OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "moreover", ",", "gene", "set", "analysis", "of", "these", "329", "genes", "showed", ",", "although", "non", "-", "significant", "in", "this", "limited", "set", "of", "genes", ",", "alterations", "in", "processes", "related", "to", "cell", "surface", ",", "cell", "adhesion", "and", "epithelial", "to", "mesenchymal", "transition", "(", "supplementary", "fig", ".", "s6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "growth", "morphology", "of", "biop", "##rod", "##uction", "cell", "lines", "is", "of", "great", "importance", "for", "culture", "maintenance", "and", "efficiency", "of", "industrial", "biop", "##roc", "##ess", "##ing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "order", "to", "look", "into", "gene", "expression", "variations", "correlating", "with", "adherent", "and", "suspension", "hek", "293", "cell", "lines", ",", "differential", "expression", "analysis", "between", "adherent", "and", "suspension", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "was", "performed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "results", "from", "the", "overall", "comparison", "of", "transcriptomic", "profiles", "of", "the", "hek293", "cell", "lines", "showed", "that", "the", "parental", "hek293", "cell", "line", "is", "highly", "differentiated", "from", "all", "of", "the", "progeny", "cell", "lines", "and", "moreover", ",", "that", "the", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "cell", "line", "is", "very", "similar", "to", "the", "293", "-", "f", "cell", "line", ",", "hek293", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "were", "excluded", "from", "this", "analysis", ",", "so", "as", "not", "to", "skew", "the", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "enrichment", "analysis", "of", "the", "differentially", "expressed", "genes", "between", "adherent", "(", "293t", "and", "293", "##e", ")", "and", "suspension", "(", "293", "-", "h", "and", "293", "-", "f", ")", "progeny", "cell", "lines", "showed", "significant", "expression", "differences", "of", "similar", "gene", "sets", "as", "in", "the", "comparison", "between", "progeny", "cell", "lines", "and", "the", "parental", "hek293", "(", "figs", ".", "3a", ",", "4a", ",", "supplementary", "table", "s6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "instance", ",", "the", "suspension", "progeny", "cell", "lines", "had", "a", "significant", "up", "-", "regulation", "of", "gene", "sets", "involved", "in", "cellular", "compartment", "organization", "such", "as", "cell", "morphogenesis", ",", "cell", "junction", "-", ",", "cell", "membrane", "-", "and", "cytoskeleton", "organization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "interestingly", ",", "there", "is", "no", "significant", "change", "in", "the", "expression", "of", "the", "extracellular", "matrix", "organization", "gene", "set", "between", "suspension", "and", "adherent", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ]
[ "perhaps", "as", "expected", ",", "there", "was", "significant", "differential", "expression", "observed", "for", "the", "cell", "adhesion", ",", "cell", "differentiation", ",", "cell", "morphogenesis", "and", "cell", "motility", "gene", "sets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "of", "the", "above", "-", "mentioned", "gene", "sets", ",", "including", "cell", "adhesion", ",", "were", "up", "-", "regulated", "in", "suspension", "hek293", "cells", "as", "compared", "to", "adherent", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "when", "looking", "at", "the", "most", "significantly", "differentially", "expressed", "genes", "(", "adjusted", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ")", "amongst", "the", "cell", "adhesion", "gene", "set", ",", "many", "genes", "of", "the", "cadherin", "superfamily", "of", "cell", "adhesion", "molecules", "were", "found", "up", "-", "regulated", "in", "suspension", "cell", "lines", "compared", "to", "adherent", "hek293", "progeny", "cells", "(", "supplementary", "table", "s7", ")", ".", "figure", "4g", "##ene", "set", "analysis", "identified", "biological", "process", "and", "metabolic", "changes", "between", "suspension", "and", "adherent", "hek293", "progeny", "cell", "lineages", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "heatmap", "of", "gene", "set", "analysis", "using", "go", "biological", "processes", "and", "pi", "##ano", "consensus", "scores", "showed", "a", "different", "expression", "pattern", "between", "suspension", "cells", "(", "293", "-", "h", "and", "293", "-", "f", ")", "and", "adherent", "cells", "(", "293", "##e", "and", "293t", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O" ]
[ "low", "consensus", "scores", ",", "represented", "by", "a", "dark", "blue", "color", ",", "indicate", "more", "significant", "differences", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "metabolic", "genes", "set", "analysis", "for", "comparing", "metabolic", "differences", "between", "suspension", "and", "adherent", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "size", "of", "each", "node", "corresponds", "to", "the", "number", "of", "genes", "in", "each", "of", "these", "pathways", ",", "thickness", "of", "connections", "between", "nodes", "corresponds", "to", "the", "number", "shared", "genes", "between", "pathways", "and", "the", "colors", "of", "the", "nodes", "shows", "the", "p", "-", "value", "for", "the", "given", "metabolic", "process", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "gene", "set", "analysis", "identified", "biological", "process", "and", "metabolic", "changes", "between", "suspension", "and", "adherent", "hek293", "progeny", "cell", "lineages", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "heatmap", "of", "gene", "set", "analysis", "using", "go", "biological", "processes", "and", "pi", "##ano", "consensus", "scores", "showed", "a", "different", "expression", "pattern", "between", "suspension", "cells", "(", "293", "-", "h", "and", "293", "-", "f", ")", "and", "adherent", "cells", "(", "293", "##e", "and", "293t", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O" ]
[ "low", "consensus", "scores", ",", "represented", "by", "a", "dark", "blue", "color", ",", "indicate", "more", "significant", "differences", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "metabolic", "genes", "set", "analysis", "for", "comparing", "metabolic", "differences", "between", "suspension", "and", "adherent", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "size", "of", "each", "node", "corresponds", "to", "the", "number", "of", "genes", "in", "each", "of", "these", "pathways", ",", "thickness", "of", "connections", "between", "nodes", "corresponds", "to", "the", "number", "shared", "genes", "between", "pathways", "and", "the", "colors", "of", "the", "nodes", "shows", "the", "p", "-", "value", "for", "the", "given", "metabolic", "process", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "order", "to", "evaluate", "what", "metabolic", "impact", "the", "differentially", "expressed", "genes", "may", "have", "on", "cells", "in", "suspension", "compared", "to", "the", "adherent", "state", ",", "a", "generic", "human", "metabolic", "model", ",", "hm", "##r2", ",", "was", "used", "to", "generate", "a", "set", "of", "metabolic", "genes", "and", "their", "assigned", "pathways", "to", "find", "metabolic", "pathways", "with", "altered", "expression", "between", "adherent", "and", "suspension", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "shown", "in", "fig", ".", "4b", ",", "pathways", "related", "to", "aromatic", "amino", "acids", "and", "oxidative", "phosphorylation", "were", "significantly", "down-regulate", "d", "in", "suspension", "cells", "compared", "to", "adherent", "and", "had", "amongst", "the", "highest", "number", "of", "differentially", "expressed", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pathways", "related", "to", "retinol", ",", "linoleate", "and", "nucleot", "ide", "metabolism", "were", "also", "significantly", "down-regulate", "d", "in", "suspension", "cell", "-", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "on", "the", "other", "hand", ",", "biosynthesis", "and", "metabolism", "of", "cholesterol", "were", "found", "to", "be", "most", "significantly", "up", "-", "regulated", "amongst", "metabolic", "pathways", "in", "suspension", "compared", "to", "adherent", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "pathways", "related", "to", "protein", "modification", "and", "fatty", "acid", "metabolism", "(", "omega", "-", "3", "/", "6", "fatty", "acid", "metabolism", ",", "fatty", "acid", "desatur", "##ation", ",", "fatty", "acid", "biosynthesis", "and", "fatty", "acid", "elongation", ")", "were", "up", "-", "regulated", "in", "suspension", "compared", "to", "adherent", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "results", "from", "the", "metabolic", "gene", "set", "analysis", "are", "provided", "in", "supplementary", "table", "s8", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "focusing", "on", "the", "pairwise", "comparisons", "between", "hek293", "cell", "lines", ",", "38", "differentially", "expressed", "genes", "were", "identified", "common", "to", "all", "adherent", "to", "suspension", "pairwise", "comparisons", "(", "red", "column", "in", "figs", ".", "3b", ",", "5a", ",", "supplementary", "table", "s5", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "three", "of", "the", "genes", "(", "arr", "##dc", "##3", ",", "hmg", "##cs", "##1", "and", "pc", "##yo", "##x1", "##l", ")", "had", "the", "same", "directional", "gene", "copy", "number", "variation", "(", "gain", "or", "loss", ")", "compared", "to", "gene", "expression", "fold", "-", "changes", "(", "up", "or", "down", ")", "of", "all", "suspension", "compared", "to", "adherent", "cells", ",", "which", "may", "at", "least", "partly", "explain", "the", "differential", "expression", "of", "these", "genes", "between", "the", "groups", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "gene", "enrichment", "analysis", "of", "this", "set", "of", "38", "differentially", "expressed", "genes", "between", "adherent", "and", "suspension", "cells", ",", "performed", "using", "enrich", "##r", ",", "predicted", "the", "cholesterol", "biosynthetic", "process", "pathway", "as", "the", "cellular", "pathway", "most", "affected", "by", "this", "expression", "variation", "(", "fig", ".", "5b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "result", "further", "emphasizes", "the", "differential", "expression", "between", "adherent", "and", "suspension", "cells", "of", "genes", "involved", "in", "the", "cholesterol", "pathway", ",", "mentioned", "above", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "among", "the", "38", "common", "differentially", "expressed", "genes", "msm", "##o1", ",", "idi", "##1", ",", "npc1", "##l1", ",", "ins", "##ig", "##1", "and", "hmg", "##cs", "##1", "are", "directly", "related", "to", "cholesterol", "biosynthesis", "(", "go", ":", "000", "##66", "##95", "and", "/", "or", "go", ":", "000", "##82", "##03", ",", "fig", ".", "5b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "of", "these", "genes", "had", "at", "least", "a", "two", "-", "fold", "increase", "in", "expression", "in", "the", "suspension", "cells", "compared", "with", "the", "adherent", "cell", "-", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "based", "on", "these", "findings", ",", "we", "sought", "to", "predict", "the", "effect", "of", "the", "differentially", "expressed", "genes", "between", "adherent", "and", "suspension", "hek293", "cell", "lines", "on", "the", "cholesterol", "biosynthesis", "of", "the", "cells", "using", "ingenuity", "pathway", "analysis", "(", "ipa", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "the", "msm", "##o1", ",", "idi", "##1", "and", "hmg", "##cs", "##1", "genes", "were", "all", "up", "-", "regulated", "in", "293", "-", "f", "and", "293", "-", "h", "compared", "to", "hek293", ",", "the", "down", "-", "regulation", "of", "the", "lat", "##ho", "##st", "##ero", "##l", "oxidase", "gene", "(", "sc", "##5", "##d", ")", ",", "which", "gene", "product", "is", "in", "downstream", "steps", "of", "the", "pathway", ",", "resulted", "in", "a", "predicted", "reduction", "in", "cholesterol", "production", "in", "293", "-", "f", "and", "293", "-", "h", "cells", "compared", "to", "hek293", "(", "supplementary", "fig", ".", "s7", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "comparisons", "between", "suspension", "cell", "lines", "(", "293", "-", "f", "and", "293", "-", "h", ")", "and", "adherent", "progeny", "cell", "lines", "(", "293", "##e", "and", "293t", ")", "did", "not", "result", "in", "any", "predicted", "changes", "in", "cholesterol", "biosynthesis", "(", "data", "not", "shown", ")", ".", "figure", "5e", "##val", "##uation", "of", "common", "de", "genes", "between", "adherent", "and", "suspension", "hek293", "cells", "identified", "cholesterol", "biosynthesis", "as", "the", "main", "enriched", "pathway", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "heat", "map", "with", "tpm", "values", "for", "each", "de", "gene", "common", "to", "all", "adherent", "to", "suspension", "comparisons", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "top", "ten", "most", "enriched", "biological", "go", "terms", "of", "the", "38", "common", "de", "genes", "between", "adherent", "and", "suspension", "cells", "based", "on", "gene", "enrichment", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "length", "and", "color", "of", "bars", "both", "show", "significance", "of", "adjusted", "p", "-", "value", "for", "the", "hypergeometric", "test", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "also", ",", "genes", "mentioned", "in", "each", "bar", "are", "the", "genes", "that", "belong", "to", "enriched", "go", "term", "and", "present", "in", "the", "list", "of", "38", "de", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "evaluation", "of", "common", "de", "genes", "between", "adherent", "and", "suspension", "hek293", "cells", "identified", "cholesterol", "biosynthesis", "as", "the", "main", "enriched", "pathway", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "heat", "map", "with", "tpm", "values", "for", "each", "de", "gene", "common", "to", "all", "adherent", "to", "suspension", "comparisons", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "top", "ten", "most", "enriched", "biological", "go", "terms", "of", "the", "38", "common", "de", "genes", "between", "adherent", "and", "suspension", "cells", "based", "on", "gene", "enrichment", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "length", "and", "color", "of", "bars", "both", "show", "significance", "of", "adjusted", "p", "-", "value", "for", "the", "hypergeometric", "test", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "also", ",", "genes", "mentioned", "in", "each", "bar", "are", "the", "genes", "that", "belong", "to", "enriched", "go", "term", "and", "present", "in", "the", "list", "of", "38", "de", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "four", "out", "of", "the", "38", "differentially", "expressed", "genes", "(", "lox", ",", "smad", "##7", ",", "id", "##1", "&", "tx", "##nip", ")", "have", "previously", "been", "shown", "to", "have", "a", "role", "in", "the", "epithelial", "to", "mesenchymal", "transition", "(", "emt", ")", "pathway", ",", "we", "evaluated", "the", "role", "of", "this", "pathway", "in", "the", "transition", "from", "adherent", "to", "suspension", "cell", "growth", "of", "these", "hek293", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ]
[ "the", "normalized", "expression", "of", "a", "set", "of", "emt", "markers", "showed", "that", "the", "parental", "hek293", "actually", "had", "the", "highest", "level", "of", "expression", "of", "various", "mesenchymal", "markers", "(", "n", "-", "cadherin", ",", "vimentin", "and", "fibronectin", ")", "of", "all", "the", "six", "cell", "lines", "(", "supplementary", "fig", ".", "s8", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "moreover", ",", "when", "predicting", "emt", "pathway", "outcomes", "for", "suspension", "cells", "(", "293", "##f", "and", "293", "##h", ")", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "strain", "using", "ipa", ",", "the", "results", "predicted", "reduced", "emt", "in", "the", "suspension", "progeny", "cells", "compared", "to", "hek293", "(", "supplementary", "fig", ".", "s8", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "suspension", "cells", "were", "predicted", "to", "have", "increased", "disrup", "ti", "##on", "of", "adherence", "junctions", ",", "which", "is", "consistent", "with", "the", "suspension", "cell", "phenotype", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "taken", "together", "the", "comparison", "between", "adherent", "and", "suspension", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "suggest", "that", "the", "transition", "between", "adherent", "to", "suspension", "cell", "growth", "is", "not", "equivalent", "to", "the", "epithelial", "to", "mesenchymal", "transition", "even", "though", "several", "emt", "-", "associated", "genes", "may", "be", "key", "to", "the", "difference", "between", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "instead", "key", "changes", "were", "found", "associated", "with", "cholesterol", "biosynthesis", "and", "fatty", "acid", "metabolism", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "identification", "of", "key", "genes", "involved", "in", "the", "transition", "from", "adherent", "to", "suspension", "morphology", ",", "expression", "data", "from", "an", "additional", "set", "of", "63", "different", "human", "cell", "lines", "deposited", "in", "the", "human", "protein", "atlas", "database", "were", "analyzed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "principal", "component", "analysis", "of", "these", "cell", "lines", "resulted", "in", "clustering", "of", "suspension", "cell", "lines", "in", "a", "distinc", "t", "group", "separated", "from", "adherent", "cell", "lines", "(", "fig", ".", "6a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "since", "most", "of", "the", "suspension", "cell", "lines", "are", "lymphoid", "or", "myeloid", "-", "derived", "this", "clustering", "may", "be", "a", "result", "of", "the", "similar", "origin", "of", "the", "suspension", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "transcription", "data", "of", "the", "38", "previously", "identified", "differentially", "expressed", "genes", "from", "47", "adherent", "and", "16", "suspension", "cell", "lines", "(", "supplementary", "table", "s9", ")", "was", "compared", "between", "the", "two", "groups", "using", "a", "mann", "–", "whitney", "u", "-", "test", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "within", "this", "set", ",", "nine", "genes", "(", "lox", ",", "id", "##1", ",", "adamts", "##1", ",", "zi", "##c1", ",", "kcn", "##ma", "##1", ",", "dh", "##rs", "##3", ",", "rar", "##g", ",", "col", "##4a", "##6", "and", "arr", "##dc", "##4", ")", "had", "significant", "different", "expression", "levels", "between", "adherent", "and", "suspension", "cell", "lines", "with", "p", "-", "values", "<", "0", ".", "01", "(", "fig", ".", "6b", ",", "c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "four", "of", "these", "genes", "(", "adamts", "##1", ",", "kcn", "##ma", "##1", ",", "col", "##4a", "##6", "and", "arr", "##dc", "##4", ")", "had", "the", "opposite", "directional", "change", "in", "the", "extended", "data", "set", "compared", "to", "the", "differential", "expression", "between", "only", "hek293", "strains", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ]
[ "based", "on", "these", "findings", ",", "the", "remaining", "five", "genes", "(", "lox", ",", "id", "##1", ",", "zi", "##c1", ",", "dh", "##rs", "##3", "and", "rar", "##g", ")", ",", "which", "showed", "a", "consistent", "down", "-", "regulation", "in", "suspension", "cell", "lines", "compared", "to", "adherent", "cells", ",", "may", "play", "important", "roles", "in", "the", "morphological", "differences", "between", "the", "adherent", "and", "suspension", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "figure", "6g", "##ene", "expression", "validation", "of", "the", "38", "previously", "identified", "differentially", "expressed", "genes", "in", "63", "human", "cell", "lines", ",", "identified", "nine", "significantly", "differentially", "expressed", "genes", "between", "suspension", "and", "adherent", "cell", "lines", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pca", "transcriptomic", "data", "of", "63", "human", "cell", "-", "lines", "from", "the", "human", "protein", "atlas", "shows", "a", "clear", "separation", "of", "suspension", "and", "adherent", "cell", "lines", "from", "different", "tissues", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "range", "of", "normalized", "counts", "in", "hpa", "cell", "lines", "for", "each", "of", "the", "previously", "identified", "38", "genes", ",", "differentially", "expressed", "between", "all", "adherent", "and", "suspension", "hek293", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ]
[ "the", "black", "line", "in", "each", "box", "shows", "median", "of", "normalized", "counts", "for", "the", "gene", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genes", "that", "are", "differentially", "expressed", "between", "adherent", "and", "suspension", "cells", "using", "a", "mann", "–", "whitney", "u", "-", "test", ",", "with", "p", "-", "values", "<", "0", ".", "01", ",", "are", "highlighted", "in", "purple", ",", "where", "length", "of", "bars", "shows", "logarithmic", "fold", "change", "of", "median", "between", "two", "groups", "and", "the", "color", "of", "bars", "denotes", "degree", "of", "significance", "of", "p", "-", "value", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "non", "-", "significant", "genes", "have", "gray", "bars", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "gene", "expression", "validation", "of", "the", "38", "previously", "identified", "differentially", "expressed", "genes", "in", "63", "human", "cell", "lines", ",", "identified", "nine", "significantly", "differentially", "expressed", "genes", "between", "suspension", "and", "adherent", "cell", "lines", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pca", "transcriptomic", "data", "of", "63", "human", "cell", "-", "lines", "from", "the", "human", "protein", "atlas", "shows", "a", "clear", "separation", "of", "suspension", "and", "adherent", "cell", "lines", "from", "different", "tissues", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "range", "of", "normalized", "counts", "in", "hpa", "cell", "lines", "for", "each", "of", "the", "previously", "identified", "38", "genes", ",", "differentially", "expressed", "between", "all", "adherent", "and", "suspension", "hek293", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ]
[ "the", "black", "line", "in", "each", "box", "shows", "median", "of", "normalized", "counts", "for", "the", "gene", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genes", "that", "are", "differentially", "expressed", "between", "adherent", "and", "suspension", "cells", "using", "a", "mann", "–", "whitney", "u", "-", "test", ",", "with", "p", "-", "values", "<", "0", ".", "01", ",", "are", "highlighted", "in", "purple", ",", "where", "length", "of", "bars", "shows", "logarithmic", "fold", "change", "of", "median", "between", "two", "groups", "and", "the", "color", "of", "bars", "denotes", "degree", "of", "significance", "of", "p", "-", "value", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "non", "-", "significant", "genes", "have", "gray", "bars", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "due", "to", "the", "extensive", "usage", "of", "hek293", "cells", "as", "a", "biop", "##rod", "##uction", "platform", "for", "pharmaceutical", "proteins", "and", "aav", "vectors", ",", "characterization", "of", "the", "hek293", "genome", "and", "transcriptome", "is", "relevant", "for", "biop", "##roc", "##ess", "development", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "deeper", "knowledge", "of", "the", "hek293", "genomic", "and", "transcriptomic", "traits", "can", "for", "instance", "pav", "##e", "the", "way", "for", "more", "rational", "cell", "line", "engineering", "approaches", ",", "aiming", "to", "improve", "biop", "##rod", "##uction", "efficiency", "and", "quality", "of", "protein", "products", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "different", "hek293", "lineages", "are", "propagated", "under", "different", "conditions", "and", "the", "observation", "that", "immortalized", "continuously", "cultured", "cell", "lines", ",", "such", "as", "hek293", ",", "have", "a", "high", "degree", "of", "genomic", "instability", "with", "frequent", "chromosome", "rearrangements", "it", "can", "be", "expected", "that", "different", "hek293", "lineages", "are", "differentiated", "at", "the", "genomic", "and", "transcriptomic", "level", "compared", "to", "the", "parental", "cell", "line", "." ]	[ "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "the", "genomes", "and", "transcriptomes", "of", "the", "original", "hek293", "along", "with", "five", "progeny", "cell", "lineages", "were", "analyzed", "(", "fig", ".", "1a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "overall", "comparison", "of", "genomic", "and", "transcriptomic", "profiles", "confirmed", "the", "picture", "of", "clonal", "##ly", "diverged", "progeny", "cells", "as", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", "(", "fig", ".", "1b", ",", "c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "expected", ",", "there", "was", "a", "high", "degree", "of", "genomic", "and", "transcriptomic", "similarities", "of", "the", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "and", "293", "-", "f", "cell", "lines", "(", "fig", ".", "1b", "–", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "results", "presented", "here", "indeed", "show", "that", "they", "are", "highly", "similar", "both", "on", "a", "genomic", "and", "transcriptomic", "level", "and", "confirm", "the", "previously", "reported", "findings", "that", "standard", "propagation", "of", "hek293", "cell", "lines", "does", "not", "alter", "the", "genomic", "profile", "to", "a", "large", "extent", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "furthermore", ",", "based", "on", "the", "hierarchical", "clustering", ",", "the", "adherent", "progeny", "cell", "lines", "showed", "a", "higher", "degree", "of", "divergence", "from", "each", "other", "compared", "to", "suspension", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "may", "be", "a", "result", "of", "the", "independent", "transformation", "and", "isolation", "of", "the", "293t", "and", "293", "##e", "lineages", "by", "the", "stable", "integration", "of", "different", "viral", "genes", "in", "different", "labs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "relatively", "low", "expression", "level", "of", "ebna", "##1", "observed", "in", "293", "##e", "cells", "may", "be", "an", "effect", "of", "cultiv", "##ating", "cells", "in", "the", "absence", "of", "genetic", "##in", "in", "this", "study", ",", "in", "order", "to", "minimize", "differences", "in", "cultivation", "conditions", "between", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "interestingly", ",", "a", "truncated", "version", "of", "the", "large", "t", "antigen", "was", "also", "found", "to", "be", "expressed", "in", "293", "##e", "cells", ",", "which", "has", "to", "our", "knowledge", "not", "been", "reported", "previously", "(", "fig", ".", "1e", "and", "supplementary", "fig", ".", "s2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "sequence", "was", "likely", "derived", "from", "the", "prs", "##v", "##ne", "##o", "plasmid", "that", "was", "co", "-", "transfected", "with", "pcmv", "-", "ebna", "##1", "during", "the", "isolation", "of", "the", "293", "##e", "c18", "clone", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "overall", "comparison", "of", "the", "genomic", "and", "transcriptomic", "##s", "profiles", "of", "hek293", "cell", "lines", "suggests", "that", "the", "parental", "hek293", "strain", "has", "the", "highest", "divergence", "amongst", "the", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "common", "changes", "in", "gene", "copy", "number", "gain", "or", "loss", "(", "fig", ".", "2", "and", "supplementary", "fig", ".", "s3", ")", "and", "consensus", "differential", "expression", "alterations", "(", "fig", ".", "3", ")", "were", "observed", "amongst", "all", "progeny", "cell", "lines", "when", "compared", "to", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "for", "instance", ",", "a", "common", "dense", "pattern", "of", "copy", "number", "gain", "and", "loss", "for", "progeny", "cell", "lines", "was", "observed", "on", "chromosome", "13", "and", "18", "(", "fig", ".", "2a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "such", "patterns", ",", "found", "across", "all", "or", "several", "lineages", "of", "hek293", "isolated", "independently", "by", "different", "methods", ",", "suggests", "a", "selective", "advantage", "for", "altered", "copy", "numbers", "of", "such", "loci", "in", "regard", "to", "the", "phenotypes", "of", "the", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "on", "chromosome", "13", ",", "several", "genes", "associated", "with", "the", "cytoskeleton", "(", "bor", "##a", ",", "mz", "##t1", ",", "pib", "##f1", ",", "dac", "##h1", "and", "kl", "##hl", "##1", ")", "had", "a", "copy", "number", "gain", "in", "all", "progeny", "cell", "lines", "(", "supplementary", "table", "s3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "indeed", ",", "consensus", "gene", "expression", "changes", "associated", "with", "cytoskeleton", "organization", "were", "observed", "between", "all", "progeny", "hek293", "cell", "lines", "and", "hek293", "(", "fig", ".", "3a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "bor", "##a", ",", "mz", "##t1", "and", "dac", "##h1", "were", "found", "amongst", "the", "329", "genes", "commonly", "differentially", "expressed", "between", "all", "adherent", "and", "suspension", "cell", "lines", "(", "supplementary", "table", "s3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "moreover", ",", "amongst", "the", "five", "genes", "with", "high", "impact", "snvs", "found", "in", "all", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "hek293", ",", "one", "gene", "(", "sgc", "##d", ")", "encodes", "the", "cytoskeletal", "protein", "delta", "-", "sarc", "##oglycan", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "within", "the", "gained", "region", "of", "chromosome", "18", "common", "to", "all", "progeny", "cell", "lines", "except", "293", "##e", ",", "there", "are", "several", "cell", "adhesion", "molecules", "(", "dsc", "##1", ",", "dsc", "##2", ",", "dsc", "##3", ",", "ds", "##g1", ",", "ds", "##g2", ",", "ds", "##g3", "and", "ds", "##g4", ")", ",", "which", "may", "render", "this", "region", "prone", "to", "gene", "copy", "number", "variation", "during", "cell", "line", "development", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "observed", "enrichment", "of", "cell", "adhesion", "go", "-", "terms", "(", "go", ":", "0", ",", "007", ",", "156", "and", "go", ":", "0", ",", "09", "##8", ",", "74", "##2", ")", "amongst", "genes", "with", "common", "high", "/", "moderate", "impact", "snps", "unique", "to", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "hek293", "cells", "also", "supported", "common", "genomic", "alterations", "in", "progeny", "cell", "lines", "involved", "in", "cell", "adhesion", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "combined", "with", "the", "observed", "down", "-", "regulation", "of", "the", "entire", "cell", "adhesion", "gene", "set", "in", "progeny", "cell", "lines", "compared", "to", "hek293", "(", "fig", ".", "3a", ")", ",", "results", "highlight", "changes", "in", "cytoskeleton", "and", "cell", "adhesion", "during", "continuous", "cultivation", "and", "cell", "line", "development", "of", "hek293", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ]
[ "such", "traits", "associated", "with", "cell", "adhesion", ",", "cell", "motility", "and", "extracellular", "matrix", "organization", "may", "result", "from", "selective", "pressure", ",", "through", "ineff", "##iciency", "of", "detach", "##ing", "the", "most", "adherent", "cells", ",", "during", "single", "cell", "cloning", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "indeed", ",", "the", "adherent", "progeny", "cell", "lines", "293", "##e", "and", "293t", "are", "easier", "to", "detach", "by", "trypsin", "##ization", "compared", "to", "the", "parental", "hek293", ",", "potentially", "through", "altered", "expression", "of", "cell", "adhesion", ",", "cytoskeletal", "and", "cell", "membrane", "proteins", "in", "accordance", "with", "the", "observed", "consensus", "changes", "between", "progeny", "cell", "lines", "and", "the", "parental", "hek293", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ]
[ "moreover", ",", "specific", "genomic", "regions", "of", "more", "local", "gain", "or", "loss", "of", "specific", "genes", "were", "observed", ",", "including", "a", "loss", "of", "fumarate", "hydra", "##ta", "##se", "(", "fh", ")", "gene", "copies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "loss", "of", "fh", "copies", "was", "previously", "observed", "for", "hek293", "by", "lin", "and", "coworkers", "and", "was", "suggested", "to", "play", "an", "important", "part", "in", "the", "transformed", "phenotype", "of", "the", "cell", "line", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "line", "with", "this", ",", "our", "results", "showed", "that", "several", "of", "the", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "(", "293", "##e", ",", "293", "-", "f", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", ")", "were", "found", "to", "only", "maintain", "half", "the", "number", "of", "fh", "gene", "copies", "compared", "to", "the", "original", "hek293", "(", "supplementary", "fig", ".", "s4", ")", ",", "supporting", "an", "advantageous", "loss", "of", "the", "fh", "gene", "in", "the", "hek293", "cell", "lineages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ]
[ "furthermore", ",", "a", "conserved", "pattern", "of", "substantial", "gain", "(", ">", "1", ".", "5", "log2", "-", "fold", "change", ")", "of", "the", "tle", "##4", "gene", "and", "surrounding", "loci", ",", "was", "observed", "for", "all", "progeny", "cells", "except", "293", "##e", "(", "supplementary", "fig", ".", "s4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "interestingly", ",", "tle", "##4", "has", "previously", "been", "reported", "to", "have", "both", "a", "tumor", "suppressor", "function", "and", "to", "be", "associated", "with", "promoting", "tumor", "growth", "in", "different", "studies", "of", "different", "cancers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "moreover", ",", "a", "significant", "loss", "of", "the", "adam", "##3a", "pseudo", "##gene", "(", "<", "-", "1", "log2", "-", "fold", "change", ")", ",", "which", "has", "previously", "been", "associated", "with", "different", "cancers", ",", "was", "observed", "in", "all", "progeny", "cell", "lines", "except", "293", "-", "h", "compared", "to", "hek293", "(", "supplementary", "fig", ".", "s4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "specific", "gain", "of", "tle", "##4", "and", "/", "or", "loss", "of", "adam", "##3a", "loci", "and", "their", "association", "with", "tumor", "development", ",", "suggest", "important", "functions", "of", "these", "genes", "in", "the", "evolution", "of", "hek293", "cell", "lines", ",", "potentially", "through", "effects", "on", "proliferation", "and", "/", "or", "evasion", "of", "normal", "cell", "senescence", "of", "progeny", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "moreover", ",", "gene", "set", "analysis", "of", "these", "329", "genes", "showed", ",", "although", "non", "-", "significant", "in", "this", "limited", "set", "of", "genes", ",", "alterations", "in", "processes", "related", "to", "cell", "surface", ",", "cell", "adhesion", "and", "epithelial", "to", "mesenchymal", "transition", "(", "supplementary", "fig", ".", "s6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "growth", "morphology", "of", "biop", "##rod", "##uction", "cell", "lines", "is", "of", "great", "importance", "for", "culture", "maintenance", "and", "efficiency", "of", "industrial", "biop", "##roc", "##ess", "##ing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "order", "to", "look", "into", "gene", "expression", "variations", "correlating", "with", "adherent", "and", "suspension", "hek", "293", "cell", "lines", ",", "differential", "expression", "analysis", "between", "adherent", "and", "suspension", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "was", "performed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "results", "from", "the", "overall", "comparison", "of", "transcriptomic", "profiles", "of", "the", "hek293", "cell", "lines", "showed", "that", "the", "parental", "hek293", "cell", "line", "is", "highly", "differentiated", "from", "all", "of", "the", "progeny", "cell", "lines", "and", "moreover", ",", "that", "the", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "cell", "line", "is", "very", "similar", "to", "the", "293", "-", "f", "cell", "line", ",", "hek293", "and", "free", "##st", "##yle", "293", "-", "f", "were", "excluded", "from", "this", "analysis", ",", "so", "as", "not", "to", "skew", "the", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "enrichment", "analysis", "of", "the", "differentially", "expressed", "genes", "between", "adherent", "(", "293t", "and", "293", "##e", ")", "and", "suspension", "(", "293", "-", "h", "and", "293", "-", "f", ")", "progeny", "cell", "lines", "showed", "significant", "expression", "differences", "of", "similar", "gene", "sets", "as", "in", "the", "comparison", "between", "progeny", "cell", "lines", "and", "the", "parental", "hek293", "(", "figs", ".", "3a", ",", "4a", ",", "supplementary", "table", "s6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "instance", ",", "the", "suspension", "progeny", "cell", "lines", "had", "a", "significant", "up", "-", "regulation", "of", "gene", "sets", "involved", "in", "cellular", "compartment", "organization", "such", "as", "cell", "morphogenesis", ",", "cell", "junction", "-", ",", "cell", "membrane", "-", "and", "cytoskeleton", "organization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "interestingly", ",", "there", "is", "no", "significant", "change", "in", "the", "expression", "of", "the", "extracellular", "matrix", "organization", "gene", "set", "between", "suspension", "and", "adherent", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ]

[ "perhaps", "as", "expected", ",", "there", "was", "significant", "differential", "expression", "observed", "for", "the", "cell", "adhesion", ",", "cell", "differentiation", ",", "cell", "morphogenesis", "and", "cell", "motility", "gene", "sets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "of", "the", "above", "-", "mentioned", "gene", "sets", ",", "including", "cell", "adhesion", ",", "were", "up", "-", "regulated", "in", "suspension", "hek293", "cells", "as", "compared", "to", "adherent", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "when", "looking", "at", "the", "most", "significantly", "differentially", "expressed", "genes", "(", "adjusted", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "01", ")", "amongst", "the", "cell", "adhesion", "gene", "set", ",", "many", "genes", "of", "the", "cadherin", "superfamily", "of", "cell", "adhesion", "molecules", "were", "found", "up", "-", "regulated", "in", "suspension", "cell", "lines", "compared", "to", "adherent", "hek293", "progeny", "cells", "(", "supplementary", "table", "s7", ")", ".", "figure", "4g", "##ene", "set", "analysis", "identified", "biological", "process", "and", "metabolic", "changes", "between", "suspension", "and", "adherent", "hek293", "progeny", "cell", "lineages", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "heatmap", "of", "gene", "set", "analysis", "using", "go", "biological", "processes", "and", "pi", "##ano", "consensus", "scores", "showed", "a", "different", "expression", "pattern", "between", "suspension", "cells", "(", "293", "-", "h", "and", "293", "-", "f", ")", "and", "adherent", "cells", "(", "293", "##e", "and", "293t", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O" ]

[ "low", "consensus", "scores", ",", "represented", "by", "a", "dark", "blue", "color", ",", "indicate", "more", "significant", "differences", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "metabolic", "genes", "set", "analysis", "for", "comparing", "metabolic", "differences", "between", "suspension", "and", "adherent", "hek293", "progeny", "cell", "lines", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "size", "of", "each", "node", "corresponds", "to", "the", "number", "of", "genes", "in", "each", "of", "these", "pathways", ",", "thickness", "of", "connections", "between", "nodes", "corresponds", "to", "the", "number", "shared", "genes", "between", "pathways", "and", "the", "colors", "of", "the", "nodes", "shows", "the", "p", "-", "value", "for", "the", "given", "metabolic", "process", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "gene", "set", "analysis", "identified", "biological", "process", "and", "metabolic", "changes", "between", "suspension", "and", "adherent", "hek293", "progeny", "cell", "lineages", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ]