OTAR3088/BioData-CellLine_annotated · Datasets at Hugging Face

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PMC11185260	Moreover, our nanocomplex can actively enter and deliver payloads to intracranial tumors by traversing the blood-brain barrier (BBB) via TfR-mediated transcytosis.26–28 Here, we performed translational studies using patient-derived ATRT cells and xenograft tumors to demonstrate the potential of scL-SMARCB1 as a novel therapy for this rare and fatal childhood cancer.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "our", "nanocomplex", "can", "actively", "enter", "and", "deliver", "payloads", "to", "intracranial", "tumors", "by", "traversing", "the", "blood-brain", "barrier", "(", "BBB", ")", "via", "TfR-mediated", "transcytosis.26–28", "Here", ",", "we", "performed", "translational", "studies", "using", "patient-derived", "ATRT", "cells", "and", "xenograft", "tumors", "to", "demonstrate", "the", "potential", "of", "scL-SMARCB1", "as", "a", "novel", "therapy", "for", "this", "rare", "and", "fatal", "childhood", "cancer", "." ] } ]
PMC11599565	At least 20 “twin” cells and a proportional amount of surrounding normal cells were collected for single-cell RNA isolation.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "least", "20", "“", "twin", "”", "cells", "and", "a", "proportional", "amount", "of", "surrounding", "normal", "cells", "were", "collected", "for", "single-cell", "RNA", "isolation", "." ] } ]
PMC10914904	vtRNA 2-1 downregulation (green arrow) allows the activation of PKR through dimerization and phosphorylation and promotes the activation of NF-κB increasing proliferation and inflammatory response Interactions of innate immune proteins with vtRNA 2-1.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "vtRNA", "2", "-", "1", "downregulation", "(", "green", "arrow", ")", "allows", "the", "activation", "of", "PKR", "through", "dimerization", "and", "phosphorylation", "and", "promotes", "the", "activation", "of", "NF-κB", "increasing", "proliferation", "and", "inflammatory", "response", "Interactions", "of", "innate", "immune", "proteins", "with", "vtRNA", "2", "-", "1", "." ] } ]
PMC10812665	We tested a range of concentrations to characterize the transcriptome changes at 24 h (the exposure time used in the NeuriTox assay) (Figure 3A).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "tested", "a", "range", "of", "concentrations", "to", "characterize", "the", "transcriptome", "changes", "at", "24", "h", "(", "the", "exposure", "time", "used", "in", "the", "NeuriTox", "assay", ")", "(", "Figure", "3A", ")", "." ] } ]
PMC10654497	The analysis of the receiver operating characteristic (ROC) curve verified that our prediction model was effective (Fig. 9C,D).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "analysis", "of", "the", "receiver", "operating", "characteristic", "(", "ROC", ")", "curve", "verified", "that", "our", "prediction", "model", "was", "effective", "(", "Fig.", "9C", ",", "D", ")", "." ] } ]
PMC11740573	Asterisks indicate the statistical differences: *P < 0.05 Average MIC value of Amoxicillin/Clavulanic acid alone and in association with calcitriol against strains of (EC) E. coli, (EF) E. faecalis and (GBS) S. agalactiae.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Asterisks", "indicate", "the", "statistical", "differences", ":", "*", "P", "<", "0.05", "Average", "MIC", "value", "of", "Amoxicillin/Clavulanic", "acid", "alone", "and", "in", "association", "with", "calcitriol", "against", "strains", "of", "(", "EC", ")", "E.", "coli", ",", "(", "EF", ")", "E.", "faecalis", "and", "(", "GBS", ")", "S.", "agalactiae", "." ] } ]
PMC9429973	Methods: We performed a comprehensive literature search in PubMed and Embase among 1631 papers published between 2000 and January 2022.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "We", "performed", "a", "comprehensive", "literature", "search", "in", "PubMed", "and", "Embase", "among", "1631", "papers", "published", "between", "2000", "and", "January", "2022", "." ] } ]
PMC10213179	After surgery, the formation of lung metastases was monitored by weekly in vivo IVIS readings.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "surgery", ",", "the", "formation", "of", "lung", "metastases", "was", "monitored", "by", "weekly", "in", "vivo", "IVIS", "readings", "." ] } ]
PMC11224020	Right, box plot showing the minimum to maximum range of cPLA2 intensity (N = 3; n = 141 cells (LmnA/C), n = 144 cells (LmnA/C)).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Right", ",", "box", "plot", "showing", "the", "minimum", "to", "maximum", "range", "of", "cPLA2", "intensity", "(", "N", "=", "3", ";", "n", "=", "141", "cells", "(", "LmnA/C", ")", ",", "n", "=", "144", "cells", "(", "LmnA/C", ")", ")", "." ] } ]
PMC11782780	Cells were plated in a 24-well plate and co-transfected with pmirGLO-EBF3-3'-UTR-WT and pmirGLO-EBF3-3'-UTR-MUT luciferase reporter vectors constructed with Lipofectamine 2000 (Invitrogen), as well as mimic-miR-301b-3p/mimic-NC.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "plated", "in", "a", "24-well", "plate", "and", "co-transfected", "with", "pmirGLO-EBF3", "-", "3'-UTR-WT", "and", "pmirGLO-EBF3", "-", "3'-UTR-MUT", "luciferase", "reporter", "vectors", "constructed", "with", "Lipofectamine", "2000", "(", "Invitrogen", ")", ",", "as", "well", "as", "mimic-miR-301b-3p/mimic-NC", "." ] } ]
PMC11806106	MOR-nLuc was constructed by fusion of rat MOR-wt with a C-terminal nLuc from nLuc-Gγ2 (kind gift of N. Lambert, Augusta University, Georgia, USA) using the NEBuilder Hifi DNA assembly kit (New England Biolabs, Ipswich, Massachusetts, USA).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "MOR-nLuc", "was", "constructed", "by", "fusion", "of", "rat", "MOR-wt", "with", "a", "C-terminal", "nLuc", "from", "nLuc-Gγ2", "(", "kind", "gift", "of", "N.", "Lambert", ",", "Augusta", "University", ",", "Georgia", ",", "USA", ")", "using", "the", "NEBuilder", "Hifi", "DNA", "assembly", "kit", "(", "New", "England", "Biolabs", ",", "Ipswich", ",", "Massachusetts", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11531744	The risk score was calculated as follows: risk score = 0.0361 × TNFAIP8L3 + 0.0062 × PI3 + 0.0053 × TMEM181 + (− 0.1056 × GBP1P1) + (− 0.0018 × STX18) + 0.0093 × KIF26B + (− 0.0066 × MRPS11) + 0.0135 × CACNA1C + (− 0.0124 × PACSIN3) + (− 0.0027 × GMPR) + (− 0.0040 × MANF) + 0.0003 × PYGB + (− 0.0008 × SNRPA1) + (− 0.0103 × ST7L) + (− 0.0004 × ZBP1) + (− 0.0114 × BMPR1B-DT) + 0.0030 × STAC2 + (− 0.0247 × LINC02585) + (− 0.0252 × LYPD6) + (− 0.0064 × NSG1) + (− 0.0059 × ACOT13) + 0.0037 × FAM120B + (− 0.0061 × LEFTY1) + (− 0.0513 × SULT1A2) + (− 0.0145 × FZD3).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "risk", "score", "was", "calculated", "as", "follows", ":", "risk", "score", "=", "0.0361", "×", "TNFAIP8L3", "+", "0.0062", "×", "PI3", "+", "0.0053", "×", "TMEM181", "+", "(", "−", "0.1056", "×", "GBP1P1", ")", "+", "(", "−", "0.0018", "×", "STX18", ")", "+", "0.0093", "×", "KIF26B", "+", "(", "−", "0.0066", "×", "MRPS11", ")", "+", "0.0135", "×", "CACNA1C", "+", "(", "−", "0.0124", "×", "PACSIN3", ")", "+", "(", "−", "0.0027", "×", "GMPR", ")", "+", "(", "−", "0.0040", "×", "MANF", ")", "+", "0.0003", "×", "PYGB", "+", "(", "−", "0.0008", "×", "SNRPA1", ")", "+", "(", "−", "0.0103", "×", "ST7L", ")", "+", "(", "−", "0.0004", "×", "ZBP1", ")", "+", "(", "−", "0.0114", "×", "BMPR1B-DT", ")", "+", "0.0030", "×", "STAC2", "+", "(", "−", "0.0247", "×", "LINC02585", ")", "+", "(", "−", "0.0252", "×", "LYPD6", ")", "+", "(", "−", "0.0064", "×", "NSG1", ")", "+", "(", "−", "0.0059", "×", "ACOT13", ")", "+", "0.0037", "×", "FAM120B", "+", "(", "−", "0.0061", "×", "LEFTY1", ")", "+", "(", "−", "0.0513", "×", "SULT1A2", ")", "+", "(", "−", "0.0145", "×", "FZD3", ")", "." ] } ]
PMC11359735	The ions monitored were at m/z 305 and 318, both prominent electron impact fragment ions of unlabeled myo-inositol-TMS6, and m/z 307 and 321 which are the corresponding ions from the D6-myo-inositol-TMS6 internal standard (Fig. 3C).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "ions", "monitored", "were", "at", "m/z", "305", "and", "318", ",", "both", "prominent", "electron", "impact", "fragment", "ions", "of", "unlabeled", "myo-inositol-TMS6", ",", "and", "m/z", "307", "and", "321", "which", "are", "the", "corresponding", "ions", "from", "the", "D6-myo-inositol-TMS6", "internal", "standard", "(", "Fig.", "3C", ")", "." ] } ]
PMC9429973	A change of 7 points for the EQ VAS or FACT-Lym total is considered a minimally important difference.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "change", "of", "7", "points", "for", "the", "EQ", "VAS", "or", "FACT-Lym", "total", "is", "considered", "a", "minimally", "important", "difference", "." ] } ]
PMC6803987	The cytotoxicity of esculetin for HepG2.2.15 cells was assessed using the trypan blue assay .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cytotoxicity", "of", "esculetin", "for", "HepG2.2.15", "cells", "was", "assessed", "using", "the", "trypan", "blue", "assay", "." ] } ]
PMC11334037	The imatinib concentration was increased from 1 nM to 100 nM over 10 mon and repeated to obtain imatinib-resistant GIST882 (GIST882-R) and GISTT1 (GISTT1R) cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "imatinib", "concentration", "was", "increased", "from", "1", "nM", "to", "100", "nM", "over", "10", "mon", "and", "repeated", "to", "obtain", "imatinib-resistant", "GIST882", "(", "GIST882-R", ")", "and", "GISTT1", "(", "GISTT1R", ")", "cells", "." ] } ]
PMC10125312	Viability was calculated as percent of the alive control group (without AuNR-PEG and not irradiated) for the MTT analysis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Viability", "was", "calculated", "as", "percent", "of", "the", "alive", "control", "group", "(", "without", "AuNR-PEG", "and", "not", "irradiated", ")", "for", "the", "MTT", "analysis", "." ] } ]
PMC11680982	Fig. 3Role of HER2 in the poor efficacy of CDK4/6 inhibitor combined with endocrine therapy in HR/HER2-low breast cancer. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "3Role", "of", "HER2", "in", "the", "poor", "efficacy", "of", "CDK4/6", "inhibitor", "combined", "with", "endocrine", "therapy", "in", "HR/HER2-low", "breast", "cancer", ".", "(" ] } ]
PMC10728535	As can be seen in Figure 2, in most cases, chips are mainly distributed around zero.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "can", "be", "seen", "in", "Figure", "2", ",", "in", "most", "cases", ",", "chips", "are", "mainly", "distributed", "around", "zero", "." ] } ]
PMC7452526	Some flavonoids can chelate silver ions at positions involving the carbonyl and hydroxyl (–OH) groups.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Some", "flavonoids", "can", "chelate", "silver", "ions", "at", "positions", "involving", "the", "carbonyl", "and", "hydroxyl", "(", "–OH", ")", "groups", "." ] } ]
PMC11551844	The samples were filtered (0.45 μm) before ICP-MS analysis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "samples", "were", "filtered", "(", "0.45", "μm", ")", "before", "ICP-MS", "analysis", "." ] } ]
PMC9429973	The majority of genes differentially expressed between Cdk6-WT and Cdk6-K43M were associated with transcriptional complexes harboring Cdk6.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "majority", "of", "genes", "differentially", "expressed", "between", "Cdk6-WT", "and", "Cdk6-K43", "M", "were", "associated", "with", "transcriptional", "complexes", "harboring", "Cdk6", "." ] } ]
PMC11699042	All samples were referenced against a standardized normal control genome derived from a pool of DNA samples from healthy individuals and serve as a reference to distinguish between somatic alterations and inherited variants.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "samples", "were", "referenced", "against", "a", "standardized", "normal", "control", "genome", "derived", "from", "a", "pool", "of", "DNA", "samples", "from", "healthy", "individuals", "and", "serve", "as", "a", "reference", "to", "distinguish", "between", "somatic", "alterations", "and", "inherited", "variants", "." ] } ]
PMC10577955	Adenocarcinoma is a type of lung cancer, accounting for 30% of all cases and responsible for 40% of all NSCLC prevalence .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Adenocarcinoma", "is", "a", "type", "of", "lung", "cancer", ",", "accounting", "for", "30", "%", "of", "all", "cases", "and", "responsible", "for", "40", "%", "of", "all", "NSCLC", "prevalence", "." ] } ]
PMC9509578	Passive uptake is mainly achieved by the enhanced permeability and retention (EPR) effect in cancer cells .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Passive", "uptake", "is", "mainly", "achieved", "by", "the", "enhanced", "permeability", "and", "retention", "(", "EPR", ")", "effect", "in", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC11267036	Besides, DHM exerted similar effects on elevating E-cadherin level and reducing N-cadherin level in RPMI-8226 cells (p < 0.05, Suppl.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Besides", ",", "DHM", "exerted", "similar", "effects", "on", "elevating", "E-cadherin", "level", "and", "reducing", "N-cadherin", "level", "in", "RPMI-8226", "cells", "(", "p", "<", "0.05", ",", "Suppl", "." ] } ]
PMC10421378	The dried preparations were stored for 12 months in different atmospheres and at different temperatures.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "dried", "preparations", "were", "stored", "for", "12", "months", "in", "different", "atmospheres", "and", "at", "different", "temperatures", "." ] } ]
PMC11731614	GO Terms Bonferroni adjusted p-value ≤ 0.01.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GO", "Terms", "Bonferroni", "adjusted", "p-value", "≤", "0.01", "." ] } ]
PMC11551844	Marine natural products (bioactive compounds derived from marine organisms) are crucial in the field of pharmaceutical industry.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Marine", "natural", "products", "(", "bioactive", "compounds", "derived", "from", "marine", "organisms", ")", "are", "crucial", "in", "the", "field", "of", "pharmaceutical", "industry", "." ] } ]
PMC11525293	In ΔNp63α proficient cells, ΔNp63α protein was degraded by both treatments with a concomitant decrease of ACE2 mRNA levels, whereas we did not observe ACE2 mRNA decrease in the p63-null cells (Fig. 1C).Fig.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "ΔNp63α", "proficient", "cells", ",", "ΔNp63α", "protein", "was", "degraded", "by", "both", "treatments", "with", "a", "concomitant", "decrease", "of", "ACE2", "mRNA", "levels", ",", "whereas", "we", "did", "not", "observe", "ACE2", "mRNA", "decrease", "in", "the", "p63-null", "cells", "(", "Fig.", "1C).Fig", "." ] } ]
PMC11075223	The main chemical constituents of Cimicifugae Rhizoma are triterpenoid saponins (mostly 9,19-cycloartane type), phenylpropanoids, chromones, alkaloids and terpenoids .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "main", "chemical", "constituents", "of", "Cimicifugae", "Rhizoma", "are", "triterpenoid", "saponins", "(", "mostly", "9,19-cycloartane", "type", ")", ",", "phenylpropanoids", ",", "chromones", ",", "alkaloids", "and", "terpenoids", "." ] } ]
PMC8557138	Finally the discontinuous endothelial cells are characterized by the presence of large 100–200 nm fenestrations without diaphragm and have discontinuous basal lamina which is found in liver, bone marrow, and spleen.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", "the", "discontinuous", "endothelial", "cells", "are", "characterized", "by", "the", "presence", "of", "large", "100–200", "nm", "fenestrations", "without", "diaphragm", "and", "have", "discontinuous", "basal", "lamina", "which", "is", "found", "in", "liver", ",", "bone", "marrow", ",", "and", "spleen", "." ] } ]
PMC9429973	Multivariable analysis confirmed the negative survival impact of not achieving CR/CRi, ASXL1 mutation and adverse karyotype.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Multivariable", "analysis", "confirmed", "the", "negative", "survival", "impact", "of", "not", "achieving", "CR/CRi", ",", "ASXL1", "mutation", "and", "adverse", "karyotype", "." ] } ]
PMC10656496	The data generated from the assay were normalized, copy number status calculated, and the data reviewed for quality using the Chromosome Analysis Suite (ChAS) v3.0 (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "data", "generated", "from", "the", "assay", "were", "normalized", ",", "copy", "number", "status", "calculated", ",", "and", "the", "data", "reviewed", "for", "quality", "using", "the", "Chromosome", "Analysis", "Suite", "(", "ChAS", ")", "v3.0", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ")", "." ] } ]
PMC6835762	PGA in turn provides a large library of polymers for possible use in the high throughput screening developed in this paper to select the most appropriate polymer for further studies in a range of different applications.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PGA", "in", "turn", "provides", "a", "large", "library", "of", "polymers", "for", "possible", "use", "in", "the", "high", "throughput", "screening", "developed", "in", "this", "paper", "to", "select", "the", "most", "appropriate", "polymer", "for", "further", "studies", "in", "a", "range", "of", "different", "applications", "." ] } ]
PMC11792888	Non-small cell lung cancers (NSCLC) represent the primary cause of cancer-related deaths worldwide.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Non-small", "cell", "lung", "cancers", "(", "NSCLC", ")", "represent", "the", "primary", "cause", "of", "cancer-related", "deaths", "worldwide", "." ] } ]
PMC10878518	OBP-401 is a GFP-expressing variant of telomerase-specific replication-competent oncolytic adenovirus OBP-301, in which the hTERT promoter activates the expressions of E1A and E1B genes associated with an internal ribosome entry site for tumor-specific viral replication.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "OBP-401", "is", "a", "GFP-expressing", "variant", "of", "telomerase-specific", "replication-competent", "oncolytic", "adenovirus", "OBP-301", ",", "in", "which", "the", "hTERT", "promoter", "activates", "the", "expressions", "of", "E1A", "and", "E1B", "genes", "associated", "with", "an", "internal", "ribosome", "entry", "site", "for", "tumor-specific", "viral", "replication", "." ] } ]
PMC8140214	GR functions by reducing oxidized GS-SG into its active form GSH which is necessary for the action of GPx (Nimse and Pal, 2015 ▶).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GR", "functions", "by", "reducing", "oxidized", "GS-SG", "into", "its", "active", "form", "GSH", "which", "is", "necessary", "for", "the", "action", "of", "GPx", "(", "Nimse", "and", "Pal", ",", "2015", "▶", ")", "." ] } ]
PMC9429973	Depending on the achieved results of treatment, all patients were divided into two groups: patients with complete/partial remission and patients with progressive/refractory or relapsed lymphoma.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Depending", "on", "the", "achieved", "results", "of", "treatment", ",", "all", "patients", "were", "divided", "into", "two", "groups", ":", "patients", "with", "complete/partial", "remission", "and", "patients", "with", "progressive/refractory", "or", "relapsed", "lymphoma", "." ] } ]
PMC11634027	Our results identify motifs that are essential for Dachsous function and are consistent with the hypothesis that the key function of Dachsous is regulation of Fat.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "results", "identify", "motifs", "that", "are", "essential", "for", "Dachsous", "function", "and", "are", "consistent", "with", "the", "hypothesis", "that", "the", "key", "function", "of", "Dachsous", "is", "regulation", "of", "Fat", "." ] } ]
PMC10547921	Duocarmycin A (73) is a strong DNA alkylation agent isolated from Streptomyces, consisting of a DNA alkylation portion and a binding portion (Fig. 12A).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Duocarmycin", "A", "(", "73", ")", "is", "a", "strong", "DNA", "alkylation", "agent", "isolated", "from", "Streptomyces", ",", "consisting", "of", "a", "DNA", "alkylation", "portion", "and", "a", "binding", "portion", "(", "Fig.", "12A", ")", "." ] } ]
PMC11670954	Notably, the addition of Y-27632 further enhanced the epithelial barrier function when Y-27632 was combined with BA.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Notably", ",", "the", "addition", "of", "Y-27632", "further", "enhanced", "the", "epithelial", "barrier", "function", "when", "Y-27632", "was", "combined", "with", "BA", "." ] } ]
PMC9688728	Next, the supernatant was evaporated to dryness in a SpeedVac evaporator (Concentrator plus, Eppendorf, Germany), then oxidized with 10 µL of freshly prepared methoxyamine hydrochloride (20 mg/mL in pyridine) at 30 °C for 90 min on a thermoshaker (ThermoMixer C, Eppendorf, Germany) at 1300 rpm.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Next", ",", "the", "supernatant", "was", "evaporated", "to", "dryness", "in", "a", "SpeedVac", "evaporator", "(", "Concentrator", "plus", ",", "Eppendorf", ",", "Germany", ")", ",", "then", "oxidized", "with", "10", "µL", "of", "freshly", "prepared", "methoxyamine", "hydrochloride", "(", "20", "mg/mL", "in", "pyridine", ")", "at", "30", "°", "C", "for", "90", "min", "on", "a", "thermoshaker", "(", "ThermoMixer", "C", ",", "Eppendorf", ",", "Germany", ")", "at", "1300", "rpm", "." ] } ]
PMC11265931	After incubation, the solution was discarded and washed four times with 1x wash solution.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "incubation", ",", "the", "solution", "was", "discarded", "and", "washed", "four", "times", "with", "1x", "wash", "solution", "." ] } ]
PMC10994876	Previous studies have demonstrated that c-MYC is capable of initiating cell cycle advancement, promoting cell proliferation (Cao et al. 2017; Ifandi and Al‐Rubeai 2005), and overseeing various stages of ribosome biogenesis, including the stimulation of ribosomal protein synthesis (Donati et al. 2012; Ifandi and Al‐Rubeai 2005; Mori et al. 2021).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Previous", "studies", "have", "demonstrated", "that", "c-MYC", "is", "capable", "of", "initiating", "cell", "cycle", "advancement", ",", "promoting", "cell", "proliferation", "(", "Cao", "et", "al.", "2017", ";", "Ifandi", "and", "Al‐Rubeai", "2005", ")", ",", "and", "overseeing", "various", "stages", "of", "ribosome", "biogenesis", ",", "including", "the", "stimulation", "of", "ribosomal", "protein", "synthesis", "(", "Donati", "et", "al.", "2012", ";", "Ifandi", "and", "Al‐Rubeai", "2005", ";", "Mori", "et", "al.", "2021", ")", "." ] } ]
PMC7685376	First, the proteomics data showed that a total of 160 proteins were identified as differentially expressed proteins, among which six minichromosome maintenance (MCM) family members were enriched in the tumor-associated pathways after Huaier treatment.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "First", ",", "the", "proteomics", "data", "showed", "that", "a", "total", "of", "160", "proteins", "were", "identified", "as", "differentially", "expressed", "proteins", ",", "among", "which", "six", "minichromosome", "maintenance", "(", "MCM", ")", "family", "members", "were", "enriched", "in", "the", "tumor-associated", "pathways", "after", "Huaier", "treatment", "." ] } ]
PMC11779605	Luciferase expression was validated using Promega Luciferase Assay System (Promega, E1500).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Luciferase", "expression", "was", "validated", "using", "Promega", "Luciferase", "Assay", "System", "(", "Promega", ",", "E1500", ")", "." ] } ]
PMC11711063	Sample processing, microscopy and data collection were performed as reported.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sample", "processing", ",", "microscopy", "and", "data", "collection", "were", "performed", "as", "reported", "." ] } ]
PMC9429973	Whether this effect has a causative link to the disturbed function of MDS-MSCs remains to be clarified.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Whether", "this", "effect", "has", "a", "causative", "link", "to", "the", "disturbed", "function", "of", "MDS-MSCs", "remains", "to", "be", "clarified", "." ] } ]
PMC11323699	d Assessment of TAX2-Cy5 biodistribution (administered IV at a 10 mg/kg BW dose) in mice bearing ID8 Trp53 Brca2.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "d", "Assessment", "of", "TAX2-Cy5", "biodistribution", "(", "administered", "IV", "at", "a", "10", "mg/kg", "BW", "dose", ")", "in", "mice", "bearing", "ID8", "Trp53", "Brca2", "." ] } ]
PMC9429973	Methods: We applied a gene depletion approach using shRNAs and CRISPR/Cas9 on AML cell lines, primary AML samples and cord blood derived CD34+ hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) to monitor the effects of LPIN1 depletion on proliferation, differentiation, colony forming capacity and bone marrow engraftment in mice.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "We", "applied", "a", "gene", "depletion", "approach", "using", "shRNAs", "and", "CRISPR/Cas9", "on", "AML", "cell", "lines", ",", "primary", "AML", "samples", "and", "cord", "blood", "derived", "CD34", "+", "hematopoietic", "stem", "and", "progenitor", "cells", "(", "HSPCs", ")", "to", "monitor", "the", "effects", "of", "LPIN1", "depletion", "on", "proliferation", ",", "differentiation", ",", "colony", "forming", "capacity", "and", "bone", "marrow", "engraftment", "in", "mice", "." ] } ]
PMC11730320	We have performed extensive evaluation of the immune system, expanding existing knowledge.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "have", "performed", "extensive", "evaluation", "of", "the", "immune", "system", ",", "expanding", "existing", "knowledge", "." ] } ]
PMC11679033	Based on the scored ratios of M1 to M4 cells, the Cytokinesis-Block Proliferation Index (CBPI) was calculated, using the formula: CBPI = [(No. of mononucleated cells) + (2 × No. of binucleated cells) + (3 × No. of multinucleated cells)]/(Total number of cells).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Based", "on", "the", "scored", "ratios", "of", "M1", "to", "M4", "cells", ",", "the", "Cytokinesis-Block", "Proliferation", "Index", "(", "CBPI", ")", "was", "calculated", ",", "using", "the", "formula", ":", "CBPI", "=", "[", "(", "No.", "of", "mononucleated", "cells", ")", "+", "(", "2", "×", "No.", "of", "binucleated", "cells", ")", "+", "(", "3", "×", "No.", "of", "multinucleated", "cells)]/(Total", "number", "of", "cells", ")", "." ] } ]
PMC11679892	As the dose increases, cell proliferation decreases (p < 0.05).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "the", "dose", "increases", ",", "cell", "proliferation", "decreases", "(", "p", "<", "0.05", ")", "." ] } ]
PMC11701801	In addition, localization of RNAPII near the TSS locus at the KREMEN2 locus in Aska-SS shSSX (harboring SS18-WT) cells was lower than that in Aska-SS shNT (harboring SS18–SSX) cells (Fig. 3D).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "localization", "of", "RNAPII", "near", "the", "TSS", "locus", "at", "the", "KREMEN2", "locus", "in", "Aska-SS", "shSSX", "(", "harboring", "SS18-WT", ")", "cells", "was", "lower", "than", "that", "in", "Aska-SS", "shNT", "(", "harboring", "SS18–SSX", ")", "cells", "(", "Fig.", "3D", ")", "." ] } ]
PMC11277157	Among the genes with the strongest induction are the interferon (INF) genes and their modulators.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "the", "genes", "with", "the", "strongest", "induction", "are", "the", "interferon", "(", "INF", ")", "genes", "and", "their", "modulators", "." ] } ]
PMC11087766	is essential for replication, mutants that exclude these proteins or all proteins would be nonviable and therefore impossible to isolate.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "is", "essential", "for", "replication", ",", "mutants", "that", "exclude", "these", "proteins", "or", "all", "proteins", "would", "be", "nonviable", "and", "therefore", "impossible", "to", "isolate", "." ] } ]
PMC11764090	NAC transcription factors participate in plant growth, development, and cold stress response through hormone signal cross-pathways.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NAC", "transcription", "factors", "participate", "in", "plant", "growth", ",", "development", ",", "and", "cold", "stress", "response", "through", "hormone", "signal", "cross-pathways", "." ] } ]
PMC6133382	To investigate this possibility, the MGAT1 CHO cell line was tested for infectivity resistance to 2 strains of MVM using a quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assay and compared to wild-type CHO-S MVM sensitivity.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "investigate", "this", "possibility", ",", "the", "MGAT1", "CHO", "cell", "line", "was", "tested", "for", "infectivity", "resistance", "to", "2", "strains", "of", "MVM", "using", "a", "quantitative", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "qPCR", ")", "assay", "and", "compared", "to", "wild-type", "CHO-S", "MVM", "sensitivity", "." ] } ]
PMC9000591	The decrease in chloroform was in line with the increase in methanol.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "decrease", "in", "chloroform", "was", "in", "line", "with", "the", "increase", "in", "methanol", "." ] } ]
PMC9454852	When the TLC was maintained in a closed conformation by using anisomycin, despite the presence of BOLD-100, the increase in cytosolic [Ca] was not observed, whereas a cytosolic Ca increase of similar intensity as that achieved with BOLD-100 treatment was obtained with puromycin (an activator of TLC).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "When", "the", "TLC", "was", "maintained", "in", "a", "closed", "conformation", "by", "using", "anisomycin", ",", "despite", "the", "presence", "of", "BOLD-100", ",", "the", "increase", "in", "cytosolic", "[", "Ca", "]", "was", "not", "observed", ",", "whereas", "a", "cytosolic", "Ca", "increase", "of", "similar", "intensity", "as", "that", "achieved", "with", "BOLD-100", "treatment", "was", "obtained", "with", "puromycin", "(", "an", "activator", "of", "TLC", ")", "." ] } ]
PMC11621565	The 10 µg/ml concentration did not induce any modification in the Cell Index, having an identical curve with the control.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "10", "µg/ml", "concentration", "did", "not", "induce", "any", "modification", "in", "the", "Cell", "Index", ",", "having", "an", "identical", "curve", "with", "the", "control", "." ] } ]
PMC9429973	The intention to treat analysis revealed a non-significant shorter time to IMPROVEMENT for patients in PLASMA (median 12.5 days, 95%-CI [10; 16]) compared to patients in CONTROL (median 18 days, 95%-CI [11; 28]), hazard ratio 1.24, 95% confidence interval [0.83; 1.85], p=0.29).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "intention", "to", "treat", "analysis", "revealed", "a", "non-significant", "shorter", "time", "to", "IMPROVEMENT", "for", "patients", "in", "PLASMA", "(", "median", "12.5", "days", ",", "95%-CI", "[", "10", ";", "16", "]", ")", "compared", "to", "patients", "in", "CONTROL", "(", "median", "18", "days", ",", "95%-CI", "[", "11", ";", "28", "]", ")", ",", "hazard", "ratio", "1.24", ",", "95", "%", "confidence", "interval", "[", "0.83", ";", "1.85", "]", ",", "p=0.29", ")", "." ] } ]
PMC10454535	MM remains without a cure, and 34,470 people in the US were predicted to be diagnosed with this cancer in 2022 .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "MM", "remains", "without", "a", "cure", ",", "and", "34,470", "people", "in", "the", "US", "were", "predicted", "to", "be", "diagnosed", "with", "this", "cancer", "in", "2022", "." ] } ]
PMC3931643	The same gene array study (Basso Lymphoma) showed that a majority of primary DLBCL specimens express higher levels of eIF4E mRNA compared to normal B cells or centroblasts (Fig. S8).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "same", "gene", "array", "study", "(", "Basso", "Lymphoma", ")", "showed", "that", "a", "majority", "of", "primary", "DLBCL", "specimens", "express", "higher", "levels", "of", "eIF4E", "mRNA", "compared", "to", "normal", "B", "cells", "or", "centroblasts", "(", "Fig.", "S8", ")", "." ] } ]
PMC9509578	Delivery of photosensitizers and drugs simultaneously is difficult.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Delivery", "of", "photosensitizers", "and", "drugs", "simultaneously", "is", "difficult", "." ] } ]
PMC10788478	LGR6 is a member of the leucine‐rich repeat‐containing subgroup of the G protein‐coupled seven‐transmembrane protein superfamily, which also includes LGR5, and is a receptor for R‐spondin proteins that function as adult stem cell growth factors by potentiating Wnt signaling.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "LGR6", "is", "a", "member", "of", "the", "leucine‐rich", "repeat‐containing", "subgroup", "of", "the", "G", "protein‐coupled", "seven‐transmembrane", "protein", "superfamily", ",", "which", "also", "includes", "LGR5", ",", "and", "is", "a", "receptor", "for", "R‐spondin", "proteins", "that", "function", "as", "adult", "stem", "cell", "growth", "factors", "by", "potentiating", "Wnt", "signaling", "." ] } ]
PMC11519567	Since the SS18-SSX protein retains the epitope of SS18 antibody, to examine the distribution of SS18 protein in HS-SY-II cells, we knock out the SS18-SSX1 protein (Fig. S1C).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Since", "the", "SS18-SSX", "protein", "retains", "the", "epitope", "of", "SS18", "antibody", ",", "to", "examine", "the", "distribution", "of", "SS18", "protein", "in", "HS-SY-II", "cells", ",", "we", "knock", "out", "the", "SS18-SSX1", "protein", "(", "Fig.", "S1C", ")", "." ] } ]
PMC9479186	The expression and functional roles of NDUFC1 in hepatocellular carcinoma (HCC) remain unknown.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "and", "functional", "roles", "of", "NDUFC1", "in", "hepatocellular", "carcinoma", "(", "HCC", ")", "remain", "unknown", "." ] } ]
PMC10125312	The temperature of the well plate was controlled with an autoregulated thermal bed (Homeothermic monitoring system, Harvard Apparatus) to maintain constant starting temperatures.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "temperature", "of", "the", "well", "plate", "was", "controlled", "with", "an", "autoregulated", "thermal", "bed", "(", "Homeothermic", "monitoring", "system", ",", "Harvard", "Apparatus", ")", "to", "maintain", "constant", "starting", "temperatures", "." ] } ]
PMC8839885	α-Tubulin was used as a loading control. *	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "α-Tubulin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "*" ] } ]
PMC9611901	Their results suggest the usefulness of glutaraldehyde, especially in terms of minimising chromium pollution and reducing the generation of toxic waste and its impact on the environment.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Their", "results", "suggest", "the", "usefulness", "of", "glutaraldehyde", ",", "especially", "in", "terms", "of", "minimising", "chromium", "pollution", "and", "reducing", "the", "generation", "of", "toxic", "waste", "and", "its", "impact", "on", "the", "environment", "." ] } ]
PMC11787651	Stage tips were rinsed twice with 80 μl of 0.1% TFA with centrifugation at 2000g for 1 min.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Stage", "tips", "were", "rinsed", "twice", "with", "80", "μl", "of", "0.1", "%", "TFA", "with", "centrifugation", "at", "2000", "g", "for", "1", "min", "." ] } ]
PMC11222184	Therefore, the fact that XL-888 affects metabolism and telomerase in two different directions in their expression may be the result of a series of interactions occurring in complex regulatory networks.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "the", "fact", "that", "XL-888", "affects", "metabolism", "and", "telomerase", "in", "two", "different", "directions", "in", "their", "expression", "may", "be", "the", "result", "of", "a", "series", "of", "interactions", "occurring", "in", "complex", "regulatory", "networks", "." ] } ]
PMC11763126	Through the synthesis and application of exogenous CBDP1 on ccRCC cells, it was observed that this peptide could effectively inhibit the progression of ccRCC.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Through", "the", "synthesis", "and", "application", "of", "exogenous", "CBDP1", "on", "ccRCC", "cells", ",", "it", "was", "observed", "that", "this", "peptide", "could", "effectively", "inhibit", "the", "progression", "of", "ccRCC", "." ] } ]
PMC11216402	Mes-like GC is most similar in expression profile to the single-cell fibroblast population of both tumor and normal stomach tissue. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mes-like", "GC", "is", "most", "similar", "in", "expression", "profile", "to", "the", "single-cell", "fibroblast", "population", "of", "both", "tumor", "and", "normal", "stomach", "tissue", ".", "(" ] } ]
PMC11001582	n = 3 independent biological replicates, two-way ANOVA, Bonferroni’s multiple comparison.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "n", "=", "3", "independent", "biological", "replicates", ",", "two-way", "ANOVA", ",", "Bonferroni", "’s", "multiple", "comparison", "." ] } ]
PMC10729469	AAF-1003X, Lonza, Basel, Switzerland) according to the manufacturer’s mouse T cell protocol.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AAF-1003X", ",", "Lonza", ",", "Basel", ",", "Switzerland", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "’s", "mouse", "T", "cell", "protocol", "." ] } ]
PMC9874064	Scale bar = 200 μm.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bar", "=", "200", "μm", "." ] } ]
PMC11519077	As a result, the AD-MSC group was found to have a higher level of expression of the NOD1 gene than the control group (1.38 ± 0.376; p < 0.05).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "a", "result", ",", "the", "AD-MSC", "group", "was", "found", "to", "have", "a", "higher", "level", "of", "expression", "of", "the", "NOD1", "gene", "than", "the", "control", "group", "(", "1.38", "±", "0.376", ";", "p", "<", "0.05", ")", "." ] } ]
PMC11033180	Thus, we investigated the impact of Sema5A on synaptic vesicle exocytosis by imaging the presynaptic release of the dye FM1-43 as previously described in central and enteric neurons.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "we", "investigated", "the", "impact", "of", "Sema5A", "on", "synaptic", "vesicle", "exocytosis", "by", "imaging", "the", "presynaptic", "release", "of", "the", "dye", "FM1", "-", "43", "as", "previously", "described", "in", "central", "and", "enteric", "neurons", "." ] } ]
PMC11682525	Based on the results discussed earlier, hHFSCs underwent 72 hours of hypoxic preconditioning, while SH-SY5Y cells were subjected to 24 hours of hypoxic culture.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Based", "on", "the", "results", "discussed", "earlier", ",", "hHFSCs", "underwent", "72", "hours", "of", "hypoxic", "preconditioning", ",", "while", "SH-SY5Y", "cells", "were", "subjected", "to", "24", "hours", "of", "hypoxic", "culture", "." ] } ]
PMC9429973	On the other hand, most patients (~90%) are not eligible for ASCT, where VCD triple combination or combinations of proteasome inhibitors are reported Standard of Care (SoC) for frontline treatment.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "the", "other", "hand", ",", "most", "patients", "(", "~90", "%", ")", "are", "not", "eligible", "for", "ASCT", ",", "where", "VCD", "triple", "combination", "or", "combinations", "of", "proteasome", "inhibitors", "are", "reported", "Standard", "of", "Care", "(", "SoC", ")", "for", "frontline", "treatment", "." ] } ]
PMC9429973	Since miR-181a/b was up-regulated after Ibrutinib treatment in vitro and in vivo in CLL cells, and considering that a possible involvement of c-Fos in miR-181b expression was already suggested, we sought to identify if c-Fos was a direct regulator of miR-181a/b expression.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Since", "miR-181a/b", "was", "up-regulated", "after", "Ibrutinib", "treatment", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "in", "CLL", "cells", ",", "and", "considering", "that", "a", "possible", "involvement", "of", "c-Fos", "in", "miR-181b", "expression", "was", "already", "suggested", ",", "we", "sought", "to", "identify", "if", "c-Fos", "was", "a", "direct", "regulator", "of", "miR-181a/b", "expression", "." ] } ]
PMC9429973	Aims: NA Methods: NA Results: Patient 1: 45 years female, diagnosed in January/20 with ALK-negative ALCL stage IV-A, IPI 3, involving multiple supra- and infradiaphragmatic lymphadenopathies, spleen, skin, bone and bone marrow.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "NA", "Methods", ":", "NA", "Results", ":", "Patient", "1", ":", "45", "years", "female", ",", "diagnosed", "in", "January/20", "with", "ALK-negative", "ALCL", "stage", "IV-A", ",", "IPI", "3", ",", "involving", "multiple", "supra-", "and", "infradiaphragmatic", "lymphadenopathies", ",", "spleen", ",", "skin", ",", "bone", "and", "bone", "marrow", "." ] } ]
PMC11730311	Results are presented as mean ± range of n = 3.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", "are", "presented", "as", "mean", "±", "range", "of", "n", "=", "3", "." ] } ]
PMC11707577	Immediately after the treatment, PBS was removed, and cells were recovered 24 h in RPMI complete.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Immediately", "after", "the", "treatment", ",", "PBS", "was", "removed", ",", "and", "cells", "were", "recovered", "24", "h", "in", "RPMI", "complete", "." ] } ]
PMC8041314	ENAMINE ID: Z1815536867; H NMR (500 MHz, DMSO-d6) δ: 7.69 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 7.53 (dd, J = 8.4, 7.1 Hz, 1H), 7.30 (s, 2H), 7.26 (dt, J = 7.0, 1.2 Hz, 1H), 7.07 (s, 1H), 5.79 (s, 2H), 3.86 (s, 6H), 3.74 (s, 3H), 2,86 (s, 3H), 2.58 (s, 3H); LC-MS (m/z) calculated for C23H23N3O5: 421.16; found: 422.2 [M + 1]; purity: 96%.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ENAMINE", "ID", ":", "Z1815536867", ";", "H", "NMR", "(", "500", "MHz", ",", "DMSO-d6", ")", "δ", ":", "7.69", "(", "d", ",", "J", "=", "8.4", "Hz", ",", "1H", ")", ",", "7.53", "(", "dd", ",", "J", "=", "8.4", ",", "7.1", "Hz", ",", "1H", ")", ",", "7.30", "(", "s", ",", "2H", ")", ",", "7.26", "(", "dt", ",", "J", "=", "7.0", ",", "1.2", "Hz", ",", "1H", ")", ",", "7.07", "(", "s", ",", "1H", ")", ",", "5.79", "(", "s", ",", "2H", ")", ",", "3.86", "(", "s", ",", "6H", ")", ",", "3.74", "(", "s", ",", "3H", ")", ",", "2,86", "(", "s", ",", "3H", ")", ",", "2.58", "(", "s", ",", "3H", ")", ";", "LC-MS", "(", "m/z", ")", "calculated", "for", "C23H23N3O5", ":", "421.16", ";", "found", ":", "422.2", "[", "M", "+", "1", "]", ";", "purity", ":", "96", "%", "." ] } ]
PMC11055510	Notes.	[ { "tags": [ "O", "O" ], "tokens": [ "Notes", "." ] } ]
PMC11680049	During this process, the time and intensity of callus formation, as well as its consistency and color, were monitored.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "During", "this", "process", ",", "the", "time", "and", "intensity", "of", "callus", "formation", ",", "as", "well", "as", "its", "consistency", "and", "color", ",", "were", "monitored", "." ] } ]
PMC11783017	Additionally, cell viability was assessed using Calcein-AM/PI staining under inverted fluorescence microscopy (Carl Zeiss, Germany).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "cell", "viability", "was", "assessed", "using", "Calcein-AM/PI", "staining", "under", "inverted", "fluorescence", "microscopy", "(", "Carl", "Zeiss", ",", "Germany", ")", "." ] } ]
PMC9429973	There were no differences in pts characteristics with regards of age or sex.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "were", "no", "differences", "in", "pts", "characteristics", "with", "regards", "of", "age", "or", "sex", "." ] } ]
PMC11742231	By effectively capturing the complex relationships between nodes within a graph, GNNs can leverage this information to make predictions or provide recommendations.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "effectively", "capturing", "the", "complex", "relationships", "between", "nodes", "within", "a", "graph", ",", "GNNs", "can", "leverage", "this", "information", "to", "make", "predictions", "or", "provide", "recommendations", "." ] } ]
PMC11785489	We next assigned a transcriptional state to each TCR twin member.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "next", "assigned", "a", "transcriptional", "state", "to", "each", "TCR", "twin", "member", "." ] } ]
PMC10114490	The measured fluorescence intensity was associated with the predefined nuclear and cytoplasmic compartments.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "measured", "fluorescence", "intensity", "was", "associated", "with", "the", "predefined", "nuclear", "and", "cytoplasmic", "compartments", "." ] } ]
PMC9917080	Whereas, after 48 h, induction of early stages of apoptosis in 10–20% of cells and late stages of apoptosis in 10–30% of cells was observed after pre-incubation with high doses of sorafenib.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Whereas", ",", "after", "48", "h", ",", "induction", "of", "early", "stages", "of", "apoptosis", "in", "10–20", "%", "of", "cells", "and", "late", "stages", "of", "apoptosis", "in", "10–30", "%", "of", "cells", "was", "observed", "after", "pre-incubation", "with", "high", "doses", "of", "sorafenib", "." ] } ]
PMC11655498	Furthermore, mass spectrometry combined with protein-protein docking screen enables the identification of co-regulators and the discovery of molecular mechanisms.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "mass", "spectrometry", "combined", "with", "protein-protein", "docking", "screen", "enables", "the", "identification", "of", "co-regulators", "and", "the", "discovery", "of", "molecular", "mechanisms", "." ] } ]
PMC5600151	In a later study, this research group combined PTX and siRNA against TR3/Nur77, an orphan nuclear receptor and new therapeutic target for pancreatic cancer therapy .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "a", "later", "study", ",", "this", "research", "group", "combined", "PTX", "and", "siRNA", "against", "TR3/Nur77", ",", "an", "orphan", "nuclear", "receptor", "and", "new", "therapeutic", "target", "for", "pancreatic", "cancer", "therapy", "." ] } ]
PMC6312945	The BEL-740 cells were prepared into singlearranged cell suspensions.	[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "BEL-740", "cells", "were", "prepared", "into", "singlearranged", "cell", "suspensions", "." ] } ]
PMC11365427	Data are shown as mean ± SEM; n ≥ 3.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "≥", "3", "." ] } ]

PMC11185260

Moreover, our nanocomplex can actively enter and deliver payloads to intracranial tumors by traversing the blood-brain barrier (BBB) via TfR-mediated transcytosis.26–28 Here, we performed translational studies using patient-derived ATRT cells and xenograft tumors to demonstrate the potential of scL-SMARCB1 as a novel therapy for this rare and fatal childhood cancer.

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PMC11599565

At least 20 “twin” cells and a proportional amount of surrounding normal cells were collected for single-cell RNA isolation.

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PMC10914904

vtRNA 2-1 downregulation (green arrow) allows the activation of PKR through dimerization and phosphorylation and promotes the activation of NF-κB increasing proliferation and inflammatory response Interactions of innate immune proteins with vtRNA 2-1.

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PMC10812665

We tested a range of concentrations to characterize the transcriptome changes at 24 h (the exposure time used in the NeuriTox assay) (Figure 3A).

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PMC10654497

The analysis of the receiver operating characteristic (ROC) curve verified that our prediction model was effective (Fig. 9C,D).

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PMC11740573

Asterisks indicate the statistical differences: *P < 0.05 Average MIC value of Amoxicillin/Clavulanic acid alone and in association with calcitriol against strains of (EC) E. coli, (EF) E. faecalis and (GBS) S. agalactiae.

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PMC9429973

Methods: We performed a comprehensive literature search in PubMed and Embase among 1631 papers published between 2000 and January 2022.

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PMC10213179

After surgery, the formation of lung metastases was monitored by weekly in vivo IVIS readings.

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PMC11224020

Right, box plot showing the minimum to maximum range of cPLA2 intensity (N = 3; n = 141 cells (LmnA/C), n = 144 cells (LmnA/C)).

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PMC11782780

Cells were plated in a 24-well plate and co-transfected with pmirGLO-EBF3-3'-UTR-WT and pmirGLO-EBF3-3'-UTR-MUT luciferase reporter vectors constructed with Lipofectamine 2000 (Invitrogen), as well as mimic-miR-301b-3p/mimic-NC.

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PMC11806106

MOR-nLuc was constructed by fusion of rat MOR-wt with a C-terminal nLuc from nLuc-Gγ2 (kind gift of N. Lambert, Augusta University, Georgia, USA) using the NEBuilder Hifi DNA assembly kit (New England Biolabs, Ipswich, Massachusetts, USA).

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PMC11531744

The risk score was calculated as follows: risk score = 0.0361 × TNFAIP8L3 + 0.0062 × PI3 + 0.0053 × TMEM181 + (− 0.1056 × GBP1P1) + (− 0.0018 × STX18) + 0.0093 × KIF26B + (− 0.0066 × MRPS11) + 0.0135 × CACNA1C + (− 0.0124 × PACSIN3) + (− 0.0027 × GMPR) + (− 0.0040 × MANF) + 0.0003 × PYGB + (− 0.0008 × SNRPA1) + (− 0.0103 × ST7L) + (− 0.0004 × ZBP1) + (− 0.0114 × BMPR1B-DT) + 0.0030 × STAC2 + (− 0.0247 × LINC02585) + (− 0.0252 × LYPD6) + (− 0.0064 × NSG1) + (− 0.0059 × ACOT13) + 0.0037 × FAM120B + (− 0.0061 × LEFTY1) + (− 0.0513 × SULT1A2) + (− 0.0145 × FZD3).

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PMC11359735

The ions monitored were at m/z 305 and 318, both prominent electron impact fragment ions of unlabeled myo-inositol-TMS6, and m/z 307 and 321 which are the corresponding ions from the D6-myo-inositol-TMS6 internal standard (Fig. 3C).

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PMC9429973

A change of 7 points for the EQ VAS or FACT-Lym total is considered a minimally important difference.

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PMC6803987

The cytotoxicity of esculetin for HepG2.2.15 cells was assessed using the trypan blue assay .

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PMC11334037

The imatinib concentration was increased from 1 nM to 100 nM over 10 mon and repeated to obtain imatinib-resistant GIST882 (GIST882-R) and GISTT1 (GISTT1R) cells.

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PMC10125312

Viability was calculated as percent of the alive control group (without AuNR-PEG and not irradiated) for the MTT analysis.

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PMC11680982

Fig. 3Role of HER2 in the poor efficacy of CDK4/6 inhibitor combined with endocrine therapy in HR/HER2-low breast cancer. (

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PMC10728535

As can be seen in Figure 2, in most cases, chips are mainly distributed around zero.

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PMC7452526

Some flavonoids can chelate silver ions at positions involving the carbonyl and hydroxyl (–OH) groups.

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PMC11551844

The samples were filtered (0.45 μm) before ICP-MS analysis.

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PMC9429973

The majority of genes differentially expressed between Cdk6-WT and Cdk6-K43M were associated with transcriptional complexes harboring Cdk6.

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PMC11699042

All samples were referenced against a standardized normal control genome derived from a pool of DNA samples from healthy individuals and serve as a reference to distinguish between somatic alterations and inherited variants.

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PMC10577955

Adenocarcinoma is a type of lung cancer, accounting for 30% of all cases and responsible for 40% of all NSCLC prevalence .

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PMC9509578

Passive uptake is mainly achieved by the enhanced permeability and retention (EPR) effect in cancer cells .

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PMC11267036

Besides, DHM exerted similar effects on elevating E-cadherin level and reducing N-cadherin level in RPMI-8226 cells (p < 0.05, Suppl.

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PMC10421378

The dried preparations were stored for 12 months in different atmospheres and at different temperatures.

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PMC11731614

GO Terms Bonferroni adjusted p-value ≤ 0.01.

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Marine natural products (bioactive compounds derived from marine organisms) are crucial in the field of pharmaceutical industry.

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PMC11525293

In ΔNp63α proficient cells, ΔNp63α protein was degraded by both treatments with a concomitant decrease of ACE2 mRNA levels, whereas we did not observe ACE2 mRNA decrease in the p63-null cells (Fig. 1C).Fig.

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PMC11075223

The main chemical constituents of Cimicifugae Rhizoma are triterpenoid saponins (mostly 9,19-cycloartane type), phenylpropanoids, chromones, alkaloids and terpenoids .

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Finally the discontinuous endothelial cells are characterized by the presence of large 100–200 nm fenestrations without diaphragm and have discontinuous basal lamina which is found in liver, bone marrow, and spleen.

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PMC9429973

Multivariable analysis confirmed the negative survival impact of not achieving CR/CRi, ASXL1 mutation and adverse karyotype.

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PMC10656496

The data generated from the assay were normalized, copy number status calculated, and the data reviewed for quality using the Chromosome Analysis Suite (ChAS) v3.0 (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA).

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PGA in turn provides a large library of polymers for possible use in the high throughput screening developed in this paper to select the most appropriate polymer for further studies in a range of different applications.

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PMC11792888

Non-small cell lung cancers (NSCLC) represent the primary cause of cancer-related deaths worldwide.

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PMC10878518

OBP-401 is a GFP-expressing variant of telomerase-specific replication-competent oncolytic adenovirus OBP-301, in which the hTERT promoter activates the expressions of E1A and E1B genes associated with an internal ribosome entry site for tumor-specific viral replication.

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PMC8140214

GR functions by reducing oxidized GS-SG into its active form GSH which is necessary for the action of GPx (Nimse and Pal, 2015 ▶).

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PMC9429973

Depending on the achieved results of treatment, all patients were divided into two groups: patients with complete/partial remission and patients with progressive/refractory or relapsed lymphoma.

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PMC11634027

Our results identify motifs that are essential for Dachsous function and are consistent with the hypothesis that the key function of Dachsous is regulation of Fat.

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PMC10547921

Duocarmycin A (73) is a strong DNA alkylation agent isolated from Streptomyces, consisting of a DNA alkylation portion and a binding portion (Fig. 12A).

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Notably, the addition of Y-27632 further enhanced the epithelial barrier function when Y-27632 was combined with BA.

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PMC9688728

Next, the supernatant was evaporated to dryness in a SpeedVac evaporator (Concentrator plus, Eppendorf, Germany), then oxidized with 10 µL of freshly prepared methoxyamine hydrochloride (20 mg/mL in pyridine) at 30 °C for 90 min on a thermoshaker (ThermoMixer C, Eppendorf, Germany) at 1300 rpm.

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PMC11265931

After incubation, the solution was discarded and washed four times with 1x wash solution.

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Previous studies have demonstrated that c-MYC is capable of initiating cell cycle advancement, promoting cell proliferation (Cao et al. 2017; Ifandi and Al‐Rubeai 2005), and overseeing various stages of ribosome biogenesis, including the stimulation of ribosomal protein synthesis (Donati et al. 2012; Ifandi and Al‐Rubeai 2005; Mori et al. 2021).

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PMC7685376

First, the proteomics data showed that a total of 160 proteins were identified as differentially expressed proteins, among which six minichromosome maintenance (MCM) family members were enriched in the tumor-associated pathways after Huaier treatment.

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PMC11779605

Luciferase expression was validated using Promega Luciferase Assay System (Promega, E1500).

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PMC11711063

Sample processing, microscopy and data collection were performed as reported.

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Whether this effect has a causative link to the disturbed function of MDS-MSCs remains to be clarified.

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PMC11323699

d Assessment of TAX2-Cy5 biodistribution (administered IV at a 10 mg/kg BW dose) in mice bearing ID8 Trp53 Brca2.

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PMC9429973

Methods: We applied a gene depletion approach using shRNAs and CRISPR/Cas9 on AML cell lines, primary AML samples and cord blood derived CD34+ hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) to monitor the effects of LPIN1 depletion on proliferation, differentiation, colony forming capacity and bone marrow engraftment in mice.

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PMC11730320

We have performed extensive evaluation of the immune system, expanding existing knowledge.

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Based on the scored ratios of M1 to M4 cells, the Cytokinesis-Block Proliferation Index (CBPI) was calculated, using the formula: CBPI = [(No. of mononucleated cells) + (2 × No. of binucleated cells) + (3 × No. of multinucleated cells)]/(Total number of cells).

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PMC11679892

As the dose increases, cell proliferation decreases (p < 0.05).

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PMC11701801

In addition, localization of RNAPII near the TSS locus at the KREMEN2 locus in Aska-SS shSSX (harboring SS18-WT) cells was lower than that in Aska-SS shNT (harboring SS18–SSX) cells (Fig. 3D).

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PMC11277157

Among the genes with the strongest induction are the interferon (INF) genes and their modulators.

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PMC11087766

is essential for replication, mutants that exclude these proteins or all proteins would be nonviable and therefore impossible to isolate.

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PMC11764090

NAC transcription factors participate in plant growth, development, and cold stress response through hormone signal cross-pathways.

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PMC6133382

To investigate this possibility, the MGAT1 CHO cell line was tested for infectivity resistance to 2 strains of MVM using a quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assay and compared to wild-type CHO-S MVM sensitivity.

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PMC9000591

The decrease in chloroform was in line with the increase in methanol.

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PMC9454852

When the TLC was maintained in a closed conformation by using anisomycin, despite the presence of BOLD-100, the increase in cytosolic [Ca] was not observed, whereas a cytosolic Ca increase of similar intensity as that achieved with BOLD-100 treatment was obtained with puromycin (an activator of TLC).

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PMC11621565

The 10 µg/ml concentration did not induce any modification in the Cell Index, having an identical curve with the control.

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PMC9429973

The intention to treat analysis revealed a non-significant shorter time to IMPROVEMENT for patients in PLASMA (median 12.5 days, 95%-CI [10; 16]) compared to patients in CONTROL (median 18 days, 95%-CI [11; 28]), hazard ratio 1.24, 95% confidence interval [0.83; 1.85], p=0.29).

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PMC10454535

MM remains without a cure, and 34,470 people in the US were predicted to be diagnosed with this cancer in 2022 .

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PMC3931643

The same gene array study (Basso Lymphoma) showed that a majority of primary DLBCL specimens express higher levels of eIF4E mRNA compared to normal B cells or centroblasts (Fig. S8).

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PMC9509578

Delivery of photosensitizers and drugs simultaneously is difficult.

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PMC10788478

LGR6 is a member of the leucine‐rich repeat‐containing subgroup of the G protein‐coupled seven‐transmembrane protein superfamily, which also includes LGR5, and is a receptor for R‐spondin proteins that function as adult stem cell growth factors by potentiating Wnt signaling.

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PMC11519567

Since the SS18-SSX protein retains the epitope of SS18 antibody, to examine the distribution of SS18 protein in HS-SY-II cells, we knock out the SS18-SSX1 protein (Fig. S1C).

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PMC9479186

The expression and functional roles of NDUFC1 in hepatocellular carcinoma (HCC) remain unknown.

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PMC10125312

The temperature of the well plate was controlled with an autoregulated thermal bed (Homeothermic monitoring system, Harvard Apparatus) to maintain constant starting temperatures.

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α-Tubulin was used as a loading control. *

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PMC9611901

Their results suggest the usefulness of glutaraldehyde, especially in terms of minimising chromium pollution and reducing the generation of toxic waste and its impact on the environment.

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Stage tips were rinsed twice with 80 μl of 0.1% TFA with centrifugation at 2000g for 1 min.

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PMC11222184

Therefore, the fact that XL-888 affects metabolism and telomerase in two different directions in their expression may be the result of a series of interactions occurring in complex regulatory networks.

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PMC11763126

Through the synthesis and application of exogenous CBDP1 on ccRCC cells, it was observed that this peptide could effectively inhibit the progression of ccRCC.

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PMC11216402

Mes-like GC is most similar in expression profile to the single-cell fibroblast population of both tumor and normal stomach tissue. (

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PMC11001582

n = 3 independent biological replicates, two-way ANOVA, Bonferroni’s multiple comparison.

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PMC10729469

AAF-1003X, Lonza, Basel, Switzerland) according to the manufacturer’s mouse T cell protocol.

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PMC9874064

Scale bar = 200 μm.

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PMC11519077

As a result, the AD-MSC group was found to have a higher level of expression of the NOD1 gene than the control group (1.38 ± 0.376; p < 0.05).

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PMC11033180

Thus, we investigated the impact of Sema5A on synaptic vesicle exocytosis by imaging the presynaptic release of the dye FM1-43 as previously described in central and enteric neurons.

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PMC11682525

Based on the results discussed earlier, hHFSCs underwent 72 hours of hypoxic preconditioning, while SH-SY5Y cells were subjected to 24 hours of hypoxic culture.

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PMC9429973

On the other hand, most patients (~90%) are not eligible for ASCT, where VCD triple combination or combinations of proteasome inhibitors are reported Standard of Care (SoC) for frontline treatment.

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PMC9429973

Since miR-181a/b was up-regulated after Ibrutinib treatment in vitro and in vivo in CLL cells, and considering that a possible involvement of c-Fos in miR-181b expression was already suggested, we sought to identify if c-Fos was a direct regulator of miR-181a/b expression.

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Aims: NA Methods: NA Results: Patient 1: 45 years female, diagnosed in January/20 with ALK-negative ALCL stage IV-A, IPI 3, involving multiple supra- and infradiaphragmatic lymphadenopathies, spleen, skin, bone and bone marrow.

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PMC11730311

Results are presented as mean ± range of n = 3.

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PMC11707577

Immediately after the treatment, PBS was removed, and cells were recovered 24 h in RPMI complete.

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PMC8041314

ENAMINE ID: Z1815536867; H NMR (500 MHz, DMSO-d6) δ: 7.69 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 7.53 (dd, J = 8.4, 7.1 Hz, 1H), 7.30 (s, 2H), 7.26 (dt, J = 7.0, 1.2 Hz, 1H), 7.07 (s, 1H), 5.79 (s, 2H), 3.86 (s, 6H), 3.74 (s, 3H), 2,86 (s, 3H), 2.58 (s, 3H); LC-MS (m/z) calculated for C23H23N3O5: 421.16; found: 422.2 [M + 1]; purity: 96%.

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PMC11055510

Notes.

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PMC11680049

During this process, the time and intensity of callus formation, as well as its consistency and color, were monitored.

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PMC11783017

Additionally, cell viability was assessed using Calcein-AM/PI staining under inverted fluorescence microscopy (Carl Zeiss, Germany).

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PMC9429973

There were no differences in pts characteristics with regards of age or sex.

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PMC11742231

By effectively capturing the complex relationships between nodes within a graph, GNNs can leverage this information to make predictions or provide recommendations.

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PMC11785489

We next assigned a transcriptional state to each TCR twin member.

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PMC10114490

The measured fluorescence intensity was associated with the predefined nuclear and cytoplasmic compartments.

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PMC9917080

Whereas, after 48 h, induction of early stages of apoptosis in 10–20% of cells and late stages of apoptosis in 10–30% of cells was observed after pre-incubation with high doses of sorafenib.

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PMC11655498

Furthermore, mass spectrometry combined with protein-protein docking screen enables the identification of co-regulators and the discovery of molecular mechanisms.

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PMC5600151

In a later study, this research group combined PTX and siRNA against TR3/Nur77, an orphan nuclear receptor and new therapeutic target for pancreatic cancer therapy .

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PMC6312945

The BEL-740 cells were prepared into singlearranged cell suspensions.

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PMC11365427

Data are shown as mean ± SEM; n ≥ 3.

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