OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "similar", "results", "were", "obtained", "when", "we", "compared", "reap", "[", "+", "]", "genes", "to", "all", "human", "genes", "that", "did", "not", "contain", "reap", "[", "+", "]", "exons", "(", "table", "1", ")", "[", "55", "]", ".", "table", "1s", "##ignificant", "##ly", "enriched", "gene", "ontology", "terms", "in", "reap", "[", "+", "]", "genes", "(", "cutoff", "of", "two", "significant", "“", "outliers", "”", "per", "probes", "##et", ")", "next", "we", "asked", "if", "reap", "[", "+", "]", "genes", "are", "differentially", "expressed", "in", "hescs", "compared", "to", "nps", "and", "vice", "versa", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "this", "analysis", ",", "the", "t", "-", "statistics", "computed", "above", "measuring", "the", "enrichment", "of", "a", "gene", "in", "hescs", "relative", "to", "nps", "was", "utilized", "for", "only", "reap", "-", "analyzed", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "at", "a", "defined", "absolute", "-", "valued", "cutoff", ",", "genes", "were", "divided", "into", "three", "categories", ":", "“", "enriched", "in", "hescs", ",", "”", "“", "enriched", "in", "np", ",", "”", "or", "“", "unchanged", "”", "(", "figure", "8a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "increasing", "the", "t", "-", "statistic", "cutoff", "from", "one", "to", "five", ",", "the", "fraction", "of", "reap", "[", "+", "]", "genes", "relative", "to", "reap", "-", "analyzed", "genes", "remained", "constant", "in", "the", "“", "unchanged", "”", "categories", "(", "figure", "8b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "the", "fraction", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "decreased", "significantly", "in", "“", "enriched", "in", "hescs", "”", "and", "“", "enriched", "in", "nps", "”", "categories", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "if", "we", "increased", "the", "cutoffs", "on", "genes", "that", "were", "randomly", "assigned", "as", "reap", "[", "+", "]", "and", "reap", "[", "−", "]", ",", "controlling", "for", "the", "same", "number", "of", "genes", "in", "each", "category", ",", "we", "observed", "that", "the", "fraction", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "remained", "unchanged", "for", "all", "three", "categories", "(", "figure", "8c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "illustrate", ",", "at", "a", "cutoff", "of", "five", ",", "10", "%", "(", "29", "of", "267", ")", "of", "enriched", "np", "genes", "were", "reap", "[", "+", "]", "genes", "and", "8", ".", "8", "%", "(", "102", "of", "1", ",", "162", ")", "of", "enriched", "hesc", "genes", "were", "reap", "[", "+", "]", ",", "significantly", "different", "(", "p", "<", "0", ".", "0000", "##05", ")", "from", "the", "random", "control", "where", "∼1", "##4", "%", "of", "enriched", "np", "and", "enriched", "hesc", "genes", "were", "reap", "[", "+", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "at", "a", "cutoff", "of", "five", ",", "14", "%", "(", "1", ",", "368", "of", "9", ",", "63", "##6", ")", "of", "genes", "that", "were", "expressed", "at", "similar", "levels", "between", "hescs", "and", "nps", "were", "reap", "[", "+", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "results", "suggested", "that", "a", "strategy", "of", "focusing", "on", "differentially", "expressed", "genes", "would", "miss", "at", "least", "14", "%", "of", "transcriptionally", "unchanged", "genes", "that", "may", "nevertheless", "have", "functional", "as", "differences", "between", "hescs", "and", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "figure", "8a", "##nal", "##ysis", "of", "reap", "[", "+", "]", "genes", "relative", "to", "transcriptional", "differences", "(", "a", ")", "hist", "##oga", "##m", "of", "t", "-", "statistics", "computed", "from", "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "measuring", "the", "enrichment", "of", "genes", "in", "hesc", "and", "in", "np", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genes", "on", "the", "right", "of", "the", "vertical", "line", "at", "5", "were", "designated", "enriched", "in", "hesc", "and", "genes", "on", "the", "left", "of", "the", "vertical", "line", "at", "−5", "were", "designated", "enriched", "in", "np", ";", "genes", "in", "between", "−5", "and", "5", "were", "designated", "as", "“", "unchanged", "”", "or", "expressed", "similarly", "in", "hesc", "and", "np", ".", "(", "b", ")", "vertical", "bars", "representing", "the", "percentage", "of", "reap", "[", "+", "]", "genes", "out", "of", "all", "genes", "in", "the", "different", "classifications", "(", "dashed", "bar", ":", "“", "enriched", "in", "hesc", "”", ";", "black", "filled", "bar", ":", "“", "unchanged", "”", ";", "white", "filled", "bar", ":", "“", "enriched", "in", "np", "”", ")", ",", "at", "different", "cutoffs", "of", "1", "to", "5", ".", "(", "c", ")", "set", "of", "genes", "where", "reap", "[", "+", "]", "designation", "was", "randomly", "chosen", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similar", "representation", "as", "in", "(", "b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "conserved", "intronic", "splicing", "regulatory", "elements", "proximal", "to", "reap", "[", "+", "]", "hesc", "and", "np", "exons", "##man", "##y", ",", "if", "not", "most", ",", "alternative", "exons", "undergo", "cell", "type", "–", "specific", "regulation", "by", "the", "binding", "of", "trans", "-", "factors", "to", "splicing", "regulatory", "cis", "-", "elements", "located", "proximal", "to", "or", "within", "the", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "many", "tissue", "-", "specific", "splicing", "cis", "-", "regulatory", "elements", "were", "localized", "in", "intronic", "regions", "of", "as", "exons", ",", "we", "focused", "on", "the", "identification", "of", "intronic", "splicing", "regulatory", "elements", "(", "isr", "##es", ")", "proximal", "to", "reap", "[", "+", "]", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "we", "wanted", "to", "identify", "both", "common", "and", "cell", "type", "–", "specific", "isr", "##es", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "three", "sets", "of", "exons", "were", "generated", ":", "(", "i", ")", "reap", "[", "+", "]", "exons", "that", "were", "predicted", "to", "be", "included", "in", "nps", "and", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hescs", "(", "reap", "[", "+", "]", "np", ")", ";", "(", "ii", ")", "reap", "[", "+", "]", "exons", "that", "were", "predicted", "to", "be", "included", "in", "hescs", "and", "ski", "##pp", "##ed", "in", "nps", "(", "reap", "[", "+", "]", "hesc", ")", ";", "and", "(", "iii", ")", "all", "reap", "[", "−", "]", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "regions", "of", "400", "base", "pairs", "flanking", "the", "exons", "were", "targeted", "for", "search", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "initially", ",", "5", "-", "mers", "that", "were", "significantly", "enriched", "between", "the", "upstream", "and", "downstream", "intronic", "regions", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "relative", "to", "reap", "[", "−", "]", "exons", "were", "enum", "##erated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "were", "not", "able", "to", "identify", "5", "-", "mers", "that", "were", "statistically", "significantly", "different", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "we", "focused", "on", "splicing", "signals", "that", "were", "conserved", "across", "mammalian", "genomes", "as", "a", "way", "of", "enhancing", "the", "signal", "of", "detecting", "functional", "splicing", "regulatory", "sequences", "[", "66", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "exons", "that", "were", "orthologous", "across", "human", ",", "dog", ",", "rat", ",", "and", "mouse", "were", "obtained", "and", "the", "flanking", "intronic", "regions", "were", "aligned", "(", "400", "bases", "upstream", "and", "downstream", "separately", ";", "figure", "9a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "enum", "##erated", "k", "-", "mers", "that", "were", "perfectly", "conserved", "across", "all", "four", "genomes", "in", "the", "upstream", "(", "and", "downstream", ")", "intronic", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "conserved", "k", "-", "mer", "was", "attributed", "a", "χ", "score", "representing", "its", "enrichment", "in", "a", "set", "of", "exons", "relative", "to", "another", "set", "of", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "higher", "the", "score", ",", "the", "more", "frequent", "the", "conserved", "k", "-", "mer", "was", "in", "the", "first", "set", "relative", "to", "the", "second", "set", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "a", "negative", "control", ",", "the", "associations", "between", "reap", "scores", "and", "exons", "were", "shuff", "##led", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "enrichment", "scores", "for", "all", "downstream", "intronic", "5", "-", "mers", "for", "shuff", "##led", "reap", "[", "+", "]", "np", "versus", "set", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "x", "-", "axis", ")", ",", "and", "for", "shuff", "##led", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "y", "-", "axis", ")", "were", "displayed", "(", "figure", "9b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "at", "a", "χ", "cutoff", "of", "three", ",", "which", "corresponded", "to", "a", "p", "-", "value", "of", "0", ".", "001", "##5", ",", "the", "majority", "of", "5", "-", "mers", "were", "not", "significantly", "enriched", "in", "either", "shuff", "##led", "set", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "confident", "that", "no", "association", "of", "k", "-", "mers", "with", "shuff", "##led", "reap", "exons", "were", "found", ";", "we", "repeated", "the", "analyses", "for", "upstream", "and", "downstream", "intronic", "5", "-", "mers", "for", "the", "original", "uns", "##hu", "##ff", "##led", "sets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "identified", "68", "conserved", "5", "-", "mers", "enriched", "upstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "exons", ";", "and", "34", "5", "-", "mers", "enriched", "upstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", "(", "figure", "9c", ";", "table", "s4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "of", "the", "5", "-", "mers", "that", "were", "significantly", "enriched", "upstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "exons", ",", "we", "identified", "a", "u", "-", "rich", "motif", "(", "u", "##uu", "##uu", ")", ",", "a", "gu", "-", "rich", "motif", "(", "gu", "##gu", "##g", ")", ",", "and", "a", "cu", "-", "rich", "motif", "(", "cc", "##uc", "##u", ",", "cuc", "##uc", ",", "uc", "##uc", "##u", ",", "gc", "##uc", "##u", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "it", "is", "known", "that", "the", "heterogeneous", "ribonucle", "##oprotein", "c", "(", "hnrnp", "c", ")", "binding", "site", "obtained", "by", "sel", "##ex", "is", "five", "“", "u", "”", "s", "[", "67", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "gu", "-", "rich", "sequences", "in", "flanking", "intronic", "regions", "were", "shown", "to", "bind", "to", "splicing", "factor", "et", "##r", "-", "3", "to", "regulate", "as", "[", "68", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cu", "-", "rich", "sequences", "were", "shown", "to", "bind", "the", "splicing", "factor", "ptb", "[", "69", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "of", "the", "5", "-", "mers", "enriched", "upstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", ",", "we", "observed", "cu", "##aac", ",", "which", "resembled", "the", "splicing", "branch", "-", "signal", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "of", "the", "six", "5", "-", "mers", "that", "were", "enriched", "upstream", "of", "both", "reap", "[", "+", "]", "np", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", ",", "we", "identified", "gca", "##ug", ",", "which", "was", "previously", "shown", "to", "be", "an", "intronic", "splicing", "cis", "-", "element", "for", "the", "mammalian", "fibronectin", "and", "calcitonin", "/", "cgrp", "genes", "[", "70", "–", "72", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "more", "recently", ",", "both", "mammalian", "fox", "##1", "and", "2", "have", "been", "demonstrated", "to", "regulate", "alternatively", "spliced", "exons", "via", "ug", "##ca", "##ug", "binding", "sites", "in", "neighboring", "introns", "in", "neuronal", "cell", "cultures", "[", "73", "]", ".", "figure", "9c", "##ons", "##erved", "intronic", "cis", "-", "elements", "enriched", "proximal", "to", "reap", "[", "+", "]", "alternative", "exons", "(", "a", ")", "schematic", "describing", "the", "enumeration", "of", "intronic", "elements", "across", "400", "bases", "of", "flanking", "mammalian", "introns", "(", "human", ",", "dog", ",", "rat", ",", "and", "mouse", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "red", "and", "green", "horizontal", "bars", "represent", "conserved", "intronic", "elements", "and", "nonc", "##ons", "##erved", "elements", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "internal", "exons", "were", "divided", "into", "reap", "[", "+", "]", "np", ",", "reap", "[", "+", "]", "es", ",", "and", "reap", "[", "−", "]", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "χ", "statistic", "was", "computed", "to", "represent", "the", "enrichment", "of", "conserved", "elements", "in", "intronic", "regions", "flanking", "reap", "[", "+", "]", "np", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "x", "-", "axis", ")", ",", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "y", "-", "axis", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "sign", "represented", "the", "direction", "of", "change", ",", "i", ".", "e", ".", ",", "positive", "if", "enriched", "in", "introns", "flanking", "reap", "[", "+", "]", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exon", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "conserved", "5", "-", "mer", "was", "associated", "with", "two", "numbers", ":", "the", "enrichment", "in", "introns", "proximal", "to", "reap", "[", "+", "]", "np", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "x", "-", "axis", ")", ",", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "y", "-", "axis", ")", ".", "(", "b", ")", "downstream", "intronic", "regions", ",", "where", "the", "association", "between", "reap", "[", "+", "]", "designation", "and", "the", "exons", "was", "shuff", "##led", ".", "(", "c", ")", "upstream", "intronic", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "circle", "##d", "5", "-", "mers", "in", "the", "upper", "right", "quadrant", "represent", "conserved", "5", "-", "mers", "enriched", "in", "the", "upstream", "intronic", "regions", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", ".", "(", "d", ")", "downstream", "intronic", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "circle", "##d", "5", "-", "mers", "in", "the", "upper", "right", "quadrant", "represent", "conserved", "5", "-", "mers", "enriched", "in", "the", "downstream", "intronic", "regions", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "eighteen", "conserved", "5", "-", "mers", "were", "significantly", "enriched", "in", "the", "downstream", "introns", "of", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", ";", "and", "76", "5", "-", "mers", "were", "enriched", "downstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "exons", "(", "table", "s4", ",", "figure", "9", "##d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "identified", "a", "motif", "cuc", "##au", "resembling", "the", "nov", "##a", "binding", "site", "yc", "##ay", "[", "74", "]", ",", "and", "a", "g", "-", "rich", "motif", "(", "agg", "##gg", ",", "ggg", "##ga", ",", "ggg", "##gc", ",", "ggg", "##gg", ",", "ggg", "##gu", ")", "enriched", "in", "the", "introns", "downstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "g", "-", "rich", "motifs", "had", "previously", "been", "shown", "to", "be", "part", "of", "a", "bip", "##artite", "signal", "that", "silence", "##s", "as", "exons", "[", "75", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "of", "the", "five", "5", "-", "mers", "that", "were", "enriched", "downstream", "of", "both", "reap", "[", "+", "]", "np", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", ",", "gca", "##ug", "and", "a", "u", "-", "rich", "motif", "(", "u", "##uu", "##uu", ")", "were", "identified", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "concluded", "that", "potential", "isr", "##es", "were", "enriched", "proximal", "to", "a", "subset", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", ";", "in", "particular", ",", "the", "fox", "##1", "/", "2", "binding", "site", "gc", "##ua", "##g", "may", "play", "a", "regulatory", "role", "in", "controlling", "as", "events", "in", "hescs", "and", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "the", "ability", "of", "escs", "to", "generate", "all", "three", "embryonic", "germ", "layers", "has", "raised", "the", "exciting", "possibility", "that", "hescs", "may", "become", "an", "unl", "##imited", "source", "of", "cells", "for", "transplantation", "therapies", "involving", "organs", "or", "tissues", "such", "as", "the", "liver", ",", "pancreas", ",", "blood", ",", "and", "nervous", "system", ",", "and", "become", "tools", "to", "explore", "the", "molecular", "mechanisms", "of", "human", "development", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "despite", "such", "interests", ",", "relatively", "little", "is", "understood", "about", "the", "molecular", "mechanisms", "defining", "their", "pluripotency", "and", "the", "molecular", "changes", "important", "for", "hescs", "to", "differentiate", "into", "specific", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "understand", "these", "events", ",", "protocols", "are", "still", "being", "developed", "to", "differentiate", "escs", "into", "a", "variety", "of", "lineages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "of", "particular", "biomedical", "interest", "is", "in", "the", "capacity", "of", "hescs", "to", "be", "differentiated", "into", "a", "self", "-", "renew", "##ing", "population", "of", "nps", "that", "can", "be", "then", "further", "coa", "##x", "##ed", "into", "a", "variety", "of", "neuronal", "subtypes", ",", "such", "as", "dopaminergic", "neurons", "that", "are", "important", "in", "the", "treatment", "of", "parkinson", "disease", "or", "cholinergic", "neurons", "for", "als", "(", "amyot", "rop", "##hic", "lateral", "sclerosis", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "while", "many", "microarray", "studies", "have", "explored", "molecular", "differences", "between", "hescs", "and", "derived", "nps", ",", "most", ",", "if", "not", "all", ",", "have", "focused", "on", "transcriptional", "changes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "studies", "have", "largely", "ignored", "intermediate", "rna", "processing", "events", "prior", "to", "and", "during", "translation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "recent", "years", ",", "as", "has", "gained", "momentum", "as", "being", "important", "in", "development", ",", "apoptosis", ",", "and", "cancer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "reap", ",", "a", "regression", "-", "based", "method", "for", "analyzing", "exon", "array", "data", "was", "introduced", ",", "and", "was", "applied", "to", "discover", "as", "events", "in", "hescs", ",", "their", "derived", "nps", ",", "and", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "reap", "was", "based", "on", "the", "assumptions", "that", "most", "exons", "in", "the", "gene", "of", "interest", "and", "in", "the", "genome", "are", "constitutively", "spliced", "and", "that", "outliers", "in", "a", "linear", "pairwise", "comparison", "of", "the", "signal", "estimates", "for", "probes", "##ets", "in", "a", "gene", "could", "be", "detected", "using", "a", "robust", "regression", "-", "based", "approach", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "reap", "predictions", "were", "found", "to", "correlate", "well", "with", "transcript", "-", "based", "methods", "for", "identifying", "alternative", "exons", ",", "which", "interestingly", "suggested", "that", "current", "databases", "of", "transcript", "information", ",", "albeit", "not", "specifically", "enriched", "for", "hesc", "or", "nps", ",", "in", "aggregate", "are", "nevertheless", "predictive", "of", "as", "events", "in", "hesc", "and", "np", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "also", "enriched", "for", "ace", "##sc", "##an", "-", "predicted", "evolutionarily", "conserved", "exons", "[", "55", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "ace", "##sc", "##an", "utilized", "a", "different", "set", "of", "information", "from", "reap", ",", "the", "agreement", "between", "both", "algorithms", "served", "to", "further", "validate", "the", "predicted", "alternative", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "additional", "studies", "in", "mouse", "escs", "and", "neural", "derivatives", "will", "be", "necessary", "to", "determine", "if", "these", "as", "events", "are", "indeed", "preserved", "in", "these", "analogous", "and", "orthologous", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "finding", "that", "only", "a", "minority", "of", "as", "events", "was", "common", "between", "various", "hesc", "to", "np", "comparisons", "is", "intriguing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "possible", "explanation", "is", "that", "the", "cell", "lines", "were", "not", "only", "genetically", "different", ",", "but", "were", "also", "exposed", "to", "different", "isolation", "and", "culture", "conditions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "the", "different", "differentiation", "protocols", "established", "as", "optimal", "for", "generating", "nestin", "and", "sox", "##1", "positive", "neural", "precursors", "may", "lead", "to", "vast", "##ly", "different", "molecular", "changes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "it", "is", "likely", "that", "post", "-", "transcriptional", "changes", "such", "as", "as", "may", "be", "more", "variable", "despite", "the", "cells", "being", "at", "acknowledged", "“", "end", "-", "points", "”", "defined", "by", "a", "limited", "set", "of", "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "markers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "results", "are", "consistent", "with", "a", "recent", "study", "that", "showed", "that", "while", "two", "well", "-", "established", "hesc", "lines", "differentiate", "into", "functional", "neurons", ",", "the", "two", "lines", "exhibited", "distinc", "t", "differentiation", "potentials", ",", "suggesting", "that", "some", "prep", "##rog", "##ram", "##ming", "had", "occurred", "[", "76", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "particular", ",", "microrna", "profiling", "revealed", "significant", "expression", "differences", "between", "the", "two", "hesc", "lines", ",", "suggesting", "that", "micrornas", ",", "known", "post", "-", "transcriptional", "regulators", ",", "may", "sway", "the", "differentiation", "properties", "of", "the", "cell", "lines", "[", "76", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "postulated", "that", "as", "events", "may", "serve", "also", "to", "bias", "the", "differentiation", "spectrum", "of", "the", "cells", ",", "an", "important", "avenue", "for", "future", "work", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "experimental", "validation", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "suggested", "a", "high", "specificity", "at", "the", "expense", "of", "relatively", "moderate", "sensitivity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "believe", "that", "the", "high", "fp", "rates", "may", "arise", "from", "cross", "-", "hy", "##br", "##i", "diz", "at", "##ion", "effects", "that", "remained", "una", "##cc", "##ounted", "for", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "our", "specificity", "of", "77", "%", "at", "the", "cutoff", "of", "two", "significant", "outliers", "per", "probes", "##et", "allowed", "us", "to", "estimate", "that", "at", "least", "1", ",", "336", "of", "1", ",", "737", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "true", "as", "events", "that", "changed", "during", "neuronal", "differentiation", "of", "hesc", "cells", ",", "and", "/", "or", "were", "different", "between", "endo", "##gene", "##ous", "nps", "and", "hesc", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "on", "average", ",", "7", "%", "of", "all", "human", "exons", "have", "been", "estimated", "by", "transcript", "data", "to", "undergo", "as", ";", "thus", "reap", "'", "s", "validation", "rate", "of", "60", "%", "at", "the", "cutoff", "of", "two", "is", "73", "-", "fold", "(", "60", "/", "7", ")", "higher", "than", "expected", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "we", "validated", "nine", "novel", "as", "events", "that", "disting", "ui", "##sh", "hescs", "and", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "consistent", "with", "our", "computational", "results", ",", "we", "observed", "that", "the", "as", "patterns", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "were", "not", "always", "similar", "to", "those", "of", "the", "derived", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "it", "was", "important", "to", "point", "out", "that", "while", "transcriptional", "expression", "of", "these", "genes", "did", "not", "disting", "ui", "##sh", "these", "cells", "from", "one", "another", ",", "in", "several", "instances", "the", "reap", "-", "predicted", "as", "event", "was", "able", "to", "separate", "derived", "nps", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "a", "notable", "exception", "was", "the", "alternative", "exon", "in", "the", "sl", "##k", "gene", ",", "encoding", "a", "serine", "/", "threonine", "kinase", "protein", ",", "which", "was", "commonly", "included", "in", "both", "hescs", ",", "i", ".", "e", ".", ",", "the", "exon", "-", "excluded", "isoform", "was", "not", "present", "in", "hescs", "compared", "to", "nps", ",", "as", "well", "as", "in", "a", "variety", "of", "differentiated", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "closer", "inspection", "of", "the", "reap", "[", "+", "]", "-", "validated", "as", "exon", "in", "the", "sl", "##k", "gene", "revealed", "strong", "conservation", "in", "the", "intronic", "region", "flanking", "the", "exon", ",", "a", "hallmark", "feature", "of", "evolutionarily", "conserved", "as", "exons", "[", "55", ",", "77", ",", "78", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "study", "analyzing", "the", "expression", "patterns", "of", "the", "sl", "##k", "gene", "suggested", "a", "potential", "functional", "role", "during", "embryonic", "development", "and", "in", "the", "adult", "central", "nervous", "system", "[", "79", "]", ";", "however", ",", "to", "our", "knowledge", ",", "our", "identification", "of", "the", "sl", "##k", "alternative", "exon", "is", "the", "first", "report", "of", "a", "hesc", "-", "biased", "as", "pattern", "during", "neuronal", "differentiation", "and", "across", "a", "myriad", "of", "differentiated", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "agreement", ",", "go", "analysis", "suggested", "that", "genes", "containing", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "enriched", "in", "serine", "/", "threonine", "kinase", "activity", ",", "of", "which", "sl", "##k", "is", "a", "family", "member", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "future", "work", "will", "be", "required", "to", "study", "the", "impact", "of", "as", "in", "these", "genes", "in", "hescs", "and", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "we", "predict", "it", "is", "unlikely", "that", "the", "alternative", "exon", "in", "the", "sl", "##k", "gene", "is", "the", "only", "case", "common", "across", "hesc", "and", "different", "from", "differentiated", "tissues", ",", "but", "further", "studies", "will", "be", "necessary", "to", "identify", "other", "hesc", "-", "specific", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "under", "##represented", "in", "genes", "that", "were", "differentially", "transcriptionally", "regulated", "in", "hescs", "and", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "our", "results", "act", "as", "a", "reminder", "that", "focusing", "only", "on", "genes", "that", "are", "differentially", "expressed", "will", "overlo", "##ok", "rna", "processing", "events", "that", "may", "be", "biologically", "relevant", "to", "the", "system", "of", "interest", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "we", "identified", "potential", "cis", "-", "regulatory", "intronic", "elements", "conserved", "and", "enriched", "proximal", "to", "the", "reap", "[", "+", "]", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "particular", ",", "the", "fox", "##1", "/", "2", "binding", "site", ",", "gc", "##ua", "##g", ",", "was", "conserved", "and", "enriched", "in", "the", "flanking", "introns", "of", "a", "subset", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "further", "studies", "will", "be", "required", "to", "explore", "the", "importance", "of", "fox", "##1", "family", "members", "in", "early", "neuronal", "differentiation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "in", "conclusion", ",", "our", "introduction", "of", "reap", "and", "its", "application", "to", "identifying", "as", "events", "has", "revealed", "new", "and", "una", "##nt", "##icip", "##ated", "insights", "into", "hesc", "biology", "and", "their", "transition", "to", "np", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "collectively", ",", "these", "exons", "represent", "a", "set", "of", "molecular", "changes", "that", "are", "likely", "to", "be", "important", "for", "studying", "human", "neural", "differentiation", "with", "applications", "in", "neuronal", "regenerative", "medicine", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "maintenance", "and", "differentiation", "of", "hescs", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ".", "hesc", "line", "cy", "##203", "(", "cyt", "##her", "##a", ")", "was", "cultured", "as", "previously", "described", "[", "12", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "differentiate", "into", "neuro", "##epithelial", "precursor", "cells", ",", "colonies", "were", "manually", "isolated", "from", "mouse", "embryonic", "fibroblasts", "(", "mefs", ")", "and", "cut", "in", "small", "pieces", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-Tissue", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "pieces", "were", "transferred", "to", "a", "t7", "##5", "flask", "with", "hescs", "differentiation", "media", "(", "same", "hesc", "medium", "but", "10", "%", "ks", "##r", "and", "no", "fgf", "-", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "medium", "was", "changed", "the", "next", "day", "by", "transferring", "the", "floating", "hesc", "aggregates", "to", "a", "new", "flask", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "culturing", "for", "a", "week", ",", "the", "hesc", "cell", "aggregates", "formed", "mature", "embr", "##oid", "bodies", "(", "ebs", ";", "∼10", "um", "round", "clusters", "with", "dark", "centers", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ebs", "were", "plated", "on", "a", "coated", "10", "-", "cm", "dish", "in", "hesc", "differentiation", "media", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "next", "day", ",", "the", "medium", "was", "changed", "to", "dmem", "/", "f12", "supplemented", "with", "its", "and", "fibronectin", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "medium", "was", "changed", "every", "other", "day", "for", "a", "week", "or", "until", "the", "cells", "formed", "rose", "##tt", "##e", "-", "like", "columnar", "structures", "that", "were", "isolated", "manually", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "structures", "were", "then", "transferred", "to", "coated", "dishes", "in", "neural", "induction", "medium", "(", "dmem", "/", "f12", "supplemented", "with", "n2", "and", "fgf", "-", "2", ")", "for", "a", "week", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "elongated", "single", "cells", "were", "separated", "from", "left", "##over", "aggregates", "using", "non", "-", "enzymatic", "dissociation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "one", "to", "two", "passages", ",", "the", "cells", "formed", "a", "monolayer", "of", "homogeneous", "nps", "(", "negative", "for", "sox", "##1", "immunostaining", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "upon", "confluence", ",", "cells", "will", "form", "neuros", "##pheres", "that", "can", "also", "be", "isolated", "from", "the", "neuro", "##epithelial", "precursor", "cells", "(", "positive", "for", "sox", "##1", "immunostaining", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similar", "results", "were", "obtained", "when", "we", "compared", "reap", "[", "+", "]", "genes", "to", "all", "human", "genes", "that", "did", "not", "contain", "reap", "[", "+", "]", "exons", "(", "table", "1", ")", "[", "55", "]", ".", "table", "1s", "##ignificant", "##ly", "enriched", "gene", "ontology", "terms", "in", "reap", "[", "+", "]", "genes", "(", "cutoff", "of", "two", "significant", "“", "outliers", "”", "per", "probes", "##et", ")", "next", "we", "asked", "if", "reap", "[", "+", "]", "genes", "are", "differentially", "expressed", "in", "hescs", "compared", "to", "nps", "and", "vice", "versa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "this", "analysis", ",", "the", "t", "-", "statistics", "computed", "above", "measuring", "the", "enrichment", "of", "a", "gene", "in", "hescs", "relative", "to", "nps", "was", "utilized", "for", "only", "reap", "-", "analyzed", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "at", "a", "defined", "absolute", "-", "valued", "cutoff", ",", "genes", "were", "divided", "into", "three", "categories", ":", "“", "enriched", "in", "hescs", ",", "”", "“", "enriched", "in", "np", ",", "”", "or", "“", "unchanged", "”", "(", "figure", "8a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "increasing", "the", "t", "-", "statistic", "cutoff", "from", "one", "to", "five", ",", "the", "fraction", "of", "reap", "[", "+", "]", "genes", "relative", "to", "reap", "-", "analyzed", "genes", "remained", "constant", "in", "the", "“", "unchanged", "”", "categories", "(", "figure", "8b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "the", "fraction", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "decreased", "significantly", "in", "“", "enriched", "in", "hescs", "”", "and", "“", "enriched", "in", "nps", "”", "categories", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "if", "we", "increased", "the", "cutoffs", "on", "genes", "that", "were", "randomly", "assigned", "as", "reap", "[", "+", "]", "and", "reap", "[", "−", "]", ",", "controlling", "for", "the", "same", "number", "of", "genes", "in", "each", "category", ",", "we", "observed", "that", "the", "fraction", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "remained", "unchanged", "for", "all", "three", "categories", "(", "figure", "8c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "illustrate", ",", "at", "a", "cutoff", "of", "five", ",", "10", "%", "(", "29", "of", "267", ")", "of", "enriched", "np", "genes", "were", "reap", "[", "+", "]", "genes", "and", "8", ".", "8", "%", "(", "102", "of", "1", ",", "162", ")", "of", "enriched", "hesc", "genes", "were", "reap", "[", "+", "]", ",", "significantly", "different", "(", "p", "<", "0", ".", "0000", "##05", ")", "from", "the", "random", "control", "where", "∼1", "##4", "%", "of", "enriched", "np", "and", "enriched", "hesc", "genes", "were", "reap", "[", "+", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "at", "a", "cutoff", "of", "five", ",", "14", "%", "(", "1", ",", "368", "of", "9", ",", "63", "##6", ")", "of", "genes", "that", "were", "expressed", "at", "similar", "levels", "between", "hescs", "and", "nps", "were", "reap", "[", "+", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "results", "suggested", "that", "a", "strategy", "of", "focusing", "on", "differentially", "expressed", "genes", "would", "miss", "at", "least", "14", "%", "of", "transcriptionally", "unchanged", "genes", "that", "may", "nevertheless", "have", "functional", "as", "differences", "between", "hescs", "and", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "figure", "8a", "##nal", "##ysis", "of", "reap", "[", "+", "]", "genes", "relative", "to", "transcriptional", "differences", "(", "a", ")", "hist", "##oga", "##m", "of", "t", "-", "statistics", "computed", "from", "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "measuring", "the", "enrichment", "of", "genes", "in", "hesc", "and", "in", "np", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "genes", "on", "the", "right", "of", "the", "vertical", "line", "at", "5", "were", "designated", "enriched", "in", "hesc", "and", "genes", "on", "the", "left", "of", "the", "vertical", "line", "at", "−5", "were", "designated", "enriched", "in", "np", ";", "genes", "in", "between", "−5", "and", "5", "were", "designated", "as", "“", "unchanged", "”", "or", "expressed", "similarly", "in", "hesc", "and", "np", ".", "(", "b", ")", "vertical", "bars", "representing", "the", "percentage", "of", "reap", "[", "+", "]", "genes", "out", "of", "all", "genes", "in", "the", "different", "classifications", "(", "dashed", "bar", ":", "“", "enriched", "in", "hesc", "”", ";", "black", "filled", "bar", ":", "“", "unchanged", "”", ";", "white", "filled", "bar", ":", "“", "enriched", "in", "np", "”", ")", ",", "at", "different", "cutoffs", "of", "1", "to", "5", ".", "(", "c", ")", "set", "of", "genes", "where", "reap", "[", "+", "]", "designation", "was", "randomly", "chosen", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similar", "representation", "as", "in", "(", "b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "conserved", "intronic", "splicing", "regulatory", "elements", "proximal", "to", "reap", "[", "+", "]", "hesc", "and", "np", "exons", "##man", "##y", ",", "if", "not", "most", ",", "alternative", "exons", "undergo", "cell", "type", "–", "specific", "regulation", "by", "the", "binding", "of", "trans", "-", "factors", "to", "splicing", "regulatory", "cis", "-", "elements", "located", "proximal", "to", "or", "within", "the", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "many", "tissue", "-", "specific", "splicing", "cis", "-", "regulatory", "elements", "were", "localized", "in", "intronic", "regions", "of", "as", "exons", ",", "we", "focused", "on", "the", "identification", "of", "intronic", "splicing", "regulatory", "elements", "(", "isr", "##es", ")", "proximal", "to", "reap", "[", "+", "]", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "we", "wanted", "to", "identify", "both", "common", "and", "cell", "type", "–", "specific", "isr", "##es", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "three", "sets", "of", "exons", "were", "generated", ":", "(", "i", ")", "reap", "[", "+", "]", "exons", "that", "were", "predicted", "to", "be", "included", "in", "nps", "and", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hescs", "(", "reap", "[", "+", "]", "np", ")", ";", "(", "ii", ")", "reap", "[", "+", "]", "exons", "that", "were", "predicted", "to", "be", "included", "in", "hescs", "and", "ski", "##pp", "##ed", "in", "nps", "(", "reap", "[", "+", "]", "hesc", ")", ";", "and", "(", "iii", ")", "all", "reap", "[", "−", "]", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "regions", "of", "400", "base", "pairs", "flanking", "the", "exons", "were", "targeted", "for", "search", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "initially", ",", "5", "-", "mers", "that", "were", "significantly", "enriched", "between", "the", "upstream", "and", "downstream", "intronic", "regions", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "relative", "to", "reap", "[", "−", "]", "exons", "were", "enum", "##erated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "were", "not", "able", "to", "identify", "5", "-", "mers", "that", "were", "statistically", "significantly", "different", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "we", "focused", "on", "splicing", "signals", "that", "were", "conserved", "across", "mammalian", "genomes", "as", "a", "way", "of", "enhancing", "the", "signal", "of", "detecting", "functional", "splicing", "regulatory", "sequences", "[", "66", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "exons", "that", "were", "orthologous", "across", "human", ",", "dog", ",", "rat", ",", "and", "mouse", "were", "obtained", "and", "the", "flanking", "intronic", "regions", "were", "aligned", "(", "400", "bases", "upstream", "and", "downstream", "separately", ";", "figure", "9a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "enum", "##erated", "k", "-", "mers", "that", "were", "perfectly", "conserved", "across", "all", "four", "genomes", "in", "the", "upstream", "(", "and", "downstream", ")", "intronic", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "each", "conserved", "k", "-", "mer", "was", "attributed", "a", "χ", "score", "representing", "its", "enrichment", "in", "a", "set", "of", "exons", "relative", "to", "another", "set", "of", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "higher", "the", "score", ",", "the", "more", "frequent", "the", "conserved", "k", "-", "mer", "was", "in", "the", "first", "set", "relative", "to", "the", "second", "set", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "a", "negative", "control", ",", "the", "associations", "between", "reap", "scores", "and", "exons", "were", "shuff", "##led", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "enrichment", "scores", "for", "all", "downstream", "intronic", "5", "-", "mers", "for", "shuff", "##led", "reap", "[", "+", "]", "np", "versus", "set", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "x", "-", "axis", ")", ",", "and", "for", "shuff", "##led", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "y", "-", "axis", ")", "were", "displayed", "(", "figure", "9b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "at", "a", "χ", "cutoff", "of", "three", ",", "which", "corresponded", "to", "a", "p", "-", "value", "of", "0", ".", "001", "##5", ",", "the", "majority", "of", "5", "-", "mers", "were", "not", "significantly", "enriched", "in", "either", "shuff", "##led", "set", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "confident", "that", "no", "association", "of", "k", "-", "mers", "with", "shuff", "##led", "reap", "exons", "were", "found", ";", "we", "repeated", "the", "analyses", "for", "upstream", "and", "downstream", "intronic", "5", "-", "mers", "for", "the", "original", "uns", "##hu", "##ff", "##led", "sets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "identified", "68", "conserved", "5", "-", "mers", "enriched", "upstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "exons", ";", "and", "34", "5", "-", "mers", "enriched", "upstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", "(", "figure", "9c", ";", "table", "s4", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "of", "the", "5", "-", "mers", "that", "were", "significantly", "enriched", "upstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "exons", ",", "we", "identified", "a", "u", "-", "rich", "motif", "(", "u", "##uu", "##uu", ")", ",", "a", "gu", "-", "rich", "motif", "(", "gu", "##gu", "##g", ")", ",", "and", "a", "cu", "-", "rich", "motif", "(", "cc", "##uc", "##u", ",", "cuc", "##uc", ",", "uc", "##uc", "##u", ",", "gc", "##uc", "##u", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "it", "is", "known", "that", "the", "heterogeneous", "ribonucle", "##oprotein", "c", "(", "hnrnp", "c", ")", "binding", "site", "obtained", "by", "sel", "##ex", "is", "five", "“", "u", "”", "s", "[", "67", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "gu", "-", "rich", "sequences", "in", "flanking", "intronic", "regions", "were", "shown", "to", "bind", "to", "splicing", "factor", "et", "##r", "-", "3", "to", "regulate", "as", "[", "68", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cu", "-", "rich", "sequences", "were", "shown", "to", "bind", "the", "splicing", "factor", "ptb", "[", "69", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "of", "the", "5", "-", "mers", "enriched", "upstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", ",", "we", "observed", "cu", "##aac", ",", "which", "resembled", "the", "splicing", "branch", "-", "signal", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "of", "the", "six", "5", "-", "mers", "that", "were", "enriched", "upstream", "of", "both", "reap", "[", "+", "]", "np", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", ",", "we", "identified", "gca", "##ug", ",", "which", "was", "previously", "shown", "to", "be", "an", "intronic", "splicing", "cis", "-", "element", "for", "the", "mammalian", "fibronectin", "and", "calcitonin", "/", "cgrp", "genes", "[", "70", "–", "72", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "more", "recently", ",", "both", "mammalian", "fox", "##1", "and", "2", "have", "been", "demonstrated", "to", "regulate", "alternatively", "spliced", "exons", "via", "ug", "##ca", "##ug", "binding", "sites", "in", "neighboring", "introns", "in", "neuronal", "cell", "cultures", "[", "73", "]", ".", "figure", "9c", "##ons", "##erved", "intronic", "cis", "-", "elements", "enriched", "proximal", "to", "reap", "[", "+", "]", "alternative", "exons", "(", "a", ")", "schematic", "describing", "the", "enumeration", "of", "intronic", "elements", "across", "400", "bases", "of", "flanking", "mammalian", "introns", "(", "human", ",", "dog", ",", "rat", ",", "and", "mouse", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "red", "and", "green", "horizontal", "bars", "represent", "conserved", "intronic", "elements", "and", "nonc", "##ons", "##erved", "elements", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "internal", "exons", "were", "divided", "into", "reap", "[", "+", "]", "np", ",", "reap", "[", "+", "]", "es", ",", "and", "reap", "[", "−", "]", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "χ", "statistic", "was", "computed", "to", "represent", "the", "enrichment", "of", "conserved", "elements", "in", "intronic", "regions", "flanking", "reap", "[", "+", "]", "np", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "x", "-", "axis", ")", ",", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "y", "-", "axis", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "sign", "represented", "the", "direction", "of", "change", ",", "i", ".", "e", ".", ",", "positive", "if", "enriched", "in", "introns", "flanking", "reap", "[", "+", "]", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exon", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "each", "conserved", "5", "-", "mer", "was", "associated", "with", "two", "numbers", ":", "the", "enrichment", "in", "introns", "proximal", "to", "reap", "[", "+", "]", "np", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "x", "-", "axis", ")", ",", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "versus", "reap", "[", "−", "]", "exons", "(", "y", "-", "axis", ")", ".", "(", "b", ")", "downstream", "intronic", "regions", ",", "where", "the", "association", "between", "reap", "[", "+", "]", "designation", "and", "the", "exons", "was", "shuff", "##led", ".", "(", "c", ")", "upstream", "intronic", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "circle", "##d", "5", "-", "mers", "in", "the", "upper", "right", "quadrant", "represent", "conserved", "5", "-", "mers", "enriched", "in", "the", "upstream", "intronic", "regions", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", ".", "(", "d", ")", "downstream", "intronic", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "circle", "##d", "5", "-", "mers", "in", "the", "upper", "right", "quadrant", "represent", "conserved", "5", "-", "mers", "enriched", "in", "the", "downstream", "intronic", "regions", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "eighteen", "conserved", "5", "-", "mers", "were", "significantly", "enriched", "in", "the", "downstream", "introns", "of", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", ";", "and", "76", "5", "-", "mers", "were", "enriched", "downstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "np", "exons", "(", "table", "s4", ",", "figure", "9", "##d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "identified", "a", "motif", "cuc", "##au", "resembling", "the", "nov", "##a", "binding", "site", "yc", "##ay", "[", "74", "]", ",", "and", "a", "g", "-", "rich", "motif", "(", "agg", "##gg", ",", "ggg", "##ga", ",", "ggg", "##gc", ",", "ggg", "##gg", ",", "ggg", "##gu", ")", "enriched", "in", "the", "introns", "downstream", "of", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "g", "-", "rich", "motifs", "had", "previously", "been", "shown", "to", "be", "part", "of", "a", "bip", "##artite", "signal", "that", "silence", "##s", "as", "exons", "[", "75", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "of", "the", "five", "5", "-", "mers", "that", "were", "enriched", "downstream", "of", "both", "reap", "[", "+", "]", "np", "and", "reap", "[", "+", "]", "es", "exons", ",", "gca", "##ug", "and", "a", "u", "-", "rich", "motif", "(", "u", "##uu", "##uu", ")", "were", "identified", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "concluded", "that", "potential", "isr", "##es", "were", "enriched", "proximal", "to", "a", "subset", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", ";", "in", "particular", ",", "the", "fox", "##1", "/", "2", "binding", "site", "gc", "##ua", "##g", "may", "play", "a", "regulatory", "role", "in", "controlling", "as", "events", "in", "hescs", "and", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "the", "ability", "of", "escs", "to", "generate", "all", "three", "embryonic", "germ", "layers", "has", "raised", "the", "exciting", "possibility", "that", "hescs", "may", "become", "an", "unl", "##imited", "source", "of", "cells", "for", "transplantation", "therapies", "involving", "organs", "or", "tissues", "such", "as", "the", "liver", ",", "pancreas", ",", "blood", ",", "and", "nervous", "system", ",", "and", "become", "tools", "to", "explore", "the", "molecular", "mechanisms", "of", "human", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "despite", "such", "interests", ",", "relatively", "little", "is", "understood", "about", "the", "molecular", "mechanisms", "defining", "their", "pluripotency", "and", "the", "molecular", "changes", "important", "for", "hescs", "to", "differentiate", "into", "specific", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "understand", "these", "events", ",", "protocols", "are", "still", "being", "developed", "to", "differentiate", "escs", "into", "a", "variety", "of", "lineages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "of", "particular", "biomedical", "interest", "is", "in", "the", "capacity", "of", "hescs", "to", "be", "differentiated", "into", "a", "self", "-", "renew", "##ing", "population", "of", "nps", "that", "can", "be", "then", "further", "coa", "##x", "##ed", "into", "a", "variety", "of", "neuronal", "subtypes", ",", "such", "as", "dopaminergic", "neurons", "that", "are", "important", "in", "the", "treatment", "of", "parkinson", "disease", "or", "cholinergic", "neurons", "for", "als", "(", "amyot", "rop", "##hic", "lateral", "sclerosis", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "while", "many", "microarray", "studies", "have", "explored", "molecular", "differences", "between", "hescs", "and", "derived", "nps", ",", "most", ",", "if", "not", "all", ",", "have", "focused", "on", "transcriptional", "changes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "studies", "have", "largely", "ignored", "intermediate", "rna", "processing", "events", "prior", "to", "and", "during", "translation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "recent", "years", ",", "as", "has", "gained", "momentum", "as", "being", "important", "in", "development", ",", "apoptosis", ",", "and", "cancer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "reap", ",", "a", "regression", "-", "based", "method", "for", "analyzing", "exon", "array", "data", "was", "introduced", ",", "and", "was", "applied", "to", "discover", "as", "events", "in", "hescs", ",", "their", "derived", "nps", ",", "and", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "reap", "was", "based", "on", "the", "assumptions", "that", "most", "exons", "in", "the", "gene", "of", "interest", "and", "in", "the", "genome", "are", "constitutively", "spliced", "and", "that", "outliers", "in", "a", "linear", "pairwise", "comparison", "of", "the", "signal", "estimates", "for", "probes", "##ets", "in", "a", "gene", "could", "be", "detected", "using", "a", "robust", "regression", "-", "based", "approach", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "reap", "predictions", "were", "found", "to", "correlate", "well", "with", "transcript", "-", "based", "methods", "for", "identifying", "alternative", "exons", ",", "which", "interestingly", "suggested", "that", "current", "databases", "of", "transcript", "information", ",", "albeit", "not", "specifically", "enriched", "for", "hesc", "or", "nps", ",", "in", "aggregate", "are", "nevertheless", "predictive", "of", "as", "events", "in", "hesc", "and", "np", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "also", "enriched", "for", "ace", "##sc", "##an", "-", "predicted", "evolutionarily", "conserved", "exons", "[", "55", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "ace", "##sc", "##an", "utilized", "a", "different", "set", "of", "information", "from", "reap", ",", "the", "agreement", "between", "both", "algorithms", "served", "to", "further", "validate", "the", "predicted", "alternative", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "additional", "studies", "in", "mouse", "escs", "and", "neural", "derivatives", "will", "be", "necessary", "to", "determine", "if", "these", "as", "events", "are", "indeed", "preserved", "in", "these", "analogous", "and", "orthologous", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "finding", "that", "only", "a", "minority", "of", "as", "events", "was", "common", "between", "various", "hesc", "to", "np", "comparisons", "is", "intriguing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "possible", "explanation", "is", "that", "the", "cell", "lines", "were", "not", "only", "genetically", "different", ",", "but", "were", "also", "exposed", "to", "different", "isolation", "and", "culture", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "the", "different", "differentiation", "protocols", "established", "as", "optimal", "for", "generating", "nestin", "and", "sox", "##1", "positive", "neural", "precursors", "may", "lead", "to", "vast", "##ly", "different", "molecular", "changes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "it", "is", "likely", "that", "post", "-", "transcriptional", "changes", "such", "as", "as", "may", "be", "more", "variable", "despite", "the", "cells", "being", "at", "acknowledged", "“", "end", "-", "points", "”", "defined", "by", "a", "limited", "set", "of", "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "markers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "results", "are", "consistent", "with", "a", "recent", "study", "that", "showed", "that", "while", "two", "well", "-", "established", "hesc", "lines", "differentiate", "into", "functional", "neurons", ",", "the", "two", "lines", "exhibited", "distinc", "t", "differentiation", "potentials", ",", "suggesting", "that", "some", "prep", "##rog", "##ram", "##ming", "had", "occurred", "[", "76", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "particular", ",", "microrna", "profiling", "revealed", "significant", "expression", "differences", "between", "the", "two", "hesc", "lines", ",", "suggesting", "that", "micrornas", ",", "known", "post", "-", "transcriptional", "regulators", ",", "may", "sway", "the", "differentiation", "properties", "of", "the", "cell", "lines", "[", "76", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "postulated", "that", "as", "events", "may", "serve", "also", "to", "bias", "the", "differentiation", "spectrum", "of", "the", "cells", ",", "an", "important", "avenue", "for", "future", "work", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "experimental", "validation", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "suggested", "a", "high", "specificity", "at", "the", "expense", "of", "relatively", "moderate", "sensitivity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "believe", "that", "the", "high", "fp", "rates", "may", "arise", "from", "cross", "-", "hy", "##br", "##i", "diz", "at", "##ion", "effects", "that", "remained", "una", "##cc", "##ounted", "for", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "our", "specificity", "of", "77", "%", "at", "the", "cutoff", "of", "two", "significant", "outliers", "per", "probes", "##et", "allowed", "us", "to", "estimate", "that", "at", "least", "1", ",", "336", "of", "1", ",", "737", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "true", "as", "events", "that", "changed", "during", "neuronal", "differentiation", "of", "hesc", "cells", ",", "and", "/", "or", "were", "different", "between", "endo", "##gene", "##ous", "nps", "and", "hesc", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "on", "average", ",", "7", "%", "of", "all", "human", "exons", "have", "been", "estimated", "by", "transcript", "data", "to", "undergo", "as", ";", "thus", "reap", "'", "s", "validation", "rate", "of", "60", "%", "at", "the", "cutoff", "of", "two", "is", "73", "-", "fold", "(", "60", "/", "7", ")", "higher", "than", "expected", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "we", "validated", "nine", "novel", "as", "events", "that", "disting", "ui", "##sh", "hescs", "and", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "consistent", "with", "our", "computational", "results", ",", "we", "observed", "that", "the", "as", "patterns", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "were", "not", "always", "similar", "to", "those", "of", "the", "derived", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "it", "was", "important", "to", "point", "out", "that", "while", "transcriptional", "expression", "of", "these", "genes", "did", "not", "disting", "ui", "##sh", "these", "cells", "from", "one", "another", ",", "in", "several", "instances", "the", "reap", "-", "predicted", "as", "event", "was", "able", "to", "separate", "derived", "nps", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "a", "notable", "exception", "was", "the", "alternative", "exon", "in", "the", "sl", "##k", "gene", ",", "encoding", "a", "serine", "/", "threonine", "kinase", "protein", ",", "which", "was", "commonly", "included", "in", "both", "hescs", ",", "i", ".", "e", ".", ",", "the", "exon", "-", "excluded", "isoform", "was", "not", "present", "in", "hescs", "compared", "to", "nps", ",", "as", "well", "as", "in", "a", "variety", "of", "differentiated", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "closer", "inspection", "of", "the", "reap", "[", "+", "]", "-", "validated", "as", "exon", "in", "the", "sl", "##k", "gene", "revealed", "strong", "conservation", "in", "the", "intronic", "region", "flanking", "the", "exon", ",", "a", "hallmark", "feature", "of", "evolutionarily", "conserved", "as", "exons", "[", "55", ",", "77", ",", "78", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "study", "analyzing", "the", "expression", "patterns", "of", "the", "sl", "##k", "gene", "suggested", "a", "potential", "functional", "role", "during", "embryonic", "development", "and", "in", "the", "adult", "central", "nervous", "system", "[", "79", "]", ";", "however", ",", "to", "our", "knowledge", ",", "our", "identification", "of", "the", "sl", "##k", "alternative", "exon", "is", "the", "first", "report", "of", "a", "hesc", "-", "biased", "as", "pattern", "during", "neuronal", "differentiation", "and", "across", "a", "myriad", "of", "differentiated", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "agreement", ",", "go", "analysis", "suggested", "that", "genes", "containing", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "enriched", "in", "serine", "/", "threonine", "kinase", "activity", ",", "of", "which", "sl", "##k", "is", "a", "family", "member", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "future", "work", "will", "be", "required", "to", "study", "the", "impact", "of", "as", "in", "these", "genes", "in", "hescs", "and", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "we", "predict", "it", "is", "unlikely", "that", "the", "alternative", "exon", "in", "the", "sl", "##k", "gene", "is", "the", "only", "case", "common", "across", "hesc", "and", "different", "from", "differentiated", "tissues", ",", "but", "further", "studies", "will", "be", "necessary", "to", "identify", "other", "hesc", "-", "specific", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "under", "##represented", "in", "genes", "that", "were", "differentially", "transcriptionally", "regulated", "in", "hescs", "and", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "our", "results", "act", "as", "a", "reminder", "that", "focusing", "only", "on", "genes", "that", "are", "differentially", "expressed", "will", "overlo", "##ok", "rna", "processing", "events", "that", "may", "be", "biologically", "relevant", "to", "the", "system", "of", "interest", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "we", "identified", "potential", "cis", "-", "regulatory", "intronic", "elements", "conserved", "and", "enriched", "proximal", "to", "the", "reap", "[", "+", "]", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "particular", ",", "the", "fox", "##1", "/", "2", "binding", "site", ",", "gc", "##ua", "##g", ",", "was", "conserved", "and", "enriched", "in", "the", "flanking", "introns", "of", "a", "subset", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "further", "studies", "will", "be", "required", "to", "explore", "the", "importance", "of", "fox", "##1", "family", "members", "in", "early", "neuronal", "differentiation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "in", "conclusion", ",", "our", "introduction", "of", "reap", "and", "its", "application", "to", "identifying", "as", "events", "has", "revealed", "new", "and", "una", "##nt", "##icip", "##ated", "insights", "into", "hesc", "biology", "and", "their", "transition", "to", "np", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "collectively", ",", "these", "exons", "represent", "a", "set", "of", "molecular", "changes", "that", "are", "likely", "to", "be", "important", "for", "studying", "human", "neural", "differentiation", "with", "applications", "in", "neuronal", "regenerative", "medicine", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "maintenance", "and", "differentiation", "of", "hescs", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ".", "hesc", "line", "cy", "##203", "(", "cyt", "##her", "##a", ")", "was", "cultured", "as", "previously", "described", "[", "12", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "differentiate", "into", "neuro", "##epithelial", "precursor", "cells", ",", "colonies", "were", "manually", "isolated", "from", "mouse", "embryonic", "fibroblasts", "(", "mefs", ")", "and", "cut", "in", "small", "pieces", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-Tissue", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "pieces", "were", "transferred", "to", "a", "t7", "##5", "flask", "with", "hescs", "differentiation", "media", "(", "same", "hesc", "medium", "but", "10", "%", "ks", "##r", "and", "no", "fgf", "-", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "medium", "was", "changed", "the", "next", "day", "by", "transferring", "the", "floating", "hesc", "aggregates", "to", "a", "new", "flask", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "culturing", "for", "a", "week", ",", "the", "hesc", "cell", "aggregates", "formed", "mature", "embr", "##oid", "bodies", "(", "ebs", ";", "∼10", "um", "round", "clusters", "with", "dark", "centers", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ebs", "were", "plated", "on", "a", "coated", "10", "-", "cm", "dish", "in", "hesc", "differentiation", "media", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "next", "day", ",", "the", "medium", "was", "changed", "to", "dmem", "/", "f12", "supplemented", "with", "its", "and", "fibronectin", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "medium", "was", "changed", "every", "other", "day", "for", "a", "week", "or", "until", "the", "cells", "formed", "rose", "##tt", "##e", "-", "like", "columnar", "structures", "that", "were", "isolated", "manually", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "structures", "were", "then", "transferred", "to", "coated", "dishes", "in", "neural", "induction", "medium", "(", "dmem", "/", "f12", "supplemented", "with", "n2", "and", "fgf", "-", "2", ")", "for", "a", "week", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "elongated", "single", "cells", "were", "separated", "from", "left", "##over", "aggregates", "using", "non", "-", "enzymatic", "dissociation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "one", "to", "two", "passages", ",", "the", "cells", "formed", "a", "monolayer", "of", "homogeneous", "nps", "(", "negative", "for", "sox", "##1", "immunostaining", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "upon", "confluence", ",", "cells", "will", "form", "neuros", "##pheres", "that", "can", "also", "be", "isolated", "from", "the", "neuro", "##epithelial", "precursor", "cells", "(", "positive", "for", "sox", "##1", "immunostaining", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]