| --- |
| license: other |
| task_categories: |
| - image-classification |
| tags: |
| - histopathology |
| - whole-slide-imaging |
| - pathology |
| - TCGA |
| - oncotree |
| pretty_name: TCGA-OncoTree (TCGA-OT) — Part 2 |
| --- |
| |
| # TCGA-OncoTree (TCGA-OT) — Account 2 (Part 2/2) |
|
|
| Phần 2 của dataset TCGA-OT, tách sang tài khoản HuggingFace thứ hai sau khi Account 1 |
| (tuna2004/TCGA_OncoTree) đầy dung lượng giữa chừng. |
| |
| ## progress.json TRUNG TÂM |
| |
| File `progress.json` trong repo này là **nguồn chân lý duy nhất** cho TOÀN BỘ 11.186 slide |
| của TCGA-OT — không chỉ riêng phần upload bởi Account 2. Format: |
| |
| ```json |
| {"uploaded": {"<slide_id>": "<repo_id chứa file .svs đó>", ...}, |
| "missing_uuid": {"<slide_id>": null, ...}} |
| ``` |
| |
| Khi merge 2 phần lại (clone cả 2 repo, gộp `svs/` bằng symlink), dùng đúng field `repo_id` |
| trong `progress.json` này để biết mỗi `.svs` cần symlink từ repo nào. |
| |
| ## Thống kê (tính đến lần chạy gần nhất) |
| |
| | Chỉ số | Số lượng | |
| |---|---| |
| | Tổng số slide trong splits gốc | {n_total} | |
| | Đã tải & upload thành công (tổng) | {n_uploaded} | |
| | — trong đó thuộc Account 1 ({REPO_ID_1}) | {n_from_acc1} | |
| | — trong đó thuộc Account 2 ({REPO_ID_2}) | {n_from_acc2} | |
| | Không tìm được UUID trên GDC | {n_missing} | |
| | Còn lại chưa xử lý | {n_total - n_uploaded - n_missing} | |
| |
| ## Nguồn dữ liệu |
| |
| Ảnh WSI gốc từ **TCGA** qua **NCI GDC** (open-access, `data_format=SVS`, |
| `experimental_strategy=Diagnostic Slide`). |
| |
| Nhãn/splits từ repo **mahmoodlab/TITAN**: |
| > Ding, T., Wagner, S.J., Song, A.H., Chen, R.J., et al. |
| > "Multimodal Whole Slide Foundation Model for Pathology", *Nature Medicine*, 2025. |
| > DOI: 10.1038/s41591-025-03982-3 |
| |
| ## License |
| |
| - Nhãn/splits: theo license repo TITAN gốc (CC-BY-NC-ND). |
| - Ảnh WSI: theo GDC Data Use Policy (open-access, phi thương mại). |
| |
