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Polynucléaires neutrophiles, cellules stromales, lymphocytes B : interaction tripartite dans la niche des lymphomes B Murielle Grégoire To cite this version : Murielle Grégoire. Polynucléaires neutrophiles, cellules stromales, lymphocytes B : interaction tri- partite dans la niche des lymphomes B. Cancer. Université Rennes 1, 2014. Français. NNT : 2014REN1S156. tel-01417799 HAL Id : tel-01417799 Submitted on 16 Dec 2016 HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci- entific research documents, whether they are pub- lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers. L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d'enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés. ANNÉE 2014 THÈSE / UNIVERSITÉ DE RENNES 1 sous le sceau de l'Université Européenne de Bretagne pour le grade de DOCTEUR DE L'UNIVERSITÉ DE RENNES 1 Mention : Biologie Ecole doctorale Vie-Agro-Santé présentée par Murielle GREGOIRE Préparée à l'unité de recherche INSERM U917, Rennes Unité Mixte de Recherche U917 Microenvironnement et Cancer UFR Sciences de la Vie et de l'Environnement Polynucléaires neutrophiles, cellules stromales, lymphocytes B : interaction tripartite dans la niche des lymphomes B Thèse soutenue à Rennes le 15 décembre 2014 devant le jury composé de : Gibert SEMANA PU-PH Université de Rennes 1 / président Yves DELNESTE Directeur de Recherche Université d'Angers / rapporteur Coralie SENGENES Chargée de Recherche INSERM / rapporteur Michel COGNE PU-PH Université de Limoges / examinateur Jean-Marc TADIE MCU-PH Université de Rennes 1 / examinateur Karin TARTE PU-PH Université de Rennes 1 / directrice de thèse REMERCIEMENTS Je remercie en premier lieu ma directrice de thèse, le Professeur Karin TARTE. Je tiens à te témoigner ma profonde reconnaissance pour ta disponibilité et ta confiance. Merci d'avoir cru en moi et de m'avoir soutenu tout au long de ces quatre années. Tu m'auras permis de reprendre confiance en moi petit à petit. Je remercie le Professeur Gilbert SEMANA d'avoir accepté de présider ce jury de thèse, le Docteur Yves DELNESTE et le Docteur Coralie SENGENES pour l'honneur qu'ils me font en acceptant de juger ce travail et je leur exprime ma plus grande reconnaissance pour leurs lectures critiques de ce manuscrit. Mes remerciements vont également au Professeur Michel COGNE et au Docteur Jean- Marc TADIE pour leur participation à ce jury de thèse. Fabien, merci de m'avoir pris sous ton aile à mon arrivée au laboratoire et surtout de m'avoir appris toutes les subtilités du polynucléaire neutrophile. Nicolas, merci pour tes idées et les discussions scientifiques mais surtout pour tout ces bons moments passés en ta compagnie, tu m'auras bien fait rire le temps de ton passage au labo. Merci d'avoir toujours été présent. Les techos : Yoni, Rachel, Laurent, Hélène, Pauline, Céline M et Marion. Le mouton noir vous remercie de lui avoir permis de rentrer dans votre club très select. Merci pour toutes ces soirées inoubliables. Vous êtes mes chouchous. Merci à toi ma petite Morgane qui m'aura bien aidé pendant quelques mois. Merci pour ton efficacité et surtout ta bonne humeur. Claire, ma Clacla, ma collègue de bureau, je ne me serais même pas aperçu de ton départ, mais tu vas vraiment me manquer, surtout tes soupirs. Audrey, ou Laure pour les intimes, merci pour les litres de sang que tu m'auras fourni. Hannah, Jan, Shubham et Katy les petits , Thank you for your support and kindness and for allowing me to progress my English language ! Les anciens thésards : Guerric, Jérôme et Mourad. Les mecs, je vous remercie pour les bonnes blagues et pour le club des méchants (qui a disparu). Sans oublier ma ptite Gallounette cendrée ! Que de bons moments passés avec toi dans le petit P2 des filles (je te rassure tout est clean). Merci à toi pour ta présence, proche ou lointaine, tout au long de ces quatre années. Fred, mon grand frère au labo. Merci d'avoir toujours été là pour moi. Merci pour tes conseils tant professionnels que personnels mais surtout un grand merci pour tes Mourcinades qui me font toujours autant rire. Rada, ma muse. Merci d'avoir été présente dans mes moments de doutes, l'œil du tigre ma Brenda ! Patricia, qui m'aura appris la cytométrie sur un coin de paillasse mais qui fut tout de même efficace. Je te remercie pour les nombreux fous rires en salle détente, mais surtout pour tes conseils et ton oreille attentive. Céline D, je te remercie pour ta grande gentillesse et tout tes conseils qui m'auront permis d'avancer tout au long de cette thèse. Je remercie Gersende La Grande Combe pour tout ces conseils de cytométrie et son œil avisé ! Ma maman du labo, merci d'avoir été présente et de m'avoir écouté quand j'en avais besoin. Rémy, merci pour tout tes conseils, et de ton soutien, mais c'est bon j'y suis arrivée. Céline P, merci pour ta patience et ton efficacité à répondre à mes questions aussi rapidement. Tu es la meilleure ! Maud et Amandine, mes nouvelles collègues de bureau, merci pour votre bonne humeur et votre présence. Jolle, merci de m'avoir dépanné à chaque fois que j'en avais besoin mais surtout pour ta gentillesse. Cédric, pour tes compétences scientifiques mais surtout pour ton humour décalé. Malle du SITI, Nadège du SITI et Isabelle du SITI, ma banque de secours de cellules, vous m'avez fait gagner un temps précieux durant ces derniers mois ! Je vous remercie pour tout. Fabrice, pour ta gentillesse et ta bonne humeur, travailler avec toi fut un plaisir et ce n'est que le début. Tony, merci pour ta gentillesse et tes compliments qui arrivent toujours à nous faire sourire, vivement ton retour. Charles, Charly Potter, merci de m'avoir accepté dans ton bureau, je n'ai plus personne pour aller prendre un thé l'après-midi maintenant. Je salue ton calme à toutes épreuves qui m'aura apaisé durant cette phase de rédaction. Julie et Stéphane, je vous remercie pour votre gentillesse et votre bonne humeur. Mais surtout je tiens à remercier ma famille, qui a toujours cru en moi et m'a permis d'y arriver. Sans vous je n'aurais pas pu être là o j'en suis maintenant. Je ne saurais vous remercier à votre juste valeur, vous avez fait tant de choses pour moi. Je ne peux que vous dire merci. Et oui Papa, j'ai bien serré la main à mes petites bêtes de ta part. TABLE DES MATIERES TABLE DES MATIERES - 1 - TABLE DES MATIERES - 2 - TABLE DES MATIERES TABLE DES MATIERES facteurs de impliqués dans la la cellule souche aux transcription et cytokines Table des illustrations. . 7 Liste des Figures. . 9 Liste des Tableaux . 10 Liste des abréviations. . 11 Introduction. . 15 Chapitre 1. Les polynucléaires neutrophiles : rôles dans le contexte sain et tumoral. . 17 I. Différenciation des polynucléaires neutrophiles : de polynucléaires neutrophiles matures. . 17 A. Stades de différenciation. . 17 B. Les principaux différenciation des polynucléaires neutrophiles. . 18 II. Acquisition et composition des granules. . 20 A. Granules azurophiles. . 21 B. Granules spécifiques. . 22 C. Granules gélatinases. . 22 D. Vésicules de sécrétion. . 22 III. Migration des polynucléaires neutrophiles. . 23 A. Rétention des polynucléaires neutrophiles dans la moelle osseuse et sortie de la moelle. . 23 B. Migration des polynucléaires neutrophiles au site de l'inflammation. . 24 C. Migration des polynucléaires neutrophiles dans les ganglions lymphatiques. . 25 D. Retour à la moelle. . 26 IV. Apoptose et survie des polynucléaires neutrophiles. . 26 A. Changements morphologiques des polynucléaires neutrophiles durant l'apoptose. 27 B. Apoptose des polynucléaires neutrophiles. . 27 C. Phagocytose des polynucléaires neutrophiles par les macrophages. . 28 D. Prolongation de la survie des polynucléaires neutrophiles. . 29 - 3 - TABLE DES MATIERES V. Fonctions des polynucléaires neutrophiles. . 31 A. Rôle dans l'immunité innée et adaptative. . 31 1. Rôle antibactérien. . 31 2. Présentation de l'antigène. . 32 B. Rôle des polynucléaires neutrophiles dans les cancers. . 35 1. Origine des TANs. . 35 2. Recrutement des polynucléaires neutrophiles dans les tumeurs. . 36 3. Activation des polynucléaires neutrophiles. . 38 a) Cytokines impliquées dans l'activation des polynucléaires neutrophiles. . 39 b) Rôle des TAN1 : destruction tumorale. . 41 (1) Cytotoxicité des polynucléaires neutrophiles. . 41 (2) Cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps. . 41 (3) Présentation de l'antigène. . 42 c) Rôle des TAN2 : promotion tumorale. . 43 (1) Inhibition de la réponse immunitaire anti-tumorale. . 43 Initiation de la tumeur. . 44 (2) (3) Croissance et progression tumorale. . 45 (4) Dissémination des cellules cancéreuses. . 46 d) Survie des polynucléaires neutrophiles dans l'environnement tumoral. . 48 Chapitre 2. Microenvironnement et lymphomes B. . 49 I. Lymphomes B. . 49 A. Origine des lymphomes B. . 49 B. Différenciation des lymphocytes B T-dépendante. . 50 1. Structure du ganglion lymphatique. . 50 2. Entrée des cellules dans les ganglions lymphatiques. . 52 3. Le signal BCR. . 52 4. Le contact avec les lymphocytes T CD4 . . 53 5. Réaction du centre germinatif. . 54 II. Le lymphome folliculaire. . 56 - 4 - TABLE DES MATIERES A. Caractéristiques du lymphome folliculaire. . 56 B. Niche tumorale de soutien du lymphome folliculaire. . 59 1. Niche ganglionnaire. . 59 a) Les cellules stromales. . 59 b) Les lymphocytes T CD4 . . 60 c) Les cellules myéloïdes. . 61 d) Action des lymphocytes B tumoraux sur les cellules du microenvironnement. 63 2. Niche médullaire du FL. . 64 III. Le DLBCL. . 65 Chapitre 3. Vers un rôle des polynucléaires neutrophiles dans la lymphomagenèse B ? . 67 Interactions entre les polynucléaires neutrophiles et les lymphocytes B. . 67 I. A. Rôle des protéines BAFF et APRIL dans le développement des lymphocytes B. . 67 B. Production des protéines BAFF et APRIL par les polynucléaires neutrophiles. . 70 Interactions des polynucléaires neutrophiles et des lymphocytes B normaux. . 71 C. 1. Stimulation de la diversification et de la production des immunoglobulines dans la zone marginale de la rate. . 71 2. Formation de la niche plasmocytaire dans la moelle et les muqueuses. . 73 D. pathologique. . 74 1. Maladies auto-immunes : exemple du lupus. . 74 2. Néoplasies à lymphocytes B. . 75 a) Le myélome multiple. . 75 b) Le DLBCL. . 76 IV. progression tumorale. . 77 Objectifs. . 81 Résultats. . 85 Discussion et Perspectives. . 195 Références Bibliographiques. . 209 Interactions entre les cellules stromales et les polynucléaires neutrophiles dans la Interaction des polynucléaires neutrophiles et des lymphocytes B dans un contexte - 5 - TABLE DES MATIERES - 6 - Table des illustrations. TABLE DES ILLUSTRATIONS TABLE DES ILLUSTRATIONS TABLE DES ILLUSTRATIONS Liste des Figures. Figure 1. Différenciation des polynucléaires neutrophiles. Figure 2. Facteurs de transcription intervenant dans la différenciation des polynucléaires neutrophiles. Formation des granules lors de la différenciation des polynucléaires neutrophiles. Figure 3. la survie des Figure 4. Migration des polynucléaires neutrophiles. Figure 5. Principales voies moléculaires polynucléaires neutrophiles. Arsenal antimicrobien des polynucléaires neutrophiles. intervenant dans Figure 6. Figure 7. Rôle des polynucléaires neutrophiles dans l'immunité adaptative : fonction de CPA. Figure 8. Recrutement des polynucléaires neutrophiles dans les tumeurs. Figure 9. Figure 10. Rôle des tumor associated netrophils 1 (TAN1) dans l'élimination des Activation des polynucléaires neutrophiles. cellules tumorales. Figure 11. Mécanismes impliqués dans la progression tumorale induite par les polynucléaires neutrophiles. Figure 12. Structure du ganglion lymphatique. Figure 13. Différenciation des lymphocytes B T-dépendante. Figure 14. Activité pro-tumorale du microenvironnement cellulaire. Figure 15. Rôle direct des lymphocytes B malins sur leur environnement tumoral. Figure 16. Les protéines BAFF et APRIL et leurs récepteurs. Figure 17. Mécanismes régulant la production et le relargage de la protéine BAFF. Figure 18. Formation de la niche plasmocytaire dans les muqueuses. Figure 19. Analyse de l'envahissement médullaire de lymphome folliculaire. Figure 20. Analyse de la présence de polynucléaires neutrophiles au sein des infiltrats médullaires. - 9 - TABLE DES ILLUSTRATIONS TABLE DES ILLUSTRATIONS Liste des Tableaux Tableau 1. Caractéristiques cliniques et phénotypiques des principaux lymphomes B issus du centre germinatif. Tableau 2. Anomalies génétiques additionnelles nécessaires au processus de lymphomagenèse. - 10 - LISTE DES ABREVIATIONS Liste des abréviations. LISTE DES ABREVIATIONS - 11 - LISTE DES ABREVIATIONS - 12 - LISTE DES ABREVIATIONS Liste des Abréviations A ABC : ATP-binding cassette ABC-DLBCL : activated B- cell DLBCL ADCC : antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity AID : activation induced desaminase APAF-1 : apoptotic protease activating factor 1 APRIL : a proliferation- inducing ligand B B7-H3 : B7 homolog-3 BAFF : B-cell activating factor BAFF-R : BAFF receptor Bcl-2 : B-cell leukemia protein-2 BCMA : B cell maturation antigen BCR : B-cell receptor C CAF : cancer-associated fibroblast CDK : cyclin-dependent kinase CFA : complete Freund's adjuvant CFLAR : caspase 8 and Fas-associated via death domain-like apoptosis regulator CMH II : complexe majeur d'histocompatibilité de classe II CPA : cellule présentatrice de l'antigène CSH : cellule souche hématopoïétique CSM : cellule stromale mésenchymateuse CXCL : chemokine (C-X-C motif) ligand CXCR : C-X-C receptor D DC-SIGN : dendritic cell- specific intercellular adhesion molecule-3- gabbing non-integrin DLBCL : diffuse large B-cell lymphoma E EGF : epidermal growth Factor ERK : extracellular signal- regulated kinases F Fc-R : Fc receptor FDC : follicular dendritc cell FL : lymphome folliculaire fMLP : formyl-methionyl- leucyl-phenylalanine FRC : fibroblastic reticular cell - 13 - G G-CSF : granulocyte-colony stimulating factor G-MDSC : granulocytic MDSC GC : centre germinatif GC-DLBCL : germinal centre B-cell like DLBCL GM-CSF : granulocyte- macrophage colony- stimulating factor Grb2 : growth factor receptor-biding protein-2 H HEV : high endothelial venule HGF : hepatocyte growth factor HIF-1 : hypoxia-inducible factor-1 alpha I IAP : inhibitor or apoptosis protein ICAM-1 : intercellular adhesion molecule-1 IDO : indoléamine-2, 3 dioxygénase IFN- : Interféron- IGF-1 : insulin-like growth factor-1 IKK : I kappa B kinase alpha LISTE DES ABREVIATIONS IL-6R : IL-6 Receptor ILC2 : innate lymphoid cells type 2 iNOS : inducible nitric oxide synthase IRS-1 : insulin receptor substrate-1 J JAK2 : Janus kinase 2 L LED : lupus érythémateux disséminé LFA-1 : lymphocyte function- associated antigen-1 LLC : leucémies lymphoïdes chroniques M M-CSF : macrophage colony-stimulating factor M-MDSC : monocytic MDSC MDR1 : multidrug resistance protein 1 MDSC : myeloid derived suppressor cell MIF : macrophage migration inhibitory factor MIP-1 : macrophage inflammatory protein-1 MMP : métalloprotéases matricielles MPO : myélopéroxydase N NBH : B-cell helper neutrophils NE : neutrophil elastase NET : neutrophil extracellular trap NF-AT : nuclear factor of ativated T-cells NF-B : nuclear factor-B NGAL : neutrophil gelatinase-associated lipocalin O OLS : organes lymphoïdes secondaires P PCNA : proliferating cell nuclear antigen PD-1 : programmed death-1 PD-L1 : programmed death- ligand 1 PGM : progéniteur granulocyte-macrophage PI3K : phosphatidyl-inositol- 3 kinase PKB : protein kinase B PLC : progéniteur lymphoïde commun PLC2 : phospholipase C gamma 2 PM : progéniteur multipotent PMC : progéniteur myéloïde commun PME : progéniteur mégacaryocyte-érythrocyte R RAG : recombination- activating genes - 14 - ROS : reactive oxygen species S SGK : serum / glucocorticoid-regulated kinase STAT3 : signal transducer and activator of transcription 3 T TACI : transmembrane activator and calcium modulator and cyclophilin ligand interactor TAM : tumor associated macrophage TAN : tumor associated neutrophil TCR : T Cell Receptor TLR4 : toll-Like Receptor 4 TNF- : tumor necrosis factor-alpha TNFAIP8 : tumor necrosis factor -induced protein 8 TNFR : TNF receptor TNFSF13B : TNF (ligand) superfamily member 13B TRAIL-R : TRAIL receptor V VCAM-1 : vascular cell adhesion molecule-1 VEGF : vascular endothelial growth factor VLA-4 : very late antigen-4 Introduction. INTRODUCTION INTRODUCTION - 15 - INTRODUCTION - 16 - INTRODUCTION Chapitre 1. Les polynucléaires neutrophiles : rôles dans le contexte sain et tumoral. Les polynucléaires neutrophiles sont des cellules jouant un rôle majeur dans l'immunité innée et sont considérés comme des cellules effectrices exerçant une activité antimicrobienne. Les polynucléaires neutrophiles ont également été décrits comme des cellules présentatrices de l'antigène (CPAs) capables d'induire une réponse immunitaire. Différenciation des polynucléaires neutrophiles : de la cellule souche I. aux polynucléaires neutrophiles matures. A. Stades de différenciation. La différenciation des polynucléaires neutrophiles ou granulopoïèse intervient dans la moelle osseuse sur une période de 10 à 14 jours. Elle débute à partir d'une cellule souche hématopoïétique (CSH) qui se différencie en un progéniteur multipotent (PM) qui lui même donnera soit les progéniteurs lymphoïdes communs (PLCs) soit les progéniteurs myéloïdes communs (PMCs). Les PMCs ont la capacité de se développer en progéniteurs mégacaryocytes-érythrocytes (PMEs), et en progéniteurs granulocytes-macrophages (PGMs). Ces derniers vont poursuivre leur différenciation en passant successivement par les stades myéloblaste, promyélocyte, myélocyte puis métamyélocyte avant de donner les polynucléaires neutrophiles matures (Bjerregaard, 2003) (Figure 1). Figure 1. Différenciation des polynucléaires neutrophiles. Dans la moelle osseuse, la cellule souche hématopoïétique (CSH) produit le progéniteur multipotent (PM) donne naissance au progéniteur myéloïde commun (PMC). Ce PMC poursuit sa différenciation en progéniteur granulocyte- macrophage (PGM) puis en myéloblaste, promyélocyte, myélocyte puis métamyélocyte pour donner un polynucléaire neutrophile mature. D'après Rosenbauer & Tenen, 2007. - 17 - INTRODUCTION B. Les principaux facteurs de transcription et cytokines impliqués dans la différenciation des polynucléaires neutrophiles. La différenciation des polynucléaires neutrophiles est orchestrée par un petit nombre de facteur de transcription finement régulé mais également par des cytokines. Dans un premier temps, le facteur de transcription PU. 1 met en place le réseau transcriptionnel myéloïde, essentiel pour la production des PMCs. Ce facteur de transcription voit son expression augmenter tout au long de tous les stades de différenciation des polynucléaires neutrophiles (Back et al, 2005). PU. 1 est requis pour l'expression optimale des gènes codant des marqueurs précoces tels que la myélopéroxydase (MPO), la protéinase-3, la neutrophil elastase (NE) et le récepteur au macrophage-colony stimulating factor (M-CSF), mais également pour des marqueurs tardifs tels que le toll-like receptor 4 (TLR4) (Bjerregaard, 2003). L'expression du facteur de transcription C/EBP quant à lui, débute au stade PMC, favorisant leur prolifération ainsi que la poursuite de la différenciation des cellules en PGMs. C/EBP joue un rôle dans le cycle cellulaire se traduisant par la stabilisation de la protéine p21 et le recrutement de la protéine rétinoblastoma, qui réprime les activités de E2F et des cyclines-dependent kinase (CDK) 2 et 4 permettant ainsi la poursuite du cycle cellulaire. C/EBP, lors des stades tardifs de la granulopoïèse, participe à l'expression des gènes codant pour la MPO, la NE, le récepteur à l'interleukine-6 (IL-6-R) et le récepteur au granulocyte-colony stimulating factor (G-CSF) (Zhang et al, 1998). L'entrée dans la voie granulocytaire des PGMs est orchestrée par IRF8. En effet, ce facteur de transcription n'est exprimé uniquement que par les cellules hématopoïétiques et plus particulièrement par les CSHs, les lymphocytes B, les cellules dendritiques et les lymphocytes T non activés. L'absence d'IRF8 est donc nécessaire pour permettre l'entrée des PGMs dans la voie granulocytaire (Becker et al, 2012). Les facteurs de transcription GFI1 et C/EBP sont requis lors de la différenciation tardive des polynucléaires neutrophiles à partir du stade promyélocyte. Ces facteurs de transcription jouent un rôle primordial dans la production du contenu des granules. GFI1 intervient également dans l'arrêt de la - 18 - INTRODUCTION prolifération des cellules et participe à l'inhibition de la différenciation des progéniteurs en monocytes/macrophages (Hock et al, 2003). D'autres facteurs de transcription, comme C/EBP-, C/EBP-, C/EBP-, acute myeloid leukemia 1 protein (AML-1) et c-myb, sont différentiellement exprimés au cours de la différenciation des polynucléaires neutrophiles, et induisent notamment l'expression des protéines contenues dans les différents granules (Zhang et al, 1998) (figure 2). La régulation de la granulopoïèse peut être également induite par certaines cytokines. En effet, le G-CSF permet la prolifération, la survie, la maturation et l'activation fonctionnelle des polynucléaires neutrophiles immatures (Ward et al, 1999b). L'action du G-CSF est liée à son interaction avec son récepteur, le G-CSF-R. L'activation de ce récepteur induit son oligomérisation ainsi que sa phosphorylation créant des sites de liaison pour des molécules de signalisation telles que signal transducer and activator of transcription 3 (STAT3) ou encore le complexe SHP2/growth factor receptor biding 2 (Grb2) (Fukunaga et al, 1990 ; Ward et al, 1999a). D'autres protéines peuvent également se lier au récepteur G-CSF-R activé comme Janus kinase 2 (JAK2), qui en se liant au G-CSF-R, induira par la suite l'activation de STAT1, STAT5 et c-Rel (Avalos et al, 1995 ; Tian et al, 1996). Le G- CSF-R peut également activer la phosphatidylinositol-3 kinase (PI3K) qui activera ensuite la voie protein kinase B (PKB)/Akt induisant ainsi la survie et la différenciation des polynucléaires neutrophiles (Hunter & Avalos, 1998). Des travaux sur des modèles murins démontrent que l'absence de G-CSF ou de son récepteur, provoque une diminution du nombre de précurseurs granuleux immatures ainsi que des polynucléaires neutrophiles présents dans la moelle osseuse (Liu et al, 1996). En revanche, des stimulations par d'autres cytokines peuvent compenser la perte d'activité de G-CSF-R. En effet, l'IL-3 ou encore le granulocyte-macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF) jouent des rôles dans le développement des cellules granulocytiques via des signaux déclenchés par la chane leurs récepteurs spécifiques. - 19 - INTRODUCTION Figure 2. Facteurs de transcription intervenant dans la différenciation des polynucléaires neutrophiles. La différenciation des cellules souches hématopoïétiques (CSHs) dans les deux lignages myéloïdes, monocytique et neutrophilique est contrôlée par un petit nombre de facteurs de transcription. PU. 1 est exprimé durant tous les stades de différenciation des polynucléaires neutrophiles, alors que C/EBP est exprimé au stade progéniteur myéloïde commun (PMC) induisant la différenciation en progéniteur granulocyte-macrophage (PGM). La présence d'IRF8 permet de contrôler l'entrée des progéniteurs granulocytes-macrophages dans le lignage monocytique. GFI1 et C/EBP sont essentiels pour la différenciation tardive des polynucléaires neutrophiles et à la production des protéines contenues dans les granules. D'après Rosenbauer & Tenen, 2007. II. Acquisition et composition des granules. Les polynucléaires neutrophiles contiennent trois types différents de granules composés d'une variété importante de protéines permettant ainsi de les différencier en : granules azurophiles ou granules primaires granules contenant les gélatinases ou granules secondaires granules dits spécifiques ou granules tertiaires Il est à noter que les polynucléaires neutrophiles possèdent un quatrième type de structure : les vésicules de sécrétion qui ne sont pas produites à la sortie de l'appareil de Golgi mais formées par endocytose. La formation des granules s'organise de manière séquentielle lors de la différenciation des polynucléaires neutrophiles au niveau de la moelle osseuse. Les granules azurophiles sont les premiers à être synthétisés au stade promyélocyte, tandis que les granules spécifiques sont produits principalement au stade métamyélocyte et les granules gélatinases au stade de polynucléaire neutrophile mature (Figure 3). - 20 - INTRODUCTION Figure 3. Formation des granules lors de la différenciation des polynucléaires neutrophiles. La formation des granules a lieu de manière séquentielle au cours de la différenciation des polynucléaires neutrophiles. Les granules azurophiles (Gr. Az. ) sont les premiers à être formés suivi des granules spécifiques (Gr. Spe. ), des granules contenant la gélatinase (Gr. Gel. ) et enfin les vésicules de sécrétion (Ves. Sec. ). D'après Borregaard et al, 2007. A. Granules azurophiles. traduit par Les granules azurophiles, nommés également granules primaires ou peroxydase-positive sont les granules les plus grands (0, 3m de diamètre) présents dans les polynucléaires (Nusse & Lindau, 1988). Les granules azurophiles sont faiblement exocytés et les protéines qu'ils contiennent participent principalement à la dégradation et à l'élimination des microorganismes dans les phagosomes (Joiner et al, 1989 ; Faurschou et al, 2002). Ces granules, comme les lysosomes, possèdent de manière spécifique au niveau de leur membrane, le CD63 ou granulophysine (Cham et al, 1994). Ils contiennent la MPO qui participe à la formation du burst oxydant, qui se les microorganismes. Ces granules contiennent également de l'-défensine qui représente 5% du contenu protéique des polynucléaires neutrophiles, et est à l'origine du recrutement des monocytes et des lymphocytes T après exocytose (Arnljots et al, 1998 ; Yang et al, 2000). Les granules azurophiles contiennent également des sérines protéases telles que la protéinase-3, la cathepsine-G et la NE, responsables de la dégradation des divers composants de la matrice extracellulaire tels que l'élastine, la fibronectine, la laminine, le collagène de type IV et la vitronectine. De plus, ces protéases possèdent la faculté d'induire l'activation des cellules endothéliales, des cellules épithéliales, des macrophages et des lymphocytes (Owen & Campbell, 1999). la production d'ions superoxydes éliminant - 21 - INTRODUCTION B. Granules spécifiques. Les granules spécifiques, également appelés granules secondaires, sont caractérisés par leur capacité à être exocytés et sécrétés dans les phagosomes. De même, les granules spécifiques ont été décrits comme contenant de grandes quantités de substances antibiotiques. Ces granules, plus petits que les azurophiles (0, 1m de diamètre), ne contiennent pas de MPO. En revanche, ces granules possèdent de la lactoferrine, qui a la capacité de se fixer aux membranes bactériennes et d'induire en conséquence des dommages membranaires irréversibles ainsi que leur lyse cellulaire. D'autres protéines aux fonctions anti- microbiennes comme le lysozyme, la human cathelicidin-18 (hCAP-18) (Srensen et al, 1999) ou encore la neutrophil gelatinase-associated lipocalin (NGAL) qui est liée de manière covalente à la gélatinase (Kjeldsen et al, 1994), sont retrouvées dans les granules spécifiques. C. Granules gélatinases. Les granules gélatinases ou tertiaires, comme les granules spécifiques ne, contiennent pas de MPO et représentent les granules les plus petits contenus dans le stockage des les polynucléaires neutrophiles. Ces granules permettent métalloprotéases matricielles (MMPs) la collagénase (MMP-8), ou encore la leukolysine (MMP-25). Ces MMPs y sont stockées sous des formes inactives et subissent une activation protéolytique avant leur exocytose. Ces enzymes dégradent des composants de la matrice extracellulaire, comprenant le collagène, la fibronectine, les protéoglycanes, la laminine ainsi que la gélatine (Kang et al, 2001). la gélatinase (MMP-9), telles que D. Vésicules de sécrétion. Les vésicules de sécrétion sont considérées comme un type de granule et présentent la particularité de ne pas être synthétisées à la sortie de l'appareil de Golgi, mais formées par endocytose à la fin de la maturation des polynucléaires neutrophiles. La membrane des vésicules de sécrétion sert de réservoir pour un nombre important de molécules d'adhésion qui en fusionnant avec la membrane des polynucléaires neutrophiles, favorisent leur migration au travers des tissus. Les - 22 - INTRODUCTION membranes de ces granules sont ainsi composées de 2-intégrines (CD11b/CD18) (Sengelv et al, 1993), de CR1 (Sengelv et al, 1994b), de récepteurs au formyl- methionyl-leucyl-phenylalanine (fMLP) (Sengelv et al, 1994a), de CD14, de récepteur au fragment constant des IgG (FcIII-R, CD16) (Detmers et al, 1995) et de leukolysine (Kang et al, 2001). Ces différentes protéines sont incorporées à la membrane des polynucléaires neutrophiles après exocytose. III. Migration des polynucléaires neutrophiles. La grande majorité des polynucléaires neutrophiles matures est contenue dans la moelle osseuse puisque les polynucléaires neutrophiles circulant ne représentent que 1 à 2% des polynucléaires neutrophiles matures. Ces cellules sont rapidement mobilisées lors d'une inflammation ou d'une infection induisant une augmentation rapide du nombre de polynucléaires neutrophiles circulants (jusqu'à dix fois en quelques heures). A. Rétention des polynucléaires neutrophiles dans la moelle osseuse et sortie de la moelle. La rétention des polynucléaires neutrophiles dans la moelle osseuse est dépendante de l'action de la chimiokine C-X-C motif ligand-12 (CXCL12), synthétisée par les cellules souches mésenchymateuses (CSMs), les cellules endothéliales ou encore les ostéoblastes de la moelle osseuse. Le CXCL12 agit à la surface des polynucléaires neutrophiles en se fixant sur son récepteur, le C-X-C receptor 4 (CXCR4), aboutissant à leur rétention dans la moelle osseuse. En revanche, il a été démontré que les polynucléaires neutrophiles matures possédaient des taux intracellulaires relativement élevés de CXCR4, mais qu'ils ne l'exprimaient que faiblement à leur surface, en accord avec son endocytose en réponse à CXCL12. L'absence de CXCR4 permet ainsi la migration des polynucléaires neutrophiles en dehors de la moelle osseuse (Martin et al, 2003 ; Suratt et al, 2004) (Figure 4). La mobilisation des polynucléaires neutrophiles de la moelle osseuse au sang périphérique nécessite leur migration au travers de l'endothélium sinusoïdal, et ce de manière transcellulaire. En effet, les polynucléaires neutrophiles migrent au travers - 23 - INTRODUCTION des cellules endothéliales plutôt qu'entre les jonctions cellules-cellules (Burdon et al, 2008). Le G-CSF, démontré comme régulant la granulopoïèse, peut également intervenir dans la mobilisation des polynucléaires neutrophiles de la moelle osseuse. En effet, chez les polynucléaires neutrophiles, le G-CSF va permettre d'induire la production de protéases telles que la NE ou la cathepsine-G, provoquant ainsi la dégradation de CXCL12. De plus, le G-CSF induit la diminution de l'expression du CXCR4 à la surface des polynucléaires neutrophiles. Cette dégradation, accompagnée de la sortie des polynucléaires neutrophiles de la moelle osseuse vers la circulation sanguine (Petit et al, 2002) (Figure 4). l'endocytose du CXCR4, participe donc à B. Migration des polynucléaires neutrophiles au site de l'inflammation. Les signaux guidant les polynucléaires neutrophiles circulant du sang vers les tissus inflammés peuvent être générés de manière spécifique par les macrophages résidents, les cellules des tissus inflammés ou encore les microorganismes. En effet, une variété de facteurs chimioattractants incluant les leucotriènes B4, le facteur C5a ainsi que des interleukines comme l'IL-8, ont la capacité d'induire le recrutement rapide des polynucléaires neutrophiles par la création d'un gradient du sang vers l'endothélium sinusoïdal, guidant la migration des polynucléaires neutrophiles de la moelle osseuse vers le sang périphérique. Dans des modèles murins de lésions cutanées, il a été décrit que les polynucléaires neutrophiles migrent sous forme de vagues. Dans un premier temps, les polynucléaires neutrophiles, proches des lésions, vont être recrutés au niveau des sites lésés et se regrouper sous forme de clusters. La présence de quelques cellules mortes au sein de ces structures et plus particulièrement des polynucléaires neutrophiles, provoque la formation d'un gradient chimiotactique essentiel à la seconde vague de migration accrue des polynucléaires neutrophiles présents dans des zones plus éloignées de la lésion. Cette migration se fait de manière LTB4 dépendante puisque l'absence de cette chimiokine ou de son récepteur, présent sur les polynucléaires neutrophiles, induit un défaut de migration de ces cellules au niveau des sites lésés (Lmmermann et al, 2013). De plus, les macrophages péri- vasculaires semblent jouer un rôle important dans le recrutement des polynucléaires - 24 - INTRODUCTION neutrophiles lors d'infections bactériennes. En effet, lors d'infection à S. aureus les polynucléaires neutrophiles interagissent préférentiellement avec les macrophages péri-vasculaires lors de leur extravasation. Il a été décrit que ces cellules produisent de grandes quantités de chimiokines le recrutement des polynucléaires neutrophiles telles que le CXCL1, le CXCL2, le CCL2, le CCL3 et le CCL4 (Abtin et al, 2014). intervenant dans C. Migration des polynucléaires neutrophiles dans les ganglions lymphatiques. la capacité de migrer dans Des travaux portant sur des modèles murins ont récemment décrit que les polynucléaires neutrophiles ont les ganglions lymphatiques lors d'une infection ou d'une immunisation. Ces études soulignent que cette migration dans les ganglions lymphatiques intervient après capture de l'antigène par les polynucléaires neutrophiles. Ces cellules migrent alors via les vaisseaux lymphatiques (Abadie, 2005 ; Maletto et al, 2006), mais aussi par les vaisseaux sanguins (Chtanova et al, 2008). Comme décrit précédemment, la migration des polynucléaires neutrophiles est médiée par de multiples chimiokines incluant l'IL-8, le CXCL1 et les leucotriènes B4. En 2011, C. Beauvillain et son équipe ont montré dans un modèle d'immunisation, utilisant l'adjuvant complet de Freund (CFA), que les polynucléaires neutrophiles ont la capacité de migrer du sang aux ganglions lymphatiques grâce au CCR7. Les chimiokines CCL19/CCL21, exprimées par les cellules stromales de la zone T des ganglions et plus particulièrement les fibroblastic reticular cells (FRCs) sont reconnues par le récepteur CCR7 et permettent la migration des polynucléaires neutrophiles. Dans cette étude, les auteurs ont également montré que les polynucléaires neutrophiles circulants n'exprimaient pas à leur surface le récepteur CCR7 mais contiendraient un pool intracellulaire pouvant être rapidement mobilisé en réponse à un stimulus (Beauvillain et al, 2011). Les polynucléaires neutrophiles ont également la capacité de migrer via les high endothelial venules (HEVs). Précisément, en réponse à l'IL-17 produit par le microenvironnement cellulaire, les HEVs produisent du CXCL2 et de l'IL-1, qui reconnus par le CXCR2 à la surface des polynucléaires neutrophiles, induisent leur recrutement (Brackett et al, 2013). Enfin, les polynucléaires neutrophiles, par - 25 - INTRODUCTION l'expression du CXCR4, migrent dans les ganglions lymphatiques via les vaisseaux lymphatiques et sanguins en réponse à la chimiokine CXCL12 (Gorlino et al, 2014). (Figure 4). Figure 4. Migration des polynucléaires neutrophiles. Les polynucléaires neutrophiles migrent de la moelle osseuse au sang par la diminution du récepteur CXCR4 et de la chimiokine CXCL12. La migration dans les tissus inflammés ou dans les ganglions lymphatiques se fait en réponse aux chimiokines IL-8, LTB4, C5a et CCL19, CCL21 respectivement. D. Retour à la moelle. la moelle osseuse (Cf. Section Les polynucléaires neutrophiles ont la capacité de retourner dans la moelle osseuse lorsqu'ils rentrent en sénescence afin d'être éliminés par les macrophages, mais aussi pour induire l'activation ou le priming de cellules immunitaires I. E. 1)b. Présentation de présentes dans l'antigène). Lors de la sénescence des polynucléaires neutrophiles, l'expression du récepteur CXCR4 à leur surface augmente, provoquant pour un tiers d'entre eux, leur retour dans la moelle osseuse en réponse à CXCL12. Les deux autres tiers migreront dans le foie et la rate afin d'être éliminés (Furze & Rankin, 2008). IV. Apoptose et survie des polynucléaires neutrophiles. Les polynucléaires neutrophiles matures sont les cellules hématopoïétiques ayant la durée de vie la plus courte de l'ordre de 8 à 20 heures dans le sang circulant. Afin de maintenir l'homéostasie du système immunitaire, les polynucléaires neutrophiles subissent le phénomène d'apoptose selon deux voies : la voie - 26 - INTRODUCTION intrinsèque, qui a lieu en absence de stimuli extracellulaires et la voie extrinsèque médiée par les récepteurs de morts. En revanche, lorsque les polynucléaires neutrophiles migrent dans les tissus, la production de certaines molécules telles que des facteurs pro-inflammatoires permet de retarder leur apoptose. A. Changements morphologiques des polynucléaires neutrophiles durant l'apoptose. Lors de l'apoptose, les polynucléaires neutrophiles présentent des modifications morphologiques caractéristiques. Ils affichent un aspect crénelé associé à une diminution de leur taille. De plus, l'asymétrie de la membrane phospholipidique est modifiée par la présence des phosphatidylsérines (PS) au niveau du feuillet externe de leur membrane permettant ainsi la reconnaissance de ces cellules apoptotiques par les cellules phagocytaires. Les polynucléaires neutrophiles en apoptose présentent également un grand nombre de vacuoles dans leur cytoplasme ainsi qu'une condensation nucléaire et une fragmentation de la chromatine nucléaire (Maianski et al, 2003). Ces changements morphologiques s'accompagnent de la diminution des fonctions cellulaires des polynucléaires neutrophiles telles que la migration, la phagocytose, le burst oxydant ainsi que la dégranulation (Whyte & Meagher). B. Apoptose des polynucléaires neutrophiles. Les polynucléaires neutrophiles peuvent subir l'apoptose selon deux voies différentes : la voie intrinsèque et la voie extrinsèque. L'apoptose des polynucléaires neutrophiles selon la voie intrinsèque implique la mitochondrie, les protéines de la famille B-cell leukemia protein-2 (Bcl-2), ainsi que les caspases. Cette voie de mort cellulaire débute par le relargage du cytochrome-c de la mitochondrie dans le cytoplasme induisant son oligomérisation avec la protéine apoptotic protease activating factor-1 (Apaf-1) et le recrutement de la pro-caspase-9 formant ainsi l'apoptosome. Cette structure permet d'obtenir une caspase-9 fonctionnelle capable d'activer la caspase-3, qui en conséquence provoque la mort des cellules (Maianski et al, 2003). De plus, lors de l'apoptose des - 27 - INTRODUCTION polynucléaires neutrophiles, les taux des protéines de survie Mcl-1 et Bcl-2-related protein A1 (BCL2-A1) diminuent en raison de leur dégradation par le protéasome provoquant ainsi l'activation des caspases 8 et 9 menant à l'apoptose des polynucléaires neutrophiles (Moulding et al, 2001). Il a également été décrit que l'inhibition de la voie de signalisation Akt peut induire l'apoptose des polynucléaires neutrophiles. En effet, la production et l'accumulation d'espèces réactives de l'oxygène (reactive oxygen species ou ROS) dans le cytoplasme des polynucléaires neutrophiles inhibe l'activité enzymatique de la PI3K provoquant la mort spontanée des polynucléaires neutrophiles par autophagie (Xu et al, 2010). La voie extrinsèque d'apoptose des polynucléaires neutrophiles quant à elle, met en jeu trois sortes de récepteurs de mort retrouvés à la surface des polynucléaires neutrophiles : le récepteur Fas (CD95) (Liles et al, 1996), le récepteur tumor necrosis factor receptor (TNFR, CD120a et CD120b) (Murray et al, 1997) et le récepteur TNF related apoptosis inducing ligand receptor (TRAIL-R1 et TRAIL-R2) (Kamohara et al, 2004). La liaison des ligands spécifiques à ces récepteurs de mort va induire leur trimérisation provoquant l'activation de la cascade des caspases et aboutir à l'apoptose des polynucléaires neutrophiles (Kennedy & DeLeo, 2009). C. Phagocytose des polynucléaires neutrophiles par les macrophages. Les polynucléaires neutrophiles apoptotiques sont éliminés par les macrophages via le mécanisme de phagocytose. En effet, afin d'être dégradés, les polynucléaires neutrophiles expriment des signaux spécifiques : les signaux find- me et eat-me . Les signaux find-me sont des facteurs sécrétés qui attirent les phagocytes possédant des récepteurs scavengers et sont au nombre de quatre : la lysophosphatidyl-choline (LPC), la sphingosine 1-phosphate (S1P), la fractalkine et les nucléotides ATP et UTP. Ces signaux permettent de guider les macrophages vers les cellules mortes via les récepteurs G2A, S1P1-5, CX3-CR1 et P2Y2 respectivement (Lauber et al, 2003 ; Gude et al, 2008 ; Truman et al, 2008 ; Elliott et al, 2009). Les signaux eat-me quant à eux, correspondent à des marqueurs de la surface des surface pouvant être de nouvelles molécules exprimées à - 28 - INTRODUCTION polynucléaires neutrophiles apoptotiques ou des molécules déjà existantes subissant des modifications lors du processus d'apoptose. L'un des signaux eat-me le plus connu correspond à la translocation des PS du feuillet interne au feuillet externe de la membrane plasmique des polynucléaires neutrophiles apoptotiques. Ce signal est reconnu par les phagocytes via leurs récepteurs TIM4, BAI1, stabiline-2 ainsi que le récepteur RAGE (He et al, 2011). D. Prolongation de la survie des polynucléaires neutrophiles. La production de facteurs de croissance tels que le GM-CSF et le G-CSF ainsi que des cytokines comme l'interféron- (IFN-), l'IL-8, l'IL-1 et le tumor necrosis factor-alpha (TNF-) retardent l'apoptose des polynucléaires neutrophiles (Maianski et al, 2003) (figure 5). Il a été décrit que les CSMs possèdent à leur surface le récepteur TLR3. L'activation de ce récepteur induit un phénotype pro-inflammatoire par le relargage de cytokines, dont le GM-CSF, qui aura un effet sur la survie des polynucléaires neutrophiles (Cassatella et al, 2011). En effet, la liaison du GM-CSF sur son récepteur, présent à le recrutement intracellulaire de la protéine tyrosine kinase Lyn. Cette fixation induit l'activation de la voie anti-apoptotique PI3K/Akt ainsi que l'augmentation de l'expression de facteurs anti-apoptotiques tels que le tumor necrosis factor -induced protein 8 (TNFAIP8), le caspase 8 and Fas-associated via death domain-like apoptosis regulator (CFLAR), BCL2-like 1 et la serum/glucocorticoid-regulated kinase (SGK) (Kobayashi et al, 2005 ; Luo & Loison, 2008) (figure 5). la surface des polynucléaires neutrophiles, permet Le G-CSF induit le blocage de la redistribution des protéines Bid/Bax au niveau de la mitochondrie réprimant l'activation des caspases. Le G-CSF va induire la synthèse de nouvelles protéines anti-apoptotiques empêchant l'activation de Bax par la protéine Bid, ou l'insertion de Bax et Bid au niveau de la membrane mitochondriale (Maianski et al, 2004). Il a également été montré que le G-CSF en inhibant la dégradation par le protéasome de proliferating cell nuclear antigen (PCNA), retarde l'apoptose des polynucléaires neutrophiles. En effet, PCNA est une protéine nucléaire impliquée dans la réplication et la réparation de l'ADN, qui plus est, essentielle pour la survie ou l'apoptose des cellules proliférantes. Dans ce cas, PCNA est un régulateur important de la survie des polynucléaires neutrophiles, en - 29 - INTRODUCTION s'associant avec les procaspases-3, -8, -9 et -10 et en prévenant leurs activations (Witko-Sarsat et al, 2010) (figure 5). La survivine, qui appartient à la famille des inhibitors of apoptosis protein (IAPs), intervient également dans la survie des polynucléaires neutrophiles. Cette protéine est retrouvée en quantité importante dans les polynucléaires neutrophiles immatures, alors qu'elle est présente à de très faibles concentrations dans les polynucléaires neutrophiles matures. En revanche, le GM-CSF et le G-CSF induisent l'expression de la survivine dans les polynucléaires neutrophiles matures et ce, indépendamment du cycle cellulaire. De plus, une diminution du taux de survivine induit l'activation de la caspase-3 associée à une apoptose spontanée des polynucléaires neutrophiles (Altznauer, 2004) (figure 5). Récemment, il a été décrit que la fixation de la vitronectine sur les intégrines provoquait l'activation de la voie des PI3K/Akt et d'Extracellular signal-regulated kinases-1/2 (ERK1/2) induisant la survie des polynucléaires neutrophiles. En effet, cette liaison génère des signaux permettant la phosphorylation des protéines Bad et Bax, et leur dissociation d'avec Mcl-1, augmentant le taux intracellulaire de ce dernier. De plus, il a été démontré que la voie PI3K/Akt inhibait la voie d'apoptose médiée par TRAIL en inhibant l'activation de son récepteur TRAIL-R (Bae et al, 2012) (figure 5). L'hypoxie joue également un rôle dans la survie des polynucléaires neutrophiles. En effet, les cellules de l'immunité innée peuvent réaliser leurs fonctions dans des tissus inflammés associés à un microenvironnement hypoxique par leur adaptation métabolique grâce au facteur hypoxia-inducible factor-1 alpha (HIF-1). Ce facteur induit l'expression des facteurs de transcription nuclear factor- B (NF-B) et I kappa B kinase alpha (IKK) induisant la survie prolongée des polynucléaires neutrophiles dans un microenvironnement hypoxique. D'autres molécules peuvent être induites dans des conditions hypoxiques comme le facteur macrophage facteur macrophage migration inhibitory factor (MIF) qui lui est connu pour inhiber le clivage de Bax/Bid et l'activation de la caspase 3 (Walmsley et al, 2005). (MIP-1) mais également inflammatory protein-1 le - 30 - INTRODUCTION Figure 5. Principales voies moléculaires intervenant dans la survie des polynucléaires neutrophiles. La fixation des protéines GM-CSF et vitronectine sur leurs récepteurs spécifiques, le GM-CSFR et les intégrines, provoque l'activation de la voie PI3K/Akt induisant la surexpression de protéines anti-apoptotiques. Le G-CSF induit le blocage de la redistribution des protéines Bid et Bax au niveau de la membrane mitochondriale ainsi que la dégradation de la protéine PCNA par le protéasome empêchant ainsi l'activation de la cascade des caspases. D'après Witko-Sarsat et al, 2011. V. Fonctions des polynucléaires neutrophiles. A. Rôle dans l'immunité innée et adaptative. Les polynucléaires neutrophiles sont connus pour jouer un rôle majeur dans l'immunité innée et sont considérés comme des cellules effectrices exerçant une activité antimicrobienne. Récemment, les polynucléaires neutrophiles ont été également décrits comme des CPAs. En effet, les polynucléaires neutrophiles ont la capacité de capter et de présenter les antigènes aux cellules T afin d'induire une réponse immunitaire. 1. Rôle antibactérien. Lors d'infection bactérienne, les polynucléaires neutrophiles ont la capacité d'éliminer les pathogènes selon différents mécanismes : La dégranulation libérant ainsi un grand nombre de protéines antimicrobiennes au sein des sites infectieux (Lacy, 2006). La phagocytose associée à la production d'ions superoxydes. Pour les les phagosomes formant ainsi les granules vont fusionner avec - 31 - cela, INTRODUCTION phagolysosomes. Les pathogènes contenus dans ces structures après phagocytose seront donc exposés aux enzymes et peptides antimicrobiens ainsi qu'aux ROS induisant leur élimination (Mayer-Scholl, 2004 ; KuoLee et al, 2011 ; Nordenfelt & Tapper, 2011). Le burst oxydant qui permet la production d'ions superoxydes directement dans le milieu extracellulaire (Guichard et al, 2005). Le neutrophil extracellular trap (NET) qui est une structure composée de l'ADN des polynucléaires neutrophiles associé à un grand nombre de protéines piégeant les bactéries, les champignons et les protozoaires. Les protéines antimicrobiennes présentent dans le NET permettent de tuer ces micro-organismes (Brinkmann, 2004 ; Urban et al, 2006 ; Guimaraes-Costa, 2009) (figure 6). Figure 6. Arsenal antimicrobien des polynucléaires neutrophiles. Les polynucléaires neutrophiles luttent contre les infections bactériennes en dégranulant directement, en réalisant la phagocytose associée à la production d'ions superoxydes, par la formation du burst oxydant, ou par la formation du NET. D'après Fournier & Parkos, 2012. 2. Présentation de l'antigène. Lors de l'élimination des pathogènes, les polynucléaires neutrophiles peuvent acquérir une fonction de CPA par l'expression des molécules du complexe majeur d'histocompatibilité de classe II (CMH II) permettant l'activation des lymphocytes T CD4 . - 32 - INTRODUCTION En effet, les polynucléaires neutrophiles expriment le CMH II suite à leur stimulation par des cytokines telles que l'IL-3, le GM-CSF, ou encore l'IFN-. De plus, de par leurs capacités à prolonger la durée de vie des polynucléaires neutrophiles, le GM-CSF et l'IFN- participent au contact prolongé entre les polynucléaires neutrophiles et les lymphocytes T (Abi Abdallah et al, 2011). Les polynucléaires neutrophiles acquièrent des caractéristiques fonctionnelles de CPA par l'expression du CD83 et des molécules de co-stimulation : le CD80 et le CD86 (Iking-Konert et al, 2001). Une fois le phénotype de CPA acquis et les peptides antigéniques capturés, les polynucléaires neutrophiles vont les présenter par le CMH II au récepteur des cellules T (TCR) des lymphocytes T CD4 . Cette présentation induit chez le lymphocyte T l'expression de CD40L qui va interagir avec le CD40 présent à la surface des polynucléaires neutrophiles induisant ainsi l'augmentation du CD80 et du CD86. Par la suite, le CD28 va interagir avec les molécules de co- stimulations permettant l'activation finale et la survie des lymphocytes T par la sécrétion de cytokines telles que l'IL-2 mais également induire la transcription de gènes codant pour des protéines anti-apoptotiques comme BCL-XL. De plus, la liaison entre le CMH II et le TCR est stabilisée par les interactions exercées entre l'intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) et le lymphocyte function-associated antigen-1 (LFA-1), des molécules respectivement exprimées à la surface des polynucléaires neutrophiles et des lymphocytes T (Ostanin et al, 2012). Enfin, l'expression du récepteur inhibiteur CTLA-4 à la surface des lymphocytes T permet d'inhiber la réponse immunitaire par sa fixation aux CD80 et CD86. Cette liaison provoque une diminution de production d'IL-2 ainsi qu'un arrêt du cycle cellulaire des lymphocytes T en phase G1 (Ashtekar & Saha, 2003) (figure 7). - 33 - INTRODUCTION Figure 7. Rôle des polynucléaires neutrophiles dans l'immunité adaptative : fonction de CPA. Une infection ou une destruction tissulaire induit le relargage de chimiokines et cytokines induisant le recrutement et l'activation des polynucléaires neutrophiles aux sites endommagés. Les polynucléaires neutrophiles activés captent les antigènes par phagocytose et génèrent des peptides qu'ils présentent via leur CMH II. Le complexe ainsi formé est reconnu par le TCR présent à la surface des lymphocytes T CD4 correspondant à leur premier signal d'activation. Les molécules de co-stimulation CD80/CD86 présentes à la surface des polynucléaires neutrophiles se lient au CD28 exprimé par les lymphocytes T CD4 induisant le second signal d'activation. Cette liaison est stabilisée par l'interaction entre ICAM-1 et LFA-1. L'activation finale des lymphocytes T leur permet de jouer leur fonction de cellules effectrices. D'après Ashtekar & Saha, 2003. Il a récemment été décrit que les polynucléaires neutrophiles ont la capacité de présenter les antigènes exogènes via le CMH I aux lymphocytes T naïfs CD8 . En effet, les polynucléaires neutrophiles migrent dans la rate ainsi que dans les ganglions lymphatiques pour induire chez les lymphocytes T CD8 naïfs leur différenciation en effecteurs cellulaires fonctionnels produisant de grandes quantités d'IFN- et d'IL-2 ainsi que leur fonction cytolytique (Beauvillain et al, 2007). De plus, comme évoqué précédemment, les polynucléaires neutrophiles sénescents ont la capacité de retourner dans la moelle osseuse afin d'être éliminés par les macrophages résidents. Ce retour dans la moelle osseuse est réalisé de manière CCR1-dépendante afin de transporter les antigènes du derme à la moelle osseuse pour induire la différenciation des lymphocytes T CD8 en lymphocytes T mémoires (Duffy et al, 2012). - 34 - B. Rôle des polynucléaires neutrophiles dans les cancers. INTRODUCTION Plusieurs types de cellules myéloïdes ont été décrits dans le microenvironnement des tumeurs, comme les macrophages et les polynucléaires neutrophiles. Selon le contexte tumoral, ces cellules sont capables de promouvoir ou d'inhiber la croissance tumorale. En effet, les cellules myéloïdes peuvent exercer des fonctions immunosuppressives et relarguer des molécules induisant la promotion tumorale. A l'inverse, ces cellules peuvent aussi inhiber la croissance tumorale en exerçant des activités cytotoxiques directement contre les cellules tumorales ou indirectement par le recrutement et l'activation d'autres cellules du système immunitaire. Les tumeurs sécrètent des molécules induisant des changements phénotypiques chez les macrophages et polynucléaires neutrophiles, devenant respectivement des Tumor Associated Macrophages (TAMs) et des Tumor Associated Neutrophils (TANs). Peu d'études mettant en évidence le rôle et l'action des TANs dans les tumeurs ont été menées chez l'Homme et y sont essentiellement décrits comme des marqueurs pronostiques. En revanche, de nombreuses études chez la souris permettent de mieux appréhender le rôle des TANs dans le développement tumoral. 1. Origine des TANs. L'origine des TANs a été très peu étudiée. En 2012, Cortez-Retamozo a montré dans un modèle murin d'adénoracinome que les TANs étaient issus des myeloid derived suppressor cells (MDSCs) provenant eux mêmes des progéniteurs granulocytiques de la moelle osseuse, les CSHs et les PGMs. Chez l'Homme, les MDSCs n'ont été décrites que chez des patients atteints d'infection chronique, d'inflammation ou encore de cancer et ne sont retrouvées que dans la circulation sanguine. Les MDSCs peuvent être classées en deux sous-populations : les MDSCs monocytiques (M-MDSCs) et les MDSCs granulocytiques (G-MDSCs). Cette classification est basée selon leur morphologie nucléaire, leur contenu en molécules immunosuppressives ainsi que sur leurs marqueurs membranaires. La rate constituerait l'unique réservoir extramédullaire pour les cellules myéloïdes, de par la mobilisation des cellules immatures au niveau de la pulpe rouge de la rate. Cette accumulation de cellules forme des niches de prolifération, - 35 - INTRODUCTION favorisant la production de nouveaux monocytes et granulocytes participant à la reconstitution continuelle du réservoir des cellules myéloïdes. Enfin, la différenciation de cellules myéloïdes immatures en TANs est induite par l'environnement tumoral après leur recrutement au niveau des sites tumoraux (Cortez-Retamozo & Etzrodt, 2012). 2. Recrutement des polynucléaires neutrophiles dans les tumeurs. Une infection persistante peut être à l'origine d'une inflammation chronique induisant le recrutement de polynucléaires neutrophiles. Afin de combattre l'infection, ces cellules vont produire des ROS induisant des dommages à l'ADN au niveau des cellules environnantes du site inflammé. Les dommages tissulaires répétitifs pourront donc être à l'origine de mutations, de délétions ou encore de réarrangements chromosomiques (Coussens & Werb, 2002). En effet, Il a été observé dans plusieurs modèles murins développant des tumeurs, que le nombre de polynucléaires neutrophiles circulants pouvait atteindre jusqu'à 90% des leucocytes. Cette augmentation, appelée neutrophilie, est associée à une migration accrue des polynucléaires neutrophiles dans le microenvironnement tumoral, représentant ainsi une proportion non négligeable du microenvironnement non malin (Joyce & Pollard, 2008 ; Granot et al, 2011). Ainsi, les polynucléaires neutrophiles ont été décrits pour être recrutés au sein de tumeurs comme dans le cancer gastrique (Caruso et al, 2002), le carcinome broncho-alvéolaire (Wislez et al, 2003), la néoplasie pancréatique (Reid et al, 2011), le cancer de la vessie (Eruslanov et al, 2012), le carcinome du col de l'utérus (Carus et al, 2013) et le cancer du sein (Queen et al, 2005). Les polynucléaires neutrophiles possèdent à leur surface les récepteurs CXCR1 et CXCR2 qui permettent leur migration en réponse à un gradient de facteurs sécrétés par les tumeurs et principalement l'IL-8 (Schaider et al, 2003 ; Sparmann & Bar-Sagi, 2004 ; Br et al, 2009). La migration des polynucléaires neutrophiles est également activée suite aux interactions entre les récepteurs CXCR1, CXCR2 et d'autres cytokines sécrétées par les tumeurs telles que le CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL5, CXCL6 et CXCL7 (Wuyts et al, 1998 ; Schenk et al, 2002 ; Zhou et al, 2012). Le récepteur CXCR2 semble jouer un rôle central. En effet, l'inhibition du - 36 - INTRODUCTION recrutement des polynucléaires neutrophiles dépendante de CXCR2 peut prévenir le développement de tumeurs induites lors d'inflammations chroniques (Jamieson et al, 2012). De manière intéressante, les cytokines G-CSF et GM-CSF sont surexprimées dans de nombreux cancers humains et sont également impliquées dans recrutement des polynucléaires neutrophiles (Tsukuda et al, 1993 ; Mueller et al, 1999 ; Savarese et al, 2001 ; Braun et al, 2004 ; Urdinguio et al, 2013). Les polynucléaires neutrophiles peuvent également être recrutés par les cellules composant le microenvironnement tumoral. En effet, les lymphocytes T CD8 peuvent induire la migration de ces cellules au niveau des sites tumoraux par la sécrétion d'IFN (Stoppacciaro et al, 1993). De même, les lymphocytes Th17, via l'IL-17, induisent l'expression de G-CSF par les fibroblastes, ou d'IL-8 par les cellules endothéliales qui sont responsables du recrutement des polynucléaires neutrophiles (Kuang et al, 2011 ; Chung et al, 2013). Enfin, les polynucléaires neutrophiles ayant atteint les sites tumoraux, sécrètent des cytokines et des chimiokines pour induire le recrutement supplémentaire d'autres polynucléaires neutrophiles ou de cellules immunitaires. De plus, les polynucléaires neutrophiles, pour leur recrutement, produisent la MMP8 ou collagénase-2 qui intervient à plusieurs niveaux. En effet, la MMP8 à la capacité de cliver certaines chimiokines comme le CXCL5 qui induit un recrutement accru des polynucléaires neutrophiles au niveau des sites tumoraux (Zhou et al, 2012). La MMP8 permet également la résolution de l'inflammation induite par les polynucléaires neutrophiles en dégradant d'autres chimiokines responsables de leur recrutement. Enfin, la MMP8 a la capacité de retarder la croissance tumorale en augmentant l'adhérence des cellules malignes sur les structures matricielles, réduisant par conséquent leur pouvoir invasif (Gutierrez-Fernandez et al, 2008) (figure 8). - 37 - INTRODUCTION Figure 8. Recrutement des polynucléaires neutrophiles dans les tumeurs. L'expression du CXCR2 à la surface des polynucléaires neutrophiles leur permettent de migrer en réponse à de nombreuses chimiokines sécrétées par les cellules tumorales, mais également par les cellules stromales et les cellules immunitaires présentent dans l'environnement tumoral telles que les lymphocytes T CD8 , les lymphocytes Th17, ou encore les polynucléaires neutrophiles déjà présents. D'après Fridlender & Albelda, 2012. 3. Activation des polynucléaires neutrophiles. Les polynucléaires neutrophiles, après recrutement au niveau des tumeurs, vont être activés par les cytokines présentes dans le microenvironnement tumoral pour se différencier en TANs. Les TANs, comme les macrophages, peuvent acquérir soit un phénotype anti-tumorigénique N1, soit pro-tumorigénique N2, et sont classés en fonction de leur état d'activation, de leur répertoire cytokinique et de leur influence sur la croissance tumorale (Piccard et al, 2012). Les TAN1 sont caractérisés par leur pouvoir cytotoxique envers les cellules tumorales et leur profil immuno-stimulateur caractérisé par des expressions élevées de TNF-, CCL3, ICAM-1 et des taux faibles d'arginase-1. Les TAN1 sont opposés aux TAN2 pro-tumorigéniques qui affichent des augmentations des taux de chimiokines CCL2, CCL3, CCL4, CCL8, CCL12 et CCL17 et de CXCL1, CXCL2, CXCL8 et CXCL16 (Fridlender et al, 2009) . - 38 - INTRODUCTION a) Cytokines impliquées dans l'activation des polynucléaires neutrophiles. Différentes cytokines produites par les tumeurs et majoritairement pro- tumorigéniques peuvent activer les polynucléaires neutrophiles. Parmi celles-ci on remarque le CCL2, CCL5, CCL3, CXCL1, CXCL12 et CXCL16 (Granot et al, 2011 ; Lpez-Lago et al, 2012). Le CXCL1 a été décrit comme une chimiokine activant à la fois les polynucléaires neutrophiles, mais aussi la migration, l'invasion et la prolifération des cellules tumorales ainsi que l'angiogenèse (Scapini et al, 2004 ; Bolitho et al, 2010 ; Kuo et al, 2012). induisent L'IL-8 est également une chimiokine fortement exprimée dans de nombreux cancers et est associée au recrutement et à l'activation des polynucléaires neutrophiles (Nasser et al, 2009). Il a été démontré que l'IL-8 sécrétée par le fibrosarcome et le carcinome de la prostate, est responsable de l'infiltration des polynucléaires neutrophiles. Ces derniers l'angiogenèse et sont responsables de la dissémination des cellules tumorales par la production de MMP9 (Bekes et al, 2011). De plus, dans le cas du mélanome, il a été décrit que l'IL-8 joue un rôle essentiel dans la migration des cellules tumorales à travers l'endothélium. En effet, les cellules tumorales ont la capacité de se fixer aux 2-intégrines des polynucléaires neutrophiles via ICAM-1 et qui adhèrent également aux cellules tumorales par le même mécanisme. En revanche il a été décrit que cette seule fixation n'est pas suffisante à la migration des cellules tumorales à travers les cellules endothéliales. En effet, l'augmentation de l'expression du CD11b/CD18 à la surface des polynucléaires neutrophiles, induite par la production d'IL-8 par les cellules tumorales, permet ainsi de renforcer l'adhésion des cellules tumorales aux polynucléaires neutrophiles induisant l'extravasation des cellules tumorales (Slattery et al, 2005). L'IFN- est une autre cytokine intervenant dans l'activation des polynucléaires neutrophiles en TAN1. L'IFN- a la capacité de diminuer la production des facteurs pro-angiogéniques par les polynucléaires neutrophiles tels que le CXCR4, le vascular endothelial growth factor (VEGF) ou encore la gélatinase B (Jablonska et al, 2010). - 39 - INTRODUCTION En revanche, certaines cytokines possèdent un double rôle quant à l'activation des polynucléaires neutrophiles. En effet, dans un modèle murin de métastases localisées dans le poumon, il a été démontré que les polynucléaires neutrophiles, activés par CCL2, acquièrent un phénotype anti-tumoral en produisant du peroxyde d'hydrogène qui détruit les cellules tumorales disséminées (Granot et al, 2011). Le CCL2 agit également comme un facteur pro-tumorigénique en recrutant des monocytes et des MDSCs dans le microenvironnement tumoral. Cette action participe au processus d'angiogenèse, mais aussi à la prolifération et à la migration des cellules tumorales (Huang et al, 2007 ; Qian et al, 2011). Le G-CSF, quant à lui, permet le recrutement et la prolifération des polynucléaires neutrophiles immatures de la moelle osseuse ainsi que leur activation au niveau des sites tumoraux afin de promouvoir la croissance tumorale. Ces polynucléaires neutrophiles activés vont induire l'extravasation et la survie des cellules tumorales ainsi que la formation de métastases (Kowanetz et al, 2010). lorsqu'il se retrouve en Le TGF, forte concentration dans le microenvironnement tumoral, est décrit comme capable d'induire le phénotype N2 des polynucléaires neutrophiles en inhibant leur cytotoxicité (Fridlender et al, 2009). En revanche, à distance de la tumeur primaire là o la concentration en TGF est plus faible, les polynucléaires neutrophiles possèdent un phénotype N1 anti-tumoral (Granot et al, 2011) (figure 9). Figure 9. Activation des polynucléaires neutrophiles. Les polynucléaires neutrophiles acquièrent leur phénotype de tumor associated neutrophil (TAN) après migration dans le microenvironnement tumoral. L'environnement cytokinique peut induire un phénotype TAN1 anti-tumoral ou TAN2 pro- tumoral. D'après Piccard et al, 2012. - 40 - INTRODUCTION b) Rôle des TAN1 : destruction tumorale. Les TAN1 sont associés à un phénotype anti-tumoral via leur cytotoxicité directe, l'antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity (ADCC), et leur capacité à présenter l'antigène. (1) Cytotoxicité des polynucléaires neutrophiles. impliquées dans Les granules des polynucléaires neutrophiles contiennent un grand nombre de molécules toxiques qui ont pour but principal d'éliminer les pathogènes. Ces molécules peuvent également cibler les cellules tumorales. En effet, deux espèces réactives de l'oxygène, le peroxyde d'hydrogène et l'acide hypochloreux, produites durant le burst oxydant et générées par le complexe NADPH oxydase et la MPO, sont directement l'activité anti-tumorale des polynucléaires neutrophiles (Clark & Klebanoff, 1975 ; Dissemond et al, 2003). D'autres molécules, comme les protéases, les perforines, le TNF, le TRAIL et les défensines jouent également un rôle dans la cytotoxicité des polynucléaires neutrophiles (Lichtenstein et al, 1986 ; Di Carlo, 2001 ; Koga et al, 2004). Un contact physique entre les polynucléaires neutrophiles et les cellules tumorales est nécessaire pour induire une cytotoxicité directe. Ces interactions sont également responsables de différents degrés de dommages internes à la cellule tumorale tels qu'une désorganisation des filaments intermédiaires, une dilatation du réticulum endoplasmique rugueux et également une perte de l'intégrité membranaire aboutissant à la lyse cellulaire (Caruso et al, 1994) (figure 10). (2) Cytotoxicité cellulaire dépendante des anticorps. Les cellules capables d'ADCC incluent les NKs, les macrophages, les monocytes, les polynucléaires neutrophiles et les éosinophiles (van Egmond & Bakema, 2013). Les FcRs permettent de réguler l'activation cellulaire, la clairance des complexes immuns, l'homéostasie des immunoglobulines circulantes et les réponses immunitaires. Différents types de FcRs existent mais seuls les FCRs et FcRs qui lient spécifiquement les région Fc des IgG et IgA respectivement sont impliqués dans le mécanisme d'ADCC (Nimmerjahn & Ravetch, 2008). - 41 - INTRODUCTION Les polynucléaires neutrophiles expriment à leur surface plusieurs FcRs capables d'induire l'ADCC. On retrouve le récepteur FcRI (CD64), le FcRIIa (CD32), le FcRIIIa (CD16a), le FcRIIIb (CD16b) ainsi que le FcRI (CD89) dont les présences membranaires sont augmentées après l'activation des polynucléaires neutrophiles (Kushner & Cheung, 1992 ; Valerius et al, 1993). Plusieurs études menées chez l'Homme ont mis en évidence le rôle des polynucléaires neutrophiles dans l'élimination des cellules tumorales par l'intermédiaire du mécanisme de l'ADCC. En effet, il a été décrit dans le gliome et dans le carcinome ovarien que le récepteur FcRI médie l'activité ADCC des polynucléaires neutrophiles envers les cellules tumorales. Il a également été montré que les polynucléaires neutrophiles contribuent à l'ADCC dans les lymphomes non Hodgkiniens quand un anticorps anti- CD20, comme le Rituximab, était utilisé (Hernandez-Ilizaliturri et al, 2003). Les mêmes mécanismes sont observés dans les cancers du sein avec l'utilisation d'un anticorps chimérique spécifique de l'antigène (Hubert et al, 2011), et dans les lymphomes B quand un anticorps bi-spécifique reconnaissant le FcRI (CD89) et le CD20 était utilisé (Guettinger et al, 2010). Les molécules d'adhésion CD11/CD18 semblent également jouer un rôle important dans l'ADCC. Une étude menée sur des polynucléaires neutrophiles issus d'enfants atteints d'une déficience d'adhésion leucocytaire, due à l'absence des molécules d'adhésion CD11/CD18, a montré un défaut d'ADCC par les polynucléaires neutrophiles. Il a également été décrit que le GM-CSF induit l'ADCC des polynucléaires neutrophiles anti-tumoraux par l'augmentation des molécules CD11/CD18 (Kushner & Cheung, 1992) (figure 10). (3) Présentation de l'antigène. De nombreuses études suggèrent que les polynucléaires neutrophiles contribuent au développement de la réponse immunitaire adaptative anti-tumorale par leur capacité à présenter l'antigène. Comme décrit précédemment, les polynucléaires neutrophiles peuvent activer directement la réponse T par la présentation de l'antigène. Il a également été décrit que le relargage du NET par les polynucléaires neutrophiles peut activer directement les lymphocytes T CD4 (Tillack et al, 2012). De plus, l'élimination des polynucléaires neutrophiles prévient les réponses cytotoxiques des lymphocytes T CD8 contre les cellules tumorales - 42 - (Fridlender et al, 2009). Enfin, les polynucléaires neutrophiles sont également capables de recruter et d'activer les cellules dendritiques, les macrophages, les cellules NKs (figure 10). INTRODUCTION Figure 10. Rôle des tumor associated netrophils 1 (TAN1) dans l'élimination des cellules tumorales. Les polynucléaires neutrophiles de phénotype TAN1 peuvent induire la mort des cellules tumorales par une cytotoxicité directe par la sécrétion de protéines à activité anti-tumorale. Les TAN1 ont également la capacité de réaliser le mécanisme de l'ADCC éliminant directement les cellules tumorales ou par l'activation des cellules immunitaires capables d'induire une réponse immunitaire anti-tumorale. c) Rôle des TAN2 : promotion tumorale. Les TAN2 sont associés à un phénotype pro-tumoral en promouvant la croissance des cellules tumorales et en modulant leur microenvironnement. Ainsi, différents mécanismes favorisent le développement tumoral tels que la suppression de la réponse immunitaire anti-tumorale par l'inhibition de l'activité des lymphocytes T CD8 cytotoxiques, la création de dommages à l'ADN initiant la formation de tumeurs, ou encore l'angiogenèse induisant l'extravasation et la dissémination des cellules tumorales. (1) Inhibition de la réponse immunitaire anti-tumorale. Il a récemment été montré que les polynucléaires neutrophiles contribuent à la progression tumorale par la suppression de la réponse immunitaire. En effet, les - 43 - INTRODUCTION polynucléaires neutrophiles contiennent dans leurs granules l'arginase-1 qui est une enzyme dégradant l'arginine contenue dans le milieu extracellulaire en ornithine et en urée. La diminution d'arginine réduit l'expression de la chaine zeta du CD3 présent sur les lymphocytes T, résultant en l'inhibition de leur activation et de leur prolifération via le complexe CD3/TCR. De plus, l'IL-8 intervient dans la suppression de la réponse immunitaire. En effet, dans ce modèle de tumeur, l'IL-8 est retrouvée en plus grande concentration dans le contenu intracellulaire des polynucléaires neutrophiles et dans le microenvironnement tumoral induisant le relargage de l'arginase-1. En outre, la présence de TNF- dans le microenvironnement tumoral contribue au relargage indirect de l'arginase-1 par les polynucléaires neutrophiles. En effet, le TNF- induit l'expression de l'IL-8 par les polynucléaires neutrophiles qui lui, induira la sécrétion de l'arginase-1 (Rotondo et al, 2009). Une autre étude publiée en 2009 confirme le rôle des polynucléaires neutrophiles dans l'inhibition de la réponse immunitaire. En effet, les auteurs ont mis en évidence que la déplétion des polynucléaires neutrophiles de phénotypes N2 induit l'augmentation de l'activation des lymphocytes T CD8 leur permettant d'exercer leur rôle dans la réponse immunitaire anti-tumorale (Fridlender et al, 2009) (figure 11). (2) Initiation de la tumeur. Depuis plusieurs années, un lien se tisse entre l'inflammation et le cancer. Dans certaines maladies auto-immunes, telles que la colite ulcéreuse, la maladie de Crohn, mais aussi dans le cas de l'hépatite B, une inflammation chronique peut augmenter le risque de développer un cancer dans les organes associés (Nakamoto et al, 1998). La caractéristique principale des tissus inflammés est l'infiltration de leucocytes tels que les polynucléaires neutrophiles, les macrophages et les lymphocytes. Le recrutement de ces cellules peut provoquer des instabilités génétiques comme une aneuploïdie, une anormalité structurelle des chromosomes, une perte de l'hétérozygotie ainsi qu'une accumulation de mutations. Les polynucléaires neutrophiles recrutés au niveau des sites tumoraux ont la capacité de provoquer ces instabilités génétiques par la production de ROS ainsi que par d'autres oxydants tels que l'acide hypochloreux et l'inducible nitric oxide synthase (iNOS), mais également par les protéines et cytokines contenues dans leurs - 44 - INTRODUCTION granules. En effet, plusieurs études ont pu mettre en évidence le rôle des molécules produites par les polynucléaires neutrophiles dans l'initiation tumorale (Gungor et al, 2009). En 2000, J. K. Sandhu et son équipe, ont pu mettre en évidence, dans un modèle murin d'inflammation chronique du colon provoquant des tumeurs, une corrélation entre le nombre de polynucléaires neutrophiles infiltrant les tumeurs et la fréquence des mutations dans les cellules tumorales. En effet, les auteurs ont décrit que les polynucléaires neutrophiles présents dans le microenvironnement tumoral possédaient une activité iNOS induisant la transformation de l'arginine en oxyde nitrique. Ce composé se retrouve alors dans le cytoplasme et le noyau des cellules tumorales, et peut ainsi induire des mutations responsables de l'initiation et la progression tumorale (Sandhu et al, 2000). (3) Croissance et progression tumorale. Les granules des polynucléaires neutrophiles contiennent un grand nombre de protéines qui peuvent affecter directement la croissance tumorale. De plus, d'autres molécules le microenvironnement cellulaire. En effet, la dégradation de la matrice extracellulaire par les métalloprotéinases, ou encore la production de facteurs angiogéniques assurent la vascularisation et la dissémination des cellules tumorales. peuvent moduler développement ce en agissant sur Parmi ces facteurs, la NE agit directement sur le devenir des cellules tumorales. En effet, à de faibles concentrations, la NE induit la prolifération cellulaire, alors qu'à de fortes concentrations, elle induit la mort des cellules tumorales. La NE a la capacité de pénétrer dans les cellules tumorales par l'intermédiaire des endosomes o elle va pouvoir dégrader ses substrats comprenant des cytokines, des récepteurs aux cytokines, des intégrines, ainsi que certains composant de la matrice extracellulaire (Lee & Downey, 2001). Dans le cas du cancer du poumon, il a été décrit que la NE a la capacité de dégrader l'insulin receptor substrate-1 (IRS-1) qui a la capacité de se fixer à la protéine p85, qui est la sous-unité régulatrice de la PI3K. La dégradation de la protéine IRS-1 provoque l'augmentation intracellulaire du pool de PI3K actif des cellules tumorales. La présence d'une plus grande quantité de PI3K active favorise son recrutement aux récepteurs de croissance tels que PDGFR. La liaison du PDGFR avec son ligand induit alors la voie de - 45 - INTRODUCTION signalisation Akt connue pour jouer un rôle dans la survie et la prolifération cellulaire (Houghton et al, 2010). La MMP9 joue également un rôle essentiel dans la progression tumorale puisqu'en dégradant la matrice extracellulaire cette enzyme permet de relarguer le VEGF qui y était séquestré, et qui va alors être utilisé par les cellules tumorales environnantes, induisant la croissance tumorale et l'angiogenèse (Nozawa et al, 2006 ; Tan et al, 2013). L'hepatocyte growth factor (HGF) est connu pour stimuler la prolifération des cellules tumorales mais également d'inhiber leur apoptose et de promouvoir leur migration. Il a d'abord été admis que le HGF était produit seulement par les cellules stromales, mais une étude menée chez des patients atteints d'adénocarcinome du poumon a mis en évidence que les polynucléaires neutrophiles, recrutés au niveau des sites tumoraux, avaient la capacité de relarguer du HGF après stimulation par des agents dégranulant tels que le TNF- ou le GM-CSF (Wislez et al, 2003). Enfin le GM-CSF, synthétisé par les cellules cancéreuses peut induire la production d'oncostatine M par les polynucléaires neutrophiles lorsqu'ils sont en contact avec elles. L'oncostatine M, en interagissant avec les cellules tumorales, induit l'angiogénèse tumorale via l'expression du VEGF, le détachement des cellules tumorales et leur capacité d'invasion (Queen et al, 2005) (Figure 11). (4) Dissémination des cellules cancéreuses. Les polynucléaires neutrophiles favorisent la dissémination des cellules cancéreuses selon plusieurs mécanismes. En effet, comme décrit précédemment, les polynucléaires neutrophiles ont tout d'abord la capacité de faciliter la migration transendothéliale des cellules tumorales par leur adhésion aux récepteurs CD11b/CD18 présents à la surface des polynucléaires neutrophiles via ICAM-1 (Huh et al, 2010 ; Wu et al, 2001). D'autres molécules produites par les polynucléaires neutrophiles peuvent avoir un effet indirect sur l'invasion et la production de métastases. Ainsi, la NE par exemple, mais également la cathepsine G et la protéinase-3, ont la capacité d'induire la dégradation indirecte de la matrice extracellulaire. En effet, ces enzymes vont induire l'activation de la pro-Gélatinase A (pro-MMP2) synthétisée par les cellules cancéreuses, favorisant ainsi l'invasion et la production de métastases (Shamamian - 46 - INTRODUCTION et al, 2001). De plus, il a été décrit dans un modèle d'adénocarcinome du colon chez le rat que l'utilisation d'inhibiteur de la NE induisait une diminution du nombre de métastases hépatiques (Horiuchi et al, 2002). En 2013, un nouveau mécanisme de dissémination des cellules cancéreuses, par la formation de métastases, a été décrit. En effet, il a été montré que la production de NET par les polynucléaires neutrophiles, suite à une infection, facilitait la progression tumorale par l'augmentation des pouvoirs adhésifs, migratoires et invasifs des cellules tumorales. De plus, les auteurs ont pu visualiser dans un modèle murin la capture des cellules tumorales du foie et des poumons associée à une augmentation du nombre de métastases hépatiques (Cools-Lartigue et al, 2013) (Figure 11). Figure 11. Mécanismes impliqués dans la progression tumorale induite par les tumor associated neutrophils 2 (TAN2). Les cellules tumorales, par la sécrétion de chimiokines, recrutent et activent les polynucléaires neutrophiles circulants vers la tumeur. Les polynucléaires neutrophiles de phénotype TAN2 relarguent un grand nombre de protéines induisant l'angiogenèse, la croissance tumorale, la migration et l'invasion des cellules tumorales tout en inhibant la réponse immunitaire anti- tumorale. Les TAN2 induisent le pouvoir métastatique des cellules tumorales en facilitant leur adhésion à l'endothélium sinusoïdal induisant la formation de niches métastatiques. D'après Brandau et al, 2013. - 47 - INTRODUCTION d) Survie des polynucléaires neutrophiles dans l'environnement tumoral. Les polynucléaires neutrophiles circulants ont une demi-vie très courte, mais celle-ci peut être augmentée par la sécrétion de protéines induisant la survie, lorsque les polynucléaires neutrophiles se retrouvent dans les tissus. Ainsi, le surnageant de cellules tumorales a la capacité d'augmenter la durée de vie des polynucléaires neutrophiles (Trellakis et al, 2011 ; Dumitru et al, 2012). En effet, certaines cellules tumorales ont la capacité de produire du GM-CSF et du G-CSF qui augmentent la survie des polynucléaires neutrophiles (Nakada et al, 1996 ; Joshita et al, 2009). D'autres molécules sécrétées directement par les cellules tumorales peuvent avoir un effet sur la survie des polynucléaires neutrophiles. L'IL-8 (Glynn et al, 2002), la S1P (Chihab & Prn-Ares, 2003), le hyaluronanne (Wu et al, 2011), ou encore le MIF (Dumitru et al, 2011) sont connus pour jouer un rôle direct sur la survie des polynucléaires neutrophiles. Les cellules du microenvironnement tumoral ont la capacité elles aussi de produire des molécules modulant la survie des polynucléaires neutrophiles. Les lymphocytes T CD4 et CD8 , en produisant du TNF, de l'IFN et du GM-CSF, permettent de retarder l'apoptose des polynucléaires neutrophiles (Pelletier & Micheletti, 2010). De plus, les tumeurs solides présentent un environnement hypoxique qui intervient sur la survie des polynucléaires neutrophiles en inhibant leur apoptose spontanée par l'activation de la voie de HIF-1. Celle-ci stimule la réexpression de NF-B, provoquant le relargage du facteur de survie MIP-1 (Walmsley et al, 2005). - 48 - INTRODUCTION Chapitre 2. Microenvironnement et lymphomes B. I. Lymphomes B. A. Origine des lymphomes B. Les premières étapes de différenciation des lymphocytes B ont lieu dans la moelle osseuse de façon indépendante de l'antigène. Durant ces premières étapes de différenciation, les lymphocytes B subissent des réarrangements séquentiels des parties variables des gènes d'immunoglobulines sous l'influence en particulier des enzymes recombination-activating genes (RAGs) qui vont aboutir à la formation d'un B-cell receptor (BCR) mature membranaire de spécificité variable et d'isotype IgM et IgG. Les lymphocytes B naïfs ainsi formés vont quitter la moelle osseuse afin de rejoindre les organes lymphoïdes secondaires (OLS) afin de poursuivre leur maturation en réponse aux antigènes. Cette différenciation inclut une succession d'étapes qui mettent en jeu la reconnaissance de l'antigène par le BCR et l'interaction avec des lymphocytes T CD4 et des cellules stromales lymphoïdes spécialisées. Elle s'accompagne dans la plupart des cas de la mise en place de centres germinatifs (GC), qui sont les structures spécialisées des OLS o se produit la maturation d'affinité des immunoglobulines. Ainsi, les lymphocytes B du GC subissent des modifications additionnelles de leur BCR induites par l'enzyme activation induced desaminase (AID) qui provoque l'accumulation de mutations somatiques dans la région variable et la commutation isotypique de la région constante. A la suite d'un processus de sélection dépendant d'interactions étroites avec des lymphocytes T CD4 et des cellules stromales, les lymphocytes B du GC vont se différencier en lymphocytes B mémoires et en plasmocytes produisant des immunoglobulines de forte affinité pour l'antigène et d'isotypes variés. Cette partie sera vue plus en détail par la suite (Natkunam, 2007). Lors de la différenciation des lymphocytes B, les cellules subissent donc, dans la moelle osseuse puis dans les OLS, de nombreuses modifications géniques au niveau de leurs gènes d'immunoglobulines et ces modifications physiologiques, rendues possibles grâce au programme transcriptionnel spécifique mis en place dans ces cellules, peuvent favoriser la mise en place d'un processus tumoral. Ainsi, les lymphomes affectent dans 80% des cas les lymphocytes B et les translocations chromosomiques entre les gènes codants pour des proto-oncogènes et un des locus - 49 - INTRODUCTION des gènes d'immunoglobulines sont les anomalies retrouvées le plus fréquemment dans les lymphomes, même si les progrès récents de séquençage du génome ont permis d'identifier de nombreuses autres altérations génétiques (Shaffer et al, 2012). Les lymphomes B sont classés en fonction de leur cellule d'origine supposée. Bien que cette définition ne soit pas si simple pour de nombreuses entités, on retient qu'il existe un groupe de lymphomes issus du GC : les lymphomes de Burkitt, les lymphomes folliculaires (FL) et les lymphomes diffus à grandes cellules B (DLBCL) dont les caractéristiques sont résumées dans le tableau ci après (Kppers, 2005) (Tableau 1). Les lymphomes de Burkitt correspondent à la prolifération incontrôlée de lymphocytes B du GC sont indépendants de leur microenvironnement. A l'inverse, les DLBCLs mais surtout les FLs conservent un certain niveau de dépendance à leur environnement et nous nous focaliserons sur ces deux pathologies qui correspondent respectivement au lymphome B agressif et au lymphome B indolent les plus fréquents (Scott & Gascoyne, 2014). Tableau 1. Caractéristiques cliniques et phénotypiques des principaux lymphomes B issus du centre germinatif. D'après Scott & Gascoyne, 2014. B. Différenciation des lymphocytes B T-dépendante. 1. Structure du ganglion lymphatique. La différenciation des lymphocytes B T-dépendante a lieu dans les ganglions trois zones lymphatiques. Cette structure peut être compartimentée selon fonctionnelles bien distinctes : - 50 - INTRODUCTION Le cortex, ou zone corticale, contient essentiellement des lymphocytes B. On retrouve également dans cette zone des cellules stromales de type follicular dendritc cells (FDCs), des macrophages ainsi que des cellules dendritiques, formant les follicules primaires. Lors de la présentation de l'antigène, le follicule primaire s'élargit afin de donner un follicule secondaire contenant un centre germinatif permettant la prolifération et la différenciation des lymphocytes B. Le paracortex, ou zone paracorticale, présente la majorité des lymphocytes T. Dans cette zone sont également retrouvés des cellules dendritiques, exprimant fortement le CMH II, ainsi qu'un autre type de cellules stromales, les FRCs. La médulla ou zone médullaire, est formée d'un ensemble de cordons de cellules lymphoïdes qui sont essentiellement des plasmocytes sécrétant des anticorps, ainsi que des sinus médullaires (Drayton et al, 2006). Les cellules stromales qui composent le ganglion lymphatique sont issues d'un précurseur commun, les CSMs qui sont également retrouvées dans la moelle osseuse. Les CSMs présentent des caractéristiques des cellules souches. En effet, ces cellules ont la capacité de se différencier dans les trois lignages, ostéoblastes, adipocytes et chondrocytes, en réponse à des stimuli spécifiques. De plus, il a été décrit qu'en réponse au TNF et à la lymphotoxine, deux cytokines produites dans le ganglion lymphatique, ces CSMs ont la capacité de se différencier en FRCs (Amé- Thomas et al, 2007). Un autre type de cellules stromales a été récemment décrite dans les ganglions lymphatiques. Il s'agit des marginal reticular cells (MRCs). Ces cellules ont la capacité de délivrer de petits antigènes aux cellules B via les conduits folliculaires spécifiques (Jarjour et al, 2014) (figure 18). Le recrutement et le positionnement des différentes populations cellulaires dans le ganglion lymphatique sont orchestrés par l'expression compartimentée de chimiokines dans les différentes zones. Les lymphocytes migrent dans les ganglions lymphatiques via les HEVs alors que les cellules dendritiques ainsi que les antigènes solubles, quant à eux, arrivent par les vaisseaux lymphatiques afférents, cette partie sera vue par la suite. - 51 - INTRODUCTION Figure 12. Structure du ganglion lymphatique. Le ganglion lymphatique peut être séparé en trois régions distinctes : le cortex, le paracortex et la médulla. Le cortex contient les lymphocytes B et les FDCs, le paracortex contient les lymphocytes T et les FRCs, alors que la médulla contient essentiellement les plasmocytes. Les ganglions lymphatiques sont drainés par des vaisseaux lymphatiques ainsi que par des HEVs. 2. Entrée des cellules dans les ganglions lymphatiques. Comme décrit précédemment, deux voies d'entrée dans les ganglions lymphatiques existent : les HEVs et les vaisseaux lymphatiques afférents. Les lymphocytes T et les lymphocytes B naïfs, exprimant le récepteur CCR7, vont migrer dans les ganglions lymphatiques à travers les HEVs en réponse aux chimiokines CCL19 et CCL21 produites par les FRCs qui entourent les HEVs. Les antigènes libres ou associés aux CPAs arrivent dans les ganglions lymphatiques via les vaisseaux lymphatiques afférents. Les CPAs, qui sont majoritairement des cellules dendritiques, expriment le récepteur CCR7 leur permettant ainsi de migrer dans la zone T et préférentiellement autour des HEVs via le sinus sous-capsulaire et le paracortex. La localisation particulière de ces CPAs leur permet ainsi de contrôler les lymphocytes T et les lymphocytes B naïfs qui entrent dans le ganglion lymphatique (Gonzalez et al, 2011). 3. Le signal BCR. Les lymphocytes B peuvent fixer l'antigène natif essentiellement sous forme présentée par divers types cellulaires incluant les cellules dendritiques, via une voie - 52 - INTRODUCTION non dégradative de capture de l'antigène, les macrophages CD169 du sinus sous- capsulaire, mais aussi les FDCs lors de leur passage au travers des follicules (Gonzalez et al, 2011). Il est également à noter que les petits antigènes sont susceptibles d'intégrer le réseau de MRCs situées sous le sinus sous-capsulaire et ainsi d'être captés directement par les lymphocytes B qui y sont fixés. La part relative de ces différentes voies de capture de l'antigène reste à déterminer (Katakai et al, 2004 ; Roozendaal et al, 2009). Cette fixation provoque la relocalisation du BCR à la surface du lymphocyte B formant des microclusters ce qui induit la signalisation du BCR (Harwood & Batista, 2009). Le BCR est constitué d'une immunoglobuline, IgM ou IgD, associée à deux sous-unités, le CD79A (Ig-) et le CD79B (Ig-), permettant la transduction du signal. Ces deux sous-unités possèdent dans leur domaine cytoplasmique des motifs immunoreceptor tyrosine-based activation motif (ITAM) permettant d'induire les cascades de signalisation mettant en jeu les protéines kinases Syk, Btk, BLNK mais également PI3K, phospholipase C gamma 2 (PLC2), NF-B, nuclear factor of ativated T-cells (NF-AT), MAPK ainsi que la voie de signalisation RAS jouant un rôle dans la survie et la prolifération des lymphocytes B (Niiro & Clark, 2002). De plus, l'activation des lymphocytes B peut être amplifiée grâce à la présence de corécepteurs tels que CD21, CD19, CD81. Suite à cette stimulation antigénique, le BCR chargé de l'antigène va être internalisé afin de dégrader partiellement l'antigène. Ce dernier sera ensuite apprêté sur les molécules de CMH II sous forme d'un épitope en vue de le présenter aux lymphocytes T CD4 pour délivrer les signaux indispensables à l'activation des lymphocytes B (Kurosaki et al, 2009) (Figure 12). 4. Le contact avec les lymphocytes T CD4 . Dans un premier temps, les lymphocytes T CD4 naïfs vont être activés par les cellules dendritiques qui leurs présentent l'antigène par le CMH II (Gogolák et al, 2003). Cette activation va induire la différentiation d'une partie des lymphocytes T CD4 en lymphocytes pré-TFH qui se localisent à la bordure T-B (Choi et al, 2011 ; Goenka et al, 2011). Ces cellules vont rencontrer les lymphocytes B pré-activés par le signal BCR et qui sur-expriment CCR7 et EBI2, dont le ligand, le 7a, 25- dihydroxycholesterol est présent en grande quantité dans la zone périfolliculaire (Gatto et al, 2009 ; Pereira et al, 2009 ; Kelly et al, 2011). Cette co-localisation permet - 53 - INTRODUCTION ainsi aux lymphocytes T activés de stimuler les lymphocytes B par des interactions spécifiques entre les peptides antigéniques présentés par le CMH II et le TCR (Okada et al, 2005). Cette interaction se voit renforcée par le contact de la molécule CD4 avec le CMH II mais également par l'interaction entre les protéines LFA- 1/ICAM-1 et CD28/CD86, présentes à la surface des lymphocytes T et B respectivement. Ces interactions induisent la synthèse de cytokines par les lymphocytes T nécessaires à la survie des lymphocytes B. D'autres signaux interviennent dans la prolifération et la différenciation des lymphocytes B tels que l'interaction Icos/IcosL ainsi que CD40L/CD40 exprimés par les lymphocytes T et B (Chevrier et al, 2012). De plus certains de ces lymphocytes T CD4 vont entrer dans les follicules et se différencier en lymphocytes TFH indispensables à la réaction du GC. Suite à la rencontre entre le lymphocyte T et le lymphocyte B, ce dernier pourra se différencier soit en plasmocyte extrafolliculaire produisant des IgM de faible affinité, ou en lymphocyte B du centre germinatif qui pourra se différencier en plasmocyte producteur d'anticorps de forte affinité pour l'antigène ou en B mémoire. Ici, je ne détaillerai que la voie du centre germinatif (Figure 12). 5. Réaction du centre germinatif. La stimulation par les lymphocytes T induit une diminution de l'expression d'EBI2 et de CCR7, permettant l'entrée des lymphocytes B dans le GC de façon CXCR4 et CXCR5 dépendante mais également par l'induction de l'expression de S1PR2. S1P, le ligand de S1PR2 est présent en quantité plus faible au sein des follicules et l'interaction S1P/S1PR2 est supposée inhiber la migration des B et donc les contenir au sein du GC (Green et al, 2011 ; Wang et al, 2011). Les lymphocytes B vont subir tout d'abord une phase d'hyperprolifération provoquant la formation de la zone sombre du GC o les lymphocytes B seront appelés centroblastes. Ces cellules vont exprimer l'enzyme AID qui provoque la modification du BCR par des mutations aléatoires dans la partie hypervariable des immunoglobulines (Muramatsu et al, 2000). L'expression de CXCR4 à la surface des centroblastes diminue progressivement leur permettant de quitter la zone sombre riche en CXCL12 pour migrer dans la zone claire du GC en réponse à CXCL13 produit par les FDCs et les TFH (Allen et al, 2004). Les cellules, nommées centrocytes, vont démarrer la première - 54 - INTRODUCTION étape de sélection basée sur la capacité du BCR muté à se lier à l'antigène présenté par les FDCs créant une synapse immunologique stabilisée par les interactions entre les molécules d'adhésion LFA-1/ICAM-1 et very late antigen-4 (VLA-4)/vascular cell adhesion molecule-1 (VCAM-1) présentes à la surface des lymphocytes B et des FDCs respectivement (Vinuesa et al, 2010). Les FDCs produisent de nombreux facteurs de survie des lymphocytes B du GC tels que l'IL-15, HGF, Shh, B-cell activating factor (BAFF), Wnt5a (Park et al, 2004 ; Sacedon et al, 2005 ; Tjin et al, 2005 ; Kim et al, 2012), mais récemment, il a été montré que la présence de FRCs, situées à la périphérie de la zone B, supportent l'homéostasie des lymphocytes B par la production de BAFF (Cremasco et al, 2014). Cependant, le contact B-FDC est de courte durée et l'étape limitante du processus de sélection semble être le contact avec les TFH du GC auxquels les lymphocytes B vont présenter des peptides issus des antigènes captés sur les FDCs. Seuls les lymphocytes B présentant beaucoup d'antigènes pourront être sauvés de l'apoptose par le contact avec les TFH exprimant CD40L, ICOS et produisant des cytokines de survie et de différentiation telles que l'IL-21. Ils peuvent alors être ré-adressés dans la zone sombre pour subir de nouveaux cycles de prolifération/mutation ou se différencier en plasmocytes et B mémoires. Les lymphocytes B de plus faible affinité sont éliminés par apoptose et phagocytose par les macrophages à corps tangibles des GC (Vinuesa et al, 2010 ; Shulman et al, 2014). Enfin, Les lymphocytes B vont subir la commutation de classe par l'expression d'AID. Le contexte cytokinique, créé par les TFH mais aussi les FDCs joue un rôle important puisque la présence d'IL-4 induit le switch vers un phénotype IgG1 et IgE, alors que l'IFN- induit la classe IgG2a et le TGF- ainsi que la production de FDC-SP induisent la production d'IgA (Garin et al, 2010 ; McHeyzer- Williams et al, 2012 ; Hou et al, 2014) (Figure 12). - 55 - INTRODUCTION Figure 13. Différenciation des lymphocytes B T-dépendante. Lors de leur entrée dans le ganglion, les lymphocytes B et T naïfs vont être activés par des cellules présentatrices de l'antigène. Les cellules activées vont migrer à la bordure de la zone B/T et interagir par la fixation du CMH II et du TCR. Les lymphocytes pré-TFH vont stimuler les lymphocytes B activés par la production d'IL-2 et d'IL- 4 et induire la diminution d'expression des récepteurs CCR7 et EBI2 permettant aux lymphocytes B de migrer dans le centre germinatif en réponse au CXCL12 produit par les FDCs. Les lymphocytes B vont subir une phase d'hyperprolifération et seront nommés centroblastes (CB). Ces cellules vont exprimer AID induisant ainsi des modifications de leur BCR. La diminution d'expression du CXCR4 permet au centroblastes de migrer dans la zone claire en réponse au CXCL13 produit par les FDCs et TFH et qui fournissent également les différents signaux permettant la survie et la différenciation des lymphocytes B sélectionnés en B mémoires ou en plasmocytes. II. Le lymphome folliculaire. A. Caractéristiques du lymphome folliculaire. Le FL, qui est une pathologie indolente et incurable, représentant environ 20% des lymphomes non Hodgkinien. L'âge moyen des patients est d'environ 60 ans avec une moyenne de survie de 10 ans et lors du diagnostic, la majorité des patients présentent une dissémination de la maladie. De plus, dans environ 35% des cas, le FL se transforme en un lymphome agressif de type DLBCL (Montoto et al, 2007). Le FL se développe à partir de lymphocytes B malins du GC. En effet, ces cellules expriment les marqueurs de surface BCL6 et CD10, qui sont spécifiques des - 56 - INTRODUCTION cellules présentent dans les GCs et possèdent un profile d'expression génique similaire aux centrocytes et/ou centroblastes (Shaffer et al, 2012). Dans 90% des cas, les cellules tumorales portent la translocation t(14 ; 18) qui est considérée comme étant le premier événement du processus de lymphomagenèse. Cette translocation a lieu lors des réarrangements V(D)J des chaines d'immunoglobulines dans la moelle osseuse. Cette translocation provoque le réarrangement du gène codant pour la protéine anti-apoptotique Bcl-2 avec celui codant pour la chaine lourde des immunoglobulines (IgH) induisant ainsi l'expression constitutive de Bcl-2. Les lymphocytes B naïfs sortant de la moelle osseuse et migrant dans les ganglions lymphatiques, possèdent donc un avantage de survie. En effet, lors de la réaction du centre germinatif, les cellules exprimant un BCR de faible affinité sont éliminés par apoptose. La surexpression de la protéine Bcl-2 permet ainsi à ces cellules de survivre même en exprimant un BCR de faible affinité pour l'antigène. En revanche, cette translocation chromosomique a elle seule n'est pas suffisante pour induire la pathologie et est retrouvée à faible fréquence dans les cellules circulantes de la plupart des sujets sains suggérant l'existence d'anomalies additionnelles, génétiques ou non, responsables de l'induction du processus de lymphomagenèse (Schler et al, 2009 ; Roulland et al, 2011). induisent certaines mutations D'autres mutations récurrentes ont été décrites dans des gènes codant pour des enzymes induisant des modifications épigénétiques au niveau des histones. En effet, l'inactivation des acétyltransférases CREBBP/EP300 (Pasqualucci et al, 2011) ainsi que de la méthyltransférase MLL2 et du facteur de transcription MEF2B, pouvant provoquer des modifications dans la régulation de certains gènes (Morin et al, 2011). D'autres mutations, quant à elles, peuvent induire des gains de fonction comme pour le gène de la famille des Polycombs EZH2, qui sont des inhibiteurs de la transcription, et qui vont avoir un effet sur des gènes antiprolifératif normalement exprimés au stade centroblaste (Morin et al, 2010). De plus, des délétions chromosomiques ont également été décrites dans le FL, comme la perte de la région chromosomique 6q qui est fréquemment décrite. Dans cette région, le gène TNFAIP3/A20 est retrouvé et est décrit comme étant impliqué dans la signalisation de la voie NF-B et son absence provoque l'activation constitutive de cette signalisation (Cheung et al, 2009). Le gène EPHA7 codant pour un récepteur soluble à activité tyrosine kinase, est également retrouvé délété dans le - 57 - INTRODUCTION FL et est décrit comme un gène suppresseur de tumeur. En effet, EPHA7 a la capacité de lier son récepteur, EPHA2, localisé à la surface des lymphocytes B tumoraux prévenant l'activation de la voie de signalisation ERK ainsi que d'autres kinases SRC. En son absence, la voie de signalisation ERK n'est plus régulée et le processus de lymphomagenèse est accéléré (Oricchio et al, 2011) (table 3). favoriseraient un contact avec De façon intéressante, certaines de ces anomalies génétiques ne sont pas oncogéniques en elles-mêmes mais le microenvironnement tumoral. C'est le cas des mutations du gène HVEM/TNFRSF14 qui peuvent induire la perte d'expression de la protéine ou une diminution de son affinité pour son récepteur BTLA présent notamment à la surface des TFH et o, dans un contexte sain, la protéine HVEM se lie à son récepteur BTLA délivrant un signal inhibiteur pour la prolifération des lymphocytes T (Cheung et al, 2010 ; leu2011266a, 2012) (Tableau 2). De la même façon, l'introduction de sites de N-glycosylation dans la partie variable du BCR permet la fixation de lectines de type-C comme le récepteur au mannose et dendritic cell-specific intercellular adhesion molecule-3-gabbing non- integrin (DC-SIGN) qui sont exprimées par les cellules dendritiques ainsi que les macrophages (Zhu et al, 2002 ; Coelho & Krysov, 2010). On pourrait donc supposer que ces anomalies induisent de nouvelles signalisations promouvant la survie des lymphocytes B tumoraux du GC. Tableau 2. Anomalies génétiques additionnelles nécessaires au processus de lymphomagenèse. D'après Kridel et al, 2012. - 58 - INTRODUCTION B. Niche tumorale de soutien du lymphome folliculaire. Le FL se développe dans les ganglions lymphatiques mais dans 40 à 70% des cas, une infiltration de la moelle osseuse est observée. Les lymphocytes B tumoraux sont fortement dépendants de leur microenvironnement cellulaire car ils sont incapables de survivre et de proliférer seuls. En effet, les cellules environnantes leur délivrent des signaux de prolifération, de survie et leur permettent également d'acquérir une résistance aux chimiothérapies. 1. Niche ganglionnaire. a) Les cellules stromales. Les fibroblastes associés au cancer ( cancer-associated fibroblasts ou CAFs) sont phénotypiquement et fonctionnellement différents de leurs homologues normaux et jouent un rôle primordial dans le développement tumoral et la progression de nombreux cancers. Dans le cas du FL, les CAFs possèdent de nombreuses similitudes avec le stroma lymphoïde mais montrent un phénotype altéré en comparaison aux cellules stromales de ganglions lymphatiques normaux. En effet, on assiste à une hyperactivation du réseau de FRCs accompagnée d'une perte progressive des marqueurs typiques des FDCs (Thomazy et al, 2003 ; Jin et al, 2011). Le rôle précis des FRCs, des FDCs résiduelles et des MRCs dans le FL reste à déterminer avec précision. D'une façon générale, les cellules stromales sont impliquées dans le recrutement des lymphocytes B tumoraux par le relargage de CXCL12 et de CXCL13. De plus, elles jouent un rôle dans la survie des cellules tumorales par la production de différents facteurs tels que le ligand Hedgehog, BAFF, IL-15, HGF. La molécule d'adhésion VCAM-1 contribue également à la survie des lymphocytes B tumoraux en délivrant des signaux anti-apoptotiques (Sacedon et al, 2005 ; Tjin et al, 2005). Les cellules stromales, et plus particulièrement les FDCs, peuvent également jouer un rôle sur la résistance des lymphocytes B tumoraux aux traitements. En effet, la liaison des lymphocytes B tumoraux aux FDCs via les molécules d'adhésion LFA- 1/ICAM-1, mais également par la liaison de VLA-4 à VCAM-1 et ICAM-1/récepteur C3 provoque la surexpression de la molécule multidrug resistance protein 1 (MDR1) par les cellules tumorales. Cette protéine transmembranaire, qui appartient à la - 59 - INTRODUCTION famille des intracellulaire des drogues (Yagi et al, 2013). transporteurs ATP-binding cassette (ABC), permet l'élimination Les cellules stromales peuvent également avoir un effet indirect sur le développement du FL. En effet, il a été décrit que les CSMs médullaires de patients atteints de FL sur-expriment la chimiokine CCL2 qui provoque le recrutement des monocytes au sein du microenvironnement tumoral. D'autres signaux vont induire la différenciation de ces monocytes en macrophages de type TAMs associés à un phénotype pro-angiogénique et anti-inflammatoire (Guilloton et al, 2012). De plus, la surexpression de l'IFN- dans le microenvironnement tumoral induit la production par les cellules stromales de l'indoléamine-2, 3 dioxygénase (IDO), qui est une enzyme immunosuppressive inhibant la prolifération des lymphocytes T ainsi que la réponse immunitaire anti-tumorale provoquant l'échappement tumorale (Maby-El Hajjami et al, 2009) (figure 13). b) Les lymphocytes T CD4 . Les lymphocytes T CD4 infiltrant le FL ont un profil d'expression génique particulier (Kiaii et al, 2013) et un phénotype complexe reflétant à la fois une activation, marquée par l'expression forte de CD69 (Hilchey et al, 2011) et un certain niveau d'exhaustion, révélé par l'expression de TIM-3 ou programmed death-1 (PD- 1) (Yang et al, 2012). En réalité, cela reflète l'hétérogénéité de ce compartiment, qui apparat en particulier très riche en lymphocytes TFH fonctionnels. Les lymphocytes TFH de FL possèdent une signature génique distincte des lymphocytes TFH d'amygdales, associée notamment à une surexpression de l'IL4, de l'IL2, de l'IFNG, du TNF et du CD40L (Pangault et al, 2010 ; Amé-Thomas et al, 2012). L'augmentation de la production d'IL-4 provoque en particulier l'activation des lymphocytes B tumoraux via les protéines STAT6 et ERK (Calvo et al, 2008 ; Pangault et al, 2010). Les lymphocytes TFH peuvent également agir indirectement sur le développement du FL en modifiant le microenvironnement tumoral. En effet, la surexpression de l'IL-4 précédemment décrite induit la polarisation des monocytes en TAMs qui ont la capacité de soutenir la croissance des lymphocytes B tumoraux (Gocheva et al, 2010). De plus, dans les ganglions lymphatiques de FL, les lymphocytes TFH produisent du TNF et de la lymphotoxine en plus grande quantité. Ces cytokines vont moduler l'effet de soutien du microenvironnement tumoral en - 60 - INTRODUCTION agissant sur la différenciation et le maintien du réseau de cellules stromales lymphoïdes (Amé-Thomas et al, 2007). Les lymphocytes TFH synthétisent également de l'IFN- qui induit la production de l'enzyme IDO par les cellules stromales provoquant l'inhibition de la réponse immunitaire anti-tumorale (Maby-El Hajjami et al, 2009) (figure 13). Une autre sous-population de lymphocytes T, les lymphocytes Tregs, ont été retrouvés en plus grand nombre dans les échantillons de FL que dans les ganglions réactifs de patients sains ou d'amygdales (Yang et al, 2006b ; Amé-Thomas et al, 2012). Les Tregs de FL ont été décrit comme capables d'inhiber les réponses immunitaires anti-tumorales par la suppression de la prolifération et l'activation des lymphocytes T CD4 et CD8 (Yang et al, 2006a). De plus grandes quantité de lymphocytes Tregs, de localisation folliculaire, sont associées à un mauvais pronostic (Farinha et al, 2010). Ces cellules, caractérisées par la co-expression de marqueurs TFH et Treg et de fonctionnalité régulatrice sont appelées TFR (Amé-Thomas et al, 2012). Il a été décrit chez la souris que les lymphocytes TFR contrôlent les réactions du GC en limitant le nombre de lymphocytes TFH et en contrôlant la sélection des lymphocytes B du GC (Linterman et al, 2011). Dans le FL, les cibles des lymphocytes TFR sont inconnues, mais les données laissent penser que ces cellules pourraient inhiber les réponses immunitaires anti-tumorales (figure 13). c) Les cellules myéloïdes. Les TAMs sont souvent utilisés comme des marqueurs pronostics dans le FL. En effet, il a été décrit qu'un nombre élevé de macrophages CD163 et de macrophages CD68 est associé à un mauvais pronostic chez des patients traités par chimiothérapie (Farinha et al, 2005). De plus, le nombre de monocytes circulants, de phénotype immunosuppresseur, caractérisé par une forte expression du CD14 et d'une faible expression du HLA-DR, est inversement corrélé à la survie des patients atteints de lymphomes folliculaires ou de DLBCLs (Clear et al, 2010 ; Lin et al, 2011). La protéine BAFF, l'un des principaux facteurs de croissance des lymphocytes B, est produite par les cellules myéloïdes, mais son taux circulant reste inchangé dans le FL. En revanche, un polymorphisme dans le gène tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 13B (TNFSF13B)/BAFF est associé au risque de développer un FL (Novak et al, 2009). Dans seulement 10% des cas de FL, des - 61 - INTRODUCTION mutations dans le gène TNFRSF13C/BAFF-R sont détectées et sont associées à une augmentation de la signalisation induite par BAFF (Hildebrand et al, 2010). Les TAMs présents dans le microenvironnement tumoral produisent de grandes quantités d'IL-15 et d'IL-15Ra, deux molécules inductibles par l'IFN- et la molécule CD40L, qui sont surexprimées par les TFH de FL. L'IL-15 trans-présentée par les macrophages est capable d'activer la signalisation STAT5 dans les lymphocytes B tumoraux en présence d'une co-stimulation CD40 induite par le contact avec les TFH. Enfin, les TAMs contribuent à l'inhibition de la réponse immunitaire notamment par IL4I1 ainsi qu'à l'angiogenèse (Hu et al, 2005 ; Carbonnelle-Puscian et al, 2009 ; Maby-El Hajjami et al, 2009). la production de la molécule Le compartiment myéloïde du FL présente des caractéristiques spécifiques et contribue également à la progression de la pathologie par le relargage de facteurs de croissance, de molécules angiogéniques et immunosuppressives (figure 19). Figure 14. Activité pro-tumorale du microenvironnement cellulaire. Les cellules stromales recrutent les lymphocytes B tumoraux par la sécrétion de CXCL12 et CXCL13 tout en leur conférant un avantage de survie par la production de BAFF, d'IL-15, de HGF et du ligand Hedgehog ainsi qu'une résistance aux traitement. Les cellules stromales recrutement également les monocytes via la production de la chimiokine CCL2 et induisent leur différenciation en TAMs. Ces cellules agissent directement sur la survie des cellules tumorales par la production de BAFF et par la trans-présentation de l'IL-15. Les cellules stromales, par la production d'IDO, provoquent l'inhibition de la prolifération des lymphocytes T inhibant ainsi la réponse immunitaire anti-tumorale. Les lymphocytes TFH, par la production d'IL-4, induisent l'activation des cellules tumorales mais également la différenciation des monocytes en TAMs. La production de CD40L par les TFH induit également un avantage de survie des lymphocytes B tumoraux. Les lymphocytes Tregs, induisent aussi l'inhibition de la réponse immunitaire anti-tumorale. - 62 - INTRODUCTION d) Action des lymphocytes B tumoraux sur les cellules du microenvironnement. Plusieurs études ont montré que les cellules tumorales ont la capacité de modifier leur environnement cellulaire afin de favoriser leur croissance. Les lymphocytes B malins, par la production de TNF-, contribuent à la lymphoïde des ganglions différenciation et au maintien du réseau stromal lymphatiques envahis promouvant ainsi leur survie et leur prolifération (Amé-Thomas et al, 2007). Ils peuvent également influencer le compartiment des lymphocytes T CD4 , par exemple, en produisant, sous l'influence des TFH, de grandes quantités de CCL22 qui induit le recrutement des lymphocytes Tregs (Rawal et al, 2013). Les cellules tumorales modifient également la balance de différenciation des lymphocytes Th17 en faveur des Tregs notamment via l'expression de CD70 et des molécules de co-stimulation CD80/CD86 (Yang et al, 2007 ; 2009). De plus, la production d'IL-12 par les lymphocytes B tumoraux induit l'expression de TIM-3 à la surface des lymphocytes T provoquant l'inhibition de leur capacité proliférative accompagnée d'une diminution de la production de cytokines (Yang et al, 2012). En parallèle, les lymphocytes B tumoraux vont exprimer un grand nombre de ligands inhibiteurs tels que le CD200, HVEM, programmed death-ligand 1 (PD-L1) ainsi que B7 homolog-3 (B7-H3) se fixant respectivement sur les récepteurs CD200R, BTLA, PD-1 et B7-H3R empêchant ainsi la synapse lytique entre les lymphocytes T et B de se réaliser (Ramsay et al, 2012). Le rôle des B tumoraux dans la formation des TFR reste à élucider mais pourrait mettre en jeu une surproduction d'IL-6 et d'ICOSL (figure 14). leur microenvironnement cellulaire afin de promouvoir leur survie et leur croissance par l'induction de la différenciation des cellules stromales en un stroma lymphoïde mais également par le recrutement, la polarisation et le maintien des lymphocytes T CD4 au sein du microenvironnement tumoral. tumoraux sont donc capables de moduler Les lymphocytes B - 63 - INTRODUCTION Figure 15. Rôle direct des lymphocytes B malins sur leur environnement tumoral. Les cellules tumorales de lymphome folliculaire modulent leur microenvironnement cellulaire par la sécrétion de cytokines induisant la différenciation des cellules stromales en un stroma lymphoïde ainsi que le recrutement et la polarisation des lymphocytes T CD4 afin de promouvoir leur survie et leur croissance. 2. Niche médullaire du FL. Le FL présente dans environ 40 à 70% des cas un envahissement de la moelle osseuse essentiellement sous forme d'agrégats tumoraux paratrabéculaires (Sangaletti et al, 2014). De façon intéressante, les cellules tumorales de la moelle osseuse et des ganglions présentent des caractéristiques cytologiques, transcriptomiques et prolifératives différentes démontrant l'importance de ce microenvironnement dans l'évolution et/ou la sélection du clone tumoral. Ceci est d'ailleurs confirmé par la présence d'une hétérogénéité intraclonale différente au sein des deux niches tumorales que sont la moelle osseuse et les ganglions lymphatiques (Spence et al, 2014). On retrouve cependant dans la moelle osseuse de FL la présence ectopique de cellules stromales de phénotype lymphoïde, FRCs et FDCs (Vega et al, 2002 ; Rajnai et al, 2012). De plus, une étude menée au sein du laboratoire, a pu mettre en évidence que les CSMs de la moelle osseuse issues de patients atteints de FL avaient une capacité plus importante pour soutenir la croissance des lymphocytes B tumoraux en comparaison aux cellules provenant de sujets sains. La réalisation d'une étude transcriptomique a pu mettre en évidence que les CSMs de patients atteints de FL montraient un profil d'expression génique - 64 - INTRODUCTION proche de celui des FRCs suggérant un engagement in situ vers une différenciation lymphoïde (Guilloton et al, 2012). Un enrichissement local en lymphocytes T CD4 est également retrouvé dans les moelles de FL (Wahlin et al, 2012). Ces données montrent ainsi que les cellules tumorales de FL induisent des changements au sein du microenvironnement cellulaire lui conférant ainsi de meilleures aptitudes pour le soutien du développement tumoral. III. Le DLBCL. Le DLBCL est le lymphome non Hodgkinien le plus fréquent puisqu'il représente environ 30 à 35% de ces lymphomes et l'âge moyen des patients est d'environ 65 ans. A l'inverse du FL, le DLBCL est une pathologie agressive mais curable dans environ 50% des cas. Ce lymphome peut être divisé en deux sous groupes majeurs basés sur l'expression génique des cellules tumorales. On retrouve les DLBCL de type GC (germinal centre B-cell like) et les DLBCL de type ABC (activated B-cell) dont le pronostic est radicalement différent (Alizadeh et al, 2000). L'existence dans le DLBCL de très nombreuses altérations génétiques ciblant les voies de signalisation, notamment celle du BCR, a conduit à l'idée générale que cette pathologie est indépendante de son microenvironnement. Cependant, il a pu être mis en évidence plus récemment des signatures du microenvironnement de valeur pronostique dans le DLBCL. La signature génique stroma 1, de bon pronostic, regroupe des gènes exprimés par les cellules mésenchymateuses codant pour les composants de la matrice extracellulaire ainsi que les protéases la remodelant. Cette signature rassemble également des gènes exprimés par les cellules myéloïdes. La signature génique stroma 2, nommée également switch angiogénique, regroupe essentiellement des gènes exprimés par les cellules endothéliales ainsi que des régulateurs clés de l'angiogenèse. Les DLBCLs présentant cette signature génique possèdent une densité vasculaire augmentée et sont associés à un pronostic défavorable (Lenz et al, 2008). Dans le DLBCL, les cellules myéloïdes jouent sans doute un rôle central comme le montre le caractère prédictif d'un taux élevé de cellules MDSCs circulantes et d'un ratio monocytes/lymphocytes élevé (Porrata et al, 2012 ; Tadmor et al, 2013). - 65 - INTRODUCTION De plus, il a été décrit que la présence de polynucléaires neutrophiles au sein du microenvironnement tumoral jouait également un rôle sur le développement de la pathologie due à la production de la protéine a proliferation-inducing ligand (APRIL) par ces cellules (Schwaller & Schneider, 2007), cette notion étant détaillée par la suite. De plus, les cellules tumorales de DLBCL ont la capacité d'induire au sein des lymphocytes T un défaut de recrutement des protéines impliquées dans le remodelage du cytosquelette nécessaire à la synapse immunologique entre les lymphocytes B et les lymphocytes T (Ramsay et al, 2009). formation de la - 66 - INTRODUCTION Chapitre 3. Vers un rôle des polynucléaires neutrophiles dans la lymphomagenèse B ? I. Interactions entre les polynucléaires neutrophiles et les lymphocytes B. L'interaction entre les polynucléaires et les lymphocytes B a été très peu étudiée jusqu'à la démonstration récente que les polynucléaires neutrophiles pouvaient être des producteurs de deux facteurs de survie cruciaux pour les lymphocytes B : BAFF et APRIL. Ceci a ouvert la voie à une étude plus exhaustive du dialogue entre ces deux types cellulaires. A. Rôle des protéines BAFF et APRIL dans le développement des lymphocytes B. Les protéines BAFF et APRIL, qui appartiennent à la famille du TNF, sont des immunitaires et plus l'homéostasie des cellules intervenant dans facteurs particulièrement des lymphocytes B. La protéine BAFF, appelée également zTNF4, THANK, TALL-1 et TNFSF- 13b, joue un rôle essentiel dans la différenciation et la prolifération des lymphocytes B mais également dans la production d'immunoglobulines. En effet, des souris délétées pour le gène codant la protéine BAFF ont la capacité de produire et de relarguer des lymphocytes B immatures issus de la moelle osseuse. En revanche ces cellules présentent un défaut de maturation et sont incapables de réaliser correctement la réponse immunitaire humorale (Gross et al, 2001 ; Schiemann et al, 2001). La protéine APRIL, appelée également TRDL-1a, TALL-2, zTNF2 et TNFSF13, permet d'augmenter la présentation des antigènes aux lymphocytes B, de co-stimuler leur prolifération et d'induire la survie des lymphocytes B et des plasmocytes. La protéine APRIL intervient également dans la recombinaison de classe des immunoglobulines, régule la tolérance des lymphocytes B et co-stimule les lymphocytes T activés (Tecchio et al, 2013). Les protéines BAFF et APRIL vont dans un premier temps être produites sous forme transmembranaire avant d'être clivées par des protéases au niveau de l'appareil de Golgi leur permettant ainsi d'être relarguées sous forme soluble dans le - 67 - INTRODUCTION milieu extracellulaire sous forme trimérique active (Nardelli et al, 2001). Cette protéine est produite majoritairement par les monocytes, macrophages, cellules dendritiques, lymphocytes T activés, les cellules stromales lymphoïdes ainsi que par les polynucléaires neutrophiles. Une publication récente suggère que BAFF pourrait être produite par les TFH chez la souris mais ces travaux mériteraient d'être confirmés chez l'Homme (Goenka et al, 2014). Il a été décrit que l'IFN- ainsi que l'IL-10 induit la surexpression de BAFF par les monocytes, les macrophages et les cellules dendritiques alors que le G-CSF induit une production largement augmentée de la protéine BAFF par les polynucléaires neutrophiles. De plus, les cellules dendritiques ainsi que les polynucléaires neutrophiles ne relarguent que la forme soluble de BAFF (Moore et al, 1999 ; Craxton et al, 2003 ; Scapini et al, 2003 ; Zhang et al, 2005). La protéine APRIL, quant à elle, n'existe que sous forme soluble et est majoritairement produite par les précurseurs myéloïdes, les monocytes, les macrophages, les cellules dendritiques, les polynucléaires neutrophiles et les lymphocytes T activés (Scapini et al, 2003 ; Mohr et al, 2009). Les protéines BAFF et APRIL ont la capacité de se fixer sur deux récepteurs communs : transmembrane activator and calcium modulator and cyclophilin ligand interactor (TACI) et B cell maturation antigen (BCMA). BAFF peut également lier spécifiquement le récepteur-BAFF (BAFF receptor ou BAFF-R) (Day et al, 2005) et seule la protéine APRIL a la capacité de se lier aux protéoglycanes de type héparane sulfate lui servant de co-récepteur permettant d'induire plus fortement la signalisation d'APRIL en augmentant localement sa concentration à la surface des cellules (Ingold, 2005). Les trois récepteurs liant les protéines BAFF et APRIL ont des profils fonction des étapes de fonctions bien distinctes en d'expression et des développement des lymphocytes B : le récepteur BAFF-R est absent lors des premiers stades de différenciation des lymphocytes B et n'apparat qu'à partir du stade de lymphocyte B immature exprimant le BCR (Mihalcik et al, 2010). Il a été décrit que BAFF-R joue un rôle essentiel pour la survie et la maturation des lymphocytes B. En effet, la délétion du gène codant pour BAFF-R dans un modèle murin provoque l'arrêt de la maturation des lymphocytes B transitionnels alors que des mutations dans le gène BAFF-R induisent un phénotype moins drastique puisque des lymphocytes B - 68 - INTRODUCTION matures sont produits mais possèdent en revanche une durée de vie plus courte (Thompson et al, 2001 ; Yan et al, 2001). le récepteur TACI n'est exprimé qu'à la surface des cellules matures telles que les lymphocytes B de la zone marginale de la rate. Ce récepteur intervient dans les réponses immunitaires T indépendantes (Blow et al, 2001), ainsi que dans la commutation isotypique des lymphocytes B (Castigli et al, 2005). Le récepteur TACI permet également de réguler le nombre de lymphocytes B et de lymphocytes TFH par l'activation de voies de signalisation négatives pour la survie de ces cellules (Ou et al, 2012). En effet, des modèles murins délétés pour le gène TACI développent une auto-immunité ainsi que des hyperplasies à lymphocytes B (Seshasayee et al, 2003). lui, n'est exprimé que par le récepteur BCMA, quant à les plasmablastes et les plasmocytes permettant à ces derniers de prolonger leur survie. La délétion du gène BCMA provoque l'absence de plasmocytes matures (O'Connor et al, 2004) (figure 16). Figure 16. Les protéines BAFF et APRIL et leurs récepteurs. La protéine BAFF peut être exprimée sous forme membranaire et sous forme soluble alors que la protéine APRIL n'est produite que sous forme soluble. La protéine BAFF se fixe sur les récepteurs BAFF-R, BCMA et TACI. La protéine APRIL a la capacité de se lier aux récepteurs BCMA, TACI ainsi qu'aux protéoglycanes de type héparane sulfate. D'après Vincent et al, 2013. - 69 - INTRODUCTION B. Production des protéines BAFF et APRIL par les polynucléaires neutrophiles. Les polynucléaires neutrophiles ont la capacité de produire de grandes quantités de BAFF soluble lorsque ces derniers sont activés par des cytokines inflammatoires telles que le G-CSF, ou encore l'IFN- et l'IFN- en moindre mesure (Scapini et al, 2003). De plus, la sécrétion de BAFF dans le milieu extracellulaire n'a lieu que lorsque les polynucléaires neutrophiles sont exposés à des stimuli pro- inflammatoires tels que le CXCL1, l'IL-8, le C5a, la leucotriène B4, le TNF-, le LPS ou encore le fMLP. En revanche, seules les cytokines G-CSF, IFN- et INF- induisent la surexpression génique et protéique de BAFF (Scapini et al, 2005). Il a été décrit que les polynucléaires neutrophiles n'expriment pas la forme membranaire de BAFF suite à leur exposition aux différentes molécules. Contrairement aux autres cellules produisant la protéine BAFF, les polynucléaires neutrophiles modifient intracellulairement cette protéine par des protéases, la furine et la pro-protéine convertase associée à l'appareil de Golgi. Les modifications engendrées permettent ainsi aux polynucléaires neutrophiles de produire une protéine BAFF sous forme soluble et biologiquement active sans passer par la forme membranaire (figure 17). La protéine APRIL est produite par les monocytes, les cellules dendritiques et les macrophages après stimulation par de l'IFN, du CD40L ou encore des agonistes des TLRs (Dillon et al, 2006). La production d'APRIL n'a été décrite que très récemment chez les polynucléaires neutrophiles lors d'analyses in situ de tumeurs (Mhawech-Fauceglia et al, 2006 ; Schwaller & Schneider, 2007). Cette protéine, qui n'est produite que sous forme soluble, est modifiée comme BAFF, par la pro-protéine convertase permettant ainsi la sécrétion de protéines bioactives (Dillon et al, 2006). Les polynucléaires neutrophiles circulants expriment de manière constitutive l'ARNm codant pour APRIL et possèdent également un pool intracellulaire de cette protéine (Schwaller & Schneider, 2007). En revanche, les stimuli induisant l'expression et la production d'APRIL par les polynucléaires neutrophiles restent encore inconnus. Les polynucléaires neutrophiles qui représentent environ 70% des leucocytes circulants du sang périphérique sont donc une source majeure des protéines BAFF et APRIL. - 70 - INTRODUCTION Figure 17. Mécanismes régulant la production et le relargage de la protéine BAFF. Les polynucléaires neutrophiles, stimulés par des cytokines inflammatoires (G-CSF et IFN-), produisent de grandes quantités de BAFF. La sécrétion de cette protéine est induite par un second stimulus pro- inflammatoire (CXCL1, IL-8, C5a, leucotriène B4, TNF-, LPS ou fMLP). D'après Scapini et al, 2008. C. Interactions des polynucléaires neutrophiles et des lymphocytes B normaux. 1. Stimulation de la diversification et de la production des immunoglobulines dans la zone marginale de la rate. Les polynucléaires neutrophiles ont la capacité de moduler la réponse immunitaire adaptative par la fixation sur leurs récepteurs, Fc et Fc, des IgG et IgA produits par les lymphocytes B et retrouvés sur les micro-organismes. Cette fixation entrane l'activation des fonctions effectrices des polynucléaires neutrophiles, comme la production des protéines BAFF et APRIL, qui sont des facteurs favorisant la survie et la différenciation des lymphocytes B, mais également en induisant la production d'IgM et de provoquer la commutation isotypique des IgM en IgG ou IgA indépendamment du CD40L (Scapini et al, 2003). Ces réponses immunitaires indépendantes des lymphocytes T ont lieu dans la zone marginale de la rate, décrite comme étant l'interface entre la circulation sanguine et le système immunitaire. Suite à ces observations et aux études mettant en évidence que des sous- populations granulocytaires telles que les basophiles ou encore les éosinophiles, jouent un rôle dans la production d'immunoglobulines par les cellules B1 Puga et son équipe se sont intéressés au rôle que pourrait jouer les polynucléaires neutrophiles dans la zone marginale de la rate. Les auteurs ont pu mettre en évidence que les polynucléaires neutrophiles du sang périphérique migrant dans la rate voient leur phénotype modifié par les cellules endothéliales sinusoïdales et les macrophages qui sécrètent de l'IL-10. Ces polynucléaires neutrophiles, se situant à la périphérie de la zone marginale, interagissent avec les lymphocytes B par l'intermédiaire de leur - 71 - INTRODUCTION projection de NETs, et sont nommés des B-cell helper neutrophils (NBH). Il a été décrit que ces cellules produisent des chimiokines telles que CXCL12 et CXCL13 qui permettent le recrutement des lymphocytes B mais produisent également les molécules BAFF, APRIL et IL-21 qui interviennent dans la survie et la prolifération des lymphocytes B. Les auteurs ont également montré l'existence de deux sous- population de NBH : les NBH1 et les NBH2. Les NBH1, qui possèdent une activité transcriptionnelle relativement élevée, seraient dans une phase préparatoire alors que les NBH2, eux, seraient dans une phase mature accompagnée d'une grande quantité de protéines intracellulaires et une capacité de sécrétion plus importante stimulant plus facilement les lymphocytes B de la zone marginale. En comparaison aux polynucléaires neutrophiles circulants, les NBH1 ainsi que les NBH2 expriment fortement les TLRs, HLA-II, CD86, IL-1, IL-6, IL-8, IL-12 ainsi que le TNF. Les NBH2 ont la capacité d'amplifier leurs activités envers les lymphocytes B par la formation du NET. Ainsi, les NBH2 provoquent la sécrétion rapide d'IgM par les lymphocytes B de la zone marginale et induisent également l'expression d'AID qui intervient dans la commutation isotypique des IgM en IgG et IgA (Puga et al, 2012). Cependant, les observations majeures décrites dans cette étude restent très controversées. En effet, une étude parue en 2014 n'a pas pu reproduire ces données. Les caractéristiques phénotypiques et fonctionnelles des NBH1 et NBH2 précédemment décrites n'ont pas pu être retrouvées. Une explication pourrait être la qualité des échantillons utilisés dans ces deux études, très en faveur de la deuxième qui utilise des échantillons frais. De plus, lors de la purification des polynucléaires neutrophiles spléniques, les auteurs ont pu constater une contamination en lymphocytes B IgG ce qui ne permet pas de déterminer le rôle des polynucléaires neutrophiles sur les commutations isotypiques des lymphocytes B (Nagelkerke et al, 2014). D'ailleurs, les travaux les plus récents du groupe de Cerutti reviennent sur leurs propres données en attribuant l'effet de soutien BAFF-dépendant des B de la zone marginale de la rate à un tout autre type cellulaire, les innate lymphoid cells type 2 (ILC2), les polynucléaires neutrophiles agissant potentiellement à un stade ultérieur de maturation (Magri et al, 2014). - 72 - INTRODUCTION 2. Formation de la niche plasmocytaire dans la moelle et les muqueuses. Après la différenciation des lymphocytes B en plasmablastes, ces cellules migrent dans un environnement approprié afin de terminer leur différenciation en plasmocytes matures et survivre pendant une période très prolongée. La moelle osseuse induit le recrutement des plasmablastes par la production de CXCL12 et les maintiennent par la production d'IL-6, d'APRIL ainsi que des ligands de la molécule d'adhésion CD44 tels que l'acide hyaluronique, l'ostéopontine, le collagène et les MMPs (Chu & Berek, 2013 ; Jourdan et al, 2014). La protéine APRIL apparat être une protéine essentielle au maintien des plasmocytes puisque sa délétion induit une diminution du nombre de plasmocytes dans la moelle osseuse (Belnoue et al, 2008). La formation de niches plasmocytaires est réalisée par le recrutement et l'interaction des plasmablastes aux cellules stromales via les molécules d'adhésion VLA- 4/VCAM-1 mais également par le recrutement des polynucléaires éosinophiles qui apparaissent être la source principale d'APRIL (Chu et al, 2011). La sécrétion d'immunoglobulines par les plasmocytes va induire l'activation des polynucléaires éosinophiles provoquant la production de grandes quantités de facteurs de survie par ces derniers mais également de TGF- et d'IL-1 induisant la production d'IL-6 et de CXCL12 par les cellules stromales (Chu et al, 2011 ; Chu & Berek, 2013). La production de toutes ces cytokines permet ainsi le maintien de la survie des plasmocytes mais également le recrutement de nouvelles cellules dans les niches plasmocytaires. Les plasmablastes peuvent également migrer dans les tissus lymphoïdes associés aux muqueuses et plus particulièrement lorsque ces derniers présentent une inflammation. Dans les muqueuses, l'épithélium joue un rôle important dans les réponses antigéniques. En effet, lors de la stimulation des cellules épithéliales par des pathogènes via leurs TLRs, ces cellules produisent des chimiokines permettant le recrutement des plasmocytes ainsi que des polynucléaires neutrophiles par la production d'IL-8 (Godaly et al, 2001 ; Kunkel & Butcher, 2003). Les polynucléaires neutrophiles vont sécréter de grandes quantités d'APRIL se fixant ainsi sur les protéoglycanes des cellules endothéliales et des plasmocytes, ces derniers exprimant de grandes quantités de syndécane-1. Cette accumulation d'APRIL crée - 73 - INTRODUCTION une niche pour les plasmocytes tout en stimulant leur survie par l'induction de l'expression de protéines anti-apoptotiques telles que bcl-2, bcl-XL et mcl-1. De plus, les plasmocytes localisés au niveau de la zone sous-épithéliale des cryptes infectées se retrouvent ainsi proches des pathogènes réalisant la réponse immunitaire humorale par la production d'IgG et d'IgA en l'absence de production d'IgM (Huard et al, 2010) (figure 18). Figure 18. Formation de la niche plasmocytaire dans les muqueuses. Après activation des TLRs, les cellules endothéliales produisent des chimiokines permettant le recrutement des plasmocytes et des polynucléaires neutrophiles. Les cellules endothéliales et les polynucléaires neutrophiles vont produire de grandes quantités d'APRIL permettant de créer une niche pour les plasmocytes pouvant ainsi réaliser la réponse immunitaire par la production d'anticorps de type IgG et IgA. D. Interaction des polynucléaires neutrophiles et des lymphocytes B dans un contexte pathologique. 1. Maladies auto-immunes : exemple du lupus. Le lupus érythémateux disséminé (LED) est une maladie auto-immune chronique systémique présentant une grande variété de symptômes cliniques et biologiques incluant une production d'auto-anticorps ainsi qu'une activation et une différenciation anormales des lymphocytes B. Les auto-anticorps retrouvés dans le LED ciblent notamment des antigènes nucléaires comprenant l'ADN double brin, les ribonucléoprotéines, le complexe Ro, la protéine de liaison à l'ARN La, la sous-unité C1q ainsi que des phospholipides (Kamal, 2014). La protéine BAFF apparait jouer un rôle important dans cette pathologie. En effet, dans le sérum des patients atteints de - 74 - INTRODUCTION LED, le taux de protéine BAFF soluble est retrouvé augmenté jouant ainsi sans doute un rôle essentiel pour la survie des lymphocytes B et lors de leur sélection durant le point de contrôle de la phase de transition. De plus, il a été décrit dans un modèle murin que de forts taux de BAFF contribuaient à la production d'anticorps anti-ADN par les lymphocytes B (Zhang et al, 2001). Dans le cas du LED, les cellules productrices de la protéine BAFF soluble n'ont pas été décrites à l'heure actuelle mais des données montrent la présence de cellules dendritiques ainsi que de polynucléaires neutrophiles dans les zones touchées suggérant que ces cellules pourraient être à l'origine de l'augmentation de la concentration sérique de BAFF (Farkas et al, 2001). Il est à noter que les polynucléaires neutrophiles jouent par ailleurs un autre rôle dans le développement du LED. En effet, on note dans cette pathologie un défaut de clairance des corps apoptotiques et une augmentation du nombre de polynucléaires neutrophiles activés due à la présence d'auto-anticorps provoquant leur agrégation et empêchant leur phagocytose (Ronnefarth & Erbacher, 2006). L'activation des polynucléaires neutrophiles se traduit par une augmentation du taux sérique de protéines bactéricides produites et relarguées ainsi que par la formation de NET (Sthoeger et al, 2009). Le NET n'étant pas éliminé correctement contribue au développement de cette pathologie (Hakkim et al, 2010 ; Villanueva et al, 2011). 2. Néoplasies à lymphocytes B. A ce jour, le rôle des polynucléaires neutrophiles a essentiellement été envisagé dans le myélome multiple et le DLBCL même si les protéines BAFF/APRIL peuvent avoir un effet pro-tumoral dans la plupart des néoplasies B matures. a) Le myélome multiple. Le myélome multiple est une pathologie létale caractérisée par une accumulation d'un clone de plasmocytes malins dans la moelle osseuse. Différents facteurs interviennent dans la croissance et la survie des cellules tumorales tels que l'IL-6, insulin-like growth factor-1 (IGF-1), HGF, IFN-, Epidermal Growth Factor (EGF), IL-10, TNF, la famille des wnts, mais également APRIL et BAFF (Moreaux et al, 2009). - 75 - INTRODUCTION Il a été décrit que les plasmocytes tumoraux expriment les trois récepteurs spécifiques de BAFF (BAFF-R, TACI et BCMA). Les récepteur BAFF-R et TACI sont retrouvés surexprimés à la surface des plasmocytes tumoraux alors que le récepteur BCMA lui, est absent de la surface des cellules mais se trouve retenu dans l'appareil de Golgi (Novak et al, 2004). De plus, les plasmocytes tumoraux, comme leur contrepartie normale, expriment syndécane-1 (Bayer-Garner et al, 2001). De grandes quantités de BAFF et APRIL ont été retrouvées dans le plasma des patients atteints de myélomes multiples et toutes deux exercent un effet de survie sur les plasmocytes tumoraux (Moreaux et al, 2004). L'analyse du profil d'expression génique des plasmocytes tumoraux a permis de mettre en évidence deux sous-groupes de patients selon le niveau d'expression de TACI. Les plasmocytes exprimant fortement TACI étaient proches des plasmocytes matures normaux et présentaient une forte dépendance à leur environnement tumoral médullaire alors que des plasmocytes exprimant faiblement le récepteur TACI possédaient une signature de plasmablastes en accord avec un plus mauvais pronostic (Moreaux, 2005). De façon intéressante, cette étude démontre par ailleurs que ce ne sont pas les cellules tumorales mais bien les macrophages et les polynucléaires neutrophiles infiltrant la tumeur qui produisent BAFF dans cette pathologie. b) Le DLBCL. Dans des modèles murins de surexpression de la protéine APRIL, il a été décrit que ces souris avaient la capacité de développer des néoplasies à lymphocytes B ainsi que des leucémies lymphoïdes chroniques (LLC) (Planelles et al, 2004). Chez l'homme, une surexpression d'APRIL in situ n'a été retrouvée que dans les lymphomes non Hodgkiniens de hauts grades tels que le lymphome de Burkitt et le DLBCL. Les auteurs ont pu mettre en évidence que les cellules qui produisaient majoritairement les polynucléaires neutrophiles. De plus, la forme soluble d'APRIL est retrouvée associée aux cellules tumorales via les protéoglycanes de type syndécane-4 (Schwaller & Schneider, 2007). Même si ce papier, purement descriptif, ne retrouvait pas d'augmentation des taux d'APRIL circulant chez les patients atteints de DLBCL, d'autres études retrouvent des taux importants de BAFF, au diagnostic, taux corrélés à la présence la protéine APRIL étaient - 76 - INTRODUCTION d'atteintes extra-ganglionnaires et avec la survie des patients. L'hypothèse est que BAFF contribuerait à l'activation de la voie NF-B dans cette pathologie (Kim et al, 2008). Cela a été confirmé par des études fonctionnelles élégantes, qui rapportent un effet de BAFF et d'APRIL direct sur les cellules tumorales primaires de patients atteints de DLBCL, mais aussi de FL et de lymphomes de Burkitt (He et al, 2004). Toutes ces données montrent donc que les polynucléaires neutrophiles jouent un rôle essentiel dans le développement de différentes pathologies B en intervenant dans la progression tumorale mais également dans le développement de maladies auto-immunes. Interactions entre IV. neutrophiles dans la progression tumorale. les cellules stromales et les polynucléaires Durant le processus de cancérogenèse, les cellules tumorales vont éduquer les cellules stromales ainsi que les cellules composant le microenvironnement tumoral afin qu'elles acquièrent des fonctions de soutien pour leur développement. Les cellules stromales présentent dans le microenvironnement tumoral sont généralement appelées CAFs. Il existe plusieurs hypothèses sur l'origine des CAFs mais ils dérivent clairement en grande partie de précurseurs mésenchymateux locaux incluant les CSMs (Paunescu et al, 2011 ; Ohlund et al, 2014). L'exposition des CSMs aux facteurs inflammatoires et autres molécules du microenvironnement tumoral permet à ces cellules d'acquérir de nouvelles fonctions induisant ainsi un remodelage du microenvironnement tumoral. Ces cellules créent ainsi des niches tumorales permettant de former de nouvelles interactions entre les cellules tumorales et les autres types cellulaires composant les niches tumorales. De plus, ces cellules vont jouer un rôle primordial dans la prolifération, la mobilité et la chimiorésistance des cellules tumorales (Mishra et al, 2008). Les CSMs ont la capacité de produire des chimiokines qui, pour certaines d'entre elles, peuvent recruter les polynucléaires neutrophiles au sein du microenvironnement tumoral. De plus, il a été bien démontré que les CSMs ont, surtout après activation par des stimuli inflammatoires, un effet anti-apoptotique sur les polynucléaires neutrophiles même si leur action sur leur état d'activation (production de ROS, burst oxydant) reste controversée (Cassatella et al, 2011). Cependant, les mécanismes moléculaires impliqués dans l'activation des - 77 - INTRODUCTION polynucléaires neutrophiles induits par les cellules tumorales ainsi que par les cellules composant le microenvironnement tumoral restent complexes et spécifiques de chaque cancer. Une étude récente dans un modèle de cancer gastrique montre que les CSMs infiltrant ces tumeurs recrutent les neutrophiles, les protègent de la mort, et favorise leur phénotype pro-angiogénique via une activation des voies STAT3 et ERK. L'IL-6, surexprimée par les CSMs isolées de tumeurs semble jouer un rôle crucial dans ce processus. A l'inverse, les neutrophiles induisent la polarisation des CSMs en cellules de type CAF, montrant l'existence d'un dialogue entre ces 2 types cellulaires au sein du microenvironnement cellulaire (Zhu et al, 2014). Une autre étude intéressante a récemment été réalisée dans le domaine de l'hémato-cancérologie. Les souris de fond génétique lpr/lpr déficientes en SPARC, une protéine de la matrice extracellulaire produite en particulier par les cellules stromales, développent en effet une lymphoprolifération proche de la LLC. Cette absence de SPARC est associée à un remodelage de l'architecture stromale lymphoïde, à une amplification et à une activation des neutrophiles qui produisent alors IL-21 et BAFF et ont une tendance exacerbée à produire du NET, phénotype qui déclenche l'activation de la voie NF-B dans les cellules B tumorales. De façon intéressante, une diminution de production de SPARC est retrouvée chez les patients atteints de LLC, en accord avec des images de NET in situ et au stade précoce du FL, en lien avec les altérations du réseau de cellules stromales. Ce travail très original démontre pour la première fois le lien tri-partite entre les caractéristiques stromales, les polynucléaires neutrophiles et les B tumoraux dans des pathologies très dépendantes de leur microenvironnement (Sangaletti et al, 2014). Toutes ces données montrent donc que le rôle des polynucléaires neutrophiles est bien plus complexe que ce qui a été décrit jusqu'à présent. Ainsi, les polynucléaires neutrophiles jouent un rôle majeur dans la réponse immunitaire innée mais depuis ces dernières années, de nouveaux rôles ont émergé. En effet, il a été décrit que les polynucléaires neutrophiles interviennent dans la formation de niche cellulaire mais également dans la progression des tumeurs par un effet direct sur la - 78 - croissance des cellules tumorales et indirectement en jouant sur les cellules du microenvironnement tumoral. INTRODUCTION - 79 - INTRODUCTION - 80 - Objectifs. OBJECTIFS OBJECTIFS - 81 - INTRODUCTION - 82 - OBJECTIFS Objectifs rôle pour les polynucléaires neutrophiles dans Les études sur les polynucléaires neutrophiles ont longtemps été restreintes sur leurs rôles dans la réponse immunitaire innée. Cependant au cours des dernières années, un nouveau le développement tumoral a été mis en évidence. En effet, un grand nombre d'études a souligné leur rôle en tant que marqueurs pronostiques de cancers, mais peu de travaux ont été menées quant à la caractérisation fonctionnelle de ces cellules dans la progression tumorale. C'est pourquoi nous nous sommes interrogés sur un possible rôle direct des polynucléaires neutrophiles dans le microenvironnement des lymphomes B issus du GC mais également à leurs interactions avec un autre constituant majeur de cette niche : les CAFs. Nos objectifs étaient donc de : 1) 2) Etudier l'interaction directe neutrophiles-lymphocytes B tumoraux. Définir de quelle lymphome spécifiquement avec les neutrophiles et ce de façon bidirectionnelle. façon les CAFs de interagissaient 3) En quoi ce dialogue tri-partite pouvait favoriser directement ou indirectement la croissance tumorale. Ces différents aspects sont regroupés dans le schéma suivant : - 83 - OBJECTIFS - 84 - Résultats. RESULTATS RESULTATS - 85 - RESULTATS - 86 - RESULTATS Résultats induisent Les polynucléaires neutrophiles la polarisation des cellules stromales supportant la croissance des cellules tumorales de lymphomes B : un rôle de la voie de signalisation NF-B. Neutrophils trigger the polarization of tumor-supportive stromal cells in B-cell lymphomas : a role for NF-kB signaling pathway. Murielle Grégoire, Fabien Guilloton, Céline Pangault, Frédéric Mourcin, Phaktra Sok, Maelle Latour, Patricia Amé-Thomas, Erwan Flecher, Thierry Fest, and Karin Tarte Article en voie de soumission - 87 - RESULTATS - 88 - Murielle Grégoire1, 2, 3, Fabien Guilloton1, 2, 3, Céline Pangault1, 2, 3, 4, Frédéric Mourcin1, 2, 3, Phaktra Sok1, 2, 3, 5, Maelle Latour3, 4, Patricia Amé-Thomas1, 2, 3, 4, Neutrophils trigger the polarization of tumor-supportive stromal cells in germinal center B-cell lymphomas : a role for NF-kB signaling pathway RESULTATS Erwan Flecher6, Thierry Fest1, 2, 3, 4, and Karin Tarte1, 2, 3, 4 1 INSERM, UMR U917, Equipe Labellisée Ligue Contre le Cancer, Rennes, France 2 Université Rennes 1, UMR917, Rennes, France 3 EFS Bretagne, Rennes, France 4 CHU de Rennes, Pôle de Biologie, Rennes, France 5 CHU de Rennes, Service de médecine de l'enfant et de l'adolescent, Rennes, France 6 CHU de Rennes, Service de Chirurgie Thoracique et Cardiovasculaire, Rennes, France Running title : Neutrophil-stroma crosstalk in lymphoma B-cell niche Correspondence Karin Tarte, INSERM U917, Faculté de Médecine, 2 Avenue du Pr Léon Bernard, F- 35043 Rennes ; e-mail : karin. tarte@univ-rennes1. fr. Phone : 33 (0) 223 234 512, fax : 33 (0) 223 234 958 Abstract word count : 198 Article word count : 4665 Keywords : tumor microenvironment, TAM, TAN, IL-8, follicular lymphoma, diffuse large B-cell lymphoma - 89 - RESULTATS ABSTRACT Both tumor-associated neutrophils (TAN) and cancer-associated fibroblasts (CAF) display specific phenotypic and functional features and contribute to tumor cell niche. However, their bidirectional crosstalk has been poorly studied, in particular in the context of hematological malignancies. Follicular lymphomas (FL) and diffuse large B-cell lymphomas (DLBCL) are two germinal center-derived lymphomas where various cell components of infiltrating microenvironment, including TAN and CAF, have been demonstrated to favor directly and indirectly malignant B-cell survival, growth, and drug resistance. We show here that, besides a direct and contact- dependent supportive effect of neutrophils on malignant B-cell survival, mediated through the BAFF/APRIL pathway, neutrophils and stromal cells cooperate to sustain lymphoma growth. This cooperation relies on an overexpression of IL-8 by lymphoma-infiltrating stromal cells that could thereafter efficiently promote neutrophil survival and prime them to neutrophil extracellular trap. Conversely, neutrophils are able to activate stromal cells in a NF-B-dependent manner, inducing their commitment towards an inflammatory lymphoid stroma phenotype associated with an increased capacity to trigger malignant B-cell survival, and to recruit additional monocytes and neutrophils through the release of CCL2 and IL-8, respectively. Altogether, a better understanding of the lymphoma-supporting effects of neutrophils could be helpful to design new anti-tumor therapeutic strategies. - 90 - RESULTATS functions4, 5. Cancer-associated fibroblasts INTRODUCTION Tumorigenesis is widely recognized as a non-cell autonomous process depending on the continuous active crosstalk between malignant cells and various stromal and immune cell subsets of their surrounding microenvironment. Tumor infiltrating neutrophils (TAN) have initially received less attention than their macrophage counterpart (TAM) until the demonstration that they could persist within inflamed tissues where they exhibit both phenotypic and functional heterogeneity, including the production of a wide range of cytokines and chemokines1, 2. TAN have been recently shown to exert both pro- and antitumor activities, including triggering of genomic instability, angiogenesis, immunosuppression, and tumor cell metastasis on the one hand versus direct cytotoxic effect and recruitment or activation of other effectors of innate and adaptive antitumor immunity on the other hand3. In turn, TAN recruitment and polarization are triggered by tumor-derived signals and several studies have identified key molecules produced by malignant cells that strongly modulate neutrophil (CAFs) also contribute to tumor-supportive cell niche and have been shown to display tumor- specific transcriptomic, phenotypic, and functional features compared to normal tissue tumor cell survival, growth, metastasis, and drug resistance but they have also been involved in reshaping tumor microenvironment. Resident mesenchymal stromal cells (MSCs) are believed to be the major precursors of CAFs in situ and to acquire their tumor promoting properties after exposition to tumor-derived activating stimuli. Whereas their impact on neutrophil activation remains controversial, bone marrow (BM)-MSCs have been repeatedly shown to sustain neutrophil survival, in particular following activation by inflammatory stimuli and TLR ligands7, 8. IL-6 was proposed as the underlying molecular effector for this stroma-dependent anti-apoptotic activity. Very recently, gastric cancer-derived MSCs have been specifically shown to promote neutrophil chemotaxis, survival, and activation through an IL-6/STAT-3 pathway9. However, very few data are available concerning reciprocal interactions between TAN and CAFs in solid and hematological malignancies. Follicular lymphoma (FL) and diffuse large B-cell lymphomas (DLBCL) result from the malignant transformation of germinal center (GC) B cells and are the two most frequent B-cell non-Hodgkin's lymphomas (NHL)10. Both FL and DLBCL are generally fibroblasts6. CAFs could support directly - 91 - RESULTATS reflecting specific features of in vitro16, 17 through various contact-dependent and disseminated diseases with frequent involvement of the BM that represents an ectopic supportive cell niche where CAF display a specific gene expression progile (GEP)11. Transcriptomic signatures tumor microenvironment were shown to predict patient survival in FL and DLBCL12, 13. Phenotypic and functional alterations of infiltrating T cells and TAM have been described in both diseases14, 15. Furthermore, stromal cells prevent lymphoma B-cell apoptosis independent mechanisms including the production of B cell-activating factor (BAFF)18. BAFF and a proliferation-inducing ligand (APRIL) are closely related ligands of the TNF superfamily and have been shown to trigger lymphoma B-cell survival through their receptors BAFFR, TACI, and BCMA19, 20. Activated neutrophils are well known producers of soluble BAFF21 and are supposed to trigger the survival and differentiation of normal B cells into immunoglobulin-producing plasma cells22. In addition, a novel subset of BAFF- and APRIL-producing neutrophils able to stimulate immunoglobulin class switching, somatic hypermutation, and production by marginal zone B cells has been recently described in spleen23 even if these results are disputable24. Whereas neutrophils are largely excluded from lymph nodes (LN) in steady state conditions, they could enter lymphoid organs in a CCR7 and CXCR4- dependent manner under inflammatory conditions and modulate adaptive immune response25, 26. Interestingly, in DLBCL infiltrated LN, TAN overexpress APRIL in situ tumor B cells via proteoglycan binding27. allowing APRIL accumulation on Accordingly, the neutrophil to lymphocyte ratio in blood is an independent prognostic factor in patients with DLBCL28, 29. However, despite these promising results, functional interactions between neutrophils and malignant B cells remain to be explored. The potential role of TAN and stromal cells in B-cell lymphomagenesis and the emerging field of stroma-neutrophil interaction led us to investigate whether these two cell subsets establish a bidirectional crosstalk in the context of B-cell lymphomas. We have previously demonstrated that MSCs obtained from FL-infiltrated BM (FL- MSCs) produce higher level of CCL2 compared to BM-MSCs from healthy donors (HD-MSCs) in association with increased monocyte recruitment and polarization into TAM-like cells11. In this study, we explored the interplay between malignant B cells, stroma, and neutrophils. We demonstrated that FL-MSCs overexpressed IL-8 and triggered peripheral blood neutrophil recruitment. Moreover neutrophils and stromal - 92 - RESULTATS cells cooperated to support malignant B-cell growth, owing to both a protection of neutrophils from spontaneous apoptosis and an activation of stromal cells that acquired an inflammatory lymphoid stroma phenotype in contact with neutrophils. Finally, this crosstalk was associated with an activation of NF-B pathway in stromal cells that sensitize neutrophils to neutrophil extracellular trap (NET) formation. - 93 - RESULTATS MATERIALS AND METHODS (For details see supplemental file) Patient samples and cell lines All samples came from subjects recruited under institutional review board approval and informed consent process according to the Declaration of Helsinki. BM aspirates were obtained from FL patients at diagnosis and from age-matched patients undergoing cardiac surgery, human tonsils were collected from children undergoing routine tonsillectomy, LN biopsies from FL and DLBCL patients, and peripheral blood (PB) from adult healthy volunteers. BM plasma were collected by centrifugation and frozen until use. BM-MSCs and tonsil-derived stromal cells (Resto) were obtained as previously described11, 17 and used for functional studies at passages 1 to 3 and 8 to 15 ; respectively. PB neutrophils, PB monocytes, and malignant B cells from frozen FL and DLBCL biopsies were purified using whole blood CD15 microbeads, monocyte isolation kit II, and B-cell isolation kit II (Miltenyi Biotech), respectively. Purified cell fractions with at least 98% cell purity as evaluated by flow cytometry were used for further experiments. GC-derived lymphoma B-cell lines RL and SUDHL4 were obtained from the DSMZ. B-cell growth and apoptosis After serum deprivation, RL and SUDHL4 (1. 25 x 104 cells/mL) were seeded with low serum concentration with increasing amount of purified neutrophils and/or on a confluent BM-MSC or Resto cell monolayer. B-cell growth was evaluated after a 3- day coculture by tritiated thymidine (3H-TdR, 1Ci/well) incorporation for the last 18 the number of DAPInegCD19/CD20pos hours of co-culture or by counting CD66bnegCD105neg viable B cells using FlowCounts beads (Beckman Coulter). B-cell apoptosis was analyzed at day 1 by the use of active caspase-3 staining selectively gated on CD19/CD20posCD15neg B cells. When indicated, neutrophils and B cells were separated by a 0. 4-M pore Transwell filter or were co-cultured in the presence of polyclonal human immunoglobulin (Tegeline, LFB Biomedicaments) and TACI-Fc inhibitor (100 ng/mL, R&D Systems). Stromal cells were pretreated with TNF- (TNF, 10ng/mL) and lymphotoxin-12 (LT, 100ng/mL ; R&D Systems) to trigger their - 94 - RESULTATS commitment into lymphoid stromal cells17 or primed with neutrophils (ratio stromal cells/neutrophils : 1 : 1. 5) before extensive washing and co-culture with B cells. For primary lymphoma samples, purified malignant B cells (7. 5 x105 cells/mL) were seeded in RPMI-2% FCS in the presence or not of neutrophils. After 3 days of culture, the percentage of TOPRO-3negCD19/CD20posCD105negCD66bneg viable B cells was evaluated by flow cytometry. Cytokine quantification IL-8 was quantified by ELISA (R&D Systems) in BM plasma, in the supernatants of HD-MSCs and FL-MSCs collected at the end of passage 1, and in the supernatants of HD-MSCs stimulated with TNF/LT or cocultured with RL or purified FL B cells for 3 days. In addition, we measured by ELISA IL-8, IL-6, CCL2, CXCL10 (R&D Systems) and PGE2 (Cayman Chemical) levels in the supernatants of stromal cells primed or not by neutrophils for 3 days before neutrophil removal and additional 3-day culture period. To confirm the stromal origin of secreted cytokines after priming with neutrophils, we checked by RQ-PCR that the mRNA level of ELANE, the neutrophil- specific elastase coding gene, was negative. When indicated, inhibitors of NF-B pathway were used during the priming of stromal cells by neutrophils, including TNFR1-Fc (100 ng/mL, R&D Systems) or wedelolactone (50 M, Calbiochem). Migration assays Purified neutrophils or monocytes (105 cells/100L) were added in RPMI-0. 1% human serum albumin (neutrophil migration medium) or RPMI-1% FCS (monocyte migration medium) to the upper compartment of Transwell chambers with 5-M pore filters. Lower chambers contained supernatants of stromal cells obtained after 3 days of priming by TNF/LT, RL, or neutrophils. When indicated, IL-8 or CCL2 were depleted from stromal cell supernatants using magnetic beads. Briefly, 2. 107 Dynabeads pan mouse IgG (Life Technologies) were conjugated to 10g anti-IL-8 or anti-CCL2 mAbs (R&D Systems) before incubation with supernatants. Supernatants were thereafter seeded inside a magnetic field to allow immune complex retention. We checked by ELISA that IL-8 or CCL2 were undetectable in corresponding depleted supernatants. Conversely, the use of an isotype-matched control mAb did not modify IL-8 or CCL2. The absolute number of CD66bposDAPIneg viable neutrophils or CD14posDAPIneg viable monocytes was the concentration of - 95 - RESULTATS quantified using FlowCount beads in the lower chamber after 1 and 2 hours, respectively. Neutrophil survival and apoptosis Purified neutrophils were cultured alone or in the presence of stromal cells. After 24 hours, cell apoptosis was analyzed using active caspase-3 staining gated on CD66bposCD105neg neutrophils, and the number of TOPRO-3negCD66bpos CD105neg viable neutrophils was determined each day for 4 days. Gene Expression Profiling (GEP) study GEP was performed on 3 BM-MSCs obtained from healthy donors and 3 tonsil- derived Resto cells primed or not with neutrophils for 1 day (ratio 1 : 1. 5). After RNA extraction, we checked the absence of residual neutrophils by RQ-PCR for ELANE. Biotinylated cRNA were hybridized on GeneChip HG-U133 Plus2 oligonucleotide microarrays (Affymetrix). Microarray data were deposited at NCBI GEO data set under accession number GSE62782. Data were analyzed with the Partek Genomics Suite software. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) software was used to determine gene set specific enrichment in neutrophil-primed stroma signatures. Real-time quantitative PCR cDNA synthesis was performed with the Superscript II reverse transcriptase and random hexamers (Life Technologies). For quantitative RQ-PCR, we used assay-on- demand primers and probes, and Taqman Universal Master Mix. Gene expression was measured using the StepOnePlus (Life Technologies) based on the Ct calculation method. PUM1 was determined as appropriate internal standard gene using TaqMan Endogenous Control Assays. Immunofluorescence BM-MSCs and Resto cells were seeded on chamber coverslips and cultured with or without neutrophils before staining for transglutaminase and podoplanin. For NET formation, purified neutrophils were seeded on slides coated with poly-D-lysine or HD-MSC monolayer before stimulation with PMA (Sigma-Aldrich) for 3 hours, and staining for actin and DNA. - 96 - RESULTATS Statistical analyses Statistical analyses were performed with GraphPad Prism 6. 0 software using the non-parametric Wilcoxon test for matched pairs or the Mann-Whitney nonparametric U test as appropriate. - 97 - RESULTATS RESULTS Neutrophils directly sustain malignant B-cell growth We first decided to test whether neutrophils directly modified the in vitro growth of GC-derived lymphoma B-cell lines. Purified resting neutrophils did not display any cytotoxic effect towards malignant B cells but were conversely able to reverse serum deprivation-induced growth arrest of RL and SUDHL4 in a dose-dependent manner (Figure 1A). Similar results were obtained with DOHH2, another FL-derived B-cell line (data not shown). This supportive effect was associated with a decreased B-cell apoptosis (Figure 1B). We were able to confirm the survival effect of neutrophils on primary malignant B cells purified from 4 DLBCL patients (Figure 1C) whereas the very low level of apoptotic cells in FL samples after short-term in vitro culture precluded such analysis. Interestingly, separation of B cells and neutrophils by a 0. 4- m transwell filter completely abrogated lymphoma-promoting activity of neutrophils, indicating a key role for direct cell contact (Figure 1D). Considering the previously reported role of BAFF and APRIL in the crosstalk between neutrophils and normal B cells22, 27 we checked for their involvement in our co-culture system. Even if RL and SUDHL4 expressed BAFFR, TACI, BCMA and syndecan-4, the B-cell coreceptor for APRIL, addition of exogeneous recombinant BAFF or APRIL did not increase malignant B-cell growth (data not shown). However, we confirmed that circulating neutrophils constitutively express low levels of TNFRSF13B/BAFF and high levels of TNFRSF13/APRIL and, in our co-culture experiments, simultaneous blockade of BAFF and APRIL activity by TACI-Fc significantly reduced the malignant B-cell supportive effect of neutrophils (Figure 1E), confirming a role for this pathway in B- cell lymphomagenesis. We next checked by immunofluorescence the presence of neutrophils in invaded LN compared to chronically inflamed tonsils. In order to evaluate their direct relationship with malignant B cells, we selected FL samples with GC-restricted malignant B-cell invasion. The number of CD15pos cells is rather similar in inflamed and malignant samples and neutrophils remained essentially restricted to interfollicular and perifollicular zones, suggesting limited direct contact with malignant B cells but strong interactions with transglutaminase-expressing fibroblastic reticular cells (FRC), a lymphoid stromal cell subset recently involved in the survival of malignant FL B cells and in the homeostasis of normal B cells11, 17, 30 (Supplemental Figure S1). - 98 - RESULTATS Collectively, these data demonstrated that neutrophils could directly support in vitro malignant B-cell growth but raised the question of an indirect effect through the crosstalk with lymphoid stroma in situ. Infiltrating stromal cells recruit neutrophils and protect them from apoptosis IL-8 is the major neutrophil recruiting chemokine and is overexpressed by malignant cells in several solid tumors3. Strikingly, whereas neither GC-derived B cell lines nor FL and DLBCL primary B cells secreted IL-8 (data not shown), IL-8 was significantly increased in FL-invaded BM plasma compared with normal BM plasma (202. 4 pg/mL [7. 5-20. 000] vs 17. 9 pg/mL [7. 5-54. 2] ; Figure 2A). We have previously demonstrated that FL-MSC displayed a specific GEP making them a useful tool to study lymphoma- driven alterations of stromal microenvironment11. As described for CCL2, IL-8 was produced at a higher level in the supernatant of BM FL-MSCs, that are ectopically committed to lymphoid stroma11, compared with BM HD-MSCs (Figure 2B). We next tried to evaluate whether malignant B cells could contribute to this overexpression of IL-8 by FL-MSCs. For that purpose, HD-MSCs were cultured with TNF/LT, a well- known inducer of lymphoid stroma differentiation17, or with primary GC-derived lymphoma B cells and RL cell line. This experiment revealed an increase in IL-8 secretion in the presence of malignant B cells (Figure 2C). Finally, we explored the functional relevance of such IL-8 induction and pinpointed that conditioned media from HD-MSCs treated by TNF/LT or primed by malignant B cells recruited more efficiently purified neutrophils than unstimulated HD-MSC supernatant (Figure 2D). BM-MSCs were recently reported to support neutrophil survival in vitro7, 8. We validated here this result by demonstrating a significant increase in the number of viable neutrophils after 2 to 4 days of culture in the presence of BM-MSCs. Moreover, we extended these data to tonsil-derived stromal cells (Resto) (Figure 2E). This supportive activity is associated with a decrease in neutrophil apoptosis (Figure 2F). Of note, similar results were obtained with HD-MSCs and FL-MSCs (Supplemental Figure S2) indicating that the specificity of lymphoma infiltrating stromal cells is restricted to their capacity to produce high levels of IL-8, probably at least in part through contact with malignant B cells, whereas various stromal cell subsets could trigger neutrophil survival. - 99 - RESULTATS Neutrophils and stromal cells cooperate to trigger malignant B-cell growth Since BM and tonsil-derived stromal cells triggered neutrophil recruitment and survival, and given that both stromal cells and neutrophils directly support malignant B-cell growth, we decided to test the tripartite co-culture between stromal cells, neutrophils, and B cells. Neutrophils cooperated with both HD-MSCs and Resto cells to promote malignant B- cell growth (Figure 3A-B). As previously reported, treatment of stromal cells with TNF/LT reinforced their B-cell supportive capacity through commitment into functional lymphoid stroma17. Interestingly, combination of neutrophils and TNF/LT-stimulated stromal cells also improved B-cell growth compared to neutrophils or activated stromal cells alone. Since neutrophils were found in close contact with LN stromal cells in situ, we decided to explore the hypothesis that neutrophils and stromal cells established a bidirectional crosstalk where neutrophils contributed to stromal cell polarization. Preliminary priming of stromal cells by neutrophils increased their capacity to further support B-cell growth at a similar level as activation by TNF/LT (Figure 3C). Of note, we carefully checked that no residual neutrophil could be detected in stromal cell/B cell coculture. In addition, neutrophils exhibited a strong activity on TNF/LT-preconditioned stroma, mimicking FRC lymphoid cells, and converted them into highly powerful malignant B-cell supportive cells. Overall, our results suggested that the cooperation of neutrophils and stromal cells to favor lymphoma B-cell growth involved an indirect activity of neutrophils on stromal cell activation/polarization. Neutrophils drive stromal cells into an inflammatory lymphoid stroma phenotype To understand the molecular basis of the neutrophil-dependent priming of stromal cells, we decided to study the GEP of both BM-MSCs and Resto cells after co-culture with neutrophil. Importantly, no residual neutrophil, as validated by RQ-PCR for the neutrophil specific gene ELANE, was detected in primed stromal cell samples after neutrophil removal. We underlined 3 signatures : the neutrophil-primed MSC signature comprising 964 probesets (PS), the neutrophil-primed Resto signature comprising 1152 PS, and the neutrophil-primed stroma signature obtained by comparing the 6 unprimed stromal cell samples to the 6 neutrophil-primed stromal cell samples and comprising 577 PS (Supplemental Table S1-S3). Among the 151 PS that were simultaneously found within the neutrophil-primed MSC signature and - 100 - RESULTATS the neutrophil-primed Resto signature (Figure 4A), 133 were coordinately up- regulated or down-regulated (Supplemental Table S4). We next performed gene set enrichment analysis (GSEA) approach based on previously published signatures to highlight the major pathways activated by neutrophils in stromal cells. Interestingly, neutrophil-primed MSCs and Resto cells showed signs of lymphoid stroma polarization and inflammatory response, with a strong activation of TNF and NF-B signaling pathways (Figure 4 B-G). Among the most strongly up-regulated genes in neutrophil-primed stromal cells we selected a set of 5 genes previously described as overexpressed in human lymphoid stromal cells11, 31 (Table 1) and confirmed the significant overexpression of IL-8, IL-6, CCL2, PTGS2/COX-2, and ICAM by RQ-PCR in both neutrophil-primed MSCs and neutrophil-primed Resto (Supplemental Figure S3A). In agreement, we demonstrated that stromal cells primed with neutrophils for 3 days before neutrophil removal and maintained in culture for 3 days secreted significantly higher levels of IL-8 (6. 4-fold for MSCs and 3. 8-fold for Resto cells), IL-6 (2. 9-fold for MSCs and 3. 5-fold for Resto cells), CCL2 (1. 5-fold for MSCs and 1. 5-fold for Resto cells), and PGE2 (6. 5-fold for MSCs and 1. 9-fold for Resto cells) than their unstimulated counterparts (Figure 5A). They also displayed a stronger membrane expression of CD54 (4-fold for MSCs and 6-fold for Resto cells). To definitively conclude on the lymphoid stroma polarization of neutrophil-primed stromal cells, we checked for their capacity to secrete and organize a meshwork of transglutaminase-positive fibers and to express podoplanin/gp38, two well-described markers of human FRCs. Neutrophil-primed stromal cells produced a dense transgutaminase-positive extracellular reticular network with a very similar pattern to that obtained following FRC-commitment by TNF/LT17, and expressed high levels of podoplanin (Figure 5B). Of note, as previously reported after TNF/LT- mediated activation17, transglutaminase expression was not regulated at the transcriptional level in stromal cells by neutrophils (data not shown). However, PDPN was significantly induced in both MSCs and Resto cells after priming by neutrophils (Supplemental Figure S3B). We next sought to determine whether these neutrophil-primed FRC-like cells became fully competent not only as tumor B-cell feeders, but also as organizers of lymphoma B-cell niche. We decided to focus on monocyte and neutrophil migration since FL- MSCs have been shown to recruit both cell subsets more efficiently than HD-MSCs. We first revealed that supernatants of neutrophil-primed MSCs and Resto cells - 101 - RESULTATS triggered an improved chemotaxis of monocytes and neutrophils, compared to resting stromal cells (Figure 5C). To ascertain whether CCL2 and IL-8 contributed to stroma-dependent myeloid cell migration, we specifically depleted them from stromal cell conditionned media. Interestingly, CCL2 and IL-8 depletion strongly decreased monocyte and neutrophil recruitment, respectively. Taken together, these results support the hypothesis that neutrophil-primed stromal cells were engaged toward lymphoid stroma differentiation, in association with an increased capacity to support malignant B-cell growth and to orchestrate lymphoma B-cell niche through monocyte and neutrophil recruitment. Neutrophil-dependent stroma polarization is associated with NF-B activation and NETosis Since the GEP of neutrophil-activated stromal cells revealed enrichment for genes belonging to NF-B and TNF signaling pathways, we decided to evaluate the role of NF-B activation and TNF in neutrophil-dependent stroma polarization. We validated that anti-TNFR1 mAb completely abrogated the upregulation of IL-8 and CCL2 induced by addition of exogeneous TNF (data not shown). Interestingly, inhibition of IKK by wedelolactone, unlike the specific blockade of TNFR1, strongly reduced the neutrophil-mediated induction of IL-8 and CCL2 in stromal cells (Figure 6A). Recently, neutrophils were reported to trigger NF-B activation in CD5pos B cells in a mouse model of chronic lymphocytic leukemia and this activation relied on their capacity to undergo NETosis32. We thus tested whether MSCs could influence NETosis. For that purpose, freshly isolated neutrophils were seeded onto poly-D- lysine (a permissive substrate for NET) and stimulated by a low dose of PMA, a well- known NET inducer. Interestingly, whereas MSCs did not directly promote NET formation, they favored PMA-triggered NETosis (Figure 6B). - 102 - RESULTATS DISCUSSION In this paper, we highlighted for the first time both direct and indirect tumor promoting effects of neutrophils in GC-derived B-cell lymphomas, a group of diseases in which TAN have been poorly studied even if microenvironment is supposed to play a key role. We first extended a previous work revealing that neutrophil-derived APRIL is concentrated within DLBCL cell niches27 by showing that neutrophils could favor malignant B-cell growth in vitro, in a BAFF/APRIL dependent manner. Several arguments are in favor of a preeminent role of APRIL over BAFF in this system, thus arguing for the development of APRIL antagonist mAbs for the treatment of B-cell lymphomas33. First, TNFRSF13/APRIL, unlike TNFRSF13B/BAFF, was strongly expressed by circulating neutrophils. In addition, we could not detect any activity of soluble exogenous BAFF or APRIL on malignant B cells and direct neutrophil/B-cell contact was required. In agreement, APRIL requires concentration and aggregation by heparan sulfate proteoglycans to be active and is poorly detected in neutrophil supernatants and DLBCL peripheral blood samples despite a high concentration at the TAN/B-cell interface inside tumors27. In FL samples, TAN exhibited essentially perifollicular localization in close contact with FRC, raising the question of the recruitment and role of these peritumoral neutrophils that have been proposed as promoters of angiogenesis in hepatocellular carcinomas34. Interestingly, FRC meshwork is expanded and activated within FL- invaded LN, and FL BM infiltration is characterized by the ectopic development of lymphoid-like stromal cells that form aggregates with malignant B cells16. The mechanisms underlying such activation of remain incompletely understood. We have previously demonstrated that FL-MSCs overexpressed CCL2 in response to B-cell derived TNF11 and identified here IL-8 as another marker of tumor-educated MSCs induced by the contact with malignant B cells that are able to drive MSC differentiation into FRC-like cells in vitro17. These data argue for a crucial role for malignant cells in stroma activation. Of note, PGE2 is also produced at higher level by FL-infiltrating stromal cells in LN and BM but the mechanism of this overexpression is unknown35. Importantly, CCL2, IL-8, and PGE2 were all induced by the crosstalk between neutrophils and stromal cells. Moreover, neutrophils were able to convert tonsil and BM-derived stromal cells into lymphoid stroma with transcriptomic, phenotypic, and functional features of FRC-like cells, a tumor-infiltrating stroma - 103 - RESULTATS trigger lymphoma transformation by property that has been only described until now for lymphoid precursors, some mature CD4pos T cells, and malignant B cells17, 36, 37. These results suggest that non- malignant cells, in particular TAN, contribute to the acquisition of lymphoma-specific stroma features, as recently proposed in gastric cancer, where neutrophils favor the transition of MSCs towards CAF-like cells promoting gastric cell migration9. Conversely, as already reported for BM-MSCs7, 8, we confirmed that LN and BM stromal cells support survival of neutrophils. Besides this anti-apoptotic activity, CAFs have been recently demonstrated to activate neutrophils in both solid tumors and lymphoid malignancies. In particular, based on a genetically-induced remodeling of LN stroma in autoimmune prone mice, an elegant study has underlined how stromal increasing TAN activation32. cells could Moreover, such reshaping of stroma architecture, induced by a loss of expression of the extracellular matrix protein SPARC, was detected in situ in early-stage FL, suggesting that neutrophil/stromal cell/B cell tripartite interactions take place within FL cell niche. The molecular mechanisms of the neutrophil-mediated stroma activation clearly involved NF-B pathway, as highlighted by the transcriptomic analysis, and by the inhibition of CCL2 and IL-8 secretion by IKK inhibitor. It has long been assumed that NF-B is the central effector of lymphoid stroma differentiation in normal and pathological settings36. More surprisingly, blockade of TNFR1 did not abrogate the effect of neutrophils on stromal cells, suggesting that other NF-B-activating molecules could be involved. As an example, neutrophils have been described to express functional CD40L23 whereas CD40 is detected on inflammatory stromal cells38. However, neutrophils also induced a strong expression of TNF in stromal cells (data not shown) and such autocrine loop is very difficult to inhibit by blocking antibodies. We could thus not exclude an involvement of stroma-derived TNF in the lymphoid stroma differentiation process. Another interesting observation was that stromal cells sensitized neutrophils to activation-induced NETosis. NET formation has been associated with the capacity of neutrophils to activate NF-B pathway in chronic lymphocytic leukemia B cells32. It is thus tempting to speculate that NET also contributes to neutrophil-mediated activation of NF-B in stromal cells. Activated platelets were recently reported to simultaneously protect neutrophils from apoptosis - 104 - RESULTATS and prime them for NET through expression of HMGB139. How stromal cells favor both neutrophil survival and extrusion of NET is a key unsolved issue. Bidirectional crosstalk between stromal cells and neutrophils has several tumor- promoting functional consequences. First, neutrophil-primed stromal cells supported more efficiently the growth of malignant B cells, a property shared with stromal cells committed towards lymphoid stroma by TNF/LT or by co-culture with malignant B cells17. We previously demonstrated that stromal cells and macrophages synergized to promote lymphoma cell growth11 and our current data reveal that such cell collaboration is also effective between stromal cells and neutrophils. Second, neutrophil-primed stromal cells produced high amounts of CCL2 and IL-8 that triggered monocyte and neutrophil recruitment, respectively. Multiple lines of evidence support a role for TAM in the biology of GC-derived lymphoma, in particular through their capacity to produce BAFF and IL-1540, 41. A high number of STAT1pos FL-TAM is associated with an adverse outcome42 and STAT1 activation triggers CCR2 induction in macrophages43 thus favoring their recruitment by stromal CCL2. Neutrophils could thus contribute to the stroma/macrophage crosstalk. Moreover, CCL2, IL-8, and PGE2 have been shown to inhibit neutrophil apoptosis3, 44. Finally, neutrophils could also participate to the development of an immunosuppressive microenvironment in B-cell lymphomas. TGF- is overexpressed in B-cell lymphomas and contributes to effector memory T cell exhaustion45. TGF- is usually sequestered as an inactive complex, and becomes activated through enzymes and reactive oxygen free radicals, all produced by activated neutrophils3. Moreover, NET was shown to affect dendritic cell maturation, and NET-treated mature dendritic cells favor Th2, unlike Th1 or Th17, cell polarization46. Interestingly, FL-infiltrating CD4pos T cells display a skewed differentiation in favor of IL-4-producing T cells whereas IL-17- producing T cells are strongly reduced14. Altogether, neutrophils display a wide range of tumor-supporting activity through their interaction with stromal cells and this crosstalk should be considered, the previously characterized TAM/stroma crosstalk, for the design of new therapeutic strategies. One of the most interesting feature of FL-TAM is their opposite predictive value depending on the treatment schedule. In fact, FL-TAM could favor tumor progression but also contribute to the clinical efficacy of antibody-based anti-lymphoma drugs14. Whether such dual activity exists for lymphoma-infiltrating neutrophils has not been precisly explored. However, besides the well-known role of NK and macrophages in in addition to - 105 - RESULTATS the activity of anti-CD20 antibodies, neutrophils have already be shown to contribute to the antitumor efficacy of Rituximab47 and more recently of obinutuzumab through CD16B-dependent phagocytosis48. In addition, anti-CD20 IgA have been proposed as highly efficient alternative to classical IgG1 in particular through their capacity to trigger lymphoma cell phagocytosis by CD89-expressing neutrophils49. Finally, both GM-CSF and G-CSF, two neutrophil growth factors, have been suggested to improve rituximab efficacy in relapsed/refractory low-grade lymphoma patients50, 51. A better understanding of the role of TAN in the intricate network of cell interactions that drives B-cell lymphoma survival, growth, and drug resistance/sensitivity is a highly relevant issue with potential clinical consequences for the design of new anti- lymphoma approaches. - 106 - RESULTATS ACKNOWLEDGMENTS This work was supported by research grants from the Ligue Nationale Contre le Cancer (Equipe Labellisée) and from the European Center for Transplantation Sciences and Immunotherapy (IHU CESTI, ANR-10-IBHU-0005). M. G. is recipient of a doctoral fellowship from the Ligue Nationale Contre le Cancer, the Région Bretagne (ARED), and the Association pour la Recherche Contre le Cancer (ARC). Affymetrix microarrays were processed in the Microarray Core Facility of the Institute of Research on Biotherapy, CHRU-INSERM-UM1 Montpellier, montpellier. fr/ and immunofluorescence study was performed on the Microscopy Rennes Imaging Center (MRic-ALMF ; UMS 6480 Biosit, Rennes, France). The authors are indebted to the Centre de Ressources Biologiques (CRB)-Santé (BB-0033-00056, of Rennes hospital for its support in the processing of biological samples, and Christophe Ruaux for providing tonsil samples. CONFLICT-OF-INTEREST DISCLOSURE The authors declare no competing financial interest. - 107 - RESULTATS LEGENDS TO FIGURES Figure 1. Neutrophils directly sustain the growth of malignant B-cell lines. (A) GC-derived B cell lines were cultured in low serum concentration alone (Ctrl) or in the presence of different ratios of neutrophils (PMN)/stromal cells (2. 5/1, 5/1, 10/1 or 20/1). Cell growth was evaluated by tritiated thymidine incorporation (3HTdR) at day 2 for RL (left) and day 3 for SUDHL4 (right). B cells alone always showed a 3HTdR incorporation 800 cpm, arbitrary assigned to 1. Results represent the mean SD from 10 experiments. * P < 0. 01. (B) Apoptosis was evaluated at day 1 on RL co- cultured or not with neutrophils as the percentage of active caspase-3pos cells gated on CD19/CD20posCD15neg B cells. (C) Purified B cells sorted from 4 DLBCL LN were cultured in the presence or not of neutrophils. B-cell survival was evaluated by determining the percentage of TOPRO-3negCD19/CD20posCD66bneg viable B cells at day 3. (D) GC-derived B cell lines were separated or not from neutrophils by a transwell (TW) insert, and B-cell growth was evaluated by determining the absolute number of DAPInegCD19/CD20posCD66neg viable B cells using flow count beads at day 3 for RL (left) and day 4 for SUDHL4 (right). Results represent the mean SD from 6 experiments. * P < 0. 05. (E) GC-derived B cell line were cultured in low serum concentration in the presence of neutrophils with or without TACI-Fc. B-cell survival was evaluated by determining the percentage of DAPInegCD19/CD20posCD66neg viable B cells at day 3, and compared with that of B cells cultured with PN without TACI-Fc, arbitrary assigned to 100%. Results represent the mean SD from 3 experiments. Figure 2. Infiltrating stromal cells recruit neutrophils and protect them from apoptosis (A) IL-8 was quantified by ELISA in the BM plasma obtained from HD (n 8) and FL patients (n 15). * P < 0. 01. (B) IL-8 production in culture supernatants from HD- MSCs (n 6) and FL-MSCs (n 9) was quantified by ELISA at the end of P1 and data are normalized by the number of cultured MSCs. * P < 0. 05. (C) HD-MSCs were stimulated for 3 days by TNF/LT (n 5) or were co-cultured with RL (n 6), or with purified primary lymphoma B cells (n 6). IL-8 was measured in cell supernatants by ELISA and the results are expressed as the mean fold change SD compared with untreated HD-MSCs. * P < 0. 05 (D) Migration of neutrophils in response to medium - 108 - RESULTATS alone, supernatants of HD-MSCs stimulated or not by TNF/LT for 3 days, or supernatants of HD-MSCs maintained during 3 days in coculture with RL. The percentage of neutrophil migration is calculated as the number of TOPRO- 3negCD66bpos viable neutrophils migrating in response to cell supernatant divided by their initial number. Results represent the mean SD from 6 experiments. * P < 0. 05. (E) Purified peripheral blood neutrophils (PMN) were cultured alone (Ctrl), in the presence of HD-MSCs (n 6, left), or Resto cells (n 9, right). The absolute number of CD66bposCD105negTOPRO-3neg viable neutrophils was assessed using flow count beads. * P < 0. 05 ; * P < 0. 01. (F) Percentage of CD66bposCD105neg neutrophil apoptosis was evaluated at day 1 by the use of active caspase-3 staining for neutrophils cultured alone (Ctrl), in the presence of HD-MSCs (n 6, left), or Resto cells (n 9, right). * P < . 05 ; * P < . 01. Figure 3. Neutrophils and stromal cells cooperate to sustain malignant B-cell growth. (A-C) GC-derived B-cell lines were cultured in low serum concentration in the presence of bone marrow MSCs (A), tonsil Resto cells (B), or with stromal cells primed by neutrophils (C) in the presence or not of neutrophils (PMN). Stromal cells were pretreated or not with TNF/LT before co-culture. B-cell growth was evaluated by tritiated thymidine (3H-TdR) incorporation at day 2 for RL and at day 3 for SUDHL4. B cells alone always showed a 3HTdR incorporation 800 cpm, arbitrary assigned to 1. Results represent the mean SD from 6 to 7 experiments. * P < 0. 05. Figure 4. Neutrophils induce a specific inflammatory gene expression profile in stromal cells. (A) Schematic representation of the statistical analysis used to highlight the minimal neutrophil-primed stromal cells signature defined as the intersection of the 2 gene lists obtained for neutrophil-primed MSCs (964 probesets) and neutrophil-primed Resto cells (1052 probesets) by paired t-test (absolute log2 fold change >1. 2 and P < 0. 05). (BG) Selected plots from a GSEA based on the comparison of neutrophil- primed versus unprimed stromal cell signatures. Normalized enrichment score (NES), nominal p-value (p), and FDR (q) are given for each plot. Primed stromal cells are shown on the left (red) of the plots, normal stromal cells on the right side (blue). - 109 - RESULTATS * TNF/LT lymphoid stroma signature11, * NF-B target gene set52, MySigDB gene set (GSEA software). Figure 5. Functional validation of the inflammatory lymphoid stroma phenotype triggered by neutrophils in stromal cells (A) Production of IL-8, IL-6, CCL2, and PGE2 was evaluated by ELISA in the supernatant of stromal cells primed or not with neutrophils (PMN) for 3 days before neutrophil removal and additional 3-day culture of stromal cells alone (n 10 to 12). CD54 expression was evaluated by flow cytometry on stromal cells primed or not with neutrophils as the ratio of mean fluorescence intensity (rMFI) compared with isotype control * P < 0. 05 ; * P < . 001 ; * P < 0. 001. (B) Stromal cells were cultured for 3 days with or without neutrophils before fixation and transglutaminase and podoplanin staining. Scale bars, 100m. (C) Migration of purified peripheral blood monocytes (left) or neutrophils (right) in response to supernatants of stromal cells primed or not with neutrophils and specifically depleted or not from CCL2 or IL-8 with magnetic beads. Cell migration index is calculated as the number of DAPInegCD14pos (monocytes) or DAPInegCD66bpos (neutrophils) viable cells migrating in response to cell supernatant divided by their numbers in response to migration medium. Shown is one representative experiment out of 3. Figure 6. NF-B pathway is involved in neutrophil-dependent stromal cell priming. (A) MSCs were cultured with TNFR1-Fc or wedelolactone in the presence or not of neutrophils (PMN) for 1 day and RQ-PCR was performed on stromal cells to analyze IL8, and CCL2 expression. Each sample was normalized to PUM1 expression and compared to expression levels in untreated MSCs. Shown is one representative experiment out of 3. (B) Neutrophils were cultured with or without HD-MSCs for 12h and thereafter treated or not for 3h with PMA before staining of actin with phalloidin (blue) and DNA with Sytox (white). Arrows indicate NET formation. Scale bars, 50m. - 110 - RESULTATS Sparmann A, Bar-Sagi D. 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RESULTATS Primed HD-MSCs Primed Resto cells Primed stromal cells P-value 0. 027 Fold Change* P-value 6. 64e-005 114. 6 Fold Change* P-value 0. 011 205. 7 Change* 153. 6 Fold Gene Symbol IL8 IL6 ns (0. 058) CCL2 0. 006 PTGS2 ns (0. 150) 0. 029 0. 046 0. 021 0. 004 17. 4 7. 2 2. 7 7. 1 7. 8 7. 4 0. 006 0. 002 0. 021 11. 1 7. 5 4. 0 ICAM1 0. 013 16. 7 30. 7 1. 49e-005 14. 2 * Fold Change corresponds to the ratio of median expression in neutrophil-primed / unprimed stroma Primed stromal cells represent the data obtained by comparing the group of neutrophil-primed HD-MSCs and Resto cells to the group of unprimed HD-MSCs and Resto cells - 115 - RESULTATS A n o i t a r o p r o c n i R d T - H 3 ) e g n a h c d o f ( l B ) % ( s l l e c B s o p 3 - e s a p s a c e v i t c A 15 10 5 0 20 15 10 5 0 D g e n I P A D f o r e b m u n e t u o s b A l ) 3 0 1 x ( s l l e c B e b a v i l 40 30 20 10 0 RL * * * * Ctrl PMN 2. 5 PMN 5 PMN 10 PMN 20 RL PMN0 PMN 10 RL ns * Ctrl PMN 10 w/o TW Ctrl PMN 10 TW n o i t a r o p r o c n i R d T - H 3 ) e g n a h c d o f ( l Figure 1 10 8 6 4 2 0 SUDHL4 * * * * Ctrl PMN 2. 5 PMN 5 PMN 10 PMN 20 C s l l e c B e l b a i v g e n 3 - O R P O T f o % g e n I P A D f o r e b m u n e t u o s b A l ) 3 0 1 x ( s l l e c B e b a v i l Primary lymphoma B cells 100 80 60 40 20 0 100 80 60 40 20 0 Ctrl PMN 10 SUDHL4 ns * Ctrl PMN 10 w/o TW Ctrl PMN 10 TW E 100 s l l RL i l e c B e b a v g e n I P A D f o % 50 0 Ctrl TACI Fc - 116 - C * RESULTATS Figure 2 10000 1000 100 10 1 * * * RL FL-B TNF-LT n o i t a r t n e c n o c 8 - L I - ) s C S M D H d e t a e r t n u e g n a h c d o f ( l / A 100000 10000 1000 100 10 * B ) s l l / e c 6 0 1 g n ( 8 - L I 6 4 2 / ) L m g p ( 8 - L I 1 Healthy FL 0 HD-MSCs FL-MSCs 100 * * * D n o i t a r g m i l i h p o r t u e N ) e g a t n e c r e p ( 80 60 40 20 HD-MSCs TNF/LT Untreated HD-MSCs HD-MSCs RL 0 medium alone E g e n 3 O R P O T f o r e b m u n e t u o s b A l ) 3 0 1 x ( N M P e l b a i v F N M P c i t o t p o p a f o e g a t n e c r e P 150 ns * * * 100 50 0 80 60 40 20 0 HD-MSCs Ctrl HD-MSCs Ctrl HD-MSCs Ctrl HD-MSCs Ctrl d1 d2 d3 d4 * HD-MSCs Ctrl N M P c i t o t p o p a f o e g a t n e c r e P 100 80 60 40 20 0 * Ctrl Resto cells g e n 3 O R P O T f o r e b m u n e t u o s b A l ) 3 0 1 x ( N M P e b a v l i 200 150 100 50 0 ns * * * Ctrl Resto cells Ctrl Resto cells Ctrl Resto cells Ctrl Resto cells d1 d2 d3 d4 - 117 - RESULTATS A RL * * * * n o i t a r o p r o c n i R d T - H 3 ) e g n a h c d o f ( l B n o i t a r o p r o c n i R d T - H 3 ) e g n a h c d o f ( l 150 100 30 20 10 0 150 100 50 0 C n o i t a r o p r o c n i R d T - H 3 ) e g n a h c d o f ( l 40 30 20 10 0 PMN 0 PMN 10 HD-MSCs PMN 0 PMN 10 HD-MSCs TNF/LT RL * * * * PMN 0 PMN 10 Resto cells PMN 0 PMN 10 Resto cells TNF/LT HD-MSCs * * * * Ctrl PMN primed w/oTNF/LT Ctrl PMN primed TNF/LT n o i t a r o p r o c n i R d T - H 3 ) e g n a h c d o f ( l 100 80 60 40 20 0 n o i t a r o p r o c n i R d T - H 3 ) e g n a h c d o f ( l n o i t a r o p r o c n i R d T - H 3 ) e g n a h c d o f ( l 100 80 60 40 20 0 60 40 20 0 SUDHL4 * * * * PMN 0 PMN 10 HD-MSCs PMN 0 PMN 10 HD-MSCs TNF/LT SUDHL4 * * * * PMN 0 PMN 10 Resto cells PMN 0 PMN 10 Resto cells TNF/LT Resto cells * * * * Ctrl PMN primed w/oTNF/LT Ctrl PMN primed TNF/LT Figure 3 - 118 - RESULTATS Figure 4 A PMN-primed MSCs PMN-primed Resto cells 813 PS 151 PS 1001 PS 133 coordinately regulated PS : 72 upregulated PS 62 downregulated PS B Lymphoid stroma pathway* Resto cells MSCs C NF-KB activation pathway* Resto cells MSCs NES 2. 27 p < 0. 001 q < 0. 001 NES 2. 02 p < 0. 001 q < 0. 001 NES 2. 30 p < 0. 001 q < 0. 001 NES 2. 55 p < 0. 001 q < 0. 001 Primed Stromal cells cells Stromal Resto cells MSCs Resto cells TNF target up NES 2. 38 p < 0. 001 q < 0. 001 E NES 2. 57 p < 0. 000 q < 0. 000 TNF signaling up NES 2. 52 p < 0. 001 q < 0. 001 NES 2. 62 p < 0. 001 q < 0. 001 Primed Stromal cells cells Inflammatory response Resto cells G Stromal Chemokine activity MSCs Resto cells D MSCs F MSCs NES 2. 28 p < 0. 001 q < 0. 001 NES 2. 03 p < 0. 001 q < 0. 012 NES 2. 615 p < 0. 001 q < 0. 001 NES 2. 32 p < 0. 001 q < 0. 001 Primed Stromal cells cells Stromal - 119 - RESULTATS A Figure 5 100 10 1 0. 1 0. 01 10 1 0. 1 0. 01 / ) L m g n ( 8 - L I / ) L m g n ( 2 E G P * * / ) L m g n ( 6 - L I MSCs PMN primed MSCs Resto cells PMN primed Resto cells * * e c a f r u s l l e c 4 5 D C ) I F M i r ( n o s s e r p x e MSCs PMN primed MSCs Resto cells PMN primed Resto cells 1000 100 10 1 0. 1 60 40 20 0 / ) L m g n ( 2 L C C 100 10 1 0. 1 * * MSCs PMN primed MSCs Resto cells PMN primed Resto cells * * MSCs PMN primed MSCs Resto cells PMN primed Resto cells * * MSCs PMN primed MSCs Resto cells PMN primed Resto cells B s C S M s l l e c o t s e R C w/o PMN PMN w/o PMN PMN s C S M o s t s e R l l e c Transglutaminase Podoplanin x e d n i i n o i t a r g m e t y c o n o m 30 20 10 0 stromal cell supernatants CCL2-depleted stromal cell supernatants MSCs Primed MSCs Resto cells Primed Resto cells x e d n i n o i t a r g m s i l i h p o r t u e n 10 8 6 4 2 0 stromal cell supernatants IL8-depleted stromal cell supernatants MSCs Primed MSCs Resto cells Primed Resto cells - 120 - RESULTATS Figure 6 A n o i s s e r p x e A N R m ) e g n a h c d o f ( l IL-8 CCL2 150 100 50 0 MSCs PMN-primed MSCs i n o s s e r p x e A N R m ) e g n a h c d o f ( l not treated TNFR1-Fc NF-B inhibitor 15 10 5 0 MSCs PMN-primed MSCs B Untreated PMA MSCs PMA - 121 - RESULTATS or The absolute number (n 4). (n 4), FL-MSCs SUPPLEMENTARY DATA Supplemental Figure 1. Visualization of infiltrating neutrophils in situ. Neutrophils are stained by an anti-CD15 (green), FRC by an anti-transglutaminase (TGM, red), and nuclei by Sytox blue (blue). Scale bars, 400m. Supplemental Figure 2. FL-MSCs sustain neutrophil survival. Purified peripheral blood neutrophils were cultured alone (Ctrl), or in the presence of HD-MSCs of CD66bposCD105negTOPRO-3neg viable neutrophils was assessed using flow count beads. Results are represented as means SD. Supplemental 3. Expression of PMN-induced genes in stromal cells A. Expression of IL8, IL6, ICAM, CCL2 and PTGS2/COX2 was quantified by RQ-PCR in stromal cells primed with neutrophils compared to unprimed stromal cells. Each sample was normalized to PUM1, and the arbitrary value of 1 was assigned to the median expression of unprimed stromal cells. Results represent the mean SD from 6 experiments. * P < . 05. B. Expression of PDPN was quantified by RQ-PCR in stromal cells primed with neutrophils compared to unprimed stromal cells and normalized to PUM1, and the arbitrary value of 1 was assigned to the median expression of unprimed stromal cells. Results represent the mean SD from 6 experiments. * P < . 05. - 122 - RESULTATS Supplemental Figure 1 CD15 CD15/TGM CD15/TGM/Nuclei Tonsil FL lymph node - 123 - RESULTATS Supplemental Figure 2 l i N M P e b a v f o r e b m u n e t u o s b A l 250000 200000 150000 100000 60000 40000 20000 0 HD-MSCs Ctrl FL-MSCs HD-MSCs Ctrl FL-MSCs HD-MSCs Ctrl FL-MSCs HD-MSCs Ctrl FL-MSCs d1 d2 d3 d4 - 124 - RESULTATS Supplemental Figure 3 1000 * * i n o s s e r p x e A N R m 2 L C C ) e g n a h c d o f ( l 100 10 1 0. 1 MSCs Resto cells PMN-primed PMN-primed Resto cells MSCs i n o s s e r p x e A N R m 6 L I ) e g n a h c d o f ( l 1000 100 10 1 0. 1 * * MSCs Resto cells PMN-primed PMN-primed Resto cells MSCs i n o s s e r p x e A N R m M A C I ) e g n a h c d o f ( l 100 * * 10 1 0. 1 MSCs Resto cells PMN-primed PMN-primed Resto cells MSCs A 10000 * * i n o s s e r p x e A N R m 8 L I ) e g n a h c d o f ( l n o i s s e r p x e A N R m 2 S G T P ) e g n a h c d o f ( l 1000 100 10 1 MSCs Resto cells PMN-primed PMN-primed Resto cells MSCs 100 * * 10 1 0. 1 MSCs Resto cells PMN-primed PMN-primed Resto cells MSCs 100 * * B i n o s s e r p x e A N R m N P D P ) e g n a h c d o f ( l 10 1 0. 1 MSCs Resto cells PMN-primed PMN-primed Resto cells MSCs - 125 - RESULTATS Supplemental Table 1. Genes differentially expressed in primed MSC compared with unprimed MSC. Green line indicates genes overexpressed in unprimed MSC and red line indicates genes overexpressed in primed MSC. Fold Change corresponds to the ratio of median expression in PMN-primed / unprimed MSC. UniGene ID Probeset ID Gene Symbol Gene Title Hs. 507755 215303 at DCLK1 doublecortin-like kinase 1 Hs. 207631 Hs. 312485 Hs. 728862 242722 at 1555564 a at 216869 at LMO7 CFI PDE1C LIM domain 7 complement factor I phosphodiesterase 1C, calmodulin-dependent 70kDa Hs. 480378 228057 at DDIT4L DNA-damage-inducible transcript 4-like Hs. 128199 230071 at sept-11 septin 11 Hs. 573143 233261 at EBF1 Early B-cell factor 1 Hs. 335079 214577 at MAP1B microtubule-associated protein 1B Hs. 623782 1556606 at NAV2 neuron navigator 2 Hs. 477128 225241 at CCDC80 coiled-coil domain containing 80 Hs. 308628 230261 at ST8SIA4 ST8 alpha-N-acetyl-neuraminide alpha-2, 8-sialyltransferase 4 Hs. 626544 231183 s at JAG1 Jagged 1 Hs. 150444 221683 s at CEP290 centrosomal protein 290kDa Hs. 469244 224563 at WASF2 WAS protein family, member 2 Hs. 271667 212650 at EHBP1 EH domain binding protein 1 Hs. 405156 209355 s at PPAP2B phosphatidic acid phosphatase type 2B Hs. 128199 201308 s at sept-11 septin 11 Hs. 644633 201149 s at TIMP3 TIMP metallopeptidase inhibitor 3 Hs. 121575 227863 at IFITM10 interferon induced transmembrane protein 10 Hs. 532091 203141 s at AP3B1 adaptor-related protein complex 3, beta 1 subunit Hs. 292925 219387 at CCDC88A coiled-coil domain containing 88A Hs. 234478 228503 at RPS6KA6 ribosomal protein S6 kinase, 90kDa, polypeptide 6 Hs. 430551 213446 s at IQGAP1 IQ motif containing GTPase activating protein 1 Hs. 521568 239761 at GCNT1 glucosaminyl (N-acetyl) transferase 1, core 2 Hs. 585374 224771 at NAV1 neuron navigator 1 Hs. 490203 201615 x at CALD1 caldesmon 1 Hs. 292689 201831 s at USO1 USO1 vesicle docking protein homolog (yeast) Hs. 600086 223882 at FAM172A family with sequence similarity 172, member A Hs. 517941 220946 s at SETD2 SET domain containing 2 Hs. 203691 213865 at DCBLD2 discoidin, CUB and LCCL domain containing 2 Hs. 190544 1552274 at PXK PX domain containing serine/threonine kinase Hs. 593614 220386 s at EML4 echinoderm microtubule associated protein like 4 Hs. 632604 224037 at SDAD1 SDA1 domain containing 1 Hs. 509736 Hs. 431101 - 1557910 at 1555240 s at 227115 at HSP90AB1 heat shock protein 90kDa alpha (cytosolic), class B member 1 GNG12 guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 12 LOC100506870 uncharacterized LOC100506870 Hs. 527881 210335 at RASSF9 Ras association (RalGDS/AF-6) domain family (N-terminal) member 9 Hs. 368203 226875 at DOCK11 dedicator of cytokinesis 11 Hs. 151220 200906 s at PALLD Hs. 181300 202062 s at SEL1L palladin, cytoskeletal associated protein - 126 - sel-1 suppressor of lin-12-like (C. elegans) FoldChange -3. 54742 -3. 52521 -3. 18608 -3. 16192 -3. 0992 -3. 08646 -3. 054 -3. 00739 -2. 90344 -2. 77843 -2. 76967 -2. 73982 -2. 71977 -2. 53879 -2. 53303 -2. 49452 -2. 48958 -2. 47042 -2. 42733 -2. 35341 -2. 31477 -2. 31252 -2. 30405 -2. 29224 -2. 24463 -2. 21587 -2. 21552 -2. 18955 -2. 15987 -2. 14964 -2. 14798 -2. 09388 -2. 08568 -2. 07563 -2. 03325 -2. 03306 -2. 01308 -2. 00987 -2. 00707 -1. 99982 Hs. 592490 203032 s at FH fumarate hydratase Hs. 471119 Hs. 728857 Hs. 50749 209920 at 1558015 s at 1554287 at BMPR2 ACTR2 TRIM4 bone morphogenetic protein receptor, type II (serine/threonine kinase) ARP2 actin-related protein 2 homolog (yeast) tripartite motif containing 4 Hs. 614080 229115 at DYNC1H1 dynein, cytoplasmic 1, heavy chain 1 Hs. 171054 210602 s at CDH6 cadherin 6, type 2, K-cadherin (fetal kidney) Hs. 584933 220022 at ZNF334 zinc finger protein 334 Hs. 438072 214169 at SUN1 Sad1 and UNC84 domain containing 1 Hs. 201858 201151 s at MBNL1 muscleblind-like splicing regulator 1 Hs. 283869 219633 at TTPAL tocopherol (alpha) transfer protein-like RDX radixin FLJ42709 uncharacterized LOC441094 Hs. 263671 Hs. 457407 Hs. 440168 Hs. 48589 Hs. 591650 Hs. 655967 Hs. 709187 Hs. 405156 Hs. 200644 Hs. 478125 212398 at 1556695 a at 203498 at 236328 at RCAN2 ZFP112 ZNF285 219239 s at ZNF654 1567032 s at 205371 s at DBT ZNF160 212226 s at PPAP2B 1555980 a at 223681 s at INADL regulator of calcineurin 2 / zinc finger protein 112 homolog (mouse) / zinc finger protein 285 zinc finger protein 654 zinc finger protein 160 dihydrolipoamide branched chain transacylase E2 phosphatidic acid phosphatase type 2B LOC100130417 Uncharacterized LOC100130417 InaD-like (Drosophila) Hs. 40582 208022 s at CDC14B CDC14 cell division cycle 14 homolog B (S. cerevisiae) Hs. 732391 219158 s at NAA15 N(alpha)-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit Hs. 515162 212952 at CALR Calreticulin Hs. 740523 203532 x at CUL5 cullin 5 Hs. 731417 219028 at HIPK2 homeodomain interacting protein kinase 2 Hs. 454528 222387 s at VPS35 vacuolar protein sorting 35 homolog (S. cerevisiae) Hs. 15106 217188 s at C14orf1 chromosome 14 open reading frame 1 Hs. 40582 221555 x at CDC14B Hs. 144795 221583 s at KCNMA1 Hs. 523852 208711 s at CCND1 CDC14 cell division cycle 14 homolog B (S. cerevisiae) potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, alpha member 1 cyclin D1 Hs. 592591 203319 s at ZNF148 zinc finger protein 148 Hs. 531005 241359 at TLCD2 TLC domain containing 2 Hs. 521432 47550 at LZTS1 leucine zipper, putative tumor suppressor 1 Hs. 577256 223701 s at USP47 ubiquitin specific peptidase 47 Hs. 605153 212382 at TCF4 transcription factor 4 Hs. 8769 209655 s at TMEM47 Hs. 511265 226492 at SEMA6D Hs. 593803 1554473 at SRGAP1 transmembrane protein 47 sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6D SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 1 Hs. 740395 222027 at NUCKS1 Nuclear casein kinase and cyclin-dependent kinase substrate 1 Hs. 525600 211968 s at HSP90AA1 heat shock protein 90kDa alpha (cytosolic), class A member 1 Hs. 335079 Hs. 665307 Hs. 282998 MAP1B 226084 at 1555363 s at 213901 x at RBFOX2 LOC284440 microtubule-associated protein 1B uncharacterized LOC284440 RNA binding protein, fox-1 homolog (C. elegans) 2 Hs. 729202 206829 x at ZNF430 zinc finger protein 430 Hs. 132225 212239 at PIK3R1 phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit 1 (alpha) Hs. 293970 Hs. 371249 204290 s at ALDH6A1 209466 x at LOC100287705 / PTN aldehyde dehydrogenase 6 family, member A1 uncharacterized LOC100287705 / pleiotrophin Hs. 608111 222544 s at WHSC1L1 Wolf-Hirschhorn syndrome candidate 1-like 1 - 127 - RESULTATS -1. 99924 -1. 9852 -1. 95961 -1. 94503 -1. 94456 -1. 91918 -1. 91467 -1. 90689 -1. 89744 -1. 89538 -1. 89425 -1. 88457 -1. 86533 -1. 85376 -1. 85352 -1. 85256 -1. 84993 -1. 84761 -1. 84707 -1. 83528 -1. 83325 -1. 83278 -1. 81929 -1. 81703 -1. 81594 -1. 81551 -1. 8143 -1. 80763 -1. 80615 -1. 80159 -1. 76211 -1. 75901 -1. 75866 -1. 75726 -1. 75427 -1. 74602 -1. 74576 -1. 74173 -1. 73919 -1. 73737 -1. 73718 -1. 73519 -1. 73247 -1. 72405 -1. 72176 -1. 71783 -1. 70971 -1. 70846 RESULTATS Hs. 257970 228278 at NFIX nuclear factor I/X (CCAAT-binding transcription factor) Hs. 371856 226897 s at ZC3H7A zinc finger CCCH-type containing 7A Hs. 607943 219685 at TMEM35 transmembrane protein 35 Hs. 101014 203491 s at CEP57 centrosomal protein 57kDa Hs. 730695 200760 s at ARL6IP5 ADP-ribosylation-like factor 6 interacting protein 5 Hs. 593614 228674 s at EML4 echinoderm microtubule associated protein like 4 Hs. 159066 229399 at C10orf118 chromosome 10 open reading frame 118 Hs. 500775 229765 at ZNF207 zinc finger protein 207 Hs. 728759 217478 s at HLA-DMA major histocompatibility complex, class II, DM alpha Hs. 476517 226697 at FAM114A1 family with sequence similarity 114, member A1 Hs. 167679 217257 at SH3BP2 SH3-domain binding protein 2 Hs. 435369 214505 s at FHL1 four and a half LIM domains 1 Hs. 532593 243502 at GJC1 gap junction protein, gamma 1, 45kDa - 213267 at DOPEY1 dopey family member 1 Hs. 132257 210458 s at TANK TRAF family member-associated NFKB activator Hs. 654363 243189 at NRF1 nuclear respiratory factor 1 Hs. 312485 203854 at CFI complement factor I Hs. 484412 219349 s at EXOC2 exocyst complex component 2 Hs. 149252 204920 at CPS1 Hs. 476179 201072 s at SMARCC1 Hs. 132858 217457 s at RAP1GDS1 carbamoyl-phosphate synthase 1, mitochondrial SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily c RAP1, GTP-GDP dissociation stimulator 1 Hs. 647409 202935 s at SOX9 SRY (sex determining region Y)-box 9 Hs. 211426 204776 at THBS4 thrombospondin 4 Hs. 654519 210078 s at KCNAB1 potassium voltage-gated channel, shaker-related subfamily, beta member 1 Hs. 102735 210829 s at SSBP2 single-stranded DNA binding protein 2 Hs. 35086 202412 s at USP1 ubiquitin specific peptidase 1 Hs. 368944 225798 at JAZF1 JAZF zinc finger 1 Hs. 151220 200907 s at PALLD palladin, cytoskeletal associated protein Hs. 715026 222634 s at TBL1XR1 transducin (beta)-like 1 X-linked receptor 1 Hs. 529357 240246 at Hs. 621695 224559 at - 213002 at LOC642236 LOC100507645 / MALAT1 MARCKS FSHD region gene 1 pseudogene uncharacterized LOC100507645 / metastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1 myristoylated alanine-rich protein kinase C substrate Hs. 317304 225490 at ARID2 AT rich interactive domain 2 (ARID, RFX-like) Hs. 654616 209790 s at CASP6 caspase 6, apoptosis-related cysteine peptidase Hs. 56 209440 at PRPS1 phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 1 Hs. 149367 212634 at UFL1 UFM1-specific ligase 1 Hs. 502223 230556 at IMMP1L IMP1 inner mitochondrial membrane peptidase-like (S. cerevisiae) Hs. 718875 210251 s at RUFY3 RUN and FYVE domain containing 3 Hs. 440833 212629 s at PKN2 protein kinase N2 Hs. 11355 209753 s at TMPO thymopoietin Hs. 497492 225742 at MDM4 Mdm4 p53 binding protein homolog (mouse) - 128 - Hs. 331268 Hs. 469473 Hs. 435051 Hs. 461117 Hs. 427449 Hs. 548088 205315 s at SNTB2 1556427 s at 222587 s at GALNT7 LRRN4CL Hs. 167700 205187 at SMAD5 1560017 at TMTC3 RPL31 TBC1D8 210240 s at CDKN2D 241017 at transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 3 / ribosomal protein L31 / TBC1 domain family, member 8 (with GRAM domain) cyclin-dependent kinase inhibitor 2D (p19, inhibits CDK4) syntrophin, beta 2 (dystrophin-associated protein A1, 59kDa, basic component 2) -1. 66727 LRRN4 C-terminal like UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine : polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 7 (Gal SMAD family member 5 -1. 70797 -1. 70403 -1. 70007 -1. 69689 -1. 69575 -1. 68997 -1. 68958 -1. 68866 -1. 68706 -1. 68629 -1. 68142 -1. 68084 -1. 6793 -1. 67926 -1. 67066 -1. 66753 -1. 65936 -1. 65904 -1. 65627 -1. 65427 -1. 64729 -1. 64067 -1. 63605 -1. 63523 -1. 63365 -1. 62895 -1. 62634 -1. 62604 -1. 61607 -1. 6154 -1. 61296 -1. 60802 -1. 60595 -1. 6051 -1. 60472 -1. 60321 -1. 60171 -1. 59628 -1. 59582 -1. 59139 -1. 58592 -1. 58573 -1. 58192 -1. 58178 -1. 57809 -1. 57769 -1. 57714 Hs. 11637 243656 at LOC642852 uncharacterized LOC642852 Hs. 301526 Hs. 567832 Hs. 674365 TRIM45 242056 at 208663 s at TTC3 TTC3P1 220200 s at SETD8 tripartite motif containing 45 / tetratricopeptide repeat domain 3 / tetratricopeptide repeat domain 3 pseudogene 1 -1. 57368 SET domain containing (lysine methyltransferase) 8 RESULTATS -1. 5765 -1. 57647 -1. 56664 -1. 56299 -1. 56187 -1. 55988 -1. 55976 -1. 55514 -1. 55497 -1. 55313 -1. 55271 -1. 5521 -1. 55115 -1. 5499 -1. 54985 -1. 54903 -1. 54888 -1. 54828 -1. 54678 -1. 54537 -1. 54528 -1. 54364 -1. 54097 -1. 53949 -1. 53768 -1. 53695 -1. 53356 -1. 53262 -1. 53239 -1. 53139 -1. 52989 -1. 52889 -1. 5261 -1. 52425 -1. 52193 -1. 51978 -1. 51919 -1. 51793 -1. 5157 -1. 51304 -1. 5098 -1. 50909 -1. 50544 -1. 50505 -1. 50235 -1. 50152 Hs. 389452 221027 s at PLA2G12A phospholipase A2, group XIIA Hs. 533977 201008 s at TXNIP thioredoxin interacting protein Hs. 445030 216048 s at RHOBTB3 Rho-related BTB domain containing 3 Hs. 148778 223879 s at OXR1 oxidation resistance 1 Hs. 509343 Hs. 304362 Hs. 1342 214212 x at FERMT2 1554472 a at 213736 at COX5B PHF20L1 fermitin family member 2 PHD finger protein 20-like 1 Cytochrome c oxidase subunit Vb Hs. 158932 203527 s at APC adenomatous polyposis coli Hs. 35433 Hs. 647971 Hs. 125180 214464 at 1556787 s at 205498 at CDC42BPA CDC42 binding protein kinase alpha (DMPK-like) PDE5A GHR Phosphodiesterase 5A, cGMP-specific growth hormone receptor Hs. 159161 201167 x at ARHGDIA Rho GDP dissociation inhibitor (GDI) alpha Hs. 263671 204969 s at RDX radixin Hs. 269654 225041 at MPHOSPH8 M-phase phosphoprotein 8 Hs. 613761 205809 s at WASL Wiskott-Aldrich syndrome-like Hs. 725347 235173 at LOC401093 uncharacterized LOC401093 Hs. 520048 Hs. 190544 Hs. 408461 Hs. 154163 Hs. 192374 Hs. 571177 210982 s at HLA-DRA 1552275 s at 204909 at DDX6 PXK PRMT2 221564 at 200598 s at HSP90B1 MIR3652 209024 s at SYNCRIP / major histocompatibility complex, class II, DR alpha PX domain containing serine/threonine kinase DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box helicase 6 protein arginine methyltransferase 2 heat shock protein 90kDa beta (Grp94), member 1 / microRNA 3652 synaptotagmin binding, cytoplasmic RNA interacting protein Hs. 264482 204833 at ATG12 autophagy related 12 Hs. 25155 201830 s at NET1 neuroepithelial cell transforming 1 Hs. 144696 237654 at PPP1R36 protein phosphatase 1, regulatory subunit 36 Hs. 216226 210613 s at SYNGR1 synaptogyrin 1 Hs. 486508 244353 s at SLC2A12 solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 12 Hs. 660232 Hs. 599703 Hs. 409989 221218 s at TPK1 1554512 a at 211089 s at NEK3 CEP89 thiamin pyrophosphokinase 1 centrosomal protein 89kDa NIMA (never in mitosis gene a)-related kinase 3 Hs. 494614 230618 s at PRRC2C Proline-rich coiled-coil 2C Hs. 58992 Hs. 567832 Hs. 659873 201663 s at SMC4 TTC3 1569472 s TTC3P1 at 221884 at MECOM / structural maintenance of chromosomes 4 MDS1 and EVI1 complex locus tetratricopeptide repeat domain 3 / tetratricopeptide repeat domain 3 pseudogene 1 -1. 51985 Hs. 283416 205991 s at PRRX1 paired related homeobox 1 Hs. 458986 209741 x at SCAPER S-phase cyclin A-associated protein in the ER Hs. 595933 Hs. 497575 Hs. 520710 Hs. 288773 Hs. 522752 Hs. 531106 NXPE3 235030 at SRGAP2 1568957 x at SRGAP2C 209256 s at KLHDC10 / neurexophilin and PC-esterase domain family, member 3 SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2 / SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2 kelch domain containing 10 233819 s at LTN1 1554577 a at 212028 at RBM25 PSMD10 listerin E3 ubiquitin protein ligase 1 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 10 RNA binding motif protein 25 Hs. 280695 212835 at FAM175B family with sequence similarity 175, member B Hs. 656361 1555913 at GON4L gon-4-like (C. elegans) - 129 - RESULTATS Hs. 530597 Hs. 444472 1568877 a at 216591 s at SDHC ACBD5 acyl-CoA binding domain containing 5 -1. 49981 succinate dehydrogenase complex, subunit C, integral membrane protein, 15kDa -1. 49899 Hs. 371609 228315 at ZMAT3 zinc finger, matrin-type 3 Hs. 319438 206178 at PLA2G5 phospholipase A2, group V Hs. 435775 230051 at C10orf47 chromosome 10 open reading frame 47 Hs. 87889 213229 at DICER1 dicer 1, ribonuclease type III Hs. 525600 211969 at HSP90AA1 heat shock protein 90kDa alpha (cytosolic), class A member 1 Hs. 408676 213644 at CEP112 centrosomal protein 112kDa Hs. 371563 211503 s at RAB14 RAB14, member RAS oncogene family Hs. 207776 204332 s at AGA aspartylglucosaminidase Hs. 655033 205111 s at PLCE1 phospholipase C, epsilon 1 Hs. 498890 244835 at C16orf52 Chromosome 16 open reading frame 52 Hs. 445893 201488 x at KHDRBS1 Hs. 435237 205162 at ERCC8 Hs. 658497 231726 at PCDHB14 KH domain containing, RNA binding, signal transduction associated 1 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 8 protocadherin beta 14 Hs. 729380 219785 s at C16orf95 chromosome 16 open reading frame 95 Hs. 629008 206562 s at CSNK1A1 casein kinase 1, alpha 1 Hs. 654581 230352 at PRPS2 Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 2 Hs. 740440 219437 s at ANKRD11 ankyrin repeat domain 11 Hs. 410231 229520 s at C14orf118 chromosome 14 open reading frame 118 Hs. 498317 222158 s at DESI2 desumoylating isopeptidase 2 Hs. 187569 235409 at MGA MAX gene associated Hs. 4998 223078 s at TMOD3 tropomodulin 3 (ubiquitous) Hs. 374201 231875 at KIF21A kinesin family member 21A Hs. 89029 223624 at ZFAND4 Hs. 492407 200641 s at YWHAZ Hs. 702872 216804 s at PDLIM5 zinc finger, AN1-type domain 4 tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, zeta polypeptid PDZ and LIM domain 5 Hs. 501012 205882 x at ADD3 adducin 3 (gamma) Hs. 515266 Hs. 612385 Hs. 463017 Hs. 21631 212599 at 208947 s at UPF1 1552309 a at 231106 at NEXN BMS1P2 BMS1P6 AUTS2 UPF1 regulator of nonsense transcripts homolog (yeast) nexilin (F actin binding protein) / BMS1 pseudogene 2 / BMS1 pseudogene 6 autism susceptibility candidate 2 Hs. 130491 203553 s at MAP4K5 mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 5 Hs. 478383 211801 x at MFN1 mitofusin 1 Hs. 18616 219588 s at NCAPG2 non-SMC condensin II complex, subunit G2 Hs. 440776 224060 s at DPH5 DPH5 homolog (S. cerevisiae) Hs. 654816 212492 s at KDM4B lysine (K)-specific demethylase 4B Hs. 436166 223464 at OSBPL5 oxysterol binding protein-like 5 Hs. 593614 223068 at EML4 echinoderm microtubule associated protein like 4 Hs. 503886 Hs. 190086 Hs. 520506 ZW10 204812 at 1555978 s at 234863 x at FBXO5 MYL12A ZW10, kinetochore associated, homolog (Drosophila) Myosin, light chain 12A, regulatory, non-sarcomeric F-box protein 5 Hs. 396178 1553122 s at / / LOC389458 RBAK RBAK- LOC389458 uncharacterized LOC389458 LOC389458 readthr / RB-associated KRAB zinc finger / RBAK- Hs. 43697 203348 s at ETV5 ets variant 5 Hs. 471234 227280 s at CCNYL1 cyclin Y-like 1 Hs. 293970 221588 x at ALDH6A1 aldehyde dehydrogenase 6 family, member A1 Hs. 728857 200729 s at ACTR2 ARP2 actin-related protein 2 homolog (yeast) - 130 - -1. 49879 -1. 494 -1. 4935 -1. 49305 -1. 49163 -1. 49067 -1. 48838 -1. 48676 -1. 48577 -1. 48517 -1. 48225 -1. 48155 -1. 48052 -1. 47903 -1. 47468 -1. 47442 -1. 47245 -1. 47005 -1. 4697 -1. 46882 -1. 46641 -1. 46359 -1. 46172 -1. 4602 -1. 4595 -1. 45827 -1. 45435 -1. 45427 -1. 45332 -1. 45296 -1. 45006 -1. 44878 -1. 44755 -1. 44722 -1. 44541 -1. 44282 -1. 44244 -1. 44125 -1. 44086 -1. 4405 -1. 44043 -1. 4364 -1. 43583 -1. 43493 -1. 43466 Hs. 12707 1560020 at DNAJC13 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 13 Hs. 445030 202975 s at RHOBTB3 Rho-related BTB domain containing 3 Hs. 485865 Hs. 508848 Hs. 30977 206006 s at KIAA1009 HNRNPC / LOC100652761 / LOC100653343 SESTD1 200751 s at 226763 at KIAA1009 heterogeneous nuclear LOC100652761 / ribonucleoprotein C (C1/C2) / uncharacterized SEC14 and spectrin domains 1 Hs. 213061 222424 s at NUCKS1 nuclear casein kinase and cyclin-dependent kinase substrate 1 Hs. 97627 205761 s at DUS4L dihydrouridine synthase 4-like (S. cerevisiae) Hs. 2799 205524 s at HAPLN1 hyaluronan and proteoglycan link protein 1 Hs. 127310 227740 at UHMK1 U2AF homology motif (UHM) kinase 1 Hs. 731699 212665 at TIPARP TCDD-inducible poly(ADP-ribose) polymerase Hs. 12326 Hs. 519523 Hs. 124503 LOC257396 SERPINB6 236076 at 1556950 s at 212758 s at ZEB1 uncharacterized LOC257396 serpin peptidase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 6 zinc finger E-box binding homeobox 1 Hs. 282998 212104 s at RBFOX2 RNA binding protein, fox-1 homolog (C. elegans) 2 Hs. 210367 209376 x at SCAF11 SR-related CTD-associated factor 11 Hs. 82098 235369 at C14orf28 chromosome 14 open reading frame 28 Hs. 436975 225856 at CLOCK clock homolog (mouse) Hs. 490203 201617 x at CALD1 caldesmon 1 Hs. 330073 Hs. 567832 KIAA0355 203288 at 208662 s at TTC3 KIAA0355 / tetratricopeptide repeat domain 3 / tetratricopeptide repeat domain 3 pseudogene 1 -1. 41654 Hs. 674365 225094 at SET domain containing (lysine methyltransferase) 8 TTC3P1 SETD8 Hs. 656558 240155 x at ZNF493 zinc finger protein 493 - 238435 at LOC100506661 uncharacterized LOC100506661 Hs. 643754 203496 s at MED1 mediator complex subunit 1 Hs. 159195 241708 at DOCK1 dedicator of cytokinesis 1 Hs. 349096 230285 at SVIP small VCP/p97-interacting protein Hs. 405590 235429 at EIF3E eukaryotic translation initiation factor 3, subunit E Hs. 499205 229638 at IRX3 iroquois homeobox 3 Hs. 720221 230708 at PRICKLE1 prickle homolog 1 (Drosophila) Hs. 464585 216563 at ANKRD12 ankyrin repeat domain 12 Hs. 418192 215892 at ZNF440 Zinc finger protein 440 Hs. 127535 Hs. 713698 Hs. 491941 229893 at 1570523 s at 231380 at FRMD3 ATG10 C8orf34 FERM domain containing 3 autophagy related 10 chromosome 8 open reading frame 34 Hs. 584851 235084 x at TRIM38 tripartite motif containing 38 Hs. 486470 201718 s at EPB41L2 erythrocyte membrane protein band 4. 1-like 2 Hs. 255935 200920 s at BTG1 B-cell translocation gene 1, anti-proliferative Hs. 608041 222024 s at AKAP13 A kinase (PRKA) anchor protein 13 Hs. 146804 217813 s at SPIN1 spindlin 1 Hs. 632269 226805 at FITM2 fat storage-inducing transmembrane protein 2 Hs. 406787 218432 at FBXO3 F-box protein 3 Hs. 425144 205076 s at MTMR11 myotubularin related protein 11 Hs. 171929 220988 s at C1QTNF3 C1q and tumor necrosis factor related protein 3 Hs. 358997 224908 s at TTL tubulin tyrosine ligase Hs. 523442 214579 at NIPAL3 NIPA-like domain containing 3 Hs. 463278 239159 at GOSR2 golgi SNAP receptor complex member 2 Hs. 677935 226429 at KIAA1704 KIAA1704 - 131 - RESULTATS -1. 43447 -1. 43409 -1. 43398 -1. 43363 -1. 43334 -1. 43303 -1. 43099 -1. 43052 -1. 42781 -1. 42776 -1. 42743 -1. 42655 -1. 42648 -1. 42641 -1. 42361 -1. 42358 -1. 42267 -1. 42108 -1. 41934 -1. 41651 -1. 41651 -1. 41599 -1. 41397 -1. 41297 -1. 41188 -1. 41114 -1. 4088 -1. 40629 -1. 40561 -1. 40433 -1. 40252 -1. 40157 -1. 40144 -1. 39977 -1. 39912 -1. 39871 -1. 39849 -1. 39817 -1. 39715 -1. 39694 -1. 39668 -1. 39503 -1. 39441 -1. 39439 -1. 39285 -1. 39203 RESULTATS -1. 39055 -1. 39014 -1. 38835 -1. 38687 -1. 38652 -1. 38608 -1. 38311 -1. 38226 -1. 38188 -1. 38125 -1. 38076 -1. 38011 -1. 37996 -1. 37761 -1. 37723 -1. 37385 -1. 37384 -1. 36964 -1. 36946 -1. 36942 -1. 36937 -1. 36899 -1. 36751 -1. 36731 -1. 36688 -1. 36575 -1. 36558 -1. 36556 -1. 36446 -1. 36402 -1. 36308 -1. 36299 -1. 36292 Hs. 340623 228686 at Hs. 711490 202731 at uncharacterized LOC644873 -1. 39117 / microRNA 4680 / programmed cell death 4 (neoplastic transformation inhibitor) -1. 39108 FLJ33630 MIR4680 PDCD4 PRR12 NOL9 NME5 226716 at 1554084 a at 206197 at 1554019 s at 1555945 s at 201604 s at PPP1R12A FAM120A CEP57L1 Hs. 590971 Hs. 59425 Hs. 730856 Hs. 632616 Hs. 670381 Hs. 49582 proline rich 12 nucleolar protein 9 NME/NM23 family member 5 centrosomal protein 57kDa-like 1 family with sequence similarity 120A protein phosphatase 1, regulatory subunit 12A Hs. 439363 1566257 at GPR180 G protein-coupled receptor 180 Hs. 191540 236254 at VPS13B vacuolar protein sorting 13 homolog B (yeast) Hs. 657382 Hs. 711490 Hs. 6421 228411 at PARD3B 202730 s at MIR4680 PDCD4 COPG2 223457 at / par-3 partitioning defective 3 homolog B (C. elegans) microRNA 4680 / programmed cell death 4 (neoplastic transformation inhibitor) -1. 38144 coatomer protein complex, subunit gamma 2 Hs. 665717 1564331 at ZNF846 zinc finger protein 846 Hs. 646353 208106 x at PSG6 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 6 Hs. 173030 223487 x at GNB4 guanine nucleotide binding protein (G protein), beta polypeptide 4 Hs. 125056 228032 s at DENND1B DENN/MADD domain containing 1B Hs. 380048 235562 at C3orf70 chromosome 3 open reading frame 70 Hs. 657843 Hs. 523744 Hs. 584833 RNF180 242033 at 1552617 a at 216941 s at TAF1B RFWD2 ring finger protein 180 ring finger and WD repeat domain 2, E3 ubiquitin protein ligase TATA box binding protein (TBP)-associated factor, RNA polymerase I, B, 63kDa -1. 37143 Hs. 486542 201101 s at BCLAF1 BCL2-associated transcription factor 1 Hs. 433442 203333 at KIFAP3 kinesin-associated protein 3 Hs. 274329 209917 s at TP53TG1 TP53 target 1 (non-protein coding) Hs. 118554 222714 s at LACTB2 lactamase, beta 2 Hs. 40582 Hs. 121396 Hs. 607407 211348 s at CDC14B 1553726 s at 202719 s at TES C6orf170 CDC14 cell division cycle 14 homolog B (S. cerevisiae) chromosome 6 open reading frame 170 testis derived transcript (3 LIM domains) Hs. 658514 219874 at SLC12A8 solute carrier family 12 (potassium/chloride transporters), member 8 Hs. 131673 225700 at GLCCI1 glucocorticoid induced transcript 1 Hs. 271876 205308 at ZC2HC1A zinc finger, C2HC-type containing 1A Hs. 168762 204062 s at ULK2 unc-51-like kinase 2 (C. elegans) Hs. 160211 222439 s at THRAP3 thyroid hormone receptor associated protein 3 Hs. 417022 204569 at ICK intestinal cell (MAK-like) kinase Hs. 197644 218603 at HECA headcase homolog (Drosophila) Hs. 231883 Hs. 655964 Hs. 656902 225106 s at OGFOD1 1569594 a at 202956 at NEMF ARFGEF1 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain containing 1 nuclear export mediator factor ADP-ribosylation factor guanine nucleotide-exchange factor 1 (brefeldin A-inhibited) -1. 36291 Hs. 195403 219921 s at DOCK5 dedicator of cytokinesis 5 Hs. 25155 201829 at NET1 neuroepithelial cell transforming 1 Hs. 702872 203242 s at PDLIM5 PDZ and LIM domain 5 Hs. 509008 223255 at G2E3 G2/M-phase specific E3 ubiquitin protein ligase Hs. 567367 225885 at EEA1 early endosome antigen 1 Hs. 345588 226876 at FAM101B family with sequence similarity 101, member B Hs. 482043 202784 s at NNT nicotinamide nucleotide transhydrogenase Hs. 500409 200946 x at GLUD1 glutamate dehydrogenase 1 Hs. 406096 217741 s at ZFAND5 zinc finger, AN1-type domain 5 Hs. 175473 202588 at AK1 adenylate kinase 1 - 132 - -1. 36287 -1. 35986 -1. 35934 -1. 35896 -1. 35856 -1. 35811 -1. 35705 -1. 35523 -1. 3552 -1. 35292 Hs. 485910 232902 s at RARS2 arginyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial Hs. 334772 233543 s at FAM175A family with sequence similarity 175, member A Hs. 49582 201602 s at PPP1R12A protein phosphatase 1, regulatory subunit 12A Hs. 710624 231118 at ANKRD35 ankyrin repeat domain 35 Hs. 505202 214806 at BICD1 bicaudal D homolog 1 (Drosophila) Hs. 546268 Hs. 223296 Hs. 654857 219027 s at MYO9A 1563111 a at 219428 s at PXMP4 PIGX myosin IXA phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class X peroxisomal membrane protein 4, 24kDa Hs. 592184 210849 s at VPS41 vacuolar protein sorting 41 homolog (S. cerevisiae) Hs. 291000 235061 at PPM1K protein phosphatase, Mg2 /Mn2 dependent, 1K Hs. 706676 227905 s at AZI2 5-azacytidine induced 2 Hs. 643754 225452 at MED1 mediator complex subunit 1 Hs. 435004 216392 s at SEC23IP SEC23 interacting protein Hs. 709689 218962 s at TMEM168 transmembrane protein 168 Hs. 535394 Hs. 40510 Hs. 534189 214825 at 1552774 a at 212926 at FAM155A family with sequence similarity 155, member A SLC25A27 solute carrier family 25, member 27 SMC5 structural maintenance of chromosomes 5 RESULTATS -1. 35226 -1. 35215 -1. 34963 -1. 34831 -1. 3481 -1. 34783 -1. 34746 -1. 34392 -1. 34364 -1. 34323 -1. 34315 -1. 34258 -1. 34049 -1. 34009 -1. 33919 -1. 33916 -1. 33813 - 213087 s at EEF1D eukaryotic translation elongation factor 1 delta (guanine nucleotide exchange protein) -1. 33693 Hs. 543039 239466 at LOC344595 uncharacterized LOC344595 Hs. 478407 229519 at FXR1 fragile X mental retardation, autosomal homolog 1 Hs. 69855 222975 s at CSDE1 cold shock domain containing E1, RNA-binding Hs. 653144 233191 at RUFY2 RUN and FYVE domain containing 2 Hs. 708182 202583 s at RANBP9 RAN binding protein 9 Hs. 631618 209344 at TPM4 tropomyosin 4 Hs. 306307 214578 s at ROCK1 Rho-associated, coiled-coil containing protein kinase 1 Hs. 9873 212162 at KIDINS220 kinase D-interacting substrate, 220kDa Hs. 80720 229114 at GAB1 GRB2-associated binding protein 1 Hs. 315167 219000 s at DSCC1 defective in sister chromatid cohesion 1 homolog (S. cerevisiae) Hs. 81874 204168 at MGST2 microsomal glutathione S-transferase 2 Hs. 531111 214659 x at YLPM1 YLP motif containing 1 Hs. 724 1316 at THRA thyroid hormone receptor, alpha Hs. 155827 204384 at GOLGA2 golgin A2 Hs. 369017 221960 s at RAB2A RAB2A, member RAS oncogene family Hs. 523080 212423 at ZCCHC24 zinc finger, CCHC domain containing 24 Hs. 327252 226087 at LZIC leucine zipper and CTNNBIP1 domain containing Hs. 740395 217802 s at NUCKS1 nuclear casein kinase and cyclin-dependent kinase substrate 1 Hs. 593995 216511 s at TCF7L2 transcription factor 7-like 2 (T-cell specific, HMG-box) Hs. 8739 235623 at ELP2 elongation protein 2 homolog (S. cerevisiae) Hs. 334868 228070 at PPP2R5E protein phosphatase 2, regulatory subunit B', epsilon isoform Hs. 740373 212113 at ATXN7L3B ataxin 7-like 3B Hs. 66708 201337 s at VAMP3 vesicle-associated membrane protein 3 (cellubrevin) Hs. 632272 235057 at ITCH itchy E3 ubiquitin protein ligase Hs. 461787 214075 at NENF neudesin neurotrophic factor Hs. 368982 208050 s at CASP2 caspase 2, apoptosis-related cysteine peptidase Hs. 21145 208503 s at GATAD1 GATA zinc finger domain containing 1 Hs. 644000 201768 s at CLINT1 clathrin interactor 1 Hs. 656902 202955 s at ARFGEF1 Hs. 448979 206770 s at SLC35A3 ADP-ribosylation factor guanine nucleotide-exchange factor 1 (brefeldin A-inhibited) solute carrier family 35 (UDP-N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc) transporter), member A3 - 133 - -1. 33693 -1. 33688 -1. 33469 -1. 33444 -1. 33287 -1. 33114 -1. 32911 -1. 32801 -1. 32787 -1. 32672 -1. 32588 -1. 32571 -1. 32548 -1. 32385 -1. 32363 -1. 32318 -1. 32263 -1. 32218 -1. 32201 -1. 31959 -1. 31921 -1. 31917 -1. 31841 -1. 31824 -1. 31777 -1. 31594 -1. 31545 -1. 31481 -1. 31479 -1. 3142 RESULTATS Hs. 634120 238574 at SLC25A51 solute carrier family 25, member 51 Hs. 370147 220072 at CSPP1 centrosome and spindle pole associated protein 1 Hs. 340623 235628 x at FLJ33630 uncharacterized LOC644873 Hs. 272939 1557167 at HCG11 HLA complex group 11 (non-protein coding) Hs. 647120 222414 at MLL3 myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia 3 Hs. 436687 215780 s at SET / SETP4 SET nuclear oncogene / SET pseudogene 4 Hs. 605153 203753 at TCF4 transcription factor 4 Hs. 708182 216125 s at RANBP9 RAN binding protein 9 Hs. 466391 211563 s at URI1 URI1, prefoldin-like chaperone Hs. 654740 214820 at BRWD1 bromodomain and WD repeat domain containing 1 Hs. 733180 228606 at Hs. 731996 228027 at TCTEX1D2 ARMCX5- GPRASP2 GPRASP2 Hs. 183713 Hs. 458412 Hs. 533499 204464 s at EDNRA 1568594 s at 231716 at TRIM52 RC3H2 -1. 31376 -1. 31305 -1. 31086 -1. 30993 -1. 30864 -1. 30858 -1. 30314 -1. 30243 -1. 30105 -1. 30095 -1. 30035 -1. 30009 -1. 29936 -1. 29856 -1. 29848 -1. 29823 -1. 29819 -1. 29785 -1. 29746 -1. 29675 -1. 29657 -1. 29598 -1. 29334 -1. 29241 -1. 29087 -1. 29063 -1. 28915 -1. 289 -1. 28851 -1. 28843 -1. 28792 -1. 28684 -1. 28642 -1. 28637 -1. 28633 -1. 28585 -1. 2851 -1. 28489 -1. 28451 -1. 28436 -1. 2828 -1. 28177 -1. 28141 -1. 28086 -1. 28004 -1. 27978 / ARMCX5-GPRASP2 readthrough / G protein-coupled receptor associated sorting protein 2 -1. 3003 Tctex1 domain containing 2 endothelin receptor type A tripartite motif containing 52 ring finger and CCCH-type domains 2 Hs. 157078 221826 at ANGEL2 angel homolog 2 (Drosophila) Hs. 97439 209155 s at NT5C2 5'-nucleotidase, cytosolic II Hs. 24678 221268 s at SGPP1 sphingosine-1-phosphate phosphatase 1 Hs. 740395 224581 s at NUCKS1 nuclear casein kinase and cyclin-dependent kinase substrate 1 Hs. 102267 204298 s at LOX lysyl oxidase Hs. 540550 229586 at CHD9 chromodomain helicase DNA binding protein 9 Hs. 61188 227678 at XRCC6BP1 XRCC6 binding protein 1 Hs. 435004 209175 at SEC23IP SEC23 interacting protein - 236657 at LOC100288911 uncharacterized LOC100288911 Hs. 327527 212520 s at SMARCA4 Hs. 202238 243927 x at KIAA1429 SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a KIAA1429 Hs. 428360 220159 at ABCA11P ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 11, pseudogene Hs. 314246 211009 s at ZNF271 zinc finger protein 271 Hs. 418198 Hs. 553131 Hs. 485784 225761 at 1558685 a at 202319 at PAPD4 PAP associated domain containing 4 LOC158960 uncharacterized protein BC009467 SENP6 SUMO1/sentrin specific peptidase 6 Hs. 654567 214787 at DENND4A DENN/MADD domain containing 4A Hs. 464137 209600 s at ACOX1 acyl-CoA oxidase 1, palmitoyl Hs. 87889 206061 s at DICER1 dicer 1, ribonuclease type III Hs. 406787 229955 at FBXO3 F-box protein 3 Hs. 64016 207808 s at PROS1 protein S (alpha) Hs. 272927 204344 s at SEC23A Sec23 homolog A (S. cerevisiae) Hs. 654560 Hs. 515487 Hs. 528574 228904 at 1563431 x at 225802 at HOXB3 CALM3 homeobox B3 Calmodulin 3 (phosphorylase kinase, delta) TOP1MT topoisomerase (DNA) I, mitochondrial Hs. 655519 225894 at SYNPO2 synaptopodin 2 Hs. 631954 226826 at LSM11 LSM11, U7 small nuclear RNA associated Hs. 40758 229072 at RAB30 RAB30, member RAS oncogene family Hs. 591692 228536 at PRMT10 protein arginine methyltransferase 10 (putative) - 205158 at RNASE4 ribonuclease, RNase A family, 4 Hs. 497183 201363 s at IVNS1ABP influenza virus NS1A binding protein Hs. 165762 228220 at FCHO2 FCH domain only 2 - 134 - Hs. 655964 1557950 at NEMF nuclear export mediator factor Hs. 184720 214221 at ALMS1 Alstrom syndrome 1 Hs. 570189 225908 at IAH1 Hs. 476415 218158 s at APPL1 Hs. 85195 204784 s at MLF1 isoamyl acetate-hydrolyzing esterase 1 homolog (S. cerevisiae) adaptor protein, phosphotyrosine interaction, PH domain and leucine zipper containing 1 myeloid leukemia factor 1 Hs. 30977 227041 at SESTD1 SEC14 and spectrin domains 1 Hs. 445511 202131 s at RIOK3 RIO kinase 3 (yeast) Hs. 497183 206245 s at IVNS1ABP influenza virus NS1A binding protein Hs. 12102 208781 x at SNX3 sorting nexin 3 Hs. 409582 226070 at C9orf142 chromosome 9 open reading frame 142 - 239010 at LOC100653149 uncharacterized LOC100653149 Hs. 156928 1556301 at LOC100287015 Uncharacterized LOC100287015 Hs. 591360 225010 at CCDC6 coiled-coil domain containing 6 CAP-GLY domain containing linker protein family, member 4 / microRNA 4680 / programmed cell death 4 (neoplastic transformation inhibitor) -1. 27227 RESULTATS -1. 27971 -1. 27786 -1. 27755 -1. 27701 -1. 27671 -1. 27588 -1. 2757 -1. 27536 -1. 27458 -1. 27381 -1. 27342 -1. 27316 -1. 27266 -1. 27264 Hs. 122927 Hs. 711490 Hs. 368639 Hs. 466436 Hs. 195060 Hs. 302977 CLIP4 226425 at 212593 s at MIR4680 PDCD4 RNF217 226885 at 219818 s at GPATCH1 1555803 a at 218374 s at C12orf4 C11orf57 ring finger protein 217 G patch domain containing 1 chromosome 11 open reading frame 57 chromosome 12 open reading frame 4 Hs. 20000 226416 at ERI1 exoribonuclease 1 Hs. 310645 207791 s at RAB1A RAB1A, member RAS oncogene family Hs. 146551 37170 at BMP2K BMP2 inducible kinase Hs. 149387 Hs. 643436 Hs. 372309 Hs. 654580 Hs. 475018 ZNF146 203216 s at MYO6 1554433 a at 222617 s at FAM204A 1554885 a at 212931 at LOC100653079 / PRIM2 TCF20 Hs. 180408 214140 at SLC25A16 Hs. 438953 Hs. 530000 Hs. 546479 Hs. 59719 Hs. 643813 Hs. 379972 228584 at SGCB 208310 s at CCZ1 CCZ1B ZBTB8A 235142 at / 210788 s at DHRS7 1553530 a at 238783 at ITGB1 TMEM161B myosin VI zinc finger protein 146 family with sequence similarity 204, member A uncharacterized LOC100653079 / primase, DNA, polypeptide 2 (58kDa) transcription factor 20 (AR1) solute carrier family 25 (mitochondrial carrier ; Graves disease autoantigen), member 16 sarcoglycan, beta (43kDa dystrophin-associated glycoprotein) CCZ1 vacuolar protein trafficking and biogenesis associated homolog (S. cerevisiae) / zinc finger and BTB domain containing 8A dehydrogenase/reductase (SDR family) member 7 integrin, beta 1 (fibronectin receptor, beta polypeptide, antigen CD29 includes MDF2, M transmembrane protein 161B Hs. 101302 231766 s at COL12A1 collagen, type XII, alpha 1 Hs. 433484 235272 at SBSN suprabasin Hs. 288304 1553749 at FAM76B family with sequence similarity 76, member B Hs. 22587 203017 s at SSX2IP synovial sarcoma, X breakpoint 2 interacting protein Hs. 233325 211330 s at HFE hemochromatosis Hs. 131180 219953 s at AKIP1 A kinase (PRKA) interacting protein 1 Hs. 515210 200664 s at DNAJB1 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 1 Hs. 479867 Hs. 418198 Hs. 415342 CENPC1 204739 at 1556277 a at 213311 s at TCF25 PAPD4 centromere protein C 1 PAP associated domain containing 4 transcription factor 25 (basic helix-loop-helix) Hs. 603118 201901 s at YY1 YY1 transcription factor - 225199 at LOC100505487 uncharacterized LOC100505487 Hs. 521640 Hs. 188456 201222 s at RAD23B 216593 s at LOC100505991 / PIGC RAD23 homolog B (S. cerevisiae) uncharacterized LOC100505991 / phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class - 135 - -1. 27177 -1. 27081 -1. 27075 -1. 26952 -1. 26894 -1. 26788 -1. 26781 -1. 2671 -1. 26565 -1. 26477 -1. 26473 -1. 26391 -1. 26342 -1. 26268 -1. 2626 -1. 26203 -1. 2618 -1. 26134 -1. 25984 -1. 25983 -1. 25929 -1. 25721 -1. 25612 -1. 2552 -1. 25515 -1. 25508 -1. 25485 -1. 25446 -1. 25433 -1. 25368 -1. 25346 -1. 25339 -1. 25289 RESULTATS Hs. 509451 222230 s at ACTR10 actin-related protein 10 homolog (S. cerevisiae) Hs. 700632 Hs. 646386 Hs. 368264 Hs. 729113 Hs. 591530 228801 at 1558755 x at 1554365 a at 1558699 a at 1553034 at ORMDL1 ORM1-like 1 (S. cerevisiae) ZNF763 zinc finger protein 763 PPP2R5C protein phosphatase 2, regulatory subunit B', gamma HERPUD2 HERPUD family member 2 SDCCAG8 serologically defined colon cancer antigen 8 Hs. 349150 227718 at PURB purine-rich element binding protein B Hs. 643553 226235 at LOC339290 uncharacterized LOC339290 Hs. 656208 212885 at MPHOSPH10 M-phase phosphoprotein 10 (U3 small nucleolar ribonucleoprotein) Hs. 655182 235425 at SGOL2 shugoshin-like 2 (S. pombe) Hs. 709010 239035 at MTHFR methylenetetrahydrofolate reductase (NAD(P)H) Hs. 512181 213289 at APOOL apolipoprotein O-like Hs. 306083 225794 s at C22orf32 chromosome 22 open reading frame 32 Hs. 180402 219849 at ZNF671 zinc finger protein 671 Hs. 524161 230490 x at RSU1 Ras suppressor protein 1 Hs. 648394 211937 at EIF4B eukaryotic translation initiation factor 4B Hs. 115467 240344 x at LYRM7 Lyrm7 homolog (mouse) Hs. 713564 218134 s at RBM22 RNA binding motif protein 22 Hs. 433702 208705 s at EIF5 eukaryotic translation initiation factor 5 Hs. 437338 217286 s at NDRG3 NDRG family member 3 Hs. 528731 236562 at ZNF439 zinc finger protein 439 Hs. 369284 218859 s at ESF1 ESF1, nucleolar pre-rRNA processing protein, homolog (S. cerevisiae) Hs. 443661 Hs. 255932 219156 at SYNJ2BP SYNJ2BP- COX16 223002 s at XRN2 / synaptojanin 2 binding protein / SYNJ2BP-COX16 readthrough 5'-3' exoribonuclease 2 Hs. 263671 212397 at RDX radixin Hs. 35199 237706 at STXBP4 syntaxin binding protein 4 Hs. 221941 217889 s at CYBRD1 cytochrome b reductase 1 Hs. 38114 235253 at RAD1 RAD1 homolog (S. pombe) Hs. 642618 218450 at HEBP1 heme binding protein 1 Hs. 162852 235114 x at HOOK3 hook homolog 3 (Drosophila) Hs. 656803 243552 at MBTD1 mbt domain containing 1 Hs. 531713 202143 s at COPS8 COP9 constitutive photomorphogenic homolog subunit 8 (Arabidopsis) Hs. 732391 222837 s at NAA15 N(alpha)-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit Hs. 631814 228196 s at LARP4B La ribonucleoprotein domain family, member 4B Hs. 158688 201024 x at EIF5B eukaryotic translation initiation factor 5B Hs. 101014 203492 x at CEP57 centrosomal protein 57kDa Hs. 418533 201456 s at BUB3 Hs. 448979 226894 at SLC35A3 Hs. 334637 226879 at HVCN1 budding uninhibited by benzimidazoles 3 homolog (yeast) solute carrier family 35 (UDP-N-acetylglucosamine (UDP-GlcNAc) transporter), member A3 hydrogen voltage-gated channel 1 Hs. 379548 234982 at UBR3 ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 3 (putative) Hs. 464184 202083 s at SEC14L1 SEC14-like 1 (S. cerevisiae) Hs. 102696 230235 at MCTS1 malignant T cell amplified sequence 1 Hs. 655378 227249 at NDE1 NudE nuclear distribution E homolog 1 (A. nidulans) Hs. 591122 226873 at FAM63B family with sequence similarity 63, member B Hs. 632486 200798 x at MCL1 myeloid cell leukemia sequence 1 (BCL2-related) Hs. 407015 242138 at DLX1 distal-less homeobox 1 Hs. 135763 234140 s at STIM2 stromal interaction molecule 2 - 136 - -1. 25259 -1. 25244 -1. 25187 -1. 2495 -1. 24932 -1. 24871 -1. 24791 -1. 24779 -1. 24705 -1. 24699 -1. 24637 -1. 2458 -1. 24565 -1. 24429 -1. 24416 -1. 24404 -1. 24395 -1. 24374 -1. 24345 -1. 24258 -1. 24143 -1. 2411 -1. 24107 -1. 24068 -1. 24052 -1. 24034 -1. 24032 -1. 23996 -1. 23956 -1. 23892 -1. 23881 -1. 23808 -1. 23751 -1. 23638 -1. 23583 -1. 23517 -1. 23498 -1. 23475 -1. 2346 -1. 23408 -1. 23402 -1. 23388 -1. 23354 -1. 2327 -1. 23247 -1. 23223 -1. 23176 Hs. 125056 1557309 at DENND1B DENN/MADD domain containing 1B Hs. 327736 201991 s at KIF5B kinesin family member 5B Hs. 619530 231437 at SLC35D2 solute carrier family 35, member D2 Hs. 465433 Hs. 170622 Hs. 577202 ZADH2 227049 at 1555730 a at 202453 s at GTF2H1 CFL1 zinc binding alcohol dehydrogenase domain containing 2 cofilin 1 (non-muscle) general transcription factor IIH, polypeptide 1, 62kDa - 214850 at LOC100170939 glucuronidase, beta pseudogene Hs. 432424 203374 s at TPP2 tripeptidyl peptidase II Hs. 534641 213315 x at CXorf40A chromosome X open reading frame 40A Hs. 24485 209259 s at SMC3 structural maintenance of chromosomes 3 Hs. 66708 211749 s at VAMP3 vesicle-associated membrane protein 3 (cellubrevin) Hs. 309316 201138 s at SSB Sjogren syndrome antigen B (autoantigen La) Hs. 478465 221713 s at MAP6D1 MAP6 domain containing 1 Hs. 493808 207839 s at TMEM8B transmembrane protein 8B Hs. 153026 209306 s at SWAP70 SWAP switching B-cell complex 70kDa subunit Hs. 522672 1554098 at SPIN3 spindlin family, member 3 Hs. 233325 206087 x at HFE hemochromatosis Hs. 591122 222111 at FAM63B family with sequence similarity 63, member B Hs. 388220 233647 s at CDADC1 cytidine and dCMP deaminase domain containing 1 Hs. 221436 Hs. 285197 Hs. 271749 RBMS3 238447 at 1558254 s at 204448 s at PDCL SRPK2 RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 SRSF protein kinase 2 phosducin-like Hs. 279257 208857 s at PCMT1 protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase Hs. 88778 209213 at CBR1 carbonyl reductase 1 Hs. 740404 225707 at ARL6IP6 ADP-ribosylation-like factor 6 interacting protein 6 Hs. 374127 209658 at CDC16 cell division cycle 16 homolog (S. cerevisiae) Hs. 36859 227693 at WDR20 WD repeat domain 20 Hs. 728857 200728 at ACTR2 ARP2 actin-related protein 2 homolog (yeast) Hs. 15154 Hs. 49774 Hs. 581438 SRPX 204955 at 1555579 s at 200806 s at HSPD1 PTPRM sushi-repeat containing protein, X-linked protein tyrosine phosphatase, receptor type, M heat shock 60kDa protein 1 (chaperonin) Hs. 472024 220477 s at TMEM230 transmembrane protein 230 Hs. 459106 Hs. 621695 AZIN1 212461 at 224567 x at LOC100507645 / MALAT1 Hs. 460988 202370 s at CBFB antizyme inhibitor 1 uncharacterized LOC100507645 / metastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1 core-binding factor, beta subunit Hs. 510324 212265 at QKI QKI, KH domain containing, RNA binding Hs. 369017 208734 x at RAB2A RAB2A, member RAS oncogene family Hs. 591061 228927 at ZNF397 zinc finger protein 397 Hs. 507475 208021 s at RFC1 replication factor C (activator 1) 1, 145kDa Hs. 306327 Hs. 575782 Hs. 198308 RAB3GAP1 213530 at 214943 s at ARID4B RBM34 WRB 202749 at RAB3 GTPase activating protein subunit 1 (catalytic) / AT rich interactive domain 4B (RBP1-like) / RNA binding motif protein 34 tryptophan rich basic protein Hs. 148670 212651 at RHOBTB1 Rho-related BTB domain containing 1 Hs. 436585 207416 s at NFATC3 nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic, calcineurin-dependent 3 Hs. 433668 219600 s at TMEM50B transmembrane protein 50B Hs. 444229 223422 s at ARHGAP24 Rho GTPase activating protein 24 Hs. 126221 209412 at TRAPPC10 trafficking protein particle complex 10 Hs. 440219 209088 s at UBN1 ubinuclein 1 - 137 - RESULTATS -1. 22949 -1. 22942 -1. 22853 -1. 22849 -1. 22835 -1. 22827 -1. 22795 -1. 2272 -1. 22713 -1. 22673 -1. 2263 -1. 22625 -1. 22552 -1. 22548 -1. 22529 -1. 22474 -1. 22457 -1. 22387 -1. 2233 -1. 22263 -1. 22239 -1. 22201 -1. 2216 -1. 22143 -1. 22014 -1. 22009 -1. 21976 -1. 21943 -1. 21906 -1. 21721 -1. 2171 -1. 21634 -1. 21625 -1. 21591 -1. 21585 -1. 21536 -1. 21523 -1. 21502 -1. 21491 -1. 21451 -1. 21446 -1. 21355 -1. 21305 -1. 21285 -1. 21154 -1. 2112 -1. 21115 -1. 21105 RESULTATS Hs. 437256 212243 at Hs. 127675 229958 at / GCOM1 POLR2M CLN8 GRINL1A complex locus 1 / polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide M -1. 20877 ceroid-lipofuscinosis, neuronal 8 (epilepsy, progressive with mental retardation) -1. 2084 Hs. 233552 207318 s at CDK13 cyclin-dependent kinase 13 Hs. 477009 212381 at USP24 ubiquitin specific peptidase 24 Hs. 620764 226010 at SLC25A23 solute carrier family 25 (mitochondrial carrier ; phosphate carrier), member 23 Hs. 523744 234950 s at RFWD2 ring finger and WD repeat domain 2, E3 ubiquitin protein ligase Hs. 74615 203131 at PDGFRA platelet-derived growth factor receptor, alpha polypeptide Hs. 431850 224621 at MAPK1 mitogen-activated protein kinase 1 Hs. 49582 201603 at PPP1R12A protein phosphatase 1, regulatory subunit 12A Hs. 339024 225790 at MSRB3 methionine sulfoxide reductase B3 Hs. 432760 201950 x at CAPZB capping protein (actin filament) muscle Z-line, beta Hs. 189409 230389 at FNBP1 formin binding protein 1 Hs. 516978 225224 at C20orf112 chromosome 20 open reading frame 112 Hs. 437894 222737 s at BRD7 bromodomain containing 7 Hs. 460232 206555 s at THUMPD1 THUMP domain containing 1 Hs. 736055 1560402 at GAS5 growth arrest-specific 5 (non-protein coding) Hs. 408142 212779 at KIAA1109 KIAA1109 Hs. 303787 205084 at BCAP29 B-cell receptor-associated protein 29 Hs. 525549 224945 at BTBD7 BTB (POZ) domain containing 7 Hs. 306307 213044 at ROCK1 Rho-associated, coiled-coil containing protein kinase 1 Hs. 436031 214666 x at IREB2 iron-responsive element binding protein 2 Hs. 489040 208920 at SRI sorcin Hs. 173135 202969 at DYRK2 dual-specificity tyrosine-(Y)-phosphorylation regulated kinase 2 Hs. 655552 221039 s at ASAP1 ArfGAP with SH3 domain, ankyrin repeat and PH domain 1 Hs. 143250 201645 at TNC tenascin C Hs. 694798 213199 at C2CD3 C2 calcium-dependent domain containing 3 Hs. 177841 221530 s at BHLHE41 basic helix-loop-helix family, member e41 Hs. 513315 224477 s at NUDT16L1 nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 16-like 1 Hs. 213198 222612 at PSPC1 paraspeckle component 1 Hs. 413901 212871 at MAPKAPK5 mitogen-activated protein kinase-activated protein kinase 5 - 217542 at MDM2 Mdm2, p53 E3 ubiquitin protein ligase homolog (mouse) Hs. 183817 227256 at USP31 ubiquitin specific peptidase 31 Hs. 526933 225148 at RPS19BP1 ribosomal protein S19 binding protein 1 Hs. 523438 219405 at TRIM68 tripartite motif containing 68 Hs. 356769 209166 s at MAN2B1 mannosidase, alpha, class 2B, member 1 Hs. 512465 222977 at SURF4 surfeit 4 Hs. 443031 201576 s at GLB1 galactosidase, beta 1 Hs. 454534 202152 x at USF2 upstream transcription factor 2, c-fos interacting Hs. 158195 209657 s at HSF2 heat shock transcription factor 2 Hs. 42806 224472 x at SDF4 stromal cell derived factor 4 Hs. 248785 225440 at AGPAT3 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 3 Hs. 5710 201200 at CREG1 cellular repressor of E1A-stimulated genes 1 Hs. 728802 201748 s at SAFB scaffold attachment factor B Hs. 436585 210555 s at NFATC3 nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic, calcineurin-dependent 3 Hs. 374477 210011 s at EWSR1 Ewing sarcoma breakpoint region 1 Hs. 585209 229558 at C16orf88 chromosome 16 open reading frame 88 Hs. 93659 208658 at PDIA4 protein disulfide isomerase family A, member 4 Hs. 500842 223494 at MGEA5 meningioma expressed antigen 5 (hyaluronidase) - 138 - -1. 20805 -1. 2073 -1. 20716 -1. 20599 -1. 20563 -1. 20557 -1. 2051 -1. 20504 -1. 20473 -1. 20456 -1. 20345 -1. 20326 -1. 20278 -1. 20213 -1. 20178 -1. 20175 -1. 20164 -1. 20145 -1. 20115 -1. 20091 -1. 20049 1. 20001 1. 20089 1. 20142 1. 20189 1. 20371 1. 20377 1. 20395 1. 20474 1. 20486 1. 20559 1. 20697 1. 20749 1. 20913 1. 21207 1. 2127 1. 2131 1. 2132 1. 21419 1. 21477 1. 21534 1. 21657 1. 21709 1. 2178 1. 21789 1. 21806 RESULTATS Hs. 5443 230427 s at BAG5 BCL2-associated athanogene 5 Hs. 489190 203775 at SLC25A13 solute carrier family 25 (aspartate/glutamate carrier), member 13 1. 21857 1. 21969 Hs. 414795 202628 s at SERPINE1 serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), me 1. 21986 Hs. 633762 229852 at NMNAT1 nicotinamide nucleotide adenylyltransferase 1 Hs. 509140 217986 s at BAZ1A bromodomain adjacent to zinc finger domain, 1A Hs. 593344 225037 at SLC35C2 solute carrier family 35, member C2 1. 21986 1. 22105 1. 22222 Hs. 455109 53076 at B4GALT7 xylosylprotein beta 1, 4-galactosyltransferase, polypeptide 7 (galactosyltransferase I) 1. 22396 Hs. 461954 235677 at SRR Serine racemase Hs. 514997 212540 at CDC34 cell division cycle 34 homolog (S. cerevisiae) Hs. 516632 221782 at DNAJC10 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 10 Hs. 438830 218435 at DNAJC15 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 15 Hs. 449098 202792 s at PPP6R2 protein phosphatase 6, regulatory subunit 2 Hs. 474833 202332 at CSNK1E casein kinase 1, epsilon Hs. 507971 226795 at LRCH1 leucine-rich repeats and calponin homology (CH) domain containing 1 Hs. 265018 226475 at FAM118A family with sequence similarity 118, member A Hs. 68257 202355 s at GTF2F1 general transcription factor IIF, polypeptide 1, 74kDa Hs. 334587 207836 s at RBPMS RNA binding protein with multiple splicing Hs. 234572 226738 at WDR81 WD repeat domain 81 Hs. 24545 Hs. 659809 ZNF444 50376 at 214995 s at APOBEC3F APOBEC3G / Hs. 93659 211048 s at PDIA4 zinc finger protein 444 apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3F apolipoprotein protein disulfide isomerase family A, member 4 / Hs. 522099 209998 at PIGO phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class O Hs. 226390 209773 s at RRM2 ribonucleotide reductase M2 Hs. 567619 226384 at PPAPDC1B phosphatidic acid phosphatase type 2 domain containing 1B Hs. 654665 212194 s at TM9SF4 transmembrane 9 superfamily protein member 4 Hs. 464071 201118 at PGD phosphogluconate dehydrogenase Hs. 485449 221050 s at GTPBP2 GTP binding protein 2 Hs. 740380 201170 s at BHLHE40 basic helix-loop-helix family, member e40 Hs. 48353 229101 at IL17RA interleukin 17 receptor A Hs. 558536 218860 at NOC4L nucleolar complex associated 4 homolog (S. cerevisiae) Hs. 656778 238542 at ULBP2 UL16 binding protein 2 Hs. 523710 212860 at ZDHHC18 zinc finger, DHHC-type containing 18 Hs. 516707 221984 s at FAM134A Hs. 524081 209509 s at DPAGT1 Hs. 368611 229336 at ST3GAL2 family with sequence similarity 134, member A dolichyl-phosphate1 (G ST3 beta-galactoside alpha-2, 3-sialyltransferase 2 (UDP-N-acetylglucosamine) Hs. 191539 225022 at GOPC golgi-associated PDZ and coiled-coil motif containing Hs. 408324 217940 s at CARKD carbohydrate kinase domain containing Hs. 521124 219819 s at MRPS28 mitochondrial ribosomal protein S28 Hs. 643951 200913 at PPM1G protein phosphatase, Mg2 /Mn2 dependent, 1G Hs. 632182 Hs. 456578 Hs. 355753 220947 s at TBC1D10B 222001 x at LOC728855 LOC728875 AGPAT6 229577 at / Hs. 487498 226640 at DAGLB TBC1 domain family, member 10B uncharacterized LOC728855 / uncharacterized LOC728875 1-acylglycerol-3-phosphate acyltransferase, diacylglycerol lipase, beta O-acyltransferase 6 (lysophosphatidic Hs. 420024 225192 at CACUL1 CDK2-associated, cullin domain 1 Hs. 517717 203408 s at SATB1 SATB homeobox 1 N- acid 1. 22428 1. 2246 1. 22646 1. 22648 1. 23097 1. 23112 1. 23133 1. 23148 1. 23217 1. 23238 1. 23299 1. 23316 1. 23411 1. 23432 1. 23496 1. 23537 1. 2358 1. 23661 1. 23709 1. 23754 1. 23757 1. 23965 1. 23984 1. 24138 1. 24193 1. 24193 1. 24387 1. 24634 1. 24646 1. 24763 1. 24769 1. 2479 1. 2486 1. 25044 1. 25054 1. 25063 1. 2519 1. 25235 1. 25414 Hs. 290758 208619 at Hs. 474095 1558139 at DDB1 FLJ39632 / LOC100506303 / LOC100653149 - 139 - damage-specific DNA binding protein 1, 127kDa uncharacterized LOC642477 / uncharacterized LOC100506303 / uncharacterized LOC10065 1. 25416 RESULTATS / LOC400879 Hs. 148767 213179 at RQCD1 RCD1 required for cell differentiation1 homolog (S. pombe) Hs. 279413 203422 at POLD1 polymerase (DNA directed), delta 1, catalytic subunit Hs. 130098 40465 at DDX23 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 23 Hs. 440092 239067 s at PANX2 pannexin 2 Hs. 714189 219491 at LRFN4 leucine rich repeat and fibronectin type III domain containing 4 Hs. 654965 201175 at TMX2 thioredoxin-related transmembrane protein 2 Hs. 534497 227366 at RILP Rab interacting lysosomal protein Hs. 409226 211342 x at MED12 mediator complex subunit 12 Hs. 731427 213112 s at SQSTM1 sequestosome 1 Hs. 459858 Hs. 104672 Hs. 288215 218971 s at WDR91 1554966 a at 224603 at FILIP1L WD repeat domain 91 filamin A interacting protein 1-like LOC100507246 uncharacterized LOC100507246 Hs. 642946 238753 at NCS1 neuronal calcium sensor 1 Hs. 531249 229198 at USP35 ubiquitin specific peptidase 35 Hs. 593645 213942 at MEGF6 multiple EGF-like-domains 6 Hs. 404089 222749 at SUFU suppressor of fused homolog (Drosophila) Hs. 501857 212561 at DENND5A DENN/MADD domain containing 5A Hs. 42806 232032 x at SDF4 stromal cell derived factor 4 Hs. 464829 203441 s at CDH2 cadherin 2, type 1, N-cadherin (neuronal) Hs. 515154 223419 at FBXW9 F-box and WD repeat domain containing 9 Hs. 437966 228225 at PEX2 peroxisomal biogenesis factor 2 Hs. 134742 Hs. 725212 Hs. 516855 Hs. 567488 Hs. 523822 226722 at FAM20C 220949 s at C7orf49 LOC653739 CENPB 212437 at 219920 s at AMIGO3 GMPPB RBM4 235511 at family with sequence similarity 20, member C chromosome 7 open reading frame 49 / uncharacterized LOC653739 centromere protein B, 80kDa adhesion molecule with Ig-like domain 3 / GDP-mannose pyrophosphorylase B / / RNA binding motif protein 4 Hs. 38032 218673 s at ATG7 autophagy related 7 Hs. 19192 204252 at CDK2 cyclin-dependent kinase 2 Hs. 187763 202102 s at BRD4 bromodomain containing 4 Hs. 508848 227110 at Hs. 516370 204065 at HNRNPC / LOC100652761 / LOC100653343 CHST10 heterogeneous nuclear LOC100652761 / ribonucleoprotein C (C1/C2) / uncharacterized carbohydrate sulfotransferase 10 Hs. 519347 238781 at SREK1 splicing regulatory glutamine/lysine-rich protein 1 Hs. 119177 200734 s at ARF3 ADP-ribosylation factor 3 Hs. 387755 218561 s at LYRM4 LYR motif containing 4 Hs. 655396 208776 at PSMD11 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 11 Hs. 501296 205865 at ARID3A AT rich interactive domain 3A (BRIGHT-like) Hs. 5452 203965 at USP20 ubiquitin specific peptidase 20 Hs. 709317 218601 at URGCP upregulator of cell proliferation Hs. 715623 217584 at NPC1 Niemann-Pick disease, type C1 Hs. 511138 223772 s at TMEM87A transmembrane protein 87A Hs. 437008 202894 at EPHB4 EPH receptor B4 Hs. 436568 209619 at CD74 CD74 molecule, major histocompatibility complex, class II invariant chain Hs. 514297 217750 s at UBE2Z ubiquitin-conjugating enzyme E2Z Hs. 533139 220659 s at C7orf43 chromosome 7 open reading frame 43 Hs. 58351 204719 at ABCA8 ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 8 Hs. 193268 231984 at MTAP methylthioadenosine phosphorylase - 140 - 1. 25421 1. 25469 1. 25485 1. 25526 1. 25718 1. 26135 1. 26143 1. 2635 1. 26578 1. 26609 1. 26697 1. 26793 1. 26834 1. 26917 1. 26961 1. 27001 1. 27015 1. 27138 1. 27219 1. 27274 1. 27305 1. 27318 1. 2736 1. 27457 1. 27476 1. 27499 1. 27676 1. 27679 1. 27698 1. 27852 1. 27913 1. 27914 1. 28107 1. 28374 1. 28468 1. 28514 1. 28563 1. 291 1. 29125 1. 29317 1. 29333 1. 29383 1. 29727 1. 29757 1. 29858 1. 29988 Hs. 532786 212708 at MSL1 male-specific lethal 1 homolog (Drosophila) Hs. 268726 213308 at Hs. 511801 224574 at Hs. 533712 239635 at / SHANK2 C17orf49 RNASEK- C17ORF49 RBM14 SH3 and multiple ankyrin repeat domains 2 chromosome 17 open reading frame 49 / RNASEK-C17orf49 readthrough RNA binding motif protein 14 Hs. 118666 212541 at FLAD1 FAD1 flavin adenine dinucleotide synthetase homolog (S. cerevisiae) Hs. 460468 211982 x at XPO6 exportin 6 Hs. 188553 1552329 at RBBP6 retinoblastoma binding protein 6 Hs. 174050 209059 s at EDF1 endothelial differentiation-related factor 1 Hs. 524183 200895 s at FKBP4 FK506 binding protein 4, 59kDa Hs. 602085 225842 at PHLDA1 pleckstrin homology-like domain, family A, member 1 Hs. 513632 212228 s at COQ9 coenzyme Q9 homolog (S. cerevisiae) Hs. 350966 203554 x at PTTG1 pituitary tumor-transforming 1 Hs. 82927 212360 at AMPD2 Hs. 269109 203789 s at SEMA3C Hs. 654827 204193 at Hs. 720923 221621 at CHKB LINC00338 SCARNA16 / RESULTATS 1. 30009 1. 30068 1. 30219 1. 30468 1. 30479 1. 30522 1. 30622 1. 30658 1. 30669 1. 30746 1. 30829 1. 31019 1. 3116 1. 312 1. 31488 adenosine monophosphate deaminase 2 sema domain, (semaphorin) 3C choline kinase beta immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, long intergenic non-protein coding RNA 338 / small Cajal body-specific RNA 16 1. 31497 Hs. 523739 208922 s at NXF1 nuclear RNA export factor 1 Hs. 551111 219332 at MICALL2 MICAL-like 2 Hs. 311190 225201 s at MRPL14 mitochondrial ribosomal protein L14 Hs. 720762 217436 x at HLA-J major histocompatibility complex, class I, J (pseudogene) Hs. 203206 223055 s at XPO5 exportin 5 Hs. 435755 Hs. 529862 Hs. 597649 PDRG1 225075 at 1556006 s at 203988 s at FUT8 CSNK1A1 p53 and DNA-damage regulated 1 Casein kinase 1, alpha 1 fucosyltransferase 8 (alpha (1, 6) fucosyltransferase) Hs. 459790 227987 at VPS13A vacuolar protein sorting 13 homolog A (S. cerevisiae) Hs. 44693 1560145 at MKLN1 Muskelin 1, intracellular mediator containing kelch motifs - 240868 at LOC100129406 uncharacterized LOC100129406 Hs. 729098 230879 at BAG2 BCL2-associated athanogene 2 Hs. 8859 221732 at CANT1 calcium activated nucleotidase 1 Hs. 487458 218425 at RNF216 ring finger protein 216 Hs. 48513 204434 at SPATA2 spermatogenesis associated 2 Hs. 297304 228395 at GLT8D1 Glycosyltransferase 8 domain containing 1 Hs. 67896 210443 x at OGFR opioid growth factor receptor Hs. 530595 225636 at STAT2 signal transducer and activator of transcription 2, 113kDa Hs. 523875 201598 s at INPPL1 inositol polyphosphate phosphatase-like 1 Hs. 517969 201284 s at APEH N-acylaminoacyl-peptide hydrolase Hs. 29665 201561 s at CLSTN1 calsyntenin 1 Hs. 200600 201771 at SCAMP3 secretory carrier membrane protein 3 Hs. 568818 208476 s at FRMD4A FERM domain containing 4A Hs. 408312 Hs. 643516 Hs. 153752 WRAP53 44563 at 1554076 s at 201853 s at CDC25B TMEM136 WD repeat containing, antisense to TP53 transmembrane protein 136 cell division cycle 25 homolog B (S. pombe) Hs. 381072 201489 at PPIF peptidylprolyl isomerase F Hs. 110849 1487 at ESRRA estrogen-related receptor alpha Hs. 189690 235810 at ZNF182 zinc finger protein 182 Hs. 436446 202655 at MANF mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor Hs. 195667 204307 at TECPR2 tectonin beta-propeller repeat containing 2 - 141 - 1. 31566 1. 31606 1. 32147 1. 32295 1. 32524 1. 32566 1. 32746 1. 32809 1. 33169 1. 33353 1. 33393 1. 33479 1. 33596 1. 33609 1. 33672 1. 33756 1. 33838 1. 3409 1. 34176 1. 3419 1. 34195 1. 342 1. 34285 1. 34335 1. 34358 1. 3456 1. 34597 1. 34643 1. 34766 1. 35023 1. 35025 RESULTATS Hs. 107911 203192 at ABCB6 ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 6 Hs. 445534 202861 at PER1 period homolog 1 (Drosophila) Hs. 127403 203364 s at ATG13 autophagy related 13 Hs. 656074 224464 s at NUDT22 nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 22 Hs. 386567 242907 at GBP2 guanylate binding protein 2, interferon-inducible Hs. 280387 208433 s at LRP8 low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor Hs. 659104 227657 at RNF150 ring finger protein 150 Hs. 195659 213324 at SRC v-src sarcoma (Schmidt-Ruppin A-2) viral oncogene homolog (avian) Hs. 112195 227468 at CPT1C carnitine palmitoyltransferase 1C Hs. 644004 221158 at GCFC1 GC-rich sequence DNA-binding factor 1 Hs. 730659 202128 at KIAA0317 KIAA0317 Hs. 113912 215992 s at RAPGEF2 Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 2 Hs. 12341 201786 s at ADAR adenosine deaminase, RNA-specific Hs. 603252 1557578 at PHLDB2 Pleckstrin homology-like domain, family B, member 2 Hs. 467279 209179 s at MBOAT7 membrane bound O-acyltransferase domain containing 7 Hs. 10499 228951 at SLC38A7 solute carrier family 38, member 7 Hs. 78354 206593 s at MED22 mediator complex subunit 22 Hs. 124147 208989 s at KDM2A lysine (K)-specific demethylase 2A Hs. 178728 202463 s at MBD3 methyl-CpG binding domain protein 3 Hs. 655285 200045 at ABCF1 ATP-binding cassette, sub-family F (GCN20), member 1 Hs. 424312 211564 s at PDLIM4 PDZ and LIM domain 4 Hs. 493919 210210 at MPZL1 myelin protein zero-like 1 Hs. 530730 224792 at TNKS1BP1 tankyrase 1 binding protein 1, 182kDa Hs. 337295 213330 s at STIP1 stress-induced-phosphoprotein 1 Hs. 109929 Hs. 167741 Hs. 731529 GRIPAP1 225451 at 204820 s at BTN3A2 BTN3A3 STAT5B 212549 at / GRIP1 associated protein 1 butyrophilin, subfamily 3, member A2 / butyrophilin, subfamily 3, member A3 signal transducer and activator of transcription 5B Hs. 584748 202140 s at CLK3 CDC-like kinase 3 Hs. 284491 222492 at PDXK pyridoxal (pyridoxine, vitamin B6) kinase Hs. 527524 225273 at WWC3 WWC family member 3 Hs. 591455 213852 at RBM8A RNA binding motif protein 8A Hs. 737838 211911 x at HLA-B major histocompatibility complex, class I, B Hs. 595451 212618 at ZNF609 zinc finger protein 609 Hs. 515610 209229 s at PPP6R1 protein phosphatase 6, regulatory subunit 1 Hs. 654636 220980 s at ADPGK ADP-dependent glucokinase Hs. 708195 227125 at IFNAR2 interferon (alpha, beta and omega) receptor 2 Hs. 568124 202616 s at MECP2 methyl CpG binding protein 2 (Rett syndrome) Hs. 523753 218734 at NAA40 Hs. 594634 212090 at GRINA Hs. 54609 205164 at GCAT N(alpha)-acetyltransferase 40, NatD catalytic subunit, homolog (S. cerevisiae) glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate-associated protein 1 (glutamate bi glycine C-acetyltransferase Hs. 658241 230505 at LOC145474 uncharacterized LOC145474 Hs. 32433 227272 at C15orf52 chromosome 15 open reading frame 52 Hs. 150651 Hs. 515417 FAM111A 218248 at 220956 s at EGLN2 family with sequence similarity 111, member A RAB4B-EGLN2 egl nine homolog 2 (C. elegans) / RAB4B-EGLN2 readthrough / Hs. 731416 217788 s at GALNT2 Hs. 655179 218540 at THTPA UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine : polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (Gal thiamine triphosphatase Hs. 631886 206036 s at REL v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog (avian) Hs. 591110 202070 s at IDH3A isocitrate dehydrogenase 3 (NAD ) alpha - 142 - 1. 35063 1. 35077 1. 35288 1. 35451 1. 35535 1. 35629 1. 35853 1. 35928 1. 35945 1. 3599 1. 36119 1. 3619 1. 36212 1. 36597 1. 36822 1. 3695 1. 36955 1. 37033 1. 37232 1. 37774 1. 38467 1. 38647 1. 38799 1. 38833 1. 38958 1. 38992 1. 39191 1. 3926 1. 39262 1. 39324 1. 39423 1. 39548 1. 39574 1. 39599 1. 39656 1. 39667 1. 39748 1. 39777 1. 39784 1. 40021 1. 4011 1. 40203 1. 40208 1. 40259 1. 40441 1. 40657 1. 40689 1. 40741 RESULTATS 1. 41434 1. 417 1. 41708 1. 41912 1. 42008 1. 42213 1. 42224 1. 4281 1. 42984 1. 43081 1. 43431 1. 4344 1. 43808 1. 44217 1. 44248 1. 44332 1. 44413 1. 4446 1. 44715 1. 44838 1. 45042 1. 45438 1. 45517 1. 45698 1. 45719 1. 45796 1. 45802 1. 45995 1. 463 1. 46452 1. 46527 1. 4672 1. 47208 1. 47434 1. 47473 1. 4763 1. 47659 1. 47665 1. 47921 1. 47925 1. 48049 1. 48511 1. 48538 1. 48589 1. 48714 1. 48824 neuroblastoma breakpoint family member 21-like / neuroblastoma breakpoint family, mem 1. 49012 - 143 - Hs. 604789 209623 at MCCC2 methylcrotonoyl-CoA carboxylase 2 (beta) Hs. 737838 209140 x at HLA-B major histocompatibility complex, class I, B Hs. 512465 222978 at SURF4 surfeit 4 Hs. 521954 203669 s at DGAT1 diacylglycerol O-acyltransferase 1 Hs. 512651 224969 at ATXN7L3 ataxin 7-like 3 Hs. 591787 227456 s at C6orf136 chromosome 6 open reading frame 136 Hs. 433343 207435 s at SRRM2 serine/arginine repetitive matrix 2 Hs. 424552 239581 at ARL10 ADP-ribosylation factor-like 10 Hs. 730704 225218 at ZFYVE27 zinc finger, FYVE domain containing 27 Hs. 458355 208747 s at C1S complement component 1, s subcomponent Hs. 403790 223192 at SLC25A28 solute carrier family 25 (mitochondrial iron transporter), member 28 Hs. 76090 201207 at TNFAIP1 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 1 (endothelial) Hs. 153299 215982 s at DOM3Z dom-3 homolog Z (C. elegans) Hs. 496098 233933 s at OTUD5 OTU domain containing 5 Hs. 650680 228445 at AIFM2 apoptosis-inducing factor, mitochondrion-associated, 2 Hs. 46679 227667 at CUEDC1 CUE domain containing 1 Hs. 514284 200758 s at NFE2L1 nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 1 Hs. 490181 238418 at SLC35B4 Hs. 355753 224776 at AGPAT6 Hs. 131342 223710 at CCL26 solute carrier family 35, member B4 1-acylglycerol-3-phosphate acyltransferase, chemokine (C-C motif) ligand 26 O-acyltransferase 6 (lysophosphatidic acid Hs. 519818 201126 s at MGAT1 mannosyl (alpha-1, 3-)-glycoprotein beta-1, 2-N-acetylglucosaminyltransferase Hs. 371210 222720 x at C1orf27 chromosome 1 open reading frame 27 Hs. 438720 210983 s at MCM7 minichromosome maintenance complex component 7 Hs. 1570 205579 at HRH1 histamine receptor H1 Hs. 371794 225076 s at ZNFX1 zinc finger, NFX1-type containing 1 Hs. 65735 203709 at PHKG2 phosphorylase kinase, gamma 2 (testis) Hs. 500013 202865 at DNAJB12 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily B, member 12 Hs. 284284 225733 at B3GALT6 UDP-Gal : betaGal beta 1, 3-galactosyltransferase polypeptide 6 Hs. 85155 211965 at ZFP36L1 zinc finger protein 36, C3H type-like 1 Hs. 662150 220710 at ANP32A-IT1 ANP32A intronic transcript 1 (non-protein coding) Hs. 709864 223622 s at HYI hydroxypyruvate isomerase (putative) Hs. 500466 233254 x at PTEN phosphatase and tensin homolog Hs. 731801 209100 at IFRD2 interferon-related developmental regulator 2 Hs. 521151 218068 s at ZNF672 zinc finger protein 672 Hs. 326035 201693 s at EGR1 early growth response 1 Hs. 26010 201037 at PFKP phosphofructokinase, platelet Hs. 517948 204355 at DHX30 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 30 Hs. 202354 231240 at DIO2 deiodinase, iodothyronine, type II Hs. 502872 203652 at MAP3K11 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 11 Hs. 396189 239203 at C7orf53 chromosome 7 open reading frame 53 Hs. 178715 229687 s at PRDM11 PR domain containing 11 Hs. 336810 223132 s at TRIM8 tripartite motif containing 8 Hs. 515493 227882 at FKRP fukutin related protein Hs. 34024 213107 at TNIK TRAF2 and NCK interacting kinase Hs. 459538 203180 at ALDH1A3 aldehyde dehydrogenase 1 family, member A3 Hs. 193133 213236 at Hs. 467587 1569519 at SASH1 LOC100506032 / / NBPF1 / NBPF10 NBPF11 / SAM and SH3 domain containing 1 RESULTATS NBPF12 NBPF24 NBPF7 NBPF8 NBPF9 202250 s at DCAF8 / / / / Hs. 632447 DDB1 and CUL4 associated factor 8 Hs. 520612 226206 at MAFK v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog K (avian) Hs. 737838 208729 x at HLA-B major histocompatibility complex, class I, B Hs. 591947 203759 at ST3GAL4 ST3 beta-galactoside alpha-2, 3-sialyltransferase 4 Hs. 10499 218727 at SLC38A7 Hs. 731416 217787 s at GALNT2 Hs. 492618 230183 at EXT1 solute carrier family 38, member 7 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine : polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 (Gal exostosin 1 Hs. 266728 204800 s at DHRS12 dehydrogenase/reductase (SDR family) member 12 Hs. 487175 214124 x at FGFR1OP FGFR1 oncogene partner Hs. 119878 238025 at MLKL mixed lineage kinase domain-like Hs. 271977 220559 at EN1 engrailed homeobox 1 Hs. 530477 204164 at SIPA1 signal-induced proliferation-associated 1 Hs. 519972 204806 x at HLA-F major histocompatibility complex, class I, F Hs. 116448 223080 at GLS Glutaminase Hs. 283739 224513 s at UBQLN4 ubiquilin 4 Hs. 89890 204476 s at PC pyruvate carboxylase Hs. 445534 36829 at PER1 period homolog 1 (Drosophila) Hs. 484741 204187 at GMPR guanosine monophosphate reductase Hs. 171844 212662 at PVR poliovirus receptor Hs. 233160 203439 s at STC2 stanniocalcin 2 Hs. 654636 224455 s at ADPGK ADP-dependent glucokinase Hs. 740403 213338 at TMEM158 transmembrane protein 158 (gene/pseudogene) Hs. 558764 201762 s at PSME2 proteasome (prosome, macropain) activator subunit 2 (PA28 beta) Hs. 173233 219230 at TMEM100 transmembrane protein 100 Hs. 446429 211663 x at PTGDS prostaglandin D2 synthase 21kDa (brain) Hs. 632472 202963 at RFX5 regulatory factor X, 5 (influences HLA class II expression) Hs. 376046 212613 at BTN3A2 butyrophilin, subfamily 3, member A2 Hs. 123534 204341 at TRIM16 tripartite motif containing 16 Hs. 288467 Hs. 503546 Hs. 517670 213909 at LRRC15 208962 s at FADS1 MIR1908 216251 s at TTLL12 leucine rich repeat containing 15 / fatty acid desaturase 1 / microRNA 1908 tubulin tyrosine ligase-like family, member 12 Hs. 75348 200814 at PSME1 proteasome (prosome, macropain) activator subunit 1 (PA28 alpha) Hs. 408730 219400 at CNTNAP1 contactin associated protein 1 Hs. 579079 213009 s at TRIM37 tripartite motif containing 37 Hs. 167451 204155 s at SIK3 SIK family kinase 3 1. 49032 1. 49076 1. 49857 1. 50124 1. 50548 1. 50595 1. 5093 1. 51062 1. 512 1. 5126 1. 51526 1. 51766 1. 52075 1. 52234 1. 52334 1. 52418 1. 52544 1. 52574 1. 52742 1. 52746 1. 53737 1. 53768 1. 53842 1. 53922 1. 54077 1. 54429 1. 54558 1. 54634 1. 54967 1. 55149 1. 55292 1. 55319 1. 55773 1. 55814 1. 56311 Hs. 733289 229095 s at / LIMS3 LIMS3- LOC440895 / LIMS3L / LOC100288570 / LOC100507334 / LOC440895 LIM and senescent cell antigen-like domains 3 / LIMS3-LOC440895 readthrough / LIM a 1. 56468 Hs. 471991 205323 s at MTF1 metal-regulatory transcription factor 1 Hs. 146274 229715 at B7H6 B7 homolog 6 Hs. 731427 201471 s at SQSTM1 sequestosome 1 Hs. 730686 208047 s at NAB1 NGFI-A binding protein 1 (EGR1 binding protein 1) Hs. 656274 208296 x at TNFAIP8 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 8 Hs. 702167 201482 at QSOX1 quiescin Q6 sulfhydryl oxidase 1 Hs. 118695 214595 at KCNG1 potassium voltage-gated channel, subfamily G, member 1 - 144 - 1. 57157 1. 57261 1. 57531 1. 57531 1. 57909 1. 58042 1. 5842 Hs. 183800 212127 at RANGAP1 Ran GTPase activating protein 1 Hs. 250493 219314 s at ZNF219 zinc finger protein 219 Hs. 540696 213843 x at SLC6A8 solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, creatine), member 8 Hs. 534667 210859 x at CLN3 ceroid-lipofuscinosis, neuronal 3 Hs. 514012 207667 s at MAP2K3 mitogen-activated protein kinase kinase 3 Hs. 386225 201673 s at GYS1 glycogen synthase 1 (muscle) Hs. 89864 203727 at SKIV2L superkiller viralicidic activity 2-like (S. cerevisiae) Hs. 285666 231823 s at SH3PXD2B SH3 and PX domains 2B 223025 s at AP1M1 1557458 s at 220104 at SHB ZC3HAV1 Hs. 71040 Hs. 521482 Hs. 133512 Hs. 514284 Hs. 584841 200759 x at NFE2L1 214130 s at LOC728802 PDE4DIP KANSL1L Hs. 591638 231252 at adaptor-related protein complex 1, mu 1 subunit Src homology 2 domain containing adaptor protein B zinc finger CCCH-type, antiviral 1 nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 1 / myomegalin-like / phosphodiesterase 4D interacting protein KAT8 regulatory NSL complex subunit 1-like Hs. 567572 232879 at CRTC3 CREB regulated transcription coactivator 3 Hs. 277704 200825 s at HYOU1 hypoxia up-regulated 1 Hs. 592304 225750 at ERO1L ERO1-like (S. cerevisiae) Hs. 477420 212822 at HEG1 HEG homolog 1 (zebrafish) Hs. 163642 233072 at NTNG2 netrin G2 Hs. 386684 244699 at AHI1 Abelson helper integration site 1 Hs. 193163 202931 x at BIN1 bridging integrator 1 Hs. 232021 238736 at REV3L REV3-like, catalytic subunit of DNA polymerase zeta (yeast) Hs. 444950 226613 at GATSL3 GATS protein-like 3 Hs. 193163 210202 s at BIN1 bridging integrator 1 Hs. 436792 209204 at LMO4 LIM domain only 4 Hs. 731394 203066 at CHST15 carbohydrate (N-acetylgalactosamine 4-sulfate 6-O) sulfotransferase 15 Hs. 740679 238949 at RNF145 ring finger protein 145 Hs. 500761 202856 s at SLC16A3 solute carrier family 16, member 3 (monocarboxylic acid transporter 4) Hs. 530595 205170 at STAT2 signal transducer and activator of transcription 2, 113kDa Hs. 494457 203045 at NINJ1 ninjurin 1 Hs. 420559 202392 s at PISD phosphatidylserine decarboxylase Hs. 284491 218019 s at PDXK pyridoxal (pyridoxine, vitamin B6) kinase Hs. 521482 204656 at SHB Src homology 2 domain containing adaptor protein B Hs. 656274 210260 s at TNFAIP8 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 8 Hs. 595793 39548 at NPAS2 neuronal PAS domain protein 2 Hs. 21765 216080 s at FADS3 fatty acid desaturase 3 Hs. 530381 224739 at PIM3 pim-3 oncogene Hs. 403790 221432 s at SLC25A28 solute carrier family 25 (mitochondrial iron transporter), member 28 Hs. 642990 209969 s at STAT1 signal transducer and activator of transcription 1, 91kDa Hs. 19987 219383 at PRR5L proline rich 5 like Hs. 459649 209235 at CLCN7 chloride channel, voltage-sensitive 7 Hs. 109225 203868 s at VCAM1 vascular cell adhesion molecule 1 Hs. 406530 223113 at TMEM138 transmembrane protein 138 Hs. 729056 212892 at ZNF282 zinc finger protein 282 Hs. 514284 214179 s at NFE2L1 nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 1 Hs. 1706 203882 at Hs. 310640 226117 at IRF9 TIFA interferon regulatory factor 9 TRAF-interacting protein with forkhead-associated domain Hs. 99962 210692 s at SLC43A3 solute carrier family 43, member 3 - 145 - RESULTATS 1. 5851 1. 58544 1. 58581 1. 58743 1. 59045 1. 59215 1. 59465 1. 5967 1. 59931 1. 6009 1. 60137 1. 60212 1. 60468 1. 61014 1. 61178 1. 61621 1. 61934 1. 61957 1. 63043 1. 63607 1. 63928 1. 64537 1. 64664 1. 65019 1. 65573 1. 65786 1. 65977 1. 6644 1. 66633 1. 68158 1. 68746 1. 68762 1. 68876 1. 69017 1. 69659 1. 70678 1. 70921 1. 72304 1. 72543 1. 72884 1. 72923 1. 73545 1. 73926 1. 73972 1. 7417 1. 75317 1. 754 1. 75551 RESULTATS Hs. 352018 202307 s at TAP1 transporter 1, ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP) Hs. 287362 228340 at TLE3 transducin-like enhancer of split 3 (E(sp1) homolog, Drosophila) Hs. 502458 1558965 at PHF21A PHD finger protein 21A Hs. 631858 219952 s at MCOLN1 mucolipin 1 Hs. 60640 242957 at VWCE von Willebrand factor C and EGF domains Hs. 478275 214329 x at TNFSF10 tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 10 Hs. 193163 214439 x at BIN1 bridging integrator 1 Hs. 127432 236649 at DTWD1 DTW domain containing 1 Hs. 604355 209870 s at APBA2 amyloid beta (A4) precursor protein-binding, family A, member 2 Hs. 586109 232370 at LOC254057 uncharacterized LOC254057 Hs. 740543 219247 s at ZDHHC14 zinc finger, DHHC-type containing 14 Hs. 122785 206522 at MGAM maltase-glucoamylase (alpha-glucosidase) Hs. 167641 225058 at GPR108 G protein-coupled receptor 108 Hs. 443831 227751 at PDCD5 programmed cell death 5 - Hs. 408702 Hs. 711617 1556936 at 1554016 a at 220739 s at CNNM3 C16orf57 LOC100506834 uncharacterized LOC100506834 chromosome 16 open reading frame 57 cyclin M3 Hs. 79015 209582 s at CD200 CD200 molecule Hs. 522378 225020 at DAB2IP DAB2 interacting protein Hs. 524183 200894 s at FKBP4 FK506 binding protein 4, 59kDa Hs. 664877 232568 at MGC24103 uncharacterized MGC24103 Hs. 436061 202531 at IRF1 interferon regulatory factor 1 Hs. 68061 219257 s at SPHK1 sphingosine kinase 1 Hs. 293660 225868 at TRIM47 tripartite motif containing 47 Hs. 614406 202340 x at NR4A1 nuclear receptor subfamily 4, group A, member 1 Hs. 517227 229127 at JAM2 junctional adhesion molecule 2 Hs. 511915 201313 at ENO2 enolase 2 (gamma, neuronal) Hs. 580681 204502 at SAMHD1 SAM domain and HD domain 1 Hs. 593171 226225 at MCC mutated in colorectal cancers Hs. 620021 204288 s at SORBS2 sorbin and SH3 domain containing 2 Hs. 105448 229158 at WNK4 WNK lysine deficient protein kinase 4 Hs. 130759 202430 s at PLSCR1 phospholipid scramblase 1 Hs. 130759 202446 s at PLSCR1 phospholipid scramblase 1 Hs. 1027 204802 at RRAD Ras-related associated with diabetes Hs. 474705 202807 s at TOM1 target of myb1 (chicken) Hs. 522507 223050 s at FBXW5 F-box and WD repeat domain containing 5 Hs. 370937 208829 at TAPBP TAP binding protein (tapasin) Hs. 321045 204549 at IKBKE inhibitor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells, kinase epsilon Hs. 591873 206693 at IL7 interleukin 7 Hs. 502 225973 at TAP2 transporter 2, ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP) Hs. 631925 221572 s at SLC26A6 solute carrier family 26, member 6 Hs. 319171 223218 s at NFKBIZ nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, zeta Hs. 696497 205100 at Hs. 601143 223290 at Hs. 2490 206011 at GFPT2 PDXP SH3BP1 CASP1 / glutamine-fructose-6-phosphate transaminase 2 pyridoxal (pyridoxine, vitamin B6) phosphatase / SH3-domain binding protein 1 caspase 1, apoptosis-related cysteine peptidase Hs. 355141 207196 s at TNIP1 TNFAIP3 interacting protein 1 Hs. 17569 226372 at CHST11 carbohydrate (chondroitin 4) sulfotransferase 11 Hs. 319171 223217 s at NFKBIZ nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, zeta - 146 - 1. 75853 1. 7605 1. 77099 1. 77772 1. 78253 1. 78609 1. 80897 1. 82506 1. 86556 1. 88596 1. 89382 1. 90428 1. 91074 1. 9141 1. 91547 1. 93224 1. 97685 1. 97937 1. 98051 1. 98436 1. 98479 1. 99795 2. 00807 2. 01547 2. 01922 2. 02183 2. 03284 2. 043 2. 04783 2. 05393 2. 0653 2. 06803 2. 08345 2. 09034 2. 14039 2. 14835 2. 15759 2. 16018 2. 16944 2. 21937 2. 22181 2. 25228 2. 26359 2. 27512 2. 27827 2. 28841 2. 32497 2. 33248 Hs. 484047 236725 at WWC1 WW and C2 domain containing 1 Hs. 408702 218060 s at C16orf57 chromosome 16 open reading frame 57 Hs. 22546 224735 at CYBASC3 cytochrome b, ascorbate dependent 3 Hs. 500761 202855 s at SLC16A3 solute carrier family 16, member 3 (monocarboxylic acid transporter 4) Hs. 20395 218829 s at CHD7 chromodomain helicase DNA binding protein 7 Hs. 127022 221840 at PTPRE protein tyrosine phosphatase, receptor type, E Hs. 515383 1558404 at LOC644242 uncharacterized LOC644242 Hs. 336916 Hs. 524293 Hs. 180903 203074 at 201763 s at DAXX ANXA8 ANXA8L1 ANXA8L2 TYMP 217497 at death-domain associated protein / / annexin A8 / annexin A8-like 1 / annexin A8-like 2 thymidine phosphorylase Hs. 517617 205193 at MAFF v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog F (avian) Hs. 740396 202897 at SIRPA signal-regulatory protein alpha Hs. 655143 233720 at SORBS2 Sorbin and SH3 domain containing 2 Hs. 237856 219593 at SLC15A3 solute carrier family 15, member 3 Hs. 166120 208436 s at IRF7 interferon regulatory factor 7 Hs. 443728 243582 at SH3RF2 SH3 domain containing ring finger 2 Hs. 186649 213142 x at PION pigeon homolog (Drosophila) Hs. 210995 210735 s at CA12 carbonic anhydrase XII Hs. 186649 222150 s at PION pigeon homolog (Drosophila) Hs. 520101 237016 at TMEM217 transmembrane protein 217 Hs. 753 205119 s at FPR1 formyl peptide receptor 1 Hs. 417962 226034 at DUSP4 dual specificity phosphatase 4 Hs. 442619 209928 s at MSC musculin Hs. 373550 1566901 at TGIF1 TGFB-induced factor homeobox 1 Hs. 654542 205870 at BDKRB2 bradykinin receptor B2 Hs. 476218 217312 s at COL7A1 collagen, type VII, alpha 1 Hs. 118110 201641 at BST2 bone marrow stromal cell antigen 2 Hs. 190622 218943 s at DDX58 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 58 Hs. 160562 209541 at IGF1 insulin-like growth factor 1 (somatomedin C) Hs. 374257 225033 at ST3GAL1 ST3 beta-galactoside alpha-2, 3-sialyltransferase 1 Hs. 82316 214453 s at IFI44 interferon-induced protein 44 Hs. 546467 227609 at EPSTI1 epithelial stromal interaction 1 (breast) Hs. 471200 211844 s at NRP2 neuropilin 2 Hs. 525607 202510 s at TNFAIP2 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 2 Hs. 195040 205404 at HSD11B1 hydroxysteroid (11-beta) dehydrogenase 1 RESULTATS 2. 3425 2. 36573 2. 38265 2. 4053 2. 40601 2. 46239 2. 46956 2. 5265 2. 52734 2. 55251 2. 61253 2. 65291 2. 75661 2. 76827 2. 80105 2. 81878 2. 83149 2. 83741 2. 89871 3. 11311 3. 11483 3. 1355 3. 18359 3. 33847 3. 36972 3. 39883 3. 59075 3. 62404 3. 64701 3. 73223 3. 79557 4. 0458 4. 14217 4. 23039 4. 72578 Hs. 81328 201502 s at NFKBIA nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, alpha 4. 74509 Hs. 437322 206025 s at TNFAIP6 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 6 Hs. 389724 204439 at IFI44L interferon-induced protein 44-like Hs. 731813 229450 at IFIT3 interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3 Hs. 730800 223454 at CXCL16 chemokine (C-X-C motif) ligand 16 Hs. 163173 219209 at IFIH1 interferon induced with helicase C domain 1 Hs. 458485 205483 s at ISG15 ISG15 ubiquitin-like modifier Hs. 546467 235276 at EPSTI1 epithelial stromal interaction 1 (breast) Hs. 211600 202644 s at TNFAIP3 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3 Hs. 523847 204415 at IFI6 interferon, alpha-inducible protein 6 Hs. 654402 205205 at RELB v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog B Hs. 1395 205249 at EGR2 early growth response 2 - 147 - 4. 84297 5. 04887 5. 10923 5. 30855 5. 39069 5. 4589 5. 46917 5. 47167 5. 68202 6. 37181 7. 10657 RESULTATS Hs. 303649 216598 s at CCL2 chemokine (C-C motif) ligand 2 Hs. 414332 204972 at OAS2 2'-5'-oligoadenylate synthetase 2, 69/71kDa Hs. 528634 218400 at OAS3 2'-5'-oligoadenylate synthetase 3, 100kDa Hs. 25590 204595 s at STC1 stanniocalcin 1 Hs. 524760 Hs. 487046 205552 s at OAS1 221477 s at LOC100129518 Hs. 7155 226702 at / SOD2 CMPK2 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, 40/46kDa uncharacterized LOC100129518 / superoxide dismutase 2, mitochondrial cytidine monophosphate (UMP-CMP) kinase 2, mitochondrial Hs. 926 204994 at MX2 myxovirus (influenza virus) resistance 2 (mouse) Hs. 529317 219352 at HERC6 HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase family member 6 Hs. 643447 202638 s at ICAM1 intercellular adhesion molecule 1 Hs. 69771 202357 s at CFB complement factor B Hs. 75765 Hs. 487046 209774 x at CXCL2 215223 s at LOC100129518 Hs. 529053 217767 at / SOD2 C3 chemokine (C-X-C motif) ligand 2 uncharacterized LOC100129518 / superoxide dismutase 2, mitochondrial complement component 3 7. 80961 7. 81544 9. 05016 9. 80787 11. 3964 13. 5602 15. 4655 15. 6128 15. 7442 16. 68 20. 7019 20. 9874 23. 8639 25. 6036 Hs. 517307 202086 at MX1 myxovirus (influenza virus) resistance 1, interferon-inducible protein p78 (mouse) 43. 4907 Hs. 789 204470 at CXCL1 chemokine (C-X-C motif) ligand 1 (melanoma growth stimulating activity, alpha) 63. 446 Hs. 89690 207850 at CXCL3 chemokine (C-X-C motif) ligand 3 Hs. 624 Hs. 624 202859 x at IL8 211506 s at IL8 interleukin 8 interleukin 8 69. 0519 93. 437 205. 742 - 148 - RESULTATS Supplemental Table 2. Genes differentially expressed in primed Resto cells compared with unprimed Resto cells. Green line indicates genes overexpressed in unprimed Resto cells and red line indicates genes overexpressed in primed Resto cells. Fold Change corresponds to the ratio of median expression in PMN-primed / unprimed Resto cells. UniGene ID Probeset ID Gene Symbol Gene Title FoldChange Hs. 87191 211029 x at FGF18 fibroblast growth factor 18 Hs. 76392 212224 at ALDH1A1 aldehyde dehydrogenase 1 family, member A1 Hs. 87191 206987 x at FGF18 fibroblast growth factor 18 Hs. 87191 231382 at FGF18 fibroblast growth factor 18 Hs. 94070 205908 s at OMD osteomodulin Hs. 591282 230867 at COL6A6 collagen, type VI, alpha 6 Hs. 533670 206349 at LGI1 leucine-rich, glioma inactivated 1 Hs. 4 209612 s at ADH1B alcohol dehydrogenase 1B (class I), beta polypeptide Hs. 446077 220786 s at SLC38A4 solute carrier family 38, member 4 Hs. 591352 227475 at FOXQ1 forkhead box Q1 Hs. 479754 205051 s at KIT v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog Hs. 673160 1553630 at C10orf107 chromosome 10 open reading frame 107 Hs. 520989 227265 at FGL2 fibrinogen-like 2 Hs. 567973 228653 at SAMD5 sterile alpha motif domain containing 5 Hs. 58324 229357 at ADAMTS5 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 5 Hs. 655515 1552365 at Hs. 499725 206385 s at SCIN ANK3 scinderin ankyrin 3, node of Ranvier (ankyrin G) Hs. 58324 219935 at ADAMTS5 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 5 Hs. 26530 222717 at SDPR serum deprivation response Hs. 496755 228889 at ARHGAP5-AS1 ARHGAP5 antisense RNA 1 (non-protein coding) Hs. 48029 219480 at SNAI1 snail homolog 1 (Drosophila) Hs. 92489 220115 s at CDH10 cadherin 10, type 2 (T2-cadherin) Hs. 499725 209442 x at ANK3 ankyrin 3, node of Ranvier (ankyrin G) Hs. 156316 240556 at Hs. 117060 206101 at DCN ECM2 decorin extracellular matrix protein 2, female organ and adipocyte specific Hs. 659934 235683 at SESN3 sestrin 3 Hs. 5333 204301 at KBTBD11 kelch repeat and BTB (POZ) domain containing 11 Hs. 411488 241703 at RUNDC3B RUN domain containing 3B Hs. 732776 227984 at LMF1 lipase maturation factor 1 Hs. 352298 219304 s at PDGFD platelet derived growth factor D Hs. 643005 223044 at SLC40A1 solute carrier family 40 (iron-regulated transporter), member 1 Hs. 335293 1560477 a at SAMD11 sterile alpha motif domain containing 11 Hs. 534221 229004 at ADAMTS15 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 15 Hs. 208093 235301 at KIAA1324L KIAA1324-like Hs. 520989 204834 at Hs. 95120 226632 at Hs. 44385 213413 at Hs. 244940 227467 at FGL2 CYGB STON1 RDH10 fibrinogen-like 2 cytoglobin stonin 1 retinol dehydrogenase 10 (all-trans) Hs. 368281 210015 s at MAP2 microtubule-associated protein 2 - 149 - -11. 3298 -9. 05956 -7. 7272 -6. 83921 -6. 49102 -3. 88184 -3. 8148 -3. 74855 -3. 71169 -3. 50818 -3. 47075 -3. 29609 -3. 07527 -3. 07336 -3. 05926 -2. 75919 -2. 68982 -2. 56013 -2. 48192 -2. 47461 -2. 44471 -2. 41906 -2. 4143 -2. 41312 -2. 41236 -2. 40392 -2. 3975 -2. 39092 -2. 37904 -2. 37249 -2. 34315 -2. 31662 -2. 28166 -2. 25763 -2. 23504 -2. 22236 -2. 21425 -2. 19335 -2. 18938 RESULTATS Hs. 486508 244353 s at SLC2A12 solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 12 Hs. 152944 205011 at VWA5A von Willebrand factor A domain containing 5A Hs. 135118 230311 s at PRDM6 PR domain containing 6 Hs. 91546 219825 at CYP26B1 cytochrome P450, family 26, subfamily B, polypeptide 1 Hs. 700228 204284 at PPP1R3C protein phosphatase 1, regulatory subunit 3C Hs. 253146 229245 at PLEKHA6 pleckstrin homology domain containing, family A member 6 Hs. 440168 203498 at Hs. 623400 218353 at Hs. 494977 212830 at RCAN2 RGS5 MEGF9 regulator of calcineurin 2 regulator of G-protein signaling 5 multiple EGF-like-domains 9 Hs. 106070 213348 at CDKN1C cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2) Hs. 518989 225977 at PCDH18 protocadherin 18 - 226591 at LOC100506965 uncharacterized LOC100506965 Hs. 26409 235494 at LSAMP limbic system-associated membrane protein Hs. 272367 241355 at HR Hs. 78183 209160 at AKR1C3 Hs. 386791 228507 at PDE3A hairless homolog (mouse) aldo-keto reductase family 1, member C3 (3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase, type II) phosphodiesterase 3A, cGMP-inhibited Hs. 200644 1555980 a at LOC100130417 Uncharacterized LOC100130417 Hs. 259559 229222 at Hs. 162016 224724 at ACSS3 SULF2 acyl-CoA synthetase short-chain family member 3 sulfatase 2 Hs. 150122 219073 s at OSBPL10 oxysterol binding protein-like 10 Hs. 40510 1552774 a at SLC25A27 solute carrier family 25, member 27 Hs. 149940 235776 x at LINC00475 long intergenic non-protein coding RNA 475 Hs. 156727 220076 at ANKH ankylosis, progressive homolog (mouse) Hs. 610520 201427 s at SEPP1 selenoprotein P, plasma, 1 Hs. 244940 226021 at RDH10 retinol dehydrogenase 10 (all-trans) Hs. 584776 206163 at MAB21L1 mab-21-like 1 (C. elegans) Hs. 655519 227662 at SYNPO2 synaptopodin 2 Hs. 132576 231145 at PAX9 paired box 9 Hs. 631789 238684 at Hs. 26670 221756 at Hs. 491805 204529 s at Hs. 444414 227198 at Hs. 253247 213568 at SETDB2 PIK3IP1 TOX AFF3 OSR2 SET domain, bifurcated 2 phosphoinositide-3-kinase interacting protein 1 thymocyte selection-associated high mobility group box AF4/FMR2 family, member 3 odd-skipped related 2 (Drosophila) - 229296 at LOC100506119 uncharacterized LOC100506119 Hs. 27092 228739 at CYS1 cystin 1 Hs. 659300 220441 at DNAJC22 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 22 Hs. 631504 203185 at RASSF2 Ras association (RalGDS/AF-6) domain family member 2 Hs. 471610 219636 s at ARMC9 armadillo repeat containing 9 Hs. 380094 234971 x at PLCD3 phospholipase C, delta 3 Hs. 197043 218918 at MAN1C1 mannosidase, alpha, class 1C, member 1 Hs. 602792 240898 at SPAG16 sperm associated antigen 16 Hs. 485104 216333 x at TNXA / TNXB tenascin XA (pseudogene) / tenascin XB Hs. 534612 230266 at Hs. 438782 229408 at RAB7B HDAC5 RAB7B, member RAS oncogene family histone deacetylase 5 Hs. 61329 1558507 at C1orf53 chromosome 1 open reading frame 53 Hs. 633506 228347 at SIX1 SIX homeobox 1 Hs. 592184 203106 s at Hs. 549204 229890 at VPS41 LOC100507547 / PRRT1 vacuolar protein sorting 41 homolog (S. cerevisiae) uncharacterized LOC100507547 / proline-rich transmembrane protein 1 - 150 - -2. 17444 -2. 1568 -2. 15422 -2. 142 -2. 14086 -2. 11399 -2. 11033 -2. 11008 -2. 10127 -2. 09709 -2. 09455 -2. 09157 -2. 0785 -2. 07801 -2. 06799 -2. 06416 -2. 06382 -2. 0495 -2. 03122 -2. 02856 -2. 02556 -2. 00957 -2. 00707 -2. 00477 -2. 00389 -1. 9866 -1. 98124 -1. 97275 -1. 97241 -1. 96702 -1. 93329 -1. 90972 -1. 90093 -1. 89804 -1. 89259 -1. 88837 -1. 88404 -1. 87615 -1. 86104 -1. 85674 -1. 85511 -1. 84567 -1. 84104 -1. 83494 -1. 83458 -1. 8298 -1. 82834 -1. 82565 RESULTATS - 227115 at LOC100506870 uncharacterized LOC100506870 Hs. 213137 242100 at CHSY3 chondroitin sulfate synthase 3 Hs. 563205 219427 at FAT4 FAT tumor suppressor homolog 4 (Drosophila) Hs. 122055 229146 at C7orf31 chromosome 7 open reading frame 31 Hs. 124537 241745 at LOC100507557 uncharacterized LOC100507557 Hs. 567598 221011 s at LBH limb bud and heart development homolog (mouse) Hs. 284217 223282 at TSHZ1 teashirt zinc finger homeobox 1 Hs. 503500 217525 at Hs. 740550 225056 at OLFML1 SIPA1L2 olfactomedin-like 1 signal-induced proliferation-associated 1 like 2 Hs. 312592 232531 at EMX2OS EMX2 opposite strand/antisense RNA (non-protein coding) Hs. 42502 230147 at F2RL2 coagulation factor II (thrombin) receptor-like 2 Hs. 632559 237116 at LOC646903 uncharacterized LOC646903 Hs. 146180 213285 at TMEM30B transmembrane protein 30B Hs. 1501 212157 at Hs. 477375 1569956 at SDC2 MYLK syndecan 2 myosin light chain kinase Hs. 154654 202437 s at CYP1B1 cytochrome P450, family 1, subfamily B, polypeptide 1 Hs. 296049 212713 at MFAP4 microfibrillar-associated protein 4 Hs. 722375 244065 at LOC643792 contactin associated protein-like 3 pseudogene Hs. 360174 213139 at Hs. 419 207147 at SNAI2 DLX2 snail homolog 2 (Drosophila) distal-less homeobox 2 Hs. 2799 205523 at HAPLN1 hyaluronan and proteoglycan link protein 1 Hs. 284217 223283 s at TSHZ1 teashirt zinc finger homeobox 1 Hs. 657163 227611 at TARSL2 threonyl-tRNA synthetase-like 2 Hs. 268515 205330 at MN1 meningioma (disrupted in balanced translocation) 1 Hs. 1420 204379 s at FGFR3 fibroblast growth factor receptor 3 Hs. 64746 219529 at Hs. 113577 210631 at CLIC3 NF1 chloride intracellular channel 3 neurofibromin 1 Hs. 518989 225975 at PCDH18 protocadherin 18 Hs. 200841 205116 at LAMA2 Hs. 511265 226492 at SEMA6D Hs. 102735 238484 s at SSBP2 laminin, alpha 2 sema domain, (semaphorin) 6D single-stranded DNA binding protein 2 transmembrane domain Hs. 494538 209815 at PTCH1 patched 1 (TM), and cytoplasmic domain, - 241418 at LOC344887 NmrA-like family domain containing 1 pseudogene Hs. 1501 212158 at Hs. 348522 222379 at SDC2 KCNE4 syndecan 2 potassium voltage-gated channel, Isk-related family, member 4 Hs. 654491 205805 s at ROR1 receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 1 Hs. 151641 203835 at LRRC32 leucine rich repeat containing 32 Hs. 106070 213182 x at CDKN1C cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2) Hs. 156727 223092 at ANKH ankylosis, progressive homolog (mouse) Hs. 376206 220266 s at KLF4 Kruppel-like factor 4 (gut) Hs. 282417 202990 at PYGL phosphorylase, glycogen, liver Hs. 728967 226510 at HEATR5A HEAT repeat containing 5A Hs. 406475 229554 at LUM lumican Hs. 369201 238127 at GAS6-AS1 Hs. 436142 204201 s at PTPN13 GAS6 antisense RNA 1 (non-protein coding) protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 (APO-1/CD95 (Fas)-associated phospha Hs. 720935 1554609 at LOC100287896 uncharacterized LOC100287896 Hs. 516173 206833 s at ACYP2 acylphosphatase 2, muscle type Hs. 558009 213716 s at SECTM1 secreted and transmembrane 1 - 151 - -1. 82245 -1. 82083 -1. 8136 -1. 79684 -1. 79474 -1. 7907 -1. 78592 -1. 77879 -1. 77314 -1. 75929 -1. 7592 -1. 75868 -1. 75853 -1. 75843 -1. 75171 -1. 7413 -1. 73732 -1. 72839 -1. 72335 -1. 71505 -1. 71462 -1. 71329 -1. 70918 -1. 70544 -1. 70324 -1. 70227 -1. 70105 -1. 6903 -1. 68055 -1. 67935 -1. 66961 -1. 66722 -1. 66606 -1. 66421 -1. 66182 -1. 65152 -1. 65121 -1. 64929 -1. 64759 -1. 64267 -1. 64005 -1. 63763 -1. 63531 -1. 63523 -1. 62875 -1. 6265 -1. 62571 -1. 62464 RESULTATS Hs. 144513 223557 s at TMEFF2 transmembrane protein with EGF-like and two follistatin-like domains 2 Hs. 102735 210829 s at Hs. 731888 209826 at Hs. 477128 243864 at SSBP2 EGFL8 / PPT2 / PPT2-EGFL8 CCDC80 single-stranded DNA binding protein 2 EGF-like-domain, multiple 8 / palmitoyl-protein thioesterase 2 / PPT2-EGFL8 readthr coiled-coil domain containing 80 Hs. 40510 1554161 at SLC25A27 solute carrier family 25, member 27 Hs. 467751 202478 at TRIB2 tribbles homolog 2 (Drosophila) Hs. 195710 227195 at ZNF503 zinc finger protein 503 Hs. 202095 221950 at EMX2 empty spiracles homeobox 2 Hs. 401954 224397 s at TMTC1 transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 1 Hs. 654491 232060 at ROR1 receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 1 Hs. 464422 221019 s at COLEC12 collectin sub-family member 12 Hs. 484423 206377 at Hs. 209151 225469 at FOXF2 LYRM5 forkhead box F2 LYR motif containing 5 Hs. 655738 213386 at TMEM246 transmembrane protein 246 Hs. 125056 228032 s at DENND1B DENN/MADD domain containing 1B Hs. 147765 205514 at ZNF415 zinc finger protein 415 Hs. 60339 215743 at Hs. 491172 221207 s at Hs. 192586 227522 at Hs. 709200 208134 x at Hs. 288954 226464 at Hs. 631988 208779 x at Hs. 440955 213416 at Hs. 128199 214293 at Hs. 632832 230075 at Hs. 87734 235365 at NMT2 NBEA CMBL PSG2 C3orf58 DDR1 MIR4640 ITGA4 sept-11 RAB39B DFNB59 N-myristoyltransferase 2 neurobeachin carboxymethylenebutenolidase homolog (Pseudomonas) pregnancy specific beta-1-glycoprotein 2 chromosome 3 open reading frame 58 / discoidin domain receptor tyrosine kinase 1 / microRNA 4640 integrin, alpha 4 (antigen CD49D, alpha 4 subunit of VLA-4 receptor) septin 11 RAB39B, member RAS oncogene family deafness, autosomal recessive 59 Hs. 156352 236325 at KIAA1377 KIAA1377 Hs. 434255 218613 at PSD3 pleckstrin and Sec7 domain containing 3 Hs. 405156 212230 at PPAP2B phosphatidic acid phosphatase type 2B Hs. 118127 205132 at ACTC1 actin, alpha, cardiac muscle 1 Hs. 288741 227955 s at EFNA5 ephrin-A5 Hs. 173716 233868 x at ADAM33 ADAM metallopeptidase domain 33 Hs. 716678 244050 at PTPLAD2 protein tyrosine phosphatase-like A domain containing 2 Hs. 650158 225295 at SLC39A10 solute carrier family 39 (zinc transporter), member 10 Hs. 471130 226431 at FAM117B family with sequence similarity 117, member B Hs. 601314 203159 at GLS glutaminase Hs. 653262 213001 at ANGPTL2 angiopoietin-like 2 Hs. 445030 225202 at RHOBTB3 Rho-related BTB domain containing 3 Hs. 152385 225327 at FAM214A family with sequence similarity 214, member A Hs. 266175 225626 at PAG1 phosphoprotein associated with glycosphingolipid microdomains 1 Hs. 596096 227568 at HECTD2 HECT domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 Hs. 300701 214023 x at TUBB2B tubulin, beta 2B class IIb Hs. 21590 221595 at Hs. 507755 205399 at RBM48 DCLK1 RNA binding motif protein 48 doublecortin-like kinase 1 Hs. 221941 222453 at CYBRD1 cytochrome b reductase 1 Hs. 503831 1556886 a at Hs. 719958 205200 at Hs. 374774 229308 at LAYN CLEC3B EXOSC7 ANKRD29 / Layilin C-type lectin domain family 3, member B / exosome component 7 ankyrin repeat domain 29 - 152 - -1. 62396 -1. 62303 -1. 6174 -1. 61597 -1. 61363 -1. 6132 -1. 61194 -1. 61178 -1. 61173 -1. 61142 -1. 6048 -1. 60471 -1. 60366 -1. 60332 -1. 6031 -1. 60096 -1. 5994 -1. 59165 -1. 59045 -1. 58979 -1. 58617 -1. 58323 -1. 58166 -1. 57886 -1. 57502 -1. 57315 -1. 57148 -1. 57059 -1. 56807 -1. 56772 -1. 56756 -1. 56596 -1. 56562 -1. 565 -1. 5645 -1. 56044 -1. 55631 -1. 55339 -1. 55314 -1. 55006 -1. 54991 -1. 54981 -1. 54756 -1. 54651 -1. 54538 -1. 54388 -1. 54206 -1. 54202 Hs. 400698 229603 at BBS12 Bardet-Biedl syndrome 12 Hs. 156316 209335 at DCN Hs. 288741 214036 at EFNA5 Hs. 437040 40524 at Hs. 161000 230141 at PTPN21 ARID4A decorin ephrin-A5 protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 21 AT rich interactive domain 4A (RBP1-like) Hs. 483993 218736 s at PALMD palmdelphin RESULTATS -1. 54198 -1. 53969 -1. 53846 -1. 53732 -1. 53435 -1. 53354 Hs. 164162 227148 at PLEKHH2 pleckstrin homology domain containing, family H (with MyTH4 domain) member 2 -1. 53298 Hs. 726427 235010 at LOC729013 uncharacterized LOC729013 Hs. 353001 221900 at COL8A2 collagen, type VIII, alpha 2 Hs. 197043 214180 at MAN1C1 mannosidase, alpha, class 1C, member 1 Hs. 641481 231838 at PABPC1L poly(A) binding protein, cytoplasmic 1-like Hs. 458312 227839 at MBD5 methyl-CpG binding domain protein 5 Hs. 203965 215286 s at PHTF2 putative homeodomain transcription factor 2 Hs. 437609 226757 at IFIT2 interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2 Hs. 156352 235956 at KIAA1377 KIAA1377 Hs. 425769 226019 at OMA1 OMA1 zinc metallopeptidase homolog (S. cerevisiae) Hs. 465433 234977 at Hs. 152944 210102 at Hs. 371609 227221 at ZADH2 VWA5A ZMAT3 zinc binding alcohol dehydrogenase domain containing 2 von Willebrand factor A domain containing 5A zinc finger, matrin-type 3 Hs. 484195 225956 at CREBRF CREB3 regulatory factor Hs. 554182 230228 at SSC5D scavenger receptor cysteine rich domain containing (5 domains) Hs. 653262 213004 at ANGPTL2 angiopoietin-like 2 Hs. 40510 230624 at SLC25A27 solute carrier family 25, member 27 Hs. 740514 219032 x at OPN3 opsin 3 Hs. 732223 228702 at Hs. 140617 1568658 at Hs. 231883 241739 at FLJ43663 C2orf74 KIAA1841 OGFOD1 uncharacterized LOC378805 / chromosome 2 open reading frame 74 / KIAA1841 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain containing 1 Hs. 740551 235011 at MAP3K2 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2 Hs. 149168 227812 at TNFRSF19 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 19 Hs. 58367 204984 at GPC4 glypican 4 Hs. 509264 217906 at Hs. 435458 227478 at KLHDC2 SETBP1 kelch domain containing 2 SET binding protein 1 Hs. 293798 226113 at ZNF436 zinc finger protein 436 Hs. 102308 205304 s at KCNJ8 potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 8 Hs. 700632 227548 at ORMDL1 ORM1-like 1 (S. cerevisiae) Hs. 98328 224463 s at C11orf70 chromosome 11 open reading frame 70 Hs. 740483 226119 at PCMTD1 protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 Hs. 190544 1552275 s at PXK PX domain containing serine/threonine kinase Hs. 577775 228574 at Hs. 460923 1554052 at TMTC2 CNOT1 transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 2 CCR4-NOT transcription complex, subunit 1 Hs. 397729 221750 at HMGCS1 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase 1 (soluble) - 228642 at HOTAIRM1 HOXA transcript antisense RNA, myeloid-specific 1 (non-protein coding) Hs. 293970 221589 s at ALDH6A1 aldehyde dehydrogenase 6 family, member A1 Hs. 288348 220911 s at NYNRIN NYN domain and retroviral integrase containing Hs. 202521 239297 at KIAA1456 KIAA1456 Hs. 631957 231867 at ODZ2 odz, odd Oz/ten-m homolog 2 (Drosophila) Hs. 610508 235518 at SLC8A1 solute carrier family 8 (sodium/calcium exchanger), member 1 Hs. 484738 223130 s at MYLIP myosin regulatory light chain interacting protein - 153 - -1. 52542 -1. 52525 -1. 51928 -1. 51787 -1. 51673 -1. 51481 -1. 51381 -1. 51204 -1. 5117 -1. 5115 -1. 50928 -1. 50826 -1. 5054 -1. 50466 -1. 50419 -1. 50373 -1. 50022 -1. 49913 -1. 49909 -1. 49869 -1. 49488 -1. 49402 -1. 49171 -1. 49043 -1. 49007 -1. 4893 -1. 48468 -1. 48209 -1. 48204 -1. 47825 -1. 47754 -1. 47454 -1. 47401 -1. 46928 -1. 46891 -1. 46763 -1. 46711 -1. 46579 -1. 46458 -1. 46411 -1. 46323 RESULTATS Hs. 530904 207030 s at CSRP2 cysteine and glycine-rich protein 2 Hs. 149103 1554030 at ARSB Hs. 591085 204917 s at MLLT3 Hs. 731767 202364 at Hs. 15114 209885 at MXI1 RHOD arylsulfatase B myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila) ; translocate MAX interactor 1 ras homolog family member D Hs. 510989 207480 s at MEIS2 Meis homeobox 2 Hs. 407015 242138 at DLX1 distal-less homeobox 1 Hs. 128576 230747 s at TTC39C tetratricopeptide repeat domain 39C Hs. 534052 201531 at ZFP36 zinc finger protein 36, C3H type, homolog (mouse) Hs. 710370 230435 at FAM228B family with sequence similarity 228, member B Hs. 102336 47069 at PRR5 proline rich 5 (renal) Hs. 23871 226311 at ADAMTS2 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 2 Hs. 4276 213709 at Hs. 130014 203799 at Hs. 369232 225855 at Hs. 534847 214428 x at Hs. 370725 208158 s at BHLHB9 CD302 / LY75- CD302 EPB41L5 C4A / C4B / LOC100293534 OSBPL1A basic helix-loop-helix domain containing, class B, 9 CD302 molecule / LY75-CD302 readthrough erythrocyte membrane protein band 4. 1 like 5 complement component 4A (Rodgers blood group) / complement component 4B (Chido blood oxysterol binding protein-like 1A Hs. 262480 229071 at C17orf100 chromosome 17 open reading frame 100 Hs. 497626 227032 at PLXNA2 plexin A2 Hs. 522019 239909 at Hs. 726435 210129 s at Hs. 303208 219749 at ADAMTSL1 ARPC4-TTLL3 / TTLL3 SH2D4A ADAMTS-like 1 ARPC4-TTLL3 readthrough / tubulin tyrosine ligase-like family, member 3 SH2 domain containing 4A Hs. 286073 204566 at PPM1D protein phosphatase, Mg2 /Mn2 dependent, 1D Hs. 370605 1554256 a at PCNXL2 pecanex-like 2 (Drosophila) Hs. 235935 214321 at NOV nephroblastoma overexpressed Hs. 650585 211651 s at LAMB1 laminin, beta 1 Hs. 522019 229585 at ADAMTSL1 ADAMTS-like 1 Hs. 17546 231530 s at C11orf1 chromosome 11 open reading frame 1 Hs. 330073 203288 at KIAA0355 KIAA0355 Hs. 153863 207069 s at SMAD6 SMAD family member 6 Hs. 484950 215071 s at HIST1H2AC histone cluster 1, H2ac Hs. 274415 225579 at PQLC3 PQ loop repeat containing 3 Hs. 479403 220260 at TBC1D19 TBC1 domain family, member 19 Hs. 475353 218574 s at LMCD1 LIM and cysteine-rich domains 1 Hs. 122927 226425 at CLIP4 CAP-GLY domain containing linker protein family, member 4 Hs. 522484 205591 at Hs. 221436 235570 at OLFM1 RBMS3 olfactomedin 1 RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 Hs. 573143 229487 at EBF1 early B-cell factor 1 Hs. 659762 229685 at LOC100134937 uncharacterized LOC100134937 Hs. 631650 227070 at GLT8D2 glycosyltransferase 8 domain containing 2 - 229190 at LOC100507376 uncharacterized LOC100507376 Hs. 732252 218816 at Hs. 444959 205364 at LRRC1 ACOX2 leucine rich repeat containing 1 acyl-CoA oxidase 2, branched chain Hs. 309288 202157 s at CELF2 CUGBP, Elav-like family member 2 Hs. 401954 226322 at TMTC1 transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 1 Hs. 731687 221895 at MOSPD2 motile sperm domain containing 2 Hs. 1501 212154 at SDC2 syndecan 2 Hs. 524250 208868 s at GABARAPL1 GABA(A) receptor-associated protein like 1 - 154 - -1. 46156 -1. 46151 -1. 46142 -1. 4613 -1. 45964 -1. 45758 -1. 45634 -1. 4513 -1. 45071 -1. 448 -1. 44674 -1. 44544 -1. 44366 -1. 44328 -1. 44314 -1. 44308 -1. 44303 -1. 44291 -1. 44284 -1. 44202 -1. 43854 -1. 43806 -1. 43695 -1. 43613 -1. 43607 -1. 43533 -1. 43464 -1. 43439 -1. 43404 -1. 43392 -1. 43323 -1. 43184 -1. 43091 -1. 43085 -1. 4306 -1. 42957 -1. 42844 -1. 42731 -1. 4256 -1. 42474 -1. 42404 -1. 42343 -1. 42128 -1. 42067 -1. 4176 -1. 41756 -1. 41635 -1. 41611 RESULTATS Hs. 476365 201339 s at SCP2 Hs. 425769 226020 s at DAB1 / OMA1 Hs. 631650 221447 s at GLT8D2 sterol carrier protein 2 disabled homolog 1 (Drosophila) / OMA1 zinc metallopeptidase homolog (S. cerevisiae) glycosyltransferase 8 domain containing 2 Hs. 525324 211792 s at CDKN2C cyclin-dependent kinase inhibitor 2C (p18, inhibits CDK4) Hs. 478067 218729 at LXN latexin Hs. 654742 232080 at HECW2 HECT, C2 and WW domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 Hs. 75652 205752 s at GSTM5 glutathione S-transferase mu 5 Hs. 484068 204547 at RAB40B RAB40B, member RAS oncogene family Hs. 740530 45714 at HCFC1R1 host cell factor C1 regulator 1 (XPO1 dependent) Hs. 128576 1552307 a at TTC39C tetratricopeptide repeat domain 39C Hs. 535394 230869 at FAM155A family with sequence similarity 155, member A Hs. 7966 203870 at USP46 ubiquitin specific peptidase 46 Hs. 55967 210135 s at SHOX2 short stature homeobox 2 Hs. 533336 203304 at Hs. 292986 226126 at BAMBI TBCK BMP and activin membrane-bound inhibitor homolog (Xenopus laevis) TBC1 domain containing kinase Hs. 657617 230174 at LYPLAL1 lysophospholipase-like 1 Hs. 591968 218665 at Hs. 501012 201753 s at FZD4 ADD3 frizzled family receptor 4 adducin 3 (gamma) Hs. 517717 203408 s at SATB1 SATB homeobox 1 Hs. 147880 227058 at C13orf33 chromosome 13 open reading frame 33 Hs. 654713 226657 at C17orf103 chromosome 17 open reading frame 103 Hs. 190341 205618 at PRRG1 proline rich Gla (G-carboxyglutamic acid) 1 Hs. 388613 225270 at Hs. 171189 202820 at NEO1 AHR neogenin 1 aryl hydrocarbon receptor Hs. 605775 226493 at KCTD18 potassium channel tetramerisation domain containing 18 Hs. 519162 201236 s at BTG2 BTG family, member 2 Hs. 532824 202501 at MAPRE2 microtubule-associated protein, RP/EB family, member 2 Hs. 731687 64883 at MOSPD2 motile sperm domain containing 2 Hs. 40794 230475 at C15orf59 chromosome 15 open reading frame 59 Hs. 507991 230135 at HHIP hedgehog interacting protein Hs. 465433 227049 at Hs. 723178 209894 at ZADH2 LEPR zinc binding alcohol dehydrogenase domain containing 2 leptin receptor Hs. 499886 202053 s at ALDH3A2 aldehyde dehydrogenase 3 family, member A2 Hs. 380089 204718 at Hs. 333786 221573 at Hs. 124776 214803 at EPHB6 C7orf25 PSMA2 CDH6 / EPH receptor B6 chromosome 7 open reading frame 25 / proteasome (prosome, macropain) subunit, alpha t cadherin 6, type 2, K-cadherin (fetal kidney) Hs. 522074 208763 s at TSC22D3 TSC22 domain family, member 3 Hs. 632629 224061 at INMT indolethylamine N-methyltransferase Hs. 723297 226366 at SHPRH SNF2 histone linker PHD RING helicase, E3 ubiquitin protein ligase Hs. 171311 235666 at ITGA8 integrin, alpha 8 Hs. 435458 205933 at SETBP1 SET binding protein 1 Hs. 131226 221478 at BNIP3L BCL2/adenovirus E1B 19kDa interacting protein 3-like Hs. 613170 200632 s at NDRG1 N-myc downstream regulated 1 Hs. 619593 204215 at Hs. 266616 229817 at C7orf23 ZNF608 chromosome 7 open reading frame 23 zinc finger protein 608 Hs. 720221 226069 at PRICKLE1 prickle homolog 1 (Drosophila) Hs. 368944 225800 at JAZF1 JAZF zinc finger 1 Hs. 271667 212653 s at EHBP1 EH domain binding protein 1 - 155 - -1. 41236 -1. 41067 -1. 41044 -1. 41035 -1. 4074 -1. 40694 -1. 40616 -1. 40589 -1. 4058 -1. 40575 -1. 40561 -1. 40553 -1. 40506 -1. 40481 -1. 40437 -1. 4032 -1. 40212 -1. 40133 -1. 40059 -1. 40028 -1. 39931 -1. 39895 -1. 39808 -1. 39769 -1. 3966 -1. 39534 -1. 39457 -1. 39404 -1. 39305 -1. 39284 -1. 3912 -1. 39037 -1. 38998 -1. 38993 -1. 38985 -1. 38974 -1. 38961 -1. 38951 -1. 38891 -1. 3888 -1. 38823 -1. 38709 -1. 38607 -1. 38393 -1. 38317 -1. 38127 -1. 37949 -1. 37868 RESULTATS Hs. 371240 227529 s at AKAP12 A kinase (PRKA) anchor protein 12 Hs. 740456 202769 at CCNG2 cyclin G2 - 229354 at AHRR aryl-hydrocarbon receptor repressor Hs. 709192 210195 s at PSG1 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 1 Hs. 203830 231738 at PCDHB7 protocadherin beta 7 Hs. 154163 221564 at Hs. 465087 204790 at PRMT2 SMAD7 protein arginine methyltransferase 2 SMAD family member 7 Hs. 127286 235205 at OXR1 oxidation resistance 1 - 229352 at SPESP1 sperm equatorial segment protein 1 Hs. 655832 225806 at AJUBA ajuba LIM protein Hs. 375092 1564383 s at FLJ35934 FLJ35934 Hs. 232021 208070 s at REV3L REV3-like, polymerase (DNA directed), zeta, catalytic subunit Hs. 603510 229092 at NR2F2 nuclear receptor subfamily 2, group F, member 2 Hs. 731383 218309 at CAMK2N1 calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1 Hs. 102735 203787 at SSBP2 single-stranded DNA binding protein 2 Hs. 600545 229674 at SERTAD4 SERTA domain containing 4 Hs. 190544 225796 at Hs. 643910 201417 at PXK SOX4 PX domain containing serine/threonine kinase SRY (sex determining region Y)-box 4 Hs. 486357 213624 at SMPDL3A sphingomyelin phosphodiesterase, acid-like 3A Hs. 61884 229086 at C1orf213 chromosome 1 open reading frame 213 Hs. 107149 220992 s at TRMT1L tRNA methyltransferase 1 homolog (S. cerevisiae)-like Hs. 104305 218380 at LOC728392 uncharacterized LOC728392 Hs. 507669 204072 s at FRY furry homolog (Drosophila) Hs. 731773 207621 s at PEMT Hs. 654449 230108 at Hs. 485557 235405 at ERCC6 GSTA4 phosphatidylethanolamine N-methyltransferase excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 6 glutathione S-transferase alpha 4 Hs. 79101 208796 s at CCNG1 cyclin G1 Hs. 379018 226157 at TFDP2 transcription factor Dp-2 (E2F dimerization partner 2) Hs. 482605 226352 at JMY junction mediating and regulatory protein, p53 cofactor Hs. 515490 228228 at DACT3 dapper, antagonist of beta-catenin, homolog 3 (Xenopus laevis) Hs. 660396 244246 at MIPOL1 mirror-image polydactyly 1 Hs. 29173 51192 at Hs. 1570 205579 at SSH3 HRH1 slingshot homolog 3 (Drosophila) histamine receptor H1 Hs. 592184 210849 s at VPS41 vacuolar protein sorting 41 homolog (S. cerevisiae) Hs. 654415 204830 x at PSG5 pregnancy specific beta-1-glycoprotein 5 Hs. 173716 232570 s at ADAM33 ADAM metallopeptidase domain 33 Hs. 593995 216037 x at TCF7L2 transcription factor 7-like 2 (T-cell specific, HMG-box) Hs. 522412 204480 s at C9orf16 chromosome 9 open reading frame 16 Hs. 459534 240771 at C1orf101 chromosome 1 open reading frame 101 Hs. 511991 235410 at Hs. 590944 206648 at NPHP3 ZNF571 nephronophthisis 3 (adolescent) zinc finger protein 571 Hs. 655602 226334 s at AHSA2 AHA1, activator of heat shock 90kDa protein ATPase homolog 2 (yeast) Hs. 435938 217920 at Hs. 356247 225421 at Hs. 253726 228569 at MAN1A2 PM20D2 PAPOLA mannosidase, alpha, class 1A, member 2 peptidase M20 domain containing 2 poly(A) polymerase alpha Hs. 632595 236632 at HHIP-AS1 HHIP antisense RNA 1 (non-protein coding) Hs. 652324 226800 at Hs. 592014 211458 s at EFCAB7 GABARAPL1 / GABARAPL3 EF-hand calcium binding domain 7 GABA(A) receptor-associated protein like 1 / GABA(A) receptors associated protein lik - 156 - -1. 37777 -1. 37658 -1. 37617 -1. 37561 -1. 37518 -1. 37467 -1. 37138 -1. 37096 -1. 3709 -1. 36986 -1. 36874 -1. 36862 -1. 36711 -1. 36631 -1. 3642 -1. 36348 -1. 3634 -1. 36294 -1. 36077 -1. 36025 -1. 35951 -1. 35869 -1. 35834 -1. 35809 -1. 35774 -1. 35726 -1. 3533 -1. 3531 -1. 35161 -1. 35155 -1. 35057 -1. 35045 -1. 34842 -1. 3482 -1. 34767 -1. 34655 -1. 34506 -1. 34428 -1. 34322 -1. 34178 -1. 34095 -1. 34041 -1. 33984 -1. 33837 -1. 33824 -1. 33809 -1. 33606 -1. 33426 / PPAP2A CCPG1 DYX1C1- CCPG1 SUPT3H Hs. 696231 209147 s at Hs. 285051 214151 s at Hs. 368325 211106 at Hs. 535801 226125 at Hs. 477475 221906 at Hs. 12907 209975 at LOC100288152 uncharacterized LOC100288152 TXNRD3 TXNRD3NB CYP2E1 / thioredoxin reductase 3 / thioredoxin reductase 3 neighbor cytochrome P450, family 2, subfamily E, polypeptide 1 phosphatidic acid phosphatase type 2A suppressor of Ty 3 homolog (S. cerevisiae) cell cycle progression 1 / DYX1C1-CCPG1 readthrough (non-protein coding) -1. 32856 RESULTATS -1. 33419 -1. 33333 -1. 33328 -1. 33326 -1. 33257 -1. 33228 -1. 3321 -1. 33209 -1. 33207 -1. 33202 -1. 33172 -1. 33168 -1. 33137 -1. 3312 -1. 33062 -1. 33061 -1. 33021 -1. 32907 -1. 329 -1. 32833 -1. 32825 -1. 32803 -1. 32791 -1. 32782 -1. 32661 -1. 32369 -1. 32254 -1. 32229 -1. 32107 -1. 32071 -1. 32064 -1. 32043 -1. 31961 -1. 31881 -1. 3175 -1. 31664 -1. 31552 -1. 31471 -1. 31413 -1. 31395 -1. 31288 -1. 31234 -1. 31209 -1. 31162 -1. 31139 -1. 31106 Hs. 154163 228722 at PRMT2 protein arginine methyltransferase 2 Hs. 567725 225162 at SH3D19 SH3 domain containing 19 Hs. 370725 209485 s at OSBPL1A oxysterol binding protein-like 1A Hs. 526665 224492 s at ZNF627 zinc finger protein 627 Hs. 527412 213702 x at ASAH1 N-acylsphingosine amidohydrolase (acid ceramidase) 1 Hs. 518662 217967 s at FAM129A family with sequence similarity 129, member A Hs. 288912 1552426 a at TM2D3 TM2 domain containing 3 Hs. 709461 206857 s at FKBP1B FK506 binding protein 1B, 12. 6 kDa Hs. 401798 212736 at C16orf45 chromosome 16 open reading frame 45 Hs. 594287 235124 at LOC645212 uncharacterized LOC645212 Hs. 573143 227646 at EBF1 early B-cell factor 1 Hs. 653654 225927 at MAP3K1 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 1, E3 ubiquitin protein ligase Hs. 24587 204400 at EFS embryonal Fyn-associated substrate Hs. 609773 223125 s at C1orf21 chromosome 1 open reading frame 21 Hs. 525093 224799 at Hs. 740376 212231 at NDFIP2 FBXO21 Nedd4 family interacting protein 2 F-box protein 21 Hs. 512842 213765 at MFAP5 microfibrillar associated protein 5 Hs. 507680 214748 at N4BP2L2 NEDD4 binding protein 2-like 2 Hs. 500409 200946 x at GLUD1 glutamate dehydrogenase 1 Hs. 49774 203329 at PTPRM protein tyrosine phosphatase, receptor type, M Hs. 25391 228312 at PI16 peptidase inhibitor 16 Hs. 535711 202080 s at TRAK1 trafficking protein, kinesin binding 1 Hs. 95260 203420 at Hs. 434253 212848 s at Hs. 28896 232087 at FAM8A1 C9orf3 / LOC100507319 CXorf23 family with sequence similarity 8, member A1 chromosome 9 open reading frame 3 / uncharacterized LOC100507319 chromosome X open reading frame 23 Hs. 26837 212436 at TRIM33 tripartite motif containing 33 Hs. 13351 202020 s at LANCL1 LanC lantibiotic synthetase component C-like 1 (bacterial) Hs. 591474 231773 at ANGPTL1 angiopoietin-like 1 Hs. 356399 222605 at RCOR3 REST corepressor 3 Hs. 405692 218628 at CCDC53 coiled-coil domain containing 53 Hs. 524804 1556042 s at LOC338799 uncharacterized LOC338799 Hs. 461647 212056 at KIAA0182 KIAA0182 - 78383 at LOC100129250 uncharacterized LOC100129250 Hs. 731605 204565 at ACOT13 acyl-CoA thioesterase 13 Hs. 434255 203355 s at PSD3 pleckstrin and Sec7 domain containing 3 Hs. 643130 226231 at PAWR PRKC, apoptosis, WT1, regulator Hs. 657131 228247 at LOC283788 FSHD region gene 1 pseudogene Hs. 84928 218127 at NFYB nuclear transcription factor Y, beta Hs. 76224 201842 s at EFEMP1 EGF containing fibulin-like extracellular matrix protein 1 Hs. 410378 231130 at Hs. 239631 227089 at FKBP7 COG5 FK506 binding protein 7 component of oligomeric golgi complex 5 - 157 - RESULTATS Hs. 660115 219729 at PRRX2 paired related homeobox 2 Hs. 423163 203306 s at SLC35A1 solute carrier family 35 (CMP-sialic acid transporter), member A1 Hs. 435369 201540 at FHL1 four and a half LIM domains 1 - 236656 s at LOC100288911 uncharacterized LOC100288911 Hs. 162032 209102 s at HBP1 HMG-box transcription factor 1 Hs. 437241 213238 at ATP10D ATPase, class V, type 10D Hs. 306764 213005 s at KANK1 KN motif and ankyrin repeat domains 1 Hs. 710546 224975 at NFIA nuclear factor I/A Hs. 465433 227978 s at ZADH2 zinc binding alcohol dehydrogenase domain containing 2 - 219880 at LOC100507619 uncharacterized LOC100507619 Hs. 656199 206091 at MATN3 matrilin 3 Hs. 465433 1554239 s at ZADH2 zinc binding alcohol dehydrogenase domain containing 2 Hs. 500466 204053 x at PTEN phosphatase and tensin homolog Hs. 305971 221024 s at SLC2A10 solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 10 Hs. 509067 202273 at Hs. 477475 59631 at Hs. 356061 208786 s at PDGFRB TXNRD3 TXNRD3NB MAP1LC3B / platelet-derived growth factor receptor, beta polypeptide thioredoxin reductase 3 / thioredoxin reductase 3 neighbor microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta Hs. 20848 226668 at WDSUB1 WD repeat, sterile alpha motif and U-box domain containing 1 Hs. 501289 226680 at IKZF5 IKAROS family zinc finger 5 (Pegasus) Hs. 93842 226390 at STARD4 StAR-related lipid transfer (START) domain containing 4 Hs. 659311 213626 at Hs. 114948 206315 at CBR4 CRLF1 carbonyl reductase 4 cytokine receptor-like factor 1 Hs. 128576 238480 at TTC39C tetratricopeptide repeat domain 39C Hs. 444668 223594 at TMEM117 transmembrane protein 117 Hs. 709257 239442 at CEP68 centrosomal protein 68kDa Hs. 336768 209459 s at ABAT 4-aminobutyrate aminotransferase Hs. 632238 202781 s at INPP5K inositol polyphosphate-5-phosphatase K Hs. 514950 218217 at SCPEP1 serine carboxypeptidase 1 Hs. 514199 208626 s at VAT1 vesicle amine transport protein 1 homolog (T. californica) Hs. 511504 208986 at - 228284 at TCF12 TLE1 transcription factor 12 transducin-like enhancer of split 1 (E(sp1) homolog, Drosophila) Hs. 513463 209230 s at NUPR1 nuclear protein, transcriptional regulator, 1 Hs. 409210 207232 s at DZIP3 DAZ interacting protein 3, zinc finger Hs. 576320 224990 at C4orf34 chromosome 4 open reading frame 34 Hs. 202522 1558692 at C1orf85 chromosome 1 open reading frame 85 Hs. 525299 224484 s at BRMS1L breast cancer metastasis-suppressor 1-like Hs. 128199 201307 at sept-11 septin 11 Hs. 553221 226759 at IKZF4 IKAROS family zinc finger 4 (Eos) Hs. 567502 225274 at PCYOX1 prenylcysteine oxidase 1 Hs. 309489 227001 at NIPAL2 NIPA-like domain containing 2 calcium homeostasis modulator 2 Hs. 241545 221565 s at Hs. 534322 208306 x at Hs. 21160 204058 at CALHM2 HLA-DRB1 / LOC100507709 / LOC100507714 ME1 -1. 31042 -1. 31032 -1. 31031 -1. 30923 -1. 30917 -1. 30805 -1. 30789 -1. 30699 -1. 30692 -1. 30654 -1. 30621 -1. 30613 -1. 30535 -1. 30464 -1. 30458 -1. 30376 -1. 30337 -1. 30193 -1. 3019 -1. 30101 -1. 30087 -1. 29986 -1. 29948 -1. 29799 -1. 29737 -1. 29726 -1. 29714 -1. 29709 -1. 29701 -1. 29658 -1. 29612 -1. 2959 -1. 29549 -1. 29501 -1. 29501 -1. 29443 -1. 29433 -1. 29411 -1. 29357 -1. 29356 -1. 29308 -1. 29277 -1. 29249 -1. 29209 -1. 29164 -1. 29064 major histocompatibility complex, class II, DR beta 1 / HLA class II histocompatibili -1. 29298 malic enzyme 1, NADP( )-dependent, cytosolic - 236640 at LOC100507165 uncharacterized LOC100507165 Hs. 108614 212308 at CLASP2 cytoplasmic linker associated protein 2 Hs. 522484 213131 at Hs. 14745 224647 at OLFM1 CCNY olfactomedin 1 cyclin Y - 158 - RESULTATS Hs. 471234 227280 s at CCNYL1 cyclin Y-like 1 Hs. 222055 1554010 at NDST1 N-deacetylase/N-sulfotransferase (heparan glucosaminyl) 1 Hs. 198158 219543 at PBLD phenazine biosynthesis-like protein domain containing Hs. 585006 1552698 at TUBA3FP tubulin, alpha 3f, pseudogene Hs. 102914 202214 s at CUL4B cullin 4B Hs. 43728 213170 at GPX7 glutathione peroxidase 7 Hs. 596314 209106 at NCOA1 nuclear receptor coactivator 1 Hs. 336768 209460 at ABAT 4-aminobutyrate aminotransferase Hs. 118166 228551 at DENND5B DENN/MADD domain containing 5B Hs. 513871 225804 at CYB5D2 cytochrome b5 domain containing 2 Hs. 434993 227859 at DNAJC27 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 27 Hs. 262960 224220 x at TRPC4 transient receptor potential cation channel, subfamily C, member 4 Hs. 526630 226245 at KCTD1 potassium channel tetramerisation domain containing 1 Hs. 162989 227193 at SLC30A4 solute carrier family 30 (zinc transporter), member 4 Hs. 241545 57715 at CALHM2 calcium homeostasis modulator 2 Hs. 725347 235173 at LOC401093 uncharacterized LOC401093 Hs. 520287 212179 at PNISR PNN-interacting serine/arginine-rich protein Hs. 501200 204319 s at RGS10 regulator of G-protein signaling 10 Hs. 567828 226721 at DPY19L4 dpy-19-like 4 (C. elegans) Hs. 648565 222103 at ATF1 activating transcription factor 1 Hs. 187635 228291 s at PLK1S1 polo-like kinase 1 substrate 1 Hs. 8715 223157 at Hs. 643588 207558 s at NOA1 PITX2 nitric oxide associated 1 paired-like homeodomain 2 Hs. 153026 209306 s at SWAP70 SWAP switching B-cell complex 70kDa subunit Hs. 333738 223227 at BBS2 Bardet-Biedl syndrome 2 Hs. 522863 223646 s at TXLNG2P taxilin gamma 2, pseudogene Hs. 518200 223220 s at PARP9 poly (ADP-ribose) polymerase family, member 9 Hs. 50868 204981 at SLC22A18 solute carrier family 22, member 18 Hs. 126558 235151 at LOC283357 uncharacterized LOC283357 Hs. 435535 218149 s at ZNF395 zinc finger protein 395 Hs. 381167 213572 s at SERPINB1 serpin peptidase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 1 Hs. 414809 204568 at ATG14 autophagy related 14 Hs. 740366 217971 at LAMTOR3 late endosomal/lysosomal adaptor, MAPK and MTOR activator 3 - 205158 at Hs. 493716 217492 s at Hs. 166017 207233 s at RNASE4 PTEN PTENP1 MITF / ribonuclease, RNase A family, 4 phosphatase and tensin homolog / phosphatase and tensin homolog pseudogene 1 microphthalmia-associated transcription factor Hs. 11614 222890 at CCDC113 coiled-coil domain containing 113 Hs. 5741 219079 at CYB5R4 cytochrome b5 reductase 4 Hs. 49774 1555579 s at PTPRM protein tyrosine phosphatase, receptor type, M Hs. 536663 201124 at ITGB5 integrin, beta 5 Hs. 11637 226995 at LOC642852 uncharacterized LOC642852 Hs. 684904 202275 at G6PD glucose-6-phosphate dehydrogenase Hs. 593995 212761 at TCF7L2 transcription factor 7-like 2 (T-cell specific, HMG-box) Hs. 517830 214116 at BTD biotinidase - 213397 x at RNASE4 ribonuclease, RNase A family, 4 Hs. 41502 219563 at LINC00341 long intergenic non-protein coding RNA 341 Hs. 616962 221577 x at GDF15 growth differentiation factor 15 Hs. 88297 226525 at STK17B serine/threonine kinase 17b - 159 - -1. 28994 -1. 28989 -1. 2891 -1. 28905 -1. 28882 -1. 28804 -1. 28782 -1. 28645 -1. 28608 -1. 28561 -1. 28548 -1. 28512 -1. 28507 -1. 28414 -1. 28413 -1. 28363 -1. 28329 -1. 2822 -1. 28198 -1. 28189 -1. 28028 -1. 28012 -1. 28004 -1. 27995 -1. 27879 -1. 2774 -1. 2766 -1. 27635 -1. 27632 -1. 27611 -1. 27522 -1. 27471 -1. 27455 -1. 27428 -1. 2742 -1. 27407 -1. 27363 -1. 27343 -1. 27331 -1. 27182 -1. 27177 -1. 27116 -1. 27111 -1. 27092 -1. 27023 -1. 26975 -1. 26948 -1. 26947 RESULTATS Hs. 157378 212798 s at ANKMY2 ankyrin repeat and MYND domain containing 2 Hs. 496267 202105 at Hs. 387207 214492 at IGBP1 SGCD immunoglobulin (CD79A) binding protein 1 sarcoglycan, delta (35kDa dystrophin-associated glycoprotein) Hs. 656313 227007 at TMCO4 transmembrane and coiled-coil domains 4 Hs. 518545 229285 at RNASEL ribonuclease L (2', 5'-oligoisoadenylate synthetase-dependent) Hs. 546430 244834 at RSG1 REM2 and RAB-like small GTPase 1 Hs. 401929 203912 s at DNASE1L1 deoxyribonuclease I-like 1 Hs. 12967 209447 at Hs. 720151 210425 x at Hs. 657347 203640 at SYNE1 / GOLGA8A GOLGA8B / LOC100508892 MBNL2 spectrin repeat containing, nuclear envelope 1 golgin A8 family, member A / golgin A8 family, member B / uncharacterized LOC100508 muscleblind-like splicing regulator 2 Hs. 156178 203501 at CPQ carboxypeptidase Q Hs. 476636 206144 at MAGI1 membrane associated guanylate kinase, WW and PDZ domain containing 1 Hs. 84549 232146 at NDUFC1 NADH dehydrogenase (ubiquinone) 1, subcomplex unknown, 1, 6kDa Hs. 189409 212288 at FNBP1 formin binding protein 1 Hs. 372360 37549 g at BBS9 Bardet-Biedl syndrome 9 Hs. 433381 225729 at Hs. 95243 204045 at C6orf89 TCEAL1 chromosome 6 open reading frame 89 transcription elongation factor A (SII)-like 1 Hs. 512776 223690 at LTBP2 latent transforming growth factor beta binding protein 2 Hs. 44685 219104 at RNF141 ring finger protein 141 Hs. 161000 205062 x at ARID4A AT rich interactive domain 4A (RBP1-like) Hs. 43233 209108 at Hs. 121520 222108 at TSPAN6 AMIGO2 tetraspanin 6 adhesion molecule with Ig-like domain 2 Hs. 47382 225373 at C10orf54 chromosome 10 open reading frame 54 Hs. 522350 226249 at SNX30 sorting nexin family member 30 Hs. 111867 228537 at GLI2 GLI family zinc finger 2 Hs. 406787 238686 at FBXO3 F-box protein 3 Hs. 371240 227530 at AKAP12 A kinase (PRKA) anchor protein 12 Hs. 498892 225545 at EEF2K eukaryotic elongation factor-2 kinase Hs. 6917 216862 s at MTCP1NB mature T-cell proliferation 1 neighbor Hs. 389452 223373 s at PLA2G12A phospholipase A2, group XIIA Hs. 391860 204497 at Hs. 505202 231964 at ADCY9 BICD1 adenylate cyclase 9 bicaudal D homolog 1 (Drosophila) Hs. 432914 217890 s at PARVA parvin, alpha - 227837 at LOC729570 uncharacterized LOC729570 Hs. 7549 235346 at FUNDC1 FUN14 domain containing 1 Hs. 709545 213878 at PYROXD1 pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase domain 1 Hs. 81170 209193 at Hs. 466539 212358 at Hs. 7200 212299 at Hs. 596537 225409 at PIM1 CLIP3 NEK9 COA5 pim-1 oncogene CAP-GLY domain containing linker protein 3 NIMA (never in mitosis gene a)- related kinase 9 cytochrome C oxidase assembly factor 5 Hs. 288912 221702 s at TM2D3 TM2 domain containing 3 Hs. 288304 232048 at FAM76B family with sequence similarity 76, member B Hs. 709187 244687 at Hs. 503831 228080 at Hs. 656213 205842 s at DBT LAYN JAK2 dihydrolipoamide branched chain transacylase E2 layilin Janus kinase 2 Hs. 524625 204396 s at GRK5 G protein-coupled receptor kinase 5 Hs. 497332 228386 s at DDX59 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 59 - 160 - -1. 26943 -1. 26895 -1. 26795 -1. 26666 -1. 26652 -1. 26552 -1. 26537 -1. 26422 -1. 26338 -1. 26329 -1. 26292 -1. 26275 -1. 26272 -1. 26249 -1. 26235 -1. 26221 -1. 26211 -1. 26071 -1. 26057 -1. 26 -1. 25888 -1. 2587 -1. 2586 -1. 25825 -1. 25791 -1. 25784 -1. 25769 -1. 25627 -1. 2561 -1. 25584 -1. 2555 -1. 25483 -1. 25474 -1. 25468 -1. 25443 -1. 25432 -1. 25312 -1. 25286 -1. 25251 -1. 252 -1. 25181 -1. 25093 -1. 24948 -1. 2492 -1. 24879 -1. 24842 -1. 24836 Hs. 306083 225795 at C22orf32 chromosome 22 open reading frame 32 Hs. 399891 226545 at Hs. 531249 229198 at CD109 USP35 CD109 molecule ubiquitin specific peptidase 35 Hs. 558396 200832 s at SCD stearoyl-CoA desaturase (delta-9-desaturase) Hs. 409210 207231 at DZIP3 DAZ interacting protein 3, zinc finger Hs. 422986 201301 s at ANXA4 annexin A4 Hs. 276252 211852 s at Hs. 285051 214152 at Hs. 446641 230652 at / ATRN CCPG1 DYX1C1- CCPG1 ARAF attractin cell cycle progression 1 / DYX1C1-CCPG1 readthrough (non-protein coding) -1. 24279 v-raf murine sarcoma 3611 viral oncogene homolog RESULTATS -1. 24782 -1. 2469 -1. 24586 -1. 24551 -1. 24546 -1. 24423 -1. 24308 -1. 24219 -1. 24217 -1. 24208 -1. 24203 -1. 24199 -1. 24195 -1. 24179 -1. 2417 -1. 24123 -1. 2411 -1. 24084 -1. 24076 -1. 24074 -1. 24049 -1. 24038 -1. 24023 -1. 23995 -1. 23928 -1. 23924 -1. 239 -1. 23872 -1. 23866 -1. 23862 -1. 23834 -1. 23809 -1. 2377 -1. 23716 -1. 23534 -1. 23483 -1. 23439 -1. 23391 -1. 2333 -1. 23238 -1. 23223 -1. 23205 -1. 23141 -1. 23005 -1. 22943 -1. 22892 Hs. 110364 204517 at PPIC peptidylprolyl isomerase C (cyclophilin C) Hs. 356399 218344 s at RCOR3 REST corepressor 3 Hs. 602086 201798 s at Hs. 591582 217837 s at Hs. 740486 224870 at MYOF CHMP3 RNF103- CHMP3 DANCR / myoferlin charged multivesicular body protein 3 / RNF103-CHMP3 readthrough differentiation antagonizing non-protein coding RNA Hs. 292316 203428 s at ASF1A ASF1 anti-silencing function 1 homolog A (S. cerevisiae) Hs. 713574 218689 at Hs. 709425 209984 at Hs. 600125 224593 at Hs. 706662 218341 at Hs. 20107 225948 at Hs. 440534 225302 at FANCF KDM4C ZNF664 PPCS APOPT1 KLC1 TMX3 Fanconi anemia, complementation group F lysine (K)-specific demethylase 4C zinc finger protein 664 phosphopantothenoylcysteine synthetase / apoptogenic 1, mitochondrial / kinesin light chain 1 thioredoxin-related transmembrane protein 3 Hs. 520708 203695 s at DFNA5 deafness, autosomal dominant 5 Hs. 740577 213508 at SPTSSA serine palmitoyltransferase, small subunit A Hs. 380627 223047 at CMTM6 CKLF-like MARVEL transmembrane domain containing 6 Hs. 642842 218276 s at SAV1 salvador homolog 1 (Drosophila) Hs. 180946 216044 x at FAM69A family with sequence similarity 69, member A Hs. 706828 202981 x at SIAH1 siah E3 ubiquitin protein ligase 1 Hs. 591289 236918 s at LRRC34 leucine rich repeat containing 34 Hs. 365365 229696 at Hs. 283416 226695 at Hs. 529925 212760 at FECH PRRX1 UBR2 ferrochelatase paired related homeobox 1 ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 2 Hs. 283652 204615 x at IDI1 isopentenyl-diphosphate delta isomerase 1 Hs. 592313 235635 at ARHGAP5 Rho GTPase activating protein 5 Hs. 515016 221290 s at MUM1 melanoma associated antigen (mutated) 1 Hs. 585010 227411 at WTIP Wilms tumor 1 interacting protein Hs. 482587 212425 at SCAMP1 secretory carrier membrane protein 1 Hs. 370379 244007 at Hs. 465985 202024 at ZNF462 ASNA1 zinc finger protein 462 arsA arsenite transporter, ATP-binding, homolog 1 (bacterial) Hs. 83734 229395 at STX4 syntaxin 4 - 227655 at LOC100505806 uncharacterized LOC100505806 Hs. 247362 202262 x at DDAH2 dimethylarginine dimethylaminohydrolase 2 Hs. 643910 201416 at Hs. 729098 209406 at SOX4 BAG2 SRY (sex determining region Y)-box 4 BCL2-associated athanogene 2 Hs. 74615 203131 at PDGFRA platelet-derived growth factor receptor, alpha polypeptide Hs. 463320 227946 at OSBPL7 oxysterol binding protein-like 7 Hs. 94896 218477 at TMEM14A transmembrane protein 14A Hs. 196102 202033 s at RB1CC1 RB1-inducible coiled-coil 1 - 161 - RESULTATS Hs. 584744 226424 at CAPS calcyphosine Hs. 374446 226638 at ARHGAP23 Rho GTPase activating protein 23 Hs. 157078 221826 at ANGEL2 angel homolog 2 (Drosophila) Hs. 253305 1553167 a at SEPSECS Sep (O-phosphoserine) tRNA : Sec (selenocysteine) tRNA synthase Hs. 548197 225400 at Hs. 500822 221519 at Hs. 115284 227207 x at Hs. 497575 1568955 at Hs. 132225 212239 at TSEN15 FBXW4 ZNF213 SRGAP2 SRGAP2C PIK3R1 tRNA splicing endonuclease 15 homolog (S. cerevisiae) F-box and WD repeat domain containing 4 / zinc finger protein 213 SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2 / SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2 phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit 1 (alpha) Hs. 497253 225675 at C14orf101 chromosome 14 open reading frame 101 Hs. 121076 224364 s at PPIL3 peptidylprolyl isomerase (cyclophilin)-like 3 Hs. 591388 232641 at ZNF596 zinc finger protein 596 Hs. 201918 226297 at HIPK3 homeodomain interacting protein kinase 3 Hs. 709257 212675 s at CEP68 centrosomal protein 68kDa Hs. 144502 218942 at PIP4K2C phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase, type II, gamma Hs. 371977 204866 at PHF16 PHD finger protein 16 Hs. 283749 205141 at ANG angiogenin, ribonuclease, RNase A family, 5 Hs. 351798 238067 at TBC1D8B TBC1 domain family, member 8B (with GRAM domain) Hs. 168762 204063 s at ULK2 unc-51-like kinase 2 (C. elegans) Hs. 565319 237052 x at GIGYF2 GRB10 interacting GYF protein 2 Hs. 529989 217984 at RNASET2 ribonuclease T2 Hs. 210283 203325 s at COL5A1 collagen, type V, alpha 1 Hs. 380138 212624 s at CHN1 chimerin (chimaerin) 1 Hs. 61329 1558508 a at C1orf53 chromosome 1 open reading frame 53 Hs. 482043 202784 s at NNT nicotinamide nucleotide transhydrogenase Hs. 23492 226509 at Hs. 654560 228904 at ZNF641 HOXB3 zinc finger protein 641 homeobox B3 Hs. 599469 239265 at SLC35G1 solute carrier family 35, member G1 Hs. 12144 212795 at KIAA1033 KIAA1033 Hs. 584884 209935 at ATP2C1 ATPase, Ca transporting, type 2C, member 1 Hs. 573495 228486 at SLC44A1 solute carrier family 44, member 1 Hs. 301685 38671 at PLXND1 plexin D1 Hs. 659413 236777 at LOC100129195 uncharacterized LOC100129195 Hs. 272328 228208 x at ZNF354C zinc finger protein 354C Hs. 477420 213069 at HEG1 HEG homolog 1 (zebrafish) Hs. 740582 213853 at DNAJC24 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 24 Hs. 391464 202805 s at ABCC1 ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 1 Hs. 705431 210312 s at IFT20 intraflagellar transport 20 homolog (Chlamydomonas) Hs. 607928 222480 at UBE2Q1 ubiquitin-conjugating enzyme E2Q family member 1 Hs. 440776 222360 at Hs. 303055 226120 at DPH5 TTC8 DPH5 homolog (S. cerevisiae) tetratricopeptide repeat domain 8 Hs. 283652 208881 x at IDI1 isopentenyl-diphosphate delta isomerase 1 Hs. 528019 221689 s at PIGP phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class P Hs. 105607 223748 at SLC4A11 solute carrier family 4, sodium borate transporter, member 11 Hs. 724 35846 at THRA thyroid hormone receptor, alpha Hs. 525063 221622 s at TMEM126B transmembrane protein 126B Hs. 520259 209626 s at OSBPL3 oxysterol binding protein-like 3 Hs. 444349 212217 at PREPL prolyl endopeptidase-like - 162 - -1. 22812 -1. 22729 -1. 22691 -1. 22683 -1. 2256 -1. 22543 -1. 22527 -1. 22417 -1. 22391 -1. 22378 -1. 2235 -1. 22314 -1. 22283 -1. 22226 -1. 22218 -1. 22157 -1. 22077 -1. 22072 -1. 22016 -1. 21958 -1. 2193 -1. 21909 -1. 2189 -1. 21884 -1. 21883 -1. 2188 -1. 21864 -1. 21835 -1. 21803 -1. 21799 -1. 21792 -1. 21723 -1. 21696 -1. 21653 -1. 21575 -1. 21571 -1. 21501 -1. 21463 -1. 2141 -1. 21397 -1. 21393 -1. 21335 -1. 21318 -1. 21301 -1. 21289 -1. 21199 -1. 21174 -1. 21153 Hs. 592078 218937 at Hs. 593928 208647 at Hs. 434966 212690 at ZNF434 FDFT1 DDHD2 zinc finger protein 434 farnesyl-diphosphate farnesyltransferase 1 DDHD domain containing 2 Hs. 279840 206175 x at ZNF222 zinc finger protein 222 Hs. 480116 212606 at WDFY3 WD repeat and FYVE domain containing 3 Hs. 389452 228084 at PLA2G12A phospholipase A2, group XIIA Hs. 732083 203562 at FEZ1 fasciculation and elongation protein zeta 1 (zygin I) Hs. 108029 201311 s at SH3BGRL SH3 domain binding glutamic acid-rich protein like Hs. 44856 219815 at GAL3ST4 galactose-3-O-sulfotransferase 4 Hs. 731575 235762 at TAS2R14 taste receptor, type 2, member 14 Hs. 6434 218820 at C14orf132 chromosome 14 open reading frame 132 Hs. 709348 235717 at ZNF229 zinc finger protein 229 Hs. 61508 226924 at LOC400657 uncharacterized LOC400657 Hs. 529857 226552 at IER5L immediate early response 5-like Hs. 593645 226869 at Hs. 554791 203421 at MEGF6 TP53I11 multiple EGF-like-domains 6 tumor protein p53 inducible protein 11 - 1558890 at LOC100507054 uncharacterized LOC100507054 Hs. 708017 224481 s at HECTD1 HECT domain containing E3 ubiquitin protein ligase 1 Hs. 533597 225370 at PYGO2 pygopus homolog 2 (Drosophila) Hs. 302085 208131 s at PTGIS prostaglandin I2 (prostacyclin) synthase Hs. 494186 219147 s at NMRK1 nicotinamide riboside kinase 1 Hs. 156316 201893 x at DCN decorin Hs. 99488 227840 at C2orf76 chromosome 2 open reading frame 76 Hs. 485915 223144 s at AKIRIN2 akirin 2 Hs. 444818 224599 at CGGBP1 CGG triplet repeat binding protein 1 Hs. 82116 209124 at MYD88 myeloid differentiation primary response gene (88) Hs. 91747 204992 s at PFN2 profilin 2 Hs. 531704 213093 at PRKCA protein kinase C, alpha Hs. 133135 225093 at UTRN utrophin - 215160 x at LOC100289097 protein FRG1-like Hs. 410378 224002 s at FKBP7 FK506 binding protein 7 Hs. 253903 201060 x at STOM stomatin Hs. 631730 218983 at Hs. 505339 224906 at C1RL ANO6 complement component 1, r subcomponent-like anoctamin 6 Hs. 505729 225776 at RBMS2 RNA binding motif, single stranded interacting protein 2 Hs. 502705 203103 s at PRPF19 PRP19/PSO4 pre-mRNA processing factor 19 homolog (S. cerevisiae) Hs. 26613 212714 at Hs. 54609 205164 at LARP4 GCAT La ribonucleoprotein domain family, member 4 glycine C-acetyltransferase Hs. 99196 224480 s at AGPAT9 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 9 Hs. 740445 200995 at Hs. 349150 226762 at IPO7 PURB importin 7 purine-rich element binding protein B Hs. 181444 222987 s at TMEM9 transmembrane protein 9 Hs. 418533 201457 x at BUB3 budding uninhibited by benzimidazoles 3 homolog (yeast) Hs. 48513 204434 at SPATA2 Hs. 327527 208794 s at Hs. 647333 209836 x at Hs. 89497 203276 at SMARCA4 BOLA2 BOLA2B LMNB1 spermatogenesis associated 2 SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a bolA homolog 2 (E. coli) / bolA homolog 2B (E. coli) / lamin B1 Hs. 137282 228229 at ZNF526 zinc finger protein 526 - 163 - RESULTATS -1. 21129 -1. 21074 -1. 21035 -1. 2102 -1. 20982 -1. 20976 -1. 20923 -1. 2089 -1. 20867 -1. 20842 -1. 20807 -1. 20788 -1. 20774 -1. 20747 -1. 20655 -1. 20634 -1. 20613 -1. 20609 -1. 20605 -1. 20509 -1. 20488 -1. 20472 -1. 20461 -1. 20436 -1. 20423 -1. 20418 -1. 20397 -1. 20319 -1. 20319 -1. 20237 -1. 20215 -1. 20151 -1. 20054 -1. 20047 -1. 20011 1. 20039 1. 20046 1. 20061 1. 20061 1. 20062 1. 20221 1. 20259 1. 20285 1. 20289 1. 20334 1. 20357 1. 20399 1. 20455 RESULTATS Hs. 7165 200054 at Hs. 132314 219134 at ZNF259 ELTD1 zinc finger protein 259 EGF, latrophilin and seven transmembrane domain containing 1 Hs. 9061 221637 s at C11orf48 chromosome 11 open reading frame 48 Hs. 525198 205339 at STIL SCL/TAL1 interrupting locus Hs. 116665 239835 at KBTBD8 kelch repeat and BTB (POZ) domain containing 8 Hs. 679430 235512 at Hs. 408458 204022 at Hs. 143250 201645 at Hs. 632268 219512 at CDKL1 WWP2 TNC DSN1 cyclin-dependent kinase-like 1 (CDC2-related kinase) WW domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 tenascin C DSN1, MIND kinetochore complex component, homolog (S. cerevisiae) Hs. 431081 230083 at USP53 ubiquitin specific peptidase 53 Hs. 364544 217979 at TSPAN13 tetraspanin 13 Hs. 591671 201521 s at NCBP2 nuclear cap binding protein subunit 2, 20kDa Hs. 532793 208974 x at KPNB1 karyopherin (importin) beta 1 Hs. 731750 203126 at IMPA2 inositol(myo)-1(or 4)-monophosphatase 2 Hs. 466714 202093 s at PAF1 Paf1, RNA polymerase II associated factor, homolog (S. cerevisiae) Hs. 655259 224333 s at MRPS5 mitochondrial ribosomal protein S5 Hs. 495984 211208 s at CASK calcium/calmodulin-dependent serine protein kinase (MAGUK family) Hs. 587054 201503 at G3BP1 GTPase activating protein (SH3 domain) binding protein 1 Hs. 35125 58780 s at ARHGEF40 Rho guanine nucleotide exchange factor (GEF) 40 Hs. 22616 212456 at KIAA0664 KIAA0664 Hs. 631757 209965 s at RAD51D RAD51 homolog D (S. cerevisiae) Hs. 719958 213648 at Hs. 215766 218238 at Hs. 513268 218524 at Hs. 502659 200885 at Hs. 643464 219544 at EXOSC7 GTPBP4 E4F1 RHOC BORA exosome component 7 GTP binding protein 4 E4F transcription factor 1 ras homolog family member C bora, aurora kinase A activator Hs. 276878 202188 at NUP93 nucleoporin 93kDa Hs. 529451 209190 s at DIAPH1 diaphanous homolog 1 (Drosophila) Hs. 720208 204647 at HOMER3 homer homolog 3 (Drosophila) Hs. 522675 208117 s at LAS1L LAS1-like (S. cerevisiae) Hs. 515154 223419 at FBXW9 Hs. 27621 205405 at SEMA5A Hs. 83765 202534 x at DHFR F-box and WD repeat domain containing 9 sema domain, seven transmembrane domai dihydrofolate reductase thrombospondin repeats (type 1 and type 1-like), Hs. 143703 229074 at EHD4 EH-domain containing 4 Hs. 731548 222692 s at FNDC3B fibronectin type III domain containing 3B Hs. 584807 223274 at TCF19 transcription factor 19 Hs. 655373 224677 x at C11orf31 chromosome 11 open reading frame 31 Hs. 69554 223332 x at RNF126 ring finger protein 126 Hs. 720388 218112 at MRPS34 mitochondrial ribosomal protein S34 Hs. 9589 222991 s at UBQLN1 ubiquilin 1 Hs. 280387 205282 at LRP8 low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor Hs. 209989 222505 at Hs. 1004 204481 at LMBR1 BRPF1 limb region 1 homolog (mouse) bromodomain and PHD finger containing, 1 Hs. 194754 204699 s at DIEXF digestive organ expansion factor homolog (zebrafish) Hs. 368084 211615 s at LRPPRC leucine-rich pentatricopeptide repeat containing Hs. 124299 226614 s at FAM167A family with sequence similarity 167, member A Hs. 520506 218875 s at FBXO5 F-box protein 5 Hs. 115474 204127 at RFC3 replication factor C (activator 1) 3, 38kDa - 164 - 1. 20472 1. 20526 1. 20557 1. 20578 1. 20798 1. 20815 1. 20848 1. 20906 1. 20927 1. 21016 1. 21167 1. 21171 1. 21207 1. 21223 1. 21228 1. 2123 1. 21242 1. 21296 1. 21341 1. 21345 1. 21354 1. 21446 1. 21462 1. 21567 1. 21602 1. 21693 1. 2179 1. 21805 1. 21833 1. 21857 1. 21899 1. 22033 1. 22048 1. 22123 1. 22203 1. 22218 1. 22316 1. 22331 1. 22333 1. 22354 1. 22359 1. 22412 1. 22449 1. 22476 1. 2248 1. 2248 1. 22497 1. 22587 Hs. 592081 233049 x at STUB1 STIP1 homology and U-box containing protein 1, E3 ubiquitin protein ligase Hs. 534770 201251 at PKM pyruvate kinase, muscle Hs. 513379 223513 at CENPJ centromere protein J Hs. 517145 201231 s at ENO1 enolase 1, (alpha) Hs. 406307 244640 at ZNF850 zinc finger protein 850 Hs. 62604 235417 at SPOCD1 Hs. 513470 212809 at NFATC2IP Hs. 16803 223546 x at LUC7L Hs. 479602 40148 at Hs. 397638 225170 at APBB2 WDR5 SPOC domain containing 1 nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic, calcineurin-dependent 2 interacting p LUC7-like (S. cerevisiae) amyloid beta (A4) precursor protein-binding, family B, member 2 WD repeat domain 5 Hs. 371001 208688 x at EIF3B eukaryotic translation initiation factor 3, subunit B Hs. 127432 236649 at Hs. 487341 221737 at DTWD1 GNA12 DTW domain containing 1 guanine nucleotide binding protein (G protein) alpha 12 Hs. 126221 215269 at TRAPPC10 trafficking protein particle complex 10 Hs. 485628 1556060 a at ZNF451 zinc finger protein 451 Hs. 505469 222077 s at RACGAP1 Rac GTPase activating protein 1 Hs. 2399 160020 at Hs. 620541 227374 at MMP14 EARS2 matrix metallopeptidase 14 (membrane-inserted) glutamyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial (putative) Hs. 520026 201797 s at VARS valyl-tRNA synthetase Hs. 729312 219384 s at ADAT1 adenosine deaminase, tRNA-specific 1 Hs. 90073 210766 s at CSE1L CSE1 chromosome segregation 1-like (yeast) Hs. 145442 202670 at MAP2K1 mitogen-activated protein kinase kinase 1 Hs. 519972 221875 x at HLA-F major histocompatibility complex, class I, F Hs. 515846 1559946 s at RUVBL2 RuvB-like 2 (E. coli) Hs. 370555 223166 x at RABL6 RAB, member RAS oncogene family-like 6 Hs. 123253 219493 at SHCBP1 SHC SH2-domain binding protein 1 Hs. 407926 228248 at Hs. 21331 222606 at RICTOR ZWILCH RPTOR independent companion of MTOR, complex 2 Zwilch, kinetochore associated, homolog (Drosophila) Hs. 46894 200959 at FUS fused in sarcoma Hs. 647156 208511 at PTTG3P pituitary tumor-transforming 3, pseudogene Hs. 449278 220155 s at Hs. 374950 204326 x at BRD9 MT1X bromodomain containing 9 metallothionein 1X Hs. 300624 200020 at TARDBP TAR DNA binding protein Hs. 250822 204092 s at AURKA aurora kinase A Hs. 310458 227236 at TSPAN2 tetraspanin 2 Hs. 519672 202384 s at TCOF1 Treacher Collins-Franceschetti syndrome 1 Hs. 373550 1566901 at TGIF1 TGFB-induced factor homeobox 1 Hs. 5719 201774 s at NCAPD2 non-SMC condensin I complex, subunit D2 Hs. 463416 219401 at XYLT2 xylosyltransferase II Hs. 489287 206688 s at CPSF4 cleavage and polyadenylation specific factor 4, 30kDa Hs. 740459 201364 s at OAZ2 Hs. 246506 202825 at SLC25A4 Hs. 521924 209899 s at PUF60 ornithine decarboxylase antizyme 2 solute carrier family 25 (mitochondrial carrier ; adenine nucleotide translocator), memb poly-U binding splicing factor 60KDa Hs. 731801 209100 at IFRD2 interferon-related developmental regulator 2 Hs. 508829 1552613 s at CDC42SE2 CDC42 small effector 2 Hs. 178728 202463 s at MBD3 methyl-CpG binding domain protein 3 Hs. 23413 227700 x at ATAD3A ATPase family, AAA domain containing 3A Hs. 374378 201897 s at CKS1B CDC28 protein kinase regulatory subunit 1B - 165 - RESULTATS 1. 22597 1. 22602 1. 2261 1. 22644 1. 22692 1. 22828 1. 2287 1. 2291 1. 22943 1. 2299 1. 23001 1. 231 1. 23123 1. 23193 1. 232 1. 23216 1. 23263 1. 23295 1. 23355 1. 23358 1. 2338 1. 23523 1. 23582 1. 23592 1. 23592 1. 2362 1. 2367 1. 23683 1. 23697 1. 23785 1. 23819 1. 2396 1. 24013 1. 24058 1. 24064 1. 24068 1. 24103 1. 2419 1. 24233 1. 24403 1. 24456 1. 24576 1. 24581 1. 24657 1. 24673 1. 24691 1. 24729 1. 24752 RESULTATS Hs. 24763 202483 s at RANBP1 RAN binding protein 1 Hs. 511903 227894 at Hs. 730765 33307 at WDR90 RRP7A WD repeat domain 90 ribosomal RNA processing 7 homolog A (S. cerevisiae) Hs. 731613 224232 s at PRELID1 PRELI domain containing 1 Hs. 93659 208658 at PDIA4 protein disulfide isomerase family A, member 4 Hs. 696684 201466 s at JUN jun proto-oncogene Hs. 701398 209042 s at UBE2G2 ubiquitin-conjugating enzyme E2G 2 - 215395 x at PRSS3P2 protease, serine, 3 pseudogene 2 Hs. 108080 200621 at CSRP1 cysteine and glycine-rich protein 1 Hs. 3887 201199 s at PSMD1 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 1 - 213164 at SLC5A3 solute carrier family 5 (sodium/myo-inositol cotransporter), member 3 Hs. 658939 219306 at Hs. 644056 212075 s at Hs. 369762 202589 at KIF15 CSNK2A1 CSNK2A1P TYMS / kinesin family member 15 casein kinase 2, alpha 1 polypeptide / casein kinase 2, alpha 1 polypeptide pseudogen thymidylate synthetase Hs. 501928 212473 s at MICAL2 microtubule associated monoxygenase, calponin and LIM domain containing 2 Hs. 654958 209246 at Hs. 520063 209196 at Hs. 675399 216176 at ABCF2 WDR46 HCRP1 ATP-binding cassette, sub-family F (GCN20), member 2 WD repeat domain 46 hepatocellular carcinoma-related HCRP1 Hs. 272062 200636 s at PTPRF protein tyrosine phosphatase, receptor type, F Hs. 309231 225788 at Hs. 731908 203209 at Hs. 365116 232141 at RRP36 RFC5 U2AF1 ribosomal RNA processing 36 homolog (S. cerevisiae) replication factor C (activator 1) 5, 36. 5kDa U2 small nuclear RNA auxiliary factor 1 Hs. 330663 220060 s at PARPBP PARP1 binding protein Hs. 647620 1555783 x at PQLC2 PQ loop repeat containing 2 Hs. 114033 226712 at SSR1 signal sequence receptor, alpha Hs. 59425 1554082 a at NOL9 nucleolar protein 9 Hs. 709864 223622 s at HYI hydroxypyruvate isomerase (putative) Hs. 731917 223249 at CLDN12 claudin 12 1. 24866 1. 24942 1. 24971 1. 25 1. 25001 1. 25021 1. 25023 1. 25043 1. 25305 1. 25373 1. 25627 1. 25633 1. 25664 1. 25751 1. 25782 1. 25828 1. 25831 1. 25893 1. 2595 1. 2599 1. 26018 1. 26203 1. 2624 1. 26259 1. 26265 1. 26297 1. 26459 1. 26491 Hs. 130849 219575 s at COG8 / PDF component of oligomeric golgi complex 8 / peptide deformylase (mitochondrial) 1. 26511 Hs. 272011 238987 at B4GALT1 UDP-Gal : betaGlcNAc beta 1, 4- galactosyltransferase, polypeptide 1 Hs. 390567 216033 s at FYN FYN oncogene related to SRC, FGR, YES Hs. 433203 221597 s at TMEM208 transmembrane protein 208 Hs. 311100 229863 s at C3orf75 chromosome 3 open reading frame 75 Hs. 82609 203040 s at HMBS hydroxymethylbilane synthase - 212944 at Hs. 570855 218718 at SLC5A3 PDGFC solute carrier family 5 (sodium/myo-inositol cotransporter), member 3 platelet derived growth factor C Hs. 129742 207601 at SULT1B1 sulfotransferase family, cytosolic, 1B, member 1 Hs. 632191 218069 at DCTPP1 dCTP pyrophosphatase 1 Hs. 311100 229864 at C3orf75 chromosome 3 open reading frame 75 Hs. 569009 229099 at C11orf83 chromosome 11 open reading frame 83 Hs. 658304 226609 at Hs. 690826 219582 at DCBLD1 OGFRL1 discoidin, CUB and LCCL domain containing 1 opioid growth factor receptor-like 1 Hs. 654350 204618 s at GABPB1 GA binding protein transcription factor, beta subunit 1 Hs. 83765 202533 s at DHFR dihydrofolate reductase Hs. 208701 229442 at C18orf54 chromosome 18 open reading frame 54 Hs. 514505 212723 at JMJD6 jumonji domain containing 6 Hs. 263812 210574 s at NUDC nuclear distribution C homolog (A. nidulans) Hs. 3104 236641 at KIF14 kinesin family member 14 - 166 - 1. 26734 1. 26743 1. 26775 1. 26812 1. 26899 1. 26917 1. 26939 1. 27025 1. 27099 1. 271 1. 27159 1. 27283 1. 27302 1. 27432 1. 27459 1. 27466 1. 27561 1. 27631 1. 27668 RESULTATS 1. 2769 1. 27792 1. 27814 1. 27883 1. 28079 1. 28081 1. 28239 1. 28281 1. 28386 1. 28769 1. 28775 1. 2882 1. 2901 1. 29103 1. 29201 1. 29285 1. 293 1. 29417 1. 29431 1. 29624 1. 29677 1. 29783 1. 29931 1. 29959 1. 30081 1. 30091 1. 30113 1. 30144 1. 30201 1. 30292 1. 30314 1. 30357 1. 30508 1. 30513 1. 30543 1. 30581 1. 30624 1. 30644 1. 30712 1. 30742 1. 30975 1. 31011 1. 31013 1. 31022 1. 31027 1. 31043 Hs. 433764 203602 s at Hs. 5662 222034 at Hs. 164226 201109 s at ZBTB17 GNB2L1 / LOC100289627 / SNORD95 / SNORD96A THBS1 thrombospondin 1 zinc finger and BTB domain containing 17 guanine nucleotide binding protein (G protein), beta polypeptide 2-like 1 / uncharact 1. 30713 Hs. 591495 229538 s at IQGAP3 IQ motif containing GTPase activating protein 3 Hs. 594537 213790 at ADAM12 ADAM metallopeptidase domain 12 Hs. 520215 206860 s at MIOS missing oocyte, meiosis regulator, homolog (Drosophila) Hs. 435215 209946 at VEGFC vascular endothelial growth factor C Hs. 374477 210011 s at EWSR1 Ewing sarcoma breakpoint region 1 Hs. 533549 218488 at EIF2B3 eukaryotic translation initiation factor 2B, subunit 3 gamma, 58kDa Hs. 287714 204214 s at RAB32 RAB32, member RAS oncogene family Hs. 370671 213300 at ATG2A autophagy related 2A Hs. 186486 203836 s at MAP3K5 mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 Hs. 381178 220588 at Hs. 740467 207165 at BCAS4 HMMR breast carcinoma amplified sequence 4 hyaluronan-mediated motility receptor (RHAMM) Hs. 567378 211387 x at RNGTT RNA guanylyltransferase and 5'-phosphatase Hs. 422662 203856 at VRK1 vaccinia related kinase 1 Hs. 121536 228069 at Hs. 517168 200916 at FAM54A TAGLN2 family with sequence similarity 54, member A transgelin 2 Hs. 445705 201477 s at RRM1 ribonucleotide reductase M1 Hs. 368307 229649 at Hs. 614194 202519 at NRXN3 MLXIP neurexin 3 MLX interacting protein Hs. 424312 211564 s at PDLIM4 PDZ and LIM domain 4 Hs. 319334 201970 s at NASP nuclear autoantigenic sperm protein (histone-binding) Hs. 39311 218800 at SRD5A3 steroid 5 alpha-reductase 3 Hs. 577404 1558369 at MPHOSPH9 M-phase phosphoprotein 9 Hs. 129055 210415 s at ODF2 outer dense fiber of sperm tails 2 Hs. 376015 240402 at KIRREL3 kin of IRRE like 3 (Drosophila) Hs. 184339 204825 at MELK maternal embryonic leucine zipper kinase Hs. 722525 232740 at MCM3AP-AS1 MCM3AP antisense RNA 1 (non-protein coding) Hs. 9914 204948 s at FST follistatin Hs. 119882 243000 at CDK6 cyclin-dependent kinase 6 Hs. 25300 215134 at PI4K2A phosphatidylinositol 4-kinase type 2 alpha Hs. 91586 209149 s at TM9SF1 transmembrane 9 superfamily member 1 Hs. 520525 226930 at FNDC1 fibronectin type III domain containing 1 Hs. 189073 1555274 a at EPT1 ethanolaminephosphotransferase 1 (CDP-ethanolamine-specific) Hs. 592011 222767 s at C12orf49 chromosome 12 open reading frame 49 Hs. 75573 205046 at CENPE centromere protein E, 312kDa Hs. 591040 212621 at TMEM194A transmembrane protein 194A - 225767 at RN45S 45S pre-ribosomal RNA Hs. 109059 203931 s at MRPL12 mitochondrial ribosomal protein L12 Hs. 522933 229348 at UBIAD1 UbiA prenyltransferase domain containing 1 Hs. 133512 220104 at ZC3HAV1 zinc finger CCCH-type, antiviral 1 Hs. 731712 204033 at TRIP13 thyroid hormone receptor interactor 13 - 205241 at SCO2 SCO cytochrome oxidase deficient homolog 2 (yeast) Hs. 709550 221879 at CALML4 calmodulin-like 4 Hs. 531561 204975 at EMP2 epithelial membrane protein 2 Hs. 263812 201173 x at NUDC nuclear distribution C homolog (A. nidulans) - 167 - RESULTATS Hs. 444441 211136 s at Hs. 591908 202759 s at Hs. 311190 225201 s at cleft lip and palate associated transmembrane protein 1 CLPTM1 AKAP2 PALM2-AKAP2 A kinase (PRKA) anchor protein 2 / PALM2-AKAP2 readthrough MRPL14 mitochondrial ribosomal protein L14 / Hs. 374257 208322 s at ST3GAL1 ST3 beta-galactoside alpha-2, 3-sialyltransferase 1 Hs. 696283 214011 s at NOP16 NOP16 nucleolar protein homolog (yeast) 1. 31288 1. 31344 1. 31347 1. 31352 1. 31403 1. 31471 1. 3156 1. 31586 1. 31718 1. 3191 1. 31997 1. 32096 1. 32268 1. 32599 1. 32612 1. 3272 1. 32746 1. 32796 1. 32841 1. 32972 1. 33005 1. 33068 1. 33175 1. 33257 1. 33337 1. 33348 1. 33359 Hs. 211571 203746 s at Hs. 741061 223773 s at Hs. 732155 212660 at HCCS SNHG12 SNORA16A SNORA44 SNORA61 PHF15 / / / small nucleolar RNA host gene 12 (non-protein coding) / small nucleolar RNA, H/ACA bo 1. 31503 holocytochrome c synthase PHD finger protein 15 Hs. 591110 202070 s at IDH3A isocitrate dehydrogenase 3 (NAD ) alpha Hs. 9911 218214 at C12orf44 chromosome 12 open reading frame 44 Hs. 436896 231763 at POLR3A polymerase (RNA) III (DNA directed) polypeptide A, 155kDa Hs. 664877 232568 at MGC24103 uncharacterized MGC24103 Hs. 597484 224320 s at MCM8 Hs. 414795 202627 s at SERPINE1 Hs. 632041 218695 at EXOSC4 minichromosome maintenance complex component 8 serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), me exosome component 4 Hs. 20136 205088 at MAMLD1 mastermind-like domain containing 1 Hs. 522255 234192 s at GKAP1 G kinase anchoring protein 1 Hs. 432945 230972 at ANKRD9 ankyrin repeat domain 9 Hs. 164419 224612 s at DNAJC5 Hs. 487294 213468 at ERCC2 Hs. 368921 204345 at COL16A1 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, member 5 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, complementation group 2 collagen, type XVI, alpha 1 Hs. 464210 201079 at SYNGR2 synaptogyrin 2 Hs. 35125 241627 x at ARHGEF40 Rho guanine nucleotide exchange factor (GEF) 40 Hs. 497200 210145 at PLA2G4A phospholipase A2, group IVA (cytosolic, calcium-dependent) Hs. 366401 218009 s at PRC1 protein regulator of cytokinesis 1 Hs. 567567 218663 at Hs. 558536 218860 at NCAPG NOC4L non-SMC condensin I complex, subunit G nucleolar complex associated 4 homolog (S. cerevisiae) Hs. 467304 206926 s at IL11 interleukin 11 Hs. 505545 210047 at SLC11A2 solute carrier family 11 (proton-coupled divalent metal ion transporters), member 2 1. 33396 Hs. 271044 209528 s at TELO2 TEL2, telomere maintenance 2, homolog (S. cerevisiae) Hs. 740467 209709 s at HMMR hyaluronan-mediated motility receptor (RHAMM) Hs. 521092 231876 at TRIM56 tripartite motif containing 56 Hs. 516105 202274 at Hs. 502244 215190 at ACTG2 EIF3M actin, gamma 2, smooth muscle, enteric eukaryotic translation initiation factor 3, subunit M Hs. 514284 200759 x at - 221649 s at Hs. 6638 232676 x at NFE2L1 PPAN / PPAN- P2RY11 MYEF2 nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 1 peter pan homolog (Drosophila) / PPAN-P2RY11 readthrough myelin expression factor 2 Hs. 121536 234944 s at FAM54A family with sequence similarity 54, member A Hs. 113876 209054 s at WHSC1 Wolf-Hirschhorn syndrome candidate 1 Hs. 471873 203270 at DTYMK deoxythymidylate kinase (thymidylate kinase) Hs. 509229 242711 x at FANCM Fanconi anemia, complementation group M Hs. 434494 240257 at SYNJ2 synaptojanin 2 Hs. 530381 224739 at Hs. 380857 224578 at PIM3 RCC2 Hs. 505575 219956 at GALNT6 Hs. 510172 212642 s at HIVEP2 pim-3 oncogene regulator of chromosome condensation 2 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine : polypeptide acetylgalactosaminyltransferase 6 (Gal human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 2 Hs. 311609 201584 s at DDX39A DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39A - 168 - 1. 33461 1. 33764 1. 33765 1. 33829 1. 33859 1. 33967 1. 33987 1. 34004 1. 34008 1. 3415 1. 34276 1. 34291 1. 34304 1. 34349 1. 34407 N- 1. 3451 1. 34572 1. 34632 Hs. 119251 201903 at UQCRC1 ubiquinol-cytochrome c reductase core protein I Hs. 29344 213191 at TICAM1 toll-like receptor adaptor molecule 1 Hs. 119882 224847 at Hs. 530284 209161 at CDK6 PRPF4 cyclin-dependent kinase 6 PRP4 pre-mRNA processing factor 4 homolog (yeast) Hs. 22907 213725 x at XYLT1 xylosyltransferase I Hs. 407190 224840 at FKBP5 FK506 binding protein 5 Hs. 657377 210109 at SND1-IT1 SND1 intronic transcript 1 (non-protein coding) Hs. 405925 201896 s at PSRC1 proline/serine-rich coiled-coil 1 Hs. 34333 242324 x at CCBE1 collagen and calcium binding EGF domains 1 Hs. 599966 202934 at HK2 hexokinase 2 Hs. 306051 221029 s at WNT5B wingless-type MMTV integration site family, member 5B Hs. 166244 219709 x at FAM173A family with sequence similarity 173, member A Hs. 534334 214427 at NOP2 NOP2 nucleolar protein homolog (yeast) Hs. 194143 204531 s at BRCA1 breast cancer 1, early onset Hs. 9661 202659 at PSMB10 proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type, 10 Hs. 632365 227617 at TMEM201 transmembrane protein 201 Hs. 471873 1553984 s at DTYMK deoxythymidylate kinase (thymidylate kinase) Hs. 482910 219759 at endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 ERAP2 GAS5 SNORD44 SNORD47 SNORD76 SNORD77 SNORD79 SNORD80 SNORD81 NCAPG / / / / / / / Hs. 531856 228238 at growth arrest-specific 5 (non-protein coding) / small nucleolar RNA, C/D box 44 / s 1. 35888 RESULTATS 1. 34662 1. 34787 1. 34796 1. 34894 1. 34979 1. 35069 1. 35084 1. 35151 1. 35164 1. 35184 1. 35198 1. 35327 1. 35327 1. 35359 1. 35589 1. 35601 1. 35616 1. 35804 Hs. 567567 218662 s at non-SMC condensin I complex, subunit G Hs. 2057 215165 x at UMPS Hs. 38449 227487 s at SERPINE2 Hs. 108106 225655 at UHRF1 uridine monophosphate synthetase Serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), me ubiquitin-like with PHD and ring finger domains 1 Hs. 91586 238948 at TM9SF1 Transmembrane 9 superfamily member 1 Hs. 558764 201762 s at PSME2 proteasome (prosome, macropain) activator subunit 2 (PA28 beta) Hs. 332706 202074 s at OPTN optineurin Hs. 351474 212858 at Hs. 731673 209233 at PAQR4 EMG1 progestin and adipoQ receptor family member IV EMG1 nucleolar protein homolog (S. cerevisiae) Hs. 515610 209229 s at PPP6R1 protein phosphatase 6, regulatory subunit 1 Hs. 272062 200637 s at PTPRF protein tyrosine phosphatase, receptor type, F Hs. 253319 225903 at Hs. 732098 204023 at Hs. 529618 207332 s at Hs. 474833 226858 at Hs. 726442 225687 at PIGU RFC4 TFRC CSNK1E FAM83D phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class U replication factor C (activator 1) 4, 37kDa transferrin receptor (p90, CD71) casein kinase 1, epsilon family with sequence similarity 83, member D Hs. 42957 204027 s at METTL1 methyltransferase like 1 Hs. 534339 205053 at PRIM1 primase, DNA, polypeptide 1 (49kDa) Hs. 446429 212187 x at PTGDS prostaglandin D2 synthase 21kDa (brain) Hs. 647062 1053 at RFC2 replication factor C (activator 1) 2, 40kDa Hs. 523710 212860 at ZDHHC18 zinc finger, DHHC-type containing 18 Hs. 78769 203235 at Hs. 277035 225102 at THOP1 MGLL thimet oligopeptidase 1 monoglyceride lipase Hs. 632310 221191 at STAG3L1 stromal antigen 3-like 1 Hs. 193832 224634 at GPATCH4 G patch domain containing 4 Hs. 160550 226629 at SLC43A2 solute carrier family 43, member 2 - 169 - 1. 3593 1. 35957 1. 36038 1. 36209 1. 36368 1. 36403 1. 3659 1. 36603 1. 36778 1. 368 1. 36885 1. 36895 1. 36912 1. 37025 1. 37035 1. 3714 1. 37216 1. 373 1. 37455 1. 37548 1. 37564 1. 37754 1. 38075 1. 38266 1. 38323 1. 38327 RESULTATS Hs. 514012 207667 s at MAP2K3 mitogen-activated protein kinase kinase 3 Hs. 162777 205909 at Hs. 660810 201478 s at Hs. 740534 225583 at Hs. 513926 215113 s at Hs. 713611 220668 s at polymerase (DNA directed), epsilon 2, accessory subunit dyskeratosis congenita 1, dyskerin / small nucleolar RNA, H/ACA box 56 POLE2 DKC1 SNORA56 UXS1 SENP3 SENP3-EIF4A1 SUMO1/sentrin/SMT3 specific peptidase 3 / SENP3-EIF4A1 readthrough DNMT3B / / UDP-glucuronate decarboxylase 1 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 beta Hs. 191539 227214 at GOPC golgi-associated PDZ and coiled-coil motif containing Hs. 356076 235222 x at Hs. 4055 208961 s at XIAP KLF6 X-linked inhibitor of apoptosis Kruppel-like factor 6 Hs. 740401 202095 s at BIRC5 baculoviral IAP repeat containing 5 Hs. 436023 228964 at PRDM1 PR domain containing 1, with ZNF domain Hs. 433422 226611 s at CENPV centromere protein V Hs. 208912 218741 at CENPM centromere protein M Hs. 311187 219229 at SLCO3A1 solute carrier organic anion transporter family, member 3A1 Hs. 2128 209457 at Hs. 643480 225898 at DUSP5 WDR54 dual specificity phosphatase 5 WD repeat domain 54 Hs. 656 205167 s at CDC25C cell division cycle 25 homolog C (S. pombe) Hs. 497741 209172 s at CENPF centromere protein F, 350/400kDa (mitosin) Hs. 514012 215498 s at MAP2K3 mitogen-activated protein kinase kinase 3 Hs. 488240 203234 at UPP1 uridine phosphorylase 1 - 228879 at SNORD104 small nucleolar RNA, C/D box 104 Hs. 231750 218587 s at POGLUT1 protein O-glucosyltransferase 1 Hs. 510172 212641 at HIVEP2 human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 2 Hs. 607318 204318 s at GTSE1 G-2 and S-phase expressed 1 Hs. 183817 226035 at USP31 ubiquitin specific peptidase 31 Hs. 239499 212424 at PDCD11 programmed cell death 11 Hs. 607318 215942 s at GTSE1 G-2 and S-phase expressed 1 Hs. 82502 239816 at Hs. 173135 202969 at Hs. 154510 205379 at POLD3 DYRK2 CBR3 polymerase (DNA-directed), delta 3, accessory subunit dual-specificity tyrosine-(Y)-phosphorylation regulated kinase 2 carbonyl reductase 3 Hs. 348920 207590 s at CENPI centromere protein I Hs. 643599 228128 x at PAPPA pregnancy-associated plasma protein A, pappalysin 1 Hs. 256301 224468 s at C19orf48 chromosome 19 open reading frame 48 Hs. 523774 209037 s at Hs. 187763 202102 s at EHD1 BRD4 EH-domain containing 1 bromodomain containing 4 Hs. 370834 228401 at ATAD2 ATPase family, AAA domain containing 2 Hs. 524399 1568596 a at TROAP trophinin associated protein (tastin) Hs. 658046 229759 s at VEPH1 ventricular zone expressed PH domain homolog 1 (zebrafish) Hs. 289052 233110 s at BCL2L12 BCL2-like 12 (proline rich) Hs. 80305 212738 at ARHGAP19 Rho GTPase activating protein 19 Hs. 591308 1553810 a at KIAA1524 KIAA1524 Hs. 526902 226989 at RGMB RGM domain family, member B Hs. 631886 206036 s at REL v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog (avian) Hs. 643599 224941 at PAPPA pregnancy-associated plasma protein A, pappalysin 1 Hs. 284491 202671 s at PDXK pyridoxal (pyridoxine, vitamin B6) kinase Hs. 656047 1554283 at CCRN4L CCR4 carbon catabolite repression 4-like (S. cerevisiae) Hs. 153479 204817 at ESPL1 extra spindle pole bodies homolog 1 (S. cerevisiae) Hs. 595391 1556601 a at SPATA13 Spermatogenesis associated 13 - 170 - 1. 3835 1. 38549 1. 38651 1. 38776 1. 38777 1. 38784 1. 38795 1. 38826 1. 38839 1. 38858 1. 39024 1. 39028 1. 39034 1. 39091 1. 39296 1. 39334 1. 3935 1. 39371 1. 39402 1. 39459 1. 39631 1. 39847 1. 39886 1. 39886 1. 40114 1. 40194 1. 40245 1. 40314 1. 4037 1. 40383 1. 40441 1. 40452 1. 40457 1. 40615 1. 4069 1. 40733 1. 40783 1. 40844 1. 4093 1. 41165 1. 41457 1. 41505 1. 4154 1. 41542 1. 41633 1. 41667 1. 41735 1. 41912 RESULTATS Hs. 280387 228955 at Hs. 370834 222740 at LRP8 ATAD2 low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor ATPase family, AAA domain containing 2 Hs. 277035 211026 s at MGLL monoglyceride lipase Hs. 23642 205449 at SAC3D1 SAC3 domain containing 1 Hs. 607822 212022 s at MKI67 antigen identified by monoclonal antibody Ki-67 Hs. 122908 228868 x at CDT1 Chromatin licensing and DNA replication factor 1 Hs. 83169 204475 at MMP1 matrix metallopeptidase 1 (interstitial collagenase) Hs. 177926 208107 s at LOC81691 exonuclease NEF-sp Hs. 477015 223395 at Hs. 130098 201440 at Hs. 596464 231810 at Hs. 532968 218726 at Hs. 135094 222039 at Hs. 369998 238508 at Hs. 517617 205193 at ABI3BP DDX23 BRI3BP HJURP KIF18B DBF4B MAFF ABI family, member 3 (NESH) binding protein DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 23 BRI3 binding protein Holliday junction recognition protein kinesin family member 18B DBF4 homolog B (S. cerevisiae) v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog F (avian) Hs. 215766 228002 at GTPBP4 / IDI2 GTP binding protein 4 / isopentenyl-diphosphate delta isomerase 2 Hs. 224607 201286 at Hs. 86368 205830 at SDC1 CLGN Hs. 518450 202390 s at HTT Hs. 374201 226003 at Hs. 595793 39549 at Hs. 526902 227339 at KIF21A NPAS2 RGMB syndecan 1 calmegin huntingtin kinesin family member 21A neuronal PAS domain protein 2 RGM domain family, member B Hs. 526464 211013 x at PML promyelocytic leukemia Hs. 533273 200964 at Hs. 103755 209544 at UBA1 RIPK2 ubiquitin-like modifier activating enzyme 1 receptor-interacting serine-threonine kinase 2 1. 41976 1. 42077 1. 42133 1. 42263 1. 42439 1. 42525 1. 42643 1. 42792 1. 42956 1. 43051 1. 43254 1. 43317 1. 43381 1. 43844 1. 4405 1. 44074 1. 44096 1. 44125 1. 44196 1. 44262 1. 44263 1. 44271 1. 44618 1. 45496 1. 45516 Hs. 517033 211003 x at TGM2 transglutaminase 2 (C polypeptide, protein-glutamine-gamma-glutamyltransferase) 1. 45885 Hs. 375684 238670 at RAD18 RAD18 homolog (S. cerevisiae) Hs. 396393 202779 s at Hs. 720829 218296 x at Hs. 81892 211713 x at UBE2S MSTO1 MSTO2P KIAA0101 / ubiquitin-conjugating enzyme E2S misato homolog 1 (Drosophila) / misato homolog 2 pseudogene KIAA0101 Hs. 248815 241937 s at WDR4 WD repeat domain 4 Hs. 597057 236243 at ZCCHC6 Zinc finger, CCHC domain containing 6 Hs. 489615 217739 s at NAMPT nicotinamide phosphoribosyltransferase Hs. 2057 202706 s at UMPS uridine monophosphate synthetase Hs. 1973 204826 at Hs. 720061 209408 at Hs. 436446 202655 at Hs. 436912 209680 s at Hs. 567319 204835 at Hs. 517582 201755 at Hs. 410596 236134 at CCNF KIF2C MANF KIFC1 POLA1 MCM5 DCAF7 cyclin F kinesin family member 2C mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor kinesin family member C1 polymerase (DNA directed), alpha 1, catalytic subunit minichromosome maintenance complex component 5 DDB1 and CUL4 associated factor 7 Hs. 303787 230150 at BCAP29 B-cell receptor-associated protein 29 Hs. 517617 36711 at MAFF v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog F (avian) Hs. 198612 209990 s at GABBR2 gamma-aminobutyric acid (GABA) B receptor, 2 Hs. 368912 211478 s at DPP4 dipeptidyl-peptidase 4 Hs. 390736 210564 x at CFLAR CASP8 and FADD-like apoptosis regulator Hs. 526902 242450 at RGMB RGM domain family, member B Hs. 740700 220346 at MTHFD2L methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP dependent) 2-like - 171 - 1. 45961 1. 46009 1. 46111 1. 46199 1. 46276 1. 46392 1. 46517 1. 46551 1. 46623 1. 4663 1. 47114 1. 47379 1. 47536 1. 47749 1. 48061 1. 48083 1. 48203 1. 48224 1. 48538 1. 48647 1. 48785 1. 49159 RESULTATS Hs. 494557 229551 x at ZNF367 zinc finger protein 367 Hs. 591087 231041 at POLR1E polymerase (RNA) I polypeptide E, 53kDa Hs. 736548 1565786 x at FLJ45482 uncharacterized LOC645566 Hs. 442609 225103 at MRPL38 mitochondrial ribosomal protein L38 Hs. 567229 207071 s at ACO1 aconitase 1, soluble Hs. 390736 209939 x at CFLAR CASP8 and FADD-like apoptosis regulator Hs. 458922 219066 at PPCDC phosphopantothenoylcysteine decarboxylase Hs. 595793 213462 at Hs. 513126 213008 at NPAS2 FANCI neuronal PAS domain protein 2 Fanconi anemia, complementation group I Hs. 730607 205086 s at NCAPH2 non-SMC condensin II complex, subunit H2 Hs. 514843 232030 at Hs. 99004 241749 at EPG5 MURC ectopic P-granules autophagy protein 5 homolog (C. elegans) muscle-related coiled-coil protein Hs. 482291 237411 at ADAMTS6 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 6 Hs. 353773 1558847 at LINC00565 long intergenic non-protein coding RNA 565 Hs. 591054 211725 s at BID BH3 interacting domain death agonist Hs. 71827 209567 at Hs. 460184 212141 at RRS1 MCM4 RRS1 ribosome biogenesis regulator homolog (S. cerevisiae) minichromosome maintenance complex component 4 1. 49551 1. 49871 1. 49985 1. 5006 1. 50164 1. 50613 1. 50975 1. 51018 1. 51268 1. 51343 1. 51504 1. 51721 1. 51847 1. 52139 1. 52781 1. 52828 1. 5288 1. 52973 1. 53311 1. 53509 1. 53606 1. 53609 1. 53738 1. 53761 1. 54096 1. 54113 1. 5416 1. 54341 1. 55501 1. 55698 1. 5582 1. 55827 1. 56143 1. 56274 1. 57067 1. 57357 1. 57567 1. 57707 1. 58015 1. 58102 1. 58161 1. 58908 1. 58959 1. 59095 Hs. 303116 218681 s at Hs. 741061 228990 at Hs. 655830 223556 at SDF2L1 SNHG12 SNORA16A SNORA44 SNORA61 HELLS / / / stromal cell-derived factor 2-like 1 helicase, lymphoid-specific small nucleolar RNA host gene 12 (non-protein coding) / small nucleolar RNA, H/ACA bo 1. 53017 Hs. 95008 205563 at KISS1 KiSS-1 metastasis-suppressor Hs. 280387 208433 s at LRP8 low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor Hs. 725208 205733 at BLM Bloom syndrome, RecQ helicase-like Hs. 501928 236475 at MICAL2 Microtubule associated monoxygenase, calponin and LIM domain containing 2 Hs. 568818 225167 at FRMD4A FERM domain containing 4A Hs. 444947 202241 at TRIB1 tribbles homolog 1 (Drosophila) Hs. 729825 217553 at STEAP1B STEAP family member 1B Hs. 654542 205870 at BDKRB2 bradykinin receptor B2 Hs. 643599 201981 at PAPPA pregnancy-associated plasma protein A, pappalysin 1 Hs. 483793 226955 at AFAP1L1 Hs. 505575 228303 at GALNT6 Hs. 489615 217738 at NAMPT actin filament associated protein 1-like 1 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine : polypeptide acetylgalactosaminyltransferase 6 (Gal nicotinamide phosphoribosyltransferase N- Hs. 195080 201749 at ECE1 endothelin converting enzyme 1 Hs. 434886 224753 at Hs. 481720 244350 at CDCA5 MYO10 cell division cycle associated 5 myosin X Hs. 740401 210334 x at BIRC5 baculoviral IAP repeat containing 5 Hs. 434247 219474 at Hs. 523252 225582 at Hs. 127473 244552 at C3orf52 ITPRIP ZNF788 chromosome 3 open reading frame 52 inositol 1, 4, 5-trisphosphate receptor interacting protein zinc finger family member 788 Hs. 465643 227420 at TNFAIP8L1 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 8-like 1 Hs. 319334 201969 at NASP nuclear autoantigenic sperm protein (histone-binding) Hs. 521693 205034 at Hs. 591642 205345 at Hs. 546467 235276 at Hs. 355141 243423 at Hs. 567488 219920 s at Hs. 201897 204441 s at CCNE2 BARD1 EPSTI1 TNIP1 AMIGO3 GMPPB POLA2 cyclin E2 BRCA1 associated RING domain 1 epithelial stromal interaction 1 (breast) TNFAIP3 interacting protein 1 - 172 - / adhesion molecule with Ig-like domain 3 / GDP-mannose pyrophosphorylase B 1. 59316 polymerase (DNA directed), alpha 2, accessory subunit 1. 59615 Hs. 31442 213520 at RECQL4 RecQ protein-like 4 Hs. 466871 210845 s at PLAUR plasminogen activator, urokinase receptor Hs. 128903 235609 at BRIP1 BRCA1 interacting protein C-terminal helicase 1 Hs. 444403 201957 at PPP1R12B protein phosphatase 1, regulatory subunit 12B Hs. 193268 231984 at MTAP methylthioadenosine phosphorylase Hs. 464438 225059 at AGTRAP angiotensin II receptor-associated protein Hs. 268874 241981 at FAM20A family with sequence similarity 20, member A Hs. 684549 1566968 at SPRY4-IT1 Hs. 414795 202628 s at SERPINE1 Hs. 22678 218590 at C10orf2 SPRY4 intronic transcript 1 (non-protein coding) serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), me chromosome 10 open reading frame 2 Hs. 516217 232180 at Hs. 404088 226308 at UGP2 HAUS8 UDP-glucose pyrophosphorylase 2 HAUS augmin-like complex, subunit 8 Hs. 212360 243938 x at DNAH5 dynein, axonemal, heavy chain 5 Hs. 501890 207992 s at AMPD3 adenosine monophosphate deaminase 3 Hs. 730686 211139 s at NAB1 NGFI-A binding protein 1 (EGR1 binding protein 1) Hs. 522568 218951 s at PLCXD1 phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain containing 1 Hs. 655672 206298 at ARHGAP22 Rho GTPase activating protein 22 Hs. 438720 208795 s at MCM7 minichromosome maintenance complex component 7 Hs. 80976 212023 s at MKI67 antigen identified by monoclonal antibody Ki-67 Hs. 198363 222962 s at MCM10 minichromosome maintenance complex component 10 Hs. 476218 204136 at COL7A1 collagen, type VII, alpha 1 transmembrane 4 L six family member 1 paraneoplastic Ma antigen family member 6A / paraneoplastic Ma antigen family member 1. 65334 RESULTATS 1. 59833 1. 59994 1. 60048 1. 60333 1. 60614 1. 60744 1. 61328 1. 61955 1. 61957 1. 62153 1. 62774 1. 6305 1. 63187 1. 63189 1. 6323 1. 63352 1. 63711 1. 63805 1. 6393 1. 64666 1. 65029 1. 65034 Hs. 740377 209387 s at Hs. 721963 235758 at Hs. 466039 202910 s at Hs. 471200 214632 at Hs. 226390 201890 at TM4SF1 PNMA6A PNMA6B PNMA6C PNMA6D CD97 NRP2 RRM2 / / / CD97 molecule neuropilin 2 ribonucleotide reductase M2 Hs. 34333 243805 at CCBE1 collagen and calcium binding EGF domains 1 Hs. 607822 212021 s at MKI67 antigen identified by monoclonal antibody Ki-67 Hs. 50640 210001 s at SOCS1 suppressor of cytokine signaling 1 Hs. 405958 203967 at Hs. 409065 204767 s at CDC6 FEN1 cell division cycle 6 homolog (S. cerevisiae) flap structure-specific endonuclease 1 Hs. 201398 220975 s at C1QTNF1 C1q and tumor necrosis factor related protein 1 Hs. 268874 242945 at FAM20A family with sequence similarity 20, member A Hs. 442658 209464 at AURKB aurora kinase B Hs. 129944 208394 x at ESM1 endothelial cell-specific molecule 1 Hs. 61635 205542 at STEAP1 six transmembrane epithelial antigen of the prostate 1 Hs. 438231 209277 at TFPI2 tissue factor pathway inhibitor 2 Hs. 470654 224428 s at CDCA7 cell division cycle associated 7 Hs. 740377 215034 s at TM4SF1 transmembrane 4 L six family member 1 Hs. 80642 206118 at STAT4 signal transducer and activator of transcription 4 Hs. 181855 1552682 a at CASC5 cancer susceptibility candidate 5 Hs. 55999 209706 at NKX3-1 NK3 homeobox 1 Hs. 474217 204126 s at CDC45 cell division cycle 45 homolog (S. cerevisiae) Hs. 405958 203968 s at CDC6 cell division cycle 6 homolog (S. cerevisiae) Hs. 75514 201695 s at PNP purine nucleoside phosphorylase Hs. 195155 234973 at SLC38A5 solute carrier family 38, member 5 Hs. 568818 225163 at FRMD4A FERM domain containing 4A - 173 - 1. 65907 1. 66027 1. 66426 1. 66435 1. 6657 1. 67331 1. 68253 1. 68277 1. 68414 1. 69493 1. 71085 1. 71591 1. 71788 1. 71929 1. 72155 1. 72548 1. 72734 1. 73896 1. 74147 1. 75848 1. 76045 1. 76326 1. 76363 1. 76518 RESULTATS Hs. 355141 207196 s at Hs. 65758 201189 s at TNIP1 ITPR3 TNFAIP3 interacting protein 1 inositol 1, 4, 5-trisphosphate receptor, type 3 Hs. 409065 204768 s at FEN1 flap structure-specific endonuclease 1 Hs. 731569 226118 at CENPO centromere protein O Hs. 523526 219990 at Hs. 248114 230090 at E2F8 GDNF E2F transcription factor 8 glial cell derived neurotrophic factor Hs. 654557 215966 x at GK3P glycerol kinase 3 pseudogene Hs. 740377 209386 at TM4SF1 transmembrane 4 L six family member 1 Hs. 272011 201883 s at B4GALT1 UDP-Gal : betaGlcNAc beta 1, 4- galactosyltransferase, polypeptide 1 Hs. 495710 209170 s at GPM6B glycoprotein M6B Hs. 477481 202107 s at MCM2 minichromosome maintenance complex component 2 Hs. 302903 233360 at UBE2I ubiquitin-conjugating enzyme E2I Hs. 19322 225777 at SAPCD2 suppressor APC domain containing 2 Hs. 446091 210285 x at WTAP Wilms tumor 1 associated protein Hs. 210995 204508 s at CA12 carbonic anhydrase XII Hs. 80976 212020 s at MKI67 antigen identified by monoclonal antibody Ki-67 Hs. 656573 1560031 at FRMD4A FERM domain containing 4A Hs. 482291 1570351 at ADAMTS6 ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 6 Hs. 647370 217546 at MT1M metallothionein 1M Hs. 575032 229304 s at MLF1IP MLF1 interacting protein Hs. 499952 227804 at Hs. 708195 227125 at TLCD1 IFNAR2 TLC domain containing 1 interferon (alpha, beta and omega) receptor 2 Hs. 708195 204786 s at IFNAR2 interferon (alpha, beta and omega) receptor 2 Hs. 583348 227140 at INHBA inhibin, beta A Hs. 432132 213524 s at G0S2 G0/G1switch 2 Hs. 642042 204558 at RAD54L RAD54-like (S. cerevisiae) Hs. 440829 213006 at Hs. 476306 226355 at Hs. 521989 227458 at Hs. 369265 213817 at CEBPD POC1A CD274 IRAK3 CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), delta POC1 centriolar protein homolog A (Chlamydomonas) CD274 molecule interleukin-1 receptor-associated kinase 3 Hs. 521212 201272 at AKR1B1 aldo-keto reductase family 1, member B1 (aldose reductase) Hs. 591742 226218 at IL7R interleukin 7 receptor Hs. 731427 213112 s at SQSTM1 sequestosome 1 1. 76818 1. 7691 1. 7727 1. 77328 1. 78243 1. 78468 1. 79927 1. 80327 1. 81654 1. 82187 1. 8372 1. 83785 1. 84473 1. 84965 1. 8534 1. 86065 1. 86617 1. 8766 1. 88875 1. 89673 1. 91325 1. 91877 1. 92091 1. 92415 1. 93032 1. 94394 1. 95973 1. 9662 2. 00191 2. 00363 2. 00491 2. 04689 2. 05908 nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, epsilon 2. 06227 Hs. 505545 203123 s at SLC11A2 solute carrier family 11 (proton-coupled divalent metal ion transporters), member 2 2. 35232 Hs. 374191 218717 s at LEPREL1 leprecan-like 1 Hs. 256278 203508 at TNFRSF1B tumor necrosis factor receptor superfamily, member 1B Hs. 372578 227654 at FAM65C family with sequence similarity 65, member C 2. 38342 2. 41406 2. 42588 - 174 - Hs. 458276 203927 at Hs. 259599 233002 at NFKBIE PPP4R4 protein phosphatase 4, regulatory subunit 4 Hs. 730686 209272 at NAB1 NGFI-A binding protein 1 (EGR1 binding protein 1) Hs. 656436 213712 at ELOVL2 ELOVL fatty acid elongase 2 Hs. 159226 230372 at Hs. 143250 216005 at HAS2 TNC hyaluronan synthase 2 Tenascin C Hs. 583348 210511 s at INHBA inhibin, beta A Hs. 445447 220658 s at ARNTL2 aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator-like 2 Hs. 740403 213338 at TMEM158 transmembrane protein 158 (gene/pseudogene) Hs. 511251 217995 at SQRDL sulfide quinone reductase-like (yeast) Hs. 159226 206432 at HAS2 hyaluronan synthase 2 2. 06663 2. 09081 2. 10373 2. 11046 2. 16162 2. 24872 2. 24876 2. 2642 2. 26974 2. 29456 RESULTATS Hs. 376289 231899 at ZC3H12C zinc finger CCCH-type containing 12C Hs. 404741 204702 s at NFE2L3 nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 3 Hs. 143674 205801 s at RASGRP3 RAS guanyl releasing protein 3 (calcium and DAG-regulated) Hs. 244378 220091 at SLC2A6 solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 6 Hs. 76095 201631 s at IER3 immediate early response 3 Hs. 437322 206026 s at TNFAIP6 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 6 Hs. 186649 213142 x at PION pigeon homolog (Drosophila) Hs. 491232 212110 at SLC39A14 Hs. 196384 1554997 a at PTGS2 Hs. 525607 202510 s at TNFAIP2 solute carrier family 39 (zinc transporter), member 14 prostaglandin-endoperoxide synthase 2 cyclooxygenase) tumor necrosis factor, alpha-induced protein 2 (prostaglandin G/H synthase and Hs. 584921 1567080 s at CLN6 ceroid-lipofuscinosis, neuronal 6, late infantile, variant Hs. 442619 209928 s at MSC musculin Hs. 25590 204597 x at STC1 stanniocalcin 1 2. 42593 2. 43735 2. 4456 2. 4753 2. 48042 2. 49373 2. 63161 2. 66456 2. 70371 2. 74942 2. 76809 2. 77444 2. 82574 Hs. 319171 223218 s at NFKBIZ nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, zeta 2. 85356 Hs. 437322 206025 s at TNFAIP6 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 6 Hs. 25590 204595 s at STC1 stanniocalcin 1 Hs. 3781 209840 s at LRRN3 leucine rich repeat neuronal 3 Hs. 477015 220518 at ABI3BP ABI family, member 3 (NESH) binding protein Hs. 381072 201490 s at PPIF peptidylprolyl isomerase F 2. 90676 3. 06913 3. 07459 3. 15721 3. 24199 Hs. 81328 201502 s at NFKBIA nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, alpha 3. 28789 Hs. 530443 227099 s at C11orf96 chromosome 11 open reading frame 96 Hs. 186649 222150 s at Hs. 122908 209832 s at PION CDT1 pigeon homolog (Drosophila) chromatin licensing and DNA replication factor 1 Hs. 86724 204224 s at GCH1 GTP cyclohydrolase 1 Hs. 654402 205205 at Hs. 181301 202902 s at Hs. 468675 221898 at RELB CTSS PDPN v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog B cathepsin S podoplanin Hs. 127799 210538 s at BIRC3 baculoviral IAP repeat containing 3 Hs. 211600 202644 s at TNFAIP3 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3 Hs. 439060 222549 at Hs. 487046 216841 s at Hs. 487046 221477 s at Hs. 375129 205828 at CLDN1 LOC100129518 / SOD2 LOC100129518 / SOD2 MMP3 claudin 1 uncharacterized LOC100129518 / superoxide dismutase 2, mitochondrial uncharacterized LOC100129518 / superoxide dismutase 2, mitochondrial matrix metallopeptidase 3 (stromelysin 1, progelatinase) Hs. 303649 216598 s at CCL2 chemokine (C-C motif) ligand 2 Hs. 211600 202643 s at TNFAIP3 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3 Hs. 69771 202357 s at Hs. 487046 215223 s at Hs. 288034 209267 s at CFB LOC100129518 / SOD2 SLC39A8 complement factor B uncharacterized LOC100129518 / superoxide dismutase 2, mitochondrial solute carrier family 39 (zinc transporter), member 8 Hs. 529053 217767 at C3 complement component 3 Hs. 643447 202637 s at ICAM1 intercellular adhesion molecule 1 Hs. 654458 205207 at IL6 interleukin 6 (interferon, beta 2) Hs. 89714 214974 x at CXCL5 chemokine (C-X-C motif) ligand 5 Hs. 164021 206336 at CXCL6 chemokine (C-X-C motif) ligand 6 (granulocyte chemotactic protein 2) Hs. 643447 202638 s at ICAM1 intercellular adhesion molecule 1 3. 47496 3. 59461 3. 65197 3. 93666 4. 11439 4. 49863 4. 92404 5. 20979 5. 55381 5. 5729 5. 809 6. 85487 7. 15274 7. 18404 9. 17506 9. 37489 9. 75648 13. 0218 13. 2918 14. 9248 17. 3638 22. 1835 22. 9749 30. 7033 204470 at CXCL1 chemokine (C-X-C motif) ligand 1 (melanoma growth stimulating activity, alpha) 33. 0198 41. 0083 50. 0736 52. 0387 Hs. 789 Hs. 624 202859 x at IL8 interleukin 8 Hs. 89690 207850 at CXCL3 chemokine (C-X-C motif) ligand 3 Hs. 75765 209774 x at CXCL2 chemokine (C-X-C motif) ligand 2 - 175 - RESULTATS Hs. 112242 223484 at C15orf48 chromosome 15 open reading frame 48 Hs. 624 211506 s at IL8 interleukin 8 60. 4786 114. 641 - 176 - RESULTATS Supplemental Table 3. Genes differentially expressed in primed stromal cells compared with unprimed stromal cells. Green line indicates genes overexpressed in unprimed stromal cells and red line indicates genes overexpressed in primed stromal cells. Fold Change corresponds to the ratio of median expression in PMN- primed / unprimed stroma. UniGene ID Probeset ID Gene Symbol Gene Title FoldChange Hs, 280781 220301 at CCDC102B coiled-coil domain containing 102B Hs, 406013 201596 x at KRT18 keratin 18 Hs, 471610 219636 s at ARMC9 armadillo repeat containing 9 Hs, 102735 238861 at SSBP2 single-stranded DNA binding protein 2 Hs, 486508 244353 s at SLC2A12 solute carrier family 2 (facilitated gl Hs, 655519 227662 at SYNPO2 synaptopodin 2 Hs, 234478 228503 at RPS6KA6 ribosomal protein S6 kinase, 90kDa, pol Hs, 156727 223092 at ANKH ankylosis, progressive homolog (mouse) Hs, 714330 206481 s at LDB2 LIM domain binding 2 Hs, 531005 241359 at TLCD2 TLC domain containing 2 Hs, 632079 1568598 at KAZALD1 Kazal-type serine peptidase inhibitor d Hs, 40510 1552774 a at SLC25A27 solute carrier family 25, member 27 Hs, 293798 226113 at ZNF436 zinc finger protein 436 Hs, 592184 203106 s at Hs, 728944 207417 s at VPS41 ZNF177 ZNF559-ZNF177 zinc finger protein 177 / ZNF559-ZNF1 vacuolar protein sorting 41 homolog (S, / Hs, 102735 210829 s at SSBP2 single-stranded DNA binding protein 2 Hs, 108049 223279 s at UACA uveal autoantigen with coiled-coil doma Hs, 716678 244050 at PTPLAD2 protein tyrosine phosphatase-like A dom Hs, 435458 227478 at SETBP1 SET binding protein 1 Hs, 582993 231175 at BEND6 BEN domain containing 6 Hs, 567679 1552370 at C4orf33 chromosome 4 open reading frame 33 Hs, 503297 32502 at GDPD5 glycerophosphodiester phosphodiesterase Hs, 360174 213139 at Hs, 192586 227522 at SNAI2 CMBL snail homolog 2 (Drosophila) carboxymethylenebutenolidase homolog (P Hs, 709356 210306 at L3MBTL1 l(3)mbt-like 1 (Drosophila) Hs, 460857 227889 at LPCAT2 lysophosphatidylcholine acyltransferase Hs, 494997 Hs, 638960 Hs, 732670 / 205500 at C5 complement component 5 1562876 s at LOC541471 Uncharacterized LOC541471 Hs, 369201 238127 at GAS6-AS1 GAS6 antisense RNA 1 (non-protein codin Hs, 301526 242056 at Hs, 666807 240429 at Hs, 102735 203787 at TRIM45 ZNF546 SSBP2 tripartite motif containing 45 zinc finger protein 546 single-stranded DNA binding protein 2 Hs, 592549 213685 at LOC100506963 uncharacterized LOC100506963 Hs, 183983 230076 at PITPNM3 PITPNM family member 3 Hs, 125056 219696 at DENND1B DENN/MADD domain containing 1B Hs, 125056 228032 s at DENND1B DENN/MADD domain containing 1B Hs, 84928 218128 at NFYB nuclear transcription factor Y, beta Hs, 446946 230121 at C1orf133 chromosome 1 open reading frame 133 227001 at NIPAL2 Hs, 309489 NIPA-like domain containing 2 - 177 - -3, 57953 -2, 96748 -2, 12238 -1, 83589 -1, 82481 -1, 80744 -1, 80272 -1, 79367 -1, 77008 -1, 66124 -1, 6485 -1, 64698 -1, 64313 -1, 63009 -1, 62344 -1, 61799 -1, 61589 -1, 61411 -1, 60415 -1, 598 -1, 58144 -1, 54544 -1, 54497 -1, 53599 -1, 53364 -1, 52782 -1, 52696 -1, 52229 -1, 5141 -1, 51382 -1, 50975 -1, 50709 -1, 50671 -1, 48763 -1, 48712 -1, 48609 -1, 4851 -1, 47353 -1, 46684 RESULTATS Hs, 435458 205933 at SETBP1 SET binding protein 1 Hs, 154163 221564 at Hs, 132225 212239 at Hs, 335034 204646 at Hs, 529551 223444 at Hs, 105134 229498 at PRMT2 PIK3R1 DPYD SENP7 MBNL3 protein arginine methyltransferase 2 phosphoinositide-3-kinase, regulatory s dihydropyrimidine dehydrogenase SUMO1/sentrin specific peptidase 7 muscleblind-like splicing regulator 3 Hs, 436142 204201 s at PTPN13 protein tyrosine phosphatase, non-recep - 229190 at LOC100507376 uncharacterized LOC100507376 Hs, 330073 203288 at KIAA0355 KIAA0355 Hs, 518927 1569713 at SEC24B-AS1 SEC24B antisense RNA 1 (non-protein cod Hs, 12326 236076 at LOC257396 uncharacterized LOC257396 Hs, 533055 203845 at KAT2B K(lysine) acetyltransferase 2B Hs, 484195 235556 at CREBRF CREB3 regulatory factor Hs, 600086 212936 at FAM172A family with sequence similarity 172, me Hs, 293970 221589 s at ALDH6A1 aldehyde dehydrogenase 6 family, member Hs, 11637 226995 at LOC642852 uncharacterized LOC642852 Hs, 497492 225742 at Hs, 209151 225469 at MDM4 LYRM5 Mdm4 p53 binding protein homolog (mouse LYR motif containing 5 Hs, 484195 225956 at CREBRF CREB3 regulatory factor Hs, 498892 225545 at EEF2K eukaryotic elongation factor-2 kinase Hs, 731467 228791 at LOC100129502 uncharacterized LOC100129502 Hs, 731699 212665 at TIPARP TCDD-inducible poly(ADP-ribose) polymer Hs, 577252 226169 at SBF2 SET binding factor 2 Hs, 482868 203049 s at TTC37 tetratricopeptide repeat domain 37 Hs, 593422 1555037 a at IDH1 isocitrate dehydrogenase 1 (NADP ), sol Hs, 554791 203421 at TP53I11 tumor protein p53 inducible protein 11 Hs, 201858 201152 s at MBNL1 muscleblind-like splicing regulator 1 Hs, 397729 221750 at HMGCS1 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase Hs, 425769 226019 at OMA1 OMA1 zinc metallopeptidase homolog (S, Hs, 212332 203324 s at CAV2 caveolin 2 Hs, 409210 207232 s at DZIP3 DAZ interacting protein 3, zinc finger Hs, 477375 1569956 at MYLK myosin light chain kinase Hs, 497253 219757 s at C14orf101 chromosome 14 open reading frame 101 Hs, 483239 208950 s at ALDH7A1 aldehyde dehydrogenase 7 family, member Hs, 84928 218127 at Hs, 586279 227866 at NFYB LOC100505519 / TIAM2 nuclear transcription factor Y, beta uncharacterized LOC100505519 / T-cell Hs, 122927 226425 at CLIP4 CAP-GLY domain containing linker protei Hs, 485865 206006 s at KIAA1009 KIAA1009 Hs, 408577 213463 s at FAM149B1 family with sequence similarity 149, me Hs, 422986 201302 at ANXA4 annexin A4 Hs, 29173 51192 at Hs, 149252 204920 at Hs, 516159 65472 at Hs, 403594 238458 at SSH3 CPS1 C2orf68 EFHA2 slingshot homolog 3 (Drosophila) carbamoyl-phosphate synthase 1, mitocho chromosome 2 open reading frame 68 EF-hand domain family, member A2 Hs, 496139 219026 s at RASAL2 RAS protein activator like 2 Hs, 509414 214709 s at KTN1 kinectin 1 (kinesin receptor) Hs, 142245 220387 s at HHLA3 HERV-H LTR-associating 3 Hs, 718875 203724 s at RUFY3 RUN and FYVE domain containing 3 - 178 - -1, 46545 -1, 45545 -1, 45164 -1, 45099 -1, 44364 -1, 44093 -1, 42724 -1, 42691 -1, 42667 -1, 4256 -1, 42412 -1, 42032 -1, 41799 -1, 39589 -1, 39358 -1, 39208 -1, 38646 -1, 38503 -1, 37818 -1, 37385 -1, 37314 -1, 36782 -1, 36648 -1, 36558 -1, 36366 -1, 36094 -1, 36094 -1, 3587 -1, 35833 -1, 35632 -1, 35359 -1, 35312 -1, 35204 -1, 35189 -1, 35003 -1, 34958 -1, 34931 -1, 34251 -1, 34223 -1, 3391 -1, 33794 -1, 33712 -1, 33711 -1, 33623 -1, 3346 -1, 33399 -1, 3337 -1, 33242 Hs, 555902 206414 s at ASAP2 ArfGAP with SH3 domain, ankyrin repeat - 228718 at Hs, 506558 219484 at ZNF44 HCFC2 zinc finger protein 44 host cell factor C2 Hs, 59504 228174 at SCAI suppressor of cancer cell invasion Hs, 21938 218047 at OSBPL9 oxysterol binding protein-like 9 Hs, 408461 204909 at DDX6 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box helicase 6 Hs, 483239 208951 at ALDH7A1 aldehyde dehydrogenase 7 family, member Hs, 11637 243656 at LOC642852 uncharacterized LOC642852 Hs, 88297 226525 at STK17B serine/threonine kinase 17b Hs, 650158 225295 at SLC39A10 solute carrier family 39 (zinc transpor Hs, 524809 210716 s at CLIP1 CAP-GLY domain containing linker protei Hs, 475872 214436 at FBXL2 F-box and leucine-rich repeat protein 2 Hs, 512180 227823 at Hs, 711490 212593 s at RGAG4 MIR4680 PDCD4 / retrotransposon gag domain containing 4 microRNA 4680 / programmed cell death Hs, 306691 244128 x at GLIS1 GLIS family zinc finger 1 Hs, 593422 201193 at IDH1 isocitrate dehydrogenase 1 (NADP ), sol Hs, 335139 217894 at KCTD3 potassium channel tetramerisation domai Hs, 293970 221588 x at Hs, 546711 1559950 at ALDH6A1 FAM66C FAM66D / aldehyde dehydrogenase 6 family, member family with sequence similarity 66, mem Hs, 149387 203216 s at MYO6 myosin VI Hs, 699548 241393 at IPP intracisternal A particle-promoted poly Hs, 486434 227572 at Hs, 502756 220016 at USP30 AHNAK ubiquitin specific peptidase 30 AHNAK nucleoprotein Hs, 719172 205571 at LIPT1 lipoyltransferase 1 Hs, 497575 227649 s at SRGAP2 SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein Hs, 422986 201301 s at ANXA4 annexin A4 Hs, 485784 202319 at SENP6 SUMO1/sentrin specific peptidase 6 Hs, 521800 223214 s at ZHX1 zinc fingers and homeoboxes 1 Hs, 525518 234929 s at SPATA7 spermatogenesis associated 7 Hs, 731687 221895 at MOSPD2 motile sperm domain containing 2 Hs, 47382 225373 at C10orf54 chromosome 10 open reading frame 54 Hs, 661604 1563498 s at SLC25A45 solute carrier family 25, member 45 Hs, 409210 213186 at DZIP3 DAZ interacting protein 3, zinc finger Hs, 5009 225341 at MTERFD3 MTERF domain containing 3 Hs, 732093 219029 at Hs, 165762 228220 at Hs, 15243 36030 at C5orf28 FCHO2 IFFO1 Hs, 94896 218477 at Hs, 711490 212594 at TMEM14A MIR4680 PDCD4 / chromosome 5 open reading frame 28 FCH domain only 2 intermediate filament family orphan 1 transmembrane protein 14A microRNA 4680 / programmed cell death Hs, 425769 226020 s at DAB1 / OMA1 disabled homolog 1 (Drosophila) / OMA Hs, 127675 229958 at Hs, 568986 228882 at CLN8 TUB ceroid-lipofuscinosis, neuronal 8 (epil tubby homolog (mouse) Hs, 445129 218614 at C12orf35 chromosome 12 open reading frame 35 Hs, 79101 208796 s at CCNG1 cyclin G1 Hs, 591692 228536 at PRMT10 protein arginine methyltransferase 10 ( Hs, 709591 205087 at RWDD3 RWD domain containing 3 Hs, 292986 226126 at TBCK TBC1 domain containing kinase Hs, 15243 209721 s at IFFO1 intermediate filament family orphan 1 - 179 - RESULTATS -1, 33153 -1, 32898 -1, 32851 -1, 32851 -1, 32648 -1, 3259 -1, 32447 -1, 32397 -1, 32277 -1, 32137 -1, 32029 -1, 32009 -1, 3176 -1, 31721 -1, 31651 -1, 31555 -1, 31494 -1, 31348 -1, 3133 -1, 31294 -1, 31201 -1, 3107 -1, 30886 -1, 30819 -1, 30819 -1, 30799 -1, 30647 -1, 30451 -1, 30398 -1, 30315 -1, 30236 -1, 30187 -1, 30118 -1, 2994 -1, 29777 -1, 29624 -1, 29593 -1, 29409 -1, 29405 -1, 28754 -1, 28612 -1, 28418 -1, 28333 -1, 28263 -1, 2821 -1, 28183 -1, 28068 -1, 28003 RESULTATS Hs, 731687 64883 at Hs, 477475 59631 at MOSPD2 TXNRD3 TXNRD3NB / motile sperm domain containing 2 thioredoxin reductase 3 / thioredoxin Hs, 509447 229394 s at ARHGAP35 Rho GTPase activating protein 35 Hs, 567367 225885 at Hs, 268939 228012 at Hs, 546711 1559952 x at EEA1 MATR3 SNHG4 FAM66C FAM66D / / early endosome antigen 1 matrin 3 / small nucleolar RNA host g family with sequence similarity 66, mem Hs, 648770 232794 at LOC153682 Uncharacterized LOC153682 Hs, 78060 202739 s at PHKB phosphorylase kinase, beta Hs, 157078 221826 at ANGEL2 angel homolog 2 (Drosophila) Hs, 740530 218537 at HCFC1R1 host cell factor C1 regulator 1 (XPO1 d Hs, 605388 212851 at DCUN1D4 DCN1, defective in cullin neddylation 1 Hs, 306221 241720 at ZNF326 zinc finger protein 326 Hs, 408142 212779 at KIAA1109 KIAA1109 Hs, 605775 226493 at KCTD18 potassium channel tetramerisation domai Hs, 15106 202562 s at C14orf1 chromosome 14 open reading frame 1 Hs, 454528 222388 s at VPS35 vacuolar protein sorting 35 homolog (S, Hs, 7921 213248 at LOC730101 uncharacterized LOC730101 Hs, 298990 217707 x at SMARCA2 SWI/SNF related, matrix associated, act - 241910 x at LOC100507904 uncharacterized LOC100507904 Hs, 379548 230029 x at Hs, 467740 212276 at Hs, 149367 212633 at UBR3 LPIN1 UFL1 ubiquitin protein ligase E3 component n lipin 1 UFM1-specific ligase 1 Hs, 131887 230893 at DNAJC21 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, memb Hs, 675132 1553193 at ZNF441 zinc finger protein 441 Hs, 414809 204568 at ATG14 autophagy related 14 Hs, 372082 240044 x at TNRC6B Trinucleotide repeat containing 6B Hs, 425144 205076 s at MTMR11 myotubularin related protein 11 Hs, 503043 203633 at CPT1A carnitine palmitoyltransferase 1A (live Hs, 507584 224874 at Hs, 405692 218628 at POLR1D CCDC53 polymerase (RNA) I polypeptide D, 16kDa coiled-coil domain containing 53 Hs, 159188 235360 at PLEKHM3 pleckstrin homology domain containing, Hs, 593995 212761 at TCF7L2 transcription factor 7-like 2 (T-cell s Hs, 677935 229891 x at KIAA1704 KIAA1704 Hs, 655189 212637 s at WWP1 WW domain containing E3 ubiquitin prote Hs, 496658 1557411 s at SLC25A43 solute carrier family 25, member 43 Hs, 444446 238148 s at ZNF818P zinc finger protein 818, pseudogene Hs, 525061 208089 s at Hs, 731996 228027 at Hs, 477475 221906 at TDRD3 ARMCX5- GPRASP2 GPRASP2 TXNRD3 TXNRD3NB / / tudor domain containing 3 ARMCX5-GPRASP2 readthrough / G protei thioredoxin reductase 3 / thioredoxin Hs, 448979 226894 at SLC35A3 solute carrier family 35 (UDP-N-acetylg Hs, 434340 227471 at HACE1 HECT domain and ankyrin repeat containi Hs, 201858 201153 s at MBNL1 muscleblind-like splicing regulator 1 Hs, 125038 228011 at FAM92A1 family with sequence similarity 92, mem Hs, 478199 213518 at Hs, 709416 220233 at PRKCI FBXO17 SARS2 / protein kinase C, iota F-box protein 17 / seryl-tRNA synthet Hs, 555989 231850 x at CEP44 centrosomal protein 44kDa Hs, 396358 218930 s at TMEM106B transmembrane protein 106B - 180 - -1, 27939 -1, 27662 -1, 27506 -1, 26699 -1, 26603 -1, 26501 -1, 26424 -1, 26305 -1, 26218 -1, 26184 -1, 25933 -1, 25788 -1, 25764 -1, 25598 -1, 25412 -1, 25327 -1, 25324 -1, 25242 -1, 25051 -1, 25047 -1, 25036 -1, 24974 -1, 24811 -1, 24761 -1, 24749 -1, 24735 -1, 2471 -1, 24606 -1, 2449 -1, 24308 -1, 24285 -1, 24263 -1, 2401 -1, 2392 -1, 23776 -1, 23577 -1, 2344 -1, 23351 -1, 23237 -1, 23054 -1, 22906 -1, 22822 -1, 22564 -1, 2252 -1, 22514 -1, 22327 -1, 22322 Hs, 372309 234947 s at FAM204A family with sequence similarity 204, me Hs, 333738 223227 at Hs, 632272 235057 at Hs, 524899 208740 at Hs, 130746 32088 at BBS2 ITCH SAP18 BLZF1 Bardet-Biedl syndrome 2 itchy E3 ubiquitin protein ligase Sin3A-associated protein, 18kDa basic leucine zipper nuclear factor 1 Hs, 577053 203620 s at FCHSD2 FCH and double SH3 domains 2 Hs, 115284 227207 x at ZNF213 zinc finger protein 213 Hs, 74615 203131 at PDGFRA platelet-derived growth factor receptor Hs, 655344 242313 at LOC728730 Uncharacterized LOC728730 Hs, 407918 219441 s at LRRK1 leucine-rich repeat kinase 1 Hs, 437338 217286 s at NDRG3 NDRG family member 3 Hs, 493808 207839 s at TMEM8B transmembrane protein 8B Hs, 485527 202960 s at MUT methylmalonyl CoA mutase Hs, 656902 202956 at ARFGEF1 ADP-ribosylation factor guanine nucleot Hs, 592095 206600 s at SLC16A5 solute carrier family 16, member 5 (mon Hs, 521800 223213 s at ZHX1 zinc fingers and homeoboxes 1 Hs, 156928 1556301 at LOC100287015 Uncharacterized LOC100287015 Hs, 602792 219109 at SPAG16 sperm associated antigen 16 Hs, 485910 225264 at Hs, 47649 218440 at RARS2 MCCC1 arginyl-tRNA synthetase 2, mitochondria methylcrotonoyl-CoA carboxylase 1 (alph Hs, 567828 226721 at DPY19L4 dpy-19-like 4 (C, elegans) Hs, 585006 1552698 at TUBA3FP tubulin, alpha 3f, pseudogene Hs, 166551 218588 s at FAM114A2 family with sequence similarity 114, me Hs, 35758 212462 at KAT6B K(lysine) acetyltransferase 6B Hs, 740366 217971 at LAMTOR3 late endosomal/lysosomal adaptor, MAPK Hs, 167700 225223 at Hs, 410889 224952 at SMAD5 TANC2 SMAD family member 5 tetratricopeptide repeat, ankyrin repea Hs, 34906 225049 at BLOC1S2 biogenesis of lysosomal organelles comp Hs, 410228 210028 s at Hs, 541894 238464 at ORC3 / ANKRD36 ANKRD36C / LOC100134365 origin recognition complex, subunit 3 ankyrin repeat domain 36 / ankyrin re Hs, 256747 206816 s at SPAG8 sperm associated antigen 8 Hs, 159118 201196 s at Hs, 730672 218680 x at AMD1 C15orf63 MIR1282 SERF2 SERF2- C15ORF63 / / / adenosylmethionine decarboxylase 1 chromosome 15 open reading frame 63 / Hs, 520619 218984 at PUS7 pseudouridylate synthase 7 homolog (S, Hs, 656547 222584 at Hs, 445977 238880 at MSTO1 GTF3A misato homolog 1 (Drosophila) general transcription factor IIIA Hs, 174050 209059 s at EDF1 endothelial differentiation-related fac Hs, 143250 201645 at TNC tenascin C Hs, 731396 201997 s at SPEN spen homolog, transcriptional regulator Hs, 370262 220097 s at TMEM104 transmembrane protein 104 Hs, 643566 201460 at MAPKAPK2 mitogen-activated protein kinase-activa Hs, 512465 222979 s at SURF4 surfeit 4 Hs, 182626 202027 at TMEM184B transmembrane protein 184B Hs, 458917 218143 s at SCAMP2 secretory carrier membrane protein 2 Hs, 13543 226566 at TRIM11 tripartite motif containing 11 Hs, 9196 47530 at C9orf156 chromosome 9 open reading frame 156 - 181 - RESULTATS -1, 22282 -1, 22172 -1, 22165 -1, 22144 -1, 22029 -1, 21932 -1, 21871 -1, 21848 -1, 21742 -1, 21635 -1, 21498 -1, 21498 -1, 21471 -1, 21334 -1, 21176 -1, 21022 -1, 20909 -1, 2088 -1, 2067 -1, 20632 -1, 20559 -1, 20502 -1, 20471 -1, 20339 -1, 20318 -1, 20191 -1, 2018 -1, 20179 -1, 20131 -1, 20073 -1, 20057 1, 20012 1, 20062 1, 20114 1, 20184 1, 2028 1, 20439 1, 20497 1, 20506 1, 20527 1, 20691 1, 20738 1, 20754 1, 20795 1, 20842 1, 20918 RESULTATS Hs, 42957 204027 s at METTL1 methyltransferase like 1 Hs, 655969 203643 at Hs, 380857 224578 at ERF RCC2 Ets2 repressor factor regulator of chromosome condensation 2 Hs, 107845 219774 at CCDC93 coiled-coil domain containing 93 Hs, 708195 204785 x at IFNAR2 interferon (alpha, beta and omega) rece Hs, 465607 215148 s at APBA3 amyloid beta (A4) precursor protein-bin Hs, 248785 223184 s at AGPAT3 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransf Hs, 413045 213165 at Hs, 731917 223249 at CEP350 CLDN12 centrosomal protein 350kDa claudin 12 Hs, 655014 224500 s at MON1A MON1 homolog A (yeast) Hs, 29344 213191 at TICAM1 toll-like receptor adaptor molecule 1 Hs, 571797 230241 at TOR1AIP2 torsin A interacting protein 2 Hs, 4900 208968 s at CIAPIN1 cytokine induced apoptosis inhibitor 1 Hs, 464333 217796 s at NPLOC4 nuclear protein localization 4 homolog Hs, 12341 201786 s at ADAR adenosine deaminase, RNA-specific Hs, 696283 214011 s at NOP16 NOP16 nucleolar protein homolog (yeast) Hs, 512465 222977 at SURF4 surfeit 4 Hs, 5019 212313 at Hs, 458487 208805 at Hs, 46679 227667 at Hs, 647333 209836 x at Hs, 500375 201704 at Hs, 541177 230528 s at CHMP7 KIAA0391 PSMA6 CUEDC1 BOLA2 BOLA2B / / ENTPD6 LOC100287195 / LOC100289034 / LOC100653047 / LOC1 charged multivesicular body protein 7 KIAA0391 / proteasome (prosome, macro CUE domain containing 1 bolA homolog 2 (E, coli) / bolA homol ectonucleoside triphosphate diphosphohy 60S ribosomal protein L23a-like / rib Hs, 731396 1556059 s at SPEN spen homolog, transcriptional regulator Hs, 129055 210415 s at ODF2 outer dense fiber of sperm tails 2 Hs, 655396 208776 at PSMD11 proteasome (prosome, macropain) 26S sub Hs, 13034 230739 at FAM210A family with sequence similarity 210, me Hs, 631742 222653 at Hs, 371001 208688 x at PNPO EIF3B pyridoxamine 5'-phosphate oxidase eukaryotic translation initiation facto Hs, 730659 202128 at Hs, 591908 226694 at KIAA0317 AKAP2 PALM2-AKAP2 / KIAA0317 A kinase (PRKA) anchor protein 2 / PA Hs, 67896 210443 x at OGFR opioid growth factor receptor Hs, 515154 223419 at FBXW9 F-box and WD repeat domain containing 9 Hs, 648448 214434 at HSPA12A heat shock 70kDa protein 12A Hs, 368077 206034 at SERPINB8 serpin peptidase inhibitor, clade B (ov Hs, 248785 223182 s at AGPAT3 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransf Hs, 390736 214486 x at CFLAR CASP8 and FADD-like apoptosis regulator Hs, 520094 224708 at KIAA2013 KIAA2013 Hs, 67896 202841 x at Hs, 513926 215113 s at OGFR SENP3 / SENP3-EIF4A1 opioid growth factor receptor SUMO1/sentrin/SMT3 specific peptidase 3 Hs, 460468 211982 x at XPO6 exportin 6 Hs, 256301 224468 s at C19orf48 chromosome 19 open reading frame 48 Hs, 517543 202212 at Hs, 654958 209246 at PES1 ABCF2 pescadillo ribosomal biogenesis factor ATP-binding cassette, sub-family F (GCN Hs, 14846 212292 at SLC7A1 solute carrier family 7 (cationic amino Hs, 336810 221012 s at TRIM8 tripartite motif containing 8 - 182 - 1, 20923 1, 21126 1, 21127 1, 21138 1, 21473 1, 21663 1, 2172 1, 21834 1, 21851 1, 21906 1, 21961 1, 21999 1, 22178 1, 22271 1, 22388 1, 22426 1, 22554 1, 22816 1, 22947 1, 2298 1, 23118 1, 23194 1, 23263 1, 23279 1, 23481 1, 23637 1, 23882 1, 23979 1, 24011 1, 24149 1, 24374 1, 24447 1, 24557 1, 24953 1, 24991 1, 25049 1, 25237 1, 2533 1, 25488 1, 25606 1, 25727 1, 25903 1, 25928 1, 25988 1, 2606 1, 26419 Hs, 54609 36475 at GCAT glycine C-acetyltransferase Hs, 128096 227477 at ZMYND19 zinc finger, MYND-type containing 19 Hs, 591931 204977 at DDX10 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide Hs, 603629 226748 at LYSMD2 LysM, putative peptidoglycan-binding, d Hs, 150423 203198 at CDK9 cyclin-dependent kinase 9 Hs, 468972 212152 x at ARID1A AT rich interactive domain 1A (SWI-like Hs, 735595 211576 s at SLC19A1 solute carrier family 19 (folate transp Hs, 409876 1554037 a at ZBTB24 zinc finger and BTB domain containing 2 Hs, 2399 160020 at Hs, 614194 202519 at MMP14 MLXIP matrix metallopeptidase 14 (membrane-in MLX interacting protein Hs, 184877 209003 at SLC25A11 solute carrier family 25 (mitochondrial Hs, 455109 222191 s at B4GALT7 xylosylprotein beta 1, 4-galactosyltrans Hs, 516788 212818 s at ASB1 ankyrin repeat and SOCS box containing Hs, 632365 227617 at TMEM201 transmembrane protein 201 Hs, 506759 209186 at ATP2A2 ATPase, Ca transporting, cardiac musc Hs, 632041 58696 at EXOSC4 exosome component 4 Hs, 284491 222492 at PDXK pyridoxal (pyridoxine, vitamin B6) kina Hs, 731416 223991 s at GALNT2 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine : poly Hs, 183817 226035 at USP31 ubiquitin specific peptidase 31 Hs, 157394 205012 s at HAGH hydroxyacylglutathione hydrolase Hs, 460645 219540 at ZNF267 zinc finger protein 267 Hs, 413045 204373 s at CEP350 centrosomal protein 350kDa Hs, 390736 208485 x at CFLAR CASP8 and FADD-like apoptosis regulator Hs, 54609 205164 at GCAT glycine C-acetyltransferase Hs, 731388 203089 s at Hs, 720829 218296 x at HTRA2 MSTO1 MSTO2P / HtrA serine peptidase 2 misato homolog 1 (Drosophila) / misat Hs, 740396 202896 s at SIRPA signal-regulatory protein alpha Hs, 471405 203702 s at TTLL4 tubulin tyrosine ligase-like family, me Hs, 701718 233803 s at MYBBP1A MYB binding protein (P160) 1a Hs, 10094 209402 s at SLC12A4 solute carrier family 12 (potassium/chl Hs, 321045 214398 s at IKBKE inhibitor of kappa light polypeptide ge Hs, 524183 200895 s at FKBP4 FK506 binding protein 4, 59kDa Hs, 145442 202670 at MAP2K1 mitogen-activated protein kinase kinase Hs, 523710 212860 at ZDHHC18 zinc finger, DHHC-type containing 18 Hs, 22678 218590 at C10orf2 chromosome 10 open reading frame 2 Hs, 514284 200758 s at NFE2L1 nuclear factor (erythroid-derived 2)-li Hs, 311190 225201 s at MRPL14 mitochondrial ribosomal protein L14 Hs, 632453 206972 s at GPR161 G protein-coupled receptor 161 Hs, 370671 213300 at ATG2A autophagy related 2A Hs, 517981 203273 s at TUSC2 tumor suppressor candidate 2 Hs, 284491 218018 at PDXK pyridoxal (pyridoxine, vitamin B6) kina Hs, 164419 224612 s at DNAJC5 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C, memb Hs, 244723 213523 at Hs, 740679 226077 at CCNE1 RNF145 cyclin E1 ring finger protein 145 Hs, 424312 211564 s at PDLIM4 PDZ and LIM domain 4 Hs, 523715 1560060 s at VPS37C vacuolar protein sorting 37 homolog C ( Hs, 52788 35265 at FXR2 fragile X mental retardation, autosomal Hs, 731388 211152 s at HTRA2 HtrA serine peptidase 2 - 183 - RESULTATS 1, 26535 1, 26751 1, 27129 1, 27246 1, 27251 1, 27292 1, 27436 1, 275 1, 27568 1, 27856 1, 28107 1, 28152 1, 28282 1, 28549 1, 28824 1, 28935 1, 29024 1, 29054 1, 29059 1, 29303 1, 2944 1, 29494 1, 29523 1, 29657 1, 30133 1, 30234 1, 3025 1, 30365 1, 30379 1, 3041 1, 30465 1, 30561 1, 30593 1, 30707 1, 31098 1, 31315 1, 31744 1, 32221 1, 32284 1, 32414 1, 3268 1, 3304 1, 33241 1, 33359 1, 33873 1, 33899 1, 33929 1, 3394 RESULTATS Hs, 26010 201037 at Hs, 706868 217635 s at PFKP POLG phosphofructokinase, platelet polymerase (DNA directed), gamma Hs, 193163 202931 x at BIN1 bridging integrator 1 Hs, 361323 202394 s at ABCF3 ATP-binding cassette, sub-family F (GCN Hs, 355753 224776 at AGPAT6 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransf Hs, 144073 227146 at QSOX2 quiescin Q6 sulfhydryl oxidase 2 Hs, 521151 218068 s at ZNF672 zinc finger protein 672 Hs, 371001 203462 x at EIF3B eukaryotic translation initiation facto Hs, 522933 229348 at UBIAD1 UbiA prenyltransferase domain containin Hs, 731801 209100 at IFRD2 interferon-related developmental regula Hs, 64691 1555970 at FBXO28 F-box protein 28 Hs, 250493 219314 s at ZNF219 zinc finger protein 219 Hs, 171426 225344 at NCOA7 nuclear receptor coactivator 7 Hs, 731427 201471 s at SQSTM1 sequestosome 1 Hs, 579079 213009 s at TRIM37 tripartite motif containing 37 Hs, 284284 225733 at B3GALT6 UDP-Gal : betaGal beta 1, 3-galactosyltran Hs, 512799 226871 s at ATG4D autophagy related 4D, cysteine peptidas Hs, 517948 204355 at DHX30 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide Hs, 368921 204345 at COL16A1 collagen, type XVI, alpha 1 Hs, 433203 221597 s at TMEM208 transmembrane protein 208 Hs, 655285 200045 at ABCF1 ATP-binding cassette, sub-family F (GCN Hs, 377484 202387 at Hs, 740534 219675 s at BAG1 UXS1 BCL2-associated athanogene UDP-glucuronate decarboxylase 1 Hs, 643480 225898 at WDR54 WD repeat domain 54 Hs, 515610 209229 s at PPP6R1 protein phosphatase 6, regulatory subun Hs, 591451 225323 at Hs, 91586 238948 at CC2D1B TM9SF1 coiled-coil and C2 domain containing 1B Transmembrane 9 superfamily member 1 Hs, 513797 201195 s at SLC7A5 solute carrier family 7 (amino acid tra Hs, 107382 223364 s at DHX37 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide Hs, 713636 223172 s at MTFP1 mitochondrial fission process 1 Hs, 731702 233430 at TBC1D22B TBC1 domain family, member 22B Hs, 522255 234192 s at GKAP1 G kinase anchoring protein 1 Hs, 377001 202771 at PIEZO1 piezo-type mechanosensitive ion channel Hs, 147381 242866 x at POU2F2 POU class 2 homeobox 2 Hs, 522933 219131 at UBIAD1 UbiA prenyltransferase domain containin Hs, 532492 202767 at ACP2 acid phosphatase 2, lysosomal Hs, 23111 202159 at FARSA phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha sub Hs, 160550 226629 at SLC43A2 solute carrier family 43, member 2 Hs, 521092 231876 at TRIM56 tripartite motif containing 56 Hs, 130759 202446 s at PLSCR1 phospholipid scramblase 1 Hs, 130759 202430 s at PLSCR1 phospholipid scramblase 1 Hs, 436446 202655 at MANF mesencephalic astrocyte-derived neurotr Hs, 6638 232676 x at MYEF2 myelin expression factor 2 Hs, 530712 239188 at PPP2R3C protein phosphatase 2, regulatory subun Hs, 284491 218019 s at PDXK pyridoxal (pyridoxine, vitamin B6) kina Hs, 632367 227970 at GPR157 G protein-coupled receptor 157 Hs, 655455 203149 at PVRL2 poliovirus receptor-related 2 (herpesvi Hs, 505545 203125 x at SLC11A2 solute carrier family 11 (proton-couple - 184 - 1, 33958 1, 34018 1, 34113 1, 34128 1, 34681 1, 3497 1, 34974 1, 35266 1, 35415 1, 35464 1, 35544 1, 35861 1, 3632 1, 36484 1, 36544 1, 36693 1, 36786 1, 37421 1, 37629 1, 37653 1, 3766 1, 37712 1, 38105 1, 38124 1, 38192 1, 38213 1, 38533 1, 38572 1, 38688 1, 38927 1, 39226 1, 39344 1, 39371 1, 39373 1, 39417 1, 39481 1, 39953 1, 40268 1, 40484 1, 40524 1, 40822 1, 40939 1, 41038 1, 41395 1, 41405 1, 41637 1, 42014 1, 42017 Hs, 567488 219920 s at Hs, 5476 225212 at Hs, 318547 227396 at AMIGO3 GMPPB / SLC25A25 LOC100287223 / PTPRJ adhesion molecule with Ig-like domain 3 solute carrier family 25 (mitochondrial uncharacterized LOC100287223 / protei Hs, 580681 204502 at SAMHD1 SAM domain and HD domain 1 Hs, 193268 231984 at MTAP methylthioadenosine phosphorylase Hs, 522378 225020 at DAB2IP DAB2 interacting protein Hs, 558764 201762 s at PSME2 proteasome (prosome, macropain) activat Hs, 377992 203573 s at RABGGTA Rab geranylgeranyltransferase, alpha su Hs, 304249 224967 at UGCG UDP-glucose ceramide glucosyltransferas Hs, 408730 219400 at CNTNAP1 contactin associated protein 1 Hs, 386567 242907 at GBP2 guanylate binding protein 2, interferon Hs, 514284 200759 x at NFE2L1 nuclear factor (erythroid-derived 2)-li Hs, 521482 204656 at SHB Src homology 2 domain containing adapto Hs, 514012 207667 s at MAP2K3 mitogen-activated protein kinase kinase Hs, 520414 202727 s at IFNGR1 interferon gamma receptor 1 Hs, 587054 225007 at G3BP1 GTPase activating protein (SH3 domain) Hs, 336916 216038 x at DAXX death-domain associated protein Hs, 596514 200078 s at ATP6V0B ATPase, H transporting, lysosomal 21kD Hs, 740534 225583 at Hs, 4859 1555827 at Hs, 591976 204715 at UXS1 CCNL1 PANX1 UDP-glucuronate decarboxylase 1 Cyclin L1 pannexin 1 Hs, 378821 225955 at METRNL meteorin, glial cell differentiation re Hs, 523715 219053 s at VPS37C vacuolar protein sorting 37 homolog C ( - 1554640 at PALM2 paralemmin 2 Hs, 406530 223113 at TMEM138 transmembrane protein 138 Hs, 702167 201482 at QSOX1 quiescin Q6 sulfhydryl oxidase 1 Hs, 390736 210564 x at Hs, 534330 212859 x at CFLAR LOC100505584 / MT1E CASP8 and FADD-like apoptosis regulator metallothionein-2-like / metallothion Hs, 500761 202856 s at SLC16A3 solute carrier family 16, member 3 (mon Hs, 708195 204786 s at IFNAR2 interferon (alpha, beta and omega) rece Hs, 408702 1554016 a at C16orf57 chromosome 16 open reading frame 57 Hs, 524910 214211 at FTH1 ferritin, heavy polypeptide 1 Hs, 466871 210845 s at PLAUR plasminogen activator, urokinase recept Hs, 514284 214179 s at NFE2L1 nuclear factor (erythroid-derived 2)-li Hs, 477015 223395 at ABI3BP ABI family, member 3 (NESH) binding pro Hs, 488827 222995 s at RHBDD2 rhomboid domain containing 2 Hs, 390736 211317 s at CFLAR CASP8 and FADD-like apoptosis regulator Hs, 502 204769 s at TAP2 transporter 2, ATP-binding cassette, su Hs, 310591 205896 at SLC22A4 solute carrier family 22 (organic catio Hs, 466871 211924 s at PLAUR plasminogen activator, urokinase recept Hs, 352018 202307 s at TAP1 transporter 1, ATP-binding cassette, su Hs, 567229 207071 s at ACO1 aconitase 1, soluble Hs, 6638 222771 s at MYEF2 myelin expression factor 2 Hs, 494457 203045 at NINJ1 ninjurin 1 Hs, 440025 202181 at KIAA0247 KIAA0247 Hs, 471991 205323 s at MTF1 metal-regulatory transcription factor 1 Hs, 740543 219247 s at ZDHHC14 zinc finger, DHHC-type containing 14 Hs, 473420 213134 x at BTG3 BTG family, member 3 - 185 - RESULTATS 1, 4251 1, 4304 1, 43341 1, 43986 1, 44492 1, 44671 1, 44861 1, 45335 1, 45389 1, 45551 1, 45571 1, 46503 1, 47285 1, 48337 1, 48741 1, 49054 1, 49271 1, 49306 1, 49376 1, 49741 1, 50209 1, 5036 1, 50525 1, 51748 1, 5195 1, 52193 1, 52246 1, 52977 1, 53712 1, 53816 1, 53923 1, 54171 1, 54489 1, 54569 1, 54977 1, 55591 1, 55623 1, 56214 1, 56309 1, 56613 1, 56618 1, 5738 1, 57427 1, 58456 1, 59089 1, 59259 1, 59839 1, 60038 RESULTATS Hs, 534330 216336 x at LOC100505584 / MT1E metallothionein-2-like / metallothion Hs, 596464 231810 at BRI3BP BRI3 binding protein Hs, 473420 205548 s at BTG3 BTG family, member 3 Hs, 657355 227334 at Hs, 510528 221571 at Hs, 129955 206756 at Hs, 2128 209457 at USP54 TRAF3 CHST7 DUSP5 ubiquitin specific peptidase 54 TNF receptor-associated factor 3 carbohydrate (N-acetylglucosamine 6-O) dual specificity phosphatase 5 Hs, 655177 225316 at MFSD2A major facilitator superfamily domain co Hs, 708195 227125 at Hs, 702167 230523 at IFNAR2 QSOX1 interferon (alpha, beta and omega) rece quiescin Q6 sulfhydryl oxidase 1 Hs, 522507 223050 s at FBXW5 F-box and WD repeat domain containing 5 Hs, 160786 207076 s at Hs, 487046 215078 at Hs, 488240 203234 at Hs, 499952 227804 at ASS1 LOC100129518 / SOD2 argininosuccinate synthase 1 uncharacterized LOC100129518 / supero UPP1 TLCD1 uridine phosphorylase 1 TLC domain containing 1 Hs, 648434 226810 at OGFRL1 opioid growth factor receptor-like 1 Hs, 481720 244350 at MYO10 myosin X Hs, 561514 215411 s at TRAF3IP2 TRAF3 interacting protein 2 Hs, 464438 225059 at AGTRAP angiotensin II receptor-associated prot Hs, 370937 208829 at TAPBP TAP binding protein (tapasin) Hs, 310640 226117 at Hs, 502 225973 at Hs, 513626 213629 x at TIFA TAP2 MT1F TRAF-interacting protein with forkhead- transporter 2, ATP-binding cassette, su metallothionein 1F Hs, 580681 234987 at SAMHD1 SAM domain and HD domain 1 Hs, 162125 229435 at Hs, 481720 236718 at GLIS3 MYO10 GLIS family zinc finger 3 myosin X Hs, 524183 200894 s at FKBP4 FK506 binding protein 4, 59kDa Hs, 436061 202531 at IRF1 interferon regulatory factor 1 Hs, 408702 218060 s at C16orf57 chromosome 16 open reading frame 57 Hs, 147381 235661 at POU2F2 POU class 2 homeobox 2 Hs, 591054 227143 s at BID BH3 interacting domain death agonist Hs, 1027 204802 at Hs, 444947 202241 at RRAD TRIB1 Ras-related associated with diabetes tribbles homolog 1 (Drosophila) Hs, 195155 234973 at SLC38A5 solute carrier family 38, member 5 Hs, 513626 217165 x at MT1F metallothionein 1F Hs, 446091 229630 s at WTAP Wilms tumor 1 associated protein Hs, 591054 204493 at Hs, 601143 223290 at Hs, 1027 204803 s at Hs, 336916 201763 s at BID PDXP SH3BP1 RRAD DAXX / BH3 interacting domain death agonist pyridoxal (pyridoxine, vitamin B6) phos Ras-related associated with diabetes death-domain associated protein Hs, 511251 217995 at SQRDL sulfide quinone reductase-like (yeast) Hs, 12646 218543 s at PARP12 poly (ADP-ribose) polymerase family, me Hs, 517617 36711 at Hs, 269128 223430 at Hs, 591054 211725 s at MAFF SIK2 BID v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma o salt-inducible kinase 2 BH3 interacting domain death agonist Hs, 445447 223586 at ARNTL2 aryl hydrocarbon receptor nuclear trans Hs, 561514 202987 at TRAF3IP2 TRAF3 interacting protein 2 Hs, 404741 204702 s at NFE2L3 nuclear factor (erythroid-derived 2)-li - 186 - 1, 6036 1, 60866 1, 60984 1, 62418 1, 62841 1, 63138 1, 63207 1, 63617 1, 63703 1, 63801 1, 64388 1, 66559 1, 67511 1, 67631 1, 69623 1, 70054 1, 7018 1, 7073 1, 7122 1, 71801 1, 72797 1, 72975 1, 73127 1, 73192 1, 74913 1, 76014 1, 76472 1, 77297 1, 77379 1, 77522 1, 77945 1, 78114 1, 7876 1, 79629 1, 8029 1, 80433 1, 80845 1, 81161 1, 86979 1, 89146 1, 91378 1, 91472 1, 91472 1, 9168 1, 91701 1, 91774 1, 91907 1, 92366 Hs, 293660 225868 at TRIM47 tripartite motif containing 47 Hs, 730686 211139 s at NAB1 NGFI-A binding protein 1 (EGR1 binding Hs, 630884 218980 at FHOD3 formin homology 2 domain containing 3 Hs, 321045 204549 at Hs, 517617 205193 at IKBKE MAFF inhibitor of kappa light polypeptide ge v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma o Hs, 631562 209785 s at PLA2G4C phospholipase A2, group IVC (cytosolic, Hs, 55999 209706 at NKX3-1 NK3 homeobox 1 Hs, 711617 220739 s at CNNM3 cyclin M3 Hs, 237856 219593 at SLC15A3 solute carrier family 15, member 3 Hs, 445447 224204 x at ARNTL2 aryl hydrocarbon receptor nuclear trans Hs, 368912 203716 s at DPP4 dipeptidyl-peptidase 4 Hs, 446091 210285 x at WTAP Wilms tumor 1 associated protein Hs, 500761 202855 s at SLC16A3 solute carrier family 16, member 3 (mon Hs, 355141 207196 s at TNIP1 TNFAIP3 interacting protein 1 Hs, 3781 209841 s at LRRN3 leucine rich repeat neuronal 3 Hs, 99962 213113 s at SLC43A3 solute carrier family 43, member 3 Hs, 440829 213006 at CEBPD CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), Hs, 505545 203123 s at SLC11A2 solute carrier family 11 (proton-couple Hs, 381058 228325 at KIAA0146 KIAA0146 Hs, 180903 217497 at TYMP thymidine phosphorylase Hs, 518451 203879 at PIK3CD phosphoinositide-3-kinase, catalytic, d Hs, 446091 203137 at WTAP Wilms tumor 1 associated protein Hs, 256278 203508 at TNFRSF1B tumor necrosis factor receptor superfam Hs, 505545 203124 s at SLC11A2 solute carrier family 11 (proton-couple Hs, 730686 209272 at Hs, 632258 209417 s at NAB1 IFI35 NGFI-A binding protein 1 (EGR1 binding interferon-induced protein 35 Hs, 458276 203927 at NFKBIE nuclear factor of kappa light polypepti Hs, 248114 230090 at Hs, 731813 229450 at GDNF IFIT3 glial cell derived neurotrophic factor interferon-induced protein with tetratr Hs, 181301 202901 x at CTSS cathepsin S Hs, 654542 205870 at BDKRB2 bradykinin receptor B2 Hs, 129798 226064 s at DGAT2 diacylglycerol O-acyltransferase 2 Hs, 489051 225871 at STEAP2 STEAP family member 2, metalloreductase Hs, 190622 218943 s at DDX58 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide Hs, 3781 209840 s at LRRN3 leucine rich repeat neuronal 3 Hs, 647370 217546 at MT1M metallothionein 1M Hs, 445447 220658 s at ARNTL2 aryl hydrocarbon receptor nuclear trans Hs, 201398 220975 s at C1QTNF1 C1q and tumor necrosis factor related p Hs, 319171 223218 s at NFKBIZ nuclear factor of kappa light polypepti Hs, 376289 231899 at ZC3H12C zinc finger CCCH-type containing 12C Hs, 61635 205542 at STEAP1 six transmembrane epithelial antigen of Hs, 76095 201631 s at IER3 immediate early response 3 Hs, 484047 236725 at WWC1 WW and C2 domain containing 1 Hs, 244378 220091 at Hs, 521212 201272 at SLC2A6 AKR1B1 Hs, 731813 204747 at Hs, 730030 229872 s at IFIT3 LOC100132999 / LOC642441 / LOC730256 solute carrier family 2 (facilitated gl aldo-keto reductase family 1, member B1 interferon-induced protein with tetratr uncharacterized LOC100132999 / unchar - 187 - RESULTATS 1, 9328 1, 93602 1, 93629 1, 93802 1, 93993 1, 94765 1, 94841 1, 96179 1, 96533 1, 96852 1, 99573 1, 99748 2, 00899 2, 01154 2, 04729 2, 06136 2, 07226 2, 0784 2, 09041 2, 11308 2, 11498 2, 12896 2, 13245 2, 13315 2, 13385 2, 13828 2, 16375 2, 2166 2, 2449 2, 26978 2, 2792 2, 30942 2, 31757 2, 34402 2, 35756 2, 35896 2, 39169 2, 51528 2, 53523 2, 53541 2, 53839 2, 54668 2, 59684 2, 64016 2, 65977 2, 66992 2, 68411 RESULTATS Hs, 129944 208394 x at Hs, 458485 205483 s at ESM1 ISG15 endothelial cell-specific molecule 1 ISG15 ubiquitin-like modifier Hs, 132441 213256 at MARCH3 membrane-associated ring finger (C3HC4) Hs, 518055 211596 s at LRIG1 leucine-rich repeats and immunoglobulin Hs, 163173 219209 at IFIH1 interferon induced with helicase C doma Hs, 532634 202411 at Hs, 131180 220987 s at Hs, 449207 231779 at IFI27 AKIP1 NUAK2 IRAK2 / interferon, alpha-inducible protein 27 A kinase (PRKA) interacting protein 1 / interleukin-1 receptor-associated kinas Hs, 489615 217739 s at NAMPT nicotinamide phosphoribosyltransferase Hs, 369265 213817 at IRAK3 interleukin-1 receptor-associated kinas Hs, 527778 203904 x at CD82 CD82 molecule Hs, 147381 227749 at POU2F2 POU class 2 homeobox 2 Hs, 660998 241986 at BMPER BMP binding endothelial regulator Hs, 442619 209928 s at MSC musculin Hs, 491232 212110 at SLC39A14 solute carrier family 39 (zinc transpor Hs, 525634 218627 at Hs, 489615 217738 at Hs, 181301 232617 at Hs, 180903 204858 s at DRAM1 NAMPT CTSS TYMP DNA-damage regulated autophagy modulato nicotinamide phosphoribosyltransferase cathepsin S thymidine phosphorylase Hs, 484047 213085 s at WWC1 WW and C2 domain containing 1 Hs, 89714 215101 s at CXCL5 chemokine (C-X-C motif) ligand 5 Hs, 319171 223217 s at NFKBIZ nuclear factor of kappa light polypepti Hs, 448520 225516 at SLC7A2 solute carrier family 7 (cationic amino Hs, 525607 202510 s at TNFAIP2 tumor necrosis factor, alpha-induced pr Hs, 181301 202902 s at CTSS Hs, 467304 206924 at IL11 cathepsin S interleukin 11 Hs, 489615 1555167 s at NAMPT nicotinamide phosphoribosyltransferase Hs, 81328 201502 s at NFKBIA nuclear factor of kappa light polypepti Hs, 118552 218834 s at TMEM132A transmembrane protein 132A Hs, 196384 204748 at PTGS2 prostaglandin-endoperoxide synthase 2 ( Hs, 73853 205289 at Hs, 528634 218400 at BMP2 OAS3 bone morphogenetic protein 2 2'-5'-oligoadenylate synthetase 3, 100k Hs, 196384 1554997 a at PTGS2 prostaglandin-endoperoxide synthase 2 ( Hs, 654402 205205 at RELB v-rel reticuloendotheliosis viral oncog Hs, 529317 219352 at HERC6 HECT and RLD domain containing E3 ubiqu Hs, 25590 204597 x at STC1 stanniocalcin 1 Hs, 656294 218810 at ZC3H12A zinc finger CCCH-type containing 12A Hs, 25590 204595 s at STC1 stanniocalcin 1 Hs, 211600 202644 s at TNFAIP3 tumor necrosis factor, alpha-induced pr Hs, 86724 204224 s at GCH1 GTP cyclohydrolase 1 Hs, 127799 210538 s at Hs, 735831 232504 at BIRC3 LOC285628 MIR146A / baculoviral IAP repeat containing 3 uncharacterized LOC285628 / microRNA Hs, 303649 216598 s at CCL2 chemokine (C-C motif) ligand 2 Hs, 211600 202643 s at Hs, 487046 216841 s at Hs, 517307 202086 at Hs, 487046 221477 s at TNFAIP3 LOC100129518 / SOD2 MX1 LOC100129518 / SOD2 tumor necrosis factor, alpha-induced pr uncharacterized LOC100129518 / supero myxovirus (influenza virus) resistance uncharacterized LOC100129518 / supero 222549 at CLDN1 claudin 1 Hs, 439060 - 188 - 2, 69884 2, 77387 2, 78153 2, 79975 2, 80944 2, 83624 2, 83785 2, 86602 2, 87713 2, 93579 2, 94451 2, 96601 2, 97012 2, 97198 2, 98056 3, 06634 3, 1677 3, 17809 3, 197 3, 20234 3, 30204 3, 31037 3, 33496 3, 41043 3, 4444 3, 70843 3, 78612 3, 94985 3, 9741 4, 01328 4, 36982 4, 39633 4, 65879 5, 12017 5, 29281 5, 33836 5, 47868 5, 48652 5, 5126 6, 02488 6, 86989 7, 48035 7, 49042 8, 11744 9, 07478 9, 3158 9, 6412 10, 8917 Hs, 654458 205207 at IL6 interleukin 6 (interferon, beta 2) Hs, 288034 209267 s at SLC39A8 solute carrier family 39 (zinc transpor Hs, 69771 202357 s at CFB complement factor B Hs, 643447 202637 s at Hs, 487046 215223 s at ICAM1 LOC100129518 / SOD2 intercellular adhesion molecule 1 uncharacterized LOC100129518 / supero Hs, 529053 217767 at C3 complement component 3 Hs, 1695 204580 at Hs, 164021 206336 at MMP12 CXCL6 matrix metallopeptidase 12 (macrophage chemokine (C-X-C motif) ligand 6 (granu Hs, 643447 202638 s at ICAM1 intercellular adhesion molecule 1 Hs, 75765 209774 x at CXCL2 chemokine (C-X-C motif) ligand 2 Hs, 89714 214974 x at CXCL5 chemokine (C-X-C motif) ligand 5 Hs, 112242 223484 at C15orf48 chromosome 15 open reading frame 48 Hs, 789 204470 at Hs, 89690 207850 at CXCL1 CXCL3 chemokine (C-X-C motif) ligand 1 (melan chemokine (C-X-C motif) ligand 3 Hs, 624 Hs, 624 202859 x at 211506 s at IL8 IL8 interleukin 8 interleukin 8 RESULTATS 11, 0765 12, 314 13, 9312 14, 2218 15, 2587 18, 4476 20, 1285 20, 3977 22, 6303 33, 0477 36, 827 39, 9899 45, 7707 58, 8017 61, 9013 153, 58 - 189 - RESULTATS Supplemental Table 4. Common Genes expressed in primed stromal cells. Green line indicates genes overexpressed in unprimed stromal cells. Red line indicates genes overexpressed in primed stromal cells. Fold Change corresponds to the ratio of median expression in PMN-primed / unprimed stroma. Gene Symbol Gene Title MSCs fold change Resto cells fold change DCLK1 EBF1 CCDC80 EHBP1 PPAP2B PXK doublecortin-like kinase 1 Early B-cell factor 1 coiled-coil domain containing 80 EH domain binding protein 1 phosphatidic acid phosphatase type 2B PX domain containing serine/threonine kinase LOC100506870 uncharacterized LOC100506870 CDH6 RCAN2 DBT LOC100130417 SEMA6D PIK3R1 ALDH6A1 FHL1 SSBP2 JAZF1 cadherin 6, type 2, K-cadherin (fetal kidney) regulator of calcineurin 2 dihydrolipoamide branched chain transacylase E2 Uncharacterized LOC100130417 sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6D phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit 1 (alpha) aldehyde dehydrogenase 6 family, member A1 four and a half LIM domains 1 single-stranded DNA binding protein 2 JAZF zinc finger 1 LOC642852 uncharacterized LOC642852 PLA2G12A RHOBTB3 OXR1 phospholipase A2, group XIIA Rho-related BTB domain containing 3 oxidation resistance 1 LOC401093 uncharacterized LOC401093 PRMT2 SLC2A12 PRRX1 SRGAP2 SRGAP2C ZMAT3 ADD3 DPH5 CCNYL1 HAPLN1 KIAA0355 PRICKLE1 FBXO3 DENND1B ULK2 OGFOD1 NNT protein arginine methyltransferase 2 solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 12 / paired related homeobox 1 SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2 / SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2 zinc finger, matrin-type 3 adducin 3 (gamma) DPH5 homolog (S, cerevisiae) cyclin Y-like 1 hyaluronan and proteoglycan link protein 1 KIAA0355 prickle homolog 1 (Drosophila) F-box protein 3 DENN/MADD domain containing 1B unc-51-like kinase 2 (C, elegans) 2-oxoglutarate and iron-dependent oxygenase domain containing 1 nicotinamide nucleotide transhydrogenase - 190 - -3, 54742 -3, 054 -2, 77843 -2, 53303 -2, 49452 -2, 14798 -2, 03306 -1, 91918 -1, 86533 -1, 84993 -1, 84707 -1, 74576 -1, 72176 -1, 71783 -1, 68084 -1, 61296 -1, 60595 -1, 5765 -1, 56299 -1, 55988 -1, 55976 -1, 54678 -1, 54097 -1, 53139 -1, 51919 -1, 51304 -1, 49879 -1, 45827 -1, 44722 -1, 43583 -1, 43052 -1, 41934 -1, 40629 -1, 28637 -1, 37761 -1, 36556 -1, 36299 -1, 35705 -1, 54651 -1, 42731 -1, 61597 -1, 37868 -1, 56807 -1, 47754 -1, 82245 -1, 38974 -2, 11033 -1, 24948 -2, 06382 -1, 67935 -1, 22391 -1, 46763 -1, 31031 -1, 62303 -1, 37949 -1, 27177 -1, 25584 -1, 55339 -1, 37096 -1, 28363 -1, 37467 -2, 17444 -1, 23866 -1, 22417 -1, 50826 -1, 40133 -1, 21397 -1, 28994 -1, 71462 -1, 43404 -1, 38127 -1, 25784 -1, 6031 -1, 22016 -1, 49869 -1, 21883 GLUD1 BICD1 VPS41 FAM155A SLC25A27 THRA TCF7L2 ANGEL2 glutamate dehydrogenase 1 bicaudal D homolog 1 (Drosophila) vacuolar protein sorting 41 homolog (S, cerevisiae) family with sequence similarity 155, member A solute carrier family 25, member 27 thyroid hormone receptor associated protein 3 transcription factor 7-like 2 (T-cell specific, HMG-box) angel homolog 2 (Drosophila) LOC100288911 uncharacterized LOC100288911 HOXB3 SYNPO2 RNASE4 CLIP4 FAM76B ORMDL1 C22orf32 CYBRD1 DLX1 ZADH2 SWAP70 RBMS3 PTPRM PDGFRA FNBP1 TNC USP31 EWSR1 PDIA4 SERPINE1 CSNK1E RRM2 NOC4L homeobox B3 synaptopodin 2 ribonuclease, RNase A family, 4 CAP-GLY domain containing linker protein family, member 4 family with sequence similarity 76, member B ORM1-like 1 (S, cerevisiae) chromosome 22 open reading frame 32 cytochrome b reductase 1 distal-less homeobox 1 zinc binding alcohol dehydrogenase domain containing 2 SWAP switching B-cell complex 70kDa subunit RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 protein tyrosine phosphatase, receptor type, M platelet-derived growth factor receptor, alpha polypeptide formin binding protein 1 tenascin C ubiquitin specific peptidase 31 Ewing sarcoma breakpoint region 1 protein disulfide isomerase family A, member 4 serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), me casein kinase 1, epsilon ribonucleotide reductase M2 nucleolar complex associated 4 homolog (S, cerevisiae) ZDHHC18 zinc finger, DHHC-type containing 18 GOPC DDX23 SQSTM1 FBXW9 AMIGO3 GMPPB BRD4 MTAP MRPL14 SPATA2 FRMD4A PPIF MANF golgi-associated PDZ and coiled-coil motif containing DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 23 sequestosome 1 F-box and WD repeat domain containing 9 / adhesion molecule with Ig-like domain 3 / GDP-mannose pyrophosphorylase B bromodomain containing 4 methylthioadenosine phosphorylase mitochondrial ribosomal protein L14 spermatogenesis associated 2 FERM domain containing 4A peptidylprolyl isomerase F mesencephalic astrocyte-derived neurotrophic factor - 191 - RESULTATS -1, 32782 -1, 25483 -1, 3482 -1, 40561 -2, 02556 -1, 21289 -1, 27111 -1, 22691 -1, 30923 -1, 21864 -1, 98124 -1, 27428 -1, 4306 -1, 25093 -1, 48209 -1, 24782 -1, 54538 -1, 45634 -1, 5115 -1, 27995 -1, 42844 -1, 32661 -1, 23141 -1, 26249 1, 20906 1, 40114 1, 28079 1, 25001 1, 32268 1, 37035 1, 66426 1, 33348 1, 37564 1, 38795 1, 43051 2, 05908 1, 21899 1, 59316 1, 4069 1, 60614 1, 31347 1, 20289 1, 53761 3, 24199 1, 47114 -1, 35523 -1, 3481 -1, 34364 -1, 33919 -1, 33916 -1, 36446 -1, 32201 -1, 29848 -1, 29334 -1, 2851 -1, 28436 -1, 28086 -1, 27264 -1, 25721 -1, 25244 -1, 24565 -1, 24032 -1, 23223 -1, 22849 -1, 22529 -1, 22263 -1, 21721 -1, 20563 -1, 20456 1, 20089 1, 20486 1, 21709 1, 21789 1, 21986 1, 23112 1, 23537 1, 23984 1, 24193 1, 24646 1, 25485 1, 26578 1, 27274 1, 27476 1, 27698 1, 29988 1, 32147 1, 33672 1, 34285 1, 34597 1, 35023 RESULTATS LRP8 MBD3 PDLIM4 PDXK PPP6R1 IFNAR2 GCAT REL IDH3A NFE2L1 MCM7 HYI IFRD2 HLA-F low density lipoprotein receptor-related protein 8, apolipoprotein e receptor methyl-CpG binding domain protein 3 PDZ and LIM domain 4 pyridoxal (pyridoxine, vitamin B6) kinase protein phosphatase 6, regulatory subunit 1 interferon (alpha, beta and omega) receptor 2 glycine C-acetyltransferase v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog (avian) isocitrate dehydrogenase 3 (NAD ) alpha nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 1 minichromosome maintenance complex component 7 hydroxypyruvate isomerase (putative) interferon-related developmental regulator 2 major histocompatibility complex, class I, F TMEM158 Glutaminase PSME2 PTGDS NAB1 MAP2K3 ZC3HAV1 NPAS2 PIM3 DTWD1 proteasome (prosome, macropain) activator subunit 2 (PA28 beta) prostaglandin D2 synthase 21kDa (brain) NGFI-A binding protein 1 (EGR1 binding protein 1) mitogen-activated protein kinase kinase 3 zinc finger CCCH-type, antiviral 1 neuronal PAS domain protein 2 pim-3 oncogene DTW domain containing 1 MGC24103 uncharacterized MGC24103 NFKBIZ nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, zeta TNIP1 MAFF PION CA12 MSC TGIF1 BDKRB2 COL7A1 EPSTI1 NRP2 TNFAIP2 NFKBIA TNFAIP6 TNFAIP3 RELB CCL2 TNFAIP3 interacting protein 1 v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog F (avian) pigeon homolog (Drosophila) carbonic anhydrase XII musculin TGFB-induced factor homeobox 1 bradykinin receptor B2 collagen, type VII, alpha 1 epithelial stromal interaction 1 (breast) neuropilin 2 tumor necrosis factor, alpha-induced protein 2 nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, alpha nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, alpha tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3 v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog B chemokine (C-C motif) ligand 2 STC1 LOC100129518 SOD2 / stanniocalcin 1 stanniocalcin 1 ICAM1 CFB intercellular adhesion molecule 1 complement factor B - 192 - 1, 35629 1, 37232 1, 38467 1, 68762 1, 39599 1, 39667 1, 40021 1, 40689 1, 40741 1, 7417 1, 45517 1, 46527 1, 47208 1, 52075 1, 52234 1, 53842 1, 54077 1, 57531 1, 59045 1, 60137 1, 69659 1, 70921 1, 82506 1, 98479 2, 25228 2, 28841 2, 61253 2, 83149 2, 83741 3, 18359 3, 33847 3, 36972 3, 39883 4, 0458 4, 14217 4, 23039 4, 74509 4, 74509 5, 47167 6, 37181 7, 80961 9, 80787 9, 80787 16, 68 20, 7019 1, 41976 1, 24691 1, 29431 1, 41633 1, 368 1, 91877 1, 20061 1, 4154 1, 31586 1, 33967 1, 63805 1, 26459 1, 24657 1, 23582 2, 2642 1, 36403 1, 37455 1, 6323 1, 3835 1, 30975 1, 44263 1, 34349 1, 231 1, 31997 2, 85356 1, 59095 1, 4405 2, 63161 1, 8534 2, 77444 1, 24103 1, 5416 1, 65029 1, 58959 1, 66027 2, 74942 3, 28789 3, 28789 5, 55381 4, 11439 7, 18404 2, 82574 2, 82574 14, 9248 9, 37489 CXCL2 C3 CXCL1 CXCL3 IL8 chemokine (C-X-C motif) ligand 2 complement component 3 chemokine (C-X-C motif) ligand 1 (melanoma growth stimulating activity, alpha) chemokine (C-X-C motif) ligand 3 interleukin 8 RESULTATS 20, 9874 25, 6036 63, 446 69, 0519 93, 437 52, 0387 13, 2918 33, 0198 50, 0736 41, 0083 - 193 - RESULTATS - 194 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES Discussion et Perspectives. DISCUSSION ET PERSPECTIVES - 195 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES - 196 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES Discussion et Perspectives Les polynucléaires neutrophiles ont longtemps été considérés comme des cellules n'intervenant que dans la réponse immunitaire innée. Cependant plusieurs études récentes ont montré que ces cellules peuvent être des marqueurs pronostiques de cancers. Leurs rôles dans le développement tumoral restent à définir. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée au rôle de ces cellules dans le développement des lymphomes B issus du centre germinatif. Les polynucléaires neutrophiles sont Impliqués dans le développement du lymphome folliculaire. Les polynucléaires neutrophiles dans le contexte tumoral sont polarisés, selon l'environnement cytokinique, en TAN1, anti-tumorigéniques, ou en TAN2, pro- tumorigéniques. Par exemple, une forte concentration de TGF- au sein du microenvironnement tumoral induit un phénotype TAN2. L'IL-8 ou encore le CCL2 participent aussi à cette polarisation TAN2. Dans le cas du lymphome folliculaire, toutes ces cytokines sont surexprimées dans le microenvironnement ganglionnaire suggérant que les polynucléaires neutrophiles au sein des niches tumorales pourraient acquérir ce phénotype pro-tumoral et jouer un rôle important dans la lymphomagenèse. Le phénotype des polynucléaires neutrophiles présents au sein du microenvironnement du FL reste à caractériser in situ afin de démontrer la polarisation TAN2 par le contexte cytokinique particulier du FL. Dans cette étude, nous nous sommes intéressés aux interactions entre les polynucléaires neutrophiles et les cellules B tumorales. Plus spécifiquement, nous avons étudié le rôle des polynucléaires neutrophiles dans la croissance et la survie des lymphocytes B tumoraux. Nous avons démontré que les polynucléaires neutrophiles soutiennent la croissance et la survie de différentes lignées cellulaires B de lymphomes, par contact direct, notamment par l'intermédiaire d'APRIL. Ces résultats sont en accord avec ce qui a été décrit dans le cas du DLBCL et dans le myélome multiple. Ces deux pathologies sont caractérisées par une croissance des cellules tumorales stimulée par les protéines BAFF et APRIL produites en grandes quantités par les - 197 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES polynucléaires neutrophiles (Moreaux, 2005 ; Schwaller & Schneider, 2007). Cependant, nous avons démontré que l'absence des protéines BAFF et APRIL ne suffit pas à bloquer entièrement l'effet de soutien qu'apporte les polynucléaires neutrophiles aux lignées cellulaires B. D'autres cytokines produites par les polynucléaires neutrophiles pourraient intervenir dans la promotion tumorale. Ainsi, Wislez et son équipe ont montré, dans un modèle d'adénocarcinome du poumon, que les polynucléaires neutrophiles ont la capacité de produire du HGF, une cytokine connue pour stimuler la prolifération et la migration des cellules tumorales, mais aussi pour inhiber leur apoptose (Wislez et al, 2003). Il serait intéressant d'évaluer le rôle de cette protéine, cette dernière pouvant expliquer l'effet de soutien sur la survie des lignées B par les polynucléaires neutrophiles observé même après blocage des protéines BAFF et APRIL. Les cellules tumorales de lymphomes B sont très dépendantes de leur microenvironnement de soutien, c'est pourquoi nous nous sommes intéressés à définir les interactions qu'il pouvait exister entre les polynucléaires neutrophiles et les cellules stromales qui sont une composante essentielle au développement des lymphomes B. les CSMs, retarde Au laboratoire, nous avons mis en évidence une surexpression de la chimiokine IL-8 dans le plasma médullaire de patients atteints de lymphome folliculaire. Cette chimiokine, hautement exprimée par les CSMs issues de patients atteints de FL, induit le recrutement des polynucléaires neutrophiles circulants. Ainsi les CSMs, via la production de chimiokines, moduleraient l'activité des polynucléaires neutrophiles. D'autres facteurs, tel que le GM-CSF ou encore l'IL-6, produit également par la mort programmée des polynucléaires neutrophiles (Raffaghello et al, 2008 ; Cassatella et al, 2011). Ces cytokines pourraient alors expliquer certains évènements relevés dans notre étude. En effet, nous avons montré que les CSMs issues de la moelle osseuse de patients atteints de lymphome folliculaire, de donneurs sains mais aussi des cellules stromales issues d'amygdales, la survie des polynucléaires neutrophiles. En conséquence, il serait intéressant de vérifier jusqu'à quel point et par quels moyens les cellules stromales d'origines ou de localisations différentes modulent l'activité et la survie des polynucléaires neutrophiles. favorisaient - 198 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES Après avoir remarqué une augmentation de la durée de vie des polynucléaires neutrophiles par les cellules stromales, nous nous sommes demandés si ces polynucléaires pouvaient en retour induire des modifications phénotypiques et fonctionnelles sur les cellules du microenvironnement, et plus particulièrement les cellules stromales. en comparaison Dans un premier temps nous avons montré qu'une coopération existait entre les cellules stromales et les polynucléaires neutrophiles. En effet, nous avons démontré que les polynucléaires neutrophiles en culture avec les cellules stromales promouvaient chez celles-ci de meilleures capacités de soutien envers les lignées cellulaires B, cellules stromales/lymphocytes B ou polynucléaires neutrophiles/lymphocytes B. Nous avons confirmé, après analyse génomique, que les polynucléaires neutrophiles conditionnaient les cellules stromales de moelle osseuse et d'amygdale, et induisaient alors un phénotype de stroma lymphoïde. Ce changement phénotypique se vérifiait par la formation d'un réseau de podoplanine et de transglutaminase typique, mais aussi par la surexpression de la molécule d'adhésion ICAM-1 (Amé- Thomas et al, 2007). co-cultures à de simples De plus, l'analyse génomique a mis en évidence une potentielle activation de la voie de signalisation NF-B chez des cellules stromales conditionnées par les polynucléaires neutrophiles. La voie NF-B peut être induite par des stimuli variés. Ainsi, cette voie pourrait être activée chez les cellules stromales par le NET, ce réseau d'ADN relargué par les polynucléaires neutrophiles environnants. Cette hypothèse est à rapprocher des résultats de l'équipe de Sangaletti, qui a mis en évidence que la formation du NET par les polynucléaires neutrophiles induisait l'activation de la voie NF-B dans les lymphocytes B au contact de cette structure (Sangaletti et al, 2014). De manière intéressante, nous avons observé que les polynucléaires neutrophiles répondaient plus fortement à la PMA et formaient plus facilement le NET en présence de cellules stromales. En conséquence, afin de déterminer si le NET est bien responsable de l'activation de la voie NF-B dans les cellules stromales, il serait intéressant de réaliser un traitement à la DNase permettant d'éliminer ces structures et d'évaluer l'expression de cibles de NF-B dans les cellules stromales. - 199 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES La protéine NF-B intervient dans de nombreux processus qui peuvent être opposés. Ainsi NF-B intervient dans l'inflammation, la prolifération, la survie cellulaire, la promotion tumorale, la formation de métastases ou l'angiogenèse mais également NF-B peut exercer des effets anti-prolifératifs et induire la mort cellulaire. Le rôle multifonctionnel de cette protéine explique ainsi pourquoi les cellules stromales conditionnées par les polynucléaires neutrophiles sur-expriment des gènes impliqués dans l'inflammation tels que l'IL-8, le CCL2 ou encore PTGS2. Nous avons confirmé dans des surnageants de cellules stromales conditionnées par les polynucléaires neutrophiles une augmentation des taux de chimiokines telles que l'IL-8 et le CCL2. Ces dernières étaient démontrées comme bioactives, après des déplétions abolissant partiellement la migration des polynucléaires neutrophiles et quasi totalement celle des monocytes. Cette diminution partielle de la migration des polynucléaires neutrophiles, suggère que leur recrutement ne dépend pas uniquement de l'IL-8 mais que d'autres chimiokines pourraient intervenir. Plusieurs chimiokines on été décrites telles que le CXCL1, 2, 3, 5, 6 et 7 (Wuyts et al, 1998 ; Schenk et al, 2002 ; Zhou et al, 2012). L'analyse transcriptomique démontre que les chimiokines CXCL1, 2, 3 et 5 sont surexprimées lorsque les cellules stromales sont conditionnées par les polynucléaires neutrophiles. Ceci expliquerait pourquoi seulement une faible diminution de la migration des polynucléaires neutrophiles est notée en réponse aux surnageants appauvris en IL-8. L'enzyme COX2, codée par le gène PTGS2, intervient dans la production de PGE2. La dérégulation de voie cellulaire COX2/PGE2 est remarquée dans la progression de certains cancers, se traduisant par une augmentation de l'angiogenèse, la dissémination de cellules tumorales favorisant ainsi la formation de métastases et l'induction d'un microenvironnement tumoral immunosuppressif (Greenhough et al, 2009). La surexpression de COX2 permet également aux cellules tumorales d'acquérir une résistance à des apoptoses induites. Une étude récemment menée au laboratoire a pu mettre en évidence que les cellules stromales issues de patients atteints de FL sécrétaient de plus fortes concentrations de PGE2 que les cellules stromales saines (Gallouet et al, 2014). Nos données et ces résultats publiés permettent conjointement d'émettre l'hypothèse que les polynucléaires neutrophiles - 200 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES seraient responsables de la production de PGE2 par les cellules stromales et qu'ils favoriseraient le développement d'un microenvironnement tumoral. En conclusion, les polynucléaires neutrophiles sembleraient intervenir dans la modulation de l'inflammation du microenvironnement tumoral et apparaitraient de plus en plus comme une composante non négligeable du développement des lymphomes B. Rôle des polynucléaires neutrophiles dans l'envahissement médullaire du lymphome folliculaire. Dans 70% des cas de FL, une atteinte médullaire est observée. Jusqu'à présent, peu d'études ont été réalisées afin de caractériser la niche médullaire o peut se développer cette pathologie. Par une analyse immunohistochimique comparant la moelle osseuse de donneurs sains et de patients atteints de FL, nous avons pu montrer la présence de cellules stromales de type lymphoïde au sein des infiltrats présents dans la moelle osseuse (Figure 15). Cette analyse confirme les données publiées par notre équipe - 201 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES en 2012 montrant que les CSMs issues de patients atteints de FL présentaient les caractéristiques d'un stroma lymphoïde normalement présent dans les OLS et inexistant dans la moelle osseuse (Guilloton et al, 2012). Figure 19. Analyse de l'envahissement médullaire de lymphome folliculaire. Les cellules B tumorales sont marquées par un anti-CD20 (bleu), les cellules fibroblastiques réticulaires par un anti- transglutaminase (vert) et les cellules folliculaires dendritiques par un anti-CD21L (rouge). A gauche, moelle de FL envahie, à droite, moelle de FL non envahie. Réalisée par T. Marchand. Comme nous l'avons vu précédemment lors de notre analyse transcriptomique, les CSMs issues de la moelle osseuse de donneurs sains se différencient en cellules stromales lymphoïdes lors de leur conditionnement par les polynucléaires neutrophiles. La réalisation d'une analyse immunohistochimique sur une moelle osseuse envahie de patient atteint de FL a pu mettre en évidence la présence de polynucléaires neutrophiles à la périphérie des infiltrats et au contact des cellules stromales de type lymphoïde (Figure 16). Figure 20. Analyse de la présence de polynucléaires neutrophiles au sein des infiltrats médullaires. Les cellules B tumorales sont marquées par un anti-CD20 (bleu), les cellules folliculaires dendritiques par un anti-transglutaminase (vert) et les polynucléaires neutrophiles par un anti-CD15 (rouge). Réalisée par T. Marchand. - 202 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES Toutes ces données suggèrent un rôle des polynucléaires neutrophiles dans la différenciation des CSMs en cellules stromales de type lymphoïde. Il serait donc intéressant de déterminer si les cellules stromales de patients atteints de FL possèdent le même profil génique que les CSMs issues de donneurs sains et conditionnées par des polynucléaires neutrophiles induisant un phénotype de cellules stromales lymphoïdes. Il serait également intéressant de déterminer si des polynucléaires neutrophiles non matures, majoritairement présents dans la moelle osseuse, seraient capables d'induire ce phénotype. En effet, le marqueur CD15 utilisé lors de l'immunohistochimie est un marqueur exprimé précocement, dès le stade promyélocyte lors de la différenciation des polynucléaires neutrophiles. Durant ma thèse, nous avons mis au point un système de différenciation des polynucléaires neutrophiles à partir de cellules souches issues de sang de cordon. Il serait donc intéressant d'utiliser ce modèle de différenciation afin de déterminer à partir de quel stade de maturation les polynucléaires neutrophiles sont capables d'induire un phénotype de cellules stromales lymphoïde. Les polynucléaires neutrophiles, nouvelle cible thérapeutique du lymphome folliculaire ? la vue de toutes A les données précédemment mentionnées, les polynucléaires neutrophiles pourraient jouer un rôle dans le développement du FL et donc devenir une cible thérapeutique au même titre que les autres cellules immunitaires composant le microenvironnement tumoral du lymphome folliculaire. Les traitements principalement utilisés pour traiter le FL sont basés sur l'utilisation d'anticorps monoclonaux induisant l'activation des cellules effectrices telles que les cellules NKs, les monocytes et les macrophages permettant ainsi d'induire le mécanisme de l'ADCC envers les cellules tumorales. Les polynucléaires neutrophiles expriment eux aussi des FcRs tels que le FcRI (CD64), le FcRIIa (CD32), le FcRIIIa (CD16a), le FcRIIIb (CD16b) et le FcRI (CD89) intervenant dans le mécanisme de l'ADCC et pourraient donc devenir de nouvelles cibles pour le traitement de cette pathologie. La majorité des anticorps thérapeutiques actuellement utilisés pour traiter les cas de lymphomes B sont essentiellement des anticorps d'isotype IgG1 qui - 203 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES interagissent efficacement avec les trois FcRs qui sont le FcRI, le FcRII et le FcRIII. En revanche, les polynucléaires neutrophiles sont incapables de réaliser naturellement l'ADCC et doivent être préalablement activés par des molécules telles que l'INF, le G-CSF ou encore le GM-CSF. Plusieurs études ont déjà été menées afin de déterminer le rôle potentiel que pourrait jouer les polynucléaires neutrophiles dans l'élimination des cellules tumorales. En effet, une étude menée en 2003 a pu mettre en évidence que l'utilisation du Rituximab couplé au G-CSF permettait d'induire l'ADCC par les polynucléaires neutrophiles envers les cellules tumorales (van der Kolk et al, 2003) alors que l'utilisation du GA101, correspondant au Rituximab ayant subit un afucosylation, permettait d'induire la phagocytose de cellules tumorales par les polynucléaires neutrophiles (Golay et al, 2013). En revanche, thérapeutiques d'isotype l'utilisation des anticorps IgG1 comporte également des inconvénients. En effet, il a été décrit que dans certains cas, la fixation d'anticorps au niveau du FcRIIIb pouvait induire des signaux inhibiteurs à l'activation des cellules effectrices. De plus, ces anticorps peuvent se fixer sur des cellules non cytotoxiques telles que les plaquettes ou encore les lymphocytes B. Un autre isotype d'immunoglobuline, l'IgA, peut induire l'ADCC uniquement par l'activation des polynucléaires neutrophiles. Les IgA ont la capacité de se fixer au FcRI (CD89) présent à la surface des polynucléaires neutrophiles induisant la phagocytose, le burst oxydant, le relargage de cytokines, la présentation de l'antigène ainsi que l'ADCC. Une première étude menée en 2002 a pu mettre en évidence que l'utilisation d'un IgA avec du G-CSF permettait d'éliminer les cellules tumorales par les polynucléaires neutrophiles via le mécanisme de l'ADCC. L'un des avantages de l'IgA est que cet anticorps peut être utilisé à des concentrations plus faibles que leurs homologues d'isotype IgG1 tout en ayant la même efficacité de traitement (Dechant, 2002). L'utilisation d'un anticorps anti-CD20, identique au Rituximab mais d'isotype IgA permet d'induire les voies cytotoxiques incluant le CDC ainsi que les voies de signalisation impliquées dans l'arrêt du cycle cellulaire et la mort des cellules cibles. Cet anticorps est également plus efficace que le Rituximab pour le recrutement des polynucléaires neutrophiles (Pascal et al, 2012). L'utilisation d'anticorps bispécifiques, qui ont la capacité de se lier à deux antigènes différents, peut également être une alternative à l'utilisation des anticorps - 204 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES actuellement proposés. En effet, ces anticorps permettent de recruter les cellules effectrices désirées telles que les lymphocytes T, les NKs ou encore les cellules myéloïdes au niveau des cellules cibles provoquant ainsi leur lyse ou encore leur phagocytose. L'un de ces anticorps bispécifiques permet de cibler les cellules tumorales tout en recrutant les polynucléaires neutrophiles de par leur expression du CD64 préalablement induit par un traitement au G-CSF. L'utilisation de cet anticorps dans un modèle murin de lymphome a également pu mettre en évidence la capacité de ce dernier à induire une réponse immunitaire T qui est impliquée dans la survie à long terme et sans rechute de la pathologie (Honeychurch et al, 2000). Une autre étude a également pu mettre en évidence l'efficacité d'un autre anticorps bispécifique ciblant le HLA de classe II et le CD89. En effet, les polynucléaires neutrophiles exprimant le CD89 vont être recrutés et activés en cellules effectrices capables d'induire l'ADCC envers les cellules tumorales exprimant le HLA de classe II (Guettinger et al, 2010). L'utilisation des anticorps de types IgA ou bispécifiques peuvent donc servir comme approche complémentaire aux thérapies actuelles par le recrutement et l'activation des polynucléaires neutrophiles qui représentent une population cellulaire importante. En effet, ce compartiment cellulaire peut être entièrement reconstitué en 3 à 4 semaines seulement après transplantation tout en ayant retrouvé leur capacité cytotoxique. De plus un traitement préalable ou durant l'immunothérapie avec du G- CSF ou du GM-CSF permet d'amplifier le nombre de polynucléaires neutrophiles circulant tout en les activant. - 205 - DISCUSSION ET PERSPECTIVES - 206 - CONCLUSION CONCLUSION Lors de ce travail de thèse, nous nous sommes donc intéressés à caractériser la fonction des polynucléaires neutrophiles au sein du microenvironnement tumoral des lymphomes B. Notre travail a permis de montrer un rôle direct des polynucléaires neutrophiles envers les cellules tumorales pour leur croissance et leur survie mais surtout de mettre en évidence leur capacité à moduler le microenvironnement tumoral lui conférant ainsi de meilleures capacités de soutien envers les cellules tumorales. Cette étude confirme donc que les polynucléaires neutrophiles sont une composante non négligeable du microenvironnement tumoral et pourraient devenir une nouvelle cible thérapeutique pour le traitement des lymphomes B. - 207 - CONCLUSION - 208 - REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES Références Bibliographiques. REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES - 209 - REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES - 210 - REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES Références Bibliographiques Abadie V (2005) Neutrophils rapidly migrate via lymphatics after Mycobacterium bovis BCG intradermal vaccination and shuttle live bacilli to the draining lymph nodes. Blood 106 : 18431850 Abi Abdallah DS, Egan CE, Butcher BA & Denkers EY (2011) Mouse neutrophils are professional antigen-presenting cells programmed to instruct Th1 and Th17 T-cell differentiation. 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Cependant, au cours de ces dernières années, de nombreuses publications suggèrent que ces cellules, retrouvées au sein du microenvironnement de nombreux cancers, pourraient également jouer un rôle dans la tumorigénèse et la progression tumorale. Ces études mettent en évidence leur fréquence comme marqueur pronostique dans différents cancers solides, mais peu de la caractérisation fonctionnelle de ces cellules dans la progression tumorale. Dans de nombreux cancers dont les lymphomes B issus du centre germinatif, les cellules tumorales, qui sont incapables de proliférer et de survivre seules, sont dépendantes de leur microenvironnement de soutien. Dans cette étude, nous avons évalué la fonctionnalité des polynucléaires neutrophiles dans la croissance des lymphomes B. Ainsi, nous avons démontré pour la première fois que les polynucléaires neutrophiles soutiennent directement la croissance et la survie des cellules tumorales de lymphomes B. De plus, un dialogue bidirectionnel existe entre les polynucléaires neutrophiles et les cellules stromales. D'une part, les cellules stromales soutiennent la survie des polynucléaires neutrophiles, qui en retour induisent les caractéristiques d'un stroma lymphoïde. L'induction de ce phénotype permet aux cellules stromales d'acquérir de meilleures capacités de soutien envers les cellules tumorales. Cette étude confirme donc que les polynucléaires neutrophiles sont une composante importante du microenvironnement tumoral, et pourraient devenir une nouvelle cible thérapeutique pour le traitement des lymphomes B issus du centre germinatif. Mots clés : polynucléaires neutrophiles, cellules stromales, microenvironnement tumoral, lymphome B ABSTRACT lymphomas, For long time, neutrophils have only been considered as cells involved in the innate immune response. More recently, in descriptive publications, neutrophils were found in the microenvironment of many solid cancers, hypothesizing that they could also play a role in tumorigenesis and cancer progression. These studies highlighted the prognostic value of their frequency, but few of them focused on the functional characterization of these cells in tumor growth. In many cancers, including germinal centre-derived B-cell their microenvironment to proliferate and survive. In this study, we focused on the role of neutrophils in the progression of B-cell lymphomas, and for the first time we demonstrated that neutrophils directly support the growth and survival of tumor B- cells. In addition, we highlighted the existence of bidirectional cooperation between neutrophils and stromal cells. In one hand stromal cells support the survival of neutrophils. On the other hand, neutrophils induce a lymphoid stroma phenotype which is well known to enhance their supportive effect on tumor cells. This study demonstrates tumor microenvironment and may be considered as a potential therapeutic target for the treatment of B-cell lymphomas. Key words : neutrophils, stromal cells, tumor microenvironment, B-cell lymphoma that neutrophils are a significant component of tumor cells are dependent on the | HAL | Scientific |
Activité physique et consommation de fruits et légumes : représentations sociales en fonction de l'âge | WMT16 | Scientific |
La voie intramusculaire d'injection (IM) est utilisée en médecine pour l'administration de certains médicaments.
Description
Les sites d'injection préférentiels sont : le quadrant supéro-externe du muscle grand fessier, le deltoïde, le droit antérieur, plus rarement le quadriceps, notamment le vaste externe.
Avant l'injection, il convient d'expliquer au patient la nature du geste afin de lever d'éventuelles craintes. Une anesthésie locale topique peut être utile.
Les règles d'hygiène habituelles sont à respecter, notamment lavage des mains de l'opérateur et de la zone d'injection ; l'emploi de solutions hydroalcooliques est recommandé.
Afin de ne pas injecter accidentellement en intraveineux, l'opérateur tire légèrement sur le piston de la seringue pour vérifier l'absence de reflux avant d'injecter. En cas de reflux sanguin, l'injection est arrêtée et reprise sur un site différent.
Emploi
La voie intramusculaire d'injection sert pour injecter des vaccins, certains antibiotiques, pour lutter contre les douleurs aigus (colique néphrétique - colique hépatique) avec des antalgiques, et en psychiatrie pour injecter des neuroleptiques ou sédatifs, parfois sans consentement.
Le produit injecté peut être absorbé plus ou moins rapidement en fonction de ses propriétés pharmacocinétiques.
Exemples de produits pouvant être administrés par voie IM :
la plupart des antibiotiques par voies injectable ;
le métoclopramide ;
la codéine ;
certains antalgiques ;
certains anti-inflammatoires corticoïdes ou non stéroïdoiens (AINS) ;
la plupart des vaccins.
en injection retard :
certains neuroleptiques ;
les hormones ;
certains contraceptifs (médroxyprogestérone).
Avantages
La vitesse de résorption est variable, mais elle est généralement très bonne (importante vascularisation des muscles). En cas de difficulté à trouver une veine, la voie intramusculaire a l'avantage d'être toujours facile à réaliser.
Inconvénients et risques
Le muscle est un volume qui ne possède pas d'espace vide pouvant recevoir une substance supplémentaire. La quantité injectée doit donc être réduite.
Le traumatisme musculaire est susceptible de provoquer un saignement. C'est une voie contre-indiquée en cas de risque hémorragique (notamment de traitement anticoagulant oral par antivitamines K), du fait de la possibilité d'apparition d'un hématome important, parfois compressif.
L'injection intramusculaire comporte des risques peu fréquents. Elle peut ainsi entrainer une lésion d'un nerf. En cas de faute d'asepsie, il peut également se former un abcès dans le muscle.
Notes et références
Liens externes
Ressources relatives à la santé : Medical Subject Headings NCI Thesaurus
Ressource relative à la recherche : JSTOR
Injection intramusculaire chez l'adulte sur le site des hôpitaux universitaires de Genève.
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Boundary Way Hemel Hempstead Herts HP2 7UD Royaume Uni. | EMEA_V3 | Medicinal |
Bien que le terme de thérapies ciblées soit couramment employé, les radiothérapeutes et radiobiologistes ont développé depuis longtemps de nombreux efforts pour exploiter les différences biologiques qu'ils avaient identifiées entre tumeurs et tissus sains On peut citer l'exemple du 5-fluoro-uracile qui a été utilisé en association à l'irradiation au décours de la mise en évidence d'une prolifération accrue des cellules tumorales La connaissance de l'importance de l'hypoxie dans les phénomènes de radiorésistance a également conduit au développement de radiosensibilisants de cellules hypoxiques utilisés pendant l'irradiation Bien que ce type d'approche exploitant des différences biologiques entre tumeurs et tissus sains ait montré son efficacité dans certaines études randomisées, les résultats de ces thérapeutiques laissent une grande marge de progression pour le développement de nouvelles stratégies, à la fois en termes d'efficacité antitumorale et aussi de tolérance pour les tissus sains Une meilleure connaissance des mécanismes impliqués au cours de la cancérogenèse a permis d'identifier des événements moléculaires caractéristiques des cellules tumorales Grâce aux progrès de la biochimie structurale, ces découvertes offrent de nouvelles potentialités dans le traitement ciblé des cancers grâce au développement d'inhibiteurs sélectifs de ces processus Plusieurs voies de signalisation impliquées dans les phénomènes de radiorésistance ont ainsi été mises en évidence ; impliquant l'oncogène ras, les récepteurs de la famille Erb, les PI3-kinases ainsi que des inhibiteurs spécifiques des cyclooxygénases et de l'angiogenèse Le gain potentiel de la combinaison de ces nouveaux inhibiteurs avec l'irradiation semble exister d'après les données précliniques, mais des incertitudes existent quant à l'innocuité de ces approches combinées sur les tissus sains Par ailleurs, l'irradiation induit des changements biologiques complexes, pouvant modifier les cibles de ces thérapeutiques, moduler leur expression et leur phosphorylation : ceci suggère que l'utilisation de thérapies ciblées avec la radiothérapie doit être nécessairement abordée par une approche dynamique des anomalies de la cellule tumorale et son environnement Nous prendrons trois types d'exemples d'approches modulant la réponse tumorale après irradiation Le premier exemple ciblant les cellules nécessaires à la vascularisation tumorale c'est à dire les thérapies antiangiogéniques Parmi les nombreux autres types d'approches visant directement les voies de signalisation de la cellule tumorale (anti-EGFR, Anti-HER2-Neu, inhibiteurs de Ras), nous présentons ici brièvement notre expérience avec les inhibiteurs de cyclooxygénase-2 (COX-2) et les inhibiteurs du récepteur Insulin Growth Factor-1 Les approches antiangiogéniques L'exemple des thérapies antiangiogéniques concomitantes à l'irradiation illustre bien la nécessité d'appréhender de façon dynamique après irradiation l'interaction entre cellules tumorales et environnement vasculaire péritumoral Les thérapeutiques ciblant la vascularisation tumorale sont l'objet de nombreuses études précliniques soulignant leur potentiel en association avec l'irradiation Le fait que la cellule endothéliale soit beaucoup plus stable génétiquement que les cellules tumorales qui présentent par définition de nombreux remaniements génétiques , suggère que les agents antiangiogéniques soient plus largement applicables que les approches antitumorales ciblées En effet les agents antiangiogéniques n'ont pas en particulier besoin d'être adaptés aux spécificités biologiques propres à chaque tumeur L'importance de l'angiogenèse dans le développement et la survie des cellules tumorales a été mise en évidence par les travaux princeps de Judah-Folkman En particulier, il a été le premier à mettre en évidence le fait qu'une tumeur in vivo ne peut se développer au-delà d'un diamètre de 3 mm sans solliciter son lit vasculaire ces 3 mm correspondant à la distance de diffusion passive des nutriments Ces travaux ont mis en évidence l'interrelation étroite entre le développement d'un réseau vasculaire péri- et intratumoral et la croissance de la tumeur Plus récemment, de nombreux travaux ont suggéré que la cible de l'irradiation n'était pas seulement les cellules tumorales mais aussi les cellules de l'environnement péritumoral En particulier, les travaux de Garcia-Barros et al soulignent l'importance de l'apoptose des cellules endothéliales dans la radiocurabilité de tumeurs chez l'animal Avantages conceptuels à cibler l'angiogenèse tumorale Il existe au moins quatre avantages théoriques à cibler la vascularisation tumorale : les cellules endothéliales sont plus facilement accessibles aux agents antiangiogéniques que ne le sont les agents ciblant directement les cellules tumorales : ces agents ont en effet besoin de pénétrer au sein de volumes tumoraux souvent mal perfusés et o règnent des pressions interstitielles extrêmement élevées : la probabilité de rencontre entre une molécule cytotoxique et une cellule tumorale clonogène peut ainsi être considérée comme faible par de nombreuses équipes ; l'angiogenèse est un phénomène relativement rare et strictement régulé chez l'adulte : il n'est quasiment observé que lors des phénomènes de cicatrisation et d'ovulation Par conséquent, les thérapies antiangiogéniques pourraient en théorie offrir un index thérapeutique satisfaisant ; chaque capillaire tumoral vascularisant plusieurs milliers de cellules tumorales, les thérapeutiques antiangiogéniques devraient avoir un effet synergique avec des traitements cytotoxiques ; des études précliniques récentes ont montré que les agents antiangiogéniques ont un effet antitumoral limité lorsqu'ils sont utilisés en monothérapie De nombreux modèles tumoraux mettent en évidence le fait que la combinaison de ces agents à l'irradiation potentialise les effets antitumoraux des rayonnements ionisants L'usage concomitant des agents antiangiogéniques et de l'irradiation semble aller à l'encontre des données classiques sur le rôle de l'hypoxie comme facteur majeur de radiorésistance ; ces molécules entranant une baisse de la vascularisation tumorale et a priori une baisse attendue de la concentration tissulaire en oxygène Cependant, des travaux récents montrent que la pression partielle en O 2 pourrait au contraire augmenter après l'utilisation concomitante d'antiangiogéniques et d'irradiation Une tumeur dépourvue de vaisseaux ne peut pas dépasser 12 mm 3 , ce qui correspond précisément à la distance de diffusion passive des nutriments à partir des vaisseaux Ainsi, pour se développer les tumeurs ont besoin de créer de nouveaux vaisseaux, cette transition angiogénique ou angiogenic switch , est sous la dépendance de facteurs de régulation à la fois positive (VEGF et FGF, TGF alpha et bêta) et aussi sous celle de facteurs négatifs (angiostatine, endostatine, thrombospondine et IFN-alpha) Ces facteurs régulent la prolifération des cellules endothéliales et la formation de néovaisseaux Cette formation de néovaisseaux est aussi modulée par des processus de dégradation de la matrice extra cellulaire, eux-mêmes liés à des évènements RR biochimiques complexes, en particulier l'activité des MMPs (métalloprotéases matricielles) Un des facteurs de croissance majeurs pour la cellule endothéliale est le VEGF , facteur antiapoptotique pour les cellules endothéliales sécrété par la majorité des tumeurs solides L'expression de VEGF est induite par différents facteurs de croissance, notamment, IGF-I, IGF-II, EGF et PDGF Deux voies de signalisation intracellulaires impliquées dans la cancérogenèse conduisent à l'augmentation d'expression de VEGF, la voie MAPK et la voie PI3-K/Akt qui induit la stabilisation du facteur HIF ( Hypoxia inducible factor ) Hypoxie, angiogenèse et irradiation : une relation dynamique L'oxygène est un radiosensibilisant, les cellules irradiées en présence d'oxygène sont environ trois fois plus radiosensibles que les cellules irradiées en conditions d'hypoxie sévère L'existence de zones d'hypoxie au sein des tumeurs a été confirmée par les études cliniques et précliniques L'hypoxie chronique est la résultante d'une diffusion limitée de l'oxygène L'hypoxie peut également résulter d'un flux sanguin intermittent provenant d'une vascularisation anormale Cette hypoxie intermittente diffère de l'hypoxie chronique car elle est le siège d'une zone comportant des cellules qui non seulement sont radiorésistantes mais qui de surcrot possèdent aussi une activité proangiogénique marquée La vascularisation tumorale est anormale et les cellules endothéliales bordant la paroi des vaisseaux tumoraux n'ont pas les mêmes propriétés que les vaisseaux normaux En conséquence, l'augmentation de la densité vasculaire tumorale ou l'augmentation d'expression de VEGF ne se traduisent pas nécessairement par une majoration de l'oxygénation tumorale Par ailleurs, l'hypoxie induit la stabilisation du facteur HIF qui lui-même induit l'expression de VEGF, puissant facteur de croissance des cellules endothéliales, suggérant l'existence d'une boucle activatrice entre hypoxie et angiogenèse L'hypoxie et les radiations ionisantes peuvent également induire l'expression de VEGF et par là-même, dans certains types de modèles expérimentaux et dans une certaine gamme de dose, l'irradiation peut paradoxalement être proangiogénique L'irradiation peut en effet intensifier les processus angiogéniques L'irradiation d'un grand nombre de lignées cellulaires peut ainsi entraner une augmentation de l'expression de VEGF , cette augmentation faisant partie des processus de réponse cellulaire au stress qui comporte aussi l'induction d'un large éventail de facteurs de croissance et de cytokines L'irradiation peut induire la phosphorylation du récepteur EGFR qui peut à son tour activer la voie des MAPK-kinases, pouvant entraner l'expression de VEGF Il est possible que l'induction des processus d'angiogenèse par la radiothérapie constitue un élément dynamique de la résistance tumorale à l'irradiation De nombreux agents antiangiogéniques ont été utilisés dans des modèles précliniques en combinaison avec l'irradiation, en particulier l'angiostatine , les inhibiteurs du récepteur tyrosinekinase au VEGF, ainsi que des anticorps monoclonaux anti-VEGF Les mécanismes de radiosensibilisation proposés sont nombreux : inhibition de la formation de néovaisseaux, radiosensibilisation directe des cellules endothéliales par induction d'apoptose, radiosensibilisation directe des cellules tumorales et diminution de la fraction hypoxique Des études utilisant une approche d'inhibition spécifique du récepteur VEGFr en association avec l'irradiation ont mis en évidence un effet radiosensibilisant in vitro avec une majoration de la mort des cellules endothéliales sans modifier celle des cellules tumorales en comparaison avec la radiothérapie seule In vivo des effets supra-additifs ont ainsi été mis en évidence Il a été suggéré que l'administration d'anti-VEGFr entranerait l'inhibition de la stimulation de la survie des cellules endothéliales induite par l'irradiation, ce qui casserait la boucle activatrice cellule tumoraleirradiationVEGFcellule endothéliale Les résultats obtenus avec les inhibiteurs spécifiques de tyrosine-kinase, notamment avec le Su6668 , qui inhibe spécifiquement les trois récepteurs VEGFr, bFGFr, et PDGFr suggèrent que les facteurs de croissance endothéliale FGF et VEGF donnent lieu à une radiorésistance des cellules endothéliales Des travaux récents suggèrent que l'apoptose des cellules endothéliales serait un élément clef de la réponse tumorale in vivo : Garcia-Barros et al ont montré que la même tumeur greffée chez des souris déficientes en sphingomyélinase (c'est-à-dire résistantes à l'apoptose) ou chez des souris normales répondent de façon radicalement différente à l'irradiation Chez les souris sphingomyélinase résistantes à l'apoptose, il n'est pas possible de trouver une dose d'irradiation entranant une réponse tumorale complète alors qu'une dose de 15 Gy entrane une réponse tumorale complète chez les souris normales Les auteurs ont montré qu'une des différences majeures entre les deux groupes d'animaux est l'apoptose des cellules endothéliales et suggèrent que l'apoptose de ces cellules serait l'élément majeur de la réponse tumorale à l'irradiation in vivo Bien que discutés car n'exploitant pas des doses et fractionnements d'irradiation compatibles avec la clinique , ces résultats bouleversent le concept de radiosensibilité intrinsèque, le dogme classique o seules les SF2 tumorales définissent la radiosensibilité , et mettent en avant le rôle majeur de la radiosensibilité extrinsèque , c'est-à-dire la part des cellules endothéliales ainsi que celle de la matrice extracellulaire dans la radiosensibilité tumorale globale Il a justement été récemment proposé que dans les situations o l'irradiation était inefficace, les cellules tumorales interagissent avec leur environnement péritumoral de manière complexe L'hypoxie autant que l'irradiation pouvant stimuler l'expression de VEGF et stimuler l'angiogenèse Ces nouvelles données étant prises en compte, l'utilisation concomitante d'agents antiangiogéniques pourrait alors permettre de limiter les effets stimulant du VEGF pour l'angiogenèse Les approches antiangiogéniques : un risque de majorer l'hypoxie ? L'action des agents antiangiogéniques sur l'hypoxie est encore une fois paradoxale : on pourrait penser que leur utilisation entranerait une baisse de la vascularisation tumorale et une majoration de l'hypoxie tissulaire, elle-même facteur de radiorésistance Les données expérimentales montrent qu'au contraire les antiangiogéniques diminuent l'hypoxie tissulaire et que l'utilisation d'anticorps dirigés contre VEGF est associée à une diminution de l'hypoxie Pour expliquer ce phénomène, il est possible que cette majoration de la perfusion tissulaire soit la conséquence d'une diminution de la consommation d'oxygène par les cellules endothéliales et tumorales de même que le résultat d'une réorganisation de la paroi des capillaires tumoraux : les néovaisseaux tumoraux induits par le VEGF présentant des modifications architecturales limitant leur capacité de l'oxygène En dehors des antiangiogéniques purs, tels que les inhibiteurs de VEGFr qui bloquent le développement des néovaisseaux, existe une autre classe thérapeutique : les molécules ciblant les vaisseaux existants : ces agents déstabilisent la structure cellulaire, le cytosquelette des vaisseaux existants et entranent une occlusion vasculaire Dans cette classe d'agents on peut citer la combretastatine et le ZD6126 qui ont montré leur potentiel en association avec l'irradiation dans des modèles expérimentaux Une donnée intéressante est la nécessité de matriser les schémas d'administration de ces médicaments dans le temps Les études menées avec le ZD6126 ont ainsi montré que ce produit pouvait potentialiser les effets antitumoraux de l'irradiation s'il était administré 24 heures avant ou une heure après l'irradiation, mais lorsque ce produit était introduit une heure avant l'irradiation, aucun effet radiosensibilisant n'était observé Un des soucis majeurs de l'évaluation de ces nouvelles thérapies est le manque de modèles précliniques permettant d'évaluer leur toxicité sur les tissus sains En particulier il a été montré par Paris et al que la modulation de l'apoptose des cellules endothéliales par les céramides et le FGF après irradiation affecte directement celle des cellules entérocoliques de l'intestin grêle et la fréquence des effets de l'irradiation sur ce même intestin grêle L'existence d'un effet différentiel tumeurtissu sain devra donc rester un critère essentiel lors de l'évaluation lors d'essais cliniques précoces de ces thérapeutiques antiangiogéniques combinées La cellule endothéliale est-elle la bonne cible ? Le ciblage direct des cellules endothéliales possède donc des inconvénients théoriques Ces inconvénients résident dans le fait que l'inhibition des cellules endothéliales devrait non seulement moduler la radiosensibilité des tumeurs mais aussi celle des tissus sains Une autre approche de radiosensibilisation par le biais des cellules endothéliales cherche ainsi à optimiser l'effet différentiel tumeurtissus sains Afin d'exploiter au mieux ce paramètre, il serait nécessaire de cibler sélectivement les vaisseaux tumoraux Un des moyens est d'agir en amont du processus d'angiogenèse, c'est-à-dire d'inhiber les voies de signalisation induisant la synthèse de facteurs stimulant l'angiogenèse au sein de la cellule tumorale Il s'agit de bloquer la boucle activatrice de l'angiogenèse à son origine : cibler la cellule tumorale afin d'empêcher tout effet radio protecteur de la tumeur sur la cellule endothéliale induit par la production de facteur de croissance comme le VEGF ou le FGF Ce type d'approche pourrait non seulement majorer la réponse à l'irradiation mais aussi avoir un effet sélectif sur la vascularisation tumorale L'induction de l'expression de VEGF et de FGF par l'hypoxie et l'irradiation de cellules tumorale est sous la dépendance étroite du facteur HIF À l'opposé, la sur-expression de HIF dans des cellules tumorales induit l'expression de facteurs de croissance dans le milieu de culture cellulaire qui peut conférer une radiorésistance aux cellules endothéliales Or, parmi ces facteurs de croissance se trouvent FGF et VEGF La mise au point d'inhibiteurs biochimiques spécifiques de HIF, le YC-1 à permis de valider ces concepts in vivo : en effet l'utilisation concomitante de YC-1 et de l'irradiation chez l'animal entrane un effet supra-additif lié à une diminution précoce de la vascularisation tumorale L'intérêt majeur de ce type d'approche est l'absence, tout du moins théorique, d'impact de l'inhibition sélective d'HIF sur la radiosensibilité des cellules endothéliales des tissus sains, donc à priori un index thérapeutique supérieur HIF est un facteur constamment présent dans les cellules tumorales : dans des conditions d'hypoxie, HIF n'est plus dégradé et s'accumule dans les cellules Cette accumulation est causée par l'activation d'une voie de signalisation, la voie PI3-kinaseAkt Celle-ci est fréquemment dérégulée au cours des processus de tumorigénèse Les approches de modulation pharmacologiques de cette voie entranent également une inhibition de l'expression de HIF Ces inhibiteurs de la voie PI3-kinase Akt sont radiosensibilisants , même si la part de l'effet antiangiogénique dans l'effet antitumoral de ce type d'approche combinée à la radiothérapie reste à déterminer L'exemple des inhibiteurs de métalloprotéases couplés à l'irradiation comme stratégie antiangiogénique Récemment, nous avons également étudié l'intérêt que pouvait présenter l'inhibition d'une protéase au cours de l'irradiation tumorale dans un modèle de mélanome Nous avons utilisé le Metastat , inhibiteur des métalloprotéases matricielles (MMP), en particulier des MMP-2 et MMP-9 Ces MMP participent non seulement au remodelage matriciel (permettant la croissance des néovaisseaux), mais sont aussi capables de stimuler directement l'angiogenèse par libération de VEGF à partir de la matrice extracellulaire De surcrot, la protéase MMP-2 permet aux cellules tumorales d'acquérir des propriétés invasives, c'est-à-dire, en détruisant la matrice extra cellulaire adjacente à la tumeur, de permettre aux cellules néoplasiques de franchir la membrane basale des vaisseaux, d'assurer sa propre croissance, et, à terme de donner des métastases De même, pour le VEGF, nous avons remarqué que l'irradiation était capable d'induire l'expression de MMP-2 Il semble donc, comme pour VEGF, exister un signal radio-induit paracrine protégeant non seulement la tumeur, mais aussi son endothélium En effet, la surexpression de MMP-2 s'accompagne de l'induction de VEGF, VEGF-R et de la stimulation de prolifération des cellules endothéliales Ceci souligne la complexité des interrelations existant entre tumeur, stroma et endothélium péritumoral L'adjonction d'un inhibiteur spécifique de MMP-2, le Metastat , de manière concomitante à l'irradiation nous a permis de constater non seulement une majoration de l'effet antitumoral de l'irradiation, mais également une puissante action antiangiogénique ; celle-ci ayant été confirmée par de nombreuses techniques, y compris de manière dynamique avec l'écho-doppler couleur Au plan physiologique, il semble aujourd'hui clairement établi que les MMPs sont situées en amont de facteurs tels que FGF et VEGF, ce qui explique pourquoi un effet antiangiogénique a pu être observé lors de l'association de cet inhibiteur des MMPs à l'irradiation Les inhibiteurs de cyclooxygénase-2 (COX-2) La cyclooxygenase-2 est une enzyme inductible qui est surexprimée dans un grand nombre de tumeurs solides (sein, ORL, prostate, poumons, colon et rectum, pancréas) Les inhibiteurs de cyclooxygénase 1 et 2 possèdent des propriétés radiosensibilisantes in vitro Plus récemment des inhibiteurs sélectifs de la cyclooxygenase-2, moins toxiques pour les plaquettes et pour l'épithélium digestif et aussi plus efficaces pour inhiber COX-2 ont montré une efficacité sur des lignées tumorales sur exprimant COX-2 Les inhibiteurs de COX-2 à la fois in vitro et in vivo radiosensibilisent un grand nombre de lignées tumorales avec un ratio d'augmentation de la radiosensibilité d'un facteur 1, 7 Par ailleurs, la combinaison d'inhibiteurs de COX-2 avec la radiothérapie ne semble pas majorer les effets de l'irradiation sur les tissus cutanés et digestifs chez la souris Il semble que les effets des inhibiteurs de COX-2 soient multiples, une augmentation de l'apoptose radio induite à été observée in vitro et in vivo , une inhibition de l'angiogenèse est également probable, les inhibiteurs de COX-2 inhibant l'expression de VEGF Nous avons utilisé un inhibiteur de COX-2 dans un modèle de cancer de prostate humain hormonorésistant et observé un effet radiosensibilisant à la fois in vitro et in vivo du NS398 , inhibiteur sélectif de COX-2 Cet effet radiosensibilisant a été observé alors que ce modèle tumoral ne sur-exprime pas COX-2 à l'état basal En revanche, nous avons montré qu'après irradiation les cellules tumorales sur-expriment COX-2, ce qui suggère que l'induction de COX-2 par l'irradiation serait nécessaire à l'effet d'inhibiteurs de COX-2 dans ce modèle En résumé, nous avons mis en évidence une relation dynamique pour le profil d'expression de COX-2 après irradiation, l'irradiation majorant les niveaux d'expression de la cible de l'inhibiteur thérapeutique de COX-2 De nombreux essais cliniques précoces sont actuellement en cours associant radiothérapie, inhibiteurs de COX-2 et parfois cisplatine en particulier dans les carcinomes du col utérin, de la sphère ORL et prostatique Par ailleurs, d'autres inhibiteurs de COX-2 ayant un pouvoir d'inhibition supérieur aux inhibiteurs de COX-2 actuellement disponibles (rofécoxib et celecoxib notamment) sont actuellement en développement, ils devraient avoir un potentiel supérieur d'utilisation en cancérologie Les premiers résultats des études en cours associant inhibiteurs de COX-2 et irradiation sont attendus dans les prochains mois Le récepteur Insulin growth factor 1 : IGF1R IGF1R est un récepteur exprimé sur la grande majorité des types cellulaires en dehors de hépatocytes et des cellules B matures Activé par ses ligands, IGF1R peut stimuler la prolifération cellulaire, inhiber l'apoptose, induire la différentiation cellulaire IGF1R semble être également impliqué dans la cancérogenèse L'importance d'IGF1R dans la transformation tumorale repose sur le fait que les cellules fibroblastiques murines embryonnaires IGF1R/ ne peuvent être transformées par les oncogènes Ras, SV40 ni par les oncoprotéines virales du virus Human papilloma virus E7 ou par l'hyperexpression des récepteurs EGFr et PDGFr Par ailleurs, la down regulation d'IGF1R par des techniques de dominants négatifs ou d'antisens entrane une apoptose massive des tumeurs in vitro et in vivo L'hyper expression d'IGF1R entrane une inhibition de l'apoptose induite par un grand nombre d'agents, en particulier l'étoupiller, la déprivation en IL-3, le choc osmotique, le TNF alpha, p53 et les radiations ionisantes Une caractéristique intéressante est l'absence d'effet de l'inhibition d'IGF1R sur la prolifération de cellules non tumorales IGF1R est en revanche indispensable à la croissance cellulaire indépendante de l'ancrage Cet effet différentiel, entre la croissance normale (adhérentes) et cellules transformées (indépendantes de l'ancrage), pourrait supporter le concept de ciblage d'IGF1R en cancérologie Trois voies de signalisation antiapoptotiques sont effectrices d'IGF1R La première décrite et probablement la principale est la voie IRS-1, PI3 K et AKT Cependant, des études montrent l'absence d'effet de l'inhibition des PI3 K sur IGF1R, ce qui suggère l'existence de voies alternatives de signalisation comme la voie des MAPK et la voie de Raf-1 qui repose sur la translocation mitochondriale de Raf-1 et de Nedd4 qui sont des substrats de clivage de caspases Récemment, nous avons utilisé un inhibiteur de tyrosine kinase spécifique du récepteur IGF1R dans un modèle de carcinome mammaire humain MCF7 Nous avons mis en évidence une diminution de la survie des cellules tumorales après irradiation associée à une induction de l'apoptose radio-induite Paradoxalement, cette approche ne semble pas modifier la radiosensibilité des tissus sains, ce qui suggère l'existence d'un effet différentiel tumeurtissus sains Plusieurs types d'approches thérapeutiques ciblées sont aujourd'hui disponibles et semblent potentiellement transférables dans le cadre d'études cliniques précoces Parmi ces approches, on peut distinguer trois grands types d'approches différents : les thérapeutiques dirigées spécifiquement contre une fonction biochimique spécifique (activité tyrosine kinase), c'est le cas de l'inhibition de Bcr-Abl avec le Gleevec initialement mais aussi des stratégies anti-EGFR comme l'Iressa Ces thérapeutiques sont très efficaces mais la survenue d'une seule mutation de leur cible peut les rendre inefficaces Leur bonne utilisation nécessite à priori la recherche de mutations de la cible et l'absence de mutation des voies de signalisation sous jacentes ; les thérapeutiques dirigés contre des récepteurs ou des voies de signalisation ubiquitaires , c'est l'exemple des stratégies anti-GF1R : leur cible est ubiquitaire, en revanche l'activité IGF1R semble indispensable à la croissance d'un grand nombre de modèles tumoraux alors que cette même inhibition n'affecte pas les tissus sains L'avantage de ce type d'approche est de ne pas dépendre strictement de la biologie tumorale Par ailleurs, le fait que le récepteur cible, IGF1R possède une activité pléiotrope sur les voies de signalisation, on peut penser qu'une seule mutation des voies de signalisation d'aval n'entranera pas d'inefficacité de cette approche ; les approches qui ne ciblent pas la tumeur mais son environnement , en particulier l'environnement vasculaire C'est l'exemple des thérapies antiangiogéniques qui semblent également être applicables de façon indépendante de la biologie tumorale Il est à souligner que l'innocuité de ce type d'approche pour les tissus sains devra rester une préoccupation majeure au cours du développement clinique en association avec l'irradiation Bien que les concepts et les approches de biomodulation en radiothérapie soient nombreux, il faut souligner la grande difficulté voire l'absence de modèles précliniques fiables permettant d'évaluer les effets de ce type d'approche sur les tissus sains et tout particulièrement les effets tardifs La préservation de l'index thérapeutique donc rester au tout premier plan lors des évaluations cliniques à venir associant ces nouvelles thérapeutiques à la radiothérapie. | ISTEX | Scientific |
faible taux de CD4 (< 200 lymphocytes CD4/ mm3) et présentant des lésions cutanéo-muqueuses ou viscérales étendues. | EMEA_V3 | Medicinal |
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LE R'ETR'ECISSEMENT MITRAL CONG'ENITAL PUR. (A PROPOS D'UNE OBSERVATION ANATOMO-CLINIQUE ET H'EMODYNAMIQUE) | WMT16 | Scientific |
Le retentissement coronarien des dyskinésies oddiennes. Role nocif la morphine. Action salutaire des corps nitrés | WMT16 | Scientific |
Voies de la douleur. Importance physiologique du premier relais spinal | WMT16 | Scientific |
Conduite a tenir en présence d'un sujet présentant une sérologie VIH positive | WMT16 | Scientific |
Un grand nombre d' études publiées ont démontré l' efficacité et la sécurité de la ciprofloxacine, en utilisant la dose intraveineuse de 200 à 400 mg deux fois par jour et la dose orale correspondante de 250 à 500 mg deux fois par jour pour le traitement des infections urinaires. | EMEA_V3 | Medicinal |
Université de Picardie Jules Verne Faculté de Médecine Année 2019 n de thèse : 2019 87 Etude de Survie des Cancers Bronchiques Non à Petites Cellules Oligométastatiques traités par Radiothérapie Stéréotaxique au CHU d'Amiens Picardie Thèse pour le doctorat en médecine (Diplôme d'Etat) Spécialité : Pneumologie Présentée et soutenue publiquement le vendredi 6 septembre 2019 par HERREMAN Chloé Président du jury : - Monsieur le Professeur Vincent JOUNIEAUX Membres du jury : - Monsieur le Professeur Claude KRZISCH - Monsieur le Professeur Bruno CHAUFFERT - Madame le Professeur Claire ANDREJAK - Monsieur le Docteur Maurice PEROL Directeur de thèse : - Monsieur le Docteur Mickal-Edouard BAUD 1 REMERCIEMENTS Monsieur le Professeur Vincent JOUNIEAUX Professeur des Universités-Praticien Hospitalier (Pneumologie) Chef du Service de Pneumologie, Pôle Cœur - Thorax - Vaisseaux Chef du Service de Réanimation Respiratoire, Pôle Anesthésie Réanimations Vous me faites l'honneur de juger et présider cette thèse. Soyez assuré de ma plus profonde reconnaissance et de mon sincère respect. Durant ces années d'internat vous avez été un modèle de bienveillance et un chef profondément empathique. Apprendre à vos côtés a été un enrichissement intellectuel et humain. Votre philanthropie restera pour moi un exemple que j'aspire à mettre en œuvre au quotidien. Vous avez toujours fait des internes et de l'enseignement une priorité, et pour cela les étudiants amiénois sont chanceux. Je vous prie de trouver ici l'expression de ma gratitude. Monsieur le Professeur Claude KRZISCH Professeur des Universités-Praticien Hospitalier (Cancérologie, radiothérapie) Oncopôle Vous me faites l'honneur de participer à mon jury de thèse. Je vous remercie d'avoir accepté de juger ce travail. Merci de partager votre savoir, tant sur le plan médical que sur le plan de l'Histoire des Civilisations. Soyez assuré de ma profonde reconnaissance. Monsieur le Professeur Bruno CHAUFFERT Professeur des Universités-Praticien Hospitalier Chef du service d'Oncologie médicale CHU d'AMIENS Vous me faites l'honneur de participer à mon jury de thèse. Je vous remercie d'avoir accepté de juger ce travail. Merci pour votre disponibilité lors de nos projets de DESC, j'espère que ce travail vous satisfera. Recevez mes plus sincères remerciements et ma profonde gratitude. 2 Madame le Professeur Claire ANDREJAK Professeur des Universités Praticien Hospitalier (Pneumologie) Tu me fais l'honneur de participer à mon jury de thèse. Depuis le début tu as été une source d'enseignement, toujours volontaire pour nos projets, à nous guider sans relâche malgré toutes tes activités. Merci pour ta disponibilité et ton investissement pour chacun d'entre nous. Je te remercie pour la confiance que tu m'as témoignée toutes ces années. Merci pour les statistiques, tu es parvenue à rendre cette discipline moins obscure (pour ne pas dire plus claire, sans mauvais jeu de mots). Reçois l'expression de ma reconnaissance et mon profond respect. Monsieur le Docteur Maurice PEROL, Médecin Spécialiste des Centres de Lutte Contre le Cancer (Pneumologie) Merci d'avoir accepté de juger cette thèse, et d'avoir traversé la France si naturellement. C'est un honneur et une joie pour moi de vous avoir dans ce jury de thèse. Merci pour votre enseignement pendant ces six mois dans votre service (en particulier les scores ECB et EFAL, qui me suivront toute ma carrière). Vous êtes un modèle d'humanité et de didactisme, apprendre à vos côtés a été un honneur et une chance que je souhaite à chaque interne. J'espère que l'avenir nous permettra à nouveau de travailler ensemble. Soyez assuré de ma profonde reconnaissance. 3 Monsieur le Docteur Mickal-Edouard BAUD, Assistant Spécialisé (Pneumologie) Merci pour ton soutien infaillible durant tout mon internat, ta gentillesse et ton calme en toute situation sont deux vertus que j'aimerai te copier (contrairement à ta mauvaise fortune de garde que je te laisse volontiers). Tu as été un pilier pour ce projet, que tu as d'ailleurs accepté d'emblée et sans râler (chose assez rare pour être soulignée) et j'espère avoir été à la hauteur. Tu as su me guider dans mes moments de doute et m'apaiser dans les (nombreux) moments de stress. Merci aussi pour tous ces fous rires, tous ces voyages à titre purement professionnel en ta compagnie à travers la France pour devenir de meilleurs médecins (DESC à Toulouse et à Lille mais aussi DIU à Marseille), et tous tes bizutages (sur les autres évidemment). Enfin merci pour ce semestre maudit d'hiver o tu as été un guide spirituel avec ta force tranquille, ce qui m'a permis de tenir les six mois. Reçois l'expression de ma reconnaissance et mon profond respect. Merci à Charles Dayen, l'homme de l'ombre de cette thèse, Merci pour ton regard juste et pertinent sur ce travail, et ta disponibilité sans limite. Tu as été un guide. Enfin merci pour ta passion passionnée de la pneumologie et plus particulièrement de l'oncologie thoracique que tu transmets comme un flambeau à chacun d'entre nous. C'était un véritable plaisir de travailler à tes côtés. Merci à mes nombreux chefs, qui m'ont soutenue et appris durant mon parcours. Avec vous, j'ai pu grandir et apprendre la médecine sous ses multiples facettes. Les meilleurs enseignants sont ceux qui vous disent o regarder, mais ne vous disent pas ce qu'il faut voir. , merci de m'avoir appris à regarder pour mieux voir : Eline Magois pour avoir été un guide durant mon premier semestre, Damien Basille pour ton enseignement et ta coolitude, Bénédicte Toublanc pour ta douceur, ta rigueur et ta protection maternelle envers chaque interne, Julien Monconduit pour ton humour sans limite et ces gardes à refaire le monde de la pneumo sur les escaliers du CHU, Pierre Alexandre Roger pour être là quand on a besoin de toi, Isabelle Mayeux pour ton flegme permanent, Hortense Carette LA chef de LA clinique, merveilleuse rencontre (voire divine rencontre). Ta fracheur malgré ton âge avancé, tes boutades, mais aussi ton enseignement sans nous juger sont de formidables moments à tes côtés, Claire Poulet pour ton entrain pour que tout le monde s'épanouisse dans le service mais aussi ton calendrier de l'avent spécial interne, Géraldine Francois pour tes punchlines à la remise et ton humour décapant, Youcef Douadi contrairement à la pièce de Shakespeare Beaucoup de bruit pour rien tu fais tout sauf rien, tu es une source de connaissance inépuisable et infatigable et une présence 4 rassurante en bronchoscopie, Isabelle Rault mon mentor qui allie élégamment l'enseignement pneumologique et la gazette gossip du gratin picard, L'honorable professeur Jean Michel Suguenot et ses fibroscopies rythmées au son de la compagnie Créole, Emmanuelle Lecuyer grâce à toi je n'ai jamais connu le self après 13h, Houcine Bentayeb la sagesse du B14, Charlotte Trouvé pour tes récits de voyage, Réda Garidi pour m'avoir appris la persévérance, Marc Kanaan pour tes explications métaphysiques de l'univers, Bénédicte Mastroianni-Bruel pour ta bonne humeur et d'être toujours de bons conseils, Virginie Avrillon pour ta douceur et ton enseignement en EBUS, Aurélie Swalduz pour ton optimisme et ta disponibilité pour nous, pour tous ces moments chocolats qui ont très vite dévié en banquet et avoir réussi à me convertir au cross fit Etienne Fessart grâce à toi le pouvoir des Gray me parait plus familier Alexandre Coutte pour cette superbe banque de données et votre disponibilité A tous mes co-internes qui ont embelli mes semaines d'apprenti médecin : Yohan et Karim, mes deux amours de cointernes, former le trouple Gryffondor avec vous a été la meilleure expérience de batifolage de ma vie. Karim, alias Dr Sheeperd et futur maire de St Quentin, merci d'avoir été mon chauffeur pendant 6 mois, pour tes blagues qui fusent aussi rapidement que tes changements capillaires, mais aussi merci d'avoir été un pilier pour moi, même si maintenant c'est loin des yeux près du cœur. Yohan, alias Dr John Carter, futur réanimateur-hémato-cardio-pneumo-interniste-nephro- peintre-handballeur pour ne pas citer Karim, merci pour ta patience et ton calme, d'être resté avec moi jusqu'à 4h du matin pendant notre première garde binôme et tes accès délirants (surtout autour d'Harry Potter) qui te rendent humain malgré tout. A la famille de pneumo : Mélanie grâce à toi la famille pneumo dure et perdure, Ugo pour m'avoir appris à t'écouter, Lola Ruffin ma valeur ajoutée à la pneumo, pour toutes nos soirées à débattre dans le même sens et ton émerveillement constant de la vie, merci pour ta bonne humeur et nos gardes en binôme en mode sista sista Keep in touch bebey, vive l'le aux fruits ! Florence pour tous tes potins qui enchantent mon quotidien et tes allez hop , Marlene Sasoeur et ton Glasgow 6 confortable, Ozaire pour ton rire qui résonne dans tous les services, Olivier copain comme cochon qui fait maintenant de la chirurgie parce que c'est ça le rock comme dirait Ed. , Marion pour ton visage angélique et ton accent du chnord, j'ai bien ri à tes côtés, Amale et ton accent chantant croquant, Lucy on the rock et toutes tes expressions en anglais you kno Sarah tu sens la puissance Kronk ? , Nour et ton côté râleuse attachante qui passe son temps à s'excuser de râler, Marc Antoine et tes changements de coloration en fonction de tes émotions, 5 Pauline, sœur de Jonak, pour ta douceur et ton souci des autres, et tes corrections de vigueur Julia, pour ton écoute et ta gentillesse, et tes corrections appliquées Louis pour ton côté lunaire et ta passion dévorante pour le karaoké, Marie, pour ta candeur et être toujours motivée pour les soirées pneumo ! La relève est assurée Mes cointernes : Salah et son évolution en machine à café Hassan et Kamel pour votre humour et vos histoires rocambolesques, vous avez été les sauveurs de ce semestre Fatima la cardiologue au grand cœur Guillaume le chouchou de ses dames, à quand la soirée jeu de société ? Lydia pour nos investigations sur le projet YZ Diana pour tout ce que tu m'as appris sur l'oncologie, mais aussi comment pimper mon CV, tu as largement participé à la création de mon interCHU et mon assistanat à Chambéry, merci pour ta présence apaisante et tes craquages sur vente privée ! Nesrine skic skikera skikure (TMTC) Simon et Martin, pour m'avoir permis d'entendre à nouveau La Joyeuse bande du CLB : Mes petits chatons Laetitia pour toutes tes expressions que tu m'as transmise, nos balades pédestres à travers la ville et tes petites intentions quotidiennes, et Thibault pour nos sessions palmashow et nos chifoumis en RCP, PAC mais comment peut-on être aussi gentil ? Vivement les barbecues à Bourg en Breysse l'été prochain, Patrick qui en 2 mois passe sa thèse, se marie, résout une équation de 3eme degré : efficace le mec, Valentine pour nos RCP cinéma et bons plans culture lyonnais, Simon AHHHO pour ta funattitude et tes chemises assortis aux chaussettes, Antoine pour tes petites boutades toujours appréciables et les balades pour rentrer du CLB Caroline toujours de bons conseils et ta bonne humeur, JD le don juan de Dijon à l'impact factor détonnant, Adrien la force tranquille, Marion pour ton humour en back up dans le bureau, Kathleen WonderWoman qui accouche entre 2 HDJ, Marie Laurent formidable rencontre chanteuse lyrique-mélomane-chef restauratrice- réalisatrice option oncologie, un véritable couteau suisse Et la radiothérapie : Leslie pour ta bonne humeur constante (tout comme ton bronzage ! ), Clément mon binôme de soutien du DESC, Anthony et tes conseils avisés en biostat', Clémence pour avoir toujours une histoire à raconter Nouara notre maman de pneumo qui m'a donné autant d'amour que de calories. Et Christelle qui m'a maternée durant mon stage et le maintenant classique elle m'fait rire elle . A Sarah et Karim, l'équipe ARC de choc du 14eme étage, merci pour votre gentillesse et les covoit ! A toutes les équipes paramédicales et secrétaires que j'ai côtoyé (B10, C11, U2, Réa Respi, 6 U1, B14, CLB, Radiothérapie) avec évidemment une pensée toute particulière pour feu la Réa Respi o j'ai jamais autant ri en équipe : et donc une mention spéciale à Princesse Candice, Cyril, Nicolas, Carole, Adeline, Fred, Juliette, Audrey, Carole, Dominique, Estelle, Peggy, Anne Sophie, Perrine, Ulrich, Béa, Laura et Laura (Cap d'Agde) surtout ne changez rien vous êtes parfaits ! A ma famille : Mes parents, qui m'ont permis de me réaliser. Merci pour votre éducation et les valeurs que vous m'avez apportées, que je m'efforce de retranscrire au quotidien. Vous êtes ma ressource. Papa pour tout ce que tu m'as transmis : ton humour piquant et croquant mais aussi le goût du sport à travers la course à pied, le vélo et le ski de fond qui sont pour moi comme un besoin viscéral. Ton regard objectif sur chaque situation m'a permis de grandir et devenir une meilleure personne. Maman, pour ton amour contagieux du 7ème art et de la bonne musique, ta capacité à trouver une solution à n'importe quel problème, ton soutien sans limite dans tous mes projets et ton velouté au butternut. Les sœurs et les frères, pour tous ces hauts et débats, les fous rires et les disputes, et les Disney Juliette, pour ta générosité effrénée et tous ces films d'auteur sur la danse contemporaine américaine des années 2000, l'avenir nous amènera peut-être à travailler ensemble pour mon plus grand plaisir Cécile, pour ton côté artiste et ton humour grinçant, pour les soirées traditions à Nol Thomas, pour ta gentillesse et tes élaborations de calembours, et pour me faire rire même sans parler François, pour tes anecdotes cinématographiques ou littéraires, et tes nombreuses démarches pour m'initier à la musique classique Grand père et Isabelle, pour vos enseignements médicaux et vos anecdotes professionnelles. Merci pour ces nombreux étés au Presbytère, o le temps semblait s'arrêter pour laisser place au jeu en continu. Papy et Mamie, pour votre gentillesse, les balades grenobloises, le patinage artistique et les gratins de pates. Sylviane et Philippe, mes parents adoptifs, merci de me soutenir depuis le tout début. Mes ami. e. s : Les meilleures du début, cette amitié qui se compte en décennies maintenant, merci d'avoir été là tels des papillons de lumière sous les projecteurs : Monory, ma plus vieille amie, ta force et ta détermination font que tu peux être fière de tout ce que tu as accompli de ton mètre 80 et à quand ta prochaine victoire au blind test des années 90 ? Florence, à notre rencontre mythique au concert de Djohnny il y a 15 ans, ton soutien sans faille durant toutes ces années et ta bonne humeur constante. Pour tous ces moments pieux partagés avec toi en chanson 7 Chloé, mon jambon masqué, à toutes ces soirées en mode PMU à Grenoble et ses vacances camping entre sista, ton humour corrosif, ton talent d'entrepreneuse qui font de toi une véritable femme du monde Barbare Gould Solène, le naturel drômois, tes remarques toujours justes et sans jugement, et surtout pour m'avoir éduquée à la danse à Chavannes Amélie, ma Famélie, pour tes imitations en tous genre (ta petite voix), tes talents de créatrice et tes ateliers travaux pratiques Magali, à la folie qui nous lie depuis la seconde, cette passion commune pour l'allemand et les canards, ton enthousiasme contagieux, la tête perroquet et ces nombreux voyages (bientôt Baliiii) Rien qu'en riant, tu donnes. ce que tu génères est précieux Les PEFR : Mes grands frères de cœur, à ces 14 années à grandir à vos côtés, passant de groupie à titulaire mais en gardant toujours des étoiles dans les yeux : You show respect and I respect you, You protect me, I protect you Duf pour m'avoir soutenue géographiquement durant tout mon cursus et ta performance sur la goutte d'eau, Axelle la rouge pour ton énergie virale, Gal mon numéro 4 préféré pour ton enseignement culturel s'étalant d'Hemingway au blackpack kid, Aurore et ton accent chantant croquant, toujours partante toujours motivée Rémi pour être toujours à l'écoute de tes amis et ton talent de bruiteur, Agathe pour ton énergie débordante et la choré des Spice Girls, Jérémy pour ne jamais avoir oubliéton humour en toute situation ni les paroles de Francis, Laure et ton rire éclatant mais aussi ton revers lifté longue ligne, Jonathan pour tes boutahdes et pour rendre Duf heureux, Lucile, ma Lulu des les pour ta générosité et ton amour de ton prochain (désolée que tu te rendes compte aujourd'hui que je ne suis pas chirurgien cardiaque), Clément pour ta double personnalité attachante John Fox/ Mister Beraud, Akiko pour apporter de la délicatesse dans ce groupe Hugo pour ta bienveillance sans faille, avec toi on se sent en sécurité (tu es l'Athéna qui veille sur nous), Loriane pour être mon guide écologique responsable, Kemar pour ton humour jamais égalé et tes faux sourcils de Juan Carlos, Céléna pour être toujours partante pour l'organisation et qui permet de tous nous rassembler, Alex pour tes solos de guitare et ton accent chantant du sud-ouest, Coline pour toutes les après-midis badinage à l'Eden Parc, Les Anti Perf : Benjamin pour m'avoir recueillie sous ton aile dès notre rencontre, pour toutes ces rando o je t'attends pour que tu ne sois pas seul et les top frites, Julien pour ton sens du swing, tes tirades éblouissantes, ta tarte au citron et toutes ces promenades de soutien Et les nouveaux PEFRs : Leia, Simon, Hugo, Jules, Margaux, Louison, Analle 8 Les années Grenobloises, avec le groupe des seuls qui m'aillent, le début de la médecine aux côtés de la crème de la crème du pesto vert (avec un soupçon de Chartreuse), vous avez rendu ces années d'études mémorables, on recommence quand vous voulez : Max ma BFF dont la seule présence m'est indispensable (cette phrase ne va pas aider ton égo), Margaux pour ces années coloc oscillant entre les soirées mondaines au rosé et les aprem canapé à se nourrir de nouilles chinoises devant des Disney : tu as été un merveilleux quotidien, mais aussi pour être mon modèle de perfection et m'enseigner les astuces pratiques pour survivre à ma maladresse, Alice pour cette aventure américaine que tu as sublimée et pour ta candeur 1er degré, Antoine pour avoir fait de moi une femme nouvelle grâce au Time Bomb, Jonathan pour ton énergie à nous faire danser et mon meilleur soutien camping (et je ne parle pas de pâtisserie), Emilien pour tes petites attentions envers chacun d'entre nous, Marie L. tellement de souvenirs tellement de partage et ton amour pour les félins iraniens, Marie B. pour tes histoires à la chronologie douteuse, tes merveilleux goûts musicaux et ma première amitié de médecine, Pauline pour ton talent d'oratrice à transformer chaque repas en un concours d'éloquence (très vite relayé par du Daniel Balavoine), Princesse Manon pour ces soirées filles, ces sessions révisions D4 mais surtout la folie lapanousienne, Sophie pour tes massages, pour avoir inspiré Amy LaMaisonduVin et cette fameuse clé du local, Christy 1m80 d'énergie énergique et ta détermination qui nous inspire (ou parfois nous fait peur. ), Nicolas pour améliorer chaque objet du quotidien, si Superman avait un pouvoir ça serait toi, Charlély pour ta tranquillité apaisante et tes accès euphoriques dans les escapes game, Gaetan pour être le doyen de ce groupe, Léa pour ces joyeuses retrouvailles scannographiques parisiennes avec Marie Pierre Anne Pauline mon petit chat merci pour ta tendresse et ton excentricité romanesque, bien hâte de te retrouver à Chambéry, Laureen ma coloc voisine du début à nos séances ciné et les soirées traquenards à danser sur les tables à Bruxelles ou au Sirius Pour m'avoir fait aimé le gris, le mot picard va maintenant plus loin que le surgelé. Vous ne manquerez pas car je compte bien vous revoir très vite, la distance ne sera jamais une fatalité : A mes coloc d'amour, ma famille d'adoption, ce petit cocon de bonheur : Aurélie si la perfection avait besoin d'une ambassadrice ça serait toi : rayonnante et toujours de bonne humeur, tu as été mon rayon de soleil pendant 4 ans, petit bémol pour tes goûts musicaux à l'origine d'otorragies mais qui te caractérisent aussi et toutes ces soirées o on a ri, mais on a ri, Constance mon bébé Constance merci pour toutes ces petites attentions dont tu fais preuve au quotidien, l'anniversaire surprise qui restera un de mes meilleurs souvenirs picard, mais aussi ces vacances dépassement de soi du Touquet au Kirghizistan, Aline pour ta gentillesse et ta compassion la journée et tes décompensations nocturnes à base de kravmaga sur fond d'Orelsan, le concert in love de London Grammar et notre vidange 9 surrénalienne devant la Casa Del Papel (claro que si), Orlane pour avoir toujours la tête dans les étoiles mais savoir revenir sur Terre à point nommé, Hugo pour ta gentillesse, tes petites attentions au quotidien et ton obstination déraisonnable à me convertir à la bière et Zombicide Elsa mon petit coup de cœur de coloc, pour toutes ces soirées films et documentaires nature, ces moments de rigolade quotidien, les comédies musicales au magnum Et la joyeuse équipe de St Q Beach : Anne Sophie de mon appât Dinosaurus aux chansons de la semaine ton sourire éblouit ma routine picarde et merci de m'avoir accueilli à nol, Quentin pour tes boutades plus ou moins douteuses et ton pot au feu, Malle tous ces moments papotages au jogging, nos débats à refaire le monde et nos analyses, toujours pertinentes, cinématographiques etnever forget le jambon on le coupe là, Rémi pour tes envolées lyriques et ta cuisine du monde, Clément pour m'avoir éduquée sur la chasse à la hutte et au nettoyage efficace de verre de lunettes, Caroline pour ta gentillesse et notre passion pour le champagne, Simon N. pour ton aide pendant de nombreuses gardes et tes jeux de mots saugrenus, Héloise pour ta douceur et ces discussions hors médecine, Godefroy leader masculin du groupe tisane et tes traits d'esprit qui me font rire en toutes circonstances, Mathilde P. pour pailleter la Picardie et cette superbe journée à Etretat à prendre des coups de soleil, Antoine pour ton côté pas trop mauvais dans de nombreux domaines et cette maladresse commune, Simon P. et ton talent de pâtissier qui se rajoute à ton blase de chirurgien réanimateur, Mathilde L. pour ton amour de l'astrologie et de la météo, Arnaud toujours partant toujours motivé et merci pour le changement de batterie, Mes parents adoptifs : Elodie pour ta folie et ta joie de vivre, d'être toujours à l'arrache mais de se débrouiller pour être présente quand on a besoin (et pas que les apéros), et Jérémie mon mentor de radiologie merci pour tout ce que tu m'as appris, à notre check légendaire, ton sourcil en lévitation et ton humour indémodable, Alexandre pour ton humour incisif et provocant mais toujours bienveillant, Dimitri parce qu'on n'a pas signé pour Koh Lanta okay ? , Charles Emile pour ton humour humoristique à base de blague et évidemment ta choré sur fille célibataire (single lady en anglais américain), Agnès pour tous ces débriefs tisane dans ta chambre d'internat, Cécile pour ton accueil à bras ouverts, Adrien, merci pour ces échanges musicaux et cinématographiques Merci au destin (ou à la personne responsable des évènements de vie) pour m'avoir permis de tous vous rencontrer, j'ai beaucoup de chance. 10 TABLE DES MATIERES RESUME . 13 I. INTRODUCTION . 16 I. 1 Le Cancer Broncho-Pulmonaire . 16 I. 1. 1 Epidémiologie . 16 I. 1. 2 Généralités . 16 I. 1. 3 Type Histologique . 17 I. 1. 4 Classification TNM . 18 I. 1. 5 Bilan d'extension et staging ganglionnaire : la place de la TEP et de l'EBUS . 21 I. 1. 6 Traitement . 22 I. 2 Le Concept de Métastase . 25 I. 2. 1 Généralités . 25 I. 2. 2 Modèles de dissémination Métastatique . 25 I. 2. 3 Modèle Moléculaire des Métastases . 27 I. 2. 4 Concept d'Oligométastase . 27 I. 2. 5 Oligométastases et CBNPC . 28 I. 3 Traitement Spécifique par Radiothérapie Stéréotaxique. 29 I. 3. 1 Définition . 29 I. 3. 2 Les principes du traitement par Cyberknife . 30 I. 3. 3 Radiothérapie Stéréotaxique par organe . 30 I. 3. 4 L'effet Abscopal . 33 I. 4 Contexte et but de l'étude . 33 II. MATERIELS ET METHODES : . 34 II. 1 Objectifs de l'étude . 34 II. 2 Critères de jugement . 34 II. 3 Méthodologie . 35 II. 4 Analyse statistique . 37 II. 5 Cadre réglementaire et éthique . 38 III. RESULTATS . 39 III. 1 Caractéristiques de la population . 39 III. 2 Traitement Primitif . 42 III. 3 Survie Globale . 42 III. 4 Survie sans progression . 47 11 III. 5 Réponse au traitement global (systémique et radiothérapie stéréotaxique) et profil des patients éligibles à un traitement curatif . 49 IV. DISCUSSION . 50 IV. 1 La survie globale . 50 IV. 2 Survie sans progression . 51 IV. 3 Les Critères de Jugements Secondaires . 52 IV. 3. 1 Facteurs Pronostiques . 52 IV. 3. 2 Profil des Bons Répondeurs . 54 IV. 4 Effet du traitement local par Radiothérapie Stéréotaxique . 55 IV. 5 Limites et Forces de l'étude . 56 IV. 5. 1 Les Limites . 56 IV. 5. 2 Les Forces . 57 IV. 6 Conséquences et Perspectives . 57 V. CONCLUSION . 58 BIBLIOGRAPHIE . 59 12 RESUME Introduction : Le cancer du poumon est fréquent et de mauvais pronostic. Le diagnostic est fait dans plus de 50% des cas au stade IV, avec une survie sombre (6% à 5 ans). L'arrivée de la 8ème classification TNM en 2017 apporte, grâce au statut M1b (une seule métastase extra thoracique), la reconnaissance du concept d'oligométastase. La définition de l'oligométastase n'est malheureusement pas universelle ni unanime. L'enjeu thérapeutique est de proposer une attitude agressive visant au contrôle local des différents sites, mais également de réussir à identifier de manière individuelle le patient qui pourra bénéficier de cette prise en charge. Matériel et Méthodes : Il s'agit d'une étude rétrospective, mono centrique, réalisée au CHU Amiens-Picardie entre septembre 2016 et mai 2019. Tous les patients inclus présentaient un cancer broncho-pulmonaire non à petites cellules (CBNPC) avec moins de 5 métastases dans un seul organe et avaient été traités par radiothérapie stéréotaxique au niveau des localisations secondaires. L'objectif principal était d'analyser la survie globale et la survie sans progression de ces patients traités par radiothérapie stéréotaxique. Résultats : Entre septembre 2016 et mai 2019, 39 patients ont été inclus. La médiane de survie globale tous patients confondus, n'a pu être réalisée car moins de la moitié des patients sont décédés (14 patients parmi les 39). En analyse univariée, les facteurs statistiquement significatifs étaient le Performance Status 1 avec une médiane de survie globale de 27, 3 mois (IC 95% [22, 9-31, 7]) versus 10 mois (IC 95% [3, 6-16, 3]) pour un Performance Status 2 et l'absence d'expression de PDL1 avec une médiane de survie globale de 26, 8 mois (IC 95% [21, 7-32]) versus 23, 4 mois (IC 95% [17, 2-29, 6]) pour le groupe avec une expression de PDL1 >1%. Les autres variables analysées n'étaient pas des facteurs pronostiques sur le plan statistique. Conclusion : Cette étude montre, avec une survie sans progression de 11 mois, que le traitement multimodal comprenant de la radiothérapie stéréotaxique, constitue une prise en charge intéressante dans le traitement du CBNPC oligométastatique. Ces résultats concordent avec ceux de la littérature concernant le traitement ablatif local des foyers de métastases. Il est nécessaire de promouvoir les études prospectives pour pouvoir choisir la meilleure approche pour chaque patient. 13 Introduction : SUMMARY Lung cancer is common and has a negative prognosis. In more than 50% of cases, diagnosis is made at stage IV, with a low survival rate (6% at 5 years). The arrival of the 8th TNM classification in 2017 brought the recognition of oligometastasis concept, with the M1b status (a single extra thoracic metastasis). Unfortunately, the definition of oligometastasis is not universal or unanimous. The therapeutic challenge is to propose an aggressive attitude aimed at local control of the differents sites, but also to succeed in individually identifying patients who will benefit from this treatment. Materials and Methods : This is a retrospective, mono-centric study conducted in the Amiens Picardy University Hospital between September 2016 and May 2019. All patients had non-small cell lung cancer (NSCLC) with less than 5 metastases in only one organ and had been treated with stereotactic radiotherapy at secondary sites. The main objective was to analyze the overall survival and progression-free survival of these patients. Results : Between September 2016 and May 2019, 39 patients participated in the study. The median overall survival for all patients combined could not be established because less than half of the patients died (14 out of 39). In univariate analysis, statistically significant factors were the Performance Status 1 with an overall median survival of 27. 3 months (CI 95% [22. 9-31. 7]) versus 10 months (CI 95% [3. 6-16. 3]) for a Performance Status 2 and the absence of PDL1 expression with an overall median survival of 26. 8 months (CI 95% [21. 7-32]) versus 23. 4 months (CI 95% [17. 2-29. 6]) for the group with PDL1 expression >1%. The other variables analyzed were not statistically prognostic factors. Conclusion : This study shows, with a progression-free survival of 11 months, that multimodal treatment including stereotactic radiotherapy is an interesting management option in the treatment of oligometastatic NSCLC. These results are compatible with those in the literature regarding local ablative treatment of metastasis sites. It is necessary to promote prospective studies in order to choose the best approach for each patient. 14 ABREVIATIONS BED CBNPC CBPC CHU Biological Effective Dose (Dose effective biologique) Cancer Broncho-pulmonaire Non à Petites Cellules Cancer Broncho-pulmonaire à Petites Cellules Centre Hospitalier Universitaire CNIL Commission nationale de l'informatique et des libertés Clinical Target Volume European Society of medical oncology EndoBronchial UltraSound Gross Tumor Volume (Volume tumoral macroscopique) International Agency for Research on Cancer International Association for the Study of Lung Cancer Programme Death 1 Programme Death Ligand 1 Planning Target Volume (Volume cible prévisionnel) Réunion de Concertation Pluridisciplinaire Response Evaluation Criteria In solid Tumors Radiothérapie Stéréotaxique Survie Globale Survie Sans Progression Survie à long terme Sans Maladie CTV ESMO EBUS GTV IARC IASLC PD1 PDL1 PTV RCP RECIST RTS SG SSP SSM 15 I. INTRODUCTION I. 1 Le Cancer Broncho-Pulmonaire I. 1. 1 Epidémiologie Selon le rapport de l'International Agency for Research on Cancer (IARC) de 2017 (1), le cancer du poumon est le cancer le plus répandu dans le monde depuis plusieurs décennies. D'après le rapport de Santé Publique France (2), l'incidence du cancer du poumon en 2017 en France est d'environ 49 000 nouveaux cas dont près de 32 300 chez l'homme (2ème rang) et 16 800 chez la femme (3ème rang). Près de 7 cas sur 10 (70% chez l'homme et 67% chez la femme) surviennent dans la tranche d'âge de 50 à 74 ans, avec environ 31 000 décès en 2017, dont près de 21 000 chez l'homme et 9 000 chez la femme. En France, le cancer du poumon est la 1ère cause de décès par cancer chez l'homme et la 2ème chez la femme. Chez l'homme, le taux de mortalité a diminué de 0, 5% par an entre 1980 et 2012 tandis qu'il a augmenté de 3, 7% par an chez la femme sur la même période (3). Cette différence s'explique par la modification des habitudes tabagiques. En effet, la consommation de tabac s'est stabilisée puis a diminué chez l'homme alors qu'elle ne fait qu'augmenter chez la femme (4). Enfin, depuis quelques années, il est notable de souligner le différentiel de 18 000 cas qui sépare l'incidence de la mortalité (5). Ceci traduit indirectement l'amélioration de la prise en charge des patients. I. 1. 2 Généralités Le cancer du poumon est donc fréquent et de mauvais pronostic. Le diagnostic est fait en général à un stade déjà avancé avec un envahissement local ou à distance important. Vingt- cinq pour cent des patients atteints d'un cancer bronchique non à petites cellules (CBNPC) sont asymptomatiques au moment du diagnostic. Devant la variabilité et parfois la banalité de certains symptômes, les patients et les médecins ont tendance à les négliger (6). Dans l'étude KBP-2010, 66 à 72 % des cancers bronchiques en France étaient diagnostiqués à un stade IIIB ou IV, ne laissant comme possibilité thérapeutique qu'une chimiothérapie palliative (7, 8). Les cancers non à petites cellules de stade I et II ont une survie à 5 ans de 47 à 82%, les stades III de 19 à 36%, et les stades IV de 6% (9). 16 I. 1. 3 Type Histologique Le diagnostic histologique permet de classer la tumeur (10). La plupart de ces tumeurs sont des carcinomes qui se développent au dépend des cellules de l'épithélium respiratoire. Classiquement on discerne les carcinomes bronchiques à petites cellules (CBPC), représentant environ 15% des cancers bronchiques, et les carcinomes bronchiques non à petites cellules. Ces derniers se décomposent en plusieurs sous-types histologiques parmi lesquels on retrouve les adénocarcinomes (35 à 45%), les carcinomes épidermoïdes (20 à 25%) et les carcinomes à grandes cellules (12%) (11). Plusieurs anomalies moléculaires ont été identifiées ces dernières années dont certaines confèrent une addiction oncogénique à la tumeur (12). Dans certains cas, la présence d'une de ces anomalies confère une sensibilité de la maladie à des inhibiteurs spécifiques. L'addiction oncogénique concerne essentiellement les CBNPC non épidermoïdes (n'exprimant pas p40 ou p63 en immunohistochimie). Il s'agit des mutations EGFR, BRAF, HER2, des anomalies de la voie MET, des réarrangements de ALK, ROS, RET mais aussi NRG1 et NTRK. D'autres mutations comme KRAS, bien que fréquentes, ou comme PIK3CA, n'ont pas de cible thérapeutique. Par ailleurs, l'analyse au niveau cellulaire du biomarqueur PDL1, permettrait d'opter pour une thérapeutique de type immunothérapie anti-tumorale consistant en une inhibition de points de contrôle de la réponse immunitaire. En effet ce ligand PDL-1, présent à la surface des cellules immunitaires, peut se lier avec un marqueur sur la surface des cellules cancéreuses désactivant ainsi la réponse immunitaire contre les cellules tumorales. L'immunothérapie, en enrayant ce point de contrôle, devient un des traitements central du cancer bronchique (13). Il existe, de plus, d'autres biomarqueurs prédictifs comme la charge mutationnelle résultant d'un ratio entre un nombre de gênes tumoraux altérés et un nombre total de gênes étudiés (14). Ce ratio permettrait de prédire plus précisément l'efficacité de l'immunothérapie. 17 I. 1. 4 Classification TNM La survie du cancer pulmonaire est fortement corrélée au stade de la maladie lors de son diagnostic. La 7ème édition avait été établie en 2009 sur l'analyse rétrospective d'une base de données internationale regroupant 81 495 patients évalués entre 1990 et 2000, et réunis par l'International Association for the Study of Lung Cancer (IASLC) (15, 16). En 2016, des propositions de révisions ont été émises sur l'analyse d'une nouvelle base de données regroupant 94 708 cas de cancers non à petites cellules évalués entre 1999 et 2010 à partir de 35 sources différentes réparties dans 16 pays. Ces propositions de modification concernent le statut T (17), le statut N (18) ainsi que le statut M (19), mais également l'établissement de nouveaux stades en fonction du recoupement de ces données (Figure 1 & Figure 2)(9). L'analyse du statut T suppose d'évaluer 5 données (20) : la taille tumorale, la distalité de la tumeur dans l'arbre bronchique, l'existence d'une atélectasie lobaire ou pulmonaire, l'extension pariétale ou aux structures médiastinales, et la présence de nodules satellites de même histologie. La donnée sur la taille T est renforcée dans la 8ème édition avec une importance pronostique accentuée o chaque centimètre compte. Au-delà de 5 et de 7 cm, les tumeurs sont respectivement classées T3 et T4. L'importance donnée à la présence d'une atélectasie pulmonaire diminue dans la 8ème classification (désormais T2 uniquement). Les seuls changements pour l'extension locorégionale concernent l'extension à la graisse médiastinale qui n'est plus un élément à prendre en compte pour le statut T. L'extension au diaphragme devient T4 dans la 8ème édition. Enfin, il n'y a pas de changement à propos du statut des nodules satellites de même histologie. Les changements concernant le statut N sont au nombre de deux. Le premier subdivise le statut N1 en deux sous types : N1a lorsqu'un seul ganglion hilaire ou inter lobaire est envahi et N1b lorsque plusieurs ganglions sont atteints. Le deuxième changement est de subdiviser le statut N2 en 3 sous-groupes de pronostic différent : N2a1 lorsqu'un seul site ganglionnaire médiastinal homolatéral est envahi sans envahissement hilaire ou inter lobaire, désigné sous le terme de skip N2a1 ; N2a2 lorsqu'un seul ganglion médiastinal est envahi et s'associe à une atteinte hilaire ou inter lobaire, N2b lorsque plusieurs ganglions médiastinaux homolatéraux sont envahis (18). En ce qui concerne le statut M, une analyse d'un sous-groupe de 1059 patients de statut M1, n'a pas montré de différences de survie entre les patients ayant une pleurésie, une péricardite maligne ou des métastases pulmonaires homo- ou controlatérales, d'o le maintien du statut 18 M1a. En revanche, la survie des patients ayant peu de métastases extra thoracique apparait meilleure par rapport à celle des patients pluri-métastatiques en extra thoracique avec une médiane de 11, 4 mois versus 6, 3 mois (19). Cette constatation permet de distinguer deux situations : le statut M1b (exclusif de la 8ème édition) qui distingue les patients ayant une seule métastase extra thoracique, et le statut M1c pour les patients présentant une ou plusieurs métastases extra thoraciques qu'elles siègent dans le même organe ou dans des organes différents (Figure 1). Le nouveau stade IIIC décrit toute situation non métastatique incluant un statut N3. Son pronostic se rapproche des stades IV A. Lorsque l'on compare la survie dans le groupe au stade IVA (M1a et M1b) et le groupe au stade IVB (M1c), on constate que la survie est meilleure pour le groupe stade IVA (23% à 24 mois vs 10% à 24 mois) (9). Ce taux de survie justifie la nouvelle classification. Cette avancée permet l'arrivée du concept d'oligométastases dans le cancer bronchique avec un traitement plus agressif et une survie meilleure. 19 Figure 1 : 8ème classification TNM du cancer du poumon (d'après (24) 20 Figure 2 : 8ème classification TNM du cancer du poumon (21) I. 1. 5 Bilan d'extension et staging ganglionnaire : la place de la TEP et de l'EBUS A travers les avancées techniques, le bilan d'extension s'affine pour définir le stade TNM le plus juste. La TEP est utilisée et recommandée dans le cadre de la stadification ( staging ) médiastinale (22, 23) étant donnée sa forte valeur prédictive négative dans cette indication. Par ailleurs, la TEP permet l'évaluation du statut M lorsque le CBNPC apparait localisé ou peu métastatique après réalisation du scanner thoracique et de l'imagerie cérébrale (24). Mac Manus et al ont montré que réaliser une TEP chez les patients atteints de CBNPC localisés non résécables permettait de découvrir 20% de métastases non suspectées. Ils ont par ailleurs mis en évidence une amélioration de la survie globale des patients ayant bénéficié d'une TEP au diagnostic (25). Ce résultat illustre l'effet Will Rogers décrit en oncologie et signifiant l'amélioration de la survie apparente d'une population grâce à une meilleure classification de la maladie (26). Enfin la TEP est utilisée en radiothérapie pour affiner la délimitation des volumes à irradier. L'EndoBronchial UltraSound (EBUS) constitue depuis plusieurs années une technique de choix dans le staging ganglionnaire. Il s'agit d'une fibroscopie bronchique dotée d'une sonde d'échographie permettant de repérer les formations ganglionnaires ou tumorales situées au contact de l'arbre bronchique. Une ponction trans-murale est alors effectuée pour une analyse 21 cyto-histologique. Cela permet d'effectuer au mieux le bilan local des cancers bronchiques et notamment de caractériser les stades N2 et N3 sans recourir à des biopsies chirurgicales. Une méta-analyse (25) affirme l'importance de cette technique dans cette indication matérialisée par une sensibilité globale évaluée à 93 % pour une spécificité de 100 %. Ces résultats sont globalement confortés par le travail réalisé lors de l'élaboration des recommandations de l'American College of Chest Physicians de 2013 dans lequel la sensibilité de l'EBUS semble être de 89 % pour une spécificité de 100 %. La valeur prédictive positive est évaluée à 100 % pour une valeur prédictive négative retrouvée à 91 % (22). De plus l'European Society of medical oncology (ESMO) recommande, pour le staging, la réalisation en premier lieu de l'EBUS (avec un très bon rendement diagnostique de 75 à 85 %) puis dans un second temps une approche chirurgicale plus invasive par médiastinoscopie si l'EBUS ne permet pas un diagnostic précis (27). I. 1. 6 Traitement Le traitement du cancer broncho-pulmonaire dépend du stade défini par la classification. Pour les stades I, II et III (opérables) l'option la plus optimale reste la chirurgie. Un traitement par chimiothérapie néo adjuvante sera discuté en fonction du statut N. Pour les stades III (localement avancés) non opérables, il sera proposé un traitement par association chimio- radiothérapie concomitante. Pour les formes métastatiques (stade IV), un traitement systémique est de rigueur. I. 1. 6. 1 Chimiothérapie actuellement Le standard de la chimiothérapie des CBNPC reste fondé sur la combinaison d'un sel de platine, cisplatine ou carboplatine et d'un agent cytotoxique dit de 3e génération, en pratique la vinorelbine, la gemcitabine, le paclitaxel, le docetaxel ou le pemetrexed (28). L'indication d'une chimiothérapie en première ligne n'est valable qu'en l'absence d'une addiction oncogénique donnant lieu à un traitement spécifique en 1ère ligne ou d'une expression de PDL1 Le choix de l'agent cytotoxique du doublet se fait en fonction du type histologique. Pour les carcinomes non-épidermoïdes, la combinaison cisplatine-pemetrexed s'est avérée non inférieure en termes de survie à un schéma de référence cisplatine-gemcitabine dans un large essai de phase III avec un profil de tolérance plus favorable (moindre toxicité hématologique) (29). Concernant les carcinomes épidermoïdes, les possibilités se limitent à l'association du cisplatine ou du carboplatine à la vinorelbine, la gemcitabine, le docetaxel ou le paclitaxel. 22 I. 1. 6. 2 Thérapie Ciblée actuellement En cas de mutation activatrice de l'EGFR, il est recommandé de proposer un traitement de 1ère ligne par TKI (Inhibiteur des Tyrosines Kinases) anti-EGFR. D'après l'étude FLAURA, l'osimertinib est maintenant le traitement de première intention en cas de mutation EGFR (30). Concernant les réarrangements ALK, l'alectinib a démontré une efficacité supérieure au crizotinib en première ligne en termes de taux de survie sans événement à 12 mois (31). Il doit être considéré comme le standard thérapeutique en première ligne des CBNPC avancés avec réarrangement ALK. Pour les réarrangements ROS 1, le crizotinib a une AMM dès la première ligne. Enfin en cas de mutation BRAF, l'association dabrafenib et trametinib a montré son efficacité (dans un essai non contrôlé) en première et en seconde ligne de traitement (32). Son indication est restreinte aux patients présentant exclusivement une mutation V600. Ce traitement bénéficie de l'AMM européenne, mais n'est pas remboursé en France actuellement. I. 1. 6. 3 Immunothérapie actuellement Le Pembrolizumab a une indication en première ligne dans les CBNPC non épidermoïdes sans altération EGFR ni ALK, en association avec la combinaison pemetrexed et sels de platine quel que soit le niveau de PDL1. Cette combinaison est en attente de l'avis de la commission de transparence et deviendra le traitement de référence dès sa mise à disposition (33). Si le statut PDL1 est supérieur à 50%, l'utilisation du pembrolizumab, en première ligne est recommandée suite aux résultats de l'essai KEYNOTE-024 (13). En deuxième ligne, le pembrolizumab a aussi démontré une supériorité par rapport au docetaxel pour les patients dont la tumeur exprimait le PDL1 1% (34). Le nivolumab n'a actuellement qu'une seule indication : en deuxième ligne et troisième ligne des CBPNC quel que soit le statut PDL1 (35). L'atézolizumab a démontré son efficacité par rapport au docétaxel, en deuxième ligne chez des patients n'ayant pas reçu d'immunothérapie en première ligne, quel que soit le niveau de PDL1 (36). Avec l'étude PACIFIC, le durvalumab est indiqué en entretien pendant 1 an post chimio- radiothérapie concomitante, chez les patients dont la tumeur exprime 1% ou plus de PDL1 (37). 23 I. 1. 6. 4 Progrès en Chirurgie La chirurgie thoracique a bénéficié de nombreuses innovations techniques au cours de ces dernières décennies (38). Les pratiques chirurgicales se sont donc modifiées avec la généralisation des voies mini-invasives grâce à l'avènement de la VATS (Video-Assisted Thoracic Surgery) et de la RATS (Robot Assisted Thoracic Surgery). Dans une étude publiée en 2017, Yang et al. ne retrouvaient pas de différence de survie à 5 ans après lobectomies VATS, RATS ou par chirurgie ouverte (73, 5 %, 77, 6 % et 77, 9 %), ni de différence de survie sans récidive (65, 5 %, 72, 7 % et 69 %)(39). D'autre part l'émergence des résections anatomiques infralobulaires (segmentectomies), que l'on pourrait qualifier de chirurgie de précision , apparait comme une alternative valable à la lobectomie. Les recommandations de la société américaine de 2013 précisent que la segmentectomie doit être préférée aux résections atypiques dès que possible (40). Les progrès de la neurochirurgie, comme l'assistance par neuro navigation, ont rendu la résection de plusieurs métastases possibles. Dans la série de Bindal et al, la résection de plusieurs métastases (2 à 3) a permis une meilleure survie (41, 42). Au niveau surrénalien, une prise en charge chirurgicale est également possible grâce au développement des techniques coelioscopiques et robot assistées qui ont considérablement limité la morbidité de cette intervention (43). I. 1. 6. 5 Progrès en Radiothérapie Le Gamma Knife de Leskell (44, 45), a rendu possible une nouvelle approche dans la prise en charge des CBNPC avec des localisations secondaires cérébrales. Dans une étude de 1994, publiée dans le Int J. Radiation Oncology Biol Physics, le contrôle local (pour les métastases uniques) était de 67 % à 2 ans (46). Dans cette continuité, la radiothérapie stéréotaxique offre également une option curative. On retrouve historiquement les premiers résultats cliniques encourageants de la radiochirurgie cérébrale qui ont ensuite inspiré l'équipe du Karolinska University Hospital (Suède). Karolinska University Hospital est l'un des premiers centres à s'intéresser à cette technique et à développer un système similaire pour réaliser une irradiation stéréotaxique au niveau thoracique ou abdominal. Les protocoles de RTS (radiothérapie stéréotaxique), généralement fortement hypofractionnés, ont été établis de façon empirique sur des bases radiobiologiques et une expérience clinique anciennes, mais 24 aussi, de façon plus pragmatique, en raison d'une faible disponibilité de ce type de technique (47). Il n'existe pas d'étude randomisée comparant la neurochirurgie à la RTS cérébrale, mais plusieurs études non randomisées rapportent des taux de contrôle équivalents à la chirurgie (48, 49). Une revue Cochrane est parue en 2018 comparant RTS versus chirurgie avec irradiation du lit opératoire pour les métastases cérébrales uniques (50) : seuls 85 patients ont été trouvés dans la base de données et aucune différence n'a été mise en évidence sur ce petit nombre de patients au niveau de la survie globale (SG) ou de la survie sans progression (SSP). Les avancées thérapeutiques, aussi bien sur le plan de la radiothérapie que de la chirurgie, ont participé à l'émergence du concept d'oligométastase et à sa prise en charge. I. 2 Le Concept de Métastase I. 2. 1 Généralités Le cancer broncho-pulmonaire dispose de deux voies principales de dissémination. La première est la voie lymphatique. Elle conduit les cellules anormales aux relais ganglionnaires mais aussi à d'autres organes comme les surrénales et la rate (51). La deuxième voie utilisée est la voie hématogène. Elle est plus fréquemment sollicitée, soit après passage par la voie lymphatique, soit directement par effraction de la paroi vasculaire sanguine. Les cellules circulantes à partir d'un cancer broncho-pulmonaire sont déversées dans les veines pulmonaires, puis le cœur gauche et la grande circulation, donnant des métastases ubiquitaires, notamment au niveau osseux, hépatique, cérébral et surrénalien. I. 2. 2 Modèles de dissémination Métastatique La dissémination métastatique reste mal comprise et mal connue. Dès le début des années 2000, trois modèles principaux ont été avancés pour expliquer ce phénomène de métastases (52). Premièrement le modèle linéaire (53), conforme au modèle de progression oncogénique popularisé par Vogelstein (54) de cancérogenèse multi-étapes. Dans celui-ci chaque mutation, apporte l'une après l'autre sa contribution à l'oncogenèse. Cela permet, après sélection, de passer de l'adénome au carcinome in situ, du carcinome in situ au carcinome invasif et du carcinome invasif au carcinome métastatique. L'acquisition du pouvoir métastatique constitue 25 ainsi le dernier avatar d'un processus discontinu et progressif. Le lien, bien établi, entre la taille tumorale et le risque métastatique est un argument fort en faveur de ce modèle (Figure 3). Figure 3 : Modèle linéaire, des mutations aléatoires conférant un phénotype métastatique survenant au cours du développement de la tumeur primitive. Deuxièmement le modèle parallèle (53) se définit par des cellules tumorales quittant de manière précoce la tumeur primitive et se développant parallèlement à celle-ci avec une évolution indépendante. Ce modèle s'appuie, entre autres arguments, sur l'existence d'une signature métastatique dès le diagnostic de cancer. Cela suppose une gradation anatomo-pathologique comme profil d'expression génique permettant d'évaluer très tôt le risque métastatique. La micrométastase est alors présente dès le début et se développera inexorablement si on ne parvient pas à la détruire préventivement, lors de l'élimination de la tumeur primitive (Figure 4). Figure 4 : Modèle parallèle, la tumeur primitive est d'emblée porteuse des propriétés qui lui confèrent la possibilité de métastase Le troisième modèle implique le concept de cellules souches tumorales circulantes supposant la présence au sein de la tumeur initiale d'un réservoir de cellules souches ayant des possibilités de prolifération locale mais aussi à distance, o la tumeur reproduit alors une lésion secondaire phénotypiquement proche de la lésion primitive (55). 26 Ces modèles ne sont pas exclusifs, et tout indique qu'ils représentent chacun une facette de la réalité, sans doute différente selon le type de cancer. Le modèle parallèle pourrait permettre d'expliquer les progressions cérébrales isolées, et ainsi participer à l'explication du concept d'oligométastases (53). I. 2. 3 Modèle Moléculaire des Métastases C'est en 1989 que Paget émet l'hypothèse seed and soil qui suggère que les métastases dépendent d'une interaction entre les cellules tumorales et l'organe cible (56). En effet, certains organes soutiendraient la croissance secondaire de cellules provenant de tumeurs primaires en particulier. Puis Gupta et Massagué décrivent plus en détail le phénomène cellulaire de dispersion métastatique. Ils désignent des gènes qui confèrent un avantage sélectif aux cellules tumorales primaires. Ils distinguent des gènes d'initiation des métastases ; des gènes de progression remplissant des fonctions limitant la vitesse de colonisation ; et des gènes de virulence qui fournissent un avantage dans la colonisation des métastases mais pas nécessairement un avantage dans la croissance de la tumeur primaire (57). Le phénotype métastatique est, quant à lui, décrit par l'adhésion cellulaire altérée puis l'intravasation suivie de la survie dans la circulation et de l'extravasation pour finir sur l'invasion et le développement du microenvironnement approprié dans les organes hôtes. A noter qu'il existe des cellules tumorales primaires avec une capacité limitée, en ce qui concerne un ou plusieurs des besoins biologiques nécessaires à la formation de métastases. La dormance tumorale, correspondant au fait que le microenvironnement local ne favorise pas la croissance métastatique, peut en être un exemple. Ces données sur les capacités limitées des besoins biologiques permettent d'envisager également le concept d'oligométastase (58). I. 2. 4 Concept d'Oligométastase Le concept d'oligométastase apparait en 1995 avec Hellman S et Weichselbaum R. dans Journal of Clinical Oncology (59). Hellman et Weichselbaum suggèrent qu'il existe des états tumoraux intermédiaires entre les lésions purement localisées et celles largement métastatiques. Ils proposent l'existence d'un nouvel état clinique avec la maladie oligométastatique. Ainsi, la taille de la tumeur est la principale base du stade tumoral et, avec le grade histologique, est corrélée avec la probabilité de métastases. Les tumeurs au début de leur progression devraient pouvoir faire l'objet d'un traitement localisé. Les patients atteints de maladie oligométastatique, 27 soit de novo, soit après un traitement systémique, pourraient être guéris par ablation de ces lésions. Initialement, le statut oligométastatique est défini par la présence maximale de 5 métastases sur 2 sites au maximum. Enfin, pour Hellman et Weichselbaum le plus important dans la maladie oligométastatique, est la reconnaissance qu'il ne s'agit pas seulement d'une bizarrerie stochastique , mais plutôt d'un état de capacité métastatique limitée, caractéristique de nombreuses tumeurs au cours de leur évolution clinique. De là, Niibe et al. ont, à leur tour, développé le concept d'oligo-récidive qui correspond alors à la présence d'une ou plusieurs métastases dans un seul organe, sans autre métastase à distance et chez un patient dont le site tumoral primitif est contrôlé (60). Vingt ans après la définition d'Hellman et Weichselbaum, l'ESMO publie des recommandations sur ce concept d'oligométastase. Pour les situations oligométastatiques, un traitement local peut être envisagé en combinaison avec une thérapie systémique chez les patients présentant un maximum de 3 métastases synchrones (27). Les patients au stade IV, atteints d'une à trois métastases synchrones peuvent connatre une survie à long terme sans maladie (SSM) à la suite d'un traitement systémique et d'un traitement local radical (forte dose de radiothérapie ou chirurgie). La difficulté résulte toujours dans la définition de la maladie oligométastatique qui diffère selon les équipes (certains groupes proposent une définition allant jusqu'à trois, d'autres jusqu'à cinq lésions métastatiques, d'autres encore limitent au nombre d'organes dans lesquels ces métastases sont présentes) (61, 62). I. 2. 5 Oligométastases et CBNPC Depuis la définition d'oligométastase d'Hellman et Weichselbaum, de multiples articles et méta-analyses se sont intéressés à cette nouvelle entité. Une revue de la littérature nous a permis d'unifier des notions pour rendre une définition de CBNPC oligométastatique la plus objective et claire possible (61, 63, 64). D'une part concernant la taille de la tumeur initiale, cette dernière doit être inférieure à 7 cm (65). D'autre part pour le staging, le stade N ne doit pas dépasser N1, c'est à dire pour les atteintes hilaires uniquement. Enfin le nombre de localisations secondaires (M) doit être inférieur ou égal à 5 métastases (66) dans un seul organe (foie, poumon, os, cerveau, surrénale) et inférieur ou égal à 3 cm pour être accessible à la RTS ou à la chirurgie (67). S'ajoutent à cette définition des critères instinctifs que sont : le Performance Status, l'âge, la localisation de 28 la tumeur primitive et la disponibilité des traitements locaux (chirurgie, RTS et ablation par radiofréquence). Une revue systématique de la littérature, étudiant 757 patients traités avec 1 à 5 métastases (90% de métastase unique) synchrones ou métachrones, a retrouvé des facteurs améliorant la survie globale à savoir : les métastases métachrones versus synchrones, l'histologie de type adénocarcinome et le statut N (61). C'est à partir de ces concepts d'oligométastase et d'oligoprogression, et en considérant plus particulièrement un état lentement évolutif de la maladie, qu'a pu être envisagé un traitement local des lésions métastatiques pour assurer le contrôle de la maladie. I. 3 Traitement Spécifique par Radiothérapie Stéréotaxique I. 3. 1 Définition La radiothérapie stéréotaxique est une irradiation de précision millimétrique à l'aide de faisceaux multiples (68) généralement non coplanaires. Cette technique nécessite une immobilisation méticuleuse (en cas d'utilisation du Gamma Knife) ou un suivi précis du mouvement de la cible en cours de séance par des contrôles d'imageries réguliers avec adaptation des faisceaux (en cas d'utilisation du Cyberknife). Cette technique, en diminuant la marge de sécurité classiquement admise autour du volume à traiter, permet de minimiser grandement les doses de rayonnement reçues par les organes à risque adjacents, tout en délivrant de fortes doses au volume cible correspondant à des doses effectives biologiques supérieures à 100 Gy pour les tumeurs primitives pulmonaires et entre 40 et 80 Gy pour des métastases. La BED (Biological Effective Dose) correspond à la dose équivalente reçue par le tissu (caractérisé par un / qui lui est spécifique). Elle dépend du tissu considéré, du fractionnement utilisé et de la dose par fraction administrée. A noter que les effets de la radiothérapie aussi bien sur les tissus sains que tumoraux sont connus avec des fractionnements classiques de 2 Gy par séance. Habituellement 33 fractions de 2 Gy sont utilisées pour les cancers du poumon. En RTS par l'augmentation de la précision, cette dose de 2 Gy peut être augmentée à chaque séance sans être toxique à des doses beaucoup plus élevées. Cette modification de dose modifie la radiobiologie : la RTS est dite hypofractionnée avec de fortes doses par fraction (69). Différents volumes sont définis (70) en radiothérapie : Le GTV qui correspond à la lésion telle qu'elle est visible à l'imagerie, le CTV défini par une marge autour du GTV et qui correspond à la possibilité de dissémination micrométastatique de la 29 maladie. Enfin le PTV est défini par une marge autour du CTV, qui correspond à la possibilité d'erreur liée au repositionnement ou aux mouvements des organes. La RTS permet de réduire considérablement le PTV par rapport à la radiothérapie conventionnelle (69). I. 3. 2 Les principes du traitement par Cyberknife Le Cyberknife est un système comportant un accélérateur linéaire miniaturisé produisant des Rayons X à 6 MV avec un débit de dose de 600 unités moniteur/min soit 2 à 3 Gy par minute. Cet accélérateur, dirigé par un bras robotisé et contrôlé par un ordinateur, permet une orientation des faisceaux selon six degrés de liberté, trois translations et trois rotations. Il est équipé de 12 collimateurs circulaires dont le diamètre s'échelonne de 0, 5 à 6 cm. Ce système permet de délivrer des mini-faisceaux non coplanaires. Cette technique consiste à délivrer de très hautes doses de radiations ionisantes par fraction (de 7, 5 à plus de 20 Gy), en quelques séances (3 à 8), sur une période courte, de l'ordre d'une à deux semaines. C'est une technique d'une précision millimétrique tant pour la délinéation lésionnelle que pour la délivrance du faisceau et la mise en place, nécessitant une contention adaptée du patient et surtout un suivi précis des mouvements de la cible en cours de séance. Cette technique a permis de délivrer une dose ablative dans les lésions métastatiques améliorant notablement le pronostic de certaines tumeurs en situation oligométastatique. Dans ces cas-là, la radiothérapie stéréotaxique permet d'obtenir un taux de contrôle local similaire à la chirurgie, bien qu'aucune étude n'a jusqu'alors comparé RTS et chirurgie. I. 3. 3 Radiothérapie Stéréotaxique par organe I. 3. 3. 1 Cérébrale Selon l'ONCORIF (Réseau Régional de Cancérologie le-de-France) (71) les métastases < 3 cm et > 5 mm peuvent être traitées en conditions stéréotaxiques. Entre 1 et 3 métastases, la RTS comportera soit une séance de radiothérapie monofractionnée, soit plusieurs séances (2 à 10) de radiothérapie hypofractionnée en condition stéréotaxiques. La radiothérapie hypo fractionnée sera privilégiée par rapport à la radiothérapie mono fractionnée en cas de métastase plus volumineuse, en cas de proximité d'organe à risque, 30 d'irradiation antérieure et/ou si terrain particulier (comorbidités associées, notamment vasculaires). Entre 3 et 5 métastases, une RTS peut être discutée au cas par cas avec le radiothérapeute, la RTS étant pratiquée jusqu'à 5 métastases dont la taille n'excède pas 3cm dans certains centres. Pour obtenir un bon contrôle local, il est nécessaire d'avoir une BED (Dose Effective Biologique) >40Gy (contrôle local à 12 mois de 70%) (72). Un nouveau score d'index pronostique donne une indication sur la survie globale des CBNPC avec des localisations cérébrales. Il s'agit de l'index Lung-molGPA (Lung-molecular-graded prognostic assessment). Ce nouveau score publié en 2017 (73) et élaboré à partir de 2186 patients, concerne uniquement les CBNPC, en les séparant en 2 groupes : adénocarcinomes et non adénocarcinomes. Par rapport à l'ancien score index DS-GPA (disease specific-graded prognostic assessment), il ajoute au sein des facteurs pronostiques la présence d'une mutation de l'EGFR ou d'un réarrangement d'ALK, qui comptent comme 1 point dans le score (Figure 5). Les survies globales selon ce score montrent des survies significativement plus élevées qu'avec le score DS-GPA, atteignant 46 mois pour les patients avec un score entre 3, 5 à 4 et un adénocarcinome (ce groupe comprend les patients avec mutation EGFR ou réarrangement de ALK). Il faut donc utiliser préférentiellement ce score pour les patients avec un CBNPC, surtout chez les patients avec une addiction oncogénique EGFR ou ALK. Figure 5 : Score Lung-molGPA : calcul et survie globale selon la valeur du score 31 I. 3. 3. 2 Osseuse Selon le groupe ONCORIF (71), cette approche est rare et à valider en Réunion de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) en cas de métastases osseuses limitées en taille et en nombre (1 à 3 sites), de volume bien délimité en imagerie, en l'absence de localisation secondaire viscérale. L'irradiation en intention ablative apportera une dose permettant le contrôle antalgique, mais aussi le contrôle local de la métastase osseuse. L'impact sur la survie n'a pas été démontré jusqu'à présent. Le choix de la technique sera guidé par la localisation tumorale à traiter. La technique stéréotaxique est validée pour le rachis. Le niveau de preuve pour les autres localisations métastatiques est faible. Pour les localisations oligo-métastatiques extrarachidiennes, un traitement normo-fractionné étalé peut être proposé à dose pseudo- curative. Les indications de RTS rachidienne sont définies, mais restent débattues : un maximum de 3 vertèbres pathologiques adjacentes, un résidu post-opératoire et une récidive locale (en tenant compte de la dose à la moelle précédemment délivrée le cas échéant). Les doses délivrées préconisées varient de 16 à 24 Gy en 1 séance, 24 à 27 Gy en 3 fractions et 20 à 30 Gy en 5 fractions. Il est recommandé de réserver la séance unique à des cas particuliers. Un traitement fractionné est recommandé en cas de récidive en territoire irradié, la dose déjà délivrée à la moelle doit être prise en compte. Il est nécessaire de calculer la dose biologique équivalente lorsque des fractions > 2 Gy sont utilisées. Un protocole est actuellement en cours, il s'agit de Stereo-os/Unitrad 15-02 qui s'intéresse aux patients atteints de cancers oligométastatiques (pour les primitifs pulmonaire, sein et prostate). Ce protocole randomisé multicentrique ouvert de phase III, comparera la SSP à un an entre un traitement standard (traitement systémique avec ou sans radiothérapie antalgique, si nécessaire) et un bras expérimental (traitement systémique plus radiothérapie stéréotaxique de l'ensemble des lésions osseuses). Les résultats de cet essai sont attendus pour 2020. I. 3. 3. 3 Surrénalienne La radiothérapie stéréotaxique est le traitement de première intention chez les patients oligométastatiques non éligibles à une chirurgie (63% de contrôle local en moyenne à deux ans et 19% de survie globale)(74). Les métastases synchrones sont associées à un pronostic moins favorable que les métastases métachrones (médiane de survie de 12 mois contre 31 mois, 32 p 0, 02) (75). Le caractère homolatéral est également un facteur pronostique. Cela peut s'expliquer, pour le cas du CBNPC, par le fait que le côté homolatéral serait une voie de drainage lymphatique alors que l'atteinte controlatérale signerait une dissémination hématogène (76). Pour plus de précision, du fait des mouvements de la respiration et du péristaltisme environnant, l'irradiation par Cyberknife se fait après mise en place d'un fiduciel. Il a également été démontré qu'une dose biologique efficace (BED) délivrée supérieure à 85- 100 Gy pour un rapport / égal à 10 Gy semblait être associée à un meilleur taux de contrôle local avec une survie global de 65% à 1 an (77). I. 3. 4 L'effet Abscopal Le terme abscopal , dérivé du préfixe latin ab (en dehors) et du suffixe grec scopos (la cible), a été introduit par R. H. Mole en 1953 (78). Il s'agit d'un effet non ciblé, correspondant à une régression tumorale après la radiothérapie dans des sites à distance non irradiés. Ce phénomène est rare après une radiothérapie exclusive, avec seulement quelques cas cliniques publiés. Reynders et al. ont proposé une revue systématique d'études publiées en 1960 et 2014 n'identifiant en tout que 51 patients chez qui un effet abscopal avait pu être observé, avec un délai médian de 5 mois (extrêmes : 1-24 mois) après la radiothérapie et une durée de réponse médiane de 13 mois (extrêmes : 3-39 mois) (79). Il est généralement admis que cet effet systémique est dose-dépendant et semble se reproduire davantage depuis l'instauration de la radiothérapie stéréotaxique hypo fractionnée à hautes doses par fraction, mais aussi depuis l'arrivée des traitements systémiques par immunothérapie (8082). I. 4 Contexte et but de l'étude L'arrivée du concept de maladie oligométastatique est devenue un enjeu thérapeutique avec une attitude agressive visant au contrôle local des différents sites. Cette prise en charge est apparue possible grâce aux progrès des traitements systémiques mais aussi grâce au développement de la chirurgie et de la radiothérapie. L'enjeu actuel est de réussir à identifier de manière individuelle le patient qui pourra bénéficier de cette prise en charge. Toutefois la difficulté à donner une définition universelle homogène rend l'identification de ce sous-groupe délicate. C'est tout l'intérêt que nous avons trouvé à la réalisation de ce travail. Une bonne identification permettrait de proposer des traitements adaptés aux différents sous- groupes, de limiter les complications induites par ceux-ci et finalement d'améliorer la survie. 33 II. MATERIELS ET METHODES : II. 1 Objectifs de l'étude Objectif Principal : L'objectif principal était d'analyser la survie globale et la survie sans progression au Centre Hospitalier Universitaire (CHU) d'Amiens des cancers bronchiques non à petites cellules oligométastatiques traités par radiothérapie stéréotaxique. Objectifs secondaires : Les objectifs secondaires étaient les suivants : - Donner une définition, après revue de la littérature, du concept d'oligométastase dans le cancer bronchique non à petites cellules. - Rechercher si des facteurs cliniques influençaient la survie globale et la survie sans progression au CHU d'Amiens du cancer bronchique non à petites cellules oligométastatique. - Rechercher s'il existait des facteurs cliniques ou anatomopathologiques prédictifs d'une bonne réponse au traitement local métastatique - Comparer nos prises en charges locales, concernant la radiothérapie stéréotaxique, aux données de la littérature - Améliorer la prise en charge des patients oligométastatiques par une gestion pluridisciplinaire précoce (chirurgie, radiothérapie, oncologues thoracique) et des réévaluations rapprochées II. 2 Critères de jugement Les critères de jugement étaient : - Evaluation de la survie globale des CBNPC Oligométastatiques traités par radiothérapie stéréotaxique 34 - Evaluation de la survie sans progression des CBNPC Oligométastatiques traités par radiothérapie stéréotaxique - Evaluation de l'indication de la radiothérapie stéréotaxique extra-thoracique Les critères d'inclusion étaient : - Patients majeurs - Patients ayant un cancer bronchique de stade oligométastatique synchrone (jusqu'à un mois post diagnostic) (stade IV) mais avec T< ou 3, 0 et M avec un nombre de métastases inférieure ou égale à 5 dans un seul organe (foie, poumon, os, cérébral, surrénale) et une taille de métastase inférieure ou égale à 3 cm - Première présentation en RCP pour mise en route de traitement comprise entre le 01/01/2016 et le 31/05/2019 - Patients traités au sein du service de Radiothérapie du CHU Amiens-Picardie - Patients avec un Performance Status < 3 - Métastases synchrones (présentes au moment du diagnostic) Les critères de non inclusion étaient : - Cancer bronchique de stade I, II, IIIA ou IIIB ou IV avec plusieurs sites métastastiques - Patients n'ayant pas bénéficié de traitement par radiothérapie stéréotaxique sur le site métastatique Les critères d'exclusion étaient : - Tumeurs métastatiques métachrones (apparues plus de 1 mois après diagnostic de CBNPC) - La prise en charge neurochirurgicale pré radiothérapie stéréotaxique II. 3 Méthodologie Procédure : Nous avons réalisé une étude rétrospective, mono centrique, non interventionnelle, observationnelle sur le CHU d'Amiens. 35 Nous avons recherché avec l'aide du Dr COUTTE, radiothérapeute, tous les patients ayant reçu de la radiothérapie stéréotaxique entre septembre 2016 et mai 2019. Puis nous avons identifié les patients présentant un CBNPC oligométastatique stade IV (8ème classification TNM). Etaient retenues les tumeurs oligométastatiques synchrones et non métachrones. La période d'étude retenue, de septembre 2016 à mai 2019, correspondait à l'arrivée du Cyberknife et donc aux premières thérapeutiques stéréotaxiques au CHU d'Amiens. Variables recueillies à l'aide du logiciel DxCare du CHU d'Amiens Picardie : - L'âge - Le sexe - Le score OMS lors de la consultation d'annonce - Les antécédents de tabagisme en paquet année et le sevrage ou non au diagnostic - La date exacte de l'anatomopathologie - L'anatomopathologie exacte (épidermoïde ou adénocarcinome), la présence d'une mutation associée ou non, le statut PDL1 - Le bilan d'extension lors du diagnostic (à savoir l'IRM cérébrale et le TEP scanner) - La description de l'évaluation nodulaire (EBUS, Médiastinoscopie ou Thoracoscopie) - La date de la 1ère RCP - Le stade TNM selon la 8ème édition - La localisation métastatique et le nombre de métastases - La chronologie de la stratégie du traitement - La prise en charge thérapeutique de la tumeur primitive - La date de la 1ère séance de radiothérapie stéréotaxique - L'isodose de prescription - Le calcul de la Biological Effective Dose (BED) : technique utilisée pour les calculs des équivalences de doses. C'est une mesure de la dose biologique réelle fournie par une combinaison particulière de la dose par fraction et de la dose totale d'un tissu particulier caractérisé par un rapport /. 36 BED nd [1 /] : le n représente le nombre de fractions, le d la dose par fraction. - La première classification RECIST au premier bilan de réévaluation fait à 3 mois - L'existence d'effets secondaires liés à la radiothérapie stéréotaxique et si oui, lesquels et de quelle gravité (gradation selon CTCAE (83) - La date de progression et le calcul à partir de la fin de la radiothérapie stéréotaxique - Le ou les sites de progression - La date de décès qui a été recherchée dans le dossier médical et en cas d'absence de date exacte via appel des mairies du domicile des patients. Nous avons arrêté l'étude au 31 mai 2019. Les patients considérés en vie l'étaient donc assurément jusqu'au 31 mai 2019. II. 4 Analyse statistique Une analyse descriptive a d'abord été réalisée permettant la présentation des variables qualitatives sous forme de fréquences et pourcentages et des variables quantitatives sous forme de moyennes, d'écart-types, de médianes et d'extrêmes. Pour les analyses de survie, nous avons d'abord réalisé une analyse univariée à la fois selon la méthode de Kaplan-Meier avec calcul du log rank et selon la méthode de Cox avec calcul de l'hazard ratio (HR). La date de point pour la survie globale était la date de décès, la date des dernières nouvelles ou la date du 31 mai 2019, selon laquelle était atteinte en premier. La date de point pour la survie sans progression était la date de progression, la date de la dernière RCP disponible en cas de stabilité ou la date du 31 mai 2019, selon laquelle était atteinte en premier. Pour la recherche de facteurs prédictifs, une analyse bi-variée était d'abord réalisée utilisant le Chi2 de Pearson ou le test exact de Fisher pour les variables qualitatives et le test t de Student ou les tests non paramétriques pour les variables quantitatives, selon la distribution des variables. Un p inférieur à 0, 05 était considéré comme significatif. Le logiciel SPSS 12. 0 a été utilisé. 37 II. 5 Cadre réglementaire et éthique Il s'agit d'une étude non interventionnelle, nous n'avions donc pas besoin de l'avis du Comité de Protection des Personnes (CPP). Une demande d'autorisation d'utilisation des données a été effectuée auprès de la Commission nationale de l'informatique et des libertés (CNIL). Compte tenu de l'importance du nombre de décès parmi les patients inclus, nous avons choisi de ne pas informer les familles afin de ne pas réveiller un souvenir douloureux. 38 III. RESULTATS III. 1 Caractéristiques de la population Entre septembre 2016 et mai 2019, 39 patients atteints d'un CBNPC ont été traités localement par RTS sur un ou des sites métastatiques (figure 6). Figure 6 : Flow Chart. CBP : Cancer Broncho-Pulmonaire ; CBPC : Cancer bronchique à petite cellules ; CBNPC : Cancer bronchique non à petites cellules 611 dossiers de patients ayant reçu de la radiothérapie stéréotaxique 376 dossiers de patients présentant un CBP 317 dossiers de CBNPC 39 dossiers de patients oligométastatiques synchrones traités par radiothérapie stéréotaxique 235 dossiers de patients exclus car ne présentant pas de CBP 59 dossiers de patients exclus car présentant un CBPC 278 dossiers exclus car plusieurs localisations métastatiques, ou chirurgie sur lésions métastatiques ou oligométastases métachrones A noter : manque de données pour 15 dossiers 39 Dans cette étude, l'âge moyen au diagnostic était de 62 10 ans. Parmi eux, il y avait 27 hommes (69, 2 %) et 12 femmes (30, 8 %) avec 90% d'entre eux fumeurs qui étaient pour la grande majorité (80%) sevrés. Le type histologique le plus représenté était l'adénocarcinome à 74%. La plupart des patients (90%) étaient PS 1 lors du diagnostic de CBNPC. Seuls 5 patients étaient PS 2 lors de la prise en charge. Parmi les patients inclus, 60% avaient un dosage de PDL1 positif, c'est-à-dire supérieur à 1%. Concernant le statut ganglionnaire, seulement un tiers des patients étaient N0, un autre tiers était N2 et 23% était N3. Le principal site métastatique était le cerveau à 92%. La majorité des patients était au stade IVA, donc 1 seule métastase dans un seul site. En considérant / 10 Gy, la BED était supérieure à 40 Gy pour les irradiations cérébrales, supérieure à 85 Gy pour l'irradiation surrénalienne conformément aux données de la littérature (84). Les caractéristiques initiales à l'inclusion des patients sont décrites dans le tableau 1. 40 Genre N 39 Homme/Femme 27(69, 2)/12(30, 8) Age < 55 ans Entre 55 ans et 65 ans > 65 ans Performance Status 1 / 2 Tabagisme Non Sevré Actif Type Histologique Adénocarcinome Carcinome Epidermoïde Peu Différencié Biologie Moléculaire Pas de mutation EGFR ALK MET KRAS PDL1 < 1 % Entre 1 et 50% >50% Statut N N0 N1 N2 N3 Site métastatique Cérveau Surrénale Os Stade TNM IV A/ IV B 10 (25, 6) 13 (33, 3) 16 (41, 1) 34 (87, 2) / 5 (12, 8) 4 (10, 3) 31 (79, 5) 4 (10, 3) 29 (74, 4) 8 (20, 5) 2 (5, 1) 29 (74, 4) 4 (10, 3) 1 (2, 6) 4 (10, 3) 1 (2, 6) 16 (41) 17 (43, 6) 6 (15, 4) 14 (35, 9) 3 (7, 7) 13 (33, 3) 9 (23, 1) 36 (92, 3) 1 (2, 6) 2 (5, 1) 24 (61, 5)/ 15 (38, 5) BED > 40 Gy pour / 10 Gy 39 (100) Tableau 1 : Caractéristiques initiales des patients (N 39). Les résultats sont présentés en N patients (%) 41 III. 2 Traitement Primitif Parmi les 39 patients inclus, 14 (soit 35, 9%) ont subi un traitement chirurgical de leur tumeur primitive. La majorité des prises en charge chirurgicales était sous forme de lobectomie (pour 11 patients), 2 patients ont subi un wedge résection et 1 patient une pneumonectomie. Toutes ces prises en charge étaient suivies d'un traitement systémique adjuvant par chimiothérapie. Quatorze patients ont reçu un traitement par radio-chimiothérapie concomitante. Les 11 derniers patients ont reçu directement un traitement systémique soit par chimiothérapie, soit par immunothérapie en 1ère ligne (si PDL1 > 50%), soit par thérapies ciblées si des mutations cibles étaient présentes. A noter qu'il n'y a pas eu de cas de toxicité CTCAE grade 3 à 5 secondaire au traitement par radiothérapie stéréotaxique. Aucun des patients décédés n'a présenté de signes de toxicité liée au traitement. III. 3 Survie Globale La médiane de survie globale tous patients confondus, n'a pas pu être réalisée. En effet durant le suivi, moins de la moitié des patients était décédée (14 patients parmi les 39), ce qui rendait impossible le calcul de cette médiane de survie. La courbe de Kaplan Meier présente la survie globale de ces patients (Figure 7). Le tableau 2 présente les facteurs pronostiques sur la survie globale évalués dans cette étude selon la méthode de Kaplan Meier (avec calcul du log rank) et selon la méthode de Cox (calcul de l'HR). En analyse univariée, les facteurs statistiquement significatifs améliorant la survie globale sont : - Performance Status 1 avec une médiane de survie globale de 27, 3 mois IC 95% [22, 9-31, 7] versus 10 mois IC 95% [3, 6-16, 3] pour les patients avec un Performance Status 2 (Figure 8) 42 - L'absence d'expression de PDL1 (c'est-à-dire inférieure à 1%) avec une médiane de survie globale de 26, 8 mois IC 95% [21, 7-32] versus 23, 4 mois IC 95% [17, 2-29, 6] pour le groupe avec une expression de PDL1 >1% (Figure 9) - Nous n'avons pas retrouvé en analyse univariée d'autres facteurs pronostiques. La taille de la tumeur primitive, le type histologique ou encore le statut ganglionnaire ne semblaient pas modifier la survie. Facteurs pronostiques Performance Status Absence d'expression PDL1 PDL 1 > 50% Présence mutation oncogénique Plus de 2 métastases Âge > 65 ans Chirurgie HR IC95% 6, 3 [1, 8-21] 0, 4 [0, 1-1, 7] 0, 2 [0, 07-1, 2] 0, 7 [0, 1-3, 5] 1, 1 [0, 2-4, 8] 0, 3 [0, 07-1, 8] 0, 4 [0, 1-1, 5] Radio-chimiothérapie concomitante 0, 8 [0, 3-2] HR : Hazard Ratio ; IC : Intervalle de Confiance p 0, 003 0, 254 0, 086 0, 690 0, 925 0, 269 0, 197 0, 785 Tableau 2 : facteurs pronostiques sur la survie globale à 12 mois selon la méthode de Kaplan Meier et la méthode de Cox 43 Figure 7 : Courbe de survie globale 44 Figure 8 : Courbe de Survie Globale selon le PS 45 Figure 9 : Courbe de la survie globale selon le statut PDL1 Le traitement du primitif par une sanction chirurgicale semblait diminuer légèrement la mortalité, de manière non significative (N 2 patients décédés versus 12, p 0, 288), sous réserve d'un manque de puissance. L'hazard ratio était à 0, 4 (IC 95% [0, 1-1, 5]) avec p 0, 197. Le fait d'avoir eu une radio-chimiothérapie concomitante ne modifiait pas la survie (HR 0, 8 (IC 95% [0, 3-2]) avec p 0, 7). Une analyse multivariée a été réalisée, reprenant les 2 seuls facteurs significatifs en analyse univariée dans notre étude (PS1 et PDL1 négatif). La seule variable indépendante et significativement associée à un bon pronostic était le PS1 avec un hazard ratio à 6, 7 IC95% [1, 9-23, 6] avec p 0, 003. L'absence d'expression de PDL1 n'apparaissait pas comme un facteur pronostique (HR 2, 5 IC95% [0, 7-8, 6] avec p 0, 125). 46 III. 4 Survie sans progression La médiane de survie sans progression tous patients confondus était de 11 mois IC 95% [10, 3-11, 7]. (Figure 10) Le tableau 3 présente les facteurs pronostiques sur la survie sans progression évalués dans cette étude selon la méthode de Kaplan Meier (avec calcul du log rank) et selon la méthode de Cox (calcul de l'HR). En analyse uni-variée, le seul résultat statistiquement significatif améliorant la survie sans progression était le fait d'avoir un PS 1 avec une survie sans progression à 11, 5 mois IC 95% [11-12] versus 7, 6 mois pour les patients PS 2 IC 95% [4, 9-10, 2]. Facteurs pronostiques Performance Status Absence d'expression PDL1 PDL 1 > 50% Présence mutation oncogénique Plus de 2 métastases Âge > 65 ans Chirurgie Radio-chimiothérapie concomitante HR : Hazard Ratio ; IC : Intervalle de Confiance HR IC95% 2, 45 [0, 72-8, 33] 0, 8 [0, 36-1, 75] 0, 66 [0, 22-1, 93] 0, 87 [0, 34-2, 21] 0, 68 [0, 16-2, 90] 0, 75 [0, 33-1, 72] 0, 91 [0, 74-1, 11] 0, 95 [0, 41-2, 21] p 0, 15 0, 58 0, 44 0, 77 0, 6 0, 5 0, 32 0, 9 Tableau 3 : facteurs pronostiques sur la survie sans progression à 12 mois selon la méthode de Kaplan Meier et la méthode de Cox 47 Figure 10 : Courbe de survie sans progression 48 Figure 11 : Courbe de survie sans progression selon le PS Aucune analyse multivariée n'a pu être réalisée, du fait du nombre trop faible de variables statistiquement significatives. III. 5 Réponse au traitement global (systémique et radiothérapie stéréotaxique) et profil des patients éligibles à un traitement curatif Parmi les 39 patients inclus, 2 (5, 1%) présentaient une progression lors de la première évaluation ; 6 (15, 3%) étaient en stabilité, 20 (51, 2%) en réponse partielle et 11 (28, 2%) en réponse complète selon les critères RECIST. Sur toute la durée du suivi (hétérogène en fonction des patients), 29 (74, 3%) ont présenté une progression et parmi eux 14 (35, 8%) sont décédés. 49 IV. DISCUSSION Notre population était comparable aux grandes études rétrospectives portant sur la maladie oligométastatique dans le CBNPC, avec un âge moyen observé de 62 10 ans contre une médiane de 61 ans dans les études de la méta-analyse d'Ashworth (61). Il en était de même pour les caractéristiques initiales de la population étudiée concernant le sexe, le statut tabagique, le Performance Status, les sites métastatiques et l'histologie. IV. 1 La survie globale Dans notre étude, moins de la moitié des patients est décédée au cours de notre suivi. Cela rendait impossible le calcul de la médiane de survie globale, traduisant néanmoins une tendance bénéfique dans notre prise en charge. Un suivi plus long aurait permis d'obtenir cette médiane. En effet le suivi dans notre étude était de 31 mois dans le meilleur des cas, c'est-à- dire pour les patients inclus en premier. Mais des patients ont été inclus seulement en avril 2019 (dernière inclusion le 12 avril 2019) avec un suivi de moins de 2 mois. Dans la littérature, le suivi était plus long, comme dans l'étude de De Vin et al (85) qui analysait la survie globale des patients avec un CBNPC oligométastatique traités par radiothérapie stéréotaxique sur une période de 6 ans, avec une population de 309 patients. Dans cette étude, la médiane de survie atteignait 24 mois. Dans la méta analyse dirigée par l'équipe canadienne d'Ashworth (61), le recueil a été réalisé entre 1985 et 2012 à travers 20 études permettant le recrutement de 757 patients, avec une durée de suivi moyen de 53 mois. La survie médiane dans cette étude était de 26 mois, avec une survie globale à 5 ans (29, 4 %), de loin supérieure à la survie globale moyenne à 5 ans (2 %) des CBNPC de stade IV. Plus récemment, Gomez et al. (86) montraient dans une étude randomisée de phase II une survie globale de 41, 2 mois dans le bras thérapie ablative locale contre 17, 0 mois dans le bras maintenance seule, p 0, 017. Ces études avec un suivi plus important, ont augmenté leur puissance par l'intermédiaire d'une population plus conséquente. Cependant un suivi plus long ne signe pas toujours une grande cohorte, en témoigne une étude néerlandaise prospective de phase II de 2012 (87) avec un suivi de 4 ans permettant le recueil de 39 patients, pour une survie globale de 13, 5 mois [IC95% 7, 6- 19, 4]. Toutefois, les comparaisons entre les études sont limitées par la taille des échantillons et les types de traitements administrés. De plus, un suivi très long expose à une modification de pratiques entre le début et la fin de l'étude et peut donc limiter l'intérêt de l'étude lorsque celle- ci se termine. 50 Si nous avions bénéficié d'une plus grande population, il aurait été intéressant de faire un score de propension, par exemple sur la décision de chirurgie. Notre cohorte rapportait tous les patients recevant un traitement local ablatif au CHU d'Amiens. Il est possible que les patients recevant un tel traitement étaient plus susceptibles d'avoir des caractéristiques favorables. Il en émane un profil particulier de recrutement de notre population. En effet plus de la moitié des patients présentaient une seule métastase cérébrale (22 patients). De ce fait l'extrapolation de nos résultats à des patients présentant 2 ou plusieurs métastases sur d'autres organes pourrait ne pas être appropriée. Cette notion de population sélectionnée a déjà été constatée dans de nombreuses études. Dans la méta-analyse de l'équipe chinoise de Shangbiao Li, les auteurs constataient que la sélection des patients pouvant prétendre à un traitement ablatif local avait autant d'impact sur la survie à long terme que le traitement lui- même (88). IV. 2 Survie sans progression Dans notre étude, la survie sans progression était de 11 mois IC95% [10, 3-11, 7]. Ce résultat était conforme à ceux d'études publiées antérieurement. Effectivement ces études rapportaient que la plupart des patients auraient une récurrence de la maladie à distance ou localement, dans l'année suivant le traitement par ablation des oligométastases. Parmi ces études, nous distinguions l'étude de phase II de Gomez qui montrait une survie sans progression de 11, 9 mois dans le groupe avec thérapie ablative locale (IC 95% [5, 7-20, 9] versus 3, 9 mois (IC 95% [2, 3-6, 6]) dans le groupe maintenance (HR 0, 35 (IC 95% [0, 18-0, 66], p 0, 0054) (89). Une autre étude de phase II américaine, montrait une survie sans progression de 9, 7 mois dans le groupe chimiothérapie d'entretien associée à une radiothérapie stéréotaxique contre 3, 5 mois dans le groupe de chimiothérapie d'entretien seul (P 0, 01) (90). Dans notre étude seul le PS était un facteur pronostique. Ce facteur pourrait permettre de déterminer un phénotype de patients bons répondeurs et donc plus susceptibles de bénéficier des traitements ablatifs métastatiques. Ce critère seul était malheureusement insuffisant pour dresser un phénotype complet, mais d'autres facteurs pronostiques ont été mis en évidence dans la littérature. 51 IV. 3 Les Critères de Jugements Secondaires IV. 3. 1 Facteurs Pronostiques La définition du concept d'oligométastase reste indissociable des facteurs pronostiques permettant une sélection optimale des patients. Dans notre étude le seul facteur pronostique mis en évidence, de manière assez intuitive, concernait le Performance Status. En effet ce paramètre était associé à une survie globale de 27 mois contre 10 mois pour un patient avec un PS 2. Il s'agissait d'un facteur pronostique dans les analyses multivariées, avec un hazard ratio à 6, 796 IC95% [1, 953-23, 645] avec p 0, 003. Ce facteur pronostique était retrouvé dans l'étude de Rodrigues (91) qui montrait que le PS avait une influence sur la survie globale (PS 2/3 vs 0/1, HR 1, 7 (1, 1-2, 8) p 0, 027). De la même manière, l'équipe texane de Gomez (92) montrait qu'avec un indice de 80% (correspondant à un PS la survie globale était meilleure avec HR 0, 30, P 0, 036. Ce facteur était même un critère de sélection des patients dans de nombreuses études (61, 63). En effet dans la méta analyse d'Ashworth, sur les trente-quatre études retenues, 67% des patients avaient un PS Dans les autres études, plusieurs autres facteurs pronostiques ont été mis en évidence et repris dans les référentiels rédigés par les professionnels des réseaux régionaux de cancérologie d'Alsace (CAROL) (93), de Bourgogne (ONCOBOURGOGNE) (94), de Champagne-Ardenne (ONCOCHA) (93), de Franche-Comté (ONCOLIE) (94) et de Lorraine (ONCOLOR) (93). Dans l'article de Gomez et Niibe (95), il était rapporté de manière logique que le nombre de métastases avait un impact sur la survie. Dans notre étude nous n'avions pas réussi à mettre en évidence d'amélioration de la survie en fonction du nombre de métastases. Néanmoins peu de patients avaient 2 métastases ou plus. Pour Gomez et Niibe, plus le nombre de sites métastatiques était faible, meilleur était le résultat clinique. De plus l'organe concerné pouvait également avoir un impact sur les résultats cliniques. En général, l'atteinte hépatique ou osseuse pouvait entraner un pronostic plus défavorable que l'atteinte surrénalienne ou cérébrale, bien que les données publiées à ce sujet soient limitées. Pour ce qui était du pronostic en fonction du nombre d'organes atteints, une étude observationnelle (96) se basant sur un registre néerlandais avec 11 094 patients présentant un stade IV diagnostiqués entre 2006 et 2012, montrait que la survie médiane était de 6, 7 mois en cas d'atteinte d'un seul organe et de 2, 8 mois pour plus de 2 organes. 52 Au niveau du type histologique, l'étude de Bonnette et al. (97) montrait que les patients atteints d'adénocarcinome avaient des résultats de survie améliorés par rapport aux autres sous-types histologiques (p 0. 019). Nous n'étions pas parvenus à montrer de différence statistiquement significative sur le type histologique. Concernant la taille de la tumeur primitive, une étude de survie suisse dirigée par Collaud et al (98), montrait une meilleure survie pour les petites tumeurs (T1-T2) (p 0. 007) en comparaison aux tumeurs plus avancées (T3-T4). Du fait de l'hétérogénéité de notre population, mais aussi du manque de puissance nous n'avions pas pu isoler une taille limite comme facteur pronostique. Pour des raisons identiques, le statut ganglionnaire n'était pas ressorti comme facteur pronostique. L'équipe de Salah révélait que les patients présentant une atteinte des ganglions lymphatiques médiastinaux (N2 ou N3) avaient une survie significativement inférieure à celle des patients sans atteinte des ganglions lymphatiques médiastinaux (N0 ou N1), avec un taux de survie à 5 ans de 0% vs 64%, et un temps de survie moyen de 23 mois (IC 95% : 10-35) vs 75 mois (IC 95% : 63-88) respectivement p< 0, 001 (99). De la même façon, une méta-analyse chinoise récente retrouvait comme seul facteur pronostique positif le statut ganglionnaire (64). Au sujet du profil synchrone ou métachrone, nous avions choisi comme critère d'inclusion uniquement les CBNPC synchrones. Il devenait donc impossible de distinguer un facteur pronostique parmi ces deux profils. Dans la littérature, les profils oligométastatiques métachrones avaient une meilleure survie que les synchrones (100). Cette étude japonnaise d'Inoue et al, examinait le rôle de la radiation stéréotaxique dans le cerveau, les poumons ou les surrénales pour des maladies oligométastatiques. Les auteurs révélaient un taux de survie globale à 5 ans de 40% pour les patients avec un intervalle sans progression 12 mois versus 10% pour un intervalle sans progression inférieur à cette période. A propos de la stratégie de traitement sur la tumeur primitive, nous n'avions pas montré de différence statistiquement significative entre un traitement chirurgical ou une radio- chimiothérapie concomitante. Une étude mexicaine (101) a montré qu'un traitement radical de la tumeur primitive était de meilleur pronostic. En effet chez les patients ayant subi une résection chirurgicale de la tumeur pulmonaire primaire, la survie médiane variait de 19 à 27 mois, et le taux de survivants à un an et à deux ans variait respectivement de 56 à 69 % et 28 à 54%. Les patients traités par radio-chimiothérapie concomitante avaient obtenu une survie 53 médiane de 15, 5-31, 8 mois. Une éligibilité à un traitement radical de la tumeur primitive apparaissait comme un facteur pronostique. Enfin la méta-analyse d'Ashworth (61) a hiérarchisé ces facteurs pronostiques en trois grands groupes en fonction de leur impact et de leur pertinence sur la prise en charge. Les facteurs du groupe 1 (que l'on retrouvait dans plusieurs autres études (99101) correspondaient à des facteurs pronostiques hautement significatifs. On comptait dans ce groupe : le contrôle de la tumeur primitive, le statut ganglionnaire et l'intervalle avant progression supérieur > 6 mois. Les facteurs du groupe 2, considérés comme modérément significatifs, comportaient les localisations métastatiques extra crâniennes (qui diminuaient la survie globale), la taille de la tumeur primitive et le type de résection de la tumeur primitive (la lobectomie avec une meilleure survie globale que la pneumonectomie). Enfin le troisième groupe (facteurs pronostiques occasionnellement significatifs) rapportait l'histologie de la tumeur (l'adénocarcinome associé à une meilleure survie globale), l'âge, le nombre d'oligométastases (le fait d'avoir plus de 3 métastases diminuait la survie globale) et l'utilisation de la chimiothérapie en traitement adjuvant. Cette hiérarchisation des facteurs pronostiques, pourrait être le support d'un score pronostique permettant de classer les patients. Avec au final, une classification permettant un aiguillage dans la prise en charge oncologique des maladies oligométastatiques. Concernant les facteurs pronostiques immunologiques, nous avons constaté une tendance à une meilleure survie pour les patients sans expression du marqueur PDL1. L'expression de PDL1 comme facteur pronostique n'a pas été retrouvé dans la littérature. Dans notre étude, parmi les patients sans expression de PDL1, nous comptions principalement des anciens fumeurs sevrés (N 12), ou des non-fumeurs (N 2). Dans la littérature, plusieurs études évoquaient un lien entre tabagisme et l'expression de PDL1 (14, 102, 103). Avec comme postulat qu'un tabagisme actif ou passif pouvait améliorer la réponse à l'immunothérapie. Cela s'expliquerait par le fait que les carcinogènes du tabac faciliteraient l'échappement de la tumeur face au système immunitaire (104). Actuellement nous manquons de preuve pour conclure à un lien entre le statut PDL1 et le tabagisme. D'autres études seraient profitables afin de déterminer l'existence ou non de ce lien. IV. 3. 2 Profil des Bons Répondeurs A la lumière de notre étude et des études citées précédemment, nous avons pu retenir un profil de patient oligométastatique pouvant prétendre à un traitement curatif. La présentation la 54 plus favorable serait un patient porteur d'une tumeur avec une taille inférieure à 5 cm, un statut ganglionnaire strictement inférieur à N2, une localisation métastatique cérébrale unique (ou inférieure à 5 mais seulement au niveau cérébral). Le type histologique le plus favorable restant l'adénocarcinome. Le patient doit être en bon état général avec un PS < 2 et un âge < 70 ans. IV. 4 Effet du traitement local par Radiothérapie Stéréotaxique A propos du traitement local par radiothérapie stéréotaxique, notre étude montrait une prise en charge similaire aux données de la littérature, concernant les doses ablatives délivrées (86, 105, 106). La survie sans progression dans notre population était de 11 mois IC 95% [10, 3- 11, 7]. Plusieurs études récentes rapportaient des résultats également très favorables pour les patients bénéficiant d'un traitement local par radiothérapie stéréotaxique. Le premier essai randomisé de thérapie ablative locale sur tous les sites métastatiques chez des patients atteints de CBNPC oligométastatique a été publié par Gomez et al. en 2016 (89). Dans cette étude multicentrique randomisée de phase II, 49 patients, atteints de 3 métastases ou moins, ont été traités par 4 cycles de chimiothérapie doublet platine ou par 3 mois de thérapie ciblée selon le statut mutationnel. L'étude a été interrompue prématurément par le Data Safety Monitoring Committee en raison d'une différence importante de SSP en faveur du traitement par thérapie ablative locale. La durée médiane du suivi était de 12, 4 mois. La SSP était significativement plus longue dans le groupe ayant reçu le traitement ablatif local que dans le groupe ayant reçu le traitement d'entretien (11, 9 contre 3, 9 mois), avec un rapport de risque de 0, 35 (IC à 90 % : 0, 18-0, 66, P 0, 005). Du fait de ces excellents résultats, les auteurs décidèrent de poursuivre l'étude en analysant la survie globale. C'est en 2019 (86) que les résultats de survie globale sont présentés avec une survie de 37, 7 mois (IC 95% [16, 6-41, 2]). Ils rapportaient également un temps médian de survie après la progression de 13, 6 mois (IC 95% [8, 4-37, 6 mois]). Plusieurs hypothèses physiopathologiques sont avancées pour expliquer ces excellents résultats. Tout d'abord la thérapie ablative locale permettrait de détruire les cellules malignes résistantes qui persistent après un traitement systémique. Ensuite la radiothérapie stéréotaxique pourrait potentialiser les effets d'un traitement systémique. Enfin, en réduisant la charge tumorale résiduelle, la thérapie à dose ablative localisée ralentirait également la croissance micrométastatique éloignée. Ces trois hypothèses ne s'excluent pas mutuellement. De plus, s'ajoute à cela l'hypothèse d'un effet abscopal de la radiothérapie stéréotaxique pouvant être potentialisé par l'immunothérapie (79). 55 De nombreuses autres études se sont intéressées à la thérapie ablative localisée pour les CBNPC oligométastatiques (87, 90, 107109), avec de bons résultats mais toutefois moins impressionnants que l'étude de Gomez et al (86). Une nouvelle étude phase III multicentrique NRG-LU002 (110), a randomisé 300 patients en chimiothérapie d'entretien ou traitement local par radiothérapie stéréotaxique sur tous les sites métastatiques, suivi d'une chimiothérapie d'entretien. L'objectif principal était d'évaluer l'incidence de l'ajout d'une thérapie ablative locale au traitement d'entretien systémique par opposition au traitement d'entretien systémique seul sur la survie sans progression (phase II) et sur la survie globale (stade III) chez les patients atteints de CBNPC sans signe de progression et dont les sites métastatiques sont limités après un traitement systémique de première ligne. Les résultats seront disponibles en septembre 2020. IV. 5 Limites et Forces de l'étude IV. 5. 1 Les Limites La principale limite de notre étude était le faible nombre de patient entrainant une faible puissance statistique. Cependant tous les patients traités par radiothérapie stéréotaxique au CHU d'Amiens pour un CBNPC sur la période choisie ont été inclus. Elargir la période d'inclusion pour augmenter le nombre de patients était malheureusement impossible, car le traitement par radiothérapie stéréotaxique n'a débuté au CHU d'Amiens qu'en septembre 2016. Pour augmenter la puissance statistique, nous aurions pu réaliser une étude multicentrique, mais cela aurait été délicat pour deux raisons. La première est l'homogénéisation des prises en charge selon les centres et la deuxième le fait que la radiothérapie stéréotaxique pulmonaire n'était pas présente dans tous les centres (notamment au CHU d'Amiens). Le caractère rétrospectif de l'étude limitait également la puissance statistique. Cette étude prenait en compte seulement les lésions métastatiques synchrones, qui selon la littérature, étaient un moins bon facteur pronostique que les tumeurs métastatiques métachrones. Une autre limite de cette étude, retrouvée dans la littérature, était qu'il s'agissait d'une population de patients hautement sélectionnée composée principalement de patients présentant une seule métastase cérébrale ; la transposition de nos résultats à des patients présentant 2 ou plusieurs métastases à d'autres endroits pourrait ne pas être adaptée. 56 IV. 5. 2 Les Forces Cette étude renforce l'intérêt de nos réunions pluridisciplinaires. Une prise en charge globale entre oncologues, pneumologues, radiothérapeutes et chirurgiens permet une vision complète des possibilités thérapeutiques. Et offre au patient le traitement le plus approprié. Il s'agissait donc d'une étude traduisant une pratique quotidienne et qui correspond à la vie réelle . De plus, nos données de survie en vie réelle sont superposables à celles retrouvées dans la littérature et pratiquement similaires à celles de l'essai clinique randomisé de Gomez (86, 89). Ces résultats intensifient la place de la radiothérapie stéréotaxique dans la stratégie de prise en charge du CBNPC oligométastatique et son intérêt en pratique clinique. Le faible taux d'évènements indésirables et de toxicité de la radiothérapie stéréotaxique en fait un traitement encore plus attirant. Enfin, cette étude a permis de mettre en valeur la prise en charge homogène en radiothérapie stéréotaxique du CHU d'Amiens. Effectivement la BED était identique quel que soit le radiothérapeute prenant en charge le patient, avec donc une pratique intra hospitalière analogue. Cette prise en charge donnait des résultats identiques aux données de la littérature, avec des doses similaires et très peu de toxicités rapportées. Concernant le calcul de la BED, nous sommes conscients que le modèle linéaire quadratique utilisé n'est en théorie valable que pour des doses par séance comprises entre 1. 5 et 8 Gy, et pour un étalement constant, en deçà des doses utilisées en RTS. La BED décrite dans notre étude est le plus souvent une estimation permettant de comparer les doses. IV. 6 Conséquences et Perspectives Bien que le CBNPC avancé soit associé à une faible survie, les patients atteints de CBNPC oligométastatiques ont un meilleur pronostic. Nous avons constaté que le Performance Status était significativement lié au taux de survie globale des patients oligométastatiques atteints de CBNPC. Cependant, nous n'avons pas réussi à montrer une relation significative entre le sexe, le stade, le statut ganglionnaire, le statut tabagique, l'âge, l'histologie et la survie globale des patients atteints de CBNPC oligométastatiques. Toutefois, ces relations statistiquement significatives ont été observées dans de nombreuses études et rapportées dans des méta-analyses (61, 64). 57 Le choix du traitement de la tumeur primaire et des sites métastatiques doit toujours tenir compte de la relation bénéfice-risque et de l'apport du service médical rendu au patient. Ce choix prendra en considération l'état général du patient, son espérance de vie, les traitements disponibles mais aussi ses souhaits avec comme objectif une préservation de la qualité de vie (55). V. CONCLUSION Cette étude montre, avec une survie sans progression de 11 mois, que le traitement multimodal comprenant de la radiothérapie stéréotaxique, constitue une prise en charge intéressante dans le traitement du CBNPC oligométastatiques. Il s'agit d'une stratégie inspirante et présentant un réél bénéfice sur la survie des patients. Ces résultats concordent avec ceux de la littérature concernant le traitement ablatif local des foyers de métastases. Cependant, de nombreuses questions persistent et des études intégrant de nouvelles stratégies thérapeutiques sont nécessaires pour définir la meilleure catégorie de patients qui bénéficiera d'un traitement plus agressif. Il est nécessaire de promouvoir les études prospectives pour pouvoir choisir la meilleure approche pour chaque patient. 58 BIBLIOGRAPHIE 1. Ferlay J, Steliarova-Foucher E, Lortet-Tieulent J, Rosso S, Coebergh JWW, Comber H, et al. Cancer incidence and mortality patterns in Europe : estimates for 40 countries in 2012. Eur J Cancer Oxf Engl 1990. avr 2013 ; 49(6) : 1374403. 2. Projection de l'incidence et de la mortalité par cancer en France métropolitaine en 2017 / 2018 / Maladies chroniques et traumatismes / Rapports et synthèses / Publications et outils / Accueil [Internet]. [cité 12 mai 2019]. Disponible sur : outils/Rapports-et-syntheses/Maladies-chroniques-et-traumatismes/2018/Projection-de-l- incidence-et-de-la-mortalite-par-cancer-en-France-metropolitaine-en-2017 3. Defossez G. Estimations nationales de l'incidence et de la mortalité par cancer en France métropolitaine entre 1990 et 2018 Étude à partir des registres des cancers du réseau Francim. 4. Hoffmann D, Hoffmann I. 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Maintenance Chemotherapy With or Without Local Consolidative Therapy in Treating Patients With Stage IV Non-small Cell Lung Cancer - Full Text View - ClinicalTrials. gov [Internet]. [cité 1 août 2019]. Disponible sur : 66 RESUME Introduction : Le cancer du poumon est fréquent et de mauvais pronostic. Le diagnostic est fait dans plus de 50% des cas au stade IV, avec une survie sombre (6% à 5 ans). L'arrivée de la 8ème classification TNM en 2017 apporte, grâce au statut M1b (une seule métastase extra thoracique), la reconnaissance du concept d'oligométastase. La définition de l'oligométastase n'est malheureusement pas universelle ni unanime. L'enjeu thérapeutique est de proposer une attitude agressive visant au contrôle local des différents sites, mais également de réussir à identifier de manière individuelle le patient qui pourra bénéficier de cette prise en charge. Matériel et Méthodes : Il s'agit d'une étude rétrospective, mono centrique, réalisée au CHU Amiens-Picardie entre septembre 2016 et mai 2019. Tous les patients inclus présentaient un cancer broncho-pulmonaire non à petites cellules (CBNPC) avec moins de 5 métastases dans un seul organe et avaient été traités par radiothérapie stéréotaxique au niveau des localisations secondaires. L'objectif principal était d'analyser la survie globale et la survie sans progression de ces patients traités par radiothérapie stéréotaxique. Résultats : Entre septembre 2016 et mai 2019, 39 patients ont été inclus. La médiane de survie globale tous patients confondus, n'a pu être réalisée car moins de la moitié des patients sont décédés (14 patients parmi les 39). En analyse univariée, les facteurs statistiquement significatifs étaient le Performance Status 1 avec une médiane de survie globale de 27, 3 mois (IC 95% [22, 9-31, 7]) versus 10 mois (IC 95% [3, 6-16, 3]) pour un Performance Status 2 et l'absence d'expression de PDL1 avec une médiane de survie globale de 26, 8 mois (IC 95% [21, 7-32]) versus 23, 4 mois (IC 95% [17, 2-29, 6]) pour le groupe avec une expression de PDL1 >1%. Les autres variables analysées n'étaient pas des facteurs pronostiques sur le plan statistique. Conclusion : Cette étude montre, avec une survie sans progression de 11 mois, que le traitement multimodal comprenant de la radiothérapie stéréotaxique, constitue une prise en charge intéressante dans le traitement du CBNPC oligométastatique. Ces résultats concordent avec ceux de la littérature concernant le traitement ablatif local des foyers de métastases. Il est nécessaire de promouvoir les études prospectives pour pouvoir choisir la meilleure approche pour chaque patient. 67 | HAL | Scientific |
14 Agranulocytose (< 500/mm3), surtout après un traitement de 10 jours et une dose totale de 20 g de ceftriaxone et plus ; troubles de la coagulation, thrombocytopénie. | EMEA_V3 | Medicinal |
Affections hépatobiliaires : ictère, augmentation des transaminases hépatiques. | EMEA_V3 | Medicinal |
MELANODERMIE AU COURS DU TRAITEMENT D'UNE LEUCOSE MYELOIDE CHRONIQUE PAR LE MYLERAN | WMT16 | Scientific |
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Le dosage des hormones stéroïdes, élément de diagnostic en urologie | WMT16 | Scientific |
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- Diarrhées, nausées, douleur à l' estomac (abdominale) | EMEA_V3 | Medicinal |
Numéro de référence EMEA/ 18123/ 00 | EMEA_V3 | Medicinal |
Interet des antipaludeens de synthese dans le traitement du granulome annulaire generalise de l'enfant | WMT16 | Scientific |
Le rapport entre les concentrations résiduelles de tacrolimus (C24) et l' exposition systémique (ASC0-24) pour Advagraf est similaire à celui de Prograf. | EMEA_V3 | Medicinal |
Il n' y a aucune donnée sur le passage de la choriogonadotropine alfa dans le lait. | EMEA_V3 | Medicinal |
128 (9%) des 1 369 patients prenant Epivir ont développé une maladie liée au SIDA ou sont décédés, contre 95 (20%) des 471 patients prenant un placebo. | EMEA_V3 | Medicinal |
Le terme myéloïde renvoie à une substance qui prend naissance dans la moelle osseuse, ou qui ressemble au matériel de cette moelle.
Quand on décrit l'hématopoïèse, on utilise souvent les termes lymphoïde et myéloïde pour établir une distinction entre les cellules issues de la moelle et dont le devenir est lymphocytaire ou non. On rencontre souvent cette terminologie en hématologie, en particulier dans la classification des leucémies.
Il ne faudrait pas le confondre avec la myéline , qui est une couche isolante couvrant les axones d'un grand nombre de neurones.
La lignée myéloïde est la lignée des globules blancs (à l'exception des lymphocytes, de la lignée lymphoïde), c'est-à-dire les monocytes (les macrophages, les cellules dendritiques et les ostéoclastes ) et les granulocytes (neutrophiles, basophiles et éosinophiles), y compris bien sûr tous leurs précurseurs immatures de la moelle osseuse.
(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l'article de Wikipédia en anglais intitulé Myeloid (voir la liste des auteurs).
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L'hormone de croissance dans le traitement des états hypoglycémiques | WMT16 | Scientific |
1, 5 ans) pour déterminer si le losartan était supérieur au captopril pour réduire la mortalité toute cause. | EMEA_V3 | Medicinal |
L'International Machine Learning Society est une organisation à but non lucratif dont l'objectif est d'encourager la recherche sur l'apprentissage automatique et dont la principale activité est la présentation d'une conférence annuelle, la conférence internationale sur l'apprentissage automatique (ICML).
Historique
L'International Machine Learning Society a été créée en 1980 sous le nom d'International Workshop on Machine Learning. La première de ses conférences s'est tenue à Pittsburgh la même année. La présentation de ses conférences a célébré son 25e anniversaire à Helsinki, en Finlande, en 2008.
Conférence internationale sur l'apprentissage machine
La conférence internationale sur l'apprentissage machine (ICML, International Conference on Machine Learning), présentée par l'International Machine Learning Society est la principale conférence académique internationale sur l'apprentissage automatique. Avec les Neural Information Processing Systems (NeurIPS), c'est l'une des deux principales conférences à fort impact dans la recherche sur l'apprentissage automatique et l'intelligence artificielle.
Lieux de présentation
ICML 2025 Vancouver,
ICML 2024 Vienne,
ICML 2023 Honolulu,
ICML 2022 Baltimore, Maryland,
ICML 2021 Vienne (à distance, en raison de la situation sanitaire mondiale - COVID-19),
ICML 2020 Vienne (à distance, en raison de la situation sanitaire mondiale - COVID-19),
ICML 2019 Los Angeles,
ICML 2018 Stockholm,
ICML 2017 Sydney,
ICML 2016 New York,
ICML 2015 Lille,
ICML 2014 Pékin,
ICML 2013 Atlanta,
ICML 2012 Édinbourg,
ICML 2011 Bellevue,
ICML 2010 Haifa,
ICML 2009 Montréal,
ICML 2008 Helsinki,
ICML 2007 Corvallis, Orégon,
ICML 2006 Pittsburgh, Pennsylvanie,
ICML 2005 Bonn,
ICML 2004 Banff,
ICML 2003 Washington, DC,
ICML 2002 Sydney,
ICML 2001 Williamstown, Massachusetts,
ICML 2000 Stanford, Californie,
Références
(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l'article de Wikipédia en anglais intitulé International Conference on Machine Learning (voir la liste des auteurs).
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Introduction Le dispositif TREND (Tendances Récentes Et Nouvelles Drogues), conçu et mis en place par l'Observatoire Français des Ce travail a été présenté au 9 e congrès de la Société Française de Pharmacologie / XXVI es Journées françaises de pharmacovigilance, Drogues et des Toxicomanies (OFDT), a pour objectif de fournir des informations rapides sur les phénomènes émergents liés aux usages de drogues Il se base essentiellement sur des données qualitatives recueillies par des équipes de proximité Signalé dès 2001 par le site de l'le la Réunion du réseau TREND, le détourne-ment de clonazépam semble se développer de manière significative mais encore restreint en 2003 sur quelques sites d'observation (Lille, Toulouse, Paris, Marseille et la Réunion) Il semblerait que les usagers auraient un profil similaire à ceux détournant le flunitrazépam Le clonazépam appartient à la classe des 1-4 benzodiazépines et a une activité pharmacodynamique qualitativement semblable à celle des autres composés de cette classe : myorelaxante, anxiolytique, anticonvulsivante, sédative et amnésiante Ces effets sont liés à une action agoniste spécifique sur des récepteurs centraux faisant partie du complexe des récepteurs macromolécu-laires GABA-OMEGA, également appelé BZ1 et BZ2 et modulant l'ouverture du canal chlore Le clonazépam est commercialisé sous le nom de Rivotril (comprimé à 2 mg, solution buvable et préparation injectable) D'après le Résumé des Caractéristiques du Produit (RCP) du clonazépam, la posologie ne doit pas dépasser 0, 1 mg/kg/j et il est indiqué dans le traitement des épilepsies partielles ou générali-sées, chez l'adulte et chez l'enfant, soit en monothérapie temporaire, soit en association à un autre traitement antiépileptique En France, il est également préconisé par l'Agence Nationale d'Accréditation et d'Evaluation en Santé (ANAES) dans d'autres pathologies comme dans les douleurs neurogènes Dans des conférences de consensus de l'ANAES, il est également mentionné qu'une utilisation de faibles doses de clonazépam peut être efficace dans les troubles du sommeil paradoxal retrouvés avec la maladie de Parkinson ou bien, avec un niveau de preuve faible, qu'il peut être éventuellement utilisé dans les spasmes toniques douloureux et les tremblements associés à la sclérose en plaques D'après les informations du dispositif TREND, le détour-nement d'usage de clonazépam semblerait s'étendre à certains sites (Marseille, la Réunion, Lille, Toulouse et Paris) Les effets recherchés du clonazépam en usage détourné sont l'effet de dé-fonce à forte dose, l'excitation, le délire, l'hallucination, les effets désinhibants permettant le passage à l'acte, la stimulation intellectuelle avec des doses limitées Certains effets délétères ont aussi été décrits de type propos confus, bouffées délirantes ou tableau hypomaniaque nécessitant une hospitalisation Certains usagers trouvent une similitude d'effet entre le clonazépam et le flunitrazépam, cependant, il semblerait que le clonazépam soit considéré comme plus doux que le flunitrazépam Le profil des usagers serait plutôt des usagers fréquentant les structures de bas seuil, d'anciens usagers de flunitrazépam, des jeunes adultes délinquants La disponibilité du clonazépam sur le marché noir semble en hausse pour certains sites comme Paris, Marseille, Toulouse et la Réunion, le clonazépam supplantant même le flunitrazépam Il semblerait que le développement du marché noir soit partiellement lié à une hausse des prescriptions de clonazépam du fait de la modification des conditions de prescription et de délivrance du flunitrazépam qui suit, depuis les arrêtés du 1 er février 2001, une partie de la réglementation des stupéfiants Le clonazépam tendrait à remplacer le flunitrazé-pam d'abord comme médicament prescrit puis comme médica-ment détourné Il a également été décrit des cas d'usagers se faisant passer pour des épileptiques pour obtenir des prescriptions de clonazépam Dans le cadre de la surveillance du potentiel d'abus et de dépendance des produits psychoactifs, l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Produits de Santé (Afssaps) a mis en place le réseau des Centres d'Evaluation et d'Information sur la Pharmacodépendance (CEIP) Ceux-ci ont développé plusieurs outils pharmaco-épidémiologiques : OSIAP (Ordonnances Suspectes, Indicateur d'Abus Possible), NotS (Notification Spontanée), DRAMES (Décès en Relation avec l'Abus de Médicaments et de Substances) et OPPIDUM (Observation des Produits Psychotropes Illicites ou Détournés de leur Utilisation Médicamenteuse) L'ensemble des informations recueillies fait l'objet de rapports et d'exposés permettant à la Commission Nationale des Stupéfiants et des Psychotropes de proposer diffé-rentes mesures pour limiter l'abus des substances psychoactifs Quelques signalements de détournement d'usage de clonazépam ont été mis en évidence par les outils des CEIP L'enquête OSIAP signale plusieurs cas d'ordonnances suspectes de clonazépam En comparant le taux de détournement entre 2002 et 2003, il est mis en évidence une augmentation de son usage détourné L'enquête OPPIDUM confirme l'augmentation progressive des signalements de clonazépam : 27 cas enregistrés en 2000, contre 78 en 2002 et 88 en 2003, soit 2 % des médicaments psychotropes Il nous a donc paru particulièrement intéressant d'estimer, à partir des données remboursées par l'Assurance Maladie des ré-gions Provence-Alpes-Côte-d'Azur (PACA) et Corse, la proportion du détournement d'usage de clonazépam et de décrire ses caractéristiques La mise en place progressive par l'Assurance Maladie d'un système de télétransmission des ordonnances des médicaments remboursables et délivrés en pharmacie a permis la création de bases de données informatisées comprenant la grande majorité des prescriptions de médicaments L'apparition du codage du médica-ment permet d'observer les pratiques de délivrance aux usagers sans modifier leurs comportements et les prescriptions A ce titre, les bases de données de l'Assurance Maladie constituent un outil pharmaco-épidémiologique intéressant pour la surveillance du potentiel d'abus et de dépendance des médicaments D'ailleurs, certaines études de l'Assurance Maladie se sont déjà intéres-sées à la consommation détournée de médicaments, notamment des produits de substitution (buprénorphine haut dosage, méthadone) L'objectif de cette étude, qui porte sur les délivrances de clo- placeholder formula Corse d'après les bases de données l'Assurance Maladie, est de connatre la proportion et les caractéristiques des usagers de clonazépam ayant un comportement déviant Matériel et méthode Cette enquête est une étude prospective portant sur les facturations de pharmacie télétransmises pour remboursement à l'Assurance Maladie de PACA et de Corse Chaque spécialité prescrite est identifiée par son code CIP (Club Inter Pharmaceutique) Le taux de codage en 2001 est supérieur à 90 % L'étude concerne tous les bénéficiaires (assurés ou ayants-droit) affiliés au régime général stricto sensu (c'est-à-dire excluant les sections locales mutualistes) ayant eu une délivrance et un remboursement de clonazépam par l'Assurance Maladie au cours de la période du 1 er janvier au 15 février 2001 Les délivrances de clonazépam des bénéficiaires ont ensuite été suivies pendant 9 mois après leur première délivrance Les variables recueillies concernent le bénéfi-ciaire (âge et sexe), le prescripteur (nombre de prescripteurs de clonazépam), les officines (nombre de pharmacies ayant délivrées du clonazépam), la consommation de clonazépam (nombre de dé-livrances, nombre de botes) et la présence ou non de médica-ments associés durant la période de l'étude Les médicaments associés qui ont été étudiés sont le flunitrazépam, la buprénorphine haut dosage et le bromazépam Ils ont été choisis car ils font plus particulièrement l'objet d'abus et de dépendance d'après le programme OPPIDUM La durée de consommation de clonazépam est déterminée pour chaque sujet, par le temps entre la date de la première et de la dernière délivrance au cours de la période étu-diée Une dose journalière de clonazépam est calculée, lorsque le sujet a eu plusieurs délivrances, en faisant la somme des quantités délivrées, moins la dernière, divisée par la durée d'observation Cette étude n'a entrané aucune extraction de données nominatives ou indirectement nominatives concernant les patients, les prescripteurs ou les pharmaciens d'officine Il n'a été procédé à aucun croisement Les résultats de l'étude sur le clonazépam parmi les sujets ayant eu plusieurs délivrances (n 9381) montrent que l'âge moyen des sujets inclus est de 57, 98 16, 71 ans et que la proportion d'hommes est de 41 % La dose moyenne quotidienne de clonazépam est de 2, 233, 23 mg/j (de 0, 10 mg à 146, 76 mg) pour un nombre moyen de 6, 06 3, 72 délivrances par sujet sur la période des 9 mois (de 2 à 127 délivrances) Le nombre moyen de méde-cins différents rencontrés au cours des 9 mois est de 1, 59 0, 90 (de 1 à 14 médecins) et le nombre moyen de pharmacies diffé-rentes est de 1, 37 0, 90 (de 1 à 22 pharmacies) Résultats La proportion de benzodiazépines associées varie en fonction des molécules (bromazépam 15, 1 %, flunitrazépam 3, 7 %) et 1, 7 % des patients ont eu un remboursement de buprénorphine haut dosage durant cette même période (tableau I) L'analyse factorielle montre que les variables ( posologie journalière , nombre de délivrances , nombre de médecins et nombre de pharmacies ) contribuent à la constitution du premier axe factoriel La projection des différentes modalités montre que ces variables s'inscrivent bien en rang croissant sur le premier axe Certaines modalités sont éloignées du profil moyen : > à 4 médecins ; > à 4 pharmacies ; posologie journalière 10 mg et nombre de délivrances > à 13 (figure 1) Les traitements associés sont représentés comme des modalités illustratives Il apparat que l'association à la buprénorphine haut dosage semble s'éloi-gner du profil moyen, cette tendance est moins marquée pour la prescription associée au flunitrazépam et très peu pour la prescription associée de bromazépam (figure 1) Afin de caractériser les patients s'éloignant du profil moyen, une classification hiérarchique a été effectuée en formant ) L'autre sous-groupe représente 98, 5 % (n 9243) de notre échantillon, nous appellerons ce sousgroupe non déviant (figure 1) Le groupe déviant est caractérisé par des sujets plus jeunes et à prédominance masculine avec une posologie et un nombre de délivrances de clonazépam plus élevés, ainsi qu'un nombre de médecins prescripteurs et de pharmacies rencontrés plus importants Le flunitrazépam est plus consommé dans le groupe dé-viant que dans le groupe non déviant (55, 1 % versus 3, 0 % ; p < 0, 001) ainsi que le bromazépam (36, 2 % versus 14, 8 % ; p < 0, 001) La consommation de buprénorphine haut dosage est aussi plus importante dans le groupe dit déviant (44, 9 % versus 1 % ; p < 0, 001) Le tableau II décrit l'ensemble des caractéris-tiques des groupes déviants et non-déviants Il est à noter que la quantité de clonazépam délivrée au groupe déviant (1, 5 % de la population) représente 7, 2 % de la quantité totale de clonazépam délivrée Discussion Limites concernant la méthode Seuls les bénéficiaires du régime général de l'Assurance Maladie (hors sections locales mutualistes : par exemple mutuelle des enseignants, poste, collectivités locales ), sont inclus Cette population représente au 31 décembre 2001, 70, 8 % de la population générale en PACA-Corse Le codage étant le reflet de la facturation du médicament par la pharmacie, il ne permet pas de présumer de l'authenticité de la prescription d'autant que les ordonnances falsifiées et volées sont un moyen d'obtention des médicaments à des fins d'abus Il ne s'agit ici que d'estimations portant sur les médicaments délivrés et remboursés, et non sur les médicaments effectivement consommés par le patient (produits non présentés au remboursement, non consommés, perdus, donnés ou revendus) L'estimation, dans notre étude, de la proportion de sujets déviants (1, 5 % des sujets) se rapporte à une population spéci-fique (assurés affiliés au régime général strict des régions PACA et Corse ayant eu une délivrance et un remboursement par l'Assurance Maladie de clonazépam) Ces données ne prennent pas en compte certains sujets qui obtiennent le clonazépam sur le marché au noir puisque le rapport TREND et le programme OPPIDUM font état d'une disponibilité du clonazépam sur le marché parallèle Il est toujours difficile d'estimer un détournement d'usage d'un médicament, car tout dépend de quel point de vue on se place : du point de vue du sujet ou du point de vue de la quantité Dans cette étude, nous avons montré que la quantité de clonazépam du groupe déviant (1, 5 % de la population) représente 7, 2 % de la quantité totale de clonazépam Il n'est pas possible de savoir dans quelle proportion cette quantité de clonazépam va être consommée par les sujets déviants ou va être revendue au marché noir Cependant, certaines données retrouvées dans notre étude (par exemple posologie journalière maximale de 147 mg/j) sont incompatibles avec une consommation personnelle du sujet Limites concernant les résultats Le sous-groupe de patients déviants représente 1, 5 % (n 138) de notre échantillon Cette estimation de la proportion de sujets dits déviants est inférieure par rapport à d'autres médicaments comme la buprénorphine haut dosage dont la proportion de sujets déviants a été estimée à 18 % d'après une étude portant sur les données de l'Assurance Maladie dans les Bouches du Rhône par analyse factorielle En revanche cette proportion de sujets déviant le clonazépam se rapproche de la proportion de sujets déviant le trihexyphénidyle qui a été évalué à 2, 1 % d'après une étude sur les données de l'Assurance Maladie des régions PACA et Corse par analyse factorielle Les principales caractéristiques du groupe déviant le clonazépam montrent que les sujets sont plutôt jeunes, à prédo-minance masculine et qu'ils consomment une plus forte proportion de buprénorphine haut dosage ou de flunitrazépam Ces résultats sont concordants avec les données TREND et permettent de confirmer leur alerte sur le détournement d'usage du clonazépam L'analyse factorielle a fait ressortir certaines modalités éloi-gnées du profil moyen : patients ayant plus de 4 médecins diffé-rents, 4 pharmacies différentes, un nombre de délivrances supé-rieur à 13 et une posologie à 10 mg (figure 1 ont pu rencontrer plus de 4 médecins ou pharmacies sans avoir un comportement qualifié de déviant D'après les données TREND, il semblerait qu'il y ait une hausse des prescriptions de clonazépam En France, l'utilisation de clonazépam ne se limiterait pas aux épilepsies Le choix de prescrire le clonazépam, en dehors de son indication principale, pourrait être en partie expliqué par ses propriétés pharmacodynamiques, pharmacocinétiques et par la perception de ce mé-dicament par les professionnels de santé Le clonazépam est une benzodiazépine qui a une activité pharmacodynamique qualitativement semblable à celle des autres composés de cette classe (myorelaxante, anxiolytique, anticonvulsivante, sédative et amné-siante) et des propriétés pharmacodynamiques spécifiques (benzodiazépine puissante) Celles-ci pourraient peut être expliquer pourquoi certains auteurs semblent le préconiser dans la prise en charge psychiatrique En outre, il faut souligner que ces mêmes auteurs, en s'appuyant sur les propriétés pharmacociné-tiques du clonazépam (demi vie longue, faible lipophilie), pensent que le clonazépam présente un potentiel d'abus et de dépendance moins élevé que les autres benzodiazépines (moins de risque de dépendance, d'effet rebond et de syndrome de sevrage) Dans le cadre d'une utilisation détournée, les effets ressentis du clonazépam sont moins rapides et moins puissants que ceux du flunitrazépam (du fait de leur propriétés pharmacocinétiques et pharmacodynamiques différentes) Plusieurs cas de consommations de clonazépam en quantité massive ont ainsi été rapportés, les usagers n'ayant pas obtenu l'effet recherché en temps voulu En France, comme à l'étranger, le clonazépam n'est pas perçu uniquement comme un antiépileptique Cette plus large utilisation du clonazépam pourrait être expliquée par certaines données de la littérature o le clonazépam a été évalué dans la prise en charge psychiatrique (psychose maniaco-dépressive, manie aigue, trouble de panique, sevrage de benzodiazépines De plus, aux États-Unis, le clonazépam a une indication plus large qu'en France étant donné qu'il est aussi indiqué dans les troubles de paniques avec ou sans agoraphobie En France, les données du site TREND de l'le de la Réunion signale une utilisation du clonazépam d'abord en post cure de sevrage alcoolique puis comme hypnotique Certains auteurs, vont même jusqu'à recommander l'utilisation du clonazépam dans les troubles anxieux des patients co-infectés par le Virus de l'Immunodéficience Humaine et le Virus de l'Hépatite C car il offrirait une certaine sécurité d'emploi Il est à noter que le clonazépam ne figure pas actuellement sur la liste des substances vénéneuses à propriété hypnotique et/ou anxiolytique dont la durée de prescription est réduite Face à cet élargissement de la prescription du clonazépam, il est important de rappeler aux professionnels de santé que le clonazépam peut être susceptible d'abus et de dépendance, comme toute autre benzodiazépine D'ailleurs, le syndrome de sevrage au clonazépam est décrit dans la littérature et il est mentionné dans le RCP Conclusion Cette étude a permis d'analyser les données quantitatives de délivrances de clonazépam sur l'ensemble de la population du régime général strict de PACA et en Corse durant une partie de l'année 2001 L'ensemble de ces informations incite à continuer la surveillance du détournement d'usage de clonazépam par des études similaires, d'autant plus qu'il semble que le clonazépam soit devenu une alternative au flunitrazépam suite à la nouvelle réglementation de délivrance du flunitrazépam (Rohypnol ) en 2001 Ces informations nécessitent d'être relayées auprès des professionnels de santé Références | ISTEX | Scientific |
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