OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "in", "this", "study", ",", "we", "built", "a", "large", "-", "scale", "integrated", "cell", "atlas", "of", "human", "neural", "organoids", ",", "the", "hn", "##oca", ",", "by", "integrating", "1", ".", "8", "million", "cells", "spanning", "36", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "generated", "by", "15", "different", "laboratories", "worldwide", "using", "26", "different", "differentiation", "protocols", "as", "well", "as", "diverse", "scr", "##na", "-", "seq", "technologies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "resulting", "atlas", "revealed", "the", "high", "complexity", "of", "neuronal", ",", "glial", "and", "non", "-", "neural", "cell", "types", "that", "can", "develop", "in", "neural", "organoids", "grown", "under", "existing", "protocol", "conditions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mapping", "the", "hn", "##oca", "data", "to", "various", "human", "developing", "brain", "cell", "reference", "atlas", "##es", "allowed", "comprehensive", "evaluation", "of", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "to", "generate", "cell", "types", "of", "different", "brain", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "we", "found", "that", "organoids", "in", "the", "first", "3", "months", "of", "culture", "best", "match", "to", "first", "-", "trimester", "primary", "data", ",", "whereas", "organoids", "around", "3", "months", "of", "culture", "and", "older", "best", "match", "second", "-", "trimester", "primary", "cell", "states", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "did", "not", "observe", "significant", "neuronal", "maturation", "and", "diversification", "signatures", "matching", "older", "developmental", "stages", ",", "suggesting", "a", "limitation", "of", "neuronal", "maturation", "in", "current", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "performed", "de", "analysis", "between", "organ", "##oid", "neuron", "types", "and", "their", "primary", "counterparts", "to", "evaluate", "transcriptomic", "fidelity", ",", "and", "identified", "metabolic", "changes", "related", "to", "the", "glyco", "lysis", "pathway", "as", "a", "main", "factor", "that", "disting", "ui", "##sh", "##es", "organ", "##oid", "and", "primary", "cell", "states", ",", "consistent", "with", "previous", "reports", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "despite", "the", "negative", "effects", "of", "metabolic", "stress", "on", "overall", "transcriptomic", "fidelity", ",", "the", "molecular", "identity", "of", "regional", "cell", "types", "is", "maintained", "as", "evidenced", "by", "transcription", "factor", "coexpression", "patterns", "that", "are", "highly", "consistent", "with", "primary", "counterparts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "show", "##case", "##d", "the", "mapping", "of", "query", "data", ",", "a", "recently", "published", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "neural", "organ", "##oid", "morph", "##ogen", "screen", ",", "to", "the", "hn", "##oca", "and", "the", "primary", "reference", ",", "which", "enabled", "a", "refined", "cell", "type", "annotation", ",", "as", "well", "as", "a", "compositional", "comparison", "with", "existing", "neural", "organ", "##oid", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "powerful", "framework", "will", "facilitate", "quantitative", "and", "comparative", "analysis", "of", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "of", "human", "neural", "organoids", ",", "and", "for", "the", "benchmark", "##ing", "of", "new", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "consistent", "with", "earlier", "reports", ",", "we", "find", "that", "ung", "##ui", "##ded", "protocols", "generate", "neural", "cells", "with", "high", "brain", "regional", "variability", ",", "which", "is", "useful", "when", "studying", "broader", "fate", "determination", "during", "neurodevelop", "##ment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "guided", "protocols", "resulted", "in", "a", "strong", "enrichment", "of", "the", "targeted", "brain", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "also", "note", "that", "some", "guided", "protocols", ",", "particularly", "those", "targeting", "midbrain", ",", "show", "relatively", "low", "specificity", "and", "generate", "neural", "cells", "from", "the", "nearby", "brain", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "this", "issue", "may", "be", "due", "to", "a", "differential", "response", "of", "neural", "stem", "cells", "in", "the", "organ", "##oid", "to", "the", "same", "morph", "##ogen", "cue", ",", "or", "to", "the", "lack", "of", "a", "full", "understanding", "of", "the", "timing", ",", "concentration", "and", "combinations", "of", "morph", "##ogens", "required", "to", "precisely", "define", "cells", "of", "the", "deeper", "regions", "in", "the", "central", "nervous", "system", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "demonstrate", "how", "the", "hn", "##oca", "can", "be", "extended", "and", "updated", "by", "projecting", "extra", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "data", "of", "neural", "organoids", "to", "the", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "further", ",", "we", "have", "developed", "a", "computational", "toolkit", ",", "hn", "##oca", "-", "tools", ",", "which", "will", "enable", "other", "researchers", "to", "recapitulate", "the", "analytic", "framework", "applied", "in", "our", "study", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "together", ",", "we", "imagine", "that", "the", "hn", "##oca", "will", "be", "kept", "up", "to", "date", "and", "continue", "to", "reflect", "the", "landscape", "of", "human", "neural", "cell", "states", "generated", "in", "organoids", "in", "vitro", ",", "serving", "as", "a", "living", "resource", "for", "the", "neural", "organ", "##oid", "community", "that", "enables", "the", "assessment", "of", "organ", "##oid", "fidelity", ",", "the", "characterization", "of", "perturbed", "and", "diseased", "states", "and", "the", "development", "of", "new", "protocols", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "included", "33", "human", "neural", "organ", "##oid", "data", "from", "a", "total", "of", "25", "publications", "plus", "three", "unpublished", "datasets", "in", "our", "atlas", "(", "supplementary", "table", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "curate", "d", "all", "neural", "organ", "##oid", "datasets", "used", "in", "this", "study", "through", "the", "sfa", "##ira", "framework", "(", "github", "dev", "branch", ",", "18", "april", "202", "##3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "this", ",", "we", "obtained", "scr", "##na", "-", "seq", "count", "matrices", "and", "associated", "metadata", "from", "the", "location", "provided", "in", "the", "data", "availability", "section", "for", "every", "included", "publication", "or", "directly", "from", "the", "authors", "in", "case", "of", "unpublished", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "harmon", "##ized", "metadata", "according", "to", "the", "sfa", "##ira", "standards", "(", "https", ":", "/", "/", "sfa", "##ira", ".", "read", "##the", "##do", "##cs", ".", "io", "/", "en", "/", "latest", "/", "adding", "_", "datasets", ".", "html", ")", "and", "manually", "curate", "d", "an", "extra", "metadata", "column", "organ", "##oid", "_", "age", "_", "days", ",", "which", "described", "the", "number", "of", "days", "the", "organ", "##oid", "had", "been", "in", "culture", "before", "collection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "snaps", "##eed", "is", "a", "scalable", "auto", "-", "annotation", "strategy", ",", "which", "annotate", "s", "cells", "on", "the", "basis", "of", "a", "provided", "hierarchy", "of", "cell", "types", "and", "the", "corresponding", "cell", "type", "markers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "it", "is", "based", "on", "enrichment", "of", "marker", "gene", "expression", "in", "cell", "clusters", "(", "high", "-", "resolution", "clustering", "is", "preferred", ")", ",", "and", "data", "integration", "is", "not", "necessarily", "required", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "in", "this", "study", ",", "we", "used", "snaps", "##eed", "to", "obtain", "initial", "annotations", "for", "label", "-", "aware", "integration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "we", "constructed", "a", "hierarchy", "of", "cell", "types", "including", "progenitor", ",", "neuron", "and", "non", "-", "neural", "types", ",", "each", "defined", "by", "a", "set", "of", "marker", "genes", "(", "supplementary", "data", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "we", "represented", "the", "data", "by", "the", "rss", "to", "average", "expression", "profiles", "of", "cell", "clusters", "in", "the", "recently", "published", "human", "developing", "brain", "cell", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "constructed", "a", "kn", "##n", "graph", "(", "k", "=", "30", ")", "in", "the", "rss", "space", "and", "clustered", "the", "dataset", "using", "the", "lei", "##den", "algorithm", "(", "resolution", "80", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "both", "steps", ",", "we", "used", "the", "graphical", "processing", "unit", "(", "gp", "##u", ")", "-", "accelerated", "rapid", "##s", "implementation", "that", "is", "provided", "through", "scan", "##py", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "compare", "our", "organ", "##oid", "atlas", "with", "data", "from", "the", "primary", "developing", "human", "brain", ",", "we", "used", "scarc", "##hes", "to", "project", "it", "to", "the", "above", "mentioned", "primary", "human", "brain", "scr", "##na", "-", "seq", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "first", "pret", "##ra", "##ined", "a", "sc", "##vi", "model", "on", "the", "primary", "atlas", "with", "‘", "donor", "’", "as", "the", "batch", "key", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "model", "was", "constructed", "with", "following", "parameters", ":", "n", "_", "latent", "=", "20", ",", "n", "_", "layers", "=", "2", ",", "n", "_", "hidden", "=", "256", ",", "use", "_", "layer", "_", "norm", "=", "‘", "both", "’", ",", "use", "_", "batch", "_", "norm", "=", "‘", "none", "’", ",", "encode", "_", "covariates", "=", "true", ",", "dropout", "_", "rate", "=", "0", ".", "2", "and", "trained", "with", "a", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "for", "a", "maximum", "or", "500", "epochs", "with", "early", "stopping", "criterion", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "the", "model", "was", "fine", "-", "tuned", "with", "scan", "##vi", "using", "‘", "subreg", "##ion", "’", "and", "‘", "cell", "##class", "’", "as", "cell", "type", "labels", "with", "a", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "for", "a", "maximum", "of", "100", "epochs", "with", "early", "stopping", "criterion", "and", "n", "_", "samples", "_", "per", "_", "label", "=", "100", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "project", "the", "organoids", "atlas", "to", "the", "primary", "atlas", ",", "we", "used", "the", "scarc", "##hes", "implementation", "provided", "by", "sc", "##vi", "-", "tools", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "query", "model", "was", "fine", "-", "tuned", "with", "a", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "for", "a", "maximum", "of", "100", "epochs", "with", "early", "stopping", "criterion", "and", "weight", "_", "decay", "=", "0", ".", "0", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "get", "the", "final", "regional", "labels", "for", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", ",", "as", "well", "as", "the", "nt", "##t", "labels", "for", "non", "-", "telencephal", "ic", "neurons", ",", "constraints", "were", "added", "to", "the", "transfer", "procedure", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "regional", "labels", ",", "only", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "regions", ",", "namely", "dien", "cephal", "##on", ",", "hypothalamus", ",", "thalamus", ",", "midbrain", ",", "midbrain", "dorsal", ",", "midbrain", "ventral", ",", "hindbrain", ",", "cerebellum", ",", "pons", "and", "medulla", ",", "were", "considered", "valid", "categories", "to", "be", "transferred", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "label", "-", "transfer", "procedure", "was", "only", "applied", "to", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "before", "any", "majority", "vo", "##ting", "was", "done", ",", "the", "support", "scores", "of", "each", "valid", "category", "across", "all", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "were", "smoothed", "with", "a", "random", "-", "walk", "-", "with", "-", "resta", "##rt", "procedure", "(", "resta", "##rt", "probability", "alpha", ",", "85", "%", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "a", "hierarchical", "label", "transfer", ",", "which", "takes", "into", "account", "the", "structure", "hierarchy", ",", "was", "applied", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "the", "considered", "regions", "were", "grouped", "into", "dien", "cephal", "##on", ",", "midbrain", "and", "hindbrain", ",", "with", "a", "support", "score", "of", "each", "structure", "as", "its", "score", "summed", "up", "with", "scores", "of", "its", "substruct", "##ures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "majority", "vo", "##ting", "was", "applied", "to", "assign", "each", "cell", "to", "one", "of", "the", "three", "structures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "a", "second", "majority", "vo", "##ting", "was", "applied", "to", "only", "consider", "the", "substruct", "##ures", "under", "the", "assigned", "structure", "(", "for", "example", ",", "hypothalamus", "and", "thalamus", "for", "dien", "cephal", "##on", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "for", "nt", "##t", "labels", ",", "we", "first", "identified", "valid", "region", "-", "nt", "##t", "label", "pairs", "in", "the", "reference", "on", "the", "basis", "of", "the", "provided", "nt", "##t", "labels", "in", "the", "reference", "neuroblast", "and", "neuron", "clusters", "and", "their", "most", "common", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "the", "most", "common", "regions", "were", "re", "-", "estimated", "in", "a", "hierarchical", "manner", "to", "the", "fine", "##st", "resolution", "mentioned", "above", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "when", "transferring", "nt", "##t", "labels", ",", "for", "each", "non", "-", "telencephal", "ic", "neuron", "with", "the", "regional", "label", "transferred", ",", "only", "nt", "##t", "labels", "that", "were", "considered", "valid", "for", "the", "region", "were", "considered", "during", "majority", "vo", "##ting", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "match", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "to", "developmental", "stages", ",", "we", "used", "the", "recently", "published", "human", "neocortical", "development", "atlas", "as", "the", "reference", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "processed", "single", "nucleus", "rna", "-", "seq", "data", "were", "obtained", "from", "its", "data", "portal", "(", "https", ":", "/", "/", "cell", ".", "ucs", "##f", ".", "edu", "/", "sn", "##mu", "##lt", "##io", "##me", "/", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "given", "the", "‘", "class", "’", ",", "‘", "subclass", "’", "and", "‘", "type", "’", "labels", "in", "the", "provided", "metadata", "as", "annotations", ",", "and", "‘", "individual", "’", "as", "the", "batch", "label", ",", "scp", "##oli", "was", "applied", "for", "label", "-", "aware", "data", "integration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "data", "representing", "different", "developmental", "stages", "were", "split", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "stage", ",", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "based", "on", "the", "scp", "##oli", "latent", "representation", "(", "resolution", ",", "5", ")", "was", "applied", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "clusters", "of", "all", "stages", "were", "pooled", ",", "and", "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "on", "the", "basis", "of", "coefficient", "of", "variations", "as", "described", "in", "this", "page", ":", "https", ":", "/", "/", "pk", "##lab", ".", "med", ".", "harvard", ".", "edu", "/", "sc", "##w", "##201", "##4", "/", "subpop", "_", "tut", "##orial", ".", "html", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "every", "one", "of", "hn", "##oca", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "were", "correlated", "to", "each", "cluster", "across", "the", "identified", "highly", "variable", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "stage", "label", "of", "the", "best", "-", "correlated", "cluster", "was", "assigned", "to", "the", "query", "hn", "##oca", "cell", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "extend", "the", "analysis", "to", "other", "neuronal", "cell", "types", ",", "the", "second", "-", "trimester", "multiple", "-", "region", "human", "brain", "atlas", "was", "also", "introduced", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "processed", "count", "matrices", "and", "metadata", "were", "obtained", "from", "the", "nem", "##o", "data", "portal", "(", "https", ":", "/", "/", "data", ".", "nem", "##oar", "##chi", "##ve", ".", "org", "/", "bic", "##cn", "/", "grant", "/", "u01", "_", "dev", "##hu", "/", "kr", "##ie", "##gs", "##tein", "/", "transcriptome", "/", "sce", "##ll", "/", "10x", "_", "v2", "/", "human", "/", "processed", "/", "counts", "/", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "given", "the", "‘", "cell", "_", "type", "’", "label", "of", "the", "provided", "metadata", "as", "the", "annotation", "and", "‘", "individual", "’", "as", "the", "batch", "label", ",", "scp", "##oli", "was", "run", "for", "label", "-", "aware", "data", "integration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "was", "applied", "to", "the", "scp", "##oli", "latent", "representation", "to", "identify", "clusters", "(", "resolution", ",", "20", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similarly", ",", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "with", "a", "resolution", "of", "20", "was", "also", "applied", "to", "the", "first", "-", "trimester", "multiple", "-", "region", "human", "brain", "atlas", "on", "the", "basis", "of", "the", "scan", "##vi", "latent", "representation", "we", "generated", "earlier", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "average", "expression", "profiles", "were", "calculated", "for", "all", "the", "clusters", ",", "and", "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "using", "the", "same", "procedure", "as", "above", "for", "clusters", "of", "the", "two", "primary", "atlas", "##es", "combined", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "every", "npc", "and", "neuron", "in", "hn", "##oca", "was", "correlated", "to", "the", "average", "expression", "profiles", "of", "those", "clusters", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "best", "-", "correlated", "first", "-", "and", "second", "-", "trimester", "clusters", ",", "as", "well", "as", "the", "correlations", ",", "were", "identified", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "differences", "between", "the", "two", "correlations", "were", "used", "as", "the", "metrics", "to", "indicate", "the", "stage", "-", "matching", "preferences", "of", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "given", "a", "reference", "dataset", "and", "a", "query", "dataset", ",", "the", "presence", "score", "is", "a", "score", "assigned", "to", "each", "cell", "in", "the", "reference", ",", "which", "describes", "the", "frequency", "or", "likelihood", "of", "the", "cell", "type", "or", "state", "of", "that", "reference", "cell", "appearing", "in", "the", "query", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "this", "study", ",", "we", "calculated", "the", "presence", "scores", "of", "primary", "atlas", "cells", "in", "each", "hn", "##oca", "dataset", "to", "quantify", "how", "frequently", "we", "saw", "a", "cell", "type", "or", "state", "represented", "by", "each", "primary", "cell", "in", "each", "of", "the", "hn", "##oca", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "test", "the", "cell", "type", "compositional", "changes", "on", "admission", "of", "certain", "morph", "##ogens", "from", "different", "organ", "##oid", "differentiation", "protocols", ",", "we", "used", "the", "pert", "##py", "implementation", "of", "the", "scc", "##oda", "algorithm", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "scc", "##oda", "is", "a", "bayesian", "model", "for", "detecting", "compositional", "changes", "in", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "this", ",", "we", "have", "extracted", "the", "information", "about", "the", "added", "morph", "##ogens", "from", "each", "differentiation", "protocol", "and", "grouped", "them", "into", "15", "broad", "molecule", "groups", "on", "the", "basis", "of", "their", "role", "in", "neural", "differentiation", "(", "supplementary", "table", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "molecule", "groups", "were", "used", "as", "a", "covariate", "in", "the", "model", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "region", "labels", "transferred", "from", "the", "primary", "atlas", "were", "used", "as", "labels", "in", "the", "analysis", "(", "cell", "_", "type", "_", "identifier", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "cell", "types", "without", "regional", "identity", ",", "the", "cell", "type", "labels", "presented", "in", "fig", ".", "1c", "were", "used", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pluripotent", "stem", "cells", "and", "neuro", "##epith", "##elium", "cells", "were", "removed", "from", "the", "analysis", "because", "they", "are", "mainly", "present", "in", "the", "early", "organ", "##oid", "stages", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "bio", "_", "sample", "as", "the", "sample", "_", "identifier", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "ran", "scc", "##oda", "sequentially", "with", "default", "parameters", ",", "using", "no", "-", "u", "-", "turn", "sampling", "(", "run", "_", "nut", "##s", "function", ")", "and", "selecting", "each", "cell", "type", "once", "as", "a", "reference", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "a", "majority", "vo", "##te", "-", "based", "system", "to", "find", "the", "cell", "types", "that", "were", "cred", "##ibly", "changing", "in", "more", "than", "half", "of", "the", "iterations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "study", "the", "transcriptomic", "differences", "between", "organ", "##oid", "and", "primary", "cells", ",", "we", "subset", "hn", "##oca", "using", "the", "final", "level", "1", "annotation", "to", "cells", "labelled", "‘", "neuron", "’", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "we", "furthermore", "subset", "the", "human", "developing", "brain", "atlas", "to", "cells", "that", "had", "been", "assigned", "a", "valid", "label", "in", "the", "neuron", "_", "nt", "##t", "_", "label", "annotation", "column", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "added", "an", "extra", "two", "datasets", "of", "fetal", "cortical", "cells", "from", "ref", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "and", "ref", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "the", "data", "from", "ref", ".", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "subset", "the", "data", "to", "cells", "labelled", "‘", "fetal", "’", "and", "estimated", "transcripts", "per", "million", "reads", "for", "each", "gene", "in", "each", "cell", "using", "rs", "##em", "given", "the", "star", "mapping", "results", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "computed", "a", "pca", ",", "a", "kn", "##n", "graph", ",", "um", "##ap", "and", "lei", "##den", "clustering", "(", "resolution", "0", ".", "2", ")", "using", "scan", "##py", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "selected", "the", "cluster", "with", "the", "highest", "stm", "##n2", "and", "neuro", "##d", "##6", "expression", "as", "the", "cortical", "neuron", "cluster", "and", "used", "only", "those", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "for", "the", "data", "from", "ref", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "subset", "the", "datasets", "to", "cells", "annotate", "d", "as", "‘", "neuronal", "’", "in", "supplementary", "table", "5", "(", "‘", "cortex", "annotations", "’", ")", "of", "their", "publication", "and", "computed", "a", "pca", ",", "neighbourhood", "graph", "and", "um", "##ap", "to", "visualize", "the", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "found", "that", "only", "samples", "from", "the", "individuals", "cs", "##14", "_", "3", ",", "cs", "##20", ",", "cs", "##22", "and", "cs", "##20", "contained", "detectable", "expression", "of", "stm", "##n2", "and", "neuro", "##d", "##6", "so", "we", "subset", "the", "dataset", "further", "to", "only", "cells", "from", "those", "individuals", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "compute", "de", "between", "hn", "##oca", "cells", "and", "their", "primary", "counterparts", ",", "we", "first", "aggregated", "cells", "of", "the", "same", "regional", "neural", "cell", "type", "into", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "samples", "by", "summing", "the", "counts", "for", "every", "sample", "(", "annotation", "columns", ",", "‘", "batch", "’", "for", "hn", "##oca", ";", "‘", "sample", "##id", "’", "for", "the", "human", "developing", "brain", "atlas", ";", "‘", "sample", "’", "for", "ref", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "and", "‘", "individual", "’", "for", "ref", ".", ")" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "the", "python", "implementation", "of", "decou", "##pler", "(", "v", ".", "1", ".", "4", ".", "0", ")", "while", "disc", "##arding", "any", "samples", "with", "fewer", "than", "ten", "cells", "or", "1", ",", "000", "total", "counts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "subset", "##ted", "the", "feature", "space", "to", "the", "intersection", "of", "features", "of", "all", "datasets", "and", "removed", "any", "cells", "with", "fewer", "than", "200", "genes", "expressed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "further", "removed", "any", "genes", "expressed", "in", "less", "than", "1", "%", "of", "neurons", "in", "hn", "##oca", "and", "any", "genes", "located", "on", "the", "x", "and", "y", "chromosomes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "out", "of", "the", "remaining", "11", ",", "63", "##6", "genes", ",", "on", "average", ",", "99", "%", "were", "reported", "in", "each", "of", "the", "constituent", "hn", "##oca", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "regional", "neural", "cell", "type", ",", "we", "removed", "any", "sample", "from", "the", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "data", "that", "was", "associated", "with", "an", "organ", "##oid", "differentiation", "assay", "with", "fewer", "than", "two", "total", "samples", "or", "fewer", "than", "100", "total", "cells", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "we", "next", "used", "edge", "##r", "to", "iteratively", "compute", "de", "genes", "between", "each", "organ", "##oid", "differentiation", "protocol", "and", "primary", "cells", "of", "the", "matching", "regional", "neural", "cell", "types", "for", "every", "regional", "neural", "cell", "type", "while", "correcting", "for", "organ", "##oid", "age", "in", "days", ",", "number", "of", "cells", "per", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "sample", ",", "median", "and", "standard", "deviation", "of", "the", "number", "of", "detected", "genes", "per", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "sample", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "the", "data", "from", "ref", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "human", "developing", "brain", "atlas", "mentioned", "above", ")", ",", "ref", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "and", "ref", "." ]	[ "O", "O", "O" ]
[ "as", "primary", "data", "for", "the", "de", "comparison", "in", "the", "cell", "type", "‘", "dorsal", "telencephal", "ic", "neuron", "nt", "-", "vglut", "’", ",", "whereas", "for", "all", "other", "cell", "types", "we", "used", "the", "human", "developing", "brain", "atlas", "as", "the", "fetal", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "the", "edge", "##r", "gene", "##wise", "negative", "binomial", "generalized", "linear", "model", "with", "quasi", "-", "likelihood", "f", "-", "tests", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "deemed", "a", "gene", "significantly", "de", "if", "its", "false", "-", "discovery", "rate", "(", "benjamini", "–", "hochberg", ")", "corrected", "p", "value", "was", "smaller", "than", "0", ".", "05", "and", "it", "had", "an", "absolute", "log", "2", "-", "fold", "change", "above", "0", ".", "5", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "the", "gsea", "##py", "python", "package", "to", "carry", "out", "functional", "enrichment", "analysis", "in", "our", "de", "results", "using", "the", "‘", "go", "_", "biological", "_", "process", "_", "202", "##1", "’", "gene", "set", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "evaluate", "the", "effect", "of", "different", "primary", "datasets", "on", "the", "de", "results", ",", "we", "computed", "the", "de", "between", "dorsal", "telencephal", "ic", "neuron", "nt", "-", "vglut", "from", "the", "hn", "##oca", "subset", "generated", "with", "the", "protocol", "from", "ref", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "in", "this", "study", ",", "we", "built", "a", "large", "-", "scale", "integrated", "cell", "atlas", "of", "human", "neural", "organoids", ",", "the", "hn", "##oca", ",", "by", "integrating", "1", ".", "8", "million", "cells", "spanning", "36", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "generated", "by", "15", "different", "laboratories", "worldwide", "using", "26", "different", "differentiation", "protocols", "as", "well", "as", "diverse", "scr", "##na", "-", "seq", "technologies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "resulting", "atlas", "revealed", "the", "high", "complexity", "of", "neuronal", ",", "glial", "and", "non", "-", "neural", "cell", "types", "that", "can", "develop", "in", "neural", "organoids", "grown", "under", "existing", "protocol", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mapping", "the", "hn", "##oca", "data", "to", "various", "human", "developing", "brain", "cell", "reference", "atlas", "##es", "allowed", "comprehensive", "evaluation", "of", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "to", "generate", "cell", "types", "of", "different", "brain", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "we", "found", "that", "organoids", "in", "the", "first", "3", "months", "of", "culture", "best", "match", "to", "first", "-", "trimester", "primary", "data", ",", "whereas", "organoids", "around", "3", "months", "of", "culture", "and", "older", "best", "match", "second", "-", "trimester", "primary", "cell", "states", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "did", "not", "observe", "significant", "neuronal", "maturation", "and", "diversification", "signatures", "matching", "older", "developmental", "stages", ",", "suggesting", "a", "limitation", "of", "neuronal", "maturation", "in", "current", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "performed", "de", "analysis", "between", "organ", "##oid", "neuron", "types", "and", "their", "primary", "counterparts", "to", "evaluate", "transcriptomic", "fidelity", ",", "and", "identified", "metabolic", "changes", "related", "to", "the", "glyco", "lysis", "pathway", "as", "a", "main", "factor", "that", "disting", "ui", "##sh", "##es", "organ", "##oid", "and", "primary", "cell", "states", ",", "consistent", "with", "previous", "reports", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "despite", "the", "negative", "effects", "of", "metabolic", "stress", "on", "overall", "transcriptomic", "fidelity", ",", "the", "molecular", "identity", "of", "regional", "cell", "types", "is", "maintained", "as", "evidenced", "by", "transcription", "factor", "coexpression", "patterns", "that", "are", "highly", "consistent", "with", "primary", "counterparts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "show", "##case", "##d", "the", "mapping", "of", "query", "data", ",", "a", "recently", "published", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "neural", "organ", "##oid", "morph", "##ogen", "screen", ",", "to", "the", "hn", "##oca", "and", "the", "primary", "reference", ",", "which", "enabled", "a", "refined", "cell", "type", "annotation", ",", "as", "well", "as", "a", "compositional", "comparison", "with", "existing", "neural", "organ", "##oid", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "powerful", "framework", "will", "facilitate", "quantitative", "and", "comparative", "analysis", "of", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "of", "human", "neural", "organoids", ",", "and", "for", "the", "benchmark", "##ing", "of", "new", "neural", "organ", "##oid", "protocols", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "consistent", "with", "earlier", "reports", ",", "we", "find", "that", "ung", "##ui", "##ded", "protocols", "generate", "neural", "cells", "with", "high", "brain", "regional", "variability", ",", "which", "is", "useful", "when", "studying", "broader", "fate", "determination", "during", "neurodevelop", "##ment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "guided", "protocols", "resulted", "in", "a", "strong", "enrichment", "of", "the", "targeted", "brain", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "also", "note", "that", "some", "guided", "protocols", ",", "particularly", "those", "targeting", "midbrain", ",", "show", "relatively", "low", "specificity", "and", "generate", "neural", "cells", "from", "the", "nearby", "brain", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "this", "issue", "may", "be", "due", "to", "a", "differential", "response", "of", "neural", "stem", "cells", "in", "the", "organ", "##oid", "to", "the", "same", "morph", "##ogen", "cue", ",", "or", "to", "the", "lack", "of", "a", "full", "understanding", "of", "the", "timing", ",", "concentration", "and", "combinations", "of", "morph", "##ogens", "required", "to", "precisely", "define", "cells", "of", "the", "deeper", "regions", "in", "the", "central", "nervous", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "demonstrate", "how", "the", "hn", "##oca", "can", "be", "extended", "and", "updated", "by", "projecting", "extra", "single", "-", "cell", "transcriptomic", "data", "of", "neural", "organoids", "to", "the", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "further", ",", "we", "have", "developed", "a", "computational", "toolkit", ",", "hn", "##oca", "-", "tools", ",", "which", "will", "enable", "other", "researchers", "to", "recapitulate", "the", "analytic", "framework", "applied", "in", "our", "study", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "together", ",", "we", "imagine", "that", "the", "hn", "##oca", "will", "be", "kept", "up", "to", "date", "and", "continue", "to", "reflect", "the", "landscape", "of", "human", "neural", "cell", "states", "generated", "in", "organoids", "in", "vitro", ",", "serving", "as", "a", "living", "resource", "for", "the", "neural", "organ", "##oid", "community", "that", "enables", "the", "assessment", "of", "organ", "##oid", "fidelity", ",", "the", "characterization", "of", "perturbed", "and", "diseased", "states", "and", "the", "development", "of", "new", "protocols", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "included", "33", "human", "neural", "organ", "##oid", "data", "from", "a", "total", "of", "25", "publications", "plus", "three", "unpublished", "datasets", "in", "our", "atlas", "(", "supplementary", "table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "curate", "d", "all", "neural", "organ", "##oid", "datasets", "used", "in", "this", "study", "through", "the", "sfa", "##ira", "framework", "(", "github", "dev", "branch", ",", "18", "april", "202", "##3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "this", ",", "we", "obtained", "scr", "##na", "-", "seq", "count", "matrices", "and", "associated", "metadata", "from", "the", "location", "provided", "in", "the", "data", "availability", "section", "for", "every", "included", "publication", "or", "directly", "from", "the", "authors", "in", "case", "of", "unpublished", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "harmon", "##ized", "metadata", "according", "to", "the", "sfa", "##ira", "standards", "(", "https", ":", "/", "/", "sfa", "##ira", ".", "read", "##the", "##do", "##cs", ".", "io", "/", "en", "/", "latest", "/", "adding", "_", "datasets", ".", "html", ")", "and", "manually", "curate", "d", "an", "extra", "metadata", "column", "organ", "##oid", "_", "age", "_", "days", ",", "which", "described", "the", "number", "of", "days", "the", "organ", "##oid", "had", "been", "in", "culture", "before", "collection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "snaps", "##eed", "is", "a", "scalable", "auto", "-", "annotation", "strategy", ",", "which", "annotate", "s", "cells", "on", "the", "basis", "of", "a", "provided", "hierarchy", "of", "cell", "types", "and", "the", "corresponding", "cell", "type", "markers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "it", "is", "based", "on", "enrichment", "of", "marker", "gene", "expression", "in", "cell", "clusters", "(", "high", "-", "resolution", "clustering", "is", "preferred", ")", ",", "and", "data", "integration", "is", "not", "necessarily", "required", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "in", "this", "study", ",", "we", "used", "snaps", "##eed", "to", "obtain", "initial", "annotations", "for", "label", "-", "aware", "integration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "we", "constructed", "a", "hierarchy", "of", "cell", "types", "including", "progenitor", ",", "neuron", "and", "non", "-", "neural", "types", ",", "each", "defined", "by", "a", "set", "of", "marker", "genes", "(", "supplementary", "data", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "we", "represented", "the", "data", "by", "the", "rss", "to", "average", "expression", "profiles", "of", "cell", "clusters", "in", "the", "recently", "published", "human", "developing", "brain", "cell", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "constructed", "a", "kn", "##n", "graph", "(", "k", "=", "30", ")", "in", "the", "rss", "space", "and", "clustered", "the", "dataset", "using", "the", "lei", "##den", "algorithm", "(", "resolution", "80", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "both", "steps", ",", "we", "used", "the", "graphical", "processing", "unit", "(", "gp", "##u", ")", "-", "accelerated", "rapid", "##s", "implementation", "that", "is", "provided", "through", "scan", "##py", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "compare", "our", "organ", "##oid", "atlas", "with", "data", "from", "the", "primary", "developing", "human", "brain", ",", "we", "used", "scarc", "##hes", "to", "project", "it", "to", "the", "above", "mentioned", "primary", "human", "brain", "scr", "##na", "-", "seq", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "first", "pret", "##ra", "##ined", "a", "sc", "##vi", "model", "on", "the", "primary", "atlas", "with", "‘", "donor", "’", "as", "the", "batch", "key", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "model", "was", "constructed", "with", "following", "parameters", ":", "n", "_", "latent", "=", "20", ",", "n", "_", "layers", "=", "2", ",", "n", "_", "hidden", "=", "256", ",", "use", "_", "layer", "_", "norm", "=", "‘", "both", "’", ",", "use", "_", "batch", "_", "norm", "=", "‘", "none", "’", ",", "encode", "_", "covariates", "=", "true", ",", "dropout", "_", "rate", "=", "0", ".", "2", "and", "trained", "with", "a", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "for", "a", "maximum", "or", "500", "epochs", "with", "early", "stopping", "criterion", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "the", "model", "was", "fine", "-", "tuned", "with", "scan", "##vi", "using", "‘", "subreg", "##ion", "’", "and", "‘", "cell", "##class", "’", "as", "cell", "type", "labels", "with", "a", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "for", "a", "maximum", "of", "100", "epochs", "with", "early", "stopping", "criterion", "and", "n", "_", "samples", "_", "per", "_", "label", "=", "100", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "project", "the", "organoids", "atlas", "to", "the", "primary", "atlas", ",", "we", "used", "the", "scarc", "##hes", "implementation", "provided", "by", "sc", "##vi", "-", "tools", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "query", "model", "was", "fine", "-", "tuned", "with", "a", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "for", "a", "maximum", "of", "100", "epochs", "with", "early", "stopping", "criterion", "and", "weight", "_", "decay", "=", "0", ".", "0", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "get", "the", "final", "regional", "labels", "for", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", ",", "as", "well", "as", "the", "nt", "##t", "labels", "for", "non", "-", "telencephal", "ic", "neurons", ",", "constraints", "were", "added", "to", "the", "transfer", "procedure", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "regional", "labels", ",", "only", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "regions", ",", "namely", "dien", "cephal", "##on", ",", "hypothalamus", ",", "thalamus", ",", "midbrain", ",", "midbrain", "dorsal", ",", "midbrain", "ventral", ",", "hindbrain", ",", "cerebellum", ",", "pons", "and", "medulla", ",", "were", "considered", "valid", "categories", "to", "be", "transferred", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "label", "-", "transfer", "procedure", "was", "only", "applied", "to", "the", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "before", "any", "majority", "vo", "##ting", "was", "done", ",", "the", "support", "scores", "of", "each", "valid", "category", "across", "all", "non", "-", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "were", "smoothed", "with", "a", "random", "-", "walk", "-", "with", "-", "resta", "##rt", "procedure", "(", "resta", "##rt", "probability", "alpha", ",", "85", "%", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "a", "hierarchical", "label", "transfer", ",", "which", "takes", "into", "account", "the", "structure", "hierarchy", ",", "was", "applied", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "the", "considered", "regions", "were", "grouped", "into", "dien", "cephal", "##on", ",", "midbrain", "and", "hindbrain", ",", "with", "a", "support", "score", "of", "each", "structure", "as", "its", "score", "summed", "up", "with", "scores", "of", "its", "substruct", "##ures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "majority", "vo", "##ting", "was", "applied", "to", "assign", "each", "cell", "to", "one", "of", "the", "three", "structures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "a", "second", "majority", "vo", "##ting", "was", "applied", "to", "only", "consider", "the", "substruct", "##ures", "under", "the", "assigned", "structure", "(", "for", "example", ",", "hypothalamus", "and", "thalamus", "for", "dien", "cephal", "##on", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "for", "nt", "##t", "labels", ",", "we", "first", "identified", "valid", "region", "-", "nt", "##t", "label", "pairs", "in", "the", "reference", "on", "the", "basis", "of", "the", "provided", "nt", "##t", "labels", "in", "the", "reference", "neuroblast", "and", "neuron", "clusters", "and", "their", "most", "common", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "the", "most", "common", "regions", "were", "re", "-", "estimated", "in", "a", "hierarchical", "manner", "to", "the", "fine", "##st", "resolution", "mentioned", "above", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "when", "transferring", "nt", "##t", "labels", ",", "for", "each", "non", "-", "telencephal", "ic", "neuron", "with", "the", "regional", "label", "transferred", ",", "only", "nt", "##t", "labels", "that", "were", "considered", "valid", "for", "the", "region", "were", "considered", "during", "majority", "vo", "##ting", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "match", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "to", "developmental", "stages", ",", "we", "used", "the", "recently", "published", "human", "neocortical", "development", "atlas", "as", "the", "reference", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "processed", "single", "nucleus", "rna", "-", "seq", "data", "were", "obtained", "from", "its", "data", "portal", "(", "https", ":", "/", "/", "cell", ".", "ucs", "##f", ".", "edu", "/", "sn", "##mu", "##lt", "##io", "##me", "/", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "given", "the", "‘", "class", "’", ",", "‘", "subclass", "’", "and", "‘", "type", "’", "labels", "in", "the", "provided", "metadata", "as", "annotations", ",", "and", "‘", "individual", "’", "as", "the", "batch", "label", ",", "scp", "##oli", "was", "applied", "for", "label", "-", "aware", "data", "integration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "data", "representing", "different", "developmental", "stages", "were", "split", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "stage", ",", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "based", "on", "the", "scp", "##oli", "latent", "representation", "(", "resolution", ",", "5", ")", "was", "applied", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "clusters", "of", "all", "stages", "were", "pooled", ",", "and", "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "on", "the", "basis", "of", "coefficient", "of", "variations", "as", "described", "in", "this", "page", ":", "https", ":", "/", "/", "pk", "##lab", ".", "med", ".", "harvard", ".", "edu", "/", "sc", "##w", "##201", "##4", "/", "subpop", "_", "tut", "##orial", ".", "html", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "every", "one", "of", "hn", "##oca", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "were", "correlated", "to", "each", "cluster", "across", "the", "identified", "highly", "variable", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "stage", "label", "of", "the", "best", "-", "correlated", "cluster", "was", "assigned", "to", "the", "query", "hn", "##oca", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "extend", "the", "analysis", "to", "other", "neuronal", "cell", "types", ",", "the", "second", "-", "trimester", "multiple", "-", "region", "human", "brain", "atlas", "was", "also", "introduced", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "processed", "count", "matrices", "and", "metadata", "were", "obtained", "from", "the", "nem", "##o", "data", "portal", "(", "https", ":", "/", "/", "data", ".", "nem", "##oar", "##chi", "##ve", ".", "org", "/", "bic", "##cn", "/", "grant", "/", "u01", "_", "dev", "##hu", "/", "kr", "##ie", "##gs", "##tein", "/", "transcriptome", "/", "sce", "##ll", "/", "10x", "_", "v2", "/", "human", "/", "processed", "/", "counts", "/", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "given", "the", "‘", "cell", "_", "type", "’", "label", "of", "the", "provided", "metadata", "as", "the", "annotation", "and", "‘", "individual", "’", "as", "the", "batch", "label", ",", "scp", "##oli", "was", "run", "for", "label", "-", "aware", "data", "integration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "was", "applied", "to", "the", "scp", "##oli", "latent", "representation", "to", "identify", "clusters", "(", "resolution", ",", "20", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similarly", ",", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "with", "a", "resolution", "of", "20", "was", "also", "applied", "to", "the", "first", "-", "trimester", "multiple", "-", "region", "human", "brain", "atlas", "on", "the", "basis", "of", "the", "scan", "##vi", "latent", "representation", "we", "generated", "earlier", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "average", "expression", "profiles", "were", "calculated", "for", "all", "the", "clusters", ",", "and", "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "using", "the", "same", "procedure", "as", "above", "for", "clusters", "of", "the", "two", "primary", "atlas", "##es", "combined", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "every", "npc", "and", "neuron", "in", "hn", "##oca", "was", "correlated", "to", "the", "average", "expression", "profiles", "of", "those", "clusters", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "best", "-", "correlated", "first", "-", "and", "second", "-", "trimester", "clusters", ",", "as", "well", "as", "the", "correlations", ",", "were", "identified", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "differences", "between", "the", "two", "correlations", "were", "used", "as", "the", "metrics", "to", "indicate", "the", "stage", "-", "matching", "preferences", "of", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "given", "a", "reference", "dataset", "and", "a", "query", "dataset", ",", "the", "presence", "score", "is", "a", "score", "assigned", "to", "each", "cell", "in", "the", "reference", ",", "which", "describes", "the", "frequency", "or", "likelihood", "of", "the", "cell", "type", "or", "state", "of", "that", "reference", "cell", "appearing", "in", "the", "query", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "this", "study", ",", "we", "calculated", "the", "presence", "scores", "of", "primary", "atlas", "cells", "in", "each", "hn", "##oca", "dataset", "to", "quantify", "how", "frequently", "we", "saw", "a", "cell", "type", "or", "state", "represented", "by", "each", "primary", "cell", "in", "each", "of", "the", "hn", "##oca", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "test", "the", "cell", "type", "compositional", "changes", "on", "admission", "of", "certain", "morph", "##ogens", "from", "different", "organ", "##oid", "differentiation", "protocols", ",", "we", "used", "the", "pert", "##py", "implementation", "of", "the", "scc", "##oda", "algorithm", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "scc", "##oda", "is", "a", "bayesian", "model", "for", "detecting", "compositional", "changes", "in", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "this", ",", "we", "have", "extracted", "the", "information", "about", "the", "added", "morph", "##ogens", "from", "each", "differentiation", "protocol", "and", "grouped", "them", "into", "15", "broad", "molecule", "groups", "on", "the", "basis", "of", "their", "role", "in", "neural", "differentiation", "(", "supplementary", "table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "molecule", "groups", "were", "used", "as", "a", "covariate", "in", "the", "model", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "region", "labels", "transferred", "from", "the", "primary", "atlas", "were", "used", "as", "labels", "in", "the", "analysis", "(", "cell", "_", "type", "_", "identifier", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "cell", "types", "without", "regional", "identity", ",", "the", "cell", "type", "labels", "presented", "in", "fig", ".", "1c", "were", "used", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pluripotent", "stem", "cells", "and", "neuro", "##epith", "##elium", "cells", "were", "removed", "from", "the", "analysis", "because", "they", "are", "mainly", "present", "in", "the", "early", "organ", "##oid", "stages", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "bio", "_", "sample", "as", "the", "sample", "_", "identifier", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "ran", "scc", "##oda", "sequentially", "with", "default", "parameters", ",", "using", "no", "-", "u", "-", "turn", "sampling", "(", "run", "_", "nut", "##s", "function", ")", "and", "selecting", "each", "cell", "type", "once", "as", "a", "reference", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "a", "majority", "vo", "##te", "-", "based", "system", "to", "find", "the", "cell", "types", "that", "were", "cred", "##ibly", "changing", "in", "more", "than", "half", "of", "the", "iterations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "study", "the", "transcriptomic", "differences", "between", "organ", "##oid", "and", "primary", "cells", ",", "we", "subset", "hn", "##oca", "using", "the", "final", "level", "1", "annotation", "to", "cells", "labelled", "‘", "neuron", "’", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "we", "furthermore", "subset", "the", "human", "developing", "brain", "atlas", "to", "cells", "that", "had", "been", "assigned", "a", "valid", "label", "in", "the", "neuron", "_", "nt", "##t", "_", "label", "annotation", "column", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "added", "an", "extra", "two", "datasets", "of", "fetal", "cortical", "cells", "from", "ref", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "and", "ref", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "the", "data", "from", "ref", ".", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "subset", "the", "data", "to", "cells", "labelled", "‘", "fetal", "’", "and", "estimated", "transcripts", "per", "million", "reads", "for", "each", "gene", "in", "each", "cell", "using", "rs", "##em", "given", "the", "star", "mapping", "results", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "computed", "a", "pca", ",", "a", "kn", "##n", "graph", ",", "um", "##ap", "and", "lei", "##den", "clustering", "(", "resolution", "0", ".", "2", ")", "using", "scan", "##py", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "selected", "the", "cluster", "with", "the", "highest", "stm", "##n2", "and", "neuro", "##d", "##6", "expression", "as", "the", "cortical", "neuron", "cluster", "and", "used", "only", "those", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "for", "the", "data", "from", "ref", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "subset", "the", "datasets", "to", "cells", "annotate", "d", "as", "‘", "neuronal", "’", "in", "supplementary", "table", "5", "(", "‘", "cortex", "annotations", "’", ")", "of", "their", "publication", "and", "computed", "a", "pca", ",", "neighbourhood", "graph", "and", "um", "##ap", "to", "visualize", "the", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "found", "that", "only", "samples", "from", "the", "individuals", "cs", "##14", "_", "3", ",", "cs", "##20", ",", "cs", "##22", "and", "cs", "##20", "contained", "detectable", "expression", "of", "stm", "##n2", "and", "neuro", "##d", "##6", "so", "we", "subset", "the", "dataset", "further", "to", "only", "cells", "from", "those", "individuals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "compute", "de", "between", "hn", "##oca", "cells", "and", "their", "primary", "counterparts", ",", "we", "first", "aggregated", "cells", "of", "the", "same", "regional", "neural", "cell", "type", "into", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "samples", "by", "summing", "the", "counts", "for", "every", "sample", "(", "annotation", "columns", ",", "‘", "batch", "’", "for", "hn", "##oca", ";", "‘", "sample", "##id", "’", "for", "the", "human", "developing", "brain", "atlas", ";", "‘", "sample", "’", "for", "ref", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "and", "‘", "individual", "’", "for", "ref", ".", ")" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "the", "python", "implementation", "of", "decou", "##pler", "(", "v", ".", "1", ".", "4", ".", "0", ")", "while", "disc", "##arding", "any", "samples", "with", "fewer", "than", "ten", "cells", "or", "1", ",", "000", "total", "counts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "subset", "##ted", "the", "feature", "space", "to", "the", "intersection", "of", "features", "of", "all", "datasets", "and", "removed", "any", "cells", "with", "fewer", "than", "200", "genes", "expressed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "further", "removed", "any", "genes", "expressed", "in", "less", "than", "1", "%", "of", "neurons", "in", "hn", "##oca", "and", "any", "genes", "located", "on", "the", "x", "and", "y", "chromosomes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "out", "of", "the", "remaining", "11", ",", "63", "##6", "genes", ",", "on", "average", ",", "99", "%", "were", "reported", "in", "each", "of", "the", "constituent", "hn", "##oca", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "regional", "neural", "cell", "type", ",", "we", "removed", "any", "sample", "from", "the", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "data", "that", "was", "associated", "with", "an", "organ", "##oid", "differentiation", "assay", "with", "fewer", "than", "two", "total", "samples", "or", "fewer", "than", "100", "total", "cells", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "we", "next", "used", "edge", "##r", "to", "iteratively", "compute", "de", "genes", "between", "each", "organ", "##oid", "differentiation", "protocol", "and", "primary", "cells", "of", "the", "matching", "regional", "neural", "cell", "types", "for", "every", "regional", "neural", "cell", "type", "while", "correcting", "for", "organ", "##oid", "age", "in", "days", ",", "number", "of", "cells", "per", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "sample", ",", "median", "and", "standard", "deviation", "of", "the", "number", "of", "detected", "genes", "per", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "sample", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "the", "data", "from", "ref", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "human", "developing", "brain", "atlas", "mentioned", "above", ")", ",", "ref", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "and", "ref", "." ]

[ "O", "O", "O" ]

[ "as", "primary", "data", "for", "the", "de", "comparison", "in", "the", "cell", "type", "‘", "dorsal", "telencephal", "ic", "neuron", "nt", "-", "vglut", "’", ",", "whereas", "for", "all", "other", "cell", "types", "we", "used", "the", "human", "developing", "brain", "atlas", "as", "the", "fetal", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "the", "edge", "##r", "gene", "##wise", "negative", "binomial", "generalized", "linear", "model", "with", "quasi", "-", "likelihood", "f", "-", "tests", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "deemed", "a", "gene", "significantly", "de", "if", "its", "false", "-", "discovery", "rate", "(", "benjamini", "–", "hochberg", ")", "corrected", "p", "value", "was", "smaller", "than", "0", ".", "05", "and", "it", "had", "an", "absolute", "log", "2", "-", "fold", "change", "above", "0", ".", "5", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "the", "gsea", "##py", "python", "package", "to", "carry", "out", "functional", "enrichment", "analysis", "in", "our", "de", "results", "using", "the", "‘", "go", "_", "biological", "_", "process", "_", "202", "##1", "’", "gene", "set", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "evaluate", "the", "effect", "of", "different", "primary", "datasets", "on", "the", "de", "results", ",", "we", "computed", "the", "de", "between", "dorsal", "telencephal", "ic", "neuron", "nt", "-", "vglut", "from", "the", "hn", "##oca", "subset", "generated", "with", "the", "protocol", "from", "ref", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]