Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC9398137
Rapid decrease of MCL1 protein level was observed following exposure to S63845 in UPF4D, Ramos and UPF9T, S63845-sensitive cell lines (Supplementary Fig. S1A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Rapid", "decrease", "of", "MCL1", "protein", "level", "was", "observed", "following", "exposure", "to", "S63845", "in", "UPF4D", ",", "Ramos", "and", "UPF9", "T", ",", "S63845-sensitive", "cell", "lines", "(", "Supplementary", "Fig.", "S1A", ")", "." ] } ]
PMC11753435
Motivated by these findings, here, we develop a pipeline to design de novo target-binding peptide motifs, only requiring the amino acid sequence of the target protein.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Motivated", "by", "these", "findings", ",", "here", ",", "we", "develop", "a", "pipeline", "to", "design", "de", "novo", "target-binding", "peptide", "motifs", ",", "only", "requiring", "the", "amino", "acid", "sequence", "of", "the", "target", "protein", "." ] } ]
PMC11762280
The relative protein levels of the above proteins were compared with ACTB as quantification (n = 3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "relative", "protein", "levels", "of", "the", "above", "proteins", "were", "compared", "with", "ACTB", "as", "quantification", "(", "n", "=", "3", ")", "." ] } ]
PMC6024716
The premise of targeting exon 2 (OAZ1 has six exons) was to cause disruptions early in the sequence, which would likely result in a truncated or functionally inactive protein, because the ornithine decarboxylase (ODC) binding site is in the internal (122–144) and C-terminal (211–218) portions of the protein .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "premise", "of", "targeting", "exon", "2", "(", "OAZ1", "has", "six", "exons", ")", "was", "to", "cause", "disruptions", "early", "in", "the", "sequence", ",", "which", "would", "likely", "result", "in", "a", "truncated", "or", "functionally", "inactive", "protein", ",", "because", "the", "ornithine", "decarboxylase", "(", "ODC", ")", "binding", "site", "is", "in", "the", "internal", "(", "122–144", ")", "and", "C-terminal", "(", "211–218", ")", "portions", "of", "the", "protein", "." ] } ]
PMC10840195
A498 cells (A) and SR-A498 cells (B) proliferation under sunitinib exposure detected by CCK-8 assay, proliferation of A498 and SR-A498 cells by BrdU incorporation assay (C).
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A498", "cells", "(", "A", ")", "and", "SR-A498", "cells", "(", "B", ")", "proliferation", "under", "sunitinib", "exposure", "detected", "by", "CCK-8", "assay", ",", "proliferation", "of", "A498", "and", "SR-A498", "cells", "by", "BrdU", "incorporation", "assay", "(", "C", ")", "." ] } ]
PMC11411131
Cos-7 cells were transfected with the indicated cDNA constructs and then treated with 20 µM MeHg or 100 µM diethyl maleate (DEM) for 24 h. Both TrxR1-GFP and TrxR1-C-GFP exhibited a dose-dependent decrease in signal intensity upon MeHg exposure. (
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cos-7", "cells", "were", "transfected", "with", "the", "indicated", "cDNA", "constructs", "and", "then", "treated", "with", "20", "µM", "MeHg", "or", "100", "µM", "diethyl", "maleate", "(", "DEM", ")", "for", "24", "h.", "Both", "TrxR1-GFP", "and", "TrxR1-C-GFP", "exhibited", "a", "dose-dependent", "decrease", "in", "signal", "intensity", "upon", "MeHg", "exposure", ".", "(" ] } ]
PMC6803987
This suggests that esculentine effectively inhibits the replication of DHBV in the body.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "suggests", "that", "esculentine", "effectively", "inhibits", "the", "replication", "of", "DHBV", "in", "the", "body", "." ] } ]
PMC9878562
Mean fluorescence intensity (MFI) of the fluorophore were determined by flow cytometry (Fortessa or FACSCanto (BD) and FlowJo software.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mean", "fluorescence", "intensity", "(", "MFI", ")", "of", "the", "fluorophore", "were", "determined", "by", "flow", "cytometry", "(", "Fortessa", "or", "FACSCanto", "(", "BD", ")", "and", "FlowJo", "software", "." ] } ]
PMC3675084
BPR0L075 displays potent and broad-spectrum cytotoxicity at low nanomolar concentrations (IC50 = 2–7 nM) against both parental ovarian cancer cells (OVCAR-3, SKOV-3, and A2780-1A9) and paclitaxel-resistant sublines (OVCAR-3-TR, SKOV-3-TR, 1A9-PTX10), regardless of the expression levels of the multidrug resistance transporter P-gp and class III β-tubulin or mutation of β-tubulin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "BPR0L075", "displays", "potent", "and", "broad-spectrum", "cytotoxicity", "at", "low", "nanomolar", "concentrations", "(", "IC50", "=", "2–7", "nM", ")", "against", "both", "parental", "ovarian", "cancer", "cells", "(", "OVCAR-3", ",", "SKOV-3", ",", "and", "A2780", "-", "1A9", ")", "and", "paclitaxel-resistant", "sublines", "(", "OVCAR-3-TR", ",", "SKOV-3-TR", ",", "1A9-PTX10", ")", ",", "regardless", "of", "the", "expression", "levels", "of", "the", "multidrug", "resistance", "transporter", "P-gp", "and", "class", "III", "β-tubulin", "or", "mutation", "of", "β-tubulin", "." ] } ]
PMC9429973
After 3 months and at the last follow up, 18/27 (66.7%) and 20/34 (58.8%) of patients, respectively, showed an improvement of previous baseline response.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "3", "months", "and", "at", "the", "last", "follow", "up", ",", "18/27", "(", "66.7", "%", ")", "and", "20/34", "(", "58.8", "%", ")", "of", "patients", ",", "respectively", ",", "showed", "an", "improvement", "of", "previous", "baseline", "response", "." ] } ]
PMC9504875
The tripartite motif-containing protein 25 (TRIM25) and RIPLET are E3 ubiquitin ligases for RIG-I ubiquitination, whereas TRIM65 is for MDA5 ubiquitination .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "tripartite", "motif-containing", "protein", "25", "(", "TRIM25", ")", "and", "RIPLET", "are", "E3", "ubiquitin", "ligases", "for", "RIG-I", "ubiquitination", ",", "whereas", "TRIM65", "is", "for", "MDA5", "ubiquitination", "." ] } ]
PMC9429973
Blood (2019) 134 (Supplement_1):734.).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Blood", "(", "2019", ")", "134", "(Supplement_1):734", ".", ")", "." ] } ]
PMC11786156
Conversely, the comparisons between extra/intravascular Ki-67 indices of concordant non-double-positive cases and discordant cases did not show significant differences (Figure 3a).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Conversely", ",", "the", "comparisons", "between", "extra/intravascular", "Ki-67", "indices", "of", "concordant", "non-double-positive", "cases", "and", "discordant", "cases", "did", "not", "show", "significant", "differences", "(", "Figure", "3a", ")", "." ] } ]
PMC11544122
Bars represent the mean ± SD from four (CXCR4 and AT1AR) or three (β2AR) independent experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bars", "represent", "the", "mean", "±", "SD", "from", "four", "(", "CXCR4", "and", "AT1AR", ")", "or", "three", "(", "β2AR", ")", "independent", "experiments", "." ] } ]
PMC7215832
The pharmacological consequences of this inhibition, however, have not been identified.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "pharmacological", "consequences", "of", "this", "inhibition", ",", "however", ",", "have", "not", "been", "identified", "." ] } ]
PMC11593031
The gain of the long arm of chromosome 17 (17q) has emerged as one of the strongest genetic prognostic factors for survival in NBs and is predictive of a poor outcome .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "gain", "of", "the", "long", "arm", "of", "chromosome", "17", "(", "17q", ")", "has", "emerged", "as", "one", "of", "the", "strongest", "genetic", "prognostic", "factors", "for", "survival", "in", "NBs", "and", "is", "predictive", "of", "a", "poor", "outcome", "." ] } ]
PMC9429973
Compared with germinal center B-cell (GCB), the mutation frequency of TYK was significantly lower in non-GCB (5% vs. 36.4%, P<0.05).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Compared", "with", "germinal", "center", "B-cell", "(", "GCB", ")", ",", "the", "mutation", "frequency", "of", "TYK", "was", "significantly", "lower", "in", "non-GCB", "(", "5", "%", "vs.", "36.4", "%", ",", "P<0.05", ")", "." ] } ]
PMC11422150
Briefly, SCI tissues were extracted from the hAMSC and untreated SCI models post-SCI for 7 days and post-treatment for 3 days and soaked in RNA later stabilization solution (Thermo Fisher Scientific).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Briefly", ",", "SCI", "tissues", "were", "extracted", "from", "the", "hAMSC", "and", "untreated", "SCI", "models", "post-SCI", "for", "7", "days", "and", "post-treatment", "for", "3", "days", "and", "soaked", "in", "RNA", "later", "stabilization", "solution", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", "." ] } ]
PMC11640555
In this context, NF-κB signaling plays a crucial role in both pre-cancerous and cancer-induced inflammation .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "context", ",", "NF-κB", "signaling", "plays", "a", "crucial", "role", "in", "both", "pre-cancerous", "and", "cancer-induced", "inflammation", "." ] } ]
PMC11139449
It was observed that some of these clones were heterozygotes, indicating the presence of one knockout allele and another allele that still represented a band at the targeted gene locus (results not represented).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "was", "observed", "that", "some", "of", "these", "clones", "were", "heterozygotes", ",", "indicating", "the", "presence", "of", "one", "knockout", "allele", "and", "another", "allele", "that", "still", "represented", "a", "band", "at", "the", "targeted", "gene", "locus", "(", "results", "not", "represented", ")", "." ] } ]
PMC8913139
Briefly, upregulation of ROCK1 restrains the antitumor effect of miR-448 in GBM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Briefly", ",", "upregulation", "of", "ROCK1", "restrains", "the", "antitumor", "effect", "of", "miR-448", "in", "GBM", "." ] } ]
PMC8584666
The subcellular localization of GPI-80 was next investigated to understand the function of GPI-80.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "subcellular", "localization", "of", "GPI-80", "was", "next", "investigated", "to", "understand", "the", "function", "of", "GPI-80", "." ] } ]
PMC9429973
In patients with normal karyotype t(11;14) was found in 18/51 (35,3%) cases.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "patients", "with", "normal", "karyotype", "t(11;14", ")", "was", "found", "in", "18/51", "(", "35,3", "%", ")", "cases", "." ] } ]
PMC11024707
The procedural protocol of the kit was followed to achieve a final volume of 20 μl.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "procedural", "protocol", "of", "the", "kit", "was", "followed", "to", "achieve", "a", "final", "volume", "of", "20", "μl", "." ] } ]
PMC5839394
Two-electron oxidation of DCFH results in the formation of a fluorescent product, dichlorofluorescein (DCF).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Two-electron", "oxidation", "of", "DCFH", "results", "in", "the", "formation", "of", "a", "fluorescent", "product", ",", "dichlorofluorescein", "(", "DCF", ")", "." ] } ]
PMC11461874
Co-immunoprecipitation assay verified that TRAF7 interacts with UBE2G1 (DN) in HEK293T cells (Fig. 3d).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Co-immunoprecipitation", "assay", "verified", "that", "TRAF7", "interacts", "with", "UBE2G1", "(", "DN", ")", "in", "HEK293", "T", "cells", "(", "Fig.", "3d", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Pre-transplant diagnosis was severe aplastic anemia for 3 patients, the remaining 5 patients were diagnosed with acute lymphoblastic leukemia (ALL), acute myeloid leukemia (AML), Cooley disease, Fanconi anemia and hyper IgM X-linked immunodeficiency.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pre-transplant", "diagnosis", "was", "severe", "aplastic", "anemia", "for", "3", "patients", ",", "the", "remaining", "5", "patients", "were", "diagnosed", "with", "acute", "lymphoblastic", "leukemia", "(", "ALL", ")", ",", "acute", "myeloid", "leukemia", "(", "AML", ")", ",", "Cooley", "disease", ",", "Fanconi", "anemia", "and", "hyper", "IgM", "X-linked", "immunodeficiency", "." ] } ]
PMC11666785
It may be noted that the proposed technique has its limitation too.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "may", "be", "noted", "that", "the", "proposed", "technique", "has", "its", "limitation", "too", "." ] } ]
PMC11762280
N-GSDMD N-terminal GSDMD.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "N-GSDMD", "N-terminal", "GSDMD", "." ] } ]
PMC11063646
The stretching peaks observed for physical mixture and emulgel ANG12 at 3336, 3352 (–OH), 1635, 1634 (>C = O) and 1034, 1094 (−O-) cm- were found to be in close proximity to those of free andrographolide 3393 (OH), 1742 (>C = O), 1031 (−O-), xanthan gum 3277 (–OH), 1699 (>C = O), 1019 (−O-) and flaxseed oil 1742 (>C = O), 1159 (−O-) cm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "stretching", "peaks", "observed", "for", "physical", "mixture", "and", "emulgel", "ANG12", "at", "3336", ",", "3352", "(", "–OH", ")", ",", "1635", ",", "1634", "(", ">", "C", "=", "O", ")", "and", "1034", ",", "1094", "(", "−O-", ")", "cm-", "were", "found", "to", "be", "in", "close", "proximity", "to", "those", "of", "free", "andrographolide", "3393", "(", "OH", ")", ",", "1742", "(", ">", "C", "=", "O", ")", ",", "1031", "(", "−O-", ")", ",", "xanthan", "gum", "3277", "(", "–OH", ")", ",", "1699", "(", ">", "C", "=", "O", ")", ",", "1019", "(", "−O-", ")", "and", "flaxseed", "oil", "1742", "(", ">", "C", "=", "O", ")", ",", "1159", "(", "−O-", ")", "cm", "." ] } ]
PMC9739791
Five small-molecule flavin derivatives, including riboflavin Rf, flavin adenine dinucleotide FAD, flavin mononucleotide FMN, tetraacetyl riboflavin TARF, and lumiflavin Lf, were studied as photocatalysts, along with flavoproteins miniSOG (mini singlet oxygen generator), NOX (NADH oxidase), GOX (glucose oxidase) and GR (glutathione reductase).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Five", "small-molecule", "flavin", "derivatives", ",", "including", "riboflavin", "Rf", ",", "flavin", "adenine", "dinucleotide", "FAD", ",", "flavin", "mononucleotide", "FMN", ",", "tetraacetyl", "riboflavin", "TARF", ",", "and", "lumiflavin", "Lf", ",", "were", "studied", "as", "photocatalysts", ",", "along", "with", "flavoproteins", "miniSOG", "(", "mini", "singlet", "oxygen", "generator", ")", ",", "NOX", "(", "NADH", "oxidase", ")", ",", "GOX", "(", "glucose", "oxidase", ")", "and", "GR", "(", "glutathione", "reductase", ")", "." ] } ]
PMC10387886
The images were visualized under EVOS Imaging System (ThermoFischer, U.S.A.).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "images", "were", "visualized", "under", "EVOS", "Imaging", "System", "(", "ThermoFischer", ",", "U.S.A.", ")", "." ] } ]
PMC11301242
BFB: breakage-fusion-bridge. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "BFB", ":", "breakage-fusion-bridge", ".", "(" ] } ]
PMC7812570
PPT.hPGK.WPRE).
[ { "tags": [ "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PPT.hPGK.WPRE", ")", "." ] } ]
PMC10571053
P-gp-mediated resistance to imidazole ketone erastin and piperazine erastin was also reversed in UO-31 renal cancer cells by CRISPR-mediated knockout of ABCB1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P-gp-mediated", "resistance", "to", "imidazole", "ketone", "erastin", "and", "piperazine", "erastin", "was", "also", "reversed", "in", "UO-31", "renal", "cancer", "cells", "by", "CRISPR-mediated", "knockout", "of", "ABCB1", "." ] } ]
PMC11459296
Finally, our study is restricted to used two tumor models, sarcoma and leukemia.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "our", "study", "is", "restricted", "to", "used", "two", "tumor", "models", ",", "sarcoma", "and", "leukemia", "." ] } ]
PMC11457557
In the context of DKD, different miRNAs are engaged in pathogenesis-related pathways (apoptosis, fibrosis, and extracellular matrix accumulation).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "context", "of", "DKD", ",", "different", "miRNAs", "are", "engaged", "in", "pathogenesis-related", "pathways", "(", "apoptosis", ",", "fibrosis", ",", "and", "extracellular", "matrix", "accumulation", ")", "." ] } ]
PMC11509278
The human skin squamous cell carcinoma A431 cell line (purchased from Wuhan Purosai Life Sciences Co., Ltd., Wuhan, China) was cultured with a special complete culture or serum-free cell freezing medium (Wuhan Purosai Life Sciences Co., Ltd.) in a 5% CO2 humidified incubator at 37 °C (C150, Binder, Tuttlingen, Germany).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "human", "skin", "squamous", "cell", "carcinoma", "A431", "cell", "line", "(", "purchased", "from", "Wuhan", "Purosai", "Life", "Sciences", "Co.", ",", "Ltd.", ",", "Wuhan", ",", "China", ")", "was", "cultured", "with", "a", "special", "complete", "culture", "or", "serum-free", "cell", "freezing", "medium", "(", "Wuhan", "Purosai", "Life", "Sciences", "Co.", ",", "Ltd.", ")", "in", "a", "5", "%", "CO2", "humidified", "incubator", "at", "37", "°", "C", "(", "C150", ",", "Binder", ",", "Tuttlingen", ",", "Germany", ")", "." ] } ]
PMC11185260
MRI images were evaluated to determine tumor volume.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "MRI", "images", "were", "evaluated", "to", "determine", "tumor", "volume", "." ] } ]
PMC10419319
GO and KEGG pathway enrichment analyses were performed on the David online analysis platform (https://david.ncifcrf.gov/, accessed on 2 June 2023) to screen the GO processes and signaling pathways involved in the potential common targets of isoalantolactone and diseases.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GO", "and", "KEGG", "pathway", "enrichment", "analyses", "were", "performed", "on", "the", "David", "online", "analysis", "platform", "(", "https://david.ncifcrf.gov/", ",", "accessed", "on", "2", "June", "2023", ")", "to", "screen", "the", "GO", "processes", "and", "signaling", "pathways", "involved", "in", "the", "potential", "common", "targets", "of", "isoalantolactone", "and", "diseases", "." ] } ]
PMC11754094
After introducing CRISPR-Cas9 by electroporation into human T cells, we exposed the cells to various concentrations of M4344 (0 nM, 1 nM, 5 nM, 10 nM, 25 nM and 50 nM).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "introducing", "CRISPR-Cas9", "by", "electroporation", "into", "human", "T", "cells", ",", "we", "exposed", "the", "cells", "to", "various", "concentrations", "of", "M4344", "(", "0", "nM", ",", "1", "nM", ",", "5", "nM", ",", "10", "nM", ",", "25", "nM", "and", "50", "nM", ")", "." ] } ]
PMC11656657
In the morphological gate (FSC/SSC) we excluded debris.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "morphological", "gate", "(", "FSC/SSC", ")", "we", "excluded", "debris", "." ] } ]
PMC11297139
d Representative confocal images illustrating the colocalization pattern of recombinant ARID1A proteins (green) and SMARCD1 (red).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "d", "Representative", "confocal", "images", "illustrating", "the", "colocalization", "pattern", "of", "recombinant", "ARID1A", "proteins", "(", "green", ")", "and", "SMARCD1", "(", "red", ")", "." ] } ]
PMC11015054
When cells of the experimental and control groups reached 70%–80% confluence, they were trypsinized and collected, then stained with Annexin V‐APC/7‐AAD (Elabscience) Apoptosis Detection Kit.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "When", "cells", "of", "the", "experimental", "and", "control", "groups", "reached", "70%–80", "%", "confluence", ",", "they", "were", "trypsinized", "and", "collected", ",", "then", "stained", "with", "Annexin", "V‐APC/7‐AAD", "(", "Elabscience", ")", "Apoptosis", "Detection", "Kit", "." ] } ]
PMC9429973
A better understanding of these estimates may provide new perspectives to improve access to high-quality cost-effective health care services.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "better", "understanding", "of", "these", "estimates", "may", "provide", "new", "perspectives", "to", "improve", "access", "to", "high-quality", "cost-effective", "health", "care", "services", "." ] } ]
PMC9895440
We detected no change in Ccl5, Cxcl10, and Il-6 in the serum (Supplementary Fig. 9f).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "detected", "no", "change", "in", "Ccl5", ",", "Cxcl10", ",", "and", "Il-6", "in", "the", "serum", "(", "Supplementary", "Fig.", "9f", ")", "." ] } ]
PMC9429973
For EOT OPR, FLAG-GO (OR= 8.5, 95% CI 3.4-26) fared better over FLAG-IDA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "EOT", "OPR", ",", "FLAG-GO", "(", "OR=", "8.5", ",", "95", "%", "CI", "3.4", "-", "26", ")", "fared", "better", "over", "FLAG-IDA", "." ] } ]
PMC10158546
ReN cultures were maintained for 6-week post-inoculation with lysate collections in triplicate every 2 weeks. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ReN", "cultures", "were", "maintained", "for", "6-week", "post-inoculation", "with", "lysate", "collections", "in", "triplicate", "every", "2", "weeks", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
Baseline FLT3 mutations in the gilteritinib vs SC groups were: FLT3-ITD (91.4% vs 83.1%), FLT3-TKD (6.0% vs 11.9%), and both FLT3-ITD and FLT3-TKD (2.6% vs 5.1%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Baseline", "FLT3", "mutations", "in", "the", "gilteritinib", "vs", "SC", "groups", "were", ":", "FLT3-ITD", "(", "91.4", "%", "vs", "83.1", "%", ")", ",", "FLT3-TKD", "(", "6.0", "%", "vs", "11.9", "%", ")", ",", "and", "both", "FLT3-ITD", "and", "FLT3-TKD", "(", "2.6", "%", "vs", "5.1", "%", ")", "." ] } ]
PMC11023271
p < 0.0005; ****: p < 0.00005, Student’s t test.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "<", "0.0005", ";", "*", "*", "*", "*", ":", "p", "<", "0.00005", ",", "Student", "’s", "t", "test", "." ] } ]
PMC9844987
frQTLs associated with highly variable promoters tend to have a larger relative effect on the overall promoter activity compared to frQTLs associated with low variable promoters.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "frQTLs", "associated", "with", "highly", "variable", "promoters", "tend", "to", "have", "a", "larger", "relative", "effect", "on", "the", "overall", "promoter", "activity", "compared", "to", "frQTLs", "associated", "with", "low", "variable", "promoters", "." ] } ]
PMC11697065
Cell pellets (10 ×10 cells) were lysed and homogenised in 0.1 % RapiGest (Waters, USA) buffer as reconstituted in HEPES buffer (20 mM HEPES pH 8.0, 2 mM MgCl2) supplied with PhoSTOP™ tablets according to manufacturer’s specifications on ice for 30 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "pellets", "(", "10", "×10", "cells", ")", "were", "lysed", "and", "homogenised", "in", "0.1", "%", "RapiGest", "(", "Waters", ",", "USA", ")", "buffer", "as", "reconstituted", "in", "HEPES", "buffer", "(", "20", "mM", "HEPES", "pH", "8.0", ",", "2", "mM", "MgCl2", ")", "supplied", "with", "PhoSTOP", "™", "tablets", "according", "to", "manufacturer", "’s", "specifications", "on", "ice", "for", "30", "min", "." ] } ]
PMC9250505
Dose-response curves (DRC) for a panel of cells treated with the indicated concentration of PARP inhibitors with or without 1µM NPB in total cell number assays.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Dose-response", "curves", "(", "DRC", ")", "for", "a", "panel", "of", "cells", "treated", "with", "the", "indicated", "concentration", "of", "PARP", "inhibitors", "with", "or", "without", "1µM", "NPB", "in", "total", "cell", "number", "assays", "." ] } ]
PMC11437637
This study focused mainly on PBLs, which have not come such features.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "study", "focused", "mainly", "on", "PBLs", ",", "which", "have", "not", "come", "such", "features", "." ] } ]
PMC11802855
C The distribution of bone marrow samples from three NDMM patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "The", "distribution", "of", "bone", "marrow", "samples", "from", "three", "NDMM", "patients", "." ] } ]
PMC11367146
7Intramolecular hydrogen bond analysis (A) apo-BCL2, BCL2-daucosterol and BCL2-gigantol (B) apo-ESR1, ESR1-daucosterol and ESR1-gigantol (C) apo-MMP9, MMP9-daucosterol and MMP9-gigantol complex.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "7Intramolecular", "hydrogen", "bond", "analysis", "(", "A", ")", "apo-BCL2", ",", "BCL2-daucosterol", "and", "BCL2-gigantol", "(", "B", ")", "apo-ESR1", ",", "ESR1-daucosterol", "and", "ESR1-gigantol", "(", "C", ")", "apo-MMP9", ",", "MMP9-daucosterol", "and", "MMP9-gigantol", "complex", "." ] } ]
PMC11699465
Correspondingly, CD274 mRNA was largely decreased by omeprazole (Figures 7I and S6B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Correspondingly", ",", "CD274", "mRNA", "was", "largely", "decreased", "by", "omeprazole", "(", "Figures", "7I", "and", "S6B", ")", "." ] } ]
PMC10329074
Combined with the expression data of RNA and protein after transfections of 3 siRNA fragments, the siYBX3-3 was employed for subsequent cytology experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Combined", "with", "the", "expression", "data", "of", "RNA", "and", "protein", "after", "transfections", "of", "3", "siRNA", "fragments", ",", "the", "siYBX3", "-", "3", "was", "employed", "for", "subsequent", "cytology", "experiments", "." ] } ]
PMC10142392
When reviewing the biological and pharmaceutical literature that introduces PCL as a base material, in most cases PEG is present, which is commonly used as a crown for nanoparticles in aqueous environments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "When", "reviewing", "the", "biological", "and", "pharmaceutical", "literature", "that", "introduces", "PCL", "as", "a", "base", "material", ",", "in", "most", "cases", "PEG", "is", "present", ",", "which", "is", "commonly", "used", "as", "a", "crown", "for", "nanoparticles", "in", "aqueous", "environments", "." ] } ]
PMC11764090
For example, cold stress induces overexpression of chloroplast Mpv17_PMP22 protein (MPD1) in A. thaliana which accelerates ROS generation and cold injury .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "cold", "stress", "induces", "overexpression", "of", "chloroplast", "Mpv17_PMP22", "protein", "(", "MPD1", ")", "in", "A.", "thaliana", "which", "accelerates", "ROS", "generation", "and", "cold", "injury", "." ] } ]
PMC10237474
Although the generation of Expi293F GnTI stable pools via the PB transposon system takes a few weeks, the high expression yield and reproducibility of the stable pool greatly facilitates the production of glycosylated proteins suitable for structure determination.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "the", "generation", "of", "Expi293F", "GnTI", "stable", "pools", "via", "the", "PB", "transposon", "system", "takes", "a", "few", "weeks", ",", "the", "high", "expression", "yield", "and", "reproducibility", "of", "the", "stable", "pool", "greatly", "facilitates", "the", "production", "of", "glycosylated", "proteins", "suitable", "for", "structure", "determination", "." ] } ]
PMC10165258
Droplets are trapped in the microfluidic chamber; once the microfluidic chamber is filled, interface disruption is induced, forcing cells to fuse into the large drop.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Droplets", "are", "trapped", "in", "the", "microfluidic", "chamber", ";", "once", "the", "microfluidic", "chamber", "is", "filled", ",", "interface", "disruption", "is", "induced", ",", "forcing", "cells", "to", "fuse", "into", "the", "large", "drop", "." ] } ]
PMC7334607
Figure 3Point-Range Plots Demonstrating EC50 Changes in A673 Experimental and Control Replicates Over TimeBottom: Point-range plots representing the changes in drug response to a panel of nine drugs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Figure", "3Point-Range", "Plots", "Demonstrating", "EC50", "Changes", "in", "A673", "Experimental", "and", "Control", "Replicates", "Over", "TimeBottom", ":", "Point-range", "plots", "representing", "the", "changes", "in", "drug", "response", "to", "a", "panel", "of", "nine", "drugs", "." ] } ]
PMC9429973
Of 53 evaluable pts, 16 pts (30%) achieved CR/CRi with the first salvage therapy received after INO/Blina failure (CR=9%, CRi=21%), and 22 pts (42%) achieved CR/CRi with at least one salvage therapy (CR=17%, CRi=25%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Of", "53", "evaluable", "pts", ",", "16", "pts", "(", "30", "%", ")", "achieved", "CR/CRi", "with", "the", "first", "salvage", "therapy", "received", "after", "INO/Blina", "failure", "(", "CR=9", "%", ",", "CRi=21", "%", ")", ",", "and", "22", "pts", "(", "42", "%", ")", "achieved", "CR/CRi", "with", "at", "least", "one", "salvage", "therapy", "(", "CR=17", "%", ",", "CRi=25", "%", ")", "." ] } ]
PMC11703992
Lymphotoxin beta (LTB) is a potent chemokine that recruits myeloid cells to inflammation regions, inducing secretion of inflammation cytokines, such as CCR6 and IL7R.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lymphotoxin", "beta", "(", "LTB", ")", "is", "a", "potent", "chemokine", "that", "recruits", "myeloid", "cells", "to", "inflammation", "regions", ",", "inducing", "secretion", "of", "inflammation", "cytokines", ",", "such", "as", "CCR6", "and", "IL7R", "." ] } ]
PMC10454535
Stock solutions for all compounds were made using DMSO as the solvent.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Stock", "solutions", "for", "all", "compounds", "were", "made", "using", "DMSO", "as", "the", "solvent", "." ] } ]
PMC7823217
with the permission of Elsevier.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "with", "the", "permission", "of", "Elsevier", "." ] } ]
PMC11739484
While early-stage melanomas are often curable through surgical excision, the prognosis dramatically worsens in advanced stages when metastatic dissemination occurs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "early-stage", "melanomas", "are", "often", "curable", "through", "surgical", "excision", ",", "the", "prognosis", "dramatically", "worsens", "in", "advanced", "stages", "when", "metastatic", "dissemination", "occurs", "." ] } ]
PMC11739484
RT-qPCR and Western blot analyses were performed according to the aftermentioned protocols.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RT-qPCR", "and", "Western", "blot", "analyses", "were", "performed", "according", "to", "the", "aftermentioned", "protocols", "." ] } ]
PMC11699178
The results were visualized using the ggplot2 package .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "were", "visualized", "using", "the", "ggplot2", "package", "." ] } ]
PMC11155445
While the activity of compound (159a) was due to the presence of the dichlorophenyl group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "the", "activity", "of", "compound", "(", "159a", ")", "was", "due", "to", "the", "presence", "of", "the", "dichlorophenyl", "group", "." ] } ]
PMC11568601
ER stress activates caspase-3 indirectly or directly, which then cleaves substrate proteins (such as PARP1), subsequently leading to the execution of apoptosis .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ER", "stress", "activates", "caspase-3", "indirectly", "or", "directly", ",", "which", "then", "cleaves", "substrate", "proteins", "(", "such", "as", "PARP1", ")", ",", "subsequently", "leading", "to", "the", "execution", "of", "apoptosis", "." ] } ]
PMC11806182
These miRNAs play a pivotal role in intercellular communication, influencing gene expression and cellular functions in distant tissues.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "miRNAs", "play", "a", "pivotal", "role", "in", "intercellular", "communication", ",", "influencing", "gene", "expression", "and", "cellular", "functions", "in", "distant", "tissues", "." ] } ]
PMC11190538
This experiment was conducted in duplicate; all values are expressed as means ± standard deviation and compared to the control (ascorbic acid at the concentration of 0.1 %).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "experiment", "was", "conducted", "in", "duplicate", ";", "all", "values", "are", "expressed", "as", "means", "±", "standard", "deviation", "and", "compared", "to", "the", "control", "(", "ascorbic", "acid", "at", "the", "concentration", "of", "0.1", "%", ")", "." ] } ]
PMC10994876
Additionally, conducting further experiments using high-produced CHO suspension cell lines would help determine the practicality of implementing YAP5SA in industrial settings.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "conducting", "further", "experiments", "using", "high-produced", "CHO", "suspension", "cell", "lines", "would", "help", "determine", "the", "practicality", "of", "implementing", "YAP5SA", "in", "industrial", "settings", "." ] } ]
PMC11609529
The YM fusion contains the N-terminal domain of YAP1 and the C-terminal domain of MAML2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "YM", "fusion", "contains", "the", "N-terminal", "domain", "of", "YAP1", "and", "the", "C-terminal", "domain", "of", "MAML2", "." ] } ]
PMC11698348
While, in catagen (D18), Elf5 expressed is weak in the epidermis (basal layer, arrowhead) and restricted to the regressing HF epithelium (arrow).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", ",", "in", "catagen", "(", "D18", ")", ",", "Elf5", "expressed", "is", "weak", "in", "the", "epidermis", "(", "basal", "layer", ",", "arrowhead", ")", "and", "restricted", "to", "the", "regressing", "HF", "epithelium", "(", "arrow", ")", "." ] } ]
PMC11597167
Nevertheless, quite a limited number of natural products against BACE1 inhibition are available in the literature .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Nevertheless", ",", "quite", "a", "limited", "number", "of", "natural", "products", "against", "BACE1", "inhibition", "are", "available", "in", "the", "literature", "." ] } ]
PMC9429973
Surprisingly, both LNP-chol and LNP SM exhibited a strong impact on self-renewal with a reduction of ≥50% and ≥60% retrospectively by day 9.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Surprisingly", ",", "both", "LNP-chol", "and", "LNP", "SM", "exhibited", "a", "strong", "impact", "on", "self-renewal", "with", "a", "reduction", "of", "≥50", "%", "and", "≥60", "%", "retrospectively", "by", "day", "9", "." ] } ]
PMC9352806
The total number of worms at each developmental stage was counted (n > 100 per group).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "total", "number", "of", "worms", "at", "each", "developmental", "stage", "was", "counted", "(", "n", ">", "100", "per", "group", ")", "." ] } ]
PMC8864075
Twenty micrograms of the lysates was separated by 10% SDS-PAGE and then transferred onto a PVDF membrane in an ice bath at 300 mA for 1 h. The membrane was blotted with 5% nonfat milk in TBST at RT for 1 h and then incubated with the following antibodies at 4°C overnight: TWIST1 (1:1,000, Cell Signaling Technology, 46702S), E-cadherin (1:1,000, Cell Signaling Technology, 3,195), Vimentin (1:1,000, Cell Signaling Technology, 5,741), N-cadherin (1:1,000, Santa, Sc-59987), AKT (1:1,000, Cell Signaling Technology, 4,685), p-AKT (Ser473) (1:2,000, Cell Signaling Technology, 4,060), β-Actin (1:5,000, Proteintech, 20536-1-AP), and GAPDH (1:5,000, Proteintech, 10494-1-AP).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Twenty", "micrograms", "of", "the", "lysates", "was", "separated", "by", "10", "%", "SDS-PAGE", "and", "then", "transferred", "onto", "a", "PVDF", "membrane", "in", "an", "ice", "bath", "at", "300", "mA", "for", "1", "h.", "The", "membrane", "was", "blotted", "with", "5", "%", "nonfat", "milk", "in", "TBST", "at", "RT", "for", "1", "h", "and", "then", "incubated", "with", "the", "following", "antibodies", "at", "4", "°", "C", "overnight", ":", "TWIST1", "(", "1:1,000", ",", "Cell", "Signaling", "Technology", ",", "46702S", ")", ",", "E-cadherin", "(", "1:1,000", ",", "Cell", "Signaling", "Technology", ",", "3,195", ")", ",", "Vimentin", "(", "1:1,000", ",", "Cell", "Signaling", "Technology", ",", "5,741", ")", ",", "N-cadherin", "(", "1:1,000", ",", "Santa", ",", "Sc-59987", ")", ",", "AKT", "(", "1:1,000", ",", "Cell", "Signaling", "Technology", ",", "4,685", ")", ",", "p-AKT", "(", "Ser473", ")", "(", "1:2,000", ",", "Cell", "Signaling", "Technology", ",", "4,060", ")", ",", "β-Actin", "(", "1:5,000", ",", "Proteintech", ",", "20536", "-", "1-AP", ")", ",", "and", "GAPDH", "(", "1:5,000", ",", "Proteintech", ",", "10494", "-", "1-AP", ")", "." ] } ]
PMC9429973
The children lived at the RCA of Ukraine and were examined from 2012 to 2021.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "children", "lived", "at", "the", "RCA", "of", "Ukraine", "and", "were", "examined", "from", "2012", "to", "2021", "." ] } ]
PMC11489175
An additional USP that has revealed promising features as a therapeutic target in ovarian carcinoma is USP35.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "An", "additional", "USP", "that", "has", "revealed", "promising", "features", "as", "a", "therapeutic", "target", "in", "ovarian", "carcinoma", "is", "USP35", "." ] } ]
PMC10135767
At the same time, the immunoblotting of total lysates of RPMI 8226 cells with stable transfection of Kindlin-3 shRNA revealed a lower expression of Kindlin-3 compared with non-transfected RPMI 8226 cells (Figure 6C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "the", "same", "time", ",", "the", "immunoblotting", "of", "total", "lysates", "of", "RPMI", "8226", "cells", "with", "stable", "transfection", "of", "Kindlin-3", "shRNA", "revealed", "a", "lower", "expression", "of", "Kindlin-3", "compared", "with", "non-transfected", "RPMI", "8226", "cells", "(", "Figure", "6C", ")", "." ] } ]
PMC11344246
Heatmap of log Mahalonobis distance of organoid cultures treated with DCZ0145 (TRIP13), Apcin (CDC20) and RO-3306 (CDK1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Heatmap", "of", "log", "Mahalonobis", "distance", "of", "organoid", "cultures", "treated", "with", "DCZ0145", "(", "TRIP13", ")", ",", "Apcin", "(", "CDC20", ")", "and", "RO-3306", "(", "CDK1", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Results: A total of 138 patients were identified as having a presumptive newly diagnosed Immune Thrombocytopenia.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "A", "total", "of", "138", "patients", "were", "identified", "as", "having", "a", "presumptive", "newly", "diagnosed", "Immune", "Thrombocytopenia", "." ] } ]
PMC9581083
The second is to indirectly exert antiviral effects or inhibit virus-mediated inflammatory responses by regulating the immune function of organisms.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "second", "is", "to", "indirectly", "exert", "antiviral", "effects", "or", "inhibit", "virus-mediated", "inflammatory", "responses", "by", "regulating", "the", "immune", "function", "of", "organisms", "." ] } ]
PMC11699465
However, once cells were in the context of the immune microenvironment, tumors with TMEM199 knockdown notably diminished.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "once", "cells", "were", "in", "the", "context", "of", "the", "immune", "microenvironment", ",", "tumors", "with", "TMEM199", "knockdown", "notably", "diminished", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: In vitro, complement inactivated C3b (iC3b) and C5b-9 deposition on red blood cells (RBCs) from patients with SCD and complement iC3b and C5b-9 deposition on the endothelial cell line HMEC-1 were assessed by flow cytometry after exposure to heme +/- ALXN1820.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "In", "vitro", ",", "complement", "inactivated", "C3b", "(", "iC3b", ")", "and", "C5b-9", "deposition", "on", "red", "blood", "cells", "(", "RBCs", ")", "from", "patients", "with", "SCD", "and", "complement", "iC3b", "and", "C5b-9", "deposition", "on", "the", "endothelial", "cell", "line", "HMEC-1", "were", "assessed", "by", "flow", "cytometry", "after", "exposure", "to", "heme", "+", "/-", "ALXN1820", "." ] } ]
PMC11412752
In macrophages, IFN-β has been shown to both promote and inhibit innate immune responses, such as the release of inflammatory cytokines following Salmonella infection .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "macrophages", ",", "IFN-β", "has", "been", "shown", "to", "both", "promote", "and", "inhibit", "innate", "immune", "responses", ",", "such", "as", "the", "release", "of", "inflammatory", "cytokines", "following", "Salmonella", "infection", "." ] } ]
PMC9429973
Relapse occurred in 5 cases (31%) at a median of 13 months.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Relapse", "occurred", "in", "5", "cases", "(", "31", "%", ")", "at", "a", "median", "of", "13", "months", "." ] } ]
PMC11774112
The synthesized polymers were characterized by Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FTIR) (Invitrogen | Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) and H-NMR at 600 MHz (Varian, Palo Alto, CA, USA) in deuterium oxide (Figure S1B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "synthesized", "polymers", "were", "characterized", "by", "Fourier", "Transform", "Infrared", "Spectroscopy", "(", "FTIR", ")", "(", "Invitrogen", "|", "Life", "Technologies", ",", "Carlsbad", ",", "CA", ",", "USA", ")", "and", "H-NMR", "at", "600", "MHz", "(", "Varian", ",", "Palo", "Alto", ",", "CA", ",", "USA", ")", "in", "deuterium", "oxide", "(", "Figure", "S1B", ")", "." ] } ]
PMC11543885
Seed 5 ×10 cells per well on a 6-well plate in 2 mL complete medium and incubate the cells for 16 h at 37°C with 5% CO2.b.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Seed", "5", "×10", "cells", "per", "well", "on", "a", "6-well", "plate", "in", "2", "mL", "complete", "medium", "and", "incubate", "the", "cells", "for", "16", "h", "at", "37", "°", "C", "with", "5", "%", "CO2.b", "." ] } ]
PMC11678130
In another study, the treatment of wild-type HCT116 cells with a combination of QUE (6.25 µM) and 5-FU (0.6 μM) led to a significant dose-dependent decrease in both the size and number of the total colonies formed .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "another", "study", ",", "the", "treatment", "of", "wild-type", "HCT116", "cells", "with", "a", "combination", "of", "QUE", "(", "6.25", "µM", ")", "and", "5-FU", "(", "0.6", "μM", ")", "led", "to", "a", "significant", "dose-dependent", "decrease", "in", "both", "the", "size", "and", "number", "of", "the", "total", "colonies", "formed", "." ] } ]
PMC11469524
Then for all kinases that regulate at least 5 phosphosites in our data set, we tested with a two-sided paired t-test whether the mean fold change to the reference treatment (i.e., Control+DMSO for α-IgM+DMSO and α-IgM+DMSO for α-IgM+inhibitor) was significantly different from 0.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Then", "for", "all", "kinases", "that", "regulate", "at", "least", "5", "phosphosites", "in", "our", "data", "set", ",", "we", "tested", "with", "a", "two-sided", "paired", "t-test", "whether", "the", "mean", "fold", "change", "to", "the", "reference", "treatment", "(", "i.e.", ",", "Control+DMSO", "for", "α-IgM+DMSO", "and", "α-IgM+DMSO", "for", "α-IgM+inhibitor", ")", "was", "significantly", "different", "from", "0", "." ] } ]
PMC11471176
This downregulation alters the immune infiltration levels of CD8 T cells, CD4 T cells, and neutrophils, exacerbating the prognosis of luminal breast cancer subtypes .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "downregulation", "alters", "the", "immune", "infiltration", "levels", "of", "CD8", "T", "cells", ",", "CD4", "T", "cells", ",", "and", "neutrophils", ",", "exacerbating", "the", "prognosis", "of", "luminal", "breast", "cancer", "subtypes", "." ] } ]
PMC11085211
In total, 50 µg/mL of FR2-A significantly impaired cell viability (>95%; p < 0.0001), similarly to that observed after treatment with 200 µg/mL of FR2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "total", ",", "50", "µg/mL", "of", "FR2-A", "significantly", "impaired", "cell", "viability", "(", ">", "95", "%", ";", "p", "<", "0.0001", ")", ",", "similarly", "to", "that", "observed", "after", "treatment", "with", "200", "µg/mL", "of", "FR2", "." ] } ]
PMC11040965
Dendritic cells, which mainly serve to activate tumor-specific cytotoxic T cells, also interact with MM plasma cells by CD80/86–CD28 binding .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Dendritic", "cells", ",", "which", "mainly", "serve", "to", "activate", "tumor-specific", "cytotoxic", "T", "cells", ",", "also", "interact", "with", "MM", "plasma", "cells", "by", "CD80/86–CD28", "binding", "." ] } ]
PMC5600151
Given that the primary amines of amino acids, dendritic poly amino acids can also be used as gene delivery vectors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Given", "that", "the", "primary", "amines", "of", "amino", "acids", ",", "dendritic", "poly", "amino", "acids", "can", "also", "be", "used", "as", "gene", "delivery", "vectors", "." ] } ]
PMC11759751
Fluorescence imaging of B-NHL tail vein transplanted tumor mice (B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fluorescence", "imaging", "of", "B-NHL", "tail", "vein", "transplanted", "tumor", "mice", "(", "B", ")", "." ] } ]