OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "at", "any", "of", "these", "two", "stages", ",", "pan", "-", "neuronal", "differentiation", "can", "be", "achieved", "after", "three", "to", "four", "weeks", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "hesc", "line", "hu", "##es", "##6", "was", "cultured", "on", "mef", "feeder", "##s", "as", "previously", "described", "(", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "mc", "##b", ".", "harvard", ".", "edu", "/", "melt", "##on", "/", "hu", "##es", "/", ")", "or", "on", "gfr", "matrigel", "coated", "plates", "." ]	[ "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "grown", "on", "matrigel", "were", "grown", "in", "mef", "-", "conditioned", "medium", "and", "fgf", "-", "2", "was", "used", "at", "20", "ng", "/", "ml", "instead", "of", "10", "ng", "/", "ml", "for", "cells", "grown", "on", "mefs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "differentiate", "neuro", "##epithelial", "precursors", ",", "colonies", "were", "removed", "by", "treatment", "with", "collagenase", "iv", "(", "sigma", ")", "and", "washed", "three", "times", "in", "growth", "media", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "pieces", "of", "colonies", "were", "resuspended", "in", "hu", "##es", "growth", "media", "without", "fgf2", "in", "an", "unco", "##ated", "bacterial", "petri", "dish", "to", "form", "ebs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "after", "one", "week", ",", "ebs", "were", "plated", "on", "poly", "##orna", "##thi", "##ne", "/", "laminin", "coated", "plates", "in", "dmem", "/", "f12", "supplemented", "with", "n2", "and", "fgf2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "rose", "##tt", "##e", "structures", "were", "manually", "collected", "and", "enzymatically", "dissociated", "with", "tryp", "##le", "(", "invitrogen", ")", ",", "plated", "on", "poly", "##orna", "##thi", "##ne", "/", "laminin", "coated", "plates", ",", "and", "grown", "in", "dmem", "/", "f12", "supplemented", "with", "n2", "and", "b27", "-", "ra", "and", "20", "ng", "/", "ml", "fgf", "-", "2", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "could", "be", "grown", "as", "a", "monolayer", "for", "up", "to", "at", "least", "ten", "passages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "sox", "##1", "and", "nestin", "positive", "and", "readily", "differentiated", "into", "neurons", "upon", "withdrawal", "of", "fgf", "-", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "human", "central", "nervous", "system", "stem", "cell", "line", "fb", "##r1", "##66", "##4", "(", "stem", "##cell", "##s", ")", "which", "is", "referred", "to", "as", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "in", "the", "main", "text", "was", "cultured", "as", "previously", "described", "[", "23", "]", "." ]	[ "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "cells", "were", "cultured", "in", "medium", "consisting", "of", "ex", "vivo", "15", "(", "bio", "##wh", "##itt", "##aker", ")", "medium", "with", "n2", "supplement", "(", "gibco", ")", ",", "fgf2", "(", "20", "ng", "/", "ml", ")", ",", "epidermal", "growth", "factor", "(", "20", "ng", "/", "ml", ")", ",", "lymphocyte", "inhibitory", "factor", "(", "10", "ng", "/", "ml", ")", ",", "0", ".", "2", "mg", "/", "ml", "heparin", ",", "and", "60", "ug", "/", "ml", "n", "-", "acetyl", "##cys", "##teine", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cultures", "were", "fed", "weekly", "and", "passaged", "at", "∼", "##t", "##w", "##o", "to", "three", "weeks", "using", "collagenase", "##s", "(", "roche", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "following", "antibod", "ie", "##s", "and", "corresponding", "dilutions", "were", "utilized", "for", "the", "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "analysis", "of", "marker", "genes", "in", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ":", "sox2", "(", "chemicon", ",", "1", ":", "500", ")", ",", "oct4", "(", "santa", "cruz", ",", "1", ":", "500", ")", ",", "sox", "##1", "(", "chemicon", ",", "1", ":", "500", ")", ",", "nestin", "(", "pharmingen", ",", "1", ":", "250", ")", ";", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ":", "sox2", "(", "chemicon", ",", "1", ":", "200", ")", ",", "nestin", "(", "chemicon", ",", "1", ":", "200", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "rna", "preparation", "and", "array", "hy", "##br", "##i", "diz", "at", "##ion", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "total", "rna", "from", "cells", "was", "processed", "as", "follows", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "lysed", "in", "1", "ml", "of", "rna", "-", "bee", "(", "tel", "##test", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "rna", "was", "isolated", "by", "chloroform", "extraction", "of", "the", "aqueous", "phase", ",", "followed", "by", "iso", "propanol", "precipitation", "as", "per", "the", "manufacturer", "'", "s", "instructions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "precipitated", "rna", "was", "washed", "in", "75", "%", "ethanol", "and", "eluted", "with", "dep", "##c", "-", "treated", "water", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "five", "ug", "of", "rna", "was", "treated", "with", "rq", "##1", "dna", "##ase", "(", "promega", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "instructions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "one", "ug", "of", "total", "rna", "for", "each", "sample", "was", "processed", "using", "the", "affymetrix", "genechip", "whole", "transcript", "sense", "target", "labeling", "assay", "(", "affymetrix", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ribosomal", "rna", "was", "reduced", "with", "the", "ribo", "##min", "##us", "kit", "(", "invitrogen", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "target", "material", "was", "prepared", "using", "commercially", "available", "affymetrix", "genechip", "wt", "cdna", "synthesis", "kit", ",", "wt", "cdna", "amplification", "kit", ",", "and", "wt", "terminal", "labeling", "kit", "(", "affymetrix", ")", "as", "per", "manufacturer", "'", "s", "instructions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "hy", "##br", "##i", "diz", "at", "##ion", "cocktail", "##s", "containing", "∼", "##5", "ug", "of", "fragmented", "and", "labeled", "dna", "target", "were", "prepared", "and", "applied", "to", "genechip", "human", "exon", "1", ".", "0", "st", "arrays", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "hy", "##br", "##i", "diz", "at", "##ion", "was", "performed", "for", "16", "hours", "using", "the", "fluid", "##ics", "450", "station", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "arrays", "were", "scanned", "using", "the", "affymetrix", "3000", "7g", "scanner", "and", "genechip", "operating", "software", "version", "1", ".", "4", "to", "produce", ".", "cel", "intensity", "files", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "detection", "of", "as", "by", "rt", "-", "pcr", ".", "cdnas", "were", "generated", "from", "total", "rna", "with", "superscript", "iii", "reverse", "transcriptase", "(", "invitrogen", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pcr", "reactions", "were", "performed", "with", "primer", "pairs", "designed", "for", "as", "targets", "(", "annealing", "at", "58", "°c", "and", "amplification", "for", "30", "or", "35", "cycles", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pcr", "products", "were", "resolved", "on", "either", "1", ".", "5", "%", "or", "3", "%", "agarose", "gel", "in", "tbe", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "ethidium", "bromide", "-", "stained", "gels", "were", "scanned", "with", "typh", "##oon", "86", "##00", "scanner", "(", "molecular", "dynamics", ")", "for", "quantification", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "number", "of", "true", "positives", "(", "tp", ";", "false", "negatives", ",", "fn", ")", "was", "computed", "as", "the", "number", "of", "reap", "[", "+", "]", "(", "reap", "[", "−", "]", ")", "exons", "that", "were", "validated", "by", "rt", "-", "pcr", "as", "as", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "number", "of", "true", "negatives", "(", "tn", ";", "or", "fps", ")", "was", "computed", "as", "the", "number", "of", "reap", "[", "−", "]", "(", "reap", "[", "+", "]", ")", "exons", "that", "were", "validated", "by", "rt", "-", "pcr", "as", "constitutively", "spliced", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "true", "(", "false", ")", "positive", "rate", "was", "computed", "as", "tp", "(", "fp", ")", "divided", "by", "the", "total", "number", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "in", "the", "experimentally", "validated", "set", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "true", "(", "false", ")", "negative", "rate", "was", "computed", "as", "the", "tn", "(", "fn", ")", "divided", "by", "the", "total", "number", "of", "reap", "[", "−", "]", "exons", "in", "the", "experimentally", "validated", "set", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "sensitivity", "was", "computed", "as", "tp", "/", "(", "tp", "+", "fn", ")", "and", "specificity", "was", "computed", "as", "tn", "/", "(", "fp", "+", "tn", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "sequence", "databases", "." ]	[ "O", "O", "O" ]
[ "genome", "sequences", "of", "human", "(", "hg", "##17", ")", ",", "dog", "(", "can", "##fa", "##m1", ")", ",", "rat", "(", "rn", "##3", ")", ",", "and", "mouse", "(", "mm", "##5", ")", "were", "obtained", "from", "ucsc", ",", "as", "were", "the", "whole", "-", "genome", "multi", "##z", "alignments", "[", "80", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "lists", "of", "known", "human", "genes", "(", "known", "##gene", "containing", "43", ",", "401", "entries", ")", "and", "known", "isoforms", "(", "known", "##iso", "##form", "##s", "containing", "43", ",", "286", "entries", "in", "21", ",", "397", "unique", "isoform", "clusters", ")", "with", "annotate", "d", "exon", "alignments", "to", "human", "hg", "##17", "genomic", "sequence", "were", "processed", "as", "follows", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "known", "genes", "that", "were", "mapped", "to", "different", "isoform", "clusters", "were", "discarded", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "mrnas", "aligned", "to", "hg", "##17", "that", "were", "greater", "than", "300", "bases", "long", "were", "clustered", "together", "with", "the", "known", "isoforms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genes", "containing", "less", "than", "three", "exons", "were", "removed", "from", "further", "consideration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "total", "of", "2", ".", "7", "million", "spliced", "ests", "were", "mapped", "onto", "the", "17", ",", "47", "##8", "high", "-", "quality", "genes", "to", "infer", "as", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "exons", "with", "canonical", "splice", "signals", "(", "gt", "-", "ag", ",", "at", "-", "ac", ",", "gc", "-", "ag", ")", "were", "retained", ",", "resulting", "in", "a", "total", "of", "213", ",", "73", "##6", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "of", "these", ",", "197", ",", "262", "(", "92", "%", "of", "all", "exons", ")", "were", "constitutive", "exons", ",", "13", ",", "93", "##4", "exons", "(", "7", "%", ")", "had", "evidence", "of", "exon", "-", "skipping", ",", "1", ",", "61", "##5", "(", "1", "%", ")", "exons", "were", "mutually", "exclusive", "alternative", "events", ",", "5", ",", "93", "##0", "(", "3", "%", ")", "exons", "had", "alternative", "3", "′", "splice", "sites", ",", "5", ",", "181", "(", "2", "%", ")", "exons", "had", "alternative", "5", "′", "splice", "sites", ",", "and", "175", "(", "<", "1", "%", ")", "exons", "overlapped", "another", "exon", ",", "but", "did", "not", "fall", "into", "the", "above", "classifications", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "total", "of", "324", ",", "139", "probes", "##ets", "from", "the", "affymetrix", "human", "exon", "1", ".", "0", "st", "array", "were", "mapped", "to", "208", ",", "422", "human", "exons", ",", "representing", "17", ",", "431", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "probes", "##ets", "were", "used", "to", "derive", "gene", "and", "exon", "-", "level", "signal", "estimates", "from", "the", "cel", "files", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "four", "-", "way", "mammalian", "(", "four", "-", "mammal", ")", "whole", "-", "genome", "alignment", "(", "hg", "##17", ",", "can", "##fa", "##m1", ",", "mm", "##5", ",", "rn", "##3", ")", "was", "extracted", "from", "the", "eight", "-", "way", "vertebrate", "multi", "##z", "alignments", "(", "hg", "##17", ",", "pant", "##rol", "##1", ",", "mm", "##5", ",", "rn", "##3", ",", "can", "##fa", "##m1", ",", "gal", "##gal", "##2", ",", "fr", "##1", ",", "dan", "##re", "##r1", ")", "obtained", "from", "the", "ucsc", "genome", "browser", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "four", "-", "way", "mammal", "alignments", "were", "extracted", "for", "all", "internal", "exons", ",", "and", "400", "bases", "of", "flanking", "intronic", "sequence", ",", "resulting", "in", "a", "total", "of", "161", ",", "73", "##1", "conserved", "internal", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "total", "of", "145", ",", "61", "##3", "(", "90", "%", "of", "total", ")", "conserved", "internal", "exons", "were", "constitutive", "exons", ",", "13", ",", "65", "##3", "exons", "(", "8", "%", ")", "had", "evidence", "of", "exon", "-", "skipping", ",", "1", ",", "57", "##6", "exons", "were", "mutually", "exclusive", "alternative", "events", ",", "5", ",", "81", "##8", "exons", "had", "alternative", "3", "′", "splice", "sites", ",", "5", ",", "046", "exons", "had", "alternative", "5", "′", "splice", "sites", ",", "and", "168", "exons", "overlapped", "another", "exon", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "exon", "array", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "affymetrix", "power", "tools", "(", "apt", ")", "suite", "of", "programs", "was", "obtained", "from", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "affymetrix", ".", "com", "/", "support", "/", "develop", "##er", "/", "power", "##tools", "/", "index", ".", "aff", "##x", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "exon", "(", "probes", "##et", ")", "and", "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "were", "derived", "from", "the", "cel", "files", "by", "rm", "##a", "–", "sk", "##et", "##ch", "normalization", "as", "a", "method", "in", "the", "apt", "-", "probes", "##et", "-", "summarize", "program", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "determine", "if", "the", "signal", "intensity", "for", "a", "given", "probes", "##et", "is", "above", "the", "expected", "level", "of", "background", "noise", ",", "we", "utilized", "the", "dab", "##g", "(", "detection", "above", "background", ")", "quantification", "method", "available", "in", "the", "apt", "-", "probes", "##et", "-", "summarize", "program", "as", "part", "of", "affymetrix", "power", "tools", "(", "apt", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "briefly", ",", "dab", "##g", "compared", "the", "signal", "for", "each", "probe", "to", "a", "background", "distribution", "of", "signals", "from", "anti", "-", "genomic", "probes", "with", "the", "same", "gc", "content", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "dab", "##g", "algorithm", "generated", "a", "p", "-", "value", "representing", "the", "probability", "that", "the", "signal", "intensity", "of", "a", "given", "probe", "was", "part", "of", "the", "background", "distribution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "considered", "a", "probes", "##et", "with", "a", "dab", "##g", "p", "-", "value", "lower", "than", "0", ".", "05", "as", "detected", "above", "background", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "statistic", "thc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "esc", "=", "(", "μ", "##hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "−", "μ", "##es", "##c", ")", "/", "sq", "##rt", "(", "(", "(", "nh", "##cn", "##s", "-", "scn", "##s", "−", "1", ")", "σ2", "##hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "+", "(", "nes", "##c", "−", "1", ")", "σ2", "##es", "##c", ")", "(", "nh", "##cn", "##s", "-", "scn", "##s", "+", "nes", "##c", ")", ")", "/", "(", "(", "nh", "##cn", "##s", "-", "scn", "##s", "##nes", "##c", ")", "(", "nh", "##cn", "##s", "-", "scn", "##s", "+", "nes", "##c", "−", "2", ")", ")", ")", ",", "where", "nh", "##cn", "##s", "-", "scn", "##s", "and", "nes", "##c", "were", "the", "number", "of", "replicates", ",", "μ", "##hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "and", "μ", "##es", "##c", "were", "the", "mean", ",", "and", "σ2", "##hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "and", "σ2", "##es", "##c", "were", "the", "variances", "of", "the", "expression", "values", "for", "the", "two", "datasets", "used", "to", "represent", "the", "differential", "enrichment", "of", "a", "gene", "using", "gene", "-", "level", "estimates", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "relative", "to", "hescs", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "multiple", "hypothesis", "testing", "was", "corrected", "by", "controlling", "for", "the", "false", "discovery", "rate", "(", "benjamini", "-", "hochberg", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "detection", "by", "reap", ".", "the", "log2", "signal", "estimate", "xi", "##j", "for", "probes", "##et", "i", "in", "cell", "-", "type", "j", "had", "to", "satisfy", "two", "conditions", ",", "otherwise", "the", "probes", "##et", "was", "discarded", ":", "(", "i", ")", "2", "<", "xi", "##j", "<", "10", ",", "000", "for", "all", "conditions", "/", "cell", "-", "types", "j", ";", "and", "(", "ii", ")", "dab", "##g", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "for", "all", "replicates", "in", "at", "least", "one", "condition", "/", "cell", "-", "type", "j", ".", "a", "gene", "had", "to", "have", "five", "probes", "##ets", "that", "satisfied", "the", "two", "conditions", "above", "in", "order", "to", "be", "considered", "for", "robust", "regression", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "generating", "the", "points", "(", "as", "described", "in", "the", "results", "section", ")", ",", "we", "utilized", "the", "robust", "regression", "method", "rl", "##m", "in", "r", "-", "package", "“", "mass", "”", "(", "version", "6", ".", "1", "–", "2", ")", "with", "m", "-", "estimation", "and", "a", "maximum", "iteration", "setting", "of", "30", "to", "estimate", "the", "linear", "function", "yi", "=", "α", "##xi", "+", "β", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "probes", "##et", ",", "we", "computed", "the", "error", "term", "ei", ",", ",", "which", "was", "the", "difference", "between", "the", "actual", "value", "yi", "and", "the", "estimated", "value", "ξ", "##i", ",", "from", "the", "estimated", "function", "ξ", "##i", "=", "axi", "+", "b", ",", "where", "a", "and", "b", "were", "estimates", "of", "α", "and", "β", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "error", "term", "variance", "was", "estimated", "by", "se", "##2", "=", "σ", "##ei", "##2", "/", "(", "n", "−", "p", ")", ",", "which", "was", "used", "to", "estimate", "the", "variance", "of", "the", "predicted", "value", ",", "s", "##ξ", "##i2", "=", "se", "##2", "(", "n", "##−1", "+", "(", "xi", "−", "μ", "##x", ")", "2", "/", "s", "##x2", "(", "n", "−", "1", ")", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "n", "referred", "to", "the", "number", "of", "points", "(", "generated", "for", "each", "gene", ")", ",", "and", "p", "referred", "to", "the", "number", "of", "independent", "variables", "(", "p", "=", "2", "in", "our", "method", ")", ";", "and", "μ", "##x", "=", "σ", "##xi", "##2", "/", "n", ";", "s", "##x2", "=", "n", "##−1", "σ", "(", "xi", "−", "μ", "##x", ")", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "following", "bel", "##s", "##ley", "et", "al", ".", "[", "81", "]", ",", "we", "defined", "the", "lever", "##age", "hi", "of", "the", "ith", "point", "as", "hi", "=", "n", "##−1", "+", "(", "xi", "−", "μ", "##x", ")", "2", "/", "s", "##x2", "(", "n", "−", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", "we", "considered", "a", "point", "to", "have", "high", "lever", "##age", "if", "hi", ">", "3p", "/", "n", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "we", "calculated", "the", "covariance", "ratio", ",", "cov", "##i", "=", "(", "si", "##2", "/", "sr", "##2", ")", "p", "/", "(", "1", "−", "hi", ")", ",", "which", "is", "the", "ratio", "of", "the", "determinant", "of", "the", "covariance", "matrix", "after", "deleting", "the", "ith", "observation", "to", "the", "determinant", "of", "the", "covariance", "matrix", "with", "the", "entire", "sample", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "considered", "a", "point", "to", "have", "high", "influence", "if", "\|", "cov", "##i", "−", "1", "\|", ">", "3p", "/", "n", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lastly", ",", "we", "computed", "the", "student", "##ized", "residuals", ",", "rs", "##t", "##ude", "##nt", "##i", "=", "ei", "/", "(", "s", "(", "i", ")", "2", "(", "1", "−", "hi", ")", "0", ".", "5", ")", ",", "where", "s", "(", "i", ")", "2", "=", "(", "n", "-", "p", ")", "se", "##2", "/", "(", "n", "-", "p", "-", "1", ")", "–", "ei", "##2", "/", "(", "n", "-", "p", "-", "1", ")", "(", "1", "−", "hi", ")", ",", "the", "error", "term", "variance", "after", "deleting", "the", "ith", "point", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "rs", "##t", "##ude", "##nt", "##i", "was", "distributed", "as", "student", "'", "s", "t", "-", "distribution", "with", "n", "-", "p", "-", "1", "degrees", "of", "freedom", ",", "each", "rs", "##t", "##ude", "##nt", "##i", "value", "was", "associated", "with", "a", "p", "-", "value", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "considered", "a", "point", "to", "be", "an", "“", "outlier", "”", "if", "p", "<", "0", ".", "01", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "identification", "of", "motifs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "enrichment", "score", "of", "a", "sequence", "element", "of", "length", "k", "(", "k", "-", "mer", ")", "in", "one", "set", "of", "sequences", "(", "set", "1", ")", "versus", "another", "set", "of", "sequences", "(", "set", "2", ")", "was", "represented", "by", "the", "nonparametric", "χ2", "statistic", "with", "ya", "##tes", "correction", ",", "computed", "from", "the", "two", "by", "two", "contingency", "table", ",", "t", "(", "t1", "##1", ":", "number", "of", "occurrences", "of", "the", "element", "in", "set", "1", ";", "t1", "##2", ":", "number", "of", "occurrences", "of", "all", "other", "elements", "of", "similar", "length", "in", "set", "1", ";", "t2", "##1", ":", "number", "of", "occurrences", "of", "element", "in", "set", "2", ";", "t2", "##2", ":", "number", "of", "occurrences", "of", "all", "other", "elements", "of", "similar", "length", "in", "set", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "elements", "had", "to", "be", "greater", "than", "5", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "correct", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", ",", "p", "-", "values", "were", "multiplied", "by", "the", "total", "number", "of", "comparisons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[]	[]
[ "background", "##hu", "##man", "embryonic", "stem", "cells", "(", "hescs", ")", "offer", "a", "virtually", "unl", "##imited", "source", "of", "neural", "cells", "for", "structural", "repair", "in", "neurological", "disor", "der", "##s", ",", "such", "as", "stroke", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "B-Tissue", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "neural", "cells", "can", "be", "derived", "from", "hescs", "either", "by", "direct", "enrichment", ",", "or", "by", "isolating", "specific", "growth", "factor", "-", "responsive", "and", "expand", "##able", "populations", "of", "human", "neural", "stem", "cells", "(", "hns", "##cs", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "studies", "have", "indicated", "that", "the", "direct", "enrichment", "method", "generates", "a", "heterogeneous", "population", "of", "cells", "that", "may", "contain", "residual", "undifferentiated", "stem", "cells", "that", "could", "lead", "to", "tumor", "formation", "in", "vivo", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "methods", "/", "principal", "findings", "##we", "isolated", "an", "expand", "##able", "and", "homogenous", "population", "of", "hns", "##cs", "(", "named", "sd", "##56", ")", "from", "hescs", "using", "a", "defined", "media", "supplemented", "with", "epidermal", "growth", "factor", "(", "egf", ")", ",", "basic", "fibroblast", "growth", "factor", "(", "bfgf", ")", "and", "leukemia", "inhibitory", "growth", "factor", "(", "lif", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "hns", "##cs", "grew", "as", "an", "adherent", "monolayer", "culture", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "they", "were", "fully", "neural", "##ized", "and", "uniformly", "expressed", "molecular", "features", "of", "nscs", ",", "including", "nestin", ",", "vimentin", "and", "radial", "glial", "markers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "O", "O" ]
[ "these", "hns", "##cs", "did", "not", "express", "the", "pluripotency", "markers", "oct4", "or", "nanog", ",", "nor", "did", "they", "express", "markers", "for", "the", "mesoderm", "or", "endod", "erm", "lineages", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O" ]
[ "the", "self", "-", "renewal", "property", "of", "the", "hns", "##cs", "was", "characterized", "by", "a", "predominant", "symmetrical", "mode", "of", "cell", "division", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "sd", "##56", "hns", "##cs", "differentiated", "into", "neurons", ",", "astrocytes", "and", "oligodendrocytes", "throughout", "multiple", "passages", "in", "vitro", ",", "as", "well", "as", "after", "transplantation", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "together", ",", "these", "criteria", "confirm", "the", "definitive", "nsc", "identity", "of", "the", "sd", "##56", "cell", "line", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O" ]
[ "importantly", ",", "they", "exhibited", "no", "chromosome", "abnormalities", "and", "did", "not", "form", "tumors", "after", "implantation", "into", "rat", "ischemic", "brains", "and", "into", "naive", "nude", "rat", "brains", "and", "flank", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "furthermore", ",", "hns", "##cs", "isolated", "under", "these", "conditions", "migrated", "toward", "the", "ischemia", "-", "injured", "adult", "brain", "parenchyma", "and", "improved", "the", "independent", "use", "of", "the", "stroke", "-", "impaired", "forelimb", "two", "months", "post", "-", "transplantation", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "conclusions", "/", "significance", "##the", "sd", "##56", "human", "neural", "stem", "cells", "derived", "under", "the", "reported", "conditions", "are", "stable", ",", "do", "not", "form", "tumors", "in", "vivo", "and", "enable", "functional", "recovery", "after", "stroke", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "properties", "indicate", "that", "this", "hns", "##c", "line", "may", "offer", "a", "renew", "##able", ",", "homogenous", "source", "of", "neural", "cells", "that", "will", "be", "valuable", "for", "basic", "and", "translational", "research", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "date", "there", "have", "been", "no", "effective", "treatments", "for", "improving", "residual", "structural", "and", "functional", "deficits", "resulting", "from", "stroke", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "current", "therapeutic", "approaches", ",", "such", "as", "the", "use", "of", "thrombolytics", ",", "benefit", "only", "1", "to", "4", "%", "of", "patients", "[", "1", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "consequently", ",", "the", "majority", "of", "stroke", "patients", "experience", "progression", "of", "ischemia", "associated", "with", "debilitating", "neurological", "deficits", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "recent", "evidence", "has", "suggested", "that", "the", "transplantation", "of", "cells", "derived", "from", "cord", "blood", ",", "bone", "marrow", "or", "brain", "tissue", "(", "fetal", "and", "adult", ")", "enhances", "sensorimotor", "function", "in", "experimental", "models", "of", "stroke", "[", "2", "]", ",", "[", "3", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "the", "normal", "human", "-", "derived", "somatic", "stem", "cells", "used", "in", "these", "studies", "have", "a", "limited", "capacity", "to", "differentiate", "into", "the", "diverse", "neural", "cell", "types", "optimal", "for", "structural", "and", "physiological", "tissue", "repair", "and", "are", "not", "amenable", "for", "large", "-", "scale", "cell", "production", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "unlike", "other", "sources", "of", "stem", "cells", ",", "hesc", "lines", "possess", "a", "nearly", "unl", "##imited", "self", "-", "renewal", "capacity", "and", "the", "developmental", "potential", "to", "differentiate", "into", "virtually", "any", "cell", "type", "of", "the", "organism", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "such", ",", "they", "constitute", "an", "ideal", "source", "of", "cells", "for", "regenerative", "medicine", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "successful", "derivation", "of", "hesc", "lines", "from", "the", "inner", "cell", "mass", "of", "pre", "##implantation", "embryos", "and", "their", "long", "-", "term", "maintenance", "in", "vitro", "over", "multiple", "passages", "has", "been", "demonstrated", "[", "4", "]", "and", "stand", "##ar", "diz", "ed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "differentiation", "and", "enrichment", "processes", "that", "direct", "hescs", "towards", "a", "neural", "lineage", "have", "also", "been", "achieved", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "promote", "neural", "##ization", ",", "escs", "were", "cultured", "in", "a", "defined", "media", "supplemented", "with", "morph", "##ogens", "or", "growth", "factors", "[", "5", "]", ",", "[", "6", "]", ",", "[", "7", "]", "or", "cultured", "under", "conditions", "that", "promote", "“", "rose", "##tt", "##es", "”", ",", "structures", "morphologically", "similar", "to", "the", "developing", "neural", "tube", "[", "8", "]", ",", "[", "9", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "neural", "##ization", "process", "has", "proven", "invaluable", "in", "understanding", "the", "specification", "of", "hesc", "-", "derived", "neural", "tissue", "[", "10", "]", ",", "[", "11", "]", ",", "[", "12", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "the", "enriched", "neural", "progeny", "derived", "displayed", "overgrowth", "and", "limited", "migration", "after", "grafting", "into", "normal", "newborn", "mice", "[", "13", "]", "and", "lesioned", "adult", "rat", "striatum", "[", "12", "]", ",", "[", "14", "]", ",", "[", "15", "]", ",", "[", "16", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "at", "any", "of", "these", "two", "stages", ",", "pan", "-", "neuronal", "differentiation", "can", "be", "achieved", "after", "three", "to", "four", "weeks", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "hesc", "line", "hu", "##es", "##6", "was", "cultured", "on", "mef", "feeder", "##s", "as", "previously", "described", "(", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "mc", "##b", ".", "harvard", ".", "edu", "/", "melt", "##on", "/", "hu", "##es", "/", ")", "or", "on", "gfr", "matrigel", "coated", "plates", "." ]

[ "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "grown", "on", "matrigel", "were", "grown", "in", "mef", "-", "conditioned", "medium", "and", "fgf", "-", "2", "was", "used", "at", "20", "ng", "/", "ml", "instead", "of", "10", "ng", "/", "ml", "for", "cells", "grown", "on", "mefs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "differentiate", "neuro", "##epithelial", "precursors", ",", "colonies", "were", "removed", "by", "treatment", "with", "collagenase", "iv", "(", "sigma", ")", "and", "washed", "three", "times", "in", "growth", "media", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "pieces", "of", "colonies", "were", "resuspended", "in", "hu", "##es", "growth", "media", "without", "fgf2", "in", "an", "unco", "##ated", "bacterial", "petri", "dish", "to", "form", "ebs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "after", "one", "week", ",", "ebs", "were", "plated", "on", "poly", "##orna", "##thi", "##ne", "/", "laminin", "coated", "plates", "in", "dmem", "/", "f12", "supplemented", "with", "n2", "and", "fgf2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "rose", "##tt", "##e", "structures", "were", "manually", "collected", "and", "enzymatically", "dissociated", "with", "tryp", "##le", "(", "invitrogen", ")", ",", "plated", "on", "poly", "##orna", "##thi", "##ne", "/", "laminin", "coated", "plates", ",", "and", "grown", "in", "dmem", "/", "f12", "supplemented", "with", "n2", "and", "b27", "-", "ra", "and", "20", "ng", "/", "ml", "fgf", "-", "2", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "could", "be", "grown", "as", "a", "monolayer", "for", "up", "to", "at", "least", "ten", "passages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "sox", "##1", "and", "nestin", "positive", "and", "readily", "differentiated", "into", "neurons", "upon", "withdrawal", "of", "fgf", "-", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "human", "central", "nervous", "system", "stem", "cell", "line", "fb", "##r1", "##66", "##4", "(", "stem", "##cell", "##s", ")", "which", "is", "referred", "to", "as", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "in", "the", "main", "text", "was", "cultured", "as", "previously", "described", "[", "23", "]", "." ]

[ "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "cells", "were", "cultured", "in", "medium", "consisting", "of", "ex", "vivo", "15", "(", "bio", "##wh", "##itt", "##aker", ")", "medium", "with", "n2", "supplement", "(", "gibco", ")", ",", "fgf2", "(", "20", "ng", "/", "ml", ")", ",", "epidermal", "growth", "factor", "(", "20", "ng", "/", "ml", ")", ",", "lymphocyte", "inhibitory", "factor", "(", "10", "ng", "/", "ml", ")", ",", "0", ".", "2", "mg", "/", "ml", "heparin", ",", "and", "60", "ug", "/", "ml", "n", "-", "acetyl", "##cys", "##teine", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cultures", "were", "fed", "weekly", "and", "passaged", "at", "∼", "##t", "##w", "##o", "to", "three", "weeks", "using", "collagenase", "##s", "(", "roche", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "following", "antibod", "ie", "##s", "and", "corresponding", "dilutions", "were", "utilized", "for", "the", "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "analysis", "of", "marker", "genes", "in", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ":", "sox2", "(", "chemicon", ",", "1", ":", "500", ")", ",", "oct4", "(", "santa", "cruz", ",", "1", ":", "500", ")", ",", "sox", "##1", "(", "chemicon", ",", "1", ":", "500", ")", ",", "nestin", "(", "pharmingen", ",", "1", ":", "250", ")", ";", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ":", "sox2", "(", "chemicon", ",", "1", ":", "200", ")", ",", "nestin", "(", "chemicon", ",", "1", ":", "200", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "rna", "preparation", "and", "array", "hy", "##br", "##i", "diz", "at", "##ion", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "total", "rna", "from", "cells", "was", "processed", "as", "follows", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "lysed", "in", "1", "ml", "of", "rna", "-", "bee", "(", "tel", "##test", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "rna", "was", "isolated", "by", "chloroform", "extraction", "of", "the", "aqueous", "phase", ",", "followed", "by", "iso", "propanol", "precipitation", "as", "per", "the", "manufacturer", "'", "s", "instructions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "precipitated", "rna", "was", "washed", "in", "75", "%", "ethanol", "and", "eluted", "with", "dep", "##c", "-", "treated", "water", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "five", "ug", "of", "rna", "was", "treated", "with", "rq", "##1", "dna", "##ase", "(", "promega", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "instructions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "one", "ug", "of", "total", "rna", "for", "each", "sample", "was", "processed", "using", "the", "affymetrix", "genechip", "whole", "transcript", "sense", "target", "labeling", "assay", "(", "affymetrix", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ribosomal", "rna", "was", "reduced", "with", "the", "ribo", "##min", "##us", "kit", "(", "invitrogen", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "target", "material", "was", "prepared", "using", "commercially", "available", "affymetrix", "genechip", "wt", "cdna", "synthesis", "kit", ",", "wt", "cdna", "amplification", "kit", ",", "and", "wt", "terminal", "labeling", "kit", "(", "affymetrix", ")", "as", "per", "manufacturer", "'", "s", "instructions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "hy", "##br", "##i", "diz", "at", "##ion", "cocktail", "##s", "containing", "∼", "##5", "ug", "of", "fragmented", "and", "labeled", "dna", "target", "were", "prepared", "and", "applied", "to", "genechip", "human", "exon", "1", ".", "0", "st", "arrays", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "hy", "##br", "##i", "diz", "at", "##ion", "was", "performed", "for", "16", "hours", "using", "the", "fluid", "##ics", "450", "station", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "arrays", "were", "scanned", "using", "the", "affymetrix", "3000", "7g", "scanner", "and", "genechip", "operating", "software", "version", "1", ".", "4", "to", "produce", ".", "cel", "intensity", "files", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "detection", "of", "as", "by", "rt", "-", "pcr", ".", "cdnas", "were", "generated", "from", "total", "rna", "with", "superscript", "iii", "reverse", "transcriptase", "(", "invitrogen", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pcr", "reactions", "were", "performed", "with", "primer", "pairs", "designed", "for", "as", "targets", "(", "annealing", "at", "58", "°c", "and", "amplification", "for", "30", "or", "35", "cycles", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pcr", "products", "were", "resolved", "on", "either", "1", ".", "5", "%", "or", "3", "%", "agarose", "gel", "in", "tbe", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "ethidium", "bromide", "-", "stained", "gels", "were", "scanned", "with", "typh", "##oon", "86", "##00", "scanner", "(", "molecular", "dynamics", ")", "for", "quantification", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "number", "of", "true", "positives", "(", "tp", ";", "false", "negatives", ",", "fn", ")", "was", "computed", "as", "the", "number", "of", "reap", "[", "+", "]", "(", "reap", "[", "−", "]", ")", "exons", "that", "were", "validated", "by", "rt", "-", "pcr", "as", "as", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "number", "of", "true", "negatives", "(", "tn", ";", "or", "fps", ")", "was", "computed", "as", "the", "number", "of", "reap", "[", "−", "]", "(", "reap", "[", "+", "]", ")", "exons", "that", "were", "validated", "by", "rt", "-", "pcr", "as", "constitutively", "spliced", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "true", "(", "false", ")", "positive", "rate", "was", "computed", "as", "tp", "(", "fp", ")", "divided", "by", "the", "total", "number", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "in", "the", "experimentally", "validated", "set", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "true", "(", "false", ")", "negative", "rate", "was", "computed", "as", "the", "tn", "(", "fn", ")", "divided", "by", "the", "total", "number", "of", "reap", "[", "−", "]", "exons", "in", "the", "experimentally", "validated", "set", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "sensitivity", "was", "computed", "as", "tp", "/", "(", "tp", "+", "fn", ")", "and", "specificity", "was", "computed", "as", "tn", "/", "(", "fp", "+", "tn", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "sequence", "databases", "." ]

[ "O", "O", "O" ]

[ "genome", "sequences", "of", "human", "(", "hg", "##17", ")", ",", "dog", "(", "can", "##fa", "##m1", ")", ",", "rat", "(", "rn", "##3", ")", ",", "and", "mouse", "(", "mm", "##5", ")", "were", "obtained", "from", "ucsc", ",", "as", "were", "the", "whole", "-", "genome", "multi", "##z", "alignments", "[", "80", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "lists", "of", "known", "human", "genes", "(", "known", "##gene", "containing", "43", ",", "401", "entries", ")", "and", "known", "isoforms", "(", "known", "##iso", "##form", "##s", "containing", "43", ",", "286", "entries", "in", "21", ",", "397", "unique", "isoform", "clusters", ")", "with", "annotate", "d", "exon", "alignments", "to", "human", "hg", "##17", "genomic", "sequence", "were", "processed", "as", "follows", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "known", "genes", "that", "were", "mapped", "to", "different", "isoform", "clusters", "were", "discarded", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "mrnas", "aligned", "to", "hg", "##17", "that", "were", "greater", "than", "300", "bases", "long", "were", "clustered", "together", "with", "the", "known", "isoforms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "genes", "containing", "less", "than", "three", "exons", "were", "removed", "from", "further", "consideration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "total", "of", "2", ".", "7", "million", "spliced", "ests", "were", "mapped", "onto", "the", "17", ",", "47", "##8", "high", "-", "quality", "genes", "to", "infer", "as", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "exons", "with", "canonical", "splice", "signals", "(", "gt", "-", "ag", ",", "at", "-", "ac", ",", "gc", "-", "ag", ")", "were", "retained", ",", "resulting", "in", "a", "total", "of", "213", ",", "73", "##6", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "of", "these", ",", "197", ",", "262", "(", "92", "%", "of", "all", "exons", ")", "were", "constitutive", "exons", ",", "13", ",", "93", "##4", "exons", "(", "7", "%", ")", "had", "evidence", "of", "exon", "-", "skipping", ",", "1", ",", "61", "##5", "(", "1", "%", ")", "exons", "were", "mutually", "exclusive", "alternative", "events", ",", "5", ",", "93", "##0", "(", "3", "%", ")", "exons", "had", "alternative", "3", "′", "splice", "sites", ",", "5", ",", "181", "(", "2", "%", ")", "exons", "had", "alternative", "5", "′", "splice", "sites", ",", "and", "175", "(", "<", "1", "%", ")", "exons", "overlapped", "another", "exon", ",", "but", "did", "not", "fall", "into", "the", "above", "classifications", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "total", "of", "324", ",", "139", "probes", "##ets", "from", "the", "affymetrix", "human", "exon", "1", ".", "0", "st", "array", "were", "mapped", "to", "208", ",", "422", "human", "exons", ",", "representing", "17", ",", "431", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "probes", "##ets", "were", "used", "to", "derive", "gene", "and", "exon", "-", "level", "signal", "estimates", "from", "the", "cel", "files", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "four", "-", "way", "mammalian", "(", "four", "-", "mammal", ")", "whole", "-", "genome", "alignment", "(", "hg", "##17", ",", "can", "##fa", "##m1", ",", "mm", "##5", ",", "rn", "##3", ")", "was", "extracted", "from", "the", "eight", "-", "way", "vertebrate", "multi", "##z", "alignments", "(", "hg", "##17", ",", "pant", "##rol", "##1", ",", "mm", "##5", ",", "rn", "##3", ",", "can", "##fa", "##m1", ",", "gal", "##gal", "##2", ",", "fr", "##1", ",", "dan", "##re", "##r1", ")", "obtained", "from", "the", "ucsc", "genome", "browser", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "four", "-", "way", "mammal", "alignments", "were", "extracted", "for", "all", "internal", "exons", ",", "and", "400", "bases", "of", "flanking", "intronic", "sequence", ",", "resulting", "in", "a", "total", "of", "161", ",", "73", "##1", "conserved", "internal", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "total", "of", "145", ",", "61", "##3", "(", "90", "%", "of", "total", ")", "conserved", "internal", "exons", "were", "constitutive", "exons", ",", "13", ",", "65", "##3", "exons", "(", "8", "%", ")", "had", "evidence", "of", "exon", "-", "skipping", ",", "1", ",", "57", "##6", "exons", "were", "mutually", "exclusive", "alternative", "events", ",", "5", ",", "81", "##8", "exons", "had", "alternative", "3", "′", "splice", "sites", ",", "5", ",", "046", "exons", "had", "alternative", "5", "′", "splice", "sites", ",", "and", "168", "exons", "overlapped", "another", "exon", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "exon", "array", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "affymetrix", "power", "tools", "(", "apt", ")", "suite", "of", "programs", "was", "obtained", "from", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "affymetrix", ".", "com", "/", "support", "/", "develop", "##er", "/", "power", "##tools", "/", "index", ".", "aff", "##x", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "exon", "(", "probes", "##et", ")", "and", "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "were", "derived", "from", "the", "cel", "files", "by", "rm", "##a", "–", "sk", "##et", "##ch", "normalization", "as", "a", "method", "in", "the", "apt", "-", "probes", "##et", "-", "summarize", "program", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "determine", "if", "the", "signal", "intensity", "for", "a", "given", "probes", "##et", "is", "above", "the", "expected", "level", "of", "background", "noise", ",", "we", "utilized", "the", "dab", "##g", "(", "detection", "above", "background", ")", "quantification", "method", "available", "in", "the", "apt", "-", "probes", "##et", "-", "summarize", "program", "as", "part", "of", "affymetrix", "power", "tools", "(", "apt", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "briefly", ",", "dab", "##g", "compared", "the", "signal", "for", "each", "probe", "to", "a", "background", "distribution", "of", "signals", "from", "anti", "-", "genomic", "probes", "with", "the", "same", "gc", "content", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "dab", "##g", "algorithm", "generated", "a", "p", "-", "value", "representing", "the", "probability", "that", "the", "signal", "intensity", "of", "a", "given", "probe", "was", "part", "of", "the", "background", "distribution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "considered", "a", "probes", "##et", "with", "a", "dab", "##g", "p", "-", "value", "lower", "than", "0", ".", "05", "as", "detected", "above", "background", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "statistic", "thc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "esc", "=", "(", "μ", "##hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "−", "μ", "##es", "##c", ")", "/", "sq", "##rt", "(", "(", "(", "nh", "##cn", "##s", "-", "scn", "##s", "−", "1", ")", "σ2", "##hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "+", "(", "nes", "##c", "−", "1", ")", "σ2", "##es", "##c", ")", "(", "nh", "##cn", "##s", "-", "scn", "##s", "+", "nes", "##c", ")", ")", "/", "(", "(", "nh", "##cn", "##s", "-", "scn", "##s", "##nes", "##c", ")", "(", "nh", "##cn", "##s", "-", "scn", "##s", "+", "nes", "##c", "−", "2", ")", ")", ")", ",", "where", "nh", "##cn", "##s", "-", "scn", "##s", "and", "nes", "##c", "were", "the", "number", "of", "replicates", ",", "μ", "##hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "and", "μ", "##es", "##c", "were", "the", "mean", ",", "and", "σ2", "##hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "and", "σ2", "##es", "##c", "were", "the", "variances", "of", "the", "expression", "values", "for", "the", "two", "datasets", "used", "to", "represent", "the", "differential", "enrichment", "of", "a", "gene", "using", "gene", "-", "level", "estimates", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "relative", "to", "hescs", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "multiple", "hypothesis", "testing", "was", "corrected", "by", "controlling", "for", "the", "false", "discovery", "rate", "(", "benjamini", "-", "hochberg", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "detection", "by", "reap", ".", "the", "log2", "signal", "estimate", "xi", "##j", "for", "probes", "##et", "i", "in", "cell", "-", "type", "j", "had", "to", "satisfy", "two", "conditions", ",", "otherwise", "the", "probes", "##et", "was", "discarded", ":", "(", "i", ")", "2", "<", "xi", "##j", "<", "10", ",", "000", "for", "all", "conditions", "/", "cell", "-", "types", "j", ";", "and", "(", "ii", ")", "dab", "##g", "p", "-", "value", "<", "0", ".", "05", "for", "all", "replicates", "in", "at", "least", "one", "condition", "/", "cell", "-", "type", "j", ".", "a", "gene", "had", "to", "have", "five", "probes", "##ets", "that", "satisfied", "the", "two", "conditions", "above", "in", "order", "to", "be", "considered", "for", "robust", "regression", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "generating", "the", "points", "(", "as", "described", "in", "the", "results", "section", ")", ",", "we", "utilized", "the", "robust", "regression", "method", "rl", "##m", "in", "r", "-", "package", "“", "mass", "”", "(", "version", "6", ".", "1", "–", "2", ")", "with", "m", "-", "estimation", "and", "a", "maximum", "iteration", "setting", "of", "30", "to", "estimate", "the", "linear", "function", "yi", "=", "α", "##xi", "+", "β", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "probes", "##et", ",", "we", "computed", "the", "error", "term", "ei", ",", ",", "which", "was", "the", "difference", "between", "the", "actual", "value", "yi", "and", "the", "estimated", "value", "ξ", "##i", ",", "from", "the", "estimated", "function", "ξ", "##i", "=", "axi", "+", "b", ",", "where", "a", "and", "b", "were", "estimates", "of", "α", "and", "β", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "error", "term", "variance", "was", "estimated", "by", "se", "##2", "=", "σ", "##ei", "##2", "/", "(", "n", "−", "p", ")", ",", "which", "was", "used", "to", "estimate", "the", "variance", "of", "the", "predicted", "value", ",", "s", "##ξ", "##i2", "=", "se", "##2", "(", "n", "##−1", "+", "(", "xi", "−", "μ", "##x", ")", "2", "/", "s", "##x2", "(", "n", "−", "1", ")", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "n", "referred", "to", "the", "number", "of", "points", "(", "generated", "for", "each", "gene", ")", ",", "and", "p", "referred", "to", "the", "number", "of", "independent", "variables", "(", "p", "=", "2", "in", "our", "method", ")", ";", "and", "μ", "##x", "=", "σ", "##xi", "##2", "/", "n", ";", "s", "##x2", "=", "n", "##−1", "σ", "(", "xi", "−", "μ", "##x", ")", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "following", "bel", "##s", "##ley", "et", "al", ".", "[", "81", "]", ",", "we", "defined", "the", "lever", "##age", "hi", "of", "the", "ith", "point", "as", "hi", "=", "n", "##−1", "+", "(", "xi", "−", "μ", "##x", ")", "2", "/", "s", "##x2", "(", "n", "−", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", "we", "considered", "a", "point", "to", "have", "high", "lever", "##age", "if", "hi", ">", "3p", "/", "n", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "we", "calculated", "the", "covariance", "ratio", ",", "cov", "##i", "=", "(", "si", "##2", "/", "sr", "##2", ")", "p", "/", "(", "1", "−", "hi", ")", ",", "which", "is", "the", "ratio", "of", "the", "determinant", "of", "the", "covariance", "matrix", "after", "deleting", "the", "ith", "observation", "to", "the", "determinant", "of", "the", "covariance", "matrix", "with", "the", "entire", "sample", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "considered", "a", "point", "to", "have", "high", "influence", "if", "|", "cov", "##i", "−", "1", "|", ">", "3p", "/", "n", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lastly", ",", "we", "computed", "the", "student", "##ized", "residuals", ",", "rs", "##t", "##ude", "##nt", "##i", "=", "ei", "/", "(", "s", "(", "i", ")", "2", "(", "1", "−", "hi", ")", "0", ".", "5", ")", ",", "where", "s", "(", "i", ")", "2", "=", "(", "n", "-", "p", ")", "se", "##2", "/", "(", "n", "-", "p", "-", "1", ")", "–", "ei", "##2", "/", "(", "n", "-", "p", "-", "1", ")", "(", "1", "−", "hi", ")", ",", "the", "error", "term", "variance", "after", "deleting", "the", "ith", "point", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "rs", "##t", "##ude", "##nt", "##i", "was", "distributed", "as", "student", "'", "s", "t", "-", "distribution", "with", "n", "-", "p", "-", "1", "degrees", "of", "freedom", ",", "each", "rs", "##t", "##ude", "##nt", "##i", "value", "was", "associated", "with", "a", "p", "-", "value", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "considered", "a", "point", "to", "be", "an", "“", "outlier", "”", "if", "p", "<", "0", ".", "01", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "identification", "of", "motifs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "enrichment", "score", "of", "a", "sequence", "element", "of", "length", "k", "(", "k", "-", "mer", ")", "in", "one", "set", "of", "sequences", "(", "set", "1", ")", "versus", "another", "set", "of", "sequences", "(", "set", "2", ")", "was", "represented", "by", "the", "nonparametric", "χ2", "statistic", "with", "ya", "##tes", "correction", ",", "computed", "from", "the", "two", "by", "two", "contingency", "table", ",", "t", "(", "t1", "##1", ":", "number", "of", "occurrences", "of", "the", "element", "in", "set", "1", ";", "t1", "##2", ":", "number", "of", "occurrences", "of", "all", "other", "elements", "of", "similar", "length", "in", "set", "1", ";", "t2", "##1", ":", "number", "of", "occurrences", "of", "element", "in", "set", "2", ";", "t2", "##2", ":", "number", "of", "occurrences", "of", "all", "other", "elements", "of", "similar", "length", "in", "set", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "elements", "had", "to", "be", "greater", "than", "5", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "correct", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", ",", "p", "-", "values", "were", "multiplied", "by", "the", "total", "number", "of", "comparisons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[]

[ "background", "##hu", "##man", "embryonic", "stem", "cells", "(", "hescs", ")", "offer", "a", "virtually", "unl", "##imited", "source", "of", "neural", "cells", "for", "structural", "repair", "in", "neurological", "disor", "der", "##s", ",", "such", "as", "stroke", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "B-Tissue", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "neural", "cells", "can", "be", "derived", "from", "hescs", "either", "by", "direct", "enrichment", ",", "or", "by", "isolating", "specific", "growth", "factor", "-", "responsive", "and", "expand", "##able", "populations", "of", "human", "neural", "stem", "cells", "(", "hns", "##cs", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "studies", "have", "indicated", "that", "the", "direct", "enrichment", "method", "generates", "a", "heterogeneous", "population", "of", "cells", "that", "may", "contain", "residual", "undifferentiated", "stem", "cells", "that", "could", "lead", "to", "tumor", "formation", "in", "vivo", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "methods", "/", "principal", "findings", "##we", "isolated", "an", "expand", "##able", "and", "homogenous", "population", "of", "hns", "##cs", "(", "named", "sd", "##56", ")", "from", "hescs", "using", "a", "defined", "media", "supplemented", "with", "epidermal", "growth", "factor", "(", "egf", ")", ",", "basic", "fibroblast", "growth", "factor", "(", "bfgf", ")", "and", "leukemia", "inhibitory", "growth", "factor", "(", "lif", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "hns", "##cs", "grew", "as", "an", "adherent", "monolayer", "culture", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "they", "were", "fully", "neural", "##ized", "and", "uniformly", "expressed", "molecular", "features", "of", "nscs", ",", "including", "nestin", ",", "vimentin", "and", "radial", "glial", "markers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "O", "O" ]

[ "these", "hns", "##cs", "did", "not", "express", "the", "pluripotency", "markers", "oct4", "or", "nanog", ",", "nor", "did", "they", "express", "markers", "for", "the", "mesoderm", "or", "endod", "erm", "lineages", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O" ]

[ "the", "self", "-", "renewal", "property", "of", "the", "hns", "##cs", "was", "characterized", "by", "a", "predominant", "symmetrical", "mode", "of", "cell", "division", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "sd", "##56", "hns", "##cs", "differentiated", "into", "neurons", ",", "astrocytes", "and", "oligodendrocytes", "throughout", "multiple", "passages", "in", "vitro", ",", "as", "well", "as", "after", "transplantation", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "together", ",", "these", "criteria", "confirm", "the", "definitive", "nsc", "identity", "of", "the", "sd", "##56", "cell", "line", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O" ]

[ "importantly", ",", "they", "exhibited", "no", "chromosome", "abnormalities", "and", "did", "not", "form", "tumors", "after", "implantation", "into", "rat", "ischemic", "brains", "and", "into", "naive", "nude", "rat", "brains", "and", "flank", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "furthermore", ",", "hns", "##cs", "isolated", "under", "these", "conditions", "migrated", "toward", "the", "ischemia", "-", "injured", "adult", "brain", "parenchyma", "and", "improved", "the", "independent", "use", "of", "the", "stroke", "-", "impaired", "forelimb", "two", "months", "post", "-", "transplantation", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "conclusions", "/", "significance", "##the", "sd", "##56", "human", "neural", "stem", "cells", "derived", "under", "the", "reported", "conditions", "are", "stable", ",", "do", "not", "form", "tumors", "in", "vivo", "and", "enable", "functional", "recovery", "after", "stroke", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "properties", "indicate", "that", "this", "hns", "##c", "line", "may", "offer", "a", "renew", "##able", ",", "homogenous", "source", "of", "neural", "cells", "that", "will", "be", "valuable", "for", "basic", "and", "translational", "research", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "date", "there", "have", "been", "no", "effective", "treatments", "for", "improving", "residual", "structural", "and", "functional", "deficits", "resulting", "from", "stroke", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "current", "therapeutic", "approaches", ",", "such", "as", "the", "use", "of", "thrombolytics", ",", "benefit", "only", "1", "to", "4", "%", "of", "patients", "[", "1", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "consequently", ",", "the", "majority", "of", "stroke", "patients", "experience", "progression", "of", "ischemia", "associated", "with", "debilitating", "neurological", "deficits", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "recent", "evidence", "has", "suggested", "that", "the", "transplantation", "of", "cells", "derived", "from", "cord", "blood", ",", "bone", "marrow", "or", "brain", "tissue", "(", "fetal", "and", "adult", ")", "enhances", "sensorimotor", "function", "in", "experimental", "models", "of", "stroke", "[", "2", "]", ",", "[", "3", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "the", "normal", "human", "-", "derived", "somatic", "stem", "cells", "used", "in", "these", "studies", "have", "a", "limited", "capacity", "to", "differentiate", "into", "the", "diverse", "neural", "cell", "types", "optimal", "for", "structural", "and", "physiological", "tissue", "repair", "and", "are", "not", "amenable", "for", "large", "-", "scale", "cell", "production", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "unlike", "other", "sources", "of", "stem", "cells", ",", "hesc", "lines", "possess", "a", "nearly", "unl", "##imited", "self", "-", "renewal", "capacity", "and", "the", "developmental", "potential", "to", "differentiate", "into", "virtually", "any", "cell", "type", "of", "the", "organism", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "such", ",", "they", "constitute", "an", "ideal", "source", "of", "cells", "for", "regenerative", "medicine", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "successful", "derivation", "of", "hesc", "lines", "from", "the", "inner", "cell", "mass", "of", "pre", "##implantation", "embryos", "and", "their", "long", "-", "term", "maintenance", "in", "vitro", "over", "multiple", "passages", "has", "been", "demonstrated", "[", "4", "]", "and", "stand", "##ar", "diz", "ed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "differentiation", "and", "enrichment", "processes", "that", "direct", "hescs", "towards", "a", "neural", "lineage", "have", "also", "been", "achieved", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "promote", "neural", "##ization", ",", "escs", "were", "cultured", "in", "a", "defined", "media", "supplemented", "with", "morph", "##ogens", "or", "growth", "factors", "[", "5", "]", ",", "[", "6", "]", ",", "[", "7", "]", "or", "cultured", "under", "conditions", "that", "promote", "“", "rose", "##tt", "##es", "”", ",", "structures", "morphologically", "similar", "to", "the", "developing", "neural", "tube", "[", "8", "]", ",", "[", "9", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "neural", "##ization", "process", "has", "proven", "invaluable", "in", "understanding", "the", "specification", "of", "hesc", "-", "derived", "neural", "tissue", "[", "10", "]", ",", "[", "11", "]", ",", "[", "12", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "the", "enriched", "neural", "progeny", "derived", "displayed", "overgrowth", "and", "limited", "migration", "after", "grafting", "into", "normal", "newborn", "mice", "[", "13", "]", "and", "lesioned", "adult", "rat", "striatum", "[", "12", "]", ",", "[", "14", "]", ",", "[", "15", "]", ",", "[", "16", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]