metadata
license: other
task_categories:
- image-classification
tags:
- histopathology
- whole-slide-imaging
- pathology
- TCGA
- oncotree
pretty_name: TCGA-OncoTree (TCGA-OT) — Part 2
TCGA-OncoTree (TCGA-OT) — Account 2 (Part 2/2)
Phần 2 của dataset TCGA-OT, tách sang tài khoản HuggingFace thứ hai sau khi Account 1 (tuna2004/TCGA_OncoTree) đầy dung lượng giữa chừng.
progress.json TRUNG TÂM
File progress.json trong repo này là nguồn chân lý duy nhất cho TOÀN BỘ 11.186 slide
của TCGA-OT — không chỉ riêng phần upload bởi Account 2. Format:
{"uploaded": {"<slide_id>": "<repo_id chứa file .svs đó>", ...},
"missing_uuid": {"<slide_id>": null, ...}}
Khi merge 2 phần lại (clone cả 2 repo, gộp svs/ bằng symlink), dùng đúng field repo_id
trong progress.json này để biết mỗi .svs cần symlink từ repo nào.
Thống kê (tính đến lần chạy gần nhất)
| Chỉ số | Số lượng |
|---|---|
| Tổng số slide trong splits gốc | {n_total} |
| Đã tải & upload thành công (tổng) | {n_uploaded} |
| — trong đó thuộc Account 1 ({REPO_ID_1}) | {n_from_acc1} |
| — trong đó thuộc Account 2 ({REPO_ID_2}) | {n_from_acc2} |
| Không tìm được UUID trên GDC | {n_missing} |
| Còn lại chưa xử lý | {n_total - n_uploaded - n_missing} |
Nguồn dữ liệu
Ảnh WSI gốc từ TCGA qua NCI GDC (open-access, data_format=SVS,
experimental_strategy=Diagnostic Slide).
Nhãn/splits từ repo mahmoodlab/TITAN:
Ding, T., Wagner, S.J., Song, A.H., Chen, R.J., et al. "Multimodal Whole Slide Foundation Model for Pathology", Nature Medicine, 2025. DOI: 10.1038/s41591-025-03982-3
License
- Nhãn/splits: theo license repo TITAN gốc (CC-BY-NC-ND).
- Ảnh WSI: theo GDC Data Use Policy (open-access, phi thương mại).