OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "hierarchical", "clustering", "divided", "the", "progeny", "cell", "lines", "into", "two", "different", "taxonomic", "groups", ",", "of", "either", "adherent", "(", "293t", ",", "293", "##e", ")", "or", "suspension", "cell", "lines", "(", "293", "-", "h", ",", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", ")", ",", "diverged", "from", "the", "parental", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "interestingly", ",", "the", "original", "hek293", "cell", "line", "was", "the", "most", "distant", "from", "all", "other", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "expected", ",", "the", "two", "293", "-", "f", "lineages", "(", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", ")", "showed", "very", "similar", "profiles", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "same", "pattern", "of", "gene", "expression", "clustering", "was", "visualized", "by", "principal", "component", "analysis", "(", "fig", ".", "1d", ")", ",", "where", "the", "suspension", "cell", "-", "lines", "grouped", "together", "in", "the", "plot", ",", "with", "a", "very", "close", "clustering", "of", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O" ]
[ "on", "the", "other", "hand", ",", "the", "adherent", "cell", "-", "lines", "293", "##e", "and", "293t", "showed", "larger", "variations", "in", "gene", "expression", "patterns", "between", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "parental", "cell", "line", "hek293", "showed", "a", "notable", "difference", "in", "transcriptome", "profile", "compared", "to", "all", "the", "other", "cell", "lines", "along", "the", "first", "principal", "component", "(", "pc1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "results", "indicate", "a", "genomic", "divergence", "of", "the", "clonal", "lineages", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "and", "suggest", "the", "presence", "of", "similar", "transcriptomic", "traits", "between", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "individually", "selected", "for", "during", "the", "isolation", "of", "each", "clone", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "hierarchical", "clustering", "of", "the", "cell", "lines", "based", "on", "snvs", "gave", "a", "slightly", "different", "trend", "compared", "to", "the", "transcriptomic", "comparison", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "different", "pattern", "of", "overall", "clustering", "was", "observed", ",", "with", "the", "original", "hek293", "and", "293", "##e", "cell", "lines", "separated", "from", "the", "rest", "on", "a", "separate", "branch", "and", "the", "three", "suspension", "cell", "lines", "grouped", "on", "a", "second", "branch", "together", "with", "293t", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "however", ",", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "were", ",", "as", "expected", ",", "the", "most", "similar", "cell", "lines", "also", "in", "this", "comparison", "(", "supplementary", "fig", ".", "s1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "overall", "number", "of", "genomic", "variations", "was", "similar", "between", "the", "cell", "lines", "and", "variations", "located", "to", "similar", "genomic", "regions", "(", "supplementary", "fig", ".", "s1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "moreover", ",", "the", "ratio", "between", "missense", "and", "syn", "##onom", "##ous", "snvs", "in", "all", "cell", "lines", "ranged", "between", "0", ".", "86", "##6", "and", "0", ".", "87", "##9", ",", "where", "the", "original", "hek293", "strain", "had", "the", "lowest", "ratio", "(", "supplementary", "fig", ".", "s1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pairwise", "comparisons", "of", "snvs", "and", "indels", "between", "hek293", "and", "each", "progeny", "cell", "line", "showed", "that", "the", "highest", "number", "of", "high", "(", "variants", "expected", "to", "have", "a", "disrup", "ti", "##ve", "impact", "on", "the", "protein", ",", "for", "example", "protein", "truncation", "or", "loss", "of", "start", "/", "stop", "codon", ")", "and", "moderate", "(", "non", "-", "disrup", "ti", "##ve", "variant", "that", "might", "change", "protein", "effectiveness", ",", "for", "example", "a", "missense", "variant", ")", "snvs", "and", "indels", "were", "seen", "for", "the", "two", "adherent", "cell", "lines", "293", "##e", "and", "293t", "(", "supplementary", "fig", ".", "s1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genes", "with", "high", "impact", "snvs", "in", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "can", "be", "found", "in", "supplementary", "table", "s2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "amongst", "these", ",", "five", "genes", "had", "acquired", "high", "impact", "snvs", "(", "ppp", "##2r", "##4", ",", "c9", "##orf", "##43", ",", "ctb", "-", "47", "##b1", "##1", ".", "3", ",", "cy", "##fi", "##p2", "and", "sgc", "##d", ")", "in", "all", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "strain", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "figure", "1c", "##omp", "##aris", "##ons", "of", "genomic", "and", "transcriptomic", "profiles", "of", "hek293", "cells", "showed", "taxonomic", "divergence", "between", "parental", "hek293", "and", "progeny", "cell", "lines", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "schematic", "overview", "of", "the", "lineage", "relationship", "of", "the", "six", "hek293", "cell", "lines", "used", "in", "this", "study", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "blue", "dots", "represent", "adherent", "cells", "whereas", "grey", "dots", "represent", "suspension", "cell", "lines", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genomic", "comparison", "between", "hek293", "cell", "lines", "based", "on", "spearman", "correlation", "coefficients", "of", "read", "counts", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "darker", "blue", "color", "indicates", "higher", "correlation", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "sample", "-", "to", "-", "sample", "comparison", "between", "transcriptomes", "illustrated", "by", "a", "heatmap", "and", "hierarchical", "clustering", "of", "taxonomic", "##al", "divergence", "between", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "darker", "blue", "color", "indicates", "shorter", "euclidean", "distance", "between", "samples", "and", "more", "similarity", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pca", "plot", "showing", "the", "separation", "in", "expression", "pattern", "between", "samples", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "rna", "expression", "levels", "(", "in", "des", "##eq", "##2", "median", "of", "ratios", ")", "and", "standard", "deviations", "(", "n", "=", "3", ")", "of", "stably", "integrated", "viral", "genes", "(", "ebna", "-", "1", ",", "large", "t", ",", "e1a", "and", "e1", "##b", ")", "in", "hek293", "cell", "lineages", "determined", "by", "rna", "sequencing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "comparisons", "of", "genomic", "and", "transcriptomic", "profiles", "of", "hek293", "cells", "showed", "taxonomic", "divergence", "between", "parental", "hek293", "and", "progeny", "cell", "lines", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "schematic", "overview", "of", "the", "lineage", "relationship", "of", "the", "six", "hek293", "cell", "lines", "used", "in", "this", "study", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "blue", "dots", "represent", "adherent", "cells", "whereas", "grey", "dots", "represent", "suspension", "cell", "lines", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genomic", "comparison", "between", "hek293", "cell", "lines", "based", "on", "spearman", "correlation", "coefficients", "of", "read", "counts", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "darker", "blue", "color", "indicates", "higher", "correlation", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "sample", "-", "to", "-", "sample", "comparison", "between", "transcriptomes", "illustrated", "by", "a", "heatmap", "and", "hierarchical", "clustering", "of", "taxonomic", "##al", "divergence", "between", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "darker", "blue", "color", "indicates", "shorter", "euclidean", "distance", "between", "samples", "and", "more", "similarity", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pca", "plot", "showing", "the", "separation", "in", "expression", "pattern", "between", "samples", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "rna", "expression", "levels", "(", "in", "des", "##eq", "##2", "median", "of", "ratios", ")", "and", "standard", "deviations", "(", "n", "=", "3", ")", "of", "stably", "integrated", "viral", "genes", "(", "ebna", "-", "1", ",", "large", "t", ",", "e1a", "and", "e1", "##b", ")", "in", "hek293", "cell", "lineages", "determined", "by", "rna", "sequencing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "hek293", "cell", "line", "was", "originally", "immortalized", "by", "the", "random", "integration", "of", "viral", "genomic", "dna", "of", "adenovirus", "5", ",", "which", "includes", "the", "e1a", "and", "e1", "##b", "genes", "." ]	[ "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "this", "study", ",", "overall", "high", "mrna", "levels", "of", "e1a", "and", "e1", "##b", "were", "observed", "in", "all", "hek293", "cell", "lines", "(", "supplementary", "fig", ".", "s2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "comparison", "of", "mrna", "levels", "of", "the", "viral", "element", "e1a", "showed", "significantly", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "higher", "expression", "in", "hek293", "compared", "to", "both", "293t", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", ".", "in", "addition", ",", "both", "293", "##e", "and", "293", "-", "h", "had", "significantly", "higher", "expression", "than", "293t", ",", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", ".", "further", ",", "293", "-", "f", "had", "significantly", "higher", "expression", "than", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", ".", "(", "supplementary", "fig", ".", "s1", ")", "the", "analysis", "of", "the", "viral", "element", "e1", "##b", "showed", "that", "293", "-", "f", "had", "significantly", "higher", "expression", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "than", "293", "-", "h", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "(", "supplementary", "fig", ".", "s1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "expected", ",", "the", "gene", "expression", "of", "large", "t", "and", "ebna", "-", "1", "was", "detected", "in", "293t", "and", "293", "##e", ",", "respectively", "(", "fig", ".", "1e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "interestingly", ",", "expression", "of", "the", "large", "t", "antigen", "was", "also", "observed", "in", "293", "##e", ",", "which", "is", "not", "reported", "by", "the", "suppl", "##ier", "(", "atcc", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "presence", "of", "a", "truncated", "version", "of", "large", "t", "in", "the", "293", "##e", "genome", "was", "confirmed", "by", "de", "novo", "assembly", "of", "all", "reads", "not", "mapping", "to", "the", "human", "reference", "genome", "(", "supplementary", "fig", ".", "s2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tracing", "the", "origin", "of", "the", "293", "##e", "cell", "line", ",", "the", "large", "t", "expression", "of", "293", "##e", "may", "be", "derived", "from", "the", "prs", "##v", "##ne", "##o", "plasmid", "that", "was", "used", "to", "co", "-", "transfect", "hek293", "cells", "along", "with", "the", "pcmv", "-", "ebna", "plasmid", "for", "the", "generation", "of", "the", "stable", "ebna", "-", "1", "expressing", "clone", "(", "293", "##c1", "##8", ")", "by", "genetic", "##in", "(", "g418", ")", "selection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "prs", "##v", "##ne", "##o", "plasmid", "contains", "a", "truncated", "version", "of", "the", "large", "t", "gene", "(", "according", "to", "the", "addgene", "vector", "database", ")", ",", "which", "align", "##s", "perfectly", "with", "the", "truncated", "large", "t", "sequence", "found", "in", "the", "293", "##e", "genome", "(", "supplementary", "fig", ".", "s2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "order", "to", "evaluate", "the", "genomic", "variation", "between", "hek293", "and", "its", "derivatives", "further", ",", "overall", "genomic", "copy", "number", "variation", "of", "all", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "was", "performed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ]
[ "a", "comparison", "of", "gained", "and", "lost", "regions", "on", "all", "chromosomes", "between", "all", "cell", "lines", "can", "be", "found", "in", "supplementary", "fig", ".", "s3", "and", "table", "s3", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "interestingly", ",", "a", "conserved", "pattern", "of", "copy", "number", "gain", "or", "loss", "of", "large", "regions", "has", "occurred", "on", "several", "chromosomes", "of", "all", "hek293", "progeny", "cells", "compared", "to", "hek293", ",", "whereas", "other", "changes", "are", "more", "local", "or", "cell", "line", "specific", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "instance", ",", "on", "chromosome", "13", ",", "a", "region", "of", ">", "15", "mb", "has", "been", "amplified", "in", "all", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "strain", "(", "fig", ".", "2a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "elements", "with", "copy", "number", "gain", "of", ">", "1", "log2", "fold", "-", "change", "common", "to", "all", "progenitor", "cells", "are", "located", "in", "this", "region", "(", "supplementary", "table", "s3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "amongst", "these", ",", "four", "out", "of", "seven", "protein", "-", "coding", "genes", "(", "bor", "##a", ",", "mz", "##t1", ",", "pib", "##f1", "and", "kl", "##hl", "##1", ")", "belong", "to", "the", "cytoskeleton", "gene", "set", "(", "go", ":", "0005", "##85", "##6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "on", "chromosome", "18", ",", "there", "is", "a", "conserved", "pattern", "of", "copy", "number", "loss", "of", "most", "of", "the", "chromosome", "sequence", "for", "all", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "strain", ",", "with", "the", "exception", "of", "a", "high", "degree", "of", "copy", "number", "gain", "(", ">", "0", ".", "8", "log2", "fold", "-", "change", ")", "of", "a", "region", "close", "to", "the", "centromere", "for", "all", "cell", "lines", "except", "293", "##e", "(", "fig", ".", "2a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "within", "the", "region", "of", "conserved", "gain", "are", "several", "genes", "encoding", "cell", "adhesion", "molecules", "within", "the", "desm", "##ocol", "##lin", "(", "dsc", ")", "and", "desm", "##ogle", "##in", "(", "ds", "##g", ")", "subfamilies", ",", "belonging", "to", "the", "cell", "–", "cell", "adhesion", "gene", "set", "(", "go", ":", "009", "##86", "##09", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "when", "analyzing", "more", "local", "copy", "number", "variations", "between", "progeny", "cell", "lines", "and", "the", "parental", "strain", ",", "some", "interesting", "loss", "or", "gain", "of", "full", "or", "partial", "elements", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "were", "identified", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ]
[ "for", "instance", ",", "copy", "number", "loss", "was", "observed", "for", "the", "fumarate", "hydra", "##ta", "##se", "(", "fh", ")", "gene", ",", "which", "has", "previously", "been", "reported", "to", "have", "lost", "several", "gene", "copies", "in", "hek293", "and", "hence", "been", "hypothesized", "to", "play", "a", "role", "in", "the", "phenotypic", "transformation", "of", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "interestingly", ",", "the", "fumarate", "hydra", "##ta", "##se", "gene", "along", "with", "the", "neighboring", "kyn", "##uren", "##ine", "3", "-", "mono", "##oxygenase", "(", "km", "##o", ")", "gene", ",", "had", "a", "log2", "-", "fold", "copy", "ratio", "of", "<", "-", "1", "in", "293", "##e", ",", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "(", "fig", ".", "2b", "and", "supplementary", "fig", ".", "s4", ")", ",", "suggesting", "that", "these", "cells", "have", "half", "the", "number", "of", "copies", "compared", "to", "the", "parental", "cell", "line", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "moreover", ",", "the", "293t", "and", "293", "-", "h", "cell", "lines", "have", "a", "gain", "of", "the", "genomic", "loci", "surrounding", "the", "fh", "gene", ",", "while", "maintaining", "the", "copy", "number", "of", "the", "fh", "gene", "compared", "to", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "interestingly", ",", "the", "resulting", "fh", "expression", "levels", "of", "the", "cell", "lines", "only", "partly", "reflected", "the", "gene", "copy", "number", "changes", "(", "fig", ".", "2b", "and", "supplementary", "fig", ".", "s4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "even", "though", "the", "gene", "copy", "number", "of", "the", "parental", "hek293", "strain", "is", "the", "same", "as", "for", "293t", "and", "293", "-", "h", "lineages", ",", "the", "fh", "mrna", "levels", "of", "hek293", "was", "as", "low", "as", "the", "expression", "levels", "of", "the", "lineages", "with", "only", "half", "the", "number", "of", "fh", "gene", "copies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "moreover", ",", "the", "expression", "levels", "of", "km", "##o", "was", "compar", "##ably", "low", "in", "all", "cell", "lines", "but", "did", "not", "correlate", "with", "gene", "copy", "number", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "besides", "the", "changes", "in", "gene", "copy", "number", "of", "the", "fh", "locus", ",", "a", "locus", "around", "the", "transduc", "##in", "-", "like", "enhancer", "protein", "4", "(", "tle", "##4", ")", "gene", ",", "encoding", "a", "transcriptional", "co", "-", "repressor", "of", "wnt", "signaling", "pathway", "members", "was", "found", "to", "have", "a", "log2", "-", "fold", "copy", "number", "gain", "of", ">", "1", ".", "5", "in", "all", "progeny", "cell", "lines", "except", "for", "293", "##e", "(", "fig", ".", "2b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "gain", "in", "the", "tle", "##4", "locus", "was", "accordingly", "reflected", "in", "the", "transcription", "level", "of", "the", "gene", "with", "a", "higher", "level", "of", "expression", "in", "293t", ",", "293", "-", "h", ",", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "compared", "to", "293", "##e", "and", "hek293", "(", "supplementary", "fig", ".", "s4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "a", "major", "loss", "of", "copy", "number", "of", "the", "adam", "##3a", "pseudo", "##gene", "was", "observed", "for", "all", "cell", "lines", "except", "293", "-", "h", "with", "a", "maintained", "low", "or", "no", "expression", "of", "the", "pseudo", "##gene", "observed", "in", "the", "cell", "lines", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", "and", "supplementary", "fig", ".", "s4", ")", ".", "figure", "2c", "##opy", "number", "variation", "analysis", "of", "hek293", "progeny", "cells", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "revealed", "conserved", "patterns", "of", "copy", "number", "gain", "and", "loss", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genomic", "copy", "number", "gain", "(", "red", ")", "or", "loss", "(", "blue", ")", "of", "chromosomes", "1", ",", "8", ",", "9", ",", "13", "and", "18", "of", "progeny", "hek293", "cell", "lines", "compared", "to", "parental", "hek293", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ]
[ "the", "black", "line", "indicates", "the", "centromere", "position", "of", "each", "chromosome", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genomic", "copy", "number", "gain", "or", "loss", "(", "log2", "fold", "change", ")", "compared", "to", "hek293", "for", "each", "cell", "line", "of", "the", "fh", ",", "km", "##o", ",", "tle", "##4", "and", "adam", "##3a", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "copy", "number", "variation", "analysis", "of", "hek293", "progeny", "cells", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "revealed", "conserved", "patterns", "of", "copy", "number", "gain", "and", "loss", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genomic", "copy", "number", "gain", "(", "red", ")", "or", "loss", "(", "blue", ")", "of", "chromosomes", "1", ",", "8", ",", "9", ",", "13", "and", "18", "of", "progeny", "hek293", "cell", "lines", "compared", "to", "parental", "hek293", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ]
[ "the", "black", "line", "indicates", "the", "centromere", "position", "of", "each", "chromosome", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genomic", "copy", "number", "gain", "or", "loss", "(", "log2", "fold", "change", ")", "compared", "to", "hek293", "for", "each", "cell", "line", "of", "the", "fh", ",", "km", "##o", ",", "tle", "##4", "and", "adam", "##3a", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "due", "to", "the", "observed", "pattern", "of", "common", "genomic", "changes", "to", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", ",", "an", "evaluation", "of", "common", "snps", "amongst", "all", "progeny", "cell", "lines", "but", "not", "hek293", "was", "performed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ]
[ "go", "enrichment", "analysis", "of", "common", "genes", "with", "high", "or", "moderate", "impact", "snps", "different", "in", "all", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "original", "hek293", "(", "supplementary", "table", "s4", ")", ",", "showed", "significant", "(", "adjusted", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", ")", "enrichment", "of", "homo", "##phi", "##lic", "cell", "adhesion", "via", "plasma", "membrane", "adhesion", "molecules", "(", "go", ":", "000", "##71", "##56", ";", "adjusted", "p", "-", "value", "0", ".", "025", ";", "fold", "enrichment", "10", ".", "26", ";", "data", "not", "shown", ")", "and", "cell", "–", "cell", "adhesion", "via", "plasma", "-", "membrane", "adhesion", "molecules", "(", "go", ":", "009", "##87", "##42", ";", "adjusted", "p", "-", "value", "0", ".", "032", ";", "fold", "enrichment", "7", ".", "53", ";", "data", "not", "shown", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "genes", "with", "moderate", "or", "high", "impact", "snps", "in", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "hek293", "found", "amongst", "both", "these", "go", "-", "terms", "were", "protoc", "##adher", "##ins", "(", "pcdh", "##12", ",", "pcdh", "##b1", "##0", ",", "pcdh", "##b1", "##3", ",", "pcdh", "##b1", "##5", ",", "pcdh", "##b1", "##6", "pcdh", "##ga", "##2", ",", "pcdh", "##ga", "##3", "and", "pcdh", "##gb", "##2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "the", "ten", "##eu", "##rin", "-", "2", "gene", "(", "ten", "##m2", ")", "(", "within", "go", ":", "009", "##87", "##42", ")", "had", "an", "altered", "snp", "allele", "in", "all", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "these", "snps", "all", "result", "in", "missense", "mutations", "with", "unknown", "biological", "impact", "on", "the", "gene", "products", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "the", "enrichment", "of", "common", "snps", "within", "this", "group", "of", "genes", "in", "all", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "may", "suggest", "an", "impact", "on", "the", "protein", "function", "and", "a", "selective", "advantage", "of", "such", "phenotypic", "changes", "during", "continuous", "cell", "line", "cultivation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "based", "on", "the", "overall", "genomic", "and", "transcriptomic", "profiles", "of", "the", "different", "hek293", "cell", "lines", ",", "the", "parental", "hek293", "strain", "sto", "##od", "out", "as", "different", "compared", "to", "all", "other", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "order", "to", "evaluate", "common", "changes", "between", "all", "progeny", "cell", "lines", "and", "the", "parental", "hek293", ",", "differential", "expression", "analysis", "was", "performed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "results", "showed", "a", "significant", "consensus", "of", "down", "-", "regulation", "of", "genes", "involved", "in", "extracellular", "matrix", "organization", ",", "locomotion", "and", "cell", "adhesion", "in", "progeny", "cells", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "strain", "(", "fig", ".", "3a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "moreover", ",", "amino", "acid", "metabolism", "and", "metabolic", "process", "of", "small", "molecules", "were", "found", "up", "-", "regulated", "in", "all", "progeny", "cell", "-", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "along", "with", "changes", "in", "extracellular", "matrix", "genes", ",", "there", "is", "also", "a", "consensus", "amongst", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "hek293", "of", "differential", "expression", "of", "genes", "involved", "in", "other", "types", "of", "cellular", "component", "organization", "such", "as", "cell", "morphogenesis", ",", "cytoskeleton", "-", ",", "membrane", "-", "and", "cell", "junction", "organization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "comparison", "between", "gene", "expression", "fold", "changes", "and", "copy", "number", "variation", "of", "the", "differentially", "expressed", "genes", "(", "log2", "-", "fold", "change", ">", "±", "1", ")", "for", "each", "progeny", "cell", "line", "compared", "to", "hek293", "showed", "a", "trend", "of", "gained", "gene", "copies", "amongst", "the", "majority", "of", "genes", "with", "up", "-", "regulated", "mrna", "levels", "(", "supplementary", "fig", ".", "s4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "there", "was", "not", "a", "clear", "trend", "of", "loss", "in", "gene", "copy", "number", "amongst", "transcriptionally", "down-regulate", "d", "genes", "for", "any", "cell", "line", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "figure", "3d", "##ifferenti", "##al", "expression", "analysis", "emphasized", "processes", "and", "genes", "with", "common", "changes", "in", "all", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ]
[ "consensus", "heatmap", "of", "go", "biological", "processes", "with", "a", "different", "expression", "pattern", "between", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "low", "consensus", "scores", ",", "represented", "by", "a", "dark", "blue", "color", ",", "indicate", "more", "significant", "differences", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "common", "differentially", "expressed", "(", "de", ")", "genes", "in", "pairwise", "comparisons", "of", "all", "hek293", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "blue", "bars", "show", "number", "of", "de", "genes", "in", "each", "pairwise", "comparison", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "green", "bar", "shows", "329", "common", "de", "genes", "in", "pairwise", "comparisons", "of", "progeny", "with", "hek293", "parental", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "red", "bar", "shows", "common", "38", "de", "genes", "in", "the", "comparison", "of", "suspension", "cells", "against", "adherent", "cells", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "top", "ten", "significant", "go", "cellular", "components", "of", "the", "329", "common", "de", "genes", "in", "pairwise", "comparisons", "between", "progeny", "cells", "and", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "differential", "expression", "analysis", "emphasized", "processes", "and", "genes", "with", "common", "changes", "in", "all", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ]
[ "consensus", "heatmap", "of", "go", "biological", "processes", "with", "a", "different", "expression", "pattern", "between", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "low", "consensus", "scores", ",", "represented", "by", "a", "dark", "blue", "color", ",", "indicate", "more", "significant", "differences", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "common", "differentially", "expressed", "(", "de", ")", "genes", "in", "pairwise", "comparisons", "of", "all", "hek293", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "blue", "bars", "show", "number", "of", "de", "genes", "in", "each", "pairwise", "comparison", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "green", "bar", "shows", "329", "common", "de", "genes", "in", "pairwise", "comparisons", "of", "progeny", "with", "hek293", "parental", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "red", "bar", "shows", "common", "38", "de", "genes", "in", "the", "comparison", "of", "suspension", "cells", "against", "adherent", "cells", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "top", "ten", "significant", "go", "cellular", "components", "of", "the", "329", "common", "de", "genes", "in", "pairwise", "comparisons", "between", "progeny", "cells", "and", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "for", "further", "evaluation", "of", "the", "transcriptomic", "similarities", "and", "changes", "between", "hek293", "cell", "lines", ",", "pairwise", "differential", "expression", "comparisons", "between", "all", "cell", "lines", "were", "performed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "expected", ",", "the", "parental", "cell", "line", "had", "the", "highest", "number", "of", "differentially", "expressed", "genes", "when", "compared", "to", "all", "other", "cell", "lines", "(", "fig", ".", "3b", ",", "supplementary", "fig", ".", "s5", "and", "supplementary", "table", "s5", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "when", "looking", "at", "differentially", "expressed", "genes", "unique", "to", "certain", "comparisons", ",", "the", "largest", "group", "of", "genes", "were", "found", "common", "to", "all", "pairwise", "comparisons", "between", "hek293", "and", "each", "of", "the", "progeny", "cell", "lines", "(", "green", "bar", "in", "fig", ".", "3b", ")", ",", "again", "emphasizing", "a", "relatively", "high", "degree", "of", "common", "transcriptomic", "changes", "amongst", "progeny", "cell", "lines", "differentiated", "from", "the", "parental", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "as", "the", "progeny", "cell", "lines", "had", "an", "enrichment", "of", "differentially", "expressed", "genes", "associated", "with", "cellular", "component", "organization", "compared", "to", "hek293", ",", "we", "sought", "to", "evaluate", "to", "what", "cellular", "compartments", "the", "329", "genes", "common", "to", "all", "pairwise", "comparisons", "between", "hek293", "and", "progeny", "cell", "lines", "localize", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "line", "with", "the", "overall", "differential", "expression", "evaluation", "(", "fig", ".", "3a", ")", ",", "which", "emphasized", "changes", "in", "for", "instance", "cell", "adhesion", "and", "extracellular", "matrix", "organization", ",", "there", "was", "a", "significant", "(", "pad", "##j", "<", "0", ".", "05", ")", "enrichment", "of", "genes", "relating", "to", "the", "integral", "compartment", "of", "plasma", "membrane", "(", "go", ":", "0005", "##88", "##7", ")", "amongst", "the", "common", "differentially", "expressed", "(", "de", ")", "genes", "unique", "to", "the", "comparisons", "between", "hek293", "and", "all", "progeny", "cell", "lines", "(", "fig", ".", "3c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "hierarchical", "clustering", "divided", "the", "progeny", "cell", "lines", "into", "two", "different", "taxonomic", "groups", ",", "of", "either", "adherent", "(", "293t", ",", "293", "##e", ")", "or", "suspension", "cell", "lines", "(", "293", "-", "h", ",", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", ")", ",", "diverged", "from", "the", "parental", "hek293", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]

[ "interestingly", ",", "the", "original", "hek293", "cell", "line", "was", "the", "most", "distant", "from", "all", "other", "cell", "lines", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "expected", ",", "the", "two", "293", "-", "f", "lineages", "(", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", ")", "showed", "very", "similar", "profiles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "same", "pattern", "of", "gene", "expression", "clustering", "was", "visualized", "by", "principal", "component", "analysis", "(", "fig", ".", "1d", ")", ",", "where", "the", "suspension", "cell", "-", "lines", "grouped", "together", "in", "the", "plot", ",", "with", "a", "very", "close", "clustering", "of", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O" ]

[ "on", "the", "other", "hand", ",", "the", "adherent", "cell", "-", "lines", "293", "##e", "and", "293t", "showed", "larger", "variations", "in", "gene", "expression", "patterns", "between", "cell", "lines", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "parental", "cell", "line", "hek293", "showed", "a", "notable", "difference", "in", "transcriptome", "profile", "compared", "to", "all", "the", "other", "cell", "lines", "along", "the", "first", "principal", "component", "(", "pc1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "results", "indicate", "a", "genomic", "divergence", "of", "the", "clonal", "lineages", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "and", "suggest", "the", "presence", "of", "similar", "transcriptomic", "traits", "between", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "individually", "selected", "for", "during", "the", "isolation", "of", "each", "clone", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "hierarchical", "clustering", "of", "the", "cell", "lines", "based", "on", "snvs", "gave", "a", "slightly", "different", "trend", "compared", "to", "the", "transcriptomic", "comparison", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "different", "pattern", "of", "overall", "clustering", "was", "observed", ",", "with", "the", "original", "hek293", "and", "293", "##e", "cell", "lines", "separated", "from", "the", "rest", "on", "a", "separate", "branch", "and", "the", "three", "suspension", "cell", "lines", "grouped", "on", "a", "second", "branch", "together", "with", "293t", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]

[ "however", ",", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "were", ",", "as", "expected", ",", "the", "most", "similar", "cell", "lines", "also", "in", "this", "comparison", "(", "supplementary", "fig", ".", "s1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "overall", "number", "of", "genomic", "variations", "was", "similar", "between", "the", "cell", "lines", "and", "variations", "located", "to", "similar", "genomic", "regions", "(", "supplementary", "fig", ".", "s1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "moreover", ",", "the", "ratio", "between", "missense", "and", "syn", "##onom", "##ous", "snvs", "in", "all", "cell", "lines", "ranged", "between", "0", ".", "86", "##6", "and", "0", ".", "87", "##9", ",", "where", "the", "original", "hek293", "strain", "had", "the", "lowest", "ratio", "(", "supplementary", "fig", ".", "s1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pairwise", "comparisons", "of", "snvs", "and", "indels", "between", "hek293", "and", "each", "progeny", "cell", "line", "showed", "that", "the", "highest", "number", "of", "high", "(", "variants", "expected", "to", "have", "a", "disrup", "ti", "##ve", "impact", "on", "the", "protein", ",", "for", "example", "protein", "truncation", "or", "loss", "of", "start", "/", "stop", "codon", ")", "and", "moderate", "(", "non", "-", "disrup", "ti", "##ve", "variant", "that", "might", "change", "protein", "effectiveness", ",", "for", "example", "a", "missense", "variant", ")", "snvs", "and", "indels", "were", "seen", "for", "the", "two", "adherent", "cell", "lines", "293", "##e", "and", "293t", "(", "supplementary", "fig", ".", "s1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "genes", "with", "high", "impact", "snvs", "in", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "can", "be", "found", "in", "supplementary", "table", "s2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "amongst", "these", ",", "five", "genes", "had", "acquired", "high", "impact", "snvs", "(", "ppp", "##2r", "##4", ",", "c9", "##orf", "##43", ",", "ctb", "-", "47", "##b1", "##1", ".", "3", ",", "cy", "##fi", "##p2", "and", "sgc", "##d", ")", "in", "all", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "the", "parental", "strain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "figure", "1c", "##omp", "##aris", "##ons", "of", "genomic", "and", "transcriptomic", "profiles", "of", "hek293", "cells", "showed", "taxonomic", "divergence", "between", "parental", "hek293", "and", "progeny", "cell", "lines", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "schematic", "overview", "of", "the", "lineage", "relationship", "of", "the", "six", "hek293", "cell", "lines", "used", "in", "this", "study", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "blue", "dots", "represent", "adherent", "cells", "whereas", "grey", "dots", "represent", "suspension", "cell", "lines", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "genomic", "comparison", "between", "hek293", "cell", "lines", "based", "on", "spearman", "correlation", "coefficients", "of", "read", "counts", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "darker", "blue", "color", "indicates", "higher", "correlation", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "sample", "-", "to", "-", "sample", "comparison", "between", "transcriptomes", "illustrated", "by", "a", "heatmap", "and", "hierarchical", "clustering", "of", "taxonomic", "##al", "divergence", "between", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "darker", "blue", "color", "indicates", "shorter", "euclidean", "distance", "between", "samples", "and", "more", "similarity", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pca", "plot", "showing", "the", "separation", "in", "expression", "pattern", "between", "samples", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "rna", "expression", "levels", "(", "in", "des", "##eq", "##2", "median", "of", "ratios", ")", "and", "standard", "deviations", "(", "n", "=", "3", ")", "of", "stably", "integrated", "viral", "genes", "(", "ebna", "-", "1", ",", "large", "t", ",", "e1a", "and", "e1", "##b", ")", "in", "hek293", "cell", "lineages", "determined", "by", "rna", "sequencing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "comparisons", "of", "genomic", "and", "transcriptomic", "profiles", "of", "hek293", "cells", "showed", "taxonomic", "divergence", "between", "parental", "hek293", "and", "progeny", "cell", "lines", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]