OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "in", "this", "study", ",", "we", "address", "these", "challenges", "by", "combining", "36", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "covering", "numerous", "human", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "into", "an", "integrated", "transcriptomic", "cell", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "establish", "an", "analytical", "pipeline", "that", "allows", "for", "the", "comprehensive", "and", "quantitative", "comparison", "of", "the", "organ", "##oid", "atlas", "to", "reference", "atlas", "##es", "of", "the", "developing", "human", "brain", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "harmon", "##ize", "annotations", "of", "cell", "populations", "in", "the", "primary", "and", "organ", "##oid", "systems", ",", "estimate", "the", "capacity", "and", "precision", "of", "different", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "to", "generate", "different", "brain", "regions", ",", "and", "identify", "primary", "cell", "populations", "that", "are", "under", "-", "represented", "in", "neural", "organoids", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "estimate", "transcriptomic", "fidelity", "of", "neurons", "in", "neural", "organoids", ",", "and", "identify", "previously", "described", "cell", "stress", "as", "a", "universal", "factor", "disting", "ui", "##sh", "##ing", "metabolic", "states", "of", "in", "vitro", "neurons", "from", "primary", "neurons", "without", "strongly", "affecting", "core", "identities", "of", "neuronal", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "we", "map", "the", "data", "of", "a", "neural", "organ", "##oid", "morph", "##ogen", "screen", "to", "the", "integrated", "atlas", "to", "assess", "regional", "specificity", "and", "generation", "of", "new", "states", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "also", "collect", "11", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "modelling", "10", "different", "neural", "diseases", ",", "and", "map", "the", "integrated", "data", "to", "the", "neural", "organ", "##oid", "atlas", "for", "cell", "type", "annotation", "and", "differential", "expression", "(", "de", ")", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "we", "show", "that", "the", "atlas", "can", "be", "expanded", "by", "projecting", "new", "data", "to", "the", "current", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "together", ",", "our", "work", "provides", "a", "rich", "resource", "and", "a", "new", "framework", "to", "assess", "the", "fidelity", "of", "neural", "organoids", ",", "characterize", "perturbed", "and", "diseased", "states", "and", "stream", "##line", "protocol", "development", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "build", "a", "transcriptomic", "human", "neural", "organ", "##oid", "cell", "atlas", "(", "hn", "##oca", ")", ",", "we", "collected", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "and", "detailed", ",", "harmon", "##ized", "technical", "and", "biological", "metadata", "from", "36", "datasets", ",", "including", "34", "published", "and", "two", "as", "yet", "unpublished", "ones", "(", "supplementary", "table", "1", ")", ",", "accounting", "for", "1", ".", "77", "million", "cells", "after", "consistent", "preprocessing", "and", "quality", "control", "(", "fig", ".", "1a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "hn", "##oca", "represents", "cell", "types", "and", "states", "generated", "with", "26", "distinc", "t", "neural", "organ", "##oid", "differentiation", "protocols", ",", "including", "three", "ung", "##ui", "##ded", "and", "23", "guided", "ones", ",", "at", "time", "points", "ranging", "from", "7", "to", "450", "days", "(", "fig", ".", "1b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "remove", "batch", "effects", ",", "we", "implemented", "a", "three", "-", "step", "integration", "pipeline", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "we", "projected", "the", "hn", "##oca", "to", "a", "single", "-", "cell", "atlas", "of", "the", "developing", "human", "brain", "using", "reference", "similarity", "spectrum", "(", "rss", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "then", ",", "we", "developed", "snaps", "##eed", "(", "methods", ")", "to", "perform", "preliminary", "marker", "-", "based", "hierarchical", "cell", "type", "annotation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "last", ",", "we", "used", "scp", "##oli", "for", "label", "-", "aware", "data", "integration", "based", "on", "the", "snaps", "##eed", "annotations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "evaluation", "of", "different", "integration", "approaches", "using", "a", "previously", "established", "benchmark", "##ing", "pipeline", "showed", "that", "scp", "##oli", "had", "the", "best", "performance", "for", "these", "datasets", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "performed", "clustering", "on", "the", "basis", "of", "the", "scp", "##oli", "representation", "and", "annotate", "d", "clusters", "on", "the", "basis", "of", "canonical", "marker", "gene", "expression", ",", "organ", "##oid", "sample", "age", "and", "the", "auto", "-", "generated", "cell", "type", "labels", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "uniform", "manifold", "approximation", "and", "projection", "(", "um", "##ap", ")", "embedding", "highlighted", "three", "neuronal", "differentiation", "trajectories", "corresponding", "to", "dorsal", "telencephal", "ic", ",", "ventral", "telencephal", "ic", "and", "non", "-", "telencephal", "ic", "populations", "as", "well", "as", "trajectories", "leading", "from", "progenitors", "to", "glial", "cell", "types", "such", "as", "astrocytes", "and", "oligodendrocytes", "precursors", "(", "fig", ".", "1c", "–", "e", "and", "extended", "data", "fig", ".", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "from", "both", "ung", "##ui", "##ded", "and", "guided", "protocols", "were", "distributed", "across", "all", "trajectories", "(", "fig", ".", "1f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "elucidate", "the", "dynamics", "and", "transitions", "of", "cell", "states", "and", "types", ",", "we", "reconstructed", "a", "real", "-", "age", "-", "informed", "pseudo", "##time", "of", "hn", "##oca", "cells", "on", "the", "basis", "of", "neural", "optimal", "transport", "using", "mos", "##co", "##t", "(", "fig", ".", "1h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "focusing", "on", "the", "dorsal", "telencephal", "ic", "neural", "trajectory", ",", "we", "observed", "consistent", "pseudo", "##te", "##mp", "##oral", "expression", "profiles", "of", "marker", "genes", "such", "as", "sox2", "(", "neural", "progenitor", "cells", "(", "npcs", ")", ")", ",", "bcl", "##11", "##b", "(", "deeper", "layer", "cortical", "neurons", ")", "and", "sat", "##b2", "(", "upper", "layer", "cortical", "neurons", ")", "(", "fig", ".", "1i", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "further", "resolve", "heterogeneity", "among", "non", "-", "telencephal", "ic", "neurons", ",", "we", "performed", "subcl", "##uster", "##ing", "of", "this", "population", ",", "which", "revealed", "numerous", "neuronal", "populations", "characterized", "by", "distinc", "t", "marker", "gene", "expression", "(", "fig", ".", "1j", ",", "k", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "assess", "our", "cell", "type", "annotation", ",", "and", "more", "precisely", "annotate", "the", "heterogeneous", "non", "-", "telencephal", "ic", "neuronal", "populations", ",", "we", "compared", "the", "hn", "##oca", "to", "a", "recently", "published", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "atlas", "of", "the", "developing", "human", "brain", "(", "fig", ".", "2a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "applied", "sc", "##vi", "and", "scan", "##vi", "to", "the", "primary", "reference", "atlas", ",", "and", "used", "scarc", "##hes", "to", "project", "the", "hn", "##oca", "to", "the", "same", "latent", "space", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "shared", "latent", "space", "allowed", "us", "to", "reconstruct", "a", "bip", "##artite", "weighted", "k", "-", "nearest", "-", "neighbour", "(", "wk", "##nn", ")", "graph", "between", "cells", "in", "the", "hn", "##oca", "and", "the", "primary", "reference", "atlas", ",", "which", "was", "used", "to", "transfer", "the", "‘", "cell", "##class", "’", "and", "‘", "subreg", "##ion", "’", "labels", ",", "as", "well", "as", "the", "neurotransmitter", "transporter", "(", "nt", "##t", ")", "information", "of", "neuroblast", "##s", "and", "neurons", "to", "the", "hn", "##oca", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "transferred", "labels", "are", "strongly", "consistent", "with", "our", "assigned", "labels", "(", "extended", "data", "fig", ".", "3", ")", "and", "allowed", "us", "to", "refine", "the", "regional", "annotation", "of", "hn", "##oca", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", ",", "as", "well", "as", "the", "nt", "##t", "annotation", "of", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "neurons", "(", "fig", ".", "2b", ")", ",", "resulting", "in", "the", "final", "hierarchical", "hn", "##oca", "cell", "type", "annotation", "(", "extended", "data", "fig", ".", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "also", "sought", "to", "compare", "organ", "##oid", "cells", "to", "stages", "of", "human", "brain", "development", "beyond", "the", "first", "trimester", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "focusing", "on", "dorsal", "telencephalon", ",", "we", "compared", "the", "transcriptomic", "profile", "of", "hn", "##oca", "npcs", "and", "neurons", "with", "cells", "in", "a", "primary", "atlas", "of", "human", "cortex", "development", "spanning", "the", "first", "trimester", "to", "adolescence", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "we", "observed", "a", "transition", "from", "cell", "states", "observed", "in", "the", "first", "trimester", "to", "more", "mature", "states", "observed", "in", "the", "second", "-", "trimester", "cortex", "(", "fig", ".", "2c", ")", ",", "and", "did", "not", "detect", "substantial", "matching", "to", "later", "stages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "extended", "the", "comparison", "to", "other", "brain", "regions", "using", "two", "primary", "atlas", "##es", "representing", "the", "first", "and", "second", "trimester", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "confirmed", "increased", "similarity", "to", "second", "-", "trimester", "cell", "states", "in", "older", "organoids", "for", "other", "brain", "regions", "(", "extended", "data", "fig", ".", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "evaluated", "the", "capacity", "of", "each", "neural", "organ", "##oid", "protocol", "to", "generate", "neural", "cells", "of", "different", "brain", "regions", "(", "fig", ".", "2d", ",", "extended", "data", "figs", ".", "3", "and", "4", "and", "supplementary", "table", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "datasets", "of", "ung", "##ui", "##ded", "neural", "organoids", "contain", "cells", "across", "all", "brain", "regions", "with", "proportions", "varying", "across", "datasets", ",", "indicating", "the", "capacity", "of", "ung", "##ui", "##ded", "protocols", "to", "generate", "many", "brain", "regions", "but", "with", "high", "variability", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "by", "contrast", ",", "datasets", "derived", "from", "guided", "organ", "##oid", "protocols", "are", "strongly", "enriched", "for", "cells", "of", "the", "targeted", "brain", "region", ",", "but", "often", "show", "an", "increased", "proportion", "of", "cells", "of", "the", "brain", "regions", "neighbouring", "the", "targeted", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "for", "example", ",", "several", "datasets", "derived", "from", "midbrain", "organ", "##oid", "protocols", "also", "show", "high", "proportions", "of", "hindbrain", "neurons", ",", "indicating", "an", "imprec", "##ision", "of", "morph", "##ogen", "guidance", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "comprehensively", "evaluate", "how", "well", "organ", "##oid", "protocols", "represented", "by", "the", "hn", "##oca", "generate", "primary", "brain", "cell", "types", ",", "we", "estimated", "presence", "scores", "for", "every", "primary", "cell", "type", "in", "each", "hn", "##oca", "dataset", "(", "methods", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "large", "presence", "score", "indicates", "high", "frequency", "and", "likelihood", "that", "cells", "of", "a", "similar", "type", "are", "observed", "in", "the", "hn", "##oca", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "by", "normalizing", "the", "scores", "per", "organ", "##oid", "dataset", "(", "extended", "data", "fig", ".", "5", "and", "supplementary", "table", "3", ")", ",", "we", "obtained", "a", "metric", "to", "describe", "how", "well", "each", "primary", "cell", "type", "is", "represented", "in", "at", "least", "one", "hn", "##oca", "dataset", "(", "fig", ".", "2d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "analysis", "confirmed", "the", "absence", "of", "erythrocytes", ",", "immune", "cells", "and", "vascular", "endothelial", "cells", "in", "the", "hn", "##oca", ",", "all", "of", "which", "are", "derived", "from", "non", "-", "neuro", "##ect", "##odermal", "germ", "layers", "(", "fig", ".", "2e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "expected", ",", "telencephal", "ic", "cell", "types", "are", "most", "strongly", "represented", "in", "hn", "##oca", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "by", "contrast", ",", "cell", "types", "of", "the", "thalamus", ",", "midbrain", "and", "cerebellum", "are", "least", "represented", ",", "including", "thalamic", "reticular", "nucleus", "gabaergic", "neurons", ",", "dorsal", "midbrain", "m1", "-", "derived", "gabaergic", "neurons", "and", "m1", "/", "m2", "-", "derived", "glutamatergic", "neurons", ",", "and", "cerebellar", "purkinje", "cells", "(", "fig", ".", "2f", ",", "g", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "it", "is", "worth", "noting", "that", ",", "even", "though", "these", "cell", "types", "are", "less", "abundant", "in", "hn", "##oca", "datasets", "than", "in", "the", "primary", "atlas", ",", "certain", "organ", "##oid", "protocols", "can", "generate", "some", "of", "these", "under", "-", "represented", "cell", "types", "(", "for", "example", ",", "purkinje", "cells", "in", "posterior", "brain", "organ", "##oid", "protocols", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "next", "aimed", "to", "understand", "the", "transcriptomic", "similarities", "and", "differences", "between", "organoids", "generated", "by", "distinc", "t", "differentiation", "protocols", "as", "well", "as", "between", "organoids", "and", "primary", "brain", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "identified", "differentially", "expressed", "genes", "(", "degs", ")", ",", "comparing", "neural", "cell", "types", "in", "the", "hn", "##oca", "with", "their", "primary", "counterparts", "(", "fig", ".", "3a", "and", "supplementary", "table", "4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "found", "that", "for", "most", "neural", "cell", "types", ",", "more", "than", "one", "-", "third", "(", "mean", "34", ".", "4", "%", ",", "standard", "deviation", "12", ".", "1", "%", ")", "of", "degs", "were", "shared", "across", "at", "least", "half", "of", "the", "protocols", "(", "protocol", "-", "common", "degs", ")", ",", "suggesting", "that", "many", "transcriptomic", "differences", "between", "organ", "##oid", "and", "primary", "cells", "were", "independent", "of", "organ", "##oid", "protocol", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "verified", "our", "results", "using", "an", "extra", "primary", "human", "cortex", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "(", "extended", "data", "fig", ".", "6", "and", "supplementary", "table", "5", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "next", "assessed", "differential", "transcriptomic", "programmes", "that", "were", "shared", "across", "regional", "neural", "cell", "types", ",", "and", "identified", "a", "total", "of", "92", "##0", "ubiquitous", ",", "protocol", "-", "common", "degs", "(", "ud", "##eg", "##s", ")", "that", "were", "differentially", "expressed", "in", "at", "least", "14", "out", "of", "the", "16", "neural", "cell", "types", "(", "fig", ".", "3c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "ud", "##eg", "##s", "showed", "consistent", "fold", "changes", "(", "r", ">", "0", ".", "8", ")", "across", "neuron", "types", "and", "protocols", "(", "fig", ".", "3d", ")", ",", "and", "represent", "consistent", "molecular", "differences", "between", "neurons", "in", "organoids", "and", "those", "in", "primary", "tissues", "regardless", "of", "protocol", "or", "neuronal", "cell", "type", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "out", "of", "all", "92", "##0", "ud", "##eg", "##s", ",", "363", "genes", "were", "consistently", "upregulated", "and", "67", "##3", "genes", "were", "consistently", "downregulated", ",", "with", "only", "59", "genes", "(", "6", "%", ")", "inconsistent", "##ly", "differentially", "expressed", "across", "subtypes", "or", "protocols", "(", "fig", ".", "3e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "using", "gene", "ontology", "enrichment", "analysis", "on", "the", "ud", "##eg", "##s", ",", "we", "found", "downregulated", "ud", "##eg", "##s", "enriched", "in", "neurodevelopmental", "processes", "including", "neuron", "cell", "–", "cell", "adhesion", "and", "synapse", "organization", "(", "fig", ".", "3f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "upregulated", "ud", "##eg", "##s", "were", "enriched", "in", "many", "metabolism", "-", "associated", "terms", "including", "mitochondrial", "atp", "synthesis", "-", "coupled", "electron", "transport", "(", "electron", "transport", "in", "short", ")", "and", "canonical", "glyco", "lysis", "(", "fig", ".", "3f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "an", "enrichment", "of", "energy", "-", "associated", "pathways", "has", "previously", "been", "associated", "with", "metabolic", "changes", "caused", "by", "the", "limitations", "of", "current", "culture", "conditions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "also", ",", "the", "molecular", "signatures", "database", "gene", "set", "hallmark", "glyco", "lysis", "has", "previously", "been", "used", "to", "define", "metabolic", "states", "in", "neural", "organoids", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "scoring", "mitochondrial", "electron", "transport", ",", "canonical", "glyco", "lysis", "and", "hallmark", "glyco", "lysis", "gene", "sets", "across", "the", "hn", "##oca", "and", "the", "primary", "reference", "atlas", ",", "we", "found", "that", "all", "three", "terms", "showed", "significant", "separation", "of", "organ", "##oid", "and", "primary", "cells", "(", "fig", ".", "3g", ",", "h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "the", "datasets", "from", "refs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "and", "as", "representative", "examples", ",", "we", "identified", "a", "similar", "distribution", "of", "glyco", "lysis", "scores", "across", "all", "neural", "cell", "types", "with", "an", "overall", "increased", "score", "in", "organ", "##oid", "cells", "(", "extended", "data", "fig", ".", "7", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "focusing", "on", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", ",", "we", "compared", "the", "distribution", "of", "glyco", "lysis", "scores", "across", "organ", "##oid", "differentiation", "protocols", "and", "identified", "several", "protocol", "features", "that", "correlated", "with", "metabolic", "cell", "stress", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "instance", ",", "the", "usage", "of", "maturation", "media", ",", "slic", "##ing", "or", "cutting", "of", "organoids", "and", ",", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "shaking", "or", "spinning", "of", "organoids", "led", "to", "overall", "lower", "glyco", "lysis", "scores", "(", "fig", ".", "3h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mean", "glyco", "lysis", "score", "and", "transcriptomic", "similarity", "of", "organ", "##oid", "and", "primary", "reference", "cell", "types", "across", "differentiation", "protocols", "were", "negatively", "correlated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "correlation", "was", "significantly", "reduced", "when", "considering", "only", "variable", "transcription", "factors", ",", "indicating", "that", "the", "metabolic", "changes", "in", "organoids", "have", "limited", "impact", "on", "the", "core", "molecular", "identity", "of", "neuronal", "cell", "types", "(", "extended", "data", "fig", ".", "7", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "observation", "is", "consistent", "with", "previous", "studies", "of", "distinc", "t", "metabolic", "states", "of", "cells", "in", "neural", "organoids", "relative", "to", "the", "primary", "tissue", ",", "which", "were", "shown", "to", "not", "affect", "neuron", "fate", "specification", "and", "maturation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "next", ",", "we", "focused", "on", "the", "expression", "of", "366", "variable", "transcription", "factors", "to", "calculate", "the", "correlation", "between", "corresponding", "neuronal", "cell", "types", "in", "the", "hn", "##oca", "datasets", "and", "the", "primary", "reference", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "found", "that", "both", "guided", "and", "ung", "##ui", "##ded", "organ", "##oid", "differentiation", "protocols", "generated", "neuronal", "cell", "types", "with", "comparable", "similarity", "to", "the", "corresponding", "primary", "reference", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "however", ",", "we", "observed", "brain", "region", "-", "dependent", "differences", "in", "transcriptomic", "similarity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "example", ",", "organ", "##oid", "neurons", "from", "the", "dorsal", "parts", "of", "most", "brain", "regions", "showed", "higher", "similarity", "to", "their", "primary", "counterparts", "across", "organ", "##oid", "datasets", "than", "cell", "types", "derived", "from", "the", "ventral", "parts", "of", "most", "brain", "regions", "(", "fig", ".", "3i", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "identify", "molecular", "features", "other", "than", "metabolic", "state", "that", "decreased", "organ", "##oid", "fidelity", ",", "we", "incorporated", "dorsal", "telencephal", "ic", "glutamatergic", "neurons", "from", "four", "different", "primary", "developing", "human", "brain", "atlas", "##es", "as", "an", "integrated", "primary", "reference", ",", "and", "identified", "neuron", "subtype", "and", "maturation", "state", "heterogeneity", "(", "extended", "data", "fig", ".", "8", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "projection", "of", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", "in", "the", "hn", "##oca", "to", "the", "primary", "atlas", "##es", "revealed", "the", "corresponding", "heterogeneity", "in", "neural", "organoids", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "considering", "metabolic", "state", ",", "maturation", "state", "and", "cell", "subtype", "as", "covariates", "during", "de", "analysis", "significantly", "reduced", "the", "number", "of", "degs", ",", "supporting", "the", "idea", "that", "these", "are", "the", "major", "factors", "differentiating", "organ", "##oid", "and", "primary", "brain", "cells", "(", "extended", "data", "fig", ".", "8", "and", "supplementary", "table", "6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "observed", "enriched", "biological", "processes", "that", "included", "synaptic", "vesicle", "cycle", "and", "negative", "regulation", "of", "high", "voltage", "-", "gated", "calcium", "channel", "activity", "(", "extended", "data", "fig", ".", "8", ")", ",", "suggesting", "that", "organoids", "are", "deficient", "in", "these", "processes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "of", "note", ",", "these", "differences", "are", "observed", "across", "organ", "##oid", "protocols", ",", "and", "highlight", "areas", "of", "consistent", "transcriptomic", "divergence", "between", "in", "vitro", "and", "primary", "counterparts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "the", "hn", "##oca", ",", "as", "well", "as", "the", "analytical", "pipeline", "we", "established", ",", "provides", "a", "framework", "to", "query", "new", "neural", "organ", "##oid", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "not", "included", "in", "the", "hn", "##oca", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "show", "##case", "this", "application", ",", "we", "retrieved", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "a", "recently", "published", "multiplexed", "neural", "organ", "##oid", "morph", "##ogen", "screen", "and", "projected", "them", "to", "the", "hn", "##oca", "and", "primary", "reference", "latent", "spaces", "(", "fig", ".", "4a", ",", "extended", "data", "fig", ".", "9", "and", "supplementary", "table", "7", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "transferred", "regional", "labels", "and", "found", "high", "consistency", "with", "the", "provided", "regional", "annotation", ",", "but", "with", "higher", "resolution", "within", "each", "of", "the", "broad", "brain", "sections", "of", "forebrain", ",", "midbrain", "and", "hindbrain", "(", "fig", ".", "4b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "transferred", "annotation", "therefore", "allowed", "a", "more", "comprehensive", "assessment", "of", "the", "effects", "of", "different", "morph", "##ogen", "conditions", "on", "generating", "neurons", "of", "different", "brain", "regions", "(", "fig", ".", "4c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "further", "calculated", "presence", "scores", "for", "reference", "cells", "in", "each", "screen", "condition", "and", "compared", "the", "data", "of", "the", "different", "screen", "conditions", "with", "the", "36", "hn", "##oca", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "hierarchical", "clustering", "on", "average", "presence", "scores", "revealed", "distinc", "t", "presence", "score", "profiles", "for", "many", "screen", "conditions", "(", "fig", ".", "4d", ")", ",", "suggesting", "regional", "cell", "type", "composition", "distinc", "t", "from", "the", "hn", "##oca", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "we", "summarized", "the", "max", "presence", "scores", "for", "the", "whole", "morph", "##ogen", "screen", "data", "(", "fig", ".", "4e", ")", ",", "and", "compared", "them", "to", "those", "for", "the", "hn", "##oca", "data", "to", "identify", "primary", "reference", "cell", "types", "with", "increased", "presence", "in", "the", "screen", "(", "fig", ".", "4f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "analysis", "highlighted", "several", "reference", "cell", "clusters", "with", "significant", "abundance", "increase", "under", "certain", "screen", "conditions", "(", "fig", ".", "4g", ")", "such", "as", "lh", "##x6", "/", "ac", "##kr", "##3", "/", "mpp", "##ed", "##1", "tripl", "e", "-", "positive", "gabaergic", "neurons", "in", "the", "ventral", "telencephalon", "and", "dopaminergic", "neurons", "in", "ventral", "midbrain", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "in", "summary", ",", "the", "projection", "of", "the", "morph", "##ogen", "screen", "query", "data", "to", "hn", "##oca", "and", "primary", "reference", "allowed", "a", "refined", "annotation", "of", "the", "morph", "##ogen", "screen", "data", ",", "as", "well", "as", "a", "comprehensive", "and", "quantitative", "evaluation", "of", "the", "value", "of", "new", "differentiation", "protocols", "to", "generate", "neuronal", "cell", "types", "previously", "under", "-", "represented", "or", "lacking", "in", "neural", "organoids", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "next", "tested", "whether", "the", "integrated", "hn", "##oca", "can", "serve", "as", "a", "control", "cohort", "for", "assessing", "organ", "##oid", "models", "of", "neural", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "collected", "11", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "from", "10", "neural", "organ", "##oid", "disease", "models", "and", "their", "respective", "controls", "(", "microc", "##ep", "##hal", "##y", ",", "amyot", "rop", "##hic", "lateral", "sclerosis", ",", "alzheimer", "’", "s", "disease", ",", "autism", ",", "fragile", "-", "x", "syndrome", "(", "fxs", ")", ",", "schizophrenia", ",", "neuronal", "hetero", "##top", "##ia", ",", "pit", "##t", "–", "hopkins", "syndrome", ",", "myo", "##tonic", "dystrophy", "and", "glioblastoma", ")", "(", "fig", ".", "5a", ",", "extended", "data", "fig", ".", "10", "and", "supplementary", "table", "8", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "projected", "the", "data", "to", "the", "hn", "##oca", "and", "the", "primary", "reference", "atlas", "to", "transfer", "annotations", "(", "fig", ".", "5b", "–", "f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "found", "differences", "in", "cell", "type", "and", "brain", "regional", "composition", "between", "disease", "model", "organoids", "and", "their", "respective", ",", "study", "-", "specific", "control", "organoids", "for", "most", "studies", "(", "fig", ".", "5g", ",", "h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "differences", "might", "represent", "disease", "phenotypes", ",", "but", "could", "also", "be", "the", "consequence", "of", "cell", "line", "variability", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "it", "is", "therefore", "important", "to", "properly", "annotate", "the", "cell", "type", "and", "regional", "composition", "of", "disease", "and", "control", "organoids", "to", "identify", "disease", "phenotypes", ",", "particularly", "when", "analysing", "disease-associated", "transcriptomic", "alterations", "in", "a", "given", "cell", "type", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "developed", "a", "wk", "##nn", "-", "based", "strategy", "to", "generate", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", "for", "every", "cell", "in", "each", "disease", "model", "organ", "##oid", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "(", "fig", ".", "5", "##i", ")", ",", "and", "quantified", "their", "transcriptomic", "similarity", "(", "fig", ".", "5", "##j", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "dataset", "of", "glioblastoma", "organoids", "showed", "substantially", "lower", "similarity", "to", "their", "primary", "counterpart", "than", "the", "other", "disease", "models", "(", "fig", ".", "5", "##k", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "assess", "these", "transcriptomic", "differences", ",", "we", "performed", "de", "analysis", "between", "glioblastoma", "and", "matched", "control", "metac", "##ells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "focusing", "on", "the", "aqp4", "population", "(", "extended", "data", "fig", ".", "10", ")", ",", "we", "identified", "1", ",", "95", "##1", "degs", "in", "glioblastoma", "cells", "compared", "to", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", "(", "supplementary", "table", "9", ")", "and", "found", "increased", "expression", "of", "genes", "such", "as", "rbm", "##25", "(", "ref", ".", ")" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cal", "##d1", "(", "ref", ".", ")", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "hnrnp", "##u", "and", "sparc", "(", "fig", ".", "5", "##l", ")", ",", "all", "of", "which", "have", "been", "reported", "to", "be", "relevant", "to", "glioblastoma", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "next", ",", "we", "focused", "on", "the", "organ", "##oid", "model", "of", "fxs", ",", "in", "which", "npcs", "and", "neurons", "in", "the", "control", "organoids", "were", "of", "non", "-", "telencephal", "ic", "identities", "whereas", "the", "disease", "model", "organoids", "mainly", "contained", "telencephal", "ic", "cells", "(", "fig", ".", "5h", "and", "extended", "data", "fig", ".", "10", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "integrated", "hn", "##oca", "provides", "the", "opportunity", "to", "perform", "de", "analysis", "for", "fxs", "neocortical", "neurons", "with", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", ",", "which", "identified", "44", "##4", "degs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "degs", "higher", "expressed", "in", "fxs", "cells", "(", "122", "genes", ")", "were", "enriched", "for", "autism", "-", "associated", "genes", "annotate", "d", "in", "the", "simon", "##s", "foundation", "autism", "research", "initiative", "(", "sfa", "##ri", ")", "database", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "one", "such", "gene", ",", "chd", "##2", ",", "was", "reported", "in", "the", "original", "publication", "as", "a", "key", "regulator", "of", "fxs", "with", "increased", "protein", "level", ",", "but", "its", "expression", "change", "on", "messenger", "rna", "(", "mrna", ")", "level", "change", "could", "not", "be", "detected", "in", "a", "bulk", "rna", "-", "seq", "experiment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "also", "detected", "decreased", "expression", "of", "fmr1", ",", "whose", "loss", "-", "of", "-", "function", "mutation", "causes", "fxs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "new", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "of", "human", "neural", "organoids", "continue", "to", "be", "generated", ",", "and", "it", "will", "be", "important", "to", "continuously", "extend", "and", "update", "the", "hn", "##oca", "with", "this", "extra", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "therefore", "established", "a", "computational", "toolkit", "to", "project", "new", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "to", "the", "hn", "##oca", "(", "fig", ".", "6a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "demonstrate", "the", "use", "of", "the", "toolkit", "by", "incorporating", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "six", "more", "studies", "into", "the", "hn", "##oca", "(", "hn", "##oca", "-", "extended", ";", "fig", ".", "6b", "and", "supplementary", "table", "10", ")", ",", "using", "query", "-", "to", "-", "reference", "mapping", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "harmon", "##ized", "cell", "type", "annotations", "using", "wk", "##nn", "-", "based", "label", "transfer", ",", "and", "placed", "the", "cells", "in", "the", "context", "of", "the", "existing", "organ", "##oid", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "landscape", "as", "represented", "by", "the", "hn", "##oca", "(", "fig", ".", "6c", "–", "e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mapping", "further", "datasets", "to", "the", "hn", "##oca", "using", "our", "approach", "enhances", "the", "atlas", "by", "increasing", "its", "coverage", "over", "existing", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "and", "neural", "cell", "types", "generated", "in", "organoids", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "in", "this", "study", ",", "we", "address", "these", "challenges", "by", "combining", "36", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "covering", "numerous", "human", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "into", "an", "integrated", "transcriptomic", "cell", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "establish", "an", "analytical", "pipeline", "that", "allows", "for", "the", "comprehensive", "and", "quantitative", "comparison", "of", "the", "organ", "##oid", "atlas", "to", "reference", "atlas", "##es", "of", "the", "developing", "human", "brain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "harmon", "##ize", "annotations", "of", "cell", "populations", "in", "the", "primary", "and", "organ", "##oid", "systems", ",", "estimate", "the", "capacity", "and", "precision", "of", "different", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "to", "generate", "different", "brain", "regions", ",", "and", "identify", "primary", "cell", "populations", "that", "are", "under", "-", "represented", "in", "neural", "organoids", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "estimate", "transcriptomic", "fidelity", "of", "neurons", "in", "neural", "organoids", ",", "and", "identify", "previously", "described", "cell", "stress", "as", "a", "universal", "factor", "disting", "ui", "##sh", "##ing", "metabolic", "states", "of", "in", "vitro", "neurons", "from", "primary", "neurons", "without", "strongly", "affecting", "core", "identities", "of", "neuronal", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "we", "map", "the", "data", "of", "a", "neural", "organ", "##oid", "morph", "##ogen", "screen", "to", "the", "integrated", "atlas", "to", "assess", "regional", "specificity", "and", "generation", "of", "new", "states", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "also", "collect", "11", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "modelling", "10", "different", "neural", "diseases", ",", "and", "map", "the", "integrated", "data", "to", "the", "neural", "organ", "##oid", "atlas", "for", "cell", "type", "annotation", "and", "differential", "expression", "(", "de", ")", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "we", "show", "that", "the", "atlas", "can", "be", "expanded", "by", "projecting", "new", "data", "to", "the", "current", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "together", ",", "our", "work", "provides", "a", "rich", "resource", "and", "a", "new", "framework", "to", "assess", "the", "fidelity", "of", "neural", "organoids", ",", "characterize", "perturbed", "and", "diseased", "states", "and", "stream", "##line", "protocol", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "build", "a", "transcriptomic", "human", "neural", "organ", "##oid", "cell", "atlas", "(", "hn", "##oca", ")", ",", "we", "collected", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "and", "detailed", ",", "harmon", "##ized", "technical", "and", "biological", "metadata", "from", "36", "datasets", ",", "including", "34", "published", "and", "two", "as", "yet", "unpublished", "ones", "(", "supplementary", "table", "1", ")", ",", "accounting", "for", "1", ".", "77", "million", "cells", "after", "consistent", "preprocessing", "and", "quality", "control", "(", "fig", ".", "1a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "hn", "##oca", "represents", "cell", "types", "and", "states", "generated", "with", "26", "distinc", "t", "neural", "organ", "##oid", "differentiation", "protocols", ",", "including", "three", "ung", "##ui", "##ded", "and", "23", "guided", "ones", ",", "at", "time", "points", "ranging", "from", "7", "to", "450", "days", "(", "fig", ".", "1b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "remove", "batch", "effects", ",", "we", "implemented", "a", "three", "-", "step", "integration", "pipeline", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "we", "projected", "the", "hn", "##oca", "to", "a", "single", "-", "cell", "atlas", "of", "the", "developing", "human", "brain", "using", "reference", "similarity", "spectrum", "(", "rss", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "then", ",", "we", "developed", "snaps", "##eed", "(", "methods", ")", "to", "perform", "preliminary", "marker", "-", "based", "hierarchical", "cell", "type", "annotation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "last", ",", "we", "used", "scp", "##oli", "for", "label", "-", "aware", "data", "integration", "based", "on", "the", "snaps", "##eed", "annotations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "evaluation", "of", "different", "integration", "approaches", "using", "a", "previously", "established", "benchmark", "##ing", "pipeline", "showed", "that", "scp", "##oli", "had", "the", "best", "performance", "for", "these", "datasets", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "performed", "clustering", "on", "the", "basis", "of", "the", "scp", "##oli", "representation", "and", "annotate", "d", "clusters", "on", "the", "basis", "of", "canonical", "marker", "gene", "expression", ",", "organ", "##oid", "sample", "age", "and", "the", "auto", "-", "generated", "cell", "type", "labels", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "uniform", "manifold", "approximation", "and", "projection", "(", "um", "##ap", ")", "embedding", "highlighted", "three", "neuronal", "differentiation", "trajectories", "corresponding", "to", "dorsal", "telencephal", "ic", ",", "ventral", "telencephal", "ic", "and", "non", "-", "telencephal", "ic", "populations", "as", "well", "as", "trajectories", "leading", "from", "progenitors", "to", "glial", "cell", "types", "such", "as", "astrocytes", "and", "oligodendrocytes", "precursors", "(", "fig", ".", "1c", "–", "e", "and", "extended", "data", "fig", ".", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "from", "both", "ung", "##ui", "##ded", "and", "guided", "protocols", "were", "distributed", "across", "all", "trajectories", "(", "fig", ".", "1f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "elucidate", "the", "dynamics", "and", "transitions", "of", "cell", "states", "and", "types", ",", "we", "reconstructed", "a", "real", "-", "age", "-", "informed", "pseudo", "##time", "of", "hn", "##oca", "cells", "on", "the", "basis", "of", "neural", "optimal", "transport", "using", "mos", "##co", "##t", "(", "fig", ".", "1h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "focusing", "on", "the", "dorsal", "telencephal", "ic", "neural", "trajectory", ",", "we", "observed", "consistent", "pseudo", "##te", "##mp", "##oral", "expression", "profiles", "of", "marker", "genes", "such", "as", "sox2", "(", "neural", "progenitor", "cells", "(", "npcs", ")", ")", ",", "bcl", "##11", "##b", "(", "deeper", "layer", "cortical", "neurons", ")", "and", "sat", "##b2", "(", "upper", "layer", "cortical", "neurons", ")", "(", "fig", ".", "1i", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "further", "resolve", "heterogeneity", "among", "non", "-", "telencephal", "ic", "neurons", ",", "we", "performed", "subcl", "##uster", "##ing", "of", "this", "population", ",", "which", "revealed", "numerous", "neuronal", "populations", "characterized", "by", "distinc", "t", "marker", "gene", "expression", "(", "fig", ".", "1j", ",", "k", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "assess", "our", "cell", "type", "annotation", ",", "and", "more", "precisely", "annotate", "the", "heterogeneous", "non", "-", "telencephal", "ic", "neuronal", "populations", ",", "we", "compared", "the", "hn", "##oca", "to", "a", "recently", "published", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "atlas", "of", "the", "developing", "human", "brain", "(", "fig", ".", "2a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "applied", "sc", "##vi", "and", "scan", "##vi", "to", "the", "primary", "reference", "atlas", ",", "and", "used", "scarc", "##hes", "to", "project", "the", "hn", "##oca", "to", "the", "same", "latent", "space", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "shared", "latent", "space", "allowed", "us", "to", "reconstruct", "a", "bip", "##artite", "weighted", "k", "-", "nearest", "-", "neighbour", "(", "wk", "##nn", ")", "graph", "between", "cells", "in", "the", "hn", "##oca", "and", "the", "primary", "reference", "atlas", ",", "which", "was", "used", "to", "transfer", "the", "‘", "cell", "##class", "’", "and", "‘", "subreg", "##ion", "’", "labels", ",", "as", "well", "as", "the", "neurotransmitter", "transporter", "(", "nt", "##t", ")", "information", "of", "neuroblast", "##s", "and", "neurons", "to", "the", "hn", "##oca", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "transferred", "labels", "are", "strongly", "consistent", "with", "our", "assigned", "labels", "(", "extended", "data", "fig", ".", "3", ")", "and", "allowed", "us", "to", "refine", "the", "regional", "annotation", "of", "hn", "##oca", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", ",", "as", "well", "as", "the", "nt", "##t", "annotation", "of", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "neurons", "(", "fig", ".", "2b", ")", ",", "resulting", "in", "the", "final", "hierarchical", "hn", "##oca", "cell", "type", "annotation", "(", "extended", "data", "fig", ".", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "also", "sought", "to", "compare", "organ", "##oid", "cells", "to", "stages", "of", "human", "brain", "development", "beyond", "the", "first", "trimester", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "focusing", "on", "dorsal", "telencephalon", ",", "we", "compared", "the", "transcriptomic", "profile", "of", "hn", "##oca", "npcs", "and", "neurons", "with", "cells", "in", "a", "primary", "atlas", "of", "human", "cortex", "development", "spanning", "the", "first", "trimester", "to", "adolescence", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "we", "observed", "a", "transition", "from", "cell", "states", "observed", "in", "the", "first", "trimester", "to", "more", "mature", "states", "observed", "in", "the", "second", "-", "trimester", "cortex", "(", "fig", ".", "2c", ")", ",", "and", "did", "not", "detect", "substantial", "matching", "to", "later", "stages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "extended", "the", "comparison", "to", "other", "brain", "regions", "using", "two", "primary", "atlas", "##es", "representing", "the", "first", "and", "second", "trimester", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "confirmed", "increased", "similarity", "to", "second", "-", "trimester", "cell", "states", "in", "older", "organoids", "for", "other", "brain", "regions", "(", "extended", "data", "fig", ".", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "evaluated", "the", "capacity", "of", "each", "neural", "organ", "##oid", "protocol", "to", "generate", "neural", "cells", "of", "different", "brain", "regions", "(", "fig", ".", "2d", ",", "extended", "data", "figs", ".", "3", "and", "4", "and", "supplementary", "table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "datasets", "of", "ung", "##ui", "##ded", "neural", "organoids", "contain", "cells", "across", "all", "brain", "regions", "with", "proportions", "varying", "across", "datasets", ",", "indicating", "the", "capacity", "of", "ung", "##ui", "##ded", "protocols", "to", "generate", "many", "brain", "regions", "but", "with", "high", "variability", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "by", "contrast", ",", "datasets", "derived", "from", "guided", "organ", "##oid", "protocols", "are", "strongly", "enriched", "for", "cells", "of", "the", "targeted", "brain", "region", ",", "but", "often", "show", "an", "increased", "proportion", "of", "cells", "of", "the", "brain", "regions", "neighbouring", "the", "targeted", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "for", "example", ",", "several", "datasets", "derived", "from", "midbrain", "organ", "##oid", "protocols", "also", "show", "high", "proportions", "of", "hindbrain", "neurons", ",", "indicating", "an", "imprec", "##ision", "of", "morph", "##ogen", "guidance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "comprehensively", "evaluate", "how", "well", "organ", "##oid", "protocols", "represented", "by", "the", "hn", "##oca", "generate", "primary", "brain", "cell", "types", ",", "we", "estimated", "presence", "scores", "for", "every", "primary", "cell", "type", "in", "each", "hn", "##oca", "dataset", "(", "methods", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "large", "presence", "score", "indicates", "high", "frequency", "and", "likelihood", "that", "cells", "of", "a", "similar", "type", "are", "observed", "in", "the", "hn", "##oca", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "by", "normalizing", "the", "scores", "per", "organ", "##oid", "dataset", "(", "extended", "data", "fig", ".", "5", "and", "supplementary", "table", "3", ")", ",", "we", "obtained", "a", "metric", "to", "describe", "how", "well", "each", "primary", "cell", "type", "is", "represented", "in", "at", "least", "one", "hn", "##oca", "dataset", "(", "fig", ".", "2d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "analysis", "confirmed", "the", "absence", "of", "erythrocytes", ",", "immune", "cells", "and", "vascular", "endothelial", "cells", "in", "the", "hn", "##oca", ",", "all", "of", "which", "are", "derived", "from", "non", "-", "neuro", "##ect", "##odermal", "germ", "layers", "(", "fig", ".", "2e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "expected", ",", "telencephal", "ic", "cell", "types", "are", "most", "strongly", "represented", "in", "hn", "##oca", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "by", "contrast", ",", "cell", "types", "of", "the", "thalamus", ",", "midbrain", "and", "cerebellum", "are", "least", "represented", ",", "including", "thalamic", "reticular", "nucleus", "gabaergic", "neurons", ",", "dorsal", "midbrain", "m1", "-", "derived", "gabaergic", "neurons", "and", "m1", "/", "m2", "-", "derived", "glutamatergic", "neurons", ",", "and", "cerebellar", "purkinje", "cells", "(", "fig", ".", "2f", ",", "g", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "it", "is", "worth", "noting", "that", ",", "even", "though", "these", "cell", "types", "are", "less", "abundant", "in", "hn", "##oca", "datasets", "than", "in", "the", "primary", "atlas", ",", "certain", "organ", "##oid", "protocols", "can", "generate", "some", "of", "these", "under", "-", "represented", "cell", "types", "(", "for", "example", ",", "purkinje", "cells", "in", "posterior", "brain", "organ", "##oid", "protocols", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "next", "aimed", "to", "understand", "the", "transcriptomic", "similarities", "and", "differences", "between", "organoids", "generated", "by", "distinc", "t", "differentiation", "protocols", "as", "well", "as", "between", "organoids", "and", "primary", "brain", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "identified", "differentially", "expressed", "genes", "(", "degs", ")", ",", "comparing", "neural", "cell", "types", "in", "the", "hn", "##oca", "with", "their", "primary", "counterparts", "(", "fig", ".", "3a", "and", "supplementary", "table", "4", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "found", "that", "for", "most", "neural", "cell", "types", ",", "more", "than", "one", "-", "third", "(", "mean", "34", ".", "4", "%", ",", "standard", "deviation", "12", ".", "1", "%", ")", "of", "degs", "were", "shared", "across", "at", "least", "half", "of", "the", "protocols", "(", "protocol", "-", "common", "degs", ")", ",", "suggesting", "that", "many", "transcriptomic", "differences", "between", "organ", "##oid", "and", "primary", "cells", "were", "independent", "of", "organ", "##oid", "protocol", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "verified", "our", "results", "using", "an", "extra", "primary", "human", "cortex", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "(", "extended", "data", "fig", ".", "6", "and", "supplementary", "table", "5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "next", "assessed", "differential", "transcriptomic", "programmes", "that", "were", "shared", "across", "regional", "neural", "cell", "types", ",", "and", "identified", "a", "total", "of", "92", "##0", "ubiquitous", ",", "protocol", "-", "common", "degs", "(", "ud", "##eg", "##s", ")", "that", "were", "differentially", "expressed", "in", "at", "least", "14", "out", "of", "the", "16", "neural", "cell", "types", "(", "fig", ".", "3c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "ud", "##eg", "##s", "showed", "consistent", "fold", "changes", "(", "r", ">", "0", ".", "8", ")", "across", "neuron", "types", "and", "protocols", "(", "fig", ".", "3d", ")", ",", "and", "represent", "consistent", "molecular", "differences", "between", "neurons", "in", "organoids", "and", "those", "in", "primary", "tissues", "regardless", "of", "protocol", "or", "neuronal", "cell", "type", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "out", "of", "all", "92", "##0", "ud", "##eg", "##s", ",", "363", "genes", "were", "consistently", "upregulated", "and", "67", "##3", "genes", "were", "consistently", "downregulated", ",", "with", "only", "59", "genes", "(", "6", "%", ")", "inconsistent", "##ly", "differentially", "expressed", "across", "subtypes", "or", "protocols", "(", "fig", ".", "3e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "using", "gene", "ontology", "enrichment", "analysis", "on", "the", "ud", "##eg", "##s", ",", "we", "found", "downregulated", "ud", "##eg", "##s", "enriched", "in", "neurodevelopmental", "processes", "including", "neuron", "cell", "–", "cell", "adhesion", "and", "synapse", "organization", "(", "fig", ".", "3f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "upregulated", "ud", "##eg", "##s", "were", "enriched", "in", "many", "metabolism", "-", "associated", "terms", "including", "mitochondrial", "atp", "synthesis", "-", "coupled", "electron", "transport", "(", "electron", "transport", "in", "short", ")", "and", "canonical", "glyco", "lysis", "(", "fig", ".", "3f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "an", "enrichment", "of", "energy", "-", "associated", "pathways", "has", "previously", "been", "associated", "with", "metabolic", "changes", "caused", "by", "the", "limitations", "of", "current", "culture", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "also", ",", "the", "molecular", "signatures", "database", "gene", "set", "hallmark", "glyco", "lysis", "has", "previously", "been", "used", "to", "define", "metabolic", "states", "in", "neural", "organoids", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "scoring", "mitochondrial", "electron", "transport", ",", "canonical", "glyco", "lysis", "and", "hallmark", "glyco", "lysis", "gene", "sets", "across", "the", "hn", "##oca", "and", "the", "primary", "reference", "atlas", ",", "we", "found", "that", "all", "three", "terms", "showed", "significant", "separation", "of", "organ", "##oid", "and", "primary", "cells", "(", "fig", ".", "3g", ",", "h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "the", "datasets", "from", "refs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "and", "as", "representative", "examples", ",", "we", "identified", "a", "similar", "distribution", "of", "glyco", "lysis", "scores", "across", "all", "neural", "cell", "types", "with", "an", "overall", "increased", "score", "in", "organ", "##oid", "cells", "(", "extended", "data", "fig", ".", "7", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "focusing", "on", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", ",", "we", "compared", "the", "distribution", "of", "glyco", "lysis", "scores", "across", "organ", "##oid", "differentiation", "protocols", "and", "identified", "several", "protocol", "features", "that", "correlated", "with", "metabolic", "cell", "stress", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "instance", ",", "the", "usage", "of", "maturation", "media", ",", "slic", "##ing", "or", "cutting", "of", "organoids", "and", ",", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "shaking", "or", "spinning", "of", "organoids", "led", "to", "overall", "lower", "glyco", "lysis", "scores", "(", "fig", ".", "3h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mean", "glyco", "lysis", "score", "and", "transcriptomic", "similarity", "of", "organ", "##oid", "and", "primary", "reference", "cell", "types", "across", "differentiation", "protocols", "were", "negatively", "correlated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "correlation", "was", "significantly", "reduced", "when", "considering", "only", "variable", "transcription", "factors", ",", "indicating", "that", "the", "metabolic", "changes", "in", "organoids", "have", "limited", "impact", "on", "the", "core", "molecular", "identity", "of", "neuronal", "cell", "types", "(", "extended", "data", "fig", ".", "7", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "observation", "is", "consistent", "with", "previous", "studies", "of", "distinc", "t", "metabolic", "states", "of", "cells", "in", "neural", "organoids", "relative", "to", "the", "primary", "tissue", ",", "which", "were", "shown", "to", "not", "affect", "neuron", "fate", "specification", "and", "maturation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "next", ",", "we", "focused", "on", "the", "expression", "of", "366", "variable", "transcription", "factors", "to", "calculate", "the", "correlation", "between", "corresponding", "neuronal", "cell", "types", "in", "the", "hn", "##oca", "datasets", "and", "the", "primary", "reference", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "found", "that", "both", "guided", "and", "ung", "##ui", "##ded", "organ", "##oid", "differentiation", "protocols", "generated", "neuronal", "cell", "types", "with", "comparable", "similarity", "to", "the", "corresponding", "primary", "reference", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "however", ",", "we", "observed", "brain", "region", "-", "dependent", "differences", "in", "transcriptomic", "similarity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "example", ",", "organ", "##oid", "neurons", "from", "the", "dorsal", "parts", "of", "most", "brain", "regions", "showed", "higher", "similarity", "to", "their", "primary", "counterparts", "across", "organ", "##oid", "datasets", "than", "cell", "types", "derived", "from", "the", "ventral", "parts", "of", "most", "brain", "regions", "(", "fig", ".", "3i", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "identify", "molecular", "features", "other", "than", "metabolic", "state", "that", "decreased", "organ", "##oid", "fidelity", ",", "we", "incorporated", "dorsal", "telencephal", "ic", "glutamatergic", "neurons", "from", "four", "different", "primary", "developing", "human", "brain", "atlas", "##es", "as", "an", "integrated", "primary", "reference", ",", "and", "identified", "neuron", "subtype", "and", "maturation", "state", "heterogeneity", "(", "extended", "data", "fig", ".", "8", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "projection", "of", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", "in", "the", "hn", "##oca", "to", "the", "primary", "atlas", "##es", "revealed", "the", "corresponding", "heterogeneity", "in", "neural", "organoids", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "considering", "metabolic", "state", ",", "maturation", "state", "and", "cell", "subtype", "as", "covariates", "during", "de", "analysis", "significantly", "reduced", "the", "number", "of", "degs", ",", "supporting", "the", "idea", "that", "these", "are", "the", "major", "factors", "differentiating", "organ", "##oid", "and", "primary", "brain", "cells", "(", "extended", "data", "fig", ".", "8", "and", "supplementary", "table", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "observed", "enriched", "biological", "processes", "that", "included", "synaptic", "vesicle", "cycle", "and", "negative", "regulation", "of", "high", "voltage", "-", "gated", "calcium", "channel", "activity", "(", "extended", "data", "fig", ".", "8", ")", ",", "suggesting", "that", "organoids", "are", "deficient", "in", "these", "processes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "of", "note", ",", "these", "differences", "are", "observed", "across", "organ", "##oid", "protocols", ",", "and", "highlight", "areas", "of", "consistent", "transcriptomic", "divergence", "between", "in", "vitro", "and", "primary", "counterparts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "the", "hn", "##oca", ",", "as", "well", "as", "the", "analytical", "pipeline", "we", "established", ",", "provides", "a", "framework", "to", "query", "new", "neural", "organ", "##oid", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "not", "included", "in", "the", "hn", "##oca", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "show", "##case", "this", "application", ",", "we", "retrieved", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "a", "recently", "published", "multiplexed", "neural", "organ", "##oid", "morph", "##ogen", "screen", "and", "projected", "them", "to", "the", "hn", "##oca", "and", "primary", "reference", "latent", "spaces", "(", "fig", ".", "4a", ",", "extended", "data", "fig", ".", "9", "and", "supplementary", "table", "7", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "transferred", "regional", "labels", "and", "found", "high", "consistency", "with", "the", "provided", "regional", "annotation", ",", "but", "with", "higher", "resolution", "within", "each", "of", "the", "broad", "brain", "sections", "of", "forebrain", ",", "midbrain", "and", "hindbrain", "(", "fig", ".", "4b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "transferred", "annotation", "therefore", "allowed", "a", "more", "comprehensive", "assessment", "of", "the", "effects", "of", "different", "morph", "##ogen", "conditions", "on", "generating", "neurons", "of", "different", "brain", "regions", "(", "fig", ".", "4c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "further", "calculated", "presence", "scores", "for", "reference", "cells", "in", "each", "screen", "condition", "and", "compared", "the", "data", "of", "the", "different", "screen", "conditions", "with", "the", "36", "hn", "##oca", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "hierarchical", "clustering", "on", "average", "presence", "scores", "revealed", "distinc", "t", "presence", "score", "profiles", "for", "many", "screen", "conditions", "(", "fig", ".", "4d", ")", ",", "suggesting", "regional", "cell", "type", "composition", "distinc", "t", "from", "the", "hn", "##oca", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "we", "summarized", "the", "max", "presence", "scores", "for", "the", "whole", "morph", "##ogen", "screen", "data", "(", "fig", ".", "4e", ")", ",", "and", "compared", "them", "to", "those", "for", "the", "hn", "##oca", "data", "to", "identify", "primary", "reference", "cell", "types", "with", "increased", "presence", "in", "the", "screen", "(", "fig", ".", "4f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "analysis", "highlighted", "several", "reference", "cell", "clusters", "with", "significant", "abundance", "increase", "under", "certain", "screen", "conditions", "(", "fig", ".", "4g", ")", "such", "as", "lh", "##x6", "/", "ac", "##kr", "##3", "/", "mpp", "##ed", "##1", "tripl", "e", "-", "positive", "gabaergic", "neurons", "in", "the", "ventral", "telencephalon", "and", "dopaminergic", "neurons", "in", "ventral", "midbrain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "in", "summary", ",", "the", "projection", "of", "the", "morph", "##ogen", "screen", "query", "data", "to", "hn", "##oca", "and", "primary", "reference", "allowed", "a", "refined", "annotation", "of", "the", "morph", "##ogen", "screen", "data", ",", "as", "well", "as", "a", "comprehensive", "and", "quantitative", "evaluation", "of", "the", "value", "of", "new", "differentiation", "protocols", "to", "generate", "neuronal", "cell", "types", "previously", "under", "-", "represented", "or", "lacking", "in", "neural", "organoids", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "next", "tested", "whether", "the", "integrated", "hn", "##oca", "can", "serve", "as", "a", "control", "cohort", "for", "assessing", "organ", "##oid", "models", "of", "neural", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "collected", "11", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "from", "10", "neural", "organ", "##oid", "disease", "models", "and", "their", "respective", "controls", "(", "microc", "##ep", "##hal", "##y", ",", "amyot", "rop", "##hic", "lateral", "sclerosis", ",", "alzheimer", "’", "s", "disease", ",", "autism", ",", "fragile", "-", "x", "syndrome", "(", "fxs", ")", ",", "schizophrenia", ",", "neuronal", "hetero", "##top", "##ia", ",", "pit", "##t", "–", "hopkins", "syndrome", ",", "myo", "##tonic", "dystrophy", "and", "glioblastoma", ")", "(", "fig", ".", "5a", ",", "extended", "data", "fig", ".", "10", "and", "supplementary", "table", "8", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "projected", "the", "data", "to", "the", "hn", "##oca", "and", "the", "primary", "reference", "atlas", "to", "transfer", "annotations", "(", "fig", ".", "5b", "–", "f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "found", "differences", "in", "cell", "type", "and", "brain", "regional", "composition", "between", "disease", "model", "organoids", "and", "their", "respective", ",", "study", "-", "specific", "control", "organoids", "for", "most", "studies", "(", "fig", ".", "5g", ",", "h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "differences", "might", "represent", "disease", "phenotypes", ",", "but", "could", "also", "be", "the", "consequence", "of", "cell", "line", "variability", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "it", "is", "therefore", "important", "to", "properly", "annotate", "the", "cell", "type", "and", "regional", "composition", "of", "disease", "and", "control", "organoids", "to", "identify", "disease", "phenotypes", ",", "particularly", "when", "analysing", "disease-associated", "transcriptomic", "alterations", "in", "a", "given", "cell", "type", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "developed", "a", "wk", "##nn", "-", "based", "strategy", "to", "generate", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", "for", "every", "cell", "in", "each", "disease", "model", "organ", "##oid", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "(", "fig", ".", "5", "##i", ")", ",", "and", "quantified", "their", "transcriptomic", "similarity", "(", "fig", ".", "5", "##j", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "dataset", "of", "glioblastoma", "organoids", "showed", "substantially", "lower", "similarity", "to", "their", "primary", "counterpart", "than", "the", "other", "disease", "models", "(", "fig", ".", "5", "##k", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "assess", "these", "transcriptomic", "differences", ",", "we", "performed", "de", "analysis", "between", "glioblastoma", "and", "matched", "control", "metac", "##ells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "focusing", "on", "the", "aqp4", "population", "(", "extended", "data", "fig", ".", "10", ")", ",", "we", "identified", "1", ",", "95", "##1", "degs", "in", "glioblastoma", "cells", "compared", "to", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", "(", "supplementary", "table", "9", ")", "and", "found", "increased", "expression", "of", "genes", "such", "as", "rbm", "##25", "(", "ref", ".", ")" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cal", "##d1", "(", "ref", ".", ")", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "hnrnp", "##u", "and", "sparc", "(", "fig", ".", "5", "##l", ")", ",", "all", "of", "which", "have", "been", "reported", "to", "be", "relevant", "to", "glioblastoma", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "next", ",", "we", "focused", "on", "the", "organ", "##oid", "model", "of", "fxs", ",", "in", "which", "npcs", "and", "neurons", "in", "the", "control", "organoids", "were", "of", "non", "-", "telencephal", "ic", "identities", "whereas", "the", "disease", "model", "organoids", "mainly", "contained", "telencephal", "ic", "cells", "(", "fig", ".", "5h", "and", "extended", "data", "fig", ".", "10", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "integrated", "hn", "##oca", "provides", "the", "opportunity", "to", "perform", "de", "analysis", "for", "fxs", "neocortical", "neurons", "with", "matched", "hn", "##oca", "metac", "##ells", ",", "which", "identified", "44", "##4", "degs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "degs", "higher", "expressed", "in", "fxs", "cells", "(", "122", "genes", ")", "were", "enriched", "for", "autism", "-", "associated", "genes", "annotate", "d", "in", "the", "simon", "##s", "foundation", "autism", "research", "initiative", "(", "sfa", "##ri", ")", "database", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "one", "such", "gene", ",", "chd", "##2", ",", "was", "reported", "in", "the", "original", "publication", "as", "a", "key", "regulator", "of", "fxs", "with", "increased", "protein", "level", ",", "but", "its", "expression", "change", "on", "messenger", "rna", "(", "mrna", ")", "level", "change", "could", "not", "be", "detected", "in", "a", "bulk", "rna", "-", "seq", "experiment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "also", "detected", "decreased", "expression", "of", "fmr1", ",", "whose", "loss", "-", "of", "-", "function", "mutation", "causes", "fxs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "new", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "of", "human", "neural", "organoids", "continue", "to", "be", "generated", ",", "and", "it", "will", "be", "important", "to", "continuously", "extend", "and", "update", "the", "hn", "##oca", "with", "this", "extra", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "therefore", "established", "a", "computational", "toolkit", "to", "project", "new", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "to", "the", "hn", "##oca", "(", "fig", ".", "6a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "demonstrate", "the", "use", "of", "the", "toolkit", "by", "incorporating", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "six", "more", "studies", "into", "the", "hn", "##oca", "(", "hn", "##oca", "-", "extended", ";", "fig", ".", "6b", "and", "supplementary", "table", "10", ")", ",", "using", "query", "-", "to", "-", "reference", "mapping", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "harmon", "##ized", "cell", "type", "annotations", "using", "wk", "##nn", "-", "based", "label", "transfer", ",", "and", "placed", "the", "cells", "in", "the", "context", "of", "the", "existing", "organ", "##oid", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "landscape", "as", "represented", "by", "the", "hn", "##oca", "(", "fig", ".", "6c", "–", "e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mapping", "further", "datasets", "to", "the", "hn", "##oca", "using", "our", "approach", "enhances", "the", "atlas", "by", "increasing", "its", "coverage", "over", "existing", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "and", "neural", "cell", "types", "generated", "in", "organoids", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]