extraordinarylab/bc4chemd · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 2 298	ner_tags listlengths 2 298
[ "We", "describe", "a", "model", "for", "predicting", "rodent", "carcinogenicity", "based", "on", "HTS", "data", "from", "292", "chemicals", "tested", "in", "672", "assays", "mapping", "to", "455", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "All", "data", "come", "from", "the", "EPA", "ToxCast", "project", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "model", "was", "trained", "on", "a", "subset", "of", "232", "chemicals", "with", "in", "vivo", "rodent", "carcinogenicity", "data", "in", "the", "Toxicity", "Reference", "Database", "(", "ToxRefDB", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Individual", "HTS", "assays", "strongly", "associated", "with", "rodent", "cancers", "in", "ToxRefDB", "were", "linked", "to", "genes", ",", "pathways", ",", "and", "hallmark", "processes", "documented", "to", "be", "involved", "in", "tumor", "biology", "and", "cancer", "progression", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Rodent", "liver", "cancer", "endpoints", "were", "linked", "to", "well", "-", "documented", "pathways", "such", "as", "peroxisome", "proliferator", "-", "activated", "receptor", "signaling", "and", "TP53", "and", "novel", "targets", "such", "as", "PDE5A", "and", "PLAUR", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cancer", "hallmark", "genes", "associated", "with", "rodent", "thyroid", "tumors", "were", "found", "to", "be", "linked", "to", "human", "thyroid", "tumors", "and", "autoimmune", "thyroid", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "model", "was", "developed", "in", "which", "these", "genes", "/", "pathways", "function", "as", "hypothetical", "enhancers", "or", "promoters", "of", "rat", "thyroid", "tumors", ",", "acting", "secondary", "to", "the", "key", "initiating", "event", "of", "thyroid", "hormone", "disruption", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "simple", "scoring", "function", "was", "generated", "to", "identify", "chemicals", "with", "significant", "in", "vitro", "evidence", "that", "was", "predictive", "of", "in", "vivo", "carcinogenicity", "in", "different", "rat", "tissues", "and", "organs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "scoring", "function", "was", "applied", "to", "an", "external", "test", "set", "of", "33", "compounds", "with", "carcinogenicity", "classifications", "from", "the", "EPA", "'", "s", "Office", "of", "Pesticide", "Programs", "and", "successfully", "(", "p", "=", "0", ".", "024", ")", "differentiated", "between", "chemicals", "classified", "as", "\"", "possible", "\"", "/", "\"", "probable", "\"", "/", "\"", "likely", "\"", "carcinogens", "and", "those", "designated", "as", "\"", "not", "likely", "\"", "or", "with", "\"", "evidence", "of", "noncarcinogenicity", ".", "\"", "This", "model", "represents", "a", "chemical", "carcinogenicity", "prioritization", "tool", "supporting", "targeted", "testing", "and", "functional", "validation", "of", "cancer", "pathways", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cassia", "tora", "(", "Leguminosae", ")", "seed", "extract", "alleviates", "high", "-", "fat", "diet", "-", "induced", "nonalcoholic", "fatty", "liver", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "aim", "of", "this", "study", "was", "to", "examine", "the", "effects", "of", "Cassia", "tora", "seeds", "on", "high", "-", "fat", "diet", "(", "HFD", ")", "-", "induced", "hepatic", "steatosis", ",", "and", "elucidate", "the", "molecular", "mechanisms", "behind", "its", "effects", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "being", "fed", "a", "HFD", "for", "two", "weeks", ",", "rats", "were", "orally", "dosed", "with", "Cassia", "seed", "ethanol", "extract", "(", "CSEE", ")", "(", "100", ",", "200", ",", "or", "300mg", "/", "kg", ")", "once", "daily", "for", "8weeks", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CSEE", "induced", "dose", "-", "dependent", "reductions", "in", "plasma", "lipid", "levels", ",", "as", "well", "as", "decreased", "the", "over", "hepatic", "lipid", "accumulation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "CSEE", "treatment", "improved", "HFD", "-", "induced", "hepatic", "histological", "lesions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CSEE", "enhanced", "the", "phosphorylation", "of", "AMP", "-", "activated", "protein", "kinase", "(", "AMPK", ")", "and", "its", "primary", "downstream", "targeting", "enzyme", ",", "acetyl", "-", "CoA", "carboxylase", ",", "up", "-", "regulated", "the", "gene", "expression", "of", "carnitine", "palmitoyl", "transferase", "1", ",", "and", "down", "-", "regulated", "sterol", "regulatory", "element", "binding", "protein", "1", "and", "fatty", "acid", "synthase", "protein", "levels", "in", "the", "livers", "of", "HFD", "-", "fed", "rats", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "AMPK", "inhibition", "by", "compound", "C", "retarded", "CSEE", "-", "induced", "reduction", "in", "triglyceride", "accumulation", "in", "HepG2", "cells", "stimulated", "by", "insulin", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "findings", "suggest", "that", "CSEE", "may", "regulate", "hepatic", "lipid", "homeostasis", "related", "with", "an", "AMPK", "-", "dependent", "signaling", "pathway", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Targeting", "AMPK", "activation", "with", "CSEE", "may", "represent", "a", "promising", "approach", "for", "the", "prevention", "and", "treatment", "of", "obesity", "-", "related", "non", "-", "alcoholic", "fatty", "liver", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Light", "induced", "nanowire", "assembly", ":", "the", "electrostatic", "alignment", "of", "semiconductor", "nanowires", "into", "functional", "macroscopic", "yarns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "electrostatic", "alignment", "and", "directed", "assembly", "of", "semiconductor", "nanowires", "into", "macroscopic", ",", "centimeter", "-", "long", "yarns", "is", "demonstrated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Different", "morphologies", "can", "be", "produced", ",", "including", "longitudinally", "segmented", "/", "graded", "yarns", "or", "mixed", "composition", "fibers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Nanowire", "yarns", "display", "long", "range", "photoconductivities", "and", "open", "up", "exciting", "opportunities", "for", "potential", "use", "in", "future", "nanowire", "-", "based", "textiles", "or", "in", "solar", "photovoltaics", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mechanisms", "in", "endocrinology", "." ]	[ "O", "O", "O", "O" ]
[ "Role", "of", "emotional", "stress", "in", "the", "pathophysiology", "of", "Graves", "'", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "role", "of", "stress", "in", "the", "pathophysiology", "of", "Graves", "'", "disease", "is", "suggested", "by", "several", "clinical", "observations", ",", "by", "recent", "advances", "in", "immunology", "and", "by", "better", "understanding", "of", "autoimmune", "diseases", "which", "provides", "new", "insights", "into", "potential", "effects", "of", "stress", "hormones", "on", "T", "helper", "cell", "imbalance", "involved", "in", "the", "pathogenesis", "of", "autoimmune", "diseases", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Stress", "management", "should", "therefore", "be", "an", "important", "part", "of", "the", "treatment", "of", "Graves", "'", "disease", ",", "as", "stress", "reduction", "may", "improve", "the", "effect", "of", "therapy", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "this", "field", "still", "requires", "interventional", "data", "to", "support", "stress", "management", "in", "the", "treatment", "of", "Graves", "'", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Autoinhibition", "of", "CYP3A4", "leads", "to", "important", "role", "of", "CYP2C8", "in", "imatinib", "metabolism", ":", "variability", "in", "CYP2C8", "activity", "may", "alter", "plasma", "concentrations", "and", "response", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Recent", "data", "suggest", "that", "the", "role", "of", "CYP3A4", "in", "imatinib", "metabolism", "is", "smaller", "than", "presumed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "study", "aimed", "to", "evaluate", "the", "quantitative", "importance", "of", "different", "cytochrome", "P450", "(", "P450", ")", "enzymes", "in", "imatinib", "pharmacokinetics", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "First", ",", "the", "metabolism", "of", "imatinib", "was", "investigated", "using", "recombinant", "P450", "enzymes", "and", "human", "liver", "microsomes", "with", "P450", "isoform", "-", "selective", "inhibitors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Thereafter", ",", "an", "in", "silico", "model", "for", "imatinib", "was", "constructed", "to", "perform", "pharmacokinetic", "simulations", "to", "assess", "the", "roles", "of", "P450", "enzymes", "in", "imatinib", "elimination", "at", "clinically", "used", "imatinib", "doses", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "In", "vitro", ",", "CYP2C8", "inhibitors", "and", "CYP3A4", "inhibitors", "inhibited", "the", "depletion", "of", "0", ".", "1", "micro", "M", "imatinib", "by", "45", "and", "80", "%", ",", "respectively", ",", "and", "the", "formation", "of", "the", "main", "metabolite", "of", "imatinib", ",", "N", "-", "desmethylimatinib", ",", "by", ">", "50", "%", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Likewise", ",", "recombinant", "CYP2C8", "and", "CYP3A4", "metabolized", "imatinib", "extensively", ",", "whereas", "other", "isoforms", "had", "minor", "effect", "on", "imatinib", "concentrations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "In", "the", "beginning", "of", "imatinib", "treatment", ",", "the", "fractions", "of", "its", "hepatic", "clearance", "mediated", "by", "CYP2C8", "and", "CYP3A4", "were", "predicted", "to", "approximate", "40", "and", "60", "%", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "During", "long", "-", "term", "treatment", "with", "imatinib", "400", "mg", "once", "or", "twice", "daily", ",", "up", "to", "65", "or", "75", "%", "of", "its", "hepatic", "elimination", "was", "predicted", "to", "occur", "via", "CYP2C8", ",", "and", "only", "about", "35", "or", "25", "%", "by", "CYP3A4", ",", "due", "to", "dose", "-", "and", "time", "-", "dependent", "autoinactivation", "of", "CYP3A4", "by", "imatinib", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]
[ "Thus", ",", "although", "CYP2C8", "and", "CYP3A4", "are", "the", "main", "enzymes", "in", "imatinib", "metabolism", "in", "vitro", ",", "in", "silico", "predictions", "indicate", "that", "imatinib", "inhibits", "its", "own", "CYP3A4", "-", "mediated", "metabolism", ",", "assigning", "a", "key", "role", "for", "CYP2C8", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "During", "multiple", "dosing", ",", "pharmacogenetic", "polymorphisms", "and", "drug", "interactions", "affecting", "CYP2C8", "activity", "may", "cause", "marked", "interindividual", "variation", "in", "the", "exposure", "and", "response", "to", "imatinib", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]
[ "Direct", "measurement", "of", "coherency", "limits", "for", "strain", "relaxation", "in", "heteroepitaxial", "core", "/", "shell", "nanowires", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "growth", "of", "heteroepitaxially", "strained", "semiconductors", "at", "the", "nanoscale", "enables", "tailoring", "of", "material", "properties", "for", "enhanced", "device", "performance", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "core", "/", "shell", "nanowires", "(", "NWs", ")", ",", "theoretical", "predictions", "of", "the", "coherency", "limits", "and", "the", "implications", "they", "carry", "remain", "uncertain", "without", "proper", "identification", "of", "the", "mechanisms", "by", "which", "strains", "relax", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "present", "here", "for", "the", "Ge", "/", "Si", "core", "/", "shell", "NW", "system", "the", "first", "experimental", "measurement", "of", "critical", "shell", "thickness", "for", "strain", "relaxation", "in", "a", "semiconductor", "NW", "heterostructure", "and", "the", "identification", "of", "the", "relaxation", "mechanisms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Axial", "and", "tangential", "strain", "relief", "is", "initiated", "by", "the", "formation", "of", "periodic", "a", "/", "2", "<", "110", ">", "perfect", "dislocations", "via", "nucleation", "and", "glide", "on", "{", "111", "}", "slip", "-", "planes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Glide", "of", "dislocation", "segments", "is", "directly", "confirmed", "by", "real", "-", "time", "in", "situ", "transmission", "electron", "microscope", "observations", "and", "by", "dislocation", "dynamics", "simulations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Further", "shell", "growth", "leads", "to", "roughening", "and", "grain", "formation", "which", "provides", "additional", "strain", "relief", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "a", "consequence", "of", "core", "/", "shell", "strain", "sharing", "in", "NWs", ",", "a", "16", "nm", "radius", "Ge", "NW", "with", "a", "3", "nm", "Si", "shell", "is", "shown", "to", "accommodate", "3", "%", "coherent", "strain", "at", "equilibrium", ",", "a", "factor", "of", "3", "increase", "over", "the", "1", "nm", "equilibrium", "critical", "thickness", "for", "planar", "Si", "/", "Ge", "heteroepitaxial", "growth", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O" ]
[ "In", "vitro", "metabolism", "of", "the", "5", "-", "hydroxytryptamine1B", "receptor", "antagonist", "elzasonan", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]
[ "The", "metabolism", "of", "elzasonan", "has", "been", "examined", "in", "vitro", "using", "hepatic", "microsomes", "from", "human", "and", "recombinant", "heterologously", "expressed", "P450", "enzymes", "(", "rCYP", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Metabolism", "occurs", "primarily", "via", "oxidative", "N", "-", "demethylation", "to", "form", "M4", "and", "oxidation", "reactions", "to", "form", "elzasonan", "N", "-", "oxide", "(", "M5", ")", "and", "5", "-", "hydroxyelzasonan", "metabolite", "(", "M3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Additionally", ",", "elzasonan", "was", "shown", "to", "be", "metabolized", "to", "the", "novel", "cyclized", "indole", "metabolite", "(", "M6", ")", "which", "undergoes", "subsequent", "oxidation", "to", "form", "the", "iminium", "ion", "metabolite", "(", "M3a", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "rCYP", "data", "was", "normalized", "relative", "to", "the", "levels", "of", "each", "CYP", "form", "in", "native", "human", "liver", "microsomes", "to", "better", "assess", "the", "contribution", "of", "each", "rCYP", "in", "the", "metabolism", "of", "elzasonan", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]
[ "Results", "demonstrated", "the", "involvement", "of", "CYP3A4", "in", "the", "pathways", "leading", "to", "M3a", ",", "M3", ",", "M5", "and", "M6", "and", "CYP2C8", "in", "the", "formation", "of", "M4", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Kinetic", "constants", "for", "the", "formation", "of", "M3", "were", "determined", "and", "correlation", "and", "inhibition", "studies", "suggested", "that", "CYP3A4", "is", "primarily", "responsible", "for", "the", "formation", "of", "M3", "and", "CYP2C19", "plays", "a", "very", "minor", "role", "in", "its", "formation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cytochrome", "b5", "has", "shown", "to", "be", "an", "essential", "component", "in", "P450", "3A4", "catalyzed", "5", "-", "hydroxyelzasonan", "formation", "and", "provides", "insights", "on", "the", "disconnect", "between", "human", "liver", "microsomes", "data", "and", "that", "of", "rCYP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "rCYP3A4", "containing", "b5", "are", "useful", "models", "for", "predicting", "the", "rates", "for", "liver", "microsomes", "P450", "-", "dependent", "drug", "oxidations", "and", "should", "be", "utilized", "routinely", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Use", "of", "precision", "-", "cut", "renal", "cortical", "slices", "in", "nephrotoxicity", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1", ".", "Unlike", "cell", "lines", "and", "primary", "cells", "in", "culture", ",", "precision", "-", "cut", "tissue", "slices", "remain", "metabolically", "differentiated", "for", "at", "least", "24", "-", "48", "h", "and", "allow", "to", "study", "the", "effect", "of", "xenobiotics", "during", "short", "-", "term", "and", "long", "-", "term", "incubations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "2", ".", "In", "this", "article", ",", "we", "illustrate", "the", "use", "of", "such", "an", "experimental", "model", "to", "study", "the", "nephrotoxic", "effects", "of", "(", "i", ")", "chloroacetaldehyde", ",", "a", "metabolite", "of", "the", "anticancer", "drug", "ifosfamide", ",", "(", "ii", ")", "of", "cobalt", "chloride", ",", "a", "potential", "leakage", "product", "of", "the", "cobalt", "-", "containing", "nanoparticles", ",", "and", "(", "iii", ")", "of", "valproate", ",", "a", "widely", "used", "antiepileptic", "drug", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "3", ".", "Since", "all", "the", "latter", "test", "compounds", ",", "like", "many", "toxic", "compounds", ",", "negatively", "interact", "with", "cellular", "metabolic", "pathways", ",", "we", "also", "illustrate", "our", "biochemical", "toxicology", "approach", "in", "which", "we", "used", "not", "only", "enzymatic", "but", "also", "carbon", "13", "NMR", "measurements", "and", "mathematical", "modelling", "of", "metabolic", "pathways", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "4", ".", "This", "original", "approach", ",", "which", "can", "be", "applied", "to", "any", "tissue", ",", "allows", "to", "predict", "the", "nephrotoxic", "effects", "of", "milligram", "amounts", "of", "test", "compounds", "very", "early", "during", "the", "research", "and", "development", "processes", "of", "drugs", "and", "chemicals", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "approach", ",", "combined", "with", "the", "use", "of", "cells", "that", "retain", "their", "in", "vivo", "metabolic", "properties", "and", ",", "therefore", ",", "are", "predictive", ",", "reduces", "the", "risk", ",", "the", "time", "and", "cost", "of", "such", "processes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Effective", "phagocytosis", "of", "low", "Her2", "tumor", "cell", "lines", "with", "engineered", ",", "aglycosylated", "IgG", "displaying", "high", "Fc", "gamma", "RIIa", "affinity", "and", "selectivity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Glycans", "anchored", "to", "residue", "N297", "of", "the", "antibody", "IgG", "Fc", "domain", "are", "critical", "in", "mediating", "binding", "toward", "Fc", "gamma", "Rs", "to", "direct", "both", "adaptive", "and", "innate", "immune", "responses", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "using", "a", "full", "length", "bacterial", "IgG", "display", "system", ",", "we", "have", "isolated", "aglycosylated", "Fc", "domains", "with", "mutations", "that", "confer", "up", "to", "a", "160", "-", "fold", "increase", "in", "the", "affinity", "toward", "the", "low", "affinity", "Fc", "gamma", "RIIa", "-", "R131", "allele", "as", "well", "as", "high", "selectivity", "against", "binding", "to", "the", "remarkably", "homologous", "human", "inhibitory", "receptor", ",", "Fc", "gamma", "RIIb", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "mutant", "Fc", "domain", "(", "AglycoT", "-", "Fc1004", ")", "contained", "a", "total", "of", "5", "amino", "acid", "substitutions", "that", "conferred", "an", "activating", "to", "inhibitory", "ratio", "of", "25", "(", "A", "/", "I", "ratio", ";", "FcyRIIa", "-", "R131", ":", "Fc", "gamma", "RIIb", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Incorporation", "of", "this", "engineered", "Fc", "into", "trastuzumab", ",", "an", "anti", "-", "Her2", "antibody", ",", "resulted", "in", "a", "75", "%", "increase", "in", "tumor", "cell", "phagocytosis", "by", "macrophages", "compared", "to", "that", "of", "the", "parental", "glycosylated", "trastuzumab", "with", "both", "medium", "and", "low", "Her2", "-", "expressing", "cancer", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "mathematical", "model", "has", "been", "developed", "to", "help", "explain", "how", "receptor", "affinity", "and", "the", "A", "/", "I", "ratio", "relate", "to", "improved", "antibody", "dependent", "cell", "-", "mediated", "phagocytosis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "model", "provides", "guidelines", "for", "the", "future", "engineering", "of", "Fc", "domains", "with", "enhanced", "effector", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "8", "-", "Hydroxycalamenene", "isolated", "from", "the", "rhizomes", "of", "Reynoutria", "elliptica", "exerts", "neuroprotective", "effects", "both", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "." ]	[ "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Retinal", "ganglion", "cells", "(", "RGCs", ")", "death", "caused", "by", "oxidative", "stress", "is", "a", "common", "risk", "factor", "for", "glaucoma", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "the", "present", "study", ",", "8", "-", "hydroxycalamenene", "was", "isolated", "from", "the", "hexane", "fraction", "of", "Reynoutria", "elliptica", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "showed", "that", "8", "-", "hydroxycalamenene", "attenuated", "the", "cell", "death", "of", "transformed", "RGC", "-", "5", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "compound", "also", "produced", "a", "dose", "-", "dependent", "decrease", "in", "the", "expression", "of", "apoptotic", "proteins", "(", "cleaved", "PARP", "and", "caspase", "-", "3", ")", "induced", "by", "l", "-", "buthionine", "-", "(", "S", ",", "R", ")", "-", "sulfoximine", "(", "BSO", ")", "plus", "glutamate", "and", "stimulated", "glutathione", "and", "glutathione", "S", "-", "transferase", "activity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Moreover", ",", "the", "addition", "of", "8", "-", "hydroxycalamenene", "to", "cell", "cultures", "restored", "the", "reduced", "mitochondrial", "membrane", "potential", "resulting", "from", "glutamate", "/", "BSO", "treatment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "The", "presence", "of", "N", "-", "methyl", "-", "d", "-", "aspartate", "in", "the", "retina", "of", "rats", "affected", "the", "thickness", "of", "the", "inner", "plexiform", "layer", "(", "IPL", ")", "and", "increased", "the", "number", "of", "TUNEL", "-", "positive", "RGCs", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "8", "-", "hydroxycalamenene", "protected", "against", "thinning", "of", "the", "IPL", "and", "reduced", "TUNEL", "-", "positive", "cells", "in", "the", "ganglion", "cell", "layer", "." ]	[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Thus", ",", "8", "-", "hydroxycalamenene", "isolated", "from", "R", ".", "elliptica", "exerts", "neuroprotective", "effects", "both", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "." ]	[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "DNA", "methylation", "and", "histone", "modification", "profiles", "of", "mouse", "organic", "anion", "transporting", "polypeptides", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Organic", "anion", "transporting", "polypeptides", "(", "rodents", ",", "Oatps", ";", "human", ",", "OATPs", ")", "are", "primarily", "involved", "in", "the", "transmembrane", "transportation", "of", "a", "wide", "range", "of", "endogenous", "and", "exogenous", "compounds", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Multiple", "mouse", "Oatp1", "isoforms", "are", "closely", "located", "on", "chromosome", "6", ",", "where", "each", "isoform", "shows", "distinct", "tissue", "distribution", ";", "Oatp1b2", ",", "Oatp1a6", ",", "and", "Oatp1c1", "are", "expressed", "exclusively", "in", "the", "liver", ",", "kidney", ",", "and", "cerebrum", ",", "respectively", ";", "Oatp1a1", "in", "the", "liver", "and", "kidney", ";", "and", "Oatp1a4", "in", "the", "liver", "and", "cerebrum", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "have", "identified", "tissue", "-", "dependent", "differentially", "methylated", "region", "(", "T", "-", "DMR", ")", "around", "the", "transcriptional", "start", "site", "(", "TSS", ")", "of", "Oatp1b2", ",", "which", "correlates", "with", "its", "liver", "-", "specific", "expression", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Bisulfite", "sequencing", "also", "demonstrated", "the", "presence", "of", "T", "-", "DMRs", "around", "the", "TSS", "in", "other", "Oatp1", "genes", ":", "CpG", "dinucleotides", "at", "+", "149", "relative", "to", "the", "TSS", "for", "Oatp1c1", ";", "-", "48", ",", "+", "101", ",", "and", "+", "356", "for", "Oatp1a4", ";", "-", "572", "and", "-", "550", "for", "Oatp1a1", ";", "and", "-", "122", "and", "+", "216", "for", "Oatp1a6", "were", "differentially", "methylated", "among", "the", "liver", ",", "kidney", ",", "and", "cerebrum", "." ]	[ "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "methylation", "profiles", "were", "largely", "consistent", "with", "the", "tissue", "distribution", "of", "Oatp1", "mRNAs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Chromatin", "immunoprecipitation", "assay", "revealed", "that", "the", "mRNA", "expression", "of", "Oatp1", "genes", "was", "accompanied", "by", "acetylated", "histone", "H3", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Human", "OATP1B1", "and", "OATP1B3", "are", "located", "on", "chromosome", "12p12", "in", "the", "OATP1", "cluster", ";", "both", "show", "predominant", "expression", "in", "the", "liver", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "genes", "also", "contained", "T", "-", "DMRs", "that", "were", "hypomethylated", "in", "the", "liver", ",", "compared", "with", "kidney", "cortex", ":", "-", "511", ",", "-", "411", ",", "and", "+", "92", "relative", "to", "the", "TSS", "for", "OATP1B1", "and", "-", "331", ",", "+", "70", ",", "and", "+", "73", "for", "OATP1B3", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "results", "suggest", "that", "the", "difference", "in", "epigenetic", "profiles", "comprising", "DNA", "methylation", "and", "histone", "acetylation", "determines", "the", "distinct", "tissue", "distribution", "of", "Oatp", "/", "OATP", "mRNAs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Interplay", "between", "protein", "carbonylation", "and", "nitrosylation", "in", "plants", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ROS", "and", "reactive", "nitrogen", "species", "(", "RNS", ")", "are", "key", "regulators", "of", "redox", "homeostasis", "in", "living", "organisms", "including", "plants", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "control", "of", "redox", "homeostasis", "plays", "a", "central", "function", "in", "plant", "biology", ",", "redox", "proteomics", "could", "help", "in", "characterizing", "the", "potential", "roles", "played", "by", "ROS", "/", "RNS", "-", "induced", "posttranslational", "modification", "in", "plant", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "this", "review", ",", "we", "focus", "on", "two", "posttranslational", "modifications", ":", "protein", "carbonylation", "(", "a", "marker", "of", "protein", "oxidation", ")", "and", "protein", "S", "-", "nitrosylation", ",", "both", "of", "which", "having", "recently", "emerged", "as", "important", "regulatory", "mechanisms", "during", "numerous", "fundamental", "biological", "processes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "we", "describe", "the", "recent", "progress", "in", "proteomic", "analysis", "of", "carbonylated", "and", "nitrosylated", "proteins", "and", "highlight", "the", "achievements", "made", "in", "understanding", "the", "physiological", "basis", "of", "these", "oxy", "/", "nitro", "modifications", "in", "plants", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", ",", "we", "document", "the", "existence", "of", "a", "relationship", "between", "ROS", "-", "based", "carbonylation", "and", "RNS", "-", "based", "nitrosylation", "thus", "supporting", "the", "finding", "that", "crosstalk", "between", "cellular", "signaling", "stress", "pathways", "induced", "by", "ROS", "and", "RNS", "could", "be", "mediated", "by", "specific", "protein", "modifications", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "search", "of", "new", "targets", "for", "retinal", "neuroprotection", ":", "is", "there", "a", "role", "for", "autophagy", "?" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Autophagy", "is", "a", "highly", "conserved", "catabolic", "pathway", "in", "which", "proteins", "and", "organelles", "are", "engulfed", "by", "vacuoles", "that", "are", "targeted", "to", "lysosomes", "for", "degradation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Defects", "in", "the", "autophagic", "machinery", "have", "been", "described", "in", "several", "neurodegenerative", "diseases", "uncovering", "the", "tight", "dependency", "of", "neuronal", "survival", "on", "the", "efficiency", "of", "the", "autophagic", "process", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Despite", "the", "large", "amount", "of", "literature", "investigating", "autophagy", "in", "a", "number", "of", "pathological", "conditions", "our", "knowledge", "of", "its", "role", "in", "glaucoma", "neurodegeneration", "is", "just", "beginning", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "recent", "experimental", "data", "revealing", "that", "autophagy", "modulation", "occurs", "in", "retinal", "ganglion", "cells", "(", "RGCs", ")", "under", "glaucoma", "-", "related", "stressing", "conditions", "support", "the", "hypothesis", "that", "dysfunctional", "autophagy", "might", "underlie", "the", "process", "leading", "to", "RGC", "death", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "our", "understanding", "of", "the", "role", "of", "autophagy", "in", "glaucoma", "is", "still", "developing", ",", "there", "is", "the", "possibility", "that", "neuroprotection", "may", "be", "achieved", "by", "modulating", "autophagy", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "would", "be", "a", "promising", "approach", "as", "it", "could", "lead", "to", "the", "much", "-", "sought", "development", "of", "alternative", "therapeutic", "strategies", "to", "prevent", "visual", "loss", "in", "glaucoma", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "describe", "a", "model", "for", "predicting", "rodent", "carcinogenicity", "based", "on", "HTS", "data", "from", "292", "chemicals", "tested", "in", "672", "assays", "mapping", "to", "455", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "All", "data", "come", "from", "the", "EPA", "ToxCast", "project", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "model", "was", "trained", "on", "a", "subset", "of", "232", "chemicals", "with", "in", "vivo", "rodent", "carcinogenicity", "data", "in", "the", "Toxicity", "Reference", "Database", "(", "ToxRefDB", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Individual", "HTS", "assays", "strongly", "associated", "with", "rodent", "cancers", "in", "ToxRefDB", "were", "linked", "to", "genes", ",", "pathways", ",", "and", "hallmark", "processes", "documented", "to", "be", "involved", "in", "tumor", "biology", "and", "cancer", "progression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Rodent", "liver", "cancer", "endpoints", "were", "linked", "to", "well", "-", "documented", "pathways", "such", "as", "peroxisome", "proliferator", "-", "activated", "receptor", "signaling", "and", "TP53", "and", "novel", "targets", "such", "as", "PDE5A", "and", "PLAUR", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Cancer", "hallmark", "genes", "associated", "with", "rodent", "thyroid", "tumors", "were", "found", "to", "be", "linked", "to", "human", "thyroid", "tumors", "and", "autoimmune", "thyroid", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "model", "was", "developed", "in", "which", "these", "genes", "/", "pathways", "function", "as", "hypothetical", "enhancers", "or", "promoters", "of", "rat", "thyroid", "tumors", ",", "acting", "secondary", "to", "the", "key", "initiating", "event", "of", "thyroid", "hormone", "disruption", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "simple", "scoring", "function", "was", "generated", "to", "identify", "chemicals", "with", "significant", "in", "vitro", "evidence", "that", "was", "predictive", "of", "in", "vivo", "carcinogenicity", "in", "different", "rat", "tissues", "and", "organs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "scoring", "function", "was", "applied", "to", "an", "external", "test", "set", "of", "33", "compounds", "with", "carcinogenicity", "classifications", "from", "the", "EPA", "'", "s", "Office", "of", "Pesticide", "Programs", "and", "successfully", "(", "p", "=", "0", ".", "024", ")", "differentiated", "between", "chemicals", "classified", "as", "\"", "possible", "\"", "/", "\"", "probable", "\"", "/", "\"", "likely", "\"", "carcinogens", "and", "those", "designated", "as", "\"", "not", "likely", "\"", "or", "with", "\"", "evidence", "of", "noncarcinogenicity", ".", "\"", "This", "model", "represents", "a", "chemical", "carcinogenicity", "prioritization", "tool", "supporting", "targeted", "testing", "and", "functional", "validation", "of", "cancer", "pathways", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Cassia", "tora", "(", "Leguminosae", ")", "seed", "extract", "alleviates", "high", "-", "fat", "diet", "-", "induced", "nonalcoholic", "fatty", "liver", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "aim", "of", "this", "study", "was", "to", "examine", "the", "effects", "of", "Cassia", "tora", "seeds", "on", "high", "-", "fat", "diet", "(", "HFD", ")", "-", "induced", "hepatic", "steatosis", ",", "and", "elucidate", "the", "molecular", "mechanisms", "behind", "its", "effects", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "being", "fed", "a", "HFD", "for", "two", "weeks", ",", "rats", "were", "orally", "dosed", "with", "Cassia", "seed", "ethanol", "extract", "(", "CSEE", ")", "(", "100", ",", "200", ",", "or", "300mg", "/", "kg", ")", "once", "daily", "for", "8weeks", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CSEE", "induced", "dose", "-", "dependent", "reductions", "in", "plasma", "lipid", "levels", ",", "as", "well", "as", "decreased", "the", "over", "hepatic", "lipid", "accumulation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "CSEE", "treatment", "improved", "HFD", "-", "induced", "hepatic", "histological", "lesions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CSEE", "enhanced", "the", "phosphorylation", "of", "AMP", "-", "activated", "protein", "kinase", "(", "AMPK", ")", "and", "its", "primary", "downstream", "targeting", "enzyme", ",", "acetyl", "-", "CoA", "carboxylase", ",", "up", "-", "regulated", "the", "gene", "expression", "of", "carnitine", "palmitoyl", "transferase", "1", ",", "and", "down", "-", "regulated", "sterol", "regulatory", "element", "binding", "protein", "1", "and", "fatty", "acid", "synthase", "protein", "levels", "in", "the", "livers", "of", "HFD", "-", "fed", "rats", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "AMPK", "inhibition", "by", "compound", "C", "retarded", "CSEE", "-", "induced", "reduction", "in", "triglyceride", "accumulation", "in", "HepG2", "cells", "stimulated", "by", "insulin", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "findings", "suggest", "that", "CSEE", "may", "regulate", "hepatic", "lipid", "homeostasis", "related", "with", "an", "AMPK", "-", "dependent", "signaling", "pathway", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Targeting", "AMPK", "activation", "with", "CSEE", "may", "represent", "a", "promising", "approach", "for", "the", "prevention", "and", "treatment", "of", "obesity", "-", "related", "non", "-", "alcoholic", "fatty", "liver", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Light", "induced", "nanowire", "assembly", ":", "the", "electrostatic", "alignment", "of", "semiconductor", "nanowires", "into", "functional", "macroscopic", "yarns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "electrostatic", "alignment", "and", "directed", "assembly", "of", "semiconductor", "nanowires", "into", "macroscopic", ",", "centimeter", "-", "long", "yarns", "is", "demonstrated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Different", "morphologies", "can", "be", "produced", ",", "including", "longitudinally", "segmented", "/", "graded", "yarns", "or", "mixed", "composition", "fibers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Nanowire", "yarns", "display", "long", "range", "photoconductivities", "and", "open", "up", "exciting", "opportunities", "for", "potential", "use", "in", "future", "nanowire", "-", "based", "textiles", "or", "in", "solar", "photovoltaics", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mechanisms", "in", "endocrinology", "." ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "Role", "of", "emotional", "stress", "in", "the", "pathophysiology", "of", "Graves", "'", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "role", "of", "stress", "in", "the", "pathophysiology", "of", "Graves", "'", "disease", "is", "suggested", "by", "several", "clinical", "observations", ",", "by", "recent", "advances", "in", "immunology", "and", "by", "better", "understanding", "of", "autoimmune", "diseases", "which", "provides", "new", "insights", "into", "potential", "effects", "of", "stress", "hormones", "on", "T", "helper", "cell", "imbalance", "involved", "in", "the", "pathogenesis", "of", "autoimmune", "diseases", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Stress", "management", "should", "therefore", "be", "an", "important", "part", "of", "the", "treatment", "of", "Graves", "'", "disease", ",", "as", "stress", "reduction", "may", "improve", "the", "effect", "of", "therapy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "this", "field", "still", "requires", "interventional", "data", "to", "support", "stress", "management", "in", "the", "treatment", "of", "Graves", "'", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Autoinhibition", "of", "CYP3A4", "leads", "to", "important", "role", "of", "CYP2C8", "in", "imatinib", "metabolism", ":", "variability", "in", "CYP2C8", "activity", "may", "alter", "plasma", "concentrations", "and", "response", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Recent", "data", "suggest", "that", "the", "role", "of", "CYP3A4", "in", "imatinib", "metabolism", "is", "smaller", "than", "presumed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "study", "aimed", "to", "evaluate", "the", "quantitative", "importance", "of", "different", "cytochrome", "P450", "(", "P450", ")", "enzymes", "in", "imatinib", "pharmacokinetics", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "First", ",", "the", "metabolism", "of", "imatinib", "was", "investigated", "using", "recombinant", "P450", "enzymes", "and", "human", "liver", "microsomes", "with", "P450", "isoform", "-", "selective", "inhibitors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thereafter", ",", "an", "in", "silico", "model", "for", "imatinib", "was", "constructed", "to", "perform", "pharmacokinetic", "simulations", "to", "assess", "the", "roles", "of", "P450", "enzymes", "in", "imatinib", "elimination", "at", "clinically", "used", "imatinib", "doses", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "In", "vitro", ",", "CYP2C8", "inhibitors", "and", "CYP3A4", "inhibitors", "inhibited", "the", "depletion", "of", "0", ".", "1", "micro", "M", "imatinib", "by", "45", "and", "80", "%", ",", "respectively", ",", "and", "the", "formation", "of", "the", "main", "metabolite", "of", "imatinib", ",", "N", "-", "desmethylimatinib", ",", "by", ">", "50", "%", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Likewise", ",", "recombinant", "CYP2C8", "and", "CYP3A4", "metabolized", "imatinib", "extensively", ",", "whereas", "other", "isoforms", "had", "minor", "effect", "on", "imatinib", "concentrations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "In", "the", "beginning", "of", "imatinib", "treatment", ",", "the", "fractions", "of", "its", "hepatic", "clearance", "mediated", "by", "CYP2C8", "and", "CYP3A4", "were", "predicted", "to", "approximate", "40", "and", "60", "%", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "During", "long", "-", "term", "treatment", "with", "imatinib", "400", "mg", "once", "or", "twice", "daily", ",", "up", "to", "65", "or", "75", "%", "of", "its", "hepatic", "elimination", "was", "predicted", "to", "occur", "via", "CYP2C8", ",", "and", "only", "about", "35", "or", "25", "%", "by", "CYP3A4", ",", "due", "to", "dose", "-", "and", "time", "-", "dependent", "autoinactivation", "of", "CYP3A4", "by", "imatinib", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "Thus", ",", "although", "CYP2C8", "and", "CYP3A4", "are", "the", "main", "enzymes", "in", "imatinib", "metabolism", "in", "vitro", ",", "in", "silico", "predictions", "indicate", "that", "imatinib", "inhibits", "its", "own", "CYP3A4", "-", "mediated", "metabolism", ",", "assigning", "a", "key", "role", "for", "CYP2C8", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "During", "multiple", "dosing", ",", "pharmacogenetic", "polymorphisms", "and", "drug", "interactions", "affecting", "CYP2C8", "activity", "may", "cause", "marked", "interindividual", "variation", "in", "the", "exposure", "and", "response", "to", "imatinib", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "Direct", "measurement", "of", "coherency", "limits", "for", "strain", "relaxation", "in", "heteroepitaxial", "core", "/", "shell", "nanowires", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "growth", "of", "heteroepitaxially", "strained", "semiconductors", "at", "the", "nanoscale", "enables", "tailoring", "of", "material", "properties", "for", "enhanced", "device", "performance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "core", "/", "shell", "nanowires", "(", "NWs", ")", ",", "theoretical", "predictions", "of", "the", "coherency", "limits", "and", "the", "implications", "they", "carry", "remain", "uncertain", "without", "proper", "identification", "of", "the", "mechanisms", "by", "which", "strains", "relax", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "present", "here", "for", "the", "Ge", "/", "Si", "core", "/", "shell", "NW", "system", "the", "first", "experimental", "measurement", "of", "critical", "shell", "thickness", "for", "strain", "relaxation", "in", "a", "semiconductor", "NW", "heterostructure", "and", "the", "identification", "of", "the", "relaxation", "mechanisms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Axial", "and", "tangential", "strain", "relief", "is", "initiated", "by", "the", "formation", "of", "periodic", "a", "/", "2", "<", "110", ">", "perfect", "dislocations", "via", "nucleation", "and", "glide", "on", "{", "111", "}", "slip", "-", "planes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Glide", "of", "dislocation", "segments", "is", "directly", "confirmed", "by", "real", "-", "time", "in", "situ", "transmission", "electron", "microscope", "observations", "and", "by", "dislocation", "dynamics", "simulations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Further", "shell", "growth", "leads", "to", "roughening", "and", "grain", "formation", "which", "provides", "additional", "strain", "relief", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "a", "consequence", "of", "core", "/", "shell", "strain", "sharing", "in", "NWs", ",", "a", "16", "nm", "radius", "Ge", "NW", "with", "a", "3", "nm", "Si", "shell", "is", "shown", "to", "accommodate", "3", "%", "coherent", "strain", "at", "equilibrium", ",", "a", "factor", "of", "3", "increase", "over", "the", "1", "nm", "equilibrium", "critical", "thickness", "for", "planar", "Si", "/", "Ge", "heteroepitaxial", "growth", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O" ]

[ "In", "vitro", "metabolism", "of", "the", "5", "-", "hydroxytryptamine1B", "receptor", "antagonist", "elzasonan", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "The", "metabolism", "of", "elzasonan", "has", "been", "examined", "in", "vitro", "using", "hepatic", "microsomes", "from", "human", "and", "recombinant", "heterologously", "expressed", "P450", "enzymes", "(", "rCYP", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Metabolism", "occurs", "primarily", "via", "oxidative", "N", "-", "demethylation", "to", "form", "M4", "and", "oxidation", "reactions", "to", "form", "elzasonan", "N", "-", "oxide", "(", "M5", ")", "and", "5", "-", "hydroxyelzasonan", "metabolite", "(", "M3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Additionally", ",", "elzasonan", "was", "shown", "to", "be", "metabolized", "to", "the", "novel", "cyclized", "indole", "metabolite", "(", "M6", ")", "which", "undergoes", "subsequent", "oxidation", "to", "form", "the", "iminium", "ion", "metabolite", "(", "M3a", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "rCYP", "data", "was", "normalized", "relative", "to", "the", "levels", "of", "each", "CYP", "form", "in", "native", "human", "liver", "microsomes", "to", "better", "assess", "the", "contribution", "of", "each", "rCYP", "in", "the", "metabolism", "of", "elzasonan", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "Results", "demonstrated", "the", "involvement", "of", "CYP3A4", "in", "the", "pathways", "leading", "to", "M3a", ",", "M3", ",", "M5", "and", "M6", "and", "CYP2C8", "in", "the", "formation", "of", "M4", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Kinetic", "constants", "for", "the", "formation", "of", "M3", "were", "determined", "and", "correlation", "and", "inhibition", "studies", "suggested", "that", "CYP3A4", "is", "primarily", "responsible", "for", "the", "formation", "of", "M3", "and", "CYP2C19", "plays", "a", "very", "minor", "role", "in", "its", "formation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Cytochrome", "b5", "has", "shown", "to", "be", "an", "essential", "component", "in", "P450", "3A4", "catalyzed", "5", "-", "hydroxyelzasonan", "formation", "and", "provides", "insights", "on", "the", "disconnect", "between", "human", "liver", "microsomes", "data", "and", "that", "of", "rCYP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "rCYP3A4", "containing", "b5", "are", "useful", "models", "for", "predicting", "the", "rates", "for", "liver", "microsomes", "P450", "-", "dependent", "drug", "oxidations", "and", "should", "be", "utilized", "routinely", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Use", "of", "precision", "-", "cut", "renal", "cortical", "slices", "in", "nephrotoxicity", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "1", ".", "Unlike", "cell", "lines", "and", "primary", "cells", "in", "culture", ",", "precision", "-", "cut", "tissue", "slices", "remain", "metabolically", "differentiated", "for", "at", "least", "24", "-", "48", "h", "and", "allow", "to", "study", "the", "effect", "of", "xenobiotics", "during", "short", "-", "term", "and", "long", "-", "term", "incubations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "2", ".", "In", "this", "article", ",", "we", "illustrate", "the", "use", "of", "such", "an", "experimental", "model", "to", "study", "the", "nephrotoxic", "effects", "of", "(", "i", ")", "chloroacetaldehyde", ",", "a", "metabolite", "of", "the", "anticancer", "drug", "ifosfamide", ",", "(", "ii", ")", "of", "cobalt", "chloride", ",", "a", "potential", "leakage", "product", "of", "the", "cobalt", "-", "containing", "nanoparticles", ",", "and", "(", "iii", ")", "of", "valproate", ",", "a", "widely", "used", "antiepileptic", "drug", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "3", ".", "Since", "all", "the", "latter", "test", "compounds", ",", "like", "many", "toxic", "compounds", ",", "negatively", "interact", "with", "cellular", "metabolic", "pathways", ",", "we", "also", "illustrate", "our", "biochemical", "toxicology", "approach", "in", "which", "we", "used", "not", "only", "enzymatic", "but", "also", "carbon", "13", "NMR", "measurements", "and", "mathematical", "modelling", "of", "metabolic", "pathways", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "4", ".", "This", "original", "approach", ",", "which", "can", "be", "applied", "to", "any", "tissue", ",", "allows", "to", "predict", "the", "nephrotoxic", "effects", "of", "milligram", "amounts", "of", "test", "compounds", "very", "early", "during", "the", "research", "and", "development", "processes", "of", "drugs", "and", "chemicals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "approach", ",", "combined", "with", "the", "use", "of", "cells", "that", "retain", "their", "in", "vivo", "metabolic", "properties", "and", ",", "therefore", ",", "are", "predictive", ",", "reduces", "the", "risk", ",", "the", "time", "and", "cost", "of", "such", "processes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Effective", "phagocytosis", "of", "low", "Her2", "tumor", "cell", "lines", "with", "engineered", ",", "aglycosylated", "IgG", "displaying", "high", "Fc", "gamma", "RIIa", "affinity", "and", "selectivity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Glycans", "anchored", "to", "residue", "N297", "of", "the", "antibody", "IgG", "Fc", "domain", "are", "critical", "in", "mediating", "binding", "toward", "Fc", "gamma", "Rs", "to", "direct", "both", "adaptive", "and", "innate", "immune", "responses", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "using", "a", "full", "length", "bacterial", "IgG", "display", "system", ",", "we", "have", "isolated", "aglycosylated", "Fc", "domains", "with", "mutations", "that", "confer", "up", "to", "a", "160", "-", "fold", "increase", "in", "the", "affinity", "toward", "the", "low", "affinity", "Fc", "gamma", "RIIa", "-", "R131", "allele", "as", "well", "as", "high", "selectivity", "against", "binding", "to", "the", "remarkably", "homologous", "human", "inhibitory", "receptor", ",", "Fc", "gamma", "RIIb", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "mutant", "Fc", "domain", "(", "AglycoT", "-", "Fc1004", ")", "contained", "a", "total", "of", "5", "amino", "acid", "substitutions", "that", "conferred", "an", "activating", "to", "inhibitory", "ratio", "of", "25", "(", "A", "/", "I", "ratio", ";", "FcyRIIa", "-", "R131", ":", "Fc", "gamma", "RIIb", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Incorporation", "of", "this", "engineered", "Fc", "into", "trastuzumab", ",", "an", "anti", "-", "Her2", "antibody", ",", "resulted", "in", "a", "75", "%", "increase", "in", "tumor", "cell", "phagocytosis", "by", "macrophages", "compared", "to", "that", "of", "the", "parental", "glycosylated", "trastuzumab", "with", "both", "medium", "and", "low", "Her2", "-", "expressing", "cancer", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "mathematical", "model", "has", "been", "developed", "to", "help", "explain", "how", "receptor", "affinity", "and", "the", "A", "/", "I", "ratio", "relate", "to", "improved", "antibody", "dependent", "cell", "-", "mediated", "phagocytosis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "model", "provides", "guidelines", "for", "the", "future", "engineering", "of", "Fc", "domains", "with", "enhanced", "effector", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "8", "-", "Hydroxycalamenene", "isolated", "from", "the", "rhizomes", "of", "Reynoutria", "elliptica", "exerts", "neuroprotective", "effects", "both", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "." ]

[ "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Retinal", "ganglion", "cells", "(", "RGCs", ")", "death", "caused", "by", "oxidative", "stress", "is", "a", "common", "risk", "factor", "for", "glaucoma", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "present", "study", ",", "8", "-", "hydroxycalamenene", "was", "isolated", "from", "the", "hexane", "fraction", "of", "Reynoutria", "elliptica", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "showed", "that", "8", "-", "hydroxycalamenene", "attenuated", "the", "cell", "death", "of", "transformed", "RGC", "-", "5", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "compound", "also", "produced", "a", "dose", "-", "dependent", "decrease", "in", "the", "expression", "of", "apoptotic", "proteins", "(", "cleaved", "PARP", "and", "caspase", "-", "3", ")", "induced", "by", "l", "-", "buthionine", "-", "(", "S", ",", "R", ")", "-", "sulfoximine", "(", "BSO", ")", "plus", "glutamate", "and", "stimulated", "glutathione", "and", "glutathione", "S", "-", "transferase", "activity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Moreover", ",", "the", "addition", "of", "8", "-", "hydroxycalamenene", "to", "cell", "cultures", "restored", "the", "reduced", "mitochondrial", "membrane", "potential", "resulting", "from", "glutamate", "/", "BSO", "treatment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "The", "presence", "of", "N", "-", "methyl", "-", "d", "-", "aspartate", "in", "the", "retina", "of", "rats", "affected", "the", "thickness", "of", "the", "inner", "plexiform", "layer", "(", "IPL", ")", "and", "increased", "the", "number", "of", "TUNEL", "-", "positive", "RGCs", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "8", "-", "hydroxycalamenene", "protected", "against", "thinning", "of", "the", "IPL", "and", "reduced", "TUNEL", "-", "positive", "cells", "in", "the", "ganglion", "cell", "layer", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "8", "-", "hydroxycalamenene", "isolated", "from", "R", ".", "elliptica", "exerts", "neuroprotective", "effects", "both", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "DNA", "methylation", "and", "histone", "modification", "profiles", "of", "mouse", "organic", "anion", "transporting", "polypeptides", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Organic", "anion", "transporting", "polypeptides", "(", "rodents", ",", "Oatps", ";", "human", ",", "OATPs", ")", "are", "primarily", "involved", "in", "the", "transmembrane", "transportation", "of", "a", "wide", "range", "of", "endogenous", "and", "exogenous", "compounds", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Multiple", "mouse", "Oatp1", "isoforms", "are", "closely", "located", "on", "chromosome", "6", ",", "where", "each", "isoform", "shows", "distinct", "tissue", "distribution", ";", "Oatp1b2", ",", "Oatp1a6", ",", "and", "Oatp1c1", "are", "expressed", "exclusively", "in", "the", "liver", ",", "kidney", ",", "and", "cerebrum", ",", "respectively", ";", "Oatp1a1", "in", "the", "liver", "and", "kidney", ";", "and", "Oatp1a4", "in", "the", "liver", "and", "cerebrum", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "have", "identified", "tissue", "-", "dependent", "differentially", "methylated", "region", "(", "T", "-", "DMR", ")", "around", "the", "transcriptional", "start", "site", "(", "TSS", ")", "of", "Oatp1b2", ",", "which", "correlates", "with", "its", "liver", "-", "specific", "expression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Bisulfite", "sequencing", "also", "demonstrated", "the", "presence", "of", "T", "-", "DMRs", "around", "the", "TSS", "in", "other", "Oatp1", "genes", ":", "CpG", "dinucleotides", "at", "+", "149", "relative", "to", "the", "TSS", "for", "Oatp1c1", ";", "-", "48", ",", "+", "101", ",", "and", "+", "356", "for", "Oatp1a4", ";", "-", "572", "and", "-", "550", "for", "Oatp1a1", ";", "and", "-", "122", "and", "+", "216", "for", "Oatp1a6", "were", "differentially", "methylated", "among", "the", "liver", ",", "kidney", ",", "and", "cerebrum", "." ]

[ "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "methylation", "profiles", "were", "largely", "consistent", "with", "the", "tissue", "distribution", "of", "Oatp1", "mRNAs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Chromatin", "immunoprecipitation", "assay", "revealed", "that", "the", "mRNA", "expression", "of", "Oatp1", "genes", "was", "accompanied", "by", "acetylated", "histone", "H3", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Human", "OATP1B1", "and", "OATP1B3", "are", "located", "on", "chromosome", "12p12", "in", "the", "OATP1", "cluster", ";", "both", "show", "predominant", "expression", "in", "the", "liver", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "genes", "also", "contained", "T", "-", "DMRs", "that", "were", "hypomethylated", "in", "the", "liver", ",", "compared", "with", "kidney", "cortex", ":", "-", "511", ",", "-", "411", ",", "and", "+", "92", "relative", "to", "the", "TSS", "for", "OATP1B1", "and", "-", "331", ",", "+", "70", ",", "and", "+", "73", "for", "OATP1B3", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "suggest", "that", "the", "difference", "in", "epigenetic", "profiles", "comprising", "DNA", "methylation", "and", "histone", "acetylation", "determines", "the", "distinct", "tissue", "distribution", "of", "Oatp", "/", "OATP", "mRNAs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interplay", "between", "protein", "carbonylation", "and", "nitrosylation", "in", "plants", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ROS", "and", "reactive", "nitrogen", "species", "(", "RNS", ")", "are", "key", "regulators", "of", "redox", "homeostasis", "in", "living", "organisms", "including", "plants", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "control", "of", "redox", "homeostasis", "plays", "a", "central", "function", "in", "plant", "biology", ",", "redox", "proteomics", "could", "help", "in", "characterizing", "the", "potential", "roles", "played", "by", "ROS", "/", "RNS", "-", "induced", "posttranslational", "modification", "in", "plant", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "review", ",", "we", "focus", "on", "two", "posttranslational", "modifications", ":", "protein", "carbonylation", "(", "a", "marker", "of", "protein", "oxidation", ")", "and", "protein", "S", "-", "nitrosylation", ",", "both", "of", "which", "having", "recently", "emerged", "as", "important", "regulatory", "mechanisms", "during", "numerous", "fundamental", "biological", "processes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", ",", "we", "describe", "the", "recent", "progress", "in", "proteomic", "analysis", "of", "carbonylated", "and", "nitrosylated", "proteins", "and", "highlight", "the", "achievements", "made", "in", "understanding", "the", "physiological", "basis", "of", "these", "oxy", "/", "nitro", "modifications", "in", "plants", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "we", "document", "the", "existence", "of", "a", "relationship", "between", "ROS", "-", "based", "carbonylation", "and", "RNS", "-", "based", "nitrosylation", "thus", "supporting", "the", "finding", "that", "crosstalk", "between", "cellular", "signaling", "stress", "pathways", "induced", "by", "ROS", "and", "RNS", "could", "be", "mediated", "by", "specific", "protein", "modifications", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "search", "of", "new", "targets", "for", "retinal", "neuroprotection", ":", "is", "there", "a", "role", "for", "autophagy", "?" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Autophagy", "is", "a", "highly", "conserved", "catabolic", "pathway", "in", "which", "proteins", "and", "organelles", "are", "engulfed", "by", "vacuoles", "that", "are", "targeted", "to", "lysosomes", "for", "degradation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Defects", "in", "the", "autophagic", "machinery", "have", "been", "described", "in", "several", "neurodegenerative", "diseases", "uncovering", "the", "tight", "dependency", "of", "neuronal", "survival", "on", "the", "efficiency", "of", "the", "autophagic", "process", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Despite", "the", "large", "amount", "of", "literature", "investigating", "autophagy", "in", "a", "number", "of", "pathological", "conditions", "our", "knowledge", "of", "its", "role", "in", "glaucoma", "neurodegeneration", "is", "just", "beginning", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "recent", "experimental", "data", "revealing", "that", "autophagy", "modulation", "occurs", "in", "retinal", "ganglion", "cells", "(", "RGCs", ")", "under", "glaucoma", "-", "related", "stressing", "conditions", "support", "the", "hypothesis", "that", "dysfunctional", "autophagy", "might", "underlie", "the", "process", "leading", "to", "RGC", "death", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "our", "understanding", "of", "the", "role", "of", "autophagy", "in", "glaucoma", "is", "still", "developing", ",", "there", "is", "the", "possibility", "that", "neuroprotection", "may", "be", "achieved", "by", "modulating", "autophagy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "would", "be", "a", "promising", "approach", "as", "it", "could", "lead", "to", "the", "much", "-", "sought", "development", "of", "alternative", "therapeutic", "strategies", "to", "prevent", "visual", "loss", "in", "glaucoma", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]