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OTAR3088
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BioData-CellLine_annotated

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ner
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PMC11754784
c Real-time fluorescent kinetics of cage-Nb after adding c-sgc8c.
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PMC9429973
Prospective studies of low burden BTK mutations in the pathogenesis of relapse in CLL patients treated with BTK inhibitors have been started using this approach.
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PMC6133382
The cultures were fed daily the equivalent of 3.5% of the original volume with Molecular Devices CHO A Feed (Molecular Devices, Sunnyvale, CA, US), 0.5% Yeastolate (BD, Franklin Lakes, NJ, US), 2.5% CHO-CD Efficient Feed A, and 0.25 mM GlutaMax, 2 g/L Glucose (Sigma-Aldrich St. Louis, MO, US).
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PMC9895440
d Representative flow cytometry plots of SNX9 vs. PD-1 and TIM-3 expression in tumor-infiltrating CD8 T cells of a non-small cell lung cancer (NSCLC) patient.
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PMC9622879
Only one of them is larger than 0 and another variable must be equal to 0.
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PMC8469018
Leflunomide, an anti-inflammatory agent, has been shown to be effective in multiple myeloma (MM) treatment; however, the mechanism of this phenomenon has not been fully elucidated.
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PMC11026382
We used this focused dataset to re-parameterize the model equations, this time fitting five total parameters (, Supplementary Table 1).
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PMC10588957
AMPK is a major energy sensor that controls cellular metabolism and energy homeostasis (7).
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PMC11638764
In this study, we directly demonstrated that the inhibition of p97 led to a reduced level of cell cycle proteins in the NER.
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PMC9429973
Aims: The aim of this study was to evaluate laboratory approaches to analysis and reporting of TP53 variants in CLL in line with ERIC recommendations.
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PMC11389534
Research has demonstrated that UFMylation of ASC1 is a necessary process for the transactivation of ERα in the presence of 17β‐estradiol (E2).
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PMC11585565
The proteins were transferred from the gel to a membrane using a Trans-blot Semi-dry transfer cell (Bio-Rad) at constant 18 V for 45 min.
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PMC5916734
The target level of expression of the auxiliary genes can be determined by choosing clonal producer cell lines according to the percentage of coagulationally active FIX molecules with a cleaved propeptide.
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PMC8806312
For the univariate risk score, metastases were found to be independent predictors.
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PMC11786704
In addition, immunohistochemical tests of IL-1β, TNF-α, and MnSOD were performed.
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PMC7338939
The results demonstrated that the model could explain the dynamics of the tumor size properly, because of the closeness of the estimated and measured tumor size.
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PMC8998437
Determination of CCR1 mRNA expression levels and quantification of CCR1 transcript copy number were carried out using RT real-time PCR and primers targeting exons 1 and 2.
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PMC11476222
The ZIC-HILIC column, which provided superior resolution for separating GD1 isomers, has previously been reported to be highly sensitive and to offer excellent resolution for analyte separation across various “omics” fields .
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PMC11742864
We summarize the significant findings of ω-3 LCPUFAs in lung cancer since 2011 (Table 1).Table 1ω-3 LCPUFA effects and mechanisms in lung cancerEffectsCell lines or animal modelsCompoundsMechanism of actionReferenceInhibit tumor/cancer cell growth and proliferationLLC mouse modelDHA/EPADownregulate NF-κB pathway through PPARγLiu et al.LLC cellsω-3/ω-6LCPUFA dietEnhance CYP450 metabolismHuerta-Yepez et al.A427 cellsDHAReduce TNFα expression via upregulating lipid peroxidationMuzio et al.Induce autophagy and apoptosisA549 cellsEPA/DHAUpregulate lipid peroxidation and induce autophagyZajdel et al.LLC mouse modelDHARegulate AKT/mTOR or AMPK pathwayKim et al.A549 cellsDHARegulate PI3K/AKT pathwayYin et al.95D cellsDHAUpregulate PPARγ and RXRα signalingYue et al.A549 cellsDHA/EPAActivate the AKT/mTOR pathway and regulate autophagyYao et al.A549 cellsDHA/EPAInduce autophagosome formationYao et al.Reduce cancer cells migration and invasionA549 cellsDHAInhibit HSP90 expressionMouradian et al.A549/95D cellsDHAInhibit CCL18/STAT3 signaling and EMTLuo et al.95D cellsDHAActivate PPARγ and regulate NF-κB and PTEN/AKT pathwaysYin et al.LLC cellsDHAEnhance miR-138-5p expression and decrease FOXC1 expressionBai et al.Suppress inflammationA549 cellsPSO/RA-RFDownregulate lipid peroxidationTantipaiboonwong et al.A549/H1299 cellsEPARegulate COX metabolismYang et al.Increased tumor therapeutic efficacyA549/H1573 cellsDHAinhibit Ras/MEK/ERK and PI3K/AKT pathways to enhance diclofenac efficacyPoku et al.A5491299 cellsDHAinhibit EGFR and ERK pathways to increase carboplatin’s effectsMorin et al.PC9 cellsDHARegulate EGFR pathway to reverse gefitinib sensitivityDing et al.LLC cellsDHASynergize with DTX to inhibit lung cancer metastasis to boneJiang et al.A549/H1385/H1650/H1975 cellsDHAReduce membrane fluidity and increase PD-L1/PD-1 binding to increase the effects of ICIsLa Vecchia et al.A549 cellsDHAReverse PD-L1-mediated immune suppression via decreasing the PD-L1 expressionZhang et al.PSO/RA-RF: perilla seed oil/rosmarinic acid-rich fraction.
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PMC9429973
Image: Summary/Conclusion: Bcor p.P483L mutation could disrupt BCOR protein structure and function, therefore reducing the transcriptional repressive effect of BCOR on HDAC6.
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PMC11412721
Our transcriptomic data from splenic cells of Trp53 Eμ-Myc and Trp53 Eμ-Myc males disclosed very few differentially expressed genes and highlighted Ackr4 as a male-specific positive prognostic factor in Eμ-Myc-induced lymphomas.
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PMC11546117
Indeed, the bidirectional permeabilities for propranolol were high in comparison to atenolol, confirming that the in vitro model is able to distinguish between passive paracellular and transcellular transport routes.
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PMC11568601
As illustrated in Fig. 6B, compared to the TGT treatment group, the protein expression levels of ATF6, BiP, p-IRE1, XBP1s and CHOP decreased after IRE1 knockdown.
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PMC11746948
This process was repeated twice as shown in the timeline in Fig. 7a.
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PMC8526701
B Mice weight after treatment.
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PMC9856122
Further molecular dynamic (MD) simulation studies also confirmed the stability of noscapine with M .
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PMC9985266
P < 0.05, **P < 0.01, ***P < 0.001; values are expressed as the mean ± standard deviation (n = 3) Effect of IL-27 on TGF-β1-induced fibrosis in MRC-5 cells.
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PMC9429973
Analyzing MRC2 cell surface presentation by flow cytometry, we found that AML cell lines (n=10) displayed the highest levels of MRC2 expression followed by healthy CD34 cord blood (CB) cells (n=7), while primary AML patient samples (n=21) were characterized by an intermediary MRC2 cell surface presentation with the lowest levels of MRC2 presentation in differentiated healthy hematopoietic cells.
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PMC11755519
Tumor extracellular vesicles (EVs) are an important factor in promoting this mechanism.
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PMC7039683
GR: GRHL, TE: TEAD, FO: FOS, TF: TFAP2, GA: GATA, CE: CEBP, KL: KLF.
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PMC11756937
For episomal reprogramming of the LCLs and fibroblasts with OriP/EBNA1 episomal vectors expressing hOCT3/4 with sh-p53, hSOX2, hKLF4, hL-MYC, LIN28 and EGFP, the cells were nucleofected with Amaxa Nucleofector II device (Lonza) using U-015 (LCLs) and U-023 (fibroblasts) programmes and maintained at 37°C, 5% CO2 and 5% O2 incubator.
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PMC11588085
Additionally, CSCs are heterogeneous, with different subtypes exhibiting various phenotypes and markers within the tumor.
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PMC11314247
In this work, we performed anti-proliferative assays for the compound N-(2-hydroxyphenyl)-2-propylpentanamide (HO-AAVPA) on breast cancer (BC) cells (MCF-7, SKBR3, and triple-negative BC (TNBC) MDA-MB-231 cells) to explore its pharmacological mechanism regarding the type of cell death associated with G protein-coupled estrogen receptor (GPER) expression.
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PMC11805741
Furthermore, additional research suggested that lutein could be a promising candidate for breast cancer chemoprevention, with HES1 potentially playing a crucial role in mediating lutein’s suppression of hypoxia-induced, ROS-driven breast cancer progression (Li et al. 2018).
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PMC11753435
Fluorescence images were captured using an upright microscope (Zeiss Axio Imager 2) with a 20× objective lens.
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PMC11261875
In this mechanism, metabolites such as lactate and pyruvate are produced by oxidative stressed cancer-associated fibroblasts and are used by cancer cells for ATP synthesis within the mitochondria .
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p < 0.05, **p < 0.01.
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PMC11423992
Cell lines were cultured according to instructions provided by the ATCC.
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PMC11224020
Center, minimum to maximum range of median cell diameter (n = 34 cells).
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PMC11756514
no. L3000001, Thermo Fisher Scientific) were mixed in two steps following the instruction manual.
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PMC11400680
Recently, an immeasurable amount of powerful deep learning models have evolved and been deployed in microscopic cell segmentation research.
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PMC11632064
Statistical analyses were performed using the Prism software 10_v.
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PMC9512971
Patients aged at least 18 years were eligible for this study if they were admitted to the participating hospitals within 5 days of onset of SARS-CoV-2 symptoms or within 5 days of a positive test for asymptomatic patients.
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PMC11409031
Additional correlation analysis reveals a positive correlation between the risk score and M2 macrophages, monocytes, neutrophils, as well as CD4 T cells memory at rest.
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PMC9545474
It showed no cross‐resistance and, unlike cisplatin, the remarkable in vitro antiproliferative activity of this compound appears to be p53‐independent.
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PMC10788478
Further studies on these genes would help to elucidate the regulatory mechanisms of LGR6 that promote malignant behavior in lung cancer.
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PMC9927933
Furthermore, the tumor-suppression effect of Ube2c KO is achieved largely by accumulated DEPTOR as a substrate of UBE2C.
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PMC11502962
THP-1 monocytes were treated with PMA (100 ng/mL, Sigma-Aldrich, MO, USA) to induce them to differentiate into macrophage-like cells (21).
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PMC8557138
Significant downregulation of PDGF-A, stromal cell-derived growth factor-1 alpha (SDF-1α) and other angiogenic cytokines results in the formation of disorganized blood vessels leading to vascular dysfunction in the context of diabetes (Kolluru et al. 2012; Okonkwo and DiPietro 2017).
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PMC11591038
In APP knock-in mice, complement C3a receptor (C3aR)-positive microglia showed an upregulated expression of HIF-1 signaling with abnormal lipid droplet accumulation; the knockout of C3aR accompanied by reduced HIF-1α signaling reversed AD pathology with improved learning memory .
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PMC11380329
The number of specific compounds were 11, 24, and 12 (Fig. 5A), classified into 7, 9, and 3 categories (Fig. 5B) for Fre P, Egy P, and Ger P, respectively.
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PMC11574271
BMS-777607, a specific RON inhibitor, was from Selleck (Selleck Chemicals, USA).
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PMC11397654
In fact, unmodified calixarenes are conformational mobile macrocycles which adopt a cone conformation because of the cooperative hydrogen bonds between hydroxy groups.
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PMC8701144
Nonetheless, a conclusive identification of the link between the E1B-55k protein and key components of the WNT signaling pathway requires validation by additional experiments that are outside the scope of this work.
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PMC8345486
Δψp was measured using flow cytometry analysis involving the fluorescence intensity of bis-barbituric acid oxonol (DiBAC4(3)), a standard potentiometric probe for this purpose .
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PMC9512971
This was a multicenter, double-blind, randomized, parallel-group, placebo-controlled study.
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However, in mutant Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog‐like‐dependent cells such as Mia PaCa‐2, GSK3β was suppressed and the β‐catenin level was increased, thus inducing apoptosis.
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PMC7642379
The production of protein therapeutics is a fast-growing field as it allows for the generation of sophisticated molecules with high specificity and activity in humans.
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PMC6160470
no. 93112519) and its adriamycin resistant counterpart A2780/Adr (ECACC cat.
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PMC10578720
The role of DCA in immune cell function and differentiation has recently been reevaluated, but it remains a subject of controversy.
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PMC10114490
The fraction of infected cells was ≈40% as determined in a separate well by GFP-positivity after a 24-h pulse of 1 µg/mL of doxycycline (Dox).
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PMC11419566
Pachymic acid could reduce the drug resistance of cancer cells by combining with other anticancer drugs.
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CD3CD56 NK cells were successfully expanded to a purity of up to 50-90%.
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The Chou-Talalay method for drug combination relies on the median-effect equation, forming the theoretical basis for the CI equation.
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PMC11674441
Statistical analyses and graph generation were performed using GraphPad Prism Version 8.3.0 (GraphPad software, La Jolla, CA, USA).
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PMC11679033
Data obtained in CBMN Cyt Assay were processed by the same statistical tests and using Pearson’s Chi-Square (χ) test to establish the significance of differences in results obtained for lymphocyte proliferation.
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PMC11244823
Apparent mobility of gD1_180 (38kDa).
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circSOX4 was mainly located in the cytoplasm (Figure 3(a)).
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All-trans RA (atRA) is a key mediator of HFSC lineage plasticity (66).
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The above paper reveals that the PCA is safer at its therapeutic dose of 100 mg/kg.
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PMC8345486
Spheroids were cultured for up to three weeks, depending on the rate of spheroid formation (A2780 lines—7 days, SKOV-3—two weeks, OVCAR-3—3 weeks).
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PMC7348793
The sequences of the mtDNA fragments cloned in pBluescriptII SK+ were determined in a similar fashion using amounts of template DNA and primers recommended by the sequencing kit manufacturer (Applied Biosystems, Waltham, MA, USA).
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PMC5963610
NGcGM3 over-expression could make tumors less dependent of EGFR phosphorylation and therefore less sensible to anti-EGFR based therapies.
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PMC11407042
Further information and requests should be directed to the lead contact, Zeling Xu (zelingxu@scau.edu.cn).
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PMC11711345
Only one report evaluated cuminic acid activity, and the induction of cytotoxicity was observed in HepG2 (IC50 6 µg/ml) cells without further details on the determination .
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PMC11377827
Cells were scraped in 500 µl of 1% Triton in 1xPBS, and centrifuged for 10 min at 14,000 × g at 4 °C.
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PMC11774747
In conclusion, the CAR and native TCR cooperate in enhancing the therapeutic potential of CAR-VST by ensuring robust and sustained immune responses.
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PMC10669966
A differential expression test of genes for the LPS subtypes was performed, using the estimateDisp and exactTest functions from edgeR, with default parameters.
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PMC7192625
We constructed a cross-ChAs matrix for the above mentioned features on B cells, as shown in Figure 4C.
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PMC11194678
Treatment with rapamycin, an autophagy enhancer via inhibiting mTOR, diminished the number of cells containing aggregated proteins and decreased the sizes of aggregates (Fig. 6, A–C and Fig. S5, B–D).
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PMC11513571
Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) causes a viral respiratory illness that was first reported in Saudi Arabian patients in 2012.1 MERS-CoV causes a lower respiratory tract illness, which progresses from nonspecific influenza-like symptoms to severe pneumonia, multiple organ failure, and death.
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PMC11453295
M.J. Sikora: None.
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PMC11098378
These strains display a relatively safe profile because their mutant M proteins are unable to block cellular gene expression and thus are highly susceptible to innate immune responses (e.g. IFN signaling) that are present in normal cells, but typically defective in transformed cells [62–67].
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PMC9429973
Treatment discontinuation due to G3 TEAEs was greater with PVd vs Vd in NF (19.2 vs 18.5%) and F (30.1 vs 20.9%) subgroups.
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PMC11347429
Yellow: not significant genes with an absolute fold change of 1.5 (log2 = 0.5849625).
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PMC11731614
The search space included all fully and half-tryptic peptide candidates within the mass tolerance window with no-miscleavage constraint, assembled, and filtered with DTASelect2 through IP2.
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PMC11499381
Due to inherent variation from transient transfection, data were normalized to the WT control in each experiment by setting 100% and 0% of WT response as the Emax and Emin of the WT curve in each experiment.
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The lentiviral vector TetO-HHFG (Additional file 1: Fig. S1A) was described in detail previously (.
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PMC11547972
Tumor growth and proliferation were analyzed by MTT, BrdU incorporation, and clone formation assays.
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PMC11802855
U266 and RPMI8226 cells in the logarithmic growth phase were seeded into a six-well cell culture plate.
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PMC6600253
Other studies indicated that RSV synergistically induced cytotoxicity in cancer cells in combination therapy.
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The mice were segmented into 5 groups at random when the tumor volume reached 100 ~ 300 mm: the control group (normal saline), cisplatin group (3 mg·kg), low-dose TGT group (10 g·kg), medium-dose TGT group (20 g·kg), high-dose TGT group (40 g·kg), and 8 mice in each group.
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PMC11730311
Half-life of hαCGRP8-37 analogues carrying a C20-diacid was estimated in mice in a pilot study (n = 1–2).
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PMC11787355
Upon coculture, PTPRZ1-TCR-T exclusively killed HLA-A*02 lines (Fig. 5e).
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Following 4 hours of incubation, the absorbance at 450 nm was measured using a microplate reader.
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The unbound BAK/BAX proteins can then oligomerize and permeabilize the outer mitochondrial membrane, releasing cytochrome c and initiating the caspase cascade.
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PMC2777936
In a bioinformatics study, POU5F1 transcription factor binding sites were conserved among mammalian FZD5 orthologs .
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PMC11534035
A-D: Colony formation and size are inhibited under treatment with GPER1 agonist G1.
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PMC11806106
After the measurement, the YFP/CFP emission ratio was calculated using Microsoft Excel.
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PMC11739696
Results were presented as mean ± SD.
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