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資料下載狀態(更新 2026-07-04)

路徑:/workdir/zl843/subcellular_localization/data/(總計 ~141MB)

✅ 定位標籤

檔案	筆數	用途
DeepLoc/Swissprot_Train_Validation_dataset.csv	28,304	標準 benchmark(含 Partition=同源感知 CV、Kingdom 欄)
DeepLoc/hpa_testset.csv	1,718	DeepLoc 獨立測試集
HPA/subcellular_location.tsv	13,148	人類定位(L1 跨界泛化,Fig 2b)
cropPAL/cropPAL2020_localisations_18_8_20.csv	~	作物實驗定位;欄:id,source(gfp/ms),locus(Zm00001d..._P###),taxaid,paper,location
SUBA5/18_8_2022_suba5_FP.csv		擬南芥螢光定位;locus=AT#####.#(isoform 級)
SUBA5/18_8_2022_suba5_MSMS.csv		擬南芥質譜定位
SUBA5/19_8_2022_suba5_summary.csv		擬南芥 consensus

✅ UniProt 三界訓練語料(統一 12 欄:含 sequence + 定位 + 訊號肽/轉運肽/TM 位置 + lineage)

檔案	筆數	界
UniProt/uniprot_metazoa_33208_reviewed_full.tsv.gz	110,692	動物(4,982 物種:人/鼠/大鼠/牛/線蟲/果蠅/斑馬魚…)
UniProt/uniprot_fungi_4751_reviewed_full.tsv.gz	38,334	真菌
UniProt/uniprot_viridiplantae_33090_reviewed_full.tsv.gz	42,097	植物(含玉米)

欄位:Entry, Entry Name, Protein names, Sequence, Subcellular location[CC], Transit peptide, Signal peptide, Transmembrane, Peptide, Organism, Organism(ID), Lineage。 用 Subcellular location[CC] 內的 ECO:0000269 過濾實驗證據;Transit/Signal/Transmembrane 欄提供輔助頭(切割位點/訊號類型/TM)的位置標籤 + 負樣本。

✅ 序列(含 isoform,ID 對得上標籤)

檔案	條數	對應
sequences/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa.gz	48,321	SUBA AT#####.#
sequences/Zea_mays.B73_RefGen_v4.pep.all.fa.gz	131,585	cropPAL Zm00001d..._P###

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1. Backbone 權重(算 embedding 前):ESMC-600M、ProtT5-XL、SaProt — HuggingFace。
2. 文獻黃金 isoform 對(Fig 3 IsoLoc):THI1/APS/PPO/DMP1/aaRS — 手動策展。
3. PPDB(質體亞區,Cornell):http://ppdb.tc.cornell.edu/
4. PeptideAtlas N-terminomics(Fig5 切割位點):https://peptideatlas.org/
5. 結構/3Di(SaProt 通道,選配):AFDB 擬南芥+玉米。
6. NAM/pan-Zea 基因體(Fig6,最後):MaizeGDB / CyVerse。

備註

• Ensembl Plants 用 EBI 鏡像 ftp.ebi.ac.uk/ensemblgenomes(ftp.ensemblgenomes.org 憑證失效)。玉米 v4 在 release-50。
• cropPAL/SUBA 走 UWA repository,有 Cloudflare,需瀏覽器手動下(已完成)。