text
stringlengths
0
1.95k
°
Число
переменных
9
3
1
Коэффициент детерминации
приведенный
Псевдо-кри-
терий AIC
обычный
Модель 1: Y ~ hg + t + h + O2 + Pmin + NO2 + pH + KG + IP
1.68
0.835
-8.97
0.34
Псевдо-F-статистика
Pr(>F)
F
0.51
0.343
Модель 2: Y ~ t + IP + Ss
0.346
Модель 3: Y ~ t
0.282
-12.9
-13.07
3.12
3.76
0.018
0.001
0.001
приведенный коэффициент детерминации
Расчет моделей проводился с использованием двух функций: forward.sel(),
максимизирующей
adjR , и ordistep(),
находящей минимум AIC.
что все
включенные переменные должны быть статистически значимыми, а все исключенные
переменные – незначимыми в соответствии с пермутационным тестом, оценивающим
частные F-статистики. На этом фоне модель 1 видится переопределенной, а модель 3 –
незаслуженно урезанной, что явилось следствием некоторой математической условности
подсчета критерия Акаике при RDA-анализе. Модель 2 представляется нам наиболее
сбалансированной.
При этом ставилось дополнительное условие,
2
Дополнительную информацию для анализа моделей предоставляет дисперсионный
анализ anova.cca, оценивающий по частным F-критериям статистическую значимость
термов модели и осей канонических ординаций с использованием рандомизации.
К разделу 6.3:
# 1. Анализ главных координат - геоботанические описания в дельте р. Волга
# Загрузка таблицы видов из предварительно подготовленного двоичного файла
library(vegan) ; load(file="Fito_Full.RData"); Species <- Species[,-8]
# Оценка коэффициентов корреляции Спирмена для различных метрик расстояния
Env <- Fito_Full[,27:36] ; rankindex(scale(Env), Species, c("euc","man","bray","jac","kul"))
spe.bray <- vegdist(Species)
# PCoA по расстоянию Брея-Кертиса
216
spe.b.pcoa <- cmdscale(spe.bray, k=(ncol(Species)), eig=TRUE)
spe.b.wa <- wascores(spe.b.pcoa$points[,1:2], Species)
# График взвешенных средних проекций видов
ordiplot(scores(spe.b.pcoa)[,c(1,2)], type="n", ylim=c(-0.4,0.4))
abline(h=0, lty=3); abline(v=0, lty=3)
ordipointlabel(spe.b.wa, display = "sp", font=4, pch=21, cex=0.7, bg="grey")
# Формирование и вывод на биплот изоном факторов среды H и Sum_all