OTAR3088/Variants_IOB-V2 · Datasets at Hugging Face

words listlengths 1 201	labels listlengths 1 201
[ "The", "former", "seems", "more", "likely", "as", "the", "growth", "rates", "are", "nearly", "identical", "for", "these", "strains", "on", "glucose", "and", "xylose", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "ΔXyGUL", "and", "WT", "Δtdk", "strains", "display", "normalized", "lag", "times", "on", "xylose", "within", "experimental", "error", ",", "and", "curiously", "some", "of", "the", "mutant", "and", "complemented", "strains", "display", "a", "nominally", "shorter", "lag", "time", "on", "xylose", "than", "the", "WT", "Δtdk", "strain", "." ]	[ "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O" ]
[ "The", "reason", "for", "this", "observation", "on", "XyGO2", "is", "unclear", ",", "as", "the", "ΔSGBP", "-", "B", "mutant", "does", "not", "have", "a", "significantly", "different", "growth", "rate", "from", "the", "WT", "on", "XyGO2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Growth", "of", "select", "XyGUL", "mutants", "on", "xyloglucan", "and", "oligosaccharides", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "B", ".", "ovatus", "mutants", "were", "created", "in", "a", "thymidine", "kinase", "deletion", "(", "Δtdk", ")", "mutant", "as", "described", "previously", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "SGBP", "-", "A", "*", "denotes", "the", "Bacova_02651", "(", "W82A", "W283A", "W306A", ")", "allele", ",", "and", "the", "GH9", "gene", "is", "Bacova_02649", "." ]	[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "B-mutant", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Solid", "bars", "indicate", "conditions", "that", "are", "not", "statistically", "significant", "from", "the", "WT", "Δtdk", "cultures", "grown", "on", "the", "indicated", "carbohydrate", ",", "while", "open", "bars", "indicate", "a", "P", "value", "of", "<", "0", ".", "005", "compared", "to", "the", "WT", "Δtdk", "strain", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O" ]
[ "Conditions", "denoted", "by", "the", "same", "letter", "(", "b", ",", "c", ",", "or", "d", ")", "are", "not", "statistically", "significant", "from", "each", "other", "but", "are", "significantly", "different", "from", "the", "condition", "labeled", "“", "a", ".”", "Complementation", "of", "ΔSGBP", "-", "A", "and", "ΔSBGP", "-", "B", "was", "performed", "by", "allelic", "exchange", "of", "the", "wild", "-", "type", "genes", "back", "into", "the", "genome", "for", "expression", "via", "the", "native", "promoter", ":", "these", "growth", "curves", ",", "quantified", "rates", "and", "lag", "times", "are", "displayed", "in", "Fig", ".", "S8", "in", "the", "supplemental", "material", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Fig", ".", "1B", ")", "was", "completely", "incapable", "of", "growth", "on", "XyG", ",", "XyGO1", ",", "and", "XyGO2", ",", "indicating", "that", "SGBP", "-", "A", "is", "essential", "for", "XyG", "utilization", "(", "Fig", ".", "6", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "result", "mirrors", "our", "previous", "data", "for", "the", "canonical", "Sus", "of", "B", ".", "thetaiotaomicron", ",", "which", "revealed", "that", "a", "homologous", "ΔsusD", "mutant", "is", "unable", "to", "grow", "on", "starch", "or", "malto", "-", "oligosaccharides", ",", "despite", "normal", "cell", "surface", "expression", "of", "all", "other", "PUL", "-", "encoded", "proteins", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "More", "recently", ",", "we", "demonstrated", "that", "this", "phenotype", "is", "due", "to", "the", "loss", "of", "the", "physical", "presence", "of", "SusD", ";", "complementation", "of", "ΔsusD", "with", "SusD", "*,", "a", "triple", "site", "-", "directed", "mutant", "(", "W96A", "W320A", "Y296A", ")", "that", "ablates", "glycan", "binding", ",", "restores", "B", ".", "thetaiotaomicron", "growth", "on", "malto", "-", "oligosaccharides", "and", "starch", "when", "sus", "transcription", "is", "induced", "by", "maltose", "addition", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "B-mutant", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Similarly", ",", "the", "function", "of", "SGBP", "-", "A", "extends", "beyond", "glycan", "binding", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Complementation", "of", "ΔSGBP", "-", "A", "with", "the", "SGBP", "-", "A", "", "(", "W82A", "W283A", "W306A", ")", "variant", ",", "which", "does", "not", "bind", "XyG", ",", "supports", "growth", "on", "XyG", "and", "XyGOs", "(", "Fig", ".", "6", ";", "ΔSGBP", "-", "A", "::", "SGBP", "-", "A", "),", "with", "growth", "rates", "that", "are", "~", "70", "%", "that", "of", "the", "WT", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "B-mutant", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "previous", "studies", ",", "we", "observed", "that", "carbohydrate", "binding", "by", "SusD", "enhanced", "the", "sensitivity", "of", "the", "cells", "to", "limiting", "concentrations", "of", "malto", "-", "oligosaccharides", "by", "several", "orders", "of", "magnitude", ",", "such", "that", "the", "addition", "of", "0", ".", "5", "g", "/", "liter", "maltose", "was", "required", "to", "restore", "growth", "of", "the", "ΔsusD", "::", "SusD", "*", "strain", "on", "starch", ",", "which", "nonetheless", "occurred", "following", "an", "extended", "lag", "phase", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "contrast", ",", "the", "ΔSGBP", "-", "A", "::", "SGBP", "-", "A", "*", "strain", "does", "not", "display", "an", "extended", "lag", "time", "on", "any", "of", "the", "xyloglucan", "substrates", "compared", "to", "the", "WT", "(", "Fig", ".", "6", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "the", "modest", "rate", "defect", "displayed", "by", "the", "SGBP", "-", "A", "::", "SGBP", "-", "A", "*", "strain", "suggests", "that", "recognition", "of", "XyG", "and", "product", "import", "is", "somewhat", "less", "efficient", "in", "these", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "10", "-", "fold", "more", "weakly", "than", "XyGO2", "and", "XyG", "(", "Fig", ".", "6", ";", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "such", ",", "the", "data", "suggest", "that", "SGBP", "-", "A", "can", "compensate", "for", "the", "loss", "of", "function", "of", "SGBP", "-", "B", "on", "longer", "oligo", "-", "and", "polysaccharides", ",", "while", "SGBP", "-", "B", "may", "adapt", "the", "cell", "to", "recognize", "smaller", "oligosaccharides", "efficiently", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Indeed", ",", "a", "double", "mutant", ",", "consisting", "of", "a", "crippled", "SGBP", "-", "A", "and", "a", "deletion", "of", "SGBP", "-", "B", "(", "ΔSGBP", "-", "A", "::", "SGBP", "-", "A", "*/", "ΔSGBP", "-", "B", "),", "exhibits", "an", "extended", "lag", "time", "on", "both", "XyG", "and", "XyGO2", ",", "as", "well", "as", "XyGO1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "additional", "role", "of", "SGBP", "-", "B", "is", "especially", "notable", "in", "the", "context", "of", "studies", "on", "BtSusE", "and", "BtSusF", "(", "positioned", "similarly", "in", "the", "archetypal", "Sus", "locus", ")", "(", "Fig", ".", "1B", "),", "for", "which", "growth", "defects", "on", "starch", "or", "malto", "-", "oligosaccharides", "have", "never", "been", "observed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "combined", "deletion", "of", "the", "genes", "encoding", "GH9", "(", "encoded", "by", "Bacova_02649", ")", "and", "SGBP", "-", "B", "does", "not", "exacerbate", "the", "growth", "defect", "on", "XyGO1", "(", "Fig", ".", "6", ";", "ΔSGBP", "-", "B", "/", "ΔGH9", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O" ]
[ "The", "necessity", "of", "SGBP", "-", "B", "is", "elevated", "in", "the", "SGBP", "-", "A", "", "strain", ",", "as", "the", "ΔSGBP", "-", "A", "::", "SGBP", "-", "A", "/", "ΔSGBP", "-", "B", "mutant", "displays", "an", "extended", "lag", "during", "growth", "on", "XyG", "and", "xylogluco", "-", "oligosaccharides", ",", "while", "growth", "rate", "differences", "are", "more", "subtle", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "precise", "reason", "for", "this", "lag", "is", "unclear", ",", "but", "recapitulating", "our", "findings", "on", "the", "role", "of", "SusD", "in", "malto", "-", "oligosaccharide", "sensing", "in", "B", ".", "thetaiotaomicron", ",", "this", "extended", "lag", "may", "be", "due", "to", "inefficient", "import", "and", "thus", "sensing", "of", "xyloglucan", "in", "the", "environment", "in", "the", "absence", "of", "glycan", "binding", "by", "essential", "SGBPs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "previous", "work", "demonstrates", "that", "B", ".", "ovatus", "cells", "grown", "in", "minimal", "medium", "plus", "glucose", "express", "low", "levels", "of", "the", "XyGUL", "transcript", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Thus", ",", "in", "our", "experiments", ",", "we", "presume", "that", "each", "strain", ",", "initially", "grown", "in", "glucose", ",", "expresses", "low", "levels", "of", "the", "XyGUL", "transcript", "and", "thus", "low", "levels", "of", "the", "XyGUL", "-", "encoded", "surface", "proteins", ",", "including", "the", "vanguard", "GH5", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Presumably", "without", "glycan", "binding", "by", "the", "SGBPs", ",", "the", "GH5", "protein", "cannot", "efficiently", "process", "xyloglucan", ",", "and", "/", "or", "the", "lack", "of", "SGBP", "function", "prevents", "efficient", "capture", "and", "import", "of", "the", "processed", "oligosaccharides", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "the", "BtSus", ",", "SusD", "and", "the", "TBDT", "SusC", "interact", ",", "and", "we", "speculate", "that", "this", "interaction", "is", "necessary", "for", "glycan", "uptake", ",", "as", "suggested", "by", "the", "fact", "that", "a", "ΔsusD", "mutant", "cannot", "grow", "on", "starch", ",", "but", "a", "ΔsusD", "::", "SusD", "*", "strain", "regains", "this", "ability", "if", "a", "transcriptional", "activator", "of", "the", "sus", "operon", "is", "supplied", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "unlike", "the", "Sus", ",", "in", "which", "elimination", "of", "SusE", "and", "SusF", "does", "not", "affect", "growth", "on", "starch", ",", "SGBP", "-", "B", "appears", "to", "have", "a", "dedicated", "role", "in", "growth", "on", "small", "xylogluco", "-", "oligosaccharides", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "ability", "of", "gut", "-", "adapted", "microorganisms", "to", "thrive", "in", "the", "gastrointestinal", "tract", "is", "critically", "dependent", "upon", "their", "ability", "to", "efficiently", "recognize", ",", "cleave", ",", "and", "import", "glycans", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "human", "gut", ",", "in", "particular", ",", "is", "a", "densely", "packed", "ecosystem", "with", "hundreds", "of", "species", ",", "in", "which", "there", "is", "potential", "for", "both", "competition", "and", "synergy", "in", "the", "utilization", "of", "different", "substrates", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Recent", "work", "has", "elucidated", "that", "Bacteroidetes", "cross", "-", "feed", "during", "growth", "on", "many", "glycans", ";", "the", "glycoside", "hydrolases", "expressed", "by", "one", "species", "liberate", "oligosaccharides", "for", "consumption", "by", "other", "members", "of", "the", "community", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "we", "demonstrate", "that", "the", "surface", "glycan", "binding", "proteins", "encoded", "within", "the", "BoXyGUL", "play", "unique", "and", "essential", "roles", "in", "the", "acquisition", "of", "the", "ubiquitous", "and", "abundant", "vegetable", "polysaccharide", "xyloglucan", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Yet", ",", "a", "number", "of", "questions", "remain", "regarding", "the", "molecular", "interplay", "of", "SGBPs", "with", "their", "cotranscribed", "cohort", "of", "glycoside", "hydrolases", "and", "TonB", "-", "dependent", "transporters", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "direct", "interaction", "between", "the", "BtSusC", "TBDT", "and", "the", "SusD", "SGBP", "has", "been", "previously", "demonstrated", ",", "as", "has", "an", "interaction", "between", "the", "homologous", "components", "encoded", "by", "an", "N", "-", "glycan", "-", "scavenging", "PUL", "of", "Capnocytophaga", "canimorsus", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "It", "is", "yet", "presently", "unclear", "whether", "this", "interaction", "is", "static", "or", "dynamic", "and", "to", "what", "extent", "the", "association", "of", "cognate", "TBDT", "/", "SGBPs", "is", "dependent", "upon", "the", "structure", "of", "the", "carbohydrate", "to", "be", "imported", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "On", "the", "other", "hand", ",", "there", "is", "clear", "evidence", "for", "independent", "TBDTs", "in", "Bacteroidetes", "that", "do", "not", "require", "SGBP", "association", "for", "activity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "example", ",", "it", "was", "recently", "demonstrated", "that", "expression", "of", "nanO", ",", "which", "encodes", "a", "SusC", "-", "like", "TBDT", "as", "part", "of", "a", "sialic", "-", "acid", "-", "targeting", "PUL", "from", "B", ".", "fragilis", ",", "restored", "growth", "on", "this", "monosaccharide", "in", "a", "mutant", "strain", "of", "E", ".", "coli", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "this", "instance", ",", "coexpression", "of", "the", "susD", "-", "like", "gene", "nanU", "was", "not", "required", ",", "nor", "did", "the", "expression", "of", "the", "nanU", "gene", "enhance", "growth", "kinetics", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Thus", ",", "the", "strict", "dependence", "on", "a", "SusD", "-", "like", "SGBP", "for", "glycan", "uptake", "in", "the", "Bacteroidetes", "may", "be", "variable", "and", "substrate", "dependent", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Such", "is", "the", "case", "for", "XyGUL", "from", "related", "Bacteroides", "species", ",", "which", "may", "encode", "either", "one", "or", "two", "of", "these", "predicted", "SGBPs", ",", "and", "these", "proteins", "vary", "considerably", "in", "length", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "extremely", "low", "similarity", "of", "these", "SGBPs", "is", "striking", "in", "light", "of", "the", "moderate", "sequence", "conservation", "observed", "among", "homologous", "GHs", "in", "syntenic", "PUL", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", ",", "together", "with", "the", "observation", "that", "these", "SGBPs", ",", "as", "exemplified", "by", "BtSusE", "and", "BtSusF", "and", "the", "XyGUL", "SGBP", "-", "B", "of", "the", "present", "study", ",", "are", "expendable", "for", "polysaccharide", "growth", ",", "implies", "a", "high", "degree", "of", "evolutionary", "flexibility", "to", "enhance", "glycan", "capture", "at", "the", "cell", "surface", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "the", "natural", "diversity", "of", "these", "proteins", "represents", "a", "rich", "source", "for", "the", "discovery", "of", "unique", "carbohydrate", "-", "binding", "motifs", "to", "both", "inform", "gut", "microbiology", "and", "generate", "new", ",", "specific", "carbohydrate", "analytical", "reagents", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "conclusion", ",", "the", "present", "study", "further", "illuminates", "the", "essential", "role", "that", "surface", "-", "glycan", "binding", "proteins", "play", "in", "facilitating", "the", "catabolism", "of", "complex", "dietary", "carbohydrates", "by", "Bacteroidetes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "ability", "of", "our", "resident", "gut", "bacteria", "to", "recognize", "polysaccharides", "is", "the", "first", "committed", "step", "of", "glycan", "consumption", "by", "these", "organisms", ",", "a", "critical", "process", "that", "influences", "the", "community", "structure", "and", "thus", "the", "metabolic", "output", "(", "i", ".", "e", ".,", "short", "-", "chain", "fatty", "acid", "and", "metabolite", "profile", ")", "of", "these", "organisms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Inhibiting", "complex", "IL", "-", "17A", "and", "IL", "-", "17RA", "interactions", "with", "a", "linear", "peptide" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "IL", "-", "17A", "is", "a", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "that", "has", "been", "implicated", "in", "autoimmune", "and", "inflammatory", "diseases", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "HAP", "binds", "specifically", "to", "IL", "-", "17A", "and", "inhibits", "the", "interaction", "of", "the", "cytokine", "with", "its", "receptor", ",", "IL", "-", "17RA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Crystal", "structure", "studies", "revealed", "that", "two", "HAP", "molecules", "bind", "to", "one", "IL", "-", "17A", "dimer", "symmetrically", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "N", "-", "terminal", "portions", "of", "HAP", "form", "a", "β", "-", "strand", "that", "inserts", "between", "two", "IL", "-", "17A", "monomers", "while", "the", "C", "-", "terminal", "section", "forms", "an", "α", "helix", "that", "directly", "blocks", "IL", "-", "17RA", "from", "binding", "to", "the", "same", "region", "of", "IL", "-", "17A", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "IL", "-", "17A", "signals", "through", "a", "specific", "cell", "surface", "receptor", "complex", "which", "consists", "of", "IL", "-", "17RA", "and", "IL", "-", "17RC", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "IL", "-", "17A", "’", "s", "downstream", "signaling", "leads", "to", "increased", "production", "of", "inflammatory", "cytokines", "such", "as", "IL", "-", "6", ",", "IL", "-", "8", ",", "CCL", "-", "20", "and", "CXCL1", "by", "various", "mechanisms", "including", "stimulation", "of", "transcription", "and", "stabilization", "of", "mRNA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "various", "cell", "types", "have", "been", "reported", "to", "express", "IL", "-", "17RA", ",", "the", "highest", "responses", "to", "IL", "-", "17A", "come", "from", "epithelial", "cells", ",", "endothelial", "cells", ",", "keratinocytes", "and", "fibroblasts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "IL", "-", "17A", "and", "its", "signaling", "is", "important", "in", "host", "defense", "against", "certain", "fungal", "and", "bacterial", "infections", "as", "demonstrated", "by", "patients", "with", "autoantibodies", "against", "IL", "-", "17A", "and", "IL", "-", "17F", ",", "or", "with", "inborn", "errors", "of", "IL", "-", "17", "immunity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", "to", "its", "physiological", "role", ",", "IL", "-", "17A", "is", "a", "key", "pathogenic", "factor", "in", "inflammatory", "and", "autoimmune", "diseases", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "phase", "II", "and", "III", "clinical", "trials", ",", "neutralizing", "monoclonal", "antibodies", "against", "IL", "-", "17A", "(", "secukinumab", "and", "ixekizumab", ")", "or", "its", "receptor", "IL", "-", "17RA", "(", "brodalumab", ")", "are", "highly", "efficacious", "in", "treating", "moderate", "to", "severe", "plaque", "psoriasis", "and", "psoriatic", "arthritis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Secukinumab", "has", "been", "approved", "recently", "as", "a", "new", "psoriasis", "drug", "by", "the", "US", "Food", "and", "Drug", "Administration", "(", "Cosentyx", "™)." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", "to", "psoriasis", "and", "psoriatic", "arthritis", ",", "IL", "-", "17A", "blockade", "has", "also", "shown", "preclinical", "and", "clinical", "efficacies", "in", "ankylosing", "spondylitis", "and", "rheumatoid", "arthritis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Among", "IL", "-", "17", "cytokines", ",", "IL", "-", "17A", "and", "IL", "-", "17F", "share", "the", "highest", "homology", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Structures", "are", "known", "for", "apo", "IL", "-", "17F", "and", "its", "complex", "with", "IL", "-", "17RA", ",", "for", "apo", "IL", "-", "17A", ",", "its", "complex", "with", "an", "antibody", "Fab", ",", "and", "its", "complex", "with", "IL", "-", "17RA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Developing", "small", "molecules", "targeting", "protein", "-", "protein", "interactions", "is", "difficult", "with", "particular", "challenges", "associated", "with", "the", "large", ",", "shallow", "IL", "-", "17A", "/", "IL", "-", "17RA", "interfaces", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "efforts", "resulted", "in", "discovery", "of", "a", "high", "affinity", "IL", "-", "17A", "peptide", "antagonist", "(", "HAP", "),", "which", "we", "attempted", "to", "increase", "the", "functional", "production", "and", "pharmacokinetics", "after", "fusing", "HAP", "to", "antibodies", "for", "evaluation", "as", "a", "bispecific", "therapeutic", "in", "animal", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Unfortunately", ",", "this", "past", "work", "revealed", "stability", "issues", "of", "the", "uncapped", "HAP", "in", "cell", "culture", "Here", ",", "we", "provide", "the", "details", "of", "the", "discovery", "and", "optimization", "that", "led", "to", "HAP", "and", "report", "the", "complex", "structure", "of", "IL", "-", "17A", "with", "HAP", ",", "which", "provides", "structure", "based", "rationalization", "of", "peptide", "optimization", "and", "structure", "activity", "relationship", "(", "SAR", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Single", "clones", "were", "isolated", "and", "sub", "-", "cultured", "in", "growth", "medium", ",", "and", "culture", "supernatants", "were", "used", "in", "an", "enzyme", "-", "linked", "immunosorbent", "assay", "(", "ELISA", ")", "to", "identify", "specific", "IL", "-", "17A", "-", "binding", "clones", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Approximately", "10", "%", "of", "the", "clones", "that", "specifically", "bound", "to", "IL", "-", "17A", "also", "prevented", "the", "cytokine", "from", "binding", "to", "IL", "-", "17RA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "15", "-", "mer", "linear", "peptide", "1", "was", "shown", "to", "block", "IL", "-", "17A", "/", "IL", "-", "17RA", "binding", "with", "an", "IC50", "of", "80", "nM", "in", "the", "competition", "ELISA", "assay", "(", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "peptide", "was", "then", "tested", "in", "a", "cell", "-", "based", "functional", "assay", "wherein", "production", "of", "GRO", "-", "α", "in", "BJ", "human", "fibroblast", "cells", "was", "measured", "as", "a", "function", "of", "IL", "-", "17A", "stimulation", "using", "1", "ng", "/", "ml", "IL", "-", "17A", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Peptide", "1", "was", "found", "to", "be", "active", "in", "this", "functional", "assay", "with", "an", "IC50", "of", "370", "nM", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Optimization", "of", "IL", "-", "17A", "peptide", "inhibitors" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "SAR", "campaign", "was", "undertaken", "to", "improve", "the", "potency", "of", "peptide", "1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "When", "alanine", "was", "already", "present", "(", "positions", "7", "and", "15", "),", "substitution", "was", "made", "with", "lysine", "(", "Table", "1", ",", "peptides", "3", "–", "17", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Positions", "1", ",", "2", ",", "4", ",", "5", ",", "7", ",", "14", "and", "15", "were", "shown", "to", "be", "amenable", "to", "substitution", "without", "significant", "loss", "(", "less", "than", "3", "-", "fold", ")", "of", "binding", "affinity", "as", "measured", "by", "the", "IL", "-", "17A", "/", "IL", "-", "17RA", "competition", "ELISA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "order", "to", "rapidly", "evaluate", "the", "effects", "of", "substitution", "of", "natural", "amino", "acids", "at", "tolerant", "positions", "identified", "by", "the", "alanine", "scan", ",", "the", "lead", "sequence", "was", "subjected", "to", "site", "-", "specific", "saturation", "mutagenesis", "using", "MBP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Each", "of", "the", "seven", "positions", "identified", "by", "the", "alanine", "scan", "was", "individually", "modified", "while", "keeping", "the", "rest", "of", "the", "sequence", "constant", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Peptides", "with", "beneficial", "point", "mutations", "at", "positions", "2", ",", "5", ",", "and", "14", "were", "synthesized", "and", "evaluated", "in", "the", "competition", "ELISA", "(", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Two", "of", "the", "changes", ",", "V2H", "(", "18", ")", "or", "V2T", "(", "21", ")", "displayed", "improved", "binding", "in", "the", "competition", "ELISA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Introduction", "of", "a", "methionine", "(", "27", ")", "or", "a", "carboxamide", "(", "28", "and", "29", ")", "at", "position", "14", "was", "shown", "to", "improve", "the", "binding", "affinity", "of", "the", "lead", "peptide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "general", ",", "there", "was", "good", "agreement", "between", "the", "respective", "binding", "affinities", "of", "the", "synthesized", "peptides", "and", "their", "MBP", "fusion", "counterparts", ",", "except", "for", "substitution", "of", "valine", "at", "position", "2", "to", "a", "tryptophan", "(", "22", "),", "which", "resulted", "in", "a", "fivefold", "loss", "of", "affinity", ",", "for", "the", "free", "peptide", "when", "compared", "with", "the", "MBP", "fusion", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Combining", "the", "key", "amino", "-", "acid", "residues", "identified", "by", "SAR", "into", "a", "single", "peptide", "sequence", "resulted", "in", "peptide", "30", ",", "named", "high", "affinity", "peptide", "(", "HAP", "),", "that", "was", "found", "to", "inhibit", "IL", "-", "17A", "signaling", "in", "a", "BJ", "human", "fibroblast", "cell", "assay", "with", "an", "IC50", "of", "17", "nM", ",", "a", "more", "than", "20", "-", "fold", "improvement", "over", "the", "phage", "peptide", "1", "(", "Table", "2", "and", "Supplementary", "Figure", "S2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "also", "examined", "the", "effect", "of", "removing", "the", "acetyl", "group", "at", "the", "N", "-", "terminus", "of", "HAP", "(", "which", "is", "present", "in", "all", "the", "peptides", "made", ",", "see", "Supplementary", "Material", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "un", "-", "capped", "peptide", "(", "31", ")", "had", "an", "IC50", "of", "420", "nM", "in", "the", "cell", "-", "based", "assay", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "loss", "of", "cellular", "activity", "of", "31", "was", "most", "likely", "due", "to", "the", "degradation", "of", "the", "N", "-", "terminus", "of", "31", ",", "since", "peptide", "31", "was", "shown", "to", "be", "able", "to", "bind", "to", "IL", "-", "17A", "with", "similar", "affinity", "as", "HAP", "itself", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "our", "previous", "work", "had", "reported", "that", "in", "antibody", "fusions", "the", "uncapped", "peptide", "was", "degraded", "under", "cell", "assay", "conditions", "with", "removal", "of", "the", "first", "1", "-", "3", "residues", "to", "inactive", "products", "with", "the", "same", "N", "-", "terminal", "sequences", "as", "peptides", "32", "–", "34", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "C", "-", "terminal", "truncations", "showed", "a", "more", "gradual", "reduction", "in", "activity", "(", "35", "–", "37", ";", "Table", "2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "deletion", "of", "three", "amino", "acids", "from", "the", "C", "-", "terminal", "end", "(", "37", "),", "the", "peptide", "is", "no", "longer", "active", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "reasoned", "that", "since", "the", "IL", "-", "17A", "protein", "is", "almost", "exclusively", "present", "in", "a", "dimeric", "form", ",", "dimerizing", "the", "IL", "-", "17A", "binding", "peptides", "could", "result", "in", "an", "improvement", "in", "binding", "affinity", "and", "inhibitory", "activity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Homodimers", "of", "HAP", "were", "made", "through", "attachment", "of", "polyethylene", "glycol", "(", "PEG", ")", "spacers", "of", "different", "lengths", "at", "amino", "acids", "4", ",", "7", "and", "14", ",", "as", "these", "positions", "were", "identified", "in", "the", "alanine", "scan", "analysis", "as", "not", "contributing", "significantly", "to", "the", "activity", ",", "and", "at", "each", "N", "-", "terminus", "(", "Supplementary", "Table", "S2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Due", "to", "the", "high", "reactivity", "of", "the", "pentafluoroester", "(", "PFP", ")", "group", "used", "as", "the", "activating", "group", "in", "the", "PEG", ",", "the", "histidine", "at", "position", "2", "and", "the", "lysine", "at", "position", "15", "were", "replaced", "with", "threonine", "and", "dimethyllysine", "respectively", "to", "prevent", "formation", "of", "side", "products", ",", "which", "resulted", "in", "peptide", "38", "that", "was", "comparable", "in", "activity", "with", "HAP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "exercise", "revealed", "that", "several", "dimeric", "peptides", "with", "the", "longer", "PEG21", "spacer", "were", "significantly", "more", "potent", "than", "the", "monomer", "peptide", "in", "the", "cell", "-", "based", "assay", "(", "Supplementary", "Table", "S2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "species", "cross", "-", "reactivity", "of", "the", "dimeric", "peptide", "45", "and", "HAP", "were", "assessed", "in", "a", "murine", "functional", "cell", "assay", "using", "15", "ng", "/", "ml", "murine", "IL", "-", "17A", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Peptide", "45", "blocked", "the", "receptor", "binding", "of", "murine", "IL", "-", "17A", "although", "with", "potency", "two", "orders", "of", "magnitude", "weaker", "than", "that", "observed", "against", "human", "IL", "-", "17A", "(", "IC50", "=", "41", "nM", "vs", "IC50", "=", "0", ".", "1", "nM", ",", "respectively", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "monomer", "HAP", "was", "much", "weaker", "(", "IC50", ">", "1", "μM", ")", "in", "inhibiting", "murine", "IL", "-", "17A", "signaling", "(", "Supplementary", "Figure", "S4", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "the", "dimeric", "peptide", "45", "is", "much", "more", "potent", "than", "HAP", "in", "the", "cell", "-", "based", "assay", ",", "in", "subsequent", "studies", "we", "decided", "to", "focus", "our", "efforts", "solely", "on", "characterizations", "of", "the", "monomeric", "peptide", "HAP", "in", "hopes", "to", "identify", "smaller", "peptide", "inhibitors", "containing", "the", "best", "minimal", "functional", "group", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "HAP", "binds", "to", "immobilized", "human", "IL", "-", "17A", "homodimer", "tightly", "(", "Table", "3", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "It", "has", "slightly", "weaker", "affinity", "for", "human", "IL", "-", "17A", "/", "F", "heterodimer", "and", ">", "10", "fold", "weaker", "affinity", "for", "mouse", "IL", "-", "17A", "(", "Table", "3", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "HAP", "does", "not", "show", "significant", "binding", "to", "immobilized", "human", "IL", "-", "17F", "homodimer", "or", "IL", "-", "17RA", "at", "concentrations", "up", "to", "100", "nM", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Additionally", ",", "we", "investigated", "the", "antagonism", "of", "the", "human", "IL", "-", "17A", "/", "IL", "-", "17RA", "interaction", "by", "HAP", "using", "orthogonal", "methods", "including", "SPR", "and", "Förster", "resonance", "energy", "transfer", "(", "FRET", ")", "competition", "assays", "(", "Fig", ".", "1B", ",", "C", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "both", "assays", ",", "incubation", "of", "IL", "-", "17A", "with", "HAP", "effectively", "blocks", "the", "binding", "of", "IL", "-", "17A", "to", "immobilized", "IL", "-", "17RA", "with", "similar", "sub", "-", "nM", "IC50", "(", "Table", "3", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "either", "IL", "-", "17A", "or", "TNF", "-", "α", "alone", "can", "stimulate", "the", "release", "of", "multiple", "inflammatory", "cytokines", ",", "when", "acting", "together", "they", "can", "synergistically", "enhance", "each", "other", "’", "s", "effects", "(", "Supplementary", "Figure", "S5", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "integrative", "responses", "to", "IL", "-", "17A", "and", "TNF", "-", "α", "in", "human", "keratinocytes", "have", "been", "reported", "to", "account", "for", "key", "inflammatory", "pathogenic", "circuits", "in", "psoriasis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "former", "seems", "more", "likely", "as", "the", "growth", "rates", "are", "nearly", "identical", "for", "these", "strains", "on", "glucose", "and", "xylose", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "ΔXyGUL", "and", "WT", "Δtdk", "strains", "display", "normalized", "lag", "times", "on", "xylose", "within", "experimental", "error", ",", "and", "curiously", "some", "of", "the", "mutant", "and", "complemented", "strains", "display", "a", "nominally", "shorter", "lag", "time", "on", "xylose", "than", "the", "WT", "Δtdk", "strain", "." ]

[ "O", "B-mutant", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O" ]

[ "The", "reason", "for", "this", "observation", "on", "XyGO2", "is", "unclear", ",", "as", "the", "ΔSGBP", "-", "B", "mutant", "does", "not", "have", "a", "significantly", "different", "growth", "rate", "from", "the", "WT", "on", "XyGO2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Growth", "of", "select", "XyGUL", "mutants", "on", "xyloglucan", "and", "oligosaccharides", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "B", ".", "ovatus", "mutants", "were", "created", "in", "a", "thymidine", "kinase", "deletion", "(", "Δtdk", ")", "mutant", "as", "described", "previously", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "SGBP", "-", "A", "*", "denotes", "the", "Bacova_02651", "(", "W82A", "W283A", "W306A", ")", "allele", ",", "and", "the", "GH9", "gene", "is", "Bacova_02649", "." ]

[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "B-mutant", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Solid", "bars", "indicate", "conditions", "that", "are", "not", "statistically", "significant", "from", "the", "WT", "Δtdk", "cultures", "grown", "on", "the", "indicated", "carbohydrate", ",", "while", "open", "bars", "indicate", "a", "P", "value", "of", "<", "0", ".", "005", "compared", "to", "the", "WT", "Δtdk", "strain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O" ]

[ "Conditions", "denoted", "by", "the", "same", "letter", "(", "b", ",", "c", ",", "or", "d", ")", "are", "not", "statistically", "significant", "from", "each", "other", "but", "are", "significantly", "different", "from", "the", "condition", "labeled", "“", "a", ".”", "Complementation", "of", "ΔSGBP", "-", "A", "and", "ΔSBGP", "-", "B", "was", "performed", "by", "allelic", "exchange", "of", "the", "wild", "-", "type", "genes", "back", "into", "the", "genome", "for", "expression", "via", "the", "native", "promoter", ":", "these", "growth", "curves", ",", "quantified", "rates", "and", "lag", "times", "are", "displayed", "in", "Fig", ".", "S8", "in", "the", "supplemental", "material", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Fig", ".", "1B", ")", "was", "completely", "incapable", "of", "growth", "on", "XyG", ",", "XyGO1", ",", "and", "XyGO2", ",", "indicating", "that", "SGBP", "-", "A", "is", "essential", "for", "XyG", "utilization", "(", "Fig", ".", "6", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "result", "mirrors", "our", "previous", "data", "for", "the", "canonical", "Sus", "of", "B", ".", "thetaiotaomicron", ",", "which", "revealed", "that", "a", "homologous", "ΔsusD", "mutant", "is", "unable", "to", "grow", "on", "starch", "or", "malto", "-", "oligosaccharides", ",", "despite", "normal", "cell", "surface", "expression", "of", "all", "other", "PUL", "-", "encoded", "proteins", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "More", "recently", ",", "we", "demonstrated", "that", "this", "phenotype", "is", "due", "to", "the", "loss", "of", "the", "physical", "presence", "of", "SusD", ";", "complementation", "of", "ΔsusD", "with", "SusD", "*,", "a", "triple", "site", "-", "directed", "mutant", "(", "W96A", "W320A", "Y296A", ")", "that", "ablates", "glycan", "binding", ",", "restores", "B", ".", "thetaiotaomicron", "growth", "on", "malto", "-", "oligosaccharides", "and", "starch", "when", "sus", "transcription", "is", "induced", "by", "maltose", "addition", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "B-mutant", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similarly", ",", "the", "function", "of", "SGBP", "-", "A", "extends", "beyond", "glycan", "binding", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Complementation", "of", "ΔSGBP", "-", "A", "with", "the", "SGBP", "-", "A", "*", "(", "W82A", "W283A", "W306A", ")", "variant", ",", "which", "does", "not", "bind", "XyG", ",", "supports", "growth", "on", "XyG", "and", "XyGOs", "(", "Fig", ".", "6", ";", "ΔSGBP", "-", "A", "::", "SGBP", "-", "A", "*),", "with", "growth", "rates", "that", "are", "~", "70", "%", "that", "of", "the", "WT", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "B-mutant", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "previous", "studies", ",", "we", "observed", "that", "carbohydrate", "binding", "by", "SusD", "enhanced", "the", "sensitivity", "of", "the", "cells", "to", "limiting", "concentrations", "of", "malto", "-", "oligosaccharides", "by", "several", "orders", "of", "magnitude", ",", "such", "that", "the", "addition", "of", "0", ".", "5", "g", "/", "liter", "maltose", "was", "required", "to", "restore", "growth", "of", "the", "ΔsusD", "::", "SusD", "*", "strain", "on", "starch", ",", "which", "nonetheless", "occurred", "following", "an", "extended", "lag", "phase", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "the", "ΔSGBP", "-", "A", "::", "SGBP", "-", "A", "*", "strain", "does", "not", "display", "an", "extended", "lag", "time", "on", "any", "of", "the", "xyloglucan", "substrates", "compared", "to", "the", "WT", "(", "Fig", ".", "6", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "the", "modest", "rate", "defect", "displayed", "by", "the", "SGBP", "-", "A", "::", "SGBP", "-", "A", "*", "strain", "suggests", "that", "recognition", "of", "XyG", "and", "product", "import", "is", "somewhat", "less", "efficient", "in", "these", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "10", "-", "fold", "more", "weakly", "than", "XyGO2", "and", "XyG", "(", "Fig", ".", "6", ";", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "such", ",", "the", "data", "suggest", "that", "SGBP", "-", "A", "can", "compensate", "for", "the", "loss", "of", "function", "of", "SGBP", "-", "B", "on", "longer", "oligo", "-", "and", "polysaccharides", ",", "while", "SGBP", "-", "B", "may", "adapt", "the", "cell", "to", "recognize", "smaller", "oligosaccharides", "efficiently", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Indeed", ",", "a", "double", "mutant", ",", "consisting", "of", "a", "crippled", "SGBP", "-", "A", "and", "a", "deletion", "of", "SGBP", "-", "B", "(", "ΔSGBP", "-", "A", "::", "SGBP", "-", "A", "*/", "ΔSGBP", "-", "B", "),", "exhibits", "an", "extended", "lag", "time", "on", "both", "XyG", "and", "XyGO2", ",", "as", "well", "as", "XyGO1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "additional", "role", "of", "SGBP", "-", "B", "is", "especially", "notable", "in", "the", "context", "of", "studies", "on", "BtSusE", "and", "BtSusF", "(", "positioned", "similarly", "in", "the", "archetypal", "Sus", "locus", ")", "(", "Fig", ".", "1B", "),", "for", "which", "growth", "defects", "on", "starch", "or", "malto", "-", "oligosaccharides", "have", "never", "been", "observed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "combined", "deletion", "of", "the", "genes", "encoding", "GH9", "(", "encoded", "by", "Bacova_02649", ")", "and", "SGBP", "-", "B", "does", "not", "exacerbate", "the", "growth", "defect", "on", "XyGO1", "(", "Fig", ".", "6", ";", "ΔSGBP", "-", "B", "/", "ΔGH9", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O" ]

[ "The", "necessity", "of", "SGBP", "-", "B", "is", "elevated", "in", "the", "SGBP", "-", "A", "*", "strain", ",", "as", "the", "ΔSGBP", "-", "A", "::", "SGBP", "-", "A", "*/", "ΔSGBP", "-", "B", "mutant", "displays", "an", "extended", "lag", "during", "growth", "on", "XyG", "and", "xylogluco", "-", "oligosaccharides", ",", "while", "growth", "rate", "differences", "are", "more", "subtle", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "precise", "reason", "for", "this", "lag", "is", "unclear", ",", "but", "recapitulating", "our", "findings", "on", "the", "role", "of", "SusD", "in", "malto", "-", "oligosaccharide", "sensing", "in", "B", ".", "thetaiotaomicron", ",", "this", "extended", "lag", "may", "be", "due", "to", "inefficient", "import", "and", "thus", "sensing", "of", "xyloglucan", "in", "the", "environment", "in", "the", "absence", "of", "glycan", "binding", "by", "essential", "SGBPs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "previous", "work", "demonstrates", "that", "B", ".", "ovatus", "cells", "grown", "in", "minimal", "medium", "plus", "glucose", "express", "low", "levels", "of", "the", "XyGUL", "transcript", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "in", "our", "experiments", ",", "we", "presume", "that", "each", "strain", ",", "initially", "grown", "in", "glucose", ",", "expresses", "low", "levels", "of", "the", "XyGUL", "transcript", "and", "thus", "low", "levels", "of", "the", "XyGUL", "-", "encoded", "surface", "proteins", ",", "including", "the", "vanguard", "GH5", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Presumably", "without", "glycan", "binding", "by", "the", "SGBPs", ",", "the", "GH5", "protein", "cannot", "efficiently", "process", "xyloglucan", ",", "and", "/", "or", "the", "lack", "of", "SGBP", "function", "prevents", "efficient", "capture", "and", "import", "of", "the", "processed", "oligosaccharides", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "BtSus", ",", "SusD", "and", "the", "TBDT", "SusC", "interact", ",", "and", "we", "speculate", "that", "this", "interaction", "is", "necessary", "for", "glycan", "uptake", ",", "as", "suggested", "by", "the", "fact", "that", "a", "ΔsusD", "mutant", "cannot", "grow", "on", "starch", ",", "but", "a", "ΔsusD", "::", "SusD", "*", "strain", "regains", "this", "ability", "if", "a", "transcriptional", "activator", "of", "the", "sus", "operon", "is", "supplied", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "unlike", "the", "Sus", ",", "in", "which", "elimination", "of", "SusE", "and", "SusF", "does", "not", "affect", "growth", "on", "starch", ",", "SGBP", "-", "B", "appears", "to", "have", "a", "dedicated", "role", "in", "growth", "on", "small", "xylogluco", "-", "oligosaccharides", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "ability", "of", "gut", "-", "adapted", "microorganisms", "to", "thrive", "in", "the", "gastrointestinal", "tract", "is", "critically", "dependent", "upon", "their", "ability", "to", "efficiently", "recognize", ",", "cleave", ",", "and", "import", "glycans", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "human", "gut", ",", "in", "particular", ",", "is", "a", "densely", "packed", "ecosystem", "with", "hundreds", "of", "species", ",", "in", "which", "there", "is", "potential", "for", "both", "competition", "and", "synergy", "in", "the", "utilization", "of", "different", "substrates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Recent", "work", "has", "elucidated", "that", "Bacteroidetes", "cross", "-", "feed", "during", "growth", "on", "many", "glycans", ";", "the", "glycoside", "hydrolases", "expressed", "by", "one", "species", "liberate", "oligosaccharides", "for", "consumption", "by", "other", "members", "of", "the", "community", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", ",", "we", "demonstrate", "that", "the", "surface", "glycan", "binding", "proteins", "encoded", "within", "the", "BoXyGUL", "play", "unique", "and", "essential", "roles", "in", "the", "acquisition", "of", "the", "ubiquitous", "and", "abundant", "vegetable", "polysaccharide", "xyloglucan", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Yet", ",", "a", "number", "of", "questions", "remain", "regarding", "the", "molecular", "interplay", "of", "SGBPs", "with", "their", "cotranscribed", "cohort", "of", "glycoside", "hydrolases", "and", "TonB", "-", "dependent", "transporters", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "direct", "interaction", "between", "the", "BtSusC", "TBDT", "and", "the", "SusD", "SGBP", "has", "been", "previously", "demonstrated", ",", "as", "has", "an", "interaction", "between", "the", "homologous", "components", "encoded", "by", "an", "N", "-", "glycan", "-", "scavenging", "PUL", "of", "Capnocytophaga", "canimorsus", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "yet", "presently", "unclear", "whether", "this", "interaction", "is", "static", "or", "dynamic", "and", "to", "what", "extent", "the", "association", "of", "cognate", "TBDT", "/", "SGBPs", "is", "dependent", "upon", "the", "structure", "of", "the", "carbohydrate", "to", "be", "imported", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "On", "the", "other", "hand", ",", "there", "is", "clear", "evidence", "for", "independent", "TBDTs", "in", "Bacteroidetes", "that", "do", "not", "require", "SGBP", "association", "for", "activity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "it", "was", "recently", "demonstrated", "that", "expression", "of", "nanO", ",", "which", "encodes", "a", "SusC", "-", "like", "TBDT", "as", "part", "of", "a", "sialic", "-", "acid", "-", "targeting", "PUL", "from", "B", ".", "fragilis", ",", "restored", "growth", "on", "this", "monosaccharide", "in", "a", "mutant", "strain", "of", "E", ".", "coli", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "instance", ",", "coexpression", "of", "the", "susD", "-", "like", "gene", "nanU", "was", "not", "required", ",", "nor", "did", "the", "expression", "of", "the", "nanU", "gene", "enhance", "growth", "kinetics", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "the", "strict", "dependence", "on", "a", "SusD", "-", "like", "SGBP", "for", "glycan", "uptake", "in", "the", "Bacteroidetes", "may", "be", "variable", "and", "substrate", "dependent", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Such", "is", "the", "case", "for", "XyGUL", "from", "related", "Bacteroides", "species", ",", "which", "may", "encode", "either", "one", "or", "two", "of", "these", "predicted", "SGBPs", ",", "and", "these", "proteins", "vary", "considerably", "in", "length", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "extremely", "low", "similarity", "of", "these", "SGBPs", "is", "striking", "in", "light", "of", "the", "moderate", "sequence", "conservation", "observed", "among", "homologous", "GHs", "in", "syntenic", "PUL", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", ",", "together", "with", "the", "observation", "that", "these", "SGBPs", ",", "as", "exemplified", "by", "BtSusE", "and", "BtSusF", "and", "the", "XyGUL", "SGBP", "-", "B", "of", "the", "present", "study", ",", "are", "expendable", "for", "polysaccharide", "growth", ",", "implies", "a", "high", "degree", "of", "evolutionary", "flexibility", "to", "enhance", "glycan", "capture", "at", "the", "cell", "surface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "the", "natural", "diversity", "of", "these", "proteins", "represents", "a", "rich", "source", "for", "the", "discovery", "of", "unique", "carbohydrate", "-", "binding", "motifs", "to", "both", "inform", "gut", "microbiology", "and", "generate", "new", ",", "specific", "carbohydrate", "analytical", "reagents", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "conclusion", ",", "the", "present", "study", "further", "illuminates", "the", "essential", "role", "that", "surface", "-", "glycan", "binding", "proteins", "play", "in", "facilitating", "the", "catabolism", "of", "complex", "dietary", "carbohydrates", "by", "Bacteroidetes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "ability", "of", "our", "resident", "gut", "bacteria", "to", "recognize", "polysaccharides", "is", "the", "first", "committed", "step", "of", "glycan", "consumption", "by", "these", "organisms", ",", "a", "critical", "process", "that", "influences", "the", "community", "structure", "and", "thus", "the", "metabolic", "output", "(", "i", ".", "e", ".,", "short", "-", "chain", "fatty", "acid", "and", "metabolite", "profile", ")", "of", "these", "organisms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Inhibiting", "complex", "IL", "-", "17A", "and", "IL", "-", "17RA", "interactions", "with", "a", "linear", "peptide" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "IL", "-", "17A", "is", "a", "pro", "-", "inflammatory", "cytokine", "that", "has", "been", "implicated", "in", "autoimmune", "and", "inflammatory", "diseases", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "HAP", "binds", "specifically", "to", "IL", "-", "17A", "and", "inhibits", "the", "interaction", "of", "the", "cytokine", "with", "its", "receptor", ",", "IL", "-", "17RA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Crystal", "structure", "studies", "revealed", "that", "two", "HAP", "molecules", "bind", "to", "one", "IL", "-", "17A", "dimer", "symmetrically", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "N", "-", "terminal", "portions", "of", "HAP", "form", "a", "β", "-", "strand", "that", "inserts", "between", "two", "IL", "-", "17A", "monomers", "while", "the", "C", "-", "terminal", "section", "forms", "an", "α", "helix", "that", "directly", "blocks", "IL", "-", "17RA", "from", "binding", "to", "the", "same", "region", "of", "IL", "-", "17A", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "IL", "-", "17A", "signals", "through", "a", "specific", "cell", "surface", "receptor", "complex", "which", "consists", "of", "IL", "-", "17RA", "and", "IL", "-", "17RC", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "IL", "-", "17A", "’", "s", "downstream", "signaling", "leads", "to", "increased", "production", "of", "inflammatory", "cytokines", "such", "as", "IL", "-", "6", ",", "IL", "-", "8", ",", "CCL", "-", "20", "and", "CXCL1", "by", "various", "mechanisms", "including", "stimulation", "of", "transcription", "and", "stabilization", "of", "mRNA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "various", "cell", "types", "have", "been", "reported", "to", "express", "IL", "-", "17RA", ",", "the", "highest", "responses", "to", "IL", "-", "17A", "come", "from", "epithelial", "cells", ",", "endothelial", "cells", ",", "keratinocytes", "and", "fibroblasts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "IL", "-", "17A", "and", "its", "signaling", "is", "important", "in", "host", "defense", "against", "certain", "fungal", "and", "bacterial", "infections", "as", "demonstrated", "by", "patients", "with", "autoantibodies", "against", "IL", "-", "17A", "and", "IL", "-", "17F", ",", "or", "with", "inborn", "errors", "of", "IL", "-", "17", "immunity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", "to", "its", "physiological", "role", ",", "IL", "-", "17A", "is", "a", "key", "pathogenic", "factor", "in", "inflammatory", "and", "autoimmune", "diseases", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "phase", "II", "and", "III", "clinical", "trials", ",", "neutralizing", "monoclonal", "antibodies", "against", "IL", "-", "17A", "(", "secukinumab", "and", "ixekizumab", ")", "or", "its", "receptor", "IL", "-", "17RA", "(", "brodalumab", ")", "are", "highly", "efficacious", "in", "treating", "moderate", "to", "severe", "plaque", "psoriasis", "and", "psoriatic", "arthritis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Secukinumab", "has", "been", "approved", "recently", "as", "a", "new", "psoriasis", "drug", "by", "the", "US", "Food", "and", "Drug", "Administration", "(", "Cosentyx", "™)." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", "to", "psoriasis", "and", "psoriatic", "arthritis", ",", "IL", "-", "17A", "blockade", "has", "also", "shown", "preclinical", "and", "clinical", "efficacies", "in", "ankylosing", "spondylitis", "and", "rheumatoid", "arthritis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Among", "IL", "-", "17", "cytokines", ",", "IL", "-", "17A", "and", "IL", "-", "17F", "share", "the", "highest", "homology", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Structures", "are", "known", "for", "apo", "IL", "-", "17F", "and", "its", "complex", "with", "IL", "-", "17RA", ",", "for", "apo", "IL", "-", "17A", ",", "its", "complex", "with", "an", "antibody", "Fab", ",", "and", "its", "complex", "with", "IL", "-", "17RA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Developing", "small", "molecules", "targeting", "protein", "-", "protein", "interactions", "is", "difficult", "with", "particular", "challenges", "associated", "with", "the", "large", ",", "shallow", "IL", "-", "17A", "/", "IL", "-", "17RA", "interfaces", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "efforts", "resulted", "in", "discovery", "of", "a", "high", "affinity", "IL", "-", "17A", "peptide", "antagonist", "(", "HAP", "),", "which", "we", "attempted", "to", "increase", "the", "functional", "production", "and", "pharmacokinetics", "after", "fusing", "HAP", "to", "antibodies", "for", "evaluation", "as", "a", "bispecific", "therapeutic", "in", "animal", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Unfortunately", ",", "this", "past", "work", "revealed", "stability", "issues", "of", "the", "uncapped", "HAP", "in", "cell", "culture", "Here", ",", "we", "provide", "the", "details", "of", "the", "discovery", "and", "optimization", "that", "led", "to", "HAP", "and", "report", "the", "complex", "structure", "of", "IL", "-", "17A", "with", "HAP", ",", "which", "provides", "structure", "based", "rationalization", "of", "peptide", "optimization", "and", "structure", "activity", "relationship", "(", "SAR", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Single", "clones", "were", "isolated", "and", "sub", "-", "cultured", "in", "growth", "medium", ",", "and", "culture", "supernatants", "were", "used", "in", "an", "enzyme", "-", "linked", "immunosorbent", "assay", "(", "ELISA", ")", "to", "identify", "specific", "IL", "-", "17A", "-", "binding", "clones", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Approximately", "10", "%", "of", "the", "clones", "that", "specifically", "bound", "to", "IL", "-", "17A", "also", "prevented", "the", "cytokine", "from", "binding", "to", "IL", "-", "17RA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "15", "-", "mer", "linear", "peptide", "1", "was", "shown", "to", "block", "IL", "-", "17A", "/", "IL", "-", "17RA", "binding", "with", "an", "IC50", "of", "80", "nM", "in", "the", "competition", "ELISA", "assay", "(", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "peptide", "was", "then", "tested", "in", "a", "cell", "-", "based", "functional", "assay", "wherein", "production", "of", "GRO", "-", "α", "in", "BJ", "human", "fibroblast", "cells", "was", "measured", "as", "a", "function", "of", "IL", "-", "17A", "stimulation", "using", "1", "ng", "/", "ml", "IL", "-", "17A", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Peptide", "1", "was", "found", "to", "be", "active", "in", "this", "functional", "assay", "with", "an", "IC50", "of", "370", "nM", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Optimization", "of", "IL", "-", "17A", "peptide", "inhibitors" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "SAR", "campaign", "was", "undertaken", "to", "improve", "the", "potency", "of", "peptide", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "When", "alanine", "was", "already", "present", "(", "positions", "7", "and", "15", "),", "substitution", "was", "made", "with", "lysine", "(", "Table", "1", ",", "peptides", "3", "–", "17", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Positions", "1", ",", "2", ",", "4", ",", "5", ",", "7", ",", "14", "and", "15", "were", "shown", "to", "be", "amenable", "to", "substitution", "without", "significant", "loss", "(", "less", "than", "3", "-", "fold", ")", "of", "binding", "affinity", "as", "measured", "by", "the", "IL", "-", "17A", "/", "IL", "-", "17RA", "competition", "ELISA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "order", "to", "rapidly", "evaluate", "the", "effects", "of", "substitution", "of", "natural", "amino", "acids", "at", "tolerant", "positions", "identified", "by", "the", "alanine", "scan", ",", "the", "lead", "sequence", "was", "subjected", "to", "site", "-", "specific", "saturation", "mutagenesis", "using", "MBP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Each", "of", "the", "seven", "positions", "identified", "by", "the", "alanine", "scan", "was", "individually", "modified", "while", "keeping", "the", "rest", "of", "the", "sequence", "constant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Peptides", "with", "beneficial", "point", "mutations", "at", "positions", "2", ",", "5", ",", "and", "14", "were", "synthesized", "and", "evaluated", "in", "the", "competition", "ELISA", "(", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Two", "of", "the", "changes", ",", "V2H", "(", "18", ")", "or", "V2T", "(", "21", ")", "displayed", "improved", "binding", "in", "the", "competition", "ELISA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Introduction", "of", "a", "methionine", "(", "27", ")", "or", "a", "carboxamide", "(", "28", "and", "29", ")", "at", "position", "14", "was", "shown", "to", "improve", "the", "binding", "affinity", "of", "the", "lead", "peptide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "general", ",", "there", "was", "good", "agreement", "between", "the", "respective", "binding", "affinities", "of", "the", "synthesized", "peptides", "and", "their", "MBP", "fusion", "counterparts", ",", "except", "for", "substitution", "of", "valine", "at", "position", "2", "to", "a", "tryptophan", "(", "22", "),", "which", "resulted", "in", "a", "fivefold", "loss", "of", "affinity", ",", "for", "the", "free", "peptide", "when", "compared", "with", "the", "MBP", "fusion", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Combining", "the", "key", "amino", "-", "acid", "residues", "identified", "by", "SAR", "into", "a", "single", "peptide", "sequence", "resulted", "in", "peptide", "30", ",", "named", "high", "affinity", "peptide", "(", "HAP", "),", "that", "was", "found", "to", "inhibit", "IL", "-", "17A", "signaling", "in", "a", "BJ", "human", "fibroblast", "cell", "assay", "with", "an", "IC50", "of", "17", "nM", ",", "a", "more", "than", "20", "-", "fold", "improvement", "over", "the", "phage", "peptide", "1", "(", "Table", "2", "and", "Supplementary", "Figure", "S2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "also", "examined", "the", "effect", "of", "removing", "the", "acetyl", "group", "at", "the", "N", "-", "terminus", "of", "HAP", "(", "which", "is", "present", "in", "all", "the", "peptides", "made", ",", "see", "Supplementary", "Material", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "un", "-", "capped", "peptide", "(", "31", ")", "had", "an", "IC50", "of", "420", "nM", "in", "the", "cell", "-", "based", "assay", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "loss", "of", "cellular", "activity", "of", "31", "was", "most", "likely", "due", "to", "the", "degradation", "of", "the", "N", "-", "terminus", "of", "31", ",", "since", "peptide", "31", "was", "shown", "to", "be", "able", "to", "bind", "to", "IL", "-", "17A", "with", "similar", "affinity", "as", "HAP", "itself", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "our", "previous", "work", "had", "reported", "that", "in", "antibody", "fusions", "the", "uncapped", "peptide", "was", "degraded", "under", "cell", "assay", "conditions", "with", "removal", "of", "the", "first", "1", "-", "3", "residues", "to", "inactive", "products", "with", "the", "same", "N", "-", "terminal", "sequences", "as", "peptides", "32", "–", "34", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "C", "-", "terminal", "truncations", "showed", "a", "more", "gradual", "reduction", "in", "activity", "(", "35", "–", "37", ";", "Table", "2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "deletion", "of", "three", "amino", "acids", "from", "the", "C", "-", "terminal", "end", "(", "37", "),", "the", "peptide", "is", "no", "longer", "active", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "reasoned", "that", "since", "the", "IL", "-", "17A", "protein", "is", "almost", "exclusively", "present", "in", "a", "dimeric", "form", ",", "dimerizing", "the", "IL", "-", "17A", "binding", "peptides", "could", "result", "in", "an", "improvement", "in", "binding", "affinity", "and", "inhibitory", "activity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Homodimers", "of", "HAP", "were", "made", "through", "attachment", "of", "polyethylene", "glycol", "(", "PEG", ")", "spacers", "of", "different", "lengths", "at", "amino", "acids", "4", ",", "7", "and", "14", ",", "as", "these", "positions", "were", "identified", "in", "the", "alanine", "scan", "analysis", "as", "not", "contributing", "significantly", "to", "the", "activity", ",", "and", "at", "each", "N", "-", "terminus", "(", "Supplementary", "Table", "S2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Due", "to", "the", "high", "reactivity", "of", "the", "pentafluoroester", "(", "PFP", ")", "group", "used", "as", "the", "activating", "group", "in", "the", "PEG", ",", "the", "histidine", "at", "position", "2", "and", "the", "lysine", "at", "position", "15", "were", "replaced", "with", "threonine", "and", "dimethyllysine", "respectively", "to", "prevent", "formation", "of", "side", "products", ",", "which", "resulted", "in", "peptide", "38", "that", "was", "comparable", "in", "activity", "with", "HAP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "exercise", "revealed", "that", "several", "dimeric", "peptides", "with", "the", "longer", "PEG21", "spacer", "were", "significantly", "more", "potent", "than", "the", "monomer", "peptide", "in", "the", "cell", "-", "based", "assay", "(", "Supplementary", "Table", "S2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "species", "cross", "-", "reactivity", "of", "the", "dimeric", "peptide", "45", "and", "HAP", "were", "assessed", "in", "a", "murine", "functional", "cell", "assay", "using", "15", "ng", "/", "ml", "murine", "IL", "-", "17A", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Peptide", "45", "blocked", "the", "receptor", "binding", "of", "murine", "IL", "-", "17A", "although", "with", "potency", "two", "orders", "of", "magnitude", "weaker", "than", "that", "observed", "against", "human", "IL", "-", "17A", "(", "IC50", "=", "41", "nM", "vs", "IC50", "=", "0", ".", "1", "nM", ",", "respectively", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "monomer", "HAP", "was", "much", "weaker", "(", "IC50", ">", "1", "μM", ")", "in", "inhibiting", "murine", "IL", "-", "17A", "signaling", "(", "Supplementary", "Figure", "S4", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "the", "dimeric", "peptide", "45", "is", "much", "more", "potent", "than", "HAP", "in", "the", "cell", "-", "based", "assay", ",", "in", "subsequent", "studies", "we", "decided", "to", "focus", "our", "efforts", "solely", "on", "characterizations", "of", "the", "monomeric", "peptide", "HAP", "in", "hopes", "to", "identify", "smaller", "peptide", "inhibitors", "containing", "the", "best", "minimal", "functional", "group", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "HAP", "binds", "to", "immobilized", "human", "IL", "-", "17A", "homodimer", "tightly", "(", "Table", "3", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "has", "slightly", "weaker", "affinity", "for", "human", "IL", "-", "17A", "/", "F", "heterodimer", "and", ">", "10", "fold", "weaker", "affinity", "for", "mouse", "IL", "-", "17A", "(", "Table", "3", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "HAP", "does", "not", "show", "significant", "binding", "to", "immobilized", "human", "IL", "-", "17F", "homodimer", "or", "IL", "-", "17RA", "at", "concentrations", "up", "to", "100", "nM", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Additionally", ",", "we", "investigated", "the", "antagonism", "of", "the", "human", "IL", "-", "17A", "/", "IL", "-", "17RA", "interaction", "by", "HAP", "using", "orthogonal", "methods", "including", "SPR", "and", "Förster", "resonance", "energy", "transfer", "(", "FRET", ")", "competition", "assays", "(", "Fig", ".", "1B", ",", "C", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "both", "assays", ",", "incubation", "of", "IL", "-", "17A", "with", "HAP", "effectively", "blocks", "the", "binding", "of", "IL", "-", "17A", "to", "immobilized", "IL", "-", "17RA", "with", "similar", "sub", "-", "nM", "IC50", "(", "Table", "3", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "While", "either", "IL", "-", "17A", "or", "TNF", "-", "α", "alone", "can", "stimulate", "the", "release", "of", "multiple", "inflammatory", "cytokines", ",", "when", "acting", "together", "they", "can", "synergistically", "enhance", "each", "other", "’", "s", "effects", "(", "Supplementary", "Figure", "S5", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "integrative", "responses", "to", "IL", "-", "17A", "and", "TNF", "-", "α", "in", "human", "keratinocytes", "have", "been", "reported", "to", "account", "for", "key", "inflammatory", "pathogenic", "circuits", "in", "psoriasis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]