Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC11752740
Fig. 7The effects of pistachio hull extract (E), carfilzomib (CFZ), and their combination on MRP1 gene expression levels in SK-BR3 and MCF10A cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "7The", "effects", "of", "pistachio", "hull", "extract", "(", "E", ")", ",", "carfilzomib", "(", "CFZ", ")", ",", "and", "their", "combination", "on", "MRP1", "gene", "expression", "levels", "in", "SK-BR3", "and", "MCF10A", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC4695073
Western blot analysis was performed as previously described .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Western", "blot", "analysis", "was", "performed", "as", "previously", "described", "." ] } ]
PMC10551595
Conversely, GinA decreased the mRNA expression levels of FASN that may have potentially targeted the activation of Caspase8.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Conversely", ",", "GinA", "decreased", "the", "mRNA", "expression", "levels", "of", "FASN", "that", "may", "have", "potentially", "targeted", "the", "activation", "of", "Caspase8", "." ] } ]
PMC11087055
The PS is an evolutionarily unique embryonic structure in amniotes, which is not only an organizing center for gastrulation but also the earliest midline structure (Mikawa et al., 2004; Schoenwolf, 2000; Raffaelli and Stern, 2020; Sheng et al., 2021).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "PS", "is", "an", "evolutionarily", "unique", "embryonic", "structure", "in", "amniotes", ",", "which", "is", "not", "only", "an", "organizing", "center", "for", "gastrulation", "but", "also", "the", "earliest", "midline", "structure", "(", "Mikawa", "et", "al.", ",", "2004", ";", "Schoenwolf", ",", "2000", ";", "Raffaelli", "and", "Stern", ",", "2020", ";", "Sheng", "et", "al.", ",", "2021", ")", "." ] } ]
PMC9341513
However, in the experiments the differences were not statistically significant; nevertheless, the simulations are still consistent with this, as taking a random subset of the simulation measurements such that there were the same number as in the experiments also did not show any significant differences between the probe volumes in the different cell lines (see Supplemental Methods Section 7 for further details).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "in", "the", "experiments", "the", "differences", "were", "not", "statistically", "significant", ";", "nevertheless", ",", "the", "simulations", "are", "still", "consistent", "with", "this", ",", "as", "taking", "a", "random", "subset", "of", "the", "simulation", "measurements", "such", "that", "there", "were", "the", "same", "number", "as", "in", "the", "experiments", "also", "did", "not", "show", "any", "significant", "differences", "between", "the", "probe", "volumes", "in", "the", "different", "cell", "lines", "(", "see", "Supplemental", "Methods", "Section", "7", "for", "further", "details", ")", "." ] } ]
PMC3035438
Western blot with anti-chicken IgM or anti-human IgG antibodies.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Western", "blot", "with", "anti-chicken", "IgM", "or", "anti-human", "IgG", "antibodies", "." ] } ]
PMC9429973
C. Kariyawasan, D. Gunaratne, U. Samarasekara, T. Fernando, C. Ranatunga Haematology, Sri Jayewardenepura General Hospital, Pannipitiya, Sri Lanka Background: COVID-19 an infectious disease caused by the SARS-CoV-2 virus reveal a multi-systemic involvement, including the hemopoietic system.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C.", "Kariyawasan", ",", "D.", "Gunaratne", ",", "U.", "Samarasekara", ",", "T.", "Fernando", ",", "C.", "Ranatunga", "Haematology", ",", "Sri", "Jayewardenepura", "General", "Hospital", ",", "Pannipitiya", ",", "Sri", "Lanka", "Background", ":", "COVID-19", "an", "infectious", "disease", "caused", "by", "the", "SARS-CoV-2", "virus", "reveal", "a", "multi-systemic", "involvement", ",", "including", "the", "hemopoietic", "system", "." ] } ]
PMC11371747
This can partially be explained by the findings of Chu et al. (1991), who originally discovered an autoregulatory loop in which binding of thymidylate synthase protein to its own mRNA regulates its translation, while 5,10-CH2-THF relieves this effect.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "can", "partially", "be", "explained", "by", "the", "findings", "of", "Chu", "et", "al.", "(", "1991", ")", ",", "who", "originally", "discovered", "an", "autoregulatory", "loop", "in", "which", "binding", "of", "thymidylate", "synthase", "protein", "to", "its", "own", "mRNA", "regulates", "its", "translation", ",", "while", "5,10-CH2-THF", "relieves", "this", "effect", "." ] } ]
PMC10926885
In this work, we first examined the amount of NDE1 expression in different malignancies and discovered that NDE1 expression was considerably greater in a number of tumours than in normal tissues.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "work", ",", "we", "first", "examined", "the", "amount", "of", "NDE1", "expression", "in", "different", "malignancies", "and", "discovered", "that", "NDE1", "expression", "was", "considerably", "greater", "in", "a", "number", "of", "tumours", "than", "in", "normal", "tissues", "." ] } ]
PMC11319300
Again confirming this as the location of this putative enhancer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Again", "confirming", "this", "as", "the", "location", "of", "this", "putative", "enhancer", "." ] } ]
PMC7433824
The logarithmic proliferation of the cells was observed using the RTCA device.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "logarithmic", "proliferation", "of", "the", "cells", "was", "observed", "using", "the", "RTCA", "device", "." ] } ]
PMC7452526
It indicates that the average size of AgNPs was around 10 nm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "indicates", "that", "the", "average", "size", "of", "AgNPs", "was", "around", "10", "nm", "." ] } ]
PMC11297139
Since BAF complex subunits are enriched inside the ARID1A condensate, we further analyzed protein expression of BAF subunits using CCLE data (Supplementary Fig. 3a, b).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Since", "BAF", "complex", "subunits", "are", "enriched", "inside", "the", "ARID1A", "condensate", ",", "we", "further", "analyzed", "protein", "expression", "of", "BAF", "subunits", "using", "CCLE", "data", "(", "Supplementary", "Fig.", "3a", ",", "b", ")", "." ] } ]
PMC11742047
RPMI medium, fetal bovine serum (FBS), L-glutamine, penicillin, and streptomycin were purchased from Sigma Aldrich (Milan, Italy).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RPMI", "medium", ",", "fetal", "bovine", "serum", "(", "FBS", ")", ",", "L-glutamine", ",", "penicillin", ",", "and", "streptomycin", "were", "purchased", "from", "Sigma", "Aldrich", "(", "Milan", ",", "Italy", ")", "." ] } ]
PMC2777936
SJF directed the study and prepared the manuscript.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SJF", "directed", "the", "study", "and", "prepared", "the", "manuscript", "." ] } ]
PMC11699465
Jos C. Jansen reported that TMEM199 predominantly localizes to the endoplasmic reticulum (ER)-to-Golgi region, but not to the ER, through a cellular compact marker protein colocalization analysis in 2016.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Jos", "C.", "Jansen", "reported", "that", "TMEM199", "predominantly", "localizes", "to", "the", "endoplasmic", "reticulum", "(ER)-to-Golgi", "region", ",", "but", "not", "to", "the", "ER", ",", "through", "a", "cellular", "compact", "marker", "protein", "colocalization", "analysis", "in", "2016", "." ] } ]
PMC8469018
There were no significant differences between viability of cells treated with teriflunomide and teriflunomide (in the corresponding concentration) with uridine.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "were", "no", "significant", "differences", "between", "viability", "of", "cells", "treated", "with", "teriflunomide", "and", "teriflunomide", "(", "in", "the", "corresponding", "concentration", ")", "with", "uridine", "." ] } ]
PMC11791264
Then, the immunoprecipitate was washed with lysis buffer and subsequently eluted with the SDS sample buffer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Then", ",", "the", "immunoprecipitate", "was", "washed", "with", "lysis", "buffer", "and", "subsequently", "eluted", "with", "the", "SDS", "sample", "buffer", "." ] } ]
PMC11697189
Heatmap and the clinicopathologic characters of the three clusters classified by these differentially expressed genes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Heatmap", "and", "the", "clinicopathologic", "characters", "of", "the", "three", "clusters", "classified", "by", "these", "differentially", "expressed", "genes", "." ] } ]
PMC11680049
The best growth index (I = 12) was achieved using MS medium, where the suspension culture exhibited a light-yellow color (Figure 6).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "best", "growth", "index", "(", "I", "=", "12", ")", "was", "achieved", "using", "MS", "medium", ",", "where", "the", "suspension", "culture", "exhibited", "a", "light-yellow", "color", "(", "Figure", "6", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: Patients receiving RUX for primary MF were identified using Flatiron Health’s nationwide electronic health record-derived database.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "Patients", "receiving", "RUX", "for", "primary", "MF", "were", "identified", "using", "Flatiron", "Health", "’s", "nationwide", "electronic", "health", "record-derived", "database", "." ] } ]
PMC11657695
A Heat-map showing color-coded expression of voltage-dependent potassium channels (Kv1)-coding genes in seven Ewing sarcoma cell lines (ES) and six osteosarcoma cell lines (OS).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "Heat-map", "showing", "color-coded", "expression", "of", "voltage-dependent", "potassium", "channels", "(Kv1)-coding", "genes", "in", "seven", "Ewing", "sarcoma", "cell", "lines", "(", "ES", ")", "and", "six", "osteosarcoma", "cell", "lines", "(", "OS", ")", "." ] } ]
PMC9599726
TFRC++ was correlated with YAP++/+ staining, whereas TFRC+ was associated with the absence of YAP expression in GIST samples (Figure 10C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "TFRC++", "was", "correlated", "with", "YAP++/+", "staining", ",", "whereas", "TFRC+", "was", "associated", "with", "the", "absence", "of", "YAP", "expression", "in", "GIST", "samples", "(", "Figure", "10C", ")", "." ] } ]
PMC11615743
Confocal microscopy images of the four different cell types labeled with a triple‐aptamer‐based L‐DNA logic device.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Confocal", "microscopy", "images", "of", "the", "four", "different", "cell", "types", "labeled", "with", "a", "triple‐aptamer‐based", "L‐DNA", "logic", "device", "." ] } ]
PMC10243817
Several studies indicate that type 2 cytokines (IL-4 and IL-13) are profibrotic and stimulate type 1 collagen production by fibroblasts in pulmonary fibrosis (45).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Several", "studies", "indicate", "that", "type", "2", "cytokines", "(", "IL-4", "and", "IL-13", ")", "are", "profibrotic", "and", "stimulate", "type", "1", "collagen", "production", "by", "fibroblasts", "in", "pulmonary", "fibrosis", "(", "45", ")", "." ] } ]
PMC11622247
In oligonucleotides C2-, C3- and C4-AF568-QB, the AF568 dye was separated from the QB hybridization reporter by 2, 4 or 8 spacer nucleotides (Fig. 3A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "oligonucleotides", "C2-", ",", "C3-", "and", "C4-AF568-QB", ",", "the", "AF568", "dye", "was", "separated", "from", "the", "QB", "hybridization", "reporter", "by", "2", ",", "4", "or", "8", "spacer", "nucleotides", "(", "Fig.", "3A", ")", "." ] } ]
PMC11522251
Fig. 3Silencing HOXB8 inhibits the STAT3 pathway A The expression levels of HOXB8 mRNA were quantified through qRT-PCR 24 h following the introduction of three siRNAs into CACO2 and HCT116 cells. *
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "3Silencing", "HOXB8", "inhibits", "the", "STAT3", "pathway", "A", "The", "expression", "levels", "of", "HOXB8", "mRNA", "were", "quantified", "through", "qRT-PCR", "24", "h", "following", "the", "introduction", "of", "three", "siRNAs", "into", "CACO2", "and", "HCT116", "cells", ".", "*" ] } ]
PMC11539788
Wound healing assays revealed that the relative migration rates were greater in the shRNF19A group than in the shNeg group, suggesting that the migration ability of BCa cells increased after RNF19A was knocked down (Fig. 3F-G).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Wound", "healing", "assays", "revealed", "that", "the", "relative", "migration", "rates", "were", "greater", "in", "the", "shRNF19A", "group", "than", "in", "the", "shNeg", "group", ",", "suggesting", "that", "the", "migration", "ability", "of", "BCa", "cells", "increased", "after", "RNF19A", "was", "knocked", "down", "(", "Fig.", "3F-G", ")", "." ] } ]
PMC11682172
The fraction of SK-BR-7 cells decreased, though not significantly.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "fraction", "of", "SK-BR-7", "cells", "decreased", ",", "though", "not", "significantly", "." ] } ]
PMC11026382
A slice through the structure shows the interior arrangement of epistasis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "slice", "through", "the", "structure", "shows", "the", "interior", "arrangement", "of", "epistasis", "." ] } ]
PMC8270637
A total of 30 Β΅g of protein was loaded on sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis gels, and subsequently transferred onto polyvinylidene difluoride membranes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "total", "of", "30", "Β΅g", "of", "protein", "was", "loaded", "on", "sodium", "dodecyl", "sulfate-polyacrylamide", "gel", "electrophoresis", "gels", ",", "and", "subsequently", "transferred", "onto", "polyvinylidene", "difluoride", "membranes", "." ] } ]
PMC11471176
In evaluating the diverse impacts of carnosine, various breast cancer cell lines, such as MCF-7 and MDA-MB-231, EMT-6, and normal cells (Vero) (ASU-FOP internal cell bank, Amman, Jordan) were employed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "evaluating", "the", "diverse", "impacts", "of", "carnosine", ",", "various", "breast", "cancer", "cell", "lines", ",", "such", "as", "MCF-7", "and", "MDA-MB-231", ",", "EMT-6", ",", "and", "normal", "cells", "(", "Vero", ")", "(", "ASU-FOP", "internal", "cell", "bank", ",", "Amman", ",", "Jordan", ")", "were", "employed", "." ] } ]
PMC11752767
TCR-T therapy was initially proven effective for the treatment of metastatic melanoma by Morgan and his group members in 2006, which achieved a 13% (2 out of 15) response rate .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "TCR-T", "therapy", "was", "initially", "proven", "effective", "for", "the", "treatment", "of", "metastatic", "melanoma", "by", "Morgan", "and", "his", "group", "members", "in", "2006", ",", "which", "achieved", "a", "13", "%", "(", "2", "out", "of", "15", ")", "response", "rate", "." ] } ]
PMC11705862
Examples from the remaining analyzed cases are found in (Supplementary Fig. 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Examples", "from", "the", "remaining", "analyzed", "cases", "are", "found", "in", "(", "Supplementary", "Fig.", "1", ")", "." ] } ]
PMC10850553
We further performed immunohistochemistry to corroborate that the increase of mRNA expression indeed reflected protein expression in human lesions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "further", "performed", "immunohistochemistry", "to", "corroborate", "that", "the", "increase", "of", "mRNA", "expression", "indeed", "reflected", "protein", "expression", "in", "human", "lesions", "." ] } ]
PMC11725127
After incubation, the beads were washed three times with the RIPA buffer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "incubation", ",", "the", "beads", "were", "washed", "three", "times", "with", "the", "RIPA", "buffer", "." ] } ]
PMC11720808
Quantification and normalization of p65 bands shown in (D) were performed relative to corresponding internal markers. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quantification", "and", "normalization", "of", "p65", "bands", "shown", "in", "(", "D", ")", "were", "performed", "relative", "to", "corresponding", "internal", "markers", ".", "(" ] } ]
PMC8557138
Recently we showed that interleukin-6 (IL-6) induced DNA hypomethylation of VEGFR2 promoter in endothelial cells isolated from clinically characterized human breast tumors and facilitated disordered angiogenesis in 3D spheroid models (Hegde et al. 2020).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recently", "we", "showed", "that", "interleukin-6", "(", "IL-6", ")", "induced", "DNA", "hypomethylation", "of", "VEGFR2", "promoter", "in", "endothelial", "cells", "isolated", "from", "clinically", "characterized", "human", "breast", "tumors", "and", "facilitated", "disordered", "angiogenesis", "in", "3D", "spheroid", "models", "(", "Hegde", "et", "al.", "2020", ")", "." ] } ]
PMC11678130
One such strategy involves the combination of various chemotherapeutics instilled with different mechanisms of action, and was successfully applied for abolishing 5-FU cancer cell resistance.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "One", "such", "strategy", "involves", "the", "combination", "of", "various", "chemotherapeutics", "instilled", "with", "different", "mechanisms", "of", "action", ",", "and", "was", "successfully", "applied", "for", "abolishing", "5-FU", "cancer", "cell", "resistance", "." ] } ]
PMC11394386
The evaluation of HIF1Ξ± transcriptional activity utilized the pGL4.42 [luc2P/HRE/Hygro] vector.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "evaluation", "of", "HIF1Ξ±", "transcriptional", "activity", "utilized", "the", "pGL4.42", "[", "luc2P/HRE/Hygro", "]", "vector", "." ] } ]
PMC10747139
Moreover, they all possessed the best antibacterial activity effects against Gram-positive Staphylococcus aureus, at a concentration of 25 Β΅g/mL, and a high ability with respect to inhibiting ABTS in an ABTS assay compared to the well-known antioxidant Trolox.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "they", "all", "possessed", "the", "best", "antibacterial", "activity", "effects", "against", "Gram-positive", "Staphylococcus", "aureus", ",", "at", "a", "concentration", "of", "25", "Β΅g/mL", ",", "and", "a", "high", "ability", "with", "respect", "to", "inhibiting", "ABTS", "in", "an", "ABTS", "assay", "compared", "to", "the", "well-known", "antioxidant", "Trolox", "." ] } ]
PMC9429973
Patients received a median of 2 (range, 1-11) prior lines of therapy; 79.1% of patients previously received bortezomib, 26.5% were refractory to lenalidomide, and 64.0% were refractory to their last prior line of therapy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Patients", "received", "a", "median", "of", "2", "(", "range", ",", "1", "-", "11", ")", "prior", "lines", "of", "therapy", ";", "79.1", "%", "of", "patients", "previously", "received", "bortezomib", ",", "26.5", "%", "were", "refractory", "to", "lenalidomide", ",", "and", "64.0", "%", "were", "refractory", "to", "their", "last", "prior", "line", "of", "therapy", "." ] } ]
PMC9429973
Mean maximum RETs increase was 56.87 x10/L, range 15.7-142.5x10/L with mean maximum ferritin reduction of 29.7%, range -17 to 65% and mean maximum sTfR increases of 51%, range 29-90%.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mean", "maximum", "RETs", "increase", "was", "56.87", "x10/L", ",", "range", "15.7", "-", "142.5x10/L", "with", "mean", "maximum", "ferritin", "reduction", "of", "29.7", "%", ",", "range", "-17", "to", "65", "%", "and", "mean", "maximum", "sTfR", "increases", "of", "51", "%", ",", "range", "29", "-", "90", "%", "." ] } ]
PMC11127909
Because the function of EFHD1 is still unclear, we investigated the possible role of EFHD1 in OS chemoresistance.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Because", "the", "function", "of", "EFHD1", "is", "still", "unclear", ",", "we", "investigated", "the", "possible", "role", "of", "EFHD1", "in", "OS", "chemoresistance", "." ] } ]
PMC11011837
While most efforts are directed toward the genetic characterization of tumors, it is becoming evident that the study of metabolic and lipid profiles provides additional insight into the pathogenesis and progression of tumors .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "most", "efforts", "are", "directed", "toward", "the", "genetic", "characterization", "of", "tumors", ",", "it", "is", "becoming", "evident", "that", "the", "study", "of", "metabolic", "and", "lipid", "profiles", "provides", "additional", "insight", "into", "the", "pathogenesis", "and", "progression", "of", "tumors", "." ] } ]
PMC11095939
To identify the proteins that regulate Mecp2 degradation during the G0/G1 transition, we performed immunoprecipitation followed by mass spectrometry (IP-MS) using Mecp2 antibody in quiescent 3T3 cells treated with or without SR (Figure 5β€”figure supplement 1C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "identify", "the", "proteins", "that", "regulate", "Mecp2", "degradation", "during", "the", "G0/G1", "transition", ",", "we", "performed", "immunoprecipitation", "followed", "by", "mass", "spectrometry", "(", "IP-MS", ")", "using", "Mecp2", "antibody", "in", "quiescent", "3T3", "cells", "treated", "with", "or", "without", "SR", "(", "Figure", "5β€”figure", "supplement", "1C", ")", "." ] } ]
PMC11392912
We used RAFLS, since it provides the actual disease condition for testing in human subjects and the insight biological consequence during the disease conditions .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "used", "RAFLS", ",", "since", "it", "provides", "the", "actual", "disease", "condition", "for", "testing", "in", "human", "subjects", "and", "the", "insight", "biological", "consequence", "during", "the", "disease", "conditions", "." ] } ]
PMC11684269
Beyond their established benefits in tubular-dependent glucose lowering, diuresis, and proteinuria attenuation, recent studies have unveiled notable immunomodulatory effects exerted by SGLT2 inhibitors (120–122).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Beyond", "their", "established", "benefits", "in", "tubular-dependent", "glucose", "lowering", ",", "diuresis", ",", "and", "proteinuria", "attenuation", ",", "recent", "studies", "have", "unveiled", "notable", "immunomodulatory", "effects", "exerted", "by", "SGLT2", "inhibitors", "(", "120–122", ")", "." ] } ]
PMC11748335
C Distribution of tumor-loss, shared, and gain LOCKs in the NE2-KYSE450 pair across different genomic regions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "Distribution", "of", "tumor-loss", ",", "shared", ",", "and", "gain", "LOCKs", "in", "the", "NE2-KYSE450", "pair", "across", "different", "genomic", "regions", "." ] } ]
PMC11564405
Fine-grained image analysis goes beyond the realm of mere observation into the intricate realm of quantitative analysis and spatial relationships.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fine-grained", "image", "analysis", "goes", "beyond", "the", "realm", "of", "mere", "observation", "into", "the", "intricate", "realm", "of", "quantitative", "analysis", "and", "spatial", "relationships", "." ] } ]
PMC11486946
Treatment with any of the five non-EGFR-TKI compounds caused a decrease in EGFR localization on the membrane in A431, HeLa, and EGFR-transfected Ba/F3 cells compared to untreated cell lines (Fig. 5d).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Treatment", "with", "any", "of", "the", "five", "non-EGFR-TKI", "compounds", "caused", "a", "decrease", "in", "EGFR", "localization", "on", "the", "membrane", "in", "A431", ",", "HeLa", ",", "and", "EGFR-transfected", "Ba/F3", "cells", "compared", "to", "untreated", "cell", "lines", "(", "Fig.", "5d", ")", "." ] } ]
PMC7189327
More interestingly, this research group also found that HOXB5 could upregulate EGFR expression and thereby promote HOXB5-driven invasion in ER-positive breast cancer .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "More", "interestingly", ",", "this", "research", "group", "also", "found", "that", "HOXB5", "could", "upregulate", "EGFR", "expression", "and", "thereby", "promote", "HOXB5-driven", "invasion", "in", "ER-positive", "breast", "cancer", "." ] } ]
PMC11392912
Likewise, the down-regulation of IL-6 mRNA level was found to be in turmeric, fenugreek, kalonji, and flax seed by 0.55- (P=0.0001), 0.34- (P=0.0001), 0.40- (P=0.0001), and 0.44- (P=0.0001) folds compared with TNF-Ξ± treated group (Figure 1B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Likewise", ",", "the", "down-regulation", "of", "IL-6", "mRNA", "level", "was", "found", "to", "be", "in", "turmeric", ",", "fenugreek", ",", "kalonji", ",", "and", "flax", "seed", "by", "0.55-", "(", "P=0.0001", ")", ",", "0.34-", "(", "P=0.0001", ")", ",", "0.40-", "(", "P=0.0001", ")", ",", "and", "0.44-", "(", "P=0.0001", ")", "folds", "compared", "with", "TNF-Ξ±", "treated", "group", "(", "Figure", "1B", ")", "." ] } ]
PMC6222635
T-series dextran was purchased from Sigma (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "T-series", "dextran", "was", "purchased", "from", "Sigma", "(", "Sigma-Aldrich", ",", "St.", "Louis", ",", "MO", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC7917457
Although both monotherapies were efficient at controlling tumor growth, the combination therapy of PeptiCRAd VALO-mD901-Trp2 and anti-PD-1 showed a significantly enhanced effect on tumor growth control with increased survival.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "both", "monotherapies", "were", "efficient", "at", "controlling", "tumor", "growth", ",", "the", "combination", "therapy", "of", "PeptiCRAd", "VALO-mD901-Trp2", "and", "anti-PD-1", "showed", "a", "significantly", "enhanced", "effect", "on", "tumor", "growth", "control", "with", "increased", "survival", "." ] } ]
PMC9429973
These included SVs affecting KMT2A, MECOM, TP53, NUP98 among others.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "included", "SVs", "affecting", "KMT2A", ",", "MECOM", ",", "TP53", ",", "NUP98", "among", "others", "." ] } ]
PMC9429973
Summary/Conclusion: Chronic Graft Versus Host Disease poses significant burden on Medicare with high hospital charges and long LOS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Summary/Conclusion", ":", "Chronic", "Graft", "Versus", "Host", "Disease", "poses", "significant", "burden", "on", "Medicare", "with", "high", "hospital", "charges", "and", "long", "LOS", "." ] } ]
PMC10969097
Parameters such as animal weight, tumour volume and weight and histological analyses were carried out to evaluate proliferation and apoptosis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Parameters", "such", "as", "animal", "weight", ",", "tumour", "volume", "and", "weight", "and", "histological", "analyses", "were", "carried", "out", "to", "evaluate", "proliferation", "and", "apoptosis", "." ] } ]
PMC11473843
Graphical data are mean Β± SD.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Graphical", "data", "are", "mean", "Β±", "SD", "." ] } ]
PMC9895440
Then the mixture was again dissociated using the m_impTumor_03 program on the gentle MACS dissociator.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Then", "the", "mixture", "was", "again", "dissociated", "using", "the", "m_impTumor_03", "program", "on", "the", "gentle", "MACS", "dissociator", "." ] } ]
PMC10936243
All variations shown in the N for each question are related to the numbers of participants that responded to dependent follow-on questions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "variations", "shown", "in", "the", "N", "for", "each", "question", "are", "related", "to", "the", "numbers", "of", "participants", "that", "responded", "to", "dependent", "follow-on", "questions", "." ] } ]
PMC11525293
B The schematic representation and sequence of the p53/p63RE were identified in the first intron of ACE2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", "The", "schematic", "representation", "and", "sequence", "of", "the", "p53/p63RE", "were", "identified", "in", "the", "first", "intron", "of", "ACE2", "." ] } ]
PMC11711871
To our knowledge, an animal model presenting such physiological features is unique.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "our", "knowledge", ",", "an", "animal", "model", "presenting", "such", "physiological", "features", "is", "unique", "." ] } ]
PMC4485786
Scale bars: 100 Β΅m. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bars", ":", "100", "Β΅m", ".", "(" ] } ]
PMC11583690
BPMO has been used to load and release various substances, including curcumin and cordycepin , and it has demonstrated high drug-loading capacity, good biodegradability, and enhanced active ingredient efficacy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "BPMO", "has", "been", "used", "to", "load", "and", "release", "various", "substances", ",", "including", "curcumin", "and", "cordycepin", ",", "and", "it", "has", "demonstrated", "high", "drug-loading", "capacity", ",", "good", "biodegradability", ",", "and", "enhanced", "active", "ingredient", "efficacy", "." ] } ]
PMC10788478
LGR6 expression analysis in NSCLC tumors using the TCGA dataset.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "LGR6", "expression", "analysis", "in", "NSCLC", "tumors", "using", "the", "TCGA", "dataset", "." ] } ]
PMC11768281
In addition, a snowball search was performed to identify the potentially relevant literature not captured during the initial database search.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "a", "snowball", "search", "was", "performed", "to", "identify", "the", "potentially", "relevant", "literature", "not", "captured", "during", "the", "initial", "database", "search", "." ] } ]
PMC6379402
We prioritize genes according to the above-described cancer-specific rewiring in iCells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "prioritize", "genes", "according", "to", "the", "above-described", "cancer-specific", "rewiring", "in", "iCells", "." ] } ]
PMC11180402
miR-129 binding site in SOX2 mRNA 3β€²-UTR and mutants. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "miR-129", "binding", "site", "in", "SOX2", "mRNA", "3β€²-UTR", "and", "mutants", ".", "(" ] } ]
PMC8170755
We aimed to scrutinize the role of epigenetic alternations of genes involved in cancer metastasis, including CD44v6 (metastasis indicator) and Nm23-H1 (a novel tumor suppressor), in the A549 lung cancer cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "aimed", "to", "scrutinize", "the", "role", "of", "epigenetic", "alternations", "of", "genes", "involved", "in", "cancer", "metastasis", ",", "including", "CD44v6", "(", "metastasis", "indicator", ")", "and", "Nm23-H1", "(", "a", "novel", "tumor", "suppressor", ")", ",", "in", "the", "A549", "lung", "cancer", "cell", "line", "." ] } ]
PMC9509578
P-gp transporters play a role in the development of clinical MDR in several cancer subtypes .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P-gp", "transporters", "play", "a", "role", "in", "the", "development", "of", "clinical", "MDR", "in", "several", "cancer", "subtypes", "." ] } ]
PMC9429973
For mutation profiling, a targeted myeloid gene panel was used.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "mutation", "profiling", ",", "a", "targeted", "myeloid", "gene", "panel", "was", "used", "." ] } ]
PMC11342785
Mean (points) and SEM (error bars) of three replicate bundling experiments for each TPPP concentration is shown.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mean", "(", "points", ")", "and", "SEM", "(", "error", "bars", ")", "of", "three", "replicate", "bundling", "experiments", "for", "each", "TPPP", "concentration", "is", "shown", "." ] } ]
PMC11279397
In vitro studies demonstrated that germacron effectively inhibited the growth of Feline calicivirus (FCV) strain F9 and exhibited strong antiviral effects against FCV primarily during the early stages of its life cycle , with efficacy dependent on drug concentration.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "vitro", "studies", "demonstrated", "that", "germacron", "effectively", "inhibited", "the", "growth", "of", "Feline", "calicivirus", "(", "FCV", ")", "strain", "F9", "and", "exhibited", "strong", "antiviral", "effects", "against", "FCV", "primarily", "during", "the", "early", "stages", "of", "its", "life", "cycle", ",", "with", "efficacy", "dependent", "on", "drug", "concentration", "." ] } ]
PMC8469018
The values were compared using one-way analysis of variance (ANOVA) and post hoc multiple comparisons with Tukey’s honest significant difference test (Tukey’s HSD test).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "values", "were", "compared", "using", "one-way", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "and", "post", "hoc", "multiple", "comparisons", "with", "Tukey", "’s", "honest", "significant", "difference", "test", "(", "Tukey", "’s", "HSD", "test", ")", "." ] } ]
PMC9454852
Typically, MPM spread follows continued asbestos exposure of two to three decades .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Typically", ",", "MPM", "spread", "follows", "continued", "asbestos", "exposure", "of", "two", "to", "three", "decades", "." ] } ]
PMC11687167
PCSK9 expression in different cells is susceptible to JAK/STAT-related cytokines or kinases (Fig. 4β‘£).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PCSK9", "expression", "in", "different", "cells", "is", "susceptible", "to", "JAK/STAT-related", "cytokines", "or", "kinases", "(", "Fig.", "4β‘£", ")", "." ] } ]
PMC11618052
Yield: 0.23 g (69%), white solid, m.p: 132–134 Β°C, Rf.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Yield", ":", "0.23", "g", "(", "69", "%", ")", ",", "white", "solid", ",", "m.p", ":", "132–134", "Β°", "C", ",", "Rf", "." ] } ]
PMC11513571
To the best of our knowledge, no previous studies have examined TSLP expression after MERS-CoV infection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "the", "best", "of", "our", "knowledge", ",", "no", "previous", "studies", "have", "examined", "TSLP", "expression", "after", "MERS-CoV", "infection", "." ] } ]
PMC9429973
q 3 months) starting 3 months after the last induction cycle.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "q", "3", "months", ")", "starting", "3", "months", "after", "the", "last", "induction", "cycle", "." ] } ]
PMC11471176
This was determined on the basis of previously reported research .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "was", "determined", "on", "the", "basis", "of", "previously", "reported", "research", "." ] } ]
PMC9429973
BCAT1 transcript and protein levels were determined in T-ALL cell lines (n=13) and patient derived xenografts (PDX; n=12).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "BCAT1", "transcript", "and", "protein", "levels", "were", "determined", "in", "T-ALL", "cell", "lines", "(", "n=13", ")", "and", "patient", "derived", "xenografts", "(", "PDX", ";", "n=12", ")", "." ] } ]
PMC11720808
Moreover, TLR4 overexpression facilitates OS growth in vitro and in vivo, indicating the positive regulatory effect of TLR4 on OS progression and showing that TLR4 is a promising OS therapeutic biomarker and target.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "TLR4", "overexpression", "facilitates", "OS", "growth", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", ",", "indicating", "the", "positive", "regulatory", "effect", "of", "TLR4", "on", "OS", "progression", "and", "showing", "that", "TLR4", "is", "a", "promising", "OS", "therapeutic", "biomarker", "and", "target", "." ] } ]
PMC11703896
Rapamycin’s binding with multiple receptors (ALK, EGFR, FGFR, MET, and ROS1) may extend its therapeutic benefits by targeting various oncogenic pathways; however, this also raises concerns about potential off-target effects on non-cancerous cells that express these receptors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Rapamycin", "’s", "binding", "with", "multiple", "receptors", "(", "ALK", ",", "EGFR", ",", "FGFR", ",", "MET", ",", "and", "ROS1", ")", "may", "extend", "its", "therapeutic", "benefits", "by", "targeting", "various", "oncogenic", "pathways", ";", "however", ",", "this", "also", "raises", "concerns", "about", "potential", "off-target", "effects", "on", "non-cancerous", "cells", "that", "express", "these", "receptors", "." ] } ]
PMC9429973
A total of 47 patients (21.9% of the 215 who discontinued therapy) died before receiving subsequent therapy, 116/215 (54%) received subsequent therapy, and the remaining 52/215 (24.2%) were alive without additional treatment after cBTKi/BCL2i exposure.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "total", "of", "47", "patients", "(", "21.9", "%", "of", "the", "215", "who", "discontinued", "therapy", ")", "died", "before", "receiving", "subsequent", "therapy", ",", "116/215", "(", "54", "%", ")", "received", "subsequent", "therapy", ",", "and", "the", "remaining", "52/215", "(", "24.2", "%", ")", "were", "alive", "without", "additional", "treatment", "after", "cBTKi/BCL2i", "exposure", "." ] } ]
PMC11078693
This method should be applicable not only for cytoskeleton labeling, but to image of any cellular targets that can be labeled following typical formaldehyde fixation and detergent permeabilization.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "method", "should", "be", "applicable", "not", "only", "for", "cytoskeleton", "labeling", ",", "but", "to", "image", "of", "any", "cellular", "targets", "that", "can", "be", "labeled", "following", "typical", "formaldehyde", "fixation", "and", "detergent", "permeabilization", "." ] } ]
PMC10674574
To confirm the viability of the Caco-2 monolayer after permeability tests, apoptosis assays can be additionally performed .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "confirm", "the", "viability", "of", "the", "Caco-2", "monolayer", "after", "permeability", "tests", ",", "apoptosis", "assays", "can", "be", "additionally", "performed", "." ] } ]
PMC11365427
The analysis was performed using GraphPad Prism 8.0.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "analysis", "was", "performed", "using", "GraphPad", "Prism", "8.0", "." ] } ]
PMC9895440
Our analysis pipeline in Seurat resulted in seven clusters ranging from naΓ―ve-like cells to terminally exhausted populations, which we termed based on differentially expressed genes, transcription factor expression, and gene set enrichment for published cell populations (Fig. 4d, e, Supplementary Fig. 9a–c).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "analysis", "pipeline", "in", "Seurat", "resulted", "in", "seven", "clusters", "ranging", "from", "naΓ―ve-like", "cells", "to", "terminally", "exhausted", "populations", ",", "which", "we", "termed", "based", "on", "differentially", "expressed", "genes", ",", "transcription", "factor", "expression", ",", "and", "gene", "set", "enrichment", "for", "published", "cell", "populations", "(", "Fig.", "4d", ",", "e", ",", "Supplementary", "Fig.", "9a", "–", "c", ")", "." ] } ]
PMC10887351
Moreover, the Ξ²3-AR blockade inhibited NB cell proliferation and colony growth, suggesting that the inhibition of the Ξ²3-AR pathway suppressed NB cell growth in vitro.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "the", "Ξ²3-AR", "blockade", "inhibited", "NB", "cell", "proliferation", "and", "colony", "growth", ",", "suggesting", "that", "the", "inhibition", "of", "the", "Ξ²3-AR", "pathway", "suppressed", "NB", "cell", "growth", "in", "vitro", "." ] } ]
PMC4443654
The broad trends in relative variable importance (see Materials and methods) do indeed suggest that many features have a similar influence in each of the three models (Additional file 1: Figure S4A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "broad", "trends", "in", "relative", "variable", "importance", "(", "see", "Materials", "and", "methods", ")", "do", "indeed", "suggest", "that", "many", "features", "have", "a", "similar", "influence", "in", "each", "of", "the", "three", "models", "(", "Additional", "file", "1", ":", "Figure", "S4A", ")", "." ] } ]
PMC9777812
Cell cycle fractions were quantified using the CytExpert 2.0 software (Becton Dickinson).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "cycle", "fractions", "were", "quantified", "using", "the", "CytExpert", "2.0", "software", "(", "Becton", "Dickinson", ")", "." ] } ]
PMC9436459
M. yunanensis), M. multicaulis, M. nigra, and M. wittiorumKuwanon G (Albanin F, Moracenin B, 92)βˆ’ 534 ; βˆ’ 529 M. alba [1, 3, 5, 15, 61, 62, 67, 82, 105–109]; M. australis ; M. bombycis ; M. lhou ; M. mongolica ; M. nigra ; M. yunanensis Kuwanon H (Albanin G, Moracenin A, 93)βˆ’ 536 ; βˆ’ 455 M. alba ; M. bombycis ; M. lhou ; M. mongolica ; M. nigra ; M. yunanensis Mongolicin D (94)βˆ’ 227 M. mongolica Moracenin D (95)βˆ’ 419 M. alba ; M. australis Moracenin E (96)n.mM. alba Kuwanon W (97)βˆ’ 440 M. lhou Brosimone D (98)βˆ’ 204 B. oblongifolia Multicaulisin (99)βˆ’ 136 M. alba ; M. multicaulis Mesozygin B (100) + 139.6 M. mesozygia Artonin I (101) + 95 A. heterophyllus ; M. alba ; M. mesozygia Deoxyartonin I (102) + 177 A. integer Mesozygin C (103) + 85.7 M. mesozygia Mesozygin A (104) + 343.2 M. mesozygia Guangsangon G (105)βˆ’ 469.1 M. macroura Guangsangon I (106)βˆ’ 470.5 M. macroura Wittiorumin A (107)βˆ’ 415.3 M. wittiorum Wittiorumin B (108)βˆ’ 442.6 M. wittiorum Kuwanon K (109)βˆ’ 218 M. alba ; M. lhou Kuwanon N (110)βˆ’ 188 M. australis ; M. lhou Guangsangon O (111) + 212.1 M. macroura Wittiorumin C (112) + 420.2 M. wittiorum Australisine A (113) + 523 M. australis Type E: Dehydroprenyldihydroflavone type MDAAs14 compounds (114 βˆ’ 127) distributed in seven species: M. alba, M. australis, M. lhou, M. macroura, M. mongolica (syn.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "M.", "yunanensis", ")", ",", "M.", "multicaulis", ",", "M.", "nigra", ",", "and", "M.", "wittiorumKuwanon", "G", "(", "Albanin", "F", ",", "Moracenin", "B", ",", "92)βˆ’", "534", ";", "βˆ’", "529", "M.", "alba", "[", "1", ",", "3", ",", "5", ",", "15", ",", "61", ",", "62", ",", "67", ",", "82", ",", "105–109", "]", ";", "M.", "australis", ";", "M.", "bombycis", ";", "M.", "lhou", ";", "M.", "mongolica", ";", "M.", "nigra", ";", "M.", "yunanensis", "Kuwanon", "H", "(", "Albanin", "G", ",", "Moracenin", "A", ",", "93)βˆ’", "536", ";", "βˆ’", "455", "M.", "alba", ";", "M.", "bombycis", ";", "M.", "lhou", ";", "M.", "mongolica", ";", "M.", "nigra", ";", "M.", "yunanensis", "Mongolicin", "D", "(94)βˆ’", "227", "M.", "mongolica", "Moracenin", "D", "(95)βˆ’", "419", "M.", "alba", ";", "M.", "australis", "Moracenin", "E", "(96)n.mM.", "alba", "Kuwanon", "W", "(97)βˆ’", "440", "M.", "lhou", "Brosimone", "D", "(98)βˆ’", "204", "B.", "oblongifolia", "Multicaulisin", "(99)βˆ’", "136", "M.", "alba", ";", "M.", "multicaulis", "Mesozygin", "B", "(", "100", ")", "+", "139.6", "M.", "mesozygia", "Artonin", "I", "(", "101", ")", "+", "95", "A.", "heterophyllus", ";", "M.", "alba", ";", "M.", "mesozygia", "Deoxyartonin", "I", "(", "102", ")", "+", "177", "A.", "integer", "Mesozygin", "C", "(", "103", ")", "+", "85.7", "M.", "mesozygia", "Mesozygin", "A", "(", "104", ")", "+", "343.2", "M.", "mesozygia", "Guangsangon", "G", "(105)βˆ’", "469.1", "M.", "macroura", "Guangsangon", "I", "(106)βˆ’", "470.5", "M.", "macroura", "Wittiorumin", "A", "(107)βˆ’", "415.3", "M.", "wittiorum", "Wittiorumin", "B", "(108)βˆ’", "442.6", "M.", "wittiorum", "Kuwanon", "K", "(109)βˆ’", "218", "M.", "alba", ";", "M.", "lhou", "Kuwanon", "N", "(110)βˆ’", "188", "M.", "australis", ";", "M.", "lhou", "Guangsangon", "O", "(", "111", ")", "+", "212.1", "M.", "macroura", "Wittiorumin", "C", "(", "112", ")", "+", "420.2", "M.", "wittiorum", "Australisine", "A", "(", "113", ")", "+", "523", "M.", "australis", "Type", "E", ":", "Dehydroprenyldihydroflavone", "type", "MDAAs14", "compounds", "(", "114", "βˆ’", "127", ")", "distributed", "in", "seven", "species", ":", "M.", "alba", ",", "M.", "australis", ",", "M.", "lhou", ",", "M.", "macroura", ",", "M.", "mongolica", "(", "syn", "." ] } ]
PMC9429973
In the 7 spliceosome-mutated HR-MDS patients, 57% reached marrow CR, including 1 with RBC transfusion independence and 1 proceeding to HSCT.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "7", "spliceosome-mutated", "HR-MDS", "patients", ",", "57", "%", "reached", "marrow", "CR", ",", "including", "1", "with", "RBC", "transfusion", "independence", "and", "1", "proceeding", "to", "HSCT", "." ] } ]
PMC9351137
For immunoprecipitation experiments, HeLa cells were synchronized in telophase using thymidine/nocodazole blocks.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "immunoprecipitation", "experiments", ",", "HeLa", "cells", "were", "synchronized", "in", "telophase", "using", "thymidine/nocodazole", "blocks", "." ] } ]
PMC11746948
After centrifugation at 16,000 Γ— g for 20 min at 4 Β°C, the supernatant was collected.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "centrifugation", "at", "16,000", "Γ—", "g", "for", "20", "min", "at", "4", "Β°", "C", ",", "the", "supernatant", "was", "collected", "." ] } ]
PMC11055323
Outside and inside groups indicate the distribution of random pixels’ fluorescence intensity of H3K27ac normalized by Z score from outside and inside of SS18 or SS18-SSX1 condensates, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Outside", "and", "inside", "groups", "indicate", "the", "distribution", "of", "random", "pixels", "’", "fluorescence", "intensity", "of", "H3K27ac", "normalized", "by", "Z", "score", "from", "outside", "and", "inside", "of", "SS18", "or", "SS18-SSX1", "condensates", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC9817179
Asterisks indicate a significant difference of the values compared with 0 (p<0.05, Wilcoxon signed-rank test).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Asterisks", "indicate", "a", "significant", "difference", "of", "the", "values", "compared", "with", "0", "(", "p<0.05", ",", "Wilcoxon", "signed-rank", "test", ")", "." ] } ]
PMC7342409
Hematoxylin and eosin and immunohistochemical staining were used to detect the pathological characteristics and immunophenotype of the transplanted tumor.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Hematoxylin", "and", "eosin", "and", "immunohistochemical", "staining", "were", "used", "to", "detect", "the", "pathological", "characteristics", "and", "immunophenotype", "of", "the", "transplanted", "tumor", "." ] } ]
PMC11706491
However, there is a lack of tools that allow to measure with high precision the duration of the different phases of the cell cycle in individual cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "there", "is", "a", "lack", "of", "tools", "that", "allow", "to", "measure", "with", "high", "precision", "the", "duration", "of", "the", "different", "phases", "of", "the", "cell", "cycle", "in", "individual", "cells", "." ] } ]