Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC10873328
OC cells were cultured under hypoxia or transfected with HIF-1α or HIF-2α plasmids, and the transcription levels of TGFBI were assessed by quantitative PCR.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "OC", "cells", "were", "cultured", "under", "hypoxia", "or", "transfected", "with", "HIF-1α", "or", "HIF-2α", "plasmids", ",", "and", "the", "transcription", "levels", "of", "TGFBI", "were", "assessed", "by", "quantitative", "PCR", "." ] } ]
PMC9429973
With median follow-up of 4.7 months (range, 1.6-7.6), 4 pts remain alive in CR/CRp and 1 pt [complex CN, del 17p, TP53 mutant (VAF: 90%)] relapsed after 2 cycles of therapy with no response to salvage decitabine (DAC) plus VEN and died due to progressive disease (PD).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "median", "follow-up", "of", "4.7", "months", "(", "range", ",", "1.6", "-", "7.6", ")", ",", "4", "pts", "remain", "alive", "in", "CR/CRp", "and", "1", "pt", "[", "complex", "CN", ",", "del", "17p", ",", "TP53", "mutant", "(", "VAF", ":", "90", "%", ")", "]", "relapsed", "after", "2", "cycles", "of", "therapy", "with", "no", "response", "to", "salvage", "decitabine", "(", "DAC", ")", "plus", "VEN", "and", "died", "due", "to", "progressive", "disease", "(", "PD", ")", "." ] } ]
PMC11607638
Mosquito heads were excised after cold anesthesia and used for RNA extraction and cDNA synthesis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mosquito", "heads", "were", "excised", "after", "cold", "anesthesia", "and", "used", "for", "RNA", "extraction", "and", "cDNA", "synthesis", "." ] } ]
PMC11536589
AspC1-MR siNC was as the control cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AspC1-MR", "siNC", "was", "as", "the", "control", "cells", "." ] } ]
PMC9219615
Three independent measurements were analyzed for each experimental and control treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Three", "independent", "measurements", "were", "analyzed", "for", "each", "experimental", "and", "control", "treatment", "." ] } ]
PMC10317042
P < 0.05; **, P < 0.01 (Student t test).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "<", "0.05", ";", "*", "*", ",", "P", "<", "0.01", "(", "Student", "t", "test", ")", "." ] } ]
PMC9429973
The study was reviewed and approved by each Medical Center Institutional Review Board.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "study", "was", "reviewed", "and", "approved", "by", "each", "Medical", "Center", "Institutional", "Review", "Board", "." ] } ]
PMC11634794
Kaplan-Meier curve analysis was applied to investigate the relationship between LAMP1 expression level and overall survival as well as progression-free survival among ccRCC patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Kaplan-Meier", "curve", "analysis", "was", "applied", "to", "investigate", "the", "relationship", "between", "LAMP1", "expression", "level", "and", "overall", "survival", "as", "well", "as", "progression-free", "survival", "among", "ccRCC", "patients", "." ] } ]
PMC11782508
Lane 2: Periplasmic extract from isolate 105 showing a dark blue color indicative of azurin production after 24 h of incubation. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lane", "2", ":", "Periplasmic", "extract", "from", "isolate", "105", "showing", "a", "dark", "blue", "color", "indicative", "of", "azurin", "production", "after", "24", "h", "of", "incubation", ".", "(" ] } ]
PMC11682525
Migration of stem cells from the hair follicles B and C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Migration", "of", "stem", "cells", "from", "the", "hair", "follicles", "B", "and", "C", ")", "." ] } ]
PMC11470999
Additionally, we purified the recombinant CIP2A protein (Figure S3) performed isothermal titration calorimetry assay to determine whether PF directly interacts with CIP2A.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "we", "purified", "the", "recombinant", "CIP2A", "protein", "(", "Figure", "S3", ")", "performed", "isothermal", "titration", "calorimetry", "assay", "to", "determine", "whether", "PF", "directly", "interacts", "with", "CIP2A", "." ] } ]
PMC9429973
Eighteen (27%) patients underwent hematopoietic stem cell transplantation, most often due to insufficient response to treatment with granulocyte-colony stimulating factor.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Eighteen", "(", "27", "%", ")", "patients", "underwent", "hematopoietic", "stem", "cell", "transplantation", ",", "most", "often", "due", "to", "insufficient", "response", "to", "treatment", "with", "granulocyte-colony", "stimulating", "factor", "." ] } ]
PMC11704834
no. 4850T) was purchased from Cell Signaling Technology, Inc. The mouse monoclonal anti-myc (1:1,000; cat.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "no.", "4850", "T", ")", "was", "purchased", "from", "Cell", "Signaling", "Technology", ",", "Inc.", "The", "mouse", "monoclonal", "anti-myc", "(", "1:1,000", ";", "cat", "." ] } ]
PMC8524093
In invertebrate hosts, several tissues are susceptible to CHIKV and infection occurs very quickly.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "invertebrate", "hosts", ",", "several", "tissues", "are", "susceptible", "to", "CHIKV", "and", "infection", "occurs", "very", "quickly", "." ] } ]
PMC11365427
To further investigate whether ATF3 can directly activate DR5 transcription, we constructed dual-luciferase reporter gene plasmids with a DR5 promoter containing ATF3 binding sites and mutated ATF3 binding sites.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "further", "investigate", "whether", "ATF3", "can", "directly", "activate", "DR5", "transcription", ",", "we", "constructed", "dual-luciferase", "reporter", "gene", "plasmids", "with", "a", "DR5", "promoter", "containing", "ATF3", "binding", "sites", "and", "mutated", "ATF3", "binding", "sites", "." ] } ]
PMC11694066
The medium was refreshed every week by aspirating and adding 50 μL of complete organoid medium in each well, and the organoids were passaged every 3 to 4 weeks.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "medium", "was", "refreshed", "every", "week", "by", "aspirating", "and", "adding", "50", "μL", "of", "complete", "organoid", "medium", "in", "each", "well", ",", "and", "the", "organoids", "were", "passaged", "every", "3", "to", "4", "weeks", "." ] } ]
PMC8041314
Cyclosporine A (10 μM; ABCB1 and ABCC1) and compound 34 (10 μM; ABCG2) were used as a reference for 100% inhibition, and buffer medium represented 0%.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cyclosporine", "A", "(", "10", "μM", ";", "ABCB1", "and", "ABCC1", ")", "and", "compound", "34", "(", "10", "μM", ";", "ABCG2", ")", "were", "used", "as", "a", "reference", "for", "100", "%", "inhibition", ",", "and", "buffer", "medium", "represented", "0", "%", "." ] } ]
PMC11095939
p<0.05; **p<0.01; ***p<0.001; ****p<0.0001 by one-way ANOVA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p<0.05", ";", "*", "*", "p<0.01", ";", "*", "*", "*", "p<0.001", ";", "*", "*", "*", "*", "p<0.0001", "by", "one-way", "ANOVA", "." ] } ]
PMC11322866
A CI>1 indicated antagonism between GSK126 and AG126. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "CI>1", "indicated", "antagonism", "between", "GSK126", "and", "AG126", ".", "(" ] } ]
PMC10743717
A dramatic increase of the protein surface would need a supply of much energy and such a high energy status is very unstable.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "dramatic", "increase", "of", "the", "protein", "surface", "would", "need", "a", "supply", "of", "much", "energy", "and", "such", "a", "high", "energy", "status", "is", "very", "unstable", "." ] } ]
PMC10852540
In this study, the human ovarian carcinoma cell line OVCAR3 was used to investigate the effect and potential mechanism of RA on ovarian adenocarcinoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "the", "human", "ovarian", "carcinoma", "cell", "line", "OVCAR3", "was", "used", "to", "investigate", "the", "effect", "and", "potential", "mechanism", "of", "RA", "on", "ovarian", "adenocarcinoma", "." ] } ]
PMC4485648
Western blot analysis of extracts from normoxic vs. hypoxic A2780 cells revealed a hypoxia-related accumulation of HIF-1α protein and its target CA IX suggesting that these cells are sensitive to reduced oxygen and react by induction of a canonical HIF response (Fig. 1A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Western", "blot", "analysis", "of", "extracts", "from", "normoxic", "vs.", "hypoxic", "A2780", "cells", "revealed", "a", "hypoxia-related", "accumulation", "of", "HIF-1α", "protein", "and", "its", "target", "CA", "IX", "suggesting", "that", "these", "cells", "are", "sensitive", "to", "reduced", "oxygen", "and", "react", "by", "induction", "of", "a", "canonical", "HIF", "response", "(", "Fig.", "1A", ")", "." ] } ]
PMC9429973
At the time of analysis, three patients are alive with survival 3.5, 4.5, and 8 months from CNS relapse, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "the", "time", "of", "analysis", ",", "three", "patients", "are", "alive", "with", "survival", "3.5", ",", "4.5", ",", "and", "8", "months", "from", "CNS", "relapse", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11119602
As the C-terminal domain of TG2 is absent in TG2-S, any potential interaction with the p62-LC3 II heterodimer protein complex must be ruled out.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "the", "C-terminal", "domain", "of", "TG2", "is", "absent", "in", "TG2-S", ",", "any", "potential", "interaction", "with", "the", "p62-LC3", "II", "heterodimer", "protein", "complex", "must", "be", "ruled", "out", "." ] } ]
PMC11674441
Breast cancer specimens were collected through tumour resection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Breast", "cancer", "specimens", "were", "collected", "through", "tumour", "resection", "." ] } ]
PMC11394386
We further investigated whether PI3K/AKT pathway inhibition affects Wnt/β-catenin transcriptional activity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "further", "investigated", "whether", "PI3K/AKT", "pathway", "inhibition", "affects", "Wnt/β-catenin", "transcriptional", "activity", "." ] } ]
PMC11675244
Recombinant proteins, such as the soluble Wnt receptor composed of the extracellular cysteine-rich domain of Fzd-8 and the human Fc portion, have also shown anti-cancer effects in teratocarcinomas .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recombinant", "proteins", ",", "such", "as", "the", "soluble", "Wnt", "receptor", "composed", "of", "the", "extracellular", "cysteine-rich", "domain", "of", "Fzd-8", "and", "the", "human", "Fc", "portion", ",", "have", "also", "shown", "anti-cancer", "effects", "in", "teratocarcinomas", "." ] } ]
PMC9429973
Mixture cure, non-mixture cure, and hybrid models fit the trial data well and align on survival projections (6.11-6.23 years).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mixture", "cure", ",", "non-mixture", "cure", ",", "and", "hybrid", "models", "fit", "the", "trial", "data", "well", "and", "align", "on", "survival", "projections", "(", "6.11", "-", "6.23", "years", ")", "." ] } ]
PMC9856122
EC50 values of both the compounds were found to be >0.10 µg/mL .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "EC50", "values", "of", "both", "the", "compounds", "were", "found", "to", "be", ">", "0.10", "µg/mL", "." ] } ]
PMC8409415
Our study focused on the inhibitory effect of CD70‐ADC in OvCA cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "study", "focused", "on", "the", "inhibitory", "effect", "of", "CD70‐ADC", "in", "OvCA", "cells", "." ] } ]
PMC8010066
In contrast, a significant rise was observed in SA-1/PA-3 and SA-1/PAO1 combinations (P-value ≤ 0.001).Fig.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "a", "significant", "rise", "was", "observed", "in", "SA-1/PA-3", "and", "SA-1/PAO1", "combinations", "(", "P-value", "≤", "0.001).Fig", "." ] } ]
PMC7154001
In vivoMale Sprague-Dawley rats (PO: 80 mg/kg)UrineH NMR, C NMR, HRSI-MS10 Metabolites(M1: Dioscin,M2: pregna-5,16-dien-3β-ol-20-one-O-α-L-rhamnopyranosyl-(1→2)-[α-L-rhamnopyranosyl-(1→4)]-β-D- glucopyranoside,M3: diosgenin,M4: protobioside,M5: methyl protobioside,M6: 26-O-β-D-glucopyrannosyl (25R)-furan-5-ene-3β,22α, 26-trihydroxy-3-O-α-L-rhamnopy-ranosyl-(1→ 4)-β-D-glucopyranoside,M7: 26-O-β-D-glucopyranosyl (25R)-furan-5-ene-3β,26-dihydroxy-22-methoxy-3-O-α-L-rhamnopyranosyl-(1→4)-β-D-glucopyranoside,M8: prosapogenin A of dioscin,M9: prosapogenin B of dioscin,M10: diosgenin-3-O-β-D-glucopyranoside)Dealkylation;Dehydration;OxidationAll metabolites: lower cytotoxic activities against human HepG2, NCI-H460, MCF-7 and HeLa cell lines than parent drug & MPD.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "vivoMale", "Sprague-Dawley", "rats", "(", "PO", ":", "80", "mg/kg)UrineH", "NMR", ",", "C", "NMR", ",", "HRSI-MS10", "Metabolites(M1", ":", "Dioscin", ",", "M2", ":", "pregna-5,16-dien-3β-ol-20-one-O-α-L-rhamnopyranosyl-(1→2)-[α-L-rhamnopyranosyl-(1→4)]-β-D-", "glucopyranoside", ",", "M3", ":", "diosgenin", ",", "M4", ":", "protobioside", ",", "M5", ":", "methyl", "protobioside", ",", "M6", ":", "26-O-β-D-glucopyrannosyl", "(25R)-furan-5-ene-3β,22α", ",", "26-trihydroxy-3-O-α-L-rhamnopy-ranosyl-(1→", "4)-β-D-glucopyranoside", ",", "M7", ":", "26-O-β-D-glucopyranosyl", "(25R)-furan-5-ene-3β,26-dihydroxy-22-methoxy-3-O-α-L-rhamnopyranosyl-(1→4)-β-D-glucopyranoside", ",", "M8", ":", "prosapogenin", "A", "of", "dioscin", ",", "M9", ":", "prosapogenin", "B", "of", "dioscin", ",", "M10", ":", "diosgenin-3-O-β-D-glucopyranoside)Dealkylation;Dehydration;OxidationAll", "metabolites", ":", "lower", "cytotoxic", "activities", "against", "human", "HepG2", ",", "NCI-H460", ",", "MCF-7", "and", "HeLa", "cell", "lines", "than", "parent", "drug", "&", "MPD", "." ] } ]
PMC11772449
Therefore, overcoming drug resistance and enhancing tumor killing ability are the key to improving the therapeutic effect of Sora and expanding the population of benefiting patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "overcoming", "drug", "resistance", "and", "enhancing", "tumor", "killing", "ability", "are", "the", "key", "to", "improving", "the", "therapeutic", "effect", "of", "Sora", "and", "expanding", "the", "population", "of", "benefiting", "patients", "." ] } ]
PMC10919056
ROC curve and DCA curve of the nomogram.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ROC", "curve", "and", "DCA", "curve", "of", "the", "nomogram", "." ] } ]
PMC11471176
The excitation and emission wavelengths employed were 320 nm and 420 nm, correspondingly.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "excitation", "and", "emission", "wavelengths", "employed", "were", "320", "nm", "and", "420", "nm", ",", "correspondingly", "." ] } ]
PMC11680982
ET endocrine therapy, CDK4/6i CDK4/6 inhibitor, Ner neratinib.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ET", "endocrine", "therapy", ",", "CDK4/6i", "CDK4/6", "inhibitor", ",", "Ner", "neratinib", "." ] } ]
PMC11569208
Green dots indicate cells transfected with scramble siRNA. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Green", "dots", "indicate", "cells", "transfected", "with", "scramble", "siRNA", ".", "(" ] } ]
PMC11759543
The IC50 and r2 values were calculated by nonlinear regression analysis of Prism 9. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "IC50", "and", "r2", "values", "were", "calculated", "by", "nonlinear", "regression", "analysis", "of", "Prism", "9", ".", "(" ] } ]
PMC11743975
The co-expression of optogenetic elements, such as cryptochromes 2 (CRY2) and cryptochrome-interacting basic helix–loop–helix (CIB1), with specific targeting on organelle and molecular motors, have been used to control organelle trafficking and positioning (Berry and Wojtovich, 2020; Rensvold et al., 2022).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "co-expression", "of", "optogenetic", "elements", ",", "such", "as", "cryptochromes", "2", "(", "CRY2", ")", "and", "cryptochrome-interacting", "basic", "helix", "–", "loop", "–", "helix", "(", "CIB1", ")", ",", "with", "specific", "targeting", "on", "organelle", "and", "molecular", "motors", ",", "have", "been", "used", "to", "control", "organelle", "trafficking", "and", "positioning", "(", "Berry", "and", "Wojtovich", ",", "2020", ";", "Rensvold", "et", "al.", ",", "2022", ")", "." ] } ]
PMC11678448
We carried out principal component analysis (PCA) and correlation analysis on six sequencing samples, comprising three experimental groups and three control groups, at the transcriptome level.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "carried", "out", "principal", "component", "analysis", "(", "PCA", ")", "and", "correlation", "analysis", "on", "six", "sequencing", "samples", ",", "comprising", "three", "experimental", "groups", "and", "three", "control", "groups", ",", "at", "the", "transcriptome", "level", "." ] } ]
PMC9429973
Thus, it is not known if similar efficacy and combinability of AZA with VEN could be achieved at lower exposures and extended duration with oral-AZA dosing.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "it", "is", "not", "known", "if", "similar", "efficacy", "and", "combinability", "of", "AZA", "with", "VEN", "could", "be", "achieved", "at", "lower", "exposures", "and", "extended", "duration", "with", "oral-AZA", "dosing", "." ] } ]
PMC11568601
Surgery and chemotherapy are the main treatments for osteosarcoma, which have improved the overall 5-year survival rate up to 60% among patients with localized osteosarcoma .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Surgery", "and", "chemotherapy", "are", "the", "main", "treatments", "for", "osteosarcoma", ",", "which", "have", "improved", "the", "overall", "5-year", "survival", "rate", "up", "to", "60", "%", "among", "patients", "with", "localized", "osteosarcoma", "." ] } ]
PMC11656380
The cells were incubated with Tat-Ram13 or Tat-mRam13 for 24 h, and cell viability was measured.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "incubated", "with", "Tat-Ram13", "or", "Tat-mRam13", "for", "24", "h", ",", "and", "cell", "viability", "was", "measured", "." ] } ]
PMC11612315
As the inhibitory effect of exendin 9–39 on CAP-induced activation of TRPV1 was confirmed, its effect on proton-induced activation of TRPV1 was also tested via patch-clamp recordings and calcium imaging.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "the", "inhibitory", "effect", "of", "exendin", "9–39", "on", "CAP-induced", "activation", "of", "TRPV1", "was", "confirmed", ",", "its", "effect", "on", "proton-induced", "activation", "of", "TRPV1", "was", "also", "tested", "via", "patch-clamp", "recordings", "and", "calcium", "imaging", "." ] } ]
PMC9429973
A similar approach could be used in other IEIs that are caused by multiple heterozygous mutations.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "similar", "approach", "could", "be", "used", "in", "other", "IEIs", "that", "are", "caused", "by", "multiple", "heterozygous", "mutations", "." ] } ]
PMC9429973
The results strongly indicated that enhanced complement activation in the BM niche of ITP plays a role in the pathogenesis of ITP by influencing platelet formation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "strongly", "indicated", "that", "enhanced", "complement", "activation", "in", "the", "BM", "niche", "of", "ITP", "plays", "a", "role", "in", "the", "pathogenesis", "of", "ITP", "by", "influencing", "platelet", "formation", "." ] } ]
PMC9429973
Median OS from initial diagnosis was >5 years with a slight increase for patients diagnosed more recently (63.8 months for patients diagnosed in 2017 or later vs 60.8 months in those diagnosed in 2014 or later).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Median", "OS", "from", "initial", "diagnosis", "was", ">", "5", "years", "with", "a", "slight", "increase", "for", "patients", "diagnosed", "more", "recently", "(", "63.8", "months", "for", "patients", "diagnosed", "in", "2017", "or", "later", "vs", "60.8", "months", "in", "those", "diagnosed", "in", "2014", "or", "later", ")", "." ] } ]
PMC10589262
G Quantification of the band intensities for the western blots as shown in F. H Stem cell factor (SCF)-treatment-mediated KIT degradation was measured by western blot lysates in GIST and CC cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "G", "Quantification", "of", "the", "band", "intensities", "for", "the", "western", "blots", "as", "shown", "in", "F.", "H", "Stem", "cell", "factor", "(SCF)-treatment-mediated", "KIT", "degradation", "was", "measured", "by", "western", "blot", "lysates", "in", "GIST", "and", "CC", "cells", "." ] } ]
PMC9895440
b, e-h Statistics are a two-sided paired t-tests.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "b", ",", "e-h", "Statistics", "are", "a", "two-sided", "paired", "t-tests", "." ] } ]
PMC9429973
The death during induction (DDI) rate was similar in the 2 groups (7% vs 8%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "death", "during", "induction", "(", "DDI", ")", "rate", "was", "similar", "in", "the", "2", "groups", "(", "7", "%", "vs", "8", "%", ")", "." ] } ]
PMC5308810
The numbers in the quadrants indicate the average percentage of CXCR4. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "numbers", "in", "the", "quadrants", "indicate", "the", "average", "percentage", "of", "CXCR4", ".", "(" ] } ]
PMC11621493
Expi29F cells (A14527, Gibco) were cultured in Expi293T Expression Medium (A1435101, Gibco) in 25 ml or 10 ml culture volumes using 125 ml vented Erlenmeyer flasks (431143, Corning, NY) or 50 ml CELLSTAR cell reactor tubes (227245, Greiner Bio-One, Kremsmünster, Austria) on an orbital shaker platform at 125 or 220 rpm, respectively.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Expi29F", "cells", "(", "A14527", ",", "Gibco", ")", "were", "cultured", "in", "Expi293", "T", "Expression", "Medium", "(", "A1435101", ",", "Gibco", ")", "in", "25", "ml", "or", "10", "ml", "culture", "volumes", "using", "125", "ml", "vented", "Erlenmeyer", "flasks", "(", "431143", ",", "Corning", ",", "NY", ")", "or", "50", "ml", "CELLSTAR", "cell", "reactor", "tubes", "(", "227245", ",", "Greiner", "Bio-One", ",", "Kremsmünster", ",", "Austria", ")", "on", "an", "orbital", "shaker", "platform", "at", "125", "or", "220", "rpm", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC8427838
p < 0.01.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "<", "0.01", "." ] } ]
PMC9429973
Loss of TET2 in these patients might be a good predictor for response to DNA methylation inhibitors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Loss", "of", "TET2", "in", "these", "patients", "might", "be", "a", "good", "predictor", "for", "response", "to", "DNA", "methylation", "inhibitors", "." ] } ]
PMC11755519
Huang et al. evaluated the effects of EVs isolated from T24 (grade: G3) and J82 (grade: G3) cells on TSGH-8301 (grade: G2) cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Huang", "et", "al.", "evaluated", "the", "effects", "of", "EVs", "isolated", "from", "T24", "(", "grade", ":", "G3", ")", "and", "J82", "(", "grade", ":", "G3", ")", "cells", "on", "TSGH-8301", "(", "grade", ":", "G2", ")", "cells", "." ] } ]
PMC8984067
The CCK-8 was used to measure cellular proliferation in this experiment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "CCK-8", "was", "used", "to", "measure", "cellular", "proliferation", "in", "this", "experiment", "." ] } ]
PMC11585994
Changes in DLS of G5-sgc8-siBCL11B nanoparticles over 72 hours in 10% FBS or 100% FBS. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Changes", "in", "DLS", "of", "G5-sgc8-siBCL11B", "nanoparticles", "over", "72", "hours", "in", "10", "%", "FBS", "or", "100", "%", "FBS", ".", "(" ] } ]
PMC11666785
In addition, another super-resolved image is reconstructed for 2-4 frames that combine all the single molecules detected for 2, 3, and 4 frames.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "another", "super-resolved", "image", "is", "reconstructed", "for", "2", "-", "4", "frames", "that", "combine", "all", "the", "single", "molecules", "detected", "for", "2", ",", "3", ",", "and", "4", "frames", "." ] } ]
PMC7342409
In vitro results were confirmed by in vivo experiments using the mice model.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "vitro", "results", "were", "confirmed", "by", "in", "vivo", "experiments", "using", "the", "mice", "model", "." ] } ]
PMC9812014
Castanospermine was also able to inhibit other DENV serotypes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Castanospermine", "was", "also", "able", "to", "inhibit", "other", "DENV", "serotypes", "." ] } ]
PMC7570809
The competition experiments here reported are all in the direction of corroborating RGDechi15D specificity towards αvβ5 with respect to αvβ3 or α5β1 integrins.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "competition", "experiments", "here", "reported", "are", "all", "in", "the", "direction", "of", "corroborating", "RGDechi15D", "specificity", "towards", "αvβ5", "with", "respect", "to", "αvβ3", "or", "α5β1", "integrins", "." ] } ]
PMC7192625
A decade after the first papers about Hi-C (1), the techniques to detect genomic structure experimentally at different scales have multiplied.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "decade", "after", "the", "first", "papers", "about", "Hi-C", "(", "1", ")", ",", "the", "techniques", "to", "detect", "genomic", "structure", "experimentally", "at", "different", "scales", "have", "multiplied", "." ] } ]
PMC10125312
This is relevant as cell survival is elevated with the highest nontoxic concentration of 2 nM (Figure S3), and at the same time more uptake is observed when studying internalization for all cell lines after the same incubation time.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "is", "relevant", "as", "cell", "survival", "is", "elevated", "with", "the", "highest", "nontoxic", "concentration", "of", "2", "nM", "(", "Figure", "S3", ")", ",", "and", "at", "the", "same", "time", "more", "uptake", "is", "observed", "when", "studying", "internalization", "for", "all", "cell", "lines", "after", "the", "same", "incubation", "time", "." ] } ]
PMC10729469
In a 96 well U bottom plate, 50 × 10 pre-stimulated CFSE-labeled Tresp were co-incubated with an equal number of ex-vivo cultured Tregs, or TCRAβ-Tregs collected on Day-2 post electroporation with 0.5 μL of 1.56 μg/mL TCRAβ plasmid.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "a", "96", "well", "U", "bottom", "plate", ",", "50", "×", "10", "pre-stimulated", "CFSE-labeled", "Tresp", "were", "co-incubated", "with", "an", "equal", "number", "of", "ex-vivo", "cultured", "Tregs", ",", "or", "TCRAβ-Tregs", "collected", "on", "Day-2", "post", "electroporation", "with", "0.5", "μL", "of", "1.56", "μg/mL", "TCRAβ", "plasmid", "." ] } ]
PMC11640247
bin 2) (-) vs. WT, p = 0.51; (-) vs. R66W, p = 0.01; WT vs. R66W, p = 0.16. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "bin", "2", ")", "(", "-", ")", "vs.", "WT", ",", "p", "=", "0.51", ";", "(", "-", ")", "vs.", "R66W", ",", "p", "=", "0.01", ";", "WT", "vs.", "R66W", ",", "p", "=", "0.16", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
Adjusted ORRs were 96% for I+V and 85% for FCR (difference 11.2%; 95% CI 5.1–17.3; Chi-square P=0.0011).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Adjusted", "ORRs", "were", "96", "%", "for", "I+V", "and", "85", "%", "for", "FCR", "(", "difference", "11.2", "%", ";", "95", "%", "CI", "5.1–17.3", ";", "Chi-square", "P=0.0011", ")", "." ] } ]
PMC4695073
Among of them, increased capacity of DNA damage repair, especially the nucleotide excision repair (NER), is proposed to be one of the most crucial determinants .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "of", "them", ",", "increased", "capacity", "of", "DNA", "damage", "repair", ",", "especially", "the", "nucleotide", "excision", "repair", "(", "NER", ")", ",", "is", "proposed", "to", "be", "one", "of", "the", "most", "crucial", "determinants", "." ] } ]
PMC11055443
The expression of the Ctx-B gene and the proinflammatory cytokines (IL-8, IL-1B, and TNF-α) were evaluated by Real time PCR in secretome treated Caco-2 cells in exposure to 5 × 10 CFU V. cholerae for 4h.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "of", "the", "Ctx-B", "gene", "and", "the", "proinflammatory", "cytokines", "(", "IL-8", ",", "IL-1B", ",", "and", "TNF-α", ")", "were", "evaluated", "by", "Real", "time", "PCR", "in", "secretome", "treated", "Caco-2", "cells", "in", "exposure", "to", "5", "×", "10", "CFU", "V.", "cholerae", "for", "4h", "." ] } ]
PMC11277157
We propose that the KD DJ-1 perturbation diminishes the protective potency against oxidative stress.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "propose", "that", "the", "KD", "DJ-1", "perturbation", "diminishes", "the", "protective", "potency", "against", "oxidative", "stress", "." ] } ]
PMC9429973
I. Ortiz De Landazuri, A. Oliver-Caldés, M. Español-Rego, M. T. Contreras, A. Zabaleta, C. Agulló, N. Puig, V. Cabañas, V. González-Calle, R. Jiménez, S. Inogés, P. Rodríguez-Otero, B. Martin-Antonio, J. L. Reguera, A. López-Diaz de Cerio, D. Benítez-Ribas, L. G. Rodríguez-Lobato, E. A. González, L. Rosiñol, J. Yagüe, J. M. Moraleda, Á. Urbano-Ispizua, M. V. Mateos, M. Juan, B. Paiva, M. Pascal, C. Fernández de Larrea Immunology Department; Hematology Department, Hospital Clínic de Barcelona, Institut d’Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS), Barcelona; Clinical Biochemistry Department, Hospital Universitario de Salamanca, Salamanca; Clínica Universidad de Navarra, Centro de Investigacion Medica Aplicada (CIMA), IDISNA, CIBERONC, Pamplona; Hematology Department, Hospital Universitario de Salamanca, Salamanca; Hospital Clinico Universitario Virgen de la Arrixaca.,
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "I.", "Ortiz", "De", "Landazuri", ",", "A.", "Oliver-Caldés", ",", "M.", "Español-Rego", ",", "M.", "T.", "Contreras", ",", "A.", "Zabaleta", ",", "C.", "Agulló", ",", "N.", "Puig", ",", "V.", "Cabañas", ",", "V.", "González-Calle", ",", "R.", "Jiménez", ",", "S.", "Inogés", ",", "P.", "Rodríguez-Otero", ",", "B.", "Martin-Antonio", ",", "J.", "L.", "Reguera", ",", "A.", "López-Diaz", "de", "Cerio", ",", "D.", "Benítez-Ribas", ",", "L.", "G.", "Rodríguez-Lobato", ",", "E.", "A.", "González", ",", "L.", "Rosiñol", ",", "J.", "Yagüe", ",", "J.", "M.", "Moraleda", ",", "Á.", "Urbano-Ispizua", ",", "M.", "V.", "Mateos", ",", "M.", "Juan", ",", "B.", "Paiva", ",", "M.", "Pascal", ",", "C.", "Fernández", "de", "Larrea", "Immunology", "Department", ";", "Hematology", "Department", ",", "Hospital", "Clínic", "de", "Barcelona", ",", "Institut", "d’Investigacions", "Biomèdiques", "August", "Pi", "i", "Sunyer", "(", "IDIBAPS", ")", ",", "Barcelona", ";", "Clinical", "Biochemistry", "Department", ",", "Hospital", "Universitario", "de", "Salamanca", ",", "Salamanca", ";", "Clínica", "Universidad", "de", "Navarra", ",", "Centro", "de", "Investigacion", "Medica", "Aplicada", "(", "CIMA", ")", ",", "IDISNA", ",", "CIBERONC", ",", "Pamplona", ";", "Hematology", "Department", ",", "Hospital", "Universitario", "de", "Salamanca", ",", "Salamanca", ";", "Hospital", "Clinico", "Universitario", "Virgen", "de", "la", "Arrixaca", ".", "," ] } ]
PMC10607604
Cells were washed with a culture medium to remove floating cells and a fresh medium supplemented with 10% FBS was added.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "washed", "with", "a", "culture", "medium", "to", "remove", "floating", "cells", "and", "a", "fresh", "medium", "supplemented", "with", "10", "%", "FBS", "was", "added", "." ] } ]
PMC11126803
For (E–J), quantitation is on the right.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "(", "E", "–", "J", ")", ",", "quantitation", "is", "on", "the", "right", "." ] } ]
PMC10890307
Several reports have indicated a rapid and uncontrolled proliferation of tumor cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Several", "reports", "have", "indicated", "a", "rapid", "and", "uncontrolled", "proliferation", "of", "tumor", "cells", "." ] } ]
PMC6803987
At present, the drugs commonly used for anti-HBV are interferon and nucleosides such as IFN-α, lamivudine (3TC), tenofovir, etc.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "present", ",", "the", "drugs", "commonly", "used", "for", "anti-HBV", "are", "interferon", "and", "nucleosides", "such", "as", "IFN-α", ",", "lamivudine", "(", "3TC", ")", ",", "tenofovir", ",", "etc", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: of our study was to analyze the cytogenetic and molecular response of patients treated with imatinib 400mg daily in the I TL as well as to identify their corelation with duration of survival.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "of", "our", "study", "was", "to", "analyze", "the", "cytogenetic", "and", "molecular", "response", "of", "patients", "treated", "with", "imatinib", "400", "mg", "daily", "in", "the", "I", "TL", "as", "well", "as", "to", "identify", "their", "corelation", "with", "duration", "of", "survival", "." ] } ]
PMC11699042
Only high-quality (QUAL > 10) SNVs located within exonic regions of cancer-related genes were analyzed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Only", "high-quality", "(", "QUAL", ">", "10", ")", "SNVs", "located", "within", "exonic", "regions", "of", "cancer-related", "genes", "were", "analyzed", "." ] } ]
PMC11684297
The results indicated that the ZnO-NFs significantly killed the cancer cells in a dose-dependent way, showing an extraordinary effect on DLA cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "indicated", "that", "the", "ZnO-NFs", "significantly", "killed", "the", "cancer", "cells", "in", "a", "dose-dependent", "way", ",", "showing", "an", "extraordinary", "effect", "on", "DLA", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
This evaluation will determine whether median exposure in pediatric pts is comparable to asciminib 40 mg BID taken without food in adult pts.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "evaluation", "will", "determine", "whether", "median", "exposure", "in", "pediatric", "pts", "is", "comparable", "to", "asciminib", "40", "mg", "BID", "taken", "without", "food", "in", "adult", "pts", "." ] } ]
PMC8358006
Inserts example histone modification regions with different width in NE2; black bar represent ChIP-seq peaks called by SICER.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Inserts", "example", "histone", "modification", "regions", "with", "different", "width", "in", "NE2", ";", "black", "bar", "represent", "ChIP-seq", "peaks", "called", "by", "SICER", "." ] } ]
PMC11342785
Data are shown as (mean ± SEM, TPPP-FL-FKBP/FRB-DDX4-PixDE, n = 24; TPPPCcore-FKBP/FRB-DDX4-PixDE, n = 16; TPPPNcore-FKBP/FRB-DDX4-PixDE, n = 15; TPPP(45–206)-FKBP/FRB-DDX4-PixDE, n = 12; TPPP(45–196)-FKBP/FRB-DDX4-PixDE, n = 12; TPPP(45–186)-FKBP/FRB-DDX4-PixDE, n = 18; TPPP(45–176)-FKBP/FRB-DDX4-PixDE, n = 26; TPPP(20–166)-FKBP/FRB-DDX4-PixDE, n = 15; TPPP-CORE-FKBP/FRB-DDX4-PixDE, n = 36).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "are", "shown", "as", "(", "mean", "±", "SEM", ",", "TPPP-FL-FKBP/FRB-DDX4-PixDE", ",", "n", "=", "24", ";", "TPPPCcore-FKBP/FRB-DDX4-PixDE", ",", "n", "=", "16", ";", "TPPPNcore-FKBP/FRB-DDX4-PixDE", ",", "n", "=", "15", ";", "TPPP(45–206)-FKBP/FRB-DDX4-PixDE", ",", "n", "=", "12", ";", "TPPP(45–196)-FKBP/FRB-DDX4-PixDE", ",", "n", "=", "12", ";", "TPPP(45–186)-FKBP/FRB-DDX4-PixDE", ",", "n", "=", "18", ";", "TPPP(45–176)-FKBP/FRB-DDX4-PixDE", ",", "n", "=", "26", ";", "TPPP(20–166)-FKBP/FRB-DDX4-PixDE", ",", "n", "=", "15", ";", "TPPP-CORE-FKBP/FRB-DDX4-PixDE", ",", "n", "=", "36", ")", "." ] } ]
PMC10411253
Serum hormone levels of follicle-stimulating hormone (FSH), luteinizing hormone (LH), prolactin (PRL), estradiol (E2), and testosterone (T) were normal, except for low AMH (0.45 ng ml), as shown in Supplementary Table 1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Serum", "hormone", "levels", "of", "follicle-stimulating", "hormone", "(", "FSH", ")", ",", "luteinizing", "hormone", "(", "LH", ")", ",", "prolactin", "(", "PRL", ")", ",", "estradiol", "(", "E2", ")", ",", "and", "testosterone", "(", "T", ")", "were", "normal", ",", "except", "for", "low", "AMH", "(", "0.45", "ng", "ml", ")", ",", "as", "shown", "in", "Supplementary", "Table", "1", "." ] } ]
PMC9429973
Median overall survival (OS) has not reached yet, 6-mon survival rate was 82%, and the estimated 12-month survival rate was 65% (Fig 1b).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Median", "overall", "survival", "(", "OS", ")", "has", "not", "reached", "yet", ",", "6-mon", "survival", "rate", "was", "82", "%", ",", "and", "the", "estimated", "12-month", "survival", "rate", "was", "65", "%", "(", "Fig", "1b", ")", "." ] } ]
PMC8750422
Two datasets for lung adenocarcinomas, GSE19188 and GSE10072, were used in this study.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Two", "datasets", "for", "lung", "adenocarcinomas", ",", "GSE19188", "and", "GSE10072", ",", "were", "used", "in", "this", "study", "." ] } ]
PMC9429973
21 patients transformed into a high-grade lymphoma and 14 developed a second neoplasm during follow-up.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "21", "patients", "transformed", "into", "a", "high-grade", "lymphoma", "and", "14", "developed", "a", "second", "neoplasm", "during", "follow-up", "." ] } ]
PMC9874064
In order to further explore the correlation between USP1 and homologous recombination repair related genes (FANCD2 and BRCA1), the correlation regression analysis was conducted.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "order", "to", "further", "explore", "the", "correlation", "between", "USP1", "and", "homologous", "recombination", "repair", "related", "genes", "(", "FANCD2", "and", "BRCA1", ")", ",", "the", "correlation", "regression", "analysis", "was", "conducted", "." ] } ]
PMC4839679
Cells were collected in logarithmic growth phase, washed twice with cold PBS, and adjusted to a density of 1 × 10 cells/ml in binding buffer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "collected", "in", "logarithmic", "growth", "phase", ",", "washed", "twice", "with", "cold", "PBS", ",", "and", "adjusted", "to", "a", "density", "of", "1", "×", "10", "cells/ml", "in", "binding", "buffer", "." ] } ]
PMC11352311
The wound healing assay revealed that in the absence of esculin, wound closure was complete after 24 h in both 786-O and A498 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "wound", "healing", "assay", "revealed", "that", "in", "the", "absence", "of", "esculin", ",", "wound", "closure", "was", "complete", "after", "24", "h", "in", "both", "786-O", "and", "A498", "cells", "." ] } ]
PMC11612626
Fluorescence intensity as a measure of LLVY-R110 cleavage was monitored at λEX 490 nm and λEM 525 nm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fluorescence", "intensity", "as", "a", "measure", "of", "LLVY-R110", "cleavage", "was", "monitored", "at", "λEX", "490", "nm", "and", "λEM", "525", "nm", "." ] } ]
PMC11711127
Again, the presence of thymic expression for Ins2 appeared to localise the Treg tolerance to the thymus.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Again", ",", "the", "presence", "of", "thymic", "expression", "for", "Ins2", "appeared", "to", "localise", "the", "Treg", "tolerance", "to", "the", "thymus", "." ] } ]
PMC9429973
Seven-year OS was similar in both arms, 88.5% with G-chemo versus 87.2% with R-chemo (HR, 0.86; 95% CI: 0.63–1.18; p=0.36).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Seven-year", "OS", "was", "similar", "in", "both", "arms", ",", "88.5", "%", "with", "G-chemo", "versus", "87.2", "%", "with", "R-chemo", "(", "HR", ",", "0.86", ";", "95", "%", "CI", ":", "0.63–1.18", ";", "p=0.36", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: Assess effect of mitapivat on markers of erythropoiesis and FeO in pts (≥18 years [yrs]) with PK deficiency enrolled in 2 phase 3 studies, ACTIVATE (NCT03548220) and ACTIVATE-T (NCT03559699), and their long-term extension (LTE) study (NCT03853798).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "Assess", "effect", "of", "mitapivat", "on", "markers", "of", "erythropoiesis", "and", "FeO", "in", "pts", "(", "≥18", "years", "[", "yrs", "]", ")", "with", "PK", "deficiency", "enrolled", "in", "2", "phase", "3", "studies", ",", "ACTIVATE", "(", "NCT03548220", ")", "and", "ACTIVATE-T", "(", "NCT03559699", ")", ",", "and", "their", "long-term", "extension", "(", "LTE", ")", "study", "(", "NCT03853798", ")", "." ] } ]
PMC10877303
Furthermore, the phytochemical dataset was rechecked to ensure accuracy, and duplicate entries were removed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "the", "phytochemical", "dataset", "was", "rechecked", "to", "ensure", "accuracy", ",", "and", "duplicate", "entries", "were", "removed", "." ] } ]
PMC11490153
It found that some drugs, like Sorafenib and Irinotecan, were more effective in high-oxygen environments, while others, like Cisplatin and Mitomycin C, were more potent under hypoxic conditions .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "found", "that", "some", "drugs", ",", "like", "Sorafenib", "and", "Irinotecan", ",", "were", "more", "effective", "in", "high-oxygen", "environments", ",", "while", "others", ",", "like", "Cisplatin", "and", "Mitomycin", "C", ",", "were", "more", "potent", "under", "hypoxic", "conditions", "." ] } ]
PMC10854447
The number of methoxy groups substantially impacts the activity of 7a–o compounds where the trimethoxy derivative > dimethoxy > mono-methoxy one.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "number", "of", "methoxy", "groups", "substantially", "impacts", "the", "activity", "of", "7a", "–", "o", "compounds", "where", "the", "trimethoxy", "derivative", ">", "dimethoxy", ">", "mono-methoxy", "one", "." ] } ]
PMC11323699
d Kaplan–Meier survival curve representing patient overall survival (OS) based on circulating TSP-1 levels.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "d", "Kaplan", "–", "Meier", "survival", "curve", "representing", "patient", "overall", "survival", "(", "OS", ")", "based", "on", "circulating", "TSP-1", "levels", "." ] } ]
PMC11615743
However, when the logic devices were operated in a cell culture medium supplemented with 10% FBS, the L‐DNA‐based logic device exhibited obvious advantages over D‐DNA (Figure 4E,F).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "when", "the", "logic", "devices", "were", "operated", "in", "a", "cell", "culture", "medium", "supplemented", "with", "10", "%", "FBS", ",", "the", "L‐DNA‐based", "logic", "device", "exhibited", "obvious", "advantages", "over", "D‐DNA", "(", "Figure", "4E", ",", "F", ")", "." ] } ]
PMC11759543
The combination of doxorubicin and vorinostat clearly induces apoptosis, suppressing the repair capability of PARP and causing DNA strand breaks by activating caspase 3.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "combination", "of", "doxorubicin", "and", "vorinostat", "clearly", "induces", "apoptosis", ",", "suppressing", "the", "repair", "capability", "of", "PARP", "and", "causing", "DNA", "strand", "breaks", "by", "activating", "caspase", "3", "." ] } ]
PMC11637276
Cells were covered by 0.5 mg/ml collagen I in 10% FBS DMEM (300 μl/well) and incubated for 30 min at 37°C to polymerise.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "covered", "by", "0.5", "mg/ml", "collagen", "I", "in", "10", "%", "FBS", "DMEM", "(", "300", "μl/well", ")", "and", "incubated", "for", "30", "min", "at", "37", "°", "C", "to", "polymerise", "." ] } ]
PMC9096373
Results from the clinicopathological data of uterine carcinosarcoma suggest that glycolysis and metabolic tumor volume, seen on PET/CT scanning, are significantly related to tumor recurrence.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", "from", "the", "clinicopathological", "data", "of", "uterine", "carcinosarcoma", "suggest", "that", "glycolysis", "and", "metabolic", "tumor", "volume", ",", "seen", "on", "PET/CT", "scanning", ",", "are", "significantly", "related", "to", "tumor", "recurrence", "." ] } ]
PMC11543853
Subsequently, trypsin was added to a final concentration of 0.5 μg/mL, and the mixture was incubated at 37 °C for 10 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "trypsin", "was", "added", "to", "a", "final", "concentration", "of", "0.5", "μg/mL", ",", "and", "the", "mixture", "was", "incubated", "at", "37", "°", "C", "for", "10", "min", "." ] } ]