OTAR3088/Variants_IOB_format · Datasets at Hugging Face

words listlengths 4 199	labels listlengths 4 199	__index_level_0__ int64 32 4.26k
[ "The", "slightly", "better", "growth", "of", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "mutant", "allowed", "us", "to", "solve", "the", "crystal", "structure", "of", "a", "yeast", "proteasome", "(", "yCP", ")", "with", "the", "β5", "-", "T1A", "mutation", ",", "which", "is", "discussed", "in", "the", "following", "section", "(", "for", "details", "see", "Supplementary", "Note", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,904
[ "Next", ",", "we", "examined", "the", "position", "of", "the", "β5", "propeptide", "in", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "mutant", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]	3,911
[ "As", "the", "K81R", "mutation", "is", "located", "far", "from", "the", "active", "site", "(", "Thr1Cα", "–", "Arg81Cα", ":", "24", "Å", "),", "any", "influence", "on", "propeptide", "conformation", "can", "be", "excluded", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,914
[ "As", "expected", "from", "β5", "-", "T1A", "mutants", ",", "the", "yeasts", "show", "severe", "growth", "phenotypes", ",", "with", "minor", "variations", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "4a", "and", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,920
[ "We", "determined", "crystal", "structures", "of", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "L", "-", "T1A", ",", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "T", "-", "T1A", "and", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "A", "-", "T1A", "-", "K81R", "mutants", "(", "Supplementary", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,921
[ "For", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "A", "-", "T1A", "-", "K81R", "variant", ",", "only", "the", "residues", "Gly", "(-", "1", ")", "and", "Ala", "(-", "2", ")", "could", "be", "visualized", ",", "indicating", "that", "Ala", "(-", "2", ")", "leads", "to", "insufficient", "stabilization", "of", "the", "propeptide", "in", "the", "substrate", "-", "binding", "channel", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "4d", ")." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,922
[ "As", "proven", "by", "the", "β2", "-", "T1A", "crystal", "structures", ",", "Thr", "(-", "2", ")", "hydrogen", "bonds", "to", "Gly", "(-", "1", ")", "O", ".", "Although", "this", "interaction", "was", "not", "observed", "for", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "T", "-", "T1A", "mutant", "(", "Fig", ".", "2c", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "4c", ",", "i", "),", "exchange", "of", "Thr", "(-", "2", ")", "by", "Val", "in", "β2", ",", "a", "conservative", "mutation", "regarding", "size", "but", "drastic", "with", "respect", "to", "polarity", ",", "was", "found", "to", "inhibit", "maturation", "of", "this", "subunit", "(", "Fig", ".", "2d", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "4e", ",", "j", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,927
[ "This", "discrepancy", "in", "growth", "was", "traced", "to", "an", "additional", "point", "mutation", "L", "(-", "49", ")", "S", "in", "the", "β5", "-", "propeptide", "of", "the", "β5", "-", "K33A", "mutant", "(", "see", "also", "Supplementary", "Note", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,935
[ "Additional", "proof", "for", "the", "key", "function", "of", "Lys33", "was", "obtained", "from", "the", "β5", "-", "K33A", "mutant", ",", "with", "the", "propeptide", "expressed", "separately", "from", "the", "main", "subunit", "(", "pp", "trans", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,937
[ "Consistent", "with", "this", ",", "the", "crystal", "structure", "of", "the", "β5", "-", "K33A", "pp", "trans", "mutant", "in", "complex", "with", "carfilzomib", "only", "showed", "partial", "occupancy", "of", "the", "ligand", "at", "the", "β5", "active", "sites", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "5b", "and", "Supplementary", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,939
[ "Since", "no", "acetylation", "of", "the", "Thr1", "N", "terminus", "was", "observed", "for", "the", "β5", "-", "K33A", "pp", "trans", "apo", "crystal", "structure", ",", "the", "reduced", "reactivity", "towards", "substrates", "and", "inhibitors", "indicates", "that", "Lys33NH2", ",", "rather", "than", "Thr1NH2", ",", "deprotonates", "and", "activates", "Thr1OH", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,940
[ "Furthermore", ",", "the", "crystal", "structure", "of", "the", "β5", "-", "K33A", "pp", "trans", "mutant", "without", "inhibitor", "revealed", "that", "Thr1Oγ", "strongly", "coordinates", "a", "well", "-", "defined", "water", "molecule", "(∼", "2", "Å", ";", "Fig", ".", "3c", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "5c", ",", "d", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,941
[ "Notably", ",", "only", "with", "the", "additional", "point", "mutation", "L", "(-", "49", ")", "S", "present", "in", "the", "β5", "propeptide", "could", "we", "purify", "a", "small", "amount", "of", "the", "β5", "-", "D17N", "mutant", "yCP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]	3,946
[ "Even", "though", "the", "β5", "-", "D17N", "pp", "trans", "yCP", "crystal", "structure", "appeared", "identical", "to", "the", "WT", "yCP", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "7b", "),", "the", "co", "-", "crystal", "structure", "with", "the", "α", "′,", "β", "′", "epoxyketone", "inhibitor", "carfilzomib", "visualized", "only", "partial", "occupancy", "of", "the", "ligand", "in", "the", "β5", "active", "site", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "7a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,948
[ "Autolysis", "and", "residual", "catalytic", "activity", "of", "the", "β5", "-", "D17N", "mutants", "may", "originate", "from", "the", "carbonyl", "group", "of", "Asn17", ",", "which", "albeit", "to", "a", "lower", "degree", "still", "can", "polarize", "Lys33", "for", "the", "activation", "of", "Thr1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,949
[ "In", "agreement", ",", "an", "E17A", "mutant", "in", "the", "proteasomal", "β", "-", "subunit", "of", "the", "archaeon", "Thermoplasma", "acidophilum", "prevents", "autolysis", "and", "catalysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,950
[ "X", "-", "ray", "data", "on", "the", "β5", "-", "D166N", "mutant", "indicate", "that", "the", "β5", "propeptide", "is", "hydrolysed", ",", "but", "due", "to", "reorientation", "of", "Ser129OH", ",", "the", "interaction", "with", "Asn166Oδ", "is", "disrupted", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "8a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,954
[ "Soaking", "the", "β5", "-", "D166N", "crystals", "with", "carfilzomib", "and", "MG132", "resulted", "in", "covalent", "modification", "of", "Thr1", "at", "high", "occupancy", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "8c", ")." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,955
[ "His", "(-", "2", ")", "occupies", "the", "S2", "pocket", "like", "observed", "for", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "mutant", ",", "but", "in", "contrast", "to", "the", "latter", ",", "the", "propeptide", "in", "the", "T1C", "mutant", "adopts", "an", "antiparallel", "β", "-", "sheet", "conformation", "as", "known", "from", "inhibitors", "like", "MG132", "(", "Fig", ".", "4c", "–", "e", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "9b", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,961
[ "On", "the", "basis", "of", "the", "phenotype", "of", "the", "T1C", "mutant", "and", "the", "propeptide", "remnant", "identified", "in", "its", "active", "site", ",", "we", "suppose", "that", "autolysis", "is", "retarded", "and", "may", "not", "have", "been", "completed", "before", "crystallization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,962
[ "Despite", "propeptide", "hydrolysis", ",", "the", "β5", "-", "T1C", "active", "site", "is", "catalytically", "inactive", "(", "Fig", ".", "4b", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "9a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,963
[ "Notably", ",", "the", "2FO", "–", "FC", "electron", "-", "density", "map", "of", "the", "T1C", "mutant", "also", "indicates", "that", "Lys33NH2", "is", "disordered", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,966
[ "To", "investigate", "the", "reason", "for", "this", "singularity", ",", "we", "analysed", "a", "β5", "-", "T1S", "mutant", ",", "which", "is", "viable", "but", "suffers", "from", "growth", "defects", "(", "Fig", ".", "4a", "and", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,969
[ "Crystal", "structure", "analysis", "of", "the", "β5", "-", "T1S", "mutant", "confirmed", "precursor", "processing", "(", "Fig", ".", "4g", "),", "and", "ligand", "-", "complex", "structures", "with", "bortezomib", "and", "carfilzomib", "unambiguously", "corroborated", "the", "reactivity", "of", "Ser1", "(", "Fig", ".", "5", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,971
[ "Here", "we", "have", "described", "the", "atomic", "structures", "of", "various", "β5", "-", "T1A", "mutants", ",", "which", "allowed", "for", "the", "first", "time", "visualization", "of", "the", "residual", "β5", "propeptide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,984
[ "The", "mutation", "D166N", "lowers", "the", "pKa", "of", "Thr1N", ",", "which", "is", "thus", "more", "likely", "to", "exist", "in", "the", "uncharged", "deprotonated", "state", "(", "Thr1NH2", ")." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,996
[ "To", "investigate", "why", "the", "CP", "specifically", "employs", "threonine", "as", "its", "active", "-", "site", "residue", ",", "we", "used", "a", "β5", "-", "T1S", "mutant", "of", "the", "yCP", "and", "characterized", "it", "biochemically", "and", "structurally", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,001
[ "Activity", "assays", "with", "the", "β5", "-", "T1S", "mutant", "revealed", "reduced", "turnover", "of", "Suc", "-", "LLVY", "-", "AMC", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,002
[ "We", "also", "observed", "slightly", "lower", "affinity", "of", "the", "β5", "-", "T1S", "mutant", "yCP", "for", "the", "Food", "and", "Drug", "Administration", "-", "approved", "proteasome", "inhibitors", "bortezomib", "and", "carfilzomib", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,003
[ "(", "a", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β1", "-", "T1A", "propeptide", "and", "the", "matured", "WT", "β1", "active", "-", "site", "Thr1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,008
[ "Only", "the", "residues", "(-", "5", ")", "to", "(-", "1", ")", "of", "the", "β1", "-", "T1A", "propeptide", "are", "displayed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O" ]	4,009
[ "(", "b", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β1", "-", "T1A", "propeptide", "and", "the", "β2", "-", "T1A", "propeptide", "highlights", "subtle", "differences", "in", "their", "conformations", ",", "but", "illustrates", "that", "Ala1", "and", "Gly", "(-", "1", ")", "match", "well", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,010
[ "(", "c", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β1", "-", "T1A", ",", "the", "β2", "-", "T1A", "and", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "propeptide", "remnants", "depict", "their", "differences", "in", "conformation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,012
[ "(", "a", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β1", "-", "T1A", "propeptide", "and", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "L", "-", "T1A", "mutant", "propeptide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]	4,016
[ "(", "c", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β2", "-", "T1A", "propeptide", "and", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "T", "-", "T1A", "mutant", "propeptide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]	4,018
[ "(", "c", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "WT", "β5", "and", "the", "β5", "-", "K33A", "pp", "trans", "mutant", "active", "site", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,023
[ "Notably", ",", "His", "(-", "2", ")", "does", "not", "occupy", "the", "S1", "pocket", "formed", "by", "Met45", ",", "similar", "to", "what", "was", "observed", "for", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "mutant", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]	4,032
[ "(", "d", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "and", "the", "β5", "-", "T1C", "mutant", "subunits", "onto", "the", "WT", "β5", "subunit", ".", "(", "e", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β5", "-", "T1C", "propeptide", "onto", "the", "β1", "-", "T1A", "active", "site", "(", "blue", ")", "and", "the", "WT", "β5", "active", "site", "in", "complex", "with", "the", "proteasome", "inhibitor", "MG132", "(", "ref", ".)." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,033
[ "(", "f", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "WT", "β5", "and", "β5", "-", "T1C", "mutant", "active", "sites", "illustrates", "the", "different", "orientations", "of", "the", "hydroxyl", "group", "of", "Thr1", "and", "the", "thiol", "side", "chain", "of", "Cys1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,035
[ "(", "g", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "WT", "β5", "and", "β5", "-", "T1S", "mutant", "active", "sites", "reveals", "different", "orientations", "of", "the", "hydroxyl", "groups", "of", "Thr1", "and", "Ser1", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,036
[ "Inhibition", "of", "WT", "and", "mutant", "β5", "-", "T1S", "proteasomes", "by", "bortezomib", "and", "carfilzomib", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,039
[ "Structures", "of", "the", "β5", "-", "T1S", "mutant", "in", "complex", "with", "both", "ligands", "(", "green", ")", "prove", "the", "reactivity", "of", "Ser1", "(", "right", "panel", ")." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,044
[ "MS", "analyses", "under", "non", "-", "denaturing", "conditions", "clearly", "showed", "that", "the", "Cys129Ser", "(", "C129S", ")", "mutant", "is", "dimerized", "in", "the", "presence", "of", "haem", ",", "indicating", "that", "the", "haem", "-", "mediated", "dimerization", "of", "PGRMC1", "occurs", "independently", "of", "the", "disulfide", "bond", "formation", "via", "Cys129", "(", "Fig", ".", "2a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,149
[ "Similarly", ",", "the", "C129S", "mutant", "of", "PGRMC1", "converted", "from", "monomer", "to", "dimer", "by", "binding", "to", "haem", "(", "Fig", ".", "2b", ")." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,155
[ "Analysis", "by", "gel", "filtration", "chromatography", "revealed", "that", "the", "relative", "molecular", "sizes", "of", "the", "wild", "-", "type", "and", "the", "C129S", "mutant", "of", "PGRMC1", "are", "increased", "by", "adding", "haem", "to", "apo", "-", "PGRMC1", "regardless", "of", "the", "oxidation", "state", "of", "the", "iron", "(", "Fig", ".", "3c", "),", "which", "is", "in", "agreement", "with", "the", "results", "in", "Table", "1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,169
[ "Furthermore", ",", "the", "Tyr113Phe", "(", "Y113F", ")", "mutant", "of", "PGRMC1", "was", "not", "responsive", "to", "haem", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,172
[ "As", "shown", "in", "Fig", ".", "4a", ",", "the", "cytosolic", "domain", "of", "wild", "-", "type", "PGRMC1", ",", "but", "not", "the", "Y113F", "mutant", ",", "interacted", "with", "purified", "EGFR", "in", "a", "haem", "-", "dependent", "manner", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,180
[ "The", "C129S", "mutant", "of", "PGRMC1", "also", "interacted", "with", "endogenous", "PGRMC1", "and", "EGFR", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "16", ")." ]	[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,184
[ "Whereas", "FLAG", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "PGRMC1", "interacted", "with", "endogenous", "PGRMC1", "and", "EGFR", ",", "the", "Y113F", "mutant", "did", "not", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O" ]	4,185
[ "EGF", "-", "induced", "phosphorylations", "of", "EGFR", "and", "its", "downstream", "targets", "AKT", "and", "ERK", "were", "decreased", "by", "PGRMC1", "knockdown", "(", "PGRMC1", "-", "KD", ")", "(", "Fig", ".", "4f", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,189
[ "To", "further", "investigate", "the", "role", "of", "the", "dimerized", "form", "of", "PGRMC1", "in", "cancer", "proliferation", ",", "we", "performed", "PGRMC1", "knockdown", "-", "rescue", "experiments", "using", "FLAG", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "and", "Y113F", "PGRMC1", "expression", "vectors", ",", "in", "which", "silent", "mutations", "were", "introduced", "into", "the", "nucleotide", "sequence", "targeted", "by", "shRNA", "(", "Fig", ".", "5a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,192
[ "Ten", "days", "after", "intra", "-", "splenic", "implantation", "of", "HCT116", "cells", "that", "were", "genetically", "tagged", "with", "a", "fluorescent", "protein", "Venus", ",", "the", "group", "implanted", "with", "PGRMC1", "-", "KD", "cells", "showed", "a", "significant", "decrease", "of", "liver", "metastasis", "in", "comparison", "with", "the", "control", "group", "(", "Fig", ".", "5d", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,194
[ "PGRMC1", "-", "KD", "significantly", "suppressed", "the", "conversion", "of", "doxorubicin", "to", "doxorubicinol", "(", "Fig", ".", "6d", ")", "and", "increased", "sensitivity", "to", "doxorubicin", "(", "Fig", ".", "6e", ")." ]	[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,199
[ "This", "effect", "was", "reversed", "by", "co", "-", "expression", "of", "the", "wild", "-", "type", "PGRMC1", "but", "not", "of", "the", "Y113F", "mutant", ",", "suggesting", "that", "PGRMC1", "enhances", "doxorubicin", "resistance", "of", "cancer", "cells", "by", "facilitating", "its", "degradation", "via", "cytochromes", "P450", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,200
[ "(", "a", ")", "Mass", "spectrometric", "analyses", "of", "the", "wild", "-", "type", "(", "wt", ")", "PGRMC1", "or", "the", "C129S", "mutant", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "haem", "under", "non", "-", "denaturing", "condition", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,224
[ "(", "c", ")", "Gel", "-", "filtration", "chromatography", "analyses", "of", "PGRMC1", "(", "a", ".", "a", ".", "44", "–", "195", ")", "wild", "-", "type", "(", "wt", ")", "and", "the", "Y113F", "or", "C129S", "mutant", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "haem", ",", "dithionite", "and", "/", "or", "CO", ".", "(", "d", ")", "Transition", "model", "for", "structural", "regulation", "of", "PGRMC1", "in", "response", "to", "haem", "and", "CO", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,235
[ "(", "c", ")", "FLAG", "-", "PGRMC1", "wt", "or", "Y113F", "(", "full", "length", ")", "was", "over", "-", "expressed", "in", "HCT116", "cells", "and", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "-", "conjugated", "beads", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,239
[ "(", "c", ")", "Spheroid", "formation", "in", "control", "and", "PGRMC1", "-", "KD", "HCT116", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]	4,246
[ "Scale", "bar", ":", "0", ".", "1", "mm", ".", "(", "d", ")", "Tumour", "-", "bearing", "livers", "of", "NOG", "mice", "at", "10", "days", "after", "intrasplenic", "injection", "of", "HCT116", "(", "control", ")", "or", "PGRMC1", "-", "KD", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]	4,247
[ "Doxorubicin", "was", "incubated", "with", "HCT116", "cells", "expressing", "control", "shRNA", "or", "shPGRMC1", "(", "PGRMC1", "-", "KD", "),", "and", "the", "doxorubicinol", "/", "doxorubicin", "ratios", "in", "cell", "pellets", "were", "determined", "using", "LC", "-", "MS", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,250
[ "of", "four", "separate", "experiments", ".", "**", "P", "<", "0", ".", "01", "versus", "control", "using", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "(", "e", ")", "Indicated", "amounts", "of", "doxorubicin", "were", "added", "to", "HCT116", "(", "control", ")", "cells", ",", "PGRMC1", "-", "KD", "cells", ",", "or", "PGRMC1", "-", "KD", "cells", "expressing", "shRNA", "-", "resistant", "full", "-", "length", "PGRMC1", "wt", "or", "Y113F", ",", "and", "cell", "viability", "was", "examined", "by", "MTT", "assay", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,251
[ "Apo", "form", "Haem", "-", "bound", "form", "Mass", "(", "Da", ")", "Mass", "(", "Da", ")", "aPGRMC1", "wt", "(", "a", ".", "a", ".", "44", "–", "195", ")", "ESI", "-", "MS", "—", "17", ",", "844", ".", "14", "—", "36", ",", "920", ".", "19", "Theoretical", "17", ",", "843", ".", "65", "36", ",", "918", ".", "06", "Hydrodynamic", "radius", "10", "−", "9", "(", "m", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "Hydrodynamic", "radius", "10", "−", "9", "(", "m", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "DOSY", "2", ".", "04", "–", "2", ".", "15", "20", "2", ".", "94", "–", "3", ".", "02", "42", "S20", ",", "w", "(", "S", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "S20", ",", "w", "(", "S", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "SV", "-", "AUC", "1", ".", "9", "17", ".", "6", "3", ".", "1", "35", ".", "5", "bPGRMC1", "C129S", "(", "a", ".", "a", ".", "44", "–", "195", ")", "ESI", "-", "MS", "—", "17", ",", "827", ".", "91", "—", "36", ",", "887", ".", "07", "Theoretical", "17", ",", "827", ".", "59", "36", ",", "885", ".", "6", "S20", ",", "w", "(", "S", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "S20", ",", "w", "(", "S", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "SV", "-", "AUC", "2", ".", "0", "18", ".", "1", "3", ".", "1", "35", ".", "8" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,256
[ "The", "protein", "sizes", "of", "the", "wt", "and", "C129S", "PGRMC1", "cytosolic", "domains", "(", "a", ".", "a", ".", "44", "–", "195", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "haem", "were", "estimated", "by", "ESI", "-", "MS", ",", "DOSY", "and", "SV", "-", "AUC", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	4,257

[ "The", "slightly", "better", "growth", "of", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "mutant", "allowed", "us", "to", "solve", "the", "crystal", "structure", "of", "a", "yeast", "proteasome", "(", "yCP", ")", "with", "the", "β5", "-", "T1A", "mutation", ",", "which", "is", "discussed", "in", "the", "following", "section", "(", "for", "details", "see", "Supplementary", "Note", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,904

[ "Next", ",", "we", "examined", "the", "position", "of", "the", "β5", "propeptide", "in", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]

3,911

[ "As", "the", "K81R", "mutation", "is", "located", "far", "from", "the", "active", "site", "(", "Thr1Cα", "–", "Arg81Cα", ":", "24", "Å", "),", "any", "influence", "on", "propeptide", "conformation", "can", "be", "excluded", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,914

[ "As", "expected", "from", "β5", "-", "T1A", "mutants", ",", "the", "yeasts", "show", "severe", "growth", "phenotypes", ",", "with", "minor", "variations", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "4a", "and", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,920

[ "We", "determined", "crystal", "structures", "of", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "L", "-", "T1A", ",", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "T", "-", "T1A", "and", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "A", "-", "T1A", "-", "K81R", "mutants", "(", "Supplementary", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,921

[ "For", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "A", "-", "T1A", "-", "K81R", "variant", ",", "only", "the", "residues", "Gly", "(-", "1", ")", "and", "Ala", "(-", "2", ")", "could", "be", "visualized", ",", "indicating", "that", "Ala", "(-", "2", ")", "leads", "to", "insufficient", "stabilization", "of", "the", "propeptide", "in", "the", "substrate", "-", "binding", "channel", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "4d", ")." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,922

[ "As", "proven", "by", "the", "β2", "-", "T1A", "crystal", "structures", ",", "Thr", "(-", "2", ")", "hydrogen", "bonds", "to", "Gly", "(-", "1", ")", "O", ".", "Although", "this", "interaction", "was", "not", "observed", "for", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "T", "-", "T1A", "mutant", "(", "Fig", ".", "2c", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "4c", ",", "i", "),", "exchange", "of", "Thr", "(-", "2", ")", "by", "Val", "in", "β2", ",", "a", "conservative", "mutation", "regarding", "size", "but", "drastic", "with", "respect", "to", "polarity", ",", "was", "found", "to", "inhibit", "maturation", "of", "this", "subunit", "(", "Fig", ".", "2d", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "4e", ",", "j", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,927

[ "This", "discrepancy", "in", "growth", "was", "traced", "to", "an", "additional", "point", "mutation", "L", "(-", "49", ")", "S", "in", "the", "β5", "-", "propeptide", "of", "the", "β5", "-", "K33A", "mutant", "(", "see", "also", "Supplementary", "Note", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,935

[ "Additional", "proof", "for", "the", "key", "function", "of", "Lys33", "was", "obtained", "from", "the", "β5", "-", "K33A", "mutant", ",", "with", "the", "propeptide", "expressed", "separately", "from", "the", "main", "subunit", "(", "pp", "trans", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,937

[ "Consistent", "with", "this", ",", "the", "crystal", "structure", "of", "the", "β5", "-", "K33A", "pp", "trans", "mutant", "in", "complex", "with", "carfilzomib", "only", "showed", "partial", "occupancy", "of", "the", "ligand", "at", "the", "β5", "active", "sites", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "5b", "and", "Supplementary", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,939

[ "Since", "no", "acetylation", "of", "the", "Thr1", "N", "terminus", "was", "observed", "for", "the", "β5", "-", "K33A", "pp", "trans", "apo", "crystal", "structure", ",", "the", "reduced", "reactivity", "towards", "substrates", "and", "inhibitors", "indicates", "that", "Lys33NH2", ",", "rather", "than", "Thr1NH2", ",", "deprotonates", "and", "activates", "Thr1OH", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,940

[ "Furthermore", ",", "the", "crystal", "structure", "of", "the", "β5", "-", "K33A", "pp", "trans", "mutant", "without", "inhibitor", "revealed", "that", "Thr1Oγ", "strongly", "coordinates", "a", "well", "-", "defined", "water", "molecule", "(∼", "2", "Å", ";", "Fig", ".", "3c", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "5c", ",", "d", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,941

[ "Notably", ",", "only", "with", "the", "additional", "point", "mutation", "L", "(-", "49", ")", "S", "present", "in", "the", "β5", "propeptide", "could", "we", "purify", "a", "small", "amount", "of", "the", "β5", "-", "D17N", "mutant", "yCP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]

3,946

[ "Even", "though", "the", "β5", "-", "D17N", "pp", "trans", "yCP", "crystal", "structure", "appeared", "identical", "to", "the", "WT", "yCP", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "7b", "),", "the", "co", "-", "crystal", "structure", "with", "the", "α", "′,", "β", "′", "epoxyketone", "inhibitor", "carfilzomib", "visualized", "only", "partial", "occupancy", "of", "the", "ligand", "in", "the", "β5", "active", "site", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "7a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,948

[ "Autolysis", "and", "residual", "catalytic", "activity", "of", "the", "β5", "-", "D17N", "mutants", "may", "originate", "from", "the", "carbonyl", "group", "of", "Asn17", ",", "which", "albeit", "to", "a", "lower", "degree", "still", "can", "polarize", "Lys33", "for", "the", "activation", "of", "Thr1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,949

[ "In", "agreement", ",", "an", "E17A", "mutant", "in", "the", "proteasomal", "β", "-", "subunit", "of", "the", "archaeon", "Thermoplasma", "acidophilum", "prevents", "autolysis", "and", "catalysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,950

[ "X", "-", "ray", "data", "on", "the", "β5", "-", "D166N", "mutant", "indicate", "that", "the", "β5", "propeptide", "is", "hydrolysed", ",", "but", "due", "to", "reorientation", "of", "Ser129OH", ",", "the", "interaction", "with", "Asn166Oδ", "is", "disrupted", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "8a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,954

[ "Soaking", "the", "β5", "-", "D166N", "crystals", "with", "carfilzomib", "and", "MG132", "resulted", "in", "covalent", "modification", "of", "Thr1", "at", "high", "occupancy", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "8c", ")." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,955

[ "His", "(-", "2", ")", "occupies", "the", "S2", "pocket", "like", "observed", "for", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "mutant", ",", "but", "in", "contrast", "to", "the", "latter", ",", "the", "propeptide", "in", "the", "T1C", "mutant", "adopts", "an", "antiparallel", "β", "-", "sheet", "conformation", "as", "known", "from", "inhibitors", "like", "MG132", "(", "Fig", ".", "4c", "–", "e", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "9b", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,961

[ "On", "the", "basis", "of", "the", "phenotype", "of", "the", "T1C", "mutant", "and", "the", "propeptide", "remnant", "identified", "in", "its", "active", "site", ",", "we", "suppose", "that", "autolysis", "is", "retarded", "and", "may", "not", "have", "been", "completed", "before", "crystallization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,962

[ "Despite", "propeptide", "hydrolysis", ",", "the", "β5", "-", "T1C", "active", "site", "is", "catalytically", "inactive", "(", "Fig", ".", "4b", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "9a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,963

[ "Notably", ",", "the", "2FO", "–", "FC", "electron", "-", "density", "map", "of", "the", "T1C", "mutant", "also", "indicates", "that", "Lys33NH2", "is", "disordered", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,966

[ "To", "investigate", "the", "reason", "for", "this", "singularity", ",", "we", "analysed", "a", "β5", "-", "T1S", "mutant", ",", "which", "is", "viable", "but", "suffers", "from", "growth", "defects", "(", "Fig", ".", "4a", "and", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,969

[ "Crystal", "structure", "analysis", "of", "the", "β5", "-", "T1S", "mutant", "confirmed", "precursor", "processing", "(", "Fig", ".", "4g", "),", "and", "ligand", "-", "complex", "structures", "with", "bortezomib", "and", "carfilzomib", "unambiguously", "corroborated", "the", "reactivity", "of", "Ser1", "(", "Fig", ".", "5", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,971

[ "Here", "we", "have", "described", "the", "atomic", "structures", "of", "various", "β5", "-", "T1A", "mutants", ",", "which", "allowed", "for", "the", "first", "time", "visualization", "of", "the", "residual", "β5", "propeptide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,984

[ "The", "mutation", "D166N", "lowers", "the", "pKa", "of", "Thr1N", ",", "which", "is", "thus", "more", "likely", "to", "exist", "in", "the", "uncharged", "deprotonated", "state", "(", "Thr1NH2", ")." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,996

[ "To", "investigate", "why", "the", "CP", "specifically", "employs", "threonine", "as", "its", "active", "-", "site", "residue", ",", "we", "used", "a", "β5", "-", "T1S", "mutant", "of", "the", "yCP", "and", "characterized", "it", "biochemically", "and", "structurally", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,001

[ "Activity", "assays", "with", "the", "β5", "-", "T1S", "mutant", "revealed", "reduced", "turnover", "of", "Suc", "-", "LLVY", "-", "AMC", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,002

[ "We", "also", "observed", "slightly", "lower", "affinity", "of", "the", "β5", "-", "T1S", "mutant", "yCP", "for", "the", "Food", "and", "Drug", "Administration", "-", "approved", "proteasome", "inhibitors", "bortezomib", "and", "carfilzomib", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,003

[ "(", "a", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β1", "-", "T1A", "propeptide", "and", "the", "matured", "WT", "β1", "active", "-", "site", "Thr1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,008

[ "Only", "the", "residues", "(-", "5", ")", "to", "(-", "1", ")", "of", "the", "β1", "-", "T1A", "propeptide", "are", "displayed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O" ]

4,009

[ "(", "b", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β1", "-", "T1A", "propeptide", "and", "the", "β2", "-", "T1A", "propeptide", "highlights", "subtle", "differences", "in", "their", "conformations", ",", "but", "illustrates", "that", "Ala1", "and", "Gly", "(-", "1", ")", "match", "well", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,010

[ "(", "c", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β1", "-", "T1A", ",", "the", "β2", "-", "T1A", "and", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "propeptide", "remnants", "depict", "their", "differences", "in", "conformation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,012

[ "(", "a", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β1", "-", "T1A", "propeptide", "and", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "L", "-", "T1A", "mutant", "propeptide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]

4,016

[ "(", "c", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β2", "-", "T1A", "propeptide", "and", "the", "β5", "-", "H", "(-", "2", ")", "T", "-", "T1A", "mutant", "propeptide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]

4,018

[ "(", "c", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "WT", "β5", "and", "the", "β5", "-", "K33A", "pp", "trans", "mutant", "active", "site", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,023

[ "Notably", ",", "His", "(-", "2", ")", "does", "not", "occupy", "the", "S1", "pocket", "formed", "by", "Met45", ",", "similar", "to", "what", "was", "observed", "for", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]

4,032

[ "(", "d", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β5", "-", "T1A", "-", "K81R", "and", "the", "β5", "-", "T1C", "mutant", "subunits", "onto", "the", "WT", "β5", "subunit", ".", "(", "e", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "β5", "-", "T1C", "propeptide", "onto", "the", "β1", "-", "T1A", "active", "site", "(", "blue", ")", "and", "the", "WT", "β5", "active", "site", "in", "complex", "with", "the", "proteasome", "inhibitor", "MG132", "(", "ref", ".)." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,033

[ "(", "f", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "WT", "β5", "and", "β5", "-", "T1C", "mutant", "active", "sites", "illustrates", "the", "different", "orientations", "of", "the", "hydroxyl", "group", "of", "Thr1", "and", "the", "thiol", "side", "chain", "of", "Cys1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,035

[ "(", "g", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "WT", "β5", "and", "β5", "-", "T1S", "mutant", "active", "sites", "reveals", "different", "orientations", "of", "the", "hydroxyl", "groups", "of", "Thr1", "and", "Ser1", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,036

[ "Inhibition", "of", "WT", "and", "mutant", "β5", "-", "T1S", "proteasomes", "by", "bortezomib", "and", "carfilzomib", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,039

[ "Structures", "of", "the", "β5", "-", "T1S", "mutant", "in", "complex", "with", "both", "ligands", "(", "green", ")", "prove", "the", "reactivity", "of", "Ser1", "(", "right", "panel", ")." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,044

[ "MS", "analyses", "under", "non", "-", "denaturing", "conditions", "clearly", "showed", "that", "the", "Cys129Ser", "(", "C129S", ")", "mutant", "is", "dimerized", "in", "the", "presence", "of", "haem", ",", "indicating", "that", "the", "haem", "-", "mediated", "dimerization", "of", "PGRMC1", "occurs", "independently", "of", "the", "disulfide", "bond", "formation", "via", "Cys129", "(", "Fig", ".", "2a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,149

[ "Similarly", ",", "the", "C129S", "mutant", "of", "PGRMC1", "converted", "from", "monomer", "to", "dimer", "by", "binding", "to", "haem", "(", "Fig", ".", "2b", ")." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,155

[ "Analysis", "by", "gel", "filtration", "chromatography", "revealed", "that", "the", "relative", "molecular", "sizes", "of", "the", "wild", "-", "type", "and", "the", "C129S", "mutant", "of", "PGRMC1", "are", "increased", "by", "adding", "haem", "to", "apo", "-", "PGRMC1", "regardless", "of", "the", "oxidation", "state", "of", "the", "iron", "(", "Fig", ".", "3c", "),", "which", "is", "in", "agreement", "with", "the", "results", "in", "Table", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,169

[ "Furthermore", ",", "the", "Tyr113Phe", "(", "Y113F", ")", "mutant", "of", "PGRMC1", "was", "not", "responsive", "to", "haem", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,172

[ "As", "shown", "in", "Fig", ".", "4a", ",", "the", "cytosolic", "domain", "of", "wild", "-", "type", "PGRMC1", ",", "but", "not", "the", "Y113F", "mutant", ",", "interacted", "with", "purified", "EGFR", "in", "a", "haem", "-", "dependent", "manner", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,180

[ "The", "C129S", "mutant", "of", "PGRMC1", "also", "interacted", "with", "endogenous", "PGRMC1", "and", "EGFR", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "16", ")." ]

[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,184

[ "Whereas", "FLAG", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "PGRMC1", "interacted", "with", "endogenous", "PGRMC1", "and", "EGFR", ",", "the", "Y113F", "mutant", "did", "not", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O" ]

4,185

[ "EGF", "-", "induced", "phosphorylations", "of", "EGFR", "and", "its", "downstream", "targets", "AKT", "and", "ERK", "were", "decreased", "by", "PGRMC1", "knockdown", "(", "PGRMC1", "-", "KD", ")", "(", "Fig", ".", "4f", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,189

[ "To", "further", "investigate", "the", "role", "of", "the", "dimerized", "form", "of", "PGRMC1", "in", "cancer", "proliferation", ",", "we", "performed", "PGRMC1", "knockdown", "-", "rescue", "experiments", "using", "FLAG", "-", "tagged", "wild", "-", "type", "and", "Y113F", "PGRMC1", "expression", "vectors", ",", "in", "which", "silent", "mutations", "were", "introduced", "into", "the", "nucleotide", "sequence", "targeted", "by", "shRNA", "(", "Fig", ".", "5a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,192

[ "Ten", "days", "after", "intra", "-", "splenic", "implantation", "of", "HCT116", "cells", "that", "were", "genetically", "tagged", "with", "a", "fluorescent", "protein", "Venus", ",", "the", "group", "implanted", "with", "PGRMC1", "-", "KD", "cells", "showed", "a", "significant", "decrease", "of", "liver", "metastasis", "in", "comparison", "with", "the", "control", "group", "(", "Fig", ".", "5d", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,194

[ "PGRMC1", "-", "KD", "significantly", "suppressed", "the", "conversion", "of", "doxorubicin", "to", "doxorubicinol", "(", "Fig", ".", "6d", ")", "and", "increased", "sensitivity", "to", "doxorubicin", "(", "Fig", ".", "6e", ")." ]

[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,199

[ "This", "effect", "was", "reversed", "by", "co", "-", "expression", "of", "the", "wild", "-", "type", "PGRMC1", "but", "not", "of", "the", "Y113F", "mutant", ",", "suggesting", "that", "PGRMC1", "enhances", "doxorubicin", "resistance", "of", "cancer", "cells", "by", "facilitating", "its", "degradation", "via", "cytochromes", "P450", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,200

[ "(", "a", ")", "Mass", "spectrometric", "analyses", "of", "the", "wild", "-", "type", "(", "wt", ")", "PGRMC1", "or", "the", "C129S", "mutant", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "haem", "under", "non", "-", "denaturing", "condition", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,224

[ "(", "c", ")", "Gel", "-", "filtration", "chromatography", "analyses", "of", "PGRMC1", "(", "a", ".", "a", ".", "44", "–", "195", ")", "wild", "-", "type", "(", "wt", ")", "and", "the", "Y113F", "or", "C129S", "mutant", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "haem", ",", "dithionite", "and", "/", "or", "CO", ".", "(", "d", ")", "Transition", "model", "for", "structural", "regulation", "of", "PGRMC1", "in", "response", "to", "haem", "and", "CO", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,235

[ "(", "c", ")", "FLAG", "-", "PGRMC1", "wt", "or", "Y113F", "(", "full", "length", ")", "was", "over", "-", "expressed", "in", "HCT116", "cells", "and", "immunoprecipitated", "with", "anti", "-", "FLAG", "antibody", "-", "conjugated", "beads", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,239

[ "(", "c", ")", "Spheroid", "formation", "in", "control", "and", "PGRMC1", "-", "KD", "HCT116", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]

4,246

[ "Scale", "bar", ":", "0", ".", "1", "mm", ".", "(", "d", ")", "Tumour", "-", "bearing", "livers", "of", "NOG", "mice", "at", "10", "days", "after", "intrasplenic", "injection", "of", "HCT116", "(", "control", ")", "or", "PGRMC1", "-", "KD", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]

4,247

[ "Doxorubicin", "was", "incubated", "with", "HCT116", "cells", "expressing", "control", "shRNA", "or", "shPGRMC1", "(", "PGRMC1", "-", "KD", "),", "and", "the", "doxorubicinol", "/", "doxorubicin", "ratios", "in", "cell", "pellets", "were", "determined", "using", "LC", "-", "MS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,250

[ "of", "four", "separate", "experiments", ".", "**", "P", "<", "0", ".", "01", "versus", "control", "using", "unpaired", "Student", "'", "s", "t", "-", "test", ".", "(", "e", ")", "Indicated", "amounts", "of", "doxorubicin", "were", "added", "to", "HCT116", "(", "control", ")", "cells", ",", "PGRMC1", "-", "KD", "cells", ",", "or", "PGRMC1", "-", "KD", "cells", "expressing", "shRNA", "-", "resistant", "full", "-", "length", "PGRMC1", "wt", "or", "Y113F", ",", "and", "cell", "viability", "was", "examined", "by", "MTT", "assay", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,251

[ "Apo", "form", "Haem", "-", "bound", "form", "Mass", "(", "Da", ")", "Mass", "(", "Da", ")", "aPGRMC1", "wt", "(", "a", ".", "a", ".", "44", "–", "195", ")", "ESI", "-", "MS", "—", "17", ",", "844", ".", "14", "—", "36", ",", "920", ".", "19", "Theoretical", "17", ",", "843", ".", "65", "36", ",", "918", ".", "06", "Hydrodynamic", "radius", "10", "−", "9", "(", "m", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "Hydrodynamic", "radius", "10", "−", "9", "(", "m", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "DOSY", "2", ".", "04", "–", "2", ".", "15", "20", "2", ".", "94", "–", "3", ".", "02", "42", "S20", ",", "w", "(", "S", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "S20", ",", "w", "(", "S", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "SV", "-", "AUC", "1", ".", "9", "17", ".", "6", "3", ".", "1", "35", ".", "5", "bPGRMC1", "C129S", "(", "a", ".", "a", ".", "44", "–", "195", ")", "ESI", "-", "MS", "—", "17", ",", "827", ".", "91", "—", "36", ",", "887", ".", "07", "Theoretical", "17", ",", "827", ".", "59", "36", ",", "885", ".", "6", "S20", ",", "w", "(", "S", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "S20", ",", "w", "(", "S", ")", "MW", "(", "kDa", ")", "SV", "-", "AUC", "2", ".", "0", "18", ".", "1", "3", ".", "1", "35", ".", "8" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,256

[ "The", "protein", "sizes", "of", "the", "wt", "and", "C129S", "PGRMC1", "cytosolic", "domains", "(", "a", ".", "a", ".", "44", "–", "195", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "haem", "were", "estimated", "by", "ESI", "-", "MS", ",", "DOSY", "and", "SV", "-", "AUC", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

4,257