OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "to", "do", "this", ",", "we", "first", "performed", "comparative", "transcriptomic", "analysis", "of", "lec", "##s", "from", "healthy", "kidneys", ",", "rejection", ",", "and", "ckd", "(", "supplemental", "data", "5", "–", "7", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "go", "revealed", "that", "lec", "##s", "from", "reject", "##ing", "allografts", "were", "enriched", "for", "pathways", "related", "to", "the", "negative", "regulation", "of", "viral", "process", "(", "go", ":", "004", "##85", "##25", ",", "fold", "-", "enrichment", "=", "90", ".", "26", ",", "fdr", "=", "5", ".", "95", "×", "10", ")", ",", "including", "ifn", "-", "induced", "transmembrane", "proteins", "ifit", "##m2", "(", "log", "2", "fc", "=", "1", ".", "76", ",", "p", "=", "5", ".", "89", "×", "10", ")", "and", "ifit", "##m3", "(", "log", "2", "fc", "=", "1", ".", "62", ",", "p", "=", "6", ".", "86", "×", "10", ")", "(", "figure", "7a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ifn", "-", "γ", "was", "specifically", "enriched", "in", "t", "cells", "and", "nk", "cells", "in", "our", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "(", "figure", "7b", ")", ",", "whereas", "other", "ifn", "types", "were", "not", "detected", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "examined", "an", "ifn", "-", "γ", "response", "signature", "—", "including", "levels", "of", "ifit", "##m2", ",", "ifit", "##m3", ",", "and", "the", "ifn", "-", "γ", "receptor", "subunits", "ifng", "##r1", "and", "ifng", "##r2", "—", "which", "was", "prominent", "in", "lec", "##s", "and", "in", "blood", "endothelial", "cells", "and", "macrophages", "from", "reject", "##ing", "allografts", "(", "figure", "7c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "contextual", "##ize", "this", "response", ",", "we", "compared", "the", "lec", "profile", "in", "chronic", "rejection", "with", "that", "of", "hev", "##s", ",", "identified", "by", "enrichment", "for", "pna", "##d", "(", "nta", "##n1", ")", "and", "downregulation", "of", "notch", "pathway", "genes", "rbp", "##j", "and", "jag", "##1", "(", "supplemental", "figure", "5b", ")", "(", "83", ",", "84", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "unlike", "lec", "##s", ",", "hev", "##s", "lacked", "lymphatic", "markers", "prox", "##1", "and", "pd", "##pn", "(", "supplemental", "figure", "5c", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "instead", ",", "they", "expressed", "transcripts", "involved", "in", "leukocyte", "recruitment", ",", "activation", ",", "and", "regulation", ",", "such", "as", "cxcl1", "##6", ",", "fractal", "##kine", "(", "cx3", "##cl1", ")", ",", "cd40", ",", "and", "il", "-", "32", "(", "supplemental", "figure", "5d", "and", "supplemental", "data", "8", ")", ",", "highlighting", "a", "distinc", "t", "immune", "regulatory", "profile", "compared", "with", "lec", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "we", "next", "explored", "potential", "ligand", "-", "receptor", "interactions", "between", "lec", "##s", "and", "lymphocytes", "using", "cell", "##phone", "##db", "(", "85", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "predicted", "cell", "-", "cell", "communication", "was", "highest", "in", "reject", "##ing", "kidneys", "compared", "with", "ckd", "or", "healthy", "controls", "(", "supplemental", "figure", "6a", ")", ",", "with", "most", "interactions", "occurring", "between", "lec", "##s", "and", "t", "cell", "subsets", "(", "supplemental", "figure", "6b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "included", "ifn", "-", "γ", "–", "ifng", "##r", "signaling", "from", "cd8", "t", "cells", "to", "lec", "##s", "across", "both", "control", "and", "reject", "##ing", "kidneys", "(", "supplemental", "figure", "6c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "chemok", "ine", "-", "based", "interactions", "included", "established", "axes", "such", "as", "ccl2", "##1", ",", "ccl2", ",", "and", "ac", "##kr", "##2", "(", "supplemental", "figure", "7a", ")", ",", "although", "ccl", "##14", "/", "ac", "##kr", "##2", "signaling", "with", "cd4", "effector", "t", "cells", "was", "reduced", "in", "rejection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "many", "chemok", "ine", "receptors", "for", "ac", "##kr", "##2", "ligands", ",", "including", "ccr2", ",", "ccr5", ",", "and", "ccr7", ",", "were", "expressed", "by", "t", "cells", "(", "supplemental", "figure", "7b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "notably", ",", "most", "of", "the", "remaining", "predicted", "interactions", "were", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "in", "nature", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "included", "lec", "expression", "of", "poliovirus", "receptor", "(", "pvr", ")", "and", "galectin", "9", "(", "lg", "##als", "##9", ")", ",", "which", "suppress", "effector", "t", "cell", "responses", "via", "tig", "##it", "and", "hav", "##cr", "##2", "signaling", ",", "respectively", "(", "86", ")", "(", "figure", "7d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "while", "also", "present", "in", "ckd", "and", "non", "-", "allo", "##immune", "graft", "injury", "(", "supplemental", "figure", "8", ",", "a", "–", "c", ")", ",", "these", "interactions", "had", "higher", "signaling", "scores", "in", "chronic", "rejection", "(", "figure", "7e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "immunostaining", "confirmed", "pvr", "expression", "on", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "in", "direct", "contact", "with", "cd4", "t", "cells", "in", "reject", "##ing", "allografts", "(", "figure", "7f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "when", "stimulated", "by", "ifn", "-", "γ", ",", "blood", "endoth", "##elia", "express", "pvr", "and", "lg", "##als", "##9", "to", "damp", "##en", "t", "cell", "responses", "(", "87", ",", "88", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "examine", "whether", "this", "was", "the", "case", "for", "lec", "##s", ",", "we", "stimulated", "a", "human", "lec", "line", "with", "recombinant", "ifn", "-", "γ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lg", "##als", "##9", "transcripts", "were", "significantly", "upregulated", "after", "24", "hours", "(", "mean", "fc", "=", "9", ".", "05", ",", "95", "%", "ci", "=", "5", ".", "37", "–", "12", ".", "73", ",", "adjusted", "p", "=", "0", ".", "0002", ")", "and", "remained", "elevated", "at", "48", "hours", "(", "mean", "fc", "=", "5", ".", "10", ",", "95", "%", "ci", "=", "1", ".", "42", "–", "8", ".", "78", ",", "adjusted", "p", "=", "0", ".", "009", "##3", ")", "(", "figure", "7g", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "corresponding", "increases", "in", "lec", "-", "secreted", "lg", "##als", "##9", "protein", "were", "observed", "at", "48", "hours", "(", "difference", "in", "mean", "concentr", "##ati", "##o", "n", "=", "5", ".", "54", "ng", "/", "ml", ",", "95", "%", "ci", "=", "3", ".", "26", "–", "7", ".", "83", ",", "adjusted", "p", "=", "0", ".", "0002", ")", "and", "72", "hours", "(", "difference", "in", "mean", "concentr", "##ati", "##o", "n", "=", "16", ".", "87", "ng", "/", "ml", ",", "95", "%", "ci", "=", "14", ".", "58", "–", "19", ".", "16", ",", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "(", "figure", "7h", ")", ",", "confirming", "that", "lec", "##s", "can", "acquire", "a", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "profile", "in", "response", "to", "ifn", "-", "γ", "exposure", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "however", ",", "in", "solid", "organ", "transplantation", ",", "ifn", "-", "γ", "–", "induced", "expression", "of", "hla", "##s", "on", "endothelial", "cells", "can", "facilitate", "allo", "##antigen", "presentation", "and", "antibod", "y", "binding", "to", "donor", "vasculature", "(", "89", ",", "90", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similarly", ",", "we", "found", "rejected", "allograft", "lec", "##s", "also", "expressed", "hla", "-", "dp", "and", "hla", "-", "dr", "(", "figure", "8a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "determine", "whether", "lymphatic", "##s", "were", "of", "donor", "or", "recipient", "origin", ",", "we", "assessed", "genotype", "using", "single-nucleotide", "variant", "calling", ",", "and", "found", "a", "majority", "of", "lec", "##s", "were", "donor", "derived", ",", "with", "a", "small", "recipient", "cell", "contribution", "(", "n", "=", "3", "/", "247", ",", "1", ".", "2", "%", ")", "(", "figure", "8b", ")", ",", "consistent", "with", "a", "previous", "study", "of", "sex", "-", "mismatched", "renal", "allografts", "(", "91", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "immunostaining", "for", "hla", "-", "dr", "in", "chronic", "rejection", "(", "figure", "8c", ")", "demonstrated", "its", "expression", "on", "cd31", "blood", "endothelial", "cells", "(", "figure", "8d", ")", ",", "cd68", "macrophages", "(", "figure", "8e", ")", "(", "92", ",", "93", ")", ",", "and", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "(", "figure", "8", ",", "f", "and", "g", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "importantly", ",", "we", "detected", "complement", "factor", "c4", "##d", "deposition", ",", "a", "histological", "hallmark", "of", "allo", "antibod", "y", "-", "mediated", "complement", "activation", ",", "on", "pd", "##pn", "lymphatic", "vessels", "in", "2", "reject", "##ing", "allografts", "from", "patients", "with", "de", "novo", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", "(", "figure", "8h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "hla", "-", "dr", "lymphatic", "regions", "were", "surrounded", "by", "cd3", "t", "cells", "(", "supplemental", "video", "10", ")", ",", "suggesting", "coordinated", "allo", "antibod", "y", "and", "t", "cell", "engagement", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "together", ",", "these", "data", "demonstrate", "that", "lec", "##s", "in", "chronic", "rejection", "acquire", "an", "ifn", "-", "γ", "–", "responsive", ",", "immune", "-", "inhibitory", "transcriptional", "phenotype", ",", "marked", "by", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "ligand", "expression", ",", "hla", "class", "ii", "upregulation", ",", "and", "evidence", "of", "complement", "activation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphatic", "vessels", "play", "a", "central", "role", "in", "maintaining", "fluid", "balance", "and", "immune", "homeostasis", ",", "yet", "their", "structural", "and", "molecular", "features", "in", "the", "human", "kidney", "remain", "under", "##exp", "##lor", "##ed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "gap", "is", "clinically", "relevant", ",", "as", "lymphangi", "##ogenesis", "occurs", "across", "a", "range", "of", "kidney", "diseases", "(", "11", "–", "14", ")", ",", "and", "augment", "##ing", "lymphatic", "function", "confers", "therapeutic", "benefit", "in", "preclinical", "models", "of", "kidney", "disease", "(", "94", "–", "96", ")", ",", "hypertension", "(", "97", "–", "99", ")", ",", "and", "acute", "kidney", "transplant", "rejection", "(", "29", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "we", "combined", "3d", "imaging", "of", "optically", "cleared", "tissue", "with", "scr", "##na", "-", "seq", "to", "resolve", "the", "spatial", "architecture", "and", "molecular", "identity", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "healthy", "human", "kidney", "and", "to", "interrogate", "their", "remodeling", "in", "chronic", "transplant", "rejection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "previous", "studies", "have", "identified", "lymphatic", "##s", "in", "the", "kidney", "hil", "##um", "and", "cortex", "(", "11", "–", "14", ")", ",", "our", "3d", "imaging", "approach", "yielded", "potentially", "new", "spatial", "insights", ",", "including", "a", "hierarchical", "arrangement", "of", "kidney", "lymphatic", "##s", "and", "the", "initiation", "of", "blind", "ends", "near", "proximal", "and", "distal", "tubular", "nephron", "segments", ",", "key", "sites", "of", "reabsorption", "and", "solute", "exchange", "between", "the", "urinary", "filtrate", "and", "blood", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "using", "scr", "##na", "-", "seq", ",", "we", "defined", "a", "transcriptional", "census", "of", "human", "kidney", "lec", "##s", ",", "identifying", "expression", "of", "molecules", "previously", "characterized", "in", "other", "lymphatic", "beds", "but", "not", "in", "human", "kidney", "lec", "##s", ",", "such", "as", "fabp", "##4", "(", "100", ",", "101", ")", "and", "angpt", "##2", "(", "102", "–", "104", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "a", "recent", "analysis", "has", "transcriptionally", "profiled", "a", "population", "of", "lec", "##s", "in", "the", "lymph", "node", "(", "105", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "findings", "further", "extend", "the", "evidence", "for", "organ", "-", "specific", "heterogeneity", "of", "human", "lymphatic", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "compared", "with", "lymphatic", "##s", "from", "barrier", "tissues", "such", "as", "skin", ",", "lung", ",", "and", "intestines", ",", "kidney", "lec", "##s", "displayed", "reduced", "expression", "of", "genes", "encoding", "classical", "immune", "trafficking", "molecules", "like", "cxcl", "##8", "and", "ly", "##ve", "##1", ",", "the", "latter", "confirmed", "at", "the", "protein", "level", "and", "also", "recently", "corroborated", "in", "mouse", "kidneys", "(", "106", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "instead", ",", "kidney", "lec", "##s", "express", "a", "repertoire", "of", "other", "molecules", ",", "including", "dnase", "##1l", "##3", ",", "a", "molecule", "involved", "in", "extracellular", "dna", "clearance", "and", "deficiency", "of", "which", "is", "implicated", "in", "lupus", "nephritis", "(", "107", "–", "109", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "such", "findings", "could", "suggest", "tissue", "-", "specific", "adaptations", "of", "the", "lymphatic", "regulation", "of", "immunity", "and", "may", "inform", "future", "studies", "of", "immune-mediated", "kidney", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "lymphatic", "valve", "markers", "were", "sparse", "##ly", "detected", ",", "unlike", "in", "mouse", "kidneys", "(", "110", ")", ",", "we", "identified", "transcriptional", "heterogeneity", "among", "kidney", "lec", "##s", ",", "including", "a", "subpopulation", "enriched", "for", "ccl2", "and", "cxcl", "##2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "this", "is", "reminiscent", "of", "molecularly", "distinc", "t", "and", "immune", "-", "interacting", "lec", "subsets", "in", "the", "nasal", "mucosa", "(", "111", ",", "112", ")", "and", "dermis", "(", "113", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "heterogeneity", "may", "arise", ",", "in", "part", ",", "from", "microenvironment", "signals", ",", "such", "as", "ifn", "-", "γ", ",", "which", "drive", "context", "-", "dependent", "reprogramming", "of", "lec", "##s", "in", "inflammation", "or", "cancer", "(", "114", "–", "116", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "show", "that", "lec", "##s", "upregulate", "pvr", "and", "lg", "##als", "##9", "in", "response", "to", "ifn", "-", "γ", ",", "echo", "##ing", "responses", "in", "the", "blood", "endothelium", "(", "87", ",", "88", ")", "and", "supporting", "a", "paradigm", "in", "which", "the", "behavior", "of", "lymphatic", "##s", "is", "actively", "shaped", "by", "their", "surrounding", "milieu", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "in", "kidney", "transplantation", ",", "lymphatic", "##s", "have", "been", "associated", "with", "improved", "graft", "survival", ",", "possibly", "through", "increased", "leukocyte", "clearance", "(", "27", "–", "29", ")", ",", "but", "also", "with", "immune", "activation", "and", "fibrosis", "(", "23", ",", "25", ",", "31", ",", "117", ",", "118", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "findings", "challenge", "the", "notion", "that", "lymphangi", "##ogenesis", "is", "uniformly", "pathogenic", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "we", "observed", "lymphangi", "##ogenesis", "and", "proximity", "of", "these", "vessels", "to", "tls", "##s", "in", "reject", "##ing", "allografts", ",", "we", "showed", "that", "allograft", "lec", "##s", "acquire", "a", "toler", "##ogenic", "transcriptional", "program", "driven", "by", "ifn", "-", "γ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lec", "-", "derived", "immune", "-", "inhibitory", "ligands", "damp", "##en", "effector", "t", "cell", "function", "in", "cancer", "(", "119", ",", "120", ")", ",", "neuroinflammation", "(", "121", ")", ",", "and", "infection", "(", "69", ")", ",", "and", "we", "confirmed", "the", "expression", "of", "2", "exempl", "##ar", "molecular", "candidates", ",", "pvr", "and", "lg", "##als", "##9", ",", "at", "both", "the", "transcript", "and", "protein", "level", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "however", ",", "this", "toler", "##ogenic", "molecular", "program", "coincides", "with", "structural", "perturbations", "to", "allograft", "lymphatic", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "in", "rejection", ",", "lymphatic", "##s", "exhibited", "loss", "of", "hierarchical", "organization", ",", "infiltration", "into", "the", "medulla", ",", "and", "transformation", "of", "cell", "-", "cell", "junctions", "from", "button", "-", "to", "zipper", "-", "like", "morphology", ",", "changes", "known", "to", "impair", "fluid", "and", "cell", "transport", "(", "68", "–", "70", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "building", "on", "previous", "studies", "in", "kidney", "(", "26", ",", "27", ")", "and", "other", "inflammatory", "contexts", "(", "80", ",", "122", ",", "123", ")", ",", "we", "identified", "tls", "##s", "of", "varying", "maturity", "positioned", "along", "lymphatic", "networks", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "given", "the", "potential", "for", "in", "situ", "antigen", "presentation", "and", "t", "cell", "activation", "within", "the", "tls", "(", "75", ",", "77", ",", "78", ",", "124", "–", "127", ")", ",", "and", "given", "the", "observed", "altered", "localization", "of", "cd4", "t", "cells", "within", "and", "around", "lymphatic", "vessels", ",", "it", "is", "tempting", "to", "speculate", "that", "lymphatic", "perturbation", "may", "contribute", "to", "cd4", "t", "cell", "retention", "within", "allografts", ",", "her", "##ald", "##ing", "the", "formation", "and", "maintenance", "of", "the", "tls", "in", "chronic", "rejection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "additionally", ",", "we", "demonstrate", "that", "allograft", "lec", "##s", "express", "hla", "class", "ii", "and", "show", "c4", "##d", "deposition", "in", "patients", "with", "de", "novo", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", ",", "consistent", "with", "allo", "antibod", "y", "targeting", "and", "complement", "activation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "analogous", "injury", "to", "the", "blood", "vasculature", "(", "19", ")", "is", "well", "-", "characterized", "in", "transplant", "pathology", "(", "24", ")", ",", "and", "donor", "lymphatic", "##s", "may", "thus", "represent", "a", "previously", "under", "##app", "##reci", "##ated", "target", "of", "allo", "##immune", "responses", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "this", "study", "has", "several", "limitations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "our", "3d", "imaging", "was", "cross", "-", "sectional", "and", "included", "a", "small", "number", "of", "fixed", "samples", ",", "restricting", "inference", "of", "dynamic", "events", "during", "transplant", "rejection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "second", ",", "and", "common", "to", "all", "scr", "##na", "-", "seq", "studies", "of", "human", "tissues", ",", "our", "control", "tissues", "were", "derived", "from", "nontrans", "##plant", "##ed", "kidneys", "and", "tumour", "neph", "##rect", "##om", "##ies", "and", "are", "thus", "likely", "subject", "to", "inflammatory", "changes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "attempted", "to", "mitigate", "this", "by", "using", "samples", "with", "histological", "evidence", "of", "minimal", "chronic", "damage", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "third", ",", "although", "we", "identified", "expression", "of", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "ligands", "and", "evidence", "of", "allo", "antibod", "y", "binding", "of", "kidney", "lymphatic", "##s", ",", "the", "downstream", "consequences", "on", "allo", "##immun", "##ity", "and", "graft", "function", "require", "further", "mechanistic", "study", ",", "which", "is", "challenging", "given", "the", "absence", "of", "an", "animal", "model", "that", "mimics", "the", "long", "-", "term", "sequ", "##ala", "##e", "of", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "which", "occurred", "in", "our", "cohort", "of", "patients", "over", "decades", "to", "years", ",", "while", "enabling", "simultaneous", "genetic", "or", "pharmacological", "manipulation", "of", "lec", "##s", "in", "a", "targeted", "manner", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "together", ",", "our", "data", "provide", "a", "comprehensive", "and", "multimodal", "view", "of", "the", "lymphatic", "vasculature", "in", "human", "kidney", "health", "and", "rejection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "propose", "that", "lymphatic", "##s", "acquire", "a", "toler", "##ogenic", ",", "ifn", "-", "γ", "–", "driven", "phenotype", "during", "chronic", "rejection", ",", "but", "this", "is", "accompanied", "by", "structural", "disor", "gan", "##ization", "and", "immune-associated", "perturbations", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "findings", "point", "to", "a", "potentially", "new", "perspective", "on", "the", "role", "of", "lymphatic", "remodeling", "in", "transplantation", ",", "featuring", "a", "toler", "##ogenic", "profile", "yet", "subject", "to", "allo", "##immune", "injury", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "work", "lay", "##s", "the", "foundation", "for", "future", "studies", "exploring", "kidneys", "in", "health", "and", "disease", "and", "opens", "new", "avenues", "for", "therapeutic", "targeting", "of", "the", "lymphatic", "vasculature", "to", "improve", "the", "longevity", "of", "kidney", "transplants", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "given", "the", "exploratory", "nature", "of", "3d", "imaging", "and", "scr", "##na", "-", "seq", "performed", "in", "this", "study", "and", "the", "limited", "kidneys", "available", "for", "3d", "imaging", "analysis", ",", "sex", "was", "not", "considered", "as", "a", "biological", "variable", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "human", "kidney", "tissue", "was", "fixed", "in", "4", "%", "paraformaldehyde", "in", "pbs", "at", "4°c", "overnight", "and", "stored", "in", "pbs", "with", "0", ".", "02", "%", "sodium", "azide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "modified", "shan", "##el", "protocol", "(", "128", ")", "was", "used", "for", "whole", "-", "mount", "immunolabeling", ",", "followed", "by", "optical", "clearing", "in", "benzyl", "alcohol", "/", "benzyl", "benzo", "##ate", "(", "1", ":", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "imaging", "was", "performed", "using", "an", "lsm", "##88", "##0", "upright", "confocal", "microscope", "(", "zeiss", ")", "or", "custom", "-", "built", "meso", "##sc", "##ale", "selective", "plane", "illumination", "microscope", "(", "meso", "##sp", "##im", ")", "(", "129", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "image", "segmentation", "and", "3d", "reconstruction", "were", "carried", "out", "in", "im", "##aris", "and", "ami", "##ra", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "where", "x", "1", "and", "x", "2", "are", "the", "2", "closest", "adjacent", "nodes", "from", "the", "lymphatic", "3d", "skeleton", ",", "found", "by", "minimizing", "cross", "–", "nearest", "neighbor", "distances", ",", "and", "x", "0", "is", "the", "centroid", "of", "the", "cell", "of", "interest", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "to", "evaluate", "whether", "the", "cell", "distances", "were", "different", "from", "what", "would", "be", "expected", "by", "chance", ",", "within", "each", "region", "of", "interest", ",", "the", "cd4", "t", "cell", "and", "cd20", "b", "cell", "populations", "were", "randomly", "red", "##istr", "##ib", "##uted", "under", "complete", "spatial", "random", "##ness", "for", "20", "simulations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "comparison", "was", "then", "made", "as", "to", "whether", "the", "measured", "mean", "cell", "-", "lymphatic", "distances", "fell", "within", "the", "95", "%", "cis", "obtained", "through", "the", "simulations", "under", "complete", "spatial", "random", "##ness", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "single", "-", "cell", "suspensions", "from", "fresh", "kidney", "explants", "were", "processed", "using", "the", "10x", "genomics", "chromium", "5", "′", "v2", "kit", "and", "sequenced", "on", "an", "illumina", "nov", "##ase", "##q", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "data", "were", "mapped", "to", "gr", "##ch", "##38", "and", "processed", "using", "scan", "##py", "and", "se", "##ura", "##t", ",", "using", "sc", "##vi", "(", "132", ")", "or", "harmon", "##y", "(", "133", ")", "for", "integration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cell", "identity", "was", "assigned", "via", "marker", "gene", "expression", "and", "assisted", "by", "cell", "##typ", "##ist", "prediction", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "differential", "expression", "was", "assessed", "using", "wilcoxon", "rank", "-", "sum", "tests", "and", "go", "term", "enrichment", "using", "pant", "##her", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "infer", "putative", "cell", "-", "cell", "interactions", "in", "scr", "##na", "-", "seq", "data", ",", "the", "cell", "##phone", "##db", "resource", "(", "85", ")", "was", "used", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "generate", "the", "human", "lymphatic", "cell", "atlas", ",", "lec", "##s", "were", "extracted", "from", "publicly", "available", "single", "-", "cell", "datasets", "across", "multiple", "organs", "and", "integrated", "using", "harmon", "##y", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "scen", "##ic", "(", "134", ")", "was", "used", "to", "infer", "transcription", "factor", "activity", "across", "clusters", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "neph", "##rose", "##q", "database", "(", "v5", ",", "rr", "##id", ":", "scr", "_", "019", "##05", "##0", ")", "was", "used", "to", "examine", "candidate", "genes", "by", "pulling", "data", "from", "its", "online", "browser", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "adult", "human", "dermal", "lec", "##s", "(", "promo", "##cell", ",", "c", "-", "122", "##17", ")", "were", "cultured", "in", "mv", "##2", "medium", "and", "treated", "with", "recombinant", "human", "ifn", "-", "γ", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", "or", "unstimulated", "control", "medium", "for", "24", ",", "48", ",", "or", "72", "hours", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lg", "##als", "##9", "transcript", "levels", "were", "quantified", "by", "qrt", "-", "pcr", "and", "normalized", "to", "hpr", "##t", "using", "the", "2", "method", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "secreted", "lg", "##als", "##9", "protein", "in", "conditioned", "media", "was", "measured", "by", "elisa", "(", "r", "&", "d", "systems", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "data", "are", "shown", "as", "fold", "-", "change", "relative", "to", "untreated", "controls", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "assays", "were", "performed", "across", "2", "independent", "cell", "lines", "in", "triplic", "ate", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "use", "of", "human", "tissue", "was", "approved", "by", "nhs", "blood", "&", "transplant", "(", "nhs", "##bt", ")", ",", "the", "national", "research", "ethics", "committee", "in", "the", "uk", "(", "21", "/", "wa", "/", "038", "##8", ",", "nc", ".", "2018", ".", "010", ",", "nc", ".", "2018", ".", "007", ",", "rec", "16", "/", "ee", "/", "001", "##4", ")", ",", "and", "the", "royal", "free", "london", "nhs", "foundation", "trust", "-", "ucl", "biobank", "ethical", "review", "committee", "(", "rfl", "b", "-", "erc", "/", "b", "-", "erc", "-", "rf", ",", "nc", ".", "2018", ".", "010", ";", "ir", "##as", "208", "##95", "##5", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "written", "informed", "consent", "for", "research", "use", "of", "donated", "organs", "was", "obtained", "via", "nhs", "##bt", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ethical", "approval", "##s", "for", "public", "datasets", "are", "detailed", "in", "the", "original", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "human", "neural", "organoids", ",", "generated", "from", "pluripotent", "stem", "cells", "in", "vitro", ",", "are", "useful", "tools", "to", "study", "human", "brain", "development", ",", "evolution", "and", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "it", "is", "unclear", "which", "parts", "of", "the", "human", "brain", "are", "covered", "by", "existing", "protocols", ",", "and", "it", "has", "been", "difficult", "to", "quantitatively", "assess", "organ", "##oid", "variation", "and", "fidelity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", "we", "integrate", "36", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "datasets", "spanning", "26", "protocols", "into", "one", "integrated", "human", "neural", "organ", "##oid", "cell", "atlas", "total", "##ling", "more", "than", "1", ".", "7", "million", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "mapping", "to", "developing", "human", "brain", "references", "shows", "primary", "cell", "types", "and", "states", "that", "have", "been", "generated", "in", "vitro", ",", "and", "estimates", "transcriptomic", "similarity", "between", "primary", "and", "organ", "##oid", "counterparts", "across", "protocols", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "provide", "a", "programm", "##atic", "interface", "to", "brow", "##se", "the", "atlas", "and", "query", "new", "datasets", ",", "and", "show", "##case", "the", "power", "of", "the", "atlas", "to", "annotate", "organ", "##oid", "cell", "types", "and", "evaluate", "new", "organ", "##oid", "protocols", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "we", "show", "that", "the", "atlas", "can", "be", "used", "as", "a", "diverse", "control", "cohort", "to", "annotate", "and", "compare", "organ", "##oid", "models", "of", "neural", "disease", ",", "identifying", "genes", "and", "pathways", "that", "may", "underlie", "pathological", "mechanisms", "with", "the", "neural", "models", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "human", "neural", "organ", "##oid", "cell", "atlas", "will", "be", "useful", "to", "assess", "organ", "##oid", "fidelity", ",", "characterize", "perturbed", "and", "diseased", "states", "and", "facilitate", "protocol", "development", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "human", "neural", "organoids", ",", "self", "-", "organizing", "three", "-", "dimensional", "human", "neural", "tissues", "grown", "in", "vitro", ",", "are", "becoming", "powerful", "tools", "for", "studying", "the", "mechanisms", "of", "human", "brain", "development", ",", "evolution", "and", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "they", "can", "be", "generated", "using", "external", "patterning", "factors", "(", "for", "example", ",", "morph", "##ogens", ")", "to", "guide", "their", "development", "towards", "certain", "brain", "regions", "or", "to", "drive", "the", "emergence", "of", "specific", "cell", "types", "(", "guided", "protocols", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "conversely", ",", "ung", "##ui", "##ded", "protocols", "rely", "on", "the", "self", "-", "patterning", "capacity", "of", "organoids", "to", "generate", "diverse", "cell", "types", "and", "states", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "single", "-", "cell", "rna", "sequencing", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", "is", "a", "powerful", "technology", "to", "characterize", "cell", "type", "heterogeneity", "in", "complex", "tissues", ",", "and", "has", "illuminated", "a", "remarkable", "heterogeneity", "of", "diverse", "progenitor", ",", "neuronal", "and", "glial", "cell", "types", "that", "can", "develop", "within", "neural", "organoids", ",", "as", "well", "as", "differentiation", "trajectories", "of", "certain", "neural", "lineages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "the", "data", "also", "enable", "the", "comparison", "of", "human", "neural", "organ", "##oid", "cells", "to", "those", "in", "the", "primary", "human", "brain", ",", "and", "most", "analyses", "have", "revealed", "strong", "similarity", "in", "molecular", "signatures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "substantial", "differences", "have", "also", "been", "reported", ",", "including", "differential", "gene", "expression", "linked", "to", "media", "components", "and", "perturbed", "metabolic", "signatures", "associated", "with", "glyco", "lysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "nevertheless", ",", "analysis", "of", "organ", "##oid", "tissues", "supports", "a", "useful", "recapit", "##ulation", "of", "early", "brain", "development", ",", "and", "scr", "##na", "-", "seq", "methods", "have", "been", "applied", "to", "study", "the", "molecular", "basis", "of", "neural", "cell", "type", "fate", "determination", ",", "evolutionary", "differences", "in", "primates", "and", "pathological", "changes", "in", "neural", "disor", "der", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "it", "is", "unclear", "which", "portions", "of", "the", "developing", "central", "nervous", "system", "can", "be", "generated", "with", "existing", "protocols", "and", "which", "ones", "are", "still", "lacking", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "it", "has", "also", "remained", "challenging", "to", "systematically", "quantify", "the", "transcriptomic", "fidelity", "of", "neural", "organ", "##oid", "cells", "compared", "to", "their", "primary", "counterparts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "do", "this", ",", "we", "first", "performed", "comparative", "transcriptomic", "analysis", "of", "lec", "##s", "from", "healthy", "kidneys", ",", "rejection", ",", "and", "ckd", "(", "supplemental", "data", "5", "–", "7", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "go", "revealed", "that", "lec", "##s", "from", "reject", "##ing", "allografts", "were", "enriched", "for", "pathways", "related", "to", "the", "negative", "regulation", "of", "viral", "process", "(", "go", ":", "004", "##85", "##25", ",", "fold", "-", "enrichment", "=", "90", ".", "26", ",", "fdr", "=", "5", ".", "95", "×", "10", ")", ",", "including", "ifn", "-", "induced", "transmembrane", "proteins", "ifit", "##m2", "(", "log", "2", "fc", "=", "1", ".", "76", ",", "p", "=", "5", ".", "89", "×", "10", ")", "and", "ifit", "##m3", "(", "log", "2", "fc", "=", "1", ".", "62", ",", "p", "=", "6", ".", "86", "×", "10", ")", "(", "figure", "7a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ifn", "-", "γ", "was", "specifically", "enriched", "in", "t", "cells", "and", "nk", "cells", "in", "our", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "(", "figure", "7b", ")", ",", "whereas", "other", "ifn", "types", "were", "not", "detected", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "examined", "an", "ifn", "-", "γ", "response", "signature", "—", "including", "levels", "of", "ifit", "##m2", ",", "ifit", "##m3", ",", "and", "the", "ifn", "-", "γ", "receptor", "subunits", "ifng", "##r1", "and", "ifng", "##r2", "—", "which", "was", "prominent", "in", "lec", "##s", "and", "in", "blood", "endothelial", "cells", "and", "macrophages", "from", "reject", "##ing", "allografts", "(", "figure", "7c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "contextual", "##ize", "this", "response", ",", "we", "compared", "the", "lec", "profile", "in", "chronic", "rejection", "with", "that", "of", "hev", "##s", ",", "identified", "by", "enrichment", "for", "pna", "##d", "(", "nta", "##n1", ")", "and", "downregulation", "of", "notch", "pathway", "genes", "rbp", "##j", "and", "jag", "##1", "(", "supplemental", "figure", "5b", ")", "(", "83", ",", "84", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "unlike", "lec", "##s", ",", "hev", "##s", "lacked", "lymphatic", "markers", "prox", "##1", "and", "pd", "##pn", "(", "supplemental", "figure", "5c", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "instead", ",", "they", "expressed", "transcripts", "involved", "in", "leukocyte", "recruitment", ",", "activation", ",", "and", "regulation", ",", "such", "as", "cxcl1", "##6", ",", "fractal", "##kine", "(", "cx3", "##cl1", ")", ",", "cd40", ",", "and", "il", "-", "32", "(", "supplemental", "figure", "5d", "and", "supplemental", "data", "8", ")", ",", "highlighting", "a", "distinc", "t", "immune", "regulatory", "profile", "compared", "with", "lec", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "we", "next", "explored", "potential", "ligand", "-", "receptor", "interactions", "between", "lec", "##s", "and", "lymphocytes", "using", "cell", "##phone", "##db", "(", "85", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "predicted", "cell", "-", "cell", "communication", "was", "highest", "in", "reject", "##ing", "kidneys", "compared", "with", "ckd", "or", "healthy", "controls", "(", "supplemental", "figure", "6a", ")", ",", "with", "most", "interactions", "occurring", "between", "lec", "##s", "and", "t", "cell", "subsets", "(", "supplemental", "figure", "6b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "included", "ifn", "-", "γ", "–", "ifng", "##r", "signaling", "from", "cd8", "t", "cells", "to", "lec", "##s", "across", "both", "control", "and", "reject", "##ing", "kidneys", "(", "supplemental", "figure", "6c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "chemok", "ine", "-", "based", "interactions", "included", "established", "axes", "such", "as", "ccl2", "##1", ",", "ccl2", ",", "and", "ac", "##kr", "##2", "(", "supplemental", "figure", "7a", ")", ",", "although", "ccl", "##14", "/", "ac", "##kr", "##2", "signaling", "with", "cd4", "effector", "t", "cells", "was", "reduced", "in", "rejection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "many", "chemok", "ine", "receptors", "for", "ac", "##kr", "##2", "ligands", ",", "including", "ccr2", ",", "ccr5", ",", "and", "ccr7", ",", "were", "expressed", "by", "t", "cells", "(", "supplemental", "figure", "7b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "notably", ",", "most", "of", "the", "remaining", "predicted", "interactions", "were", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "in", "nature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "included", "lec", "expression", "of", "poliovirus", "receptor", "(", "pvr", ")", "and", "galectin", "9", "(", "lg", "##als", "##9", ")", ",", "which", "suppress", "effector", "t", "cell", "responses", "via", "tig", "##it", "and", "hav", "##cr", "##2", "signaling", ",", "respectively", "(", "86", ")", "(", "figure", "7d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "while", "also", "present", "in", "ckd", "and", "non", "-", "allo", "##immune", "graft", "injury", "(", "supplemental", "figure", "8", ",", "a", "–", "c", ")", ",", "these", "interactions", "had", "higher", "signaling", "scores", "in", "chronic", "rejection", "(", "figure", "7e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "immunostaining", "confirmed", "pvr", "expression", "on", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "in", "direct", "contact", "with", "cd4", "t", "cells", "in", "reject", "##ing", "allografts", "(", "figure", "7f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "when", "stimulated", "by", "ifn", "-", "γ", ",", "blood", "endoth", "##elia", "express", "pvr", "and", "lg", "##als", "##9", "to", "damp", "##en", "t", "cell", "responses", "(", "87", ",", "88", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "examine", "whether", "this", "was", "the", "case", "for", "lec", "##s", ",", "we", "stimulated", "a", "human", "lec", "line", "with", "recombinant", "ifn", "-", "γ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lg", "##als", "##9", "transcripts", "were", "significantly", "upregulated", "after", "24", "hours", "(", "mean", "fc", "=", "9", ".", "05", ",", "95", "%", "ci", "=", "5", ".", "37", "–", "12", ".", "73", ",", "adjusted", "p", "=", "0", ".", "0002", ")", "and", "remained", "elevated", "at", "48", "hours", "(", "mean", "fc", "=", "5", ".", "10", ",", "95", "%", "ci", "=", "1", ".", "42", "–", "8", ".", "78", ",", "adjusted", "p", "=", "0", ".", "009", "##3", ")", "(", "figure", "7g", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "corresponding", "increases", "in", "lec", "-", "secreted", "lg", "##als", "##9", "protein", "were", "observed", "at", "48", "hours", "(", "difference", "in", "mean", "concentr", "##ati", "##o", "n", "=", "5", ".", "54", "ng", "/", "ml", ",", "95", "%", "ci", "=", "3", ".", "26", "–", "7", ".", "83", ",", "adjusted", "p", "=", "0", ".", "0002", ")", "and", "72", "hours", "(", "difference", "in", "mean", "concentr", "##ati", "##o", "n", "=", "16", ".", "87", "ng", "/", "ml", ",", "95", "%", "ci", "=", "14", ".", "58", "–", "19", ".", "16", ",", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "(", "figure", "7h", ")", ",", "confirming", "that", "lec", "##s", "can", "acquire", "a", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "profile", "in", "response", "to", "ifn", "-", "γ", "exposure", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "however", ",", "in", "solid", "organ", "transplantation", ",", "ifn", "-", "γ", "–", "induced", "expression", "of", "hla", "##s", "on", "endothelial", "cells", "can", "facilitate", "allo", "##antigen", "presentation", "and", "antibod", "y", "binding", "to", "donor", "vasculature", "(", "89", ",", "90", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similarly", ",", "we", "found", "rejected", "allograft", "lec", "##s", "also", "expressed", "hla", "-", "dp", "and", "hla", "-", "dr", "(", "figure", "8a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "determine", "whether", "lymphatic", "##s", "were", "of", "donor", "or", "recipient", "origin", ",", "we", "assessed", "genotype", "using", "single-nucleotide", "variant", "calling", ",", "and", "found", "a", "majority", "of", "lec", "##s", "were", "donor", "derived", ",", "with", "a", "small", "recipient", "cell", "contribution", "(", "n", "=", "3", "/", "247", ",", "1", ".", "2", "%", ")", "(", "figure", "8b", ")", ",", "consistent", "with", "a", "previous", "study", "of", "sex", "-", "mismatched", "renal", "allografts", "(", "91", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "immunostaining", "for", "hla", "-", "dr", "in", "chronic", "rejection", "(", "figure", "8c", ")", "demonstrated", "its", "expression", "on", "cd31", "blood", "endothelial", "cells", "(", "figure", "8d", ")", ",", "cd68", "macrophages", "(", "figure", "8e", ")", "(", "92", ",", "93", ")", ",", "and", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "(", "figure", "8", ",", "f", "and", "g", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "importantly", ",", "we", "detected", "complement", "factor", "c4", "##d", "deposition", ",", "a", "histological", "hallmark", "of", "allo", "antibod", "y", "-", "mediated", "complement", "activation", ",", "on", "pd", "##pn", "lymphatic", "vessels", "in", "2", "reject", "##ing", "allografts", "from", "patients", "with", "de", "novo", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", "(", "figure", "8h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "hla", "-", "dr", "lymphatic", "regions", "were", "surrounded", "by", "cd3", "t", "cells", "(", "supplemental", "video", "10", ")", ",", "suggesting", "coordinated", "allo", "antibod", "y", "and", "t", "cell", "engagement", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "together", ",", "these", "data", "demonstrate", "that", "lec", "##s", "in", "chronic", "rejection", "acquire", "an", "ifn", "-", "γ", "–", "responsive", ",", "immune", "-", "inhibitory", "transcriptional", "phenotype", ",", "marked", "by", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "ligand", "expression", ",", "hla", "class", "ii", "upregulation", ",", "and", "evidence", "of", "complement", "activation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphatic", "vessels", "play", "a", "central", "role", "in", "maintaining", "fluid", "balance", "and", "immune", "homeostasis", ",", "yet", "their", "structural", "and", "molecular", "features", "in", "the", "human", "kidney", "remain", "under", "##exp", "##lor", "##ed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "gap", "is", "clinically", "relevant", ",", "as", "lymphangi", "##ogenesis", "occurs", "across", "a", "range", "of", "kidney", "diseases", "(", "11", "–", "14", ")", ",", "and", "augment", "##ing", "lymphatic", "function", "confers", "therapeutic", "benefit", "in", "preclinical", "models", "of", "kidney", "disease", "(", "94", "–", "96", ")", ",", "hypertension", "(", "97", "–", "99", ")", ",", "and", "acute", "kidney", "transplant", "rejection", "(", "29", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "we", "combined", "3d", "imaging", "of", "optically", "cleared", "tissue", "with", "scr", "##na", "-", "seq", "to", "resolve", "the", "spatial", "architecture", "and", "molecular", "identity", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "healthy", "human", "kidney", "and", "to", "interrogate", "their", "remodeling", "in", "chronic", "transplant", "rejection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "although", "previous", "studies", "have", "identified", "lymphatic", "##s", "in", "the", "kidney", "hil", "##um", "and", "cortex", "(", "11", "–", "14", ")", ",", "our", "3d", "imaging", "approach", "yielded", "potentially", "new", "spatial", "insights", ",", "including", "a", "hierarchical", "arrangement", "of", "kidney", "lymphatic", "##s", "and", "the", "initiation", "of", "blind", "ends", "near", "proximal", "and", "distal", "tubular", "nephron", "segments", ",", "key", "sites", "of", "reabsorption", "and", "solute", "exchange", "between", "the", "urinary", "filtrate", "and", "blood", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "using", "scr", "##na", "-", "seq", ",", "we", "defined", "a", "transcriptional", "census", "of", "human", "kidney", "lec", "##s", ",", "identifying", "expression", "of", "molecules", "previously", "characterized", "in", "other", "lymphatic", "beds", "but", "not", "in", "human", "kidney", "lec", "##s", ",", "such", "as", "fabp", "##4", "(", "100", ",", "101", ")", "and", "angpt", "##2", "(", "102", "–", "104", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "a", "recent", "analysis", "has", "transcriptionally", "profiled", "a", "population", "of", "lec", "##s", "in", "the", "lymph", "node", "(", "105", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "findings", "further", "extend", "the", "evidence", "for", "organ", "-", "specific", "heterogeneity", "of", "human", "lymphatic", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "compared", "with", "lymphatic", "##s", "from", "barrier", "tissues", "such", "as", "skin", ",", "lung", ",", "and", "intestines", ",", "kidney", "lec", "##s", "displayed", "reduced", "expression", "of", "genes", "encoding", "classical", "immune", "trafficking", "molecules", "like", "cxcl", "##8", "and", "ly", "##ve", "##1", ",", "the", "latter", "confirmed", "at", "the", "protein", "level", "and", "also", "recently", "corroborated", "in", "mouse", "kidneys", "(", "106", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "instead", ",", "kidney", "lec", "##s", "express", "a", "repertoire", "of", "other", "molecules", ",", "including", "dnase", "##1l", "##3", ",", "a", "molecule", "involved", "in", "extracellular", "dna", "clearance", "and", "deficiency", "of", "which", "is", "implicated", "in", "lupus", "nephritis", "(", "107", "–", "109", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "such", "findings", "could", "suggest", "tissue", "-", "specific", "adaptations", "of", "the", "lymphatic", "regulation", "of", "immunity", "and", "may", "inform", "future", "studies", "of", "immune-mediated", "kidney", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "although", "lymphatic", "valve", "markers", "were", "sparse", "##ly", "detected", ",", "unlike", "in", "mouse", "kidneys", "(", "110", ")", ",", "we", "identified", "transcriptional", "heterogeneity", "among", "kidney", "lec", "##s", ",", "including", "a", "subpopulation", "enriched", "for", "ccl2", "and", "cxcl", "##2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "this", "is", "reminiscent", "of", "molecularly", "distinc", "t", "and", "immune", "-", "interacting", "lec", "subsets", "in", "the", "nasal", "mucosa", "(", "111", ",", "112", ")", "and", "dermis", "(", "113", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "heterogeneity", "may", "arise", ",", "in", "part", ",", "from", "microenvironment", "signals", ",", "such", "as", "ifn", "-", "γ", ",", "which", "drive", "context", "-", "dependent", "reprogramming", "of", "lec", "##s", "in", "inflammation", "or", "cancer", "(", "114", "–", "116", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "show", "that", "lec", "##s", "upregulate", "pvr", "and", "lg", "##als", "##9", "in", "response", "to", "ifn", "-", "γ", ",", "echo", "##ing", "responses", "in", "the", "blood", "endothelium", "(", "87", ",", "88", ")", "and", "supporting", "a", "paradigm", "in", "which", "the", "behavior", "of", "lymphatic", "##s", "is", "actively", "shaped", "by", "their", "surrounding", "milieu", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "in", "kidney", "transplantation", ",", "lymphatic", "##s", "have", "been", "associated", "with", "improved", "graft", "survival", ",", "possibly", "through", "increased", "leukocyte", "clearance", "(", "27", "–", "29", ")", ",", "but", "also", "with", "immune", "activation", "and", "fibrosis", "(", "23", ",", "25", ",", "31", ",", "117", ",", "118", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "findings", "challenge", "the", "notion", "that", "lymphangi", "##ogenesis", "is", "uniformly", "pathogenic", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "although", "we", "observed", "lymphangi", "##ogenesis", "and", "proximity", "of", "these", "vessels", "to", "tls", "##s", "in", "reject", "##ing", "allografts", ",", "we", "showed", "that", "allograft", "lec", "##s", "acquire", "a", "toler", "##ogenic", "transcriptional", "program", "driven", "by", "ifn", "-", "γ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lec", "-", "derived", "immune", "-", "inhibitory", "ligands", "damp", "##en", "effector", "t", "cell", "function", "in", "cancer", "(", "119", ",", "120", ")", ",", "neuroinflammation", "(", "121", ")", ",", "and", "infection", "(", "69", ")", ",", "and", "we", "confirmed", "the", "expression", "of", "2", "exempl", "##ar", "molecular", "candidates", ",", "pvr", "and", "lg", "##als", "##9", ",", "at", "both", "the", "transcript", "and", "protein", "level", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "however", ",", "this", "toler", "##ogenic", "molecular", "program", "coincides", "with", "structural", "perturbations", "to", "allograft", "lymphatic", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "in", "rejection", ",", "lymphatic", "##s", "exhibited", "loss", "of", "hierarchical", "organization", ",", "infiltration", "into", "the", "medulla", ",", "and", "transformation", "of", "cell", "-", "cell", "junctions", "from", "button", "-", "to", "zipper", "-", "like", "morphology", ",", "changes", "known", "to", "impair", "fluid", "and", "cell", "transport", "(", "68", "–", "70", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "building", "on", "previous", "studies", "in", "kidney", "(", "26", ",", "27", ")", "and", "other", "inflammatory", "contexts", "(", "80", ",", "122", ",", "123", ")", ",", "we", "identified", "tls", "##s", "of", "varying", "maturity", "positioned", "along", "lymphatic", "networks", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "given", "the", "potential", "for", "in", "situ", "antigen", "presentation", "and", "t", "cell", "activation", "within", "the", "tls", "(", "75", ",", "77", ",", "78", ",", "124", "–", "127", ")", ",", "and", "given", "the", "observed", "altered", "localization", "of", "cd4", "t", "cells", "within", "and", "around", "lymphatic", "vessels", ",", "it", "is", "tempting", "to", "speculate", "that", "lymphatic", "perturbation", "may", "contribute", "to", "cd4", "t", "cell", "retention", "within", "allografts", ",", "her", "##ald", "##ing", "the", "formation", "and", "maintenance", "of", "the", "tls", "in", "chronic", "rejection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "additionally", ",", "we", "demonstrate", "that", "allograft", "lec", "##s", "express", "hla", "class", "ii", "and", "show", "c4", "##d", "deposition", "in", "patients", "with", "de", "novo", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", ",", "consistent", "with", "allo", "antibod", "y", "targeting", "and", "complement", "activation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "analogous", "injury", "to", "the", "blood", "vasculature", "(", "19", ")", "is", "well", "-", "characterized", "in", "transplant", "pathology", "(", "24", ")", ",", "and", "donor", "lymphatic", "##s", "may", "thus", "represent", "a", "previously", "under", "##app", "##reci", "##ated", "target", "of", "allo", "##immune", "responses", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "this", "study", "has", "several", "limitations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "our", "3d", "imaging", "was", "cross", "-", "sectional", "and", "included", "a", "small", "number", "of", "fixed", "samples", ",", "restricting", "inference", "of", "dynamic", "events", "during", "transplant", "rejection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "second", ",", "and", "common", "to", "all", "scr", "##na", "-", "seq", "studies", "of", "human", "tissues", ",", "our", "control", "tissues", "were", "derived", "from", "nontrans", "##plant", "##ed", "kidneys", "and", "tumour", "neph", "##rect", "##om", "##ies", "and", "are", "thus", "likely", "subject", "to", "inflammatory", "changes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "attempted", "to", "mitigate", "this", "by", "using", "samples", "with", "histological", "evidence", "of", "minimal", "chronic", "damage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "third", ",", "although", "we", "identified", "expression", "of", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "ligands", "and", "evidence", "of", "allo", "antibod", "y", "binding", "of", "kidney", "lymphatic", "##s", ",", "the", "downstream", "consequences", "on", "allo", "##immun", "##ity", "and", "graft", "function", "require", "further", "mechanistic", "study", ",", "which", "is", "challenging", "given", "the", "absence", "of", "an", "animal", "model", "that", "mimics", "the", "long", "-", "term", "sequ", "##ala", "##e", "of", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "which", "occurred", "in", "our", "cohort", "of", "patients", "over", "decades", "to", "years", ",", "while", "enabling", "simultaneous", "genetic", "or", "pharmacological", "manipulation", "of", "lec", "##s", "in", "a", "targeted", "manner", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "together", ",", "our", "data", "provide", "a", "comprehensive", "and", "multimodal", "view", "of", "the", "lymphatic", "vasculature", "in", "human", "kidney", "health", "and", "rejection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "propose", "that", "lymphatic", "##s", "acquire", "a", "toler", "##ogenic", ",", "ifn", "-", "γ", "–", "driven", "phenotype", "during", "chronic", "rejection", ",", "but", "this", "is", "accompanied", "by", "structural", "disor", "gan", "##ization", "and", "immune-associated", "perturbations", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "findings", "point", "to", "a", "potentially", "new", "perspective", "on", "the", "role", "of", "lymphatic", "remodeling", "in", "transplantation", ",", "featuring", "a", "toler", "##ogenic", "profile", "yet", "subject", "to", "allo", "##immune", "injury", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "work", "lay", "##s", "the", "foundation", "for", "future", "studies", "exploring", "kidneys", "in", "health", "and", "disease", "and", "opens", "new", "avenues", "for", "therapeutic", "targeting", "of", "the", "lymphatic", "vasculature", "to", "improve", "the", "longevity", "of", "kidney", "transplants", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "given", "the", "exploratory", "nature", "of", "3d", "imaging", "and", "scr", "##na", "-", "seq", "performed", "in", "this", "study", "and", "the", "limited", "kidneys", "available", "for", "3d", "imaging", "analysis", ",", "sex", "was", "not", "considered", "as", "a", "biological", "variable", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "human", "kidney", "tissue", "was", "fixed", "in", "4", "%", "paraformaldehyde", "in", "pbs", "at", "4°c", "overnight", "and", "stored", "in", "pbs", "with", "0", ".", "02", "%", "sodium", "azide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "modified", "shan", "##el", "protocol", "(", "128", ")", "was", "used", "for", "whole", "-", "mount", "immunolabeling", ",", "followed", "by", "optical", "clearing", "in", "benzyl", "alcohol", "/", "benzyl", "benzo", "##ate", "(", "1", ":", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "imaging", "was", "performed", "using", "an", "lsm", "##88", "##0", "upright", "confocal", "microscope", "(", "zeiss", ")", "or", "custom", "-", "built", "meso", "##sc", "##ale", "selective", "plane", "illumination", "microscope", "(", "meso", "##sp", "##im", ")", "(", "129", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "image", "segmentation", "and", "3d", "reconstruction", "were", "carried", "out", "in", "im", "##aris", "and", "ami", "##ra", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "where", "x", "1", "and", "x", "2", "are", "the", "2", "closest", "adjacent", "nodes", "from", "the", "lymphatic", "3d", "skeleton", ",", "found", "by", "minimizing", "cross", "–", "nearest", "neighbor", "distances", ",", "and", "x", "0", "is", "the", "centroid", "of", "the", "cell", "of", "interest", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "to", "evaluate", "whether", "the", "cell", "distances", "were", "different", "from", "what", "would", "be", "expected", "by", "chance", ",", "within", "each", "region", "of", "interest", ",", "the", "cd4", "t", "cell", "and", "cd20", "b", "cell", "populations", "were", "randomly", "red", "##istr", "##ib", "##uted", "under", "complete", "spatial", "random", "##ness", "for", "20", "simulations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "comparison", "was", "then", "made", "as", "to", "whether", "the", "measured", "mean", "cell", "-", "lymphatic", "distances", "fell", "within", "the", "95", "%", "cis", "obtained", "through", "the", "simulations", "under", "complete", "spatial", "random", "##ness", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "single", "-", "cell", "suspensions", "from", "fresh", "kidney", "explants", "were", "processed", "using", "the", "10x", "genomics", "chromium", "5", "′", "v2", "kit", "and", "sequenced", "on", "an", "illumina", "nov", "##ase", "##q", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "data", "were", "mapped", "to", "gr", "##ch", "##38", "and", "processed", "using", "scan", "##py", "and", "se", "##ura", "##t", ",", "using", "sc", "##vi", "(", "132", ")", "or", "harmon", "##y", "(", "133", ")", "for", "integration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cell", "identity", "was", "assigned", "via", "marker", "gene", "expression", "and", "assisted", "by", "cell", "##typ", "##ist", "prediction", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "differential", "expression", "was", "assessed", "using", "wilcoxon", "rank", "-", "sum", "tests", "and", "go", "term", "enrichment", "using", "pant", "##her", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "infer", "putative", "cell", "-", "cell", "interactions", "in", "scr", "##na", "-", "seq", "data", ",", "the", "cell", "##phone", "##db", "resource", "(", "85", ")", "was", "used", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "generate", "the", "human", "lymphatic", "cell", "atlas", ",", "lec", "##s", "were", "extracted", "from", "publicly", "available", "single", "-", "cell", "datasets", "across", "multiple", "organs", "and", "integrated", "using", "harmon", "##y", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "scen", "##ic", "(", "134", ")", "was", "used", "to", "infer", "transcription", "factor", "activity", "across", "clusters", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "neph", "##rose", "##q", "database", "(", "v5", ",", "rr", "##id", ":", "scr", "_", "019", "##05", "##0", ")", "was", "used", "to", "examine", "candidate", "genes", "by", "pulling", "data", "from", "its", "online", "browser", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "adult", "human", "dermal", "lec", "##s", "(", "promo", "##cell", ",", "c", "-", "122", "##17", ")", "were", "cultured", "in", "mv", "##2", "medium", "and", "treated", "with", "recombinant", "human", "ifn", "-", "γ", "(", "50", "ng", "/", "ml", ")", "or", "unstimulated", "control", "medium", "for", "24", ",", "48", ",", "or", "72", "hours", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lg", "##als", "##9", "transcript", "levels", "were", "quantified", "by", "qrt", "-", "pcr", "and", "normalized", "to", "hpr", "##t", "using", "the", "2", "method", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "secreted", "lg", "##als", "##9", "protein", "in", "conditioned", "media", "was", "measured", "by", "elisa", "(", "r", "&", "d", "systems", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "data", "are", "shown", "as", "fold", "-", "change", "relative", "to", "untreated", "controls", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "assays", "were", "performed", "across", "2", "independent", "cell", "lines", "in", "triplic", "ate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "use", "of", "human", "tissue", "was", "approved", "by", "nhs", "blood", "&", "transplant", "(", "nhs", "##bt", ")", ",", "the", "national", "research", "ethics", "committee", "in", "the", "uk", "(", "21", "/", "wa", "/", "038", "##8", ",", "nc", ".", "2018", ".", "010", ",", "nc", ".", "2018", ".", "007", ",", "rec", "16", "/", "ee", "/", "001", "##4", ")", ",", "and", "the", "royal", "free", "london", "nhs", "foundation", "trust", "-", "ucl", "biobank", "ethical", "review", "committee", "(", "rfl", "b", "-", "erc", "/", "b", "-", "erc", "-", "rf", ",", "nc", ".", "2018", ".", "010", ";", "ir", "##as", "208", "##95", "##5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "written", "informed", "consent", "for", "research", "use", "of", "donated", "organs", "was", "obtained", "via", "nhs", "##bt", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ethical", "approval", "##s", "for", "public", "datasets", "are", "detailed", "in", "the", "original", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "human", "neural", "organoids", ",", "generated", "from", "pluripotent", "stem", "cells", "in", "vitro", ",", "are", "useful", "tools", "to", "study", "human", "brain", "development", ",", "evolution", "and", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "it", "is", "unclear", "which", "parts", "of", "the", "human", "brain", "are", "covered", "by", "existing", "protocols", ",", "and", "it", "has", "been", "difficult", "to", "quantitatively", "assess", "organ", "##oid", "variation", "and", "fidelity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", "we", "integrate", "36", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "datasets", "spanning", "26", "protocols", "into", "one", "integrated", "human", "neural", "organ", "##oid", "cell", "atlas", "total", "##ling", "more", "than", "1", ".", "7", "million", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "mapping", "to", "developing", "human", "brain", "references", "shows", "primary", "cell", "types", "and", "states", "that", "have", "been", "generated", "in", "vitro", ",", "and", "estimates", "transcriptomic", "similarity", "between", "primary", "and", "organ", "##oid", "counterparts", "across", "protocols", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "provide", "a", "programm", "##atic", "interface", "to", "brow", "##se", "the", "atlas", "and", "query", "new", "datasets", ",", "and", "show", "##case", "the", "power", "of", "the", "atlas", "to", "annotate", "organ", "##oid", "cell", "types", "and", "evaluate", "new", "organ", "##oid", "protocols", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "we", "show", "that", "the", "atlas", "can", "be", "used", "as", "a", "diverse", "control", "cohort", "to", "annotate", "and", "compare", "organ", "##oid", "models", "of", "neural", "disease", ",", "identifying", "genes", "and", "pathways", "that", "may", "underlie", "pathological", "mechanisms", "with", "the", "neural", "models", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "human", "neural", "organ", "##oid", "cell", "atlas", "will", "be", "useful", "to", "assess", "organ", "##oid", "fidelity", ",", "characterize", "perturbed", "and", "diseased", "states", "and", "facilitate", "protocol", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "human", "neural", "organoids", ",", "self", "-", "organizing", "three", "-", "dimensional", "human", "neural", "tissues", "grown", "in", "vitro", ",", "are", "becoming", "powerful", "tools", "for", "studying", "the", "mechanisms", "of", "human", "brain", "development", ",", "evolution", "and", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "they", "can", "be", "generated", "using", "external", "patterning", "factors", "(", "for", "example", ",", "morph", "##ogens", ")", "to", "guide", "their", "development", "towards", "certain", "brain", "regions", "or", "to", "drive", "the", "emergence", "of", "specific", "cell", "types", "(", "guided", "protocols", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "conversely", ",", "ung", "##ui", "##ded", "protocols", "rely", "on", "the", "self", "-", "patterning", "capacity", "of", "organoids", "to", "generate", "diverse", "cell", "types", "and", "states", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "single", "-", "cell", "rna", "sequencing", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", "is", "a", "powerful", "technology", "to", "characterize", "cell", "type", "heterogeneity", "in", "complex", "tissues", ",", "and", "has", "illuminated", "a", "remarkable", "heterogeneity", "of", "diverse", "progenitor", ",", "neuronal", "and", "glial", "cell", "types", "that", "can", "develop", "within", "neural", "organoids", ",", "as", "well", "as", "differentiation", "trajectories", "of", "certain", "neural", "lineages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "the", "data", "also", "enable", "the", "comparison", "of", "human", "neural", "organ", "##oid", "cells", "to", "those", "in", "the", "primary", "human", "brain", ",", "and", "most", "analyses", "have", "revealed", "strong", "similarity", "in", "molecular", "signatures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "substantial", "differences", "have", "also", "been", "reported", ",", "including", "differential", "gene", "expression", "linked", "to", "media", "components", "and", "perturbed", "metabolic", "signatures", "associated", "with", "glyco", "lysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "nevertheless", ",", "analysis", "of", "organ", "##oid", "tissues", "supports", "a", "useful", "recapit", "##ulation", "of", "early", "brain", "development", ",", "and", "scr", "##na", "-", "seq", "methods", "have", "been", "applied", "to", "study", "the", "molecular", "basis", "of", "neural", "cell", "type", "fate", "determination", ",", "evolutionary", "differences", "in", "primates", "and", "pathological", "changes", "in", "neural", "disor", "der", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "it", "is", "unclear", "which", "portions", "of", "the", "developing", "central", "nervous", "system", "can", "be", "generated", "with", "existing", "protocols", "and", "which", "ones", "are", "still", "lacking", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "it", "has", "also", "remained", "challenging", "to", "systematically", "quantify", "the", "transcriptomic", "fidelity", "of", "neural", "organ", "##oid", "cells", "compared", "to", "their", "primary", "counterparts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]