OTAR3088/BioData-CellLine_annotated · Datasets at Hugging Face

PMCID string	Sentences string	ner list
PMC10582049	Volcano plot shows the differentially expressed genes among groups of LUAD patients (stages I and II, TCGA dataset) with low (n = 105) and high (n = 105) expression of ADH1B. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Volcano", "plot", "shows", "the", "differentially", "expressed", "genes", "among", "groups", "of", "LUAD", "patients", "(", "stages", "I", "and", "II", ",", "TCGA", "dataset", ")", "with", "low", "(", "n", "=", "105", ")", "and", "high", "(", "n", "=", "105", ")", "expression", "of", "ADH1B", ".", "(" ] } ]
PMC8735881	Effects of GPI-scFvs on the expression of HIV receptors.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Effects", "of", "GPI-scFvs", "on", "the", "expression", "of", "HIV", "receptors", "." ] } ]
PMC8913139	Meanwhile, this study also explored how miR-448 regulates GBM progression.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Meanwhile", ",", "this", "study", "also", "explored", "how", "miR-448", "regulates", "GBM", "progression", "." ] } ]
PMC9429973	Next, a pathway analysis was performed (Metascape) to identify significant pathways among the differentially expressed genes.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Next", ",", "a", "pathway", "analysis", "was", "performed", "(", "Metascape", ")", "to", "identify", "significant", "pathways", "among", "the", "differentially", "expressed", "genes", "." ] } ]
PMC10197932	After 30 min or 24 hours post-treatment, the cells were incubated with 5 μM DCFH-DA, for 30 min 37 °C, 5% CO2.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "30", "min", "or", "24", "hours", "post-treatment", ",", "the", "cells", "were", "incubated", "with", "5", "μM", "DCFH-DA", ",", "for", "30", "min", "37", "°", "C", ",", "5", "%", "CO2", "." ] } ]
PMC10932641	The effect of silencing and overexpressing GPRC5D-AS1 on the proliferation of 786-0 cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "effect", "of", "silencing", "and", "overexpressing", "GPRC5D-AS1", "on", "the", "proliferation", "of", "786", "-", "0", "cells", "." ] } ]
PMC11366496	Eventually, the JAK/STAT signaling axis was found to be significantly suppressed by RNF122 knocking down in LN‐229 and A‐172 cells, in contrast to the other signaling axis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Eventually", ",", "the", "JAK/STAT", "signaling", "axis", "was", "found", "to", "be", "significantly", "suppressed", "by", "RNF122", "knocking", "down", "in", "LN‐229", "and", "A‐172", "cells", ",", "in", "contrast", "to", "the", "other", "signaling", "axis", "." ] } ]
PMC11391695	In conclusion, the enzyme correlation immunoassay demonstrated that the administration of pcDNA/PEI/NPs@M resulted in a reduction in the concentration of TERT in tumor tissues when compared to the three groups that came before it (Fig. 7J).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "conclusion", ",", "the", "enzyme", "correlation", "immunoassay", "demonstrated", "that", "the", "administration", "of", "pcDNA/PEI/NPs@M", "resulted", "in", "a", "reduction", "in", "the", "concentration", "of", "TERT", "in", "tumor", "tissues", "when", "compared", "to", "the", "three", "groups", "that", "came", "before", "it", "(", "Fig.", "7J", ")", "." ] } ]
PMC10158546	Figure 6.Prion seeding activity is consistently detected within ReN cultures for 6 weeks following inoculation with four prion isolates.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Figure", "6.Prion", "seeding", "activity", "is", "consistently", "detected", "within", "ReN", "cultures", "for", "6", "weeks", "following", "inoculation", "with", "four", "prion", "isolates", "." ] } ]
PMC11755519	An in-depth understanding of the role EVs play in the development of urinary bladder cancer is crucial for the development of future anticancer therapies.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "An", "in-depth", "understanding", "of", "the", "role", "EVs", "play", "in", "the", "development", "of", "urinary", "bladder", "cancer", "is", "crucial", "for", "the", "development", "of", "future", "anticancer", "therapies", "." ] } ]
PMC11592837	To our knowledge, a correlation between the two predictors has not yet been investigated.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "our", "knowledge", ",", "a", "correlation", "between", "the", "two", "predictors", "has", "not", "yet", "been", "investigated", "." ] } ]
PMC11607764	The use of different normal tissue references could lead to the observed inconsistency in PTBP1 expression patterns for BRCA (Breast invasive carcinoma).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "use", "of", "different", "normal", "tissue", "references", "could", "lead", "to", "the", "observed", "inconsistency", "in", "PTBP1", "expression", "patterns", "for", "BRCA", "(", "Breast", "invasive", "carcinoma", ")", "." ] } ]
PMC7039683	Interestingly, orthologs (or, in the case of Klf17, the paralog, Klf4) of each these transcription factors are necessary for mammalian skin development, showing the similarity of the relevant GRNs (e.g., GRHL [Gordon et al., 2014; Nishino et al., 2017],TEAD-YAP (Elbediwy et al., 2016), FOS-JUN/AP-1 (Uluçkan et al., 2015), KLF4 (Segre et al., 1999), TFAP2 (Leask et al., 1991), GATA6 (Yang et al., 2002), C/EBP (Sato et al., 2012), ETS1 (Chin et al., 2013; Nagarajan et al., 2010), IRF6 [Ingraham et al., 2006]).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "orthologs", "(", "or", ",", "in", "the", "case", "of", "Klf17", ",", "the", "paralog", ",", "Klf4", ")", "of", "each", "these", "transcription", "factors", "are", "necessary", "for", "mammalian", "skin", "development", ",", "showing", "the", "similarity", "of", "the", "relevant", "GRNs", "(", "e.g.", ",", "GRHL", "[", "Gordon", "et", "al.", ",", "2014", ";", "Nishino", "et", "al.", ",", "2017],TEAD-YAP", "(", "Elbediwy", "et", "al.", ",", "2016", ")", ",", "FOS-JUN/AP-1", "(", "Uluçkan", "et", "al.", ",", "2015", ")", ",", "KLF4", "(", "Segre", "et", "al.", ",", "1999", ")", ",", "TFAP2", "(", "Leask", "et", "al.", ",", "1991", ")", ",", "GATA6", "(", "Yang", "et", "al.", ",", "2002", ")", ",", "C/EBP", "(", "Sato", "et", "al.", ",", "2012", ")", ",", "ETS1", "(", "Chin", "et", "al.", ",", "2013", ";", "Nagarajan", "et", "al.", ",", "2010", ")", ",", "IRF6", "[", "Ingraham", "et", "al.", ",", "2006", "]", ")", "." ] } ]
PMC11796104	The expression levels of hsa-circ-0065165, hsa-circ-0024236, hsa-circ-0054894 in the OP group and the control group a) The expression levels of hsa-miR-17-5p, hsa-miR-106b-5p, and hsa-miR-93-5p in the OP group and the control group.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "levels", "of", "hsa-circ-0065165", ",", "hsa-circ-0024236", ",", "hsa-circ-0054894", "in", "the", "OP", "group", "and", "the", "control", "group", "a", ")", "The", "expression", "levels", "of", "hsa-miR-17", "-", "5p", ",", "hsa-miR-106b-5p", ",", "and", "hsa-miR-93", "-", "5p", "in", "the", "OP", "group", "and", "the", "control", "group", "." ] } ]
PMC7840816	Although this cancer has been widely studied, the precise genetic changes underlying the development and progression of PTC are not completely understood.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "this", "cancer", "has", "been", "widely", "studied", ",", "the", "precise", "genetic", "changes", "underlying", "the", "development", "and", "progression", "of", "PTC", "are", "not", "completely", "understood", "." ] } ]
PMC9429973	Interestingly, when we used Ctla4-/- OT-1 CD8+ T cells for the cytotoxicity assays, lymphoma cell killing was enhanced in the Nr4a1-/- setting compared to that using Ctla4+/+ OT-1 CD8+ T cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "when", "we", "used", "Ctla4-/-", "OT-1", "CD8", "+", "T", "cells", "for", "the", "cytotoxicity", "assays", ",", "lymphoma", "cell", "killing", "was", "enhanced", "in", "the", "Nr4a1-/-", "setting", "compared", "to", "that", "using", "Ctla4+/+", "OT-1", "CD8", "+", "T", "cells", "." ] } ]
PMC5854676	The drug doxorubicin was shown to enhance the localization of the hybrid form of lipid NPs, leading to greater toxicity along with many beneficial effects.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "drug", "doxorubicin", "was", "shown", "to", "enhance", "the", "localization", "of", "the", "hybrid", "form", "of", "lipid", "NPs", ",", "leading", "to", "greater", "toxicity", "along", "with", "many", "beneficial", "effects", "." ] } ]
PMC9429973	RS clonally derived from CLL and RS unrelated to the original CLL display distinct pathological and biological entities.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RS", "clonally", "derived", "from", "CLL", "and", "RS", "unrelated", "to", "the", "original", "CLL", "display", "distinct", "pathological", "and", "biological", "entities", "." ] } ]
PMC11172027	The use of 200 µg/mL NASeLM already showed the most effective inhibition of mitochondrial activity (43.1 ± 2.8% vs. 100.0 ± 8.1%; p < 0.001; n = 3).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "use", "of", "200", "µg/mL", "NASeLM", "already", "showed", "the", "most", "effective", "inhibition", "of", "mitochondrial", "activity", "(", "43.1", "±", "2.8", "%", "vs.", "100.0", "±", "8.1", "%", ";", "p", "<", "0.001", ";", "n", "=", "3", ")", "." ] } ]
PMC10898159	Targeting the Hh pathway can reduce KIT mRNA and re-enhance the sensitivity of GIST cells to TKIs in in vivo experiments.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Targeting", "the", "Hh", "pathway", "can", "reduce", "KIT", "mRNA", "and", "re-enhance", "the", "sensitivity", "of", "GIST", "cells", "to", "TKIs", "in", "in", "vivo", "experiments", "." ] } ]
PMC11758416	Make a staining master-mix solution of 5 μL Annexin V, 5 μL 7-AAD and 90 μL Annexin V Binding buffer for each well.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Make", "a", "staining", "master-mix", "solution", "of", "5", "μL", "Annexin", "V", ",", "5", "μL", "7-AAD", "and", "90", "μL", "Annexin", "V", "Binding", "buffer", "for", "each", "well", "." ] } ]
PMC10840195	The migration (C) and invasion (D) abilities of cells were determined by Transwell assays.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "migration", "(", "C", ")", "and", "invasion", "(", "D", ")", "abilities", "of", "cells", "were", "determined", "by", "Transwell", "assays", "." ] } ]
PMC11322866	GAPDH was used as a loading control. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "(" ] } ]
PMC7840816	Increasing evidence has reported that SOX9 plays different roles in various types of malignancies.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Increasing", "evidence", "has", "reported", "that", "SOX9", "plays", "different", "roles", "in", "various", "types", "of", "malignancies", "." ] } ]
PMC11701801	This result is similar to that reported for SMARCB1-deficient cell lines (19).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "result", "is", "similar", "to", "that", "reported", "for", "SMARCB1-deficient", "cell", "lines", "(", "19", ")", "." ] } ]
PMC10965315	The current study has some limitations.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "current", "study", "has", "some", "limitations", "." ] } ]
PMC6442998	In this study, we firstly evaluated the importance of PDE3A function in the imatinib-resistant GIST48 cell line using a catalytic and a non-catalytic PDE3 inhibitor, cilostazol and DNDMP , respectively.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "firstly", "evaluated", "the", "importance", "of", "PDE3A", "function", "in", "the", "imatinib-resistant", "GIST48", "cell", "line", "using", "a", "catalytic", "and", "a", "non-catalytic", "PDE3", "inhibitor", ",", "cilostazol", "and", "DNDMP", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11594074	The predicted inhibition constant (pKi), as well as the amino acid interactions, were revealed through this docking.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "predicted", "inhibition", "constant", "(", "pKi", ")", ",", "as", "well", "as", "the", "amino", "acid", "interactions", ",", "were", "revealed", "through", "this", "docking", "." ] } ]
PMC11206251	Additionally, down-regulation of IL-6, JAK2, and STAT3 could inhibit cell proliferation in HepG2 cells .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "down-regulation", "of", "IL-6", ",", "JAK2", ",", "and", "STAT3", "could", "inhibit", "cell", "proliferation", "in", "HepG2", "cells", "." ] } ]
PMC11525028	∗∗∗∗p < 0.0001, by Student’s t test (L).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "∗∗∗∗p", "<", "0.0001", ",", "by", "Student", "’s", "t", "test", "(", "L", ")", "." ] } ]
PMC10728535	EOC is often referred to as the “silent killer” since it demonstrates a few symptoms until its metastasis within the peritoneal cavity, which corresponds to a significantly reduced chance of curing.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "EOC", "is", "often", "referred", "to", "as", "the", "“", "silent", "killer", "”", "since", "it", "demonstrates", "a", "few", "symptoms", "until", "its", "metastasis", "within", "the", "peritoneal", "cavity", ",", "which", "corresponds", "to", "a", "significantly", "reduced", "chance", "of", "curing", "." ] } ]
PMC11297139	g Quantitative phase diagram depicting the intra-nuclear concentration of ARID1A domains and mutants observed.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "g", "Quantitative", "phase", "diagram", "depicting", "the", "intra-nuclear", "concentration", "of", "ARID1A", "domains", "and", "mutants", "observed", "." ] } ]
PMC11352666	These studies may identify combinations with more consistently synergistic interactions that are more easily translatable to clinical studies in patients with EWS.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "studies", "may", "identify", "combinations", "with", "more", "consistently", "synergistic", "interactions", "that", "are", "more", "easily", "translatable", "to", "clinical", "studies", "in", "patients", "with", "EWS", "." ] } ]
PMC11461874	Internal control was used to normalize the transfection efficiencies.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Internal", "control", "was", "used", "to", "normalize", "the", "transfection", "efficiencies", "." ] } ]
PMC10040136	This resistance is mediated through activation of the PI3K-AKT-mTOR pathway in tumor cells by TGF-β2 secreted by the mesenchymal stem cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "resistance", "is", "mediated", "through", "activation", "of", "the", "PI3K-AKT-mTOR", "pathway", "in", "tumor", "cells", "by", "TGF-β2", "secreted", "by", "the", "mesenchymal", "stem", "cells", "." ] } ]
PMC11792766	Recalculation of no‐observed‐adverse‐effect‐concentrations (NOAECs) to food simulant tolerance in exposure medium.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recalculation", "of", "no‐observed‐adverse‐effect‐concentrations", "(", "NOAECs", ")", "to", "food", "simulant", "tolerance", "in", "exposure", "medium", "." ] } ]
PMC9429973	ASTX727, an oral fixed dose combination of HMA decitabine (35mg) and cytidine deaminase inhibitor cedazuridine (100mg), was recently approved in the US for the treatment of MDS and CMML.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ASTX727", ",", "an", "oral", "fixed", "dose", "combination", "of", "HMA", "decitabine", "(", "35", "mg", ")", "and", "cytidine", "deaminase", "inhibitor", "cedazuridine", "(", "100", "mg", ")", ",", "was", "recently", "approved", "in", "the", "US", "for", "the", "treatment", "of", "MDS", "and", "CMML", "." ] } ]
PMC11590005	All responses were rated on a 7-point Likert-type scale, from 1 = strongly disagree to 7 = strongly agree.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "responses", "were", "rated", "on", "a", "7-point", "Likert-type", "scale", ",", "from", "1", "=", "strongly", "disagree", "to", "7", "=", "strongly", "agree", "." ] } ]
PMC11787381	Bambuterol is an anti-asthmatic prodrug, marketed for a long time and considered as safe as β2-AR agonist terbutaline, which it releases upon inhibitory interaction with BuChE. The β2-AR and BuChE have both been identified as valuable and complementary targets for treating AD.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bambuterol", "is", "an", "anti-asthmatic", "prodrug", ",", "marketed", "for", "a", "long", "time", "and", "considered", "as", "safe", "as", "β2-AR", "agonist", "terbutaline", ",", "which", "it", "releases", "upon", "inhibitory", "interaction", "with", "BuChE.", "The", "β2-AR", "and", "BuChE", "have", "both", "been", "identified", "as", "valuable", "and", "complementary", "targets", "for", "treating", "AD", "." ] } ]
PMC11705630	Absorbance at 450nm wavelength was measured.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Absorbance", "at", "450", "nm", "wavelength", "was", "measured", "." ] } ]
PMC11766332	GALNT2 encodes the Golgi-localized polypeptide N-acetyl-d-galactosamine-transferase 2 isoenzyme, which acts in the initiation of mucin-type protein O-glycosylation.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GALNT2", "encodes", "the", "Golgi-localized", "polypeptide", "N-acetyl-d-galactosamine-transferase", "2", "isoenzyme", ",", "which", "acts", "in", "the", "initiation", "of", "mucin-type", "protein", "O-glycosylation", "." ] } ]
PMC11413393	Average comet tail moments ± SEM of three independent experiments are shown.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Average", "comet", "tail", "moments", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", "." ] } ]
PMC11127909	Staining intensity was scored as follows: 0, no staining; 1, weak staining; 2, moderate staining; and 3, dark staining.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Staining", "intensity", "was", "scored", "as", "follows", ":", "0", ",", "no", "staining", ";", "1", ",", "weak", "staining", ";", "2", ",", "moderate", "staining", ";", "and", "3", ",", "dark", "staining", "." ] } ]
PMC11295144	Moreover, genetic deletion of GABAARs using CRISPR-Cas9 technology in a single hippocampal neuron was shown to cause a substantial reduction in GABAergic synapses received by this cell (Duan et al., 2019), further supporting the critical role of GABAARs in inhibitory synapse development.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "genetic", "deletion", "of", "GABAARs", "using", "CRISPR-Cas9", "technology", "in", "a", "single", "hippocampal", "neuron", "was", "shown", "to", "cause", "a", "substantial", "reduction", "in", "GABAergic", "synapses", "received", "by", "this", "cell", "(", "Duan", "et", "al.", ",", "2019", ")", ",", "further", "supporting", "the", "critical", "role", "of", "GABAARs", "in", "inhibitory", "synapse", "development", "." ] } ]
PMC10565698	P < 0.05, : P < 0.01, *: P < 0.001.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "<", "0.05", ",", "", "", ":", "P", "<", "0.01", ",", "", "", "*", ":", "P", "<", "0.001", "." ] } ]
PMC7433824	Indeed, P4 also decreased the levels of calreticulin, which inhibits retinoic acid‐induced cell differentiation.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Indeed", ",", "P4", "also", "decreased", "the", "levels", "of", "calreticulin", ",", "which", "inhibits", "retinoic", "acid‐induced", "cell", "differentiation", "." ] } ]
PMC10914904	This group of RNA Pol III-transcribed ncRNAs includes transfer RNAs (tRNAs), 7SL RNAs, 7SK RNAs, 5S rRNA, U6 small nuclear RNAs (snRNAs), YRNAs, Alu RNAs, and vault (vt) RNAs [38–43].	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "group", "of", "RNA", "Pol", "III-transcribed", "ncRNAs", "includes", "transfer", "RNAs", "(", "tRNAs", ")", ",", "7SL", "RNAs", ",", "7SK", "RNAs", ",", "5S", "rRNA", ",", "U6", "small", "nuclear", "RNAs", "(", "snRNAs", ")", ",", "YRNAs", ",", "Alu", "RNAs", ",", "and", "vault", "(", "vt", ")", "RNAs", "[", "38–43", "]", "." ] } ]
PMC5261804	Despite the therapeutic potential of protein-protein interactions (PPIs) as drug targets , specific analysis of protein-interaction essentiality or the essentiality of interactions in biological networks (‘edgetics’) is in its infancy .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Despite", "the", "therapeutic", "potential", "of", "protein-protein", "interactions", "(", "PPIs", ")", "as", "drug", "targets", ",", "specific", "analysis", "of", "protein-interaction", "essentiality", "or", "the", "essentiality", "of", "interactions", "in", "biological", "networks", "(", "‘", "edgetics", "’", ")", "is", "in", "its", "infancy", "." ] } ]
PMC11345828	Pd/C (10% wt, 0.1 equiv) and Pd(OH)2/C (20% wt, 0.1 equiv) were added to the reaction vessel, and the reaction was flushed with argon.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pd/C", "(", "10", "%", "wt", ",", "0.1", "equiv", ")", "and", "Pd(OH)2/C", "(", "20", "%", "wt", ",", "0.1", "equiv", ")", "were", "added", "to", "the", "reaction", "vessel", ",", "and", "the", "reaction", "was", "flushed", "with", "argon", "." ] } ]
PMC11730320	H lower CD8 Vβ 2, 9, 13.2, 13.6, and 21.3 were under represented while Vβ 5.1, 20, and 22 were over-represented (lower).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H", "lower", "CD8", "Vβ", "2", ",", "9", ",", "13.2", ",", "13.6", ",", "and", "21.3", "were", "under", "represented", "while", "Vβ", "5.1", ",", "20", ",", "and", "22", "were", "over-represented", "(", "lower", ")", "." ] } ]
PMC11750696	T cells derived from individuals with SLE exhibit modifications in molecular adhesion patterns, intracellular signaling mechanisms, and components of the TCR complex (65).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "T", "cells", "derived", "from", "individuals", "with", "SLE", "exhibit", "modifications", "in", "molecular", "adhesion", "patterns", ",", "intracellular", "signaling", "mechanisms", ",", "and", "components", "of", "the", "TCR", "complex", "(", "65", ")", "." ] } ]
PMC11594074	Docking was then executed using the services of the supercomputer MOGON at Johannes Gutenberg University (Mainz, Germany) (https://hpc.uni-mainz.de, accessed on 5 August 2023).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Docking", "was", "then", "executed", "using", "the", "services", "of", "the", "supercomputer", "MOGON", "at", "Johannes", "Gutenberg", "University", "(", "Mainz", ",", "Germany", ")", "(", "https://hpc.uni-mainz.de", ",", "accessed", "on", "5", "August", "2023", ")", "." ] } ]
PMC5311252	Furthermore, a positive correlation was seen between miRNA expression and known oncomotif-miRNA transcription factors (E2F1-3 and MYC) and host genes (MCM7 and MIR17HG).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "a", "positive", "correlation", "was", "seen", "between", "miRNA", "expression", "and", "known", "oncomotif-miRNA", "transcription", "factors", "(", "E2F1", "-", "3", "and", "MYC", ")", "and", "host", "genes", "(", "MCM7", "and", "MIR17HG", ")", "." ] } ]
PMC5173112	After two weeks of culture, colonies were stained with 0.5% crystal violet solution for 30 min at room temperature.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "two", "weeks", "of", "culture", ",", "colonies", "were", "stained", "with", "0.5", "%", "crystal", "violet", "solution", "for", "30", "min", "at", "room", "temperature", "." ] } ]
PMC7917457	To summarize, the novel double-transgene-armed adenovirus VALO-D102 expresses high amounts of biologically active OX40L and CD40L, was shown to be genetically stable, and can be stored at −20°C for several months without decreases in viral VP or IU titers.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "summarize", ",", "the", "novel", "double-transgene-armed", "adenovirus", "VALO-D102", "expresses", "high", "amounts", "of", "biologically", "active", "OX40L", "and", "CD40L", ",", "was", "shown", "to", "be", "genetically", "stable", ",", "and", "can", "be", "stored", "at", "−20", "°", "C", "for", "several", "months", "without", "decreases", "in", "viral", "VP", "or", "IU", "titers", "." ] } ]
PMC11723210	These errors ultimately manifest as black spots in the image.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "errors", "ultimately", "manifest", "as", "black", "spots", "in", "the", "image", "." ] } ]
PMC11742231	Specifically, a graph’s intricate relationships are captured by applying multiple layers of attention.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Specifically", ",", "a", "graph", "’s", "intricate", "relationships", "are", "captured", "by", "applying", "multiple", "layers", "of", "attention", "." ] } ]
PMC11707832	These clinical cases emphasise a strong association between mutations in MAN2B1 and autoimmune diseases.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "clinical", "cases", "emphasise", "a", "strong", "association", "between", "mutations", "in", "MAN2B1", "and", "autoimmune", "diseases", "." ] } ]
PMC11562028	The results showed that the organ cells and tissues of the mice in each group were tightly arranged and had a uniform texture, and there were small obvious lesions.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "showed", "that", "the", "organ", "cells", "and", "tissues", "of", "the", "mice", "in", "each", "group", "were", "tightly", "arranged", "and", "had", "a", "uniform", "texture", ",", "and", "there", "were", "small", "obvious", "lesions", "." ] } ]
PMC11680578	Angiogenesis plays a crucial role in cancer growth as solid tumors need a blood supply to continue growing and spreading.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Angiogenesis", "plays", "a", "crucial", "role", "in", "cancer", "growth", "as", "solid", "tumors", "need", "a", "blood", "supply", "to", "continue", "growing", "and", "spreading", "." ] } ]
PMC11486946	e Internalization was quantified using the average fluorescence intensities of the plasma membrane and cytoplasm regions (α･Imem / Icyt, see “Methods”).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "e", "Internalization", "was", "quantified", "using", "the", "average", "fluorescence", "intensities", "of", "the", "plasma", "membrane", "and", "cytoplasm", "regions", "(", "α･Imem", "/", "Icyt", ",", "see", "“", "Methods", "”", ")", "." ] } ]
PMC9454178	In our research, we found that CDK7 knockdown significantly inhibited the expression of c-KIT, and we identified the genes downregulated after THZ1 treatment by RNA-seq.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "our", "research", ",", "we", "found", "that", "CDK7", "knockdown", "significantly", "inhibited", "the", "expression", "of", "c-KIT", ",", "and", "we", "identified", "the", "genes", "downregulated", "after", "THZ1", "treatment", "by", "RNA-seq", "." ] } ]
PMC11473750	For both RNF121 and c-Myc, gene amplification was defined as >5 copies of the gene in >50% of cells or a gene/chromosome ratio >2.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "both", "RNF121", "and", "c-Myc", ",", "gene", "amplification", "was", "defined", "as", ">", "5", "copies", "of", "the", "gene", "in", ">", "50", "%", "of", "cells", "or", "a", "gene/chromosome", "ratio", ">", "2", "." ] } ]
PMC6487404	The samples were taken from the receptor chamber (apical side or basolateral side in the case of B-A and A-B transport studies, respectively) at 30, 60, 90, 120 and 180 min, and then replaced with the same volume of the pre-warmed fresh buffer.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "samples", "were", "taken", "from", "the", "receptor", "chamber", "(", "apical", "side", "or", "basolateral", "side", "in", "the", "case", "of", "B-A", "and", "A-B", "transport", "studies", ",", "respectively", ")", "at", "30", ",", "60", ",", "90", ",", "120", "and", "180", "min", ",", "and", "then", "replaced", "with", "the", "same", "volume", "of", "the", "pre-warmed", "fresh", "buffer", "." ] } ]
PMC11794847	In our study, we investigated the role of HVEM in the microenvironment of NSCLC and its implications in immunotherapy.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "our", "study", ",", "we", "investigated", "the", "role", "of", "HVEM", "in", "the", "microenvironment", "of", "NSCLC", "and", "its", "implications", "in", "immunotherapy", "." ] } ]
PMC11594588	Heart diseases and ischemic events are the most common cause of death in the world .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Heart", "diseases", "and", "ischemic", "events", "are", "the", "most", "common", "cause", "of", "death", "in", "the", "world", "." ] } ]
PMC10994876	This restricts YAP’s role as a transcriptional co-activator (Sugihara et al. 2018).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "restricts", "YAP", "’s", "role", "as", "a", "transcriptional", "co-activator", "(", "Sugihara", "et", "al.", "2018", ")", "." ] } ]
PMC8382973	Together, these results highlight the very high thermal stability of the 2P23 gel.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Together", ",", "these", "results", "highlight", "the", "very", "high", "thermal", "stability", "of", "the", "2P23", "gel", "." ] } ]
PMC9429973	Methods: A retrospective analysis of the results of the study of 127 samples of the product of leukocytapheresis was performed.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "A", "retrospective", "analysis", "of", "the", "results", "of", "the", "study", "of", "127", "samples", "of", "the", "product", "of", "leukocytapheresis", "was", "performed", "." ] } ]
PMC11745823	The RT‐PCR was carried out foe additional investigation of RIT1 expression across different grades of human gliomas.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "RT‐PCR", "was", "carried", "out", "foe", "additional", "investigation", "of", "RIT1", "expression", "across", "different", "grades", "of", "human", "gliomas", "." ] } ]
PMC9429973	Therefore, adding fixed duration pirtobrutinib to the time-limited MURANO regimen may allow for even deeper and more prolonged disease control, and generate a clinically relevant dataset in a BTK-pretreated CLL/SLL population.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "adding", "fixed", "duration", "pirtobrutinib", "to", "the", "time-limited", "MURANO", "regimen", "may", "allow", "for", "even", "deeper", "and", "more", "prolonged", "disease", "control", ",", "and", "generate", "a", "clinically", "relevant", "dataset", "in", "a", "BTK-pretreated", "CLL/SLL", "population", "." ] } ]
PMC11612315	h IC50 values of GLP-1, exendin-4, liraglutide, and exendin 9–39 (178.6 ± 23.40 nM, 62.19 ± 5.12 nM, 64.49 ± 10.19 nM, and 28.18 ± 3.92 nM, respectively).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "h", "IC50", "values", "of", "GLP-1", ",", "exendin-4", ",", "liraglutide", ",", "and", "exendin", "9–39", "(", "178.6", "±", "23.40", "nM", ",", "62.19", "±", "5.12", "nM", ",", "64.49", "±", "10.19", "nM", ",", "and", "28.18", "±", "3.92", "nM", ",", "respectively", ")", "." ] } ]
PMC11060216	All data generated or analyzed during this study are available, and could be achieved from the corresponding author Dan Dang if required.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "data", "generated", "or", "analyzed", "during", "this", "study", "are", "available", ",", "and", "could", "be", "achieved", "from", "the", "corresponding", "author", "Dan", "Dang", "if", "required", "." ] } ]
PMC11591038	Tau hyperphosphorylation?—Depending on the experimental model systems, how HIF-1α may affect tau hyperphosphorylation remains controversial.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tau", "hyperphosphorylation", "?—", "Depending", "on", "the", "experimental", "model", "systems", ",", "how", "HIF-1α", "may", "affect", "tau", "hyperphosphorylation", "remains", "controversial", "." ] } ]
PMC11575040	G, H After transfection with miR-1270 mimics for 48 h, the expression levels of LINC00094 and miR-1270 were detected by real-time PCR. *	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "G", ",", "H", "After", "transfection", "with", "miR-1270", "mimics", "for", "48", "h", ",", "the", "expression", "levels", "of", "LINC00094", "and", "miR-1270", "were", "detected", "by", "real-time", "PCR", ".", "*" ] } ]
PMC11389534	However, recent studies demonstrated that human UFSP1 can reverse ASC1 UFMylation and is required to remove a possible self‐inhibitory modification on UFC1, indicating that UFSP1 act at different points to secure proper UFMylation. ,	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "recent", "studies", "demonstrated", "that", "human", "UFSP1", "can", "reverse", "ASC1", "UFMylation", "and", "is", "required", "to", "remove", "a", "possible", "self‐inhibitory", "modification", "on", "UFC1", ",", "indicating", "that", "UFSP1", "act", "at", "different", "points", "to", "secure", "proper", "UFMylation", ".", "," ] } ]
PMC11740207	Considering that cells capable of transitioning between EMT and MET originate from a common progenitor, it raises the question of whether this progenitor is highly plastic or represents a less differentiated pluripotent stage.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Considering", "that", "cells", "capable", "of", "transitioning", "between", "EMT", "and", "MET", "originate", "from", "a", "common", "progenitor", ",", "it", "raises", "the", "question", "of", "whether", "this", "progenitor", "is", "highly", "plastic", "or", "represents", "a", "less", "differentiated", "pluripotent", "stage", "." ] } ]
PMC10114490	Cell monolayers were cleaned twice with cold PBS and scratched with 300 µL of a cold solution of methanol/water (3:1 v/v) with internal standards (phenylalanine-D5, tryptophan-D5 and caffeine-D9) at 0.25 μM. Supernatant was collected and evaporated to dryness under vacuum and reconstituted in 75 μL of 95% water and 5% acetonitrile with 0.1% (v/v) formic acid.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "monolayers", "were", "cleaned", "twice", "with", "cold", "PBS", "and", "scratched", "with", "300", "µL", "of", "a", "cold", "solution", "of", "methanol/water", "(", "3:1", "v/v", ")", "with", "internal", "standards", "(", "phenylalanine-D5", ",", "tryptophan-D5", "and", "caffeine-D9", ")", "at", "0.25", "μM.", "Supernatant", "was", "collected", "and", "evaporated", "to", "dryness", "under", "vacuum", "and", "reconstituted", "in", "75", "μL", "of", "95", "%", "water", "and", "5", "%", "acetonitrile", "with", "0.1", "%", "(", "v/v", ")", "formic", "acid", "." ] } ]
PMC11471157	Organization of cell spheroids by HaCaT cells on Day 3.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Organization", "of", "cell", "spheroids", "by", "HaCaT", "cells", "on", "Day", "3", "." ] } ]
PMC11089031	ZNF692 was Knockdown (KD) or overexpressed (OE) in ccRCC cell lines 786–0 and Caki-1.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O" ], "tokens": [ "ZNF692", "was", "Knockdown", "(", "KD", ")", "or", "overexpressed", "(", "OE", ")", "in", "ccRCC", "cell", "lines", "786–0", "and", "Caki-1", "." ] } ]
PMC11544771	In this study, we observed that the combined treatment with CPX and PRE exhibits more potent anticancer activity compared to the single treatment with CPX or PRE in NSCLC.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "observed", "that", "the", "combined", "treatment", "with", "CPX", "and", "PRE", "exhibits", "more", "potent", "anticancer", "activity", "compared", "to", "the", "single", "treatment", "with", "CPX", "or", "PRE", "in", "NSCLC", "." ] } ]
PMC9164404	To understand the mechanism of AbPlatin, we further systematically investigated the effects of AbPlatin compared with cisplatin on the transcriptomics, metabolomics, and lipidomics.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "understand", "the", "mechanism", "of", "AbPlatin", ",", "we", "further", "systematically", "investigated", "the", "effects", "of", "AbPlatin", "compared", "with", "cisplatin", "on", "the", "transcriptomics", ",", "metabolomics", ",", "and", "lipidomics", "." ] } ]
PMC11670954	LPS induces alterations in the distribution of ZO-1 and claudin-1 and activates the MLCK/MLC pathway, ultimately leading to increased permeability .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "LPS", "induces", "alterations", "in", "the", "distribution", "of", "ZO-1", "and", "claudin-1", "and", "activates", "the", "MLCK/MLC", "pathway", ",", "ultimately", "leading", "to", "increased", "permeability", "." ] } ]
PMC11047729	Another study, using Korean red ginseng (KRG) on U937 cells, showed its anti-cancer properties.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Another", "study", ",", "using", "Korean", "red", "ginseng", "(", "KRG", ")", "on", "U937", "cells", ",", "showed", "its", "anti-cancer", "properties", "." ] } ]
PMC11721295	However, resistance to targeted KRAS inhibitors almost inevitably occurs; resistance can be driven by tumor cell–intrinsic changes or by changes in the microenvironment.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "resistance", "to", "targeted", "KRAS", "inhibitors", "almost", "inevitably", "occurs", ";", "resistance", "can", "be", "driven", "by", "tumor", "cell", "–", "intrinsic", "changes", "or", "by", "changes", "in", "the", "microenvironment", "." ] } ]
PMC9429973	ERN-EuroBloodNet Webinars were launched for professionals with 26 Thursdays Webinars and 3 EBAH accredited Topic on Focus on Cutaneous Lymphoma, Thrombotic Microangiopathies, and Bone Marrow Failures.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ERN-EuroBloodNet", "Webinars", "were", "launched", "for", "professionals", "with", "26", "Thursdays", "Webinars", "and", "3", "EBAH", "accredited", "Topic", "on", "Focus", "on", "Cutaneous", "Lymphoma", ",", "Thrombotic", "Microangiopathies", ",", "and", "Bone", "Marrow", "Failures", "." ] } ]
PMC9812014	Anisomycin addition of up to 8 or 5 h p.i.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Anisomycin", "addition", "of", "up", "to", "8", "or", "5", "h", "p.i", "." ] } ]
PMC11680982	Subsequent luciferase reporter gene assays demonstrated that hsa-miR-23a-5p binds substantially to HER2’s 3’-UTR region (Fig. 6H).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequent", "luciferase", "reporter", "gene", "assays", "demonstrated", "that", "hsa-miR-23a-5p", "binds", "substantially", "to", "HER2", "’s", "3’-UTR", "region", "(", "Fig.", "6H", ")", "." ] } ]
PMC9429973	Secondary objective is to evaluate efficacy as measured by the ratio of overall response (ORR) and complete response (CR).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Secondary", "objective", "is", "to", "evaluate", "efficacy", "as", "measured", "by", "the", "ratio", "of", "overall", "response", "(", "ORR", ")", "and", "complete", "response", "(", "CR", ")", "." ] } ]
PMC11657744	The assembly of primary cilia begins with the centriole maturation, marked by the hierarchical recruitment of appendage proteins .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "assembly", "of", "primary", "cilia", "begins", "with", "the", "centriole", "maturation", ",", "marked", "by", "the", "hierarchical", "recruitment", "of", "appendage", "proteins", "." ] } ]
PMC11565047	Data source location•Institution: Next Generation Sequencing Platform of the CRCHUQ-Université Laval•City/Town/Region: Québec City, QC•Country: CanadaData accessibilityRepository name: Gene Expression OmnibusData identification number: GSE256370Direct URL to data: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE256370Related research articleC. Lafront, L. Germain, G.H. Campolina-Silva, C. Weidmann, L. Berthiaume, H. Hovington, H. Brisson, C. Jobin, L. Frégeau-Proulx, R. Cotau, K. Gonthier, A. Lacouture, P. Caron, C. Ménard, C. Atallah, J. Riopel, É. Latulippe, A. Bergeron, P. Toren, C. Guillemette, M. Pelletier, Y. Fradet, C. Belleannée, F. Pouliot, L. Lacombe, É. Lévesque, É. Audet-Walsh, The estrogen signaling pathway reprograms prostate cancer cell metabolism and supports proliferation and disease progression, J Clin Invest.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "source", "location•Institution", ":", "Next", "Generation", "Sequencing", "Platform", "of", "the", "CRCHUQ-Université", "Laval•City/Town/Region", ":", "Québec", "City", ",", "QC•Country", ":", "CanadaData", "accessibilityRepository", "name", ":", "Gene", "Expression", "OmnibusData", "identification", "number", ":", "GSE256370Direct", "URL", "to", "data", ":", "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc", "=", "GSE256370Related", "research", "articleC.", "Lafront", ",", "L.", "Germain", ",", "G.H.", "Campolina-Silva", ",", "C.", "Weidmann", ",", "L.", "Berthiaume", ",", "H.", "Hovington", ",", "H.", "Brisson", ",", "C.", "Jobin", ",", "L.", "Frégeau-Proulx", ",", "R.", "Cotau", ",", "K.", "Gonthier", ",", "A.", "Lacouture", ",", "P.", "Caron", ",", "C.", "Ménard", ",", "C.", "Atallah", ",", "J.", "Riopel", ",", "É.", "Latulippe", ",", "A.", "Bergeron", ",", "P.", "Toren", ",", "C.", "Guillemette", ",", "M.", "Pelletier", ",", "Y.", "Fradet", ",", "C.", "Belleannée", ",", "F.", "Pouliot", ",", "L.", "Lacombe", ",", "É.", "Lévesque", ",", "É.", "Audet-Walsh", ",", "The", "estrogen", "signaling", "pathway", "reprograms", "prostate", "cancer", "cell", "metabolism", "and", "supports", "proliferation", "and", "disease", "progression", ",", "J", "Clin", "Invest", "." ] } ]
PMC11419337	A member of the PLOS ONE Editorial Board reviewed the concerns and was satisfied that the two articles are sufficiently distinct from one another to warrant separate publications despite their similar design.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "member", "of", "the", "PLOS", "ONE", "Editorial", "Board", "reviewed", "the", "concerns", "and", "was", "satisfied", "that", "the", "two", "articles", "are", "sufficiently", "distinct", "from", "one", "another", "to", "warrant", "separate", "publications", "despite", "their", "similar", "design", "." ] } ]
PMC9429973	A further analysis was performed to compare findings in a subgroup of 7 pts who had an additional background disease along with HL, such as chronic lymphocytic leukemia, s/p kidney transplantation, solid tumor, or those who were heavily pretreated, including therapy with bendamustine, versus the values observed in the rest 48 pts.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "further", "analysis", "was", "performed", "to", "compare", "findings", "in", "a", "subgroup", "of", "7", "pts", "who", "had", "an", "additional", "background", "disease", "along", "with", "HL", ",", "such", "as", "chronic", "lymphocytic", "leukemia", ",", "s/p", "kidney", "transplantation", ",", "solid", "tumor", ",", "or", "those", "who", "were", "heavily", "pretreated", ",", "including", "therapy", "with", "bendamustine", ",", "versus", "the", "values", "observed", "in", "the", "rest", "48", "pts", "." ] } ]
PMC11587541	Recent studies have suggested that telomere shortening may be a potential therapeutic target in SMA .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recent", "studies", "have", "suggested", "that", "telomere", "shortening", "may", "be", "a", "potential", "therapeutic", "target", "in", "SMA", "." ] } ]
PMC10568263	This study has adopted an electrochemical immunosensor that is formed from a complex structure via the specific antibody–antigen interactions to provide protein and nucleic acid analysis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "study", "has", "adopted", "an", "electrochemical", "immunosensor", "that", "is", "formed", "from", "a", "complex", "structure", "via", "the", "specific", "antibody", "–", "antigen", "interactions", "to", "provide", "protein", "and", "nucleic", "acid", "analysis", "." ] } ]
PMC11703992	The processed SNPs were then integrated and harmonized with outcome data using inbuilt function “harmonise_data”.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "processed", "SNPs", "were", "then", "integrated", "and", "harmonized", "with", "outcome", "data", "using", "inbuilt", "function", "“", "harmonise_data", "”", "." ] } ]
PMC11472569	Despite remarkable progress, the intercellular transfer of MDR via EVs remains poorly understood.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Despite", "remarkable", "progress", ",", "the", "intercellular", "transfer", "of", "MDR", "via", "EVs", "remains", "poorly", "understood", "." ] } ]
PMC9884169	Sequences of siRNAs were shown in Table 1.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sequences", "of", "siRNAs", "were", "shown", "in", "Table", "1", "." ] } ]
PMC11787355	HCD collision energy was set to 28% and MS/MS spectra were recorded with a resolution of 30.000 (normalized AGC target 3000%).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HCD", "collision", "energy", "was", "set", "to", "28", "%", "and", "MS/MS", "spectra", "were", "recorded", "with", "a", "resolution", "of", "30.000", "(", "normalized", "AGC", "target", "3000", "%", ")", "." ] } ]
PMC11277157	The two major components (PC1 and PC2) explained together 42% of the variance (Figure 2B).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "two", "major", "components", "(", "PC1", "and", "PC2", ")", "explained", "together", "42", "%", "of", "the", "variance", "(", "Figure", "2B", ")", "." ] } ]

PMC10582049

Volcano plot shows the differentially expressed genes among groups of LUAD patients (stages I and II, TCGA dataset) with low (n = 105) and high (n = 105) expression of ADH1B. (

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Volcano", "plot", "shows", "the", "differentially", "expressed", "genes", "among", "groups", "of", "LUAD", "patients", "(", "stages", "I", "and", "II", ",", "TCGA", "dataset", ")", "with", "low", "(", "n", "=", "105", ")", "and", "high", "(", "n", "=", "105", ")", "expression", "of", "ADH1B", ".", "(" ] } ]

PMC8735881

Effects of GPI-scFvs on the expression of HIV receptors.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Effects", "of", "GPI-scFvs", "on", "the", "expression", "of", "HIV", "receptors", "." ] } ]

PMC8913139

Meanwhile, this study also explored how miR-448 regulates GBM progression.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Meanwhile", ",", "this", "study", "also", "explored", "how", "miR-448", "regulates", "GBM", "progression", "." ] } ]

PMC9429973

Next, a pathway analysis was performed (Metascape) to identify significant pathways among the differentially expressed genes.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Next", ",", "a", "pathway", "analysis", "was", "performed", "(", "Metascape", ")", "to", "identify", "significant", "pathways", "among", "the", "differentially", "expressed", "genes", "." ] } ]

PMC10197932

After 30 min or 24 hours post-treatment, the cells were incubated with 5 μM DCFH-DA, for 30 min 37 °C, 5% CO2.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "30", "min", "or", "24", "hours", "post-treatment", ",", "the", "cells", "were", "incubated", "with", "5", "μM", "DCFH-DA", ",", "for", "30", "min", "37", "°", "C", ",", "5", "%", "CO2", "." ] } ]

PMC10932641

The effect of silencing and overexpressing GPRC5D-AS1 on the proliferation of 786-0 cells.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "effect", "of", "silencing", "and", "overexpressing", "GPRC5D-AS1", "on", "the", "proliferation", "of", "786", "-", "0", "cells", "." ] } ]

PMC11366496

Eventually, the JAK/STAT signaling axis was found to be significantly suppressed by RNF122 knocking down in LN‐229 and A‐172 cells, in contrast to the other signaling axis.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Eventually", ",", "the", "JAK/STAT", "signaling", "axis", "was", "found", "to", "be", "significantly", "suppressed", "by", "RNF122", "knocking", "down", "in", "LN‐229", "and", "A‐172", "cells", ",", "in", "contrast", "to", "the", "other", "signaling", "axis", "." ] } ]

PMC11391695

In conclusion, the enzyme correlation immunoassay demonstrated that the administration of pcDNA/PEI/NPs@M resulted in a reduction in the concentration of TERT in tumor tissues when compared to the three groups that came before it (Fig. 7J).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "conclusion", ",", "the", "enzyme", "correlation", "immunoassay", "demonstrated", "that", "the", "administration", "of", "pcDNA/PEI/NPs@M", "resulted", "in", "a", "reduction", "in", "the", "concentration", "of", "TERT", "in", "tumor", "tissues", "when", "compared", "to", "the", "three", "groups", "that", "came", "before", "it", "(", "Fig.", "7J", ")", "." ] } ]

PMC10158546

Figure 6.Prion seeding activity is consistently detected within ReN cultures for 6 weeks following inoculation with four prion isolates.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Figure", "6.Prion", "seeding", "activity", "is", "consistently", "detected", "within", "ReN", "cultures", "for", "6", "weeks", "following", "inoculation", "with", "four", "prion", "isolates", "." ] } ]

PMC11755519

An in-depth understanding of the role EVs play in the development of urinary bladder cancer is crucial for the development of future anticancer therapies.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "An", "in-depth", "understanding", "of", "the", "role", "EVs", "play", "in", "the", "development", "of", "urinary", "bladder", "cancer", "is", "crucial", "for", "the", "development", "of", "future", "anticancer", "therapies", "." ] } ]

PMC11592837

To our knowledge, a correlation between the two predictors has not yet been investigated.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "our", "knowledge", ",", "a", "correlation", "between", "the", "two", "predictors", "has", "not", "yet", "been", "investigated", "." ] } ]

PMC11607764

The use of different normal tissue references could lead to the observed inconsistency in PTBP1 expression patterns for BRCA (Breast invasive carcinoma).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "use", "of", "different", "normal", "tissue", "references", "could", "lead", "to", "the", "observed", "inconsistency", "in", "PTBP1", "expression", "patterns", "for", "BRCA", "(", "Breast", "invasive", "carcinoma", ")", "." ] } ]

PMC7039683

Interestingly, orthologs (or, in the case of Klf17, the paralog, Klf4) of each these transcription factors are necessary for mammalian skin development, showing the similarity of the relevant GRNs (e.g., GRHL [Gordon et al., 2014; Nishino et al., 2017],TEAD-YAP (Elbediwy et al., 2016), FOS-JUN/AP-1 (Uluçkan et al., 2015), KLF4 (Segre et al., 1999), TFAP2 (Leask et al., 1991), GATA6 (Yang et al., 2002), C/EBP (Sato et al., 2012), ETS1 (Chin et al., 2013; Nagarajan et al., 2010), IRF6 [Ingraham et al., 2006]).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "orthologs", "(", "or", ",", "in", "the", "case", "of", "Klf17", ",", "the", "paralog", ",", "Klf4", ")", "of", "each", "these", "transcription", "factors", "are", "necessary", "for", "mammalian", "skin", "development", ",", "showing", "the", "similarity", "of", "the", "relevant", "GRNs", "(", "e.g.", ",", "GRHL", "[", "Gordon", "et", "al.", ",", "2014", ";", "Nishino", "et", "al.", ",", "2017],TEAD-YAP", "(", "Elbediwy", "et", "al.", ",", "2016", ")", ",", "FOS-JUN/AP-1", "(", "Uluçkan", "et", "al.", ",", "2015", ")", ",", "KLF4", "(", "Segre", "et", "al.", ",", "1999", ")", ",", "TFAP2", "(", "Leask", "et", "al.", ",", "1991", ")", ",", "GATA6", "(", "Yang", "et", "al.", ",", "2002", ")", ",", "C/EBP", "(", "Sato", "et", "al.", ",", "2012", ")", ",", "ETS1", "(", "Chin", "et", "al.", ",", "2013", ";", "Nagarajan", "et", "al.", ",", "2010", ")", ",", "IRF6", "[", "Ingraham", "et", "al.", ",", "2006", "]", ")", "." ] } ]

PMC11796104

The expression levels of hsa-circ-0065165, hsa-circ-0024236, hsa-circ-0054894 in the OP group and the control group a) The expression levels of hsa-miR-17-5p, hsa-miR-106b-5p, and hsa-miR-93-5p in the OP group and the control group.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "levels", "of", "hsa-circ-0065165", ",", "hsa-circ-0024236", ",", "hsa-circ-0054894", "in", "the", "OP", "group", "and", "the", "control", "group", "a", ")", "The", "expression", "levels", "of", "hsa-miR-17", "-", "5p", ",", "hsa-miR-106b-5p", ",", "and", "hsa-miR-93", "-", "5p", "in", "the", "OP", "group", "and", "the", "control", "group", "." ] } ]

PMC7840816

Although this cancer has been widely studied, the precise genetic changes underlying the development and progression of PTC are not completely understood.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "this", "cancer", "has", "been", "widely", "studied", ",", "the", "precise", "genetic", "changes", "underlying", "the", "development", "and", "progression", "of", "PTC", "are", "not", "completely", "understood", "." ] } ]

PMC9429973

Interestingly, when we used Ctla4-/- OT-1 CD8+ T cells for the cytotoxicity assays, lymphoma cell killing was enhanced in the Nr4a1-/- setting compared to that using Ctla4+/+ OT-1 CD8+ T cells.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "when", "we", "used", "Ctla4-/-", "OT-1", "CD8", "+", "T", "cells", "for", "the", "cytotoxicity", "assays", ",", "lymphoma", "cell", "killing", "was", "enhanced", "in", "the", "Nr4a1-/-", "setting", "compared", "to", "that", "using", "Ctla4+/+", "OT-1", "CD8", "+", "T", "cells", "." ] } ]

PMC5854676

The drug doxorubicin was shown to enhance the localization of the hybrid form of lipid NPs, leading to greater toxicity along with many beneficial effects.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "drug", "doxorubicin", "was", "shown", "to", "enhance", "the", "localization", "of", "the", "hybrid", "form", "of", "lipid", "NPs", ",", "leading", "to", "greater", "toxicity", "along", "with", "many", "beneficial", "effects", "." ] } ]

PMC9429973

RS clonally derived from CLL and RS unrelated to the original CLL display distinct pathological and biological entities.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RS", "clonally", "derived", "from", "CLL", "and", "RS", "unrelated", "to", "the", "original", "CLL", "display", "distinct", "pathological", "and", "biological", "entities", "." ] } ]

PMC11172027

The use of 200 µg/mL NASeLM already showed the most effective inhibition of mitochondrial activity (43.1 ± 2.8% vs. 100.0 ± 8.1%; p < 0.001; n = 3).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "use", "of", "200", "µg/mL", "NASeLM", "already", "showed", "the", "most", "effective", "inhibition", "of", "mitochondrial", "activity", "(", "43.1", "±", "2.8", "%", "vs.", "100.0", "±", "8.1", "%", ";", "p", "<", "0.001", ";", "n", "=", "3", ")", "." ] } ]

PMC10898159

Targeting the Hh pathway can reduce KIT mRNA and re-enhance the sensitivity of GIST cells to TKIs in in vivo experiments.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Targeting", "the", "Hh", "pathway", "can", "reduce", "KIT", "mRNA", "and", "re-enhance", "the", "sensitivity", "of", "GIST", "cells", "to", "TKIs", "in", "in", "vivo", "experiments", "." ] } ]

PMC11758416

Make a staining master-mix solution of 5 μL Annexin V, 5 μL 7-AAD and 90 μL Annexin V Binding buffer for each well.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Make", "a", "staining", "master-mix", "solution", "of", "5", "μL", "Annexin", "V", ",", "5", "μL", "7-AAD", "and", "90", "μL", "Annexin", "V", "Binding", "buffer", "for", "each", "well", "." ] } ]

PMC10840195

The migration (C) and invasion (D) abilities of cells were determined by Transwell assays.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "migration", "(", "C", ")", "and", "invasion", "(", "D", ")", "abilities", "of", "cells", "were", "determined", "by", "Transwell", "assays", "." ] } ]

PMC11322866

GAPDH was used as a loading control. (

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", ".", "(" ] } ]

PMC7840816

Increasing evidence has reported that SOX9 plays different roles in various types of malignancies.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Increasing", "evidence", "has", "reported", "that", "SOX9", "plays", "different", "roles", "in", "various", "types", "of", "malignancies", "." ] } ]

PMC11701801

This result is similar to that reported for SMARCB1-deficient cell lines (19).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "result", "is", "similar", "to", "that", "reported", "for", "SMARCB1-deficient", "cell", "lines", "(", "19", ")", "." ] } ]

PMC10965315

The current study has some limitations.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "current", "study", "has", "some", "limitations", "." ] } ]

PMC6442998

In this study, we firstly evaluated the importance of PDE3A function in the imatinib-resistant GIST48 cell line using a catalytic and a non-catalytic PDE3 inhibitor, cilostazol and DNDMP , respectively.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "firstly", "evaluated", "the", "importance", "of", "PDE3A", "function", "in", "the", "imatinib-resistant", "GIST48", "cell", "line", "using", "a", "catalytic", "and", "a", "non-catalytic", "PDE3", "inhibitor", ",", "cilostazol", "and", "DNDMP", ",", "respectively", "." ] } ]

PMC11594074

The predicted inhibition constant (pKi), as well as the amino acid interactions, were revealed through this docking.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "predicted", "inhibition", "constant", "(", "pKi", ")", ",", "as", "well", "as", "the", "amino", "acid", "interactions", ",", "were", "revealed", "through", "this", "docking", "." ] } ]

PMC11206251

Additionally, down-regulation of IL-6, JAK2, and STAT3 could inhibit cell proliferation in HepG2 cells .

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "down-regulation", "of", "IL-6", ",", "JAK2", ",", "and", "STAT3", "could", "inhibit", "cell", "proliferation", "in", "HepG2", "cells", "." ] } ]

PMC11525028

∗∗∗∗p < 0.0001, by Student’s t test (L).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "∗∗∗∗p", "<", "0.0001", ",", "by", "Student", "’s", "t", "test", "(", "L", ")", "." ] } ]

PMC10728535

EOC is often referred to as the “silent killer” since it demonstrates a few symptoms until its metastasis within the peritoneal cavity, which corresponds to a significantly reduced chance of curing.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "EOC", "is", "often", "referred", "to", "as", "the", "“", "silent", "killer", "”", "since", "it", "demonstrates", "a", "few", "symptoms", "until", "its", "metastasis", "within", "the", "peritoneal", "cavity", ",", "which", "corresponds", "to", "a", "significantly", "reduced", "chance", "of", "curing", "." ] } ]

PMC11297139

g Quantitative phase diagram depicting the intra-nuclear concentration of ARID1A domains and mutants observed.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "g", "Quantitative", "phase", "diagram", "depicting", "the", "intra-nuclear", "concentration", "of", "ARID1A", "domains", "and", "mutants", "observed", "." ] } ]

PMC11352666

These studies may identify combinations with more consistently synergistic interactions that are more easily translatable to clinical studies in patients with EWS.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "studies", "may", "identify", "combinations", "with", "more", "consistently", "synergistic", "interactions", "that", "are", "more", "easily", "translatable", "to", "clinical", "studies", "in", "patients", "with", "EWS", "." ] } ]

PMC11461874

Internal control was used to normalize the transfection efficiencies.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Internal", "control", "was", "used", "to", "normalize", "the", "transfection", "efficiencies", "." ] } ]

PMC10040136

This resistance is mediated through activation of the PI3K-AKT-mTOR pathway in tumor cells by TGF-β2 secreted by the mesenchymal stem cells.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "resistance", "is", "mediated", "through", "activation", "of", "the", "PI3K-AKT-mTOR", "pathway", "in", "tumor", "cells", "by", "TGF-β2", "secreted", "by", "the", "mesenchymal", "stem", "cells", "." ] } ]

PMC11792766

Recalculation of no‐observed‐adverse‐effect‐concentrations (NOAECs) to food simulant tolerance in exposure medium.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recalculation", "of", "no‐observed‐adverse‐effect‐concentrations", "(", "NOAECs", ")", "to", "food", "simulant", "tolerance", "in", "exposure", "medium", "." ] } ]

PMC9429973

ASTX727, an oral fixed dose combination of HMA decitabine (35mg) and cytidine deaminase inhibitor cedazuridine (100mg), was recently approved in the US for the treatment of MDS and CMML.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ASTX727", ",", "an", "oral", "fixed", "dose", "combination", "of", "HMA", "decitabine", "(", "35", "mg", ")", "and", "cytidine", "deaminase", "inhibitor", "cedazuridine", "(", "100", "mg", ")", ",", "was", "recently", "approved", "in", "the", "US", "for", "the", "treatment", "of", "MDS", "and", "CMML", "." ] } ]

PMC11590005

All responses were rated on a 7-point Likert-type scale, from 1 = strongly disagree to 7 = strongly agree.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "responses", "were", "rated", "on", "a", "7-point", "Likert-type", "scale", ",", "from", "1", "=", "strongly", "disagree", "to", "7", "=", "strongly", "agree", "." ] } ]

PMC11787381

Bambuterol is an anti-asthmatic prodrug, marketed for a long time and considered as safe as β2-AR agonist terbutaline, which it releases upon inhibitory interaction with BuChE. The β2-AR and BuChE have both been identified as valuable and complementary targets for treating AD.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bambuterol", "is", "an", "anti-asthmatic", "prodrug", ",", "marketed", "for", "a", "long", "time", "and", "considered", "as", "safe", "as", "β2-AR", "agonist", "terbutaline", ",", "which", "it", "releases", "upon", "inhibitory", "interaction", "with", "BuChE.", "The", "β2-AR", "and", "BuChE", "have", "both", "been", "identified", "as", "valuable", "and", "complementary", "targets", "for", "treating", "AD", "." ] } ]

PMC11705630

Absorbance at 450nm wavelength was measured.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Absorbance", "at", "450", "nm", "wavelength", "was", "measured", "." ] } ]

PMC11766332

GALNT2 encodes the Golgi-localized polypeptide N-acetyl-d-galactosamine-transferase 2 isoenzyme, which acts in the initiation of mucin-type protein O-glycosylation.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GALNT2", "encodes", "the", "Golgi-localized", "polypeptide", "N-acetyl-d-galactosamine-transferase", "2", "isoenzyme", ",", "which", "acts", "in", "the", "initiation", "of", "mucin-type", "protein", "O-glycosylation", "." ] } ]

PMC11413393

Average comet tail moments ± SEM of three independent experiments are shown.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Average", "comet", "tail", "moments", "±", "SEM", "of", "three", "independent", "experiments", "are", "shown", "." ] } ]

PMC11127909

Staining intensity was scored as follows: 0, no staining; 1, weak staining; 2, moderate staining; and 3, dark staining.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Staining", "intensity", "was", "scored", "as", "follows", ":", "0", ",", "no", "staining", ";", "1", ",", "weak", "staining", ";", "2", ",", "moderate", "staining", ";", "and", "3", ",", "dark", "staining", "." ] } ]

PMC11295144

Moreover, genetic deletion of GABAARs using CRISPR-Cas9 technology in a single hippocampal neuron was shown to cause a substantial reduction in GABAergic synapses received by this cell (Duan et al., 2019), further supporting the critical role of GABAARs in inhibitory synapse development.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "genetic", "deletion", "of", "GABAARs", "using", "CRISPR-Cas9", "technology", "in", "a", "single", "hippocampal", "neuron", "was", "shown", "to", "cause", "a", "substantial", "reduction", "in", "GABAergic", "synapses", "received", "by", "this", "cell", "(", "Duan", "et", "al.", ",", "2019", ")", ",", "further", "supporting", "the", "critical", "role", "of", "GABAARs", "in", "inhibitory", "synapse", "development", "." ] } ]

PMC10565698

P < 0.05, **: P < 0.01, ***: P < 0.001.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "<", "0.05", ",", "*", "*", ":", "P", "<", "0.01", ",", "*", "*", "*", ":", "P", "<", "0.001", "." ] } ]

PMC7433824

Indeed, P4 also decreased the levels of calreticulin, which inhibits retinoic acid‐induced cell differentiation.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Indeed", ",", "P4", "also", "decreased", "the", "levels", "of", "calreticulin", ",", "which", "inhibits", "retinoic", "acid‐induced", "cell", "differentiation", "." ] } ]

PMC10914904

This group of RNA Pol III-transcribed ncRNAs includes transfer RNAs (tRNAs), 7SL RNAs, 7SK RNAs, 5S rRNA, U6 small nuclear RNAs (snRNAs), YRNAs, Alu RNAs, and vault (vt) RNAs [38–43].

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "group", "of", "RNA", "Pol", "III-transcribed", "ncRNAs", "includes", "transfer", "RNAs", "(", "tRNAs", ")", ",", "7SL", "RNAs", ",", "7SK", "RNAs", ",", "5S", "rRNA", ",", "U6", "small", "nuclear", "RNAs", "(", "snRNAs", ")", ",", "YRNAs", ",", "Alu", "RNAs", ",", "and", "vault", "(", "vt", ")", "RNAs", "[", "38–43", "]", "." ] } ]

PMC5261804

Despite the therapeutic potential of protein-protein interactions (PPIs) as drug targets , specific analysis of protein-interaction essentiality or the essentiality of interactions in biological networks (‘edgetics’) is in its infancy .

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Despite", "the", "therapeutic", "potential", "of", "protein-protein", "interactions", "(", "PPIs", ")", "as", "drug", "targets", ",", "specific", "analysis", "of", "protein-interaction", "essentiality", "or", "the", "essentiality", "of", "interactions", "in", "biological", "networks", "(", "‘", "edgetics", "’", ")", "is", "in", "its", "infancy", "." ] } ]

PMC11345828

Pd/C (10% wt, 0.1 equiv) and Pd(OH)2/C (20% wt, 0.1 equiv) were added to the reaction vessel, and the reaction was flushed with argon.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pd/C", "(", "10", "%", "wt", ",", "0.1", "equiv", ")", "and", "Pd(OH)2/C", "(", "20", "%", "wt", ",", "0.1", "equiv", ")", "were", "added", "to", "the", "reaction", "vessel", ",", "and", "the", "reaction", "was", "flushed", "with", "argon", "." ] } ]

PMC11730320

H lower CD8 Vβ 2, 9, 13.2, 13.6, and 21.3 were under represented while Vβ 5.1, 20, and 22 were over-represented (lower).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H", "lower", "CD8", "Vβ", "2", ",", "9", ",", "13.2", ",", "13.6", ",", "and", "21.3", "were", "under", "represented", "while", "Vβ", "5.1", ",", "20", ",", "and", "22", "were", "over-represented", "(", "lower", ")", "." ] } ]

PMC11750696

T cells derived from individuals with SLE exhibit modifications in molecular adhesion patterns, intracellular signaling mechanisms, and components of the TCR complex (65).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "T", "cells", "derived", "from", "individuals", "with", "SLE", "exhibit", "modifications", "in", "molecular", "adhesion", "patterns", ",", "intracellular", "signaling", "mechanisms", ",", "and", "components", "of", "the", "TCR", "complex", "(", "65", ")", "." ] } ]

PMC11594074

Docking was then executed using the services of the supercomputer MOGON at Johannes Gutenberg University (Mainz, Germany) (https://hpc.uni-mainz.de, accessed on 5 August 2023).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Docking", "was", "then", "executed", "using", "the", "services", "of", "the", "supercomputer", "MOGON", "at", "Johannes", "Gutenberg", "University", "(", "Mainz", ",", "Germany", ")", "(", "https://hpc.uni-mainz.de", ",", "accessed", "on", "5", "August", "2023", ")", "." ] } ]

PMC5311252

Furthermore, a positive correlation was seen between miRNA expression and known oncomotif-miRNA transcription factors (E2F1-3 and MYC) and host genes (MCM7 and MIR17HG).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "a", "positive", "correlation", "was", "seen", "between", "miRNA", "expression", "and", "known", "oncomotif-miRNA", "transcription", "factors", "(", "E2F1", "-", "3", "and", "MYC", ")", "and", "host", "genes", "(", "MCM7", "and", "MIR17HG", ")", "." ] } ]

PMC5173112

After two weeks of culture, colonies were stained with 0.5% crystal violet solution for 30 min at room temperature.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "two", "weeks", "of", "culture", ",", "colonies", "were", "stained", "with", "0.5", "%", "crystal", "violet", "solution", "for", "30", "min", "at", "room", "temperature", "." ] } ]

PMC7917457

To summarize, the novel double-transgene-armed adenovirus VALO-D102 expresses high amounts of biologically active OX40L and CD40L, was shown to be genetically stable, and can be stored at −20°C for several months without decreases in viral VP or IU titers.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "summarize", ",", "the", "novel", "double-transgene-armed", "adenovirus", "VALO-D102", "expresses", "high", "amounts", "of", "biologically", "active", "OX40L", "and", "CD40L", ",", "was", "shown", "to", "be", "genetically", "stable", ",", "and", "can", "be", "stored", "at", "−20", "°", "C", "for", "several", "months", "without", "decreases", "in", "viral", "VP", "or", "IU", "titers", "." ] } ]

PMC11723210

These errors ultimately manifest as black spots in the image.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "errors", "ultimately", "manifest", "as", "black", "spots", "in", "the", "image", "." ] } ]

PMC11742231

Specifically, a graph’s intricate relationships are captured by applying multiple layers of attention.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Specifically", ",", "a", "graph", "’s", "intricate", "relationships", "are", "captured", "by", "applying", "multiple", "layers", "of", "attention", "." ] } ]

PMC11707832

These clinical cases emphasise a strong association between mutations in MAN2B1 and autoimmune diseases.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "clinical", "cases", "emphasise", "a", "strong", "association", "between", "mutations", "in", "MAN2B1", "and", "autoimmune", "diseases", "." ] } ]

PMC11562028

The results showed that the organ cells and tissues of the mice in each group were tightly arranged and had a uniform texture, and there were small obvious lesions.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "showed", "that", "the", "organ", "cells", "and", "tissues", "of", "the", "mice", "in", "each", "group", "were", "tightly", "arranged", "and", "had", "a", "uniform", "texture", ",", "and", "there", "were", "small", "obvious", "lesions", "." ] } ]

PMC11680578

Angiogenesis plays a crucial role in cancer growth as solid tumors need a blood supply to continue growing and spreading.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Angiogenesis", "plays", "a", "crucial", "role", "in", "cancer", "growth", "as", "solid", "tumors", "need", "a", "blood", "supply", "to", "continue", "growing", "and", "spreading", "." ] } ]

PMC11486946

e Internalization was quantified using the average fluorescence intensities of the plasma membrane and cytoplasm regions (α･Imem / Icyt, see “Methods”).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "e", "Internalization", "was", "quantified", "using", "the", "average", "fluorescence", "intensities", "of", "the", "plasma", "membrane", "and", "cytoplasm", "regions", "(", "α･Imem", "/", "Icyt", ",", "see", "“", "Methods", "”", ")", "." ] } ]

PMC9454178

In our research, we found that CDK7 knockdown significantly inhibited the expression of c-KIT, and we identified the genes downregulated after THZ1 treatment by RNA-seq.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "our", "research", ",", "we", "found", "that", "CDK7", "knockdown", "significantly", "inhibited", "the", "expression", "of", "c-KIT", ",", "and", "we", "identified", "the", "genes", "downregulated", "after", "THZ1", "treatment", "by", "RNA-seq", "." ] } ]

PMC11473750

For both RNF121 and c-Myc, gene amplification was defined as >5 copies of the gene in >50% of cells or a gene/chromosome ratio >2.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "both", "RNF121", "and", "c-Myc", ",", "gene", "amplification", "was", "defined", "as", ">", "5", "copies", "of", "the", "gene", "in", ">", "50", "%", "of", "cells", "or", "a", "gene/chromosome", "ratio", ">", "2", "." ] } ]

PMC6487404

The samples were taken from the receptor chamber (apical side or basolateral side in the case of B-A and A-B transport studies, respectively) at 30, 60, 90, 120 and 180 min, and then replaced with the same volume of the pre-warmed fresh buffer.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "samples", "were", "taken", "from", "the", "receptor", "chamber", "(", "apical", "side", "or", "basolateral", "side", "in", "the", "case", "of", "B-A", "and", "A-B", "transport", "studies", ",", "respectively", ")", "at", "30", ",", "60", ",", "90", ",", "120", "and", "180", "min", ",", "and", "then", "replaced", "with", "the", "same", "volume", "of", "the", "pre-warmed", "fresh", "buffer", "." ] } ]

PMC11794847

In our study, we investigated the role of HVEM in the microenvironment of NSCLC and its implications in immunotherapy.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "our", "study", ",", "we", "investigated", "the", "role", "of", "HVEM", "in", "the", "microenvironment", "of", "NSCLC", "and", "its", "implications", "in", "immunotherapy", "." ] } ]

PMC11594588

Heart diseases and ischemic events are the most common cause of death in the world .

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Heart", "diseases", "and", "ischemic", "events", "are", "the", "most", "common", "cause", "of", "death", "in", "the", "world", "." ] } ]

PMC10994876

This restricts YAP’s role as a transcriptional co-activator (Sugihara et al. 2018).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "restricts", "YAP", "’s", "role", "as", "a", "transcriptional", "co-activator", "(", "Sugihara", "et", "al.", "2018", ")", "." ] } ]

PMC8382973

Together, these results highlight the very high thermal stability of the 2P23 gel.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Together", ",", "these", "results", "highlight", "the", "very", "high", "thermal", "stability", "of", "the", "2P23", "gel", "." ] } ]

PMC9429973

Methods: A retrospective analysis of the results of the study of 127 samples of the product of leukocytapheresis was performed.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "A", "retrospective", "analysis", "of", "the", "results", "of", "the", "study", "of", "127", "samples", "of", "the", "product", "of", "leukocytapheresis", "was", "performed", "." ] } ]

PMC11745823

The RT‐PCR was carried out foe additional investigation of RIT1 expression across different grades of human gliomas.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "RT‐PCR", "was", "carried", "out", "foe", "additional", "investigation", "of", "RIT1", "expression", "across", "different", "grades", "of", "human", "gliomas", "." ] } ]

PMC9429973

Therefore, adding fixed duration pirtobrutinib to the time-limited MURANO regimen may allow for even deeper and more prolonged disease control, and generate a clinically relevant dataset in a BTK-pretreated CLL/SLL population.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "adding", "fixed", "duration", "pirtobrutinib", "to", "the", "time-limited", "MURANO", "regimen", "may", "allow", "for", "even", "deeper", "and", "more", "prolonged", "disease", "control", ",", "and", "generate", "a", "clinically", "relevant", "dataset", "in", "a", "BTK-pretreated", "CLL/SLL", "population", "." ] } ]

PMC11612315

h IC50 values of GLP-1, exendin-4, liraglutide, and exendin 9–39 (178.6 ± 23.40 nM, 62.19 ± 5.12 nM, 64.49 ± 10.19 nM, and 28.18 ± 3.92 nM, respectively).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "h", "IC50", "values", "of", "GLP-1", ",", "exendin-4", ",", "liraglutide", ",", "and", "exendin", "9–39", "(", "178.6", "±", "23.40", "nM", ",", "62.19", "±", "5.12", "nM", ",", "64.49", "±", "10.19", "nM", ",", "and", "28.18", "±", "3.92", "nM", ",", "respectively", ")", "." ] } ]

PMC11060216

All data generated or analyzed during this study are available, and could be achieved from the corresponding author Dan Dang if required.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "data", "generated", "or", "analyzed", "during", "this", "study", "are", "available", ",", "and", "could", "be", "achieved", "from", "the", "corresponding", "author", "Dan", "Dang", "if", "required", "." ] } ]

PMC11591038

Tau hyperphosphorylation?—Depending on the experimental model systems, how HIF-1α may affect tau hyperphosphorylation remains controversial.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tau", "hyperphosphorylation", "?—", "Depending", "on", "the", "experimental", "model", "systems", ",", "how", "HIF-1α", "may", "affect", "tau", "hyperphosphorylation", "remains", "controversial", "." ] } ]

PMC11575040

G, H After transfection with miR-1270 mimics for 48 h, the expression levels of LINC00094 and miR-1270 were detected by real-time PCR. *

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "G", ",", "H", "After", "transfection", "with", "miR-1270", "mimics", "for", "48", "h", ",", "the", "expression", "levels", "of", "LINC00094", "and", "miR-1270", "were", "detected", "by", "real-time", "PCR", ".", "*" ] } ]

PMC11389534

However, recent studies demonstrated that human UFSP1 can reverse ASC1 UFMylation and is required to remove a possible self‐inhibitory modification on UFC1, indicating that UFSP1 act at different points to secure proper UFMylation. ,

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "recent", "studies", "demonstrated", "that", "human", "UFSP1", "can", "reverse", "ASC1", "UFMylation", "and", "is", "required", "to", "remove", "a", "possible", "self‐inhibitory", "modification", "on", "UFC1", ",", "indicating", "that", "UFSP1", "act", "at", "different", "points", "to", "secure", "proper", "UFMylation", ".", "," ] } ]

PMC11740207

Considering that cells capable of transitioning between EMT and MET originate from a common progenitor, it raises the question of whether this progenitor is highly plastic or represents a less differentiated pluripotent stage.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Considering", "that", "cells", "capable", "of", "transitioning", "between", "EMT", "and", "MET", "originate", "from", "a", "common", "progenitor", ",", "it", "raises", "the", "question", "of", "whether", "this", "progenitor", "is", "highly", "plastic", "or", "represents", "a", "less", "differentiated", "pluripotent", "stage", "." ] } ]

PMC10114490

Cell monolayers were cleaned twice with cold PBS and scratched with 300 µL of a cold solution of methanol/water (3:1 v/v) with internal standards (phenylalanine-D5, tryptophan-D5 and caffeine-D9) at 0.25 μM. Supernatant was collected and evaporated to dryness under vacuum and reconstituted in 75 μL of 95% water and 5% acetonitrile with 0.1% (v/v) formic acid.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "monolayers", "were", "cleaned", "twice", "with", "cold", "PBS", "and", "scratched", "with", "300", "µL", "of", "a", "cold", "solution", "of", "methanol/water", "(", "3:1", "v/v", ")", "with", "internal", "standards", "(", "phenylalanine-D5", ",", "tryptophan-D5", "and", "caffeine-D9", ")", "at", "0.25", "μM.", "Supernatant", "was", "collected", "and", "evaporated", "to", "dryness", "under", "vacuum", "and", "reconstituted", "in", "75", "μL", "of", "95", "%", "water", "and", "5", "%", "acetonitrile", "with", "0.1", "%", "(", "v/v", ")", "formic", "acid", "." ] } ]

PMC11471157

Organization of cell spheroids by HaCaT cells on Day 3.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Organization", "of", "cell", "spheroids", "by", "HaCaT", "cells", "on", "Day", "3", "." ] } ]

PMC11089031

ZNF692 was Knockdown (KD) or overexpressed (OE) in ccRCC cell lines 786–0 and Caki-1.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O" ], "tokens": [ "ZNF692", "was", "Knockdown", "(", "KD", ")", "or", "overexpressed", "(", "OE", ")", "in", "ccRCC", "cell", "lines", "786–0", "and", "Caki-1", "." ] } ]

PMC11544771

In this study, we observed that the combined treatment with CPX and PRE exhibits more potent anticancer activity compared to the single treatment with CPX or PRE in NSCLC.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "observed", "that", "the", "combined", "treatment", "with", "CPX", "and", "PRE", "exhibits", "more", "potent", "anticancer", "activity", "compared", "to", "the", "single", "treatment", "with", "CPX", "or", "PRE", "in", "NSCLC", "." ] } ]

PMC9164404

To understand the mechanism of AbPlatin, we further systematically investigated the effects of AbPlatin compared with cisplatin on the transcriptomics, metabolomics, and lipidomics.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "understand", "the", "mechanism", "of", "AbPlatin", ",", "we", "further", "systematically", "investigated", "the", "effects", "of", "AbPlatin", "compared", "with", "cisplatin", "on", "the", "transcriptomics", ",", "metabolomics", ",", "and", "lipidomics", "." ] } ]

PMC11670954

LPS induces alterations in the distribution of ZO-1 and claudin-1 and activates the MLCK/MLC pathway, ultimately leading to increased permeability .

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "LPS", "induces", "alterations", "in", "the", "distribution", "of", "ZO-1", "and", "claudin-1", "and", "activates", "the", "MLCK/MLC", "pathway", ",", "ultimately", "leading", "to", "increased", "permeability", "." ] } ]

PMC11047729

Another study, using Korean red ginseng (KRG) on U937 cells, showed its anti-cancer properties.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Another", "study", ",", "using", "Korean", "red", "ginseng", "(", "KRG", ")", "on", "U937", "cells", ",", "showed", "its", "anti-cancer", "properties", "." ] } ]

PMC11721295

However, resistance to targeted KRAS inhibitors almost inevitably occurs; resistance can be driven by tumor cell–intrinsic changes or by changes in the microenvironment.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "resistance", "to", "targeted", "KRAS", "inhibitors", "almost", "inevitably", "occurs", ";", "resistance", "can", "be", "driven", "by", "tumor", "cell", "–", "intrinsic", "changes", "or", "by", "changes", "in", "the", "microenvironment", "." ] } ]

PMC9429973

ERN-EuroBloodNet Webinars were launched for professionals with 26 Thursdays Webinars and 3 EBAH accredited Topic on Focus on Cutaneous Lymphoma, Thrombotic Microangiopathies, and Bone Marrow Failures.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ERN-EuroBloodNet", "Webinars", "were", "launched", "for", "professionals", "with", "26", "Thursdays", "Webinars", "and", "3", "EBAH", "accredited", "Topic", "on", "Focus", "on", "Cutaneous", "Lymphoma", ",", "Thrombotic", "Microangiopathies", ",", "and", "Bone", "Marrow", "Failures", "." ] } ]

PMC9812014

Anisomycin addition of up to 8 or 5 h p.i.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Anisomycin", "addition", "of", "up", "to", "8", "or", "5", "h", "p.i", "." ] } ]

PMC11680982

Subsequent luciferase reporter gene assays demonstrated that hsa-miR-23a-5p binds substantially to HER2’s 3’-UTR region (Fig. 6H).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequent", "luciferase", "reporter", "gene", "assays", "demonstrated", "that", "hsa-miR-23a-5p", "binds", "substantially", "to", "HER2", "’s", "3’-UTR", "region", "(", "Fig.", "6H", ")", "." ] } ]

PMC9429973

Secondary objective is to evaluate efficacy as measured by the ratio of overall response (ORR) and complete response (CR).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Secondary", "objective", "is", "to", "evaluate", "efficacy", "as", "measured", "by", "the", "ratio", "of", "overall", "response", "(", "ORR", ")", "and", "complete", "response", "(", "CR", ")", "." ] } ]

PMC11657744

The assembly of primary cilia begins with the centriole maturation, marked by the hierarchical recruitment of appendage proteins .

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "assembly", "of", "primary", "cilia", "begins", "with", "the", "centriole", "maturation", ",", "marked", "by", "the", "hierarchical", "recruitment", "of", "appendage", "proteins", "." ] } ]

PMC11565047

Data source location•Institution: Next Generation Sequencing Platform of the CRCHUQ-Université Laval•City/Town/Region: Québec City, QC•Country: CanadaData accessibilityRepository name: Gene Expression OmnibusData identification number: GSE256370Direct URL to data: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE256370Related research articleC. Lafront, L. Germain, G.H. Campolina-Silva, C. Weidmann, L. Berthiaume, H. Hovington, H. Brisson, C. Jobin, L. Frégeau-Proulx, R. Cotau, K. Gonthier, A. Lacouture, P. Caron, C. Ménard, C. Atallah, J. Riopel, É. Latulippe, A. Bergeron, P. Toren, C. Guillemette, M. Pelletier, Y. Fradet, C. Belleannée, F. Pouliot, L. Lacombe, É. Lévesque, É. Audet-Walsh, The estrogen signaling pathway reprograms prostate cancer cell metabolism and supports proliferation and disease progression, J Clin Invest.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "source", "location•Institution", ":", "Next", "Generation", "Sequencing", "Platform", "of", "the", "CRCHUQ-Université", "Laval•City/Town/Region", ":", "Québec", "City", ",", "QC•Country", ":", "CanadaData", "accessibilityRepository", "name", ":", "Gene", "Expression", "OmnibusData", "identification", "number", ":", "GSE256370Direct", "URL", "to", "data", ":", "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc", "=", "GSE256370Related", "research", "articleC.", "Lafront", ",", "L.", "Germain", ",", "G.H.", "Campolina-Silva", ",", "C.", "Weidmann", ",", "L.", "Berthiaume", ",", "H.", "Hovington", ",", "H.", "Brisson", ",", "C.", "Jobin", ",", "L.", "Frégeau-Proulx", ",", "R.", "Cotau", ",", "K.", "Gonthier", ",", "A.", "Lacouture", ",", "P.", "Caron", ",", "C.", "Ménard", ",", "C.", "Atallah", ",", "J.", "Riopel", ",", "É.", "Latulippe", ",", "A.", "Bergeron", ",", "P.", "Toren", ",", "C.", "Guillemette", ",", "M.", "Pelletier", ",", "Y.", "Fradet", ",", "C.", "Belleannée", ",", "F.", "Pouliot", ",", "L.", "Lacombe", ",", "É.", "Lévesque", ",", "É.", "Audet-Walsh", ",", "The", "estrogen", "signaling", "pathway", "reprograms", "prostate", "cancer", "cell", "metabolism", "and", "supports", "proliferation", "and", "disease", "progression", ",", "J", "Clin", "Invest", "." ] } ]

PMC11419337

A member of the PLOS ONE Editorial Board reviewed the concerns and was satisfied that the two articles are sufficiently distinct from one another to warrant separate publications despite their similar design.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "member", "of", "the", "PLOS", "ONE", "Editorial", "Board", "reviewed", "the", "concerns", "and", "was", "satisfied", "that", "the", "two", "articles", "are", "sufficiently", "distinct", "from", "one", "another", "to", "warrant", "separate", "publications", "despite", "their", "similar", "design", "." ] } ]

PMC9429973

A further analysis was performed to compare findings in a subgroup of 7 pts who had an additional background disease along with HL, such as chronic lymphocytic leukemia, s/p kidney transplantation, solid tumor, or those who were heavily pretreated, including therapy with bendamustine, versus the values observed in the rest 48 pts.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "further", "analysis", "was", "performed", "to", "compare", "findings", "in", "a", "subgroup", "of", "7", "pts", "who", "had", "an", "additional", "background", "disease", "along", "with", "HL", ",", "such", "as", "chronic", "lymphocytic", "leukemia", ",", "s/p", "kidney", "transplantation", ",", "solid", "tumor", ",", "or", "those", "who", "were", "heavily", "pretreated", ",", "including", "therapy", "with", "bendamustine", ",", "versus", "the", "values", "observed", "in", "the", "rest", "48", "pts", "." ] } ]

PMC11587541

Recent studies have suggested that telomere shortening may be a potential therapeutic target in SMA .

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recent", "studies", "have", "suggested", "that", "telomere", "shortening", "may", "be", "a", "potential", "therapeutic", "target", "in", "SMA", "." ] } ]

PMC10568263

This study has adopted an electrochemical immunosensor that is formed from a complex structure via the specific antibody–antigen interactions to provide protein and nucleic acid analysis.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "study", "has", "adopted", "an", "electrochemical", "immunosensor", "that", "is", "formed", "from", "a", "complex", "structure", "via", "the", "specific", "antibody", "–", "antigen", "interactions", "to", "provide", "protein", "and", "nucleic", "acid", "analysis", "." ] } ]

PMC11703992

The processed SNPs were then integrated and harmonized with outcome data using inbuilt function “harmonise_data”.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "processed", "SNPs", "were", "then", "integrated", "and", "harmonized", "with", "outcome", "data", "using", "inbuilt", "function", "“", "harmonise_data", "”", "." ] } ]

PMC11472569

Despite remarkable progress, the intercellular transfer of MDR via EVs remains poorly understood.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Despite", "remarkable", "progress", ",", "the", "intercellular", "transfer", "of", "MDR", "via", "EVs", "remains", "poorly", "understood", "." ] } ]

PMC9884169

Sequences of siRNAs were shown in Table 1.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sequences", "of", "siRNAs", "were", "shown", "in", "Table", "1", "." ] } ]

PMC11787355

HCD collision energy was set to 28% and MS/MS spectra were recorded with a resolution of 30.000 (normalized AGC target 3000%).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HCD", "collision", "energy", "was", "set", "to", "28", "%", "and", "MS/MS", "spectra", "were", "recorded", "with", "a", "resolution", "of", "30.000", "(", "normalized", "AGC", "target", "3000", "%", ")", "." ] } ]

PMC11277157

The two major components (PC1 and PC2) explained together 42% of the variance (Figure 2B).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "two", "major", "components", "(", "PC1", "and", "PC2", ")", "explained", "together", "42", "%", "of", "the", "variance", "(", "Figure", "2B", ")", "." ] } ]