Datasets:
OTAR3088
/
Variants_IOB_format

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
words
listlengths
4
199
labels
listlengths
4
199
__index_level_0__
int64
32
4.26k
[ "The", "F115I", "/", "L", "substitutions", "would", "replace", "these", "hydrogen", "bonds", "with", "hydrophobic", "interactions", "that", "have", "little", "angular", "dependence", "." ]
[ "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,805
[ "Crystallographic", "data", "and", "ensemble", "selection", ".", "(", "a", ")", "2mFo", "−", "DFc", "omit", "map", "of", "residual", "Im76", "-", "45", "and", "flexible", "linker", "electron", "density", "contoured", "at", "0", ".", "5", "σ", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,811
[ "Agreement", "to", "the", "residual", "Im76", "-", "45", "electron", "density", "(", "c", ")", "and", "anomalous", "iodine", "signals", "(", "d", ")", "for", "ensembles", "of", "varying", "size", "generated", "by", "randomly", "choosing", "from", "the", "MD", "pool", "(", "blue", ")", "and", "from", "the", "selection", "procedure", "(", "black", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,815
[ "Spy", ":", "Im76", "-", "45", "ensemble", ",", "arranged", "by", "RMSD", "to", "native", "state", "of", "Im76", "-", "45", ".", "Although", "the", "six", "-", "membered", "ensemble", "from", "the", "READ", "selection", "should", "be", "considered", "only", "as", "an", "ensemble", ",", "for", "clarity", ",", "the", "individual", "conformers", "are", "shown", "separately", "here", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,817
[ "Dashed", "lines", "connect", "non", "-", "contiguous", "segments", "of", "the", "Im76", "-", "45", "substrate", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]
2,819
[ "Shown", "below", "each", "ensemble", "member", "is", "the", "RMSD", "of", "each", "conformer", "to", "the", "native", "state", "of", "Im76", "-", "45", ",", "as", "well", "as", "the", "percentage", "of", "contacts", "between", "Im76", "-", "45", "and", "Spy", "that", "are", "hydrophobic", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,821
[ "For", "clarity", ",", "Im76", "-", "45", "is", "represented", "with", "a", "single", "conformation", "." ]
[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,823
[ "As", "the", "residues", "involved", "in", "contacts", "are", "more", "evenly", "distributed", "in", "Im76", "-", "45", "compared", "to", "Spy", ",", "its", "contact", "map", "was", "amplified", ".", "(", "b", ")", "Detailed", "contact", "maps", "of", "Spy", ":", "Im76", "-", "45", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,824
[ "The", "Super", "Spy", "mutants", "F115L", ",", "F115I", ",", "and", "L32P", "are", "proposed", "to", "gain", "activity", "by", "increasing", "the", "flexibility", "or", "size", "of", "this", "linker", "region", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,829
[ "Milestone", "crystal", "structures", "of", "the", "core", "U2AF65", "RRM1", "and", "RRM2", "connected", "by", "a", "shortened", "inter", "-", "RRM", "linker", "(", "dU2AF651", ",", "2", ")", "detailed", "a", "subset", "of", "nucleotide", "interactions", "with", "the", "individual", "U2AF65", "RRMs", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,986
[ "A", "subsequent", "NMR", "structure", "characterized", "the", "side", "-", "by", "-", "side", "arrangement", "of", "the", "minimal", "U2AF65", "RRM1", "and", "RRM2", "connected", "by", "a", "linker", "of", "natural", "length", "(", "U2AF651", ",", "2", "),", "yet", "depended", "on", "the", "dU2AF651", ",", "2", "crystal", "structures", "for", "RNA", "interactions", "and", "an", "ab", "initio", "model", "for", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "conformation", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,987
[ "The", "RNA", "affinity", "of", "the", "minimal", "U2AF651", ",", "2", "domain", "comprising", "the", "core", "RRM1", "–", "RRM2", "folds", "(", "U2AF651", ",", "2", ",", "residues", "148", "–", "336", ")", "is", "relatively", "weak", "compared", "with", "full", "-", "length", "U2AF65", "(", "Fig", ".", "1a", ",", "b", ";", "Supplementary", "Fig", ".", "1", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,990
[ "We", "noticed", "that", "the", "RNA", "-", "binding", "affinity", "of", "the", "U2AF651", ",", "2", "domain", "was", "greatly", "enhanced", "by", "the", "addition", "of", "seven", "and", "six", "residues", "at", "the", "respective", "N", "and", "C", "termini", "of", "the", "minimal", "RRM1", "and", "RRM2", "(", "U2AF651", ",", "2L", ",", "residues", "141", "–", "342", ";", "Fig", ".", "1a", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,992
[ "In", "a", "fluorescence", "anisotropy", "assay", "for", "binding", "a", "representative", "Py", "tract", "derived", "from", "the", "well", "-", "characterized", "splice", "site", "of", "the", "adenovirus", "major", "late", "promoter", "(", "AdML", "),", "the", "RNA", "affinity", "of", "U2AF651", ",", "2L", "increased", "by", "100", "-", "fold", "relative", "to", "U2AF651", ",", "2", "to", "comparable", "levels", "as", "full", "-", "length", "U2AF65", "(", "Fig", ".", "1b", ";", "Supplementary", "Fig", ".", "1a", "–", "d", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,993
[ "To", "investigate", "the", "structural", "basis", "for", "cognate", "U2AF65", "recognition", "of", "a", "contiguous", "Py", "tract", ",", "we", "determined", "four", "crystal", "structures", "of", "U2AF651", ",", "2L", "bound", "to", "Py", "-", "tract", "oligonucleotides", "(", "Fig", ".", "2a", ";", "Table", "1", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,995
[ "The", "protein", "and", "oligonucleotide", "conformations", "are", "nearly", "identical", "among", "the", "four", "new", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "2a", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
2,996
[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "characterize", "ribose", "(", "r", ")", "nucleotides", "at", "all", "of", "the", "binding", "sites", "except", "the", "seventh", "and", "eighth", "deoxy", "-(", "d", ")", "U", ",", "which", "are", "likely", "to", "lack", "2", "′-", "hydroxyl", "contacts", "based", "on", "the", "RNA", "-", "bound", "dU2AF651", ",", "2", "structure", "." ]
[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]
2,999
[ "In", "striking", "departures", "from", "prior", "partial", "views", ",", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "reveal", "three", "unanticipated", "nucleotide", "-", "binding", "sites", "at", "the", "centre", "of", "the", "Py", "tract", ",", "as", "well", "as", "numerous", "new", "interactions", "that", "underlie", "cognate", "recognition", "of", "the", "Py", "tract", "(", "Fig", ".", "3a", "–", "h", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,000
[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "RRM2", ",", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "and", "RRM1", "concomitantly", "recognize", "the", "three", "central", "nucleotides", "of", "the", "Py", "tract", ",", "which", "are", "likely", "to", "coordinate", "the", "conformational", "arrangement", "of", "these", "disparate", "portions", "of", "the", "protein", "." ]
[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,002
[ "Mutagenesis", "of", "either", "V254", "in", "the", "U2AF65", "inter", "-", "RRM", "linker", "to", "proline", "or", "RRM1", "–", "R227", "to", "alanine", ",", "which", "remove", "the", "hydrogen", "bond", "with", "the", "fifth", "uracil", "-", "O4", "or", "-", "O2", ",", "reduced", "the", "affinities", "of", "U2AF651", ",", "2L", "for", "the", "representative", "AdML", "Py", "tract", "by", "four", "-", "or", "five", "-", "fold", ",", "respectively", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,008
[ "The", "energetic", "penalties", "due", "to", "these", "mutations", "(", "ΔΔG", "0", ".", "8", "–", "0", ".", "9", "kcal", "mol", "−", "1", ")", "are", "consistent", "with", "the", "loss", "of", "each", "hydrogen", "bond", "with", "the", "rU5", "base", "and", "support", "the", "relevance", "of", "the", "central", "nucleotide", "interactions", "observed", "in", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]
3,009
[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "reveal", "that", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "mediates", "an", "extensive", "interface", "with", "the", "second", "α", "-", "helix", "of", "RRM1", ",", "the", "β2", "/", "β3", "strands", "of", "RRM2", "and", "the", "N", "-", "terminal", "α", "-", "helical", "extension", "of", "RRM1", "." ]
[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,015
[ "Altogether", ",", "the", "U2AF65", "inter", "-", "RRM", "linker", "residues", "(", "R228", "–", "K260", ")", "bury", "2", ",", "800", "Å2", "of", "surface", "area", "in", "the", "U2AF651", ",", "2L", "holo", "-", "protein", ",", "suggestive", "of", "a", "cognate", "interface", "compared", "with", "1", ",", "900", "Å2", "for", "a", "typical", "protein", "–", "protein", "complex", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,016
[ "We", "titrated", "these", "mutant", "U2AF651", ",", "2L", "proteins", "into", "fluorescein", "-", "labelled", "AdML", "Py", "-", "tract", "RNA", "and", "fit", "the", "fluorescence", "anisotropy", "changes", "to", "obtain", "the", "apparent", "equilibrium", "affinities", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "4d", "–", "h", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,024
[ "First", ",", "we", "replaced", "V249", "and", "V250", "at", "the", "RRM1", "/", "RRM2", "interface", "and", "V254", "at", "the", "bound", "RNA", "site", "with", "glycine", "(", "3Gly", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]
3,025
[ "A", "more", "conservative", "substitution", "of", "these", "five", "residues", "(", "251", "–", "255", ")", "with", "an", "unrelated", "sequence", "capable", "of", "backbone", "-", "mediated", "hydrogen", "bonds", "(", "STVVP", ">", "NLALA", ")", "confirmed", "the", "subtle", "impact", "of", "this", "versatile", "inter", "-", "RRM", "sequence", "on", "affinity", "for", "the", "AdML", "Py", "tract", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,026
[ "Finally", ",", "to", "ensure", "that", "these", "selective", "mutations", "were", "sufficient", "to", "disrupt", "the", "linker", "/", "RRM", "contacts", ",", "we", "substituted", "glycine", "for", "the", "majority", "of", "buried", "hydrophobic", "residues", "in", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "(", "including", "M144", ",", "L235", ",", "M238", ",", "V244", ",", "V246", ",", "V249", ",", "V250", ",", "S251", ",", "T252", ",", "V253", ",", "V254", ",", "P255", ";", "called", "12Gly", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]
3,027
[ "Despite", "12", "concurrent", "mutations", ",", "the", "AdML", "RNA", "affinity", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "-", "12Gly", "variant", "was", "reduced", "by", "only", "three", "-", "fold", "relative", "to", "the", "unmodified", "protein", "(", "Fig", ".", "4b", "),", "which", "is", "less", "than", "the", "penalty", "of", "the", "V254P", "mutation", "that", "disrupts", "the", "rU5", "hydrogen", "bond", "(", "Fig", ".", "3d", ",", "i", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,028
[ "To", "test", "the", "interplay", "of", "the", "U2AF65", "inter", "-", "RRM", "linker", "with", "its", "N", "-", "and", "C", "-", "terminal", "RRM", "extensions", ",", "we", "constructed", "an", "internal", "linker", "deletion", "of", "20", "-", "residues", "within", "the", "extended", "RNA", "-", "binding", "domain", "(", "dU2AF651", ",", "2L", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]
3,029
[ "We", "found", "that", "the", "affinity", "of", "dU2AF651", ",", "2L", "for", "the", "AdML", "RNA", "was", "significantly", "reduced", "relative", "to", "U2AF651", ",", "2L", "(", "four", "-", "fold", ",", "Figs", "1b", "and", "4b", ";", "Supplementary", "Fig", ".", "4i", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,030
[ "Yet", ",", "it", "is", "well", "known", "that", "the", "linker", "deletion", "in", "the", "context", "of", "the", "minimal", "RRM1", "–", "RRM2", "boundaries", "has", "no", "detectable", "effect", "on", "the", "RNA", "affinities", "of", "dU2AF651", ",", "2", "compared", "with", "U2AF651", ",", "2", "(", "refs", ";", "Figs", "1b", "and", "4b", ";", "Supplementary", "Fig", ".", "4j", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,031
[ "The", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "suggest", "that", "an", "extended", "conformation", "of", "the", "truncated", "dU2AF651", ",", "2", "inter", "-", "RRM", "linker", "would", "suffice", "to", "connect", "the", "U2AF651", ",", "2L", "RRM1", "C", "terminus", "to", "the", "N", "terminus", "of", "RRM2", "(", "24", "Å", "distance", "between", "U2AF651", ",", "2L", "R227", "-", "Cα", "–", "H259", "-", "Cα", "atoms", "),", "which", "agrees", "with", "the", "greater", "RNA", "affinities", "of", "dU2AF651", ",", "2", "and", "U2AF651", ",", "2", "dual", "RRMs", "compared", "with", "the", "individual", "U2AF65", "RRMs", "." ]
[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,032
[ "However", ",", "stretching", "of", "the", "truncated", "dU2AF651", ",", "2L", "linker", "to", "connect", "the", "RRM", "termini", "is", "expected", "to", "disrupt", "its", "nucleotide", "interactions", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,033
[ "Likewise", ",", "deletion", "of", "the", "N", "-", "terminal", "RRM1", "extension", "in", "the", "shortened", "constructs", "would", "remove", "packing", "interactions", "that", "position", "the", "linker", "in", "a", "kinked", "turn", "following", "P229", "(", "Fig", ".", "4a", "),", "consistent", "with", "the", "lower", "RNA", "affinities", "of", "dU2AF651", ",", "2L", ",", "dU2AF651", ",", "2", "and", "U2AF651", ",", "2", "compared", "with", "U2AF651", ",", "2L", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]
3,034
[ "Notably", ",", "the", "Q147A", "/", "V254P", "/", "R227A", "mutation", "reduced", "the", "RNA", "affinity", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "-", "3Mut", "protein", "by", "30", "-", "fold", "more", "than", "would", "be", "expected", "based", "on", "simple", "addition", "of", "the", "ΔΔG", "'", "s", "for", "the", "single", "mutations", "." ]
[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,035
[ "The", "non", "-", "additive", "effects", "of", "the", "Q147A", "/", "V254P", "/", "R227A", "triple", "mutation", ",", "coupled", "with", "the", "context", "-", "dependent", "penalties", "of", "an", "internal", "U2AF65", "linker", "deletion", ",", "highlights", "the", "importance", "of", "the", "structural", "interplay", "among", "the", "U2AF65", "linker", "and", "the", "N", "-", "and", "C", "-", "terminal", "extensions", "flanking", "the", "core", "RRMs", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,038
[ "We", "introduced", "the", "triple", "mutation", "(", "V254P", "/", "R227A", "/", "Q147A", ")", "that", "significantly", "reduced", "U2AF651", ",", "2L", "association", "with", "the", "Py", "tract", "(", "Fig", ".", "4b", ")", "in", "the", "context", "of", "full", "-", "length", "U2AF65", "(", "U2AF65", "-", "3Mut", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]
3,041
[ "Co", "-", "transfection", "of", "the", "U2AF65", "-", "3Mut", "with", "the", "pyPY", "splicing", "substrate", "significantly", "reduced", "splicing", "of", "the", "weak", "‘", "py", "'", "splice", "site", "relative", "to", "wild", "-", "type", "U2AF65", "(", "Fig", ".", "5b", ",", "c", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,042
[ "The", "direct", "interface", "between", "U2AF651", ",", "2L", "RRM1", "and", "RRM2", "is", "minor", ",", "burying", "265", "Å2", "of", "solvent", "accessible", "surface", "area", "compared", "with", "570", "Å2", "on", "average", "for", "a", "crystal", "packing", "interface", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,045
[ "Paramagnetic", "resonance", "enhancement", "(", "PRE", ")", "measurements", "previously", "had", "suggested", "a", "predominant", "back", "-", "to", "-", "back", ",", "or", "‘", "closed", "'", "conformation", "of", "the", "apo", "-", "U2AF651", ",", "2", "RRM1", "and", "RRM2", "in", "equilibrium", "with", "a", "minor", "‘", "open", "'", "conformation", "resembling", "the", "RNA", "-", "bound", "inter", "-", "RRM", "arrangement", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,048
[ "Yet", ",", "small", "-", "angle", "X", "-", "ray", "scattering", "(", "SAXS", ")", "data", "indicated", "that", "both", "the", "minimal", "U2AF651", ",", "2", "and", "longer", "constructs", "comprise", "a", "highly", "diverse", "continuum", "of", "conformations", "in", "the", "absence", "of", "RNA", "that", "includes", "the", "‘", "closed", "'", "and", "‘", "open", "'", "conformations", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,049
[ "Virtually", "no", "fluorescent", "molecules", "were", "detected", "in", "the", "absence", "of", "biotin", "-", "NTA", "/", "Ni", "+", "2", ",", "which", "demonstrates", "the", "absence", "of", "detectable", "non", "-", "specific", "binding", "of", "U2AF651", ",", "2LFRET", "to", "the", "slide", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O" ]
3,053
[ "The", "FRET", "distribution", "histogram", "built", "from", "more", "than", "a", "thousand", "traces", "of", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "in", "the", "absence", "of", "ligand", "showed", "an", "extremely", "broad", "distribution", "centred", "at", "a", "FRET", "efficiency", "of", "∼", "0", ".", "4", "(", "Fig", ".", "6d", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,054
[ "We", "cannot", "exclude", "a", "possibility", "that", "tethering", "of", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "to", "the", "microscope", "slide", "introduces", "structural", "heterogeneity", "into", "the", "protein", "and", ",", "thus", ",", "contributes", "to", "the", "breadth", "of", "the", "FRET", "distribution", "histogram", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,058
[ "Addition", "of", "the", "AdML", "RNA", "to", "tethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "selectively", "increases", "a", "fraction", "of", "molecules", "showing", "an", "∼", "0", ".", "45", "apparent", "FRET", "efficiency", ",", "suggesting", "that", "RNA", "binding", "stabilizes", "a", "single", "conformation", ",", "which", "corresponds", "to", "the", "0", ".", "45", "FRET", "state", "(", "Fig", ".", "6e", ",", "f", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,061
[ "We", "tethered", "the", "AdML", "RNA", "to", "the", "slide", "via", "a", "biotinylated", "oligonucleotide", "DNA", "handle", "and", "added", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "in", "the", "absence", "of", "biotin", "-", "NTA", "resin", "(", "Fig", ".", "6g", ",", "h", ";", "Supplementary", "Fig", ".", "7c", "–", "g", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,062
[ "A", "0", ".", "45", "FRET", "value", "was", "again", "predominant", ",", "indicating", "a", "similar", "RNA", "-", "bound", "conformation", "and", "structural", "dynamics", "for", "the", "untethered", "and", "tethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,063
[ "Nevertheless", ",", "in", "the", "presence", "of", "saturating", "concentrations", "of", "rArA", "-", "interrupted", "RNA", "slide", "-", "tethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "showed", "a", "prevalent", "∼", "0", ".", "45", "apparent", "FRET", "value", "(", "Fig", ".", "6i", ",", "j", "),", "which", "was", "also", "predominant", "in", "the", "presence", "of", "continuous", "Py", "tract", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,066
[ "The", "remaining", "∼", "30", "%", "of", "traces", "for", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "bound", "to", "the", "slide", "-", "tethered", "RNA", "showed", "fluctuations", "between", "distinct", "FRET", "values", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,068
[ "Although", "a", "compact", "conformation", "(", "or", "multiple", "conformations", ")", "of", "U2AF651", ",", "2L", "corresponding", "to", "∼", "0", ".", "7", "–", "0", ".", "8", "FRET", "values", "can", "bind", "RNA", ",", "on", "RNA", "binding", ",", "these", "compact", "conformations", "of", "U2AF651", ",", "2L", "transition", "into", "a", "more", "stable", "structural", "state", "that", "corresponds", "to", "∼", "0", ".", "45", "FRET", "value", "and", "is", "likely", "similar", "to", "the", "side", "-", "by", "-", "side", "inter", "-", "RRM", "-", "arrangement", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "crystal", "structures", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]
3,070
[ "Likewise", ",", "deletion", "of", "20", "inter", "-", "RRM", "linker", "residues", "significantly", "reduces", "U2AF65", "–", "RNA", "binding", "only", "when", "introduced", "in", "the", "context", "of", "the", "longer", "U2AF651", ",", "2L", "construct", "comprising", "the", "RRM", "extensions", ",", "which", "in", "turn", "position", "the", "linker", "for", "RNA", "interactions", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,073
[ "Notably", ",", "a", "triple", "mutation", "of", "three", "residues", "(", "V254P", ",", "Q147A", "and", "R227A", ")", "in", "the", "respective", "inter", "-", "RRM", "linker", ",", "N", "-", "and", "C", "-", "terminal", "extensions", "non", "-", "additively", "reduce", "RNA", "binding", "by", "150", "-", "fold", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,074
[ "A", "confirmed", "somatic", "mutation", "of", "U2AF65", "in", "patients", "with", "MDS", ",", "L187V", ",", "is", "located", "on", "a", "solvent", "-", "exposed", "surface", "of", "RRM1", "that", "is", "distinct", "from", "the", "RNA", "interface", "(", "Fig", ".", "7a", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,079
[ "This", "L187", "surface", "is", "oriented", "towards", "the", "N", "terminus", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "construct", ",", "where", "it", "is", "expected", "to", "abut", "the", "U2AF35", "-", "binding", "site", "in", "the", "context", "of", "the", "full", "-", "length", "U2AF", "heterodimer", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,080
[ "Likewise", ",", "an", "unconfirmed", "M144I", "mutation", "reported", "by", "the", "same", "group", "corresponds", "to", "the", "N", "-", "terminal", "residue", "of", "U2AF651", ",", "2L", ",", "which", "is", "separated", "by", "only", "∼", "20", "residues", "from", "the", "U2AF35", "-", "binding", "site", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,081
[ "An", "∼", "0", ".", "45", "FRET", "value", "is", "likely", "to", "correspond", "to", "the", "U2AF65", "conformation", "visualized", "in", "our", "U2AF651", ",", "2L", "crystal", "structures", ",", "in", "which", "the", "RRM1", "and", "RRM2", "bind", "side", "-", "by", "-", "side", "to", "the", "Py", "-", "tract", "oligonucleotide", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,083
[ "The", "lesser", "0", ".", "65", "–", "0", ".", "8", "and", "0", ".", "2", "–", "0", ".", "3", "FRET", "values", "in", "the", "untethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "experiment", "could", "correspond", "to", "respective", "variants", "of", "the", "‘", "closed", "',", "back", "-", "to", "-", "back", "U2AF65", "conformations", "characterized", "by", "NMR", "/", "PRE", "data", ",", "or", "to", "extended", "U2AF65", "conformations", ",", "in", "which", "the", "intramolecular", "RRM1", "/", "RRM2", "interactions", "have", "dissociated", "the", "protein", "is", "bound", "to", "RNA", "via", "single", "RRMs", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,084
[ "Here", ",", "the", "majority", "of", "changes", "in", "smFRET", "traces", "for", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "bound", "to", "slide", "-", "tethered", "RNA", "began", "at", "high", "(", "0", ".", "65", "–", "0", ".", "8", ")", "FRET", "value", "and", "transition", "to", "the", "predominant", "0", ".", "45", "FRET", "value", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "7c", "–", "g", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,086
[ "Based", "on", "(", "i", ")", "similar", "RNA", "affinities", "of", "U2AF65", "and", "U2AF651", ",", "2L", ",", "(", "ii", ")", "indistinguishable", "conformations", "among", "four", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "in", "two", "different", "crystal", "packing", "arrangements", "and", "(", "iii", ")", "penalties", "of", "structure", "-", "guided", "mutations", "in", "RNA", "binding", "and", "splicing", "assays", ",", "we", "suggest", "that", "the", "extended", "inter", "-", "RRM", "regions", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "underlie", "cognate", "Py", "-", "tract", "recognition", "by", "the", "full", "-", "length", "U2AF65", "protein", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,089
[ "An", "internal", "deletion", "(", "d", ",", "Δ", ")", "of", "residues", "238", "–", "257", "removes", "a", "portion", "of", "the", "inter", "-", "RRM", "linker", "from", "the", "dU2AF651", ",", "2", "and", "dU2AF651", ",", "2L", "constructs", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]
3,094
[ "The", "KD", "'", "s", "for", "binding", "5", "′-", "CCUUUUCCCCCCC", "-", "3", "′", "are", ":", "flU2AF65", ",", "41", "±", "2", "nM", ";", "U2AF651", ",", "2L", ",", "31", "±", "3", "nM", ".", "The", "KD", "'", "s", "for", "binding", "5", "′-", "CCCCCCCUUUUCC", "-", "3", "′", "are", ":", "flU2AF65", ",", "414", "±", "12", "nM", ";", "U2AF651", ",", "2L", ",", "417", "±", "10", "nM", ".", "Bar", "graphs", "are", "hatched", "to", "match", "the", "constructs", "shown", "in", "a", ".", "The", "average", "apparent", "equilibrium", "affinity", "(", "KA", ")", "and", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "for", "three", "independent", "titrations", "are", "plotted", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,096
[ "(", "a", ")", "Alignment", "of", "oligonucleotide", "sequences", "that", "were", "co", "-", "crystallized", "in", "the", "indicated", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]
3,098
[ "The", "prior", "dU2AF651", ",", "2", "nucleotide", "-", "binding", "sites", "are", "given", "in", "parentheses", "(", "site", "4", "'", "interacts", "with", "dU2AF65", "RRM1", "and", "RRM2", "by", "crystallographic", "symmetry", ")." ]
[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,100
[ "Crystallographic", "statistics", "are", "given", "in", "Table", "1", "and", "the", "overall", "conformations", "of", "U2AF651", ",", "2L", "and", "prior", "dU2AF651", ",", "2", "/", "U2AF651", ",", "2", "structures", "are", "compared", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "2", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,101
[ "Representative", "views", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "interactions", "with", "each", "new", "nucleotide", "of", "the", "bound", "Py", "tract", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,102
[ "New", "residues", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "are", "coloured", "a", "darker", "shade", "of", "blue", ",", "apart", "from", "residues", "that", "were", "tested", "by", "site", "-", "directed", "mutagenesis", ",", "which", "are", "coloured", "yellow", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,103
[ "The", "nucleotide", "-", "binding", "sites", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "and", "prior", "dU2AF651", ",", "2", "structure", "are", "compared", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "3a", "–", "h", ".", "The", "first", "and", "seventh", "U2AF651", ",", "2L", "-", "binding", "sites", "are", "unchanged", "from", "the", "prior", "dU2AF651", ",", "2", "–", "RNA", "structure", "and", "are", "portrayed", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "3a", ",", "f", ".", "The", "four", "U2AF651", ",", "2L", "structures", "are", "similar", "with", "the", "exception", "of", "pH", "-", "dependent", "variations", "at", "the", "ninth", "site", "that", "are", "detailed", "in", "Supplementary", "Fig", ".", "3i", ",", "j", ".", "The", "representative", "U2AF651", ",", "2L", "structure", "shown", "has", "the", "highest", "resolution", "and", "/", "or", "ribose", "nucleotide", "at", "the", "given", "site", ":", "(", "a", ")", "rU2", "of", "structure", "iv", ";", "(", "b", ")", "rU3", "of", "structure", "iii", ";", "(", "c", ")", "rU4", "of", "structure", "i", ";", "(", "d", ")", "rU5", "of", "structure", "iii", ";", "(", "e", ")", "rU6", "of", "structure", "ii", ";", "(", "f", ")", "dU8", "of", "structure", "iii", ";", "(", "g", ")", "dU9", "of", "structure", "iii", ";", "(", "h", ")", "rC9", "of", "structure", "iv", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,104
[ "(", "i", ")", "Bar", "graph", "of", "apparent", "equilibrium", "affinities", "(", "KA", ")", "of", "the", "wild", "type", "(", "blue", ")", "and", "the", "indicated", "mutant", "(", "yellow", ")", "U2AF651", ",", "2L", "proteins", "binding", "the", "AdML", "Py", "tract", "(", "5", "′-", "CCCUUUUUUUUCC", "-", "3", "′)." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,105
[ "The", "apparent", "equilibrium", "dissociation", "constants", "(", "KD", ")", "of", "the", "U2AF651", ",", "2L", "mutant", "proteins", "are", ":", "wild", "type", "(", "WT", "),", "35", "±", "6", "nM", ";", "R227A", ",", "166", "±", "2", "nM", ";", "V254P", ",", "137", "±", "10", "nM", ";", "Q147A", ",", "171", "±", "21", "nM", ".", "The", "average", "KA", "and", "s", ".", "e", ".", "m", ".", "for", "three", "independent", "titrations", "are", "plotted", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,106
[ "Residues", "V249", ",", "V250", ",", "V254", "(", "yellow", ")", "are", "mutated", "to", "V249G", "/", "V250G", "/", "V254G", "in", "the", "3Gly", "mutant", ";", "residues", "S251", ",", "T252", ",", "V253", ",", "P255", "(", "red", ")", "along", "with", "V254", "are", "mutated", "to", "S251G", "/", "T252G", "/", "V253G", "/", "V254G", "/", "P255G", "in", "the", "5Gly", "mutant", "or", "to", "S251N", "/", "T252L", "/", "V253A", "/", "V254L", "/", "P255A", "in", "the", "NLALA", "mutant", ";", "residues", "M144", ",", "L235", ",", "M238", ",", "V244", ",", "V246", "(", "orange", ")", "along", "with", "V249", ",", "V250", ",", "S251", ",", "T252", ",", "V253", ",", "V254", ",", "P255", "are", "mutated", "to", "M144G", "/", "L235G", "/", "M238G", "/", "V244G", "/", "V246G", "/", "V249G", "/", "V250G", "/", "S251G", "/", "T252G", "/", "V253G", "/", "V254G", "/", "P255G", "in", "the", "12Gly", "mutant", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]
3,110
[ "Other", "linker", "residues", "are", "coloured", "either", "dark", "blue", "for", "new", "residues", "in", "the", "U2AF651", ",", "2L", "structure", "or", "light", "blue", "for", "the", "remaining", "inter", "-", "RRM", "residues", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,111
[ "(", "b", ")", "Representative", "RT", "-", "PCR", "of", "pyPY", "transcripts", "from", "HEK293T", "cells", "co", "-", "transfected", "with", "constructs", "encoding", "the", "pyPY", "minigene", "and", "either", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "U2AF65", "or", "a", "triple", "U2AF65", "mutant", "(", "3Mut", ")", "of", "Q147A", ",", "R227A", "and", "V254P", "residues", ".", "(", "c", ")", "A", "bar", "graph", "of", "the", "average", "percentage", "of", "the", "py", "-", "spliced", "mRNA", "relative", "to", "total", "detected", "pyPY", "transcripts", "(", "spliced", "and", "unspliced", ")", "for", "the", "corresponding", "gel", "lanes", "(", "black", ",", "no", "U2AF65", "added", ";", "white", ",", "WT", "U2AF65", ";", "grey", ",", "3Mut", "U2AF65", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O" ]
3,116
[ "The", "U2AF651", ",", "2LFRET", "proteins", "were", "doubly", "labelled", "at", "A181C", "/", "Q324C", "such", "that", "a", "mixture", "of", "Cy3", "/", "Cy5", "fluorophores", "are", "expected", "to", "be", "present", "at", "each", "site", "." ]
[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,118
[ "(", "c", "–", "f", ",", "i", ",", "j", ")", "The", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "protein", "was", "immobilized", "on", "the", "microscope", "slide", "via", "biotin", "-", "NTA", "/", "Ni", "+", "2", "(", "orange", "line", ")", "on", "a", "neutravidin", "(", "black", "X", ")-", "biotin", "-", "PEG", "(", "orange", "triangle", ")-", "treated", "surface", "and", "imaged", "either", "in", "the", "absence", "of", "ligands", "(", "c", ",", "d", "),", "in", "the", "presence", "of", "5", "μM", "AdML", "Py", "-", "tract", "RNA", "(", "5", "′-", "CCUUUUUUUUCC", "-", "3", "′)", "(", "e", ",", "f", "),", "or", "in", "the", "presence", "of", "10", "μM", "adenosine", "-", "interrupted", "variant", "RNA", "(", "5", "′-", "CUUUUUAAUUUCCA", "-", "3", "′)", "(", "i", ",", "j", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,119
[ "The", "untethered", "U2AF651", ",", "2LFRET", "(", "Cy3", "/", "Cy5", ")", "protein", "(", "1", "nM", ")", "was", "added", "to", "AdML", "RNA", "–", "polyethylene", "-", "glycol", "-", "linker", "–", "DNA", "oligonucleotide", "(", "10", "nM", "),", "which", "was", "immobilized", "on", "the", "microscope", "slide", "by", "annealing", "with", "a", "complementary", "biotinyl", "-", "DNA", "oligonucleotide", "(", "black", "vertical", "line", ")." ]
[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,120
[ "To", "quantitatively", "assess", "the", "contribution", "of", "the", "N", "-", "terminal", "domain", "to", "the", "MKP7", "-", "catalysed", "JNK1", "dephosphorylation", ",", "we", "first", "measured", "the", "kinetic", "parameters", "of", "the", "C", "-", "terminal", "truncation", "of", "MKP7", "(", "MKP7ΔC304", ",", "residues", "5", "–", "303", ")", "and", "MKP7", "-", "CD", "(", "residues", "156", "–", "301", ")", "towards", "phosphorylated", "JNK1", "(", "pJNK1", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,270
[ "The", "kcat", "and", "Km", "of", "the", "MKP7", "-", "CD", "(", "0", ".", "028", "s", "−", "1", "and", "0", ".", "26", "μM", ")", "so", "determined", "were", "nearly", "identical", "to", "those", "of", "MKP7ΔC304", "(", "0", ".", "029", "s", "−", "1", "and", "0", ".", "27", "μM", "),", "indicating", "that", "the", "MKP7", "-", "KBD", "has", "no", "effect", "on", "enzyme", "catalysis", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,271
[ "We", "then", "assayed", "pNPPase", "activities", "of", "MKP7ΔC304", "and", "MKP7", "-", "CD", "in", "the", "presence", "of", "JNK1", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,307
[ "As", "shown", "in", "Fig", ".", "4f", ",", "all", "the", "mutants", ",", "except", "F287D", "/", "A", ",", "showed", "little", "or", "no", "activity", "change", "compared", "with", "the", "wild", "-", "type", "MKP7", "-", "CD", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,309
[ "The", "substitution", "of", "the", "two", "hydrophobic", "residues", "with", "charged", "/", "polar", "residues", "(", "F285I", "/", "N286K", ")", "seriously", "disrupts", "the", "hydrophobic", "interaction", "required", "for", "MKP7", "binding", "on", "JNK1", "(", "Fig", ".", "4a", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,316
[ "To", "assess", "the", "effects", "of", "MKP7", "and", "its", "mutants", "on", "the", "activation", "of", "endogenous", "JNK", "in", "vivo", ",", "HEK293T", "cells", "were", "transfected", "with", "blank", "vector", "or", "with", "HA", "-", "tagged", "constructs", "for", "full", "-", "length", "MKP7", ",", "MKP7ΔC304", "and", "MKP7", "-", "CD", "or", "MKP7", "mutants", ",", "and", "stimulated", "with", "ultraviolet", "or", "etoposide", "treatment", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,319
[ "Overexpressed", "full", "-", "length", "MKP7", ",", "MKP7ΔC304", "and", "MKP7", "-", "CD", "significantly", "reduced", "the", "endogenous", "level", "of", "phosphorylated", "JNK", "compared", "with", "vector", "-", "transfected", "cells", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,321
[ "Expressions", "of", "wild", "-", "type", "MKP7", ",", "MKP7ΔC304", "and", "MKP7", "-", "CD", "significantly", "decreased", "the", "proportion", "of", "apoptotic", "cells", "after", "ultraviolet", "treatment", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,327
[ "In", "contrast", ",", "cells", "transfected", "with", "the", "MKP7", "FXF", "-", "motif", "mutants", "(", "F285D", ",", "F287D", "and", "L288D", ")", "showed", "little", "protective", "effect", "after", "ultraviolet", "treatment", "and", "similar", "levels", "of", "apoptosis", "rates", "were", "detected", "to", "cells", "transfected", "with", "control", "vectors", "(", "Fig", ".", "6e", ",", "f", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,328
[ "Residues", "involved", "in", "hydrophobic", "and", "hydrophilic", "contacts", "are", "coloured", "in", "red", "and", "blue", ",", "respectively", ".", "(", "b", ")", "Gel", "filtration", "analysis", "for", "interaction", "of", "JNK1", "with", "MKP7", "-", "CD", "mutant", "F285D", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]
3,389
[ "Mutant", "F285D", "and", "JNK1", "were", "eluted", "as", "monomers", ",", "with", "the", "molecular", "masses", "of", "∼", "17", "and", "44", "kDa", ",", "respectively", "." ]
[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,390
[ "The", "COO", "-", "group", "of", "Asn69IDA", "is", "in", "direct", "contact", "with", "Arg407HAESA", "and", "Arg409HAESA", "and", "HAESA", "cannot", "bind", "a", "C", "-", "terminally", "extended", "IDA", "-", "SFVN", "peptide", "(", "Figures", "1D", ",", "F", ",", "2D", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,474
[ "We", "obtained", "a", "structure", "of", "HAESA", "in", "complex", "with", "a", "PKGV", "-", "IDA", "peptide", "at", "1", ".", "94", "Å", "resolution", "(", "Table", "2", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,481
[ "We", "do", "not", "detect", "interaction", "between", "HAESA", "and", "a", "synthetic", "peptide", "missing", "the", "C", "-", "terminal", "Asn69IDA", "(", "ΔN69", "),", "highlighting", "the", "importance", "of", "the", "polar", "interactions", "between", "the", "IDA", "carboxy", "-", "terminus", "and", "Arg407HAESA", "/", "Arg409HAESA", "(", "Figures", "1F", ",", "2D", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,485
[ "Left", "panel", ":", "IDA", "K66A", "/", "R67A", ";", "center", ":", "IDA", "ΔN69", ",", "right", "panel", ":", "SDS", "-", "PAGE", "of", "peak", "fractions", "." ]
[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,510
[ "(", "C", ")", "Quantitative", "petal", "break", "-", "strength", "assay", "for", "Col", "-", "0", "wild", "-", "type", "flowers", "and", "35S", "::", "IDA", "wild", "-", "type", "and", "35S", "::", "IDA", "K66A", "/", "R67A", "mutant", "flowers", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]
3,513
[ "Up", "to", "inflorescence", "position", "4", ",", "petal", "break", "in", "35S", "::", "IDA", "K66A", "/", "R67A", "mutant", "plants", "was", "significantly", "increased", "compared", "to", "both", "Col", "-", "0", "control", "plants", "(", "b", ")", "and", "35S", "::", "IDA", "plants", "(", "c", ")", "(", "D", ")", "Normalized", "expression", "levels", "(", "relative", "expression", "±", "standard", "error", ";", "ida", ":", "-", "0", ".", "02", "±", "0", ".", "001", ";", "Col", "-", "0", ":", "1", "±", "0", ".", "11", ";", "35S", "::", "IDA", "124", "±", "0", ".", "75", ";", "35S", "::", "IDA", "K66A", "/", "R67A", ":", "159", "±", "0", ".", "58", ")", "of", "IDA", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "transcripts", "in", "the", "35S", "promoter", "over", "-", "expression", "lines", "analyzed", "in", "(", "C", ").", "(", "E", ")", "Magnified", "view", "of", "representative", "abscission", "zones", "from", "35S", "::", "IDA", ",", "Col", "-", "0", "wild", "-", "type", "and", "35S", "::", "IDA", "K66A", "/", "R67A", "double", "-", "mutant", "T3", "transgenic", "lines", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,515
[ "A", "synthetic", "Lys66IDA", "/", "Arg67IDA", "→", "Ala", "mutant", "peptide", "(", "IDA", "K66A", "/", "R66A", ")", "showed", "a", "10", "fold", "reduced", "binding", "affinity", "when", "titrated", "in", "a", "HAESA", "/", "SERK1", "protein", "solution", "(", "Figures", "5A", ",", "B", ",", "2D", ")." ]
[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,519
[ "Comparison", "of", "35S", "::", "IDA", "wild", "-", "type", "and", "mutant", "plants", "further", "indicates", "that", "mutation", "of", "Lys66IDA", "/", "Arg67IDA", "→", "Ala", "may", "cause", "a", "weak", "dominant", "negative", "effect", "(", "Figure", "5C", "–", "E", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,520
[ "Although", "a", "Thr1Ser", "mutant", "is", "active", ",", "it", "is", "less", "efficient", "compared", "with", "wild", "type", "because", "of", "the", "unfavourable", "orientation", "of", "Ser1", "towards", "incoming", "substrates", "." ]
[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,881
[ "Yeast", "strains", "carrying", "the", "single", "mutations", "β1", "-", "T1A", "or", "β2", "-", "T1A", ",", "or", "both", ",", "are", "viable", ",", "even", "though", "one", "or", "two", "of", "the", "three", "distinct", "catalytic", "β", "subunits", "are", "disabled", "and", "carry", "remnants", "of", "their", "N", "-", "terminal", "propeptides", "(", "Table", "1", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,899
[ "By", "contrast", ",", "the", "T1A", "mutation", "in", "subunit", "β5", "has", "been", "reported", "to", "be", "lethal", "or", "nearly", "so", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,900
[ "Viability", "is", "restored", "if", "the", "β5", "-", "T1A", "subunit", "has", "its", "propeptide", "(", "pp", ")", "deleted", "but", "expressed", "separately", "in", "trans", "(", "β5", "-", "T1A", "pp", "trans", "),", "although", "substantial", "phenotypic", "impairment", "remains", "(", "Table", "1", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,901
[ "The", "extremely", "weak", "growth", "of", "the", "β5", "-", "T1A", "mutant", "pp", "cis", "described", "by", "Chen", "and", "Hochstrasser", "compared", "with", "the", "inviability", "reported", "by", "Heinemeyer", "et", "al", ".", "prompted", "us", "to", "analyse", "this", "discrepancy", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,902
[ "We", "also", "identified", "an", "additional", "point", "mutation", "K81R", "in", "subunit", "β5", "that", "was", "present", "in", "the", "allele", "used", "in", "ref", "..", "This", "single", "amino", "-", "acid", "exchange", "is", "located", "at", "the", "interface", "of", "the", "subunits", "α4", ",", "β4", "and", "β5", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "1b", ")", "and", "might", "weakly", "promote", "CP", "assembly", "by", "enhancing", "inter", "-", "subunit", "contacts", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
3,903