PMCID string | Sentences string | ner list |
|---|---|---|
PMC11301095 | The patient's condition continued to deteriorate slowly, with persistent worsening of cerebral edema. | [
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
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"patient",
"'s",
"condition",
"continued",
"to",
"deteriorate",
"slowly",
",",
"with",
"persistent",
"worsening",
"of",
"cerebral",
"edema",
"."
]
}
] |
PMC10203589 | Thus, it is different from progesterone regulation. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
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"Thus",
",",
"it",
"is",
"different",
"from",
"progesterone",
"regulation",
"."
]
}
] |
PMC8316344 | Furthermore, the effects resulted from TRIB2 overexpression to increase ubiquitination of TFRC were also diminished following knocking βTrCP out in SK-Hep1 cells (Fig. 5I). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
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"Furthermore",
",",
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"resulted",
"from",
"TRIB2",
"overexpression",
"to",
"increase",
"ubiquitination",
"of",
"TFRC",
"were",
"also",
"diminished",
"following",
"knocking",
"βTrCP",
"out",
"in",
"SK-Hep1",
"cells",
"(",
"Fig.",
"5I",
")",
"."
]
}
] |
PMC5600151 | The quaternized PAMAM-NHAc was reported to have less cytotoxicity but had enhanced intracellular accumulation than PAMAM-NH2 . | [
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"O",
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"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O"
],
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"quaternized",
"PAMAM-NHAc",
"was",
"reported",
"to",
"have",
"less",
"cytotoxicity",
"but",
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"enhanced",
"intracellular",
"accumulation",
"than",
"PAMAM-NH2",
"."
]
}
] |
PMC11269792 | The Warburg effect, proposed by Dr. Otto Heinrich Warburg in 1920, refers to the shift of tumor cell metabolism from oxidative phosphorylation to aerobic glycolysis induced by mitochondrial respiration damage. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"Warburg",
"effect",
",",
"proposed",
"by",
"Dr.",
"Otto",
"Heinrich",
"Warburg",
"in",
"1920",
",",
"refers",
"to",
"the",
"shift",
"of",
"tumor",
"cell",
"metabolism",
"from",
"oxidative",
"phosphorylation",
"to",
"aerobic",
"glycolysis",
"induced",
"by",
"mitochondrial",
"respiration",
"damage",
"."
]
}
] |
PMC10994876 | This study demonstrates that EPO-CHO cells overexpressing YAP5SA control the expression of multiple target genes involved in various processes, such as proliferation, survival, and mTOR activation. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
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"This",
"study",
"demonstrates",
"that",
"EPO-CHO",
"cells",
"overexpressing",
"YAP5SA",
"control",
"the",
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"of",
"multiple",
"target",
"genes",
"involved",
"in",
"various",
"processes",
",",
"such",
"as",
"proliferation",
",",
"survival",
",",
"and",
"mTOR",
"activation",
"."
]
}
] |
PMC6600592 | Reagents and conditions: (a) Succinic anhydride, AlCl3, CH2Cl2, 0.5h, 0 °C, then 6h rt; (b) Cyclohexanol, TsOH, CH2Cl2, 4h, reflux; (c) Hydroxylamine hydrdochloride (methoxylamine hydrochloride, benzylhydroamine hydrochloride), pyridine, CH2Cl2,12h, reflux. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
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"Reagents",
"and",
"conditions",
":",
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")",
"Succinic",
"anhydride",
",",
"AlCl3",
",",
"CH2Cl2",
",",
"0.5h",
",",
"0",
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"C",
",",
"then",
"6h",
"rt",
";",
"(",
"b",
")",
"Cyclohexanol",
",",
"TsOH",
",",
"CH2Cl2",
",",
"4h",
",",
"reflux",
";",
"(",
"c",
")",
"Hydroxylamine",
"hydrdochloride",
"(",
"methoxylamine",
"hydrochloride",
",",
"benzylhydroamine",
"hydrochloride",
")",
",",
"pyridine",
",",
"CH2Cl2,12h",
",",
"reflux",
"."
]
}
] |
PMC9105697 | The sequence reads of tumor tissue samples and controls (tumor native or FFPE) were uploaded to Illumina BaseSpace (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) and aligned to human genome (hg38). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"sequence",
"reads",
"of",
"tumor",
"tissue",
"samples",
"and",
"controls",
"(",
"tumor",
"native",
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"FFPE",
")",
"were",
"uploaded",
"to",
"Illumina",
"BaseSpace",
"(",
"Illumina",
"Inc.",
",",
"San",
"Diego",
",",
"CA",
",",
"USA",
")",
"and",
"aligned",
"to",
"human",
"genome",
"(",
"hg38",
")",
"."
]
}
] |
PMC5925824 | Ninety-six-well plate (Immulon 2HB) was coated with 100 ng of human PD-L1-Fc, murine PD-L1-Fc, or cynomolgus PD-L1-Fc (R&D Systems, Minneapolis, MN) overnight at 4 °C. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
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"O"
],
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"plate",
"(",
"Immulon",
"2HB",
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"coated",
"with",
"100",
"ng",
"of",
"human",
"PD-L1-Fc",
",",
"murine",
"PD-L1-Fc",
",",
"or",
"cynomolgus",
"PD-L1-Fc",
"(",
"R&D",
"Systems",
",",
"Minneapolis",
",",
"MN",
")",
"overnight",
"at",
"4",
"°",
"C",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Aims: The objective of this study was to determine the prevalence of common comorbidities and their impact on OS. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Aims",
":",
"The",
"objective",
"of",
"this",
"study",
"was",
"to",
"determine",
"the",
"prevalence",
"of",
"common",
"comorbidities",
"and",
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"impact",
"on",
"OS",
"."
]
}
] |
PMC11612794 | The basic motif was deleted in Dsn1. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
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"motif",
"was",
"deleted",
"in",
"Dsn1",
"."
]
}
] |
PMC11737091 | The protocol was approved by the ethics committee of the Second Affiliated Hospital of Hainan Medical University (LW2023058). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"protocol",
"was",
"approved",
"by",
"the",
"ethics",
"committee",
"of",
"the",
"Second",
"Affiliated",
"Hospital",
"of",
"Hainan",
"Medical",
"University",
"(",
"LW2023058",
")",
"."
]
}
] |
PMC11279598 | Approximately 60–70% of patients diagnosed with BC have estrogen receptor alpha (ERα) expression in their tumors . | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Approximately",
"60–70",
"%",
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"patients",
"diagnosed",
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"BC",
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"estrogen",
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"alpha",
"(",
"ERα",
")",
"expression",
"in",
"their",
"tumors",
"."
]
}
] |
PMC8540611 | Thus, an excess of the cationic charge is also necessary in this case. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Thus",
",",
"an",
"excess",
"of",
"the",
"cationic",
"charge",
"is",
"also",
"necessary",
"in",
"this",
"case",
"."
]
}
] |
PMC11742047 | Network generated with LINEX2 software. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Network",
"generated",
"with",
"LINEX2",
"software",
"."
]
}
] |
PMC11290772 | Studies have demonstrated that increased expression of ROBO1 has tumorigenic effects in ductal cancer, prostate cancer and lobular breast cancer . | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O"
],
"tokens": [
"Studies",
"have",
"demonstrated",
"that",
"increased",
"expression",
"of",
"ROBO1",
"has",
"tumorigenic",
"effects",
"in",
"ductal",
"cancer",
",",
"prostate",
"cancer",
"and",
"lobular",
"breast",
"cancer",
"."
]
}
] |
PMC6182045 | While the improved binding of envelope proteins produced in the MGAT1 CHO cell to bNAbs does not necessarily translate to improved bNAb immunogenicity, the closer emulation of the glycan structures found on infectious virions and required for bNAb binding is a logical first step in the development of an improved vaccine formulation. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"While",
"the",
"improved",
"binding",
"of",
"envelope",
"proteins",
"produced",
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"MGAT1",
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"cell",
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"bNAbs",
"does",
"not",
"necessarily",
"translate",
"to",
"improved",
"bNAb",
"immunogenicity",
",",
"the",
"closer",
"emulation",
"of",
"the",
"glycan",
"structures",
"found",
"on",
"infectious",
"virions",
"and",
"required",
"for",
"bNAb",
"binding",
"is",
"a",
"logical",
"first",
"step",
"in",
"the",
"development",
"of",
"an",
"improved",
"vaccine",
"formulation",
"."
]
}
] |
PMC11766350 | While this approach is necessary to minimize the chance of recombination events leading to the production of wild-type, replication-competent rAAVs, the resulting yields are often low. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"While",
"this",
"approach",
"is",
"necessary",
"to",
"minimize",
"the",
"chance",
"of",
"recombination",
"events",
"leading",
"to",
"the",
"production",
"of",
"wild-type",
",",
"replication-competent",
"rAAVs",
",",
"the",
"resulting",
"yields",
"are",
"often",
"low",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Both renal patients (patients 4 and 11) commenced a dose of 1.25mg/kg and sustained a VGPR with no additional toxicity. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Both",
"renal",
"patients",
"(",
"patients",
"4",
"and",
"11",
")",
"commenced",
"a",
"dose",
"of",
"1.25mg/kg",
"and",
"sustained",
"a",
"VGPR",
"with",
"no",
"additional",
"toxicity",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Mutations of this gene are found in almost all types of malignant neoplasms and the vast majority of cases are associated with poor prognosis. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Mutations",
"of",
"this",
"gene",
"are",
"found",
"in",
"almost",
"all",
"types",
"of",
"malignant",
"neoplasms",
"and",
"the",
"vast",
"majority",
"of",
"cases",
"are",
"associated",
"with",
"poor",
"prognosis",
"."
]
}
] |
PMC11307990 | DNA nanotape-mediated SUN efficacy. ( | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"DNA",
"nanotape-mediated",
"SUN",
"efficacy",
".",
"("
]
}
] |
PMC10955424 | Furthermore, 2-hydroxyestardiol (2HE2), an estradiol metabolite that serves as a prodrug converting to 2-methoxyestradil (2ME2), was effective in restoring platinum sensitivity to OC cells growing in direct interaction with MSC . | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Furthermore",
",",
"2-hydroxyestardiol",
"(",
"2HE2",
")",
",",
"an",
"estradiol",
"metabolite",
"that",
"serves",
"as",
"a",
"prodrug",
"converting",
"to",
"2-methoxyestradil",
"(",
"2ME2",
")",
",",
"was",
"effective",
"in",
"restoring",
"platinum",
"sensitivity",
"to",
"OC",
"cells",
"growing",
"in",
"direct",
"interaction",
"with",
"MSC",
"."
]
}
] |
PMC6364197 | Inhibition of DDR1 activity by DDR1-specific inhibitor DDR-IN-1 accelerated cell death in the presence of Ara-C, DNR or their combination. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Inhibition",
"of",
"DDR1",
"activity",
"by",
"DDR1-specific",
"inhibitor",
"DDR-IN-1",
"accelerated",
"cell",
"death",
"in",
"the",
"presence",
"of",
"Ara-C",
",",
"DNR",
"or",
"their",
"combination",
"."
]
}
] |
PMC9261184 | This campaign was particularly comprehensive in its scope for fugitive emissions detection, where each unit was reviewed around five times over the course of the voyage: OGI surveys for many other oil and gas facilities may occur only once every year. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"This",
"campaign",
"was",
"particularly",
"comprehensive",
"in",
"its",
"scope",
"for",
"fugitive",
"emissions",
"detection",
",",
"where",
"each",
"unit",
"was",
"reviewed",
"around",
"five",
"times",
"over",
"the",
"course",
"of",
"the",
"voyage",
":",
"OGI",
"surveys",
"for",
"many",
"other",
"oil",
"and",
"gas",
"facilities",
"may",
"occur",
"only",
"once",
"every",
"year",
"."
]
}
] |
PMC10998613 | Average diffusion coefficient of β2AR dimers in COS-7 and DKO MDA-MB-231 cells. ( | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"B-CellLine",
"B-CellLine",
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"O",
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"("
]
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] |
PMC11200978 | Necroptosis is a fairly recently recognized form of programmed cell death (PCD). | [
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"O",
"O",
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"."
]
}
] |
PMC11806818 | Reprinted with permission from . ( | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O"
],
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"Reprinted",
"with",
"permission",
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".",
"("
]
}
] |
PMC8623816 | In addition, the mycovirus RsRV5 was eliminated via the protoplast regeneration technique, and its impacts on the biological characteristics of R. solani were also investigated. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
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"O",
"O"
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"R.",
"solani",
"were",
"also",
"investigated",
"."
]
}
] |
PMC7823217 | Thus, reliable breast cancer models should be based on patient-derived cancer cells and surrounding healthy cells (e.g. fibroblast, immune, epithelial and endothelial cells) to recapitulate a functional in vivo tumor microenvironment. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
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")",
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"."
]
}
] |
PMC11790971 | Temporal binning was applied by summing every 8 bins. | [
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"O",
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"binning",
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"bins",
"."
]
}
] |
PMC11342785 | We hypothesized that fusion of TPPP and IDR-PixD/E sequences would generate a synMAP-IDR composite of MT-binding domains (MTBDs) and condensate-forming sequences (IDRs) that would facilitate MT bundling (Fig. 4A).Figure 4synMAP TPPP-IDR condensates generate robust and tunable synthetic microtubule architectures in living cells. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"Fig.",
"4A).Figure",
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"."
]
}
] |
PMC11322866 | Lamin B1 deficiency is a common marker of cellular senescence . | [
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"O",
"O",
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"O",
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]
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] |
PMC11733919 | Only proliferatively active fibroblasts were used (WI-38 and BJ cells at population doubling levels ≈ 35). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"B-CellLine",
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")",
"."
]
}
] |
PMC11342785 | Cry2WT only, n = 12; FUS, n = 13; TPPP FL, n = 15; TPPPCcore(45–219), n = 15; TPPPNcore(1–166), n = 15; TPPP(1–206), n = 15; TPPP(45–206), n = 15; TPPP(1–196), n = 12; TPPP(45–196), n = 17; TPPP(1–186), n = 12; TPPP(45–186), n = 14; TPPP(1–176), n = 17; TPPP(45–176), n = 13; TPPPCORE(45–166), n = 12; TPPPN-term(1–44), n = 12; TPPPC-term(167–219), n = 12. | [
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"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
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",",
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",",
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",",
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"=",
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")",
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",",
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";",
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")",
",",
"n",
"=",
"12",
";",
"TPPPC-term(167–219",
")",
",",
"n",
"=",
"12",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | The group of miRNA-34a “high expressors” had upregulated level of SIRT7 than “high expressors” (Me = 189.01 vs. 110.72 copies/200µL, p=0.03). | [
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"”",
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"Me",
"=",
"189.01",
"vs.",
"110.72",
"copies/200µL",
",",
"p=0.03",
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"."
]
}
] |
PMC11055510 | Elucidation of its molecular pathogenesis may help identify new tumor markers and targets for therapy. | [
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"."
]
}
] |
PMC9429973 | Three iMCD patients had TAFRO. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
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"."
]
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] |
PMC10976516 | This method of IA administration is potentially useful against brain metastases that often occur during extensive-stage SCLC. | [
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"O",
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"This",
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"administration",
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"extensive-stage",
"SCLC",
"."
]
}
] |
PMC11252033 | We previously disclosed that Zeta-Crystallin (CryZ) is a post-transcriptional regulator of Bcl-2 gene expression, by binding to Bcl-2 mRNA and increasing its half-life. | [
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"O",
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]
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] |
PMC6901583 | The regulation of both branches of the immune system by the transcription factor NF-κB is known as is its role in modulating inflammation. | [
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"is",
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"inflammation",
"."
]
}
] |
PMC11476222 | Optimization of the LC-MS analysis involved examining several factors, including the choice of LC column for ganglioside separation, the pump flow rate, and the experiment’s run-time. | [
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"O",
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"O",
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"and",
"the",
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"’s",
"run-time",
"."
]
}
] |
PMC8623816 | The nucleic acid from viral particles was extracted with phenol, chloroform and isoamyl alcohol, and separated by electrophoresis in 1% (w/v) agarose gel . | [
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"O",
"O",
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"O",
"O"
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",",
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"electrophoresis",
"in",
"1",
"%",
"(",
"w/v",
")",
"agarose",
"gel",
"."
]
}
] |
PMC11766309 | Moreover, further research was conducted to determine the correlation between YKT6 and immune-stimulating (Figure 8D)/immune-inhibitory genes (Figure 8E). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
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"Moreover",
",",
"further",
"research",
"was",
"conducted",
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"(",
"Figure",
"8D)/immune-inhibitory",
"genes",
"(",
"Figure",
"8E",
")",
"."
]
}
] |
PMC11618052 | The apoptosis assay showed that compounds 8g and 8h have dual inhibitory effects against EGFR and BRAF, showing strong apoptotic antiproliferative effect. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O"
],
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"8",
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"BRAF",
",",
"showing",
"strong",
"apoptotic",
"antiproliferative",
"effect",
"."
]
}
] |
PMC11585254 | In pcDNA transfected cells, concentration-dependent inhibition of cAMP production by CXCL13 was similar between cells pretreated with CXCL13 and vehicle, suggesting that CXCR5 does not desensitize in β-arrestin DKO cells (Fig. 8A). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"Fig.",
"8A",
")",
"."
]
}
] |
PMC11574271 | As shown in Fig. 7I, spontaneous tumor metastases in the liver at 80% (4/5) were observed in the mice injected with T24-NC cells. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O"
],
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"As",
"shown",
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"Fig.",
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",",
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"liver",
"at",
"80",
"%",
"(",
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")",
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"injected",
"with",
"T24-NC",
"cells",
"."
]
}
] |
PMC11344246 | To identify novel therapeutic targets, we developed and applied a new method of differential network analysis comparing MOC to benign mucinous tumours (in the absence of a known normal tissue of origin). | [
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"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O"
],
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"identify",
"novel",
"therapeutic",
"targets",
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")",
"."
]
}
] |
PMC8345486 | The anticancer drugs were selected due to their therapeutic efficacy and their heterogeneous mechanism of action (carboplatin, cisplatin, paclitaxel, docetaxel, doxorubicin). | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
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"paclitaxel",
",",
"docetaxel",
",",
"doxorubicin",
")",
"."
]
}
] |
PMC11314247 | Moreover, the MDA-MB-231 and MCF-7 cell lines contain high mRNA levels of GPER . | [
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"O",
"O",
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"O",
"B-CellLine",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O"
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"MCF-7",
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"of",
"GPER",
"."
]
}
] |
PMC7709199 | An original hit in condition F2 of the Morpheus I screen from Molecular Dimensions (120 mM monosaccharides, 50 mM imidazole, 50 mM MES pH 6.5, 20% ethylene glycol, 10% PEG 8000) gave rise to the best diffracting crystal. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
"O"
],
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")",
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"diffracting",
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"."
]
}
] |
PMC11515150 | The binding affinity of 5D and 12 C on the Jurkat cell membrane. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"."
]
}
] |
PMC10092581 | However, clinical drug repositioning trials were partially unsuccessful due to its low plasma stability in vivo and consequently its limited ability to reach the tumor mass. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"tumor",
"mass",
"."
]
}
] |
PMC11767725 | Systemic Metabolic Inflammation in T2DM (meta-inflammation) : oMediated by pro-inflammatory cytokines largely produced by dysfunctional adipose tissue, such as tumor necrosis factor-alpha (TNF-α) and interleukin-6 (IL-6).oTNF-α induces serine phosphorylation of IRS-1, impairing insulin receptor signaling.oIL-6 disrupts insulin sensitivity via the janus kinase/signal transducers and activators of transcription (JAK/STAT) pathways. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"of",
"transcription",
"(",
"JAK/STAT",
")",
"pathways",
"."
]
}
] |
PMC11352311 | Methods: We employed network pharmacology to predict the potential mechanisms and targets of esculin in RCC. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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],
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":",
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"."
]
}
] |
PMC10607604 | The following monoclonal and polyclonal primary antibodies were used: anti-tubulin (clone B-5-1-2, Sigma), anti-PTPN13 (25944-1 AP, Proteintech), anti-PAR3 (07-330, Millipore), anti-ZO-1 (61-7300, Invitrogen), and anti-desmoplakin I + II (Ab16434, Abcam). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
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"O",
"O"
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"1",
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",",
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"-",
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",",
"and",
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"+",
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"(",
"Ab16434",
",",
"Abcam",
")",
"."
]
}
] |
PMC11489175 | Specifically, RPN11/PSMD14 acts by reducing the ubiquitination on the K63 of PKM2 increasing the expression of the dimeric form and also favouring its nuclear translocation leading to aerobic glycolysis in tumors, including ovarian cancer 78. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
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"O",
"O"
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",",
"including",
"ovarian",
"cancer",
"78",
"."
]
}
] |
PMC10667689 | This dependency may be due to not only providing energy but also the high capability of FAO in adjusting oxidative stress, even preventing anoikis (a kind of programmed cell death as a consequence of cell detachment from the extracellular matrix), as described in other malignancies (17–19). | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
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"O",
"O"
],
"tokens": [
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"dependency",
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"extracellular",
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")",
",",
"as",
"described",
"in",
"other",
"malignancies",
"(",
"17–19",
")",
"."
]
}
] |
PMC10926885 | It was discovered that the expression level of NDE1 mRNA in healthy human subjects was low (NX < 50) after using the Human Protein Atlas to examine the normalised expression level of NDE1 in different tumour tissues and paracancerous tissues. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
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"It",
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"discovered",
"that",
"the",
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"to",
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"tissues",
"and",
"paracancerous",
"tissues",
"."
]
}
] |
PMC3681794 | The inactivation of p53 in hypoxia is both HIF-1 dependent , , and HIF-1 independent. | [
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O"
],
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"inactivation",
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",",
"and",
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"independent",
"."
]
}
] |
PMC10213199 | 5Key upregulated genes in the low-conc. | [
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"O",
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"O",
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"O"
],
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"."
]
}
] |
PMC9812014 | Dose-dependent inhibition of ZIKV by anisomycin was observed. | [
{
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"O",
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"O",
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"O"
],
"tokens": [
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"ZIKV",
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"anisomycin",
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"."
]
}
] |
PMC3122064 | In this study, we show that treatment with the selective MDM2 antagonist Nutlin-3 causes a high induction of both p53 and MDM2, a massive induction of apoptosis, and a strong reduction in cell survival in cisplatin-sensitive as well as cisplatin-resistant TC cell lines. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"In",
"this",
"study",
",",
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"that",
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"cisplatin-sensitive",
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"well",
"as",
"cisplatin-resistant",
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"lines",
"."
]
}
] |
PMC11269933 | The RDF values around K279 of PK. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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],
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"K279",
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"."
]
}
] |
PMC11607321 | b Top drugs that have the highest feature importance from metabolite 1-methylnicotinamide. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"b",
"Top",
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"that",
"have",
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"1-methylnicotinamide",
"."
]
}
] |
PMC9118379 | The remaining 138 (43.125%) spectra had no evidence support from any tool and were likely to be less reliable results. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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],
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]
}
] |
PMC11763126 | In our study, YTHDF2 was identified as a direct target protein of CBDP1. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"."
]
}
] |
PMC11317131 | Helper plasmid clone names containing starting variant P1, P2 or P3, and the first or second lagoon number L1 or L2 for each, and clone number are listed on the x-axis. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"L2",
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"clone",
"number",
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"."
]
}
] |
PMC11711066 | All values are presented as means ± standard errors of the mean. | [
{
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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]
}
] |
PMC11768281 | Each phase involves critical interactions with antigen-presenting cells (APCs) and regulatory molecules that shape the immune response. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"."
]
}
] |
PMC10758402 | One of the drugs previously described to promote effectiveness of oncolytic virotherapy is Dimethyl Fumarate (DMF). | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O"
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"."
]
}
] |
PMC11413393 | Cells were again washed 3 times on ice with PBS and then permeabilized with 0.2% Triton X-100 in PBS for 5 mins. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"."
]
}
] |
PMC11473750 | Differences in cell growth were compared to Empty vector control expressing cells. | [
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"O",
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"."
]
}
] |
PMC7504302 | Recent work by He et al. has shown that the knockdown of MSLN expression by shRNA inhibited cell growth, colony formation, tumorsphere formation, migration, and invasion in vitro and reduced tumor formation and metastasis in vivo. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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]
}
] |
PMC11741906 | Table 2KEGG pathways affected by differentially expressed miRNAs. | [
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"O",
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"O",
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"miRNAs",
"."
]
}
] |
PMC11674891 | Both cell lines were cultured in RPMI-1640 medium (Cytiva, Marlborough, MA, USA) supplemented with 10% fetal bovine serum (Cytiva, USA) and 1% penicillin-streptomycin (Welgene, Gyeongsan, Republic of Korea) at 37 °C in a humidified atmosphere with 5% CO2. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
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"atmosphere",
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"."
]
}
] |
PMC9429973 | RAV-treated patients were analyzed as a whole and stratified by C5i treatment history (C5i naïve or prior C5i/eculizumab). | [
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"."
]
}
] |
PMC8068766 | Molecular mechanisms involved in HCC are more complex than other cancers. | [
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]
}
] |
PMC9429973 | Case 2: E.H, a 57-year-old male patient with a history of hypertension and type 2 diabetes mellitus was diagnosed with PV in 2015. | [
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"O",
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"."
]
}
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PMC11684297 | Direct interaction with RBCs can be observed using the hemolysis assay, whereas any developmental toxicity can be observed using transparent zebrafish embryos, where all the developmental stages can be visualized. | [
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"O",
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"O",
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"O",
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"O",
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"."
]
}
] |
PMC9429973 | Fourteen (32%) patients had recovery that we defined as being discharged from hospital with improved or stable infections after HBO responses. | [
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"O",
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"O",
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"O",
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"O",
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"O",
"O"
],
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"."
]
}
] |
PMC11687167 | Here, we summarize the current research progress on PCSK9, and the relationships between PCSK9 and T-cell activation, as well as signaling pathways, are also discussed. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
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"O",
"O",
"O"
],
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",",
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",",
"are",
"also",
"discussed",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Results: We identified 72 patients diagnosed with CAD and 720 matched comparisons, matched for age, gender, and region of residence, between 1999 and 2013. | [
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"O",
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"O",
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"2013",
"."
]
}
] |
PMC6102174 | Most of the isolates showed good to moderate activity, and especially, pumilaside A could inhibit both the secretions of HBsAg and HBeAg and HBV DNA replication with IC50 values of 15.02 μM (SI = 111.3), 9.00 μM (SI = 185.9) and 12.01 μM (SI = 139.2); protocatechuic acid and caffeic acid exhibited inhibition on HBV DNA replication with IC50 values of 32.60 (SI > 255.8) and 16.83 (SI > 255.6) μM; Compound 16 could significantly inhibit the secretions of HBsAg and HBeAg, and HBV DNA replication with IC50 values of 197.2 (SI > 5.1), 48.7 (SI > 20.5) and 9.8 (SI > 102) μM [8–11]. | [
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"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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"O",
"O",
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"=",
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"SI",
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")",
",",
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"and",
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"[",
"8–11",
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"."
]
}
] |
PMC8409415 | All clinical samples were paraffin‐embedded, fixed in 10% neutral buffered formalin, sliced into 4‐µm tissue sections, deparaffinized, and rehydrated in graded alcohols. | [
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}
] |
PMC5963610 | Statistical differences are indicated: p<0.01, p<0.05. | [
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PMC6642070 | CoQ10 rescued the oxidative metabolism in muscle cells treated with fluvastatin (Fig. 2h), which is consistent with the previous studies . | [
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"Fig.",
"2h",
")",
",",
"which",
"is",
"consistent",
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"the",
"previous",
"studies",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | We asked both reporters and service users to complete the survey. | [
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}
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PMC10988555 | The supplemented medium is named a complete medium. | [
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]
}
] |
PMC9429973 | With a median follow-up of 50.2 months (95% CI: 48.3-54.5), 4‐year PFS was 41.2% (95% CI: 30.6%; 51.6%) in Iv-Arm and 58.1% (95% CI: 47.5%; 67.4%) in Sc-Arm. | [
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],
"tokens": [
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"95",
"%",
"CI",
":",
"47.5",
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"%",
")",
"in",
"Sc-Arm",
"."
]
}
] |
PMC11747885 | Based on this discovery, we synthesized 22 derivatives, most of them not previously reported, and identified seven with IC50 values of less than 8 μM against Rlig1-AMP. | [
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"O",
"O",
"O",
"O",
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"O",
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PMC8358006 | calculated from five replicates. *** | [
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"*",
"*"
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PMC11568601 | Data are expressed as the mean ± SD (n = 3). * | [
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PMC11489351 | Future work will characterize the molecular mechanisms of these pH-dependent TFs, but our analysis demonstrates benefits of mining this dataset to rapidly identify putative pH-sensitive transcriptional nodes. | [
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PMC11700247 | RNA seq analysis confirmed the elevated expression of the cytotoxic T lymphocyte (CTL) effector molecules ifng, gzmb, gzma, and prf1 in both irradiated and nonirradiated tumors of mice treated with fractionated RT (supplemental Figure 1C-D). | [
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PMC11486946 | Previous studies have shown that broxyquinoline stabilizes hypoxia-inducible factor (HIF)−1 to accumulate caveolin-1 in the lipid raft to constitute caveolae, which directly interacts with EGFR, suggesting the confined mobility and internalization of the protein complex including EGFR. | [
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PMC11755519 | Yang et al. isolated EVs from T24 (grade: G3) bladder cancer cells and then evaluated their effects on 5637 (grade: G2) and T24 cells to assess a model of the paracrine and autocrine effects of EVs, respectively. | [
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PMC9368503 | After trypsinisation, cells were treated with 1 mg/mL DNase I (Sigma Aldrich) at 37 °C, before passing through a 70 µm strainer. | [
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PMC10748106 | However, they differ in terms of polarity, as evidenced by the polar surface area values. | [
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PMC10213199 | Larvae group. | [
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PMC5311252 | To investigate the clinical relevance of oncomotif-miRNAs in lung adenocarcinoma (LUAD), miRNA and mRNA expression data generated in The Cancer Genome Atlas (TCGA) project were downloaded from the UCSC Cancer Browser. | [
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