Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC9429973
Immune response differs between risk groups favouring a pro-inflammatory profile in low risk, whereas in high-risk patients there is a trend towards immunosuppressive environment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Immune", "response", "differs", "between", "risk", "groups", "favouring", "a", "pro-inflammatory", "profile", "in", "low", "risk", ",", "whereas", "in", "high-risk", "patients", "there", "is", "a", "trend", "towards", "immunosuppressive", "environment", "." ] } ]
PMC10218459
As a control, the cells were treated with argon alone.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "a", "control", ",", "the", "cells", "were", "treated", "with", "argon", "alone", "." ] } ]
PMC11653533
F. benjamina has different medicinal potency, which is why native populations have long relied on it as a treatment for a variety of medical issues, including infections, pain, fever, hypotension, and dysentery.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F.", "benjamina", "has", "different", "medicinal", "potency", ",", "which", "is", "why", "native", "populations", "have", "long", "relied", "on", "it", "as", "a", "treatment", "for", "a", "variety", "of", "medical", "issues", ",", "including", "infections", ",", "pain", ",", "fever", ",", "hypotension", ",", "and", "dysentery", "." ] } ]
PMC11502962
Human THP-1 monocytes were kindly provided by Stem Cell Bank, Chinese Academy of Science.
[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Human", "THP-1", "monocytes", "were", "kindly", "provided", "by", "Stem", "Cell", "Bank", ",", "Chinese", "Academy", "of", "Science", "." ] } ]
PMC11451940
We also assessed the activation of executioner caspases 3/7 (see Fig. 3C), indicative of late-stage apoptosis, and the induction of autophagy (see Fig. 3D), which is considered a normal cellular response to cellular metabolic stressors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "also", "assessed", "the", "activation", "of", "executioner", "caspases", "3/7", "(", "see", "Fig.", "3C", ")", ",", "indicative", "of", "late-stage", "apoptosis", ",", "and", "the", "induction", "of", "autophagy", "(", "see", "Fig.", "3D", ")", ",", "which", "is", "considered", "a", "normal", "cellular", "response", "to", "cellular", "metabolic", "stressors", "." ] } ]
PMC6337547
The enzymes are phenylalanine ammonia-lyase (PAL; a key regulatory enzyme in plant metabolism), cinnamic acid-4-hydroxylase (C4H) and 4-coumarate: coenzyme A (CoA) ligase (a key regulatory enzyme in the phenylalanine branch), tyrosine aminotransferase (the first key enzyme and rate-limiting enzyme in the tyrosine metabolism pathway), and rosmarinic acid synthase (a key enzyme in catalytic synthesis) .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "enzymes", "are", "phenylalanine", "ammonia-lyase", "(", "PAL", ";", "a", "key", "regulatory", "enzyme", "in", "plant", "metabolism", ")", ",", "cinnamic", "acid-4-hydroxylase", "(", "C4H", ")", "and", "4-coumarate", ":", "coenzyme", "A", "(", "CoA", ")", "ligase", "(", "a", "key", "regulatory", "enzyme", "in", "the", "phenylalanine", "branch", ")", ",", "tyrosine", "aminotransferase", "(", "the", "first", "key", "enzyme", "and", "rate-limiting", "enzyme", "in", "the", "tyrosine", "metabolism", "pathway", ")", ",", "and", "rosmarinic", "acid", "synthase", "(", "a", "key", "enzyme", "in", "catalytic", "synthesis", ")", "." ] } ]
PMC10604092
A recent study showed that mice transplanted with colon 26 cells exhibited LIF-dependent muscle atrophy, despite having a substantially low blood concentration of LIF (approximately 10 pg/mL) .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "recent", "study", "showed", "that", "mice", "transplanted", "with", "colon", "26", "cells", "exhibited", "LIF-dependent", "muscle", "atrophy", ",", "despite", "having", "a", "substantially", "low", "blood", "concentration", "of", "LIF", "(", "approximately", "10", "pg/mL", ")", "." ] } ]
PMC9429973
The bone marrow and cytogenetic analyses were performed prior to enrollment and at Week 27 and 53.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "bone", "marrow", "and", "cytogenetic", "analyses", "were", "performed", "prior", "to", "enrollment", "and", "at", "Week", "27", "and", "53", "." ] } ]
PMC11802929
However, for the CDR3βmer region, a preference of sequence features was observed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "for", "the", "CDR3βmer", "region", ",", "a", "preference", "of", "sequence", "features", "was", "observed", "." ] } ]
PMC8382973
Histopathological scores of combined rectal and vaginal irritation after 14 consecutive days of rectovaginal application of fusion inhibitor microbicides in NZW rabbits of different groups. *
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Histopathological", "scores", "of", "combined", "rectal", "and", "vaginal", "irritation", "after", "14", "consecutive", "days", "of", "rectovaginal", "application", "of", "fusion", "inhibitor", "microbicides", "in", "NZW", "rabbits", "of", "different", "groups", ".", "*" ] } ]
PMC6684588
Thus, the magnitude of ACE-083 effects on isometric force generation in mdx mice were modest compared to those on muscle weight and cross-sectional area in this same model and smaller than its effects on force generation in CMT mice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "the", "magnitude", "of", "ACE-083", "effects", "on", "isometric", "force", "generation", "in", "mdx", "mice", "were", "modest", "compared", "to", "those", "on", "muscle", "weight", "and", "cross-sectional", "area", "in", "this", "same", "model", "and", "smaller", "than", "its", "effects", "on", "force", "generation", "in", "CMT", "mice", "." ] } ]
PMC7189327
Overwhelming evidence has suggested that the patched gene (PTCH) family played vital roles in BCC induction and progression .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Overwhelming", "evidence", "has", "suggested", "that", "the", "patched", "gene", "(", "PTCH", ")", "family", "played", "vital", "roles", "in", "BCC", "induction", "and", "progression", "." ] } ]
PMC11682224
CHD1L promotes the expression of PD-L1 in cutaneous squamous cell carcinoma cells in a hypoxic environment and promotes M2 polarization in TAMs through exosomes. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CHD1L", "promotes", "the", "expression", "of", "PD-L1", "in", "cutaneous", "squamous", "cell", "carcinoma", "cells", "in", "a", "hypoxic", "environment", "and", "promotes", "M2", "polarization", "in", "TAMs", "through", "exosomes", ".", "(" ] } ]
PMC10607604
However, few studies investigated the relationship between PTPN13 expression and sensitivity to platinum salts.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "few", "studies", "investigated", "the", "relationship", "between", "PTPN13", "expression", "and", "sensitivity", "to", "platinum", "salts", "." ] } ]
PMC9031474
It is demonstrated that the drimane and coloratane scaffold holds great potential as a lead structure for anticancer drug development.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "demonstrated", "that", "the", "drimane", "and", "coloratane", "scaffold", "holds", "great", "potential", "as", "a", "lead", "structure", "for", "anticancer", "drug", "development", "." ] } ]
PMC9429973
Only 2 patients in each treatment group underwent high-dose therapy followed by autologous stem-cell transplantation (ASCT).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Only", "2", "patients", "in", "each", "treatment", "group", "underwent", "high-dose", "therapy", "followed", "by", "autologous", "stem-cell", "transplantation", "(", "ASCT", ")", "." ] } ]
PMC11770199
Subsequently, the impedances were decreased with the syncytia shrinking and detachment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "the", "impedances", "were", "decreased", "with", "the", "syncytia", "shrinking", "and", "detachment", "." ] } ]
PMC10421378
To measure the distribution of subpopulations in the post-adhesion samples, the supernatant left after incubation and washing of the cells was analyzed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "measure", "the", "distribution", "of", "subpopulations", "in", "the", "post-adhesion", "samples", ",", "the", "supernatant", "left", "after", "incubation", "and", "washing", "of", "the", "cells", "was", "analyzed", "." ] } ]
PMC11666785
The technique eliminates random noise because the chance of getting the noise in the same pixel location for consecutive frames is rare.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "technique", "eliminates", "random", "noise", "because", "the", "chance", "of", "getting", "the", "noise", "in", "the", "same", "pixel", "location", "for", "consecutive", "frames", "is", "rare", "." ] } ]
PMC11615101
P ≤0.05, ** P ≤0.01, *** P ≤0.001, **** P ≤0.0001).Abbreviations: HC, healthy control; NS, non-specific Si-RNA; CIA, collagen induced arthritis; H&E, Hematoxylin and Eosin; H&E, Hematoxylin and eosin staining; ns, Non-significant.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "≤0.05", ",", "*", "*", "P", "≤0.01", ",", "*", "*", "*", "P", "≤0.001", ",", "*", "*", "*", "*", "P", "≤0.0001).Abbreviations", ":", "HC", ",", "healthy", "control", ";", "NS", ",", "non-specific", "Si-RNA", ";", "CIA", ",", "collagen", "induced", "arthritis", ";", "H&E", ",", "Hematoxylin", "and", "Eosin", ";", "H&E", ",", "Hematoxylin", "and", "eosin", "staining", ";", "ns", ",", "Non-significant", "." ] } ]
PMC11489351
Shown in gray are transcripts that are upregulated (log2FC > 0.5, FDR < 0.05) and downregulated (log2FC < −0.5, FDR < 0.5) compared to control.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Shown", "in", "gray", "are", "transcripts", "that", "are", "upregulated", "(", "log2FC", ">", "0.5", ",", "FDR", "<", "0.05", ")", "and", "downregulated", "(", "log2FC", "<", "−0.5", ",", "FDR", "<", "0.5", ")", "compared", "to", "control", "." ] } ]
PMC9895440
n = 6 mice per OTI condition, n = 4 for untreated.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "n", "=", "6", "mice", "per", "OTI", "condition", ",", "n", "=", "4", "for", "untreated", "." ] } ]
PMC11047729
In another study performed on the T-cell ALL cells (CCFR-CEM), 0.03 μg/mL was added to cells, which resulted in a decrease in the hTERT ratio by 60 and 93% at 24 and 72 h, respectively .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "another", "study", "performed", "on", "the", "T-cell", "ALL", "cells", "(", "CCFR-CEM", ")", ",", "0.03", "μg/mL", "was", "added", "to", "cells", ",", "which", "resulted", "in", "a", "decrease", "in", "the", "hTERT", "ratio", "by", "60", "and", "93", "%", "at", "24", "and", "72", "h", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11252553
treated with Taurine solvent, irradiated at 4 Gy and set for 48 hours, Group III.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "treated", "with", "Taurine", "solvent", ",", "irradiated", "at", "4", "Gy", "and", "set", "for", "48", "hours", ",", "Group", "III", "." ] } ]
PMC11138140
Compared to cells exhibiting a more compact and rounded morphology, this error would be magnified in cardiomyocytes that strongly spread over the substratum, which would lead to an underestimation of volume measurements.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Compared", "to", "cells", "exhibiting", "a", "more", "compact", "and", "rounded", "morphology", ",", "this", "error", "would", "be", "magnified", "in", "cardiomyocytes", "that", "strongly", "spread", "over", "the", "substratum", ",", "which", "would", "lead", "to", "an", "underestimation", "of", "volume", "measurements", "." ] } ]
PMC6803987
Changes of AST and ALT in duck serum were analyzed by Transaminase kits (Nanjing Jiancheng Bioengineering Research Institute, Nanjing, China).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Changes", "of", "AST", "and", "ALT", "in", "duck", "serum", "were", "analyzed", "by", "Transaminase", "kits", "(", "Nanjing", "Jiancheng", "Bioengineering", "Research", "Institute", ",", "Nanjing", ",", "China", ")", "." ] } ]
PMC9429973
C. Sartor, I. Vigliotta, V. Robustelli, G. Cristiano, J. Nanni, L. Zannoni, S. Parisi, S. Paolini, G. Marconi, G. Martinelli, A. Curti, M. Cavo, C. Terragna, C. Papayannidis Dipartimento di Medicina Specialistica, Diagnostica e Sperimentale, Istituto di Ematologia Seràgnoli; IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna, Istituto di Ematologia “Seràgnoli”, Bologna; Istituto Scientifico Romagnolo per lo Studio e la Cura dei Tumori (IRST) IRCCS, 47014, Meldola (FC), Italy Background: Despite introduction of novel agents, relapsed/refractory B-cell acute lymphoblastic leukemia (R/R B-ALL) carries dismal outcome.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C.", "Sartor", ",", "I.", "Vigliotta", ",", "V.", "Robustelli", ",", "G.", "Cristiano", ",", "J.", "Nanni", ",", "L.", "Zannoni", ",", "S.", "Parisi", ",", "S.", "Paolini", ",", "G.", "Marconi", ",", "G.", "Martinelli", ",", "A.", "Curti", ",", "M.", "Cavo", ",", "C.", "Terragna", ",", "C.", "Papayannidis", "Dipartimento", "di", "Medicina", "Specialistica", ",", "Diagnostica", "e", "Sperimentale", ",", "Istituto", "di", "Ematologia", "Seràgnoli", ";", "IRCCS", "Azienda", "Ospedaliero-Universitaria", "di", "Bologna", ",", "Istituto", "di", "Ematologia", "“", "Seràgnoli", "”", ",", "Bologna", ";", "Istituto", "Scientifico", "Romagnolo", "per", "lo", "Studio", "e", "la", "Cura", "dei", "Tumori", "(", "IRST", ")", "IRCCS", ",", "47014", ",", "Meldola", "(", "FC", ")", ",", "Italy", "Background", ":", "Despite", "introduction", "of", "novel", "agents", ",", "relapsed/refractory", "B-cell", "acute", "lymphoblastic", "leukemia", "(", "R/R", "B-ALL", ")", "carries", "dismal", "outcome", "." ] } ]
PMC10213179
Raw data can be found in Table S4.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Raw", "data", "can", "be", "found", "in", "Table", "S4", "." ] } ]
PMC10719213
Variants were detected with Lofreq* v2.1.2 as follows.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Variants", "were", "detected", "with", "Lofreq", "*", "v2.1.2", "as", "follows", "." ] } ]
PMC10040136
Further analysis revealed that the co-culture of MSC and GIST decreased IM-induced apoptosis of GIST cells (Fig. 3H, J. Treatment with IM led to a significant increase in the proportion of GIST cells in the G0/G1 phase and a decrease in the proportion of cells in the S phase, compared to the control, whereas co-culturing with MSC reversed these effects (Fig. 3I, K).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Further", "analysis", "revealed", "that", "the", "co-culture", "of", "MSC", "and", "GIST", "decreased", "IM-induced", "apoptosis", "of", "GIST", "cells", "(", "Fig.", "3H", ",", "J.", "Treatment", "with", "IM", "led", "to", "a", "significant", "increase", "in", "the", "proportion", "of", "GIST", "cells", "in", "the", "G0/G1", "phase", "and", "a", "decrease", "in", "the", "proportion", "of", "cells", "in", "the", "S", "phase", ",", "compared", "to", "the", "control", ",", "whereas", "co-culturing", "with", "MSC", "reversed", "these", "effects", "(", "Fig.", "3I", ",", "K", ")", "." ] } ]
PMC11746948
In addition, homozygous GPX4 knockout leads to embryonic lethality, and inducible inactivation of GPX4 causes acute renal failure in mice, underscoring the physiological functions of GPX4.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "homozygous", "GPX4", "knockout", "leads", "to", "embryonic", "lethality", ",", "and", "inducible", "inactivation", "of", "GPX4", "causes", "acute", "renal", "failure", "in", "mice", ",", "underscoring", "the", "physiological", "functions", "of", "GPX4", "." ] } ]
PMC4485786
This strongly suggests that the sarcoma-controlling immune response included mechanisms different from cytolysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "strongly", "suggests", "that", "the", "sarcoma-controlling", "immune", "response", "included", "mechanisms", "different", "from", "cytolysis", "." ] } ]
PMC11547917
Also, ethanol is the most commonly used solvent because of its economical and reusability value as well as low toxicity .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Also", ",", "ethanol", "is", "the", "most", "commonly", "used", "solvent", "because", "of", "its", "economical", "and", "reusability", "value", "as", "well", "as", "low", "toxicity", "." ] } ]
PMC10936243
Unfortunately, the specific details of financial costings were too vague to be further explained through the quantitative method (i.e. the questionnaire).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Unfortunately", ",", "the", "specific", "details", "of", "financial", "costings", "were", "too", "vague", "to", "be", "further", "explained", "through", "the", "quantitative", "method", "(", "i.e.", "the", "questionnaire", ")", "." ] } ]
PMC10040136
BMMSC were found to express CD73, CD90, CD105, and CD166, while lacking expression of CD34, CD45, and HLA-DR, and demonstrated potential for trilineage differentiation, as shown in Additional file 1: Fig. S2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "BMMSC", "were", "found", "to", "express", "CD73", ",", "CD90", ",", "CD105", ",", "and", "CD166", ",", "while", "lacking", "expression", "of", "CD34", ",", "CD45", ",", "and", "HLA-DR", ",", "and", "demonstrated", "potential", "for", "trilineage", "differentiation", ",", "as", "shown", "in", "Additional", "file", "1", ":", "Fig.", "S2", "." ] } ]
PMC11424574
The migrated cells were fixed and stained with Giemsa reagent (1:20) for 30 mins and then counted in 5 fields of vision under a light microscope.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "migrated", "cells", "were", "fixed", "and", "stained", "with", "Giemsa", "reagent", "(", "1:20", ")", "for", "30", "mins", "and", "then", "counted", "in", "5", "fields", "of", "vision", "under", "a", "light", "microscope", "." ] } ]
PMC10914904
The VAULT-1 locus houses three genes: vtRNA 1-1, vtRNA 1-2, and vtRNA 1-3 .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "VAULT-1", "locus", "houses", "three", "genes", ":", "vtRNA", "1", "-", "1", ",", "vtRNA", "1", "-", "2", ",", "and", "vtRNA", "1", "-", "3", "." ] } ]
PMC11055323
The enhanced onco-fusion condensates remodel H3K27ac by excluding HDACs complexes, which resulting in aberrant activation of embryonic developmental genes We show here that chromosome translocation between 18 and X leads to a fusion protein with totally different properties, leading to oncogenic transformation by 3D genomic structure modeling and excluding HDACs, thus, creating an imbalance between H3K27ac and H2AK119ub genome wide.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "enhanced", "onco-fusion", "condensates", "remodel", "H3K27ac", "by", "excluding", "HDACs", "complexes", ",", "which", "resulting", "in", "aberrant", "activation", "of", "embryonic", "developmental", "genes", "We", "show", "here", "that", "chromosome", "translocation", "between", "18", "and", "X", "leads", "to", "a", "fusion", "protein", "with", "totally", "different", "properties", ",", "leading", "to", "oncogenic", "transformation", "by", "3D", "genomic", "structure", "modeling", "and", "excluding", "HDACs", ",", "thus", ",", "creating", "an", "imbalance", "between", "H3K27ac", "and", "H2AK119ub", "genome", "wide", "." ] } ]
PMC11676674
In our research, we conducted the automated in vitro CBMN assay using advanced image analysis systems with a fluorescence microscope and the ImageStreamX Imaging flow cytometer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "our", "research", ",", "we", "conducted", "the", "automated", "in", "vitro", "CBMN", "assay", "using", "advanced", "image", "analysis", "systems", "with", "a", "fluorescence", "microscope", "and", "the", "ImageStreamX", "Imaging", "flow", "cytometer", "." ] } ]
PMC8481254
H Representative WB images of YAP, OGT, O-GlcNAc, and GAPDH in Bel-7402 and Bel-7404 cells (treated with 1–40 μM CA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H", "Representative", "WB", "images", "of", "YAP", ",", "OGT", ",", "O-GlcNAc", ",", "and", "GAPDH", "in", "Bel-7402", "and", "Bel-7404", "cells", "(", "treated", "with", "1–40", "μM", "CA", ")", "." ] } ]
PMC11300639
Considering these findings and the finding from mass spectrometry that palbociclib treatment decreased the interaction between RNF26 and TSC1 (Fig. 2a), we studied whether CDK4/6-mediated phosphorylation influenced binding between TSC1 and RNF26.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Considering", "these", "findings", "and", "the", "finding", "from", "mass", "spectrometry", "that", "palbociclib", "treatment", "decreased", "the", "interaction", "between", "RNF26", "and", "TSC1", "(", "Fig.", "2a", ")", ",", "we", "studied", "whether", "CDK4/6-mediated", "phosphorylation", "influenced", "binding", "between", "TSC1", "and", "RNF26", "." ] } ]
PMC9926039
Cell cultures were stimulated with 5, 10, and 20 μM methadone and 20 and 40 μM naloxone for 24 h. The level of TLR4 expression was determined by quantitative real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "cultures", "were", "stimulated", "with", "5", ",", "10", ",", "and", "20", "μM", "methadone", "and", "20", "and", "40", "μM", "naloxone", "for", "24", "h.", "The", "level", "of", "TLR4", "expression", "was", "determined", "by", "quantitative", "real-time", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "RT-qPCR", ")", "." ] } ]
PMC11803210
The raw FASTQ files are submitted in GEO with accession number GSE277758.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "raw", "FASTQ", "files", "are", "submitted", "in", "GEO", "with", "accession", "number", "GSE277758", "." ] } ]
PMC10114490
When evaluating a specific pathway that includes upregulated and downregulated gene sets, for example, KRAS.300_UP.V1_UP and KRAS.300_UP.V1_DN, only those with NES > 0 and NES < 0, respectively, were considered.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "When", "evaluating", "a", "specific", "pathway", "that", "includes", "upregulated", "and", "downregulated", "gene", "sets", ",", "for", "example", ",", "KRAS.300_UP.V1_UP", "and", "KRAS.300_UP.V1_DN", ",", "only", "those", "with", "NES", ">", "0", "and", "NES", "<", "0", ",", "respectively", ",", "were", "considered", "." ] } ]
PMC11592837
Prior to application of ETP or DOX (both: Merck Healthcare GmbH, Taufkirchen, Germany), cells were incubated in fresh media for 30 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Prior", "to", "application", "of", "ETP", "or", "DOX", "(", "both", ":", "Merck", "Healthcare", "GmbH", ",", "Taufkirchen", ",", "Germany", ")", ",", "cells", "were", "incubated", "in", "fresh", "media", "for", "30", "min", "." ] } ]
PMC9429973
Effectiveness endpoints were change from baseline (CFB) to 48 weeks in hemoglobin (Hb), red blood cell (RBC) transfusions, lactate dehydrogenase (LDH), absolute reticulocyte count (ARC), and % PNH Type II+III RBC clone size relative to PNH white blood cell (WBC) clone size.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Effectiveness", "endpoints", "were", "change", "from", "baseline", "(", "CFB", ")", "to", "48", "weeks", "in", "hemoglobin", "(", "Hb", ")", ",", "red", "blood", "cell", "(", "RBC", ")", "transfusions", ",", "lactate", "dehydrogenase", "(", "LDH", ")", ",", "absolute", "reticulocyte", "count", "(", "ARC", ")", ",", "and", "%", "PNH", "Type", "II+III", "RBC", "clone", "size", "relative", "to", "PNH", "white", "blood", "cell", "(", "WBC", ")", "clone", "size", "." ] } ]
PMC9429973
Eight patients have died: 5 due to progression, and the 3 due to complications in the absence of relapse or refractory disease: pneumonia, sepsis and pulmonary embolism.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Eight", "patients", "have", "died", ":", "5", "due", "to", "progression", ",", "and", "the", "3", "due", "to", "complications", "in", "the", "absence", "of", "relapse", "or", "refractory", "disease", ":", "pneumonia", ",", "sepsis", "and", "pulmonary", "embolism", "." ] } ]
PMC11640476
After each incubation, resazurin WS was removed from the well for FI measurement, and scaffolds were washed twice with 1× PBS before the addition of complete DMEM (10% FBS).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "each", "incubation", ",", "resazurin", "WS", "was", "removed", "from", "the", "well", "for", "FI", "measurement", ",", "and", "scaffolds", "were", "washed", "twice", "with", "1", "×", "PBS", "before", "the", "addition", "of", "complete", "DMEM", "(", "10", "%", "FBS", ")", "." ] } ]
PMC11806182
Survival analysis was conducted on the genes with high connectivity to assess their prognostic value by KM plotter web tool.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Survival", "analysis", "was", "conducted", "on", "the", "genes", "with", "high", "connectivity", "to", "assess", "their", "prognostic", "value", "by", "KM", "plotter", "web", "tool", "." ] } ]
PMC11763111
In contrast, treatment with 4KO CAR-T and 4KO-LLT1 CAR-T cells in humanized mice mitigated these inflammatory responses, which may be attributed to the deletion of TCR and HLA genes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "treatment", "with", "4KO", "CAR-T", "and", "4KO-LLT1", "CAR-T", "cells", "in", "humanized", "mice", "mitigated", "these", "inflammatory", "responses", ",", "which", "may", "be", "attributed", "to", "the", "deletion", "of", "TCR", "and", "HLA", "genes", "." ] } ]
PMC11802929
Red or blue means higher abundancy at acute or post-acute timepoint, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Red", "or", "blue", "means", "higher", "abundancy", "at", "acute", "or", "post-acute", "timepoint", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC8193046
Table 1The determined IC50 values of compounds that resulted in an inhibition level of ≥20% [+ standard error or the mean (SEM)] in the preliminary screening (Fig. 7 A–C) determined in calcein AM (ABCB1 and ABCC1) and pheophorbide A (ABCG2) assays, respectively, applying ABCB1-overexpressing A2780/ADR, ABCC1-overexpressing H69AR, and ABCG2-overexpressing MDCK II BCRP cells, respectively, as described earlier , , , , .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Table", "1The", "determined", "IC50", "values", "of", "compounds", "that", "resulted", "in", "an", "inhibition", "level", "of", "≥20", "%", "[", "+", "standard", "error", "or", "the", "mean", "(", "SEM", ")", "]", "in", "the", "preliminary", "screening", "(", "Fig.", "7", "A", "–", "C", ")", "determined", "in", "calcein", "AM", "(", "ABCB1", "and", "ABCC1", ")", "and", "pheophorbide", "A", "(", "ABCG2", ")", "assays", ",", "respectively", ",", "applying", "ABCB1-overexpressing", "A2780/ADR", ",", "ABCC1-overexpressing", "H69AR", ",", "and", "ABCG2-overexpressing", "MDCK", "II", "BCRP", "cells", ",", "respectively", ",", "as", "described", "earlier", ",", ",", ",", ",", "." ] } ]
PMC9429973
Relapse after vaccination, defined as progressive and substantial decline in blood counts, was noted in 3 (6%) cases.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Relapse", "after", "vaccination", ",", "defined", "as", "progressive", "and", "substantial", "decline", "in", "blood", "counts", ",", "was", "noted", "in", "3", "(", "6", "%", ")", "cases", "." ] } ]
PMC10958426
Wilcoxon signed rank test were performed to examine whether the number of detected genes is significantly different between cancer cells and epithelial cells. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Wilcoxon", "signed", "rank", "test", "were", "performed", "to", "examine", "whether", "the", "number", "of", "detected", "genes", "is", "significantly", "different", "between", "cancer", "cells", "and", "epithelial", "cells", ".", "(" ] } ]
PMC10940855
For one-way and two-way ANOVA analyses, P values were based on multiple test corrections.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "one-way", "and", "two-way", "ANOVA", "analyses", ",", "P", "values", "were", "based", "on", "multiple", "test", "corrections", "." ] } ]
PMC11740573
Wells A1, D1 and G1 show negative controls (natural, blue/purple color of resazurin is reduced to red-colorless indicating bacterial growth inside wells).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Wells", "A1", ",", "D1", "and", "G1", "show", "negative", "controls", "(", "natural", ",", "blue/purple", "color", "of", "resazurin", "is", "reduced", "to", "red-colorless", "indicating", "bacterial", "growth", "inside", "wells", ")", "." ] } ]
PMC11352746
Live-cell imaging has proven to be a game-changer in our quest to unravel the mysteries of cellular life .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Live-cell", "imaging", "has", "proven", "to", "be", "a", "game-changer", "in", "our", "quest", "to", "unravel", "the", "mysteries", "of", "cellular", "life", "." ] } ]
PMC11476106
Finally, we assessed potential applications of these HG models for future research.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "we", "assessed", "potential", "applications", "of", "these", "HG", "models", "for", "future", "research", "." ] } ]
PMC11488203
While taxol treatment even enhanced the SDF-1 expression in MSC, the derived EV/exosome-associated SDF-1 may also contribute at least partially to the activation of the CXCR4 and/or CXCR7 receptors on target cells of several tumor populations.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "taxol", "treatment", "even", "enhanced", "the", "SDF-1", "expression", "in", "MSC", ",", "the", "derived", "EV/exosome-associated", "SDF-1", "may", "also", "contribute", "at", "least", "partially", "to", "the", "activation", "of", "the", "CXCR4", "and/or", "CXCR7", "receptors", "on", "target", "cells", "of", "several", "tumor", "populations", "." ] } ]
PMC11155445
All compounds showed good activity with LC50 values ranging from 0.26 to 59.89 mg L. Insecticidal activity was dose-dependent and exhibited 100% mortality at 100 mg L and 80% mortality was shown by half of the compounds at 10 mg L. From SAR study and structure optimization, a new compound (160.32) was designed and synthesized which was found more potent against P. xylostella having an LC50 value of 0.26 mg L and was better insecticidal agent than standard Ethiprole (LC50 = 3.81 mg L), Avermectin (LC50 = 12.32 mg L), and compounds (160.1–160.31) (Fig. 86).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "compounds", "showed", "good", "activity", "with", "LC50", "values", "ranging", "from", "0.26", "to", "59.89", "mg", "L.", "Insecticidal", "activity", "was", "dose-dependent", "and", "exhibited", "100", "%", "mortality", "at", "100", "mg", "L", "and", "80", "%", "mortality", "was", "shown", "by", "half", "of", "the", "compounds", "at", "10", "mg", "L.", "From", "SAR", "study", "and", "structure", "optimization", ",", "a", "new", "compound", "(", "160.32", ")", "was", "designed", "and", "synthesized", "which", "was", "found", "more", "potent", "against", "P.", "xylostella", "having", "an", "LC50", "value", "of", "0.26", "mg", "L", "and", "was", "better", "insecticidal", "agent", "than", "standard", "Ethiprole", "(", "LC50", "=", "3.81", "mg", "L", ")", ",", "Avermectin", "(", "LC50", "=", "12.32", "mg", "L", ")", ",", "and", "compounds", "(", "160.1–160.31", ")", "(", "Fig.", "86", ")", "." ] } ]
PMC11394386
Subsequently, we determined the half-maximal inhibitory concentration (IC50) of BKM120 and confirmed its efficacy in both cell lines through Western blotting, luciferase assays for HIF1α activity, and qPCR analysis of Glut1 and Hexokinase 2 (HK2) (Figure 2A,B, Supplementary Figure S2A,B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "we", "determined", "the", "half-maximal", "inhibitory", "concentration", "(", "IC50", ")", "of", "BKM120", "and", "confirmed", "its", "efficacy", "in", "both", "cell", "lines", "through", "Western", "blotting", ",", "luciferase", "assays", "for", "HIF1α", "activity", ",", "and", "qPCR", "analysis", "of", "Glut1", "and", "Hexokinase", "2", "(", "HK2", ")", "(", "Figure", "2A", ",", "B", ",", "Supplementary", "Figure", "S2A", ",", "B", ")", "." ] } ]
PMC11301095
Cardiac examination revealed strong, regular heart sounds without murmurs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cardiac", "examination", "revealed", "strong", ",", "regular", "heart", "sounds", "without", "murmurs", "." ] } ]
PMC11727638
Two-dimensional (2D) models of lymphoma-derived B cells have been used to elucidate their cellular function in hematology/oncology and for drug screening in new drug development .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Two-dimensional", "(", "2D", ")", "models", "of", "lymphoma-derived", "B", "cells", "have", "been", "used", "to", "elucidate", "their", "cellular", "function", "in", "hematology/oncology", "and", "for", "drug", "screening", "in", "new", "drug", "development", "." ] } ]
PMC11803918
Rag2γc mice were maintained in the Laboratory Animal Unit of the University of Hong Kong.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Rag2γc", "mice", "were", "maintained", "in", "the", "Laboratory", "Animal", "Unit", "of", "the", "University", "of", "Hong", "Kong", "." ] } ]
PMC11617590
Annexin V, 36‐kDa calcium‐binding protein, can be used to detect phosphatidylserine (PS) that is exposed on the outside of apoptotic cells .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Annexin", "V", ",", "36‐kDa", "calcium‐binding", "protein", ",", "can", "be", "used", "to", "detect", "phosphatidylserine", "(", "PS", ")", "that", "is", "exposed", "on", "the", "outside", "of", "apoptotic", "cells", "." ] } ]
PMC11457557
Surprisingly, neither SNP was associated with non-cardiovascular or cardiovascular mortality in people on conventional glycemic control therapy .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Surprisingly", ",", "neither", "SNP", "was", "associated", "with", "non-cardiovascular", "or", "cardiovascular", "mortality", "in", "people", "on", "conventional", "glycemic", "control", "therapy", "." ] } ]
PMC10728200
To clarify the relationship between IM and ferroptosis, we first investigated changes in the morphological characteristics of GIST cells after IM treatment by transmission electron microscopy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "clarify", "the", "relationship", "between", "IM", "and", "ferroptosis", ",", "we", "first", "investigated", "changes", "in", "the", "morphological", "characteristics", "of", "GIST", "cells", "after", "IM", "treatment", "by", "transmission", "electron", "microscopy", "." ] } ]
PMC11676670
Cells were seeded onto a 96-well plate at a density of 3500 cells/well for OVAR79 and OVCAR3, and 4000 cells/well for SKOV3, and incubated overnight at 37 °C and 5% CO2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "seeded", "onto", "a", "96-well", "plate", "at", "a", "density", "of", "3500", "cells/well", "for", "OVAR79", "and", "OVCAR3", ",", "and", "4000", "cells/well", "for", "SKOV3", ",", "and", "incubated", "overnight", "at", "37", "°", "C", "and", "5", "%", "CO2", "." ] } ]
PMC11300639
c–j 786-O and A498 cells were infected with indicates shRNAs for 72 h. Cells were harvested for transwell, colony formation, tube formation, CCK-8 and nude mouse xenograft assay.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "c", "–", "j", "786-O", "and", "A498", "cells", "were", "infected", "with", "indicates", "shRNAs", "for", "72", "h.", "Cells", "were", "harvested", "for", "transwell", ",", "colony", "formation", ",", "tube", "formation", ",", "CCK-8", "and", "nude", "mouse", "xenograft", "assay", "." ] } ]
PMC9479186
IPVH00010, Millipore) at 4°C, 300 mA for 2.5 h, and blocked with 5% non-fat milk for 1 h. Then, the membranes were subsequently incubated with the primary anti-NDUFC1 (Invitrogen, 1:1000 dilution) or GAPDH (Bioworld, 1:3000 dilution) and peroxidase-conjugated second antibody (Beyotime, Shanghai, 1:3000 dilution).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IPVH00010", ",", "Millipore", ")", "at", "4", "°", "C", ",", "300", "mA", "for", "2.5", "h", ",", "and", "blocked", "with", "5", "%", "non-fat", "milk", "for", "1", "h.", "Then", ",", "the", "membranes", "were", "subsequently", "incubated", "with", "the", "primary", "anti-NDUFC1", "(", "Invitrogen", ",", "1:1000", "dilution", ")", "or", "GAPDH", "(", "Bioworld", ",", "1:3000", "dilution", ")", "and", "peroxidase-conjugated", "second", "antibody", "(", "Beyotime", ",", "Shanghai", ",", "1:3000", "dilution", ")", "." ] } ]
PMC11001582
Gene expression was determined by quantitative real-time PCR using QuantStudio 6 Flex Real-Time PCR System (Applied Biosystems).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Gene", "expression", "was", "determined", "by", "quantitative", "real-time", "PCR", "using", "QuantStudio", "6", "Flex", "Real-Time", "PCR", "System", "(", "Applied", "Biosystems", ")", "." ] } ]
PMC7039683
We used 19 bp sequences centered on the SNP1 and SNP2, with risk or non-risk alleles of these SNPs, as input to JASPAR (http://jaspar.genereg.net) (Fornes et al., 2019).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "used", "19", "bp", "sequences", "centered", "on", "the", "SNP1", "and", "SNP2", ",", "with", "risk", "or", "non-risk", "alleles", "of", "these", "SNPs", ",", "as", "input", "to", "JASPAR", "(", "http://jaspar.genereg.net", ")", "(", "Fornes", "et", "al.", ",", "2019", ")", "." ] } ]
PMC11795610
The skin serves as the primary defensive barrier of the human body against external stimuli and damage.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "skin", "serves", "as", "the", "primary", "defensive", "barrier", "of", "the", "human", "body", "against", "external", "stimuli", "and", "damage", "." ] } ]
PMC11640419
JNKs activate apoptotic signaling pathways by upregulating pro-apoptotic genes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "JNKs", "activate", "apoptotic", "signaling", "pathways", "by", "upregulating", "pro-apoptotic", "genes", "." ] } ]
PMC11708541
Mepyramine 14 is an antihistamine that is used to treat allergy symptoms, hypersensitivity responses, and urticaria.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mepyramine", "14", "is", "an", "antihistamine", "that", "is", "used", "to", "treat", "allergy", "symptoms", ",", "hypersensitivity", "responses", ",", "and", "urticaria", "." ] } ]
PMC9429973
Therapy was started in all the patients according to their risk score with hydroxyurea or aspirin as the standard of care.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therapy", "was", "started", "in", "all", "the", "patients", "according", "to", "their", "risk", "score", "with", "hydroxyurea", "or", "aspirin", "as", "the", "standard", "of", "care", "." ] } ]
PMC11752767
DCs stimulate NK and T cells via membrane-bound IL-15 (mbIL-15) and 4-1BBL expression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "DCs", "stimulate", "NK", "and", "T", "cells", "via", "membrane-bound", "IL-15", "(", "mbIL-15", ")", "and", "4", "-", "1BBL", "expression", "." ] } ]
PMC4369959
Another study showed that 6-gingerol regulates tight junction-related proteins and suppresses invasion and metastasis of pancreatic cancer cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Another", "study", "showed", "that", "6-gingerol", "regulates", "tight", "junction-related", "proteins", "and", "suppresses", "invasion", "and", "metastasis", "of", "pancreatic", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC10788478
The Ki‐67 labeling index was higher in lung adenocarcinomas with low LGR6 expression (N = 72) compared to that in those with high LGR6 expression (N = 29). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "Ki‐67", "labeling", "index", "was", "higher", "in", "lung", "adenocarcinomas", "with", "low", "LGR6", "expression", "(", "N", "=", "72", ")", "compared", "to", "that", "in", "those", "with", "high", "LGR6", "expression", "(", "N", "=", "29", ")", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
The levels of mitochondrial division and apoptosis of AML cells increased after exposure to ZnO NPs, indicating the activation of apoptosis pathway induced by ZnO NPs in human AML cells may be related to mitochondrial division.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "levels", "of", "mitochondrial", "division", "and", "apoptosis", "of", "AML", "cells", "increased", "after", "exposure", "to", "ZnO", "NPs", ",", "indicating", "the", "activation", "of", "apoptosis", "pathway", "induced", "by", "ZnO", "NPs", "in", "human", "AML", "cells", "may", "be", "related", "to", "mitochondrial", "division", "." ] } ]
PMC11634027
Deletion of the B, E, or F motifs has essentially no effect.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Deletion", "of", "the", "B", ",", "E", ",", "or", "F", "motifs", "has", "essentially", "no", "effect", "." ] } ]
PMC10998613
The expression levels of each exogenous receptor population were quantified from the PIE-FCCS data: 1,572 ± 452 molecules/µm in COS-7 cells compared to 983 ± 511 molecules/µm in MDA-MB-231 (SI Appendix, Table S1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "levels", "of", "each", "exogenous", "receptor", "population", "were", "quantified", "from", "the", "PIE-FCCS", "data", ":", "1,572", "±", "452", "molecules/µm", "in", "COS-7", "cells", "compared", "to", "983", "±", "511", "molecules/µm", "in", "MDA-MB-231", "(", "SI", "Appendix", ",", "Table", "S1", ")", "." ] } ]
PMC10165258
In contrast with the previous measurements, the viability of spheroids grown in a smaller droplet volume (45 nL) is very low even at day 1, as shown in Figure S1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", "with", "the", "previous", "measurements", ",", "the", "viability", "of", "spheroids", "grown", "in", "a", "smaller", "droplet", "volume", "(", "45", "nL", ")", "is", "very", "low", "even", "at", "day", "1", ",", "as", "shown", "in", "Figure", "S1", "." ] } ]
PMC11025866
HDAC inhibition does not appear to be a requirement for EBV reactivation since the DNA methyltransferase inhibitor azacytidine, protein kinases C agonist phorbol esters, and anti-immunoglobulins that lack HDAC inhibitory properties also induce the lytic cycle.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HDAC", "inhibition", "does", "not", "appear", "to", "be", "a", "requirement", "for", "EBV", "reactivation", "since", "the", "DNA", "methyltransferase", "inhibitor", "azacytidine", ",", "protein", "kinases", "C", "agonist", "phorbol", "esters", ",", "and", "anti-immunoglobulins", "that", "lack", "HDAC", "inhibitory", "properties", "also", "induce", "the", "lytic", "cycle", "." ] } ]
PMC11643361
Beyond copper, zinc–scorpionate complexes (20–22, Figure 3) bearing tris-(2-pyridyl)-(pyrazol-1-yl)borate ligands have also been found to display IC50 values roughly half of those of cisplatin against triple-negative breast cancer lines MDA-MB-231, MDA-MB-468, HCC1937, and Hs578T .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Beyond", "copper", ",", "zinc", "–", "scorpionate", "complexes", "(", "20–22", ",", "Figure", "3", ")", "bearing", "tris-(2-pyridyl)-(pyrazol-1-yl)borate", "ligands", "have", "also", "been", "found", "to", "display", "IC50", "values", "roughly", "half", "of", "those", "of", "cisplatin", "against", "triple-negative", "breast", "cancer", "lines", "MDA-MB-231", ",", "MDA-MB-468", ",", "HCC1937", ",", "and", "Hs578", "T", "." ] } ]
PMC9429973
A poor performans status≥2 was found in 30% of the cases.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "poor", "performans", "status≥2", "was", "found", "in", "30", "%", "of", "the", "cases", "." ] } ]
PMC11507371
Remarkably, unstimulated HaCaT cells also showed a significantly higher SLC7A11 expression (~2-fold) compared to more sensitive A431 in our experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Remarkably", ",", "unstimulated", "HaCaT", "cells", "also", "showed", "a", "significantly", "higher", "SLC7A11", "expression", "(", "~2-fold", ")", "compared", "to", "more", "sensitive", "A431", "in", "our", "experiments", "." ] } ]
PMC11594074
Post-treatment with DMSO or 0.5 × IC50, 1 × IC50, or 2 × IC50 of compound 4, the localization and expression of Ki-67 within the cell was investigated, using DAPI staining as a point of reference.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Post-treatment", "with", "DMSO", "or", "0.5", "×", "IC50", ",", "1", "×", "IC50", ",", "or", "2", "×", "IC50", "of", "compound", "4", ",", "the", "localization", "and", "expression", "of", "Ki-67", "within", "the", "cell", "was", "investigated", ",", "using", "DAPI", "staining", "as", "a", "point", "of", "reference", "." ] } ]
PMC11200978
Antibodies of interest, MLKL (CST#14993, 1:50); Phospho-MLKL (CST#91689, 1:20); RIP3 (CST#13526, 1:20); and Phospho-RIP3 (CST#93654, 1:20), were multiplexed with vinculin (CST#4650, 1:100) for normalization and quantification.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Antibodies", "of", "interest", ",", "MLKL", "(", "CST#14993", ",", "1:50", ")", ";", "Phospho-MLKL", "(", "CST#91689", ",", "1:20", ")", ";", "RIP3", "(", "CST#13526", ",", "1:20", ")", ";", "and", "Phospho-RIP3", "(", "CST#93654", ",", "1:20", ")", ",", "were", "multiplexed", "with", "vinculin", "(", "CST#4650", ",", "1:100", ")", "for", "normalization", "and", "quantification", "." ] } ]
PMC11519077
AD-CM group (treatment of IL-1β-induced Caco-2 cells with CM of adipose-derived stem cells) 7.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AD-CM", "group", "(", "treatment", "of", "IL-1β-induced", "Caco-2", "cells", "with", "CM", "of", "adipose-derived", "stem", "cells", ")", "7", "." ] } ]
PMC11792090
Test ligands were subsequently added to these matrix plates and incubated with the membrane protein-expressing HEK-293T cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Test", "ligands", "were", "subsequently", "added", "to", "these", "matrix", "plates", "and", "incubated", "with", "the", "membrane", "protein-expressing", "HEK-293", "T", "cells", "." ] } ]
PMC10847511
Here, we examine the association between HRD status and in vitro drug sensitivity to these agents in the CCLE and the CLP datasets, demonstrating significant differences from that in clinical tumors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Here", ",", "we", "examine", "the", "association", "between", "HRD", "status", "and", "in", "vitro", "drug", "sensitivity", "to", "these", "agents", "in", "the", "CCLE", "and", "the", "CLP", "datasets", ",", "demonstrating", "significant", "differences", "from", "that", "in", "clinical", "tumors", "." ] } ]
PMC11772449
If not specified, repeat at least 3 times independently.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "If", "not", "specified", ",", "repeat", "at", "least", "3", "times", "independently", "." ] } ]
PMC6835428
By in vitro test, the authors also showed that the particles did not stimulate the innate immune system.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "in", "vitro", "test", ",", "the", "authors", "also", "showed", "that", "the", "particles", "did", "not", "stimulate", "the", "innate", "immune", "system", "." ] } ]
PMC11352746
Upon excitation, these fluorophores, attached to proteins or other targets of interest, emit light, thereby revealing their spatial distribution and locomotion within the cell.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Upon", "excitation", ",", "these", "fluorophores", ",", "attached", "to", "proteins", "or", "other", "targets", "of", "interest", ",", "emit", "light", ",", "thereby", "revealing", "their", "spatial", "distribution", "and", "locomotion", "within", "the", "cell", "." ] } ]
PMC11791203
The panels show: (A-I) HT29 DMSO control, stained with AO; (A-II) HT29 DMSO control, stained with EB; (A-III) HT29 DMSO control, overlay of AO and EB; (B-I) HT29 treated with 31.30 µg/mL extract, stained with AO; (B-II) HT29 treated with 31.30 µg/mL extract, stained with EB; (B-III) HT29 treated with 31.30 µg/mL extract, overlay of AO and EB; (C-I) HT29 treated with 100 µg/mL extract, stained with AO; (C-II) HT29 treated with 100 µg/mL extract, stained with EB; and (C-III) HT29 treated with 100 µg/mL extract, overlay of AO and EB.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "panels", "show", ":", "(", "A-I", ")", "HT29", "DMSO", "control", ",", "stained", "with", "AO", ";", "(", "A-II", ")", "HT29", "DMSO", "control", ",", "stained", "with", "EB", ";", "(", "A-III", ")", "HT29", "DMSO", "control", ",", "overlay", "of", "AO", "and", "EB", ";", "(", "B-I", ")", "HT29", "treated", "with", "31.30", "µg/mL", "extract", ",", "stained", "with", "AO", ";", "(", "B-II", ")", "HT29", "treated", "with", "31.30", "µg/mL", "extract", ",", "stained", "with", "EB", ";", "(", "B-III", ")", "HT29", "treated", "with", "31.30", "µg/mL", "extract", ",", "overlay", "of", "AO", "and", "EB", ";", "(", "C-I", ")", "HT29", "treated", "with", "100", "µg/mL", "extract", ",", "stained", "with", "AO", ";", "(", "C-II", ")", "HT29", "treated", "with", "100", "µg/mL", "extract", ",", "stained", "with", "EB", ";", "and", "(", "C-III", ")", "HT29", "treated", "with", "100", "µg/mL", "extract", ",", "overlay", "of", "AO", "and", "EB", "." ] } ]
PMC11799978
Increasing the pH reverses the phenotypic features of myCAFs and iCAFs back to the quiescent fibroblast state, with reduced production of ECM proteins.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Increasing", "the", "pH", "reverses", "the", "phenotypic", "features", "of", "myCAFs", "and", "iCAFs", "back", "to", "the", "quiescent", "fibroblast", "state", ",", "with", "reduced", "production", "of", "ECM", "proteins", "." ] } ]
PMC11487720
WWOXf cell lines were: 1) African green monkey SV40-transfected kidney COS7 fibroblasts, 2) mouse tumor necrosis factor (TNF)-sensitive L929S fibrosarcoma cells, 3) human colon cancer HCT116 cells, 4) human prostate cancer DU145 cells, 5) human breast MCF7 adenocarcinoma cells , 6) human oral squamous cell carcinoma SCC9 and SCC15 cells, and 7) wild type Wwox MEF cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "WWOXf", "cell", "lines", "were", ":", "1", ")", "African", "green", "monkey", "SV40-transfected", "kidney", "COS7", "fibroblasts", ",", "2", ")", "mouse", "tumor", "necrosis", "factor", "(TNF)-sensitive", "L929S", "fibrosarcoma", "cells", ",", "3", ")", "human", "colon", "cancer", "HCT116", "cells", ",", "4", ")", "human", "prostate", "cancer", "DU145", "cells", ",", "5", ")", "human", "breast", "MCF7", "adenocarcinoma", "cells", ",", "6", ")", "human", "oral", "squamous", "cell", "carcinoma", "SCC9", "and", "SCC15", "cells", ",", "and", "7", ")", "wild", "type", "Wwox", "MEF", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
Mixed lymphocyte reaction assays were performed to look at the impact of γc cytokine signaling blockade on activation/proliferation of human T cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mixed", "lymphocyte", "reaction", "assays", "were", "performed", "to", "look", "at", "the", "impact", "of", "γc", "cytokine", "signaling", "blockade", "on", "activation/proliferation", "of", "human", "T", "cells", "." ] } ]
PMC2614415
Heat map image of Z-score normalized microarray expression data from Affymetrix U95A gene chips.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Heat", "map", "image", "of", "Z-score", "normalized", "microarray", "expression", "data", "from", "Affymetrix", "U95A", "gene", "chips", "." ] } ]