OTAR3088/BioData-CellLine_annotated · Datasets at Hugging Face

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PMC9429973	Aims: We aimed to determine whether the EASIX or related scores could predict CAR-T toxicity in our patients and if not, then to identify other potential predictors from the available clinical information.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "We", "aimed", "to", "determine", "whether", "the", "EASIX", "or", "related", "scores", "could", "predict", "CAR-T", "toxicity", "in", "our", "patients", "and", "if", "not", ",", "then", "to", "identify", "other", "potential", "predictors", "from", "the", "available", "clinical", "information", "." ] } ]
PMC9429973	Treatment-related AEs (TRAE) occurred in 26 patients (87%); most common (≥10%) were hypothyroidism (27%), fatigue (20%), infusion-related reactions (20%), headache (17%), and arthralgia, hyperthyroidism, myalgia, and nausea (10% each).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Treatment-related", "AEs", "(", "TRAE", ")", "occurred", "in", "26", "patients", "(", "87", "%", ")", ";", "most", "common", "(", "≥10", "%", ")", "were", "hypothyroidism", "(", "27", "%", ")", ",", "fatigue", "(", "20", "%", ")", ",", "infusion-related", "reactions", "(", "20", "%", ")", ",", "headache", "(", "17", "%", ")", ",", "and", "arthralgia", ",", "hyperthyroidism", ",", "myalgia", ",", "and", "nausea", "(", "10", "%", "each", ")", "." ] } ]
PMC10671321	As shown in Figure 4A, WT and mutated hetero-oligomers were secreted after co-transfection of Ache and WT or mutated COLQ1a cDNA in COS cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "shown", "in", "Figure", "4A", ",", "WT", "and", "mutated", "hetero-oligomers", "were", "secreted", "after", "co-transfection", "of", "Ache", "and", "WT", "or", "mutated", "COLQ1a", "cDNA", "in", "COS", "cells", "." ] } ]
PMC11799620	Agency for Toxic Substances and Disease Registry classifies cadmium as a highly toxic molecule.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Agency", "for", "Toxic", "Substances", "and", "Disease", "Registry", "classifies", "cadmium", "as", "a", "highly", "toxic", "molecule", "." ] } ]
PMC11406030	For preliminary efficacy testing, an A2780 cell-line-derived orthotopic xenograft mouse model of ovarian cancer was utilized.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "preliminary", "efficacy", "testing", ",", "an", "A2780", "cell-line-derived", "orthotopic", "xenograft", "mouse", "model", "of", "ovarian", "cancer", "was", "utilized", "." ] } ]
PMC9429973	IR (cases/1,000,000) was age-adjusted to the U.S. 2000 standard population.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IR", "(", "cases/1,000,000", ")", "was", "age-adjusted", "to", "the", "U.S.", "2000", "standard", "population", "." ] } ]
PMC11694625	However, no nitrosamines or nitrosating agents were used in the synthesis route.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "no", "nitrosamines", "or", "nitrosating", "agents", "were", "used", "in", "the", "synthesis", "route", "." ] } ]
PMC9275501	The traditional methods of cancer treatment include surgical resection, chemotherapy and radiation therapy.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "traditional", "methods", "of", "cancer", "treatment", "include", "surgical", "resection", ",", "chemotherapy", "and", "radiation", "therapy", "." ] } ]
PMC11188874	Proteasomes are structurally heterogeneous, dynamically regulated protein degrading machines that are responsible for the bulk of controlled protein degradation in eukaryotic cells (4).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Proteasomes", "are", "structurally", "heterogeneous", ",", "dynamically", "regulated", "protein", "degrading", "machines", "that", "are", "responsible", "for", "the", "bulk", "of", "controlled", "protein", "degradation", "in", "eukaryotic", "cells", "(", "4", ")", "." ] } ]
PMC11489351	Importantly, the identified TFs with pH-dependent posttranslational activity include TFs previously confirmed to have pH-dependent binding to DNA, including forkhead box TF FOXC2 (75) as well as many hits in TF families predicted to be pH-sensitive (based on computational analyses) (75), including HOX family members, SOX family members, and KLF family TFs (Fig. 7B).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Importantly", ",", "the", "identified", "TFs", "with", "pH-dependent", "posttranslational", "activity", "include", "TFs", "previously", "confirmed", "to", "have", "pH-dependent", "binding", "to", "DNA", ",", "including", "forkhead", "box", "TF", "FOXC2", "(", "75", ")", "as", "well", "as", "many", "hits", "in", "TF", "families", "predicted", "to", "be", "pH-sensitive", "(", "based", "on", "computational", "analyses", ")", "(", "75", ")", ",", "including", "HOX", "family", "members", ",", "SOX", "family", "members", ",", "and", "KLF", "family", "TFs", "(", "Fig.", "7B", ")", "." ] } ]
PMC11321678	In the first step, we calculated the correlation between gene activity scores and TF activity scores across 24 clusters, the correlation indicating a regulating relationship (Table S9, Supporting Information).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "first", "step", ",", "we", "calculated", "the", "correlation", "between", "gene", "activity", "scores", "and", "TF", "activity", "scores", "across", "24", "clusters", ",", "the", "correlation", "indicating", "a", "regulating", "relationship", "(", "Table", "S9", ",", "Supporting", "Information", ")", "." ] } ]
PMC11591794	In the applications, the final concentration of the vehicle in the flasks or plate wells was reduced to 1%.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "applications", ",", "the", "final", "concentration", "of", "the", "vehicle", "in", "the", "flasks", "or", "plate", "wells", "was", "reduced", "to", "1", "%", "." ] } ]
PMC11787381	Where no between-group variance was found, ANOVA was performed.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Where", "no", "between-group", "variance", "was", "found", ",", "ANOVA", "was", "performed", "." ] } ]
PMC11740508	A, B Cell death in the M231 isogenic variants, and in SUM149PT.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", ",", "B", "Cell", "death", "in", "the", "M231", "isogenic", "variants", ",", "and", "in", "SUM149PT", "." ] } ]
PMC11322866	Figure 4 Increased phosphorylation of ERK1/2 is required for EZH2 inhibition-induced cellular senescence(A) p-ERK1/2 and ERK1/2 protein levels were measured by western blot analysis in RRM2 OE MM cells in the presence or absence of GSK126 (1.5 μM– 24 h). (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Figure", "4", "Increased", "phosphorylation", "of", "ERK1/2", "is", "required", "for", "EZH2", "inhibition-induced", "cellular", "senescence(A", ")", "p-ERK1/2", "and", "ERK1/2", "protein", "levels", "were", "measured", "by", "western", "blot", "analysis", "in", "RRM2", "OE", "MM", "cells", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "GSK126", "(", "1.5", "μM–", "24", "h", ")", ".", "(" ] } ]
PMC9429973	Median age at BR initiation was 55 years (range 24-74), 73.8% had ECOG 0-1, and 26.2% ECOG 2.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Median", "age", "at", "BR", "initiation", "was", "55", "years", "(", "range", "24", "-", "74", ")", ",", "73.8", "%", "had", "ECOG", "0", "-", "1", ",", "and", "26.2", "%", "ECOG", "2", "." ] } ]
PMC11541241	In animals, the TSC1 (tuberous sclerosis complex 1)‐TSC2 (tuberous sclerosis complex 2) heterodimer acts as a key regulator of TOR signalling.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "animals", ",", "the", "TSC1", "(", "tuberous", "sclerosis", "complex", "1)‐TSC2", "(", "tuberous", "sclerosis", "complex", "2", ")", "heterodimer", "acts", "as", "a", "key", "regulator", "of", "TOR", "signalling", "." ] } ]
PMC8658661	According to recent discoveries, certified cell lines retain most genetic properties of the original tumor and mimic its microenvironment.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "According", "to", "recent", "discoveries", ",", "certified", "cell", "lines", "retain", "most", "genetic", "properties", "of", "the", "original", "tumor", "and", "mimic", "its", "microenvironment", "." ] } ]
PMC9874064	ID1 expression in BEL-7404DPP cells after 48 h treatment with different drugs by Western blot.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ID1", "expression", "in", "BEL-7404DPP", "cells", "after", "48", "h", "treatment", "with", "different", "drugs", "by", "Western", "blot", "." ] } ]
PMC8623816	We also failed to isolate virus-free strains via hyphal tipping and ribavirin treatment, suggesting that RsRV5 is maintained stably and systemically in this natural fungal host.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "also", "failed", "to", "isolate", "virus-free", "strains", "via", "hyphal", "tipping", "and", "ribavirin", "treatment", ",", "suggesting", "that", "RsRV5", "is", "maintained", "stably", "and", "systemically", "in", "this", "natural", "fungal", "host", "." ] } ]
PMC9559528	EM is most often triggered by the herpes simplex virus (HSV), Mycoplasma pneumoniae, and certain medications.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "EM", "is", "most", "often", "triggered", "by", "the", "herpes", "simplex", "virus", "(", "HSV", ")", ",", "Mycoplasma", "pneumoniae", ",", "and", "certain", "medications", "." ] } ]
PMC11269792	Lipofectamine 2000 (Invitrogen) served for the transfection of cells seeded at 2×10/well on 6-well plates.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lipofectamine", "2000", "(", "Invitrogen", ")", "served", "for", "the", "transfection", "of", "cells", "seeded", "at", "2", "×", "10/well", "on", "6-well", "plates", "." ] } ]
PMC11237030	The day after, medium was removed, and cells were treated for 24 h with 200 µm of 8-cpt-cAMP (Santa Cruz Biotechnology) or vehicle (bdH2O) in CM.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "day", "after", ",", "medium", "was", "removed", ",", "and", "cells", "were", "treated", "for", "24", "h", "with", "200", "µm", "of", "8-cpt-cAMP", "(", "Santa", "Cruz", "Biotechnology", ")", "or", "vehicle", "(", "bdH2O", ")", "in", "CM", "." ] } ]
PMC9221284	It is noteworthy that Trans1 (transcript 1) carries the PvuII mutation which has been suggested to be responsible for the production of the single c-Myc2 variant in BL60 cells (Figure 3 and Figure S4).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "noteworthy", "that", "Trans1", "(", "transcript", "1", ")", "carries", "the", "PvuII", "mutation", "which", "has", "been", "suggested", "to", "be", "responsible", "for", "the", "production", "of", "the", "single", "c-Myc2", "variant", "in", "BL60", "cells", "(", "Figure", "3", "and", "Figure", "S4", ")", "." ] } ]
PMC11394227	Among them, the CHO-QS cell line was established based on the CHO-K1 cell line, which stably co-expressed EQK and survivin protein.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "them", ",", "the", "CHO-QS", "cell", "line", "was", "established", "based", "on", "the", "CHO-K1", "cell", "line", ",", "which", "stably", "co-expressed", "EQK", "and", "survivin", "protein", "." ] } ]
PMC11585587	Based on the afore mentioned findings, we speculate that RA modulates the MAPK/ERK signaling pathway while apoptosis in MM cells (Fig. 10).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Based", "on", "the", "afore", "mentioned", "findings", ",", "we", "speculate", "that", "RA", "modulates", "the", "MAPK/ERK", "signaling", "pathway", "while", "apoptosis", "in", "MM", "cells", "(", "Fig.", "10", ")", "." ] } ]
PMC11711663	We opted for model 5 due to its best performance.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "opted", "for", "model", "5", "due", "to", "its", "best", "performance", "." ] } ]
PMC11591038	Evidence from neuroimaging studies showed that hypoperfusion in the brain areas, as a result of dysfunctional neurovascular units or the immunosuppressive network , is a potential inducer of AD pathology .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Evidence", "from", "neuroimaging", "studies", "showed", "that", "hypoperfusion", "in", "the", "brain", "areas", ",", "as", "a", "result", "of", "dysfunctional", "neurovascular", "units", "or", "the", "immunosuppressive", "network", ",", "is", "a", "potential", "inducer", "of", "AD", "pathology", "." ] } ]
PMC11609529	Scale bar: 10 μm. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bar", ":", "10", "μm", ".", "(" ] } ]
PMC5925824	In tumor tissue of CD34+ hHSC-reconstituted mice, LY3300054-induced increased gene expression changes reflected T cell infiltration and activation (CD3E, CD8B, CD4, PRF1, GZMB, TBX21, EOMES), myeloid cell infiltration and differentiation (ITGAM, ITGAX, CD14, CD68, ARG1) upregulation of co-inhibitory/co-stimulatory receptors and ligands (TNFRSF9, TNFRS18, TNFRSF4, CD28, CD27, ICOS, CD226, CD200R1, PDCD1, CD274, PDCD1LG2, TIGIT, HAVCR2, LAG3), cytokines and their receptors (IFNG, IL2, IL2RA, IL21, CCL3, CCL4, CCL5), interferon type I response (IFNA2, IFNB1), antigen presentation and MHC class I and II (HLA-A, HLA-B, HLA-C, B2M, HLA-DRA), and down-regulation of only two genes from the tested panel, TGFB2 and IL1B (Fig. 6e).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "tumor", "tissue", "of", "CD34", "+", "hHSC-reconstituted", "mice", ",", "LY3300054-induced", "increased", "gene", "expression", "changes", "reflected", "T", "cell", "infiltration", "and", "activation", "(", "CD3E", ",", "CD8B", ",", "CD4", ",", "PRF1", ",", "GZMB", ",", "TBX21", ",", "EOMES", ")", ",", "myeloid", "cell", "infiltration", "and", "differentiation", "(", "ITGAM", ",", "ITGAX", ",", "CD14", ",", "CD68", ",", "ARG1", ")", "upregulation", "of", "co-inhibitory/co-stimulatory", "receptors", "and", "ligands", "(", "TNFRSF9", ",", "TNFRS18", ",", "TNFRSF4", ",", "CD28", ",", "CD27", ",", "ICOS", ",", "CD226", ",", "CD200R1", ",", "PDCD1", ",", "CD274", ",", "PDCD1LG2", ",", "TIGIT", ",", "HAVCR2", ",", "LAG3", ")", ",", "cytokines", "and", "their", "receptors", "(", "IFNG", ",", "IL2", ",", "IL2RA", ",", "IL21", ",", "CCL3", ",", "CCL4", ",", "CCL5", ")", ",", "interferon", "type", "I", "response", "(", "IFNA2", ",", "IFNB1", ")", ",", "antigen", "presentation", "and", "MHC", "class", "I", "and", "II", "(", "HLA-A", ",", "HLA-B", ",", "HLA-C", ",", "B2", "M", ",", "HLA-DRA", ")", ",", "and", "down-regulation", "of", "only", "two", "genes", "from", "the", "tested", "panel", ",", "TGFB2", "and", "IL1B", "(", "Fig.", "6e", ")", "." ] } ]
PMC11750712	Multispectral imaging was performed using the PhenoImager HT and exported from the inForm software (Akoya biosciences).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Multispectral", "imaging", "was", "performed", "using", "the", "PhenoImager", "HT", "and", "exported", "from", "the", "inForm", "software", "(", "Akoya", "biosciences", ")", "." ] } ]
PMC9509578	The emergence of resistant subclones that appear after the initial treatment instigates tumor expansion and eventually recurrence of tumors in the patients .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "emergence", "of", "resistant", "subclones", "that", "appear", "after", "the", "initial", "treatment", "instigates", "tumor", "expansion", "and", "eventually", "recurrence", "of", "tumors", "in", "the", "patients", "." ] } ]
PMC9429973	Related to the certification program in the form of mangement, it´s not fully adapted to “little” hospitals, because if it´s true that there is a hospital responsable for haemovigilance, hemotherapy isn´t an exclusive dedication for him.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Related", "to", "the", "certification", "program", "in", "the", "form", "of", "mangement", ",", "it´s", "not", "fully", "adapted", "to", "“", "little", "”", "hospitals", ",", "because", "if", "it´s", "true", "that", "there", "is", "a", "hospital", "responsable", "for", "haemovigilance", ",", "hemotherapy", "isn´t", "an", "exclusive", "dedication", "for", "him", "." ] } ]
PMC6450504	Quantification of apoptotic events was done based on cell morphology and by random segmentation by gating the cells based on YoPro fluorescence, used to identify early apoptosis events, and PI fluorescence, which stains for late apoptosis/necrosis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quantification", "of", "apoptotic", "events", "was", "done", "based", "on", "cell", "morphology", "and", "by", "random", "segmentation", "by", "gating", "the", "cells", "based", "on", "YoPro", "fluorescence", ",", "used", "to", "identify", "early", "apoptosis", "events", ",", "and", "PI", "fluorescence", ",", "which", "stains", "for", "late", "apoptosis/necrosis", "." ] } ]
PMC9080589	All statistical analyses were performed using SPSS software (ver.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "SPSS", "software", "(", "ver", "." ] } ]
PMC11519788	The expression levels of SPOP and VEZF1 proteins were scored as the intensity value (0 = no staining, 1 = weak, 2 = moderate, and 3 = intense) multiplied by the positive-ratio value (1 = 0-25%, 2 = 26-49%, 3 = 51-75%, and 4 = 76-100%).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "levels", "of", "SPOP", "and", "VEZF1", "proteins", "were", "scored", "as", "the", "intensity", "value", "(", "0", "=", "no", "staining", ",", "1", "=", "weak", ",", "2", "=", "moderate", ",", "and", "3", "=", "intense", ")", "multiplied", "by", "the", "positive-ratio", "value", "(", "1", "=", "0", "-", "25", "%", ",", "2", "=", "26", "-", "49", "%", ",", "3", "=", "51", "-", "75", "%", ",", "and", "4", "=", "76", "-", "100", "%", ")", "." ] } ]
PMC9985266	P < 0.05, P < 0.01, *P < 0.001; values are expressed as the mean ± standard deviation (n = 3) To verify whether IL-27 attenuates PF by inducing autophagy in MRC-5 cells, MRC-5 cells were cotreated with the autophagy inhibitor 3-MA and IL-27.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "<", "0.05", ",", "", "", "P", "<", "0.01", ",", "", "", "*", "P", "<", "0.001", ";", "values", "are", "expressed", "as", "the", "mean", "±", "standard", "deviation", "(", "n", "=", "3", ")", "To", "verify", "whether", "IL-27", "attenuates", "PF", "by", "inducing", "autophagy", "in", "MRC-5", "cells", ",", "MRC-5", "cells", "were", "cotreated", "with", "the", "autophagy", "inhibitor", "3-MA", "and", "IL-27", "." ] } ]
PMC11719944	As there were no noteworthy differences in the T cell subtypes assessed, we sought to determine whether there was a functional difference in these cells beyond just numerical variations.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "there", "were", "no", "noteworthy", "differences", "in", "the", "T", "cell", "subtypes", "assessed", ",", "we", "sought", "to", "determine", "whether", "there", "was", "a", "functional", "difference", "in", "these", "cells", "beyond", "just", "numerical", "variations", "." ] } ]
PMC11013014	Compound 22 was prepared using a Sonogashira-type coupling reaction between compound 19 and EA derivative 21 bearing an alkyne group.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Compound", "22", "was", "prepared", "using", "a", "Sonogashira-type", "coupling", "reaction", "between", "compound", "19", "and", "EA", "derivative", "21", "bearing", "an", "alkyne", "group", "." ] } ]
PMC11687167	PCSK9 can even be used in the treatment and prognostic evaluation of inflammation before the exact mechanism has been clarified.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PCSK9", "can", "even", "be", "used", "in", "the", "treatment", "and", "prognostic", "evaluation", "of", "inflammation", "before", "the", "exact", "mechanism", "has", "been", "clarified", "." ] } ]
PMC5716223	αB-Cry and Hsp27 are small heat shock proteins (sHSPs) abundantly expressed in muscle tissue where they stabilize cytoskeletal structures, especially under pro-oxidant insult [11–13], modulate myogenic differentiation and interact with several growth factors through the c-Jun N-terminal kinase (JNK)- and/or NFκB- dependent regulatory mechanisms .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "αB-Cry", "and", "Hsp27", "are", "small", "heat", "shock", "proteins", "(", "sHSPs", ")", "abundantly", "expressed", "in", "muscle", "tissue", "where", "they", "stabilize", "cytoskeletal", "structures", ",", "especially", "under", "pro-oxidant", "insult", "[", "11–13", "]", ",", "modulate", "myogenic", "differentiation", "and", "interact", "with", "several", "growth", "factors", "through", "the", "c-Jun", "N-terminal", "kinase", "(JNK)-", "and/or", "NFκB-", "dependent", "regulatory", "mechanisms", "." ] } ]
PMC9960565	All the chemicals were used as received, except for the anionic half-generation PAMAM dendrimers (0.5–3.5) purified through dialysis to eliminate impurities.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "the", "chemicals", "were", "used", "as", "received", ",", "except", "for", "the", "anionic", "half-generation", "PAMAM", "dendrimers", "(", "0.5–3.5", ")", "purified", "through", "dialysis", "to", "eliminate", "impurities", "." ] } ]
PMC9024365	Data are represented as mean ± SEM; n.s.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "are", "represented", "as", "mean", "±", "SEM", ";", "n.s", "." ] } ]
PMC11705067	mol and -5,3 kcal.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "mol", "and", "-5,3", "kcal", "." ] } ]
PMC9693627	Briefly, 100 μg of isolated mitochondria were resuspended in 10 μL of solubilization buffer A (50 mM NaCl, 2 mM 6-aminohexanoic acid, 1 mM EDTA, 50 mM imidazole-HCl, pH 7) and a proper amount of detergent was added (1.25 μL of dodecylmaltoside (20%) or 3 μL of digitonin (20%)).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Briefly", ",", "100", "μg", "of", "isolated", "mitochondria", "were", "resuspended", "in", "10", "μL", "of", "solubilization", "buffer", "A", "(", "50", "mM", "NaCl", ",", "2", "mM", "6-aminohexanoic", "acid", ",", "1", "mM", "EDTA", ",", "50", "mM", "imidazole-HCl", ",", "pH", "7", ")", "and", "a", "proper", "amount", "of", "detergent", "was", "added", "(", "1.25", "μL", "of", "dodecylmaltoside", "(", "20", "%", ")", "or", "3", "μL", "of", "digitonin", "(", "20", "%", ")", ")", "." ] } ]
PMC11747885	For lead compound SGI-1027 (1), the determined EC50 value was 23.2 μM. Among the derivatives, three compounds (36, 45, 47) exhibited no detectable cytotoxicity at the highest concentration of 30 μM, whereas three compounds (41, 42, 46) showed comparatively high cytotoxicity.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "lead", "compound", "SGI-1027", "(", "1", ")", ",", "the", "determined", "EC50", "value", "was", "23.2", "μM.", "Among", "the", "derivatives", ",", "three", "compounds", "(", "36", ",", "45", ",", "47", ")", "exhibited", "no", "detectable", "cytotoxicity", "at", "the", "highest", "concentration", "of", "30", "μM", ",", "whereas", "three", "compounds", "(", "41", ",", "42", ",", "46", ")", "showed", "comparatively", "high", "cytotoxicity", "." ] } ]
PMC8097906	The treatment with 50 μg/ml LW extract induced a significant viability decrease of 20% (Fig. 1b).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "treatment", "with", "50", "μg/ml", "LW", "extract", "induced", "a", "significant", "viability", "decrease", "of", "20", "%", "(", "Fig.", "1b", ")", "." ] } ]
PMC9429973	Additionally, RA/ATO treated (1µM) NB4 cells for 6-72h were evaluated for BCL2/MCL1 levels.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "RA/ATO", "treated", "(", "1µM", ")", "NB4", "cells", "for", "6", "-", "72h", "were", "evaluated", "for", "BCL2/MCL1", "levels", "." ] } ]
PMC11530949	However, the introduction of Ag-doped CuO nanoparticles disrupts this balance, leading to an overproduction of ROS within cancer cells (Figure 1).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "the", "introduction", "of", "Ag-doped", "CuO", "nanoparticles", "disrupts", "this", "balance", ",", "leading", "to", "an", "overproduction", "of", "ROS", "within", "cancer", "cells", "(", "Figure", "1", ")", "." ] } ]
PMC9429973	Three (18.8%) patients were categorized as type II with median CD41 levels of 11.3% and median CD61 levels of 28.6%.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Three", "(", "18.8", "%", ")", "patients", "were", "categorized", "as", "type", "II", "with", "median", "CD41", "levels", "of", "11.3", "%", "and", "median", "CD61", "levels", "of", "28.6", "%", "." ] } ]
PMC9388315	The cells incubated with concentrations of 0.16, 0.32, 0.64, 1.25, 2.50, 5, 10, and 20 mg/ml aqueous extract of Cinnamon at 37°C under 5% CO2 for 24, 48, and 72 h .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "incubated", "with", "concentrations", "of", "0.16", ",", "0.32", ",", "0.64", ",", "1.25", ",", "2.50", ",", "5", ",", "10", ",", "and", "20", "mg/ml", "aqueous", "extract", "of", "Cinnamon", "at", "37", "°", "C", "under", "5", "%", "CO2", "for", "24", ",", "48", ",", "and", "72", "h", "." ] } ]
PMC4270159	Each condition will be run in triplicate.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Each", "condition", "will", "be", "run", "in", "triplicate", "." ] } ]
PMC11515150	Consistent with the culture method of cytokine stimulation aforementioned, the CD5 CAR expression on NK cells was 58.9% by flow cytometry on day 14 (Fig. 5b).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consistent", "with", "the", "culture", "method", "of", "cytokine", "stimulation", "aforementioned", ",", "the", "CD5", "CAR", "expression", "on", "NK", "cells", "was", "58.9", "%", "by", "flow", "cytometry", "on", "day", "14", "(", "Fig.", "5b", ")", "." ] } ]
PMC11637276	This observation demonstrates that regulators identified in our 2D screen also play a role in 3D systems, suggesting the screening setup developed in this study has the potential of identifying novel regulators of cancer cell invasion.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "observation", "demonstrates", "that", "regulators", "identified", "in", "our", "2D", "screen", "also", "play", "a", "role", "in", "3D", "systems", ",", "suggesting", "the", "screening", "setup", "developed", "in", "this", "study", "has", "the", "potential", "of", "identifying", "novel", "regulators", "of", "cancer", "cell", "invasion", "." ] } ]
PMC9429973	4 patients presented fever on day 9 and were admitted a median of one day for this reason.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "4", "patients", "presented", "fever", "on", "day", "9", "and", "were", "admitted", "a", "median", "of", "one", "day", "for", "this", "reason", "." ] } ]
PMC11539788	Equal amounts (1 × 10) of T24 cells stably overexpressing RNF19A or control cells were subcutaneously injected into the flanks of nude mice.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Equal", "amounts", "(", "1", "×", "10", ")", "of", "T24", "cells", "stably", "overexpressing", "RNF19A", "or", "control", "cells", "were", "subcutaneously", "injected", "into", "the", "flanks", "of", "nude", "mice", "." ] } ]
PMC9817179	The incubation chamber was held humidified at a 37°C with 5% CO2 and the objective was also heated to 37°C.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "incubation", "chamber", "was", "held", "humidified", "at", "a", "37", "°", "C", "with", "5", "%", "CO2", "and", "the", "objective", "was", "also", "heated", "to", "37", "°", "C", "." ] } ]
PMC9429973	M1 macrophages were counted by two tube cytoflurimetry(iNOS high /CD163 low/CD14+).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "M1", "macrophages", "were", "counted", "by", "two", "tube", "cytoflurimetry(iNOS", "high", "/CD163", "low/CD14", "+", ")", "." ] } ]
PMC9919300	Its hepatoprotective role includes repairing hepatic injury by inhibiting NF-κB signaling; affecting the signal transduction pathway MAPK, PI3K/Akt, ERK, JAK/STAT pathways; downregulating cytokines; restoring cellular permeability; inhibiting lipid peroxidation; and acting as an anti- and pro-oxidant .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Its", "hepatoprotective", "role", "includes", "repairing", "hepatic", "injury", "by", "inhibiting", "NF-κB", "signaling", ";", "affecting", "the", "signal", "transduction", "pathway", "MAPK", ",", "PI3K/Akt", ",", "ERK", ",", "JAK/STAT", "pathways", ";", "downregulating", "cytokines", ";", "restoring", "cellular", "permeability", ";", "inhibiting", "lipid", "peroxidation", ";", "and", "acting", "as", "an", "anti-", "and", "pro-oxidant", "." ] } ]
PMC11604768	Furthermore, the overexpression of β2AR in the absence of ligand activated these same promoters.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "the", "overexpression", "of", "β2AR", "in", "the", "absence", "of", "ligand", "activated", "these", "same", "promoters", "." ] } ]
PMC9848491	The four immune-related lncRNAs were extremely effective in the overall OS prognosis of UCEC, which was similar to our study design (32).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "four", "immune-related", "lncRNAs", "were", "extremely", "effective", "in", "the", "overall", "OS", "prognosis", "of", "UCEC", ",", "which", "was", "similar", "to", "our", "study", "design", "(", "32", ")", "." ] } ]
PMC11322866	Immunofluorescence staining of EZH2 (green) in MM cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Immunofluorescence", "staining", "of", "EZH2", "(", "green", ")", "in", "MM", "cells", "." ] } ]
PMC11544122	SNX9 appears to recognize phosphorylated CXCR4 and is consistent with previous studies that have linked phosphorylation to CXCR4 endocytosis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SNX9", "appears", "to", "recognize", "phosphorylated", "CXCR4", "and", "is", "consistent", "with", "previous", "studies", "that", "have", "linked", "phosphorylation", "to", "CXCR4", "endocytosis", "." ] } ]
PMC11777207	PD-L1 antibodies were used to identify PD-L1 expression by flow cytometry.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PD-L1", "antibodies", "were", "used", "to", "identify", "PD-L1", "expression", "by", "flow", "cytometry", "." ] } ]
PMC11321678	D,E) Relative HTR2C or GABRG2 expression was measured by qRT‐PCR in shCtrl, shHTR2C, and shGABRG2 Group3/4 cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D", ",", "E", ")", "Relative", "HTR2C", "or", "GABRG2", "expression", "was", "measured", "by", "qRT‐PCR", "in", "shCtrl", ",", "shHTR2C", ",", "and", "shGABRG2", "Group3/4", "cells", "." ] } ]
PMC9429973	Results: In all, 158 pts received Ven (main, n=107; safety expansion, n=51).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "In", "all", ",", "158", "pts", "received", "Ven", "(", "main", ",", "n=107", ";", "safety", "expansion", ",", "n=51", ")", "." ] } ]
PMC10850553	Most signals for C5a/C5a des-arg was indeed co-localized with those for tPA (Fig. 6B, Supplementary Fig. S1).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Most", "signals", "for", "C5a/C5a", "des-arg", "was", "indeed", "co-localized", "with", "those", "for", "tPA", "(", "Fig.", "6B", ",", "Supplementary", "Fig.", "S1", ")", "." ] } ]
PMC11188874	Posttreatment cells were incubated for 21 hours with proteasome substrate LLVY-R110 and substrate cleavage was monitored as above.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Posttreatment", "cells", "were", "incubated", "for", "21", "hours", "with", "proteasome", "substrate", "LLVY-R110", "and", "substrate", "cleavage", "was", "monitored", "as", "above", "." ] } ]
PMC11787355	In a subsequent Jurkat reporter assay, we did not find reactivity against any of these 12 potential off-targets (Fig. 2f).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "a", "subsequent", "Jurkat", "reporter", "assay", ",", "we", "did", "not", "find", "reactivity", "against", "any", "of", "these", "12", "potential", "off-targets", "(", "Fig.", "2f", ")", "." ] } ]
PMC11753435	These parameters are equivalent to the datasets for the recent PepNN model, a deep attention model that accurately predicts peptide binding sites on target proteins (28).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "parameters", "are", "equivalent", "to", "the", "datasets", "for", "the", "recent", "PepNN", "model", ",", "a", "deep", "attention", "model", "that", "accurately", "predicts", "peptide", "binding", "sites", "on", "target", "proteins", "(", "28", ")", "." ] } ]
PMC11703896	Rapamycin, a macrocyclic antibiotic derived from the actinomycetes Streptomyces hygroscopicus, is a widely used immunosuppressant and anticancer drug.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Rapamycin", ",", "a", "macrocyclic", "antibiotic", "derived", "from", "the", "actinomycetes", "Streptomyces", "hygroscopicus", ",", "is", "a", "widely", "used", "immunosuppressant", "and", "anticancer", "drug", "." ] } ]
PMC9429973	We found that FLT3-ITD cell lines have lower levels of protein aggregates, as well as ROS and GSH.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "FLT3-ITD", "cell", "lines", "have", "lower", "levels", "of", "protein", "aggregates", ",", "as", "well", "as", "ROS", "and", "GSH", "." ] } ]
PMC11402217	XD23 inhibits OS by downregulating DKK1 to activate Wnt signaling pathway (A) The Volcano plot showing gene expression differences between XD23-treated and control groups (n = 3 biologically independent cell samples).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "XD23", "inhibits", "OS", "by", "downregulating", "DKK1", "to", "activate", "Wnt", "signaling", "pathway", "(", "A", ")", "The", "Volcano", "plot", "showing", "gene", "expression", "differences", "between", "XD23-treated", "and", "control", "groups", "(", "n", "=", "3", "biologically", "independent", "cell", "samples", ")", "." ] } ]
PMC11424574	In vitro migration and invasion assays to evaluate the effect of MTA2 knockdown on the migratory and invasive abilities of HOS and 143B cells. **	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "vitro", "migration", "and", "invasion", "assays", "to", "evaluate", "the", "effect", "of", "MTA2", "knockdown", "on", "the", "migratory", "and", "invasive", "abilities", "of", "HOS", "and", "143B", "cells", ".", "", "" ] } ]
PMC9429973	Results: A total of 71 patients (azacitidine: n=31; decitabine: n=40) were included.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "A", "total", "of", "71", "patients", "(", "azacitidine", ":", "n=31", ";", "decitabine", ":", "n=40", ")", "were", "included", "." ] } ]
PMC7351993	The details of the linearly decomposing algorithm are explained as follows.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "details", "of", "the", "linearly", "decomposing", "algorithm", "are", "explained", "as", "follows", "." ] } ]
PMC11055323	e Half-FRAP experiments performed after expression of SS18-EGFP or SS18-SSX1-EGFP protein in HEK293T cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "e", "Half-FRAP", "experiments", "performed", "after", "expression", "of", "SS18-EGFP", "or", "SS18-SSX1-EGFP", "protein", "in", "HEK293", "T", "cells", "." ] } ]
PMC11763111	Transcriptomic profiling supports this observation, revealing enrichment in stemness-associated genes, including BCL6, TCF7, CXCR3, and CD27, which underscores a highly naive and stem-like cellular state.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Transcriptomic", "profiling", "supports", "this", "observation", ",", "revealing", "enrichment", "in", "stemness-associated", "genes", ",", "including", "BCL6", ",", "TCF7", ",", "CXCR3", ",", "and", "CD27", ",", "which", "underscores", "a", "highly", "naive", "and", "stem-like", "cellular", "state", "." ] } ]
PMC11437637	Add 2 ml diluent for blood cell analysis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Add", "2", "ml", "diluent", "for", "blood", "cell", "analysis", "." ] } ]
PMC11742047	Moreover, the stimulation of the apoptotic process leads to a decrease in phosphatidylcholine (PC) synthesis, which we observed in CBD-treated cells, together with a decrease in lysophosphatidylcholine (LPC).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "the", "stimulation", "of", "the", "apoptotic", "process", "leads", "to", "a", "decrease", "in", "phosphatidylcholine", "(", "PC", ")", "synthesis", ",", "which", "we", "observed", "in", "CBD-treated", "cells", ",", "together", "with", "a", "decrease", "in", "lysophosphatidylcholine", "(", "LPC", ")", "." ] } ]
PMC11155445	Antioxidant activity of ligands (71a–c) and corresponding cis-Pt complexes (71a–c) was investigated by Nkabyo et al. via ORAC, DPPH and FRAP assays.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Antioxidant", "activity", "of", "ligands", "(", "71a", "–", "c", ")", "and", "corresponding", "cis-Pt", "complexes", "(", "71a", "–", "c", ")", "was", "investigated", "by", "Nkabyo", "et", "al.", "via", "ORAC", ",", "DPPH", "and", "FRAP", "assays", "." ] } ]
PMC3734024	Next, we compared B cells cultured with IL-5 and CD40L Fb to freshly-isolated CD19 B cells for surface expression of FasL and markers associated with FasL B cells in vivo.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Next", ",", "we", "compared", "B", "cells", "cultured", "with", "IL-5", "and", "CD40L", "Fb", "to", "freshly-isolated", "CD19", "B", "cells", "for", "surface", "expression", "of", "FasL", "and", "markers", "associated", "with", "FasL", "B", "cells", "in", "vivo", "." ] } ]
PMC10222971	A concentration range from 3.125 to 50 µM and a time range of 3–48 h were evaluated.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "concentration", "range", "from", "3.125", "to", "50", "µM", "and", "a", "time", "range", "of", "3–48", "h", "were", "evaluated", "." ] } ]
PMC11188874	All MS data were acquired from m/z 300–1,600.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "MS", "data", "were", "acquired", "from", "m/z", "300–1,600", "." ] } ]
PMC11247842	For both traits, a high number of quantitative trait loci (QTL) have been reported in the animal QTL database (AnimalQTLdb, http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/BT/index, accessed on February 2023) .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "both", "traits", ",", "a", "high", "number", "of", "quantitative", "trait", "loci", "(", "QTL", ")", "have", "been", "reported", "in", "the", "animal", "QTL", "database", "(", "AnimalQTLdb", ",", "http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/BT/index", ",", "accessed", "on", "February", "2023", ")", "." ] } ]
PMC11774251	Subsequently, we utilized Western blot analysis to evaluate keratin expression in HaCaT cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "we", "utilized", "Western", "blot", "analysis", "to", "evaluate", "keratin", "expression", "in", "HaCaT", "cells", "." ] } ]
PMC9429973	Methods: We used the population-based lymphoma registry in Denmark, LYFO, to identify adult patients with newly diagnosed DLBCL from January 2015 until January 2022.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "We", "used", "the", "population-based", "lymphoma", "registry", "in", "Denmark", ",", "LYFO", ",", "to", "identify", "adult", "patients", "with", "newly", "diagnosed", "DLBCL", "from", "January", "2015", "until", "January", "2022", "." ] } ]
PMC9776316	The membranes were incubated with the primary antibody at 4 °C overnight, then with HRP-conjugated secondary antibody for 1 h at room temperature.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "membranes", "were", "incubated", "with", "the", "primary", "antibody", "at", "4", "°", "C", "overnight", ",", "then", "with", "HRP-conjugated", "secondary", "antibody", "for", "1", "h", "at", "room", "temperature", "." ] } ]
PMC11218145	The approach of “drug repurposing” provides interesting results and several examples are well-known, including thalidomide, zoledronic acid, celecoxib, methotrexate, and gemcitabine .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "approach", "of", "“", "drug", "repurposing", "”", "provides", "interesting", "results", "and", "several", "examples", "are", "well-known", ",", "including", "thalidomide", ",", "zoledronic", "acid", ",", "celecoxib", ",", "methotrexate", ",", "and", "gemcitabine", "." ] } ]
PMC10810426	The MLV p12 protein, encoded by the gag gene, tethers the PIC to chromosomes, allowing it to access chromosomes during mitosis .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "MLV", "p12", "protein", ",", "encoded", "by", "the", "gag", "gene", ",", "tethers", "the", "PIC", "to", "chromosomes", ",", "allowing", "it", "to", "access", "chromosomes", "during", "mitosis", "." ] } ]
PMC11657744	Statistical parameters were described in figure and corresponding figure legends, including the specific test used, the exact number of observations (n), and information on data distribution and deviation.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "parameters", "were", "described", "in", "figure", "and", "corresponding", "figure", "legends", ",", "including", "the", "specific", "test", "used", ",", "the", "exact", "number", "of", "observations", "(", "n", ")", ",", "and", "information", "on", "data", "distribution", "and", "deviation", "." ] } ]
PMC11463018	H NMR (500 MHz, Chloroform-d) δ: 8.03 − 7.99 (m, 4H), 7.75 (d, J = 8.1 Hz, 2H), 7.49 − 7.42 (m, 4H), 6.95 − 6.91 (m, 1H), 5.09 − 5.02 (m, 1H), 4.67 (d, J = 6.0 Hz, 2H), 3.91 (d, J = 1.1 Hz, 3H).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H", "NMR", "(", "500", "MHz", ",", "Chloroform-d", ")", "δ", ":", "8.03", "−", "7.99", "(", "m", ",", "4H", ")", ",", "7.75", "(", "d", ",", "J", "=", "8.1", "Hz", ",", "2H", ")", ",", "7.49", "−", "7.42", "(", "m", ",", "4H", ")", ",", "6.95", "−", "6.91", "(", "m", ",", "1H", ")", ",", "5.09", "−", "5.02", "(", "m", ",", "1H", ")", ",", "4.67", "(", "d", ",", "J", "=", "6.0", "Hz", ",", "2H", ")", ",", "3.91", "(", "d", ",", "J", "=", "1.1", "Hz", ",", "3H", ")", "." ] } ]
PMC11001582	n = 3 mice per genotype, one-tailed one-way ANOVA, Fisher’s least significant difference procedure following Levene test for equal variances and test for normality.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "n", "=", "3", "mice", "per", "genotype", ",", "one-tailed", "one-way", "ANOVA", ",", "Fisher", "’s", "least", "significant", "difference", "procedure", "following", "Levene", "test", "for", "equal", "variances", "and", "test", "for", "normality", "." ] } ]
PMC11683240	This study examined concentrations up to 100 μM, revealing the most robust impact.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "study", "examined", "concentrations", "up", "to", "100", "μM", ",", "revealing", "the", "most", "robust", "impact", "." ] } ]
PMC9848491	On the other hand, cancer cells may disrupt the endoplasmic reticulum balance of immune cells, thereby resisting the beneficial antitumor effects of immune cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "the", "other", "hand", ",", "cancer", "cells", "may", "disrupt", "the", "endoplasmic", "reticulum", "balance", "of", "immune", "cells", ",", "thereby", "resisting", "the", "beneficial", "antitumor", "effects", "of", "immune", "cells", "." ] } ]
PMC11658074	Additionally, skin elasticity and melanin content improved in the AT-EV group (Fig. 2d, e).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "skin", "elasticity", "and", "melanin", "content", "improved", "in", "the", "AT-EV", "group", "(", "Fig.", "2d", ",", "e", ")", "." ] } ]
PMC11803210	The pathway analyses and differentially expressed genes induced by Nar treatment provide valuable preliminary data to support studies on phytoestrogen-mediated signaling axes in breast cancer progression.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "pathway", "analyses", "and", "differentially", "expressed", "genes", "induced", "by", "Nar", "treatment", "provide", "valuable", "preliminary", "data", "to", "support", "studies", "on", "phytoestrogen-mediated", "signaling", "axes", "in", "breast", "cancer", "progression", "." ] } ]
PMC11409031	Additionally, the magnitude of the blue hue corresponds to the duration of cell differentiation, where a darker shade of blue signifies the initiation of differentiation and a lighter shade indicates the migration of the most recently differentiated cells from right to left as time progresses (Fig. 3D).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "the", "magnitude", "of", "the", "blue", "hue", "corresponds", "to", "the", "duration", "of", "cell", "differentiation", ",", "where", "a", "darker", "shade", "of", "blue", "signifies", "the", "initiation", "of", "differentiation", "and", "a", "lighter", "shade", "indicates", "the", "migration", "of", "the", "most", "recently", "differentiated", "cells", "from", "right", "to", "left", "as", "time", "progresses", "(", "Fig.", "3D", ")", "." ] } ]
PMC11155445	All the synthesized compounds exhibited good to excellent activity with IC50 values ranging from 0.337 ± 0.015 to 8.681 ± 0.908 μM. N-benzamide quinolinyl iminothiazoline (13g) was found most effective against with IC50 value 0.337 ± 0.015 μM (Scheme 4).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "the", "synthesized", "compounds", "exhibited", "good", "to", "excellent", "activity", "with", "IC50", "values", "ranging", "from", "0.337", "±", "0.015", "to", "8.681", "±", "0.908", "μM.", "N-benzamide", "quinolinyl", "iminothiazoline", "(", "13", "g", ")", "was", "found", "most", "effective", "against", "with", "IC50", "value", "0.337", "±", "0.015", "μM", "(", "Scheme", "4", ")", "." ] } ]
PMC11715644	Given RhoA itself could induce divergent downstream effects and thus opposing morphological changes, its activation in cell collectives could alter how they change shape and negotiate varying matrix topographies.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Given", "RhoA", "itself", "could", "induce", "divergent", "downstream", "effects", "and", "thus", "opposing", "morphological", "changes", ",", "its", "activation", "in", "cell", "collectives", "could", "alter", "how", "they", "change", "shape", "and", "negotiate", "varying", "matrix", "topographies", "." ] } ]

PMC9429973

Aims: We aimed to determine whether the EASIX or related scores could predict CAR-T toxicity in our patients and if not, then to identify other potential predictors from the available clinical information.

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PMC9429973

Treatment-related AEs (TRAE) occurred in 26 patients (87%); most common (≥10%) were hypothyroidism (27%), fatigue (20%), infusion-related reactions (20%), headache (17%), and arthralgia, hyperthyroidism, myalgia, and nausea (10% each).

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PMC10671321

As shown in Figure 4A, WT and mutated hetero-oligomers were secreted after co-transfection of Ache and WT or mutated COLQ1a cDNA in COS cells.

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PMC11799620

Agency for Toxic Substances and Disease Registry classifies cadmium as a highly toxic molecule.

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PMC11406030

For preliminary efficacy testing, an A2780 cell-line-derived orthotopic xenograft mouse model of ovarian cancer was utilized.

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PMC9429973

IR (cases/1,000,000) was age-adjusted to the U.S. 2000 standard population.

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PMC11694625

However, no nitrosamines or nitrosating agents were used in the synthesis route.

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PMC9275501

The traditional methods of cancer treatment include surgical resection, chemotherapy and radiation therapy.

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PMC11188874

Proteasomes are structurally heterogeneous, dynamically regulated protein degrading machines that are responsible for the bulk of controlled protein degradation in eukaryotic cells (4).

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PMC11489351

Importantly, the identified TFs with pH-dependent posttranslational activity include TFs previously confirmed to have pH-dependent binding to DNA, including forkhead box TF FOXC2 (75) as well as many hits in TF families predicted to be pH-sensitive (based on computational analyses) (75), including HOX family members, SOX family members, and KLF family TFs (Fig. 7B).

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PMC11321678

In the first step, we calculated the correlation between gene activity scores and TF activity scores across 24 clusters, the correlation indicating a regulating relationship (Table S9, Supporting Information).

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PMC11591794

In the applications, the final concentration of the vehicle in the flasks or plate wells was reduced to 1%.

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PMC11787381

Where no between-group variance was found, ANOVA was performed.

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PMC11740508

A, B Cell death in the M231 isogenic variants, and in SUM149PT.

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PMC11322866

Figure 4 Increased phosphorylation of ERK1/2 is required for EZH2 inhibition-induced cellular senescence(A) p-ERK1/2 and ERK1/2 protein levels were measured by western blot analysis in RRM2 OE MM cells in the presence or absence of GSK126 (1.5 μM– 24 h). (

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PMC9429973

Median age at BR initiation was 55 years (range 24-74), 73.8% had ECOG 0-1, and 26.2% ECOG 2.

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PMC11541241

In animals, the TSC1 (tuberous sclerosis complex 1)‐TSC2 (tuberous sclerosis complex 2) heterodimer acts as a key regulator of TOR signalling.

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PMC8658661

According to recent discoveries, certified cell lines retain most genetic properties of the original tumor and mimic its microenvironment.

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PMC9874064

ID1 expression in BEL-7404DPP cells after 48 h treatment with different drugs by Western blot.

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PMC8623816

We also failed to isolate virus-free strains via hyphal tipping and ribavirin treatment, suggesting that RsRV5 is maintained stably and systemically in this natural fungal host.

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PMC9559528

EM is most often triggered by the herpes simplex virus (HSV), Mycoplasma pneumoniae, and certain medications.

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PMC11269792

Lipofectamine 2000 (Invitrogen) served for the transfection of cells seeded at 2×10/well on 6-well plates.

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PMC11237030

The day after, medium was removed, and cells were treated for 24 h with 200 µm of 8-cpt-cAMP (Santa Cruz Biotechnology) or vehicle (bdH2O) in CM.

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PMC9221284

It is noteworthy that Trans1 (transcript 1) carries the PvuII mutation which has been suggested to be responsible for the production of the single c-Myc2 variant in BL60 cells (Figure 3 and Figure S4).

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PMC11394227

Among them, the CHO-QS cell line was established based on the CHO-K1 cell line, which stably co-expressed EQK and survivin protein.

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PMC11585587

Based on the afore mentioned findings, we speculate that RA modulates the MAPK/ERK signaling pathway while apoptosis in MM cells (Fig. 10).

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PMC11711663

We opted for model 5 due to its best performance.

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PMC11591038

Evidence from neuroimaging studies showed that hypoperfusion in the brain areas, as a result of dysfunctional neurovascular units or the immunosuppressive network , is a potential inducer of AD pathology .

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PMC11609529

Scale bar: 10 μm. (

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PMC5925824

In tumor tissue of CD34+ hHSC-reconstituted mice, LY3300054-induced increased gene expression changes reflected T cell infiltration and activation (CD3E, CD8B, CD4, PRF1, GZMB, TBX21, EOMES), myeloid cell infiltration and differentiation (ITGAM, ITGAX, CD14, CD68, ARG1) upregulation of co-inhibitory/co-stimulatory receptors and ligands (TNFRSF9, TNFRS18, TNFRSF4, CD28, CD27, ICOS, CD226, CD200R1, PDCD1, CD274, PDCD1LG2, TIGIT, HAVCR2, LAG3), cytokines and their receptors (IFNG, IL2, IL2RA, IL21, CCL3, CCL4, CCL5), interferon type I response (IFNA2, IFNB1), antigen presentation and MHC class I and II (HLA-A, HLA-B, HLA-C, B2M, HLA-DRA), and down-regulation of only two genes from the tested panel, TGFB2 and IL1B (Fig. 6e).

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PMC11750712

Multispectral imaging was performed using the PhenoImager HT and exported from the inForm software (Akoya biosciences).

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PMC9509578

The emergence of resistant subclones that appear after the initial treatment instigates tumor expansion and eventually recurrence of tumors in the patients .

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PMC9429973

Related to the certification program in the form of mangement, it´s not fully adapted to “little” hospitals, because if it´s true that there is a hospital responsable for haemovigilance, hemotherapy isn´t an exclusive dedication for him.

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PMC6450504

Quantification of apoptotic events was done based on cell morphology and by random segmentation by gating the cells based on YoPro fluorescence, used to identify early apoptosis events, and PI fluorescence, which stains for late apoptosis/necrosis.

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PMC9080589

All statistical analyses were performed using SPSS software (ver.

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PMC11519788

The expression levels of SPOP and VEZF1 proteins were scored as the intensity value (0 = no staining, 1 = weak, 2 = moderate, and 3 = intense) multiplied by the positive-ratio value (1 = 0-25%, 2 = 26-49%, 3 = 51-75%, and 4 = 76-100%).

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PMC9985266

P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001; values are expressed as the mean ± standard deviation (n = 3) To verify whether IL-27 attenuates PF by inducing autophagy in MRC-5 cells, MRC-5 cells were cotreated with the autophagy inhibitor 3-MA and IL-27.

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PMC11719944

As there were no noteworthy differences in the T cell subtypes assessed, we sought to determine whether there was a functional difference in these cells beyond just numerical variations.

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PMC11013014

Compound 22 was prepared using a Sonogashira-type coupling reaction between compound 19 and EA derivative 21 bearing an alkyne group.

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PMC11687167

PCSK9 can even be used in the treatment and prognostic evaluation of inflammation before the exact mechanism has been clarified.

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PMC5716223

αB-Cry and Hsp27 are small heat shock proteins (sHSPs) abundantly expressed in muscle tissue where they stabilize cytoskeletal structures, especially under pro-oxidant insult [11–13], modulate myogenic differentiation and interact with several growth factors through the c-Jun N-terminal kinase (JNK)- and/or NFκB- dependent regulatory mechanisms .

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PMC9960565

All the chemicals were used as received, except for the anionic half-generation PAMAM dendrimers (0.5–3.5) purified through dialysis to eliminate impurities.

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PMC9024365

Data are represented as mean ± SEM; n.s.

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PMC11705067

mol and -5,3 kcal.

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PMC9693627

Briefly, 100 μg of isolated mitochondria were resuspended in 10 μL of solubilization buffer A (50 mM NaCl, 2 mM 6-aminohexanoic acid, 1 mM EDTA, 50 mM imidazole-HCl, pH 7) and a proper amount of detergent was added (1.25 μL of dodecylmaltoside (20%) or 3 μL of digitonin (20%)).

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PMC11747885

For lead compound SGI-1027 (1), the determined EC50 value was 23.2 μM. Among the derivatives, three compounds (36, 45, 47) exhibited no detectable cytotoxicity at the highest concentration of 30 μM, whereas three compounds (41, 42, 46) showed comparatively high cytotoxicity.

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PMC8097906

The treatment with 50 μg/ml LW extract induced a significant viability decrease of 20% (Fig. 1b).

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PMC9429973

Additionally, RA/ATO treated (1µM) NB4 cells for 6-72h were evaluated for BCL2/MCL1 levels.

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PMC11530949

However, the introduction of Ag-doped CuO nanoparticles disrupts this balance, leading to an overproduction of ROS within cancer cells (Figure 1).

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PMC9429973

Three (18.8%) patients were categorized as type II with median CD41 levels of 11.3% and median CD61 levels of 28.6%.

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PMC9388315

The cells incubated with concentrations of 0.16, 0.32, 0.64, 1.25, 2.50, 5, 10, and 20 mg/ml aqueous extract of Cinnamon at 37°C under 5% CO2 for 24, 48, and 72 h .

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PMC4270159

Each condition will be run in triplicate.

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PMC11515150

Consistent with the culture method of cytokine stimulation aforementioned, the CD5 CAR expression on NK cells was 58.9% by flow cytometry on day 14 (Fig. 5b).

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PMC11637276

This observation demonstrates that regulators identified in our 2D screen also play a role in 3D systems, suggesting the screening setup developed in this study has the potential of identifying novel regulators of cancer cell invasion.

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PMC9429973

4 patients presented fever on day 9 and were admitted a median of one day for this reason.

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PMC11539788

Equal amounts (1 × 10) of T24 cells stably overexpressing RNF19A or control cells were subcutaneously injected into the flanks of nude mice.

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PMC9817179

The incubation chamber was held humidified at a 37°C with 5% CO2 and the objective was also heated to 37°C.

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PMC9429973

M1 macrophages were counted by two tube cytoflurimetry(iNOS high /CD163 low/CD14+).

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PMC9919300

Its hepatoprotective role includes repairing hepatic injury by inhibiting NF-κB signaling; affecting the signal transduction pathway MAPK, PI3K/Akt, ERK, JAK/STAT pathways; downregulating cytokines; restoring cellular permeability; inhibiting lipid peroxidation; and acting as an anti- and pro-oxidant .

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PMC11604768

Furthermore, the overexpression of β2AR in the absence of ligand activated these same promoters.

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PMC9848491

The four immune-related lncRNAs were extremely effective in the overall OS prognosis of UCEC, which was similar to our study design (32).

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PMC11322866

Immunofluorescence staining of EZH2 (green) in MM cells.

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PMC11544122

SNX9 appears to recognize phosphorylated CXCR4 and is consistent with previous studies that have linked phosphorylation to CXCR4 endocytosis.

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PMC11777207

PD-L1 antibodies were used to identify PD-L1 expression by flow cytometry.

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PMC11321678

D,E) Relative HTR2C or GABRG2 expression was measured by qRT‐PCR in shCtrl, shHTR2C, and shGABRG2 Group3/4 cells.

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PMC9429973

Results: In all, 158 pts received Ven (main, n=107; safety expansion, n=51).

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PMC10850553

Most signals for C5a/C5a des-arg was indeed co-localized with those for tPA (Fig. 6B, Supplementary Fig. S1).

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PMC11188874

Posttreatment cells were incubated for 21 hours with proteasome substrate LLVY-R110 and substrate cleavage was monitored as above.

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PMC11787355

In a subsequent Jurkat reporter assay, we did not find reactivity against any of these 12 potential off-targets (Fig. 2f).

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PMC11753435

These parameters are equivalent to the datasets for the recent PepNN model, a deep attention model that accurately predicts peptide binding sites on target proteins (28).

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PMC11703896

Rapamycin, a macrocyclic antibiotic derived from the actinomycetes Streptomyces hygroscopicus, is a widely used immunosuppressant and anticancer drug.

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PMC9429973

We found that FLT3-ITD cell lines have lower levels of protein aggregates, as well as ROS and GSH.

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XD23 inhibits OS by downregulating DKK1 to activate Wnt signaling pathway (A) The Volcano plot showing gene expression differences between XD23-treated and control groups (n = 3 biologically independent cell samples).

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In vitro migration and invasion assays to evaluate the effect of MTA2 knockdown on the migratory and invasive abilities of HOS and 143B cells. **

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Results: A total of 71 patients (azacitidine: n=31; decitabine: n=40) were included.

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The details of the linearly decomposing algorithm are explained as follows.

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e Half-FRAP experiments performed after expression of SS18-EGFP or SS18-SSX1-EGFP protein in HEK293T cells.

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PMC11763111

Transcriptomic profiling supports this observation, revealing enrichment in stemness-associated genes, including BCL6, TCF7, CXCR3, and CD27, which underscores a highly naive and stem-like cellular state.

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Add 2 ml diluent for blood cell analysis.

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Moreover, the stimulation of the apoptotic process leads to a decrease in phosphatidylcholine (PC) synthesis, which we observed in CBD-treated cells, together with a decrease in lysophosphatidylcholine (LPC).

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Antioxidant activity of ligands (71a–c) and corresponding cis-Pt complexes (71a–c) was investigated by Nkabyo et al. via ORAC, DPPH and FRAP assays.

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PMC3734024

Next, we compared B cells cultured with IL-5 and CD40L Fb to freshly-isolated CD19 B cells for surface expression of FasL and markers associated with FasL B cells in vivo.

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PMC10222971

A concentration range from 3.125 to 50 µM and a time range of 3–48 h were evaluated.

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PMC11188874

All MS data were acquired from m/z 300–1,600.

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PMC11247842

For both traits, a high number of quantitative trait loci (QTL) have been reported in the animal QTL database (AnimalQTLdb, http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/BT/index, accessed on February 2023) .

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PMC11774251

Subsequently, we utilized Western blot analysis to evaluate keratin expression in HaCaT cells.

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PMC9429973

Methods: We used the population-based lymphoma registry in Denmark, LYFO, to identify adult patients with newly diagnosed DLBCL from January 2015 until January 2022.

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PMC9776316

The membranes were incubated with the primary antibody at 4 °C overnight, then with HRP-conjugated secondary antibody for 1 h at room temperature.

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PMC11218145

The approach of “drug repurposing” provides interesting results and several examples are well-known, including thalidomide, zoledronic acid, celecoxib, methotrexate, and gemcitabine .

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PMC10810426

The MLV p12 protein, encoded by the gag gene, tethers the PIC to chromosomes, allowing it to access chromosomes during mitosis .

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PMC11657744

Statistical parameters were described in figure and corresponding figure legends, including the specific test used, the exact number of observations (n), and information on data distribution and deviation.

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PMC11463018

H NMR (500 MHz, Chloroform-d) δ: 8.03 − 7.99 (m, 4H), 7.75 (d, J = 8.1 Hz, 2H), 7.49 − 7.42 (m, 4H), 6.95 − 6.91 (m, 1H), 5.09 − 5.02 (m, 1H), 4.67 (d, J = 6.0 Hz, 2H), 3.91 (d, J = 1.1 Hz, 3H).

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PMC11001582

n = 3 mice per genotype, one-tailed one-way ANOVA, Fisher’s least significant difference procedure following Levene test for equal variances and test for normality.

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PMC11683240

This study examined concentrations up to 100 μM, revealing the most robust impact.

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PMC9848491

On the other hand, cancer cells may disrupt the endoplasmic reticulum balance of immune cells, thereby resisting the beneficial antitumor effects of immune cells.

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PMC11658074

Additionally, skin elasticity and melanin content improved in the AT-EV group (Fig. 2d, e).

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PMC11803210

The pathway analyses and differentially expressed genes induced by Nar treatment provide valuable preliminary data to support studies on phytoestrogen-mediated signaling axes in breast cancer progression.

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PMC11409031

Additionally, the magnitude of the blue hue corresponds to the duration of cell differentiation, where a darker shade of blue signifies the initiation of differentiation and a lighter shade indicates the migration of the most recently differentiated cells from right to left as time progresses (Fig. 3D).

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PMC11155445

All the synthesized compounds exhibited good to excellent activity with IC50 values ranging from 0.337 ± 0.015 to 8.681 ± 0.908 μM. N-benzamide quinolinyl iminothiazoline (13g) was found most effective against with IC50 value 0.337 ± 0.015 μM (Scheme 4).

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PMC11715644

Given RhoA itself could induce divergent downstream effects and thus opposing morphological changes, its activation in cell collectives could alter how they change shape and negotiate varying matrix topographies.

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