OTAR3088/Variants_IOB_format · Datasets at Hugging Face

words listlengths 4 199	labels listlengths 4 199	__index_level_0__ int64 32 4.26k
[ "The", "F115I", "/", "L", "substitutions", "would", "replace", "these", "hydrogen", "bonds", "with", "hydrophobic", "interactions", "that", "have", "little", "angular", "dependence", "." ]	[ "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,805
[ "Crystallographic", "data", "and", "ensemble", "selection", ".", "(", "a", ")", "2mFo", "−", "DFc", "omit", "map", "of", "residual", "Im76", "-", "45", "and", "flexible", "linker", "electron", "density", "contoured", "at", "0", ".", "5", "σ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,811
[ "Agreement", "to", "the", "residual", "Im76", "-", "45", "electron", "density", "(", "c", ")", "and", "anomalous", "iodine", "signals", "(", "d", ")", "for", "ensembles", "of", "varying", "size", "generated", "by", "randomly", "choosing", "from", "the", "M...	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	2,815
[ "Spy", ":", "Im76", "-", "45", "ensemble", ",", "arranged", "by", "RMSD", "to", "native", "state", "of", "Im76", "-", "45", ".", "Although", "the", "six", "-", "membered", "ensemble", "from", "the", "READ", "selection", "should", "be", "considered", "onl...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	2,817
[ "Dashed", "lines", "connect", "non", "-", "contiguous", "segments", "of", "the", "Im76", "-", "45", "substrate", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]	2,819
[ "Shown", "below", "each", "ensemble", "member", "is", "the", "RMSD", "of", "each", "conformer", "to", "the", "native", "state", "of", "Im76", "-", "45", ",", "as", "well", "as", "the", "percentage", "of", "contacts", "between", "Im76", "-", "45", "and", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,821
[ "For", "clarity", ",", "Im76", "-", "45", "is", "represented", "with", "a", "single", "conformation", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,823
[ "As", "the", "residues", "involved", "in", "contacts", "are", "more", "evenly", "distributed", "in", "Im76", "-", "45", "compared", "to", "Spy", ",", "its", "contact", "map", "was", "amplified", ".", "(", "b", ")", "Detailed", "contact", "maps", "of", "S...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,824
[ "The", "Super", "Spy", "mutants", "F115L", ",", "F115I", ",", "and", "L32P", "are", "proposed", "to", "gain", "activity", "by", "increasing", "the", "flexibility", "or", "size", "of", "this", "linker", "region", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,829
[ "Milestone", "crystal", "structures", "of", "the", "core", "U2AF65", "RRM1", "and", "RRM2", "connected", "by", "a", "shortened", "inter", "-", "RRM", "linker", "(", "dU2AF651", ",", "2", ")", "detailed", "a", "subset", "of", "nucleotide", "interactions", "wi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,986
[ "A", "subsequent", "NMR", "structure", "characterized", "the", "side", "-", "by", "-", "side", "arrangement", "of", "the", "minimal", "U2AF65", "RRM1", "and", "RRM2", "connected", "by", "a", "linker", "of", "natural", "length", "(", "U2AF651", ",", "2", ")...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "...	2,987
[ "The", "RNA", "affinity", "of", "the", "minimal", "U2AF651", ",", "2", "domain", "comprising", "the", "core", "RRM1", "–", "RRM2", "folds", "(", "U2AF651", ",", "2", ",", "residues", "148", "–", "336", ")", "is", "relatively", "weak", "compared", "with",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	2,990
[ "We", "noticed", "that", "the", "RNA", "-", "binding", "affinity", "of", "the", "U2AF651", ",", "2", "domain", "was", "greatly", "enhanced", "by", "the", "addition", "of", "seven", "and", "six", "residues", "at", "the", "respective", "N", "and", "C", "te...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutan...	2,992
[ "In", "a", "fluorescence", "anisotropy", "assay", "for", "binding", "a", "representative", "Py", "tract", "derived", "from", "the", "well", "-", "characterized", "splice", "site", "of", "the", "adenovirus", "major", "late", "promoter", "(", "AdML", "),", "the"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	2,993
[ "To", "investigate", "the", "structural", "basis", "for", "cognate", "U2AF65", "recognition", "of", "a", "contiguous", "Py", "tract", ",", "we", "determined", "four", "crystal", "structures", "of", "U2AF651", ",", "2L", "bound", "to", "Py", "-", "tract", "ol...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,995
[ "The", "protein", "and", "oligonucleotide", "conformations", "are", "nearly", "identical", "among", "the", "four", "new", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "2a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,996
[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "characterize", "ribose", "(", "r", ")", "nucleotides", "at", "all", "of", "the", "binding", "sites", "except", "the", "seventh", "and", "eighth", "deoxy", "-(", "d", ")", "U", ",", "which", "are", "likely", "to...	[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	2,999
[ "In", "striking", "departures", "from", "prior", "partial", "views", ",", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "reveal", "three", "unanticipated", "nucleotide", "-", "binding", "sites", "at", "the", "centre", "of", "the", "Py", "tract", ",", "as", "wel...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,000
[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "RRM2", ",", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "and", "RRM1", "concomitantly", "recognize", "the", "three", "central", "nucleotides", "of", "the", "Py", "tract", ",", "which", "are", "likely", "to", "coordinate", "the", "co...	[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,002
[ "Mutagenesis", "of", "either", "V254", "in", "the", "U2AF65", "inter", "-", "RRM", "linker", "to", "proline", "or", "RRM1", "–", "R227", "to", "alanine", ",", "which", "remove", "the", "hydrogen", "bond", "with", "the", "fifth", "uracil", "-", "O4", "or"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "...	3,008
[ "The", "energetic", "penalties", "due", "to", "these", "mutations", "(", "ΔΔG", "0", ".", "8", "–", "0", ".", "9", "kcal", "mol", "−", "1", ")", "are", "consistent", "with", "the", "loss", "of", "each", "hydrogen", "bond", "with", "the", "rU5", "base...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,009
[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "reveal", "that", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "mediates", "an", "extensive", "interface", "with", "the", "second", "α", "-", "helix", "of", "RRM1", ",", "the", "β2", "/", "β3", "strands", "of", "RRM2",...	[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,015
[ "Altogether", ",", "the", "U2AF65", "inter", "-", "RRM", "linker", "residues", "(", "R228", "–", "K260", ")", "bury", "2", ",", "800", "Å2", "of", "surface", "area", "in", "the", "U2AF651", ",", "2L", "holo", "-", "protein", ",", "suggestive", "of", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,016
[ "We", "titrated", "these", "mutant", "U2AF651", ",", "2L", "proteins", "into", "fluorescein", "-", "labelled", "AdML", "Py", "-", "tract", "RNA", "and", "fit", "the", "fluorescence", "anisotropy", "changes", "to", "obtain", "the", "apparent", "equilibrium", "a...	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,024
[ "First", ",", "we", "replaced", "V249", "and", "V250", "at", "the", "RRM1", "/", "RRM2", "interface", "and", "V254", "at", "the", "bound", "RNA", "site", "with", "glycine", "(", "3Gly", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]	3,025
[ "A", "more", "conservative", "substitution", "of", "these", "five", "residues", "(", "251", "–", "255", ")", "with", "an", "unrelated", "sequence", "capable", "of", "backbone", "-", "mediated", "hydrogen", "bonds", "(", "STVVP", ">", "NLALA", ")", "confirmed...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,026
[ "Finally", ",", "to", "ensure", "that", "these", "selective", "mutations", "were", "sufficient", "to", "disrupt", "the", "linker", "/", "RRM", "contacts", ",", "we", "substituted", "glycine", "for", "the", "majority", "of", "buried", "hydrophobic", "residues", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,027
[ "Despite", "12", "concurrent", "mutations", ",", "the", "AdML", "RNA", "affinity", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "-", "12Gly", "variant", "was", "reduced", "by", "only", "three", "-", "fold", "relative", "to", "the", "unmodified", "protein", "(", "Fig...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,028
[ "To", "test", "the", "interplay", "of", "the", "U2AF65", "inter", "-", "RRM", "linker", "with", "its", "N", "-", "and", "C", "-", "terminal", "RRM", "extensions", ",", "we", "constructed", "an", "internal", "linker", "deletion", "of", "20", "-", "residue...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutan...	3,029
[ "We", "found", "that", "the", "affinity", "of", "dU2AF651", ",", "2L", "for", "the", "AdML", "RNA", "was", "significantly", "reduced", "relative", "to", "U2AF651", ",", "2L", "(", "four", "-", "fold", ",", "Figs", "1b", "and", "4b", ";", "Supplementary",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,030
[ "Yet", ",", "it", "is", "well", "known", "that", "the", "linker", "deletion", "in", "the", "context", "of", "the", "minimal", "RRM1", "–", "RRM2", "boundaries", "has", "no", "detectable", "effect", "on", "the", "RNA", "affinities", "of", "dU2AF651", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "...	3,031
[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "suggest", "that", "an", "extended", "conformation", "of", "the", "truncated", "dU2AF651", ",", "2", "inter", "-", "RRM", "linker", "would", "suffice", "to", "connect", "the", "U2AF651", ",", "2L", "RRM1", "C", "t...	[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,032
[ "However", ",", "stretching", "of", "the", "truncated", "dU2AF651", ",", "2L", "linker", "to", "connect", "the", "RRM", "termini", "is", "expected", "to", "disrupt", "its", "nucleotide", "interactions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,033
[ "Likewise", ",", "deletion", "of", "the", "N", "-", "terminal", "RRM1", "extension", "in", "the", "shortened", "constructs", "would", "remove", "packing", "interactions", "that", "position", "the", "linker", "in", "a", "kinked", "turn", "following", "P229", "(...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutan...	3,034
[ "Notably", ",", "the", "Q147A", "/", "V254P", "/", "R227A", "mutation", "reduced", "the", "RNA", "affinity", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "-", "3Mut", "protein", "by", "30", "-", "fold", "more", "than", "would", "be", "expected", "based", "on", "...	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,035
[ "The", "non", "-", "additive", "effects", "of", "the", "Q147A", "/", "V254P", "/", "R227A", "triple", "mutation", ",", "coupled", "with", "the", "context", "-", "dependent", "penalties", "of", "an", "internal", "U2AF65", "linker", "deletion", ",", "highlight...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,038
[ "We", "introduced", "the", "triple", "mutation", "(", "V254P", "/", "R227A", "/", "Q147A", ")", "that", "significantly", "reduced", "U2AF651", ",", "2L", "association", "with", "the", "Py", "tract", "(", "Fig", ".", "4b", ")", "in", "the", "context", "of...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "...	3,041
[ "Co", "-", "transfection", "of", "the", "U2AF65", "-", "3Mut", "with", "the", "pyPY", "splicing", "substrate", "significantly", "reduced", "splicing", "of", "the", "weak", "‘", "py", "'", "splice", "site", "relative", "to", "wild", "-", "type", "U2AF65", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,042
[ "The", "direct", "interface", "between", "U2AF651", ",", "2L", "RRM1", "and", "RRM2", "is", "minor", ",", "burying", "265", "Å2", "of", "solvent", "accessible", "surface", "area", "compared", "with", "570", "Å2", "on", "average", "for", "a", "crystal", "pa...	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,045
[ "Paramagnetic", "resonance", "enhancement", "(", "PRE", ")", "measurements", "previously", "had", "suggested", "a", "predominant", "back", "-", "to", "-", "back", ",", "or", "‘", "closed", "'", "conformation", "of", "the", "apo", "-", "U2AF651", ",", "2", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,048
[ "Yet", ",", "small", "-", "angle", "X", "-", "ray", "scattering", "(", "SAXS", ")", "data", "indicated", "that", "both", "the", "minimal", "U2AF651", ",", "2", "and", "longer", "constructs", "comprise", "a", "highly", "diverse", "continuum", "of", "conform...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,049
[ "Virtually", "no", "fluorescent", "molecules", "were", "detected", "in", "the", "absence", "of", "biotin", "-", "NTA", "/", "Ni", "+", "2", ",", "which", "demonstrates", "the", "absence", "of", "detectable", "non", "-", "specific", "binding", "of", "U2AF651"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O" ]	3,053
[ "The", "FRET", "distribution", "histogram", "built", "from", "more", "than", "a", "thousand", "traces", "of", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "in", "the", "absence", "of", "ligand", "showed", "an", "extremely", "broad", "distribution",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,054
[ "We", "cannot", "exclude", "a", "possibility", "that", "tethering", "of", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "to", "the", "microscope", "slide", "introduces", "structural", "heterogeneity", "into", "the", "protein", "and", ",", "thus", ",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,058
[ "Addition", "of", "the", "AdML", "RNA", "to", "tethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "selectively", "increases", "a", "fraction", "of", "molecules", "showing", "an", "∼", "0", ".", "45", "apparent", "FRET", "efficiency", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,061
[ "We", "tethered", "the", "AdML", "RNA", "to", "the", "slide", "via", "a", "biotinylated", "oligonucleotide", "DNA", "handle", "and", "added", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "in", "the", "absence", "of", "biotin", "-", "NTA", "resi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,062
[ "A", "0", ".", "45", "FRET", "value", "was", "again", "predominant", ",", "indicating", "a", "similar", "RNA", "-", "bound", "conformation", "and", "structural", "dynamics", "for", "the", "untethered", "and", "tethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,063
[ "Nevertheless", ",", "in", "the", "presence", "of", "saturating", "concentrations", "of", "rArA", "-", "interrupted", "RNA", "slide", "-", "tethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "showed", "a", "prevalent", "∼", "0", ".", "45", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,066
[ "The", "remaining", "∼", "30", "%", "of", "traces", "for", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "bound", "to", "the", "slide", "-", "tethered", "RNA", "showed", "fluctuations", "between", "distinct", "FRET", "values", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,068
[ "Although", "a", "compact", "conformation", "(", "or", "multiple", "conformations", ")", "of", "U2AF651", ",", "2L", "corresponding", "to", "∼", "0", ".", "7", "–", "0", ".", "8", "FRET", "values", "can", "bind", "RNA", ",", "on", "RNA", "binding", ","...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutan...	3,070
[ "Likewise", ",", "deletion", "of", "20", "inter", "-", "RRM", "linker", "residues", "significantly", "reduces", "U2AF65", "–", "RNA", "binding", "only", "when", "introduced", "in", "the", "context", "of", "the", "longer", "U2AF651", ",", "2L", "construct", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,073
[ "Notably", ",", "a", "triple", "mutation", "of", "three", "residues", "(", "V254P", ",", "Q147A", "and", "R227A", ")", "in", "the", "respective", "inter", "-", "RRM", "linker", ",", "N", "-", "and", "C", "-", "terminal", "extensions", "non", "-", "addi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,074
[ "A", "confirmed", "somatic", "mutation", "of", "U2AF65", "in", "patients", "with", "MDS", ",", "L187V", ",", "is", "located", "on", "a", "solvent", "-", "exposed", "surface", "of", "RRM1", "that", "is", "distinct", "from", "the", "RNA", "interface", "(", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,079
[ "This", "L187", "surface", "is", "oriented", "towards", "the", "N", "terminus", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "construct", ",", "where", "it", "is", "expected", "to", "abut", "the", "U2AF35", "-", "binding", "site", "in", "the", "context", "of", "th...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,080
[ "Likewise", ",", "an", "unconfirmed", "M144I", "mutation", "reported", "by", "the", "same", "group", "corresponds", "to", "the", "N", "-", "terminal", "residue", "of", "U2AF651", ",", "2L", ",", "which", "is", "separated", "by", "only", "∼", "20", "residue...	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,081
[ "An", "∼", "0", ".", "45", "FRET", "value", "is", "likely", "to", "correspond", "to", "the", "U2AF65", "conformation", "visualized", "in", "our", "U2AF651", ",", "2L", "crystal", "structures", ",", "in", "which", "the", "RRM1", "and", "RRM2", "bind", "si...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,083
[ "The", "lesser", "0", ".", "65", "–", "0", ".", "8", "and", "0", ".", "2", "–", "0", ".", "3", "FRET", "values", "in", "the", "untethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "experiment", "could", "correspond", "to", "respectiv...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,084
[ "Here", ",", "the", "majority", "of", "changes", "in", "smFRET", "traces", "for", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "bound", "to", "slide", "-", "tethered", "RNA", "began", "at", "high", "(", "0", ".", "65", "–", "0", ".", "8",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,086
[ "Based", "on", "(", "i", ")", "similar", "RNA", "affinities", "of", "U2AF65", "and", "U2AF651", ",", "2L", ",", "(", "ii", ")", "indistinguishable", "conformations", "among", "four", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "in", "two", "different", "crystal", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,089
[ "An", "internal", "deletion", "(", "d", ",", "Δ", ")", "of", "residues", "238", "–", "257", "removes", "a", "portion", "of", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "from", "the", "dU2AF651", ",", "2", "and", "dU2AF651", ",", "2L", "constructs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]	3,094
[ "The", "KD", "'", "s", "for", "binding", "5", "′-", "CCUUUUCCCCCCC", "-", "3", "′", "are", ":", "flU2AF65", ",", "41", "±", "2", "nM", ";", "U2AF651", ",", "2L", ",", "31", "±", "3", "nM", ".", "The", "KD", "'", "s", "for", "binding", "5", "′...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,096
[ "(", "a", ")", "Alignment", "of", "oligonucleotide", "sequences", "that", "were", "co", "-", "crystallized", "in", "the", "indicated", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]	3,098
[ "The", "prior", "dU2AF651", ",", "2", "nucleotide", "-", "binding", "sites", "are", "given", "in", "parentheses", "(", "site", "4", "'", "interacts", "with", "dU2AF65", "RRM1", "and", "RRM2", "by", "crystallographic", "symmetry", ")." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,100
[ "Crystallographic", "statistics", "are", "given", "in", "Table", "1", "and", "the", "overall", "conformations", "of", "U2AF651", ",", "2L", "and", "prior", "dU2AF651", ",", "2", "/", "U2AF651", ",", "2", "structures", "are", "compared", "in", "Supplementary", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,101
[ "Representative", "views", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "interactions", "with", "each", "new", "nucleotide", "of", "the", "bound", "Py", "tract", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,102
[ "New", "residues", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "are", "coloured", "a", "darker", "shade", "of", "blue", ",", "apart", "from", "residues", "that", "were", "tested", "by", "site", "-", "directed", "mutagenesis", ",", "which", "are", "col...	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,103
[ "The", "nucleotide", "-", "binding", "sites", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "and", "prior", "dU2AF651", ",", "2", "structure", "are", "compared", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "3a", "–", "h", ".", "The", "first", "and", "seventh", "U2AF651", ",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,104
[ "(", "i", ")", "Bar", "graph", "of", "apparent", "equilibrium", "affinities", "(", "KA", ")", "of", "the", "wild", "type", "(", "blue", ")", "and", "the", "indicated", "mutant", "(", "yellow", ")", "U2AF651", ",", "2L", "proteins", "binding", "the", "A...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,105
[ "The", "apparent", "equilibrium", "dissociation", "constants", "(", "KD", ")", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "mutant", "proteins", "are", ":", "wild", "type", "(", "WT", "),", "35", "±", "6", "nM", ";", "R227A", ",", "166", "±", "2", "nM", ";", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,106
[ "Residues", "V249", ",", "V250", ",", "V254", "(", "yellow", ")", "are", "mutated", "to", "V249G", "/", "V250G", "/", "V254G", "in", "the", "3Gly", "mutant", ";", "residues", "S251", ",", "T252", ",", "V253", ",", "P255", "(", "red", ")", "along", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutan...	3,110
[ "Other", "linker", "residues", "are", "coloured", "either", "dark", "blue", "for", "new", "residues", "in", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structure", "or", "light", "blue", "for", "the", "remaining", "inter", "-", "RRM", "residues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,111
[ "(", "b", ")", "Representative", "RT", "-", "PCR", "of", "pyPY", "transcripts", "from", "HEK293T", "cells", "co", "-", "transfected", "with", "constructs", "encoding", "the", "pyPY", "minigene", "and", "either", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "U2AF65...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutan...	3,116
[ "The", "U2AF651", ",", "2LFRET", "proteins", "were", "doubly", "labelled", "at", "A181C", "/", "Q324C", "such", "that", "a", "mixture", "of", "Cy3", "/", "Cy5", "fluorophores", "are", "expected", "to", "be", "present", "at", "each", "site", "." ]	[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,118
[ "(", "c", "–", "f", ",", "i", ",", "j", ")", "The", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "protein", "was", "immobilized", "on", "the", "microscope", "slide", "via", "biotin", "-", "NTA", "/", "Ni", "+", "2", "(", "orange", "line...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,119
[ "The", "untethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "protein", "(", "1", "nM", ")", "was", "added", "to", "AdML", "RNA", "–", "polyethylene", "-", "glycol", "-", "linker", "–", "DNA", "oligonucleotide", "(", "10", "nM", "),", ...	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,120
[ "To", "quantitatively", "assess", "the", "contribution", "of", "the", "N", "-", "terminal", "domain", "to", "the", "MKP7", "-", "catalysed", "JNK1", "dephosphorylation", ",", "we", "first", "measured", "the", "kinetic", "parameters", "of", "the", "C", "-", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,270
[ "The", "kcat", "and", "Km", "of", "the", "MKP7", "-", "CD", "(", "0", ".", "028", "s", "−", "1", "and", "0", ".", "26", "μM", ")", "so", "determined", "were", "nearly", "identical", "to", "those", "of", "MKP7ΔC304", "(", "0", ".", "029", "s", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,271
[ "We", "then", "assayed", "pNPPase", "activities", "of", "MKP7ΔC304", "and", "MKP7", "-", "CD", "in", "the", "presence", "of", "JNK1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,307
[ "As", "shown", "in", "Fig", ".", "4f", ",", "all", "the", "mutants", ",", "except", "F287D", "/", "A", ",", "showed", "little", "or", "no", "activity", "change", "compared", "with", "the", "wild", "-", "type", "MKP7", "-", "CD", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,309
[ "The", "substitution", "of", "the", "two", "hydrophobic", "residues", "with", "charged", "/", "polar", "residues", "(", "F285I", "/", "N286K", ")", "seriously", "disrupts", "the", "hydrophobic", "interaction", "required", "for", "MKP7", "binding", "on", "JNK1", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,316
[ "To", "assess", "the", "effects", "of", "MKP7", "and", "its", "mutants", "on", "the", "activation", "of", "endogenous", "JNK", "in", "vivo", ",", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "blank", "vector", "or", "with", "HA", "-", "tagged", "cons...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,319
[ "Overexpressed", "full", "-", "length", "MKP7", ",", "MKP7ΔC304", "and", "MKP7", "-", "CD", "significantly", "reduced", "the", "endogenous", "level", "of", "phosphorylated", "JNK", "compared", "with", "vector", "-", "transfected", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,321
[ "Expressions", "of", "wild", "-", "type", "MKP7", ",", "MKP7ΔC304", "and", "MKP7", "-", "CD", "significantly", "decreased", "the", "proportion", "of", "apoptotic", "cells", "after", "ultraviolet", "treatment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,327
[ "In", "contrast", ",", "cells", "transfected", "with", "the", "MKP7", "FXF", "-", "motif", "mutants", "(", "F285D", ",", "F287D", "and", "L288D", ")", "showed", "little", "protective", "effect", "after", "ultraviolet", "treatment", "and", "similar", "levels", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,328
[ "Residues", "involved", "in", "hydrophobic", "and", "hydrophilic", "contacts", "are", "coloured", "in", "red", "and", "blue", ",", "respectively", ".", "(", "b", ")", "Gel", "filtration", "analysis", "for", "interaction", "of", "JNK1", "with", "MKP7", "-", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]	3,389
[ "Mutant", "F285D", "and", "JNK1", "were", "eluted", "as", "monomers", ",", "with", "the", "molecular", "masses", "of", "∼", "17", "and", "44", "kDa", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,390
[ "The", "COO", "-", "group", "of", "Asn69IDA", "is", "in", "direct", "contact", "with", "Arg407HAESA", "and", "Arg409HAESA", "and", "HAESA", "cannot", "bind", "a", "C", "-", "terminally", "extended", "IDA", "-", "SFVN", "peptide", "(", "Figures", "1D", ",",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,474
[ "We", "obtained", "a", "structure", "of", "HAESA", "in", "complex", "with", "a", "PKGV", "-", "IDA", "peptide", "at", "1", ".", "94", "Å", "resolution", "(", "Table", "2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,481
[ "We", "do", "not", "detect", "interaction", "between", "HAESA", "and", "a", "synthetic", "peptide", "missing", "the", "C", "-", "terminal", "Asn69IDA", "(", "ΔN69", "),", "highlighting", "the", "importance", "of", "the", "polar", "interactions", "between", "th...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,485
[ "Left", "panel", ":", "IDA", "K66A", "/", "R67A", ";", "center", ":", "IDA", "ΔN69", ",", "right", "panel", ":", "SDS", "-", "PAGE", "of", "peak", "fractions", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,510
[ "(", "C", ")", "Quantitative", "petal", "break", "-", "strength", "assay", "for", "Col", "-", "0", "wild", "-", "type", "flowers", "and", "35S", "::", "IDA", "wild", "-", "type", "and", "35S", "::", "IDA", "K66A", "/", "R67A", "mutant", "flowers", "....	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]	3,513
[ "Up", "to", "inflorescence", "position", "4", ",", "petal", "break", "in", "35S", "::", "IDA", "K66A", "/", "R67A", "mutant", "plants", "was", "significantly", "increased", "compared", "to", "both", "Col", "-", "0", "control", "plants", "(", "b", ")", "a...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,515
[ "A", "synthetic", "Lys66IDA", "/", "Arg67IDA", "→", "Ala", "mutant", "peptide", "(", "IDA", "K66A", "/", "R66A", ")", "showed", "a", "10", "fold", "reduced", "binding", "affinity", "when", "titrated", "in", "a", "HAESA", "/", "SERK1", "protein", "solution"...	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,519
[ "Comparison", "of", "35S", "::", "IDA", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "plants", "further", "indicates", "that", "mutation", "of", "Lys66IDA", "/", "Arg67IDA", "→", "Ala", "may", "cause", "a", "weak", "dominant", "negative", "effect", "(", "Figure", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,520
[ "Although", "a", "Thr1Ser", "mutant", "is", "active", ",", "it", "is", "less", "efficient", "compared", "with", "wild", "type", "because", "of", "the", "unfavourable", "orientation", "of", "Ser1", "towards", "incoming", "substrates", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,881
[ "Yeast", "strains", "carrying", "the", "single", "mutations", "β1", "-", "T1A", "or", "β2", "-", "T1A", ",", "or", "both", ",", "are", "viable", ",", "even", "though", "one", "or", "two", "of", "the", "three", "distinct", "catalytic", "β", "subunits", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,899
[ "By", "contrast", ",", "the", "T1A", "mutation", "in", "subunit", "β5", "has", "been", "reported", "to", "be", "lethal", "or", "nearly", "so", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,900
[ "Viability", "is", "restored", "if", "the", "β5", "-", "T1A", "subunit", "has", "its", "propeptide", "(", "pp", ")", "deleted", "but", "expressed", "separately", "in", "trans", "(", "β5", "-", "T1A", "pp", "trans", "),", "although", "substantial", "phenoty...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,901
[ "The", "extremely", "weak", "growth", "of", "the", "β5", "-", "T1A", "mutant", "pp", "cis", "described", "by", "Chen", "and", "Hochstrasser", "compared", "with", "the", "inviability", "reported", "by", "Heinemeyer", "et", "al", ".", "prompted", "us", "to", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	3,902
[ "We", "also", "identified", "an", "additional", "point", "mutation", "K81R", "in", "subunit", "β5", "that", "was", "present", "in", "the", "allele", "used", "in", "ref", "..", "This", "single", "amino", "-", "acid", "exchange", "is", "located", "at", "the"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...	3,903

[ "The", "F115I", "/", "L", "substitutions", "would", "replace", "these", "hydrogen", "bonds", "with", "hydrophobic", "interactions", "that", "have", "little", "angular", "dependence", "." ]

[ "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,805

[ "Crystallographic", "data", "and", "ensemble", "selection", ".", "(", "a", ")", "2mFo", "−", "DFc", "omit", "map", "of", "residual", "Im76", "-", "45", "and", "flexible", "linker", "electron", "density", "contoured", "at", "0", ".", "5", "σ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,811

[ "Agreement", "to", "the", "residual", "Im76", "-", "45", "electron", "density", "(", "c", ")", "and", "anomalous", "iodine", "signals", "(", "d", ")", "for", "ensembles", "of", "varying", "size", "generated", "by", "randomly", "choosing", "from", "the", "M...

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

2,815

[ "Spy", ":", "Im76", "-", "45", "ensemble", ",", "arranged", "by", "RMSD", "to", "native", "state", "of", "Im76", "-", "45", ".", "Although", "the", "six", "-", "membered", "ensemble", "from", "the", "READ", "selection", "should", "be", "considered", "onl...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

2,817

[ "Dashed", "lines", "connect", "non", "-", "contiguous", "segments", "of", "the", "Im76", "-", "45", "substrate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]

2,819

[ "Shown", "below", "each", "ensemble", "member", "is", "the", "RMSD", "of", "each", "conformer", "to", "the", "native", "state", "of", "Im76", "-", "45", ",", "as", "well", "as", "the", "percentage", "of", "contacts", "between", "Im76", "-", "45", "and", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,821

[ "For", "clarity", ",", "Im76", "-", "45", "is", "represented", "with", "a", "single", "conformation", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,823

[ "As", "the", "residues", "involved", "in", "contacts", "are", "more", "evenly", "distributed", "in", "Im76", "-", "45", "compared", "to", "Spy", ",", "its", "contact", "map", "was", "amplified", ".", "(", "b", ")", "Detailed", "contact", "maps", "of", "S...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,824

[ "The", "Super", "Spy", "mutants", "F115L", ",", "F115I", ",", "and", "L32P", "are", "proposed", "to", "gain", "activity", "by", "increasing", "the", "flexibility", "or", "size", "of", "this", "linker", "region", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,829

[ "Milestone", "crystal", "structures", "of", "the", "core", "U2AF65", "RRM1", "and", "RRM2", "connected", "by", "a", "shortened", "inter", "-", "RRM", "linker", "(", "dU2AF651", ",", "2", ")", "detailed", "a", "subset", "of", "nucleotide", "interactions", "wi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,986

[ "A", "subsequent", "NMR", "structure", "characterized", "the", "side", "-", "by", "-", "side", "arrangement", "of", "the", "minimal", "U2AF65", "RRM1", "and", "RRM2", "connected", "by", "a", "linker", "of", "natural", "length", "(", "U2AF651", ",", "2", ")...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "...

2,987

[ "The", "RNA", "affinity", "of", "the", "minimal", "U2AF651", ",", "2", "domain", "comprising", "the", "core", "RRM1", "–", "RRM2", "folds", "(", "U2AF651", ",", "2", ",", "residues", "148", "–", "336", ")", "is", "relatively", "weak", "compared", "with",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

2,990

[ "We", "noticed", "that", "the", "RNA", "-", "binding", "affinity", "of", "the", "U2AF651", ",", "2", "domain", "was", "greatly", "enhanced", "by", "the", "addition", "of", "seven", "and", "six", "residues", "at", "the", "respective", "N", "and", "C", "te...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutan...

2,992

[ "In", "a", "fluorescence", "anisotropy", "assay", "for", "binding", "a", "representative", "Py", "tract", "derived", "from", "the", "well", "-", "characterized", "splice", "site", "of", "the", "adenovirus", "major", "late", "promoter", "(", "AdML", "),", "the"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

2,993

[ "To", "investigate", "the", "structural", "basis", "for", "cognate", "U2AF65", "recognition", "of", "a", "contiguous", "Py", "tract", ",", "we", "determined", "four", "crystal", "structures", "of", "U2AF651", ",", "2L", "bound", "to", "Py", "-", "tract", "ol...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,995

[ "The", "protein", "and", "oligonucleotide", "conformations", "are", "nearly", "identical", "among", "the", "four", "new", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "2a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,996

[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "characterize", "ribose", "(", "r", ")", "nucleotides", "at", "all", "of", "the", "binding", "sites", "except", "the", "seventh", "and", "eighth", "deoxy", "-(", "d", ")", "U", ",", "which", "are", "likely", "to...

[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

2,999

[ "In", "striking", "departures", "from", "prior", "partial", "views", ",", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "reveal", "three", "unanticipated", "nucleotide", "-", "binding", "sites", "at", "the", "centre", "of", "the", "Py", "tract", ",", "as", "wel...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,000

[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "RRM2", ",", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "and", "RRM1", "concomitantly", "recognize", "the", "three", "central", "nucleotides", "of", "the", "Py", "tract", ",", "which", "are", "likely", "to", "coordinate", "the", "co...

[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,002

[ "Mutagenesis", "of", "either", "V254", "in", "the", "U2AF65", "inter", "-", "RRM", "linker", "to", "proline", "or", "RRM1", "–", "R227", "to", "alanine", ",", "which", "remove", "the", "hydrogen", "bond", "with", "the", "fifth", "uracil", "-", "O4", "or"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "...

3,008

[ "The", "energetic", "penalties", "due", "to", "these", "mutations", "(", "ΔΔG", "0", ".", "8", "–", "0", ".", "9", "kcal", "mol", "−", "1", ")", "are", "consistent", "with", "the", "loss", "of", "each", "hydrogen", "bond", "with", "the", "rU5", "base...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,009

[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "reveal", "that", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "mediates", "an", "extensive", "interface", "with", "the", "second", "α", "-", "helix", "of", "RRM1", ",", "the", "β2", "/", "β3", "strands", "of", "RRM2",...

[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,015

[ "Altogether", ",", "the", "U2AF65", "inter", "-", "RRM", "linker", "residues", "(", "R228", "–", "K260", ")", "bury", "2", ",", "800", "Å2", "of", "surface", "area", "in", "the", "U2AF651", ",", "2L", "holo", "-", "protein", ",", "suggestive", "of", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,016

[ "We", "titrated", "these", "mutant", "U2AF651", ",", "2L", "proteins", "into", "fluorescein", "-", "labelled", "AdML", "Py", "-", "tract", "RNA", "and", "fit", "the", "fluorescence", "anisotropy", "changes", "to", "obtain", "the", "apparent", "equilibrium", "a...

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,024

[ "First", ",", "we", "replaced", "V249", "and", "V250", "at", "the", "RRM1", "/", "RRM2", "interface", "and", "V254", "at", "the", "bound", "RNA", "site", "with", "glycine", "(", "3Gly", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]

3,025

[ "A", "more", "conservative", "substitution", "of", "these", "five", "residues", "(", "251", "–", "255", ")", "with", "an", "unrelated", "sequence", "capable", "of", "backbone", "-", "mediated", "hydrogen", "bonds", "(", "STVVP", ">", "NLALA", ")", "confirmed...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,026

[ "Finally", ",", "to", "ensure", "that", "these", "selective", "mutations", "were", "sufficient", "to", "disrupt", "the", "linker", "/", "RRM", "contacts", ",", "we", "substituted", "glycine", "for", "the", "majority", "of", "buried", "hydrophobic", "residues", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,027

[ "Despite", "12", "concurrent", "mutations", ",", "the", "AdML", "RNA", "affinity", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "-", "12Gly", "variant", "was", "reduced", "by", "only", "three", "-", "fold", "relative", "to", "the", "unmodified", "protein", "(", "Fig...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,028

[ "To", "test", "the", "interplay", "of", "the", "U2AF65", "inter", "-", "RRM", "linker", "with", "its", "N", "-", "and", "C", "-", "terminal", "RRM", "extensions", ",", "we", "constructed", "an", "internal", "linker", "deletion", "of", "20", "-", "residue...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutan...

3,029

[ "We", "found", "that", "the", "affinity", "of", "dU2AF651", ",", "2L", "for", "the", "AdML", "RNA", "was", "significantly", "reduced", "relative", "to", "U2AF651", ",", "2L", "(", "four", "-", "fold", ",", "Figs", "1b", "and", "4b", ";", "Supplementary",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,030

[ "Yet", ",", "it", "is", "well", "known", "that", "the", "linker", "deletion", "in", "the", "context", "of", "the", "minimal", "RRM1", "–", "RRM2", "boundaries", "has", "no", "detectable", "effect", "on", "the", "RNA", "affinities", "of", "dU2AF651", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "...

3,031

[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "suggest", "that", "an", "extended", "conformation", "of", "the", "truncated", "dU2AF651", ",", "2", "inter", "-", "RRM", "linker", "would", "suffice", "to", "connect", "the", "U2AF651", ",", "2L", "RRM1", "C", "t...

[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,032

[ "However", ",", "stretching", "of", "the", "truncated", "dU2AF651", ",", "2L", "linker", "to", "connect", "the", "RRM", "termini", "is", "expected", "to", "disrupt", "its", "nucleotide", "interactions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,033

[ "Likewise", ",", "deletion", "of", "the", "N", "-", "terminal", "RRM1", "extension", "in", "the", "shortened", "constructs", "would", "remove", "packing", "interactions", "that", "position", "the", "linker", "in", "a", "kinked", "turn", "following", "P229", "(...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutan...

3,034

[ "Notably", ",", "the", "Q147A", "/", "V254P", "/", "R227A", "mutation", "reduced", "the", "RNA", "affinity", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "-", "3Mut", "protein", "by", "30", "-", "fold", "more", "than", "would", "be", "expected", "based", "on", "...

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,035

[ "The", "non", "-", "additive", "effects", "of", "the", "Q147A", "/", "V254P", "/", "R227A", "triple", "mutation", ",", "coupled", "with", "the", "context", "-", "dependent", "penalties", "of", "an", "internal", "U2AF65", "linker", "deletion", ",", "highlight...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,038

[ "We", "introduced", "the", "triple", "mutation", "(", "V254P", "/", "R227A", "/", "Q147A", ")", "that", "significantly", "reduced", "U2AF651", ",", "2L", "association", "with", "the", "Py", "tract", "(", "Fig", ".", "4b", ")", "in", "the", "context", "of...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "...

3,041

[ "Co", "-", "transfection", "of", "the", "U2AF65", "-", "3Mut", "with", "the", "pyPY", "splicing", "substrate", "significantly", "reduced", "splicing", "of", "the", "weak", "‘", "py", "'", "splice", "site", "relative", "to", "wild", "-", "type", "U2AF65", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,042

[ "The", "direct", "interface", "between", "U2AF651", ",", "2L", "RRM1", "and", "RRM2", "is", "minor", ",", "burying", "265", "Å2", "of", "solvent", "accessible", "surface", "area", "compared", "with", "570", "Å2", "on", "average", "for", "a", "crystal", "pa...

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,045

[ "Paramagnetic", "resonance", "enhancement", "(", "PRE", ")", "measurements", "previously", "had", "suggested", "a", "predominant", "back", "-", "to", "-", "back", ",", "or", "‘", "closed", "'", "conformation", "of", "the", "apo", "-", "U2AF651", ",", "2", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,048

[ "Yet", ",", "small", "-", "angle", "X", "-", "ray", "scattering", "(", "SAXS", ")", "data", "indicated", "that", "both", "the", "minimal", "U2AF651", ",", "2", "and", "longer", "constructs", "comprise", "a", "highly", "diverse", "continuum", "of", "conform...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,049

[ "Virtually", "no", "fluorescent", "molecules", "were", "detected", "in", "the", "absence", "of", "biotin", "-", "NTA", "/", "Ni", "+", "2", ",", "which", "demonstrates", "the", "absence", "of", "detectable", "non", "-", "specific", "binding", "of", "U2AF651"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O" ]

3,053

[ "The", "FRET", "distribution", "histogram", "built", "from", "more", "than", "a", "thousand", "traces", "of", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "in", "the", "absence", "of", "ligand", "showed", "an", "extremely", "broad", "distribution",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,054

[ "We", "cannot", "exclude", "a", "possibility", "that", "tethering", "of", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "to", "the", "microscope", "slide", "introduces", "structural", "heterogeneity", "into", "the", "protein", "and", ",", "thus", ",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,058

[ "Addition", "of", "the", "AdML", "RNA", "to", "tethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "selectively", "increases", "a", "fraction", "of", "molecules", "showing", "an", "∼", "0", ".", "45", "apparent", "FRET", "efficiency", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,061

[ "We", "tethered", "the", "AdML", "RNA", "to", "the", "slide", "via", "a", "biotinylated", "oligonucleotide", "DNA", "handle", "and", "added", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "in", "the", "absence", "of", "biotin", "-", "NTA", "resi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,062

[ "A", "0", ".", "45", "FRET", "value", "was", "again", "predominant", ",", "indicating", "a", "similar", "RNA", "-", "bound", "conformation", "and", "structural", "dynamics", "for", "the", "untethered", "and", "tethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,063

[ "Nevertheless", ",", "in", "the", "presence", "of", "saturating", "concentrations", "of", "rArA", "-", "interrupted", "RNA", "slide", "-", "tethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "showed", "a", "prevalent", "∼", "0", ".", "45", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,066

[ "The", "remaining", "∼", "30", "%", "of", "traces", "for", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "bound", "to", "the", "slide", "-", "tethered", "RNA", "showed", "fluctuations", "between", "distinct", "FRET", "values", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,068

[ "Although", "a", "compact", "conformation", "(", "or", "multiple", "conformations", ")", "of", "U2AF651", ",", "2L", "corresponding", "to", "∼", "0", ".", "7", "–", "0", ".", "8", "FRET", "values", "can", "bind", "RNA", ",", "on", "RNA", "binding", ","...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutan...

3,070

[ "Likewise", ",", "deletion", "of", "20", "inter", "-", "RRM", "linker", "residues", "significantly", "reduces", "U2AF65", "–", "RNA", "binding", "only", "when", "introduced", "in", "the", "context", "of", "the", "longer", "U2AF651", ",", "2L", "construct", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,073

[ "Notably", ",", "a", "triple", "mutation", "of", "three", "residues", "(", "V254P", ",", "Q147A", "and", "R227A", ")", "in", "the", "respective", "inter", "-", "RRM", "linker", ",", "N", "-", "and", "C", "-", "terminal", "extensions", "non", "-", "addi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,074

[ "A", "confirmed", "somatic", "mutation", "of", "U2AF65", "in", "patients", "with", "MDS", ",", "L187V", ",", "is", "located", "on", "a", "solvent", "-", "exposed", "surface", "of", "RRM1", "that", "is", "distinct", "from", "the", "RNA", "interface", "(", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,079

[ "This", "L187", "surface", "is", "oriented", "towards", "the", "N", "terminus", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "construct", ",", "where", "it", "is", "expected", "to", "abut", "the", "U2AF35", "-", "binding", "site", "in", "the", "context", "of", "th...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,080

[ "Likewise", ",", "an", "unconfirmed", "M144I", "mutation", "reported", "by", "the", "same", "group", "corresponds", "to", "the", "N", "-", "terminal", "residue", "of", "U2AF651", ",", "2L", ",", "which", "is", "separated", "by", "only", "∼", "20", "residue...

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,081

[ "An", "∼", "0", ".", "45", "FRET", "value", "is", "likely", "to", "correspond", "to", "the", "U2AF65", "conformation", "visualized", "in", "our", "U2AF651", ",", "2L", "crystal", "structures", ",", "in", "which", "the", "RRM1", "and", "RRM2", "bind", "si...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,083

[ "The", "lesser", "0", ".", "65", "–", "0", ".", "8", "and", "0", ".", "2", "–", "0", ".", "3", "FRET", "values", "in", "the", "untethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "experiment", "could", "correspond", "to", "respectiv...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,084

[ "Here", ",", "the", "majority", "of", "changes", "in", "smFRET", "traces", "for", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "bound", "to", "slide", "-", "tethered", "RNA", "began", "at", "high", "(", "0", ".", "65", "–", "0", ".", "8",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,086

[ "Based", "on", "(", "i", ")", "similar", "RNA", "affinities", "of", "U2AF65", "and", "U2AF651", ",", "2L", ",", "(", "ii", ")", "indistinguishable", "conformations", "among", "four", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "in", "two", "different", "crystal", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,089

[ "An", "internal", "deletion", "(", "d", ",", "Δ", ")", "of", "residues", "238", "–", "257", "removes", "a", "portion", "of", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "from", "the", "dU2AF651", ",", "2", "and", "dU2AF651", ",", "2L", "constructs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]

3,094

[ "The", "KD", "'", "s", "for", "binding", "5", "′-", "CCUUUUCCCCCCC", "-", "3", "′", "are", ":", "flU2AF65", ",", "41", "±", "2", "nM", ";", "U2AF651", ",", "2L", ",", "31", "±", "3", "nM", ".", "The", "KD", "'", "s", "for", "binding", "5", "′...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,096

[ "(", "a", ")", "Alignment", "of", "oligonucleotide", "sequences", "that", "were", "co", "-", "crystallized", "in", "the", "indicated", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]

3,098

[ "The", "prior", "dU2AF651", ",", "2", "nucleotide", "-", "binding", "sites", "are", "given", "in", "parentheses", "(", "site", "4", "'", "interacts", "with", "dU2AF65", "RRM1", "and", "RRM2", "by", "crystallographic", "symmetry", ")." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,100

[ "Crystallographic", "statistics", "are", "given", "in", "Table", "1", "and", "the", "overall", "conformations", "of", "U2AF651", ",", "2L", "and", "prior", "dU2AF651", ",", "2", "/", "U2AF651", ",", "2", "structures", "are", "compared", "in", "Supplementary", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,101

[ "Representative", "views", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "interactions", "with", "each", "new", "nucleotide", "of", "the", "bound", "Py", "tract", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,102

[ "New", "residues", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "are", "coloured", "a", "darker", "shade", "of", "blue", ",", "apart", "from", "residues", "that", "were", "tested", "by", "site", "-", "directed", "mutagenesis", ",", "which", "are", "col...

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,103

[ "The", "nucleotide", "-", "binding", "sites", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "and", "prior", "dU2AF651", ",", "2", "structure", "are", "compared", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "3a", "–", "h", ".", "The", "first", "and", "seventh", "U2AF651", ",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,104

[ "(", "i", ")", "Bar", "graph", "of", "apparent", "equilibrium", "affinities", "(", "KA", ")", "of", "the", "wild", "type", "(", "blue", ")", "and", "the", "indicated", "mutant", "(", "yellow", ")", "U2AF651", ",", "2L", "proteins", "binding", "the", "A...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,105

[ "The", "apparent", "equilibrium", "dissociation", "constants", "(", "KD", ")", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "mutant", "proteins", "are", ":", "wild", "type", "(", "WT", "),", "35", "±", "6", "nM", ";", "R227A", ",", "166", "±", "2", "nM", ";", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,106

[ "Residues", "V249", ",", "V250", ",", "V254", "(", "yellow", ")", "are", "mutated", "to", "V249G", "/", "V250G", "/", "V254G", "in", "the", "3Gly", "mutant", ";", "residues", "S251", ",", "T252", ",", "V253", ",", "P255", "(", "red", ")", "along", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutan...

3,110

[ "Other", "linker", "residues", "are", "coloured", "either", "dark", "blue", "for", "new", "residues", "in", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structure", "or", "light", "blue", "for", "the", "remaining", "inter", "-", "RRM", "residues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,111

[ "(", "b", ")", "Representative", "RT", "-", "PCR", "of", "pyPY", "transcripts", "from", "HEK293T", "cells", "co", "-", "transfected", "with", "constructs", "encoding", "the", "pyPY", "minigene", "and", "either", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "U2AF65...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutan...

3,116

[ "The", "U2AF651", ",", "2LFRET", "proteins", "were", "doubly", "labelled", "at", "A181C", "/", "Q324C", "such", "that", "a", "mixture", "of", "Cy3", "/", "Cy5", "fluorophores", "are", "expected", "to", "be", "present", "at", "each", "site", "." ]

[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,118

[ "(", "c", "–", "f", ",", "i", ",", "j", ")", "The", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "protein", "was", "immobilized", "on", "the", "microscope", "slide", "via", "biotin", "-", "NTA", "/", "Ni", "+", "2", "(", "orange", "line...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,119

[ "The", "untethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "protein", "(", "1", "nM", ")", "was", "added", "to", "AdML", "RNA", "–", "polyethylene", "-", "glycol", "-", "linker", "–", "DNA", "oligonucleotide", "(", "10", "nM", "),", ...

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,120

[ "To", "quantitatively", "assess", "the", "contribution", "of", "the", "N", "-", "terminal", "domain", "to", "the", "MKP7", "-", "catalysed", "JNK1", "dephosphorylation", ",", "we", "first", "measured", "the", "kinetic", "parameters", "of", "the", "C", "-", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,270

[ "The", "kcat", "and", "Km", "of", "the", "MKP7", "-", "CD", "(", "0", ".", "028", "s", "−", "1", "and", "0", ".", "26", "μM", ")", "so", "determined", "were", "nearly", "identical", "to", "those", "of", "MKP7ΔC304", "(", "0", ".", "029", "s", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,271

[ "We", "then", "assayed", "pNPPase", "activities", "of", "MKP7ΔC304", "and", "MKP7", "-", "CD", "in", "the", "presence", "of", "JNK1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,307

[ "As", "shown", "in", "Fig", ".", "4f", ",", "all", "the", "mutants", ",", "except", "F287D", "/", "A", ",", "showed", "little", "or", "no", "activity", "change", "compared", "with", "the", "wild", "-", "type", "MKP7", "-", "CD", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,309

[ "The", "substitution", "of", "the", "two", "hydrophobic", "residues", "with", "charged", "/", "polar", "residues", "(", "F285I", "/", "N286K", ")", "seriously", "disrupts", "the", "hydrophobic", "interaction", "required", "for", "MKP7", "binding", "on", "JNK1", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,316

[ "To", "assess", "the", "effects", "of", "MKP7", "and", "its", "mutants", "on", "the", "activation", "of", "endogenous", "JNK", "in", "vivo", ",", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "blank", "vector", "or", "with", "HA", "-", "tagged", "cons...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,319

[ "Overexpressed", "full", "-", "length", "MKP7", ",", "MKP7ΔC304", "and", "MKP7", "-", "CD", "significantly", "reduced", "the", "endogenous", "level", "of", "phosphorylated", "JNK", "compared", "with", "vector", "-", "transfected", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,321

[ "Expressions", "of", "wild", "-", "type", "MKP7", ",", "MKP7ΔC304", "and", "MKP7", "-", "CD", "significantly", "decreased", "the", "proportion", "of", "apoptotic", "cells", "after", "ultraviolet", "treatment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,327

[ "In", "contrast", ",", "cells", "transfected", "with", "the", "MKP7", "FXF", "-", "motif", "mutants", "(", "F285D", ",", "F287D", "and", "L288D", ")", "showed", "little", "protective", "effect", "after", "ultraviolet", "treatment", "and", "similar", "levels", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,328

[ "Residues", "involved", "in", "hydrophobic", "and", "hydrophilic", "contacts", "are", "coloured", "in", "red", "and", "blue", ",", "respectively", ".", "(", "b", ")", "Gel", "filtration", "analysis", "for", "interaction", "of", "JNK1", "with", "MKP7", "-", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]

3,389

[ "Mutant", "F285D", "and", "JNK1", "were", "eluted", "as", "monomers", ",", "with", "the", "molecular", "masses", "of", "∼", "17", "and", "44", "kDa", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,390

[ "The", "COO", "-", "group", "of", "Asn69IDA", "is", "in", "direct", "contact", "with", "Arg407HAESA", "and", "Arg409HAESA", "and", "HAESA", "cannot", "bind", "a", "C", "-", "terminally", "extended", "IDA", "-", "SFVN", "peptide", "(", "Figures", "1D", ",",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,474

[ "We", "obtained", "a", "structure", "of", "HAESA", "in", "complex", "with", "a", "PKGV", "-", "IDA", "peptide", "at", "1", ".", "94", "Å", "resolution", "(", "Table", "2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,481

[ "We", "do", "not", "detect", "interaction", "between", "HAESA", "and", "a", "synthetic", "peptide", "missing", "the", "C", "-", "terminal", "Asn69IDA", "(", "ΔN69", "),", "highlighting", "the", "importance", "of", "the", "polar", "interactions", "between", "th...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,485

[ "Left", "panel", ":", "IDA", "K66A", "/", "R67A", ";", "center", ":", "IDA", "ΔN69", ",", "right", "panel", ":", "SDS", "-", "PAGE", "of", "peak", "fractions", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,510

[ "(", "C", ")", "Quantitative", "petal", "break", "-", "strength", "assay", "for", "Col", "-", "0", "wild", "-", "type", "flowers", "and", "35S", "::", "IDA", "wild", "-", "type", "and", "35S", "::", "IDA", "K66A", "/", "R67A", "mutant", "flowers", "....

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]

3,513

[ "Up", "to", "inflorescence", "position", "4", ",", "petal", "break", "in", "35S", "::", "IDA", "K66A", "/", "R67A", "mutant", "plants", "was", "significantly", "increased", "compared", "to", "both", "Col", "-", "0", "control", "plants", "(", "b", ")", "a...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,515

[ "A", "synthetic", "Lys66IDA", "/", "Arg67IDA", "→", "Ala", "mutant", "peptide", "(", "IDA", "K66A", "/", "R66A", ")", "showed", "a", "10", "fold", "reduced", "binding", "affinity", "when", "titrated", "in", "a", "HAESA", "/", "SERK1", "protein", "solution"...

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,519

[ "Comparison", "of", "35S", "::", "IDA", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "plants", "further", "indicates", "that", "mutation", "of", "Lys66IDA", "/", "Arg67IDA", "→", "Ala", "may", "cause", "a", "weak", "dominant", "negative", "effect", "(", "Figure", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,520

[ "Although", "a", "Thr1Ser", "mutant", "is", "active", ",", "it", "is", "less", "efficient", "compared", "with", "wild", "type", "because", "of", "the", "unfavourable", "orientation", "of", "Ser1", "towards", "incoming", "substrates", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,881

[ "Yeast", "strains", "carrying", "the", "single", "mutations", "β1", "-", "T1A", "or", "β2", "-", "T1A", ",", "or", "both", ",", "are", "viable", ",", "even", "though", "one", "or", "two", "of", "the", "three", "distinct", "catalytic", "β", "subunits", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,899

[ "By", "contrast", ",", "the", "T1A", "mutation", "in", "subunit", "β5", "has", "been", "reported", "to", "be", "lethal", "or", "nearly", "so", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,900

[ "Viability", "is", "restored", "if", "the", "β5", "-", "T1A", "subunit", "has", "its", "propeptide", "(", "pp", ")", "deleted", "but", "expressed", "separately", "in", "trans", "(", "β5", "-", "T1A", "pp", "trans", "),", "although", "substantial", "phenoty...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,901

[ "The", "extremely", "weak", "growth", "of", "the", "β5", "-", "T1A", "mutant", "pp", "cis", "described", "by", "Chen", "and", "Hochstrasser", "compared", "with", "the", "inviability", "reported", "by", "Heinemeyer", "et", "al", ".", "prompted", "us", "to", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

3,902

[ "We", "also", "identified", "an", "additional", "point", "mutation", "K81R", "in", "subunit", "β5", "that", "was", "present", "in", "the", "allele", "used", "in", "ref", "..", "This", "single", "amino", "-", "acid", "exchange", "is", "located", "at", "the"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

3,903