Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC11705862
For analysis of cellular localization of IRIS-1 and 2 sections from NC and AD (Group 1 A) were stained with antibodies against IRIS-1 and 2 (in-house generated rabbit antibodies against the unique C-terminal peptides existing in the novel isoforms but not in canonical CD59 ), together with antibodies directed against Iba-1 (microglia marker), GFAP (astrocyte marker) and NeuN (neuronal marker).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "analysis", "of", "cellular", "localization", "of", "IRIS-1", "and", "2", "sections", "from", "NC", "and", "AD", "(", "Group", "1", "A", ")", "were", "stained", "with", "antibodies", "against", "IRIS-1", "and", "2", "(", "in-house", "generated", "rabbit", "antibodies", "against", "the", "unique", "C-terminal", "peptides", "existing", "in", "the", "novel", "isoforms", "but", "not", "in", "canonical", "CD59", ")", ",", "together", "with", "antibodies", "directed", "against", "Iba-1", "(", "microglia", "marker", ")", ",", "GFAP", "(", "astrocyte", "marker", ")", "and", "NeuN", "(", "neuronal", "marker", ")", "." ] } ]
PMC11640476
By optimizing this test, the study aims to enhance the reliability of cytotoxicity results and introduces a new standard operating procedure, thus providing consistent results with minimal measurement uncertainty.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "optimizing", "this", "test", ",", "the", "study", "aims", "to", "enhance", "the", "reliability", "of", "cytotoxicity", "results", "and", "introduces", "a", "new", "standard", "operating", "procedure", ",", "thus", "providing", "consistent", "results", "with", "minimal", "measurement", "uncertainty", "." ] } ]
PMC11495567
Oversampling of viable cells due to rounded detached, likely apoptotic cells being lost during sample preparation for FACS might explain the inconsistency.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Oversampling", "of", "viable", "cells", "due", "to", "rounded", "detached", ",", "likely", "apoptotic", "cells", "being", "lost", "during", "sample", "preparation", "for", "FACS", "might", "explain", "the", "inconsistency", "." ] } ]
PMC8540611
Cell death was analyzed after 48 h, since it takes about a day for a successful release of siRNA from complexes and the triggering of gene silencing .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "death", "was", "analyzed", "after", "48", "h", ",", "since", "it", "takes", "about", "a", "day", "for", "a", "successful", "release", "of", "siRNA", "from", "complexes", "and", "the", "triggering", "of", "gene", "silencing", "." ] } ]
PMC9429973
The patients that were resistant or relapse therapy were treated by splenectomy, immunosupresive drugs (azathioprine, cyclophosphamide) and anti CD20 monoclonala antibody Immunosuppressive therapy was prescribed in 24 patients, anti-CD20 monoclonal antibody were prescribed in 10 patients, the splenectomy was permormed in 25 patients and intravenous immunoglobulins in 15 patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "patients", "that", "were", "resistant", "or", "relapse", "therapy", "were", "treated", "by", "splenectomy", ",", "immunosupresive", "drugs", "(", "azathioprine", ",", "cyclophosphamide", ")", "and", "anti", "CD20", "monoclonala", "antibody", "Immunosuppressive", "therapy", "was", "prescribed", "in", "24", "patients", ",", "anti-CD20", "monoclonal", "antibody", "were", "prescribed", "in", "10", "patients", ",", "the", "splenectomy", "was", "permormed", "in", "25", "patients", "and", "intravenous", "immunoglobulins", "in", "15", "patients", "." ] } ]
PMC10988808
Quantification of protein expression revealed that overexpressed CCDC25 notably inhibited the expression of downstream Hippo pathway proteins ITGA3 and CCND1, and elevated the expression levels of p-YAP.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quantification", "of", "protein", "expression", "revealed", "that", "overexpressed", "CCDC25", "notably", "inhibited", "the", "expression", "of", "downstream", "Hippo", "pathway", "proteins", "ITGA3", "and", "CCND1", ",", "and", "elevated", "the", "expression", "levels", "of", "p-YAP", "." ] } ]
PMC11267830
Additionally, our Western blot analyses revealed to the upregulation of cleaved PARP and cleaved caspase8 (Fig. 7i).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "our", "Western", "blot", "analyses", "revealed", "to", "the", "upregulation", "of", "cleaved", "PARP", "and", "cleaved", "caspase8", "(", "Fig.", "7i", ")", "." ] } ]
PMC8382973
In vitro anti-bacterial activity of 2P23 gel on Lactobacillus, Bifidobacterium, Enterobacter, and Enterococcus species. *
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "vitro", "anti-bacterial", "activity", "of", "2P23", "gel", "on", "Lactobacillus", ",", "Bifidobacterium", ",", "Enterobacter", ",", "and", "Enterococcus", "species", ".", "*" ] } ]
PMC11087055
E, F) In situ hybridizations for Brachyury (Bra, n=3 for each).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "E", ",", "F", ")", "In", "situ", "hybridizations", "for", "Brachyury", "(", "Bra", ",", "n=3", "for", "each", ")", "." ] } ]
PMC9412887
The tumor weight treated by aPD-1 MNs (0.05 ± 0.017 g) was 8-fold lower than that treated by routine aPD-1 (0.443 ± 0.083 g).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "tumor", "weight", "treated", "by", "aPD-1", "MNs", "(", "0.05", "±", "0.017", "g", ")", "was", "8-fold", "lower", "than", "that", "treated", "by", "routine", "aPD-1", "(", "0.443", "±", "0.083", "g", ")", "." ] } ]
PMC11092418
The mouse anti-CD44 antibodies (immunoglobulin (Ig)G2b clone G44-26/27) were supplied by Becton Dickinson (Oxford, UK).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mouse", "anti-CD44", "antibodies", "(", "immunoglobulin", "(Ig)G2b", "clone", "G44", "-", "26/27", ")", "were", "supplied", "by", "Becton", "Dickinson", "(", "Oxford", ",", "UK", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Endpoints included overall remission rate (ORR) within 3 mo, relapse-free survival (RFS), duration of remission (DOR), overall survival (OS), persistence of B-cell aplasia, and short- and long-term safety events.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Endpoints", "included", "overall", "remission", "rate", "(", "ORR", ")", "within", "3", "mo", ",", "relapse-free", "survival", "(", "RFS", ")", ",", "duration", "of", "remission", "(", "DOR", ")", ",", "overall", "survival", "(", "OS", ")", ",", "persistence", "of", "B-cell", "aplasia", ",", "and", "short-", "and", "long-term", "safety", "events", "." ] } ]
PMC11574271
Specifically, the impact of various kinases on HIF-α has been extensively documented .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Specifically", ",", "the", "impact", "of", "various", "kinases", "on", "HIF-α", "has", "been", "extensively", "documented", "." ] } ]
PMC6600253
Recently, the Wang’ group tested a series of new trimethoxyphenyl-4H-chromen derivatives as telomerase inhibitors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recently", ",", "the", "Wang", "’", "group", "tested", "a", "series", "of", "new", "trimethoxyphenyl-4H-chromen", "derivatives", "as", "telomerase", "inhibitors", "." ] } ]
PMC11540664
Moreover, we also used the lower limit of the normal value of lymphocytes to distinguish between people with high and low lymphocytes, and we found the same phenomenon ( Additional File 1 : Supplementary Figure S1 ).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "we", "also", "used", "the", "lower", "limit", "of", "the", "normal", "value", "of", "lymphocytes", "to", "distinguish", "between", "people", "with", "high", "and", "low", "lymphocytes", ",", "and", "we", "found", "the", "same", "phenomenon", "(", "Additional", "File", "1", ":", "Supplementary", "Figure", "S1", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Interestingly, HOXA locus breakpoints involving HOXA13 and HOXA9 were in different chromatin compartments and were associated with mutually exclusive activation of either HOXA13 or other HOXA genes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "HOXA", "locus", "breakpoints", "involving", "HOXA13", "and", "HOXA9", "were", "in", "different", "chromatin", "compartments", "and", "were", "associated", "with", "mutually", "exclusive", "activation", "of", "either", "HOXA13", "or", "other", "HOXA", "genes", "." ] } ]
PMC11594641
Downregulation of Rab27A and Rab27B was verified using Western blot (Figure 6).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Downregulation", "of", "Rab27A", "and", "Rab27B", "was", "verified", "using", "Western", "blot", "(", "Figure", "6", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Gram negative were mostly reported in blood cultures 61 (20%) while gram negative was found in urine cultures 80 (26%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Gram", "negative", "were", "mostly", "reported", "in", "blood", "cultures", "61", "(", "20", "%", ")", "while", "gram", "negative", "was", "found", "in", "urine", "cultures", "80", "(", "26", "%", ")", "." ] } ]
PMC7171147
Similarly, etomoxir treatment significantly reduced COL11A1-induced NADH levels in OVCAR3 cells (Fig. S2C), suggesting that COL11A1 increases ATP and NADPH production through FAO in ovarian cancer cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Similarly", ",", "etomoxir", "treatment", "significantly", "reduced", "COL11A1-induced", "NADH", "levels", "in", "OVCAR3", "cells", "(", "Fig.", "S2C", ")", ",", "suggesting", "that", "COL11A1", "increases", "ATP", "and", "NADPH", "production", "through", "FAO", "in", "ovarian", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC11462673
D-luciferin sodium salt (GOLDBIO, USA) was administered intraperitoneally to tumor-bearing mice on D21/28/35 days after tail vein injection respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D-luciferin", "sodium", "salt", "(", "GOLDBIO", ",", "USA", ")", "was", "administered", "intraperitoneally", "to", "tumor-bearing", "mice", "on", "D21/28/35", "days", "after", "tail", "vein", "injection", "respectively", "." ] } ]
PMC9592219
VP is a photosensitizer of photodynamic therapy (PDT) and was identified as an inhibitor of the combination of YAP1 and TEAD4 .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "VP", "is", "a", "photosensitizer", "of", "photodynamic", "therapy", "(", "PDT", ")", "and", "was", "identified", "as", "an", "inhibitor", "of", "the", "combination", "of", "YAP1", "and", "TEAD4", "." ] } ]
PMC11209164
The data across these figures demonstrate that TPF, especially in combination with VSVΔ51, has a potent ability to augment cancer cell infection and killing across diverse cellular models.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "data", "across", "these", "figures", "demonstrate", "that", "TPF", ",", "especially", "in", "combination", "with", "VSVΔ51", ",", "has", "a", "potent", "ability", "to", "augment", "cancer", "cell", "infection", "and", "killing", "across", "diverse", "cellular", "models", "." ] } ]
PMC9429973
Mutation analysis of different compartments, i.e. lymph node and plasma, allowed to identify mutations with potential clinical impact, that otherwise would have been missed by analyzing only one compartment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mutation", "analysis", "of", "different", "compartments", ",", "i.e.", "lymph", "node", "and", "plasma", ",", "allowed", "to", "identify", "mutations", "with", "potential", "clinical", "impact", ",", "that", "otherwise", "would", "have", "been", "missed", "by", "analyzing", "only", "one", "compartment", "." ] } ]
PMC11487720
By Cytotrap yeast two-hybrid analysis [6, 14–17], we determined the positive binding of full-length WWOX with full-length TRAF2 to allow mutant yeast growth at 37 °C (Fig. 6E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "Cytotrap", "yeast", "two-hybrid", "analysis", "[", "6", ",", "14–17", "]", ",", "we", "determined", "the", "positive", "binding", "of", "full-length", "WWOX", "with", "full-length", "TRAF2", "to", "allow", "mutant", "yeast", "growth", "at", "37", "°", "C", "(", "Fig.", "6E", ")", "." ] } ]
PMC9592219
In the TCGA LIHC cohort, the mutation rate of TOP2 was much higher than that of TOP1 and TOP3.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "TCGA", "LIHC", "cohort", ",", "the", "mutation", "rate", "of", "TOP2", "was", "much", "higher", "than", "that", "of", "TOP1", "and", "TOP3", "." ] } ]
PMC6771295
Protein levels were analyzed using antibodies specific for the SIRT1, SIRT3, or SIRT5.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Protein", "levels", "were", "analyzed", "using", "antibodies", "specific", "for", "the", "SIRT1", ",", "SIRT3", ",", "or", "SIRT5", "." ] } ]
PMC11539788
For the Transwell invasion assay, 1 × 10 BCa cells in 200 µl of serum-free media were added to the upper chamber of Transwell (8-µm pore size, Corning, USA), which were precoated with a thin layer of Matrigel (BD Biosciences).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "the", "Transwell", "invasion", "assay", ",", "1", "×", "10", "BCa", "cells", "in", "200", "µl", "of", "serum-free", "media", "were", "added", "to", "the", "upper", "chamber", "of", "Transwell", "(", "8-µm", "pore", "size", ",", "Corning", ",", "USA", ")", ",", "which", "were", "precoated", "with", "a", "thin", "layer", "of", "Matrigel", "(", "BD", "Biosciences", ")", "." ] } ]
PMC11659921
They are believed to be responsible for tumor initiation, maintenance, metastasis, and recurrence after treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "They", "are", "believed", "to", "be", "responsible", "for", "tumor", "initiation", ",", "maintenance", ",", "metastasis", ",", "and", "recurrence", "after", "treatment", "." ] } ]
PMC9429973
KRd pts with SR who reached IMWG-defined MRD-negativity after C6 de-escalated therapy to R alone after C8 (KRd->R); the rest continued KRd through C36 followed by R alone until progression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "KRd", "pts", "with", "SR", "who", "reached", "IMWG-defined", "MRD-negativity", "after", "C6", "de-escalated", "therapy", "to", "R", "alone", "after", "C8", "(", "KRd->R", ")", ";", "the", "rest", "continued", "KRd", "through", "C36", "followed", "by", "R", "alone", "until", "progression", "." ] } ]
PMC11697703
All miRNA inserts were cloned between HpaI and XhoI sites.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "miRNA", "inserts", "were", "cloned", "between", "HpaI", "and", "XhoI", "sites", "." ] } ]
PMC11088135
Fig. 2Expression levels of lncRNA NUTM2A-AS1 and miR-376a-3p in glioma cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "2Expression", "levels", "of", "lncRNA", "NUTM2A-AS1", "and", "miR-376a-3p", "in", "glioma", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC10938336
Additionally, KEGG pathway analysis is crucial in elucidating the complex biological functions of genes and their roles in diverse physiological and pathological processes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "KEGG", "pathway", "analysis", "is", "crucial", "in", "elucidating", "the", "complex", "biological", "functions", "of", "genes", "and", "their", "roles", "in", "diverse", "physiological", "and", "pathological", "processes", "." ] } ]
PMC10178190
Thus, combination therapy with Crizotinib merits special attention, as it is an inhibitor of both HGF/MET signaling and IL-6/JAK-STAT signaling , both of which are implicated in mediating TME platinum chemoresistance to OC cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "combination", "therapy", "with", "Crizotinib", "merits", "special", "attention", ",", "as", "it", "is", "an", "inhibitor", "of", "both", "HGF/MET", "signaling", "and", "IL-6/JAK-STAT", "signaling", ",", "both", "of", "which", "are", "implicated", "in", "mediating", "TME", "platinum", "chemoresistance", "to", "OC", "cells", "." ] } ]
PMC9436459
Type A, Dehydroprenyl-2-arylbenzofuran type MDAAs; Type B, Dehydroprenylstilbene type MDAAs; Type C, Dehydroprenylchalcone type MDAAs; Type D, Dehydroprenylflavone type MDAAs; Type E, Dehydroprenyldihydroflavone type MDAAs; Type F, Dehydroprenylsanggenonflavone type MDAAs; Type G, Dehydroprenylcoumarin MDAAs; Type H, Simple or other dehydroprenylphenol type MDAAs; Type I, Non-classic MDAAs Types and quantities of MDAAs distributed in different plant sources Type C, 5 (81, 84 − 86 and 88); Type D, 1 (101) Type C, 2 (81 and 86); Type D, 1 (102) Type C, 2 (77 and 80); Type D, 1 (98) Type A, 1 (5); Type B, 1 (62); Type F, 1 (130) Type A, 31 (1, 3 − 6, 8, 9, 10, 12, 13, 16, 17, 20, 24, 26, 27, 29 − 33, 37, 40, 44 − 46, 49, 50, 53, 56, and 57); Type B, 5 (61, 62, 64, 67, and 73); Type C, 5 (78, 81, 82, 86, and 87); Type D, 7 (92, 93, 95, 96, 99, 101, and 109); Type E, 4 (118, 119, 124, and 125); Type F, 5 (128 − 132); Type H, 2 (146 and 148,); Type I, 12 (151, 153 − 159, 162, and 164 − 166) Type A, 9 (1, 5, 9, 24, 25, 30 − 32, and 55); Type D, 3 (95, 110, and 113); Type F, 2 (118 and 119); Type E, 1 (125) Type A, 5 (5, 6, 28, 31, and 40); Type B, 2 (64 and 72); Type C, 4 (81, 83, 86, and 87); Type D, 2 (92 and 93); Type F, 2 (130 and 131); Type I, 1 (162) Type B, 2 (70 and 71); Type F, 6 (128, 130, 131, 133, 136, and 137) Type A, 4 (1, 31, 32, and 50); Type B, 2 (58 and 76); Type D, 5 (92, 93, 97, 109, and 110); Type E, 1 (119); Type I, 3 (151, 162, and 163) Type A, 17 (1, 2, 5, 6, 9, 13, 18, 21, 22, 26, 31, 32, 40, 50 − 52, and 56); Type B, 9 (58 − 62, 65, 68, 75, and 76); Type C, 2 (81 and 91); Type D, 3 (105, 106, and 111); Type E, 6 (114, 115, and 120 − 123); Type H, 1 (145) Type A, 1 (5) Type D, 4 (99, 101, 103, and 104) Type A, 19 (1, 2, 5, 9, 12, 13, 20, 24, 30 − 32, 34, 38, 40, 43, 44, 46, 51, and 54); Type B, 5 (58, 64, 68, 75, and 76); Type C, 2 (81 and 89); Type D, 3 (92 − 94); Type E, 3 (118, 119, and 124 − 126); Type F, 3 (128, 130, and 131); Type H, 2 (145 and 150); Type I, 6 (152, 153, 160 − 162, and 165) Type A, 5 (1, 5, 31, 46, and 50); Type C, 1 (81); Type D, 2 (92 and 93); Type E, 1 (118); Type F, 4 (129 − 132); Type H, 1 (147) Type A, 9 (6, 7, 14, 15, 19, 35, 36, 39, and 41); Type C, 1 (81) Type A, 8 (1, 2, 5, 9, 13, 18, 31, and 50); Type B, 1 (68); Type D, 3 (107, 108, and 112); Type E, 3 (116, 117, and 127) Type A, 4 (5, 40, 47, and 48); Type B, 4 (62, 68, 69, and74); Type C, 3 (81, 88, and 90); Type F, 2 (132 and 134); Type H, 2 (147 and 149) Type A, 2 (5 and 13); Type B, 5 (62, 63, 65, 66, and 68); Type C, 2 (81 and 90) A., Artocarpus; B., Brosimopsis; B.*, Brosimum; C., Chlorophora; D., Dorstenia; M., Morus; S., Sorocea.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Type", "A", ",", "Dehydroprenyl-2-arylbenzofuran", "type", "MDAAs", ";", "Type", "B", ",", "Dehydroprenylstilbene", "type", "MDAAs", ";", "Type", "C", ",", "Dehydroprenylchalcone", "type", "MDAAs", ";", "Type", "D", ",", "Dehydroprenylflavone", "type", "MDAAs", ";", "Type", "E", ",", "Dehydroprenyldihydroflavone", "type", "MDAAs", ";", "Type", "F", ",", "Dehydroprenylsanggenonflavone", "type", "MDAAs", ";", "Type", "G", ",", "Dehydroprenylcoumarin", "MDAAs", ";", "Type", "H", ",", "Simple", "or", "other", "dehydroprenylphenol", "type", "MDAAs", ";", "Type", "I", ",", "Non-classic", "MDAAs", "Types", "and", "quantities", "of", "MDAAs", "distributed", "in", "different", "plant", "sources", "Type", "C", ",", "5", "(", "81", ",", "84", "−", "86", "and", "88", ")", ";", "Type", "D", ",", "1", "(", "101", ")", "Type", "C", ",", "2", "(", "81", "and", "86", ")", ";", "Type", "D", ",", "1", "(", "102", ")", "Type", "C", ",", "2", "(", "77", "and", "80", ")", ";", "Type", "D", ",", "1", "(", "98", ")", "Type", "A", ",", "1", "(", "5", ")", ";", "Type", "B", ",", "1", "(", "62", ")", ";", "Type", "F", ",", "1", "(", "130", ")", "Type", "A", ",", "31", "(", "1", ",", "3", "−", "6", ",", "8", ",", "9", ",", "10", ",", "12", ",", "13", ",", "16", ",", "17", ",", "20", ",", "24", ",", "26", ",", "27", ",", "29", "−", "33", ",", "37", ",", "40", ",", "44", "−", "46", ",", "49", ",", "50", ",", "53", ",", "56", ",", "and", "57", ")", ";", "Type", "B", ",", "5", "(", "61", ",", "62", ",", "64", ",", "67", ",", "and", "73", ")", ";", "Type", "C", ",", "5", "(", "78", ",", "81", ",", "82", ",", "86", ",", "and", "87", ")", ";", "Type", "D", ",", "7", "(", "92", ",", "93", ",", "95", ",", "96", ",", "99", ",", "101", ",", "and", "109", ")", ";", "Type", "E", ",", "4", "(", "118", ",", "119", ",", "124", ",", "and", "125", ")", ";", "Type", "F", ",", "5", "(", "128", "−", "132", ")", ";", "Type", "H", ",", "2", "(", "146", "and", "148", ",", ")", ";", "Type", "I", ",", "12", "(", "151", ",", "153", "−", "159", ",", "162", ",", "and", "164", "−", "166", ")", "Type", "A", ",", "9", "(", "1", ",", "5", ",", "9", ",", "24", ",", "25", ",", "30", "−", "32", ",", "and", "55", ")", ";", "Type", "D", ",", "3", "(", "95", ",", "110", ",", "and", "113", ")", ";", "Type", "F", ",", "2", "(", "118", "and", "119", ")", ";", "Type", "E", ",", "1", "(", "125", ")", "Type", "A", ",", "5", "(", "5", ",", "6", ",", "28", ",", "31", ",", "and", "40", ")", ";", "Type", "B", ",", "2", "(", "64", "and", "72", ")", ";", "Type", "C", ",", "4", "(", "81", ",", "83", ",", "86", ",", "and", "87", ")", ";", "Type", "D", ",", "2", "(", "92", "and", "93", ")", ";", "Type", "F", ",", "2", "(", "130", "and", "131", ")", ";", "Type", "I", ",", "1", "(", "162", ")", "Type", "B", ",", "2", "(", "70", "and", "71", ")", ";", "Type", "F", ",", "6", "(", "128", ",", "130", ",", "131", ",", "133", ",", "136", ",", "and", "137", ")", "Type", "A", ",", "4", "(", "1", ",", "31", ",", "32", ",", "and", "50", ")", ";", "Type", "B", ",", "2", "(", "58", "and", "76", ")", ";", "Type", "D", ",", "5", "(", "92", ",", "93", ",", "97", ",", "109", ",", "and", "110", ")", ";", "Type", "E", ",", "1", "(", "119", ")", ";", "Type", "I", ",", "3", "(", "151", ",", "162", ",", "and", "163", ")", "Type", "A", ",", "17", "(", "1", ",", "2", ",", "5", ",", "6", ",", "9", ",", "13", ",", "18", ",", "21", ",", "22", ",", "26", ",", "31", ",", "32", ",", "40", ",", "50", "−", "52", ",", "and", "56", ")", ";", "Type", "B", ",", "9", "(", "58", "−", "62", ",", "65", ",", "68", ",", "75", ",", "and", "76", ")", ";", "Type", "C", ",", "2", "(", "81", "and", "91", ")", ";", "Type", "D", ",", "3", "(", "105", ",", "106", ",", "and", "111", ")", ";", "Type", "E", ",", "6", "(", "114", ",", "115", ",", "and", "120", "−", "123", ")", ";", "Type", "H", ",", "1", "(", "145", ")", "Type", "A", ",", "1", "(", "5", ")", "Type", "D", ",", "4", "(", "99", ",", "101", ",", "103", ",", "and", "104", ")", "Type", "A", ",", "19", "(", "1", ",", "2", ",", "5", ",", "9", ",", "12", ",", "13", ",", "20", ",", "24", ",", "30", "−", "32", ",", "34", ",", "38", ",", "40", ",", "43", ",", "44", ",", "46", ",", "51", ",", "and", "54", ")", ";", "Type", "B", ",", "5", "(", "58", ",", "64", ",", "68", ",", "75", ",", "and", "76", ")", ";", "Type", "C", ",", "2", "(", "81", "and", "89", ")", ";", "Type", "D", ",", "3", "(", "92", "−", "94", ")", ";", "Type", "E", ",", "3", "(", "118", ",", "119", ",", "and", "124", "−", "126", ")", ";", "Type", "F", ",", "3", "(", "128", ",", "130", ",", "and", "131", ")", ";", "Type", "H", ",", "2", "(", "145", "and", "150", ")", ";", "Type", "I", ",", "6", "(", "152", ",", "153", ",", "160", "−", "162", ",", "and", "165", ")", "Type", "A", ",", "5", "(", "1", ",", "5", ",", "31", ",", "46", ",", "and", "50", ")", ";", "Type", "C", ",", "1", "(", "81", ")", ";", "Type", "D", ",", "2", "(", "92", "and", "93", ")", ";", "Type", "E", ",", "1", "(", "118", ")", ";", "Type", "F", ",", "4", "(", "129", "−", "132", ")", ";", "Type", "H", ",", "1", "(", "147", ")", "Type", "A", ",", "9", "(", "6", ",", "7", ",", "14", ",", "15", ",", "19", ",", "35", ",", "36", ",", "39", ",", "and", "41", ")", ";", "Type", "C", ",", "1", "(", "81", ")", "Type", "A", ",", "8", "(", "1", ",", "2", ",", "5", ",", "9", ",", "13", ",", "18", ",", "31", ",", "and", "50", ")", ";", "Type", "B", ",", "1", "(", "68", ")", ";", "Type", "D", ",", "3", "(", "107", ",", "108", ",", "and", "112", ")", ";", "Type", "E", ",", "3", "(", "116", ",", "117", ",", "and", "127", ")", "Type", "A", ",", "4", "(", "5", ",", "40", ",", "47", ",", "and", "48", ")", ";", "Type", "B", ",", "4", "(", "62", ",", "68", ",", "69", ",", "and74", ")", ";", "Type", "C", ",", "3", "(", "81", ",", "88", ",", "and", "90", ")", ";", "Type", "F", ",", "2", "(", "132", "and", "134", ")", ";", "Type", "H", ",", "2", "(", "147", "and", "149", ")", "Type", "A", ",", "2", "(", "5", "and", "13", ")", ";", "Type", "B", ",", "5", "(", "62", ",", "63", ",", "65", ",", "66", ",", "and", "68", ")", ";", "Type", "C", ",", "2", "(", "81", "and", "90", ")", "A.", ",", "Artocarpus", ";", "B.", ",", "Brosimopsis", ";", "B.", "*", ",", "Brosimum", ";", "C.", ",", "Chlorophora", ";", "D.", ",", "Dorstenia", ";", "M.", ",", "Morus", ";", "S.", ",", "Sorocea", "." ] } ]
PMC11730311
IC50 values are presented in figure legends as mean ± range.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IC50", "values", "are", "presented", "in", "figure", "legends", "as", "mean", "±", "range", "." ] } ]
PMC11762280
N-GSDMD N-terminal GSDMD.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "N-GSDMD", "N-terminal", "GSDMD", "." ] } ]
PMC11612626
NeoAgs generated through mutation or PTM and upregulated following compound A treatment or downregulated following bortezomib treatment are also shown (Supplementary Table S3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NeoAgs", "generated", "through", "mutation", "or", "PTM", "and", "upregulated", "following", "compound", "A", "treatment", "or", "downregulated", "following", "bortezomib", "treatment", "are", "also", "shown", "(", "Supplementary", "Table", "S3", ")", "." ] } ]
PMC11541409
Selinexor inhibits exportin1-mediated nuclear export of RNA, and demonstrates efficacy on imatinib-sensitive and -insensitive GIST cells both in vitro and in vivo .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Selinexor", "inhibits", "exportin1-mediated", "nuclear", "export", "of", "RNA", ",", "and", "demonstrates", "efficacy", "on", "imatinib-sensitive", "and", "-insensitive", "GIST", "cells", "both", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "." ] } ]
PMC11588085
XIST expression was low across all biological subtypes, as observed in ovarian patient samples.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "XIST", "expression", "was", "low", "across", "all", "biological", "subtypes", ",", "as", "observed", "in", "ovarian", "patient", "samples", "." ] } ]
PMC9429973
Results: KRP203 was safe and well-tolerated in these fragile patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "KRP203", "was", "safe", "and", "well-tolerated", "in", "these", "fragile", "patients", "." ] } ]
PMC11756907
As a result, we can talk about developing a drug delivery solution that optimises the dose of its use and the selectivity of its action.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "a", "result", ",", "we", "can", "talk", "about", "developing", "a", "drug", "delivery", "solution", "that", "optimises", "the", "dose", "of", "its", "use", "and", "the", "selectivity", "of", "its", "action", "." ] } ]
PMC11617590
At the 24 h treatment with 100 μM SFN (81.11% ± 4.85%), the cell viability decreased by approximately 19% compared with 0 μM SFN (100.00% ± 8.33%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "the", "24", "h", "treatment", "with", "100", "μM", "SFN", "(", "81.11", "%", "±", "4.85", "%", ")", ",", "the", "cell", "viability", "decreased", "by", "approximately", "19", "%", "compared", "with", "0", "μM", "SFN", "(", "100.00", "%", "±", "8.33", "%", ")", "." ] } ]
PMC11711935
SCF, KGF, and HGF are the main fibroblast secretion factors that promote the occurrence of solar lentigo .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SCF", ",", "KGF", ",", "and", "HGF", "are", "the", "main", "fibroblast", "secretion", "factors", "that", "promote", "the", "occurrence", "of", "solar", "lentigo", "." ] } ]
PMC11394730
Thymoquinone, an active component obtained from Nigella sativa seeds, is used extensively in treating various illnesses due to its documented antibacterial, antioxidant, anticancer, and anti-inflammatory properties.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thymoquinone", ",", "an", "active", "component", "obtained", "from", "Nigella", "sativa", "seeds", ",", "is", "used", "extensively", "in", "treating", "various", "illnesses", "due", "to", "its", "documented", "antibacterial", ",", "antioxidant", ",", "anticancer", ",", "and", "anti-inflammatory", "properties", "." ] } ]
PMC10713411
Heatmap of PRPCDGs’ expression in TCGA-KIRC dataset. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Heatmap", "of", "PRPCDGs", "’", "expression", "in", "TCGA-KIRC", "dataset", ".", "(" ] } ]
PMC11277157
Note the activation of smaller connected components such as the BTN (butyrophilin) gene set, which belong to the major histocompatibility complex (MHC)-associated genes, and genes from the classical pathway of the complement system (e.g., C1, C2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Note", "the", "activation", "of", "smaller", "connected", "components", "such", "as", "the", "BTN", "(", "butyrophilin", ")", "gene", "set", ",", "which", "belong", "to", "the", "major", "histocompatibility", "complex", "(MHC)-associated", "genes", ",", "and", "genes", "from", "the", "classical", "pathway", "of", "the", "complement", "system", "(", "e.g.", ",", "C1", ",", "C2", ")", "." ] } ]
PMC10926885
The identification of novel immunotherapy pathways may greatly benefit from research on the relationship between immune checkpoint genes and NDE1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "identification", "of", "novel", "immunotherapy", "pathways", "may", "greatly", "benefit", "from", "research", "on", "the", "relationship", "between", "immune", "checkpoint", "genes", "and", "NDE1", "." ] } ]
PMC11564322
To date, it has been shown that EDPs increase the mTOR protein expression in mouse choroidal endothelial cells (MCEC) .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "date", ",", "it", "has", "been", "shown", "that", "EDPs", "increase", "the", "mTOR", "protein", "expression", "in", "mouse", "choroidal", "endothelial", "cells", "(", "MCEC", ")", "." ] } ]
PMC10502403
NE1-GMCs tended to have lower PD-1 expression (Figure S2C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NE1-GMCs", "tended", "to", "have", "lower", "PD-1", "expression", "(", "Figure", "S2C", ")", "." ] } ]
PMC5839394
Because of the significant effects induced by AgNPs-EPS on cell migration, we evaluated the effects on MMP-2 and MMP-9 enzymatic activities and protein expression in SKBR3 cells using gelatin zymography and western blot.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Because", "of", "the", "significant", "effects", "induced", "by", "AgNPs-EPS", "on", "cell", "migration", ",", "we", "evaluated", "the", "effects", "on", "MMP-2", "and", "MMP-9", "enzymatic", "activities", "and", "protein", "expression", "in", "SKBR3", "cells", "using", "gelatin", "zymography", "and", "western", "blot", "." ] } ]
PMC11791478
Notably, XB002 treatment achieved significant tumor growth inhibition even in larger tumors within this aggressive model.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Notably", ",", "XB002", "treatment", "achieved", "significant", "tumor", "growth", "inhibition", "even", "in", "larger", "tumors", "within", "this", "aggressive", "model", "." ] } ]
PMC11765988
Moreover, those who work in the field of agriculture or live on a farm are at high risk of sarcoidosis and lymphoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "those", "who", "work", "in", "the", "field", "of", "agriculture", "or", "live", "on", "a", "farm", "are", "at", "high", "risk", "of", "sarcoidosis", "and", "lymphoma", "." ] } ]
PMC9368503
Given its rarity, there are very few synovial sarcoma cell line models available in public repositories, with only five identified in the most recent census of sarcoma cell line models .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Given", "its", "rarity", ",", "there", "are", "very", "few", "synovial", "sarcoma", "cell", "line", "models", "available", "in", "public", "repositories", ",", "with", "only", "five", "identified", "in", "the", "most", "recent", "census", "of", "sarcoma", "cell", "line", "models", "." ] } ]
PMC11279598
The latter assay quantifies the amount of metabolically viable cells by determining the activity of NADH-dependent cellular oxidoreductase enzymes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "latter", "assay", "quantifies", "the", "amount", "of", "metabolically", "viable", "cells", "by", "determining", "the", "activity", "of", "NADH-dependent", "cellular", "oxidoreductase", "enzymes", "." ] } ]
PMC11502443
Non-normalized Emin and Emax values are summarized in Supplementary Table S1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Non-normalized", "Emin", "and", "Emax", "values", "are", "summarized", "in", "Supplementary", "Table", "S1", "." ] } ]
PMC9429973
CTP synthases catalyse the conversion of UTP to CTP, the rate limiting step in pyrimidine synthesis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CTP", "synthases", "catalyse", "the", "conversion", "of", "UTP", "to", "CTP", ",", "the", "rate", "limiting", "step", "in", "pyrimidine", "synthesis", "." ] } ]
PMC11347429
Hannover Medical School (Hannover, Germany): Blood samples from healthy controls were taken from hospital patients without respiratory infections and volunteers at Hannover Medical School.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Hannover", "Medical", "School", "(", "Hannover", ",", "Germany", "):", "Blood", "samples", "from", "healthy", "controls", "were", "taken", "from", "hospital", "patients", "without", "respiratory", "infections", "and", "volunteers", "at", "Hannover", "Medical", "School", "." ] } ]
PMC9429973
Patients’ parents (n=98; 98%) and health care providers (n=145; 97%) strongly agreed that a child’s leukemia diagnosis should be disclosed directly to the pediatric patient.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Patients", "’", "parents", "(", "n=98", ";", "98", "%", ")", "and", "health", "care", "providers", "(", "n=145", ";", "97", "%", ")", "strongly", "agreed", "that", "a", "child", "’s", "leukemia", "diagnosis", "should", "be", "disclosed", "directly", "to", "the", "pediatric", "patient", "." ] } ]
PMC11766350
Alternatively, expression of other elements in the apoptotic pathway could be silenced, e.g., through use of a DR5 antagonist.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Alternatively", ",", "expression", "of", "other", "elements", "in", "the", "apoptotic", "pathway", "could", "be", "silenced", ",", "e.g.", ",", "through", "use", "of", "a", "DR5", "antagonist", "." ] } ]
PMC9119314
As discussed in the introduction, evidence suggests that 2 has a second, at present unknown antiplasmodial mode of action in addition to that of inhibition of hemozoin formation, which may explain, at least in part, its resilience to resistance development.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "discussed", "in", "the", "introduction", ",", "evidence", "suggests", "that", "2", "has", "a", "second", ",", "at", "present", "unknown", "antiplasmodial", "mode", "of", "action", "in", "addition", "to", "that", "of", "inhibition", "of", "hemozoin", "formation", ",", "which", "may", "explain", ",", "at", "least", "in", "part", ",", "its", "resilience", "to", "resistance", "development", "." ] } ]
PMC7452526
Also, another study by Bouwmeester et al showed the absence of toxicity for phosphate buffered AgNPs up to 50 μgmL to Caco-2 cells .Figure 6A) Morphological changes by inverted microscope (x40) in Caco-2 cells treated with colloidal nanosilver after 48h.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Also", ",", "another", "study", "by", "Bouwmeester", "et", "al", "showed", "the", "absence", "of", "toxicity", "for", "phosphate", "buffered", "AgNPs", "up", "to", "50", "μgmL", "to", "Caco-2", "cells", ".Figure", "6A", ")", "Morphological", "changes", "by", "inverted", "microscope", "(", "x40", ")", "in", "Caco-2", "cells", "treated", "with", "colloidal", "nanosilver", "after", "48h", "." ] } ]
PMC11095939
Genes are rank-ordered according to the fold change of expression. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Genes", "are", "rank-ordered", "according", "to", "the", "fold", "change", "of", "expression", ".", "(" ] } ]
PMC9684669
Terfenadine is a histamine receptor H1 (HRH1) antagonist that was once employed to treat allergy disorders.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Terfenadine", "is", "a", "histamine", "receptor", "H1", "(", "HRH1", ")", "antagonist", "that", "was", "once", "employed", "to", "treat", "allergy", "disorders", "." ] } ]
PMC11790599
The gels were run for 30 min at 80 V for stacking and then added to 125 V for protein separation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "gels", "were", "run", "for", "30", "min", "at", "80", "V", "for", "stacking", "and", "then", "added", "to", "125", "V", "for", "protein", "separation", "." ] } ]
PMC11683240
Therefore, α1AT was vacuum-aspirated onto a membrane and overlaid with PT or PTS1 in solution.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "α1AT", "was", "vacuum-aspirated", "onto", "a", "membrane", "and", "overlaid", "with", "PT", "or", "PTS1", "in", "solution", "." ] } ]
PMC11127909
We found that 143B-EFHD1 cells had an increased Δψm and decreased ROS levels compared with 143B-V cells in the control and cisplatin groups (Fig. 3D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "143B-EFHD1", "cells", "had", "an", "increased", "Δψm", "and", "decreased", "ROS", "levels", "compared", "with", "143B-V", "cells", "in", "the", "control", "and", "cisplatin", "groups", "(", "Fig.", "3D", ")", "." ] } ]
PMC9786247
The different C. burnetii strains all replicated in bovine mammary gland epithelial cells with high efficiency.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "different", "C.", "burnetii", "strains", "all", "replicated", "in", "bovine", "mammary", "gland", "epithelial", "cells", "with", "high", "efficiency", "." ] } ]
PMC8992508
Compound 94, with the highest clogP value (6.97), showed an IC50 value of 0.88 μM in the Hoechst assay on BCRP-overexpressing MCF-7/Topo cells, that is similar to that of reference compound fumitremorgin C (FTC) (77) (IC50 = 0.731 μM).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Compound", "94", ",", "with", "the", "highest", "clogP", "value", "(", "6.97", ")", ",", "showed", "an", "IC50", "value", "of", "0.88", "μM", "in", "the", "Hoechst", "assay", "on", "BCRP-overexpressing", "MCF-7/Topo", "cells", ",", "that", "is", "similar", "to", "that", "of", "reference", "compound", "fumitremorgin", "C", "(", "FTC", ")", "(", "77", ")", "(", "IC50", "=", "0.731", "μM", ")", "." ] } ]
PMC11707832
Figure 2.Clinical manifestations of α-mannosidosis and disorders associated with MAN2B1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Figure", "2.Clinical", "manifestations", "of", "α-mannosidosis", "and", "disorders", "associated", "with", "MAN2B1", "." ] } ]
PMC11543853
e Plot comparing differences in the probability of genome release from enterovirus particles in endosomes and cytoplasm of wiskostatin and bafilomycin A1-treated cells relative to the infection of untreated cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "e", "Plot", "comparing", "differences", "in", "the", "probability", "of", "genome", "release", "from", "enterovirus", "particles", "in", "endosomes", "and", "cytoplasm", "of", "wiskostatin", "and", "bafilomycin", "A1-treated", "cells", "relative", "to", "the", "infection", "of", "untreated", "cells", "." ] } ]
PMC10926885
Through STRING analysis, we identified a number of proteins that are closely connected to the NDE1 interaction and that not only interact with NDE1 directly but also, to varying degrees, with other proteins.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Through", "STRING", "analysis", ",", "we", "identified", "a", "number", "of", "proteins", "that", "are", "closely", "connected", "to", "the", "NDE1", "interaction", "and", "that", "not", "only", "interact", "with", "NDE1", "directly", "but", "also", ",", "to", "varying", "degrees", ",", "with", "other", "proteins", "." ] } ]
PMC11155445
Comparatively, complexes showed greater activity than ligands, thus highlighting the importance of Ru ion and arene moiety.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Comparatively", ",", "complexes", "showed", "greater", "activity", "than", "ligands", ",", "thus", "highlighting", "the", "importance", "of", "Ru", "ion", "and", "arene", "moiety", "." ] } ]
PMC10040136
The obtained cells were cultured in complete MSC medium consisting of L-DMEM, 12% fetal bovine serum (Cat No. A3840202, Gibco, USA), 1-mM L-glutamine and 1X streptomycin (Cat No. 11885084, Life Technologies, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "obtained", "cells", "were", "cultured", "in", "complete", "MSC", "medium", "consisting", "of", "L-DMEM", ",", "12", "%", "fetal", "bovine", "serum", "(", "Cat", "No.", "A3840202", ",", "Gibco", ",", "USA", ")", ",", "1-mM", "L-glutamine", "and", "1X", "streptomycin", "(", "Cat", "No.", "11885084", ",", "Life", "Technologies", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11265931
It was necessary to run Annexin V FITC/PI assays in order to validate the apoptotic effect of garlic SEVs on U-87, Panc-1a, PC-3, SH-SY5Y, and Hep3B cells in order to further examine the cell cycle arrest and cell death mechanisms of the cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "was", "necessary", "to", "run", "Annexin", "V", "FITC/PI", "assays", "in", "order", "to", "validate", "the", "apoptotic", "effect", "of", "garlic", "SEVs", "on", "U-87", ",", "Panc-1a", ",", "PC-3", ",", "SH-SY5Y", ",", "and", "Hep3B", "cells", "in", "order", "to", "further", "examine", "the", "cell", "cycle", "arrest", "and", "cell", "death", "mechanisms", "of", "the", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
In Arm 2, MF pts with suboptimal response to RUX are treated with pelabresib as ‘add-on’ to RUX (Arm 2A: transfusion dependent [TD]; Arm 2B: non-TD).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "Arm", "2", ",", "MF", "pts", "with", "suboptimal", "response", "to", "RUX", "are", "treated", "with", "pelabresib", "as", "‘", "add-on", "’", "to", "RUX", "(", "Arm", "2A", ":", "transfusion", "dependent", "[", "TD", "]", ";", "Arm", "2B", ":", "non-TD", ")", "." ] } ]
PMC11411131
However, the TGA codon can be read through by SerRNA, but TrxR-498Ser loses this catalytic function, which is necessary to distinguish the full-length form from the truncated form.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "the", "TGA", "codon", "can", "be", "read", "through", "by", "SerRNA", ",", "but", "TrxR-498Ser", "loses", "this", "catalytic", "function", ",", "which", "is", "necessary", "to", "distinguish", "the", "full-length", "form", "from", "the", "truncated", "form", "." ] } ]
PMC11758416
Note: Avoid using less than 5,000 L cells per assay well if possible.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Note", ":", "Avoid", "using", "less", "than", "5,000", "L", "cells", "per", "assay", "well", "if", "possible", "." ] } ]
PMC9351137
Both human and Drosophila melanogaster slides were analyzed using a computer-controlled Nikon Eclipse 50i epifluorescence microscope equipped with UV-1A EX 365/10 DM 400 BA 400, FITC EX 465-495 DM 505 BA 515-555, and TRITC EX 540/25 DM 565 BA 605/55 filters using Plan Achromat Microscope Objective 100XA/1.25 Oil OFN22 WD 0.2 objective and QImaging QICAM Fast 1394 Digital Camera, 12-bit, Mono.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Both", "human", "and", "Drosophila", "melanogaster", "slides", "were", "analyzed", "using", "a", "computer-controlled", "Nikon", "Eclipse", "50i", "epifluorescence", "microscope", "equipped", "with", "UV-1A", "EX", "365/10", "DM", "400", "BA", "400", ",", "FITC", "EX", "465", "-", "495", "DM", "505", "BA", "515", "-", "555", ",", "and", "TRITC", "EX", "540/25", "DM", "565", "BA", "605/55", "filters", "using", "Plan", "Achromat", "Microscope", "Objective", "100XA/1.25", "Oil", "OFN22", "WD", "0.2", "objective", "and", "QImaging", "QICAM", "Fast", "1394", "Digital", "Camera", ",", "12-bit", ",", "Mono", "." ] } ]
PMC10577955
Table 5Effect of ALUP, BA, and LUP on the expression level of different markers in the A549 cell lineLet-7miRNA-21BaxCASP-8CD95Bcl-2 Control A549 111111 ALUP 2.66 ± 0.14*#$0.41 ± 0.02*4.33 ± 0.22*#$2.14 ± 0.11*#2.65 ± 0.14*#$0.401 ± 0.02* BA 3.23 ± 0.17*0.33 ± 0.01*8.52 ± 0.43*3.08 ± 0.16*3.38 ± 0.17*0.26 ± 0.01* LUP 2.93 ± 0.15*#0.39 ± 0.02*5.02 ± 0.26*#2.22 ± 0.11*#2.08 ± 0.11*#0.35 ± 0.02** Significant from A549 cells (untreated) at P < 0.0001# Significant from BA treatment at P < 0.001$ Significance from LUP treatment at P < 0.01 Effect of ALUP, BA, and LUP on the expression level of different markers in the A549 cell line * Significant from A549 cells (untreated) at P < 0.0001 # Significant from BA treatment at P < 0.001 $ Significance from LUP treatment at P < 0.01 Fig. 4Real-time PCR analysis data depicting the relative normalized expression of let-7 miRNA, miRNA-21, Bax, CASP-8, CD95, KRAS, VEGF and Cyclin D1 after A549 treatment with ALUP, BA and LUP.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Table", "5Effect", "of", "ALUP", ",", "BA", ",", "and", "LUP", "on", "the", "expression", "level", "of", "different", "markers", "in", "the", "A549", "cell", "lineLet-7miRNA-21BaxCASP-8CD95Bcl-2", "Control", "A549", "111111", "ALUP", "2.66", "±", "0.14*#$0.41", "±", "0.02", "*", "4.33", "±", "0.22*#$2.14", "±", "0.11*#2.65", "±", "0.14*#$0.401", "±", "0.02", "*", "BA", "3.23", "±", "0.17", "*", "0.33", "±", "0.01", "*", "8.52", "±", "0.43", "*", "3.08", "±", "0.16", "*", "3.38", "±", "0.17", "*", "0.26", "±", "0.01", "*", "LUP", "2.93", "±", "0.15*#0.39", "±", "0.02", "*", "5.02", "±", "0.26*#2.22", "±", "0.11*#2.08", "±", "0.11*#0.35", "±", "0.02", "*", "*", "Significant", "from", "A549", "cells", "(", "untreated", ")", "at", "P", "<", "0.0001", "#", "Significant", "from", "BA", "treatment", "at", "P", "<", "0.001", "$", "Significance", "from", "LUP", "treatment", "at", "P", "<", "0.01", "Effect", "of", "ALUP", ",", "BA", ",", "and", "LUP", "on", "the", "expression", "level", "of", "different", "markers", "in", "the", "A549", "cell", "line", "*", "Significant", "from", "A549", "cells", "(", "untreated", ")", "at", "P", "<", "0.0001", "#", "Significant", "from", "BA", "treatment", "at", "P", "<", "0.001", "$", "Significance", "from", "LUP", "treatment", "at", "P", "<", "0.01", "Fig.", "4Real-time", "PCR", "analysis", "data", "depicting", "the", "relative", "normalized", "expression", "of", "let-7", "miRNA", ",", "miRNA-21", ",", "Bax", ",", "CASP-8", ",", "CD95", ",", "KRAS", ",", "VEGF", "and", "Cyclin", "D1", "after", "A549", "treatment", "with", "ALUP", ",", "BA", "and", "LUP", "." ] } ]
PMC11678130
After 3 h of incubation at 37 °C and 5% CO2, 100 µL/well of MTT kit II was added, the plates were kept at room temperature for half an hour, and the absorbance was read using a Cytation 5 microplate reader at two wavelengths (570 and 630 nm), as previously presented .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "3", "h", "of", "incubation", "at", "37", "°", "C", "and", "5", "%", "CO2", ",", "100", "µL/well", "of", "MTT", "kit", "II", "was", "added", ",", "the", "plates", "were", "kept", "at", "room", "temperature", "for", "half", "an", "hour", ",", "and", "the", "absorbance", "was", "read", "using", "a", "Cytation", "5", "microplate", "reader", "at", "two", "wavelengths", "(", "570", "and", "630", "nm", ")", ",", "as", "previously", "presented", "." ] } ]
PMC11543853
The mixture was spun down at 4300× g in a Beckman Coulter Allegra 25 R centrifuge, TS-5.1-500 rotor at 10 °C for 10 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mixture", "was", "spun", "down", "at", "4300", "×", "g", "in", "a", "Beckman", "Coulter", "Allegra", "25", "R", "centrifuge", ",", "TS-5.1", "-", "500", "rotor", "at", "10", "°", "C", "for", "10", "min", "." ] } ]
PMC9429973
With our results, supported by the experience of other centers, we are considering the cancellation of the prophylactic administration of G-CSF to reduce the incidence of engrafment syndrome.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "our", "results", ",", "supported", "by", "the", "experience", "of", "other", "centers", ",", "we", "are", "considering", "the", "cancellation", "of", "the", "prophylactic", "administration", "of", "G-CSF", "to", "reduce", "the", "incidence", "of", "engrafment", "syndrome", "." ] } ]
PMC11703992
The scRNA-seq datasets GSE157007 and GSE198891 were merged into one profile.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "scRNA-seq", "datasets", "GSE157007", "and", "GSE198891", "were", "merged", "into", "one", "profile", "." ] } ]
PMC11360263
Compared to uninfected cells, CMV-transformed cells infected with the DB and BL strains showed increased expression of EZH2, Myc, Ki67Ag, SOX2, Nanog, CD44, vimentin, Nestin, and CD49f, promoting the abovementioned phenotypes (Table 1) .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Compared", "to", "uninfected", "cells", ",", "CMV-transformed", "cells", "infected", "with", "the", "DB", "and", "BL", "strains", "showed", "increased", "expression", "of", "EZH2", ",", "Myc", ",", "Ki67Ag", ",", "SOX2", ",", "Nanog", ",", "CD44", ",", "vimentin", ",", "Nestin", ",", "and", "CD49f", ",", "promoting", "the", "abovementioned", "phenotypes", "(", "Table", "1", ")", "." ] } ]
PMC11673128
While the use of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) represents a significant advancement in the therapeutic management of these tumors, providing more specific and effective treatment options, resistance in tumor cells may occur during the use of TKIs, which is partially explained by the occurrence of mutations in the ALK domain that halts the drug interaction with the oncogene .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "the", "use", "of", "tyrosine", "kinase", "inhibitors", "(", "TKIs", ")", "represents", "a", "significant", "advancement", "in", "the", "therapeutic", "management", "of", "these", "tumors", ",", "providing", "more", "specific", "and", "effective", "treatment", "options", ",", "resistance", "in", "tumor", "cells", "may", "occur", "during", "the", "use", "of", "TKIs", ",", "which", "is", "partially", "explained", "by", "the", "occurrence", "of", "mutations", "in", "the", "ALK", "domain", "that", "halts", "the", "drug", "interaction", "with", "the", "oncogene", "." ] } ]
PMC11672142
As further confirmation, the reaction solutions were extensively dialyzed, and the protein concentration-normalized UV–vis spectra showed fully intact Fe2-sTf.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "further", "confirmation", ",", "the", "reaction", "solutions", "were", "extensively", "dialyzed", ",", "and", "the", "protein", "concentration-normalized", "UV", "–", "vis", "spectra", "showed", "fully", "intact", "Fe2-sTf", "." ] } ]
PMC10940855
The workflow consisted of poly(A) RNA selection, RNA fragmentation and double-stranded cDNA generation using a mixture of random and oligo(dT) priming, followed by end repair to generate blunt ends, adaptor ligation, strand selection, and PCR amplification to produce the final library.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "workflow", "consisted", "of", "poly(A", ")", "RNA", "selection", ",", "RNA", "fragmentation", "and", "double-stranded", "cDNA", "generation", "using", "a", "mixture", "of", "random", "and", "oligo(dT", ")", "priming", ",", "followed", "by", "end", "repair", "to", "generate", "blunt", "ends", ",", "adaptor", "ligation", ",", "strand", "selection", ",", "and", "PCR", "amplification", "to", "produce", "the", "final", "library", "." ] } ]
PMC11674146
FITC Annexin V/PI Apoptosis Detection Kit (CA1020; Solarbio LifeSciences, Beijing, China) was applied in cell apoptotic assay.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "FITC", "Annexin", "V/PI", "Apoptosis", "Detection", "Kit", "(", "CA1020", ";", "Solarbio", "LifeSciences", ",", "Beijing", ",", "China", ")", "was", "applied", "in", "cell", "apoptotic", "assay", "." ] } ]
PMC9000591
Doxorubicin had an SI of 12.09.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Doxorubicin", "had", "an", "SI", "of", "12.09", "." ] } ]
PMC10507284
In addition, in vitro experiments have demonstrated that TROAP is overexpressed in STS, and the downregulation of TROAP could affect the proliferation, migration, metastasis, and cell cycle of STS cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "in", "vitro", "experiments", "have", "demonstrated", "that", "TROAP", "is", "overexpressed", "in", "STS", ",", "and", "the", "downregulation", "of", "TROAP", "could", "affect", "the", "proliferation", ",", "migration", ",", "metastasis", ",", "and", "cell", "cycle", "of", "STS", "cells", "." ] } ]
PMC11391695
Each well was supplemented with serum-free medium, and the culture plates were incubated at 37 °C in an incubator containing 5% CO2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Each", "well", "was", "supplemented", "with", "serum-free", "medium", ",", "and", "the", "culture", "plates", "were", "incubated", "at", "37", "°", "C", "in", "an", "incubator", "containing", "5", "%", "CO2", "." ] } ]
PMC11607638
The qPCR primers of SKR were forward: 5′‐GTG GAT TCT ACA TGG TGC TTC C‐3′ and reverse: 5′‐CGA AGT CGT GCA TCC C‐3′ (exon 3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "qPCR", "primers", "of", "SKR", "were", "forward", ":", "5′‐GTG", "GAT", "TCT", "ACA", "TGG", "TGC", "TTC", "C‐3′", "and", "reverse", ":", "5′‐CGA", "AGT", "CGT", "GCA", "TCC", "C‐3′", "(", "exon", "3", ")", "." ] } ]
PMC7724160
These data were collected in connection with a co-submitted paper .SubjectBiotechnologySpecific subject areaImproving industrial antibody production consistency in CHO cells using insights obtained from omics techniquesType of dataTable 1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "data", "were", "collected", "in", "connection", "with", "a", "co-submitted", "paper", ".SubjectBiotechnologySpecific", "subject", "areaImproving", "industrial", "antibody", "production", "consistency", "in", "CHO", "cells", "using", "insights", "obtained", "from", "omics", "techniquesType", "of", "dataTable", "1", "." ] } ]
PMC9243326
However, the role of zf-c2h2 TFs in the lower animal C. chinensis needs further research.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "the", "role", "of", "zf-c2h2", "TFs", "in", "the", "lower", "animal", "C.", "chinensis", "needs", "further", "research", "." ] } ]
PMC11529598
siRNA of TP53INP1 or negative control siRNA was transfected into miR-3154 sponge or control cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "siRNA", "of", "TP53INP1", "or", "negative", "control", "siRNA", "was", "transfected", "into", "miR-3154", "sponge", "or", "control", "cells", "." ] } ]
PMC11736898
Treatment of keloid keratinocytes with ketoconazole plus vitamin D caused a significant increase in MMP1 expression compared with vitamin D or ketoconazole alone (Figure 7h).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Treatment", "of", "keloid", "keratinocytes", "with", "ketoconazole", "plus", "vitamin", "D", "caused", "a", "significant", "increase", "in", "MMP1", "expression", "compared", "with", "vitamin", "D", "or", "ketoconazole", "alone", "(", "Figure", "7h", ")", "." ] } ]
PMC11779605
6903F, Envigo, Indianapolis, IN, USA) were injected through the intraperitoneal (i.p.)
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "6903F", ",", "Envigo", ",", "Indianapolis", ",", "IN", ",", "USA", ")", "were", "injected", "through", "the", "intraperitoneal", "(", "i.p", ".", ")" ] } ]
PMC7185206
A549 lung carcinoma cells were treated with vehicle control versus recombinant human ADAM17 (TACE) over 24 h and sPD-L1 was measured from cell supernatants by ELISA.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A549", "lung", "carcinoma", "cells", "were", "treated", "with", "vehicle", "control", "versus", "recombinant", "human", "ADAM17", "(", "TACE", ")", "over", "24", "h", "and", "sPD-L1", "was", "measured", "from", "cell", "supernatants", "by", "ELISA", "." ] } ]
PMC11252553
Accordingly, the different concentrations of each substance (100, 200, 300, 400, and 500 µg.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Accordingly", ",", "the", "different", "concentrations", "of", "each", "substance", "(", "100", ",", "200", ",", "300", ",", "400", ",", "and", "500", "µg", "." ] } ]
PMC11310713
The isolated cells exhibit the desired specific phenotype markers CYP19 and CYP17A1 to verify the isolated cells, respectively (Fig. 1C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "isolated", "cells", "exhibit", "the", "desired", "specific", "phenotype", "markers", "CYP19", "and", "CYP17A1", "to", "verify", "the", "isolated", "cells", ",", "respectively", "(", "Fig.", "1C", ")", "." ] } ]