OTAR3088/Variants_IOB_format · Datasets at Hugging Face

words listlengths 4 199	labels listlengths 4 199	__index_level_0__ int64 32 4.26k
[ "The", "CDN", "domain", "positioning", "relative", "to", "CDL", "/", "CDC1", "is", "highly", "variable", "with", "three", "main", "orientations", "observed", "in", "the", "structures", "of", "SceCD", "and", "the", "larger", "CthACC", "fragments", ":", "CDN", "tilts", ",", "resulting", "in", "a", "displacement", "of", "its", "N", "terminus", "by", "23", "Å", "(", "Fig", ".", "4a", ",", "observed", "in", "both", "protomers", "of", "CthCD", "-", "CT", "and", "one", "protomer", "of", "CthΔBCCP", ",", "denoted", "as", "CthCD", "-", "CT1", "/", "2", "and", "CthΔBCCP1", ",", "respectively", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O" ]	2,038
[ "In", "addition", ",", "CDN", "can", "rotate", "around", "hinges", "in", "the", "connection", "between", "CDN", "/", "CDL", "by", "70", "°", "(", "Fig", ".", "4b", ",", "observed", "in", "the", "second", "protomer", "of", "CthΔBCCP", ",", "denoted", "as", "CthΔBCCP2", ")", "and", "160", "°", "(", "Fig", ".", "4c", ",", "observed", "in", "SceCD", ")", "leading", "to", "displacement", "of", "the", "anchor", "site", "for", "the", "BCCP", "linker", "by", "up", "to", "33", "and", "40", "Å", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,039
[ "On", "the", "basis", "of", "the", "occurrence", "of", "related", "conformational", "changes", "between", "fungal", "and", "human", "ACC", "fragments", ",", "the", "observed", "set", "of", "conformations", "may", "well", "represent", "general", "states", "present", "in", "all", "eukaryotic", "ACCs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,040
[ "Class", "averages", ",", "obtained", "by", "maximum", "-", "likelihood", "-", "based", "two", "-", "dimensional", "(", "2D", ")", "classification", ",", "are", "focused", "on", "the", "dimeric", "CT", "domain", "and", "the", "full", "BC", "–", "BCCP", "–", "CD", "domain", "of", "only", "one", "protomer", ",", "due", "to", "the", "non", "-", "coordinated", "motions", "of", "the", "lateral", "BC", "/", "CD", "regions", "relative", "to", "the", "CT", "dimer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,045
[ "Comparison", "of", "flACC", "with", "our", "CthΔBCCP", "structure", "reveals", "the", "CDC2", "/", "CT", "hinge", "as", "a", "major", "contributor", "to", "conformational", "flexibility", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "5b", ",", "c", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,062
[ "On", "the", "basis", "of", "a", "superposition", "of", "CDC2", ",", "CDC1", "of", "the", "phosphorylated", "SceCD", "is", "rotated", "by", "30", "°", "relative", "to", "CDC1", "of", "the", "non", "-", "phosphorylated", "flACC", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "5d", "),", "similar", "to", "what", "we", "have", "observed", "for", "the", "non", "-", "phosphorylated", "HsaBT", "-", "CD", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "1d", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,064
[ "When", "inspecting", "all", "individual", "protomer", "and", "fragment", "structures", "in", "their", "study", ",", "Wei", "and", "Tong", "also", "identify", "the", "CDN", "/", "CDC1", "connection", "as", "a", "highly", "flexible", "hinge", ",", "in", "agreement", "with", "our", "observations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,065
[ "(", "e", ")", "Structural", "overview", "of", "HsaBT", "-", "CD", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,083
[ "(", "a", ")", "Hinge", "properties", "of", "the", "CDC2", "–", "CT", "connection", "analysed", "by", "a", "CT", "-", "based", "superposition", "of", "eight", "instances", "of", "the", "CDC2", "-", "CT", "segment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,089
[ "For", "clarity", ",", "only", "one", "protomer", "of", "CthCD", "-", "CTCter1", "is", "shown", "in", "full", "colour", "as", "reference", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,090
[ "One", "protomer", "of", "CthΔBCCP", "is", "shown", "in", "colour", ",", "the", "CDL", "domains", "are", "omitted", "for", "clarity", "and", "the", "position", "of", "the", "phosphorylated", "serine", "based", "on", "SceCD", "is", "indicated", "with", "a", "red", "triangle", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,093
[ "Three", "single", "-", "site", "mutants", "of", "SePSK", "are", "D8A", "-", "SePSK", ",", "T11A", "-", "SePSK", "and", "D221A", "-", "SePSK", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O" ]	2,148
[ "To", "identify", "the", "function", "of", "these", "three", "residues", "of", "SePSK", ",", "we", "constructed", "D8A", ",", "T11A", "and", "D221A", "mutants", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O" ]	2,153
[ "Single", "-", "cycle", "kinetic", "data", "are", "reflecting", "the", "interaction", "of", "SePSK", "and", "D8A", "-", "SePSK", "with", "D", "-", "ribulose", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,183
[ "The", "original", "data", "is", "shown", "as", "black", "curve", ",", "and", "the", "fitted", "data", "is", "shown", "as", "different", "color", "(", "wild", "type", "SePSK", ":", "red", "curve", ",", "D8A", "-", "SePSK", ":", "green", "curve", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,185
[ "Dissociation", "rate", "constant", "of", "wild", "type", "and", "D8A", "-", "SePSK", "are", "3", "ms", "-", "1", "and", "9", "ms", "-", "1", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,186
[ "To", "further", "verified", "this", "result", ",", "we", "measured", "the", "binding", "affinity", "for", "D", "-", "ribulose", "of", "both", "wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "D8A", "mutant", "of", "SePSK", "using", "a", "surface", "plasmon", "resonance", "method", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,193
[ "Dissociation", "rate", "constant", "(", "Kd", ")", "of", "wild", "type", "and", "D8A", "-", "SePSK", "are", "3", "ms", "-", "1", "and", "9", "ms", "-", "1", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,194
[ "The", "domain", "I", "of", "RBL", "-", "SePSK", "(", "aa", ".", "1", "–", "228", ",", "aa", ".", "402", "–", "421", ")", "and", "the", "domain", "II", "of", "AMP", "-", "PNP", "-", "SePSK", "(", "aa", ".", "229", "–", "401", ")", "were", "superposed", "with", "structures", ",", "including", "apo", "-", "AtXK", "-", "1", ",", "apo", "-", "SePSK", ",", "xylulose", "kinase", "from", "Lactobacillus", "acidophilus", "(", "PDB", "code", ":", "3LL3", ")", "and", "the", "S58W", "mutant", "form", "of", "glycerol", "kinase", "from", "Escherichia", "coli", "(", "PDB", "code", ":", "1GLJ", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,208
[ "Therefore", ",", "we", "wanted", "to", "check", "the", "influence", "of", "the", "primary", "sequence", "of", "the", "two", "proteins", "in", "this", "region", "on", "their", "ability", "to", "interact", "with", "RavA", ".", "To", "this", "end", ",", "we", "swapped", "the", "relevant", "β", "-", "sheets", "of", "the", "two", "proteins", "and", "produced", "their", "chimeras", ",", "namely", "LdcIC", "(", "i", ".", "e", ".", "LdcI", "with", "the", "C", "-", "terminal", "β", "-", "sheet", "of", "LdcC", ")", "and", "LdcCI", "(", "i", ".", "e", ".", "LdcC", "with", "the", "C", "-", "terminal", "β", "-", "sheet", "of", "LdcI", ")", "(", "Fig", ".", "5A", "–", "C", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,270
[ "Both", "constructs", "could", "be", "purified", "and", "could", "form", "decamers", "visually", "indistinguishable", "from", "the", "wild", "-", "type", "proteins", "." ]	[ "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,271
[ "Analysis", "of", "the", "LdcIC", "and", "LdcCI", "chimeras", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "B-mutant", "O" ]	2,310
[ "The", "crystal", "structure", "of", "phosphorylation", "-", "mimicking", "Mep2", "variants", "from", "C", ".", "albicans", "show", "large", "conformational", "changes", "in", "a", "conserved", "and", "functionally", "important", "region", "of", "the", "CTR", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,318
[ "Together", "with", "a", "structure", "of", "a", "C", "-", "terminal", "Mep2", "variant", "lacking", "the", "segment", "containing", "the", "phosphorylation", "site", ",", "the", "results", "allow", "us", "to", "propose", "a", "structural", "model", "for", "phosphorylation", "-", "based", "regulation", "of", "eukaryotic", "ammonium", "transport", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,347
[ "However", ",", "given", "that", "an", "N", "-", "terminal", "deletion", "mutant", "(", "2", "-", "27Δ", ")", "grows", "as", "well", "as", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "Mep2", "on", "minimal", "ammonium", "medium", "(", "Fig", ".", "3", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "1", "),", "the", "importance", "of", "the", "N", "terminus", "for", "Mep2", "activity", "is", "not", "clear", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,358
[ "Conversely", ",", "the", "phosphorylation", "-", "mimicking", "S457D", "variant", "is", "active", "both", "in", "the", "triple", "mepΔ", "background", "and", "in", "a", "triple", "mepΔ", "npr1Δ", "strain", "(", "Fig", ".", "3", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,377
[ "Mutation", "of", "other", "potential", "phosphorylation", "sites", "in", "the", "CTR", "did", "not", "support", "growth", "in", "the", "npr1Δ", "background", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O" ]	2,378
[ "Interestingly", ",", "a", "ScMep2", "457Δ", "truncation", "mutant", "in", "which", "a", "His", "-", "tag", "directly", "follows", "Ser457", "is", "highly", "expressed", "but", "has", "low", "activity", "(", "Fig", ".", "3", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "1b", "),", "suggesting", "that", "the", "His", "-", "tag", "interferes", "with", "phosphorylation", "by", "Npr1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,388
[ "The", "same", "mutant", "lacking", "the", "His", "-", "tag", "has", "WT", "properties", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "1b", "),", "confirming", "that", "the", "region", "following", "the", "phosphorylation", "site", "is", "dispensable", "for", "function", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,389
[ "The", "data", "behind", "this", "hypothesis", "is", "the", "observation", "that", "a", "ScMep2", "449", "-", "485Δ", "deletion", "mutant", "lacking", "the", "AI", "region", "is", "highly", "active", "in", "MA", "uptake", "both", "in", "the", "triple", "mepΔ", "and", "triple", "mepΔ", "npr1Δ", "backgrounds", ",", "implying", "that", "this", "Mep2", "variant", "has", "a", "constitutively", "open", "channel", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,392
[ "The", "importance", "of", "the", "Tyr", "–", "His", "hydrogen", "bond", "is", "underscored", "by", "the", "fact", "that", "its", "removal", "in", "the", "ScMep2", "Y53A", "mutant", "results", "in", "a", "constitutively", "active", "transporter", "(", "Fig", ".", "3", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,396
[ "To", "exclude", "the", "possibility", "that", "the", "additional", "R452D", "mutation", "is", "responsible", "for", "the", "observed", "changes", ",", "we", "also", "determined", "the", "structure", "of", "the", "‘", "single", "D", "'", "S453D", "mutant", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O" ]	2,405
[ "As", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "4", ",", "the", "consequence", "of", "the", "single", "D", "mutation", "is", "very", "similar", "to", "that", "of", "the", "DD", "substitution", ",", "with", "conformational", "changes", "and", "increased", "dynamics", "confined", "to", "the", "conserved", "part", "of", "the", "CTR", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "4", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,406
[ "To", "supplement", "the", "crystal", "structures", ",", "we", "also", "performed", "modelling", "and", "MD", "studies", "of", "WT", "CaMep2", ",", "the", "DD", "mutant", "and", "phosphorylated", "protein", "(", "S453J", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]	2,407
[ "The", "DD", "mutant", "is", "also", "stable", "during", "the", "simulations", ",", "but", "the", "average", "backbone", "r", ".", "m", ".", "s", ".", "d", "of", "∼", "3", ".", "6", "Å", "suggests", "slightly", "more", "conformational", "flexibility", "than", "WT", "." ]	[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,411
[ "Finally", ",", "the", "S453J", "mutant", "is", "also", "stable", "throughout", "the", "200", "-", "ns", "simulation", "and", "has", "an", "average", "backbone", "deviation", "of", "∼", "3", ".", "8", "Å", ",", "which", "is", "similar", "to", "the", "DD", "mutant", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,414
[ "However", ",", "the", "conformational", "changes", "for", "the", "phosphomimetic", "mutants", "in", "the", "crystals", "are", "confined", "to", "the", "CTR", "(", "Fig", ".", "8", "),", "and", "the", "channels", "are", "still", "closed", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,417
[ "One", "possible", "explanation", "is", "that", "the", "mutants", "do", "not", "accurately", "mimic", "a", "phosphoserine", ",", "but", "the", "observation", "that", "the", "S453D", "and", "DD", "mutants", "are", "fully", "active", "in", "the", "absence", "of", "Npr1", "suggests", "that", "the", "mutations", "do", "mimic", "the", "effect", "of", "phosphorylation", "(", "Fig", ".", "3", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,418
[ "The", "fact", "that", "the", "S453D", "structure", "was", "obtained", "in", "the", "presence", "of", "10", "mM", "ammonium", "ions", "suggests", "that", "the", "crystallization", "process", "favours", "closed", "states", "of", "the", "Mep2", "channels", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,419
[ "Interestingly", ",", "phosphomimetic", "mutations", "introduced", "into", "one", "monomer", "inactivate", "the", "entire", "trimer", ",", "indicating", "that", "(", "i", ")", "heterotrimerization", "occurs", "and", "(", "ii", ")", "the", "CTR", "mediates", "allosteric", "regulation", "of", "ammonium", "transport", "activity", "via", "phosphorylation", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,424
[ "Our", "model", "also", "provides", "an", "explanation", "for", "the", "observation", "that", "certain", "mutations", "within", "the", "CTR", "completely", "abolish", "transport", "activity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,445
[ "(", "a", ")", "Side", "views", "for", "WT", "CaMep2", "(", "left", ")", "and", "the", "truncation", "mutant", "442Δ", "(", "right", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O" ]	2,484
[ "(", "a", ")", "Cytoplasmic", "view", "of", "the", "DD", "mutant", "trimer", ",", "with", "WT", "CaMep2", "superposed", "in", "grey", "for", "one", "of", "the", "monomers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,487
[ "(", "b", ")", "Monomer", "side", "-", "view", "superposition", "of", "WT", "CaMep2", "and", "the", "DD", "mutant", ",", "showing", "the", "conformational", "change", "and", "disorder", "around", "the", "ExxGxD", "motif", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,489
[ "This", "Fab", "library", "is", "composed", "of", "3", "HC", "germlines", ",", "IGHV1", "-", "69", "(", "H1", "-", "69", "),", "IGHV3", "-", "23", "(", "H3", "-", "23", ")", "and", "IGHV5", "-", "51", "(", "H5", "-", "51", "),", "and", "4", "LC", "germlines", "(", "all", "κ", "),", "IGKV1", "-", "39", "(", "L1", "-", "39", "),", "IGKV3", "-", "11", "(", "L3", "-", "11", "),", "IGKV3", "-", "20", "(", "L3", "-", "20", ")", "and", "IGKV4", "-", "1", "(", "L4", "-", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,533
[ "The", "crystal", "structure", "determinations", "and", "structural", "analyses", "of", "all", "germline", "Fabs", "in", "the", "library", "described", "above", "along", "with", "the", "structures", "of", "a", "fourth", "HC", "germline", ",", "IGHV3", "-", "53", "(", "H3", "-", "53", "),", "paired", "with", "the", "4", "LCs", "of", "the", "library", "have", "been", "carried", "out", "to", "support", "antibody", "therapeutic", "development", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,536
[ "The", "crystal", "structures", "of", "a", "germline", "library", "composed", "of", "16", "Fabs", "generated", "by", "combining", "4", "HCs", "(", "H1", "-", "69", ",", "H3", "-", "23", ",", "H3", "-", "53", "and", "H5", "-", "51", ")", "and", "4", "LCs", "(", "L1", "-", "39", ",", "L3", "-", "11", ",", "L3", "-", "20", "and", "L4", "-", "1", ")", "have", "been", "determined", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,544
[ "The", "superposition", "of", "CDR", "H1", "backbones", "for", "all", "HC", ":", "LC", "pairs", "with", "heavy", "chains", ":", "(", "A", ")", "H1", "-", "69", ",", "(", "B", ")", "H3", "-", "23", ",", "(", "C", ")", "H3", "-", "53", "and", "(", "D", ")", "H5", "-", "51", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,561
[ "Some", "deviation", "is", "observed", "for", "H3", "-", "53", ",", "mostly", "due", "to", "H3", "-", "53", ":", "L4", "-", "1", ",", "which", "exhibits", "a", "significant", "degree", "of", "disorder", "in", "CDR", "H1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,566
[ "The", "CDR", "H1", "structures", "with", "H1", "-", "69", "shown", "in", "Fig", ".", "1A", "are", "quite", "variable", ",", "both", "for", "the", "structures", "with", "different", "LCs", "and", "for", "the", "copies", "of", "the", "same", "Fab", "in", "the", "asymmetric", "unit", ",", "H1", "-", "69", ":", "L3", "-", "11", "and", "H1", "-", "69", ":", "L3", "-", "20", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,568
[ "In", "total", ",", "6", "independent", "Fab", "structures", "produce", "5", "different", "canonical", "structures", ",", "namely", "H1", "-", "13", "-", "1", ",", "H1", "-", "13", "-", "3", ",", "H1", "-", "13", "-", "4", ",", "H1", "-", "13", "-", "6", "and", "H1", "-", "13", "-", "10", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,569
[ "A", "major", "difference", "of", "H1", "-", "69", "from", "the", "other", "germlines", "in", "the", "experimental", "data", "set", "is", "the", "presence", "of", "Gly", "instead", "of", "Phe", "or", "Tyr", "at", "position", "27", "(", "residue", "5", "of", "13", "in", "CDR", "H1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,570
[ "The", "superposition", "of", "CDR", "H2", "backbones", "for", "all", "HC", ":", "LC", "pairs", "with", "heavy", "chains", ":", "(", "A", ")", "H1", "-", "69", ",", "(", "B", ")", "H3", "-", "23", ",", "(", "C", ")", "H3", "-", "53", "and", "(", "D", ")", "H5", "-", "51", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,572
[ "In", "one", "case", ",", "in", "the", "second", "Fab", "of", "H1", "-", "69", ":", "L3", "-", "20", ",", "CDR", "H2", "is", "partially", "disordered", "(", "Δ55", "-", "60", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,575
[ "Arg71", "in", "H3", "-", "23", "fills", "the", "space", "between", "CDRs", "H2", "and", "H4", ",", "and", "defines", "the", "conformation", "of", "the", "tip", "of", "CDR", "H2", "so", "that", "residue", "54", "points", "away", "from", "the", "antigen", "binding", "site", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,577
[ "Conformations", "of", "CDR", "H2", "in", "H1", "-", "69", "and", "H5", "-", "51", ",", "both", "of", "which", "have", "canonical", "structure", "H2", "-", "10", "-", "1", ",", "show", "little", "deviation", "within", "each", "set", "of", "4", "structures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,578
[ "The", "superposition", "of", "CDR", "L1", "backbones", "for", "all", "HC", ":", "LC", "pairs", "with", "light", "chains", ":", "(", "A", ")", "L1", "-", "39", ",", "(", "B", ")", "L3", "-", "11", ",", "(", "C", ")", "L3", "-", "20", "and", "(", "D", ")", "L4", "-", "1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,580
[ "Of", "these", "LCs", ",", "L1", "-", "39", "and", "L3", "-", "11", "have", "the", "same", "canonical", "structure", ",", "L1", "-", "11", "-", "1", ",", "and", "superimpose", "very", "well", "(", "Fig", ".", "3A", ",", "B", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,581
[ "L4", "-", "1", "has", "the", "longest", "CDR", "L1", ",", "composed", "of", "17", "amino", "acid", "residues", "(", "Fig", ".", "3D", ")." ]	[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,582
[ "The", "conformation", "of", "CDR", "L1", "in", "these", "2", "Fabs", "is", "slightly", "different", ",", "and", "both", "conformations", "fall", "somewhere", "between", "L1", "-", "12", "-", "1", "and", "L1", "-", "12", "-", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,587
[ "The", "superposition", "of", "CDR", "L2", "backbones", "for", "all", "HC", ":", "LC", "pairs", "with", "light", "chains", ":", "(", "A", ")", "L1", "-", "39", ",", "(", "B", ")", "L3", "-", "11", ",", "(", "C", ")", "L3", "-", "20", "and", "(", "D", ")", "L4", "-", "1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,590
[ "All", "four", "LCs", "have", "CDR", "L2", "of", "the", "same", "length", "and", "canonical", "structure", ",", "L2", "-", "8", "-", "1", "(", "Table", "2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O" ]	2,591
[ "The", "superposition", "of", "CDR", "L3", "backbones", "for", "all", "HC", ":", "LC", "pairs", "with", "light", "chains", ":", "(", "A", ")", "L1", "-", "39", ",", "(", "B", ")", "L3", "-", "11", ",", "(", "C", ")", "L3", "-", "20", "and", "(", "D", ")", "L4", "-", "1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,594
[ "The", "conformations", "of", "CDR", "L3", "for", "L1", "-", "39", ",", "L3", "-", "11", ",", "and", "particularly", "for", "L320", ",", "are", "not", "as", "tightly", "clustered", "as", "those", "of", "L4", "-", "1", "(", "Fig", ".", "5", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,595
[ "It", "appears", "that", "for", "each", "given", "LC", ",", "the", "Fabs", "with", "germlines", "H1", "-", "69", "and", "H3", "-", "23", "are", "substantially", "more", "stable", "than", "those", "with", "germlines", "H3", "-", "53", "and", "H5", "-", "51", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,653
[ "In", "addition", ",", "L1", "-", "39", "provides", "a", "much", "higher", "degree", "of", "stabilization", "than", "the", "other", "3", "LC", "germlines", "when", "combined", "with", "any", "of", "the", "HCs", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,654
[ "No", "electron", "density", "is", "observed", "for", "a", "number", "of", "side", "chains", "in", "CDRs", "H3", "and", "L3", "in", "all", "Fabs", "with", "germline", "H3", "-", "53", ",", "which", "indicates", "loose", "packing", "of", "the", "variable", "domains", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,657
[ "For", "the", "CDRs", "with", "canonical", "structures", ",", "the", "largest", "changes", "in", "conformation", "occur", "for", "CDR", "H1", "of", "H1", "-", "69", "and", "H3", "-", "53", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	2,666
[ "The", "other", "2", "HCs", ",", "H3", "-", "23", "and", "H5", "-", "51", ",", "have", "canonical", "structures", "that", "are", "remarkably", "well", "conserved", "(", "Fig", ".", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,667
[ "Of", "the", "4", "HCs", ",", "H1", "-", "69", "has", "the", "greatest", "number", "of", "canonical", "structure", "assignments", "(", "Table", "2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,668
[ "H1", "-", "69", "is", "unique", "in", "having", "a", "pair", "of", "glycine", "residues", "at", "positions", "26", "and", "27", ",", "which", "provide", "more", "conformational", "freedom", "in", "CDR", "H1", "." ]	[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,669
[ "Besides", "IGHV1", "-", "69", ",", "only", "the", "germlines", "of", "the", "VH4", "family", "possess", "double", "glycines", "in", "CDR", "H1", ",", "and", "it", "will", "be", "interesting", "to", "see", "if", "they", "are", "also", "conformationally", "unstable", "." ]	[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,670
[ "As", "indicated", "by", "the", "melting", "temperatures", ",", "germlines", "H1", "-", "69", "and", "H3", "-", "23", "for", "HC", "and", "germline", "L1", "-", "39", "for", "LC", "produce", "more", "stable", "Fabs", "compared", "to", "the", "other", "germlines", "in", "the", "experimental", "set", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,687
[ "One", "possible", "explanation", "of", "the", "clear", "preference", "of", "LC", "germline", "L1", "-", "39", "is", "that", "CDR", "L3", "has", "smaller", "residues", "at", "positions", "91", "and", "94", ",", "allowing", "for", "more", "room", "to", "accommodate", "CDR", "H3", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,688
[ "At", "the", "other", "end", "of", "the", "stability", "range", "is", "LC", "germline", "L3", "-", "20", ",", "which", "yields", "antibodies", "with", "the", "lowest", "Tms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,690
[ "While", "pairings", "with", "H3", "-", "53", "and", "H5", "-", "51", "may", "be", "safely", "called", "a", "mismatch", ",", "those", "with", "H1", "-", "69", "and", "H3", "-", "23", "have", "Tms", "about", "5", "-", "6", "°", "higher", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,691
[ "We", "therefore", "screened", "crystallization", "conditions", "for", "Spy", "with", "four", "different", "substrate", "proteins", ":", "a", "fragment", "of", "the", "largely", "unfolded", "bovine", "α", "-", "casein", "protein", ",", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "E", ".", "coli", "Im7", ",", "an", "unfolded", "variant", "of", "Im7", "(", "L18A", "L19A", "L37A", "),", "and", "the", "N", "-", "terminal", "half", "of", "Im7", "(", "Im76", "-", "45", "),", "which", "encompasses", "the", "entire", "Spy", "-", "binding", "portion", "of", "Im7", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "B-mutant", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,726
[ "Even", "the", "minimal", "binding", "portion", "of", "Im7", "(", "Im76", "-", "45", ")", "showed", "highly", "dispersed", "electron", "density", "(", "Fig", ".", "1a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,731
[ "To", "apply", "the", "READ", "technique", "to", "the", "folding", "mechanism", "employed", "by", "the", "chaperone", "Spy", ",", "we", "selected", "Im76", "-", "45", "for", "further", "investigation", "because", "NMR", "data", "suggested", "that", "Im76", "-", "45", "could", "recapitulate", "unfolded", ",", "partially", "folded", ",", "and", "native", "-", "like", "states", "of", "Im7", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "3", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,743
[ "Moreover", ",", "binding", "experiments", "indicated", "that", "Im76", "-", "45", "comprises", "the", "entire", "Spy", "-", "binding", "region", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,744
[ "To", "introduce", "the", "anomalous", "scatterer", "iodine", ",", "we", "replaced", "eight", "Im76", "-", "45", "residues", "with", "the", "non", "-", "canonical", "amino", "acid", "4", "-", "iodophenylalanine", "(", "pI", "-", "Phe", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,745
[ "Each", "complex", "within", "this", "pool", "comprises", "one", "Spy", "dimer", "bound", "to", "a", "single", "Im76", "-", "45", "substrate", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]	2,753
[ "To", "reduce", "the", "extent", "of", "3D", "space", "to", "be", "explored", ",", "this", "compressed", "map", "was", "created", "by", "only", "using", "density", "from", "regions", "of", "space", "significantly", "sampled", "by", "Im76", "-", "45", "in", "the", "Spy", ":", "Im76", "-", "45", "MD", "simulations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,757
[ "For", "each", "of", "the", "~", "10", ",", "000", "complexes", "in", "the", "coarse", "-", "grained", "MD", "pool", ",", "the", "electron", "density", "at", "the", "Cα", "positions", "of", "Im76", "-", "45", "was", "extracted", "and", "used", "to", "construct", "an", "electron", "density", "map", "(", "Online", "Methods", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,758
[ "This", "ensemble", "depicts", "the", "conformations", "that", "the", "substrate", "Im76", "-", "45", "adopts", "while", "bound", "to", "the", "chaperone", "Spy", "(", "Fig", ".", "3", "Supplementary", "Movie", "1", ",", "and", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,764
[ "By", "analyzing", "the", "individual", "structures", "of", "the", "six", "-", "member", "ensemble", "of", "Im76", "-", "45", "bound", "to", "Spy", ",", "we", "observed", "that", "Im76", "-", "45", "takes", "on", "several", "different", "conformations", "while", "bound", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,767
[ "Surprisingly", ",", "we", "noted", "that", "in", "the", "ensemble", ",", "Im76", "-", "45", "interacts", "with", "only", "38", "%", "of", "the", "hydrophobic", "residues", "in", "the", "Spy", "cradle", ",", "but", "interacts", "with", "61", "%", "of", "the", "hydrophilic", "residues", "in", "the", "cradle", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,770
[ "With", "respect", "to", "the", "substrate", ",", "we", "observed", "that", "nearly", "every", "residue", "in", "Im76", "-", "45", "is", "in", "contact", "with", "Spy", "(", "Fig", ".", "4a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,771
[ "However", ",", "we", "did", "notice", "that", "despite", "this", "uniformity", ",", "regions", "of", "Im76", "-", "45", "preferentially", "interact", "with", "different", "regions", "in", "Spy", "(", "Fig", ".", "4b", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,772
[ "For", "example", ",", "the", "N", "-", "terminal", "half", "of", "Im76", "-", "45", "binds", "more", "consistently", "in", "the", "Spy", "cradle", ",", "whereas", "the", "C", "-", "terminal", "half", "predominantly", "binds", "to", "the", "outer", "edges", "of", "Spy", "’", "s", "concave", "surface", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,773
[ "Not", "unexpectedly", ",", "we", "found", "that", "as", "Im76", "-", "45", "progresses", "from", "the", "unfolded", "to", "the", "native", "state", ",", "its", "interactions", "with", "Spy", "shift", "accordingly", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,774
[ "Whereas", "the", "least", "-", "folded", "Im76", "-", "45", "pose", "in", "the", "ensemble", "forms", "the", "most", "hydrophobic", "contacts", "with", "Spy", "(", "Fig", ".", "3", "),", "the", "two", "most", "-", "folded", "conformations", "form", "the", "fewest", "hydrophobic", "contacts", "(", "Fig", ".", "3", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,775
[ "Although", "we", "do", "not", "yet", "have", "time", "resolution", "data", "of", "these", "various", "snapshots", "of", "Im76", "-", "45", ",", "this", "ensemble", "illustrates", "how", "a", "substrate", "samples", "its", "folding", "landscape", "while", "bound", "to", "a", "chaperone", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,776
[ "As", "a", "substrate", ",", "we", "used", "Im76", "-", "45", ",", "the", "chaperone", "-", "interacting", "portion", "of", "the", "protein", "-", "folding", "model", "protein", "Im7", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,784
[ "In", "the", "chaperone", "-", "bound", "ensemble", ",", "Im76", "-", "45", "samples", "unfolded", ",", "partially", "folded", ",", "and", "native", "-", "like", "states", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,785
[ "In", "contrast", "to", "Spy", "’", "s", "binding", "hotspots", ",", "Im76", "-", "45", "displays", "substantially", "less", "specificity", "in", "its", "binding", "sites", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,792
[ "Notably", ",", "the", "most", "frequent", "contacts", "between", "Spy", "and", "Im76", "-", "45", "are", "charge", "-", "charge", "interactions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,794
[ "Our", "ensemble", "revealed", "that", "two", "of", "the", "Super", "Spy", "mutations", "(", "H96L", "and", "Q100L", ")", "form", "part", "of", "the", "chaperone", "contact", "surface", "that", "binds", "to", "Im76", "-", "45", "(", "Fig", ".", "4a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,800
[ "Other", "Super", "Spy", "mutations", "(", "F115I", "and", "F115L", ")", "caused", "increased", "flexibility", "but", "not", "tighter", "substrate", "binding", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,802
[ "This", "residue", "does", "not", "directly", "contact", "Im76", "-", "45", "in", "our", "READ", "-", "derived", "ensemble", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,803

[ "The", "CDN", "domain", "positioning", "relative", "to", "CDL", "/", "CDC1", "is", "highly", "variable", "with", "three", "main", "orientations", "observed", "in", "the", "structures", "of", "SceCD", "and", "the", "larger", "CthACC", "fragments", ":", "CDN", "tilts", ",", "resulting", "in", "a", "displacement", "of", "its", "N", "terminus", "by", "23", "Å", "(", "Fig", ".", "4a", ",", "observed", "in", "both", "protomers", "of", "CthCD", "-", "CT", "and", "one", "protomer", "of", "CthΔBCCP", ",", "denoted", "as", "CthCD", "-", "CT1", "/", "2", "and", "CthΔBCCP1", ",", "respectively", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O" ]

2,038

[ "In", "addition", ",", "CDN", "can", "rotate", "around", "hinges", "in", "the", "connection", "between", "CDN", "/", "CDL", "by", "70", "°", "(", "Fig", ".", "4b", ",", "observed", "in", "the", "second", "protomer", "of", "CthΔBCCP", ",", "denoted", "as", "CthΔBCCP2", ")", "and", "160", "°", "(", "Fig", ".", "4c", ",", "observed", "in", "SceCD", ")", "leading", "to", "displacement", "of", "the", "anchor", "site", "for", "the", "BCCP", "linker", "by", "up", "to", "33", "and", "40", "Å", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,039

[ "On", "the", "basis", "of", "the", "occurrence", "of", "related", "conformational", "changes", "between", "fungal", "and", "human", "ACC", "fragments", ",", "the", "observed", "set", "of", "conformations", "may", "well", "represent", "general", "states", "present", "in", "all", "eukaryotic", "ACCs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,040

[ "Class", "averages", ",", "obtained", "by", "maximum", "-", "likelihood", "-", "based", "two", "-", "dimensional", "(", "2D", ")", "classification", ",", "are", "focused", "on", "the", "dimeric", "CT", "domain", "and", "the", "full", "BC", "–", "BCCP", "–", "CD", "domain", "of", "only", "one", "protomer", ",", "due", "to", "the", "non", "-", "coordinated", "motions", "of", "the", "lateral", "BC", "/", "CD", "regions", "relative", "to", "the", "CT", "dimer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,045

[ "Comparison", "of", "flACC", "with", "our", "CthΔBCCP", "structure", "reveals", "the", "CDC2", "/", "CT", "hinge", "as", "a", "major", "contributor", "to", "conformational", "flexibility", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "5b", ",", "c", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,062

[ "On", "the", "basis", "of", "a", "superposition", "of", "CDC2", ",", "CDC1", "of", "the", "phosphorylated", "SceCD", "is", "rotated", "by", "30", "°", "relative", "to", "CDC1", "of", "the", "non", "-", "phosphorylated", "flACC", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "5d", "),", "similar", "to", "what", "we", "have", "observed", "for", "the", "non", "-", "phosphorylated", "HsaBT", "-", "CD", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "1d", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,064

[ "When", "inspecting", "all", "individual", "protomer", "and", "fragment", "structures", "in", "their", "study", ",", "Wei", "and", "Tong", "also", "identify", "the", "CDN", "/", "CDC1", "connection", "as", "a", "highly", "flexible", "hinge", ",", "in", "agreement", "with", "our", "observations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,065

[ "(", "e", ")", "Structural", "overview", "of", "HsaBT", "-", "CD", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,083

[ "(", "a", ")", "Hinge", "properties", "of", "the", "CDC2", "–", "CT", "connection", "analysed", "by", "a", "CT", "-", "based", "superposition", "of", "eight", "instances", "of", "the", "CDC2", "-", "CT", "segment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,089

[ "For", "clarity", ",", "only", "one", "protomer", "of", "CthCD", "-", "CTCter1", "is", "shown", "in", "full", "colour", "as", "reference", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,090

[ "One", "protomer", "of", "CthΔBCCP", "is", "shown", "in", "colour", ",", "the", "CDL", "domains", "are", "omitted", "for", "clarity", "and", "the", "position", "of", "the", "phosphorylated", "serine", "based", "on", "SceCD", "is", "indicated", "with", "a", "red", "triangle", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,093

[ "Three", "single", "-", "site", "mutants", "of", "SePSK", "are", "D8A", "-", "SePSK", ",", "T11A", "-", "SePSK", "and", "D221A", "-", "SePSK", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O" ]

2,148

[ "To", "identify", "the", "function", "of", "these", "three", "residues", "of", "SePSK", ",", "we", "constructed", "D8A", ",", "T11A", "and", "D221A", "mutants", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O" ]

2,153

[ "Single", "-", "cycle", "kinetic", "data", "are", "reflecting", "the", "interaction", "of", "SePSK", "and", "D8A", "-", "SePSK", "with", "D", "-", "ribulose", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,183

[ "The", "original", "data", "is", "shown", "as", "black", "curve", ",", "and", "the", "fitted", "data", "is", "shown", "as", "different", "color", "(", "wild", "type", "SePSK", ":", "red", "curve", ",", "D8A", "-", "SePSK", ":", "green", "curve", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,185

[ "Dissociation", "rate", "constant", "of", "wild", "type", "and", "D8A", "-", "SePSK", "are", "3", "ms", "-", "1", "and", "9", "ms", "-", "1", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,186

[ "To", "further", "verified", "this", "result", ",", "we", "measured", "the", "binding", "affinity", "for", "D", "-", "ribulose", "of", "both", "wild", "type", "(", "WT", ")", "and", "D8A", "mutant", "of", "SePSK", "using", "a", "surface", "plasmon", "resonance", "method", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,193

[ "Dissociation", "rate", "constant", "(", "Kd", ")", "of", "wild", "type", "and", "D8A", "-", "SePSK", "are", "3", "ms", "-", "1", "and", "9", "ms", "-", "1", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,194

[ "The", "domain", "I", "of", "RBL", "-", "SePSK", "(", "aa", ".", "1", "–", "228", ",", "aa", ".", "402", "–", "421", ")", "and", "the", "domain", "II", "of", "AMP", "-", "PNP", "-", "SePSK", "(", "aa", ".", "229", "–", "401", ")", "were", "superposed", "with", "structures", ",", "including", "apo", "-", "AtXK", "-", "1", ",", "apo", "-", "SePSK", ",", "xylulose", "kinase", "from", "Lactobacillus", "acidophilus", "(", "PDB", "code", ":", "3LL3", ")", "and", "the", "S58W", "mutant", "form", "of", "glycerol", "kinase", "from", "Escherichia", "coli", "(", "PDB", "code", ":", "1GLJ", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,208

[ "Therefore", ",", "we", "wanted", "to", "check", "the", "influence", "of", "the", "primary", "sequence", "of", "the", "two", "proteins", "in", "this", "region", "on", "their", "ability", "to", "interact", "with", "RavA", ".", "To", "this", "end", ",", "we", "swapped", "the", "relevant", "β", "-", "sheets", "of", "the", "two", "proteins", "and", "produced", "their", "chimeras", ",", "namely", "LdcIC", "(", "i", ".", "e", ".", "LdcI", "with", "the", "C", "-", "terminal", "β", "-", "sheet", "of", "LdcC", ")", "and", "LdcCI", "(", "i", ".", "e", ".", "LdcC", "with", "the", "C", "-", "terminal", "β", "-", "sheet", "of", "LdcI", ")", "(", "Fig", ".", "5A", "–", "C", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,270

[ "Both", "constructs", "could", "be", "purified", "and", "could", "form", "decamers", "visually", "indistinguishable", "from", "the", "wild", "-", "type", "proteins", "." ]

[ "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,271

[ "Analysis", "of", "the", "LdcIC", "and", "LdcCI", "chimeras", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "B-mutant", "O" ]

2,310

[ "The", "crystal", "structure", "of", "phosphorylation", "-", "mimicking", "Mep2", "variants", "from", "C", ".", "albicans", "show", "large", "conformational", "changes", "in", "a", "conserved", "and", "functionally", "important", "region", "of", "the", "CTR", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,318

[ "Together", "with", "a", "structure", "of", "a", "C", "-", "terminal", "Mep2", "variant", "lacking", "the", "segment", "containing", "the", "phosphorylation", "site", ",", "the", "results", "allow", "us", "to", "propose", "a", "structural", "model", "for", "phosphorylation", "-", "based", "regulation", "of", "eukaryotic", "ammonium", "transport", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,347

[ "However", ",", "given", "that", "an", "N", "-", "terminal", "deletion", "mutant", "(", "2", "-", "27Δ", ")", "grows", "as", "well", "as", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "Mep2", "on", "minimal", "ammonium", "medium", "(", "Fig", ".", "3", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "1", "),", "the", "importance", "of", "the", "N", "terminus", "for", "Mep2", "activity", "is", "not", "clear", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,358

[ "Conversely", ",", "the", "phosphorylation", "-", "mimicking", "S457D", "variant", "is", "active", "both", "in", "the", "triple", "mepΔ", "background", "and", "in", "a", "triple", "mepΔ", "npr1Δ", "strain", "(", "Fig", ".", "3", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,377

[ "Mutation", "of", "other", "potential", "phosphorylation", "sites", "in", "the", "CTR", "did", "not", "support", "growth", "in", "the", "npr1Δ", "background", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O" ]

2,378

[ "Interestingly", ",", "a", "ScMep2", "457Δ", "truncation", "mutant", "in", "which", "a", "His", "-", "tag", "directly", "follows", "Ser457", "is", "highly", "expressed", "but", "has", "low", "activity", "(", "Fig", ".", "3", "and", "Supplementary", "Fig", ".", "1b", "),", "suggesting", "that", "the", "His", "-", "tag", "interferes", "with", "phosphorylation", "by", "Npr1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,388

[ "The", "same", "mutant", "lacking", "the", "His", "-", "tag", "has", "WT", "properties", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "1b", "),", "confirming", "that", "the", "region", "following", "the", "phosphorylation", "site", "is", "dispensable", "for", "function", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,389

[ "The", "data", "behind", "this", "hypothesis", "is", "the", "observation", "that", "a", "ScMep2", "449", "-", "485Δ", "deletion", "mutant", "lacking", "the", "AI", "region", "is", "highly", "active", "in", "MA", "uptake", "both", "in", "the", "triple", "mepΔ", "and", "triple", "mepΔ", "npr1Δ", "backgrounds", ",", "implying", "that", "this", "Mep2", "variant", "has", "a", "constitutively", "open", "channel", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,392

[ "The", "importance", "of", "the", "Tyr", "–", "His", "hydrogen", "bond", "is", "underscored", "by", "the", "fact", "that", "its", "removal", "in", "the", "ScMep2", "Y53A", "mutant", "results", "in", "a", "constitutively", "active", "transporter", "(", "Fig", ".", "3", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,396

[ "To", "exclude", "the", "possibility", "that", "the", "additional", "R452D", "mutation", "is", "responsible", "for", "the", "observed", "changes", ",", "we", "also", "determined", "the", "structure", "of", "the", "‘", "single", "D", "'", "S453D", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O" ]

2,405

[ "As", "shown", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "4", ",", "the", "consequence", "of", "the", "single", "D", "mutation", "is", "very", "similar", "to", "that", "of", "the", "DD", "substitution", ",", "with", "conformational", "changes", "and", "increased", "dynamics", "confined", "to", "the", "conserved", "part", "of", "the", "CTR", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "4", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,406

[ "To", "supplement", "the", "crystal", "structures", ",", "we", "also", "performed", "modelling", "and", "MD", "studies", "of", "WT", "CaMep2", ",", "the", "DD", "mutant", "and", "phosphorylated", "protein", "(", "S453J", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]

2,407

[ "The", "DD", "mutant", "is", "also", "stable", "during", "the", "simulations", ",", "but", "the", "average", "backbone", "r", ".", "m", ".", "s", ".", "d", "of", "∼", "3", ".", "6", "Å", "suggests", "slightly", "more", "conformational", "flexibility", "than", "WT", "." ]

[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,411

[ "Finally", ",", "the", "S453J", "mutant", "is", "also", "stable", "throughout", "the", "200", "-", "ns", "simulation", "and", "has", "an", "average", "backbone", "deviation", "of", "∼", "3", ".", "8", "Å", ",", "which", "is", "similar", "to", "the", "DD", "mutant", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,414

[ "However", ",", "the", "conformational", "changes", "for", "the", "phosphomimetic", "mutants", "in", "the", "crystals", "are", "confined", "to", "the", "CTR", "(", "Fig", ".", "8", "),", "and", "the", "channels", "are", "still", "closed", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,417

[ "One", "possible", "explanation", "is", "that", "the", "mutants", "do", "not", "accurately", "mimic", "a", "phosphoserine", ",", "but", "the", "observation", "that", "the", "S453D", "and", "DD", "mutants", "are", "fully", "active", "in", "the", "absence", "of", "Npr1", "suggests", "that", "the", "mutations", "do", "mimic", "the", "effect", "of", "phosphorylation", "(", "Fig", ".", "3", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,418

[ "The", "fact", "that", "the", "S453D", "structure", "was", "obtained", "in", "the", "presence", "of", "10", "mM", "ammonium", "ions", "suggests", "that", "the", "crystallization", "process", "favours", "closed", "states", "of", "the", "Mep2", "channels", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,419

[ "Interestingly", ",", "phosphomimetic", "mutations", "introduced", "into", "one", "monomer", "inactivate", "the", "entire", "trimer", ",", "indicating", "that", "(", "i", ")", "heterotrimerization", "occurs", "and", "(", "ii", ")", "the", "CTR", "mediates", "allosteric", "regulation", "of", "ammonium", "transport", "activity", "via", "phosphorylation", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,424

[ "Our", "model", "also", "provides", "an", "explanation", "for", "the", "observation", "that", "certain", "mutations", "within", "the", "CTR", "completely", "abolish", "transport", "activity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,445

[ "(", "a", ")", "Side", "views", "for", "WT", "CaMep2", "(", "left", ")", "and", "the", "truncation", "mutant", "442Δ", "(", "right", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O" ]

2,484

[ "(", "a", ")", "Cytoplasmic", "view", "of", "the", "DD", "mutant", "trimer", ",", "with", "WT", "CaMep2", "superposed", "in", "grey", "for", "one", "of", "the", "monomers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,487

[ "(", "b", ")", "Monomer", "side", "-", "view", "superposition", "of", "WT", "CaMep2", "and", "the", "DD", "mutant", ",", "showing", "the", "conformational", "change", "and", "disorder", "around", "the", "ExxGxD", "motif", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,489

[ "This", "Fab", "library", "is", "composed", "of", "3", "HC", "germlines", ",", "IGHV1", "-", "69", "(", "H1", "-", "69", "),", "IGHV3", "-", "23", "(", "H3", "-", "23", ")", "and", "IGHV5", "-", "51", "(", "H5", "-", "51", "),", "and", "4", "LC", "germlines", "(", "all", "κ", "),", "IGKV1", "-", "39", "(", "L1", "-", "39", "),", "IGKV3", "-", "11", "(", "L3", "-", "11", "),", "IGKV3", "-", "20", "(", "L3", "-", "20", ")", "and", "IGKV4", "-", "1", "(", "L4", "-", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,533

[ "The", "crystal", "structure", "determinations", "and", "structural", "analyses", "of", "all", "germline", "Fabs", "in", "the", "library", "described", "above", "along", "with", "the", "structures", "of", "a", "fourth", "HC", "germline", ",", "IGHV3", "-", "53", "(", "H3", "-", "53", "),", "paired", "with", "the", "4", "LCs", "of", "the", "library", "have", "been", "carried", "out", "to", "support", "antibody", "therapeutic", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,536

[ "The", "crystal", "structures", "of", "a", "germline", "library", "composed", "of", "16", "Fabs", "generated", "by", "combining", "4", "HCs", "(", "H1", "-", "69", ",", "H3", "-", "23", ",", "H3", "-", "53", "and", "H5", "-", "51", ")", "and", "4", "LCs", "(", "L1", "-", "39", ",", "L3", "-", "11", ",", "L3", "-", "20", "and", "L4", "-", "1", ")", "have", "been", "determined", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,544

[ "The", "superposition", "of", "CDR", "H1", "backbones", "for", "all", "HC", ":", "LC", "pairs", "with", "heavy", "chains", ":", "(", "A", ")", "H1", "-", "69", ",", "(", "B", ")", "H3", "-", "23", ",", "(", "C", ")", "H3", "-", "53", "and", "(", "D", ")", "H5", "-", "51", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,561

[ "Some", "deviation", "is", "observed", "for", "H3", "-", "53", ",", "mostly", "due", "to", "H3", "-", "53", ":", "L4", "-", "1", ",", "which", "exhibits", "a", "significant", "degree", "of", "disorder", "in", "CDR", "H1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,566

[ "The", "CDR", "H1", "structures", "with", "H1", "-", "69", "shown", "in", "Fig", ".", "1A", "are", "quite", "variable", ",", "both", "for", "the", "structures", "with", "different", "LCs", "and", "for", "the", "copies", "of", "the", "same", "Fab", "in", "the", "asymmetric", "unit", ",", "H1", "-", "69", ":", "L3", "-", "11", "and", "H1", "-", "69", ":", "L3", "-", "20", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,568

[ "In", "total", ",", "6", "independent", "Fab", "structures", "produce", "5", "different", "canonical", "structures", ",", "namely", "H1", "-", "13", "-", "1", ",", "H1", "-", "13", "-", "3", ",", "H1", "-", "13", "-", "4", ",", "H1", "-", "13", "-", "6", "and", "H1", "-", "13", "-", "10", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,569

[ "A", "major", "difference", "of", "H1", "-", "69", "from", "the", "other", "germlines", "in", "the", "experimental", "data", "set", "is", "the", "presence", "of", "Gly", "instead", "of", "Phe", "or", "Tyr", "at", "position", "27", "(", "residue", "5", "of", "13", "in", "CDR", "H1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,570

[ "The", "superposition", "of", "CDR", "H2", "backbones", "for", "all", "HC", ":", "LC", "pairs", "with", "heavy", "chains", ":", "(", "A", ")", "H1", "-", "69", ",", "(", "B", ")", "H3", "-", "23", ",", "(", "C", ")", "H3", "-", "53", "and", "(", "D", ")", "H5", "-", "51", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,572

[ "In", "one", "case", ",", "in", "the", "second", "Fab", "of", "H1", "-", "69", ":", "L3", "-", "20", ",", "CDR", "H2", "is", "partially", "disordered", "(", "Δ55", "-", "60", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,575

[ "Arg71", "in", "H3", "-", "23", "fills", "the", "space", "between", "CDRs", "H2", "and", "H4", ",", "and", "defines", "the", "conformation", "of", "the", "tip", "of", "CDR", "H2", "so", "that", "residue", "54", "points", "away", "from", "the", "antigen", "binding", "site", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,577

[ "Conformations", "of", "CDR", "H2", "in", "H1", "-", "69", "and", "H5", "-", "51", ",", "both", "of", "which", "have", "canonical", "structure", "H2", "-", "10", "-", "1", ",", "show", "little", "deviation", "within", "each", "set", "of", "4", "structures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,578

[ "The", "superposition", "of", "CDR", "L1", "backbones", "for", "all", "HC", ":", "LC", "pairs", "with", "light", "chains", ":", "(", "A", ")", "L1", "-", "39", ",", "(", "B", ")", "L3", "-", "11", ",", "(", "C", ")", "L3", "-", "20", "and", "(", "D", ")", "L4", "-", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,580

[ "Of", "these", "LCs", ",", "L1", "-", "39", "and", "L3", "-", "11", "have", "the", "same", "canonical", "structure", ",", "L1", "-", "11", "-", "1", ",", "and", "superimpose", "very", "well", "(", "Fig", ".", "3A", ",", "B", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,581

[ "L4", "-", "1", "has", "the", "longest", "CDR", "L1", ",", "composed", "of", "17", "amino", "acid", "residues", "(", "Fig", ".", "3D", ")." ]

[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,582

[ "The", "conformation", "of", "CDR", "L1", "in", "these", "2", "Fabs", "is", "slightly", "different", ",", "and", "both", "conformations", "fall", "somewhere", "between", "L1", "-", "12", "-", "1", "and", "L1", "-", "12", "-", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,587

[ "The", "superposition", "of", "CDR", "L2", "backbones", "for", "all", "HC", ":", "LC", "pairs", "with", "light", "chains", ":", "(", "A", ")", "L1", "-", "39", ",", "(", "B", ")", "L3", "-", "11", ",", "(", "C", ")", "L3", "-", "20", "and", "(", "D", ")", "L4", "-", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,590

[ "All", "four", "LCs", "have", "CDR", "L2", "of", "the", "same", "length", "and", "canonical", "structure", ",", "L2", "-", "8", "-", "1", "(", "Table", "2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O" ]

2,591

[ "The", "superposition", "of", "CDR", "L3", "backbones", "for", "all", "HC", ":", "LC", "pairs", "with", "light", "chains", ":", "(", "A", ")", "L1", "-", "39", ",", "(", "B", ")", "L3", "-", "11", ",", "(", "C", ")", "L3", "-", "20", "and", "(", "D", ")", "L4", "-", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,594

[ "The", "conformations", "of", "CDR", "L3", "for", "L1", "-", "39", ",", "L3", "-", "11", ",", "and", "particularly", "for", "L320", ",", "are", "not", "as", "tightly", "clustered", "as", "those", "of", "L4", "-", "1", "(", "Fig", ".", "5", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,595

[ "It", "appears", "that", "for", "each", "given", "LC", ",", "the", "Fabs", "with", "germlines", "H1", "-", "69", "and", "H3", "-", "23", "are", "substantially", "more", "stable", "than", "those", "with", "germlines", "H3", "-", "53", "and", "H5", "-", "51", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,653

[ "In", "addition", ",", "L1", "-", "39", "provides", "a", "much", "higher", "degree", "of", "stabilization", "than", "the", "other", "3", "LC", "germlines", "when", "combined", "with", "any", "of", "the", "HCs", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,654

[ "No", "electron", "density", "is", "observed", "for", "a", "number", "of", "side", "chains", "in", "CDRs", "H3", "and", "L3", "in", "all", "Fabs", "with", "germline", "H3", "-", "53", ",", "which", "indicates", "loose", "packing", "of", "the", "variable", "domains", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,657

[ "For", "the", "CDRs", "with", "canonical", "structures", ",", "the", "largest", "changes", "in", "conformation", "occur", "for", "CDR", "H1", "of", "H1", "-", "69", "and", "H3", "-", "53", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

2,666

[ "The", "other", "2", "HCs", ",", "H3", "-", "23", "and", "H5", "-", "51", ",", "have", "canonical", "structures", "that", "are", "remarkably", "well", "conserved", "(", "Fig", ".", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,667

[ "Of", "the", "4", "HCs", ",", "H1", "-", "69", "has", "the", "greatest", "number", "of", "canonical", "structure", "assignments", "(", "Table", "2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,668

[ "H1", "-", "69", "is", "unique", "in", "having", "a", "pair", "of", "glycine", "residues", "at", "positions", "26", "and", "27", ",", "which", "provide", "more", "conformational", "freedom", "in", "CDR", "H1", "." ]

[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,669

[ "Besides", "IGHV1", "-", "69", ",", "only", "the", "germlines", "of", "the", "VH4", "family", "possess", "double", "glycines", "in", "CDR", "H1", ",", "and", "it", "will", "be", "interesting", "to", "see", "if", "they", "are", "also", "conformationally", "unstable", "." ]

[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,670

[ "As", "indicated", "by", "the", "melting", "temperatures", ",", "germlines", "H1", "-", "69", "and", "H3", "-", "23", "for", "HC", "and", "germline", "L1", "-", "39", "for", "LC", "produce", "more", "stable", "Fabs", "compared", "to", "the", "other", "germlines", "in", "the", "experimental", "set", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,687

[ "One", "possible", "explanation", "of", "the", "clear", "preference", "of", "LC", "germline", "L1", "-", "39", "is", "that", "CDR", "L3", "has", "smaller", "residues", "at", "positions", "91", "and", "94", ",", "allowing", "for", "more", "room", "to", "accommodate", "CDR", "H3", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,688

[ "At", "the", "other", "end", "of", "the", "stability", "range", "is", "LC", "germline", "L3", "-", "20", ",", "which", "yields", "antibodies", "with", "the", "lowest", "Tms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,690

[ "While", "pairings", "with", "H3", "-", "53", "and", "H5", "-", "51", "may", "be", "safely", "called", "a", "mismatch", ",", "those", "with", "H1", "-", "69", "and", "H3", "-", "23", "have", "Tms", "about", "5", "-", "6", "°", "higher", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,691

[ "We", "therefore", "screened", "crystallization", "conditions", "for", "Spy", "with", "four", "different", "substrate", "proteins", ":", "a", "fragment", "of", "the", "largely", "unfolded", "bovine", "α", "-", "casein", "protein", ",", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "E", ".", "coli", "Im7", ",", "an", "unfolded", "variant", "of", "Im7", "(", "L18A", "L19A", "L37A", "),", "and", "the", "N", "-", "terminal", "half", "of", "Im7", "(", "Im76", "-", "45", "),", "which", "encompasses", "the", "entire", "Spy", "-", "binding", "portion", "of", "Im7", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "B-mutant", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,726

[ "Even", "the", "minimal", "binding", "portion", "of", "Im7", "(", "Im76", "-", "45", ")", "showed", "highly", "dispersed", "electron", "density", "(", "Fig", ".", "1a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,731

[ "To", "apply", "the", "READ", "technique", "to", "the", "folding", "mechanism", "employed", "by", "the", "chaperone", "Spy", ",", "we", "selected", "Im76", "-", "45", "for", "further", "investigation", "because", "NMR", "data", "suggested", "that", "Im76", "-", "45", "could", "recapitulate", "unfolded", ",", "partially", "folded", ",", "and", "native", "-", "like", "states", "of", "Im7", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "3", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,743

[ "Moreover", ",", "binding", "experiments", "indicated", "that", "Im76", "-", "45", "comprises", "the", "entire", "Spy", "-", "binding", "region", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,744

[ "To", "introduce", "the", "anomalous", "scatterer", "iodine", ",", "we", "replaced", "eight", "Im76", "-", "45", "residues", "with", "the", "non", "-", "canonical", "amino", "acid", "4", "-", "iodophenylalanine", "(", "pI", "-", "Phe", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,745

[ "Each", "complex", "within", "this", "pool", "comprises", "one", "Spy", "dimer", "bound", "to", "a", "single", "Im76", "-", "45", "substrate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]

2,753

[ "To", "reduce", "the", "extent", "of", "3D", "space", "to", "be", "explored", ",", "this", "compressed", "map", "was", "created", "by", "only", "using", "density", "from", "regions", "of", "space", "significantly", "sampled", "by", "Im76", "-", "45", "in", "the", "Spy", ":", "Im76", "-", "45", "MD", "simulations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,757

[ "For", "each", "of", "the", "~", "10", ",", "000", "complexes", "in", "the", "coarse", "-", "grained", "MD", "pool", ",", "the", "electron", "density", "at", "the", "Cα", "positions", "of", "Im76", "-", "45", "was", "extracted", "and", "used", "to", "construct", "an", "electron", "density", "map", "(", "Online", "Methods", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,758

[ "This", "ensemble", "depicts", "the", "conformations", "that", "the", "substrate", "Im76", "-", "45", "adopts", "while", "bound", "to", "the", "chaperone", "Spy", "(", "Fig", ".", "3", "Supplementary", "Movie", "1", ",", "and", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,764

[ "By", "analyzing", "the", "individual", "structures", "of", "the", "six", "-", "member", "ensemble", "of", "Im76", "-", "45", "bound", "to", "Spy", ",", "we", "observed", "that", "Im76", "-", "45", "takes", "on", "several", "different", "conformations", "while", "bound", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,767

[ "Surprisingly", ",", "we", "noted", "that", "in", "the", "ensemble", ",", "Im76", "-", "45", "interacts", "with", "only", "38", "%", "of", "the", "hydrophobic", "residues", "in", "the", "Spy", "cradle", ",", "but", "interacts", "with", "61", "%", "of", "the", "hydrophilic", "residues", "in", "the", "cradle", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,770

[ "With", "respect", "to", "the", "substrate", ",", "we", "observed", "that", "nearly", "every", "residue", "in", "Im76", "-", "45", "is", "in", "contact", "with", "Spy", "(", "Fig", ".", "4a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,771

[ "However", ",", "we", "did", "notice", "that", "despite", "this", "uniformity", ",", "regions", "of", "Im76", "-", "45", "preferentially", "interact", "with", "different", "regions", "in", "Spy", "(", "Fig", ".", "4b", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,772

[ "For", "example", ",", "the", "N", "-", "terminal", "half", "of", "Im76", "-", "45", "binds", "more", "consistently", "in", "the", "Spy", "cradle", ",", "whereas", "the", "C", "-", "terminal", "half", "predominantly", "binds", "to", "the", "outer", "edges", "of", "Spy", "’", "s", "concave", "surface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,773

[ "Not", "unexpectedly", ",", "we", "found", "that", "as", "Im76", "-", "45", "progresses", "from", "the", "unfolded", "to", "the", "native", "state", ",", "its", "interactions", "with", "Spy", "shift", "accordingly", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,774

[ "Whereas", "the", "least", "-", "folded", "Im76", "-", "45", "pose", "in", "the", "ensemble", "forms", "the", "most", "hydrophobic", "contacts", "with", "Spy", "(", "Fig", ".", "3", "),", "the", "two", "most", "-", "folded", "conformations", "form", "the", "fewest", "hydrophobic", "contacts", "(", "Fig", ".", "3", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,775

[ "Although", "we", "do", "not", "yet", "have", "time", "resolution", "data", "of", "these", "various", "snapshots", "of", "Im76", "-", "45", ",", "this", "ensemble", "illustrates", "how", "a", "substrate", "samples", "its", "folding", "landscape", "while", "bound", "to", "a", "chaperone", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,776

[ "As", "a", "substrate", ",", "we", "used", "Im76", "-", "45", ",", "the", "chaperone", "-", "interacting", "portion", "of", "the", "protein", "-", "folding", "model", "protein", "Im7", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,784

[ "In", "the", "chaperone", "-", "bound", "ensemble", ",", "Im76", "-", "45", "samples", "unfolded", ",", "partially", "folded", ",", "and", "native", "-", "like", "states", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,785

[ "In", "contrast", "to", "Spy", "’", "s", "binding", "hotspots", ",", "Im76", "-", "45", "displays", "substantially", "less", "specificity", "in", "its", "binding", "sites", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,792

[ "Notably", ",", "the", "most", "frequent", "contacts", "between", "Spy", "and", "Im76", "-", "45", "are", "charge", "-", "charge", "interactions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,794

[ "Our", "ensemble", "revealed", "that", "two", "of", "the", "Super", "Spy", "mutations", "(", "H96L", "and", "Q100L", ")", "form", "part", "of", "the", "chaperone", "contact", "surface", "that", "binds", "to", "Im76", "-", "45", "(", "Fig", ".", "4a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,800

[ "Other", "Super", "Spy", "mutations", "(", "F115I", "and", "F115L", ")", "caused", "increased", "flexibility", "but", "not", "tighter", "substrate", "binding", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,802

[ "This", "residue", "does", "not", "directly", "contact", "Im76", "-", "45", "in", "our", "READ", "-", "derived", "ensemble", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,803