| # 資料下載狀態(更新 2026-07-04) |
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| 路徑:`/workdir/zl843/subcellular_localization/data/`(總計 ~141MB) |
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| ## ✅ 定位標籤 |
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| | 檔案 | 筆數 | 用途 | |
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| | `DeepLoc/Swissprot_Train_Validation_dataset.csv` | 28,304 | 標準 benchmark(含 `Partition`=同源感知 CV、`Kingdom` 欄) | |
| | `DeepLoc/hpa_testset.csv` | 1,718 | DeepLoc 獨立測試集 | |
| | `HPA/subcellular_location.tsv` | 13,148 | 人類定位(L1 跨界泛化,Fig 2b) | |
| | `cropPAL/cropPAL2020_localisations_18_8_20.csv` | ~ | 作物實驗定位;欄:id,source(gfp/ms),locus(`Zm00001d..._P###`),taxaid,paper,location | |
| | `SUBA5/18_8_2022_suba5_FP.csv` | | 擬南芥螢光定位;locus=`AT#####.#`(isoform 級) | |
| | `SUBA5/18_8_2022_suba5_MSMS.csv` | | 擬南芥質譜定位 | |
| | `SUBA5/19_8_2022_suba5_summary.csv` | | 擬南芥 consensus | |
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| ## ✅ UniProt 三界訓練語料(統一 12 欄:含 sequence + 定位 + 訊號肽/轉運肽/TM 位置 + lineage) |
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| | 檔案 | 筆數 | 界 | |
| |---|---|---| |
| | `UniProt/uniprot_metazoa_33208_reviewed_full.tsv.gz` | 110,692 | 動物(4,982 物種:人/鼠/大鼠/牛/線蟲/果蠅/斑馬魚…) | |
| | `UniProt/uniprot_fungi_4751_reviewed_full.tsv.gz` | 38,334 | 真菌 | |
| | `UniProt/uniprot_viridiplantae_33090_reviewed_full.tsv.gz` | 42,097 | 植物(含玉米) | |
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| > 欄位:Entry, Entry Name, Protein names, Sequence, Subcellular location[CC], Transit peptide, Signal peptide, Transmembrane, Peptide, Organism, Organism(ID), Lineage。 |
| > 用 `Subcellular location[CC]` 內的 `ECO:0000269` 過濾實驗證據;`Transit/Signal/Transmembrane` 欄提供輔助頭(切割位點/訊號類型/TM)的位置標籤 + 負樣本。 |
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| ## ✅ 序列(含 isoform,ID 對得上標籤) |
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| | 檔案 | 條數 | 對應 | |
| |---|---|---| |
| | `sequences/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa.gz` | 48,321 | SUBA `AT#####.#` | |
| | `sequences/Zea_mays.B73_RefGen_v4.pep.all.fa.gz` | 131,585 | cropPAL `Zm00001d..._P###` | |
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| ## ⏳ 尚未下載(後續階段) |
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| 1. **Backbone 權重**(算 embedding 前):ESMC-600M、ProtT5-XL、SaProt — HuggingFace。 |
| 2. **文獻黃金 isoform 對**(Fig 3 IsoLoc):THI1/APS/PPO/DMP1/aaRS — 手動策展。 |
| 3. **PPDB**(質體亞區,Cornell):http://ppdb.tc.cornell.edu/ |
| 4. **PeptideAtlas N-terminomics**(Fig5 切割位點):https://peptideatlas.org/ |
| 5. **結構/3Di**(SaProt 通道,選配):AFDB 擬南芥+玉米。 |
| 6. **NAM/pan-Zea 基因體**(Fig6,最後):MaizeGDB / CyVerse。 |
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| ## 備註 |
| - Ensembl Plants 用 EBI 鏡像 `ftp.ebi.ac.uk/ensemblgenomes`(`ftp.ensemblgenomes.org` 憑證失效)。玉米 v4 在 release-50。 |
| - cropPAL/SUBA 走 UWA repository,有 Cloudflare,需瀏覽器手動下(已完成)。 |
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