Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC11627060
The cells were then incubated in an ice-cold environment for 2 h. Following this, the cells were washed with PBS and resuspended in staining buffer containing 100 µg/mL RNase A, 50 µg/mL propidium iodide, and 0.1% Triton X-100.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "then", "incubated", "in", "an", "ice-cold", "environment", "for", "2", "h.", "Following", "this", ",", "the", "cells", "were", "washed", "with", "PBS", "and", "resuspended", "in", "staining", "buffer", "containing", "100", "µg/mL", "RNase", "A", ",", "50", "µg/mL", "propidium", "iodide", ",", "and", "0.1", "%", "Triton", "X-100", "." ] } ]
PMC11544771
It has been shown that CPX can induce DNA damage and activate the ATR-Chk1 pathway in breast cancer (MDA-MB-231) and rhabdomyosarcoma (Rh30) cells .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "has", "been", "shown", "that", "CPX", "can", "induce", "DNA", "damage", "and", "activate", "the", "ATR-Chk1", "pathway", "in", "breast", "cancer", "(", "MDA-MB-231", ")", "and", "rhabdomyosarcoma", "(", "Rh30", ")", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
The median ages were 72 and 59 years respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "median", "ages", "were", "72", "and", "59", "years", "respectively", "." ] } ]
PMC11632064
ABCD1 is critical for the peroxisomal import of very long fatty acids and related CoA esters for catabolism through β-oxidation, and mutations in this gene are responsible for adrenoleukodystrophy, an X-linked and neurodegenerative disorder associated with microglial apoptosis (Eichler et al, 2008).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ABCD1", "is", "critical", "for", "the", "peroxisomal", "import", "of", "very", "long", "fatty", "acids", "and", "related", "CoA", "esters", "for", "catabolism", "through", "β-oxidation", ",", "and", "mutations", "in", "this", "gene", "are", "responsible", "for", "adrenoleukodystrophy", ",", "an", "X-linked", "and", "neurodegenerative", "disorder", "associated", "with", "microglial", "apoptosis", "(", "Eichler", "et", "al", ",", "2008", ")", "." ] } ]
PMC10988555
On the other hand, complex 2 also accumulates in mitochondria (Table 3) triggering a slight depolarization of its membrane potential (Figure 9), it seems not to be dependent on BAX (Figure 10C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "the", "other", "hand", ",", "complex", "2", "also", "accumulates", "in", "mitochondria", "(", "Table", "3", ")", "triggering", "a", "slight", "depolarization", "of", "its", "membrane", "potential", "(", "Figure", "9", ")", ",", "it", "seems", "not", "to", "be", "dependent", "on", "BAX", "(", "Figure", "10C", ")", "." ] } ]
PMC10758402
In an ovarian cancer sample, DMF increased the viral titer by over 14-fold.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "an", "ovarian", "cancer", "sample", ",", "DMF", "increased", "the", "viral", "titer", "by", "over", "14-fold", "." ] } ]
PMC11742231
GNNs are specifically designed to handle data organized in a graph structure, where the nodes represent unique entities and the edges depict the connections or associations among them.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GNNs", "are", "specifically", "designed", "to", "handle", "data", "organized", "in", "a", "graph", "structure", ",", "where", "the", "nodes", "represent", "unique", "entities", "and", "the", "edges", "depict", "the", "connections", "or", "associations", "among", "them", "." ] } ]
PMC11574029
E, F Clonogenic assay to evaluate proliferation capacity of T24 and 5637 cells post-treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "E", ",", "F", "Clonogenic", "assay", "to", "evaluate", "proliferation", "capacity", "of", "T24", "and", "5637", "cells", "post-treatment", "." ] } ]
PMC11502962
(A) GIST882 CM group; (B) GIST882 CM+ISO-1 group; Ctrl group vs GIST882 CM group, 1.6% vs 27.3%, P=0.000; GIST882 CM group vs GIST882 CM+ISO-1 group,27.3% vs 11.9%, P=0.006; ISO-1:MIF inhibitor; The statistical method is chi square test, **:P<0.01. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "(", "A", ")", "GIST882", "CM", "group", ";", "(", "B", ")", "GIST882", "CM+ISO-1", "group", ";", "Ctrl", "group", "vs", "GIST882", "CM", "group", ",", "1.6", "%", "vs", "27.3", "%", ",", "P=0.000", ";", "GIST882", "CM", "group", "vs", "GIST882", "CM+ISO-1", "group,27.3", "%", "vs", "11.9", "%", ",", "P=0.006", ";", "ISO-1:MIF", "inhibitor", ";", "The", "statistical", "method", "is", "chi", "square", "test", ",", "*", "*", ":", "P<0.01", ".", "(" ] } ]
PMC11271278
Neoloop reconstructs Hi-C maps in structurally altered cancer genomes to identify aberrant chromatin loops and their associated genes, however, it does not prioritize the gene targets and the underlying functional enhancers.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Neoloop", "reconstructs", "Hi-C", "maps", "in", "structurally", "altered", "cancer", "genomes", "to", "identify", "aberrant", "chromatin", "loops", "and", "their", "associated", "genes", ",", "however", ",", "it", "does", "not", "prioritize", "the", "gene", "targets", "and", "the", "underlying", "functional", "enhancers", "." ] } ]
PMC11489275
The level of peripheral blood lymphocytes is promising as a clinical biomarker for the prognosis of MDA5 + DM patients .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "level", "of", "peripheral", "blood", "lymphocytes", "is", "promising", "as", "a", "clinical", "biomarker", "for", "the", "prognosis", "of", "MDA5", "+", "DM", "patients", "." ] } ]
PMC9429973
For predicted factors AML cohort-wide gene expression patterns, transforming potential and downstream gene programs were determined.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "predicted", "factors", "AML", "cohort-wide", "gene", "expression", "patterns", ",", "transforming", "potential", "and", "downstream", "gene", "programs", "were", "determined", "." ] } ]
PMC10808409
Control cells, (B) O2, (C) FA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Control", "cells", ",", "(", "B", ")", "O2", ",", "(", "C", ")", "FA", "." ] } ]
PMC11155445
Mono and bis acyl thiourea derivatives (103a–i and 104a–f) having azo-derived paracetamol moiety were investigated against two bacterial strains E. coli and S. aureus.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mono", "and", "bis", "acyl", "thiourea", "derivatives", "(", "103a", "–", "i", "and", "104a", "–", "f", ")", "having", "azo-derived", "paracetamol", "moiety", "were", "investigated", "against", "two", "bacterial", "strains", "E.", "coli", "and", "S.", "aureus", "." ] } ]
PMC10669966
The pathway search was conducted on 30 June 2023.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "pathway", "search", "was", "conducted", "on", "30", "June", "2023", "." ] } ]
PMC9429973
Serum samples prepared from blood were used for PK and anti-modakafusp alfa antibody (ADA) assessments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Serum", "samples", "prepared", "from", "blood", "were", "used", "for", "PK", "and", "anti-modakafusp", "alfa", "antibody", "(", "ADA", ")", "assessments", "." ] } ]
PMC11765243
Moderate affinity recognition triggers a third type of selection process, the positive selection, accompanied by the increased expression of CD5, CD69, and the TCR.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moderate", "affinity", "recognition", "triggers", "a", "third", "type", "of", "selection", "process", ",", "the", "positive", "selection", ",", "accompanied", "by", "the", "increased", "expression", "of", "CD5", ",", "CD69", ",", "and", "the", "TCR", "." ] } ]
PMC9812014
Tomatadine alkaloid was tested in multiple cell lines against different CHIKV viral strains, and in Huh7 cells, it effectively prevented infection of three different CHIKV genotypes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tomatadine", "alkaloid", "was", "tested", "in", "multiple", "cell", "lines", "against", "different", "CHIKV", "viral", "strains", ",", "and", "in", "Huh7", "cells", ",", "it", "effectively", "prevented", "infection", "of", "three", "different", "CHIKV", "genotypes", "." ] } ]
PMC11676670
In our study, we analyzed hotspot mutations in genes frequently mutated in HGSOC in particular and ovarian cancer in general, including TP53, KRAS, BRAF, PIK3C, PTEN, CTNNB, NF1, and RB1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "our", "study", ",", "we", "analyzed", "hotspot", "mutations", "in", "genes", "frequently", "mutated", "in", "HGSOC", "in", "particular", "and", "ovarian", "cancer", "in", "general", ",", "including", "TP53", ",", "KRAS", ",", "BRAF", ",", "PIK3C", ",", "PTEN", ",", "CTNNB", ",", "NF1", ",", "and", "RB1", "." ] } ]
PMC10040136
Prior to the administration of targeted therapy, all patients exhibited sensitivity to Imatinib.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Prior", "to", "the", "administration", "of", "targeted", "therapy", ",", "all", "patients", "exhibited", "sensitivity", "to", "Imatinib", "." ] } ]
PMC10507284
Consequently, we further investigated the correlation between TROAP and tumor immune infiltration, trying to provide a new idea for explaining why TROAP affects the prognosis of STS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consequently", ",", "we", "further", "investigated", "the", "correlation", "between", "TROAP", "and", "tumor", "immune", "infiltration", ",", "trying", "to", "provide", "a", "new", "idea", "for", "explaining", "why", "TROAP", "affects", "the", "prognosis", "of", "STS", "." ] } ]
PMC11627060
The extraction of N. sativa seeds was performed using ethanol as the solvent, following previously established methods .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "extraction", "of", "N.", "sativa", "seeds", "was", "performed", "using", "ethanol", "as", "the", "solvent", ",", "following", "previously", "established", "methods", "." ] } ]
PMC11632064
Conditioned media from the treated cells were collected 72 h posttreatment and cleared by centrifugation at 1,000g for 5 min at 4°C.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Conditioned", "media", "from", "the", "treated", "cells", "were", "collected", "72", "h", "posttreatment", "and", "cleared", "by", "centrifugation", "at", "1,000", "g", "for", "5", "min", "at", "4", "°", "C", "." ] } ]
PMC7612475
.
[ { "tags": [ "O" ], "tokens": [ "." ] } ]
PMC9429973
Of the 6 pts with treatment-induced ADAs, 2 experienced pyrexia (grade 1 and grade 3) within 24 h of the infusion.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Of", "the", "6", "pts", "with", "treatment-induced", "ADAs", ",", "2", "experienced", "pyrexia", "(", "grade", "1", "and", "grade", "3", ")", "within", "24", "h", "of", "the", "infusion", "." ] } ]
PMC11742290
A HCC study reported that LGR5 + cells were able to form compact self-renewing spheres associated with doxorubicin resistance, while LGR5- cells could not form tumor spheroids .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "HCC", "study", "reported", "that", "LGR5", "+", "cells", "were", "able", "to", "form", "compact", "self-renewing", "spheres", "associated", "with", "doxorubicin", "resistance", ",", "while", "LGR5-", "cells", "could", "not", "form", "tumor", "spheroids", "." ] } ]
PMC10728200
D–F Western blot analysis of the protein levels of Ki-67, KIT, STUB1, GPX4, and 4-HNE in GIST cell xenograft tumor tissues of mice from vehicle (DMSO), IM, RSL3, and combination treatment groups.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D", "–", "F", "Western", "blot", "analysis", "of", "the", "protein", "levels", "of", "Ki-67", ",", "KIT", ",", "STUB1", ",", "GPX4", ",", "and", "4-HNE", "in", "GIST", "cell", "xenograft", "tumor", "tissues", "of", "mice", "from", "vehicle", "(", "DMSO", ")", ",", "IM", ",", "RSL3", ",", "and", "combination", "treatment", "groups", "." ] } ]
PMC5363531
NGS analyses were performed on the Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM, Life Technologies, Grand Island, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NGS", "analyses", "were", "performed", "on", "the", "Ion", "Torrent", "Personal", "Genome", "Machine", "(", "PGM", ",", "Life", "Technologies", ",", "Grand", "Island", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11347429
Otto-von-Gericke University (Magdeburg, Germany): Patients with influenza virus infection confirmed by rapid-antigen assay/viral PCR performed on nasopharyngeal samples were recruited at admission to the hospital.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Otto-von-Gericke", "University", "(", "Magdeburg", ",", "Germany", "):", "Patients", "with", "influenza", "virus", "infection", "confirmed", "by", "rapid-antigen", "assay/viral", "PCR", "performed", "on", "nasopharyngeal", "samples", "were", "recruited", "at", "admission", "to", "the", "hospital", "." ] } ]
PMC11564322
The VGVAPG peptide increased the PCNA protein expression by 8.30%, compared to the control, while the VVGPGA peptide decreased the expression of this protein by 40.29% in the MEG-A2 cell line, compared to the control (Fig. 8C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "VGVAPG", "peptide", "increased", "the", "PCNA", "protein", "expression", "by", "8.30", "%", ",", "compared", "to", "the", "control", ",", "while", "the", "VVGPGA", "peptide", "decreased", "the", "expression", "of", "this", "protein", "by", "40.29", "%", "in", "the", "MEG-A2", "cell", "line", ",", "compared", "to", "the", "control", "(", "Fig.", "8C", ")", "." ] } ]
PMC11727907
Therefore, it can be speculated that the expression of VEGF-A induced by IGF-1 in RPE cells may be mediated by the transcriptional activity of PKM2, as occurs in cancer cells .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "it", "can", "be", "speculated", "that", "the", "expression", "of", "VEGF-A", "induced", "by", "IGF-1", "in", "RPE", "cells", "may", "be", "mediated", "by", "the", "transcriptional", "activity", "of", "PKM2", ",", "as", "occurs", "in", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC11306331
p > 0.05; *: p < 0.05, **: p < 0.01, ***: p < 0.001.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", ">", "0.05", ";", "*", ":", "p", "<", "0.05", ",", "*", "*", ":", "p", "<", "0.01", ",", "*", "*", "*", ":", "p", "<", "0.001", "." ] } ]
PMC6102174
Phyllaemblicins G6–G8 and F (184) displayed potential anti-HBV activity, and especially, phyllaemblicin G6 could inhibit HBsAg and HBeAg with IC50 values of 8.53 and 5.68 μM (Fig. 12).Fig.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Phyllaemblicins", "G6–G8", "and", "F", "(", "184", ")", "displayed", "potential", "anti-HBV", "activity", ",", "and", "especially", ",", "phyllaemblicin", "G6", "could", "inhibit", "HBsAg", "and", "HBeAg", "with", "IC50", "values", "of", "8.53", "and", "5.68", "μM", "(", "Fig.", "12).Fig", "." ] } ]
PMC11547917
The antioxidant effects of the A. clematitis extract demonstrate potential therapeutic applications in complementary medicine.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "antioxidant", "effects", "of", "the", "A.", "clematitis", "extract", "demonstrate", "potential", "therapeutic", "applications", "in", "complementary", "medicine", "." ] } ]
PMC7823217
The major advantage of these spheroid systems is that the screening can be performed with very small quantities of chemotherapeutic candidates , , .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "major", "advantage", "of", "these", "spheroid", "systems", "is", "that", "the", "screening", "can", "be", "performed", "with", "very", "small", "quantities", "of", "chemotherapeutic", "candidates", ",", ",", "." ] } ]
PMC11442172
For example, Vande Voorde and colleagues (27) compared the metabolic profiles of CAL-120 breast cancer cells cultured in DMEM-F12 and Plasmax, both as 2D monolayers and 3D spheroids, with CAL-120-derived mammary tumors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "Vande", "Voorde", "and", "colleagues", "(", "27", ")", "compared", "the", "metabolic", "profiles", "of", "CAL-120", "breast", "cancer", "cells", "cultured", "in", "DMEM-F12", "and", "Plasmax", ",", "both", "as", "2D", "monolayers", "and", "3D", "spheroids", ",", "with", "CAL-120-derived", "mammary", "tumors", "." ] } ]
PMC8584666
The number of colonies formed by #22mock cells was slightly augmented, but not significantly increased, and the colony formation ability of #22ΔGPI-80 cells did not change (Figure 3c).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "number", "of", "colonies", "formed", "by", "#", "22mock", "cells", "was", "slightly", "augmented", ",", "but", "not", "significantly", "increased", ",", "and", "the", "colony", "formation", "ability", "of", "#", "22ΔGPI-80", "cells", "did", "not", "change", "(", "Figure", "3c", ")", "." ] } ]
PMC10890055
Cells cultured in the absence of G418 at restrictive temperatures were more sensitive to ZnCl2 compared to those cultured in the presence of G418.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "cultured", "in", "the", "absence", "of", "G418", "at", "restrictive", "temperatures", "were", "more", "sensitive", "to", "ZnCl2", "compared", "to", "those", "cultured", "in", "the", "presence", "of", "G418", "." ] } ]
PMC11437637
Vortex gently to mix for about 10 seconds.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Vortex", "gently", "to", "mix", "for", "about", "10", "seconds", "." ] } ]
PMC11361748
A distinct subset of keratins, including the type II keratins K6A-C paralogs and type I K16 and K17, are prominently involved in the response of epidermis to various stresses .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "distinct", "subset", "of", "keratins", ",", "including", "the", "type", "II", "keratins", "K6A-C", "paralogs", "and", "type", "I", "K16", "and", "K17", ",", "are", "prominently", "involved", "in", "the", "response", "of", "epidermis", "to", "various", "stresses", "." ] } ]
PMC9847912
Bevirimat was adopted from PubChem CID entry 457928.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bevirimat", "was", "adopted", "from", "PubChem", "CID", "entry", "457928", "." ] } ]
PMC11574029
Therefore, NOTCH3 was selected as the target-of-interest in our following validation experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "NOTCH3", "was", "selected", "as", "the", "target-of-interest", "in", "our", "following", "validation", "experiments", "." ] } ]
PMC11665555
Sequencing data are available at GEO (RRID:SCR_005012), ID: GSE280095.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sequencing", "data", "are", "available", "at", "GEO", "(", "RRID", ":", "SCR_005012", ")", ",", "ID", ":", "GSE280095", "." ] } ]
PMC10571053
This vector backbone contains a hygromycin resistance marker for antibiotic selection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "vector", "backbone", "contains", "a", "hygromycin", "resistance", "marker", "for", "antibiotic", "selection", "." ] } ]
PMC11461833
STXBP5 encodes tomosyn-1 which contains WD40 repeats (constituting 90% of the total protein sequence) at the N-terminus and an R-SNARE-like motif at the C-terminus associated with exocytosis and the actin cytoskeleton.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "STXBP5", "encodes", "tomosyn-1", "which", "contains", "WD40", "repeats", "(", "constituting", "90", "%", "of", "the", "total", "protein", "sequence", ")", "at", "the", "N-terminus", "and", "an", "R-SNARE-like", "motif", "at", "the", "C-terminus", "associated", "with", "exocytosis", "and", "the", "actin", "cytoskeleton", "." ] } ]
PMC11661024
The key advantage of postbiotics is that their beneficial effects do not rely on bacterial survival in the GI tract.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "key", "advantage", "of", "postbiotics", "is", "that", "their", "beneficial", "effects", "do", "not", "rely", "on", "bacterial", "survival", "in", "the", "GI", "tract", "." ] } ]
PMC9429973
Summary/Conclusion: In conclusion, our study demonstrates that hBD-2 reduces acute GVHD severity, likely through its effects in shaping the intestinal microbiota, reducing neutrophil infiltration in the ileum and dampening allogeneic T cell responses.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Summary/Conclusion", ":", "In", "conclusion", ",", "our", "study", "demonstrates", "that", "hBD-2", "reduces", "acute", "GVHD", "severity", ",", "likely", "through", "its", "effects", "in", "shaping", "the", "intestinal", "microbiota", ",", "reducing", "neutrophil", "infiltration", "in", "the", "ileum", "and", "dampening", "allogeneic", "T", "cell", "responses", "." ] } ]
PMC11448304
research, which suggests that increased fatty acid oxidation provides additional energy for DNA repair and cancer metastasis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "research", ",", "which", "suggests", "that", "increased", "fatty", "acid", "oxidation", "provides", "additional", "energy", "for", "DNA", "repair", "and", "cancer", "metastasis", "." ] } ]
PMC11279397
For example, treatment with different doses of Methyl caffeate increased the expression of IL-2, IL-4, IFN-g, soluble Fas in HIV-infected mice .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "treatment", "with", "different", "doses", "of", "Methyl", "caffeate", "increased", "the", "expression", "of", "IL-2", ",", "IL-4", ",", "IFN-g", ",", "soluble", "Fas", "in", "HIV-infected", "mice", "." ] } ]
PMC10988555
The control with Hind III presents only the linear isoform, while the pUC18 and DMSO controls present the supercoiled isoform.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "control", "with", "Hind", "III", "presents", "only", "the", "linear", "isoform", ",", "while", "the", "pUC18", "and", "DMSO", "controls", "present", "the", "supercoiled", "isoform", "." ] } ]
PMC10926885
The presence of homologous recombination deficit (HRD), which may result in precise, quantitative and persistent genomic alterations, is a critical marker of therapy choices and prognosis in a number of tumour types.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "presence", "of", "homologous", "recombination", "deficit", "(", "HRD", ")", ",", "which", "may", "result", "in", "precise", ",", "quantitative", "and", "persistent", "genomic", "alterations", ",", "is", "a", "critical", "marker", "of", "therapy", "choices", "and", "prognosis", "in", "a", "number", "of", "tumour", "types", "." ] } ]
PMC11095939
not significant; *p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001; ****p<0.0001 by one-way ANOVA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "not", "significant", ";", "*", "p<0.05", ";", "*", "*", "p<0.01", ";", "*", "*", "*", "p<0.001", ";", "*", "*", "*", "*", "p<0.0001", "by", "one-way", "ANOVA", "." ] } ]
PMC11023271
RIPK4 was knocked down in HaCaT and A431 cells by two different shRNAs, as described previously .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RIPK4", "was", "knocked", "down", "in", "HaCaT", "and", "A431", "cells", "by", "two", "different", "shRNAs", ",", "as", "described", "previously", "." ] } ]
PMC11591794
Cervical cancer remains a significant global health burden, with an estimated 570,000 new cases and 311,000 deaths reported annually worldwide.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cervical", "cancer", "remains", "a", "significant", "global", "health", "burden", ",", "with", "an", "estimated", "570,000", "new", "cases", "and", "311,000", "deaths", "reported", "annually", "worldwide", "." ] } ]
PMC5363531
In REN cells, dasatinib as single agent significantly reduced TS protein expression when compared to untreated cells.
[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "REN", "cells", ",", "dasatinib", "as", "single", "agent", "significantly", "reduced", "TS", "protein", "expression", "when", "compared", "to", "untreated", "cells", "." ] } ]
PMC11707832
Initially synthesised as a single-stranded precursor, it undergoes processing and cleavage into fragments of 70.42 kDa (abc), 42 kDa (d) and 15 kDa (e) during maturation and subsequent endosomal transport to the lysosome .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Initially", "synthesised", "as", "a", "single-stranded", "precursor", ",", "it", "undergoes", "processing", "and", "cleavage", "into", "fragments", "of", "70.42", "kDa", "(", "abc", ")", ",", "42", "kDa", "(", "d", ")", "and", "15", "kDa", "(", "e", ")", "during", "maturation", "and", "subsequent", "endosomal", "transport", "to", "the", "lysosome", "." ] } ]
PMC11765879
ZR-75-1, SK-BR-3, and MCF-10A cell lines were cultured in supplemented RPMI-1640 media and seeded in 96-well plates (Thermo Fisher Scientific) at a 5000 cells/well density then incubated overnight.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ZR-75", "-", "1", ",", "SK-BR-3", ",", "and", "MCF-10A", "cell", "lines", "were", "cultured", "in", "supplemented", "RPMI-1640", "media", "and", "seeded", "in", "96-well", "plates", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", "at", "a", "5000", "cells/well", "density", "then", "incubated", "overnight", "." ] } ]
PMC10329237
Furthermore, MTT was used to examine the effect of PFD and LOS on the viability of A549 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "MTT", "was", "used", "to", "examine", "the", "effect", "of", "PFD", "and", "LOS", "on", "the", "viability", "of", "A549", "cells", "." ] } ]
PMC7504302
Notably, this model can have translational implications because the TP53 gene is mutated in ~15% of human MPMs and CDKN2A deletions, therefore the functional loss of the p14ARF protein, can also result in the deregulation of the p53 pathway.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Notably", ",", "this", "model", "can", "have", "translational", "implications", "because", "the", "TP53", "gene", "is", "mutated", "in", "~15", "%", "of", "human", "MPMs", "and", "CDKN2A", "deletions", ",", "therefore", "the", "functional", "loss", "of", "the", "p14ARF", "protein", ",", "can", "also", "result", "in", "the", "deregulation", "of", "the", "p53", "pathway", "." ] } ]
PMC6901583
c Representative IHC staining of BRD4 and CD31 in the two groups is presented.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "c", "Representative", "IHC", "staining", "of", "BRD4", "and", "CD31", "in", "the", "two", "groups", "is", "presented", "." ] } ]
PMC6133382
Moreover, the glycans required for binding of these bN-mAbs are early intermediates in the N-linked glycosylation pathway.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "the", "glycans", "required", "for", "binding", "of", "these", "bN-mAbs", "are", "early", "intermediates", "in", "the", "N-linked", "glycosylation", "pathway", "." ] } ]
PMC11365427
Tumor nodules in the xenograft MM model. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tumor", "nodules", "in", "the", "xenograft", "MM", "model", ".", "(" ] } ]
PMC7762347
Previously, these two assays have been applied only regarding CYN exposure, but the effects of the combination has been not investigated so far.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Previously", ",", "these", "two", "assays", "have", "been", "applied", "only", "regarding", "CYN", "exposure", ",", "but", "the", "effects", "of", "the", "combination", "has", "been", "not", "investigated", "so", "far", "." ] } ]
PMC10998613
These methods enable detailed characterization of a receptor’s density, diffusion, and oligomeric state.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "methods", "enable", "detailed", "characterization", "of", "a", "receptor", "’s", "density", ",", "diffusion", ",", "and", "oligomeric", "state", "." ] } ]
PMC11365427
Significance was analyzed with an unpaired two-sided t-test in (B, C, F–I).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Significance", "was", "analyzed", "with", "an", "unpaired", "two-sided", "t-test", "in", "(", "B", ",", "C", ",", "F", "–", "I", ")", "." ] } ]
PMC3035438
This might be explained by the fact that the cleavage–polyadenylation reaction at the end of the inserted chimeric IgG would be more efficient than at the end of IgM, possibly because the IgG cleavage–polyadenylation site is much closer to the promoter (see Figure 1b), or because there might be some unknown differences between the recognition of splicing and/or cleavage–polyadenylation signal sites of different Ig isotypes or different animal species.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "might", "be", "explained", "by", "the", "fact", "that", "the", "cleavage", "–", "polyadenylation", "reaction", "at", "the", "end", "of", "the", "inserted", "chimeric", "IgG", "would", "be", "more", "efficient", "than", "at", "the", "end", "of", "IgM", ",", "possibly", "because", "the", "IgG", "cleavage", "–", "polyadenylation", "site", "is", "much", "closer", "to", "the", "promoter", "(", "see", "Figure", "1b", ")", ",", "or", "because", "there", "might", "be", "some", "unknown", "differences", "between", "the", "recognition", "of", "splicing", "and/or", "cleavage", "–", "polyadenylation", "signal", "sites", "of", "different", "Ig", "isotypes", "or", "different", "animal", "species", "." ] } ]
PMC11462673
F Mice of the MBZ group exhibited prolonged survival time compared to the vechile group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F", "Mice", "of", "the", "MBZ", "group", "exhibited", "prolonged", "survival", "time", "compared", "to", "the", "vechile", "group", "." ] } ]
PMC9429973
This review supports the safety and efficacy of the combination, as approved by the EMA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "review", "supports", "the", "safety", "and", "efficacy", "of", "the", "combination", ",", "as", "approved", "by", "the", "EMA", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: We examined 25 patients with WAS, observed from June 2017 to January 2020.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "We", "examined", "25", "patients", "with", "WAS", ",", "observed", "from", "June", "2017", "to", "January", "2020", "." ] } ]
PMC9429973
Time to next treatment was longer in the Ibr arm compared with the Pbo arm (P < 0.001).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Time", "to", "next", "treatment", "was", "longer", "in", "the", "Ibr", "arm", "compared", "with", "the", "Pbo", "arm", "(", "P", "<", "0.001", ")", "." ] } ]
PMC10747160
For future studies, we aim to assess whether Griffithsin has any ability to prevent viral trans-infectivity by other attachment receptors that bind to sugar moieties (such as SIGLEC1 and L-SIGN) .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "future", "studies", ",", "we", "aim", "to", "assess", "whether", "Griffithsin", "has", "any", "ability", "to", "prevent", "viral", "trans-infectivity", "by", "other", "attachment", "receptors", "that", "bind", "to", "sugar", "moieties", "(", "such", "as", "SIGLEC1", "and", "L-SIGN", ")", "." ] } ]
PMC10040136
PI3K-AKT can also be activated by TGF-β and participate in cell proliferation and apoptosis regulation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PI3K-AKT", "can", "also", "be", "activated", "by", "TGF-β", "and", "participate", "in", "cell", "proliferation", "and", "apoptosis", "regulation", "." ] } ]
PMC9429973
C. Andrews, I. AlNabhani, T. Young, E. G. Atenafu, S. E. Assouline, J. M. Brandwein, S. M. Chan, S. Chow, D. Khalaf, V. Gupta, D. D. H. Kim, D. Maze, M. M. Minden, T. Murphy, D. Sanford, A. D. Schimmer, A. C. Schuh, J. Sibai, K. Yee, H. Sibai Division of Medical Haematology and Oncology, Princess Margaret Cancer Centre, Toronto; Division of Hematology, Sir Mortimer B. Davis-Jewish General Hospital, Montreal; Division of Hematology, University of Alberta, Edmonton; Odette Cancer Centre, Sunnybrook Health Science Centre, Toronto; Division of Hematology, Juravinski Cancer Centre, McMaster University, Hamilton; Hans Messner Allogeneic Blood and Marrow Transplant Program, Princess Margaret Cancer Centre, Toronto; Leukemia/Bone Marrow Transplant Program of British Columbia, University of British Columbia, Vancouver, Canada Background: CPX-351 is a liposomal formulation of daunorubicin and cytarabine in a fixed synergistic ratio of 5:1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C.", "Andrews", ",", "I.", "AlNabhani", ",", "T.", "Young", ",", "E.", "G.", "Atenafu", ",", "S.", "E.", "Assouline", ",", "J.", "M.", "Brandwein", ",", "S.", "M.", "Chan", ",", "S.", "Chow", ",", "D.", "Khalaf", ",", "V.", "Gupta", ",", "D.", "D.", "H.", "Kim", ",", "D.", "Maze", ",", "M.", "M.", "Minden", ",", "T.", "Murphy", ",", "D.", "Sanford", ",", "A.", "D.", "Schimmer", ",", "A.", "C.", "Schuh", ",", "J.", "Sibai", ",", "K.", "Yee", ",", "H.", "Sibai", "Division", "of", "Medical", "Haematology", "and", "Oncology", ",", "Princess", "Margaret", "Cancer", "Centre", ",", "Toronto", ";", "Division", "of", "Hematology", ",", "Sir", "Mortimer", "B.", "Davis-Jewish", "General", "Hospital", ",", "Montreal", ";", "Division", "of", "Hematology", ",", "University", "of", "Alberta", ",", "Edmonton", ";", "Odette", "Cancer", "Centre", ",", "Sunnybrook", "Health", "Science", "Centre", ",", "Toronto", ";", "Division", "of", "Hematology", ",", "Juravinski", "Cancer", "Centre", ",", "McMaster", "University", ",", "Hamilton", ";", "Hans", "Messner", "Allogeneic", "Blood", "and", "Marrow", "Transplant", "Program", ",", "Princess", "Margaret", "Cancer", "Centre", ",", "Toronto", ";", "Leukemia/Bone", "Marrow", "Transplant", "Program", "of", "British", "Columbia", ",", "University", "of", "British", "Columbia", ",", "Vancouver", ",", "Canada", "Background", ":", "CPX-351", "is", "a", "liposomal", "formulation", "of", "daunorubicin", "and", "cytarabine", "in", "a", "fixed", "synergistic", "ratio", "of", "5:1", "." ] } ]
PMC11708541
Al-Fakeh et al., synthesized complexes by mentioned metal salts: CoCl2·6H2O MnCl2·4H2O, CuCl2·2H2O, PdCl2 and CrCl3·6H2O with Schiff base 27 and 2-amino-4,6-dimethyl pyrimidine (ADMPY) 28, produced when benzaldehyde reacted with p-phenylenediamine and hydroxy-naphthaldehyde.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Al-Fakeh", "et", "al.", ",", "synthesized", "complexes", "by", "mentioned", "metal", "salts", ":", "CoCl2·6H2O", "MnCl2·4H2O", ",", "CuCl2·2H2O", ",", "PdCl2", "and", "CrCl3·6H2O", "with", "Schiff", "base", "27", "and", "2-amino-4,6-dimethyl", "pyrimidine", "(", "ADMPY", ")", "28", ",", "produced", "when", "benzaldehyde", "reacted", "with", "p-phenylenediamine", "and", "hydroxy-naphthaldehyde", "." ] } ]
PMC9429973
Median time between 1 and 2 ASCT was 46 mo (22-140).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Median", "time", "between", "1", "and", "2", "ASCT", "was", "46", "mo", "(", "22", "-", "140", ")", "." ] } ]
PMC10551595
CI values were calculated and showed synergistic effects between Dexa and GinA on T‐ALL cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CI", "values", "were", "calculated", "and", "showed", "synergistic", "effects", "between", "Dexa", "and", "GinA", "on", "T‐ALL", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC11653533
Besides, ethanolic extracts of F. glomerata plant have displayed hypoglycemic activity on alloxan diabetic albino rats where initial + 3 to + 4 mg/dl urine sugar level decreased to nil within 1 week with a double dose of 250 mg/kg in a day (Kar et al., 2003).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Besides", ",", "ethanolic", "extracts", "of", "F.", "glomerata", "plant", "have", "displayed", "hypoglycemic", "activity", "on", "alloxan", "diabetic", "albino", "rats", "where", "initial", "+", "3", "to", "+", "4", "mg/dl", "urine", "sugar", "level", "decreased", "to", "nil", "within", "1", "week", "with", "a", "double", "dose", "of", "250", "mg/kg", "in", "a", "day", "(", "Kar", "et", "al.", ",", "2003", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Anticoagulant therapy was conducted in all patients, 51 pts (57%) received LMWH, 37 (42%) received continuous infusion of heparin, 1 patient received NOAC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Anticoagulant", "therapy", "was", "conducted", "in", "all", "patients", ",", "51", "pts", "(", "57", "%", ")", "received", "LMWH", ",", "37", "(", "42", "%", ")", "received", "continuous", "infusion", "of", "heparin", ",", "1", "patient", "received", "NOAC", "." ] } ]
PMC8992508
ML753286 confirmed to be a selective inhibitor for BCRP, without any effect not only on P-gp, but also on organic anion transporting polypeptide and major cytochrome P450s.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ML753286", "confirmed", "to", "be", "a", "selective", "inhibitor", "for", "BCRP", ",", "without", "any", "effect", "not", "only", "on", "P-gp", ",", "but", "also", "on", "organic", "anion", "transporting", "polypeptide", "and", "major", "cytochrome", "P450s", "." ] } ]
PMC11216402
We further confirmed that the gene expression in Mes-like GC cell lines is more similar to fibroblast-derived cells than to stomach in two additional independent RNA data sets from ENCODE and TCGA-STAD (Methods) (Fig. 4B; The ENCODE Project Consortium 2012; Luo et al. 2020).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "further", "confirmed", "that", "the", "gene", "expression", "in", "Mes-like", "GC", "cell", "lines", "is", "more", "similar", "to", "fibroblast-derived", "cells", "than", "to", "stomach", "in", "two", "additional", "independent", "RNA", "data", "sets", "from", "ENCODE", "and", "TCGA-STAD", "(", "Methods", ")", "(", "Fig.", "4B", ";", "The", "ENCODE", "Project", "Consortium", "2012", ";", "Luo", "et", "al.", "2020", ")", "." ] } ]
PMC9429973
D. Zhou, X. Huang, X. Li, L. Zhu, M. Xie, X. Huang, L. Ma, X. Yang, J. Sun, L. Li, J. Zhu, X. Zheng, S. Zhao, W. Yu, W. Xie, H. Tong, J. Jin, H. Zhu, X. Ye Department of Hematology, The First Affiliated Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Hangzhou, China Background: Hemophagocytic lymphohistiocytosis (HLH) in adults is a major clinical challenge due to its rapid progress and high mortality.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D.", "Zhou", ",", "X.", "Huang", ",", "X.", "Li", ",", "L.", "Zhu", ",", "M.", "Xie", ",", "X.", "Huang", ",", "L.", "Ma", ",", "X.", "Yang", ",", "J.", "Sun", ",", "L.", "Li", ",", "J.", "Zhu", ",", "X.", "Zheng", ",", "S.", "Zhao", ",", "W.", "Yu", ",", "W.", "Xie", ",", "H.", "Tong", ",", "J.", "Jin", ",", "H.", "Zhu", ",", "X.", "Ye", "Department", "of", "Hematology", ",", "The", "First", "Affiliated", "Hospital", ",", "Zhejiang", "University", "School", "of", "Medicine", ",", "Hangzhou", ",", "China", "Background", ":", "Hemophagocytic", "lymphohistiocytosis", "(", "HLH", ")", "in", "adults", "is", "a", "major", "clinical", "challenge", "due", "to", "its", "rapid", "progress", "and", "high", "mortality", "." ] } ]
PMC11774251
RNA-seq revealed that Tan-I modulated immune pathways, keratinocyte differentiation, and barrier function.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RNA-seq", "revealed", "that", "Tan-I", "modulated", "immune", "pathways", ",", "keratinocyte", "differentiation", ",", "and", "barrier", "function", "." ] } ]
PMC11201989
Ift20, Rab8 and the BBSome regulate the import of ciliary sensory receptors .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Ift20", ",", "Rab8", "and", "the", "BBSome", "regulate", "the", "import", "of", "ciliary", "sensory", "receptors", "." ] } ]
PMC9031474
HWE derivative 73 showed robust inhibition of LNCaP prostate cancer cell growth (IC50 = 5 µM) but does not exhibit significant cytotoxicity towards PC-3, DU-145 prostate cancer cells, and normal prostate cells (RWPE-1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "HWE", "derivative", "73", "showed", "robust", "inhibition", "of", "LNCaP", "prostate", "cancer", "cell", "growth", "(", "IC50", "=", "5", "µM", ")", "but", "does", "not", "exhibit", "significant", "cytotoxicity", "towards", "PC-3", ",", "DU-145", "prostate", "cancer", "cells", ",", "and", "normal", "prostate", "cells", "(", "RWPE-1", ")", "." ] } ]
PMC11359735
The amount of H6-myo-inositol was calculated as follows: (area of m/z 305 peak/area of m/z 307 peak) x amount of D6-myo-inositol internal standard; and (area of m/z 318 peak/area of m/z 321 peak) x amount of D6-myo-inositol internal standard.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "amount", "of", "H6-myo-inositol", "was", "calculated", "as", "follows", ":", "(", "area", "of", "m/z", "305", "peak/area", "of", "m/z", "307", "peak", ")", "x", "amount", "of", "D6-myo-inositol", "internal", "standard", ";", "and", "(", "area", "of", "m/z", "318", "peak/area", "of", "m/z", "321", "peak", ")", "x", "amount", "of", "D6-myo-inositol", "internal", "standard", "." ] } ]
PMC11171319
Findings by our group and others indicated that HCMV displays oncogenic properties, in addition to the already reported oncomodulatory effect .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Findings", "by", "our", "group", "and", "others", "indicated", "that", "HCMV", "displays", "oncogenic", "properties", ",", "in", "addition", "to", "the", "already", "reported", "oncomodulatory", "effect", "." ] } ]
PMC11252553
As per the following calculation, the percentage of relative cell survival was calculated: Relative cell survival (%)=(A-sample-A-control)×100 where, A-sample was the average test optical density, and A-control was the control optical density at 570 nm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "per", "the", "following", "calculation", ",", "the", "percentage", "of", "relative", "cell", "survival", "was", "calculated", ":", "Relative", "cell", "survival", "(%)=(A-sample-A-control)", "×", "100", "where", ",", "A-sample", "was", "the", "average", "test", "optical", "density", ",", "and", "A-control", "was", "the", "control", "optical", "density", "at", "570", "nm", "." ] } ]
PMC10154881
We generated mouse cancer cell lines that expressed NECTIN4 and found that they were susceptible to rMV‐SLAMblind infection and were killed in vitro, while the tumor growth in immunocompetent mice was also suppressed well.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "generated", "mouse", "cancer", "cell", "lines", "that", "expressed", "NECTIN4", "and", "found", "that", "they", "were", "susceptible", "to", "rMV‐SLAMblind", "infection", "and", "were", "killed", "in", "vitro", ",", "while", "the", "tumor", "growth", "in", "immunocompetent", "mice", "was", "also", "suppressed", "well", "." ] } ]
PMC11755519
EVs can transport proteins, lipids, or nucleic acids to specific target cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "EVs", "can", "transport", "proteins", ",", "lipids", ",", "or", "nucleic", "acids", "to", "specific", "target", "cells", "." ] } ]
PMC11786704
RAW 264.7 cell lines, DC2.4 cell lines and NIH3T3 cell lines were obtained from the Culture Collection of the Chinese Academy of Sciences (Shanghai, China).
[ { "tags": [ "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RAW", "264.7", "cell", "lines", ",", "DC2.4", "cell", "lines", "and", "NIH3T3", "cell", "lines", "were", "obtained", "from", "the", "Culture", "Collection", "of", "the", "Chinese", "Academy", "of", "Sciences", "(", "Shanghai", ",", "China", ")", "." ] } ]
PMC7022782
Each sample was analyzed three times (n = 9) and results are expressed as mean ± standard deviation (SD).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Each", "sample", "was", "analyzed", "three", "times", "(", "n", "=", "9", ")", "and", "results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "standard", "deviation", "(", "SD", ")", "." ] } ]
PMC6889484
Target cells were infected with virus (~70 pg p24 CA/1 × 10 cells), supernatants were harvested every 2 to 3 days, and p24 CA amounts were determined by ELISA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Target", "cells", "were", "infected", "with", "virus", "(", "~70", "pg", "p24", "CA/1", "×", "10", "cells", ")", ",", "supernatants", "were", "harvested", "every", "2", "to", "3", "days", ",", "and", "p24", "CA", "amounts", "were", "determined", "by", "ELISA", "." ] } ]
PMC11674146
Meanwhile, 80% Roswell Park Memorial Institute-1640 medium and 20% heat-inactivated fetal bovine serum (12106C; Millipore Sigma, Darmstadt, Germany) were used for the culture of Burkitt lymphoma cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Meanwhile", ",", "80", "%", "Roswell", "Park", "Memorial", "Institute-1640", "medium", "and", "20", "%", "heat-inactivated", "fetal", "bovine", "serum", "(", "12106C", ";", "Millipore", "Sigma", ",", "Darmstadt", ",", "Germany", ")", "were", "used", "for", "the", "culture", "of", "Burkitt", "lymphoma", "cells", "." ] } ]
PMC11701801
Before extraction of mRNA, tumor xenograft samples were weighed and washed with PBS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Before", "extraction", "of", "mRNA", ",", "tumor", "xenograft", "samples", "were", "weighed", "and", "washed", "with", "PBS", "." ] } ]
PMC11321678
Trans‐regulator in each subgroup.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Trans‐regulator", "in", "each", "subgroup", "." ] } ]
PMC5963610
He had a history of radio/chemotherapy with Doxorubicin after surgery with no response defined clinically and by imaging studies.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "He", "had", "a", "history", "of", "radio/chemotherapy", "with", "Doxorubicin", "after", "surgery", "with", "no", "response", "defined", "clinically", "and", "by", "imaging", "studies", "." ] } ]
PMC11750696
Additionally, IRE1α engages NF-κB by interacting with TRAF2, which in turn upregulates the production of multiple cytokines and chemokines, facilitating β cell apoptosis (79).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "IRE1α", "engages", "NF-κB", "by", "interacting", "with", "TRAF2", ",", "which", "in", "turn", "upregulates", "the", "production", "of", "multiple", "cytokines", "and", "chemokines", ",", "facilitating", "β", "cell", "apoptosis", "(", "79", ")", "." ] } ]
PMC10092581
Similarly, cells treated with the gold(I) [Se(NHC)]‐based complex [AuCl] showed mitochondria with disrupted cristae and a significant increase in mitochondrial volume (swelling) with respect to control cells (Figure 5, panel B, e and f), confirming that AuCl] elicited a substantial modification of mitochondria physiology.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Similarly", ",", "cells", "treated", "with", "the", "gold(I", ")", "[Se(NHC)]‐based", "complex", "[", "AuCl", "]", "showed", "mitochondria", "with", "disrupted", "cristae", "and", "a", "significant", "increase", "in", "mitochondrial", "volume", "(", "swelling", ")", "with", "respect", "to", "control", "cells", "(", "Figure", "5", ",", "panel", "B", ",", "e", "and", "f", ")", ",", "confirming", "that", "AuCl", "]", "elicited", "a", "substantial", "modification", "of", "mitochondria", "physiology", "." ] } ]
PMC9895440
Sequencing results are deposited under GSE190246.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sequencing", "results", "are", "deposited", "under", "GSE190246", "." ] } ]
PMC11264242
A model for synergy between HDAC and FYN inhibitors in synovial sarcoma treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "model", "for", "synergy", "between", "HDAC", "and", "FYN", "inhibitors", "in", "synovial", "sarcoma", "treatment", "." ] } ]