Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC3734024
Radioactivity was assessed by a scintillation counter.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Radioactivity", "was", "assessed", "by", "a", "scintillation", "counter", "." ] } ]
PMC10582049
The stromal population was composed of 986 cells from indolent LUADs (57.2%) and 673 from aggressive tumors (42.8%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "stromal", "population", "was", "composed", "of", "986", "cells", "from", "indolent", "LUADs", "(", "57.2", "%", ")", "and", "673", "from", "aggressive", "tumors", "(", "42.8", "%", ")", "." ] } ]
PMC8751435
By using loss‐of‐function assay, apoptotic cell alternation and genotoxic effect are validated to be partially caspase‐3 dependent in CME‐induced cell death in our findings.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "using", "loss‐of‐function", "assay", ",", "apoptotic", "cell", "alternation", "and", "genotoxic", "effect", "are", "validated", "to", "be", "partially", "caspase‐3", "dependent", "in", "CME‐induced", "cell", "death", "in", "our", "findings", "." ] } ]
PMC11622247
The intercalator dyes QB, TO and a tricyclic benzothiazole containing TO derivative (TOtric) were designed to serve two distinct functions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "intercalator", "dyes", "QB", ",", "TO", "and", "a", "tricyclic", "benzothiazole", "containing", "TO", "derivative", "(", "TOtric", ")", "were", "designed", "to", "serve", "two", "distinct", "functions", "." ] } ]
PMC4360730
Although these rules can facilitate the addition of new terms to the ontology without manual review of the relationships, there will still be the need to ensure the correct ontology term is selected for the biosample that is being assayed As the number and variety of datasets increase, there is more need to compare results across different experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "these", "rules", "can", "facilitate", "the", "addition", "of", "new", "terms", "to", "the", "ontology", "without", "manual", "review", "of", "the", "relationships", ",", "there", "will", "still", "be", "the", "need", "to", "ensure", "the", "correct", "ontology", "term", "is", "selected", "for", "the", "biosample", "that", "is", "being", "assayed", "As", "the", "number", "and", "variety", "of", "datasets", "increase", ",", "there", "is", "more", "need", "to", "compare", "results", "across", "different", "experiments", "." ] } ]
PMC11763764
After the cells were washed in PBS, they were incubated with ribonuclease A (100 μg /mL) for 5 min at room temperature and stained with propidium iodide (20 μg/mL) in PBS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "the", "cells", "were", "washed", "in", "PBS", ",", "they", "were", "incubated", "with", "ribonuclease", "A", "(", "100", "μg", "/mL", ")", "for", "5", "min", "at", "room", "temperature", "and", "stained", "with", "propidium", "iodide", "(", "20", "μg/mL", ")", "in", "PBS", "." ] } ]
PMC9592219
Therefore, TOP2A highly expressed in liver cancer was closely related to high disease grade, late disease stage, and poor prognosis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "TOP2A", "highly", "expressed", "in", "liver", "cancer", "was", "closely", "related", "to", "high", "disease", "grade", ",", "late", "disease", "stage", ",", "and", "poor", "prognosis", "." ] } ]
PMC11279397
To facilitate analysis, the target proteins were transformed to standard gene symbols, ultimately yielding 397 gene symbols.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "facilitate", "analysis", ",", "the", "target", "proteins", "were", "transformed", "to", "standard", "gene", "symbols", ",", "ultimately", "yielding", "397", "gene", "symbols", "." ] } ]
PMC11499381
When expressed alone, RAMP1 is trapped intracellularly, but traffics to the cell surface upon co-expression with either CLR or CTR , thus we used detection of myc-RAMP1 as a measure of cell-surface expression of the full receptor complex.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "When", "expressed", "alone", ",", "RAMP1", "is", "trapped", "intracellularly", ",", "but", "traffics", "to", "the", "cell", "surface", "upon", "co-expression", "with", "either", "CLR", "or", "CTR", ",", "thus", "we", "used", "detection", "of", "myc-RAMP1", "as", "a", "measure", "of", "cell-surface", "expression", "of", "the", "full", "receptor", "complex", "." ] } ]
PMC7519871
To the best of our knowledge the possible synergistic effect of WDL in combination with cisplatin is not investigated previously.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "the", "best", "of", "our", "knowledge", "the", "possible", "synergistic", "effect", "of", "WDL", "in", "combination", "with", "cisplatin", "is", "not", "investigated", "previously", "." ] } ]
PMC11252553
Developing radioprotective agents is an ongoing and important topic in radiation protection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Developing", "radioprotective", "agents", "is", "an", "ongoing", "and", "important", "topic", "in", "radiation", "protection", "." ] } ]
PMC8143558
In order to do this, we saw the need for an in-depth review of literature and synthesis of knowledge on saponin-rich plants generally and Southern African flora in particular.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "order", "to", "do", "this", ",", "we", "saw", "the", "need", "for", "an", "in-depth", "review", "of", "literature", "and", "synthesis", "of", "knowledge", "on", "saponin-rich", "plants", "generally", "and", "Southern", "African", "flora", "in", "particular", "." ] } ]
PMC11607638
All data are mean ± SEM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "data", "are", "mean", "±", "SEM", "." ] } ]
PMC11687663
The TPSA value serves as a parameter in drug-likeness assessments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "TPSA", "value", "serves", "as", "a", "parameter", "in", "drug-likeness", "assessments", "." ] } ]
PMC10747139
It is known that, besides other metabolic changes, including alterations in oxidative phosphorylation or glutaminolysis , several types of solid cancers show improved glycolysis to convert glucose to lactate, even under aerobic conditions: this effect is called the “Warburg effect” .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "known", "that", ",", "besides", "other", "metabolic", "changes", ",", "including", "alterations", "in", "oxidative", "phosphorylation", "or", "glutaminolysis", ",", "several", "types", "of", "solid", "cancers", "show", "improved", "glycolysis", "to", "convert", "glucose", "to", "lactate", ",", "even", "under", "aerobic", "conditions", ":", "this", "effect", "is", "called", "the", "“", "Warburg", "effect", "”", "." ] } ]
PMC11448304
Among the identified proteins, 6735 were found to be comparable between A549 and RA549 cells. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "the", "identified", "proteins", ",", "6735", "were", "found", "to", "be", "comparable", "between", "A549", "and", "RA549", "cells", ".", "(" ] } ]
PMC11752740
The analysis of the combination treatment shown in Fig. 4 reveals that the CI values for the ED50 in SK-BR3 cells were 0.102 and 0.022, while in MCF10A cells, they were 0.261 and 0.165 at 24- and 48-hours, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "analysis", "of", "the", "combination", "treatment", "shown", "in", "Fig.", "4", "reveals", "that", "the", "CI", "values", "for", "the", "ED50", "in", "SK-BR3", "cells", "were", "0.102", "and", "0.022", ",", "while", "in", "MCF10A", "cells", ",", "they", "were", "0.261", "and", "0.165", "at", "24-", "and", "48-hours", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11237030
Magnification: ×20.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Magnification", ":", "×20", "." ] } ]
PMC9275501
Proposed schematic diagram of AP-PP-DOX (Angelica polysaccharide-peptide-doxorubicin) nanoparticles for antitumor drug delivery.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Proposed", "schematic", "diagram", "of", "AP-PP-DOX", "(", "Angelica", "polysaccharide-peptide-doxorubicin", ")", "nanoparticles", "for", "antitumor", "drug", "delivery", "." ] } ]
PMC6889484
These vectors contain intact long terminal repeats (LTRs).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "vectors", "contain", "intact", "long", "terminal", "repeats", "(", "LTRs", ")", "." ] } ]
PMC9219615
In this experiment, the acetate groups of nonfluorescent carboxy-H2DCFDA are cleaved by intracellular esterases and oxidation to form the green fluorescing product 2′,7′-dichlorofluorescein (DCF).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "experiment", ",", "the", "acetate", "groups", "of", "nonfluorescent", "carboxy-H2DCFDA", "are", "cleaved", "by", "intracellular", "esterases", "and", "oxidation", "to", "form", "the", "green", "fluorescing", "product", "2′,7′-dichlorofluorescein", "(", "DCF", ")", "." ] } ]
PMC4369959
They found that protein meals with ginger reduced and delayed nausea due to chemotherapy and reduced the use of antiemetic medications .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "They", "found", "that", "protein", "meals", "with", "ginger", "reduced", "and", "delayed", "nausea", "due", "to", "chemotherapy", "and", "reduced", "the", "use", "of", "antiemetic", "medications", "." ] } ]
PMC10882807
To investigate the stability of hsa_circ_0005397, we conducted an actinomycin D experiment, results shown that the expression level of hsa_circ_0005397 was not significantly decreased, which confirmed that hsa_circ_0005397 was more stable to actinomycin D treatment than liner mRNA RHOT1 (Fig. 1H).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "investigate", "the", "stability", "of", "hsa_circ_0005397", ",", "we", "conducted", "an", "actinomycin", "D", "experiment", ",", "results", "shown", "that", "the", "expression", "level", "of", "hsa_circ_0005397", "was", "not", "significantly", "decreased", ",", "which", "confirmed", "that", "hsa_circ_0005397", "was", "more", "stable", "to", "actinomycin", "D", "treatment", "than", "liner", "mRNA", "RHOT1", "(", "Fig.", "1H", ")", "." ] } ]
PMC11655498
The interaction between MCAF1 and Rta promotes the formation of Sp1-MCAF1-Rta complex at the Sp1 binding site, which ultimately results in the activation of Rp (Chang et al., 2005).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "interaction", "between", "MCAF1", "and", "Rta", "promotes", "the", "formation", "of", "Sp1-MCAF1-Rta", "complex", "at", "the", "Sp1", "binding", "site", ",", "which", "ultimately", "results", "in", "the", "activation", "of", "Rp", "(", "Chang", "et", "al.", ",", "2005", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Histological variants of HL in most cases were represented by nodular sclerosis (56%) and mixed-cell variant (41%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Histological", "variants", "of", "HL", "in", "most", "cases", "were", "represented", "by", "nodular", "sclerosis", "(", "56", "%", ")", "and", "mixed-cell", "variant", "(", "41", "%", ")", "." ] } ]
PMC7039683
Motifs enriched in hOEAEs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Motifs", "enriched", "in", "hOEAEs", "." ] } ]
PMC9429973
Additionally, EPICOVIDEHA Kids will enable the partnership of international groups of hematologists and infectious diseases specialists, in order to improve the clinical management of HM patients with COVID-19.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "EPICOVIDEHA", "Kids", "will", "enable", "the", "partnership", "of", "international", "groups", "of", "hematologists", "and", "infectious", "diseases", "specialists", ",", "in", "order", "to", "improve", "the", "clinical", "management", "of", "HM", "patients", "with", "COVID-19", "." ] } ]
PMC11721064
This study demonstrates the ability of LN to promote KPCs transdifferentiation into corneal epithelial cells in vitro, and this process is partially mediated by the STAT3/PI3K/AKT signaling pathway.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "study", "demonstrates", "the", "ability", "of", "LN", "to", "promote", "KPCs", "transdifferentiation", "into", "corneal", "epithelial", "cells", "in", "vitro", ",", "and", "this", "process", "is", "partially", "mediated", "by", "the", "STAT3/PI3K/AKT", "signaling", "pathway", "." ] } ]
PMC11676674
In vitro genotoxicity testing has gained significant importance as a tool for the evaluation of the safety of different drugs and chemicals.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "vitro", "genotoxicity", "testing", "has", "gained", "significant", "importance", "as", "a", "tool", "for", "the", "evaluation", "of", "the", "safety", "of", "different", "drugs", "and", "chemicals", "." ] } ]
PMC11607321
Gene essentiality scores are represented using copy-number corrected log2 fold-changes scaled by the median of common essential (score = −1) and non-essential (score = 0) genes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Gene", "essentiality", "scores", "are", "represented", "using", "copy-number", "corrected", "log2", "fold-changes", "scaled", "by", "the", "median", "of", "common", "essential", "(", "score", "=", "−1", ")", "and", "non-essential", "(", "score", "=", "0", ")", "genes", "." ] } ]
PMC11607638
The number of mosquitoes having finished a blood meal was recorded every 10 min until all mosquitoes had finished blood feeding.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "number", "of", "mosquitoes", "having", "finished", "a", "blood", "meal", "was", "recorded", "every", "10", "min", "until", "all", "mosquitoes", "had", "finished", "blood", "feeding", "." ] } ]
PMC9429973
The patient consequently started treatment with idelalisib+venetoclax.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "patient", "consequently", "started", "treatment", "with", "idelalisib+venetoclax", "." ] } ]
PMC11788920
The dCas9 and a guide RNA (gRNA) complex has been utilized to regulate transcription in a sequence specific manner.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "dCas9", "and", "a", "guide", "RNA", "(", "gRNA", ")", "complex", "has", "been", "utilized", "to", "regulate", "transcription", "in", "a", "sequence", "specific", "manner", "." ] } ]
PMC11720107
This term reflects not only its value as a spice but also its wide range of health-promoting effects .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "term", "reflects", "not", "only", "its", "value", "as", "a", "spice", "but", "also", "its", "wide", "range", "of", "health-promoting", "effects", "." ] } ]
PMC11787381
Finally, intranasal administration of low doses of bambuterol gel in mice intoxicated with Aβ peptides, prevented long-term spatial memory impairment and showed beneficial effects on the survival of neurons and on synapse preservation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "intranasal", "administration", "of", "low", "doses", "of", "bambuterol", "gel", "in", "mice", "intoxicated", "with", "Aβ", "peptides", ",", "prevented", "long-term", "spatial", "memory", "impairment", "and", "showed", "beneficial", "effects", "on", "the", "survival", "of", "neurons", "and", "on", "synapse", "preservation", "." ] } ]
PMC10898159
In the absence of ligand stimulation, two adjacent KIT protein D4 structures remain independent due to charge repulsion.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "absence", "of", "ligand", "stimulation", ",", "two", "adjacent", "KIT", "protein", "D4", "structures", "remain", "independent", "due", "to", "charge", "repulsion", "." ] } ]
PMC11144200
The mice ranged in age from 4 to 6 weeks.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mice", "ranged", "in", "age", "from", "4", "to", "6", "weeks", "." ] } ]
PMC11760643
Use of anti‐P2X7 mAb‐mediated CDC and subsequent depletion of P2X7 cells may represent a new approach to preventing P2X7‐mediated processes in experimental and clinical settings.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Use", "of", "anti‐P2X7", "mAb‐mediated", "CDC", "and", "subsequent", "depletion", "of", "P2X7", "cells", "may", "represent", "a", "new", "approach", "to", "preventing", "P2X7‐mediated", "processes", "in", "experimental", "and", "clinical", "settings", "." ] } ]
PMC11411004
PVDF membranes were incubated overnight at 4 °C with the appropriate primary antibody, followed by incubation with the appropriate secondary antibody for 2 h on a shaker.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PVDF", "membranes", "were", "incubated", "overnight", "at", "4", "°", "C", "with", "the", "appropriate", "primary", "antibody", ",", "followed", "by", "incubation", "with", "the", "appropriate", "secondary", "antibody", "for", "2", "h", "on", "a", "shaker", "." ] } ]
PMC11765678
After removing the ligand, AutoDock Vina (Scripps Research Institute, La Jolla, CA, USA) was used for docking with the inner box dimension of 30 Å × 30 Å × 30 Å where the box was centered at the coordinate center of the ligand found with the X-ray crystal structure.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "removing", "the", "ligand", ",", "AutoDock", "Vina", "(", "Scripps", "Research", "Institute", ",", "La", "Jolla", ",", "CA", ",", "USA", ")", "was", "used", "for", "docking", "with", "the", "inner", "box", "dimension", "of", "30", "Å", "×", "30", "Å", "×", "30", "Å", "where", "the", "box", "was", "centered", "at", "the", "coordinate", "center", "of", "the", "ligand", "found", "with", "the", "X-ray", "crystal", "structure", "." ] } ]
PMC10452486
Evidently, cysteine residues other than C or other amino acids, such as serine or tyrosine, could be involved in HC dimerization.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Evidently", ",", "cysteine", "residues", "other", "than", "C", "or", "other", "amino", "acids", ",", "such", "as", "serine", "or", "tyrosine", ",", "could", "be", "involved", "in", "HC", "dimerization", "." ] } ]
PMC11763126
A Flowchart of the animal experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "Flowchart", "of", "the", "animal", "experiments", "." ] } ]
PMC11534035
A significant increase in colony size was observed in A431 cells treated with all tested concentrations of G36 relative to control colonies.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "significant", "increase", "in", "colony", "size", "was", "observed", "in", "A431", "cells", "treated", "with", "all", "tested", "concentrations", "of", "G36", "relative", "to", "control", "colonies", "." ] } ]
PMC8806312
N, nonmetastatic samples; T, metastatic samples Differentially expressed immune-related genes (IRGs). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "N", ",", "nonmetastatic", "samples", ";", "T", ",", "metastatic", "samples", "Differentially", "expressed", "immune-related", "genes", "(", "IRGs", ")", ".", "(" ] } ]
PMC3813807
Moreover, we previously reported that miR-372 maintains oncogene characteristics by targeting tumor necrosis factor, α-induced protein 1 (TNFAIP1), and that it regulates AGS cell growth (13).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "we", "previously", "reported", "that", "miR-372", "maintains", "oncogene", "characteristics", "by", "targeting", "tumor", "necrosis", "factor", ",", "α-induced", "protein", "1", "(", "TNFAIP1", ")", ",", "and", "that", "it", "regulates", "AGS", "cell", "growth", "(", "13", ")", "." ] } ]
PMC11087055
The control-GFP/COS implanted embryo under mitotic arrest condition initially displayed the polonaise movements along the authentic midline axis, however, the vorticity decreased time-dependently, resulting in a defective rotating cell flow (n=3, Figure 4G–G”’I–I”’ and K–K”’, Figure 4—figure supplement 1, and Video 4), consistent with the non-COS cell implanted embryos under aphidicolin-treatment (shown in Figure 2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "control-GFP/COS", "implanted", "embryo", "under", "mitotic", "arrest", "condition", "initially", "displayed", "the", "polonaise", "movements", "along", "the", "authentic", "midline", "axis", ",", "however", ",", "the", "vorticity", "decreased", "time-dependently", ",", "resulting", "in", "a", "defective", "rotating", "cell", "flow", "(", "n=3", ",", "Figure", "4G", "–", "G”’I", "–", "I", "”", "’", "and", "K", "–", "K", "”", "’", ",", "Figure", "4—figure", "supplement", "1", ",", "and", "Video", "4", ")", ",", "consistent", "with", "the", "non-COS", "cell", "implanted", "embryos", "under", "aphidicolin-treatment", "(", "shown", "in", "Figure", "2", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Results: We analyzed 45 patients who met inclusion criteria, 23 with AML and 22 with MDS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "We", "analyzed", "45", "patients", "who", "met", "inclusion", "criteria", ",", "23", "with", "AML", "and", "22", "with", "MDS", "." ] } ]
PMC11727062
High-throughput screening methods, which could elucidate these effects, have been rarely utilized in such studies.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "High-throughput", "screening", "methods", ",", "which", "could", "elucidate", "these", "effects", ",", "have", "been", "rarely", "utilized", "in", "such", "studies", "." ] } ]
PMC11672602
In the published article, there was an error in (Figures 2, 4) as published.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "published", "article", ",", "there", "was", "an", "error", "in", "(", "Figures", "2", ",", "4", ")", "as", "published", "." ] } ]
PMC11695546
Many nations currently sell ozonized oil, although there is not much data accessible about its chemical composition, and biological properties.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Many", "nations", "currently", "sell", "ozonized", "oil", ",", "although", "there", "is", "not", "much", "data", "accessible", "about", "its", "chemical", "composition", ",", "and", "biological", "properties", "." ] } ]
PMC9429973
ELN classification at diagnosis, cytogenetic, mutational status (FLT3-ITD, FLT3-TKD, NPM1, CEBPA, CBFB-MYH11, RUNX1-RUNX1T1) and outcome (complete remission (CR), primary resistance, relapse after achieving CR were recorded).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ELN", "classification", "at", "diagnosis", ",", "cytogenetic", ",", "mutational", "status", "(", "FLT3-ITD", ",", "FLT3-TKD", ",", "NPM1", ",", "CEBPA", ",", "CBFB-MYH11", ",", "RUNX1-RUNX1T1", ")", "and", "outcome", "(", "complete", "remission", "(", "CR", ")", ",", "primary", "resistance", ",", "relapse", "after", "achieving", "CR", "were", "recorded", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Here we evaluated MM1S cells, that are among best fitted to resemble actual MM patients’ biology.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Here", "we", "evaluated", "MM1S", "cells", ",", "that", "are", "among", "best", "fitted", "to", "resemble", "actual", "MM", "patients", "’", "biology", "." ] } ]
PMC8973725
The expression of p-AKT protein was also decreased.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "of", "p-AKT", "protein", "was", "also", "decreased", "." ] } ]
PMC11594806
This increased apoptotic activity and mitochondrial proliferation in AICAR-treated OS cells inhibited OS cell growth.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "increased", "apoptotic", "activity", "and", "mitochondrial", "proliferation", "in", "AICAR-treated", "OS", "cells", "inhibited", "OS", "cell", "growth", "." ] } ]
PMC8632470
Quercetin and NAPQI solutions were prepared as follows: accurately weighed quercetin (605 μg) and NAPQI (500 μg) were each dissolved in 1 mL of 1% DMSO in the culture medium.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quercetin", "and", "NAPQI", "solutions", "were", "prepared", "as", "follows", ":", "accurately", "weighed", "quercetin", "(", "605", "μg", ")", "and", "NAPQI", "(", "500", "μg", ")", "were", "each", "dissolved", "in", "1", "mL", "of", "1", "%", "DMSO", "in", "the", "culture", "medium", "." ] } ]
PMC9046263
Our results have demonstrated several implications for the role of HML-6 and ERVK3-1 in the tumor biology of GBM as well as the potential clinical applications of future studies.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "results", "have", "demonstrated", "several", "implications", "for", "the", "role", "of", "HML-6", "and", "ERVK3", "-", "1", "in", "the", "tumor", "biology", "of", "GBM", "as", "well", "as", "the", "potential", "clinical", "applications", "of", "future", "studies", "." ] } ]
PMC11506827
Mu-2-related death-inducing gene (MUDENG, MuD), a novel gene structurally similar to the Mu-2 adaptin subunit, is involved in intracellular trafficking mechanisms and apoptotic signaling pathways .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mu-2-related", "death-inducing", "gene", "(", "MUDENG", ",", "MuD", ")", ",", "a", "novel", "gene", "structurally", "similar", "to", "the", "Mu-2", "adaptin", "subunit", ",", "is", "involved", "in", "intracellular", "trafficking", "mechanisms", "and", "apoptotic", "signaling", "pathways", "." ] } ]
PMC11655536
Collectively, these results suggest that HA inhibits proliferation, induces apoptosis, and induced intracellular acidification in MM cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Collectively", ",", "these", "results", "suggest", "that", "HA", "inhibits", "proliferation", ",", "induces", "apoptosis", ",", "and", "induced", "intracellular", "acidification", "in", "MM", "cells", "." ] } ]
PMC10849234
We designed primers that span exon-exon junctions and the primers used were as follows: For RAB27A, forward: 5’-gggcgagccagacaaaaag-3’, reverse: 5’-acagggtagagaaccgcttg-3’, and for G6PD (reference), forward: 5’-gtgacctggccaagaagaag-3’, reverse: 5’-gaagggctcactctgtttgc-3’.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "designed", "primers", "that", "span", "exon-exon", "junctions", "and", "the", "primers", "used", "were", "as", "follows", ":", "For", "RAB27A", ",", "forward", ":", "5’-gggcgagccagacaaaaag-3", "’", ",", "reverse", ":", "5’-acagggtagagaaccgcttg-3", "’", ",", "and", "for", "G6PD", "(", "reference", ")", ",", "forward", ":", "5’-gtgacctggccaagaagaag-3", "’", ",", "reverse", ":", "5’-gaagggctcactctgtttgc-3", "’", "." ] } ]
PMC11549612
Therefore, further validation of the findings across multiple renal cancer cell lines or patient-derived samples is essential to confirm the broader applicability of the results.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "further", "validation", "of", "the", "findings", "across", "multiple", "renal", "cancer", "cell", "lines", "or", "patient-derived", "samples", "is", "essential", "to", "confirm", "the", "broader", "applicability", "of", "the", "results", "." ] } ]
PMC10812665
In the absence of a detailed isotope flux analysis, it is not possible to confirm that glycolysis is indeed running at an increased speed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "absence", "of", "a", "detailed", "isotope", "flux", "analysis", ",", "it", "is", "not", "possible", "to", "confirm", "that", "glycolysis", "is", "indeed", "running", "at", "an", "increased", "speed", "." ] } ]
PMC11075223
The above components were all potential cholinesterase inhibitors .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "above", "components", "were", "all", "potential", "cholinesterase", "inhibitors", "." ] } ]
PMC9429973
On day 14 after infusion, CAR-T cells peaked at 464842 copies/ug DNA in PB (n=13) and 282920 copies/ug DNA in BM (n=10) by droplet digital PCR; CAR-T cell expanded at 400 CAR+T cells/ul PB (n=13) and 271 CAR+T cells/ul BM (n=10) by flow cytometry.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "day", "14", "after", "infusion", ",", "CAR-T", "cells", "peaked", "at", "464842", "copies/ug", "DNA", "in", "PB", "(", "n=13", ")", "and", "282920", "copies/ug", "DNA", "in", "BM", "(", "n=10", ")", "by", "droplet", "digital", "PCR", ";", "CAR-T", "cell", "expanded", "at", "400", "CAR+T", "cells/ul", "PB", "(", "n=13", ")", "and", "271", "CAR+T", "cells/ul", "BM", "(", "n=10", ")", "by", "flow", "cytometry", "." ] } ]
PMC9910796
This late maturational step triggers structural rearrangements of the core shell and is crucial for the generation of infectious particles .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "late", "maturational", "step", "triggers", "structural", "rearrangements", "of", "the", "core", "shell", "and", "is", "crucial", "for", "the", "generation", "of", "infectious", "particles", "." ] } ]
PMC8097906
The decreased levels of N-acetyl serine could be an indication for protein degradation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "decreased", "levels", "of", "N-acetyl", "serine", "could", "be", "an", "indication", "for", "protein", "degradation", "." ] } ]
PMC11615743
The confocal microscopy images also show significant labeling of CEM cell membranes (Figure 3D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "confocal", "microscopy", "images", "also", "show", "significant", "labeling", "of", "CEM", "cell", "membranes", "(", "Figure", "3D", ")", "." ] } ]
PMC10938336
This analysis aids in identifying potential drug combinations with synergistic effects on disease treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "analysis", "aids", "in", "identifying", "potential", "drug", "combinations", "with", "synergistic", "effects", "on", "disease", "treatment", "." ] } ]
PMC8956657
The assay was performed in triplicate; error bars indicated the mean values ± standard deviation for the triplicate.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "assay", "was", "performed", "in", "triplicate", ";", "error", "bars", "indicated", "the", "mean", "values", "±", "standard", "deviation", "for", "the", "triplicate", "." ] } ]
PMC6771295
SIRT1 has more complex role which is cell type specific and can affect autophagy in both positive and negative ways.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SIRT1", "has", "more", "complex", "role", "which", "is", "cell", "type", "specific", "and", "can", "affect", "autophagy", "in", "both", "positive", "and", "negative", "ways", "." ] } ]
PMC11033180
Plexin A2 showed an intense immunofluorescence intensity in a subset of neuronal cell bodies corresponding to large neurons and was also observed at the border of small-size enteric neurons and in a few axonal processes (Figures 2G and 2G′).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Plexin", "A2", "showed", "an", "intense", "immunofluorescence", "intensity", "in", "a", "subset", "of", "neuronal", "cell", "bodies", "corresponding", "to", "large", "neurons", "and", "was", "also", "observed", "at", "the", "border", "of", "small-size", "enteric", "neurons", "and", "in", "a", "few", "axonal", "processes", "(", "Figures", "2", "G", "and", "2G′", ")", "." ] } ]
PMC11381192
Statistical significance was defined by a two‐tailed p value less than 0.05.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "significance", "was", "defined", "by", "a", "two‐tailed", "p", "value", "less", "than", "0.05", "." ] } ]
PMC10631132
A total of 250 ng of RNA was used to generate complementary DNA (cDNA) using Omniscript (Qiagen, Hilden, Germany) at 37°C for 1 h. The cDNA was then used to determine the expression of POU5F1, CSF1R, TNFRSF11A, NFATC1, CA2, MMP9 using a TaqMan quantitative reverse transcription PCR (qRT-PCR) (Additional file 2: Table S2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "total", "of", "250", "ng", "of", "RNA", "was", "used", "to", "generate", "complementary", "DNA", "(", "cDNA", ")", "using", "Omniscript", "(", "Qiagen", ",", "Hilden", ",", "Germany", ")", "at", "37", "°", "C", "for", "1", "h.", "The", "cDNA", "was", "then", "used", "to", "determine", "the", "expression", "of", "POU5F1", ",", "CSF1R", ",", "TNFRSF11A", ",", "NFATC1", ",", "CA2", ",", "MMP9", "using", "a", "TaqMan", "quantitative", "reverse", "transcription", "PCR", "(", "qRT-PCR", ")", "(", "Additional", "file", "2", ":", "Table", "S2", ")", "." ] } ]
PMC11745600
Therefore, we established an immune-deficient mouse model exhibiting persistent high blood glucose levels harboring a mutated Insulin1 (Ins1) gene.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "we", "established", "an", "immune-deficient", "mouse", "model", "exhibiting", "persistent", "high", "blood", "glucose", "levels", "harboring", "a", "mutated", "Insulin1", "(", "Ins1", ")", "gene", "." ] } ]
PMC11779876
Detailed definition of the clonotypic CDR3 rearrangements are listed in the “methods” section.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Detailed", "definition", "of", "the", "clonotypic", "CDR3", "rearrangements", "are", "listed", "in", "the", "“", "methods", "”", "section", "." ] } ]
PMC9429973
R. Okuda, Y. Ochi, K. Chonabayashi, N. Hiramoto, M. Sanada, H. Handa, S. Kasahara, S. Sato, N. Kanemura, T. Kitano, M. Watanabe, W. Kern, M. Creignou, Y. Shiraishi, M. Watanabe, K. Usuki, S. Imashuku, E. Hellstrom-Lindberg, T. Haferlach, S. Chiba, N. Sezaki, L.-Y. Shih, Y. Miyazaki, Y. Yoshida, T. Ishikawa, K. Ohyashiki, Y. Atsuta, Y. Shiozawa, S. Miyano, H. Makishima, Y. Nannya, S. Ogawa Department of Pathology and Tumor Biology; Center for iPS Research and Application; Department of Hematology and Oncology, Kyoto University, Kyoto City; Department of Hematology, Kobe City Medical Center General Hospital, Kobe City; Department of Advanced Diagnosis, Clinical Research Center, National Hospital Organization Nagoya Medical Center, Nagoya City; Department of Hematology, Gunma University Graduate School of Medicine, Gunma; Department of Hematology, Gifu Municipal Hospital, Gifu; Japan Adult Leukemia Study Group, Japan Adult Leukemia Study Group, Japan; Department of Internal Medicine, Gifu University, Gifu; Department of Hematology, Kitano Hospital, Osaka, Japan; MLL Munich Leukemia Laboratory, MLL Munich Leukemia Laboratory, Munich, Germany; Department of Medicine, Karolinska Institute, Stockholm, Sweden; Laboratory of Sequence Data Analysis, The University of Tokyo, Tokyo; Department of Hematology, Hyogo Prefectural Amagasaki General Medical Center, Amagasaki; Department of Hematology, NTT Medical Center Tokyo, Tokyo; Department of Laboratory Medicine, Uji-Tokushukai Medical Center, Uji; Department of Hematology, University of Tsukuba, Tsukuba; Department of Hematology, Chugoku Central Hospital, Hiroshima, Japan; Division of Hematology-Oncology, Chang Gung University, Taoyuan, Taiwan; Department of Hematology, Tokyo Medical University, Tokyo; The Japanese Data Center for Hematopoietic Cell Transplantation, The Japanese Data Center for Hematopoietic Cell Transplantation, Japan; Laboratory of DNA Information Analysis, The University of Tokyo, Tokyo; Institute for the Advanced Study of Human Biology, Kyoto University, Kyoto City, Japan Background: der(1;7)(q10;p10) (der(1;7)) is an unbalanced translocation between chromosomes 1 and 7 found in 1.5-6% of patients with myelodysplastic syndromes (MDS), depending on different ethnicity, where the common consequence is +1q and -7q.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "R.", "Okuda", ",", "Y.", "Ochi", ",", "K.", "Chonabayashi", ",", "N.", "Hiramoto", ",", "M.", "Sanada", ",", "H.", "Handa", ",", "S.", "Kasahara", ",", "S.", "Sato", ",", "N.", "Kanemura", ",", "T.", "Kitano", ",", "M.", "Watanabe", ",", "W.", "Kern", ",", "M.", "Creignou", ",", "Y.", "Shiraishi", ",", "M.", "Watanabe", ",", "K.", "Usuki", ",", "S.", "Imashuku", ",", "E.", "Hellstrom-Lindberg", ",", "T.", "Haferlach", ",", "S.", "Chiba", ",", "N.", "Sezaki", ",", "L.-Y.", "Shih", ",", "Y.", "Miyazaki", ",", "Y.", "Yoshida", ",", "T.", "Ishikawa", ",", "K.", "Ohyashiki", ",", "Y.", "Atsuta", ",", "Y.", "Shiozawa", ",", "S.", "Miyano", ",", "H.", "Makishima", ",", "Y.", "Nannya", ",", "S.", "Ogawa", "Department", "of", "Pathology", "and", "Tumor", "Biology", ";", "Center", "for", "iPS", "Research", "and", "Application", ";", "Department", "of", "Hematology", "and", "Oncology", ",", "Kyoto", "University", ",", "Kyoto", "City", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "Kobe", "City", "Medical", "Center", "General", "Hospital", ",", "Kobe", "City", ";", "Department", "of", "Advanced", "Diagnosis", ",", "Clinical", "Research", "Center", ",", "National", "Hospital", "Organization", "Nagoya", "Medical", "Center", ",", "Nagoya", "City", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "Gunma", "University", "Graduate", "School", "of", "Medicine", ",", "Gunma", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "Gifu", "Municipal", "Hospital", ",", "Gifu", ";", "Japan", "Adult", "Leukemia", "Study", "Group", ",", "Japan", "Adult", "Leukemia", "Study", "Group", ",", "Japan", ";", "Department", "of", "Internal", "Medicine", ",", "Gifu", "University", ",", "Gifu", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "Kitano", "Hospital", ",", "Osaka", ",", "Japan", ";", "MLL", "Munich", "Leukemia", "Laboratory", ",", "MLL", "Munich", "Leukemia", "Laboratory", ",", "Munich", ",", "Germany", ";", "Department", "of", "Medicine", ",", "Karolinska", "Institute", ",", "Stockholm", ",", "Sweden", ";", "Laboratory", "of", "Sequence", "Data", "Analysis", ",", "The", "University", "of", "Tokyo", ",", "Tokyo", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "Hyogo", "Prefectural", "Amagasaki", "General", "Medical", "Center", ",", "Amagasaki", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "NTT", "Medical", "Center", "Tokyo", ",", "Tokyo", ";", "Department", "of", "Laboratory", "Medicine", ",", "Uji-Tokushukai", "Medical", "Center", ",", "Uji", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "University", "of", "Tsukuba", ",", "Tsukuba", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "Chugoku", "Central", "Hospital", ",", "Hiroshima", ",", "Japan", ";", "Division", "of", "Hematology-Oncology", ",", "Chang", "Gung", "University", ",", "Taoyuan", ",", "Taiwan", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "Tokyo", "Medical", "University", ",", "Tokyo", ";", "The", "Japanese", "Data", "Center", "for", "Hematopoietic", "Cell", "Transplantation", ",", "The", "Japanese", "Data", "Center", "for", "Hematopoietic", "Cell", "Transplantation", ",", "Japan", ";", "Laboratory", "of", "DNA", "Information", "Analysis", ",", "The", "University", "of", "Tokyo", ",", "Tokyo", ";", "Institute", "for", "the", "Advanced", "Study", "of", "Human", "Biology", ",", "Kyoto", "University", ",", "Kyoto", "City", ",", "Japan", "Background", ":", "der(1;7)(q10;p10", ")", "(", "der(1;7", ")", ")", "is", "an", "unbalanced", "translocation", "between", "chromosomes", "1", "and", "7", "found", "in", "1.5", "-", "6", "%", "of", "patients", "with", "myelodysplastic", "syndromes", "(", "MDS", ")", ",", "depending", "on", "different", "ethnicity", ",", "where", "the", "common", "consequence", "is", "+", "1q", "and", "-7q", "." ] } ]
PMC7090062
Therefore, our findings confirmed that miR-30 increases cell sensitivity to IM by regulating cell autophagy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "our", "findings", "confirmed", "that", "miR-30", "increases", "cell", "sensitivity", "to", "IM", "by", "regulating", "cell", "autophagy", "." ] } ]
PMC11786767
At this stage of mitosis, microtubules form a star-like pattern in the center of the chromosome cluster.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "this", "stage", "of", "mitosis", ",", "microtubules", "form", "a", "star-like", "pattern", "in", "the", "center", "of", "the", "chromosome", "cluster", "." ] } ]
PMC11748335
Given that in normal samples, L-PMDs are where H3K9me3 tends to distribute (Fig. S2F; Fig. S5A), we speculated that these locations might represent regions predominantly covered by H3K9me3 in normal cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Given", "that", "in", "normal", "samples", ",", "L-PMDs", "are", "where", "H3K9me3", "tends", "to", "distribute", "(", "Fig.", "S2F", ";", "Fig.", "S5A", ")", ",", "we", "speculated", "that", "these", "locations", "might", "represent", "regions", "predominantly", "covered", "by", "H3K9me3", "in", "normal", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC9429973
Meanwhile, as reported previously, forodesine inhibited the proliferation of human T-cells activated with CD3 and CD28 antibodies in the presence of deoxyguanosine.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Meanwhile", ",", "as", "reported", "previously", ",", "forodesine", "inhibited", "the", "proliferation", "of", "human", "T-cells", "activated", "with", "CD3", "and", "CD28", "antibodies", "in", "the", "presence", "of", "deoxyguanosine", "." ] } ]
PMC11794588
Fig. 3Percentage lethality of C. elegans in different solvents of selected plant species.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "3Percentage", "lethality", "of", "C.", "elegans", "in", "different", "solvents", "of", "selected", "plant", "species", "." ] } ]
PMC11700247
Furthermore, RNA seq analysis of treated mouse tumors revealed significantly divergent findings between the 2 regimens.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "RNA", "seq", "analysis", "of", "treated", "mouse", "tumors", "revealed", "significantly", "divergent", "findings", "between", "the", "2", "regimens", "." ] } ]
PMC10919056
Subsequently, an risk scores (RS) prognostic model was constructed utilizing the RS values.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "an", "risk", "scores", "(", "RS", ")", "prognostic", "model", "was", "constructed", "utilizing", "the", "RS", "values", "." ] } ]
PMC11721587
The phospho-Fu antibody (pS482) was generated by Genemed Synthesis (San Antonio, TX) using the following phospho-peptide as antigen: QLKHS(p)MHSTNEEKL.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "phospho-Fu", "antibody", "(", "pS482", ")", "was", "generated", "by", "Genemed", "Synthesis", "(", "San", "Antonio", ",", "TX", ")", "using", "the", "following", "phospho-peptide", "as", "antigen", ":", "QLKHS(p)MHSTNEEKL", "." ] } ]
PMC9429973
Because of the reduced plasma levels of FV, genetic tests were required.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Because", "of", "the", "reduced", "plasma", "levels", "of", "FV", ",", "genetic", "tests", "were", "required", "." ] } ]
PMC11787381
B Representative images of synaptophysin (red) and PSD95 (green) staining of rat primary hippocampal neurons in the presence of vehicle (negative control), AβO (20 µM), bambuterol (10 nM) and donepezil (1 µM).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", "Representative", "images", "of", "synaptophysin", "(", "red", ")", "and", "PSD95", "(", "green", ")", "staining", "of", "rat", "primary", "hippocampal", "neurons", "in", "the", "presence", "of", "vehicle", "(", "negative", "control", ")", ",", "AβO", "(", "20", "µM", ")", ",", "bambuterol", "(", "10", "nM", ")", "and", "donepezil", "(", "1", "µM", ")", "." ] } ]
PMC10873328
Based on the univariate Cox regression analysis, 12 hub HRGs were found to be significantly correlated with patients’ overall survival (OS), including FOS like 2, AP-1 transcription factor subunit (FOSL2), epidermal growth factor receptor (EGFR), collagen type V alpha 1 chain (COL5A1), biglycan (BGN), Cbp/p300 interacting transactivator with Glu/Asp rich carboxy-terminal domain 2 (CITED2), transforming growth factor beta-induced protein (TGFBI), cyclin-dependent kinase inhibitor 1B (CDKN1B), serpin family E member 1 (SERPINE1), A-kinase anchoring protein 12 (AKAP12), glypican 1 (GPC1), transglutaminase 2 (TGM2) , and angiopoietin-like 4 (ANGPTL4) (Fig. 1a).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Based", "on", "the", "univariate", "Cox", "regression", "analysis", ",", "12", "hub", "HRGs", "were", "found", "to", "be", "significantly", "correlated", "with", "patients", "’", "overall", "survival", "(", "OS", ")", ",", "including", "FOS", "like", "2", ",", "AP-1", "transcription", "factor", "subunit", "(", "FOSL2", ")", ",", "epidermal", "growth", "factor", "receptor", "(", "EGFR", ")", ",", "collagen", "type", "V", "alpha", "1", "chain", "(", "COL5A1", ")", ",", "biglycan", "(", "BGN", ")", ",", "Cbp/p300", "interacting", "transactivator", "with", "Glu/Asp", "rich", "carboxy-terminal", "domain", "2", "(", "CITED2", ")", ",", "transforming", "growth", "factor", "beta-induced", "protein", "(", "TGFBI", ")", ",", "cyclin-dependent", "kinase", "inhibitor", "1B", "(", "CDKN1B", ")", ",", "serpin", "family", "E", "member", "1", "(", "SERPINE1", ")", ",", "A-kinase", "anchoring", "protein", "12", "(", "AKAP12", ")", ",", "glypican", "1", "(", "GPC1", ")", ",", "transglutaminase", "2", "(", "TGM2", ")", ",", "and", "angiopoietin-like", "4", "(", "ANGPTL4", ")", "(", "Fig.", "1a", ")", "." ] } ]
PMC7642379
Further evaluation of the differentially expressed genes between adherent and suspension HEK293 progeny cell lines, based on metabolic gene set analysis, highlighted changes in biosynthesis of aromatic amino acids and pathways related to lipids and/or cholesterol metabolic processes (Fig. 4b).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Further", "evaluation", "of", "the", "differentially", "expressed", "genes", "between", "adherent", "and", "suspension", "HEK293", "progeny", "cell", "lines", ",", "based", "on", "metabolic", "gene", "set", "analysis", ",", "highlighted", "changes", "in", "biosynthesis", "of", "aromatic", "amino", "acids", "and", "pathways", "related", "to", "lipids", "and/or", "cholesterol", "metabolic", "processes", "(", "Fig.", "4b", ")", "." ] } ]
PMC10882807
P < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001 Furthermore, the cell cycle was evaluated, and the results indicated that the percentage of cells in G0/G1 phase increased in the hsa_circ_0005397-depleted group in BEL-7404 and HCCLM3 cells (Fig. 4A-B) but decreased in the hsa_circ_0005397-overexpressing group in SK-Hep1 cells (Fig. 4C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "<", "0.05", ",", "*", "*", "p", "<", "0.01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0.001", "Furthermore", ",", "the", "cell", "cycle", "was", "evaluated", ",", "and", "the", "results", "indicated", "that", "the", "percentage", "of", "cells", "in", "G0/G1", "phase", "increased", "in", "the", "hsa_circ_0005397-depleted", "group", "in", "BEL-7404", "and", "HCCLM3", "cells", "(", "Fig.", "4A-B", ")", "but", "decreased", "in", "the", "hsa_circ_0005397-overexpressing", "group", "in", "SK-Hep1", "cells", "(", "Fig.", "4C", ")", "." ] } ]
PMC6901583
After treatment in DMEM minus serum overnight as indicated, conditioned medium was collected from the cells for VEGFA-enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) analysis in accordance with the prescribed protocols of the manufacturer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "treatment", "in", "DMEM", "minus", "serum", "overnight", "as", "indicated", ",", "conditioned", "medium", "was", "collected", "from", "the", "cells", "for", "VEGFA-enzyme-linked", "immunosorbent", "assay", "(", "ELISA", ")", "analysis", "in", "accordance", "with", "the", "prescribed", "protocols", "of", "the", "manufacturer", "." ] } ]
PMC9596868
A2780 and OVCAR3 cells were treated with 2µM MST-312, 15 µM quercetin and their combination for 48 h. Control group was treated with DMSO as a vehicle. (
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A2780", "and", "OVCAR3", "cells", "were", "treated", "with", "2µM", "MST-312", ",", "15", "µM", "quercetin", "and", "their", "combination", "for", "48", "h.", "Control", "group", "was", "treated", "with", "DMSO", "as", "a", "vehicle", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
Results: The prevalence of mutations in DICER1 and DROSHA was 54% and 17%, respectively, predominantly located in 5’-UTR and 3’-UTR regions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "The", "prevalence", "of", "mutations", "in", "DICER1", "and", "DROSHA", "was", "54", "%", "and", "17", "%", ",", "respectively", ",", "predominantly", "located", "in", "5’-UTR", "and", "3’-UTR", "regions", "." ] } ]
PMC10706275
The results indicated the viability of C12orf35 as the preferred target site for exogenous gene integration.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "indicated", "the", "viability", "of", "C12orf35", "as", "the", "preferred", "target", "site", "for", "exogenous", "gene", "integration", "." ] } ]
PMC11442172
Still, much of our current knowledge on cancer metabolism predominantly stems from studies using cells cultured in standard, nutrient-rich media.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Still", ",", "much", "of", "our", "current", "knowledge", "on", "cancer", "metabolism", "predominantly", "stems", "from", "studies", "using", "cells", "cultured", "in", "standard", ",", "nutrient-rich", "media", "." ] } ]
PMC11678368
Frequencies were scaled as follows: 0.948 for frequencies ≥ 2000 cm, 0.953 for frequencies in the range of 1000–2000 cm, and 0.970 for frequencies < 1000 cm, following standard recommendations .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Frequencies", "were", "scaled", "as", "follows", ":", "0.948", "for", "frequencies", "≥", "2000", "cm", ",", "0.953", "for", "frequencies", "in", "the", "range", "of", "1000–2000", "cm", ",", "and", "0.970", "for", "frequencies", "<", "1000", "cm", ",", "following", "standard", "recommendations", "." ] } ]
PMC11266100
For the assessment of cell transfection efficiency and viability, flow cytometric analysis, luminescent assays, and measurements of metabolic activity were conducted.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "the", "assessment", "of", "cell", "transfection", "efficiency", "and", "viability", ",", "flow", "cytometric", "analysis", ",", "luminescent", "assays", ",", "and", "measurements", "of", "metabolic", "activity", "were", "conducted", "." ] } ]
PMC11448304
Immunoprecipitation of EGFR was conducted to validate the Khib level of EGFR was indeed increased in the RA549 cell lines compared with A549 cell lines (Fig. 6d).Fig.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Immunoprecipitation", "of", "EGFR", "was", "conducted", "to", "validate", "the", "Khib", "level", "of", "EGFR", "was", "indeed", "increased", "in", "the", "RA549", "cell", "lines", "compared", "with", "A549", "cell", "lines", "(", "Fig.", "6d).Fig", "." ] } ]
PMC9429973
S. Tauchmann, F. Otzen Bagger, T. Bock, R. Sivalingam, T. Eder, E. Heyes, A. Fagnan, M. von Lindern, T. Mercher, F. Grebien, J. Schwaller Childhood Leukemia, University of Basel, University Children`s Hospital Basel, Department Biomedicine, Basel, Switzerland; University of Copenhagen, Center of Genomic Medicine, Copenhagen, Denmark; Proteomics Core Facility, Biozentrum, University of Basel, Basel, Switzerland; Institute for Medical Biochemistry, University of Veterinary Medicine Vienna, Vienna, Austria; INSERM U1170, Equipe Labellisée Ligue Contre le Cancer, Institut Gustave Roussy, Université Paris-Saclay, Université de Paris, Paris, France; Department Hematopoiesis, Sanquin Research, Academic Medical Center, University of Amsterdam, Amsterdam, Netherlands Background: Terminal differentiation of erythroid progenitor cells is controlled by the master transcription factor GATA1 acting in activating and repressive protein complexes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "S.", "Tauchmann", ",", "F.", "Otzen", "Bagger", ",", "T.", "Bock", ",", "R.", "Sivalingam", ",", "T.", "Eder", ",", "E.", "Heyes", ",", "A.", "Fagnan", ",", "M.", "von", "Lindern", ",", "T.", "Mercher", ",", "F.", "Grebien", ",", "J.", "Schwaller", "Childhood", "Leukemia", ",", "University", "of", "Basel", ",", "University", "Children`s", "Hospital", "Basel", ",", "Department", "Biomedicine", ",", "Basel", ",", "Switzerland", ";", "University", "of", "Copenhagen", ",", "Center", "of", "Genomic", "Medicine", ",", "Copenhagen", ",", "Denmark", ";", "Proteomics", "Core", "Facility", ",", "Biozentrum", ",", "University", "of", "Basel", ",", "Basel", ",", "Switzerland", ";", "Institute", "for", "Medical", "Biochemistry", ",", "University", "of", "Veterinary", "Medicine", "Vienna", ",", "Vienna", ",", "Austria", ";", "INSERM", "U1170", ",", "Equipe", "Labellisée", "Ligue", "Contre", "le", "Cancer", ",", "Institut", "Gustave", "Roussy", ",", "Université", "Paris-Saclay", ",", "Université", "de", "Paris", ",", "Paris", ",", "France", ";", "Department", "Hematopoiesis", ",", "Sanquin", "Research", ",", "Academic", "Medical", "Center", ",", "University", "of", "Amsterdam", ",", "Amsterdam", ",", "Netherlands", "Background", ":", "Terminal", "differentiation", "of", "erythroid", "progenitor", "cells", "is", "controlled", "by", "the", "master", "transcription", "factor", "GATA1", "acting", "in", "activating", "and", "repressive", "protein", "complexes", "." ] } ]
PMC11306331
Often, protein phase separation is facilitated by proteins’ intrinsically disordered regions (IDRs): amino acid sequences which lack a fixed secondary structure and associate with one another through electrostatic, cation-pi, pi-stacking, and hydrophobic interactions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Often", ",", "protein", "phase", "separation", "is", "facilitated", "by", "proteins", "’", "intrinsically", "disordered", "regions", "(", "IDRs", "):", "amino", "acid", "sequences", "which", "lack", "a", "fixed", "secondary", "structure", "and", "associate", "with", "one", "another", "through", "electrostatic", ",", "cation-pi", ",", "pi-stacking", ",", "and", "hydrophobic", "interactions", "." ] } ]
PMC8662250
In this study, we demonstrated the in vitro PPAR‐γ‐dependent efficacy of CBD (10‐10 M) in preventing epithelial damage and hyperinflammatory response triggered by SARS‐CoV‐2 spike protein (SP) in a Caco‐2 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "demonstrated", "the", "in", "vitro", "PPAR‐γ‐dependent", "efficacy", "of", "CBD", "(", "10‐10", "M", ")", "in", "preventing", "epithelial", "damage", "and", "hyperinflammatory", "response", "triggered", "by", "SARS‐CoV‐2", "spike", "protein", "(", "SP", ")", "in", "a", "Caco‐2", "cells", "." ] } ]
PMC11770130
As the current study is a physiological study in general, this candidate protein interacting with C20–C24 ceramides awaits to be discovered by biophysical/chemical biology studies in a separate project.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "the", "current", "study", "is", "a", "physiological", "study", "in", "general", ",", "this", "candidate", "protein", "interacting", "with", "C20–C24", "ceramides", "awaits", "to", "be", "discovered", "by", "biophysical/chemical", "biology", "studies", "in", "a", "separate", "project", "." ] } ]