Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC3681794
In all three osteosarcoma cell lines 24 hr exposure to 1% oxygen, followed by 1 hr exposure to cytotoxic agent, and then followed by a further 72 hrs exposure to 1% oxygen (hereafter referred to as hypoxia), lead to significant resistance to cisplatin, doxorubicin and etoposide (p<0.01 to p<0.001 2-way ANOVA) in an SRB assay (Figure 1A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "all", "three", "osteosarcoma", "cell", "lines", "24", "hr", "exposure", "to", "1", "%", "oxygen", ",", "followed", "by", "1", "hr", "exposure", "to", "cytotoxic", "agent", ",", "and", "then", "followed", "by", "a", "further", "72", "hrs", "exposure", "to", "1", "%", "oxygen", "(", "hereafter", "referred", "to", "as", "hypoxia", ")", ",", "lead", "to", "significant", "resistance", "to", "cisplatin", ",", "doxorubicin", "and", "etoposide", "(", "p<0.01", "to", "p<0.001", "2-way", "ANOVA", ")", "in", "an", "SRB", "assay", "(", "Figure", "1A", ")", "." ] } ]
PMC11387401
Only for the proteins Tat and Matrix, assay B (Strep-based nRIPseq in Jurkat cells) did not correlate with assay C and D (in SupT1 cells).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Only", "for", "the", "proteins", "Tat", "and", "Matrix", ",", "assay", "B", "(", "Strep-based", "nRIPseq", "in", "Jurkat", "cells", ")", "did", "not", "correlate", "with", "assay", "C", "and", "D", "(", "in", "SupT1", "cells", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Through proteomics, we identified a potential DUX4-r inhibitor (iD) for its ability to bind directly to DUX4-r dbd.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Through", "proteomics", ",", "we", "identified", "a", "potential", "DUX4-r", "inhibitor", "(", "iD", ")", "for", "its", "ability", "to", "bind", "directly", "to", "DUX4-r", "dbd", "." ] } ]
PMC11206502
Beclin 1 is responsible for the nucleation and maturation of the autophagosomes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Beclin", "1", "is", "responsible", "for", "the", "nucleation", "and", "maturation", "of", "the", "autophagosomes", "." ] } ]
PMC10898159
IPI-504, IPI-493, TAS-116, AT13387 and NVP-AUY922 are HSP90 inhibitors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IPI-504", ",", "IPI-493", ",", "TAS-116", ",", "AT13387", "and", "NVP-AUY922", "are", "HSP90", "inhibitors", "." ] } ]
PMC11240052
Sequencing was done by HiSeq 2000 (Illumina, San Diego, CA, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sequencing", "was", "done", "by", "HiSeq", "2000", "(", "Illumina", ",", "San", "Diego", ",", "CA", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11763111
The time-consuming and quality-variable process of CAR-T manufacturing presents additional challenges.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "time-consuming", "and", "quality-variable", "process", "of", "CAR-T", "manufacturing", "presents", "additional", "challenges", "." ] } ]
PMC11723947
We used the R package DESeq2 v.1.38.3 to normalize gene expression and perform differential expression analyses.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "used", "the", "R", "package", "DESeq2", "v.1.38.3", "to", "normalize", "gene", "expression", "and", "perform", "differential", "expression", "analyses", "." ] } ]
PMC9429973
29/30(96.7%) showed favorable Karyotype (of which 27 had normal Karyotype).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "29/30(96.7", "%", ")", "showed", "favorable", "Karyotype", "(", "of", "which", "27", "had", "normal", "Karyotype", ")", "." ] } ]
PMC11683240
Gαi, which was ADP-ribosylated and biotin-labeled via the incubation with PTS1 and biotin-labeled NAD, was detected via Western blot, while Hsp90 or Ponceau-S staining served as control for equal protein loading.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Gαi", ",", "which", "was", "ADP-ribosylated", "and", "biotin-labeled", "via", "the", "incubation", "with", "PTS1", "and", "biotin-labeled", "NAD", ",", "was", "detected", "via", "Western", "blot", ",", "while", "Hsp90", "or", "Ponceau-S", "staining", "served", "as", "control", "for", "equal", "protein", "loading", "." ] } ]
PMC9429973
The most common grade 3/4 TEAEs included anemia (47%), neutropenia (46%), thrombocytopenia (46%), and white blood cell count decreased (30%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "most", "common", "grade", "3/4", "TEAEs", "included", "anemia", "(", "47", "%", ")", ",", "neutropenia", "(", "46", "%", ")", ",", "thrombocytopenia", "(", "46", "%", ")", ",", "and", "white", "blood", "cell", "count", "decreased", "(", "30", "%", ")", "." ] } ]
PMC11045125
As the changes in cellular gene expression identified by RNA-seq in tumors with and without Myc could potentially be due to the effects of Myc, and/or loss of LMP1 expression, we performed experiments in the P493-6 human B cell line to identify genes regulated by Myc even in the absence of LMP1 expression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "the", "changes", "in", "cellular", "gene", "expression", "identified", "by", "RNA-seq", "in", "tumors", "with", "and", "without", "Myc", "could", "potentially", "be", "due", "to", "the", "effects", "of", "Myc", ",", "and/or", "loss", "of", "LMP1", "expression", ",", "we", "performed", "experiments", "in", "the", "P493", "-", "6", "human", "B", "cell", "line", "to", "identify", "genes", "regulated", "by", "Myc", "even", "in", "the", "absence", "of", "LMP1", "expression", "." ] } ]
PMC11787381
Instead of mini-extruder, extrusion was scaled up using a pressure-controlled extrusion process.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Instead", "of", "mini-extruder", ",", "extrusion", "was", "scaled", "up", "using", "a", "pressure-controlled", "extrusion", "process", "." ] } ]
PMC9919300
ROS can directly or indirectly assist the upregulation of pro-inflammatory cytokines and the activation of hepatic stellate cells leading to hepatic fibrosis development .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ROS", "can", "directly", "or", "indirectly", "assist", "the", "upregulation", "of", "pro-inflammatory", "cytokines", "and", "the", "activation", "of", "hepatic", "stellate", "cells", "leading", "to", "hepatic", "fibrosis", "development", "." ] } ]
PMC11525028
Briefly, cells were cross-linking with formaldehyde and digested with micrococcal nuclease.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Briefly", ",", "cells", "were", "cross-linking", "with", "formaldehyde", "and", "digested", "with", "micrococcal", "nuclease", "." ] } ]
PMC11297139
The representative images supported by the relevant statistics have been chosen upon three independent preparations with similar outcomes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "representative", "images", "supported", "by", "the", "relevant", "statistics", "have", "been", "chosen", "upon", "three", "independent", "preparations", "with", "similar", "outcomes", "." ] } ]
PMC4485786
Mice were sacrificed after 5 weeks of treatment, when tumors of the FcIL-7 cohort had reached 20% of body weight.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mice", "were", "sacrificed", "after", "5", "weeks", "of", "treatment", ",", "when", "tumors", "of", "the", "FcIL-7", "cohort", "had", "reached", "20", "%", "of", "body", "weight", "." ] } ]
PMC11687167
The majority of PCSK9 variations found within the CHRD occur within the M1 and M3 modules, whereas fewer PCSK9 genetic variations but greater structural flexibility is observed in the hinge region and M2 module [10, 14–16] (Fig. 1C).Fig.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "majority", "of", "PCSK9", "variations", "found", "within", "the", "CHRD", "occur", "within", "the", "M1", "and", "M3", "modules", ",", "whereas", "fewer", "PCSK9", "genetic", "variations", "but", "greater", "structural", "flexibility", "is", "observed", "in", "the", "hinge", "region", "and", "M2", "module", "[", "10", ",", "14–16", "]", "(", "Fig.", "1C).Fig", "." ] } ]
PMC11750696
PERK activates eIF2α phosphorylation, selectively boosting translation of ATF4.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PERK", "activates", "eIF2α", "phosphorylation", ",", "selectively", "boosting", "translation", "of", "ATF4", "." ] } ]
PMC11756514
The CRD often has either the tripeptide motif EPN (Glu-Pro-Asn) or QPD (Gln-Pro-Asp).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "CRD", "often", "has", "either", "the", "tripeptide", "motif", "EPN", "(", "Glu-Pro-Asn", ")", "or", "QPD", "(", "Gln-Pro-Asp", ")", "." ] } ]
PMC9587298
The MS spectra of the main anthocyanin standards from elderberry are shown in Fig. 2 (Chen, Huang, Hwang, Ho, Li, & Lo, 2014), namely cyanidin-3-glucoside (M ion at m/z = 449), cyanidin-3-sambubioside (M ion at m/z = 581), cyanidin-3,5-diglucoside (M ion at m/z = 611) and cyanidin-3-sambubioside-5-glucoside (M ion at m/z = 743).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "MS", "spectra", "of", "the", "main", "anthocyanin", "standards", "from", "elderberry", "are", "shown", "in", "Fig.", "2", "(", "Chen", ",", "Huang", ",", "Hwang", ",", "Ho", ",", "Li", ",", "&", "Lo", ",", "2014", ")", ",", "namely", "cyanidin-3-glucoside", "(", "M", "ion", "at", "m/z", "=", "449", ")", ",", "cyanidin-3-sambubioside", "(", "M", "ion", "at", "m/z", "=", "581", ")", ",", "cyanidin-3,5-diglucoside", "(", "M", "ion", "at", "m/z", "=", "611", ")", "and", "cyanidin-3-sambubioside-5-glucoside", "(", "M", "ion", "at", "m/z", "=", "743", ")", "." ] } ]
PMC9250505
In contrast, NPB did not affect CASPASE 3/7 activity nor cell viability in CAOV2 cells with the depleted expression of BAD.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "NPB", "did", "not", "affect", "CASPASE", "3/7", "activity", "nor", "cell", "viability", "in", "CAOV2", "cells", "with", "the", "depleted", "expression", "of", "BAD", "." ] } ]
PMC11792090
Validation of anti-tumor efficacy function and safety of SAP UCAR-T cells in vitro (A–D) CAR-T cells were stimulated with tumor cells (R0) and rechallenged for four rounds (R1-R4).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Validation", "of", "anti-tumor", "efficacy", "function", "and", "safety", "of", "SAP", "UCAR-T", "cells", "in", "vitro", "(", "A", "–", "D", ")", "CAR-T", "cells", "were", "stimulated", "with", "tumor", "cells", "(", "R0", ")", "and", "rechallenged", "for", "four", "rounds", "(", "R1-R4", ")", "." ] } ]
PMC9966931
First, 5 mmol of the phenolic compound were mixed with 5 mmol of carboxylic acid in a glass vial.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "First", ",", "5", "mmol", "of", "the", "phenolic", "compound", "were", "mixed", "with", "5", "mmol", "of", "carboxylic", "acid", "in", "a", "glass", "vial", "." ] } ]
PMC9429973
Similar changes were also observed in livers of epeleuton-treated SCD mice exposed to H/R stress compared with vehicle-treated SCD animals.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Similar", "changes", "were", "also", "observed", "in", "livers", "of", "epeleuton-treated", "SCD", "mice", "exposed", "to", "H/R", "stress", "compared", "with", "vehicle-treated", "SCD", "animals", "." ] } ]
PMC11747949
We chose the coculture study model as it involves the cultivation of different types of cells in the same conditions and allows the exploration of dynamic interactions between cancer‐immune cells (Bogdanowicz and Lu 2014).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "chose", "the", "coculture", "study", "model", "as", "it", "involves", "the", "cultivation", "of", "different", "types", "of", "cells", "in", "the", "same", "conditions", "and", "allows", "the", "exploration", "of", "dynamic", "interactions", "between", "cancer‐immune", "cells", "(", "Bogdanowicz", "and", "Lu", "2014", ")", "." ] } ]
PMC9429973
C. Syrykh, N. Russiñol, T. Baumann, M. Kulis, M. Alcoceba, M. González, E. Colado, Á. R. Payer, M. Aymerich, M. J. Terol, S. Ruiz-Gaspà, A. López-Guillermo, J. I. Martín-Subero, D. Colomer, J. Delgado, E. Campo, F. Nadeu Institute d’Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS), Barcelona, Spain; Department of Pathology, Institut Universitaire du Cancer, CHU de Toulouse, Toulouse, France; Hospital Clinic of Barcelona, Barcelona; Hospital Universitario 12 de Octubre; Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer (CIBERONC), Madrid; Biología Molecular e Histocompatibilidad, IBSAL-Hospital Universitario, Centro de Investigación del Cáncer-IBMCC (USAL-CSIC), Salamanca; Servicio de Hematología y Hemoterapia, Hospital Universitario Central de Asturias, Oviedo; Servicio de Hematología, Hospital Clínico Universitario, INCLIVA, Universidad de Valencia, Valencia; Universitat de Barcelona; Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), Barcelona, Spain Background: Recent studies have shown that expression of the immunoglobulin lambda light chain IGLV3-21 gene carrying a point mutation in the amino acid 110 (named IGLV3-21) defines a subset of chronic lymphocytic leukemia (CLL) with an intermediate epigenetic subtype and poor prognosis (Maity et al. PNAS, 2020; Nadeu et al. Blood, 2021).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C.", "Syrykh", ",", "N.", "Russiñol", ",", "T.", "Baumann", ",", "M.", "Kulis", ",", "M.", "Alcoceba", ",", "M.", "González", ",", "E.", "Colado", ",", "Á.", "R.", "Payer", ",", "M.", "Aymerich", ",", "M.", "J.", "Terol", ",", "S.", "Ruiz-Gaspà", ",", "A.", "López-Guillermo", ",", "J.", "I.", "Martín-Subero", ",", "D.", "Colomer", ",", "J.", "Delgado", ",", "E.", "Campo", ",", "F.", "Nadeu", "Institute", "d’Investigacions", "Biomèdiques", "August", "Pi", "i", "Sunyer", "(", "IDIBAPS", ")", ",", "Barcelona", ",", "Spain", ";", "Department", "of", "Pathology", ",", "Institut", "Universitaire", "du", "Cancer", ",", "CHU", "de", "Toulouse", ",", "Toulouse", ",", "France", ";", "Hospital", "Clinic", "of", "Barcelona", ",", "Barcelona", ";", "Hospital", "Universitario", "12", "de", "Octubre", ";", "Centro", "de", "Investigación", "Biomédica", "en", "Red", "de", "Cáncer", "(", "CIBERONC", ")", ",", "Madrid", ";", "Biología", "Molecular", "e", "Histocompatibilidad", ",", "IBSAL-Hospital", "Universitario", ",", "Centro", "de", "Investigación", "del", "Cáncer-IBMCC", "(", "USAL-CSIC", ")", ",", "Salamanca", ";", "Servicio", "de", "Hematología", "y", "Hemoterapia", ",", "Hospital", "Universitario", "Central", "de", "Asturias", ",", "Oviedo", ";", "Servicio", "de", "Hematología", ",", "Hospital", "Clínico", "Universitario", ",", "INCLIVA", ",", "Universidad", "de", "Valencia", ",", "Valencia", ";", "Universitat", "de", "Barcelona", ";", "Institució", "Catalana", "de", "Recerca", "i", "Estudis", "Avançats", "(", "ICREA", ")", ",", "Barcelona", ",", "Spain", "Background", ":", "Recent", "studies", "have", "shown", "that", "expression", "of", "the", "immunoglobulin", "lambda", "light", "chain", "IGLV3", "-", "21", "gene", "carrying", "a", "point", "mutation", "in", "the", "amino", "acid", "110", "(", "named", "IGLV3", "-", "21", ")", "defines", "a", "subset", "of", "chronic", "lymphocytic", "leukemia", "(", "CLL", ")", "with", "an", "intermediate", "epigenetic", "subtype", "and", "poor", "prognosis", "(", "Maity", "et", "al.", "PNAS", ",", "2020", ";", "Nadeu", "et", "al.", "Blood", ",", "2021", ")", "." ] } ]
PMC9429973
We further observed that pharmacologic inhibition of DYRK1A with EHT1610 induced leukemic cell growth inhibition in vitro and in vivo, demonstrating that DYRK1A could be a new therapeutic target in KMT2A-R ALL cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "further", "observed", "that", "pharmacologic", "inhibition", "of", "DYRK1A", "with", "EHT1610", "induced", "leukemic", "cell", "growth", "inhibition", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", ",", "demonstrating", "that", "DYRK1A", "could", "be", "a", "new", "therapeutic", "target", "in", "KMT2A-R", "ALL", "cells", "." ] } ]
PMC10957991
Such localization suggested a functional role in these cell populations and in line with this hypothesis, TRPV4 depletion led to defects in the maturation of myoepithelial cells, in particular (Figs. 2, S3 and S4).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Such", "localization", "suggested", "a", "functional", "role", "in", "these", "cell", "populations", "and", "in", "line", "with", "this", "hypothesis", ",", "TRPV4", "depletion", "led", "to", "defects", "in", "the", "maturation", "of", "myoepithelial", "cells", ",", "in", "particular", "(", "Figs.", "2", ",", "S3", "and", "S4", ")", "." ] } ]
PMC11201245
These three genomic locations with the most common CNVs in ovarian cancer serve as a sequence template for a three-color OC-FISH test (Figure 2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "three", "genomic", "locations", "with", "the", "most", "common", "CNVs", "in", "ovarian", "cancer", "serve", "as", "a", "sequence", "template", "for", "a", "three-color", "OC-FISH", "test", "(", "Figure", "2", ")", "." ] } ]
PMC11509224
Compound 82 demonstrated a more pronounced antifouling effect, with a smaller area covered by the solitary colonial ascidian (Botrylloides sp.) compared to compound 81.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Compound", "82", "demonstrated", "a", "more", "pronounced", "antifouling", "effect", ",", "with", "a", "smaller", "area", "covered", "by", "the", "solitary", "colonial", "ascidian", "(", "Botrylloides", "sp.", ")", "compared", "to", "compound", "81", "." ] } ]
PMC11310713
Later, the authors revealed that stem cells can promote the bioartificial constructs to enable stable and prolonged hormone secretion .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Later", ",", "the", "authors", "revealed", "that", "stem", "cells", "can", "promote", "the", "bioartificial", "constructs", "to", "enable", "stable", "and", "prolonged", "hormone", "secretion", "." ] } ]
PMC9817179
Asterisks indicate a significant difference compared with 0 (p<0.05, Wilcoxon signed-rank test).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Asterisks", "indicate", "a", "significant", "difference", "compared", "with", "0", "(", "p<0.05", ",", "Wilcoxon", "signed-rank", "test", ")", "." ] } ]
PMC11774251
To elucidate the impact of Tan-I, we employed an in vitro psoriasis mode using TNF-α (100 ng/mL) for 24 hours.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "elucidate", "the", "impact", "of", "Tan-I", ",", "we", "employed", "an", "in", "vitro", "psoriasis", "mode", "using", "TNF-α", "(", "100", "ng/mL", ")", "for", "24", "hours", "." ] } ]
PMC11085211
The FR2-A subfractions were diluted to 100 µg/mL, and a volume of 3 µL was injected.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "FR2-A", "subfractions", "were", "diluted", "to", "100", "µg/mL", ",", "and", "a", "volume", "of", "3", "µL", "was", "injected", "." ] } ]
PMC11732635
Histopathological analysis from a biopsy taken during a gastroenteroscopy confirmed a diagnosis of EBV-positive lymphoproliferative disease.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Histopathological", "analysis", "from", "a", "biopsy", "taken", "during", "a", "gastroenteroscopy", "confirmed", "a", "diagnosis", "of", "EBV-positive", "lymphoproliferative", "disease", "." ] } ]
PMC9429973
BGB-11417 is a highly selective inhibitor of BCL2 with superior potency to venetoclax in human acute lymphoblastic leukemia, mantle cell lymphoma (MCL) cell lines, and xenograft model of diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "BGB-11417", "is", "a", "highly", "selective", "inhibitor", "of", "BCL2", "with", "superior", "potency", "to", "venetoclax", "in", "human", "acute", "lymphoblastic", "leukemia", ",", "mantle", "cell", "lymphoma", "(", "MCL", ")", "cell", "lines", ",", "and", "xenograft", "model", "of", "diffuse", "large", "B-cell", "lymphoma", "(", "DLBCL", ")", "." ] } ]
PMC11711871
Ex vivo vasoreactivity was assessed using isolated vessel tension experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Ex", "vivo", "vasoreactivity", "was", "assessed", "using", "isolated", "vessel", "tension", "experiments", "." ] } ]
PMC9429973
Image: Summary/Conclusion: Taken together, in this study we developed a panel of second generation CD123 CARs with novel scFvs on the basis of 4 novel anti-CD123 mAbs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "Taken", "together", ",", "in", "this", "study", "we", "developed", "a", "panel", "of", "second", "generation", "CD123", "CARs", "with", "novel", "scFvs", "on", "the", "basis", "of", "4", "novel", "anti-CD123", "mAbs", "." ] } ]
PMC9275501
Rawal et al. (2020a) developed FA modified NLCs to promote the targeting and proportional co-delivery of DTX and CUR, namely FA-DTCR-NLCs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Rawal", "et", "al.", "(", "2020a", ")", "developed", "FA", "modified", "NLCs", "to", "promote", "the", "targeting", "and", "proportional", "co-delivery", "of", "DTX", "and", "CUR", ",", "namely", "FA-DTCR-NLCs", "." ] } ]
PMC11528603
The statistical differences were analyzed by two-tailed Student’s t tests (*P ≤ 0.05, **P ≤ 0.01, ns P > 0.05).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "statistical", "differences", "were", "analyzed", "by", "two-tailed", "Student", "’s", "t", "tests", "(", "*", "P", "≤", "0.05", ",", "*", "*", "P", "≤", "0.01", ",", "ns", "P", ">", "0.05", ")", "." ] } ]
PMC8382973
Cytotoxicity evaluation: cell viability, no cytotoxicity (level 0) was defined as cell viability ≥ 100%, minimum cytotoxicity (level 1) was defined as 80% ≤ cell viability <100%, mild cytotoxicity (level 2) was defined as 50% ≤ cell viability < 80%, moderate cytotoxicity (level 3) was defined as 30% ≤ cell viability < 50%, and severe cytotoxicity (level 4) was defined as cell viability <30%.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cytotoxicity", "evaluation", ":", "cell", "viability", ",", "no", "cytotoxicity", "(", "level", "0", ")", "was", "defined", "as", "cell", "viability", "≥", "100", "%", ",", "minimum", "cytotoxicity", "(", "level", "1", ")", "was", "defined", "as", "80", "%", "≤", "cell", "viability", "<", "100", "%", ",", "mild", "cytotoxicity", "(", "level", "2", ")", "was", "defined", "as", "50", "%", "≤", "cell", "viability", "<", "80", "%", ",", "moderate", "cytotoxicity", "(", "level", "3", ")", "was", "defined", "as", "30", "%", "≤", "cell", "viability", "<", "50", "%", ",", "and", "severe", "cytotoxicity", "(", "level", "4", ")", "was", "defined", "as", "cell", "viability", "<", "30", "%", "." ] } ]
PMC11352877
The cell migration of control HME1 was, as expected, at the lowest level at both analyzed time points (24 h = 2.226% and 48 h = 10.468%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cell", "migration", "of", "control", "HME1", "was", ",", "as", "expected", ",", "at", "the", "lowest", "level", "at", "both", "analyzed", "time", "points", "(", "24", "h", "=", "2.226", "%", "and", "48", "h", "=", "10.468", "%", ")", "." ] } ]
PMC11738017
Swimmer plot representing the PFS of patients treated with TCE or CAR T targeting BCMA (grey box) or other non-BCMA antigens (black box).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Swimmer", "plot", "representing", "the", "PFS", "of", "patients", "treated", "with", "TCE", "or", "CAR", "T", "targeting", "BCMA", "(", "grey", "box", ")", "or", "other", "non-BCMA", "antigens", "(", "black", "box", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: To evaluate the comparative efficacy of tec versus physician’s choice of therapy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "To", "evaluate", "the", "comparative", "efficacy", "of", "tec", "versus", "physician", "’s", "choice", "of", "therapy", "." ] } ]
PMC11803210
Reads were filtered and sequencing reads which contained low-quality, adaptor-polluted and high content of unknown base (N) reads were removed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Reads", "were", "filtered", "and", "sequencing", "reads", "which", "contained", "low-quality", ",", "adaptor-polluted", "and", "high", "content", "of", "unknown", "base", "(", "N", ")", "reads", "were", "removed", "." ] } ]
PMC10142392
Additionally, PCL-based multi-arm copolymers form homogeneous and transparent hydrogels, whereas hydrogels formed from linear copolymers are generally white, opaque, and brittle, reducing their consistency during handling and limiting their applications in the field of encapsulation .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "PCL-based", "multi-arm", "copolymers", "form", "homogeneous", "and", "transparent", "hydrogels", ",", "whereas", "hydrogels", "formed", "from", "linear", "copolymers", "are", "generally", "white", ",", "opaque", ",", "and", "brittle", ",", "reducing", "their", "consistency", "during", "handling", "and", "limiting", "their", "applications", "in", "the", "field", "of", "encapsulation", "." ] } ]
PMC11794588
Brine shrimps, cell lines (A549, Hela, HEPG), and Caenorhabditis elegans were used initially to examine three solanaceous plant extracts (Solanum villosum (SV), Cestrum aurantiacum (CA), and Brugmansia suaveolens (BS)).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Brine", "shrimps", ",", "cell", "lines", "(", "A549", ",", "Hela", ",", "HEPG", ")", ",", "and", "Caenorhabditis", "elegans", "were", "used", "initially", "to", "examine", "three", "solanaceous", "plant", "extracts", "(", "Solanum", "villosum", "(", "SV", ")", ",", "Cestrum", "aurantiacum", "(", "CA", ")", ",", "and", "Brugmansia", "suaveolens", "(", "BS", ")", ")", "." ] } ]
PMC11488203
Thereby, CXCR4 can interact with its canonical ligand SDF-1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thereby", ",", "CXCR4", "can", "interact", "with", "its", "canonical", "ligand", "SDF-1", "." ] } ]
PMC8633974
Atomic force microscopy illustrates topographic features of the uniform particle distribution. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Atomic", "force", "microscopy", "illustrates", "topographic", "features", "of", "the", "uniform", "particle", "distribution", ".", "(" ] } ]
PMC11612626
Peptides eluted from MHC-I molecules were identified and screened for their abundance, diversity, copy number, length, amino acid sequence, HLA alleles, and gene source.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Peptides", "eluted", "from", "MHC-I", "molecules", "were", "identified", "and", "screened", "for", "their", "abundance", ",", "diversity", ",", "copy", "number", ",", "length", ",", "amino", "acid", "sequence", ",", "HLA", "alleles", ",", "and", "gene", "source", "." ] } ]
PMC11297139
Loss of ARID1A phase separation results in chromatin closure and reduced transcription of oncogenic target genes, leading to a significant decrease in the oncogenic potential of Ewing’s sarcoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Loss", "of", "ARID1A", "phase", "separation", "results", "in", "chromatin", "closure", "and", "reduced", "transcription", "of", "oncogenic", "target", "genes", ",", "leading", "to", "a", "significant", "decrease", "in", "the", "oncogenic", "potential", "of", "Ewing", "’s", "sarcoma", "." ] } ]
PMC11489175
PKM2 forms a tetramer and acts as a pyruvate kinase under normal conditions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PKM2", "forms", "a", "tetramer", "and", "acts", "as", "a", "pyruvate", "kinase", "under", "normal", "conditions", "." ] } ]
PMC11499381
Assays were performed 24 h after transfection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Assays", "were", "performed", "24", "h", "after", "transfection", "." ] } ]
PMC11248911
Furthermore, the reaction of carbothioamide 5 with ethylbromoacetate and/or ethyl 2-bromopropionate in the presence of anhydrous sodium acetate resulted in the corresponding thiazolidinone 14 and 5-methylthiazolidinone 15 derivatives, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "the", "reaction", "of", "carbothioamide", "5", "with", "ethylbromoacetate", "and/or", "ethyl", "2-bromopropionate", "in", "the", "presence", "of", "anhydrous", "sodium", "acetate", "resulted", "in", "the", "corresponding", "thiazolidinone", "14", "and", "5-methylthiazolidinone", "15", "derivatives", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC10055960
These results are presented in Table 1 and Table S1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "results", "are", "presented", "in", "Table", "1", "and", "Table", "S1", "." ] } ]
PMC11252033
p < 0.05 vs. CDDP (one-way ANOVA, test).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "<", "0.05", "vs.", "CDDP", "(", "one-way", "ANOVA", ",", "test", ")", "." ] } ]
PMC3765139
All differentially expressed genes and their symbols are provided as additional files.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "differentially", "expressed", "genes", "and", "their", "symbols", "are", "provided", "as", "additional", "files", "." ] } ]
PMC11755519
An increase in invasiveness characterized cells treated with tumor-derived EVs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "An", "increase", "in", "invasiveness", "characterized", "cells", "treated", "with", "tumor-derived", "EVs", "." ] } ]
PMC9592219
With the advancement of molecular structure determination technology, the use of molecular docking to identify specific binding drugs for target proteins has improved the efficiency of clinical translation .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "the", "advancement", "of", "molecular", "structure", "determination", "technology", ",", "the", "use", "of", "molecular", "docking", "to", "identify", "specific", "binding", "drugs", "for", "target", "proteins", "has", "improved", "the", "efficiency", "of", "clinical", "translation", "." ] } ]
PMC5415764
The suboptimal drug combinations at the tumor site would compromise the synergetic effects provided by combination treatment15.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "suboptimal", "drug", "combinations", "at", "the", "tumor", "site", "would", "compromise", "the", "synergetic", "effects", "provided", "by", "combination", "treatment15", "." ] } ]
PMC8973085
The structures of compound 8a–8d were proved through elemental analysis in addition to spectral data.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "structures", "of", "compound", "8a–8d", "were", "proved", "through", "elemental", "analysis", "in", "addition", "to", "spectral", "data", "." ] } ]
PMC11774747
Using virus specific T cells (VST) as a raw material to generate CAR-T cells is an effective way to mitigate some of these drawbacks.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Using", "virus", "specific", "T", "cells", "(", "VST", ")", "as", "a", "raw", "material", "to", "generate", "CAR-T", "cells", "is", "an", "effective", "way", "to", "mitigate", "some", "of", "these", "drawbacks", "." ] } ]
PMC9220170
This procedure was repeated three times.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "procedure", "was", "repeated", "three", "times", "." ] } ]
PMC10988808
Quantification of protein expression revealed that overexpressed CCDC25 notably elevated the expression levels of E-cadherin and inhibited the expression of N-cadherin and Vimentin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quantification", "of", "protein", "expression", "revealed", "that", "overexpressed", "CCDC25", "notably", "elevated", "the", "expression", "levels", "of", "E-cadherin", "and", "inhibited", "the", "expression", "of", "N-cadherin", "and", "Vimentin", "." ] } ]
PMC8873393
The pellet was solubilized by passing through a 21-gauge needle.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "pellet", "was", "solubilized", "by", "passing", "through", "a", "21-gauge", "needle", "." ] } ]
PMC11052306
Both dendrons were tested against three lines of glioblastoma stem cells (BTSC233, JHH520, and NCH644), pediatric glioma cells SF188, and two growth variants of the U87 glioblastoma cells (U87a and U87s).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Both", "dendrons", "were", "tested", "against", "three", "lines", "of", "glioblastoma", "stem", "cells", "(", "BTSC233", ",", "JHH520", ",", "and", "NCH644", ")", ",", "pediatric", "glioma", "cells", "SF188", ",", "and", "two", "growth", "variants", "of", "the", "U87", "glioblastoma", "cells", "(", "U87a", "and", "U87s", ")", "." ] } ]
PMC11708541
Scalmani et al., conducted recordings in patients with temporal lobe epilepsy and in models of temporal lobe seizures, demonstrating the activation of interneurons at the beginning of focal seizures.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scalmani", "et", "al.", ",", "conducted", "recordings", "in", "patients", "with", "temporal", "lobe", "epilepsy", "and", "in", "models", "of", "temporal", "lobe", "seizures", ",", "demonstrating", "the", "activation", "of", "interneurons", "at", "the", "beginning", "of", "focal", "seizures", "." ] } ]
PMC11082662
However, I believe that with the continuous progress of science and technology and the accumulation of clinical data, we will definitely be able to find more effective treatment strategies, bringing better hope for the survival of ovarian cancer patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "I", "believe", "that", "with", "the", "continuous", "progress", "of", "science", "and", "technology", "and", "the", "accumulation", "of", "clinical", "data", ",", "we", "will", "definitely", "be", "able", "to", "find", "more", "effective", "treatment", "strategies", ",", "bringing", "better", "hope", "for", "the", "survival", "of", "ovarian", "cancer", "patients", "." ] } ]
PMC4369959
Besides ginger rhizome, exposure of ginger leaf extract exhibited reduced cell viability and induced apoptosis to human colorectal cancer HCT116, SW480, and LoVo cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Besides", "ginger", "rhizome", ",", "exposure", "of", "ginger", "leaf", "extract", "exhibited", "reduced", "cell", "viability", "and", "induced", "apoptosis", "to", "human", "colorectal", "cancer", "HCT116", ",", "SW480", ",", "and", "LoVo", "cells", "." ] } ]
PMC11791264
F, SETD7 KD inhibited the migration of A2780 cells determined by the Transwell assay.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F", ",", "SETD7", "KD", "inhibited", "the", "migration", "of", "A2780", "cells", "determined", "by", "the", "Transwell", "assay", "." ] } ]
PMC10654497
With a maximum clustering of k = 2, we assessed the samples based on the area under the cumulative distribution function (CDF) curve and average consistency within the cluster group (Fig. 1D,E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "a", "maximum", "clustering", "of", "k", "=", "2", ",", "we", "assessed", "the", "samples", "based", "on", "the", "area", "under", "the", "cumulative", "distribution", "function", "(", "CDF", ")", "curve", "and", "average", "consistency", "within", "the", "cluster", "group", "(", "Fig.", "1D", ",", "E", ")", "." ] } ]
PMC11438317
NCK, through its SH2 domain, also binds to FYB when is phosphorylated (37).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NCK", ",", "through", "its", "SH2", "domain", ",", "also", "binds", "to", "FYB", "when", "is", "phosphorylated", "(", "37", ")", "." ] } ]
PMC5810978
Calf intestinal mononuclear cells [MNCs] from ileum and peripheral blood mononuclear cells [PBMC]) were prepared as described previously .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Calf", "intestinal", "mononuclear", "cells", "[", "MNCs", "]", "from", "ileum", "and", "peripheral", "blood", "mononuclear", "cells", "[", "PBMC", "]", ")", "were", "prepared", "as", "described", "previously", "." ] } ]
PMC11743316
Mitochondrial-targeted therapy relies on various molecular pathways, and comprises the permeability of the transition pore complex, mitochondrial permeabilization of the outer membrane, and energy metabolism.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mitochondrial-targeted", "therapy", "relies", "on", "various", "molecular", "pathways", ",", "and", "comprises", "the", "permeability", "of", "the", "transition", "pore", "complex", ",", "mitochondrial", "permeabilization", "of", "the", "outer", "membrane", ",", "and", "energy", "metabolism", "." ] } ]
PMC10988555
The electron transport chain present in the membrane of the mitochondria is one of the main sources of ROS production.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "electron", "transport", "chain", "present", "in", "the", "membrane", "of", "the", "mitochondria", "is", "one", "of", "the", "main", "sources", "of", "ROS", "production", "." ] } ]
PMC9429973
This also means that 13 units of FFP may have been wasted.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "also", "means", "that", "13", "units", "of", "FFP", "may", "have", "been", "wasted", "." ] } ]
PMC9429973
The most frequent locations were the face (41%, including the frontal region, jaw and temple) followed by the back (14%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "most", "frequent", "locations", "were", "the", "face", "(", "41", "%", ",", "including", "the", "frontal", "region", ",", "jaw", "and", "temple", ")", "followed", "by", "the", "back", "(", "14", "%", ")", "." ] } ]
PMC10734950
Following the overnight incubation, the samples were aspirated from each well and washed with washer buffer I for 5 min at room temperature; this wash was repeated 3 times.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Following", "the", "overnight", "incubation", ",", "the", "samples", "were", "aspirated", "from", "each", "well", "and", "washed", "with", "washer", "buffer", "I", "for", "5", "min", "at", "room", "temperature", ";", "this", "wash", "was", "repeated", "3", "times", "." ] } ]
PMC11441402
The addition of a Tz plate provides much more insight into the effect of the drug and therefore should be added to any experiments assessing the effect of drugs on cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "addition", "of", "a", "Tz", "plate", "provides", "much", "more", "insight", "into", "the", "effect", "of", "the", "drug", "and", "therefore", "should", "be", "added", "to", "any", "experiments", "assessing", "the", "effect", "of", "drugs", "on", "cells", "." ] } ]
PMC5916734
Either plasmid pAL-ID carrying replication initiation domains of the β-lactamase gene identical to those in the expression plasmids p1.1, EMCV IRES, ORF DHFR , or the amplification product of plasmid p1.1-F9 from the AD-9- AbsF and AD-9-NheR primers corresponding to FIX ORF was used as a template to generate probes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Either", "plasmid", "pAL-ID", "carrying", "replication", "initiation", "domains", "of", "the", "β-lactamase", "gene", "identical", "to", "those", "in", "the", "expression", "plasmids", "p1.1", ",", "EMCV", "IRES", ",", "ORF", "DHFR", ",", "or", "the", "amplification", "product", "of", "plasmid", "p1.1-F9", "from", "the", "AD-9-", "AbsF", "and", "AD-9-NheR", "primers", "corresponding", "to", "FIX", "ORF", "was", "used", "as", "a", "template", "to", "generate", "probes", "." ] } ]
PMC11762280
We found that Ac-DEVD-CHO-treated mice showed no significant difference in the scores of skin erythema, edema, and erosion after UVB irradiation compared to PBS-treated mice after UVB exposure (Fig. 4B, C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "Ac-DEVD-CHO-treated", "mice", "showed", "no", "significant", "difference", "in", "the", "scores", "of", "skin", "erythema", ",", "edema", ",", "and", "erosion", "after", "UVB", "irradiation", "compared", "to", "PBS-treated", "mice", "after", "UVB", "exposure", "(", "Fig.", "4B", ",", "C", ")", "." ] } ]
PMC11774747
Indeed, Wang et al. reported significant increase in the frequency of human T cells and CAR+ CMVpp65-tetramer+ bispecific T cells in vaccinated mice compared to controls (92).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Indeed", ",", "Wang", "et", "al.", "reported", "significant", "increase", "in", "the", "frequency", "of", "human", "T", "cells", "and", "CAR+", "CMVpp65-tetramer+", "bispecific", "T", "cells", "in", "vaccinated", "mice", "compared", "to", "controls", "(", "92", ")", "." ] } ]
PMC11267036
Quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) was employed to assess the mRNA expression of signal transducer and activator of transcription 1 (STAT1) and retinoic acid-inducible gene I (RIG-I).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quantitative", "real-time", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "qRT-PCR", ")", "was", "employed", "to", "assess", "the", "mRNA", "expression", "of", "signal", "transducer", "and", "activator", "of", "transcription", "1", "(", "STAT1", ")", "and", "retinoic", "acid-inducible", "gene", "I", "(", "RIG-I", ")", "." ] } ]
PMC11788920
ImageJ software was used to further process the gel image.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ImageJ", "software", "was", "used", "to", "further", "process", "the", "gel", "image", "." ] } ]
PMC11765988
Over the past two decades, studies have increasingly demonstrated that persistent oxidative stress can lead to chronic inflammation, which may underlie numerous chronic diseases, including diabetes, cancer, heart disease, neurological disorders, lung conditions, and hematologic disorders like lymphoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Over", "the", "past", "two", "decades", ",", "studies", "have", "increasingly", "demonstrated", "that", "persistent", "oxidative", "stress", "can", "lead", "to", "chronic", "inflammation", ",", "which", "may", "underlie", "numerous", "chronic", "diseases", ",", "including", "diabetes", ",", "cancer", ",", "heart", "disease", ",", "neurological", "disorders", ",", "lung", "conditions", ",", "and", "hematologic", "disorders", "like", "lymphoma", "." ] } ]
PMC8873393
Surprisingly, in this study we found that, in CSB deficient cells, the chromatin-associated lncRNAs largely followed the same temporal profiles as in WT cells, but with a clearly detectable delay for the UV-induced lncRNAs (Figs. 5C, S4B and D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Surprisingly", ",", "in", "this", "study", "we", "found", "that", ",", "in", "CSB", "deficient", "cells", ",", "the", "chromatin-associated", "lncRNAs", "largely", "followed", "the", "same", "temporal", "profiles", "as", "in", "WT", "cells", ",", "but", "with", "a", "clearly", "detectable", "delay", "for", "the", "UV-induced", "lncRNAs", "(", "Figs.", "5C", ",", "S4B", "and", "D", ")", "." ] } ]
PMC9503669
A final assay approach screened for direct inhibitors of Nef homodimer formation , which has been linked to many Nef functions as described above.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "final", "assay", "approach", "screened", "for", "direct", "inhibitors", "of", "Nef", "homodimer", "formation", ",", "which", "has", "been", "linked", "to", "many", "Nef", "functions", "as", "described", "above", "." ] } ]
PMC9429973
All patients had received prior rituximab therapy, 6(23%), autologous or allogeneic stem cell transplantation (SCT), and 9(35%), polatuzumab salvage.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "patients", "had", "received", "prior", "rituximab", "therapy", ",", "6(23", "%", ")", ",", "autologous", "or", "allogeneic", "stem", "cell", "transplantation", "(", "SCT", ")", ",", "and", "9(35", "%", ")", ",", "polatuzumab", "salvage", "." ] } ]
PMC8633974
spCas9 expression was measured by RT-qPCR. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "spCas9", "expression", "was", "measured", "by", "RT-qPCR", ".", "(" ] } ]
PMC11762280
B Images of H&E staining of human skin explants from 3 samples.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", "Images", "of", "H&E", "staining", "of", "human", "skin", "explants", "from", "3", "samples", "." ] } ]
PMC8316344
Synergy microplate reader was used to record luminescence.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Synergy", "microplate", "reader", "was", "used", "to", "record", "luminescence", "." ] } ]
PMC11750161
The results of the present study suggest that there is a strong correlation between highly conserved activating and inactivating sites.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "of", "the", "present", "study", "suggest", "that", "there", "is", "a", "strong", "correlation", "between", "highly", "conserved", "activating", "and", "inactivating", "sites", "." ] } ]
PMC11731614
However, the specific mechanism of action remains to be explored.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "the", "specific", "mechanism", "of", "action", "remains", "to", "be", "explored", "." ] } ]
PMC9118379
In this framework, rigorous 11-aspect examinations at the three levels, i.e., five PSM-level, two peptide-level, and four variant event-level examinations, are proposed to further confirm the reliability of identified variant peptides.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "framework", ",", "rigorous", "11-aspect", "examinations", "at", "the", "three", "levels", ",", "i.e.", ",", "five", "PSM-level", ",", "two", "peptide-level", ",", "and", "four", "variant", "event-level", "examinations", ",", "are", "proposed", "to", "further", "confirm", "the", "reliability", "of", "identified", "variant", "peptides", "." ] } ]
PMC11745600
For patients who have difficulty controlling blood glucose even with insulin administration, xenogeneic islet cells, including human stem cell-derived pancreatic islets (hSC-islet) and porcine islets, have garnered attention as potential solutions to challenges associated with donor shortages.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "patients", "who", "have", "difficulty", "controlling", "blood", "glucose", "even", "with", "insulin", "administration", ",", "xenogeneic", "islet", "cells", ",", "including", "human", "stem", "cell-derived", "pancreatic", "islets", "(", "hSC-islet", ")", "and", "porcine", "islets", ",", "have", "garnered", "attention", "as", "potential", "solutions", "to", "challenges", "associated", "with", "donor", "shortages", "." ] } ]
PMC11224206
Repeat this analysis for the gametes in their environments in the male and female reproductive tracts.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Repeat", "this", "analysis", "for", "the", "gametes", "in", "their", "environments", "in", "the", "male", "and", "female", "reproductive", "tracts", "." ] } ]
PMC9118379
To explore the impact of the above four strategies, we compared the identification results of different search types under the same FDR estimation approach.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "explore", "the", "impact", "of", "the", "above", "four", "strategies", ",", "we", "compared", "the", "identification", "results", "of", "different", "search", "types", "under", "the", "same", "FDR", "estimation", "approach", "." ] } ]
PMC9429973
•Lessons from haemophilia-AIDS crisis are relevant for some aspects of COVID19pandemic.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "•Lessons", "from", "haemophilia-AIDS", "crisis", "are", "relevant", "for", "some", "aspects", "of", "COVID19pandemic", "." ] } ]
PMC11015054
In 96‐well plates, 1000 cells of HepG2 and SMMC‐7721 were seeded and cultured for 24, 48, 72, and 96 h in an incubator.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "96‐well", "plates", ",", "1000", "cells", "of", "HepG2", "and", "SMMC‐7721", "were", "seeded", "and", "cultured", "for", "24", ",", "48", ",", "72", ",", "and", "96", "h", "in", "an", "incubator", "." ] } ]