (Agilent Technologies, Inc. Santa Clara, CA, USA) according to the manufacturer’s protocol. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Amplification",
"of",
"cDNA",
"was",
"performed",
"using",
"Real-Time",
"2x-PCR",
"SYBR",
"Master",
"Mix",
"(",
"A&A",
"Biotechnology",
",",
"Gdynia",
",",
"Poland",
")",
"and",
"gene",
"specific",
"primers",
"(",
"RelA",
",",
"RelB",
",",
"NF-κB1",
",",
"NF-κB2",
"and",
"c-Rel",
")",
"(",
"Table",
"1",
")",
"in",
"Stratagene",
"MX3005P",
"QPCR",
"System",
"(",
"Agilent",
"Technologies",
",",
"Inc.",
"Santa",
"Clara",
",",
"CA",
",",
"USA",
")",
"according",
"to",
"the",
"manufacturer",
"’s",
"protocol",
"."
]
}
] |
PMC11665584 | R code that was used to process, analyze, and present scRNA-Seq and Xenium data was deposited to GitHub repository overmillera/pitx1-2024-jci-insight (https://github.com/overmillera/pitx1-2024-jci-insight; commit ID ab0222476d335ddc7099c1e7f964521e8b94ed46). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"R",
"code",
"that",
"was",
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"process",
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"analyze",
",",
"and",
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"scRNA-Seq",
"and",
"Xenium",
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"was",
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"overmillera/pitx1",
"-",
"2024-jci-insight",
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"-",
"2024-jci-insight",
";",
"commit",
"ID",
"ab0222476d335ddc7099c1e7f964521e8b94ed46",
")",
"."
]
}
] |
PMC11686380 | Error bars indicate SD from 10 to 15 neurons; *p < 0.05 and ****p < 0.0001 by one-way ANOVA and Dunnett’s post hoc test (vs. control). ( | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
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"*",
"*",
"*",
"*",
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"and",
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"vs.",
"control",
")",
".",
"("
]
}
] |
PMC11555465 | The optical density (OD) was measured at 450 nm using a microplate reader (Multiskan GO; Thermo Fisher Scientific, Inc.). | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O"
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"Scientific",
",",
"Inc.",
")",
"."
]
}
] |
PMC9111184 | These findings allow to suggest that herbal infusions containing these compounds might be used as cholesterol reducing agents and by the way avoiding the side effects of Ezetimibe. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
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"Ezetimibe",
"."
]
}
] |
PMC11583010 | Finally, this study illustrated that exatecan has a rather slow and long-lasting cytotoxic effect, as tumor regression was only observed later than 7 days after injection of ETx-22. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"ETx-22",
"."
]
}
] |
PMC11092382 | In addition, sophocarpine had no effect on the generation and trafficking of the hERG protein (Zhao et al., 2008). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"Zhao",
"et",
"al.",
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"2008",
")",
"."
]
}
] |
PMC11767817 | The experiments were performed as three independent experiments. | [
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"O"
],
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"experiments",
"."
]
}
] |
PMC8592717 | The antioxidant potential of PCA and PAL by increasing the activity of endogenous antioxidant enzymes glutathione peroxidase (GSH-PX) and superoxide dismutase (SOD) has been reported in recent studies. | [
{
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"O",
"O",
"O",
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"O",
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"(",
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")",
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"studies",
"."
]
}
] |
PMC7334607 | Of importance, a cell line with the same genotype may have varying fitnesses (EC50s) under the selection pressure of different drugs. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
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"(",
"EC50s",
")",
"under",
"the",
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"different",
"drugs",
"."
]
}
] |
PMC11803149 | On day 12 after the adoptive transfer of young or aged OT-I TCR-T cells into young recipient mice with B16-OVA tumors, we collected tumor-infiltrating lymphocytes and sorted OT-I TCR-T cells (CD3, CD8, ZombieNIR and GFP). | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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")",
"."
]
}
] |
PMC11001582 | Brains and spinal cords were embedded in optimal cutting temperature (OCT) compound (Tissue Tek, Sakura), and 10-μm sections were cut with a cryostat (CM1860 UV, Leica Microsystem). | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O"
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"(",
"Tissue",
"Tek",
",",
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")",
",",
"and",
"10-μm",
"sections",
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"cryostat",
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")",
"."
]
}
] |
PMC7504302 | These genes were previously reported to be overexpressed in MPM . | [
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"MPM",
"."
]
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] |
PMC10940855 | Femurs were then washed three times with PBS under agitation and then incubated in 10 mL of 0.5 mol/L EDTA solution (pH 7.4) for 24 hours under constant agitation at 4°C. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"under",
"constant",
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"C",
"."
]
}
] |
PMC9960565 | Pt-NMR (86 MHz, D2O) [ppm]: δ = −2120.93 (PtO2). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O"
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"D2O",
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"[",
"ppm",
"]",
":",
"δ",
"=",
"−2120.93",
"(",
"PtO2",
")",
"."
]
}
] |
PMC10812665 | As they were among the hits, they served as positive controls in the present mechanistic study. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
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"they",
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"hits",
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"they",
"served",
"as",
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"study",
"."
]
}
] |
PMC7612475 | Despite this, we observed that SF3B1 cells exhibited an inability to properly recruit Rad51 to sites of stalled/damaged replication forks. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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],
"tokens": [
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"exhibited",
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"to",
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"stalled/damaged",
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"forks",
"."
]
}
] |
PMC11345828 | Comparison of Cellular Activity and PK of 1,3,5-Trimethylpyrazole (18), 4,6-Dimethylpyrimidine (19), and 2,4,6-Trimethylpyrimidine (20) Compounds. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
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"O",
"O",
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],
"tokens": [
"Comparison",
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",",
"and",
"2,4,6-Trimethylpyrimidine",
"(",
"20",
")",
"Compounds",
"."
]
}
] |
PMC11787381 | Kolliphor P407 (POE101-POP56-POE101 triblock copolymer) and Kolliphor P188 (POE75-POP30-POE75 triblock copolymer) were gifts from BASF (Levallois-Perret, France). | [
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"O",
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"triblock",
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")",
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"gifts",
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"BASF",
"(",
"Levallois-Perret",
",",
"France",
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"."
]
}
] |
PMC11796104 | One study reported elevated levels of hsa-miR-93-5p in osteoporotic patients . | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"-",
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"osteoporotic",
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"."
]
}
] |
PMC11698348 | Furthermore, loss and gain of Elf5 functions result in depletion of trophoblast SCs, in vitro and in vivo . | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Furthermore",
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"of",
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"SCs",
",",
"in",
"vitro",
"and",
"in",
"vivo",
"."
]
}
] |
PMC3888431 | The de novo assemblies were screened for all possible open reading frames (ORF) ≥200 nt. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"screened",
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"≥200",
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"."
]
}
] |
PMC10669128 | Therefore, in vivo models can compensate for in vitro weaknesses. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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",",
"in",
"vivo",
"models",
"can",
"compensate",
"for",
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"vitro",
"weaknesses",
"."
]
}
] |
PMC11790971 | For each cross-validation fold, balanced accuracies were calculated on test set cells from monoclonal wells, while impurity scores were calculated on test set cells from all wells. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"For",
"each",
"cross-validation",
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"balanced",
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"calculated",
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"were",
"calculated",
"on",
"test",
"set",
"cells",
"from",
"all",
"wells",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Evaluating the elderly must be using objective tools to distinguish the category of patients unfit for an intensive treatment. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"distinguish",
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"category",
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"patients",
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"intensive",
"treatment",
"."
]
}
] |
PMC11697703 | G, and K) Coronal sections of P14 brain electroporated at E15 with miR-193b (red) and miR-365 (green) in (G), and with miR-Scrambled control constructs (green) in (K), immunolabeled for MAPK8 (magenta). ( | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O"
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"tokens": [
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",",
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"K",
")",
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"and",
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"in",
"(",
"G",
")",
",",
"and",
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"miR-Scrambled",
"control",
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"(",
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")",
".",
"("
]
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] |
PMC10873328 | The univariate Cox regression analysis of 6 hypoxia-related genes. ( | [
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"O",
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"("
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] |
PMC9429973 | We identified the most prominent NFAT member and assessed its activation under BTZ treatment. | [
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"."
]
}
] |
PMC7053076 | Data are expressed as mean ± SEM Statistical significance was assessed by test t. *p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001 Real-time PCR analysis of c-Rel, RelA, RelB, NF-κB1 (p100/p50), and NF-κB2 (p100/p52) mRNA levels in HL-60 cells treated with U-332 (a) and BGD (b). | [
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"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"*",
"*",
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"b",
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"."
]
}
] |
PMC11680049 | However, for cultures grown in light, the reaction to polyphenols was widespread and exhibited greater intensity, particularly regarding flavonoid compounds (Figure 8b–d). | [
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")",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | CHIP is associated with accelerated epigenetic age (Robertson et al. Curr Biol 29, R786–R787, 2019; Nachun et al., Aging Cell, 20, e13366, 2021) and especially with intrinsic measures of epigenetic age, i.e. measures which reflect cell-type independent effects of aging on DNA methylation, as opposed to extrinsic measures that reflect age-related changes to the immune-cell composition of the peripheral blood. | [
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
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"."
]
}
] |
PMC11585587 | MM.1 S, MM.1R and RPMI 8226 cells in the logarithmic growth phase were inoculated into 96-well cell culture plates at the same density. | [
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"B-CellLine",
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"."
]
}
] |
PMC10237474 | Analytical SEC was performed using HPLC (Agilent 1200 series) on a Yarra 3 μm SEC-2000 LC 300x4.6 mm column (cat no. 00H-4512-E0, Phenomenex) with a flow rate of 0.35 mL/min and a run-time of 15 min in 50 mM Tris, 0.5 M arginine, 0.05% sodium azide, pH 7.0. | [
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"."
]
}
] |
PMC10890307 | Although it is often assumed that tumor clones show a similar growth rate with little variations in nutrient consumption, the present study shows how growth-specific rate (µ), the specific rates of glucose, lactate, and glutamine consumption (qS), and the specific rates of lactate and glutamate production (qP) of 2D-cultured lung tumor cells are affected by changes in their environment. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"."
]
}
] |
PMC9848491 | The patients in the whole dataset were calculated based on the formula for each patient’s risk score, and the patients were divided into high-risk group and low-risk group by referring to the median risk score. | [
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"O",
"O",
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] |
PMC11126803 | The latest research also found that certain LncRNA may have important roles in the drug resistance of RCC (34). | [
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"."
]
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] |
PMC10898159 | So deeply exploring the key gene expression and regulation process of ICC lineage-specific differentiation or the compelling molecules impact its physical function such as gut motility, may offer the possibility of novel promising targets. | [
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]
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PMC11697189 | Immune cells are one of the main components of tumor microenvironment. | [
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}
] |
PMC11502443 | This is consistent with lower accumulation of IP1 and phosphorylation of AKT, ERK1/2, and to a lesser extent, CREB. | [
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]
}
] |
PMC11317131 | Successful events require precise and directional recombination to generate the attL site. | [
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]
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] |
PMC9429973 | CDK6 acts in a kinase-dependent and kinase-independent way to regulate haematopoiesis. | [
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"O",
"O",
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"."
]
}
] |
PMC11092382 | Furthermore, they identified that sophocarpine mitigated DSS-induced colitis inflammation and intestinal fibrosis by modulating the SIRT 1/NF-κB p65 signaling pathway, reversing the senescence-associated secretory phenotype (SASP) and fibroblast-into-myofibroblast transition (FMT) of fibroblasts, as well as maintaining intestinal mucosal homeostasis (Jiang et al., 2024). | [
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"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
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"O",
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"as",
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"intestinal",
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"(",
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",",
"2024",
")",
"."
]
}
] |
PMC11621493 | Lipids were emulsified in 100 mM potassium phosphate buffer (pH 7.4) supplemented with 5% BSA (FA free). | [
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"O",
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"O",
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"O",
"O"
],
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"."
]
}
] |
PMC11568601 | Wight et Arn., | [
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","
]
}
] |
PMC6835428 | The effects of DFP-10825 alone or in combination with PTX were tested in a xenograft orthotopic model of OC generated by SKOV3-luc implantation in the peritoneum. | [
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"."
]
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] |
PMC9429973 | T. A. Eyre, L. Hess, T. Sugihara, R. A. Walgren, P. B. Abada, H. Konig, J. Pagel, L. E. Roeker, A. Mato Oxford University Hospitals, NHS Foundation Trust, Oxford, United Kingdom; Eli Lilly and Company, Indianapolis; Syneos Health, Austin; Loxo Oncology, Stamford; Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, United States of America Background: Covalent Bruton tyrosine kinase inhibitors (cBTKi) and B-cell lymphoma 2 inhibitors (BCL2i) have improved the outcomes for patients with CLL/SLL. | [
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PMC11547972 | Potent synergism between amygdalin and triple drug combinations has also been reported . | [
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PMC11534035 | Treatment with 1 μM and 2.5 μM of G36 showed a slight but non-significant increase in the average number of tumor spheres. | [
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PMC10818062 | Last but not least, PE was also affected by PS inhibition. | [
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PMC11718274 | Briefly, a 100 µL normal HSF and cancerous A-431 cells (100 ) cell suspension were separately cultured in 96-well plates and incubated for 24 h in complete media. | [
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PMC10978090 | 17 Here, we report two patients on ECMO with acute HIT who beneficiated from TPE before thoracic surgery. | [
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PMC10376064 | APPPS1-21 mice have a combined APP (Swedish mutations) and PS1 (L166P mutation) transgene under the control of the Thy1-promoter, leading primarily to pathological Aβ production in the fronto-cortical neurons and the first cortical Aβ plaques at 45–50 days of age, which also occurs much later in other brain regions, but to a significantly lesser extent (e.g., hippocampus) . | [
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PMC10560648 | The relative quantification of gene expression were calculated using 2 method. | [
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PMC9812014 | MLVs are Gammaretroviruses that cause malignancy in their murine (mouse) hosts. | [
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PMC8348645 | In linear mobile phase, 50% of acetonitrile and 50% of HPLC grade water was used. | [
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PMC10530622 | Lithiasis has been related with the gut microbiota, mainly due to calcium and oxalate metabolisms. | [
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Subsets and Splits
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