OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "as", "an", "example", ",", "the", "median", "probes", "##et", "signal", "estimates", "in", "hescs", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "of", "the", "fi", "##p1", "##l1", "gene", "(", "gene", "identifiers", "bc", "##01", "##154", "##3", ",", "al", "##136", "##91", "##0", ")", "had", "a", "pearson", "correlation", "coefficient", "of", "0", ".", "38", ",", "and", "the", "distribution", "of", "points", "was", "not", "amenable", "to", "robust", "regression", "(", "figure", "4a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "avoid", "inappropriate", "application", "of", "reap", "and", "generating", "false", "predictions", ",", "we", "empirically", "determined", "that", "a", "gene", "had", "to", "have", "a", "pearson", "correlation", "coefficient", "cutoff", "of", "0", ".", "6", "before", "being", "amenable", "to", "reap", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "we", "managed", "two", "additional", "sources", "of", "fps", ",", "namely", "“", "high", "-", "lever", "##age", "”", "and", "“", "high", "-", "influence", "”", "points", ",", "which", "we", "were", "able", "to", "identify", "by", "computing", "the", "following", "metrics", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "every", "point", ",", "we", "computed", "(", "i", ")", "the", "student", "##ized", "residual", "(", "as", "described", "above", ")", ",", "(", "ii", ")", "the", "influence", ",", "and", "(", "iii", ")", "the", "lever", "##age", "(", "see", "materials", "and", "methods", "for", "more", "details", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lever", "##age", "assessed", "how", "far", "away", "a", "value", "of", "the", "independent", "variable", "was", "from", "the", "mean", "value", ";", "the", "far", "##ther", "away", "the", "observation", "the", "more", "lever", "##age", "it", "had", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "influence", "of", "a", "point", "was", "related", "to", "its", "covariance", "ratio", ":", "a", "covariance", "ratio", "larger", "(", "or", "smaller", ")", "than", "1", "implied", "that", "the", "point", "was", "closer", "(", "or", "far", "##ther", ")", "than", "was", "typical", "to", "the", "regression", "line", ",", "so", "removing", "it", "would", "hur", "##t", "(", "or", "help", ")", "the", "accuracy", "of", "the", "line", "and", "would", "increase", "(", "or", "decrease", ")", "the", "error", "term", "variance", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "influence", "was", "computed", "as", "the", "absolute", "difference", "between", "the", "covariance", "ratio", "and", "unity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "illustrate", "further", ",", "a", "point", "was", "classified", "as", "an", "“", "outlier", "”", "if", "it", "had", "a", "large", "student", "##ized", "residual", "(", "p", "<", "0", ".", "01", ")", "and", "low", "lever", "##age", "(", "boxed", "point", "“", "a", "”", ")", ";", "as", "a", "“", "high", "-", "lever", "##age", "”", "point", "if", "it", "had", "a", "low", "student", "##ized", "residual", "and", "high", "lever", "##age", "(", "boxed", "point", "“", "b", "”", ")", ";", "and", "as", "a", "“", "high", "-", "influence", "”", "point", "if", "it", "had", "a", "high", "student", "##ized", "residual", ",", "high", "lever", "##age", ",", "and", "high", "influence", "(", "boxed", "point", "“", "c", "”", ";", "figure", "4b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "points", "that", "resembled", "boxed", "point", "“", "a", "”", "were", "designated", "as", "potential", "as", "events", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "example", ",", "four", "of", "the", "five", "boxed", "points", "in", "figure", "3c", "were", "“", "outliers", ",", "”", "and", "rt", "-", "pcr", "validation", "indicated", "that", "the", "exon", "represented", "by", "the", "probes", "##et", "was", "indeed", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "eh", "##bp1", ",", "figure", "7b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "points", "that", "were", "“", "high", "-", "lever", "##age", ",", "”", "such", "as", "the", "five", "points", "in", "the", "clc", "##n2", "gene", ",", "were", "experimentally", "verified", "to", "be", "a", "fp", "(", "figure", "4c", ";", "unpublished", "data", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "points", "that", "were", "“", "high", "-", "influence", ",", "”", "such", "as", "the", "four", "of", "five", "boxed", "points", "in", "the", "abc", "##a3", "gene", "were", "also", "experimentally", "verified", "to", "be", "a", "fp", "(", "figure", "4d", ";", "unpublished", "data", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "conclusion", ",", "in", "order", "to", "reduce", "the", "fp", "rate", ",", "all", "points", "were", "evaluated", "according", "to", "the", "metrics", "described", ",", "and", "points", "that", "were", "significant", "“", "outliers", "”", "were", "considered", "putative", "as", "events", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "figure", "4s", "##our", "##ces", "of", "false", "positives", "(", "a", ")", "scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "fi", "##p1", "##l1", "gene", "and", "the", "line", "representing", "the", "robust", "regression", "estimate", ".", "(", "b", ")", "boxed", "point", "“", "a", "”", "represents", "a", "significant", "“", "outlier", "”", "(", "with", "a", "significantly", "different", "student", "##ized", "residual", "and", "low", "lever", "##age", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "boxed", "point", "“", "b", "”", "represents", "a", "“", "high", "lever", "##age", "”", "point", "(", "low", "student", "##ized", "residual", "and", "a", "high", "lever", "##age", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "boxed", "point", "“", "c", "”", "represents", "a", "“", "high", "influence", "”", "point", "(", "high", "student", "##ized", "residual", ",", "high", "lever", "##age", ",", "and", "high", "influence", ")", ".", "(", "c", ")", "scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "clc", "##n2", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "boxed", "points", "represent", "“", "high", "lever", "##age", "”", "points", ".", "(", "d", ")", "scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "abc", "##a3", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "boxed", "points", "represent", "“", "high", "influence", "”", "points", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "global", "identification", "and", "characterization", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "##re", "##ap", "was", "applied", "to", "identify", "as", "events", "in", "nps", "compared", "to", "hescs", ":", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", ";", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ";", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O" ]
[ "after", "removing", "potential", "fps", ",", "11", ",", "348", "genes", "containing", "158", ",", "65", "##7", "probes", "##ets", "were", "scored", "by", "reap", ".", "as", "described", "above", ",", "for", "each", "pair", "of", "cell", "lines", "compared", ",", "each", "prob", "##set", "was", "represented", "by", "five", "points", ",", "where", "each", "point", "was", "defined", "a", "significant", "outlier", "if", "it", "had", "a", "high", "residual", "(", "p", "<", "0", ".", "01", ")", ",", "low", "influence", ",", "and", "high", "lever", "##age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "points", "per", "probes", "##et", "should", "be", "correlated", ";", "in", "other", "words", ",", "if", "one", "point", "was", "a", "significant", "outlier", ",", "the", "other", "points", "were", "expected", "to", "be", "outliers", "as", "well", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "ensure", "that", "this", "was", "the", "case", ",", "we", "counted", "the", "number", "of", "probes", "##ets", "with", "n", "significant", "outliers", ",", "where", "n", "was", "varied", "from", "0", "to", "5", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "the", "identity", "of", "the", "probes", "##ets", "and", "points", "derived", "from", "them", "were", "exchanged", "with", "other", "probes", "##ets", ",", "keeping", "constant", "the", "total", "number", "of", "points", "that", "were", "considered", "significant", "outliers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "at", "n", "=", "0", ",", "we", "observed", "approximately", "equal", "numbers", "of", "probes", "##ets", "in", "the", "actual", "versus", "shuff", "##led", "controls", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "contrast", ",", "we", "observed", "that", "there", "were", "1", ".", "5", "times", "more", "probes", "##ets", "with", "n", "=", "2", "significant", "outliers", "relative", "to", "shuff", "##led", "controls", ";", "12", "–", "31", "times", "more", "probes", "##ets", "with", "n", "=", "3", ";", "and", "17", "–", "61", "##2", "times", "more", "probes", "##ets", "that", "had", "n", "=", "4", "significant", "outliers", "(", "figure", "5a", ";", "see", "table", "s1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "example", ",", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "compared", "to", "cyt", "-", "es", ",", "approximately", "0", ".", "39", "%", "(", "490", "of", "124", ",", "60", "##4", ")", "of", "probes", "##ets", "had", "three", "significant", "outliers", "and", "0", ".", "25", "%", "(", "308", "probes", "##ets", ")", "had", "four", "significant", "outliers", ",", "relative", "to", "0", ".", "02", "%", "and", "0", "%", "of", "shuff", "##led", "controls", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "figure", "5c", "##orr", "##ela", "##tion", "between", "“", "outliers", "”", "(", "a", ")", "the", "number", "of", "probes", "##ets", "with", "n", "significant", "“", "outliers", "”", "was", "determined", "for", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", ",", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ",", "cyt", "-", "nps", "versus", "cyt", "-", "es", ",", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "nps", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "(", "n", "=", "0", ",", "1", ",", "2", ",", "3", ",", "4", ",", "5", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "comparison", ",", "points", "to", "probes", "##et", "relationships", "were", "randomly", "perm", "##uted", ",", "retaining", "the", "same", "number", "of", "“", "outliers", ".", "”" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "vertical", "bars", "represent", "the", "ratio", "between", "the", "number", "of", "actual", "points", "and", "the", "randomly", "per", "mutate", "d", "sets", ".", "(", "b", ")", "similar", "to", "(", "a", ")", ",", "except", "points", "were", "counted", "as", "“", "outliers", "”", "only", "if", "they", "were", "“", "outliers", "”", "in", "both", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "(", "combined", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hesc", ";", "blue", "bars", ")", ";", "in", "both", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "and", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", "(", "combined", "derived", "np", "versus", "hesc", ";", "red", "bars", ")", ";", "and", "in", "all", "four", "comparisons", "(", "combined", "np", "versus", "hesc", ";", "yellow", "bar", ")", ".", "next", "we", "asked", "whether", "the", "overlap", "between", "related", "comparisons", "was", "higher", "than", "expected", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "comparing", "the", "significant", "probes", "##ets", "between", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "revealed", "67", "##2", "significant", "probes", "##ets", "(", "n", "≥", "2", ")", ",", "whereas", "if", "we", "shuff", "##led", "the", "associations", "between", "probes", "##et", "identity", "and", "significant", "outliers", ",", "only", "four", "significant", "probes", "##ets", "(", "n", "≥", "2", ")", "were", "identified", "—", "a", "168", "-", "fold", "enrichment", "(", "figure", "5b", ",", "table", "s1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "total", "of", "236", "significant", "probes", "##ets", "overlapped", "when", "we", "compared", "the", "derived", "nps", "to", "hescs", "(", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", ",", "relative", "to", "seven", "significant", "probes", "##ets", "(", "34", "-", "fold", "enrichment", ")", ".", "at", "a", "cutoff", "of", "two", "significant", "outliers", ",", "1", ",", "737", "probes", "##ets", "contained", "in", "internal", "exons", "were", "defined", "as", "positive", "reap", "predictions", "(", "hereafter", "called", "reap", "[", "+", "]", ")", "exons", "—", "candidate", "as", "events", "that", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "np", "from", "hesc", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "surprisingly", ",", "we", "observed", "that", "the", "majority", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "specific", "to", "the", "pair", "of", "hesc", "and", "np", "that", "was", "compared", ",", "likely", "reflecting", "differences", "in", "genetic", "origins", "and", "/", "or", "culturing", "and", "differentiation", "conditions", "of", "the", "cell", "lines", ":", "61", "##4", "reap", "[", "+", "]", "events", "were", "unique", "to", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##e", "##6", "-", "es", ";", "220", "were", "unique", "to", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", ";", "43", "##9", "were", "unique", "to", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ";", "and", "250", "were", "unique", "to", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O" ]
[ "the", "shared", "events", "between", "pairs", "of", "comparisons", "made", "up", "a", "minority", "of", "the", "total", "number", "identified", ":", "102", "reap", "[", "+", "]", "events", "were", "found", "to", "be", "in", "common", "between", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ";", "48", "between", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ";", "and", "only", "17", "between", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", "and", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", "(", "table", "s2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "comparison", "of", "reap", "to", "est", "-", "based", "method", "and", "ace", "##sc", "##ant", "##rad", "##itional", "##ly", ",", "as", "exons", "were", "discovered", "by", "using", "est", "alignments", "to", "genomic", "loci", ",", "and", "also", "more", "recently", "by", "computational", "algorithms", "that", "used", "sequence", "information", "extracted", "from", "multiple", "genomes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "we", "compared", "reap", "predictions", "to", "both", "approaches", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "the", "first", "comparison", ",", "publicly", "available", "ests", "and", "mrna", "transcripts", "were", "aligned", "to", "the", "human", "genome", "sequence", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "13", ",", "93", "##4", "exons", "with", "evidence", "for", "exon", "-", "skipping", "and", "/", "or", "inclusion", "(", "est", "-", "se", "for", "est", "-", "verified", "ski", "##pp", "##ed", "exons", ")", "were", "generated", ",", "comprising", "∼", "##7", "%", "of", "all", "internal", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", "we", "analyzed", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "if", "we", "required", "that", "none", "of", "the", "points", "per", "probes", "##et", "(", "exon", ")", "was", "significant", ",", "6", "%", "(", "4", ",", "402", "of", "71", ",", "73", "##1", ")", "of", "exons", "(", "after", "probes", "##et", "mapping", ")", "had", "evidence", "for", "est", "-", "se", "(", "figure", "6a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "shuff", "##ling", "the", "mapping", "between", "these", "probes", "##ets", "and", "exons", "resulted", "in", "8", "%", "(", "5", ",", "77", "##7", "of", "71", ",", "73", "##1", ")", "of", "exons", "with", "evidence", "for", "est", "-", "se", "(", "figure", "6a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "percentages", "were", "not", "significantly", "different", "from", "the", "7", "%", "of", "exons", "with", "est", "evidence", "for", "as", "observed", "from", "using", "all", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "by", "raising", "the", "requirement", "that", "probes", "##ets", "had", "to", "contain", "at", "least", "one", "significant", "point", "to", "five", "significant", "points", ",", "the", "percentage", "of", "est", "-", "se", "increased", "dramatically", "from", "11", "%", "(", "53", "##1", "of", "4", ",", "89", "##8", "exons", ")", "to", "26", "%", "(", "33", "of", "126", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "comparison", ",", "the", "shuff", "##led", "probes", "##ets", "at", "the", "same", "requirements", "remained", "at", "∼", "##8", "%", ",", "rising", "slightly", "to", "11", "%", "at", "five", "points", ",", "due", "to", "small", "sample", "sizes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similar", "trends", "were", "observed", "with", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "and", "the", "derived", "nps", "versus", "hescs", "(", "figure", "6a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "therefore", ",", "we", "concluded", "that", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "enriched", "for", "as", "events", "independently", "identified", "by", "a", "transcript", "-", "based", "approach", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "figure", "6c", "##omp", "##aris", "##on", "of", "reap", "predictions", "for", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "hes", ",", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ",", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", ",", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "nps", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "with", "alternative", "exons", "identified", "by", "an", "est", "-", "based", "method", "and", "ace", "##sc", "##an", "(", "a", ")", "black", "-", "filled", "squares", "represented", "the", "fraction", "of", "exons", "containing", "probes", "##ets", "with", "n", "significant", "points", "that", "had", "est", "evidence", "for", "exon", "inclusion", "or", "exclusion", "(", "n", "=", "0", ",", "1", ",", "2", ",", "3", ",", "4", "and", "5", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "white", "-", "filled", "triangles", "represented", "similarly", "computed", "fractions", "with", "perm", "##uted", "probes", "##et", "to", "exon", "mapping", "##s", ".", "(", "b", ")", "black", "-", "filled", "squares", "represented", "the", "fraction", "of", "exons", "containing", "probes", "##ets", "with", "n", "significant", "points", "that", "had", "ace", "##sc", "##an", "positive", "scores", ",", "indicative", "of", "evolutionarily", "conserved", "alternative", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "white", "-", "filled", "triangles", "represented", "similarly", "computed", "fractions", "with", "perm", "##uted", "probes", "##et", "to", "exon", "mapping", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "we", "compared", "reap", "predictions", "to", "a", "computational", "approach", "of", "identifying", "exons", "with", "as", "conserved", "in", "human", "and", "mouse", ",", "ace", "##sc", "##an", "[", "55", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ace", "##sc", "##an", "receives", "as", "input", "orthologous", "human", "–", "mouse", "exon", "pairs", "and", "flanking", "intronic", "regions", "and", "compute", "##s", "sequence", "features", "and", "integrates", "the", "features", "into", "a", "machine", "-", "learning", "algorithm", "to", "assign", "a", "real", "-", "valued", "score", "to", "the", "exon", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "positive", "score", "indicated", "a", "higher", "likelihood", "of", "being", "as", "in", "both", "human", "and", "mouse", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ace", "##sc", "##an", "was", "updated", "in", "the", "following", "ways", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "firstly", ",", "instead", "of", "relying", "on", "ortholog", "##y", "information", "by", "ensembl", ",", "and", "then", "aligning", "flanking", "introns", "in", "“", "orthologous", "”", "exons", ",", "conserved", "exonic", "and", "intronic", "regions", "in", "human", "and", "mouse", "from", "genome-wide", "multiple", "alignments", "were", "extracted", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "secondly", ",", "whereas", "in", "our", "previous", "analysis", "exons", "from", "the", "longest", "transcript", "in", "ensembl", "were", "utilized", ",", "now", "we", "collapsed", "all", "the", "transcripts", "available", "at", "the", "ucsc", "genome", "browser", "and", "analyzed", "all", "exons", "in", "the", "entire", "gene", "loci", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ace", "##sc", "##an", "was", "utilized", "to", "assign", "ace", "##sc", "##an", "scores", "to", "all", "∼1", "##62", ",", "000", "internal", "exons", "in", "our", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "exons", "annotate", "d", "as", "first", "or", "last", "exons", "in", "refseq", "mrnas", "were", "excluded", "from", "our", "analysis", ",", "resulting", "in", "4", ",", "48", "##7", "positive", "-", "scoring", "exons", ",", "2", "-", "fold", "more", "exons", "than", "originally", "published", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", "we", "repeated", "our", "analysis", "with", "exons", "with", "positive", "ace", "##sc", "##an", "scores", "(", "ace", "[", "+", "]", ")", "instead", "of", "est", "-", "ses", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "if", "we", "required", "that", "none", "of", "the", "points", "per", "probes", "##et", "(", "exon", ")", "was", "significant", ",", "2", "%", "(", "1", ",", "64", "##5", "of", "71", ",", "73", "##1", ")", "of", "exons", "(", "after", "probes", "##et", "mapping", ")", "were", "ace", "[", "+", "]", "(", "figure", "6b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "shuff", "##ling", "the", "mapping", "between", "these", "probes", "##ets", "and", "exons", "resulted", "in", "3", "%", "(", "2", ",", "044", "of", "71", ",", "73", "##1", ")", "of", "exons", "being", "ace", "[", "+", "]", "(", "figure", "6b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "percentages", "were", "not", "significantly", "different", "from", "the", "2", ".", "7", "%", "observed", "from", "all", "exons", "(", "4", ",", "48", "##7", "of", "the", "162", ",", "000", "exons", "that", "were", "scored", "by", "ace", "##sc", "##an", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "by", "raising", "the", "requirement", "that", "probes", "##ets", "had", "to", "contain", "five", "significant", "points", ",", "the", "percentage", "of", "ace", "[", "+", "]", "exons", "increased", "from", "4", "%", "to", "11", "%", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "the", "sample", "sizes", "were", "small", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "comparison", ",", "the", "shuff", "##led", "probes", "##ets", "at", "the", "same", "requirements", "remained", "at", "∼", "##4", "%", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similar", "overall", "trends", "were", "observed", "with", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "and", "the", "derived", "nps", "versus", "hescs", "(", "figure", "6b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "total", ",", "7", ".", "5", "%", "(", "131", "of", "1", ",", "737", ")", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "designated", "as", "ace", "##sc", "##an", "[", "+", "]", "compared", "to", "2", ".", "4", "%", "(", "2", ",", "328", "of", "97", ",", "437", ")", "of", "reap", "[", "−", "]", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "result", "suggested", "that", "a", "small", "but", "significantly", "enriched", "fraction", "of", "as", "events", "in", "hescs", "versus", "nps", "was", "likely", "to", "be", "evolutionarily", "conserved", "in", "human", "and", "mouse", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "conclusion", ",", "our", "results", "suggested", "that", "reap", "predictions", "were", "congruent", "with", "predictions", "from", "two", "independent", ",", "orthogonal", "methods", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "experimental", "validation", "of", "alternative", "exons", "##the", "sensitivity", "and", "specificity", "of", "reap", "in", "the", "identification", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "was", "tested", "by", "rt", "-", "pcr", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "validate", "reap", "[", "+", "]", "alternative", "exons", ",", "rt", "-", "pcr", "primers", "were", "designed", "in", "the", "flanking", "exons", "to", "amplify", "both", "isoforms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "be", "a", "positively", "validated", "candidate", ",", "the", "pcr", "products", "on", "a", "gel", "had", "to", "satisfy", "all", "of", "the", "following", "criteria", ":", "(", "i", ")", "at", "least", "one", "isoform", "with", "the", "expected", "size", "must", "be", "visible", "in", "each", "cell", "type", ";", "(", "ii", ")", "the", "relative", "abundance", "of", "the", "two", "isoforms", "must", "be", "altered", "between", "two", "cell", "types", "and", "the", "direction", "of", "change", "have", "to", "be", "consistent", "with", "the", "reap", "student", "##ized", "residuals", ":", "in", "our", "study", "positive", "residuals", "implied", "inclusion", "in", "hescs", "and", "skipping", "in", "nps", ",", "and", "negative", "residuals", "implied", "inclusion", "in", "np", "and", "skipping", "in", "hescs", ";", "and", "(", "iii", ")", "the", "results", "were", "replic", "##able", "in", "at", "least", "two", "experiments", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "simplicity", "of", "design", ",", "we", "tested", "candidates", "predicted", "from", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "fifteen", "reap", "[", "+", "]", "exons", "with", "at", "least", "two", "significant", "outliers", "(", "out", "of", "five", ")", "were", "randomly", "chosen", "as", "predicted", "alternative", "events", "and", "thirty", "-", "five", "exons", "with", "less", "than", "two", "significant", "outliers", "were", "randomly", "chosen", "as", "constitutive", "events", "(", "table", "s3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "nine", "of", "the", "fifteen", "exons", "(", "60", "%", ")", "were", "validated", "as", "as", "events", "by", "our", "criteria", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "sensitivity", "and", "specificity", "of", "the", "algorithm", "at", "the", "cutoff", "of", "two", "is", "69", "%", "and", "77", "%", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "increasing", "the", "cutoff", "to", "three", "increased", "the", "specificity", "to", "85", "%", ",", "with", "a", "slight", "decrease", "in", "sensitivity", "to", "67", "%", "(", "figure", "7a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "patterns", "of", "as", "in", "hescs", "were", "similar", "in", "both", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "for", "all", "as", "events", "validated", ",", "but", "the", "nps", "(", "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "had", "more", "varied", "as", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "pattern", "of", "as", "in", "the", "reap", "[", "+", "]", "exons", "in", "the", "sl", "##k", "(", "serine", "/", "threonine", "kinase", "2", ")", "and", "pot", "##1", "(", "protection", "of", "telomeres", "1", ")", "genes", "showed", "remarkable", "agreement", "within", "derived", "nps", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "figure", "7b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "as", "exon", "in", "sl", "##k", "was", "observed", "to", "be", "included", "in", "hescs", "and", "completely", "excluded", "in", "nps", ";", "the", "as", "exon", "in", "the", "pot", "##1", "gene", "was", "included", "more", "in", "hescs", "and", "a", "smaller", "isoform", "persisted", "in", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "the", "as", "patterns", "of", "the", "other", "verified", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "consistently", "similar", "in", "hescs", "but", "were", "more", "varied", "in", "the", "np", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "interestingly", ",", "the", "patterns", "of", "as", "in", "the", "derived", "nps", "(", "cyt", "-", "np", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ")", "were", "not", "always", "identical", "to", "those", "of", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "for", "example", ",", "the", "as", "exon", "in", "the", "eh", "##bp1", "(", "eh", "domain", "binding", "protein", "1", ")", "gene", "was", "included", "in", "hescs", "but", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "and", "both", "isoforms", "were", "present", "in", "the", "derived", "nps", "(", "figure", "7b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "another", "example", ",", "the", "as", "exon", "in", "the", "sorb", "##s1", "(", "sorb", "##in", "and", "sh3", "domain", "containing", "1", ")", "gene", "was", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hescs", "and", "included", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "but", "exhibited", "an", "intermediate", "pattern", "in", "the", "derived", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "however", ",", "in", "some", "cases", ",", "the", "as", "patterns", "in", "the", "derived", "nps", "were", "different", "from", "both", "hescs", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "such", "as", "in", "the", "as", "exon", "in", "unc", "##84", "##a", ",", "sirt1", ",", "and", "mll", "##t1", "##0", ")", ".", "figure", "7", "##rt", "-", "pcr", "validation", "of", "reap", "-", "predicted", "alternative", "exons", "(", "a", ")", "probes", "##ets", "(", "exons", ")", "were", "considered", "reap", "[", "+", "]", "candidates", "if", "they", "contained", "at", "least", "n", "=", "2", "(", "white", "bars", ")", ",", "3", "(", "gray", "bars", ")", ",", "or", "4", "(", "black", "bars", ")", "significant", "outliers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "true", "positive", "(", "tp", ")", ",", "true", "negative", "(", "tn", ")", ",", "false", "positive", "(", "fp", ")", ",", "and", "false", "negative", "(", "fn", ")", "rates", "were", "calculated", "from", "rt", "-", "pcr", "-", "validated", "reap", "[", "+", "]", "exons", "at", "the", "different", "cutoffs", "(", "n", "=", "2", ",", "3", ",", "4", ")", ".", "(", "b", ")", "nine", "rt", "-", "pcr", "validated", "reap", "[", "+", "]", "as", "events", "in", "hescs", "(", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", ",", "derived", "nps", "(", "cyt", "-", "np", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ")", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "arrows", "indicate", "the", "larger", "(", "exon", "-", "included", ")", "isoforms", "and", "smaller", "(", "exon", "-", "ski", "##pp", "##ed", ")", "isoforms", ".", "(", "c", ")", "rt", "-", "pcr", "of", "reap", "[", "+", "]", "alternative", "exons", "from", "eh", "##bp1", ",", "sl", "##k", ",", "and", "ra", "##i1", "##4", "across", "a", "panel", "of", "human", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "arrows", "indicate", "the", "larger", "(", "exon", "-", "included", ")", "isoforms", "and", "smaller", "(", "exon", "-", "ski", "##pp", "##ed", ")", "isoforms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "given", "three", "independent", "samples", "each", "from", "two", "conditions", ",", "we", "concluded", "that", "reap", "was", "able", "to", "identify", "as", "events", "with", "high", "specificity", "but", "with", "moderate", "sensitivity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "second", ",", "as", "events", "in", "hescs", "were", "more", "similar", ",", "whereas", "the", "as", "events", "in", "derived", "nps", "were", "consistent", "with", "or", "intermediate", "to", "the", "benchmark", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "likely", "reflecting", "differences", "in", "the", "cell", "lines", "and", "/", "or", "differentiation", "protocols", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "we", "tested", "the", "as", "patterns", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "from", "eh", "##bp1", ",", "sl", "##k", ",", "and", "ra", "##i1", "##4", "in", "a", "panel", "of", "differentiated", "human", "tissues", "(", "figure", "7c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "reap", "[", "+", "]", "alternative", "exon", "in", "the", "ra", "##i1", "##4", "(", "retinoic", "acid", "induced", "14", ")", "gene", "was", "observed", "to", "have", "the", "same", "as", "pattern", "in", "nps", "as", "in", "frontal", "and", "temporal", "cortex", "and", "in", "several", "other", ",", "non", "-", "brain", "adult", "tissues", ",", "such", "as", "heart", "and", "spleen", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "the", "as", "pattern", "of", "the", "reap", "[", "+", "]", "exon", "in", "the", "sl", "##k", "gene", "in", "nps", "was", "similar", "to", "most", "differentiated", "tissues", ";", "however", ",", "the", "relatively", "strong", "inclusion", "of", "the", "exon", "in", "hescs", "was", "unique", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "even", "in", "esophagus", ",", "kidney", ",", "liver", ",", "and", "prostate", ",", "both", "isoforms", "were", "present", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "relative", "ratio", "of", "the", "exon", "-", "included", "to", "exon", "-", "ski", "##pp", "##ed", "isoforms", "in", "sl", "##k", "likely", "represents", "an", "esc", "-", "specific", "as", "signature", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "alternative", "exon", "in", "the", "eh", "##bp1", "gene", "was", "unusual", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "exon", "was", "included", "in", "hescs", "but", "also", "in", "frontal", "cortex", "and", "temporal", "cortex", ",", "a", "finding", "that", "was", "unexpected", "given", "the", "exclusion", "of", "the", "exon", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "figure", "7c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "as", "pattern", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "may", "represent", "a", "transient", ",", "early", "neuronal", "molecular", "change", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "functional", "and", "expression", "characteristics", "of", "reap", "[", "+", "]", "genes", "##in", "total", ",", "1", ",", "500", "genes", "were", "identified", "that", "contained", "1", ",", "737", "reap", "[", "+", "]", "exons", ",", "68", "%", "of", "which", "lacked", "prior", "transcript", "(", "est", "/", "cdna", ")", "evidence", "for", "as", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "determine", "whether", "genes", "that", "contained", "reap", "[", "+", "]", "exons", ",", "which", "we", "refer", "to", "as", "reap", "[", "+", "]", "genes", ",", "are", "biased", "toward", "particular", "biological", "activities", ",", "reap", "[", "+", "]", "genes", "were", "compared", "to", "a", "set", "of", "reap", "analyzed", "genes", "not", "found", "to", "have", "reap", "[", "+", "]", "exons", "(", "reap", "[", "−", "]", "genes", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "gene", "ontology", "analysis", "revealed", "that", "reap", "[", "+", "]", "genes", "are", "enriched", "for", "go", "molecular", "function", "categories", "“", "atp", "binding", ",", "”", "“", "helicase", "activity", ",", "”", "“", "protein", "serine", "/", "ther", "##onine", "kinase", "activity", ",", "”", "“", "small", "gtpase", "regulatory", "/", "interacting", "protein", "activity", ",", "”", "and", "“", "thyroid", "hormone", "receptor", "binding", "”", "(", "table", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "terms", "of", "go", "biological", "process", "categories", ",", "reap", "[", "+", "]", "genes", "were", "more", "frequently", "involved", "in", "“", "ubiquitin", "cycle", ".", "”" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "an", "example", ",", "the", "median", "probes", "##et", "signal", "estimates", "in", "hescs", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "of", "the", "fi", "##p1", "##l1", "gene", "(", "gene", "identifiers", "bc", "##01", "##154", "##3", ",", "al", "##136", "##91", "##0", ")", "had", "a", "pearson", "correlation", "coefficient", "of", "0", ".", "38", ",", "and", "the", "distribution", "of", "points", "was", "not", "amenable", "to", "robust", "regression", "(", "figure", "4a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "avoid", "inappropriate", "application", "of", "reap", "and", "generating", "false", "predictions", ",", "we", "empirically", "determined", "that", "a", "gene", "had", "to", "have", "a", "pearson", "correlation", "coefficient", "cutoff", "of", "0", ".", "6", "before", "being", "amenable", "to", "reap", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "we", "managed", "two", "additional", "sources", "of", "fps", ",", "namely", "“", "high", "-", "lever", "##age", "”", "and", "“", "high", "-", "influence", "”", "points", ",", "which", "we", "were", "able", "to", "identify", "by", "computing", "the", "following", "metrics", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "every", "point", ",", "we", "computed", "(", "i", ")", "the", "student", "##ized", "residual", "(", "as", "described", "above", ")", ",", "(", "ii", ")", "the", "influence", ",", "and", "(", "iii", ")", "the", "lever", "##age", "(", "see", "materials", "and", "methods", "for", "more", "details", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lever", "##age", "assessed", "how", "far", "away", "a", "value", "of", "the", "independent", "variable", "was", "from", "the", "mean", "value", ";", "the", "far", "##ther", "away", "the", "observation", "the", "more", "lever", "##age", "it", "had", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "influence", "of", "a", "point", "was", "related", "to", "its", "covariance", "ratio", ":", "a", "covariance", "ratio", "larger", "(", "or", "smaller", ")", "than", "1", "implied", "that", "the", "point", "was", "closer", "(", "or", "far", "##ther", ")", "than", "was", "typical", "to", "the", "regression", "line", ",", "so", "removing", "it", "would", "hur", "##t", "(", "or", "help", ")", "the", "accuracy", "of", "the", "line", "and", "would", "increase", "(", "or", "decrease", ")", "the", "error", "term", "variance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "influence", "was", "computed", "as", "the", "absolute", "difference", "between", "the", "covariance", "ratio", "and", "unity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "illustrate", "further", ",", "a", "point", "was", "classified", "as", "an", "“", "outlier", "”", "if", "it", "had", "a", "large", "student", "##ized", "residual", "(", "p", "<", "0", ".", "01", ")", "and", "low", "lever", "##age", "(", "boxed", "point", "“", "a", "”", ")", ";", "as", "a", "“", "high", "-", "lever", "##age", "”", "point", "if", "it", "had", "a", "low", "student", "##ized", "residual", "and", "high", "lever", "##age", "(", "boxed", "point", "“", "b", "”", ")", ";", "and", "as", "a", "“", "high", "-", "influence", "”", "point", "if", "it", "had", "a", "high", "student", "##ized", "residual", ",", "high", "lever", "##age", ",", "and", "high", "influence", "(", "boxed", "point", "“", "c", "”", ";", "figure", "4b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "points", "that", "resembled", "boxed", "point", "“", "a", "”", "were", "designated", "as", "potential", "as", "events", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "example", ",", "four", "of", "the", "five", "boxed", "points", "in", "figure", "3c", "were", "“", "outliers", ",", "”", "and", "rt", "-", "pcr", "validation", "indicated", "that", "the", "exon", "represented", "by", "the", "probes", "##et", "was", "indeed", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "eh", "##bp1", ",", "figure", "7b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "points", "that", "were", "“", "high", "-", "lever", "##age", ",", "”", "such", "as", "the", "five", "points", "in", "the", "clc", "##n2", "gene", ",", "were", "experimentally", "verified", "to", "be", "a", "fp", "(", "figure", "4c", ";", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "points", "that", "were", "“", "high", "-", "influence", ",", "”", "such", "as", "the", "four", "of", "five", "boxed", "points", "in", "the", "abc", "##a3", "gene", "were", "also", "experimentally", "verified", "to", "be", "a", "fp", "(", "figure", "4d", ";", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "conclusion", ",", "in", "order", "to", "reduce", "the", "fp", "rate", ",", "all", "points", "were", "evaluated", "according", "to", "the", "metrics", "described", ",", "and", "points", "that", "were", "significant", "“", "outliers", "”", "were", "considered", "putative", "as", "events", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "figure", "4s", "##our", "##ces", "of", "false", "positives", "(", "a", ")", "scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "fi", "##p1", "##l1", "gene", "and", "the", "line", "representing", "the", "robust", "regression", "estimate", ".", "(", "b", ")", "boxed", "point", "“", "a", "”", "represents", "a", "significant", "“", "outlier", "”", "(", "with", "a", "significantly", "different", "student", "##ized", "residual", "and", "low", "lever", "##age", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "boxed", "point", "“", "b", "”", "represents", "a", "“", "high", "lever", "##age", "”", "point", "(", "low", "student", "##ized", "residual", "and", "a", "high", "lever", "##age", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "boxed", "point", "“", "c", "”", "represents", "a", "“", "high", "influence", "”", "point", "(", "high", "student", "##ized", "residual", ",", "high", "lever", "##age", ",", "and", "high", "influence", ")", ".", "(", "c", ")", "scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "clc", "##n2", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "boxed", "points", "represent", "“", "high", "lever", "##age", "”", "points", ".", "(", "d", ")", "scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "abc", "##a3", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "boxed", "points", "represent", "“", "high", "influence", "”", "points", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "global", "identification", "and", "characterization", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "##re", "##ap", "was", "applied", "to", "identify", "as", "events", "in", "nps", "compared", "to", "hescs", ":", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", ";", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ";", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O" ]

[ "after", "removing", "potential", "fps", ",", "11", ",", "348", "genes", "containing", "158", ",", "65", "##7", "probes", "##ets", "were", "scored", "by", "reap", ".", "as", "described", "above", ",", "for", "each", "pair", "of", "cell", "lines", "compared", ",", "each", "prob", "##set", "was", "represented", "by", "five", "points", ",", "where", "each", "point", "was", "defined", "a", "significant", "outlier", "if", "it", "had", "a", "high", "residual", "(", "p", "<", "0", ".", "01", ")", ",", "low", "influence", ",", "and", "high", "lever", "##age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "points", "per", "probes", "##et", "should", "be", "correlated", ";", "in", "other", "words", ",", "if", "one", "point", "was", "a", "significant", "outlier", ",", "the", "other", "points", "were", "expected", "to", "be", "outliers", "as", "well", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "ensure", "that", "this", "was", "the", "case", ",", "we", "counted", "the", "number", "of", "probes", "##ets", "with", "n", "significant", "outliers", ",", "where", "n", "was", "varied", "from", "0", "to", "5", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "the", "identity", "of", "the", "probes", "##ets", "and", "points", "derived", "from", "them", "were", "exchanged", "with", "other", "probes", "##ets", ",", "keeping", "constant", "the", "total", "number", "of", "points", "that", "were", "considered", "significant", "outliers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "at", "n", "=", "0", ",", "we", "observed", "approximately", "equal", "numbers", "of", "probes", "##ets", "in", "the", "actual", "versus", "shuff", "##led", "controls", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "contrast", ",", "we", "observed", "that", "there", "were", "1", ".", "5", "times", "more", "probes", "##ets", "with", "n", "=", "2", "significant", "outliers", "relative", "to", "shuff", "##led", "controls", ";", "12", "–", "31", "times", "more", "probes", "##ets", "with", "n", "=", "3", ";", "and", "17", "–", "61", "##2", "times", "more", "probes", "##ets", "that", "had", "n", "=", "4", "significant", "outliers", "(", "figure", "5a", ";", "see", "table", "s1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "example", ",", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "compared", "to", "cyt", "-", "es", ",", "approximately", "0", ".", "39", "%", "(", "490", "of", "124", ",", "60", "##4", ")", "of", "probes", "##ets", "had", "three", "significant", "outliers", "and", "0", ".", "25", "%", "(", "308", "probes", "##ets", ")", "had", "four", "significant", "outliers", ",", "relative", "to", "0", ".", "02", "%", "and", "0", "%", "of", "shuff", "##led", "controls", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "figure", "5c", "##orr", "##ela", "##tion", "between", "“", "outliers", "”", "(", "a", ")", "the", "number", "of", "probes", "##ets", "with", "n", "significant", "“", "outliers", "”", "was", "determined", "for", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", ",", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ",", "cyt", "-", "nps", "versus", "cyt", "-", "es", ",", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "nps", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "(", "n", "=", "0", ",", "1", ",", "2", ",", "3", ",", "4", ",", "5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "comparison", ",", "points", "to", "probes", "##et", "relationships", "were", "randomly", "perm", "##uted", ",", "retaining", "the", "same", "number", "of", "“", "outliers", ".", "”" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "vertical", "bars", "represent", "the", "ratio", "between", "the", "number", "of", "actual", "points", "and", "the", "randomly", "per", "mutate", "d", "sets", ".", "(", "b", ")", "similar", "to", "(", "a", ")", ",", "except", "points", "were", "counted", "as", "“", "outliers", "”", "only", "if", "they", "were", "“", "outliers", "”", "in", "both", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "(", "combined", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hesc", ";", "blue", "bars", ")", ";", "in", "both", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "and", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", "(", "combined", "derived", "np", "versus", "hesc", ";", "red", "bars", ")", ";", "and", "in", "all", "four", "comparisons", "(", "combined", "np", "versus", "hesc", ";", "yellow", "bar", ")", ".", "next", "we", "asked", "whether", "the", "overlap", "between", "related", "comparisons", "was", "higher", "than", "expected", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "comparing", "the", "significant", "probes", "##ets", "between", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "revealed", "67", "##2", "significant", "probes", "##ets", "(", "n", "≥", "2", ")", ",", "whereas", "if", "we", "shuff", "##led", "the", "associations", "between", "probes", "##et", "identity", "and", "significant", "outliers", ",", "only", "four", "significant", "probes", "##ets", "(", "n", "≥", "2", ")", "were", "identified", "—", "a", "168", "-", "fold", "enrichment", "(", "figure", "5b", ",", "table", "s1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "total", "of", "236", "significant", "probes", "##ets", "overlapped", "when", "we", "compared", "the", "derived", "nps", "to", "hescs", "(", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", ",", "relative", "to", "seven", "significant", "probes", "##ets", "(", "34", "-", "fold", "enrichment", ")", ".", "at", "a", "cutoff", "of", "two", "significant", "outliers", ",", "1", ",", "737", "probes", "##ets", "contained", "in", "internal", "exons", "were", "defined", "as", "positive", "reap", "predictions", "(", "hereafter", "called", "reap", "[", "+", "]", ")", "exons", "—", "candidate", "as", "events", "that", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "np", "from", "hesc", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "surprisingly", ",", "we", "observed", "that", "the", "majority", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "specific", "to", "the", "pair", "of", "hesc", "and", "np", "that", "was", "compared", ",", "likely", "reflecting", "differences", "in", "genetic", "origins", "and", "/", "or", "culturing", "and", "differentiation", "conditions", "of", "the", "cell", "lines", ":", "61", "##4", "reap", "[", "+", "]", "events", "were", "unique", "to", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##e", "##6", "-", "es", ";", "220", "were", "unique", "to", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", ";", "43", "##9", "were", "unique", "to", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ";", "and", "250", "were", "unique", "to", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O" ]

[ "the", "shared", "events", "between", "pairs", "of", "comparisons", "made", "up", "a", "minority", "of", "the", "total", "number", "identified", ":", "102", "reap", "[", "+", "]", "events", "were", "found", "to", "be", "in", "common", "between", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ";", "48", "between", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ";", "and", "only", "17", "between", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", "and", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", "(", "table", "s2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "comparison", "of", "reap", "to", "est", "-", "based", "method", "and", "ace", "##sc", "##ant", "##rad", "##itional", "##ly", ",", "as", "exons", "were", "discovered", "by", "using", "est", "alignments", "to", "genomic", "loci", ",", "and", "also", "more", "recently", "by", "computational", "algorithms", "that", "used", "sequence", "information", "extracted", "from", "multiple", "genomes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "we", "compared", "reap", "predictions", "to", "both", "approaches", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "the", "first", "comparison", ",", "publicly", "available", "ests", "and", "mrna", "transcripts", "were", "aligned", "to", "the", "human", "genome", "sequence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "13", ",", "93", "##4", "exons", "with", "evidence", "for", "exon", "-", "skipping", "and", "/", "or", "inclusion", "(", "est", "-", "se", "for", "est", "-", "verified", "ski", "##pp", "##ed", "exons", ")", "were", "generated", ",", "comprising", "∼", "##7", "%", "of", "all", "internal", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", "we", "analyzed", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "if", "we", "required", "that", "none", "of", "the", "points", "per", "probes", "##et", "(", "exon", ")", "was", "significant", ",", "6", "%", "(", "4", ",", "402", "of", "71", ",", "73", "##1", ")", "of", "exons", "(", "after", "probes", "##et", "mapping", ")", "had", "evidence", "for", "est", "-", "se", "(", "figure", "6a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "shuff", "##ling", "the", "mapping", "between", "these", "probes", "##ets", "and", "exons", "resulted", "in", "8", "%", "(", "5", ",", "77", "##7", "of", "71", ",", "73", "##1", ")", "of", "exons", "with", "evidence", "for", "est", "-", "se", "(", "figure", "6a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "percentages", "were", "not", "significantly", "different", "from", "the", "7", "%", "of", "exons", "with", "est", "evidence", "for", "as", "observed", "from", "using", "all", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "by", "raising", "the", "requirement", "that", "probes", "##ets", "had", "to", "contain", "at", "least", "one", "significant", "point", "to", "five", "significant", "points", ",", "the", "percentage", "of", "est", "-", "se", "increased", "dramatically", "from", "11", "%", "(", "53", "##1", "of", "4", ",", "89", "##8", "exons", ")", "to", "26", "%", "(", "33", "of", "126", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "comparison", ",", "the", "shuff", "##led", "probes", "##ets", "at", "the", "same", "requirements", "remained", "at", "∼", "##8", "%", ",", "rising", "slightly", "to", "11", "%", "at", "five", "points", ",", "due", "to", "small", "sample", "sizes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similar", "trends", "were", "observed", "with", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "and", "the", "derived", "nps", "versus", "hescs", "(", "figure", "6a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "therefore", ",", "we", "concluded", "that", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "enriched", "for", "as", "events", "independently", "identified", "by", "a", "transcript", "-", "based", "approach", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "figure", "6c", "##omp", "##aris", "##on", "of", "reap", "predictions", "for", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "hes", ",", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ",", "cyt", "-", "np", "versus", "cyt", "-", "es", ",", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "nps", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "with", "alternative", "exons", "identified", "by", "an", "est", "-", "based", "method", "and", "ace", "##sc", "##an", "(", "a", ")", "black", "-", "filled", "squares", "represented", "the", "fraction", "of", "exons", "containing", "probes", "##ets", "with", "n", "significant", "points", "that", "had", "est", "evidence", "for", "exon", "inclusion", "or", "exclusion", "(", "n", "=", "0", ",", "1", ",", "2", ",", "3", ",", "4", "and", "5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "white", "-", "filled", "triangles", "represented", "similarly", "computed", "fractions", "with", "perm", "##uted", "probes", "##et", "to", "exon", "mapping", "##s", ".", "(", "b", ")", "black", "-", "filled", "squares", "represented", "the", "fraction", "of", "exons", "containing", "probes", "##ets", "with", "n", "significant", "points", "that", "had", "ace", "##sc", "##an", "positive", "scores", ",", "indicative", "of", "evolutionarily", "conserved", "alternative", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "white", "-", "filled", "triangles", "represented", "similarly", "computed", "fractions", "with", "perm", "##uted", "probes", "##et", "to", "exon", "mapping", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "we", "compared", "reap", "predictions", "to", "a", "computational", "approach", "of", "identifying", "exons", "with", "as", "conserved", "in", "human", "and", "mouse", ",", "ace", "##sc", "##an", "[", "55", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ace", "##sc", "##an", "receives", "as", "input", "orthologous", "human", "–", "mouse", "exon", "pairs", "and", "flanking", "intronic", "regions", "and", "compute", "##s", "sequence", "features", "and", "integrates", "the", "features", "into", "a", "machine", "-", "learning", "algorithm", "to", "assign", "a", "real", "-", "valued", "score", "to", "the", "exon", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "positive", "score", "indicated", "a", "higher", "likelihood", "of", "being", "as", "in", "both", "human", "and", "mouse", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ace", "##sc", "##an", "was", "updated", "in", "the", "following", "ways", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "firstly", ",", "instead", "of", "relying", "on", "ortholog", "##y", "information", "by", "ensembl", ",", "and", "then", "aligning", "flanking", "introns", "in", "“", "orthologous", "”", "exons", ",", "conserved", "exonic", "and", "intronic", "regions", "in", "human", "and", "mouse", "from", "genome-wide", "multiple", "alignments", "were", "extracted", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "secondly", ",", "whereas", "in", "our", "previous", "analysis", "exons", "from", "the", "longest", "transcript", "in", "ensembl", "were", "utilized", ",", "now", "we", "collapsed", "all", "the", "transcripts", "available", "at", "the", "ucsc", "genome", "browser", "and", "analyzed", "all", "exons", "in", "the", "entire", "gene", "loci", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ace", "##sc", "##an", "was", "utilized", "to", "assign", "ace", "##sc", "##an", "scores", "to", "all", "∼1", "##62", ",", "000", "internal", "exons", "in", "our", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "exons", "annotate", "d", "as", "first", "or", "last", "exons", "in", "refseq", "mrnas", "were", "excluded", "from", "our", "analysis", ",", "resulting", "in", "4", ",", "48", "##7", "positive", "-", "scoring", "exons", ",", "2", "-", "fold", "more", "exons", "than", "originally", "published", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", "we", "repeated", "our", "analysis", "with", "exons", "with", "positive", "ace", "##sc", "##an", "scores", "(", "ace", "[", "+", "]", ")", "instead", "of", "est", "-", "ses", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "if", "we", "required", "that", "none", "of", "the", "points", "per", "probes", "##et", "(", "exon", ")", "was", "significant", ",", "2", "%", "(", "1", ",", "64", "##5", "of", "71", ",", "73", "##1", ")", "of", "exons", "(", "after", "probes", "##et", "mapping", ")", "were", "ace", "[", "+", "]", "(", "figure", "6b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "shuff", "##ling", "the", "mapping", "between", "these", "probes", "##ets", "and", "exons", "resulted", "in", "3", "%", "(", "2", ",", "044", "of", "71", ",", "73", "##1", ")", "of", "exons", "being", "ace", "[", "+", "]", "(", "figure", "6b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "percentages", "were", "not", "significantly", "different", "from", "the", "2", ".", "7", "%", "observed", "from", "all", "exons", "(", "4", ",", "48", "##7", "of", "the", "162", ",", "000", "exons", "that", "were", "scored", "by", "ace", "##sc", "##an", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "by", "raising", "the", "requirement", "that", "probes", "##ets", "had", "to", "contain", "five", "significant", "points", ",", "the", "percentage", "of", "ace", "[", "+", "]", "exons", "increased", "from", "4", "%", "to", "11", "%", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "the", "sample", "sizes", "were", "small", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "comparison", ",", "the", "shuff", "##led", "probes", "##ets", "at", "the", "same", "requirements", "remained", "at", "∼", "##4", "%", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similar", "overall", "trends", "were", "observed", "with", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "and", "the", "derived", "nps", "versus", "hescs", "(", "figure", "6b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "total", ",", "7", ".", "5", "%", "(", "131", "of", "1", ",", "737", ")", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "designated", "as", "ace", "##sc", "##an", "[", "+", "]", "compared", "to", "2", ".", "4", "%", "(", "2", ",", "328", "of", "97", ",", "437", ")", "of", "reap", "[", "−", "]", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "result", "suggested", "that", "a", "small", "but", "significantly", "enriched", "fraction", "of", "as", "events", "in", "hescs", "versus", "nps", "was", "likely", "to", "be", "evolutionarily", "conserved", "in", "human", "and", "mouse", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "conclusion", ",", "our", "results", "suggested", "that", "reap", "predictions", "were", "congruent", "with", "predictions", "from", "two", "independent", ",", "orthogonal", "methods", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "experimental", "validation", "of", "alternative", "exons", "##the", "sensitivity", "and", "specificity", "of", "reap", "in", "the", "identification", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "was", "tested", "by", "rt", "-", "pcr", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "validate", "reap", "[", "+", "]", "alternative", "exons", ",", "rt", "-", "pcr", "primers", "were", "designed", "in", "the", "flanking", "exons", "to", "amplify", "both", "isoforms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "be", "a", "positively", "validated", "candidate", ",", "the", "pcr", "products", "on", "a", "gel", "had", "to", "satisfy", "all", "of", "the", "following", "criteria", ":", "(", "i", ")", "at", "least", "one", "isoform", "with", "the", "expected", "size", "must", "be", "visible", "in", "each", "cell", "type", ";", "(", "ii", ")", "the", "relative", "abundance", "of", "the", "two", "isoforms", "must", "be", "altered", "between", "two", "cell", "types", "and", "the", "direction", "of", "change", "have", "to", "be", "consistent", "with", "the", "reap", "student", "##ized", "residuals", ":", "in", "our", "study", "positive", "residuals", "implied", "inclusion", "in", "hescs", "and", "skipping", "in", "nps", ",", "and", "negative", "residuals", "implied", "inclusion", "in", "np", "and", "skipping", "in", "hescs", ";", "and", "(", "iii", ")", "the", "results", "were", "replic", "##able", "in", "at", "least", "two", "experiments", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "simplicity", "of", "design", ",", "we", "tested", "candidates", "predicted", "from", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "fifteen", "reap", "[", "+", "]", "exons", "with", "at", "least", "two", "significant", "outliers", "(", "out", "of", "five", ")", "were", "randomly", "chosen", "as", "predicted", "alternative", "events", "and", "thirty", "-", "five", "exons", "with", "less", "than", "two", "significant", "outliers", "were", "randomly", "chosen", "as", "constitutive", "events", "(", "table", "s3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "nine", "of", "the", "fifteen", "exons", "(", "60", "%", ")", "were", "validated", "as", "as", "events", "by", "our", "criteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "sensitivity", "and", "specificity", "of", "the", "algorithm", "at", "the", "cutoff", "of", "two", "is", "69", "%", "and", "77", "%", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "increasing", "the", "cutoff", "to", "three", "increased", "the", "specificity", "to", "85", "%", ",", "with", "a", "slight", "decrease", "in", "sensitivity", "to", "67", "%", "(", "figure", "7a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "patterns", "of", "as", "in", "hescs", "were", "similar", "in", "both", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "for", "all", "as", "events", "validated", ",", "but", "the", "nps", "(", "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "had", "more", "varied", "as", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "pattern", "of", "as", "in", "the", "reap", "[", "+", "]", "exons", "in", "the", "sl", "##k", "(", "serine", "/", "threonine", "kinase", "2", ")", "and", "pot", "##1", "(", "protection", "of", "telomeres", "1", ")", "genes", "showed", "remarkable", "agreement", "within", "derived", "nps", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "figure", "7b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "as", "exon", "in", "sl", "##k", "was", "observed", "to", "be", "included", "in", "hescs", "and", "completely", "excluded", "in", "nps", ";", "the", "as", "exon", "in", "the", "pot", "##1", "gene", "was", "included", "more", "in", "hescs", "and", "a", "smaller", "isoform", "persisted", "in", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "the", "as", "patterns", "of", "the", "other", "verified", "reap", "[", "+", "]", "exons", "were", "consistently", "similar", "in", "hescs", "but", "were", "more", "varied", "in", "the", "np", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "interestingly", ",", "the", "patterns", "of", "as", "in", "the", "derived", "nps", "(", "cyt", "-", "np", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ")", "were", "not", "always", "identical", "to", "those", "of", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "for", "example", ",", "the", "as", "exon", "in", "the", "eh", "##bp1", "(", "eh", "domain", "binding", "protein", "1", ")", "gene", "was", "included", "in", "hescs", "but", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "and", "both", "isoforms", "were", "present", "in", "the", "derived", "nps", "(", "figure", "7b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "another", "example", ",", "the", "as", "exon", "in", "the", "sorb", "##s1", "(", "sorb", "##in", "and", "sh3", "domain", "containing", "1", ")", "gene", "was", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hescs", "and", "included", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "but", "exhibited", "an", "intermediate", "pattern", "in", "the", "derived", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "however", ",", "in", "some", "cases", ",", "the", "as", "patterns", "in", "the", "derived", "nps", "were", "different", "from", "both", "hescs", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "such", "as", "in", "the", "as", "exon", "in", "unc", "##84", "##a", ",", "sirt1", ",", "and", "mll", "##t1", "##0", ")", ".", "figure", "7", "##rt", "-", "pcr", "validation", "of", "reap", "-", "predicted", "alternative", "exons", "(", "a", ")", "probes", "##ets", "(", "exons", ")", "were", "considered", "reap", "[", "+", "]", "candidates", "if", "they", "contained", "at", "least", "n", "=", "2", "(", "white", "bars", ")", ",", "3", "(", "gray", "bars", ")", ",", "or", "4", "(", "black", "bars", ")", "significant", "outliers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "true", "positive", "(", "tp", ")", ",", "true", "negative", "(", "tn", ")", ",", "false", "positive", "(", "fp", ")", ",", "and", "false", "negative", "(", "fn", ")", "rates", "were", "calculated", "from", "rt", "-", "pcr", "-", "validated", "reap", "[", "+", "]", "exons", "at", "the", "different", "cutoffs", "(", "n", "=", "2", ",", "3", ",", "4", ")", ".", "(", "b", ")", "nine", "rt", "-", "pcr", "validated", "reap", "[", "+", "]", "as", "events", "in", "hescs", "(", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", ",", "derived", "nps", "(", "cyt", "-", "np", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ")", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "arrows", "indicate", "the", "larger", "(", "exon", "-", "included", ")", "isoforms", "and", "smaller", "(", "exon", "-", "ski", "##pp", "##ed", ")", "isoforms", ".", "(", "c", ")", "rt", "-", "pcr", "of", "reap", "[", "+", "]", "alternative", "exons", "from", "eh", "##bp1", ",", "sl", "##k", ",", "and", "ra", "##i1", "##4", "across", "a", "panel", "of", "human", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "arrows", "indicate", "the", "larger", "(", "exon", "-", "included", ")", "isoforms", "and", "smaller", "(", "exon", "-", "ski", "##pp", "##ed", ")", "isoforms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "given", "three", "independent", "samples", "each", "from", "two", "conditions", ",", "we", "concluded", "that", "reap", "was", "able", "to", "identify", "as", "events", "with", "high", "specificity", "but", "with", "moderate", "sensitivity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "second", ",", "as", "events", "in", "hescs", "were", "more", "similar", ",", "whereas", "the", "as", "events", "in", "derived", "nps", "were", "consistent", "with", "or", "intermediate", "to", "the", "benchmark", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "likely", "reflecting", "differences", "in", "the", "cell", "lines", "and", "/", "or", "differentiation", "protocols", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "we", "tested", "the", "as", "patterns", "of", "reap", "[", "+", "]", "exons", "from", "eh", "##bp1", ",", "sl", "##k", ",", "and", "ra", "##i1", "##4", "in", "a", "panel", "of", "differentiated", "human", "tissues", "(", "figure", "7c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "reap", "[", "+", "]", "alternative", "exon", "in", "the", "ra", "##i1", "##4", "(", "retinoic", "acid", "induced", "14", ")", "gene", "was", "observed", "to", "have", "the", "same", "as", "pattern", "in", "nps", "as", "in", "frontal", "and", "temporal", "cortex", "and", "in", "several", "other", ",", "non", "-", "brain", "adult", "tissues", ",", "such", "as", "heart", "and", "spleen", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "the", "as", "pattern", "of", "the", "reap", "[", "+", "]", "exon", "in", "the", "sl", "##k", "gene", "in", "nps", "was", "similar", "to", "most", "differentiated", "tissues", ";", "however", ",", "the", "relatively", "strong", "inclusion", "of", "the", "exon", "in", "hescs", "was", "unique", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "even", "in", "esophagus", ",", "kidney", ",", "liver", ",", "and", "prostate", ",", "both", "isoforms", "were", "present", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "relative", "ratio", "of", "the", "exon", "-", "included", "to", "exon", "-", "ski", "##pp", "##ed", "isoforms", "in", "sl", "##k", "likely", "represents", "an", "esc", "-", "specific", "as", "signature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "alternative", "exon", "in", "the", "eh", "##bp1", "gene", "was", "unusual", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "exon", "was", "included", "in", "hescs", "but", "also", "in", "frontal", "cortex", "and", "temporal", "cortex", ",", "a", "finding", "that", "was", "unexpected", "given", "the", "exclusion", "of", "the", "exon", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "figure", "7c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "as", "pattern", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "may", "represent", "a", "transient", ",", "early", "neuronal", "molecular", "change", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "functional", "and", "expression", "characteristics", "of", "reap", "[", "+", "]", "genes", "##in", "total", ",", "1", ",", "500", "genes", "were", "identified", "that", "contained", "1", ",", "737", "reap", "[", "+", "]", "exons", ",", "68", "%", "of", "which", "lacked", "prior", "transcript", "(", "est", "/", "cdna", ")", "evidence", "for", "as", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "determine", "whether", "genes", "that", "contained", "reap", "[", "+", "]", "exons", ",", "which", "we", "refer", "to", "as", "reap", "[", "+", "]", "genes", ",", "are", "biased", "toward", "particular", "biological", "activities", ",", "reap", "[", "+", "]", "genes", "were", "compared", "to", "a", "set", "of", "reap", "analyzed", "genes", "not", "found", "to", "have", "reap", "[", "+", "]", "exons", "(", "reap", "[", "−", "]", "genes", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "gene", "ontology", "analysis", "revealed", "that", "reap", "[", "+", "]", "genes", "are", "enriched", "for", "go", "molecular", "function", "categories", "“", "atp", "binding", ",", "”", "“", "helicase", "activity", ",", "”", "“", "protein", "serine", "/", "ther", "##onine", "kinase", "activity", ",", "”", "“", "small", "gtpase", "regulatory", "/", "interacting", "protein", "activity", ",", "”", "and", "“", "thyroid", "hormone", "receptor", "binding", "”", "(", "table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "terms", "of", "go", "biological", "process", "categories", ",", "reap", "[", "+", "]", "genes", "were", "more", "frequently", "involved", "in", "“", "ubiquitin", "cycle", ".", "”" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]