Datasets:
jackkuo
/
LLM-Ribozyme-Kinetics-Golden-Benchmark

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
Ribozyme
stringlengths
2
37
Organism
stringclasses
56 values
Variable_reactant
stringlengths
2
100
⌀
Kobs
stringlengths
1
19
⌀
Unit_Kobs
stringclasses
11 values
km
stringclasses
287 values
Unit_Km
stringclasses
11 values
kcat
stringclasses
262 values
Unit_Kcat
stringclasses
9 values
km_kcat
stringlengths
1
16
⌀
Unit_Kcat/Km
stringclasses
30 values
Kcleav
stringclasses
52 values
Unit_Kcleav
stringclasses
3 values
Commentary[Temp]
stringclasses
29 values
Commentary[pH]
stringclasses
34 values
Commentary[Mutant]
stringlengths
2
89
⌀
Commentary[Others]
stringlengths
3
94
⌀
pubmed_id
stringclasses
164 values
Source
stringclasses
4 values
DRD32
NA
all-RNA substrat
1.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
Chimeric DNA/RNA
25 mM MgSO4
7506830
Table
R32
NA
all-RNA substrat
11
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
WT
25 mM MnCl2
7506830
Table
DRD32
NA
all-RNA substrat
19
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
Chimeric DNA/RNA
25 mM MnCl2
7506830
Table
R32
NA
all-RNA substrat
~0
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
WT
25 mM CdCl2
7506830
Table
DRD32
NA
all-RNA substrat
<0.038
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
Chimeric DNA/RNA
25 mM CdCl2
7506830
Table
R32
NA
all-RNA substrat
0.074
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
WT
25 mM CaCl2
7506830
Table
DRD32
NA
all-RNA substrat
0.13
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
Chimeric DNA/RNA
25 mM CaCl2
7506830
Table
R32
NA
all-RNA substrat
<0.017
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
WT
25 mM SrCl2
7506830
Table
DRD32
NA
all-RNA substrat
~0
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
Chimeric DNA/RNA
25 mM SrCl2
7506830
Table
R32
NA
all-RNA substrat
~0
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
WT
25 mM BaCl2
7506830
Table
DRD32
NA
all-RNA substrat
~0
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7
Chimeric DNA/RNA
25 mM BaCl2
7506830
Table
R32
NA
all-RNA substrat
NA
NA
NA
NA
18
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
>100 mM MgCl2
7506830
Text
DRD32
NA
all-RNA substrat
NA
NA
NA
NA
>100
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
8
Chimeric DNA/RNA
>1 M MgCl2
7506830
Text
R3
NA
S8
NA
NA
NA
NA
NA
NA
<1 × 10^-6
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
R3
NA
S10
NA
NA
NA
NA
NA
NA
<1 × 10^-6
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
R3
NA
S11
NA
NA
NA
NA
NA
NA
2.6 × 10^-6
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
R3
NA
S12
NA
NA
NA
NA
NA
NA
170 × 10^-6
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
R3
NA
S13
NA
NA
NA
NA
NA
NA
211 × 10^-6
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
R3
NA
S14
NA
NA
NA
NA
NA
NA
250 × 10^-6
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
R3
NA
S17
NA
NA
NA
NA
NA
NA
100 × 10^-6
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
R1
NA
Pit1-950
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.3 × 10^-1
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
R2
NA
Pit1-950
NA
NA
NA
NA
NA
NA
30 × 10^-1
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
R4
NA
Pit1-950
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.1 × 10^-1
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
R3
NA
Pit1-950
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20 × 10^-1
nM^-1min^-1
NA
NA
37°C
NA
NA
NA
7510389
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNA
NA
NA
12
nM
0.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAΔA
NA
NA
48
nM
0.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAΔCA
NA
NA
180
nM
1
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAΔCCA
NA
NA
350
nM
2.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNACAA
NA
NA
380
nM
4.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNACGA
NA
NA
510
nM
3
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNACUA
NA
NA
360
nM
5.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAACA
NA
NA
400
nM
3.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAGCA
NA
NA
370
nM
2.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAUCA
NA
NA
180
nM
3.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAGGA
NA
NA
180
nM
0.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNA
NA
NA
19
nM
0.05
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAΔA
NA
NA
11
nM
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAΔCA
NA
NA
71
nM
1.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAΔCCA
NA
NA
160
nM
5
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNACAA
NA
NA
100
nM
3.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNACGA
NA
NA
70
nM
0.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNACUA
NA
NA
50
nM
1.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAACA
NA
NA
120
nM
3.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAGCA
NA
NA
110
nM
3
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAUCA
NA
NA
180
nM
6.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAGGA
NA
NA
60
nM
0.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNA
NA
NA
11
nM
0.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAΔA
NA
NA
30
nM
2.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAΔCA
NA
NA
330
nM
7.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAΔCCA
NA
NA
710
nM
10
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNACAA
NA
NA
690
nM
21
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNACUA
NA
NA
520
nM
18
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAACA
NA
NA
1130
nM
11
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAGCA
NA
NA
510
nM
5.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAUCA
NA
NA
330
nM
4.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
1 M NH4+, 25 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNA
NA
NA
15
nM
0.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAΔA
NA
NA
20
nM
1.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAΔCA
NA
NA
50
nM
5.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAΔCCA
NA
NA
160
nM
15
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNACAA
NA
NA
90
nM
13
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNACUA
NA
NA
80
nM
11
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAACA
NA
NA
170
nM
11
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAGCA
NA
NA
130
nM
8.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAUCA
NA
NA
150
nM
9.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Thermotoga maritima
tRNA
NA
NA
17
nM
0.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
50°C
8
WT
3 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Thermotoga maritima
tRNAΔA
NA
NA
75
nM
2
min^-1
NA
NA
NA
NA
50°C
8
WT
3 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Thermotoga maritima
tRNAΔCA
NA
NA
370
nM
12
min^-1
NA
NA
NA
NA
50°C
8
WT
3 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Thermotoga maritima
tRNAΔCCA
NA
NA
970
nM
27
min^-1
NA
NA
NA
NA
50°C
8
WT
3 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Thermotoga maritima
tRNACAA
NA
NA
540
nM
15
min^-1
NA
NA
NA
NA
50°C
8
WT
3 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Thermotoga maritima
tRNACUA
NA
NA
770
nM
23
min^-1
NA
NA
NA
NA
50°C
8
WT
3 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Thermotoga maritima
tRNAACA
NA
NA
370
nM
2.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
50°C
8
WT
3 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Thermotoga maritima
tRNAGCA
NA
NA
820
nM
3.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
50°C
8
WT
3 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
RNase P RNA
Thermotoga maritima
tRNAUCA
NA
NA
290
nM
5.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
50°C
8
WT
3 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
Phenylazide attached RNase P RNA
Escherichia coli
tRNA
NA
NA
36
nM
0.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
Phenylazide attached RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAΔA
NA
NA
27
nM
0.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
Phenylazide attached RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAΔCA
NA
NA
25
nM
0.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
Phenylazide attached RNase P RNA
Escherichia coli
tRNAΔCCA
NA
NA
61
nM
1.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
Phenylazide attached RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNA
NA
NA
21
nM
0.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
Phenylazide attached RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAΔA
NA
NA
45
nM
2.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
Phenylazide attached RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAΔCA
NA
NA
42
nM
4.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
Phenylazide attached RNase P RNA
Bacillus subtilis
tRNAΔCCA
NA
NA
28
nM
3.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
2 M NH4+, 50 mM Mg2+
7524035
Table
Hammerhead RNA Complex
NA
NA
NA
NA
51
nM
1.5
min^-1
0.03
nM^-1 min^-1
NA
NA
25°C
7.5
WT
10 mM Mg^2+
7524667
Table
Hammerhead RNA Complex
NA
NA
NA
NA
11
nM
0.13
min^-1
0.012
nM^-1 min^-1
NA
NA
25°C
7.5
G8araG
10 mM Mg^2+
7524667
Table
Hammerhead RNA Complex
NA
NA
NA
NA
40
nM
0.22
min^-1
0.0055
nM^-1 min^-1
NA
NA
25°C
7.5
G12araG
10 mM Mg^2+
7524667
Table
L-8 HH
Anabaena PCC7120
pCUUAAAAA
NA
NA
15
µM
6.3
min^-1
4 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
32°C
7.5
NA
2 mM guanosine ,15 mM MgCl2
7527660
Text
L-8 EarI
Anabaena PCC7120
pCUUAAAAA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
32°C
7.5
NA
2 mM guanosine ,15 mM MgCl2
7527660
Text
L-8 HH
Anabaena PCC7120
pCUUAAAAA
NA
NA
480
µM
4
min^-1
~1 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
32°C
7.5
NA
15 mM MgCl2, 2 mM guanosine
7527660
Table
L-8 HH
Anabaena PCC7120
pCUUAAAAA
NA
NA
15
µM
4
min^-1
2.9 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
32°C
7.5
NA
15 mM MgCl2,S
7527660
Table
L-8 HH
Anabaena PCC7120
S
NA
NA
15
µM
3.3 × 10^-3
min^-1
1.7 × 10^2
M^-1 min^-1
NA
NA
32°C
7.5
NA
2 mM guanosine 15 mM MgCl2
7527660
Table
L-8 HH
Anabaena PCC7120
S
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.15 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
32°C
7.5
NA
15 mM MgCl2.
7527660
Table
L-8 HH
Anabaena PCC7120
S_thio
NA
NA
NA
NA
NA
NA
2.5 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
32°C
7.5
NA
2 mM guanosine,15 mM MgCl2.
7527660
Table
L-8 HH
Anabaena PCC7120
RNA substrate
2.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
32°C
7.5
NA
75 μM L-8 HH, 2 mM guanosine
7527660
Table
L-8 HH
Anabaena PCC7120
RNA substrate
0.42
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
32°C
7.5
NA
75 μM L-8 HH,
7527660
Table
L-8 HH
Anabaena PCC7120
RNA substrate
0.069
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
32°C
7.5
NA
75 μM × 200 dilution L-8 HH, 2 mM guanosine
7527660
Table
L-8 HH
Anabaena PCC7120
RNA substrate
0.007
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
32°C
7.5
NA
75 μM × 200 dilution L-8 HH,
7527660
Table
Tetrahymena
Tetrahymena
pCCCUCUAAAAA
NA
NA
90
µM
25
min^-1
~3 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
30°C
7
NA
10 mM MgCl2,pG
7527660
Table
L-8 HH
Anabaena
S
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.1 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
32°C
7.5
NA
15 mM MgCl2.,add G
7527660
Table
L-8 HH
Anabaena
S_thio
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.07 × 10^7
M^-1 min^-1
NA
NA
32°C
7.5
NA
15 mM MgCl2.
7527660
Table
Hairpin
Tobacco ringspot virus
NA
NA
NA
0.08
µM
0.21
min^-1
1
1
NA
NA
37°C
7.5
WT
10 mM MgCl2, 40 mM Tris·HCl
7535099
Table
Hairpin
Tobacco ringspot virus
I at SG+1
NA
NA
NA
NA
<0.0002
min^-1
NA
1
NA
NA
37°C
7.5
SG+1 to I
10 mM MgCl2, 40 mM Tris·HCl
7535099
Table