OTAR3088/Variant_AllLabel_Large · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 1 2.94k	tags listlengths 1 2.94k
[ " ", "66", "]", "\n", "(", "6", ")", "Regional", "environment-genotype", "interactions", ":", "examine", "how", "geographically", "patterned", "environmental", "determinants", "(", "e.g.", ",", "air", "quality", ",", "locally", "prevalent", "pathogens", ")", "in...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Differences", "in", " ", "CFTR", " ", "mutation", "frequencies", "may", "be", "shaped", "by", "multiple", "evolutionary", "forces", ",", "including", "genetic", "drift", ",", "migration", "history", ",", "and", "natural", "selection", "\n", "Regional", "variati...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "thereby", "contributing", "to", "disparities", "in", " ", "CFTR", " ", "mutation", "frequencies", "and", "disease", "incidence", "across", "populations", "\n", "CF", "in", "China", "is", "not", "“", "exceedingly", "rare", "”", "but", "rather", "“", "su...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Epidemiological", "estimates", "indicate", "that", "although", "incidence", "is", "lower", "than", "in", "European-ancestry", "populations", ",", "it", "is", "meaningfully", "higher", "than", "suggested", "by", "current", "clinical", "reporting", "[", "7", "]", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "and", "restricted", "access", "to", "genetic", "testing", "[", "6", ",", "8", ",", "9", ",", "10", ",", "11", "]", "\n", "The", "mutation", "spectrum", "of", "CF", "in", "China", "is", "highly", "distinctive", ";" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "p.", "Gly970Asp", ",", "p.", "Ile1023Arg", ",", "p.", "Arg553Ter", ",", "and", "others", "show", "significant", "enrichment", "in", "the", "Chinese", "population", "[", "7", ",", "9", ",", "11", ",", "14", ",", "15", ",", "16", ",", "18", ",", ...	[ "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ " ", "CF-associated", "liver", "disease", ",", "and", "recurrent", "pancreatitis", "[", "6", ",", "8", ",", "9", ",", "10", ",", "11", ",", "12", ",", "15", ",", "29", ",", "38", ",", "50", "]", "\n", "These", "patterns", "support", "a", "shift", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "33", ",", "37", "]", "\n", "This", "not", "only", "explains", "the", "multi-organ", "involvement", "in", "CF", "patients", "but", "also", "provides", "a", "theoretical", "foundation", "for", "cross-disease", "targeted", "therapies", "\n", "Precision", "m...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "precision", "medicine", "does", "not", "resolve", "all", "scientific", "questions", "surrounding", "CF", "and", "faces", "multiple", "challenges", ":", "First", ",", "significant", "therapeutic", "heterogeneity", "persists", "\n", "Second", ",", "a", "subset...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "21", "]", "\n", "Third", ",", "nonlinear", "interactions", "exist", "between", "the", "inflammatory", "microenvironment", "and", "drug", "responses", "\n", "Fourth", ",", "while", "nucleic", "acid", "and", "gene", "therapies", "hold", "great", "promise", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "uneven", "clinical", "infrastructure", ",", "and", "insufficient", "capacity", "for", "long-term", "follow-up", "\n", "In", "recent", "years", ",", "China", "has", "taken", "proactive", "steps", "to", "strengthen", "rare-disease", "diagnosis", "and", "treatm...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "and", "gene-therapy", "clinical", "trials", "may", "enable", "China", "to", "shift", "from", "a", "peripheral", "participant", "to", "a", "substantive", "contributor", "to", "global", "CF", "research", ",", "leveraging", "its", "large", "population", "and"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "or", "male", "infertility", "due", "to", "CBAVD", "should", "raise", "suspicion", "for", " ", "CFTR", "-related", "disorders", "and", "prompt", "timely", "genetic", "testing", "\n", "Because", " ", "CFTR", " ", "variants", "differ", "markedly", "in", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "and", "genome", "editing-are", "likely", "to", "first", "benefit", "patients", "with", "non-p", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Phe508del", "variants", "for", "whom", "no", "approved", "targeted", "therapies", "exist", "\n", "This", "unmet", "need", "represents", "both", "a", "major", "scientific", "challenge", "and", "a", "significant", "opportunity", "for", "innovation", "\n", "CF", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "the", "next", "phase", "’s", "directions", "can", "be", "summarized", "as", "follows", ":", "utilizing", "whole-genome", "sequencing", "to", "guide", "patients", "into", "treatable", "pathways", ";", "expanding", "variant", "coverage", "and", "elevate", "e...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "advancing", "mutation-agnostic", "therapies", "like", "inhaled", "mRNA", "while", "resolving", "engineering", "bottlenecks", ";" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "and", "enabling", "computable", "drug", "iteration", "through", "structure-guided", "design", "\n", "For", "China", "and", "other", "regions", "with", "highly", "dispersed", "mutation", "spectra", ",", "establishing", "local", "data", "and", "functional", "p...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "and", "strengthen", "the", "introduction", "and", "reimbursement", "support", "for", "rare-disease", "medicines", "\n", "These", "efforts", "would", "improve", "access", "in", "China", "to", "innovative", "therapies", "such", "as", "CFTR", "modulators", "and...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "High-purity", "DNA", "was", "extracted", "from", "peripheral", "blood", "or", "from", "participant-derived", "fibroblasts", "using", "the", "MagNA", "Pure", "Compact", "System", "and", "either", "the", "MagNA", "Pure", "Compact", "Nucleic", "Acid", "Isolation", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "and", "were", "sequenced", "in", "a", "MinION", "or", "PromethION", "P2", "device", "(", "ONT", ")", "using", "R9.4.1", "for", "P1", ",", "P2", ",", "P3", ",", "P4", "and", "P6", "and", "R10.4.1", "for", "P5", "and", "P7", "\n", "For", "seque...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "which", "is", "integrated", "within", "the", "MinKNOW", "software", "[", "21", "]", "using", "FAST", "basecaller", "for", "P1", ",", "P2", ",", "P3", ",", "P4", "and", "P6", "and", "HAC", "for", "P5", "and", "P7", ";", "ii", ")", "alignment", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Refgenome", "O", "O", "O", ...
[ " ", "iii", ")", "variants", "calling", "with", "Sniffles2", "[", "23", "]", "software", "for", "SVs", ",", "iv", ")", "Clair3", "was", "used", "for", "SNV", "calling", "and", "phasing", "of", "alignments", "[", "24", "]", ",", "v", ")", "annotation", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "Integrated", "Genome", "Viewer", "(", "IGV", ")", "was", "used", "[", "25", "]", "\n", "The", "data", "quality", "was", "assessed", "using", "MinION", "QC", "and", "QualiMap", "tools", "\n", "Methylation", "calls", "were", "only", "obtained", "for", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "promoter", "sequence", ",", "including", "the", "potential", "TSS", "of", " ", "ACADM", ",", "was", "identified", "using", "the", "Eukaryotic", "Promoter", "Database", "(", "EPD", ")", "(", "https://epd.epfl.ch//index.php", ")", "and", "the", "ENCODE", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "this", "study", ",", "we", "included", "seven", "participants", "(", "P", ")", "(", "Table", " ", "1", ")", "presenting", "clinical", "and/or", "biochemical", "suspicion", "of", "an", "IMD", "\n", "The", "possible", "diagnoses", "were", "a", "combi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "MIM#606777", ")", ",", "alpha-methylacetoacetic", "aciduria", "(", "MIM#203750", ")", ",", "or", "medium-chain", "Acyl-CoA", "dehydrogenase", "deficiency", "(", "MIM#201450", ")", "\n", "All", "these", "diseases", "are", "associated", "with", "an", "autosoma...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "biochemical", "suspicion", "and", "the", "age", "at", "diagnosis", "\n", "Participant", "Biochemical", "analysis", "Clinical", "data", "Biochemical", "suspicion", "Age", "at", "biochemical", "diagnosis", "Age", "at", "genetic", "diagnosis", "P1", "Citric", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "HP:0002902", "Global", "developmental", "delay", "HP:0001263", "Generalized", "hypotonia", "HP:0001290", "Seizures", "HP:0001250", "Abnormality", "of", "extrapyramidal", "motor", "function", "HP:0002071", "EEG", "with", "abnormally", "slow", "frequencies", "HP:0011203", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "13", "years", "P3", "Hexacosanoic", "acid", "(", "C26:0", "):", "5.640", " ", "µmol/L", "C24/C22", "ratio", ":", "1.274", "C26/C22", "ratio", ":", "0.297", "Global", "developmental", "delay", "HP:0001263", "Hypotonia", "HP:0001252", "Elevated", "circulating", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "concentration", "HP:0033643", "Peroxisome", "biogenesis", "disorder", "6", "months", "3", "years", "P4", "Cerebrospinal", "fluid", "glucose", ":", "45", " ", "mg/dL", "Cerebrospinal", "fluid", "to", "serum", "blood", "glucose", "ratio", ":", "0.53", "Cerebrospina...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "flapping", "HP:0100023", "Hypoglycorrhachia", "HP:0011972", "Glucose", "transporter", "1", "deficiency", "syndrome", "2", "years", "12", "years", "P5", "Fasting", "hypoglycemia", "(", "HP:0003162", ")", "with", "ketonuria", "(", "HP:0002919", ")", "Serine", ":", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Ketonuria", "HP:0002919", "Elevated", "circulating", "hepatic", "transaminase", "concentration", "HP:0002910", "Elevated", "circulating", "creatine", "kinase", "concentration", "HP:0003236", "Ventricular", "septal", "hypertrophy", "HP:0005144", "Glycogen", "storage", "diseas...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "creat", "\n", "Adipic", "acid", ":", "110", " ", "mmol/mol", "creat", "\n", "2-OH-adipic", "acid", ":", "25", " ", "mmol/mol", "creat", "\n", "Detection", "of", "2-Me-acetoacetic", "acid", "and", "3-oxovaleric", "acid", "Reduced", "ACAT1", "enzymatic", "activ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "span", "HP:0000736", "Microcephaly", "HP:0000252", "Abnormal", "cerebral", "white", "matter", "morphology", "HP:0002500", "Periventricular", "white", "matter", "hyperintensities", "HP:0030891", "Exercise", "intolerance", "HP:0003546", "Elevated", "circulating", "medium-chain...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "fumaric", "acid", "(", "<", "10", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "2-Oxoglutaric", "acid", "(", "<", "150", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "blood", "pyruvate", "(", "0.08", " ", "±", " ", "0.03", " ", "mM", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "cerebrospinal", "fluid", "pyruvate", "(", "0.077", " ", "±", " ", "0.029", " ", "mM", ")", ",", "blood", "lactate", "(", "1.08", " ", "±", " ", "0.5", " ", "mM", ")", ",", "cerebrospinal", "fluid", "lactate", "(", "1.63", " ", "±", " ", "0.39...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "glycine", "(", "200.2", " ", "±", " ", "71.5", " ", "µmol/L", ")", ",", "alanine", "(", "262.3", " ", "±", " ", "98.5", " ", "µmol/L", ")", ",", "blood", "methionine", "(", "18.9", " ", "±", " ", "6.3", " ", "µmol/L", ")", ",", "urine", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "isoleucine", "(", "5.4", " ", "±", " ", "3.5", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ornithine", "(", "6.2", " ", "±", " ", "5.4", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lactic", "acid", "(", "1", "-", "113", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "hexanoyl", "glycine", "(", "not", "detectable", ")", ",", "3-OH-butyric", "acid", "(", "0", "-", "17", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "acetoacetic", "acid", "(", "0", "-", "7", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "2-OH-butyric", "acid", "(", "0", "-", "4", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "2-Me-3-OH-butyric", "acid", "(", "1", "-", "29", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "3-OH-isovaleric", "acid", "(", "3", "-", "40", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ethylmalonic", "acid", "(", "0", "-", "18", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "adipic", "acid", "(", "1", "-", "47", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "2-OH-adipic", "acid", "(", "not", "detectable", ")", ",", "2-Me-acetoacetic", "acid", "(", "not", "detectable", ")", ",", "3-oxovaleric", "acid", "(", "not", "detectable", ")", ",", "C6", "hexanoyl", "carnitine", "(", "0.00", "-", "0.13", " ", "µmol/L", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "ES", "analysis", "identified", "a", "heterozygote", "pathogenic", "variant", "in", "six", "participants", "(", "five", "exonic", "and", "one", "intronic", ")", ",", "which", "are", "associated", "with", "an", "autosomal", "recessive", "inheritance", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "all", "cases", "remained", "unsolved", "\n", "Table", "2", "Participants", "(", "P", ")", "analyzed", "in", "this", "study", "with", "the", "results", "from", "exome", "sequencing", "(", "ES", ")", ",", "RNA", "analysis", ",", "targeted", "long-read"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "p.(Pro361Leu", ")", "r.49_904del", "c.905", "-", "5741_1065", "+", "1116dup", "Exon", "5", "duplication", "in", "cDNA", ":", "r.(905_1065dup", ")", "P2", "GYS2", "c.1436C", ">", "A", "p.(Pro479Gln", ")", "r.1230_1308del", "c.1300_1301ins", "[", "PP887427.1...	[ "O", "B-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "B-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSV...
[ "r.4260_4347del", "4", "%", " ", "AGL", " ", "expression", "c.3259", "+", "927A", ">", "G", "Pseudoexon" ]	[ "B-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O" ]
[ "insertion", ":", "r.3259_3260ins[3259", " ", "+", " ", "818_3259", " ", "+", " ", "922", "]", "P6", "ACAT1", "c.841G", ">", "A", "p.(Ala281Thr", ")", "ASE", "c.941", "-", "60T", ">", "C", "Skipping", "of", "exon", "10", ":", "r.941_1005del", "P7", "AC...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "B-HGVSVar", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "O", "O", "B-HG...
[ " ", "AGL", " ", "NC_000001.11", "(", "NM_000642.3", ")", ",", " ", "ACAT1", " ", "NC_000011.10", "(", "NM_000019.4", ")", ",", " ", "ACADM", " ", "NC_000001.11", "(", "NM_000016.5", ")", "\n", "a", "Effect", "detected", "in", "this", "work", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "an", "attempt", "to", "identify", "the", "cause", "of", "the", "disease", "in", "the", "seven", "cases", ",", "we", "conducted", "RNA", "studies", "in", "participant-derived", "fibroblasts", "to", "evaluate", "the", "effect", "of", "possible", "variants...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "observed", "transcriptional", "defects", "prompted", "us", "to", "search", "for", "non-coding", "variants", "by", "LRS", "targeted", "to", "cover", "up", "to", "3", " ", "Mb", "of", "the", "genes", "of", "interest", ",", "thus", "encompassing", "the"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "addition", "to", "the", "RNA", "analysis", ",", "we", "assessed", "the", "effect", "of", "the", "SNVs", "detected", "in", " ", "AGL", ",", "ACAT1", ",", "and", " ", "ACADM", ",", "as", "well", "as", "the", "SV", "identified", "in", " ", "SLC2A...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "a", "transcriptional", "profile", "analysis", "was", "conducted", "\n", "The", "results", "suggest", "that", "the", "variant", " ", "NC_000001.11", "(", "NM_000642.3", "):", "c.3259", "+", "927A", ">", "G", "results", "in", "a", "105", " ", "bp", "PE...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ " ", "it", "generates", "a", "premature", "stop", "codon", "that", "presumably", "activates", "NMD", "\n", "A", "minigene", "analysis", "was", "done", "for", "the", "intronic", "variant", "detected", "in", " ", "ACAT1", " ", "in", "P6", "\n", "The", "resul...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar",...
[ " ", "the", "luciferase", "reporter", "assay", "showed", "slightly", "reduced", "transcriptional", "activity", "of", "this", "allele", "(", "data", "not", "shown", ")", "\n", "However", ",", "these", "results", "do", "not", "fully", "justify", "the", "reduced"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "30", "]", "\n", "The", " ", "SLC2A1", " ", "region", "is", "organized", "in", "a", "TAD", "delimited", "by", "a", "single", "CTCF", "binding", "site", "(", "CBS", ")", "in", "a", "reverse", "orientation", "in", "its", "3", "’", "side", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "yellow", "arrows", ")", "\n", "Analysis", "of", " ", "SLC2A1", " ", "promoter", "interactions", "by", "4Cseq", "in", "healthy", "individuals", "’", "fibroblasts", "(", "controls", ")", ",", "confirmed", "that", " ", "SLC2A1", " ", "contacts", "are", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "the", " ", "SLC2A1", " ", "promoter", "also", "strongly", "contacts", "a", "region", "80", " ", "kb", "upstream", "(", "hereafter", "referred", "to", "as", "5", "’", "distal", "region", ")", "and", "near", "the", "CBS", "of", "the", "TAD", "borde...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "Supplementary", "Fig.", " ", "2A", ",", "B", ")", ",", "a", "modification", "associated", "with", "active", "CRE", "[", "33", "]", "\n", "Fig", "\n", "3", "3D", "organization", "of", "the", " ", "SLC2A1", " ", "genomic", "region", "and", "confor...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "B", " ", "Micro-HiC", "heatmap", "in", "HFFc6", "(", "A", ")", "and", "chromatin", "immunoprecipitation", "coupled", "to", "sequencing", "(", "ChIPseq", ")", "profile", "for", "CTCF", "in", "NHLF", "cells", "from", "ENCODE", "(", "B", ")", "\n", "C...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "detected", "in", "P4", "(", "L", ")", "is", "marked", "by", "a", "yellow", "box", "and", "dashed", "line", "\n ", "C", ",", "E", " ", "Mean", "4Cseq", "normalized", "profiles", "of", " ", "SLC2A1", " ", "promoter", "(", "C", ",", "upper", "graphs", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "upper", "graphs", ")", "viewpoints", "obtained", "from", "control", "and", "P4", "fibroblasts", "\n", "Each", "VP", "and", "the", "corresponding", "excluded", "region", "are", "marked", "by", "a", "red", "asterisk", "\n", "The", "profiles", "include", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "region", "are", "depicted", "by", "green", "rectangles", "\n", "In", "P4", "fibroblasts", ",", "the", " ", "SLC2A1", " ", "promoter", "contacts", "with", "its", "5", "’", "distal", "region", "were", "strongly", "reduced", "compared", "to", "controls", "(", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "Supplementary", "Fig.", " ", "2A", ",", "B", ",", "D", ")", "\n", "Conversely", ",", "proximal", " ", "locus", " ", "interactions", "tended", "to", "increase", "(", "although", "not", "statistically", "significantly", ")", ",", "suggesting", "a", "m...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "Supplementary", "Fig.", " ", "2C", ",", "E", ")", ",", "while", "its", "interactions", "were", "significantly", "reduced", "in", "those", "of", "P4", "(", "Supplementary", "Fig.", " ", "2C", ",", "E", ")", "\n", "Interestingly", ",", "the", " ", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "Supplementary", "Fig.", " ", "2C", ",", "E", ")", "\n", "Of", "note", ",", "this", "tendency", "was", "observed", "in", "the", "comparison", "of", "P4", "sample", "with", "that", "of", "either", "control", ",", "but", "it", "reached", "statistical...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "supporting", "the", "specificity", "of", "the", "observed", "differences", "\n", "Thus", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "our", "data", "suggest", "that", "the", "region", "located", "80", " ", "kb", "upstream", "of", "the", " ", "SLC2A1", " ", "TSS", "contains", "a", "CRE", "cluster", "likely", "regulating", " ", "SLC2A1", " ", "expression", "and", "that", "the", "LI...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "the", " ", "SLC2A1", " ", "promoter", "contacts", "a", " ", "cis-regulatory", " ", "element", "(", "CRE", ")", "cluster", "located", "80", " ", "kb", "upstream", ",", "likely", "via", "the", "looping", "of", "the", "CTCF", "binding", "site", "(", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "as", "well", "as", "proximal", "and", "distal", "enhancers", "(", "green", "circles", ";" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "for", "simplicity", ",", "CRE", "located", "within", "the", " ", "SLC2A1", " ", "locus", "itself", "are", "not", "depicted", ")", ",", "promoting", "or", "sustaining", "high", " ", "SLC2A1", " ", "transcription", "\n", "Instead", ",", "in", "P4", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "weakening", " ", "SLC2A1", " ", "transcription", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Advances", "in", "sequencing", "technologies", "have", "led", "to", "the", "genetic", "diagnosis", "of", "many", "persons", "suspected", "to", "have", "a", "genetic", "disease", "\n", "Nevertheless", ",", "diagnostic", "yield", "remains", "lower", "than", "expe...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "SRNS", "onset", "ranged", "from", "infancy", "to", "adulthood", "(", "0", "-", "30", "years", ",", " ", "Figure", "2", "a", ")", "\n", "In", "25", "%", "of", "individuals", ",", "SRNS", "onset", "occurred", "before", "or", "at", "1", "year", "of", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Kaplan-Meier", "analysis", "of", "SRNS-free", "survival", "in", "individuals", "with", "homozygous", " ", "NPHS2", " ", "missense", "variants", "detected", "in", "≥", "4", "individuals", "in", "our", "SRNS", "cohort", "reproduced", "the", "previously", "reported"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "Compound", "heterozygous", "variants", "that", "include", "p.", "R229Q", "were", "detected", "in", "31", "of", "208", "(", "15", "%", ")", "individuals", "with", "SRNS", ",", "with", "12", "distinct", "transconfigured", "pathogenic", "alleles", "(", "Figure",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-H...
[ " ", "in", "a", "nonallele-specific", "manner", "\n", "The", "SRNS-free", "kidney", "survival", "in", "individuals", "with", "pathogenic", "alleles", "transconfigured", "to", "p.", "R229Q", "(", "n", " ", "=", "31", ")", "was", "significantly", "longer", "than...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "p.", "R229Q", "(", "n", " ", "=", "31", ")", "\n", "Different", "colors", "represent", "different", "alleles", "\n", "Dashed", "line", "separates", "SRNS", "onset", "before", "and", "after", "6", "years", "of", "age", "\n", "Amino", "acid", "residues", ...	[ "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ " ", "(", "ii", ")", "pLoF", "variants", "(", "n", " ", "=", "18", ")", ",", "(", "iii", ")", "p.", "V290", "M", "(", "n", " ", "=", "6", ")", ",", "and", "(", "iv", ")", "other", "missense", "variants", "(", "n", " ", "=", "7", ")", "\n"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ " ", "and", "late", "SRNS", "onset", "and", "stacked", "frequency", "distributions", "depict", "whether", "p.", "R138Q", "was", "transconfigured", "to", "pLoF", "or", "missense", "variants", "\n", "(", "d", ")", "Scatter", "plot", "correlating", "SRNS", "onset...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGV...
[ " ", "evolutionary", "model", "of", "variant", "effect", ";", "ROC", ",", "receiver", "operating", "characteristic", ";", "REVEL", ",", "rare", "exome", "variant", "ensemble", "learner", ";", "SRNS", ",", "Steroid-resistant", "nephrotic", "syndrome", ";" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "AUC", ",", "area", "under", "the", "curve", "\n", "In", "31", "of", "208", "(", "15", "%", ")", "individuals", "with", "SRNS", "because", "of", "biallelic", " ", "NPHS2", " ", "variants", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ " ", "17", "different", "pathogenic", "alleles", "transconfigured", "to", "p.", "R138Q", "were", "detected", "(", "Figure", "4", "c", ")", "\n", "SRNS", "onset", "in", "this", "subcohort", "ranged", "from", "0", "to", "27", "years", "\n", "Kaplan-Meier", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "SRNS", "onset", "(", ">", "6", "years", ")", "had", "a", "missense", "allele", "transconfigured", "to", "p.", "R138Q", ",", "and", "in", "all", "cases", ",", "it", "was", "one", "of", "the", "known", "late-onset", "alleles", "p.", "V180", "M", "or", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", ...
[ "We", "hypothesized", "that", "multimeric", "AlphaFold", "prediction", "could", "model", "higher-order", "podocin", "assemblies", "that", "resemble", "the", "recently", "published", "experimentally", "solved", "cone-like", "structures", "of", "its", "paralogous", "prote...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "this", "study", ",", "we", "analyzed", "the", "genotype-phenotype", "correlations", "in", "208", "individuals", "with", " ", "NPHS2", "-related", "SRNS", "and", "propose", "a", "novel", "general", "assembly", "architecture", "of", "the", "podocin", "oligo...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "and", "(", "iii", ")", "integrating", "structural", "insights", "from", "the", "recently", "solved", "podocin", "paralogs", "stomatin", ",", "flotillin", ",", "and", "bacterial", "SPFH", "proteins", "HflK", "and", "HflC", "\n", "4", ",", " ", "5", ",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ " ", "as", "well", "as", "a", "wide", "range", "of", "SRNS", "onset", "(", "Figure", "2", "a-c", ")", "\n", "The", "most", "common", "configurations", "are", "homozygous", "p.", "R138Q", "and", "compound", "heterozygous", "variants", "involving", "either", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O...
[ " ", "a", "platform", "for", "rapid", "screening", "of", "small", "molecules", "that", "correct", "trafficking", "defects", "or", "promote", "podocin", "oligomerization", "could", "offer", "therapeutic", "potential", "\n", "Such", "approaches", "have", "already", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ " ", "most", "of", "which", "involved", "the", "major", "missense", "variant", "p.", "R138Q", "or", "the", "common", "variant", "p.", "R229Q", "\n", "Although-as", "expected-individuals", "with", "compound", "heterozygous", "p.", "R229Q", "variants", "had", "sig...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "...
[ " ", "and", "p.", "V290", "M", "correlated", "with", "later", "disease", "onset", "(", "Figure", "4", "b-d", ")", ",", "thereby", "confirming", "these", "as", "late-onset", "alleles", "\n", "Interestingly", ",", "however", ",", "for", "homozygous", "allele",...	[ "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-...
[ " ", "Figure", "3", "a", ",", " ", "Supplementary", "Table", "S1", ")", "\n", "These", "findings", "further", "suggest", "that", "in", " ", "NPHS2", "-related", "nephropathy", ",", "less", "pathogenic", "or", "hypomorphic", "alleles", "modulate", "disease", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "66", "]", "\n", "(", "6", ")", "Regional", "environment-genotype", "interactions", ":", "examine", "how", "geographically", "patterned", "environmental", "determinants", "(", "e.g.", ",", "air", "quality", ",", "locally", "prevalent", "pathogens", ")", "in...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Differences", "in", " ", "CFTR", " ", "mutation", "frequencies", "may", "be", "shaped", "by", "multiple", "evolutionary", "forces", ",", "including", "genetic", "drift", ",", "migration", "history", ",", "and", "natural", "selection", "\n", "Regional", "variati...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "thereby", "contributing", "to", "disparities", "in", " ", "CFTR", " ", "mutation", "frequencies", "and", "disease", "incidence", "across", "populations", "\n", "CF", "in", "China", "is", "not", "“", "exceedingly", "rare", "”", "but", "rather", "“", "su...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Epidemiological", "estimates", "indicate", "that", "although", "incidence", "is", "lower", "than", "in", "European-ancestry", "populations", ",", "it", "is", "meaningfully", "higher", "than", "suggested", "by", "current", "clinical", "reporting", "[", "7", "]", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "and", "restricted", "access", "to", "genetic", "testing", "[", "6", ",", "8", ",", "9", ",", "10", ",", "11", "]", "\n", "The", "mutation", "spectrum", "of", "CF", "in", "China", "is", "highly", "distinctive", ";" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "p.", "Gly970Asp", ",", "p.", "Ile1023Arg", ",", "p.", "Arg553Ter", ",", "and", "others", "show", "significant", "enrichment", "in", "the", "Chinese", "population", "[", "7", ",", "9", ",", "11", ",", "14", ",", "15", ",", "16", ",", "18", ",", ...

[ "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ " ", "CF-associated", "liver", "disease", ",", "and", "recurrent", "pancreatitis", "[", "6", ",", "8", ",", "9", ",", "10", ",", "11", ",", "12", ",", "15", ",", "29", ",", "38", ",", "50", "]", "\n", "These", "patterns", "support", "a", "shift", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "33", ",", "37", "]", "\n", "This", "not", "only", "explains", "the", "multi-organ", "involvement", "in", "CF", "patients", "but", "also", "provides", "a", "theoretical", "foundation", "for", "cross-disease", "targeted", "therapies", "\n", "Precision", "m...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "precision", "medicine", "does", "not", "resolve", "all", "scientific", "questions", "surrounding", "CF", "and", "faces", "multiple", "challenges", ":", "First", ",", "significant", "therapeutic", "heterogeneity", "persists", "\n", "Second", ",", "a", "subset...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "21", "]", "\n", "Third", ",", "nonlinear", "interactions", "exist", "between", "the", "inflammatory", "microenvironment", "and", "drug", "responses", "\n", "Fourth", ",", "while", "nucleic", "acid", "and", "gene", "therapies", "hold", "great", "promise", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "uneven", "clinical", "infrastructure", ",", "and", "insufficient", "capacity", "for", "long-term", "follow-up", "\n", "In", "recent", "years", ",", "China", "has", "taken", "proactive", "steps", "to", "strengthen", "rare-disease", "diagnosis", "and", "treatm...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "and", "gene-therapy", "clinical", "trials", "may", "enable", "China", "to", "shift", "from", "a", "peripheral", "participant", "to", "a", "substantive", "contributor", "to", "global", "CF", "research", ",", "leveraging", "its", "large", "population", "and"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "or", "male", "infertility", "due", "to", "CBAVD", "should", "raise", "suspicion", "for", " ", "CFTR", "-related", "disorders", "and", "prompt", "timely", "genetic", "testing", "\n", "Because", " ", "CFTR", " ", "variants", "differ", "markedly", "in", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "and", "genome", "editing-are", "likely", "to", "first", "benefit", "patients", "with", "non-p", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Phe508del", "variants", "for", "whom", "no", "approved", "targeted", "therapies", "exist", "\n", "This", "unmet", "need", "represents", "both", "a", "major", "scientific", "challenge", "and", "a", "significant", "opportunity", "for", "innovation", "\n", "CF", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "the", "next", "phase", "’s", "directions", "can", "be", "summarized", "as", "follows", ":", "utilizing", "whole-genome", "sequencing", "to", "guide", "patients", "into", "treatable", "pathways", ";", "expanding", "variant", "coverage", "and", "elevate", "e...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "advancing", "mutation-agnostic", "therapies", "like", "inhaled", "mRNA", "while", "resolving", "engineering", "bottlenecks", ";" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "and", "enabling", "computable", "drug", "iteration", "through", "structure-guided", "design", "\n", "For", "China", "and", "other", "regions", "with", "highly", "dispersed", "mutation", "spectra", ",", "establishing", "local", "data", "and", "functional", "p...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "and", "strengthen", "the", "introduction", "and", "reimbursement", "support", "for", "rare-disease", "medicines", "\n", "These", "efforts", "would", "improve", "access", "in", "China", "to", "innovative", "therapies", "such", "as", "CFTR", "modulators", "and...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "High-purity", "DNA", "was", "extracted", "from", "peripheral", "blood", "or", "from", "participant-derived", "fibroblasts", "using", "the", "MagNA", "Pure", "Compact", "System", "and", "either", "the", "MagNA", "Pure", "Compact", "Nucleic", "Acid", "Isolation", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "and", "were", "sequenced", "in", "a", "MinION", "or", "PromethION", "P2", "device", "(", "ONT", ")", "using", "R9.4.1", "for", "P1", ",", "P2", ",", "P3", ",", "P4", "and", "P6", "and", "R10.4.1", "for", "P5", "and", "P7", "\n", "For", "seque...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "which", "is", "integrated", "within", "the", "MinKNOW", "software", "[", "21", "]", "using", "FAST", "basecaller", "for", "P1", ",", "P2", ",", "P3", ",", "P4", "and", "P6", "and", "HAC", "for", "P5", "and", "P7", ";", "ii", ")", "alignment", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Refgenome", "O", "O", "O", ...

[ " ", "iii", ")", "variants", "calling", "with", "Sniffles2", "[", "23", "]", "software", "for", "SVs", ",", "iv", ")", "Clair3", "was", "used", "for", "SNV", "calling", "and", "phasing", "of", "alignments", "[", "24", "]", ",", "v", ")", "annotation", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "Integrated", "Genome", "Viewer", "(", "IGV", ")", "was", "used", "[", "25", "]", "\n", "The", "data", "quality", "was", "assessed", "using", "MinION", "QC", "and", "QualiMap", "tools", "\n", "Methylation", "calls", "were", "only", "obtained", "for", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "The", "promoter", "sequence", ",", "including", "the", "potential", "TSS", "of", " ", "ACADM", ",", "was", "identified", "using", "the", "Eukaryotic", "Promoter", "Database", "(", "EPD", ")", "(", "https://epd.epfl.ch//index.php", ")", "and", "the", "ENCODE", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "In", "this", "study", ",", "we", "included", "seven", "participants", "(", "P", ")", "(", "Table", " ", "1", ")", "presenting", "clinical", "and/or", "biochemical", "suspicion", "of", "an", "IMD", "\n", "The", "possible", "diagnoses", "were", "a", "combi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "MIM#606777", ")", ",", "alpha-methylacetoacetic", "aciduria", "(", "MIM#203750", ")", ",", "or", "medium-chain", "Acyl-CoA", "dehydrogenase", "deficiency", "(", "MIM#201450", ")", "\n", "All", "these", "diseases", "are", "associated", "with", "an", "autosoma...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "biochemical", "suspicion", "and", "the", "age", "at", "diagnosis", "\n", "Participant", "Biochemical", "analysis", "Clinical", "data", "Biochemical", "suspicion", "Age", "at", "biochemical", "diagnosis", "Age", "at", "genetic", "diagnosis", "P1", "Citric", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "HP:0002902", "Global", "developmental", "delay", "HP:0001263", "Generalized", "hypotonia", "HP:0001290", "Seizures", "HP:0001250", "Abnormality", "of", "extrapyramidal", "motor", "function", "HP:0002071", "EEG", "with", "abnormally", "slow", "frequencies", "HP:0011203", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "13", "years", "P3", "Hexacosanoic", "acid", "(", "C26:0", "):", "5.640", " ", "µmol/L", "C24/C22", "ratio", ":", "1.274", "C26/C22", "ratio", ":", "0.297", "Global", "developmental", "delay", "HP:0001263", "Hypotonia", "HP:0001252", "Elevated", "circulating", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "concentration", "HP:0033643", "Peroxisome", "biogenesis", "disorder", "6", "months", "3", "years", "P4", "Cerebrospinal", "fluid", "glucose", ":", "45", " ", "mg/dL", "Cerebrospinal", "fluid", "to", "serum", "blood", "glucose", "ratio", ":", "0.53", "Cerebrospina...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "flapping", "HP:0100023", "Hypoglycorrhachia", "HP:0011972", "Glucose", "transporter", "1", "deficiency", "syndrome", "2", "years", "12", "years", "P5", "Fasting", "hypoglycemia", "(", "HP:0003162", ")", "with", "ketonuria", "(", "HP:0002919", ")", "Serine", ":", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Ketonuria", "HP:0002919", "Elevated", "circulating", "hepatic", "transaminase", "concentration", "HP:0002910", "Elevated", "circulating", "creatine", "kinase", "concentration", "HP:0003236", "Ventricular", "septal", "hypertrophy", "HP:0005144", "Glycogen", "storage", "diseas...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "creat", "\n", "Adipic", "acid", ":", "110", " ", "mmol/mol", "creat", "\n", "2-OH-adipic", "acid", ":", "25", " ", "mmol/mol", "creat", "\n", "Detection", "of", "2-Me-acetoacetic", "acid", "and", "3-oxovaleric", "acid", "Reduced", "ACAT1", "enzymatic", "activ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "span", "HP:0000736", "Microcephaly", "HP:0000252", "Abnormal", "cerebral", "white", "matter", "morphology", "HP:0002500", "Periventricular", "white", "matter", "hyperintensities", "HP:0030891", "Exercise", "intolerance", "HP:0003546", "Elevated", "circulating", "medium-chain...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "fumaric", "acid", "(", "<", "10", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "2-Oxoglutaric", "acid", "(", "<", "150", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "blood", "pyruvate", "(", "0.08", " ", "±", " ", "0.03", " ", "mM", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "cerebrospinal", "fluid", "pyruvate", "(", "0.077", " ", "±", " ", "0.029", " ", "mM", ")", ",", "blood", "lactate", "(", "1.08", " ", "±", " ", "0.5", " ", "mM", ")", ",", "cerebrospinal", "fluid", "lactate", "(", "1.63", " ", "±", " ", "0.39...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "glycine", "(", "200.2", " ", "±", " ", "71.5", " ", "µmol/L", ")", ",", "alanine", "(", "262.3", " ", "±", " ", "98.5", " ", "µmol/L", ")", ",", "blood", "methionine", "(", "18.9", " ", "±", " ", "6.3", " ", "µmol/L", ")", ",", "urine", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "isoleucine", "(", "5.4", " ", "±", " ", "3.5", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ornithine", "(", "6.2", " ", "±", " ", "5.4", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lactic", "acid", "(", "1", "-", "113", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "hexanoyl", "glycine", "(", "not", "detectable", ")", ",", "3-OH-butyric", "acid", "(", "0", "-", "17", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "acetoacetic", "acid", "(", "0", "-", "7", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "2-OH-butyric", "acid", "(", "0", "-", "4", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "2-Me-3-OH-butyric", "acid", "(", "1", "-", "29", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "3-OH-isovaleric", "acid", "(", "3", "-", "40", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ethylmalonic", "acid", "(", "0", "-", "18", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "adipic", "acid", "(", "1", "-", "47", " ", "mmol/mol", "creat", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "2-OH-adipic", "acid", "(", "not", "detectable", ")", ",", "2-Me-acetoacetic", "acid", "(", "not", "detectable", ")", ",", "3-oxovaleric", "acid", "(", "not", "detectable", ")", ",", "C6", "hexanoyl", "carnitine", "(", "0.00", "-", "0.13", " ", "µmol/L", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "ES", "analysis", "identified", "a", "heterozygote", "pathogenic", "variant", "in", "six", "participants", "(", "five", "exonic", "and", "one", "intronic", ")", ",", "which", "are", "associated", "with", "an", "autosomal", "recessive", "inheritance", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "all", "cases", "remained", "unsolved", "\n", "Table", "2", "Participants", "(", "P", ")", "analyzed", "in", "this", "study", "with", "the", "results", "from", "exome", "sequencing", "(", "ES", ")", ",", "RNA", "analysis", ",", "targeted", "long-read"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "p.(Pro361Leu", ")", "r.49_904del", "c.905", "-", "5741_1065", "+", "1116dup", "Exon", "5", "duplication", "in", "cDNA", ":", "r.(905_1065dup", ")", "P2", "GYS2", "c.1436C", ">", "A", "p.(Pro479Gln", ")", "r.1230_1308del", "c.1300_1301ins", "[", "PP887427.1...

[ "O", "B-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "B-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSV...

[ "r.4260_4347del", "4", "%", " ", "AGL", " ", "expression", "c.3259", "+", "927A", ">", "G", "Pseudoexon" ]

[ "B-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O" ]

[ "insertion", ":", "r.3259_3260ins[3259", " ", "+", " ", "818_3259", " ", "+", " ", "922", "]", "P6", "ACAT1", "c.841G", ">", "A", "p.(Ala281Thr", ")", "ASE", "c.941", "-", "60T", ">", "C", "Skipping", "of", "exon", "10", ":", "r.941_1005del", "P7", "AC...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "B-HGVSVar", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "O", "O", "B-HG...

[ " ", "AGL", " ", "NC_000001.11", "(", "NM_000642.3", ")", ",", " ", "ACAT1", " ", "NC_000011.10", "(", "NM_000019.4", ")", ",", " ", "ACADM", " ", "NC_000001.11", "(", "NM_000016.5", ")", "\n", "a", "Effect", "detected", "in", "this", "work", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "an", "attempt", "to", "identify", "the", "cause", "of", "the", "disease", "in", "the", "seven", "cases", ",", "we", "conducted", "RNA", "studies", "in", "participant-derived", "fibroblasts", "to", "evaluate", "the", "effect", "of", "possible", "variants...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "The", "observed", "transcriptional", "defects", "prompted", "us", "to", "search", "for", "non-coding", "variants", "by", "LRS", "targeted", "to", "cover", "up", "to", "3", " ", "Mb", "of", "the", "genes", "of", "interest", ",", "thus", "encompassing", "the"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "In", "addition", "to", "the", "RNA", "analysis", ",", "we", "assessed", "the", "effect", "of", "the", "SNVs", "detected", "in", " ", "AGL", ",", "ACAT1", ",", "and", " ", "ACADM", ",", "as", "well", "as", "the", "SV", "identified", "in", " ", "SLC2A...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "a", "transcriptional", "profile", "analysis", "was", "conducted", "\n", "The", "results", "suggest", "that", "the", "variant", " ", "NC_000001.11", "(", "NM_000642.3", "):", "c.3259", "+", "927A", ">", "G", "results", "in", "a", "105", " ", "bp", "PE...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ " ", "it", "generates", "a", "premature", "stop", "codon", "that", "presumably", "activates", "NMD", "\n", "A", "minigene", "analysis", "was", "done", "for", "the", "intronic", "variant", "detected", "in", " ", "ACAT1", " ", "in", "P6", "\n", "The", "resul...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar",...

[ " ", "the", "luciferase", "reporter", "assay", "showed", "slightly", "reduced", "transcriptional", "activity", "of", "this", "allele", "(", "data", "not", "shown", ")", "\n", "However", ",", "these", "results", "do", "not", "fully", "justify", "the", "reduced"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "30", "]", "\n", "The", " ", "SLC2A1", " ", "region", "is", "organized", "in", "a", "TAD", "delimited", "by", "a", "single", "CTCF", "binding", "site", "(", "CBS", ")", "in", "a", "reverse", "orientation", "in", "its", "3", "’", "side", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "yellow", "arrows", ")", "\n", "Analysis", "of", " ", "SLC2A1", " ", "promoter", "interactions", "by", "4Cseq", "in", "healthy", "individuals", "’", "fibroblasts", "(", "controls", ")", ",", "confirmed", "that", " ", "SLC2A1", " ", "contacts", "are", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "the", " ", "SLC2A1", " ", "promoter", "also", "strongly", "contacts", "a", "region", "80", " ", "kb", "upstream", "(", "hereafter", "referred", "to", "as", "5", "’", "distal", "region", ")", "and", "near", "the", "CBS", "of", "the", "TAD", "borde...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "Supplementary", "Fig.", " ", "2A", ",", "B", ")", ",", "a", "modification", "associated", "with", "active", "CRE", "[", "33", "]", "\n", "Fig", "\n", "3", "3D", "organization", "of", "the", " ", "SLC2A1", " ", "genomic", "region", "and", "confor...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "B", " ", "Micro-HiC", "heatmap", "in", "HFFc6", "(", "A", ")", "and", "chromatin", "immunoprecipitation", "coupled", "to", "sequencing", "(", "ChIPseq", ")", "profile", "for", "CTCF", "in", "NHLF", "cells", "from", "ENCODE", "(", "B", ")", "\n", "C...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "detected", "in", "P4", "(", "L", ")", "is", "marked", "by", "a", "yellow", "box", "and", "dashed", "line", "\n ", "C", ",", "E", " ", "Mean", "4Cseq", "normalized", "profiles", "of", " ", "SLC2A1", " ", "promoter", "(", "C", ",", "upper", "graphs", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "upper", "graphs", ")", "viewpoints", "obtained", "from", "control", "and", "P4", "fibroblasts", "\n", "Each", "VP", "and", "the", "corresponding", "excluded", "region", "are", "marked", "by", "a", "red", "asterisk", "\n", "The", "profiles", "include", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "region", "are", "depicted", "by", "green", "rectangles", "\n", "In", "P4", "fibroblasts", ",", "the", " ", "SLC2A1", " ", "promoter", "contacts", "with", "its", "5", "’", "distal", "region", "were", "strongly", "reduced", "compared", "to", "controls", "(", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "Supplementary", "Fig.", " ", "2A", ",", "B", ",", "D", ")", "\n", "Conversely", ",", "proximal", " ", "locus", " ", "interactions", "tended", "to", "increase", "(", "although", "not", "statistically", "significantly", ")", ",", "suggesting", "a", "m...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "Supplementary", "Fig.", " ", "2C", ",", "E", ")", ",", "while", "its", "interactions", "were", "significantly", "reduced", "in", "those", "of", "P4", "(", "Supplementary", "Fig.", " ", "2C", ",", "E", ")", "\n", "Interestingly", ",", "the", " ", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "Supplementary", "Fig.", " ", "2C", ",", "E", ")", "\n", "Of", "note", ",", "this", "tendency", "was", "observed", "in", "the", "comparison", "of", "P4", "sample", "with", "that", "of", "either", "control", ",", "but", "it", "reached", "statistical...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "supporting", "the", "specificity", "of", "the", "observed", "differences", "\n", "Thus", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "our", "data", "suggest", "that", "the", "region", "located", "80", " ", "kb", "upstream", "of", "the", " ", "SLC2A1", " ", "TSS", "contains", "a", "CRE", "cluster", "likely", "regulating", " ", "SLC2A1", " ", "expression", "and", "that", "the", "LI...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "the", " ", "SLC2A1", " ", "promoter", "contacts", "a", " ", "cis-regulatory", " ", "element", "(", "CRE", ")", "cluster", "located", "80", " ", "kb", "upstream", ",", "likely", "via", "the", "looping", "of", "the", "CTCF", "binding", "site", "(", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "as", "well", "as", "proximal", "and", "distal", "enhancers", "(", "green", "circles", ";" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "for", "simplicity", ",", "CRE", "located", "within", "the", " ", "SLC2A1", " ", "locus", "itself", "are", "not", "depicted", ")", ",", "promoting", "or", "sustaining", "high", " ", "SLC2A1", " ", "transcription", "\n", "Instead", ",", "in", "P4", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "weakening", " ", "SLC2A1", " ", "transcription", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Advances", "in", "sequencing", "technologies", "have", "led", "to", "the", "genetic", "diagnosis", "of", "many", "persons", "suspected", "to", "have", "a", "genetic", "disease", "\n", "Nevertheless", ",", "diagnostic", "yield", "remains", "lower", "than", "expe...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "SRNS", "onset", "ranged", "from", "infancy", "to", "adulthood", "(", "0", "-", "30", "years", ",", " ", "Figure", "2", "a", ")", "\n", "In", "25", "%", "of", "individuals", ",", "SRNS", "onset", "occurred", "before", "or", "at", "1", "year", "of", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Kaplan-Meier", "analysis", "of", "SRNS-free", "survival", "in", "individuals", "with", "homozygous", " ", "NPHS2", " ", "missense", "variants", "detected", "in", "≥", "4", "individuals", "in", "our", "SRNS", "cohort", "reproduced", "the", "previously", "reported"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "Compound", "heterozygous", "variants", "that", "include", "p.", "R229Q", "were", "detected", "in", "31", "of", "208", "(", "15", "%", ")", "individuals", "with", "SRNS", ",", "with", "12", "distinct", "transconfigured", "pathogenic", "alleles", "(", "Figure",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-H...

[ " ", "in", "a", "nonallele-specific", "manner", "\n", "The", "SRNS-free", "kidney", "survival", "in", "individuals", "with", "pathogenic", "alleles", "transconfigured", "to", "p.", "R229Q", "(", "n", " ", "=", "31", ")", "was", "significantly", "longer", "than...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "p.", "R229Q", "(", "n", " ", "=", "31", ")", "\n", "Different", "colors", "represent", "different", "alleles", "\n", "Dashed", "line", "separates", "SRNS", "onset", "before", "and", "after", "6", "years", "of", "age", "\n", "Amino", "acid", "residues", ...

[ "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ " ", "(", "ii", ")", "pLoF", "variants", "(", "n", " ", "=", "18", ")", ",", "(", "iii", ")", "p.", "V290", "M", "(", "n", " ", "=", "6", ")", ",", "and", "(", "iv", ")", "other", "missense", "variants", "(", "n", " ", "=", "7", ")", "\n"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ " ", "and", "late", "SRNS", "onset", "and", "stacked", "frequency", "distributions", "depict", "whether", "p.", "R138Q", "was", "transconfigured", "to", "pLoF", "or", "missense", "variants", "\n", "(", "d", ")", "Scatter", "plot", "correlating", "SRNS", "onset...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGV...

[ " ", "evolutionary", "model", "of", "variant", "effect", ";", "ROC", ",", "receiver", "operating", "characteristic", ";", "REVEL", ",", "rare", "exome", "variant", "ensemble", "learner", ";", "SRNS", ",", "Steroid-resistant", "nephrotic", "syndrome", ";" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "AUC", ",", "area", "under", "the", "curve", "\n", "In", "31", "of", "208", "(", "15", "%", ")", "individuals", "with", "SRNS", "because", "of", "biallelic", " ", "NPHS2", " ", "variants", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ " ", "17", "different", "pathogenic", "alleles", "transconfigured", "to", "p.", "R138Q", "were", "detected", "(", "Figure", "4", "c", ")", "\n", "SRNS", "onset", "in", "this", "subcohort", "ranged", "from", "0", "to", "27", "years", "\n", "Kaplan-Meier", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "SRNS", "onset", "(", ">", "6", "years", ")", "had", "a", "missense", "allele", "transconfigured", "to", "p.", "R138Q", ",", "and", "in", "all", "cases", ",", "it", "was", "one", "of", "the", "known", "late-onset", "alleles", "p.", "V180", "M", "or", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", ...

[ "We", "hypothesized", "that", "multimeric", "AlphaFold", "prediction", "could", "model", "higher-order", "podocin", "assemblies", "that", "resemble", "the", "recently", "published", "experimentally", "solved", "cone-like", "structures", "of", "its", "paralogous", "prote...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "In", "this", "study", ",", "we", "analyzed", "the", "genotype-phenotype", "correlations", "in", "208", "individuals", "with", " ", "NPHS2", "-related", "SRNS", "and", "propose", "a", "novel", "general", "assembly", "architecture", "of", "the", "podocin", "oligo...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "and", "(", "iii", ")", "integrating", "structural", "insights", "from", "the", "recently", "solved", "podocin", "paralogs", "stomatin", ",", "flotillin", ",", "and", "bacterial", "SPFH", "proteins", "HflK", "and", "HflC", "\n", "4", ",", " ", "5", ",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ " ", "as", "well", "as", "a", "wide", "range", "of", "SRNS", "onset", "(", "Figure", "2", "a-c", ")", "\n", "The", "most", "common", "configurations", "are", "homozygous", "p.", "R138Q", "and", "compound", "heterozygous", "variants", "involving", "either", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O...

[ " ", "a", "platform", "for", "rapid", "screening", "of", "small", "molecules", "that", "correct", "trafficking", "defects", "or", "promote", "podocin", "oligomerization", "could", "offer", "therapeutic", "potential", "\n", "Such", "approaches", "have", "already", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ " ", "most", "of", "which", "involved", "the", "major", "missense", "variant", "p.", "R138Q", "or", "the", "common", "variant", "p.", "R229Q", "\n", "Although-as", "expected-individuals", "with", "compound", "heterozygous", "p.", "R229Q", "variants", "had", "sig...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "...

[ " ", "and", "p.", "V290", "M", "correlated", "with", "later", "disease", "onset", "(", "Figure", "4", "b-d", ")", ",", "thereby", "confirming", "these", "as", "late-onset", "alleles", "\n", "Interestingly", ",", "however", ",", "for", "homozygous", "allele",...

[ "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-HGVSVar", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-HGVSVar", "I-HGVSVar", "I-...

[ " ", "Figure", "3", "a", ",", " ", "Supplementary", "Table", "S1", ")", "\n", "These", "findings", "further", "suggest", "that", "in", " ", "NPHS2", "-related", "nephropathy", ",", "less", "pathogenic", "or", "hypomorphic", "alleles", "modulate", "disease", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...