Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
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1
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Sentences
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ner
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PMC10788478
Kaplan–Meier survival analysis for comparisons between patients with lung adenocarcinoma showing high (LGR6‐High, N = 33) or low (LGR6‐Low, N = 79) LGR6 protein expression (p < 0.01). (
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PMC10329074
3 technical replicates were performed for each PCR reaction.
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PMC11787381
p < 0.05 vs. Aβ1-42 (red) was considered significant.
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PMC11743316
PDHB (pyruvate dehydrogenase subunit b), for instance, is an enzyme that catalyzes the transformation of pyruvate to acetyl CoA, which triggers OXPHOS; its levels of expression are minimal in ovarian malignancies.
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PMC9429973
The median age was 60.5 (range 17-80) years and 40 (77%) patients were male.
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PMC11703896
Streptomyces rapamycinicus, Streptomyces iranensis, and Actinoplanes sp. N902-109 are the other strains reported to produce rapamycin (Mark et al., 2018).
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PMC8973725
A drug demethylation experiment showed that treatment with the demethylation drug Aza combined with the HDAC inhibitor trichostatin A could restore the expression of ZNF677 in 786–0 cells, as assessed by Western blot: (a) drug (-), (b) drug (+). (
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PMC6379402
A gene is significantly differentially expressed in cancer if its ANOVA p value, after Benjamini–Hochberg correction for multiple hypothesis testing, is lower than or equal to 5%.
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PMC11515150
The data was analyzed with FlowJo 7.6.
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PMC10440586
In the GLASS cohort containing more recurrence patient, the first-onset samples overexpressing CD99 presents a shorter interval between the first and the second surgery (Fig. 4C).
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PMC11737091
Fig. 2DBF4 expression in ccRCC clinical samples. (
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PMC4443654
It has become commonplace to discuss the multi-layered, hierarchical organization of interphase chromosomes across strata ranging from nuclear compartments, down to the spectra of histone modifications and bound proteins at individual sub-genic regions.
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PMC11486946
This EGF-induced mobility shift was recovered by treatment with a TKI (gefitinib; Fig. 1e, bottom, and Supplementary Movie 2b), which confirmed EGFR mobility tightly correlated with EGF-activated kinase function.
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PMC9429973
The statistical analysis was performed, considering a significance level of 95%.
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PMC11761919
Internalization of FITC-labled PINs into recombinant E. faecalis detected by fluorescence microscope. (
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PMC9429973
Pts in the VEN cohort received a median of 2.0 RBC and/or PLT transfusions per month and 5.0% received HCT; pts in the control cohort received a median of 3.5 RBC and/or PLT transfusions per month and 13.4% received HCT (all p <0.05).
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PMC11683240
Both groups of infected mice displayed a diffuse recruitment of immune cells and consolidation of alveolar tissue which was not observed in uninfected PBS-inoculated mice (Fig. 13D), indicating that α1AT does not protect against B. pertussis-induced airway pathology.
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PMC10907726
Nan Wang: Writing – original draft.
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PMC10329074
Our study has found an overall significant difference (P < 0.001) in YBX3 expression in ccRCC compared with normal tissues.
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PMC9429973
Only 34.9% received consolidation with ASCT, 30/43 due to progressive disease and 11/43 for ineligibility.
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The median event free survival was 37.5 months.
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PMC11216402
Of the TCGA-STAD samples for which the RNA-seq data were available, 255 samples are microsatellite stable (MSS) and were used for further analysis, whereas the MSI samples were removed because of the possibility of having more passenger mutations.
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PMC11711127
Currently available CAR T cell therapies are customized for each individual patient.
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PMC8336407
Statistical analysis was performed using one-way analysis of variance (ANOVA) with subsequent post hoc comparisons by LSD (SPSS, Ver 21.0, IBM-USA).
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PMC11335267
The acquisition parameters were: repetition time, 3200 ms; echo time 44 ms; number of averages 2; matrix, 256 × 256 within a field of view of 50 × 50 mm; number of slices, 14 for axial and 36 for coronal; slice thickness, 1.5 mm, without gap.
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PMC11755519
Zheng et al., based on analysis of urine samples from cancer patients, found that the exosomal lncRNA of BCYRN1 is correlated with bladder cancer lymph node metastasis.
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PMC11463018
Besides, hydrogen bond interaction was formed between hydroxamic acid and Gly619 and His610.
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PMC9429973
Eight patients from the 56 enrolled received RAV as initial treatment.
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PMC11577421
Specifically, we showed that NP_BSA+ loaded with PCX induced significantly more cell death compared to NP_BSA.
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PMC9429973
The safety profile of BR regimen was shown in Table 2.
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PMC7759933
The expression pattern of metabolic genes closer to primary hepatocytes has also been reported for several hepatocellular carcinoma cell lines grown under certain prolonged culturing conditions.
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PMC11546117
Transepithelial electrical resistance Ω∗cm2=(Resistancetotal(Ω)−Resistanceblank(Ω))∗Areamembrane(cm2) The leakage of sodium fluorescein (2.66 mM) through the monolayer of cells grown on the permeable supports was measured after one hour of incubation at 37 °C under gentle shaking.
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PMC11733919
However, more studies are needed to overcome the limitations of first-generation senolytics by the design of targeted senolytics and nanosenolytics and the validation of their usefulness in biological systems.
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PMC7612475
Significant differences between quantified data were assessed using multiple two-tailed t tests, with post hoc Holm–Šidák multiple comparisons tests.
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PMC4659567
H, C, H–H gs-COSY, H–C gs-HMQC and H–C gs-HMBC spectra were acquired at 298 K on a JEOL JNM-ECA 600II device at 600.00 MHz (H) and 150.86 MHz (C); gs = gradient selected, COSY = correlation spectroscopy, HMQC = heteronuclear multiple quantum coherence, HMBC = heteronuclear multiple bond coherence).
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PMC3122064
The day after, cells were treated with cisplatin.
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PMC11218145
After seeding in 96-well plates, cells were incubated for 24 h at 37 °C and 5% CO2 and then treated with either vehicle, 1 µM of TB, 12.5 µM geranylgeraniol (GGOH), farnesol (FOH) (for NCI-H28 and MSTO-211H, 3.9 nM, for Mero-14 and Mero-25, 1.9 nM, and for MeT-5A and IST-Mes2 1 nM) alone or in combination.
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PMC11604768
We reasoned that TREs based on DNA sequences bound by TFs ex vivo would produce superior synthetic promoters compared to sequences based on genomic footprints and removed from their native chromatin context.
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PMC6163708
We speculate that the situation might be similar in other tumor cell lines as well.
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PMC11644761
The results revealed significant changes in DNA methylation patterns depending on the treatment and cell state.
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PMC11705630
We showed that GLDC deficiency diminished nucleotide biosynthesis, resulting in ROS generation.
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The images revealed no or very little colocalization between IRIS-1 and IRIS-2 and Iba-1.
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PMC11194678
When observing recombinant STAU1 proteins with various concentrations under differential interference contrast (DIC) microscope, we noticed the appearance of spherical droplets with distinct diameters, a phenomenon characteristic of LLPS (Li et al., 2012; Liu et al., 2020) (Fig. 2, A and B).
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PMC9429973
All patients who received MoAb in the previous six months failed to develop immunity; among patients who received MoAb from more than 6 months, 55% did not develop immunity, while 45% did.
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PMC11684297
The fluorescence intensity emitted was measured using a spectrofluorimeter (Jasco Spectrofluorimeter FP8300, Tokyo, Japan).
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After co-culturing, HIV-1 infection was measured by intracellular HIV-1 Gag p24 staining.
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Importantly, expression of a catalytically-inactive mutant IpgD failed to rescue arbovirus replication, despite robust expression (Fig 3B–3F).
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PMC11597167
The mixture was then centrifuged at 10,000 rpm for 15 min at +4 °C, and the upper colorless phase was transferred to an RNase-free microcentrifuge tube.
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PMC11762280
In other inflammatory skin diseases such as atopic dermatitis , effector molecules such as DAMPs or cytokines released by keratinocyte RCD act as cyclic amplifiers of immune cell-induced inflammation.
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PMC9429973
As expected, 76% of patients resulted UM, with 3-21 and 4-34 representing more than one third of all the IGHV rearrangements.
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PMC11306019
In brief, MM cells were cultured in RPMI1640 media supplemented with 10% fetal bovine serum (FBS), L-glutamine (2 mM), HEPES (10 mM), sodium pyruvate (1 mM), and 1% penicillin/streptomycin (100 unit/mL penicillin and 100 μg/mL streptomycin).
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PMC11575040
Finally, the sequencing reads were mapped back to the human reference genome (hg19 from the UCSC) by using BLAT, with a minimum identity greater than 95%.
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PMC11186948
+ = present; - = absent, +/- = mild presence, NA = not assessed From trio blood and patient #249 saliva samples we found a deletion of four nucleotides (c.1330_1333del), confirmed also on cDNA, which was predicted to cause the frameshift p.(K444Lfs*61), affecting the coiled coil domain of the protein (Fig. 2).
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PMC11635087
The sliced samples were sequentially stained with 0.4% uranyl acetate for 12 min and lead citrate (Sigma-Aldrich) for 3 min.
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PMC10968586
Chemotherapy may also account for an exacerbation of inflammation, whose biological meaning is poorly understood, being recognized as immune-activating as well as a contributor to the failure of the therapeutic regimen .
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PMC10421378
These results show that any, even minimal, damage to the cell membrane negatively affects the ability of the cell to adhere to the epithelium.
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The interaction between CD40L on activated CD4 T cells and CD40 plays a pivotal role in providing a vital co-stimulatory signal.
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Together, these data demonstrate that PTPRZ1 TCR can broadly and specifically target HLA-A*02 glioblastoma primary cell lines (5 out of 5) with a preference for stem-like SCCs.
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Both cell cultures were maintained at 37 °C in a humidified atmosphere with 5% CO2.
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Ninety-six (59,63%) patients were on active treatment and 14(8.7%) patients were newly diagnosed.
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PMC11023271
Digestion of FBS by DNase I or RNase A did not abolish its effects on RIPK4 mRNA in HaCaT cells (Fig 3C), suggesting that the serum factor is unlikely DNA or RNA.
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PMC9964654
V79 (hamster lung fibroblasts) were purchased from the ATCC (American Type Culture Collection).
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During development, the expression of EMT genes have been shown to be regulated via both histone modifications and the local enhancer-promoter looping.
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PMC9910796
The disease, which is endemic in sub-Saharan Africa, has rapidly spread over the last years across many countries of Europe, Asia, and Oceania, reaching very recently the Americas (Dominican Republic and Haiti).
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PMC11739484
In order to investigate the impact of MMP7, MMP11, and MMP14 genes on tumor immune infiltration and the microenvironment in SKCM, we employed the GSCA database to assess the association between their expression levels and the infiltration of immune cells.
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PMC11657695
A Enrichment plot of the Hippo signaling pathway ontology in the siRNA CT samples vs the siRNA KCNA2 samples.
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PMC10125312
Hek293 cells showed high resistance to either light or light + AuNR-PEG immediately and after 24 h, while NL20 cells seemed to be more affected by the increase of temperature.
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Constrained to the reference ABCC1 inhibitor 35.
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PMC11700523
Conclusions: IS could enhance MR transactivation by increasing MR protein levels through oxidative stress in CKD rats, indicating that treatment with MR antagonists and antioxidants may play a permissive role in inhibiting IS-induced CKD progression.
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PMC11283030
HCA, an inhibitor of ACLY, also significantly suppressed the proliferative ability of 786-O and A498 cells, compared with potassium citrate (Fig. S6a).
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PMC11637284
Middle, immunoblot analyses of pulldown experiments of the two days tet-induced TAC60-RNAi cell lines complemented by the indicated TAC60 mutants that also express mini-p166-HA.
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A P value < 0.05 was considered significant.
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Methods: A retrospective analysis was performed of 5,450 patients with ALL admitted to our hospital from Apr. 1, 2016, to Dec. 31, 2021.
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PMC9429973
In the primary analysis, the hazard ratio for PFS post-weighting was 0.90 (95% confidence interval: 0.39, 2.06; p=0.81) (Figure 1B).
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PMC11026382
The positions with the largest estimated effects on catalysis were highly evolutionarily conserved (P < 10 by Fisher’s exact test, Supplementary Table 5, Fig. 7f), indicating that our model and experimental data are capturing features relevant to the fitness of DHFR.
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PMC11597167
Limited research is available on the effects of these compounds on expressions of CCL5, which is involved in immune cell recruitment and neuroinflammation, as well as SORL1, which is related to Aβ metabolism and transport.
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PMC11786156
Furthermore, we explored the effect of recombinant human LFA1 (CD11a/CD18) on the adhesion and viability of human DLBCL cell line HBL-2.
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PMC11204465
Based on studies of in vitro models and in vivo studies, the reported metabolic transformations of STC and its ability to form DNA adducts and cause DNA damage appear to play a key role in STC-induced carcinogenesis.
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PMC10999934
Sun et al. indicated that FBXO2 enhances the proliferation and migration of human gastric cancer cells and that the expression of FBXO2 is closely linked to lymph node metastasis .
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LMP1 activates TNF receptor-associated factors (TRAFs), activating the canonical and noncanonical NF-κB pathways through IκB and RelB activation, respectively.
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PMC8701144
In brief, antibodies (control normal mouse IgG (Santa Cruz Biotechnology; 2 ug) and (E1B-55k (2A6) (Generous gift from P.E. Branton ; 10 μL)) were bound to 50 μL washed beads by incubation for 1 h at room temperature.
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PMC6617630
Briefly, 6 × 10 DLBCL cells were transfected using a U-15 program on a Nucleofector equipment.
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PMC10024132
As an alternative to αβ T cells, several different innate and adaptive immune cell types are currently being used in the development of treatments for specific medical contexts.
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PMC11509224
Four diterpenes, compounds 105–108 (Figure 11), were isolated from a sample of the Dysidea cf.
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Langerin, MBL, and SP-D all have comparable carbohydrate specificities, and our data indicate that they each interact with S. aureus.
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PMC2118063
The GC reaction is the hallmark feature of the B cell response to T cell–dependent antigen.
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Nonacog-alfa was more efficient producing similar procoagulant effects than the addition of 1μg/ml rFVIIa or 5 U/dl aPCC.
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We show that AUY-922 is capable of not only overcoming acquired resistance in the form of salvage therapy, but also has utility when applied in the first-line setting (Fig. 7C).
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To proceed we make the locality of PPIs more formal by inverting the pathway network and representing each of the PPIs as nodes, and each of the proteins as edges.
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The in vivo experiments were performed according to the national laws on animal experimentation and approved by the Italian Ministry of Health (Direzione Generale della sanità animale e dei farmaci veterinari) (project identification: 298/2022‐PR, date of approval: 13/05/2022).
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PMC11047729
Through some articles, we found even more substances, which are mentioned in the paragraphs below.
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PMC11357960
Student’s paired t-test, * P < 0.05, ** P < 0.01, *** P < 0.001.
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Data are presented as means ± SEM; n = 5.
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PMC11264242
This observation is reminiscent of the previously reported involvement of the SS18-SSX fusion protein in several fundamental cellular functions including transcriptional regulation (de Bruijn et al., 2007; Nacev et al., 2020), neurogenic differentiation (Ishibe et al., 2008; Banito et al., 2018), extracellular matrix remodeling (Saito, 2013), as well as WNT/beta-catenin signaling responsible for cell fate determination (Pretto et al., 2006; Trautmann et al., 2014; Cironi et al., 2016).
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PMC8584319
Rolli-Derkinderen et al. showed another regulatory pathway where activated ERK1/2 and p38 down-regulated 4E-BP1 mRNA expression .
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PMC11413393
Using orthogonal genetic techniques, we further identified PRMT1 as the specific dependency responsible for growth arrest among the type I enzymes.
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PMC11502327
Although the toxic side effects of natural drugs are not so strong compared with synthetic drugs, the effect of a series of natural drugs represented by DOX on bone marrow suppression in the body still cannot be ignored.
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PMC11401358
Schematic of SF scavenging ROS and inflammatory cells infiltration in the Tg(mfap4:EGFP) transgenic zebrafish caudal fin amputation model, ROS was detected using dihydroethidium (DHE) fluorescent probe. (
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PMC11672617
Following a 24-h incubation period with the tested compounds, the cells were harvested, washed twice with phosphate-salt buffer (PBS), and centrifuged at 450× g for five minutes.
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PMC11451940
IR (ATR; cm): 3107, 3077, 3033, 2959, 2903, 1639, 1615, 1587, 1540, 1489, 1442, 1349, 1269, 1238, 1223, 1101, 1053, 1030, 954, 768, 733, 693, 664, 553, 496.
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