OTAR3088/Variants_IOB-V2 · Datasets at Hugging Face

words listlengths 1 201	labels listlengths 1 201
[ "These", "genes", "encode", "a", "wide", "variety", "of", "proteins", "connected", "to", "many", "biological", "processes", "contributing", "to", "bacterial", "survival", ",", "adaptation", "in", "the", "host", "niche", ",", "colonization", "and", "invasion", "....	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "NadR", "belongs", "to", "the", "MarR", "(", "Multiple", "Antibiotic", "Resistance", "Regulator", ")", "family", ",", "a", "group", "of", "ligand", "-", "responsive", "transcriptional", "regulators", "ubiquitous", "in", "bacteria", "and", "archaea", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "MarR", "family", "proteins", "can", "promote", "bacterial", "survival", "in", "the", "presence", "of", "antibiotics", ",", "toxic", "chemicals", ",", "organic", "solvents", "or", "reactive", "oxygen", "species", "and", "can", "regulate", "virulence", "factor", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "MarR", "homologues", "can", "act", "either", "as", "transcriptional", "repressors", "or", "as", "activators", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", ">", "50", "MarR", "family", "structures", "are", "known", ",", "a", "molecular", "understanding", "of", "their", "ligand", "-", "dependent", "regulatory", "mechanisms", "is", "still", "limited", ",", "often", "hampered", "by", "lack", "of", "ident...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "potentially", "interesting", "exception", "comes", "from", "the", "ligand", "-", "free", "and", "salicylate", "-", "bound", "forms", "of", "the", "Methanobacterium", "thermoautotrophicum", "protein", "MTH313", "which", "revealed", "that", "two", "salicylate", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "it", "is", "unknown", "whether", "salicylate", "is", "a", "relevant", "in", "vivo", "ligand", "of", "either", "of", "these", "two", "proteins", ",", "which", "share", "~", "20", "%", "sequence", "identity", "with", "NadR", ",", "rendering"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "NadR", "binds", "nadA", "on", "three", "different", "operators", "(", "OpI", ",", "OpII", "and", "OpIII", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "4", "-", "HPA", "is", "a", "small", "molecule", "derived", "from", "mammalian", "aromatic", "amino", "acid", "catabolism", "and", "is", "released", "in", "human", "saliva", ",", "where", "it", "has", "been", "detected", "at", "micromolar", "concentration", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "the", "presence", "of", "4", "-", "HPA", ",", "NadR", "is", "unable", "to", "bind", "the", "nadA", "promoter", "and", "nadA", "gene", "expression", "is", "induced", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "vivo", ",", "the", "presence", "of", "4", "-", "HPA", "in", "the", "host", "niche", "of", "N", ".", "meningitidis", "serves", "as", "an", "inducer", "of", "NadA", "production", ",", "thereby", "promoting", "bacterial", "adhesion", "to", "host", "c...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Further", ",", "we", "recently", "reported", "that", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA", ",", "produced", "during", "inflammation", ",", "is", "another", "inducer", "of", "nadA", "expression", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Extending", "our", "previous", "studies", "based", "on", "hydrogen", "-", "deuterium", "exchange", "mass", "spectrometry", "(", "HDX", "-", "MS", "),", "here", "we", "sought", "to", "reveal", "the", "molecular", "mechanisms", "and", "effects", "of", "NadR", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Standard", "chromatographic", "techniques", "were", "used", "to", "obtain", "a", "highly", "purified", "sample", "of", "NadR", "(", "see", "Materials", "and", "Methods", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "data", "showed", "that", "NadR", "was", "dimeric", "in", "solution", ",", "since", "the", "theoretical", "molecular", "mass", "of", "the", "NadR", "dimer", "is", "33", ".", "73", "kDa", ";", "and", ",", "there", "was", "no", "change", "in", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "thermal", "stability", "of", "NadR", "was", "examined", "using", "differential", "scanning", "calorimetry", "(", "DSC", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "Tm", "of", "NadR", "was", "67", ".", "4", "±", "0", ".", "1", "°", "C", "in", "the", "absence", "of", "ligand", ",", "and", "was", "unaffected", "by", "salicylate", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "an", "increased", "thermal", "stability", "was", "induced", "by", "4", "-", "HPA", "and", ",", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "by", "3", "-", "HPA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Interestingly", ",", "NadR", "displayed", "the", "greatest", "Tm", "increase", "upon", "addition", "of", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA", "(", "Table", "1", "and", "Fig", "1B", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Stability", "of", "NadR", "is", "increased", "by", "small", "molecule", "ligands", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Melting", "-", "point", "(", "Tm", ")", "and", "its", "ligand", "-", "induced", "increase", "(", "ΔTm", ")", "derived", "from", "DSC", "thermostability", "experiments", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Dissociation", "constants", "(", "KD", ")", "of", "the", "NadR", "/", "ligand", "interactions", "from", "SPR", "steady", "-", "state", "binding", "experiments", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Ligand", "Tm", "(°", "C", ")", "ΔTm", "(°", "C", ")", "KD", "(", "mM", ")", "No", "ligand", "67", ".", "4", "±", "0", ".", "1", "n", ".", "a", ".", "n", ".", "a", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "NadR", "displays", "distinct", "binding", "affinities", "for", "hydroxyphenylacetate", "ligands" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "SPR", "sensorgrams", "revealed", "very", "fast", "association", "and", "dissociation", "events", ",", "typical", "of", "small", "molecule", "ligands", ",", "thus", "prohibiting", "a", "detailed", "study", "of", "binding", "kinetics", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "3", "-", "HPA", "showed", "a", "weaker", "interaction", ",", "with", "a", "KD", "of", "2", ".", "7", "mM", ",", "while", "salicylate", "showed", "only", "a", "very", "weak", "response", "that", "did", "not", "reach", "saturation", ",", "indicating", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Although", "these", "KD", "values", "indicate", "rather", "weak", "interactions", ",", "they", "are", "similar", "to", "the", "values", "reported", "previously", "for", "the", "MarR", "/", "salicylate", "interaction", "(", "KD", "~", "1", "mM", ")", "and", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Crystal", "structures", "of", "holo", "-", "NadR", "and", "apo", "-", "NadR" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "First", ",", "we", "crystallized", "NadR", "(", "a", "selenomethionine", "-", "labelled", "derivative", ")", "in", "the", "presence", "of", "a", "200", "-", "fold", "molar", "excess", "of", "4", "-", "HPA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "structure", "of", "the", "NadR", "/", "4", "-", "HPA", "complex", "was", "determined", "at", "2", ".", "3", "Å", "resolution", "using", "a", "combination", "of", "the", "single", "-", "wavelength", "anomalous", "dispersion", "(", "SAD", ")", "and...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Despite", "numerous", "attempts", ",", "we", "were", "unable", "to", "obtain", "high", "-", "quality", "crystals", "of", "NadR", "complexed", "with", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA", ",", "3", ",", "4", "-", "HPA", ",", "3", "-", "HPA", "or", "DNA", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "it", "was", "eventually", "possible", "to", "crystallize", "apo", "-", "NadR", ",", "and", "the", "structure", "was", "determined", "at", "2", ".", "7", "Å", "resolution", "by", "MR", "methods", "using", "the", "NadR", "/", "4", "-", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "apo", "-", "NadR", "structure", "was", "refined", "to", "R", "work", "/", "R", "free", "values", "of", "19", ".", "1", "/", "26", ".", "8", "%", "(", "Table", "2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "asymmetric", "unit", "of", "the", "NadR", "/", "4", "-", "HPA", "crystals", "(", "holo", "-", "NadR", ")", "contained", "one", "NadR", "homodimer", ",", "while", "the", "apo", "-", "NadR", "crystals", "contained", "two", "homodimers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Moreover", ",", "our", "SE", "-", "HPLC", "/", "MALLS", "analyses", "(", "see", "above", ")", "revealed", "that", "in", "solution", "NadR", "is", "dimeric", ",", "and", "previous", "studies", "using", "native", "mass", "spectrometry", "(", "MS", ")", "r...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "NadR", "homodimer", "bound", "to", "4", "-", "HPA", "has", "a", "dimerization", "interface", "mostly", "involving", "the", "top", "of", "its", "‘", "triangular", "’", "form", ",", "while", "the", "two", "DNA", "-", "binding", "domains", "are", "l...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "High", "-", "quality", "electron", "density", "maps", "allowed", "clear", "identification", "of", "the", "bound", "ligand", ",", "4", "-", "HPA", "(", "Fig", "2B", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "overall", "structure", "of", "NadR", "shows", "dimensions", "of", "~", "50", "×", "65", "×", "50", "Å", "and", "a", "large", "homodimer", "interface", "that", "buries", "a", "total", "surface", "area", "of", "~", "4800", "Å2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Each", "NadR", "monomer", "consists", "of", "six", "α", "-", "helices", "and", "two", "short", "β", "-", "strands", ",", "with", "helices", "α1", ",", "α5", ",", "and", "α6", "forming", "the", "dimer", "interface", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Together", ",", "these", "structural", "elements", "constitute", "the", "winged", "helix", "-", "turn", "-", "helix", "(", "wHTH", ")", "DNA", "-", "binding", "domain", "and", ",", "together", "with", "the", "dimeric", "organization", ",", "are", "the", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "crystal", "structure", "of", "NadR", "in", "complex", "with", "4", "-", "HPA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "A", ")", "The", "holo", "-", "NadR", "homodimer", "is", "depicted", "in", "green", "and", "blue", "for", "chains", "A", "and", "B", "respectively", ",", "while", "yellow", "sticks", "depict", "the", "4", "-", "HPA", "ligand", "(", "labelled", ")....	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "simplicity", ",", "secondary", "structure", "elements", "are", "labelled", "for", "chain", "B", "only", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Red", "dashes", "show", "hypothetical", "positions", "of", "chain", "B", "residues", "88", "–", "90", "that", "were", "not", "modeled", "due", "to", "lack", "of", "electron", "density", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "B", ")", "A", "zoom", "into", "the", "pocket", "occupied", "by", "4", "-", "HPA", "shows", "that", "the", "ligand", "contacts", "both", "chains", "A", "and", "B", ";", "blue", "mesh", "shows", "electron", "density", "around", "4", "-", "HPA", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "A", "single", "conserved", "leucine", "residue", "(", "L130", ")", "is", "crucial", "for", "dimerization" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "NadR", "dimer", "interface", "is", "formed", "by", "at", "least", "32", "residues", ",", "which", "establish", "numerous", "inter", "-", "chain", "salt", "bridges", "or", "hydrogen", "bonds", ",", "and", "many", "hydrophobic", "packing", "interactions"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "determine", "which", "residues", "were", "most", "important", "for", "dimerization", ",", "we", "studied", "the", "interface", "in", "silico", "and", "identified", "several", "residues", "as", "potential", "mediators", "of", "key", "stabilizing", "interacti...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Each", "mutant", "NadR", "protein", "was", "purified", ",", "and", "then", "its", "oligomeric", "state", "was", "examined", "by", "analytical", "SE", "-", "HPLC", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Almost", "all", "the", "mutants", "showed", "the", "same", "elution", "profile", "as", "the", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "NadR", "protein", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Only", "the", "L130K", "mutation", "induced", "a", "notable", "change", "in", "the", "oligomeric", "state", "of", "NadR", "(", "Fig", "3C", ")." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Further", ",", "in", "SE", "-", "MALLS", "analyses", ",", "the", "L130K", "mutant", "displayed", "two", "distinct", "species", "in", "solution", ",", "approximately", "80", "%", "being", "monomeric", "(", "a", "19", "kDa", "species", "),", "and", "only", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "contrast", ",", "most", "of", "the", "other", "residues", "identified", "in", "the", "NadR", "dimer", "interface", "were", "poorly", "conserved", "in", "the", "MarR", "family", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Analysis", "of", "the", "NadR", "dimer", "interface", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "A", ")", "Both", "orientations", "show", "chain", "A", ",", "green", "backbone", "ribbon", ",", "colored", "red", "to", "highlight", "all", "locations", "involved", "in", "dimerization", ";", "namely", ",", "inter", "-", "chain", "salt", "bridges", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Chain", "B", ",", "grey", "surface", ",", "is", "marked", "blue", "to", "highlight", "residues", "probed", "by", "site", "-", "directed", "mutagenesis", "(", "E136", "only", "makes", "a", "salt", "bridge", "with", "K126", ",", "therefore", "it", "was", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "(", "C", ")", "SE", "-", "HPLC", "analyses", "of", "all", "mutant", "forms", "of", "NadR", "are", "compared", "with", "the", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "protein", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "WT", "and", "most", "of", "the", "mutants", "show", "a", "single", "elution", "peak", "with", "an", "absorbance", "maximum", "at", "17", ".", "5", "min", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "holo", "-", "NadR", "structure", "presents", "only", "one", "occupied", "ligand", "-", "binding", "pocket" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "tunnel", "was", "lined", "with", "rather", "hydrophobic", "amino", "acids", ",", "and", "did", "not", "contain", "water", "molecules", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Unexpectedly", ",", "only", "one", "monomer", "of", "the", "holo", "-", "NadR", "homodimer", "contained", "4", "-", "HPA", "in", "the", "binding", "pocket", ",", "whereas", "the", "corresponding", "pocket", "of", "the", "other", "monomer", "was", "unoccupie...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Inspection", "of", "the", "protein", "-", "ligand", "interaction", "network", "revealed", "no", "bonds", "from", "NadR", "backbone", "groups", "to", "the", "ligand", ",", "but", "several", "key", "side", "chain", "mediated", "hydrogen", "(", "H", ")-", "bon...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Atomic", "details", "of", "NadR", "/", "HPA", "interactions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", ")", "A", "stereo", "-", "view", "zoom", "into", "the", "binding", "pocket", "showing", "side", "chain", "sticks", "for", "all", "interactions", "between", "NadR", "and", "4", "-", "HPA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "4", "-", "HPA", "is", "shown", "in", "yellow", "sticks", ",", "with", "oxygen", "atoms", "in", "red", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "water", "molecule", "is", "shown", "by", "the", "red", "sphere", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "H", "-", "bonds", "up", "to", "3", ".", "6Å", "are", "shown", "as", "dashed", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "entire", "set", "of", "residues", "making", "H", "-", "bonds", "or", "non", "-", "bonded", "contacts", "with", "4", "-", "HPA", "is", "as", "follows", ":", "SerA9", ",", "AsnA11", ",", "LeuB21", ",", "MetB22", ",", "PheB25", ",", "LeuB29", ",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Side", "chains", "mediating", "hydrophobic", "interactions", "are", "shown", "in", "orange", ".", "(", "B", ")", "A", "model", "was", "prepared", "to", "visualize", "putative", "interactions", "of", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA", "(", "pink", ")", "with", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Notably", ",", "the", "phenyl", "ring", "of", "PheB25", "was", "positioned", "parallel", "to", "the", "phenyl", "ring", "of", "4", "-", "HPA", ",", "potentially", "forming", "π", "-", "π", "parallel", "-", "displaced", "stacking", "interactions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Consequently", ",", "residues", "in", "the", "4", "-", "HPA", "binding", "pocket", "are", "mostly", "contributed", "by", "NadR", "chain", "B", ",", "and", "effectively", "created", "a", "polar", "‘", "floor", "’", "and", "a", "hydrophobic", "‘", "ceiling"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Collectively", ",", "this", "mixed", "network", "of", "polar", "and", "hydrophobic", "interactions", "endows", "NadR", "with", "a", "strong", "recognition", "pattern", "for", "HPAs", ",", "with", "additional", "medium", "-", "range", "interactions", "potentially"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Structure", "-", "activity", "relationships", ":", "molecular", "basis", "of", "enhanced", "stabilization", "by", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "modelled", "the", "binding", "of", "other", "HPAs", "by", "in", "silico", "superposition", "onto", "4", "-", "HPA", "in", "the", "holo", "-", "NadR", "structure", ",", "and", "thereby", "obtained", "molecular", "explanations", "for", "the", "binding",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "example", ",", "similar", "to", "4", "-", "HPA", ",", "the", "binding", "of", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA", "could", "involve", "multiple", "bonds", "towards", "the", "carboxylate", "group", "of", "the", "ligand", "and", "some", "to", "the", "4"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Additionally", ",", "the", "side", "chains", "of", "LeuB29", "and", "AspB36", "would", "be", "only", "2", ".", "6", "–", "3", ".", "5", "Å", "from", "the", "chlorine", "atom", ",", "thus", "providing", "van", "der", "Waals", "’", "interactions", "or",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Finally", ",", "salicylate", "is", "presumably", "unable", "to", "specifically", "bind", "NadR", "due", "to", "the", "2", "-", "hydroxyl", "substitution", "and", "the", "shorter", "aliphatic", "chain", "connecting", "its", "carboxylate", "group", "(", "Fig", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Analysis", "of", "the", "pockets", "reveals", "the", "molecular", "basis", "for", "asymmetric", "binding", "and", "stoichiometry" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "studies", "based", "on", "tryptophan", "fluorescence", "were", "confounded", "by", "the", "fluorescence", "of", "the", "HPA", "ligands", ",", "and", "isothermal", "titration", "calorimetry", "(", "ITC", ")", "was", "unfeasible", "due", "to", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "However", ",", "it", "was", "possible", "to", "calculate", "the", "binding", "stoichiometry", "of", "the", "NadR", "-", "HPA", "interactions", "using", "an", "SPR", "-", "based", "approach", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "approach", "relies", "on", "the", "assumption", "that", "the", "captured", "protein", "(‘", "the", "ligand", "’,", "according", "to", "SPR", "conventions", ")", "is", "100", "%", "active", "and", "freely", "-", "accessible", "to", "potential", "inte...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Overall", ",", "the", "superposition", "revealed", "a", "high", "degree", "of", "structural", "similarity", "(", "Cα", "root", "mean", "square", "deviation", "(", "rmsd", ")", "of", "1", ".", "5Å", "),", "though", "on", "closer", "inspection", "a", "rotat...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Most", "notably", ",", "atomic", "clashes", "between", "the", "ligand", "and", "the", "side", "chains", "of", "MetA22", ",", "PheA25", "and", "ArgA43", "would", "occur", "if", "4", "-", "HPA", "were", "present", "in", "the", "monomer", "A", "pocket", "(...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Subsequently", ",", "analyses", "of", "the", "pockets", "in", "apo", "-", "NadR", "revealed", "that", "in", "the", "absence", "of", "ligand", "the", "long", "Arg43", "side", "chain", "was", "always", "in", "the", "open", "‘", "outward", "’", "position", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Structural", "differences", "of", "NadR", "in", "ligand", "-", "bound", "or", "free", "forms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "A", ")", "Aligned", "monomers", "of", "holo", "-", "NadR", "(", "chain", "A", ":", "green", ";", "chain", "B", ":", "blue", "),", "reveal", "major", "overall", "differences", "by", "the", "shift", "of", "helix", "α6", ".", "(", "B", ")", "Com...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "these", "crystals", ",", "the", "ArgA43", "side", "chain", "showed", "two", "alternate", "conformations", ",", "modelled", "with", "50", "%", "occupancy", "in", "each", "state", ",", "as", "indicated", "by", "the", "two", "‘", "mirrored", "’", "arro...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Finally", ",", "we", "applied", "15N", "heteronuclear", "solution", "NMR", "spectroscopy", "to", "examine", "the", "interaction", "of", "4", "-", "HPA", "with", "apo", "NadR", ".", "We", "collected", "NMR", "spectra", "on", "NadR", "in", "the", "presence", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "1H", "-", "15N", "TROSY", "-", "HSQC", "spectrum", "of", "apo", "-", "NadR", ",", "acquired", "at", "25", "°", "C", ",", "displayed", "approximately", "140", "distinct", "peaks", "(", "Fig", "6A", "),", "most", "of", "which", "correspond", "to"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Upon", "the", "addition", "of", "4", "-", "HPA", ",", "over", "45", "peaks", "showed", "chemical", "shift", "perturbations", ",", "i", ".", "e", ".", "changed", "position", "in", "the", "spectrum", "or", "disappeared", ",", "while", "the", "remaining", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "observation", "showed", "that", "4", "-", "HPA", "was", "able", "to", "bind", "NadR", "and", "induce", "notable", "changes", "in", "specific", "regions", "of", "the", "protein", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "NMR", "spectra", "of", "NadR", "in", "the", "presence", "and", "absence", "of", "4", "-", "HPA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "A", ")", "Superposition", "of", "two", "1H", "-", "15N", "TROSY", "-", "HSQC", "spectra", "recorded", "at", "25", "°", "C", "on", "apo", "-", "NadR", "(", "cyan", ")", "and", "on", "NadR", "in", "the", "presence", "of", "4", "-", "HPA", "("...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "spectra", "acquired", "at", "10", "°", "C", "are", "excluded", "from", "panel", "A", "for", "simplicity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "in", "the", "presence", "of", "4", "-", "HPA", ",", "the", "1H", "-", "15N", "TROSY", "-", "HSQC", "spectrum", "of", "NadR", "displayed", "approximately", "140", "peaks", ",", "as", "for", "apo", "-", "NadR", ",", "i", ".", "e", "....	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "These", "doubled", "peaks", "may", "therefore", "reveal", "that", "the", "cooler", "temperature", "partially", "trapped", "the", "existence", "in", "solution", "of", "two", "distinct", "states", ",", "in", "presence", "or", "absence", "of", "4", "-", "HPA", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Apo", "-", "NadR", "structures", "reveal", "intrinsic", "conformational", "flexibility" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "apo", "-", "NadR", "crystal", "structure", "contained", "two", "homodimers", "in", "the", "asymmetric", "unit", "(", "chains", "A", "+", "B", "and", "chains", "C", "+", "D", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Upon", "overall", "structural", "superposition", ",", "these", "dimers", "revealed", "a", "few", "minor", "differences", "in", "the", "α6", "helix", "(", "a", "major", "component", "of", "the", "dimer", "interface", ")", "and", "the", "helices", "α4", "-", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "slightly", "larger", "rmsd", "between", "the", "two", "apo", "-", "homodimers", ",", "rather", "than", "between", "apo", "-", "and", "holo", "-", "homodimers", ",", "further", "indicate", "that", "apo", "-", "NadR", "possesses", "a", "notable", "de...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "genes", "encode", "a", "wide", "variety", "of", "proteins", "connected", "to", "many", "biological", "processes", "contributing", "to", "bacterial", "survival", ",", "adaptation", "in", "the", "host", "niche", ",", "colonization", "and", "invasion", "....

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "NadR", "belongs", "to", "the", "MarR", "(", "Multiple", "Antibiotic", "Resistance", "Regulator", ")", "family", ",", "a", "group", "of", "ligand", "-", "responsive", "transcriptional", "regulators", "ubiquitous", "in", "bacteria", "and", "archaea", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "MarR", "family", "proteins", "can", "promote", "bacterial", "survival", "in", "the", "presence", "of", "antibiotics", ",", "toxic", "chemicals", ",", "organic", "solvents", "or", "reactive", "oxygen", "species", "and", "can", "regulate", "virulence", "factor", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "MarR", "homologues", "can", "act", "either", "as", "transcriptional", "repressors", "or", "as", "activators", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", ">", "50", "MarR", "family", "structures", "are", "known", ",", "a", "molecular", "understanding", "of", "their", "ligand", "-", "dependent", "regulatory", "mechanisms", "is", "still", "limited", ",", "often", "hampered", "by", "lack", "of", "ident...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "potentially", "interesting", "exception", "comes", "from", "the", "ligand", "-", "free", "and", "salicylate", "-", "bound", "forms", "of", "the", "Methanobacterium", "thermoautotrophicum", "protein", "MTH313", "which", "revealed", "that", "two", "salicylate", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "it", "is", "unknown", "whether", "salicylate", "is", "a", "relevant", "in", "vivo", "ligand", "of", "either", "of", "these", "two", "proteins", ",", "which", "share", "~", "20", "%", "sequence", "identity", "with", "NadR", ",", "rendering"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "NadR", "binds", "nadA", "on", "three", "different", "operators", "(", "OpI", ",", "OpII", "and", "OpIII", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "4", "-", "HPA", "is", "a", "small", "molecule", "derived", "from", "mammalian", "aromatic", "amino", "acid", "catabolism", "and", "is", "released", "in", "human", "saliva", ",", "where", "it", "has", "been", "detected", "at", "micromolar", "concentration", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "presence", "of", "4", "-", "HPA", ",", "NadR", "is", "unable", "to", "bind", "the", "nadA", "promoter", "and", "nadA", "gene", "expression", "is", "induced", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "vivo", ",", "the", "presence", "of", "4", "-", "HPA", "in", "the", "host", "niche", "of", "N", ".", "meningitidis", "serves", "as", "an", "inducer", "of", "NadA", "production", ",", "thereby", "promoting", "bacterial", "adhesion", "to", "host", "c...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Further", ",", "we", "recently", "reported", "that", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA", ",", "produced", "during", "inflammation", ",", "is", "another", "inducer", "of", "nadA", "expression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Extending", "our", "previous", "studies", "based", "on", "hydrogen", "-", "deuterium", "exchange", "mass", "spectrometry", "(", "HDX", "-", "MS", "),", "here", "we", "sought", "to", "reveal", "the", "molecular", "mechanisms", "and", "effects", "of", "NadR", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Standard", "chromatographic", "techniques", "were", "used", "to", "obtain", "a", "highly", "purified", "sample", "of", "NadR", "(", "see", "Materials", "and", "Methods", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "data", "showed", "that", "NadR", "was", "dimeric", "in", "solution", ",", "since", "the", "theoretical", "molecular", "mass", "of", "the", "NadR", "dimer", "is", "33", ".", "73", "kDa", ";", "and", ",", "there", "was", "no", "change", "in", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "thermal", "stability", "of", "NadR", "was", "examined", "using", "differential", "scanning", "calorimetry", "(", "DSC", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Tm", "of", "NadR", "was", "67", ".", "4", "±", "0", ".", "1", "°", "C", "in", "the", "absence", "of", "ligand", ",", "and", "was", "unaffected", "by", "salicylate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "an", "increased", "thermal", "stability", "was", "induced", "by", "4", "-", "HPA", "and", ",", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "by", "3", "-", "HPA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "NadR", "displayed", "the", "greatest", "Tm", "increase", "upon", "addition", "of", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA", "(", "Table", "1", "and", "Fig", "1B", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Stability", "of", "NadR", "is", "increased", "by", "small", "molecule", "ligands", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Melting", "-", "point", "(", "Tm", ")", "and", "its", "ligand", "-", "induced", "increase", "(", "ΔTm", ")", "derived", "from", "DSC", "thermostability", "experiments", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Dissociation", "constants", "(", "KD", ")", "of", "the", "NadR", "/", "ligand", "interactions", "from", "SPR", "steady", "-", "state", "binding", "experiments", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Ligand", "Tm", "(°", "C", ")", "ΔTm", "(°", "C", ")", "KD", "(", "mM", ")", "No", "ligand", "67", ".", "4", "±", "0", ".", "1", "n", ".", "a", ".", "n", ".", "a", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "NadR", "displays", "distinct", "binding", "affinities", "for", "hydroxyphenylacetate", "ligands" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "SPR", "sensorgrams", "revealed", "very", "fast", "association", "and", "dissociation", "events", ",", "typical", "of", "small", "molecule", "ligands", ",", "thus", "prohibiting", "a", "detailed", "study", "of", "binding", "kinetics", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "3", "-", "HPA", "showed", "a", "weaker", "interaction", ",", "with", "a", "KD", "of", "2", ".", "7", "mM", ",", "while", "salicylate", "showed", "only", "a", "very", "weak", "response", "that", "did", "not", "reach", "saturation", ",", "indicating", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Although", "these", "KD", "values", "indicate", "rather", "weak", "interactions", ",", "they", "are", "similar", "to", "the", "values", "reported", "previously", "for", "the", "MarR", "/", "salicylate", "interaction", "(", "KD", "~", "1", "mM", ")", "and", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Crystal", "structures", "of", "holo", "-", "NadR", "and", "apo", "-", "NadR" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "First", ",", "we", "crystallized", "NadR", "(", "a", "selenomethionine", "-", "labelled", "derivative", ")", "in", "the", "presence", "of", "a", "200", "-", "fold", "molar", "excess", "of", "4", "-", "HPA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "structure", "of", "the", "NadR", "/", "4", "-", "HPA", "complex", "was", "determined", "at", "2", ".", "3", "Å", "resolution", "using", "a", "combination", "of", "the", "single", "-", "wavelength", "anomalous", "dispersion", "(", "SAD", ")", "and...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Despite", "numerous", "attempts", ",", "we", "were", "unable", "to", "obtain", "high", "-", "quality", "crystals", "of", "NadR", "complexed", "with", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA", ",", "3", ",", "4", "-", "HPA", ",", "3", "-", "HPA", "or", "DNA", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "it", "was", "eventually", "possible", "to", "crystallize", "apo", "-", "NadR", ",", "and", "the", "structure", "was", "determined", "at", "2", ".", "7", "Å", "resolution", "by", "MR", "methods", "using", "the", "NadR", "/", "4", "-", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "apo", "-", "NadR", "structure", "was", "refined", "to", "R", "work", "/", "R", "free", "values", "of", "19", ".", "1", "/", "26", ".", "8", "%", "(", "Table", "2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "asymmetric", "unit", "of", "the", "NadR", "/", "4", "-", "HPA", "crystals", "(", "holo", "-", "NadR", ")", "contained", "one", "NadR", "homodimer", ",", "while", "the", "apo", "-", "NadR", "crystals", "contained", "two", "homodimers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Moreover", ",", "our", "SE", "-", "HPLC", "/", "MALLS", "analyses", "(", "see", "above", ")", "revealed", "that", "in", "solution", "NadR", "is", "dimeric", ",", "and", "previous", "studies", "using", "native", "mass", "spectrometry", "(", "MS", ")", "r...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "NadR", "homodimer", "bound", "to", "4", "-", "HPA", "has", "a", "dimerization", "interface", "mostly", "involving", "the", "top", "of", "its", "‘", "triangular", "’", "form", ",", "while", "the", "two", "DNA", "-", "binding", "domains", "are", "l...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "High", "-", "quality", "electron", "density", "maps", "allowed", "clear", "identification", "of", "the", "bound", "ligand", ",", "4", "-", "HPA", "(", "Fig", "2B", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "overall", "structure", "of", "NadR", "shows", "dimensions", "of", "~", "50", "×", "65", "×", "50", "Å", "and", "a", "large", "homodimer", "interface", "that", "buries", "a", "total", "surface", "area", "of", "~", "4800", "Å2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Each", "NadR", "monomer", "consists", "of", "six", "α", "-", "helices", "and", "two", "short", "β", "-", "strands", ",", "with", "helices", "α1", ",", "α5", ",", "and", "α6", "forming", "the", "dimer", "interface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Together", ",", "these", "structural", "elements", "constitute", "the", "winged", "helix", "-", "turn", "-", "helix", "(", "wHTH", ")", "DNA", "-", "binding", "domain", "and", ",", "together", "with", "the", "dimeric", "organization", ",", "are", "the", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "crystal", "structure", "of", "NadR", "in", "complex", "with", "4", "-", "HPA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "A", ")", "The", "holo", "-", "NadR", "homodimer", "is", "depicted", "in", "green", "and", "blue", "for", "chains", "A", "and", "B", "respectively", ",", "while", "yellow", "sticks", "depict", "the", "4", "-", "HPA", "ligand", "(", "labelled", ")....

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "simplicity", ",", "secondary", "structure", "elements", "are", "labelled", "for", "chain", "B", "only", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Red", "dashes", "show", "hypothetical", "positions", "of", "chain", "B", "residues", "88", "–", "90", "that", "were", "not", "modeled", "due", "to", "lack", "of", "electron", "density", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "B", ")", "A", "zoom", "into", "the", "pocket", "occupied", "by", "4", "-", "HPA", "shows", "that", "the", "ligand", "contacts", "both", "chains", "A", "and", "B", ";", "blue", "mesh", "shows", "electron", "density", "around", "4", "-", "HPA", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "A", "single", "conserved", "leucine", "residue", "(", "L130", ")", "is", "crucial", "for", "dimerization" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "NadR", "dimer", "interface", "is", "formed", "by", "at", "least", "32", "residues", ",", "which", "establish", "numerous", "inter", "-", "chain", "salt", "bridges", "or", "hydrogen", "bonds", ",", "and", "many", "hydrophobic", "packing", "interactions"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "which", "residues", "were", "most", "important", "for", "dimerization", ",", "we", "studied", "the", "interface", "in", "silico", "and", "identified", "several", "residues", "as", "potential", "mediators", "of", "key", "stabilizing", "interacti...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Each", "mutant", "NadR", "protein", "was", "purified", ",", "and", "then", "its", "oligomeric", "state", "was", "examined", "by", "analytical", "SE", "-", "HPLC", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Almost", "all", "the", "mutants", "showed", "the", "same", "elution", "profile", "as", "the", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "NadR", "protein", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Only", "the", "L130K", "mutation", "induced", "a", "notable", "change", "in", "the", "oligomeric", "state", "of", "NadR", "(", "Fig", "3C", ")." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Further", ",", "in", "SE", "-", "MALLS", "analyses", ",", "the", "L130K", "mutant", "displayed", "two", "distinct", "species", "in", "solution", ",", "approximately", "80", "%", "being", "monomeric", "(", "a", "19", "kDa", "species", "),", "and", "only", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "In", "contrast", ",", "most", "of", "the", "other", "residues", "identified", "in", "the", "NadR", "dimer", "interface", "were", "poorly", "conserved", "in", "the", "MarR", "family", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Analysis", "of", "the", "NadR", "dimer", "interface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "A", ")", "Both", "orientations", "show", "chain", "A", ",", "green", "backbone", "ribbon", ",", "colored", "red", "to", "highlight", "all", "locations", "involved", "in", "dimerization", ";", "namely", ",", "inter", "-", "chain", "salt", "bridges", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Chain", "B", ",", "grey", "surface", ",", "is", "marked", "blue", "to", "highlight", "residues", "probed", "by", "site", "-", "directed", "mutagenesis", "(", "E136", "only", "makes", "a", "salt", "bridge", "with", "K126", ",", "therefore", "it", "was", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "(", "C", ")", "SE", "-", "HPLC", "analyses", "of", "all", "mutant", "forms", "of", "NadR", "are", "compared", "with", "the", "wild", "-", "type", "(", "WT", ")", "protein", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "WT", "and", "most", "of", "the", "mutants", "show", "a", "single", "elution", "peak", "with", "an", "absorbance", "maximum", "at", "17", ".", "5", "min", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "holo", "-", "NadR", "structure", "presents", "only", "one", "occupied", "ligand", "-", "binding", "pocket" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "tunnel", "was", "lined", "with", "rather", "hydrophobic", "amino", "acids", ",", "and", "did", "not", "contain", "water", "molecules", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Unexpectedly", ",", "only", "one", "monomer", "of", "the", "holo", "-", "NadR", "homodimer", "contained", "4", "-", "HPA", "in", "the", "binding", "pocket", ",", "whereas", "the", "corresponding", "pocket", "of", "the", "other", "monomer", "was", "unoccupie...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Inspection", "of", "the", "protein", "-", "ligand", "interaction", "network", "revealed", "no", "bonds", "from", "NadR", "backbone", "groups", "to", "the", "ligand", ",", "but", "several", "key", "side", "chain", "mediated", "hydrogen", "(", "H", ")-", "bon...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Atomic", "details", "of", "NadR", "/", "HPA", "interactions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", ")", "A", "stereo", "-", "view", "zoom", "into", "the", "binding", "pocket", "showing", "side", "chain", "sticks", "for", "all", "interactions", "between", "NadR", "and", "4", "-", "HPA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "4", "-", "HPA", "is", "shown", "in", "yellow", "sticks", ",", "with", "oxygen", "atoms", "in", "red", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "water", "molecule", "is", "shown", "by", "the", "red", "sphere", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "H", "-", "bonds", "up", "to", "3", ".", "6Å", "are", "shown", "as", "dashed", "lines", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "entire", "set", "of", "residues", "making", "H", "-", "bonds", "or", "non", "-", "bonded", "contacts", "with", "4", "-", "HPA", "is", "as", "follows", ":", "SerA9", ",", "AsnA11", ",", "LeuB21", ",", "MetB22", ",", "PheB25", ",", "LeuB29", ",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Side", "chains", "mediating", "hydrophobic", "interactions", "are", "shown", "in", "orange", ".", "(", "B", ")", "A", "model", "was", "prepared", "to", "visualize", "putative", "interactions", "of", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA", "(", "pink", ")", "with", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Notably", ",", "the", "phenyl", "ring", "of", "PheB25", "was", "positioned", "parallel", "to", "the", "phenyl", "ring", "of", "4", "-", "HPA", ",", "potentially", "forming", "π", "-", "π", "parallel", "-", "displaced", "stacking", "interactions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Consequently", ",", "residues", "in", "the", "4", "-", "HPA", "binding", "pocket", "are", "mostly", "contributed", "by", "NadR", "chain", "B", ",", "and", "effectively", "created", "a", "polar", "‘", "floor", "’", "and", "a", "hydrophobic", "‘", "ceiling"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Collectively", ",", "this", "mixed", "network", "of", "polar", "and", "hydrophobic", "interactions", "endows", "NadR", "with", "a", "strong", "recognition", "pattern", "for", "HPAs", ",", "with", "additional", "medium", "-", "range", "interactions", "potentially"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Structure", "-", "activity", "relationships", ":", "molecular", "basis", "of", "enhanced", "stabilization", "by", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "modelled", "the", "binding", "of", "other", "HPAs", "by", "in", "silico", "superposition", "onto", "4", "-", "HPA", "in", "the", "holo", "-", "NadR", "structure", ",", "and", "thereby", "obtained", "molecular", "explanations", "for", "the", "binding",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "similar", "to", "4", "-", "HPA", ",", "the", "binding", "of", "3Cl", ",", "4", "-", "HPA", "could", "involve", "multiple", "bonds", "towards", "the", "carboxylate", "group", "of", "the", "ligand", "and", "some", "to", "the", "4"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Additionally", ",", "the", "side", "chains", "of", "LeuB29", "and", "AspB36", "would", "be", "only", "2", ".", "6", "–", "3", ".", "5", "Å", "from", "the", "chlorine", "atom", ",", "thus", "providing", "van", "der", "Waals", "’", "interactions", "or",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Finally", ",", "salicylate", "is", "presumably", "unable", "to", "specifically", "bind", "NadR", "due", "to", "the", "2", "-", "hydroxyl", "substitution", "and", "the", "shorter", "aliphatic", "chain", "connecting", "its", "carboxylate", "group", "(", "Fig", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Analysis", "of", "the", "pockets", "reveals", "the", "molecular", "basis", "for", "asymmetric", "binding", "and", "stoichiometry" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "studies", "based", "on", "tryptophan", "fluorescence", "were", "confounded", "by", "the", "fluorescence", "of", "the", "HPA", "ligands", ",", "and", "isothermal", "titration", "calorimetry", "(", "ITC", ")", "was", "unfeasible", "due", "to", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "However", ",", "it", "was", "possible", "to", "calculate", "the", "binding", "stoichiometry", "of", "the", "NadR", "-", "HPA", "interactions", "using", "an", "SPR", "-", "based", "approach", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "approach", "relies", "on", "the", "assumption", "that", "the", "captured", "protein", "(‘", "the", "ligand", "’,", "according", "to", "SPR", "conventions", ")", "is", "100", "%", "active", "and", "freely", "-", "accessible", "to", "potential", "inte...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Overall", ",", "the", "superposition", "revealed", "a", "high", "degree", "of", "structural", "similarity", "(", "Cα", "root", "mean", "square", "deviation", "(", "rmsd", ")", "of", "1", ".", "5Å", "),", "though", "on", "closer", "inspection", "a", "rotat...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Most", "notably", ",", "atomic", "clashes", "between", "the", "ligand", "and", "the", "side", "chains", "of", "MetA22", ",", "PheA25", "and", "ArgA43", "would", "occur", "if", "4", "-", "HPA", "were", "present", "in", "the", "monomer", "A", "pocket", "(...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Subsequently", ",", "analyses", "of", "the", "pockets", "in", "apo", "-", "NadR", "revealed", "that", "in", "the", "absence", "of", "ligand", "the", "long", "Arg43", "side", "chain", "was", "always", "in", "the", "open", "‘", "outward", "’", "position", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Structural", "differences", "of", "NadR", "in", "ligand", "-", "bound", "or", "free", "forms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "A", ")", "Aligned", "monomers", "of", "holo", "-", "NadR", "(", "chain", "A", ":", "green", ";", "chain", "B", ":", "blue", "),", "reveal", "major", "overall", "differences", "by", "the", "shift", "of", "helix", "α6", ".", "(", "B", ")", "Com...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "In", "these", "crystals", ",", "the", "ArgA43", "side", "chain", "showed", "two", "alternate", "conformations", ",", "modelled", "with", "50", "%", "occupancy", "in", "each", "state", ",", "as", "indicated", "by", "the", "two", "‘", "mirrored", "’", "arro...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Finally", ",", "we", "applied", "15N", "heteronuclear", "solution", "NMR", "spectroscopy", "to", "examine", "the", "interaction", "of", "4", "-", "HPA", "with", "apo", "NadR", ".", "We", "collected", "NMR", "spectra", "on", "NadR", "in", "the", "presence", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "1H", "-", "15N", "TROSY", "-", "HSQC", "spectrum", "of", "apo", "-", "NadR", ",", "acquired", "at", "25", "°", "C", ",", "displayed", "approximately", "140", "distinct", "peaks", "(", "Fig", "6A", "),", "most", "of", "which", "correspond", "to"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Upon", "the", "addition", "of", "4", "-", "HPA", ",", "over", "45", "peaks", "showed", "chemical", "shift", "perturbations", ",", "i", ".", "e", ".", "changed", "position", "in", "the", "spectrum", "or", "disappeared", ",", "while", "the", "remaining", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "observation", "showed", "that", "4", "-", "HPA", "was", "able", "to", "bind", "NadR", "and", "induce", "notable", "changes", "in", "specific", "regions", "of", "the", "protein", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "NMR", "spectra", "of", "NadR", "in", "the", "presence", "and", "absence", "of", "4", "-", "HPA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "(", "A", ")", "Superposition", "of", "two", "1H", "-", "15N", "TROSY", "-", "HSQC", "spectra", "recorded", "at", "25", "°", "C", "on", "apo", "-", "NadR", "(", "cyan", ")", "and", "on", "NadR", "in", "the", "presence", "of", "4", "-", "HPA", "("...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "spectra", "acquired", "at", "10", "°", "C", "are", "excluded", "from", "panel", "A", "for", "simplicity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "in", "the", "presence", "of", "4", "-", "HPA", ",", "the", "1H", "-", "15N", "TROSY", "-", "HSQC", "spectrum", "of", "NadR", "displayed", "approximately", "140", "peaks", ",", "as", "for", "apo", "-", "NadR", ",", "i", ".", "e", "....

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "These", "doubled", "peaks", "may", "therefore", "reveal", "that", "the", "cooler", "temperature", "partially", "trapped", "the", "existence", "in", "solution", "of", "two", "distinct", "states", ",", "in", "presence", "or", "absence", "of", "4", "-", "HPA", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Apo", "-", "NadR", "structures", "reveal", "intrinsic", "conformational", "flexibility" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "apo", "-", "NadR", "crystal", "structure", "contained", "two", "homodimers", "in", "the", "asymmetric", "unit", "(", "chains", "A", "+", "B", "and", "chains", "C", "+", "D", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Upon", "overall", "structural", "superposition", ",", "these", "dimers", "revealed", "a", "few", "minor", "differences", "in", "the", "α6", "helix", "(", "a", "major", "component", "of", "the", "dimer", "interface", ")", "and", "the", "helices", "α4", "-", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "The", "slightly", "larger", "rmsd", "between", "the", "two", "apo", "-", "homodimers", ",", "rather", "than", "between", "apo", "-", "and", "holo", "-", "homodimers", ",", "further", "indicate", "that", "apo", "-", "NadR", "possesses", "a", "notable", "de...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]