Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC10667689
The percentage of long-chain FFAs in the supernatant was significantly increased in the test group compared to the control and PMA group in the HL-60 cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "percentage", "of", "long-chain", "FFAs", "in", "the", "supernatant", "was", "significantly", "increased", "in", "the", "test", "group", "compared", "to", "the", "control", "and", "PMA", "group", "in", "the", "HL-60", "cell", "line", "." ] } ]
PMC7759933
The cell analyses were performed on a MACSQuant Analyzer 10 (Miltenyi Biotech, Bergisch Gladbach, Germany), where the FITC intensity, corresponding to the proliferation marker KI67+, was detected in the B1 (525/550 nm) channel and the analysis of the cell cycle was proceeded in the V1 (450/550 nm) channel.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cell", "analyses", "were", "performed", "on", "a", "MACSQuant", "Analyzer", "10", "(", "Miltenyi", "Biotech", ",", "Bergisch", "Gladbach", ",", "Germany", ")", ",", "where", "the", "FITC", "intensity", ",", "corresponding", "to", "the", "proliferation", "marker", "KI67", "+", ",", "was", "detected", "in", "the", "B1", "(", "525/550", "nm", ")", "channel", "and", "the", "analysis", "of", "the", "cell", "cycle", "was", "proceeded", "in", "the", "V1", "(", "450/550", "nm", ")", "channel", "." ] } ]
PMC11607321
f CRISPR-Cas9 gene essentiality association with FLI1-EWSR1 fusion.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "f", "CRISPR-Cas9", "gene", "essentiality", "association", "with", "FLI1-EWSR1", "fusion", "." ] } ]
PMC10419319
Many signaling pathways are associated with cisplatin resistance, as they promote cell survival and proliferation .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Many", "signaling", "pathways", "are", "associated", "with", "cisplatin", "resistance", ",", "as", "they", "promote", "cell", "survival", "and", "proliferation", "." ] } ]
PMC6222635
In this study, the relative expression level of five apoptosis-related genes, namely, Bcl-2, ERK, JNK, NF-κB, and p38, were tested.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "the", "relative", "expression", "level", "of", "five", "apoptosis-related", "genes", ",", "namely", ",", "Bcl-2", ",", "ERK", ",", "JNK", ",", "NF-κB", ",", "and", "p38", ",", "were", "tested", "." ] } ]
PMC11463018
1 2 1 ∼ 123 °C.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "1", "2", "1", "∼", "123", "°", "C", "." ] } ]
PMC7812570
A Expression levels of GPI-anchored antibodies after cotransfection with an HIV-1 proviral clone.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "Expression", "levels", "of", "GPI-anchored", "antibodies", "after", "cotransfection", "with", "an", "HIV-1", "proviral", "clone", "." ] } ]
PMC11088135
E, F Flow cytometry was used to quantify the apoptosis of U251 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "E", ",", "F", "Flow", "cytometry", "was", "used", "to", "quantify", "the", "apoptosis", "of", "U251", "cells", "." ] } ]
PMC5963610
Tumor sections were fixed and treated with 3% hydrogen peroxide for 30 min at room temperature.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tumor", "sections", "were", "fixed", "and", "treated", "with", "3", "%", "hydrogen", "peroxide", "for", "30", "min", "at", "room", "temperature", "." ] } ]
PMC9429973
296 (80%) underwent transplantation after the first line treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "296", "(", "80", "%", ")", "underwent", "transplantation", "after", "the", "first", "line", "treatment", "." ] } ]
PMC11706297
BTT-5 showed significant apoptotic activity in A549 cells with 18.40% when compared with lapatinib (10.50%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "BTT-5", "showed", "significant", "apoptotic", "activity", "in", "A549", "cells", "with", "18.40", "%", "when", "compared", "with", "lapatinib", "(", "10.50", "%", ")", "." ] } ]
PMC10317042
Volume (D) and weight (E) of SU-CCS1 and Hewga-CCS tumors during treatment are shown (n = 5).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Volume", "(", "D", ")", "and", "weight", "(", "E", ")", "of", "SU-CCS1", "and", "Hewga-CCS", "tumors", "during", "treatment", "are", "shown", "(", "n", "=", "5", ")", "." ] } ]
PMC11088135
However, there were some limitations of this study.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "there", "were", "some", "limitations", "of", "this", "study", "." ] } ]
PMC11126803
F, representative images of IHC staining for ERβ in mice tumors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F", ",", "representative", "images", "of", "IHC", "staining", "for", "ERβ", "in", "mice", "tumors", "." ] } ]
PMC11747467
We applied the default parameters of GISTIC 2.0 with a 0.99 confidence level and a q-value < 0.25.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "applied", "the", "default", "parameters", "of", "GISTIC", "2.0", "with", "a", "0.99", "confidence", "level", "and", "a", "q-value", "<", "0.25", "." ] } ]
PMC9031474
In nature, sesquiterpenoids are formed in higher plants and microorganisms often to act as antifeedants, deterrents, or attractants .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "nature", ",", "sesquiterpenoids", "are", "formed", "in", "higher", "plants", "and", "microorganisms", "often", "to", "act", "as", "antifeedants", ",", "deterrents", ",", "or", "attractants", "." ] } ]
PMC9429973
The majority of patients in both groups had adverse risk ELN classification (70.5% of frontline patients, 64.7% of R/R) and received Ven-Aza (100% frontline and 91.1% R/R) (Table 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "majority", "of", "patients", "in", "both", "groups", "had", "adverse", "risk", "ELN", "classification", "(", "70.5", "%", "of", "frontline", "patients", ",", "64.7", "%", "of", "R/R", ")", "and", "received", "Ven-Aza", "(", "100", "%", "frontline", "and", "91.1", "%", "R/R", ")", "(", "Table", "1", ")", "." ] } ]
PMC11572213
After 72 h of culture with/without glutamine medium, TET2-downregulated HL-60 and control HL-60 cell lines were harvested, then washed with 1× PBS and lysed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "72", "h", "of", "culture", "with/without", "glutamine", "medium", ",", "TET2-downregulated", "HL-60", "and", "control", "HL-60", "cell", "lines", "were", "harvested", ",", "then", "washed", "with", "1", "×", "PBS", "and", "lysed", "." ] } ]
PMC11655498
Furthermore, Zp and Rp can be targeted by various miRNAs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "Zp", "and", "Rp", "can", "be", "targeted", "by", "various", "miRNAs", "." ] } ]
PMC11750165
The beads were washed three times with 500 μL wash buffer (150 mM NaCl, 1% Triton X-100, 10% glycerol, 50 mM Tris pH 8.0, 1 mM EDTA, 1 mM MgCl2) and proteins were eluted with 50 μL SDS loading buffer at 95°C for 4 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "beads", "were", "washed", "three", "times", "with", "500", "μL", "wash", "buffer", "(", "150", "mM", "NaCl", ",", "1", "%", "Triton", "X-100", ",", "10", "%", "glycerol", ",", "50", "mM", "Tris", "pH", "8.0", ",", "1", "mM", "EDTA", ",", "1", "mM", "MgCl2", ")", "and", "proteins", "were", "eluted", "with", "50", "μL", "SDS", "loading", "buffer", "at", "95", "°", "C", "for", "4", "min", "." ] } ]
PMC11786600
Analysis of residual wound area in diabetic rats (n = 3). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Analysis", "of", "residual", "wound", "area", "in", "diabetic", "rats", "(", "n", "=", "3", ")", ".", "(" ] } ]
PMC10955424
Our results are consistent with earlier research that investigated metabolites in malignant ascites .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "results", "are", "consistent", "with", "earlier", "research", "that", "investigated", "metabolites", "in", "malignant", "ascites", "." ] } ]
PMC11711127
Of note, however, Tregs in arthritic mice have been reported to lose FOXP3 expression and differentiate into a Th17-like phenotype, thus potentially exacerbating disease.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Of", "note", ",", "however", ",", "Tregs", "in", "arthritic", "mice", "have", "been", "reported", "to", "lose", "FOXP3", "expression", "and", "differentiate", "into", "a", "Th17-like", "phenotype", ",", "thus", "potentially", "exacerbating", "disease", "." ] } ]
PMC11739504
shControl NIH/3T3 cells transfected by empty vector, and stable Kat2b depleted NIH/3T3 cells, as shKat2b, transfected by empty vector and mutant Kat2b constructs.
[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "shControl", "NIH/3T3", "cells", "transfected", "by", "empty", "vector", ",", "and", "stable", "Kat2b", "depleted", "NIH/3T3", "cells", ",", "as", "shKat2b", ",", "transfected", "by", "empty", "vector", "and", "mutant", "Kat2b", "constructs", "." ] } ]
PMC9429973
However, ultra-high-risk MM, defined as those patients with a median survival less than 24 months, represents 15-20% of the MM population.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "ultra-high-risk", "MM", ",", "defined", "as", "those", "patients", "with", "a", "median", "survival", "less", "than", "24", "months", ",", "represents", "15", "-", "20", "%", "of", "the", "MM", "population", "." ] } ]
PMC6379402
It suffers from memory issues and could not process our data.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "suffers", "from", "memory", "issues", "and", "could", "not", "process", "our", "data", "." ] } ]
PMC8777939
For the migration assay, A2780 and A2780-ADR cells (5 × 10 cells/mL) were suspended in high-glucose, serum-free DMEM; the upper chamber was filled with 100 µL cells, whereas the bottom chamber was filled with 600 µL DMEM containing 10% FBS with etravirine (0, 5, and 10 µM), followed by incubation at 37 °C and 5% CO2 for 24 h. After the incubation period, the insert was carefully removed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "the", "migration", "assay", ",", "A2780", "and", "A2780-ADR", "cells", "(", "5", "×", "10", "cells/mL", ")", "were", "suspended", "in", "high-glucose", ",", "serum-free", "DMEM", ";", "the", "upper", "chamber", "was", "filled", "with", "100", "µL", "cells", ",", "whereas", "the", "bottom", "chamber", "was", "filled", "with", "600", "µL", "DMEM", "containing", "10", "%", "FBS", "with", "etravirine", "(", "0", ",", "5", ",", "and", "10", "µM", ")", ",", "followed", "by", "incubation", "at", "37", "°", "C", "and", "5", "%", "CO2", "for", "24", "h.", "After", "the", "incubation", "period", ",", "the", "insert", "was", "carefully", "removed", "." ] } ]
PMC11513571
Flow cytometry (Beckman Coulter) was performed for visualization and analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Flow", "cytometry", "(", "Beckman", "Coulter", ")", "was", "performed", "for", "visualization", "and", "analysis", "." ] } ]
PMC11509224
It should be noted that since these two compounds exist in the form of a mixture, they have been counted as one when tallying the number of diterpenes from different genera of sponges.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "should", "be", "noted", "that", "since", "these", "two", "compounds", "exist", "in", "the", "form", "of", "a", "mixture", ",", "they", "have", "been", "counted", "as", "one", "when", "tallying", "the", "number", "of", "diterpenes", "from", "different", "genera", "of", "sponges", "." ] } ]
PMC11063646
18113.
[ { "tags": [ "O", "O" ], "tokens": [ "18113", "." ] } ]
PMC6468656
We first comprehensively examined the impact of high ghrelin expression in ccRCC progression by a genome-wide analysis of differential gene expression in the Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "first", "comprehensively", "examined", "the", "impact", "of", "high", "ghrelin", "expression", "in", "ccRCC", "progression", "by", "a", "genome-wide", "analysis", "of", "differential", "gene", "expression", "in", "the", "Cancer", "Cell", "Line", "Encyclopedia", "(", "CCLE", ")", "." ] } ]
PMC10553685
We will study estrogen response in the CDH1-knockout versus control HMECs in vitro to examine whether loss contributes to ILC-specific estrogen activity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "will", "study", "estrogen", "response", "in", "the", "CDH1-knockout", "versus", "control", "HMECs", "in", "vitro", "to", "examine", "whether", "loss", "contributes", "to", "ILC-specific", "estrogen", "activity", "." ] } ]
PMC10940855
We detected expression of EFNB2, in three multiple myeloma cell lines and two primary multiple myeloma patient cell populations, whereas EFNB1 was not detectable, and EFNB3 was expressed at a low level in U266 cells (Fig. 2E; Supplementary Fig. S3A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "detected", "expression", "of", "EFNB2", ",", "in", "three", "multiple", "myeloma", "cell", "lines", "and", "two", "primary", "multiple", "myeloma", "patient", "cell", "populations", ",", "whereas", "EFNB1", "was", "not", "detectable", ",", "and", "EFNB3", "was", "expressed", "at", "a", "low", "level", "in", "U266", "cells", "(", "Fig.", "2E", ";", "Supplementary", "Fig.", "S3A", ")", "." ] } ]
PMC11300639
In addition, a nude mouse model demonstrated that the tumor-promoting effect of RNF26 could be diminished by knockdown of TSC1 (Supplementary Fig. 5i–k).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "a", "nude", "mouse", "model", "demonstrated", "that", "the", "tumor-promoting", "effect", "of", "RNF26", "could", "be", "diminished", "by", "knockdown", "of", "TSC1", "(", "Supplementary", "Fig.", "5i", "–", "k", ")", "." ] } ]
PMC11684821
Flow cytometry data were analyzed with FlowJo software (Tree Star Inc) or NovoExpress (Agilent).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Flow", "cytometry", "data", "were", "analyzed", "with", "FlowJo", "software", "(", "Tree", "Star", "Inc", ")", "or", "NovoExpress", "(", "Agilent", ")", "." ] } ]
PMC9919300
Finally, the association shown an interesting activity increasing the anti-inflammatory interleukin 10 (IL 10) cytokine expression (four times in respect to the steatosis control).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "the", "association", "shown", "an", "interesting", "activity", "increasing", "the", "anti-inflammatory", "interleukin", "10", "(", "IL", "10", ")", "cytokine", "expression", "(", "four", "times", "in", "respect", "to", "the", "steatosis", "control", ")", "." ] } ]
PMC11637820
Clinical samples collected from DFU patients exhibited a significant decrease in both types of bacteria, with gram-positive strains showing higher susceptibility to the CAP treatment in an ex vivo setting.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Clinical", "samples", "collected", "from", "DFU", "patients", "exhibited", "a", "significant", "decrease", "in", "both", "types", "of", "bacteria", ",", "with", "gram-positive", "strains", "showing", "higher", "susceptibility", "to", "the", "CAP", "treatment", "in", "an", "ex", "vivo", "setting", "." ] } ]
PMC11361748
Two-way ANOVA. ****
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Two-way", "ANOVA", ".", "*", "*", "*", "*" ] } ]
PMC11720808
The present study has several limitations.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "present", "study", "has", "several", "limitations", "." ] } ]
PMC10654497
Heatmap of SFRG expression in the two different subtypes. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Heatmap", "of", "SFRG", "expression", "in", "the", "two", "different", "subtypes", ".", "(" ] } ]
PMC11489351
F, quantification of immunoblots prepared as in (E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F", ",", "quantification", "of", "immunoblots", "prepared", "as", "in", "(", "E", ")", "." ] } ]
PMC6102174
Swertia mileensis (Qingyedan) belonging to the Swertia genus of the family Gentianaceae is an endemic Chinese herb to Yunnan Province (China).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Swertia", "mileensis", "(", "Qingyedan", ")", "belonging", "to", "the", "Swertia", "genus", "of", "the", "family", "Gentianaceae", "is", "an", "endemic", "Chinese", "herb", "to", "Yunnan", "Province", "(", "China", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Two patients had moderate disease with bilateral pneumonia (vaccinated) after the 2º cycle of treatment which is temporarily interrupted.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Two", "patients", "had", "moderate", "disease", "with", "bilateral", "pneumonia", "(", "vaccinated", ")", "after", "the", "2º", "cycle", "of", "treatment", "which", "is", "temporarily", "interrupted", "." ] } ]
PMC11676169
Briefly, cells (U2OS, Jurkat E6) were transfected with pimEJ5-GFP (Addgene #44026) vectors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Briefly", ",", "cells", "(", "U2OS", ",", "Jurkat", "E6", ")", "were", "transfected", "with", "pimEJ5-GFP", "(", "Addgene", "#", "44026", ")", "vectors", "." ] } ]
PMC6114978
To evaluate the possibility that loss of expression was occurring due to alterations at the genomic level, copy number changes/deletions were evaluated utilizing data from The Cancer Genome Atlas data set.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "evaluate", "the", "possibility", "that", "loss", "of", "expression", "was", "occurring", "due", "to", "alterations", "at", "the", "genomic", "level", ",", "copy", "number", "changes/deletions", "were", "evaluated", "utilizing", "data", "from", "The", "Cancer", "Genome", "Atlas", "data", "set", "." ] } ]
PMC11502962
The patient G01 underwent surgical resection, and the patient G02 underwent endoscopic resection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "patient", "G01", "underwent", "surgical", "resection", ",", "and", "the", "patient", "G02", "underwent", "endoscopic", "resection", "." ] } ]
PMC9599726
Figures were prepared with Adobe Illustrator (Version 26.3.1, Adobe Inc., San Jose, CA, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Figures", "were", "prepared", "with", "Adobe", "Illustrator", "(", "Version", "26.3.1", ",", "Adobe", "Inc.", ",", "San", "Jose", ",", "CA", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11471157
After 24-h in a freeze dryer (FDU-2100, EYELA, Tokyo, Japan), the weights of 10 fish were reduced from 0.66-0.86 g to 0.15–0.32 g (Fig. 1E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "24-h", "in", "a", "freeze", "dryer", "(", "FDU-2100", ",", "EYELA", ",", "Tokyo", ",", "Japan", ")", ",", "the", "weights", "of", "10", "fish", "were", "reduced", "from", "0.66", "-", "0.86", "g", "to", "0.15–0.32", "g", "(", "Fig.", "1E", ")", "." ] } ]
PMC11502443
Media was then aspirated, and the cells were lysed in 40 μL of the kit lysis buffer, followed by shaking for 10–15 min at room temperature.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Media", "was", "then", "aspirated", ",", "and", "the", "cells", "were", "lysed", "in", "40", "μL", "of", "the", "kit", "lysis", "buffer", ",", "followed", "by", "shaking", "for", "10–15", "min", "at", "room", "temperature", "." ] } ]
PMC9429973
A majority of patients were male (63%), median age was 68 years (range 55–84), with a median prior ruxolitinib exposure of 100 weeks (range 11–496).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "majority", "of", "patients", "were", "male", "(", "63", "%", ")", ",", "median", "age", "was", "68", "years", "(", "range", "55–84", ")", ",", "with", "a", "median", "prior", "ruxolitinib", "exposure", "of", "100", "weeks", "(", "range", "11–496", ")", "." ] } ]
PMC11585994
T-ALL primary cells (n = 3) treated with G5, G5-siNC, G5-sgc8, G5-siBCL11B, and G5-sgc8-siBCL11B nanoparticles for 48 hours, with cell viability measured by the CCK-8 assay. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "T-ALL", "primary", "cells", "(", "n", "=", "3", ")", "treated", "with", "G5", ",", "G5-siNC", ",", "G5-sgc8", ",", "G5-siBCL11B", ",", "and", "G5-sgc8-siBCL11B", "nanoparticles", "for", "48", "hours", ",", "with", "cell", "viability", "measured", "by", "the", "CCK-8", "assay", ".", "(" ] } ]
PMC11714165
RBC (Red blood cells), WBC (White blood cells), Gran# (Neutrophilic granulocyte percentage), HGB (Hemoglobin), Lymph# (Lymphocyte percentage), PLT (Platelet count), ALT (Alanine aminotransferase), AST (Aspartate aminotransferase), CR (Creatinine), and BUN (Blood urea nitrogen). **
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RBC", "(", "Red", "blood", "cells", ")", ",", "WBC", "(", "White", "blood", "cells", ")", ",", "Gran", "#", "(", "Neutrophilic", "granulocyte", "percentage", ")", ",", "HGB", "(", "Hemoglobin", ")", ",", "Lymph", "#", "(", "Lymphocyte", "percentage", ")", ",", "PLT", "(", "Platelet", "count", ")", ",", "ALT", "(", "Alanine", "aminotransferase", ")", ",", "AST", "(", "Aspartate", "aminotransferase", ")", ",", "CR", "(", "Creatinine", ")", ",", "and", "BUN", "(", "Blood", "urea", "nitrogen", ")", ".", "*", "*" ] } ]
PMC11257988
In addition, Lee et al. improved the prognosis of KRAS-driven lung cancer by combining MEK inhibitors with immunomodulatory anti-PD-1 and anti-PD-L1 antibodies.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "Lee", "et", "al.", "improved", "the", "prognosis", "of", "KRAS-driven", "lung", "cancer", "by", "combining", "MEK", "inhibitors", "with", "immunomodulatory", "anti-PD-1", "and", "anti-PD-L1", "antibodies", "." ] } ]
PMC11641532
Cell type identities were assigned using cell type-specific markers previously reported in the literature (Figure 1B,D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "type", "identities", "were", "assigned", "using", "cell", "type-specific", "markers", "previously", "reported", "in", "the", "literature", "(", "Figure", "1B", ",", "D", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Next, we moved to a MF mouse model obtained through the stimulation of thrombopoietin receptor that develops bone marrow and spleen fibrosis, together with increased OPN expression, faster than JAK2V617F knock-in mice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Next", ",", "we", "moved", "to", "a", "MF", "mouse", "model", "obtained", "through", "the", "stimulation", "of", "thrombopoietin", "receptor", "that", "develops", "bone", "marrow", "and", "spleen", "fibrosis", ",", "together", "with", "increased", "OPN", "expression", ",", "faster", "than", "JAK2V617F", "knock-in", "mice", "." ] } ]
PMC11422150
A significant increase in paw withdrawal reflex on the application of lighter force with a von Frey filament was observed in the third week and fourth week after SCI in the hAMSC-treated (n = 7) group compared to the untreated SCI group (n=6) (D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "significant", "increase", "in", "paw", "withdrawal", "reflex", "on", "the", "application", "of", "lighter", "force", "with", "a", "von", "Frey", "filament", "was", "observed", "in", "the", "third", "week", "and", "fourth", "week", "after", "SCI", "in", "the", "hAMSC-treated", "(", "n", "=", "7", ")", "group", "compared", "to", "the", "untreated", "SCI", "group", "(", "n=6", ")", "(", "D", ")", "." ] } ]
PMC9985266
In this study, part of mouse right lung tissue was homogenized, the proteins from lung tissues and MRC-5 cells were extracted utilizing RIPA lysis buffer (Sangon Biotech, Shanghai), and a lysate containing phenylmethanesulfonyl fluoride (PMSF) was added.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "part", "of", "mouse", "right", "lung", "tissue", "was", "homogenized", ",", "the", "proteins", "from", "lung", "tissues", "and", "MRC-5", "cells", "were", "extracted", "utilizing", "RIPA", "lysis", "buffer", "(", "Sangon", "Biotech", ",", "Shanghai", ")", ",", "and", "a", "lysate", "containing", "phenylmethanesulfonyl", "fluoride", "(", "PMSF", ")", "was", "added", "." ] } ]
PMC9261184
It is important to emphasize that this single measurement campaign does not constitute a representative sample of the LNG carrier fleet, which constituted 572 active vessels in 2021.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "important", "to", "emphasize", "that", "this", "single", "measurement", "campaign", "does", "not", "constitute", "a", "representative", "sample", "of", "the", "LNG", "carrier", "fleet", ",", "which", "constituted", "572", "active", "vessels", "in", "2021", "." ] } ]
PMC10728200
We further detected the ubiquitination level of GPX4 after IM treatment and found that IM could promote the ubiquitination of GPX4.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "further", "detected", "the", "ubiquitination", "level", "of", "GPX4", "after", "IM", "treatment", "and", "found", "that", "IM", "could", "promote", "the", "ubiquitination", "of", "GPX4", "." ] } ]
PMC11531744
As implied by results of Kaplan–Meier survival analysis, differences in the prognosis were statistically significant across those two de novo clusters (Fig. 2B, P < 0.001).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "implied", "by", "results", "of", "Kaplan", "–", "Meier", "survival", "analysis", ",", "differences", "in", "the", "prognosis", "were", "statistically", "significant", "across", "those", "two", "de", "novo", "clusters", "(", "Fig.", "2B", ",", "P", "<", "0.001", ")", "." ] } ]
PMC11429241
Thus, a more advanced solution is needed to surpass this.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "a", "more", "advanced", "solution", "is", "needed", "to", "surpass", "this", "." ] } ]
PMC9164404
A Intracellular uptake of Abplatin@Cy5.5 by BEL-7404 cells via confocal laser scanning microscope (CLSM), scale bar = 40 µm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "Intracellular", "uptake", "of", "Abplatin@Cy5.5", "by", "BEL-7404", "cells", "via", "confocal", "laser", "scanning", "microscope", "(", "CLSM", ")", ",", "scale", "bar", "=", "40", "µm", "." ] } ]
PMC11802929
The plotted peptides are those that captured cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "plotted", "peptides", "are", "those", "that", "captured", "cells", "." ] } ]
PMC11727907
Moreover, we have found that the increased nuclear localization of PKM2 is associated with enhanced expression of HIF1α, HK2, and GLUT1, leading to glucose entrapment and decreased cellular PK activity .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "we", "have", "found", "that", "the", "increased", "nuclear", "localization", "of", "PKM2", "is", "associated", "with", "enhanced", "expression", "of", "HIF1α", ",", "HK2", ",", "and", "GLUT1", ",", "leading", "to", "glucose", "entrapment", "and", "decreased", "cellular", "PK", "activity", "." ] } ]
PMC9429973
Summary/Conclusion: The results confirm the utility of Raman spectroscopy/microscopy to identify the changes between mutated and wild type forms of IDH1/2 suggesting the potential of optical methods for studying point-mutations in cancer cells and subsequently screening of leukaemia.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Summary/Conclusion", ":", "The", "results", "confirm", "the", "utility", "of", "Raman", "spectroscopy/microscopy", "to", "identify", "the", "changes", "between", "mutated", "and", "wild", "type", "forms", "of", "IDH1/2", "suggesting", "the", "potential", "of", "optical", "methods", "for", "studying", "point-mutations", "in", "cancer", "cells", "and", "subsequently", "screening", "of", "leukaemia", "." ] } ]
PMC9429973
F. Palandri, D. M. Ross, T. Cochrane, C. Tate, S. W. Lane, S. R. Larsen, A. T. Gerds, A. B. Halpern, J. Shortt, J. M. Rossetti, K. M. Pettit, J. Liang, A. Mead, M. Marchetti, A. Vannucchi, A. Wilson, J. R. Göthert, M. Hanna, A. Jones, J. Peppe, G. Natsoulis, T. McClure, W.-J. Hong, W. S. Stevenson, C. N. Harrison, M. Talpaz, N. Vianelli, H. Y. Rienhoff Jr. Institute of Hematology “L. & A. Seràgnoli”, Sant’Orsola-Malpighi University Hospital, Bologna, Italy; Department of Haematology, Royal Adelaide Hospital and SA Pathology, Adelaide; Department of Haematology, Gold Coast University Hospital, Southport; QIMR Berghofer Medical Research Institute, Brisbane; Institute of Haematology, Royal Prince Alfred Hospital, Sydney, Australia; Cleveland Clinic Taussig Cancer Institute, Cleveland; Department of Medicine, Division of Hematology, University of Washington, Seattle, United States of America; Monash Haematology, Monash Health, Clayton, Australia; UPMC Hillman Cancer Center, Pittsburgh; Department of Internal Medicine, Division of Hematology/Oncology, University of Michigan, Ann Arbor, United States of America; Middlemore Clinical Trials, Auckland, New Zealand; MRC Weatherall Institute of Molecular Medicine, University of Oxford, Oxford, United Kingdom; Azienda Ospedaliera Nazionale SS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F.", "Palandri", ",", "D.", "M.", "Ross", ",", "T.", "Cochrane", ",", "C.", "Tate", ",", "S.", "W.", "Lane", ",", "S.", "R.", "Larsen", ",", "A.", "T.", "Gerds", ",", "A.", "B.", "Halpern", ",", "J.", "Shortt", ",", "J.", "M.", "Rossetti", ",", "K.", "M.", "Pettit", ",", "J.", "Liang", ",", "A.", "Mead", ",", "M.", "Marchetti", ",", "A.", "Vannucchi", ",", "A.", "Wilson", ",", "J.", "R.", "Göthert", ",", "M.", "Hanna", ",", "A.", "Jones", ",", "J.", "Peppe", ",", "G.", "Natsoulis", ",", "T.", "McClure", ",", "W.-J.", "Hong", ",", "W.", "S.", "Stevenson", ",", "C.", "N.", "Harrison", ",", "M.", "Talpaz", ",", "N.", "Vianelli", ",", "H.", "Y.", "Rienhoff", "Jr.", "Institute", "of", "Hematology", "“", "L.", "&", "A.", "Seràgnoli", "”", ",", "Sant’Orsola-Malpighi", "University", "Hospital", ",", "Bologna", ",", "Italy", ";", "Department", "of", "Haematology", ",", "Royal", "Adelaide", "Hospital", "and", "SA", "Pathology", ",", "Adelaide", ";", "Department", "of", "Haematology", ",", "Gold", "Coast", "University", "Hospital", ",", "Southport", ";", "QIMR", "Berghofer", "Medical", "Research", "Institute", ",", "Brisbane", ";", "Institute", "of", "Haematology", ",", "Royal", "Prince", "Alfred", "Hospital", ",", "Sydney", ",", "Australia", ";", "Cleveland", "Clinic", "Taussig", "Cancer", "Institute", ",", "Cleveland", ";", "Department", "of", "Medicine", ",", "Division", "of", "Hematology", ",", "University", "of", "Washington", ",", "Seattle", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "Monash", "Haematology", ",", "Monash", "Health", ",", "Clayton", ",", "Australia", ";", "UPMC", "Hillman", "Cancer", "Center", ",", "Pittsburgh", ";", "Department", "of", "Internal", "Medicine", ",", "Division", "of", "Hematology/Oncology", ",", "University", "of", "Michigan", ",", "Ann", "Arbor", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "Middlemore", "Clinical", "Trials", ",", "Auckland", ",", "New", "Zealand", ";", "MRC", "Weatherall", "Institute", "of", "Molecular", "Medicine", ",", "University", "of", "Oxford", ",", "Oxford", ",", "United", "Kingdom", ";", "Azienda", "Ospedaliera", "Nazionale", "SS", "." ] } ]
PMC10748106
R is defined by Equation (12).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "R", "is", "defined", "by", "Equation", "(", "12", ")", "." ] } ]
PMC5854676
All the experimental data was analysed using the least squares method, followed by a mathematical expression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "the", "experimental", "data", "was", "analysed", "using", "the", "least", "squares", "method", ",", "followed", "by", "a", "mathematical", "expression", "." ] } ]
PMC10523483
A working model that H1.2 promotes lung cancer progression via an “H1.2–NRF2” antioxidant feedforward cycle.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "working", "model", "that", "H1.2", "promotes", "lung", "cancer", "progression", "via", "an", "“", "H1.2–NRF2", "”", "antioxidant", "feedforward", "cycle", "." ] } ]
PMC11731161
On the next day, 5 μL Protein A/G agarose beads were added to each sample and incubated at 4 °C on a rotator for another 3 h. Then, the beads were washed 3 times with 1 × wash buffer, proteins were eluted using 2 × loading buffer at 95 °C for 5 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "the", "next", "day", ",", "5", "μL", "Protein", "A/G", "agarose", "beads", "were", "added", "to", "each", "sample", "and", "incubated", "at", "4", "°", "C", "on", "a", "rotator", "for", "another", "3", "h.", "Then", ",", "the", "beads", "were", "washed", "3", "times", "with", "1", "×", "wash", "buffer", ",", "proteins", "were", "eluted", "using", "2", "×", "loading", "buffer", "at", "95", "°", "C", "for", "5", "min", "." ] } ]
PMC11625890
Processes that are influenced by AMBRA1 have been implicated in neurodevelopment and neurogenesis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Processes", "that", "are", "influenced", "by", "AMBRA1", "have", "been", "implicated", "in", "neurodevelopment", "and", "neurogenesis", "." ] } ]
PMC9221284
Nevertheless, our Western blot experiments (Figure 2A) do not detect the c-Myc1 (p67) isoform.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Nevertheless", ",", "our", "Western", "blot", "experiments", "(", "Figure", "2A", ")", "do", "not", "detect", "the", "c-Myc1", "(", "p67", ")", "isoform", "." ] } ]
PMC11300085
It has been proven that SK-OV-3 is a type of high-metastatic cell line that is more sensitive to exogenous stimuli compared to the low-metastatic OVCAR-3 cells .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "has", "been", "proven", "that", "SK-OV-3", "is", "a", "type", "of", "high-metastatic", "cell", "line", "that", "is", "more", "sensitive", "to", "exogenous", "stimuli", "compared", "to", "the", "low-metastatic", "OVCAR-3", "cells", "." ] } ]
PMC10988555
A new family of dicationic Co(III)-cyclopentadienyl (CoCp) complexes with N,N-heteroaromatic bidentate ligands of general formula [CoCp(PPh3)(NN)][(CF3SO3)2], where NN = 2,2′-bipyridine (bipy; complex 1); 4,4′-dimethyl-2,2′-bipyridine (Me2bipy, complex 2); 1,10′-phenanthroline (phen; complex 3); or 5-amino-1,10′-phenanthroline (NH2phen, complex 4), was synthesized according to Scheme 1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "new", "family", "of", "dicationic", "Co(III)-cyclopentadienyl", "(", "CoCp", ")", "complexes", "with", "N", ",", "N-heteroaromatic", "bidentate", "ligands", "of", "general", "formula", "[CoCp(PPh3)(NN)][(CF3SO3)2", "]", ",", "where", "NN", "=", "2,2′-bipyridine", "(", "bipy", ";", "complex", "1", ")", ";", "4,4′-dimethyl-2,2′-bipyridine", "(", "Me2bipy", ",", "complex", "2", ")", ";", "1,10′-phenanthroline", "(", "phen", ";", "complex", "3", ")", ";", "or", "5-amino-1,10′-phenanthroline", "(", "NH2phen", ",", "complex", "4", ")", ",", "was", "synthesized", "according", "to", "Scheme", "1", "." ] } ]
PMC11406030
CCC, clear cell carcinoma; EC, endometroid carcinoma; HGSC, high-grade serous carcinoma; MC, mucinous carcinoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CCC", ",", "clear", "cell", "carcinoma", ";", "EC", ",", "endometroid", "carcinoma", ";", "HGSC", ",", "high-grade", "serous", "carcinoma", ";", "MC", ",", "mucinous", "carcinoma", "." ] } ]
PMC11155445
The structure of compounds (57 and 58) was stabilized by intramolecular N–H⋯O interactions, crystal packing of the compound was due to strong N–H⋯S interactions leading to the generation of a centrosymmetric dimer R2 (8) ring, while that of compound 58 crystal packing stability was due to intermolecular hydrogen bonding of the type N–H⋯O and C–H⋯O. Similarly, several inter and intramolecular interactions were also observed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "structure", "of", "compounds", "(", "57", "and", "58", ")", "was", "stabilized", "by", "intramolecular", "N", "–", "H⋯O", "interactions", ",", "crystal", "packing", "of", "the", "compound", "was", "due", "to", "strong", "N", "–", "H⋯S", "interactions", "leading", "to", "the", "generation", "of", "a", "centrosymmetric", "dimer", "R2", "(", "8)", "ring", ",", "while", "that", "of", "compound", "58", "crystal", "packing", "stability", "was", "due", "to", "intermolecular", "hydrogen", "bonding", "of", "the", "type", "N", "–", "H⋯O", "and", "C", "–", "H⋯O.", "Similarly", ",", "several", "inter", "and", "intramolecular", "interactions", "were", "also", "observed", "." ] } ]
PMC11623887
Transfection of pHI0 plasmid and plasmid containing GATA1 gene (1.5 µg ) was performed in 5×10 HEK293T cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Transfection", "of", "pHI0", "plasmid", "and", "plasmid", "containing", "GATA1", "gene", "(", "1.5", "µg", ")", "was", "performed", "in", "5", "×", "10", "HEK293", "T", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
47% of employed patients reported reducing their weekly working hours, of which 60% cited fatigue as the primary reason.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "47", "%", "of", "employed", "patients", "reported", "reducing", "their", "weekly", "working", "hours", ",", "of", "which", "60", "%", "cited", "fatigue", "as", "the", "primary", "reason", "." ] } ]
PMC10968586
Instead, gallbladder cancer is the most common biliary tract cancer, characterized by a very unfavorable prognosis .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Instead", ",", "gallbladder", "cancer", "is", "the", "most", "common", "biliary", "tract", "cancer", ",", "characterized", "by", "a", "very", "unfavorable", "prognosis", "." ] } ]
PMC11467964
In our study, a comprehensive bioinformatic analysis and experiments were performed to investigate the clinical relevance, prognostic performance, and immunological role of BMs in STS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "our", "study", ",", "a", "comprehensive", "bioinformatic", "analysis", "and", "experiments", "were", "performed", "to", "investigate", "the", "clinical", "relevance", ",", "prognostic", "performance", ",", "and", "immunological", "role", "of", "BMs", "in", "STS", "." ] } ]
PMC3019555
TX requires the 3′ UTR of HIF-1α to regulate its translation. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "TX", "requires", "the", "3′", "UTR", "of", "HIF-1α", "to", "regulate", "its", "translation", ".", "(" ] } ]
PMC10589262
In the presence of TG, the anti-tumor effect of each ATF6 inhibitor, with or without ER stress-inducing drugs, was slightly enhanced (Supplementary Fig. S16).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "presence", "of", "TG", ",", "the", "anti-tumor", "effect", "of", "each", "ATF6", "inhibitor", ",", "with", "or", "without", "ER", "stress-inducing", "drugs", ",", "was", "slightly", "enhanced", "(", "Supplementary", "Fig.", "S16", ")", "." ] } ]
PMC11519583
Right graphs show CSA of myofibers in the TA muscles from either control or Ror2 cKO mice. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Right", "graphs", "show", "CSA", "of", "myofibers", "in", "the", "TA", "muscles", "from", "either", "control", "or", "Ror2", "cKO", "mice", ".", "(" ] } ]
PMC11575040
These results indicated that LINC00094 was predominantly expressed in the cytoplasm of melanoma cells, suggesting a potential biological function involving the modulation of endogenous miRNA expression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "results", "indicated", "that", "LINC00094", "was", "predominantly", "expressed", "in", "the", "cytoplasm", "of", "melanoma", "cells", ",", "suggesting", "a", "potential", "biological", "function", "involving", "the", "modulation", "of", "endogenous", "miRNA", "expression", "." ] } ]
PMC11739504
In addition, Kat2b-knockout mice showed mild abnormalities and ciliary IFT defects in the kidneys.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "Kat2b-knockout", "mice", "showed", "mild", "abnormalities", "and", "ciliary", "IFT", "defects", "in", "the", "kidneys", "." ] } ]
PMC11740573
This effect was much more significant as compared to calcitriol post-treatment of H1N1-infected cells .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "effect", "was", "much", "more", "significant", "as", "compared", "to", "calcitriol", "post-treatment", "of", "H1N1-infected", "cells", "." ] } ]
PMC11365427
Above all, we propose that after phenylalanine is taken up, its principal metabolites in MM cells satisfied the energy requirements for cell proliferation and metabolism.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Above", "all", ",", "we", "propose", "that", "after", "phenylalanine", "is", "taken", "up", ",", "its", "principal", "metabolites", "in", "MM", "cells", "satisfied", "the", "energy", "requirements", "for", "cell", "proliferation", "and", "metabolism", "." ] } ]
PMC6468656
Although RCC is relatively rare compared with other cancers (approximately 2% of malignant tumors), an alarming increase in incidence has been diagnosed and the survival of these patients is poor, with a median survival of less than one year .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "RCC", "is", "relatively", "rare", "compared", "with", "other", "cancers", "(", "approximately", "2", "%", "of", "malignant", "tumors", ")", ",", "an", "alarming", "increase", "in", "incidence", "has", "been", "diagnosed", "and", "the", "survival", "of", "these", "patients", "is", "poor", ",", "with", "a", "median", "survival", "of", "less", "than", "one", "year", "." ] } ]
PMC10243817
We further determined the downstream effects of TGF-β2/TGF-βR3 activation in nasal epithetical cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "further", "determined", "the", "downstream", "effects", "of", "TGF-β2/TGF-βR3", "activation", "in", "nasal", "epithetical", "cells", "." ] } ]
PMC11612315
One-way ANOVA followed by Dunnett’s multiple comparison test (p < 0.01, compared with the vehicle + CAP group).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "One-way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "’s", "multiple", "comparison", "test", "(", "p", "<", "0.01", ",", "compared", "with", "the", "vehicle", "+", "CAP", "group", ")", "." ] } ]
PMC9454178
GAPDH was used as an endogenous control.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GAPDH", "was", "used", "as", "an", "endogenous", "control", "." ] } ]
PMC9545714
These mechanisms include enhancement of innate immunity by recruitment of phagocytic cells and stimulated production of antimicrobial fatty acids, enhanced DNA repair, and enhanced detoxification of xenobiotics.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "mechanisms", "include", "enhancement", "of", "innate", "immunity", "by", "recruitment", "of", "phagocytic", "cells", "and", "stimulated", "production", "of", "antimicrobial", "fatty", "acids", ",", "enhanced", "DNA", "repair", ",", "and", "enhanced", "detoxification", "of", "xenobiotics", "." ] } ]
PMC9429973
Common reasons for preinfusion dropout included death and loss of eligibility (5 each).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Common", "reasons", "for", "preinfusion", "dropout", "included", "death", "and", "loss", "of", "eligibility", "(", "5", "each", ")", "." ] } ]
PMC11621493
Transacylase reactions are well known to catalyze the synthesis of complex lipids.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Transacylase", "reactions", "are", "well", "known", "to", "catalyze", "the", "synthesis", "of", "complex", "lipids", "." ] } ]
PMC10936243
However, changes in media consumption have meant that printed materials are scarcer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "changes", "in", "media", "consumption", "have", "meant", "that", "printed", "materials", "are", "scarcer", "." ] } ]
PMC4270159
These experiments were performed in PC-9 and HCC827 cells, whereas KHM-3S cells were used in the study being replicated.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "experiments", "were", "performed", "in", "PC-9", "and", "HCC827", "cells", ",", "whereas", "KHM-3S", "cells", "were", "used", "in", "the", "study", "being", "replicated", "." ] } ]
PMC9592219
First, we used miRNA target prediction tools to identify four potential miRNAs (has-miR-139-5p, has-miR-22-5p, has-miR-4683, and has-miR-582-3p) that might bind to TOP2A (Figure 6(a)).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "First", ",", "we", "used", "miRNA", "target", "prediction", "tools", "to", "identify", "four", "potential", "miRNAs", "(", "has-miR-139", "-", "5p", ",", "has-miR-22", "-", "5p", ",", "has-miR-4683", ",", "and", "has-miR-582", "-", "3p", ")", "that", "might", "bind", "to", "TOP2A", "(", "Figure", "6(a", ")", ")", "." ] } ]
PMC10253973
This compound significantly increased the level of caspase-3 and promoted cell apoptosis in the metastatic melanoma cell line (C8161).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "compound", "significantly", "increased", "the", "level", "of", "caspase-3", "and", "promoted", "cell", "apoptosis", "in", "the", "metastatic", "melanoma", "cell", "line", "(", "C8161", ")", "." ] } ]
PMC2614416
Oxidoreductase enzymes are key enzymes in pathways of oxygen utilization in normal and neoplastic cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Oxidoreductase", "enzymes", "are", "key", "enzymes", "in", "pathways", "of", "oxygen", "utilization", "in", "normal", "and", "neoplastic", "cells", "." ] } ]
PMC11766350
Finally, we assessed whether the produced rAAV-TRAILs were functionally equivalent to non-TRAIL rAAVs in terms of transduction efficiency.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "we", "assessed", "whether", "the", "produced", "rAAV-TRAILs", "were", "functionally", "equivalent", "to", "non-TRAIL", "rAAVs", "in", "terms", "of", "transduction", "efficiency", "." ] } ]