OTAR3088/Variants_IOB_format · Datasets at Hugging Face

words listlengths 4 199	labels listlengths 4 199	__index_level_0__ int64 32 4.26k
[ "In", "addition", ",", "we", "found", "that", "the", "YfiBL43P", "shows", "a", "much", "higher", "PG", "-", "binding", "affinity", "than", "wild", "-", "type", "YfiB", ",", "most", "likely", "due", "to", "its", "more", "compact", "PG", "-", "binding", "pocket", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,301
[ "Overall", "structure", "of", "YfiB", ".", "(", "A", ")", "The", "overall", "structure", "of", "the", "YfiB", "monomer", ".", "(", "B", ")", "A", "topology", "diagram", "of", "the", "YfiB", "monomer", ".", "(", "C", "and", "D", ")", "The", "analytical", "ultracentrifugation", "experiment", "results", "for", "the", "wild", "-", "type", "YfiB", "and", "YfiBL43P" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant" ]	1,306
[ "The", "YfiBL43P", "molecules", "are", "shown", "in", "cyan", "and", "yellow", "." ]	[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,315
[ "To", "illustrate", "the", "differences", "between", "apo", "YfiB", "and", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", ",", "the", "apo", "YfiB", "is", "shown", "in", "pink", ",", "except", "residues", "34", "–", "70", "are", "shown", "in", "red", ",", "whereas", "the", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "is", "shown", "in", "cyan", ",", "except", "residues", "44", "–", "70", "are", "shown", "in", "blue", ".", "(", "C", ")", "Close", "-", "up", "view", "of", "the", "differences", "between", "apo", "YfiB", "and", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]	1,317
[ "The", "key", "residues", "in", "apo", "YfiB", "are", "shown", "in", "red", "and", "those", "in", "YfiBL43P", "are", "shown", "in", "blue", ".", "(", "D", ")", "Close", "-", "up", "views", "showing", "interactions", "in", "regions", "I", "and", "II", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,318
[ "YfiBL43P", "and", "YfiR", "are", "shown", "in", "cyan", "and", "green", ",", "respectively", ".", "(", "E", "and", "F", ")", "The", "conserved", "surface", "in", "YfiR", "contributes", "to", "the", "interaction", "with", "YfiB", ".", "(", "G", ")", "The", "residues", "of", "YfiR", "responsible", "for", "interacting", "with", "YfiB", "are", "shown", "in", "green", "sticks", ",", "and", "the", "proposed", "YfiN", "-", "interacting", "residues", "are", "shown", "in", "yellow", "sticks", "." ]	[ "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,319
[ "Therefore", ",", "we", "constructed", "two", "such", "single", "mutants", "of", "YfiB", "(", "YfiBL43P", "and", "YfiBF48S", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O" ]	1,323
[ "As", "expected", ",", "both", "mutants", "form", "a", "stable", "complex", "with", "YfiR", ".", "Finally", ",", "we", "crystalized", "YfiR", "in", "complex", "with", "the", "YfiBL43P", "mutant", "and", "solved", "the", "structure", "at", "1", ".", "78", "Å", "resolution", "by", "molecular", "replacement", "using", "YfiR", "and", "YfiB", "as", "models", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,324
[ "The", "N", "-", "terminal", "structural", "conformation", "of", "YfiBL43P", ",", "from", "the", "foremost", "N", "-", "terminus", "to", "residue", "D70", ",", "is", "significantly", "altered", "compared", "with", "that", "of", "the", "apo", "YfiB", ".", "The", "majority", "of", "the", "α1", "helix", "(", "residues", "34", "–", "43", ")", "is", "invisible", "on", "the", "electron", "density", "map", ",", "and", "the", "α2", "helix", "and", "β1", "and", "β2", "strands", "are", "rearranged", "to", "form", "a", "long", "loop", "containing", "two", "short", "α", "-", "helix", "turns", "(", "Fig", ".", "3B", "and", "3C", "),", "thus", "embracing", "the", "YfiR", "dimer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,326
[ "Based", "on", "the", "observations", "that", "two", "separated", "YfiBL43P", "molecules", "form", "a", "2", ":", "2", "complex", "structure", "with", "YfiR", "dimer", ",", "we", "performed", "an", "analytical", "ultracentrifugation", "experiment", "to", "check", "the", "oligomeric", "states", "of", "wild", "-", "type", "YfiB", "and", "YfiBL43P", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]	1,332
[ "The", "results", "showed", "that", "wild", "-", "type", "YfiB", "exists", "in", "both", "monomeric", "and", "dimeric", "states", "in", "solution", ",", "while", "YfiBL43P", "primarily", "adopts", "the", "monomer", "state", "in", "solution", "(", "Fig", ".", "1C", "–", "D", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,333
[ "The", "PG", "-", "binding", "site", "in", "YfiB", ".", "(", "A", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "PG", "-", "binding", "sites", "of", "the", "H", ".", "influenzae", "Pal", "/", "PG", "-", "P", "complex", "and", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "complexed", "with", "sulfate", "ions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,335
[ "(", "C", ")", "Close", "-", "up", "view", "showing", "the", "key", "residues", "of", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "interacting", "with", "a", "sulfate", "ion", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,337
[ "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "is", "shown", "in", "cyan", ";", "the", "sulfate", "ion", ",", "in", "green", ";", "and", "the", "water", "molecule", ",", "in", "yellow", ".", "(", "D", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "PG", "-", "binding", "sites", "of", "apo", "YfiB", "and", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", ",", "the", "key", "residues", "are", "shown", "in", "stick", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,338
[ "Apo", "YfiB", "is", "shown", "in", "yellow", "and", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "in", "cyan", ".", "(", "E", "and", "F", ")", "MST", "data", "and", "analysis", "for", "binding", "affinities", "of", "(", "E", ")", "YfiB", "wild", "-", "type", "and", "(", "F", ")", "YfiBL43P", "with", "PG", ".", "(", "G", ")", "The", "sequence", "alignment", "of", "P", ".", "aeruginosa", "and", "E", ".", "coli", "sources", "of", "YfiB", ",", "Pal", "and", "the", "periplasmic", "domain", "of", "OmpA" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,339
[ "Structural", "superposition", "between", "YfiBL43P", "and", "Haemophilus", "influenzae", "Pal", "complexed", "with", "biosynthetic", "peptidoglycan", "precursor", "(", "PG", "-", "P", "),", "UDP", "-", "N", "-", "acetylmuramyl", "-", "L", "-", "Ala", "-", "α", "-", "D", "-", "Glu", "-", "m", "-", "Dap", "-", "D", "-", "Ala", "-", "D", "-", "Ala", "(", "m", "-", "Dap", "is", "meso", "-", "diaminopimelate", ")", "(", "PDB", "code", ":", "2aiz", ")", "(", "Parsons", "et", "al", ".,),", "revealed", "that", "the", "sulfate", "ion", "is", "located", "at", "the", "position", "of", "the", "m", "-", "Dap5", "ϵ", "-", "carboxylate", "group", "in", "the", "Pal", "/", "PG", "-", "P", "complex", "(", "Fig", ".", "4A", ")." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,342
[ "Similarly", ",", "in", "the", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "structure", ",", "the", "sulfate", "ion", "interacts", "with", "the", "side", "-", "chain", "atoms", "of", "D102", "(", "corresponding", "to", "D71", "in", "Pal", ")", "and", "R117", "(", "corresponding", "to", "R86", "in", "Pal", ")", "and", "the", "main", "-", "chain", "amide", "of", "N68", "(", "corresponding", "to", "D37", "in", "Pal", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,343
[ "Interestingly", ",", "superposition", "of", "apo", "YfiB", "with", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "revealed", "that", "the", "PG", "-", "binding", "region", "is", "largely", "altered", "mainly", "due", "to", "different", "conformation", "of", "the", "N68", "containing", "loop", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,345
[ "Compared", "to", "YfiBL43P", ",", "the", "N68", "-", "containing", "loop", "of", "the", "apo", "YfiB", "flips", "away", "about", "7", "Å", ",", "and", "D102", "and", "R117", "swing", "slightly", "outward", ";", "thus", ",", "the", "PG", "-", "binding", "pocket", "is", "enlarged", "with", "no", "sulfate", "ion", "or", "water", "bound", "(", "Fig", ".", "4D", ")." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,346
[ "Therefore", ",", "we", "proposed", "that", "the", "PG", "-", "binding", "ability", "of", "inactive", "YfiB", "might", "be", "weaker", "than", "that", "of", "active", "YfiB", ".", "To", "validate", "this", ",", "we", "performed", "a", "microscale", "thermophoresis", "(", "MST", ")", "assay", "to", "measure", "the", "binding", "affinities", "of", "PG", "to", "wild", "-", "type", "YfiB", "and", "YfiBL43P", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O" ]	1,347
[ "Functional", "analysis", "of", "VB6", "and", "L", "-", "Trp", ".", "(", "A", "and", "B", ")", "The", "effect", "of", "increasing", "concentrations", "of", "VB6", "or", "L", "-", "Trp", "on", "YfiBL43P", "-", "induced", "attachment", "(", "bars", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,362
[ "(", "C", "and", "D", ")", "BIAcore", "data", "and", "analysis", "for", "binding", "affinities", "of", "(", "C", ")", "VB6", "and", "(", "D", ")", "L", "-", "Trp", "with", "YfiR", ".", "(", "E", "–", "G", ")", "ITC", "data", "and", "analysis", "for", "titration", "of", "(", "E", ")", "YfiB", "wild", "-", "type", ",", "(", "F", ")", "YfiBL43P", ",", "and", "(", "G", ")", "YfiBL43P", "/", "F57A", "into", "YfiR" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O" ]	1,363
[ "The", "results", "showed", "Kd", "values", "of", "1", ".", "4", "×", "10", "−", "7", "mol", "/", "L", "and", "5", ".", "3", "×", "10", "−", "7", "mol", "/", "L", "for", "YfiBL43P", "and", "YfiBL43P", "/", "F57A", ",", "respectively", ",", "revealing", "that", "the", "YfiBL43P", "/", "F57A", "mutant", "caused", "a", "3", ".", "8", "-", "fold", "reduction", "in", "the", "binding", "affinity", "compared", "with", "the", "YfiBL43P", "mutant", "(", "Fig", ".", "6F", "and", "6G", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,365
[ "In", "parallel", ",", "to", "better", "understand", "the", "putative", "functional", "role", "of", "VB6", "and", "L", "-", "Trp", ",", "yfiB", "was", "deleted", "in", "a", "PAO1", "wild", "-", "type", "strain", ",", "and", "a", "construct", "expressing", "the", "YfiBL43P", "mutant", "was", "transformed", "into", "the", "PAO1", "ΔyfiB", "strain", "to", "trigger", "YfiBL43P", "-", "induced", "biofilm", "formation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,366
[ "Growth", "and", "surface", "attachment", "assays", "were", "carried", "out", "for", "the", "yfiB", "-", "L43P", "strain", "in", "the", "presence", "of", "increasing", "concentrations", "of", "VB6", "or", "L", "-", "Trp", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,367
[ "As", "shown", "in", "Fig", ".", "6A", "and", "6B", ",", "the", "over", "-", "expression", "of", "YfiBL43P", "induced", "strong", "surface", "attachment", "and", "much", "slower", "growth", "of", "the", "yfiB", "-", "L43P", "strain", ",", "and", "as", "expected", ",", "a", "certain", "amount", "of", "VB6", "or", "L", "-", "Trp", "(", "4", "–", "6", "mmol", "/", "L", "for", "VB6", "and", "6", "–", "10", "mmol", "/", "L", "for", "L", "-", "Trp", ")", "could", "reduce", "the", "surface", "attachment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,368
[ "By", "contrast", ",", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "(", "residues", "44", "–", "168", ")", "has", "a", "stretched", "conformation", "of", "approximately", "55", "Å", "in", "length", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,378
[ "This", "peptide", "(", "peptide", "1", ")", "consists", "of", "two", "β", "-", "strands", "comprising", "Aβ17", "–", "23", "and", "Aβ30", "–", "36", "covalently", "linked", "by", "two", "δ", "-", "linked", "ornithine", "(", "δOrn", ")", "β", "-", "turn", "mimics", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,423
[ "The", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "1", "reveals", "that", "it", "folds", "to", "form", "a", "β", "-", "hairpin", "that", "assembles", "to", "form", "trimers", "and", "that", "the", "trimers", "further", "assemble", "to", "form", "hexamers", "and", "dodecamers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,428
[ "(", "B", ")", "Chemical", "structure", "of", "peptide", "1", "illustrating", "Aβ17", "–", "23", "and", "Aβ30", "–", "36", ",", "M35Orn", ",", "the", "N", "-", "methyl", "group", ",", "and", "the", "δ", "-", "linked", "ornithine", "turns", ".", "(", "C", ")", "Chemical", "structure", "of", "peptide", "2", "illustrating", "Aβ17", "–", "36", ",", "the", "N", "-", "methyl", "group", ",", "the", "disulfide", "bond", "across", "positions", "24", "and", "29", ",", "and", "the", "δ", "-", "linked", "ornithine", "turn", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,429
[ "Our", "design", "of", "peptide", "1", "omitted", "the", "Aβ24", "–", "29", "loop", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,430
[ "To", "visualize", "the", "Aβ24", "–", "29", "loop", ",", "we", "performed", "replica", "-", "exchange", "molecular", "dynamics", "(", "REMD", ")", "simulations", "on", "Aβ17", "–", "36", "using", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "coordinates", "of", "Aβ17", "–", "23", "and", "Aβ30", "–", "36", "from", "peptide", "1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]	1,431
[ "We", "designed", "peptide", "2", "as", "a", "homologue", "of", "peptide", "1", "that", "embodies", "these", "ideas", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,434
[ "Here", ",", "we", "describe", "the", "development", "of", "peptide", "2", "and", "report", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structures", "of", "the", "trimer", ",", "dodecamer", ",", "and", "annular", "pore", "observed", "within", "the", "crystal", "structure", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,435
[ "Development", "of", "Peptide", "2" ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant" ]	1,436
[ "We", "developed", "peptide", "2", "from", "peptide", "1", "by", "an", "iterative", "process", ",", "in", "which", "we", "first", "attempted", "to", "restore", "the", "Aβ24", "–", "29", "loop", "without", "a", "disulfide", "linkage", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,437
[ "We", "envisioned", "peptide", "3", "as", "a", "homologue", "of", "peptide", "1", "with", "the", "Aβ24", "–", "29", "loop", "in", "place", "of", "the", "δOrn", "that", "connects", "D23", "and", "A30", "and", "p", "-", "iodophenylalanine", "(", "FI", ")", "in", "place", "of", "F19", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,438
[ "We", "postulate", "that", "the", "loss", "of", "the", "δOrn", "constraint", "leads", "to", "conformational", "heterogeneity", "that", "prevents", "peptide", "3", "from", "crystallizing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]	1,440
[ "We", "designed", "peptide", "4", "to", "embody", "this", "idea", ",", "mutating", "Val24", "and", "Gly29", "to", "cysteine", "and", "forming", "an", "interstrand", "disulfide", "linkage", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,441
[ "We", "were", "gratified", "to", "find", "that", "peptide", "4", "afforded", "crystals", "suitable", "for", "X", "-", "ray", "crystallography", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,444
[ "After", "determining", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "4", "we", "reintroduced", "the", "native", "phenylalanine", "at", "position", "19", "and", "the", "methionine", "at", "position", "35", "to", "afford", "peptide", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]	1,446
[ "We", "completed", "the", "iterative", "process", "—", "from", "1", "to", "3", "to", "4", "to", "2", "—", "by", "successfully", "determining", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "2", "(", "PDB", "5HOX", "and", "5HOY", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,447
[ "The", "following", "sections", "describe", "the", "synthesis", "of", "peptides", "2", "–", "4", "and", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]	1,448
[ "Synthesis", "of", "Peptides", "2", "–", "4" ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant" ]	1,449
[ "We", "synthesized", "peptides", "2", "–", "4", "by", "similar", "procedures", "to", "those", "we", "have", "developed", "for", "other", "macrocyclic", "peptides", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,450
[ "Peptides", "2", "–", "4", "were", "purified", "by", "RP", "-", "HPLC", "." ]	[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,452
[ "We", "screened", "crystallization", "conditions", "for", "peptide", "4", "in", "a", "96", "-", "well", "-", "plate", "format", "using", "three", "different", "Hampton", "Research", "crystallization", "kits", "(", "Crystal", "Screen", ",", "Index", ",", "and", "PEG", "/", "Ion", ")", "with", "three", "ratios", "of", "peptide", "and", "mother", "liquor", "per", "condition", "(", "864", "experiments", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,453
[ "Peptide", "4", "afforded", "crystals", "in", "a", "single", "set", "of", "conditions", "containing", "HEPES", "buffer", "and", "Jeffamine", "M", "-", "600", "—", "the", "same", "crystallization", "conditions", "that", "afforded", "crystals", "of", "peptide", "1", "." ]	[ "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]	1,454
[ "Peptide", "2", "also", "afforded", "crystals", "in", "these", "conditions", "." ]	[ "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,455
[ "The", "optimized", "conditions", "consist", "of", "0", ".", "1", "M", "HEPES", "at", "pH", "6", ".", "4", "with", "31", "%", "Jeffamine", "M", "-", "600", "for", "peptide", "4", "and", "0", ".", "1", "M", "HEPES", "pH", "7", ".", "1", "with", "29", "%", "Jeffamine", "M", "-", "600", "for", "peptide", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]	1,457
[ "Crystal", "diffraction", "data", "for", "peptide", "2", "were", "also", "collected", "at", "the", "Advanced", "Light", "Source", "at", "Lawrence", "Berkeley", "National", "Laboratory", "with", "a", "synchrotron", "source", "at", "1", ".", "00", "Å", "wavelength", "to", "achieve", "higher", "resolution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,458
[ "Phases", "for", "peptide", "4", "were", "determined", "by", "single", "-", "wavelength", "anomalous", "diffraction", "(", "SAD", ")", "phasing", "by", "using", "the", "coordinates", "of", "the", "iodine", "anomalous", "signal", "from", "p", "-", "iodophenylalanine", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,459
[ "Phases", "for", "peptide", "2", "were", "determined", "by", "isomorphous", "replacement", "of", "peptide", "4", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]	1,460
[ "The", "structures", "of", "peptides", "2", "and", "4", "were", "solved", "and", "refined", "in", "the", "P6122", "space", "group", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,461
[ "Peptides", "2", "and", "4", "form", "morphologically", "identical", "structures", "and", "assemblies", "in", "the", "crystal", "lattice", "." ]	[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,463
[ "The", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "2", "reveals", "that", "it", "folds", "to", "form", "a", "twisted", "β", "-", "hairpin", "comprising", "two", "β", "-", "strands", "connected", "by", "a", "loop", "(", "Figure", "2A", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,464
[ "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "2", "(", "PDB", "5HOX", ",", "synchrotron", "data", "set", ").", "(", "A", ")", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "a", "representative", "β", "-", "hairpin", "monomer", "formed", "by", "peptide", "2", ".", "(", "B", ")", "Overlay", "of", "the", "six", "β", "-", "hairpin", "monomers", "in", "the", "asymmetric", "unit", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,470
[ "Peptide", "2", "forms", "a", "trimer", ",", "much", "like", "that", "which", "we", "observed", "previously", "for", "peptide", "1", ",", "in", "which", "three", "β", "-", "hairpins", "assemble", "to", "form", "an", "equilateral", "triangle", "(", "Figure", "3A", ")." ]	[ "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,475
[ "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "the", "trimer", "formed", "by", "peptide", "2", ".", "(", "A", ")", "Triangular", "trimer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,479
[ "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "the", "dodecamer", "formed", "by", "peptide", "2", ".", "(", "A", ")", "View", "of", "the", "dodecamer", "that", "illustrates", "the", "octahedral", "shape", ".", "(", "B", ")", "View", "of", "the", "dodecamer", "that", "illustrates", "the", "tetrahedral", "arrangement", "of", "the", "four", "trimers", "that", "comprise", "the", "dodecamer", ".", "(", "C", ")", "View", "of", "two", "trimer", "subunits", "from", "inside", "the", "cavity", "of", "the", "dodecamer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,490
[ "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "the", "annular", "pore", "formed", "by", "peptide", "2", ".", "(", "A", ")", "Annular", "porelike", "structure", "illustrating", "the", "relationship", "of", "the", "five", "dodecamers", "that", "form", "the", "pore", "(", "top", "view", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,508
[ "The", "X", "-", "ray", "crystallographic", "study", "of", "peptide", "2", "described", "here", "provides", "high", "-", "resolution", "structures", "of", "oligomers", "formed", "by", "an", "Aβ17", "–", "36", "β", "-", "hairpin", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,517
[ "Model", "for", "the", "hierarchical", "assembly", "of", "an", "Aβ", "β", "-", "hairpin", "into", "a", "trimer", ",", "dodecamer", ",", "and", "annular", "pore", "based", "on", "the", "crystallographic", "assembly", "of", "peptide", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]	1,518
[ "The", "crystallographically", "observed", "annular", "pore", "formed", "by", "peptide", "2", "is", "morphologically", "similar", "to", "the", "APFs", "formed", "by", "full", "-", "length", "Aβ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,526
[ "The", "annular", "pore", "formed", "by", "peptide", "2", "is", "comparable", "in", "size", "to", "the", "APFs", "prepared", "in", "vitro", "or", "isolated", "from", "Alzheimer", "’", "s", "brains", "(", "Figure", "7", "and", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,527
[ "Although", "the", "annular", "pore", "formed", "by", "peptide", "2", "contains", "five", "dodecamer", "subunits", ",", "pores", "containing", "fewer", "or", "more", "subunits", "can", "easily", "be", "envisioned", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,529
[ "Surface", "views", "of", "the", "annular", "pore", "formed", "by", "peptide", "2", ".", "(", "A", ")", "Top", "view", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,531
[ "Dot", "blot", "analysis", "shows", "that", "peptide", "2", "is", "reactive", "toward", "the", "A11", "antibody", "(", "Figure", "S5", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,533
[ "This", "reactivity", "suggests", "that", "peptide", "2", "forms", "oligomers", "in", "solution", "that", "share", "structural", "similarities", "to", "the", "nonfibrillar", "oligomers", "formed", "by", "full", "-", "length", "Aβ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,534
[ "Further", "studies", "are", "needed", "to", "elucidate", "the", "species", "that", "peptide", "2", "forms", "in", "solution", "and", "to", "study", "their", "biological", "properties", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,535
[ "The", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "and", "A11", "reactivity", "of", "peptide", "2", "support", "the", "model", "proposed", "by", "Larsen", "and", "Lesné", "and", "suggest", "that", "β", "-", "hairpins", "constitute", "a", "fundamental", "building", "block", "for", "nonfibrillar", "oligomers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,537
[ "The", "foldon", "domain", "of", "bacteriophage", "T4", "fibritin", "is", "composed", "of", "three", "β", "-", "hairpins", "that", "assemble", "into", "a", "triangular", "trimer", "similar", "to", "the", "triangular", "trimer", "formed", "by", "peptide", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]	1,539
[ "Although", "we", "began", "these", "studies", "with", "a", "relatively", "simple", "hypothesis", "—", "that", "the", "trimers", "and", "dodecamers", "formed", "by", "peptide", "1", "could", "accommodate", "the", "Aβ24", "–", "29", "loop", "—", "an", "even", "more", "exciting", "finding", "has", "emerged", "—", "that", "the", "dodecamers", "can", "assemble", "to", "form", "annular", "pores", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,541
[ "This", "finding", "could", "not", "have", "been", "anticipated", "from", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "1", "and", "reveals", "a", "new", "level", "of", "hierarchical", "assembly", "that", "recapitulates", "micrographic", "observations", "of", "annular", "protofibrils", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,542
[ "While", "E2", "showed", "similar", "L", "‐", "Luc", "ERα", "‐", "WT", "and", "ERα", "‐", "ΔAB", "activities", ",", "tamoxifen", "showed", "complete", "loss", "of", "activity", "without", "the", "AB", "domain", "(", "Fig", "EV1B", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,586
[ "Correlation", "analysis", "of", "L", "‐", "Luc", "ERα", "‐", "ΔAB", "activity", "versus", "endogenous", "ERα", "activity", "of", "OBHS", "analogs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,592
[ "Correlation", "analysis", "of", "L", "‐", "Luc", "ERα", "‐", "ΔF", "activity", "versus", "endogenous", "ERα", "activities", "of", "OBHS", "analogs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,593
[ "OBHS", "analogs", "showed", "an", "average", "L", "‐", "Luc", "ERα", "‐", "ΔAB", "activity", "of", "3", ".", "2", "%", "±", "3", "(", "mean", "+", "SEM", ")", "relative", "to", "E2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,607
[ "Despite", "this", "nearly", "complete", "lack", "of", "activity", ",", "the", "pattern", "of", "L", "‐", "Luc", "ERα", "‐", "ΔAB", "activity", "was", "still", "highly", "correlated", "with", "the", "E", "‐", "Luc", "activity", "and", "GREB1", "expression", "(", "Fig", "EV3D", "and", "E", "),", "demonstrating", "that", "very", "small", "AF", "‐", "2", "activities", "can", "be", "amplified", "by", "AF", "‐", "1", "to", "produce", "robust", "signals", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,608
[ "To", "overcome", "barriers", "to", "crystallization", "of", "ERα", "LBD", "complexes", ",", "we", "developed", "a", "conformation", "‐", "trapping", "X", "‐", "ray", "crystallography", "approach", "using", "the", "ERα", "‐", "Y537S", "mutation", "(", "Nettles", "et", "al", ",", "2008", ";", "Bruning", "et", "al", ",", "2010", ";", "Srinivasan", "et", "al", ",", "2013", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,645
[ "Eleven", "of", "these", "structures", "have", "been", "published", ",", "while", "65", "are", "new", ",", "including", "the", "DES", "‐", "bound", "ERα", "‐", "Y537S", "LBD", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]	1,646
[ "The", "SPA", "signal", "was", "corrected", "by", "subtraction", "of", "control", "data", "with", "no", "GST", "-", "PAK", "or", "HR1", "-", "His6", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]	1,769
[ "The", "Kd", "values", "derived", "for", "the", "TOCA1", "HR1", "with", "Cdc42Δ7", "and", "full", "-", "length", "Cdc42", "were", "6", ".", "05", "±", "1", ".", "96", "and", "5", ".", "39", "±", "1", ".", "69", "μm", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,770
[ "Competition", "of", "GST", "-", "ACK", "GBD", "bound", "to", "[", "3H", "]", "GTP", "·", "Cdc42", "by", "free", "ACK", "GBD", "was", "used", "as", "a", "control", "and", "to", "establish", "the", "value", "of", "background", "counts", "when", "Cdc42", "is", "fully", "displaced", "." ]	[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,774
[ "The", "HR1", "-", "SH3", "protein", "could", "not", "be", "purified", "to", "homogeneity", "as", "a", "fusion", "protein", ",", "so", "it", "was", "assayed", "in", "competition", "assays", "after", "cleavage", "of", "the", "His", "tag", "." ]	[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,783
[ "C", "–", "E", ",", "representative", "examples", "of", "competition", "SPA", "experiments", "carried", "out", "with", "the", "indicated", "concentrations", "of", "the", "TOCA1", "HR1", "-", "SH3", "construct", "titrated", "into", "30", "nm", "GST", "-", "ACK", "and", "30", "nm", "Cdc42Δ7Q61L", "·[", "3H", "]", "GTP", "(", "C", ")", "or", "HR1CIP4", "(", "D", ")", "or", "HR1FBP17", "(", "E", ")", "titrated", "into", "30", "nm", "GST", "-", "ACK", "and", "30", "nm", "Cdc42FLQ61L", "·[", "3H", "]", "GTP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,788
[ "N52T", "is", "one", "of", "a", "combination", "of", "seven", "residues", "found", "to", "confer", "ACK", "binding", "on", "Rac1", "and", "so", "may", "represent", "a", "specific", "Cdc42", "-", "effector", "contact", "residue", "." ]	[ "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,909
[ "A", "direct", "link", "between", "ACC", "and", "cancer", "is", "provided", "by", "cancer", "-", "associated", "mutations", "in", "the", "breast", "cancer", "susceptibility", "gene", "1", "(", "BRCA1", "),", "which", "relieve", "inhibitory", "interactions", "of", "BRCA1", "with", "ACC", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,967
[ "Here", "we", "provide", "the", "structure", "of", "Saccharomyces", "cerevisiae", "(", "Sce", ")", "ACC", "CD", ",", "intermediate", "-", "and", "low", "-", "resolution", "structures", "of", "human", "(", "Hsa", ")", "ACC", "CD", "and", "larger", "fragments", "of", "fungal", "ACC", "from", "Chaetomium", "thermophilum", "(", "Cth", ";", "Fig", ".", "1a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	1,993
[ "To", "compare", "the", "organization", "of", "fungal", "and", "human", "ACC", "CD", ",", "we", "determined", "the", "structure", "of", "a", "human", "ACC1", "fragment", "that", "comprises", "the", "BT", "and", "CD", "domains", "(", "HsaBT", "-", "CD", "),", "but", "lacks", "the", "mobile", "BCCP", "in", "between", "(", "Fig", ".", "1a", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,011
[ "With", "CDL", "/", "CDC1", "superposed", ",", "CDN", "in", "HsaBT", "-", "CD", "is", "rotated", "by", "160", "°", "around", "a", "hinge", "at", "the", "connection", "of", "CDN", "/", "CDL", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "1d", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,013
[ "This", "rotation", "displaces", "the", "N", "terminus", "of", "CDN", "in", "HsaBT", "-", "CD", "by", "51", "Å", "compared", "with", "SceCD", ",", "resulting", "in", "a", "separation", "of", "the", "attachment", "points", "of", "the", "N", "-", "terminal", "linker", "to", "the", "BCCP", "domain", "and", "the", "C", "-", "terminal", "CT", "domain", "by", "67", "Å", "(", "the", "attachment", "points", "are", "indicated", "with", "spheres", "in", "Fig", ".", "1e", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,014
[ "The", "BT", "domain", "of", "HsaBT", "-", "CD", "consists", "of", "a", "helix", "that", "is", "surrounded", "at", "its", "N", "terminus", "by", "an", "antiparallel", "eight", "-", "stranded", "β", "-", "barrel", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,015
[ "MS", "analysis", "of", "the", "HsaBT", "-", "CD", "crystallization", "sample", "reveals", "partial", "proteolytic", "digestion", "of", "the", "regulatory", "loop", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,020
[ "Accordingly", ",", "most", "of", "this", "loop", "is", "not", "represented", "in", "the", "HsaBT", "-", "CD", "crystal", "structure", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]	2,021
[ "Using", "molecular", "replacement", "based", "on", "fungal", "ACC", "CD", "and", "CT", "models", ",", "we", "obtained", "structures", "of", "a", "variant", "comprising", "CthCT", "and", "CDC1", "/", "CDC2", "in", "two", "crystal", "forms", "at", "resolutions", "of", "3", ".", "6", "and", "4", ".", "5", "Å", "(", "CthCD", "-", "CTCter1", "/", "2", "),", "respectively", ",", "as", "well", "as", "of", "a", "CthCT", "linked", "to", "the", "entire", "CD", "at", "7", ".", "2", "Å", "resolution", "(", "CthCD", "-", "CT", ";", "Figs", "1a", "and", "2", ",", "Table", "1", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,025
[ "For", "CthΔBCCP", ",", "crystals", "diffracting", "to", "8", ".", "4", "Å", "resolution", "were", "obtained", "." ]	[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,026
[ "Owing", "to", "the", "limited", "resolution", "the", "discussion", "of", "structures", "of", "CthCD", "-", "CT", "and", "CthΔBCCP", "is", "restricted", "to", "the", "analysis", "of", "domain", "localization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,027
[ "Analysis", "of", "the", "impact", "of", "phosphorylation", "on", "the", "interface", "between", "CDC2", "and", "CDL", "/", "CDC1", "in", "CthACC", "variant", "structures", "is", "precluded", "by", "the", "limited", "crystallographic", "resolution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,036
[ "However", ",", "MS", "analysis", "of", "CthCD", "-", "CT", "and", "CthΔBCCP", "constructs", "revealed", "between", "60", "and", "70", "%", "phosphorylation", "of", "Ser1170", "(", "corresponding", "to", "SceACC", "Ser1157", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]	2,037

[ "In", "addition", ",", "we", "found", "that", "the", "YfiBL43P", "shows", "a", "much", "higher", "PG", "-", "binding", "affinity", "than", "wild", "-", "type", "YfiB", ",", "most", "likely", "due", "to", "its", "more", "compact", "PG", "-", "binding", "pocket", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,301

[ "Overall", "structure", "of", "YfiB", ".", "(", "A", ")", "The", "overall", "structure", "of", "the", "YfiB", "monomer", ".", "(", "B", ")", "A", "topology", "diagram", "of", "the", "YfiB", "monomer", ".", "(", "C", "and", "D", ")", "The", "analytical", "ultracentrifugation", "experiment", "results", "for", "the", "wild", "-", "type", "YfiB", "and", "YfiBL43P" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant" ]

1,306

[ "The", "YfiBL43P", "molecules", "are", "shown", "in", "cyan", "and", "yellow", "." ]

[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,315

[ "To", "illustrate", "the", "differences", "between", "apo", "YfiB", "and", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", ",", "the", "apo", "YfiB", "is", "shown", "in", "pink", ",", "except", "residues", "34", "–", "70", "are", "shown", "in", "red", ",", "whereas", "the", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "is", "shown", "in", "cyan", ",", "except", "residues", "44", "–", "70", "are", "shown", "in", "blue", ".", "(", "C", ")", "Close", "-", "up", "view", "of", "the", "differences", "between", "apo", "YfiB", "and", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]

1,317

[ "The", "key", "residues", "in", "apo", "YfiB", "are", "shown", "in", "red", "and", "those", "in", "YfiBL43P", "are", "shown", "in", "blue", ".", "(", "D", ")", "Close", "-", "up", "views", "showing", "interactions", "in", "regions", "I", "and", "II", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,318

[ "YfiBL43P", "and", "YfiR", "are", "shown", "in", "cyan", "and", "green", ",", "respectively", ".", "(", "E", "and", "F", ")", "The", "conserved", "surface", "in", "YfiR", "contributes", "to", "the", "interaction", "with", "YfiB", ".", "(", "G", ")", "The", "residues", "of", "YfiR", "responsible", "for", "interacting", "with", "YfiB", "are", "shown", "in", "green", "sticks", ",", "and", "the", "proposed", "YfiN", "-", "interacting", "residues", "are", "shown", "in", "yellow", "sticks", "." ]

[ "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,319

[ "Therefore", ",", "we", "constructed", "two", "such", "single", "mutants", "of", "YfiB", "(", "YfiBL43P", "and", "YfiBF48S", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O" ]

1,323

[ "As", "expected", ",", "both", "mutants", "form", "a", "stable", "complex", "with", "YfiR", ".", "Finally", ",", "we", "crystalized", "YfiR", "in", "complex", "with", "the", "YfiBL43P", "mutant", "and", "solved", "the", "structure", "at", "1", ".", "78", "Å", "resolution", "by", "molecular", "replacement", "using", "YfiR", "and", "YfiB", "as", "models", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,324

[ "The", "N", "-", "terminal", "structural", "conformation", "of", "YfiBL43P", ",", "from", "the", "foremost", "N", "-", "terminus", "to", "residue", "D70", ",", "is", "significantly", "altered", "compared", "with", "that", "of", "the", "apo", "YfiB", ".", "The", "majority", "of", "the", "α1", "helix", "(", "residues", "34", "–", "43", ")", "is", "invisible", "on", "the", "electron", "density", "map", ",", "and", "the", "α2", "helix", "and", "β1", "and", "β2", "strands", "are", "rearranged", "to", "form", "a", "long", "loop", "containing", "two", "short", "α", "-", "helix", "turns", "(", "Fig", ".", "3B", "and", "3C", "),", "thus", "embracing", "the", "YfiR", "dimer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,326

[ "Based", "on", "the", "observations", "that", "two", "separated", "YfiBL43P", "molecules", "form", "a", "2", ":", "2", "complex", "structure", "with", "YfiR", "dimer", ",", "we", "performed", "an", "analytical", "ultracentrifugation", "experiment", "to", "check", "the", "oligomeric", "states", "of", "wild", "-", "type", "YfiB", "and", "YfiBL43P", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O" ]

1,332

[ "The", "results", "showed", "that", "wild", "-", "type", "YfiB", "exists", "in", "both", "monomeric", "and", "dimeric", "states", "in", "solution", ",", "while", "YfiBL43P", "primarily", "adopts", "the", "monomer", "state", "in", "solution", "(", "Fig", ".", "1C", "–", "D", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,333

[ "The", "PG", "-", "binding", "site", "in", "YfiB", ".", "(", "A", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "PG", "-", "binding", "sites", "of", "the", "H", ".", "influenzae", "Pal", "/", "PG", "-", "P", "complex", "and", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "complexed", "with", "sulfate", "ions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,335

[ "(", "C", ")", "Close", "-", "up", "view", "showing", "the", "key", "residues", "of", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "interacting", "with", "a", "sulfate", "ion", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,337

[ "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "is", "shown", "in", "cyan", ";", "the", "sulfate", "ion", ",", "in", "green", ";", "and", "the", "water", "molecule", ",", "in", "yellow", ".", "(", "D", ")", "Structural", "superposition", "of", "the", "PG", "-", "binding", "sites", "of", "apo", "YfiB", "and", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", ",", "the", "key", "residues", "are", "shown", "in", "stick", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,338

[ "Apo", "YfiB", "is", "shown", "in", "yellow", "and", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "in", "cyan", ".", "(", "E", "and", "F", ")", "MST", "data", "and", "analysis", "for", "binding", "affinities", "of", "(", "E", ")", "YfiB", "wild", "-", "type", "and", "(", "F", ")", "YfiBL43P", "with", "PG", ".", "(", "G", ")", "The", "sequence", "alignment", "of", "P", ".", "aeruginosa", "and", "E", ".", "coli", "sources", "of", "YfiB", ",", "Pal", "and", "the", "periplasmic", "domain", "of", "OmpA" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,339

[ "Structural", "superposition", "between", "YfiBL43P", "and", "Haemophilus", "influenzae", "Pal", "complexed", "with", "biosynthetic", "peptidoglycan", "precursor", "(", "PG", "-", "P", "),", "UDP", "-", "N", "-", "acetylmuramyl", "-", "L", "-", "Ala", "-", "α", "-", "D", "-", "Glu", "-", "m", "-", "Dap", "-", "D", "-", "Ala", "-", "D", "-", "Ala", "(", "m", "-", "Dap", "is", "meso", "-", "diaminopimelate", ")", "(", "PDB", "code", ":", "2aiz", ")", "(", "Parsons", "et", "al", ".,),", "revealed", "that", "the", "sulfate", "ion", "is", "located", "at", "the", "position", "of", "the", "m", "-", "Dap5", "ϵ", "-", "carboxylate", "group", "in", "the", "Pal", "/", "PG", "-", "P", "complex", "(", "Fig", ".", "4A", ")." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,342

[ "Similarly", ",", "in", "the", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "structure", ",", "the", "sulfate", "ion", "interacts", "with", "the", "side", "-", "chain", "atoms", "of", "D102", "(", "corresponding", "to", "D71", "in", "Pal", ")", "and", "R117", "(", "corresponding", "to", "R86", "in", "Pal", ")", "and", "the", "main", "-", "chain", "amide", "of", "N68", "(", "corresponding", "to", "D37", "in", "Pal", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,343

[ "Interestingly", ",", "superposition", "of", "apo", "YfiB", "with", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "revealed", "that", "the", "PG", "-", "binding", "region", "is", "largely", "altered", "mainly", "due", "to", "different", "conformation", "of", "the", "N68", "containing", "loop", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,345

[ "Compared", "to", "YfiBL43P", ",", "the", "N68", "-", "containing", "loop", "of", "the", "apo", "YfiB", "flips", "away", "about", "7", "Å", ",", "and", "D102", "and", "R117", "swing", "slightly", "outward", ";", "thus", ",", "the", "PG", "-", "binding", "pocket", "is", "enlarged", "with", "no", "sulfate", "ion", "or", "water", "bound", "(", "Fig", ".", "4D", ")." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,346

[ "Therefore", ",", "we", "proposed", "that", "the", "PG", "-", "binding", "ability", "of", "inactive", "YfiB", "might", "be", "weaker", "than", "that", "of", "active", "YfiB", ".", "To", "validate", "this", ",", "we", "performed", "a", "microscale", "thermophoresis", "(", "MST", ")", "assay", "to", "measure", "the", "binding", "affinities", "of", "PG", "to", "wild", "-", "type", "YfiB", "and", "YfiBL43P", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O" ]

1,347

[ "Functional", "analysis", "of", "VB6", "and", "L", "-", "Trp", ".", "(", "A", "and", "B", ")", "The", "effect", "of", "increasing", "concentrations", "of", "VB6", "or", "L", "-", "Trp", "on", "YfiBL43P", "-", "induced", "attachment", "(", "bars", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,362

[ "(", "C", "and", "D", ")", "BIAcore", "data", "and", "analysis", "for", "binding", "affinities", "of", "(", "C", ")", "VB6", "and", "(", "D", ")", "L", "-", "Trp", "with", "YfiR", ".", "(", "E", "–", "G", ")", "ITC", "data", "and", "analysis", "for", "titration", "of", "(", "E", ")", "YfiB", "wild", "-", "type", ",", "(", "F", ")", "YfiBL43P", ",", "and", "(", "G", ")", "YfiBL43P", "/", "F57A", "into", "YfiR" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O" ]

1,363

[ "The", "results", "showed", "Kd", "values", "of", "1", ".", "4", "×", "10", "−", "7", "mol", "/", "L", "and", "5", ".", "3", "×", "10", "−", "7", "mol", "/", "L", "for", "YfiBL43P", "and", "YfiBL43P", "/", "F57A", ",", "respectively", ",", "revealing", "that", "the", "YfiBL43P", "/", "F57A", "mutant", "caused", "a", "3", ".", "8", "-", "fold", "reduction", "in", "the", "binding", "affinity", "compared", "with", "the", "YfiBL43P", "mutant", "(", "Fig", ".", "6F", "and", "6G", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,365

[ "In", "parallel", ",", "to", "better", "understand", "the", "putative", "functional", "role", "of", "VB6", "and", "L", "-", "Trp", ",", "yfiB", "was", "deleted", "in", "a", "PAO1", "wild", "-", "type", "strain", ",", "and", "a", "construct", "expressing", "the", "YfiBL43P", "mutant", "was", "transformed", "into", "the", "PAO1", "ΔyfiB", "strain", "to", "trigger", "YfiBL43P", "-", "induced", "biofilm", "formation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,366

[ "Growth", "and", "surface", "attachment", "assays", "were", "carried", "out", "for", "the", "yfiB", "-", "L43P", "strain", "in", "the", "presence", "of", "increasing", "concentrations", "of", "VB6", "or", "L", "-", "Trp", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,367

[ "As", "shown", "in", "Fig", ".", "6A", "and", "6B", ",", "the", "over", "-", "expression", "of", "YfiBL43P", "induced", "strong", "surface", "attachment", "and", "much", "slower", "growth", "of", "the", "yfiB", "-", "L43P", "strain", ",", "and", "as", "expected", ",", "a", "certain", "amount", "of", "VB6", "or", "L", "-", "Trp", "(", "4", "–", "6", "mmol", "/", "L", "for", "VB6", "and", "6", "–", "10", "mmol", "/", "L", "for", "L", "-", "Trp", ")", "could", "reduce", "the", "surface", "attachment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,368

[ "By", "contrast", ",", "YfiR", "-", "bound", "YfiBL43P", "(", "residues", "44", "–", "168", ")", "has", "a", "stretched", "conformation", "of", "approximately", "55", "Å", "in", "length", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,378

[ "This", "peptide", "(", "peptide", "1", ")", "consists", "of", "two", "β", "-", "strands", "comprising", "Aβ17", "–", "23", "and", "Aβ30", "–", "36", "covalently", "linked", "by", "two", "δ", "-", "linked", "ornithine", "(", "δOrn", ")", "β", "-", "turn", "mimics", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,423

[ "The", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "1", "reveals", "that", "it", "folds", "to", "form", "a", "β", "-", "hairpin", "that", "assembles", "to", "form", "trimers", "and", "that", "the", "trimers", "further", "assemble", "to", "form", "hexamers", "and", "dodecamers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,428

[ "(", "B", ")", "Chemical", "structure", "of", "peptide", "1", "illustrating", "Aβ17", "–", "23", "and", "Aβ30", "–", "36", ",", "M35Orn", ",", "the", "N", "-", "methyl", "group", ",", "and", "the", "δ", "-", "linked", "ornithine", "turns", ".", "(", "C", ")", "Chemical", "structure", "of", "peptide", "2", "illustrating", "Aβ17", "–", "36", ",", "the", "N", "-", "methyl", "group", ",", "the", "disulfide", "bond", "across", "positions", "24", "and", "29", ",", "and", "the", "δ", "-", "linked", "ornithine", "turn", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,429

[ "Our", "design", "of", "peptide", "1", "omitted", "the", "Aβ24", "–", "29", "loop", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,430

[ "To", "visualize", "the", "Aβ24", "–", "29", "loop", ",", "we", "performed", "replica", "-", "exchange", "molecular", "dynamics", "(", "REMD", ")", "simulations", "on", "Aβ17", "–", "36", "using", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "coordinates", "of", "Aβ17", "–", "23", "and", "Aβ30", "–", "36", "from", "peptide", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]

1,431

[ "We", "designed", "peptide", "2", "as", "a", "homologue", "of", "peptide", "1", "that", "embodies", "these", "ideas", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,434

[ "Here", ",", "we", "describe", "the", "development", "of", "peptide", "2", "and", "report", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structures", "of", "the", "trimer", ",", "dodecamer", ",", "and", "annular", "pore", "observed", "within", "the", "crystal", "structure", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,435

[ "Development", "of", "Peptide", "2" ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant" ]

1,436

[ "We", "developed", "peptide", "2", "from", "peptide", "1", "by", "an", "iterative", "process", ",", "in", "which", "we", "first", "attempted", "to", "restore", "the", "Aβ24", "–", "29", "loop", "without", "a", "disulfide", "linkage", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,437

[ "We", "envisioned", "peptide", "3", "as", "a", "homologue", "of", "peptide", "1", "with", "the", "Aβ24", "–", "29", "loop", "in", "place", "of", "the", "δOrn", "that", "connects", "D23", "and", "A30", "and", "p", "-", "iodophenylalanine", "(", "FI", ")", "in", "place", "of", "F19", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,438

[ "We", "postulate", "that", "the", "loss", "of", "the", "δOrn", "constraint", "leads", "to", "conformational", "heterogeneity", "that", "prevents", "peptide", "3", "from", "crystallizing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]

1,440

[ "We", "designed", "peptide", "4", "to", "embody", "this", "idea", ",", "mutating", "Val24", "and", "Gly29", "to", "cysteine", "and", "forming", "an", "interstrand", "disulfide", "linkage", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,441

[ "We", "were", "gratified", "to", "find", "that", "peptide", "4", "afforded", "crystals", "suitable", "for", "X", "-", "ray", "crystallography", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,444

[ "After", "determining", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "4", "we", "reintroduced", "the", "native", "phenylalanine", "at", "position", "19", "and", "the", "methionine", "at", "position", "35", "to", "afford", "peptide", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]

1,446

[ "We", "completed", "the", "iterative", "process", "—", "from", "1", "to", "3", "to", "4", "to", "2", "—", "by", "successfully", "determining", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "2", "(", "PDB", "5HOX", "and", "5HOY", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,447

[ "The", "following", "sections", "describe", "the", "synthesis", "of", "peptides", "2", "–", "4", "and", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]

1,448

[ "Synthesis", "of", "Peptides", "2", "–", "4" ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant" ]

1,449

[ "We", "synthesized", "peptides", "2", "–", "4", "by", "similar", "procedures", "to", "those", "we", "have", "developed", "for", "other", "macrocyclic", "peptides", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,450

[ "Peptides", "2", "–", "4", "were", "purified", "by", "RP", "-", "HPLC", "." ]

[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,452

[ "We", "screened", "crystallization", "conditions", "for", "peptide", "4", "in", "a", "96", "-", "well", "-", "plate", "format", "using", "three", "different", "Hampton", "Research", "crystallization", "kits", "(", "Crystal", "Screen", ",", "Index", ",", "and", "PEG", "/", "Ion", ")", "with", "three", "ratios", "of", "peptide", "and", "mother", "liquor", "per", "condition", "(", "864", "experiments", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,453

[ "Peptide", "4", "afforded", "crystals", "in", "a", "single", "set", "of", "conditions", "containing", "HEPES", "buffer", "and", "Jeffamine", "M", "-", "600", "—", "the", "same", "crystallization", "conditions", "that", "afforded", "crystals", "of", "peptide", "1", "." ]

[ "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]

1,454

[ "Peptide", "2", "also", "afforded", "crystals", "in", "these", "conditions", "." ]

[ "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,455

[ "The", "optimized", "conditions", "consist", "of", "0", ".", "1", "M", "HEPES", "at", "pH", "6", ".", "4", "with", "31", "%", "Jeffamine", "M", "-", "600", "for", "peptide", "4", "and", "0", ".", "1", "M", "HEPES", "pH", "7", ".", "1", "with", "29", "%", "Jeffamine", "M", "-", "600", "for", "peptide", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]

1,457

[ "Crystal", "diffraction", "data", "for", "peptide", "2", "were", "also", "collected", "at", "the", "Advanced", "Light", "Source", "at", "Lawrence", "Berkeley", "National", "Laboratory", "with", "a", "synchrotron", "source", "at", "1", ".", "00", "Å", "wavelength", "to", "achieve", "higher", "resolution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,458

[ "Phases", "for", "peptide", "4", "were", "determined", "by", "single", "-", "wavelength", "anomalous", "diffraction", "(", "SAD", ")", "phasing", "by", "using", "the", "coordinates", "of", "the", "iodine", "anomalous", "signal", "from", "p", "-", "iodophenylalanine", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,459

[ "Phases", "for", "peptide", "2", "were", "determined", "by", "isomorphous", "replacement", "of", "peptide", "4", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]

1,460

[ "The", "structures", "of", "peptides", "2", "and", "4", "were", "solved", "and", "refined", "in", "the", "P6122", "space", "group", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,461

[ "Peptides", "2", "and", "4", "form", "morphologically", "identical", "structures", "and", "assemblies", "in", "the", "crystal", "lattice", "." ]

[ "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,463

[ "The", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "2", "reveals", "that", "it", "folds", "to", "form", "a", "twisted", "β", "-", "hairpin", "comprising", "two", "β", "-", "strands", "connected", "by", "a", "loop", "(", "Figure", "2A", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,464

[ "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "2", "(", "PDB", "5HOX", ",", "synchrotron", "data", "set", ").", "(", "A", ")", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "a", "representative", "β", "-", "hairpin", "monomer", "formed", "by", "peptide", "2", ".", "(", "B", ")", "Overlay", "of", "the", "six", "β", "-", "hairpin", "monomers", "in", "the", "asymmetric", "unit", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,470

[ "Peptide", "2", "forms", "a", "trimer", ",", "much", "like", "that", "which", "we", "observed", "previously", "for", "peptide", "1", ",", "in", "which", "three", "β", "-", "hairpins", "assemble", "to", "form", "an", "equilateral", "triangle", "(", "Figure", "3A", ")." ]

[ "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,475

[ "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "the", "trimer", "formed", "by", "peptide", "2", ".", "(", "A", ")", "Triangular", "trimer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,479

[ "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "the", "dodecamer", "formed", "by", "peptide", "2", ".", "(", "A", ")", "View", "of", "the", "dodecamer", "that", "illustrates", "the", "octahedral", "shape", ".", "(", "B", ")", "View", "of", "the", "dodecamer", "that", "illustrates", "the", "tetrahedral", "arrangement", "of", "the", "four", "trimers", "that", "comprise", "the", "dodecamer", ".", "(", "C", ")", "View", "of", "two", "trimer", "subunits", "from", "inside", "the", "cavity", "of", "the", "dodecamer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,490

[ "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "the", "annular", "pore", "formed", "by", "peptide", "2", ".", "(", "A", ")", "Annular", "porelike", "structure", "illustrating", "the", "relationship", "of", "the", "five", "dodecamers", "that", "form", "the", "pore", "(", "top", "view", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,508

[ "The", "X", "-", "ray", "crystallographic", "study", "of", "peptide", "2", "described", "here", "provides", "high", "-", "resolution", "structures", "of", "oligomers", "formed", "by", "an", "Aβ17", "–", "36", "β", "-", "hairpin", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,517

[ "Model", "for", "the", "hierarchical", "assembly", "of", "an", "Aβ", "β", "-", "hairpin", "into", "a", "trimer", ",", "dodecamer", ",", "and", "annular", "pore", "based", "on", "the", "crystallographic", "assembly", "of", "peptide", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]

1,518

[ "The", "crystallographically", "observed", "annular", "pore", "formed", "by", "peptide", "2", "is", "morphologically", "similar", "to", "the", "APFs", "formed", "by", "full", "-", "length", "Aβ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,526

[ "The", "annular", "pore", "formed", "by", "peptide", "2", "is", "comparable", "in", "size", "to", "the", "APFs", "prepared", "in", "vitro", "or", "isolated", "from", "Alzheimer", "’", "s", "brains", "(", "Figure", "7", "and", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,527

[ "Although", "the", "annular", "pore", "formed", "by", "peptide", "2", "contains", "five", "dodecamer", "subunits", ",", "pores", "containing", "fewer", "or", "more", "subunits", "can", "easily", "be", "envisioned", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,529

[ "Surface", "views", "of", "the", "annular", "pore", "formed", "by", "peptide", "2", ".", "(", "A", ")", "Top", "view", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,531

[ "Dot", "blot", "analysis", "shows", "that", "peptide", "2", "is", "reactive", "toward", "the", "A11", "antibody", "(", "Figure", "S5", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,533

[ "This", "reactivity", "suggests", "that", "peptide", "2", "forms", "oligomers", "in", "solution", "that", "share", "structural", "similarities", "to", "the", "nonfibrillar", "oligomers", "formed", "by", "full", "-", "length", "Aβ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,534

[ "Further", "studies", "are", "needed", "to", "elucidate", "the", "species", "that", "peptide", "2", "forms", "in", "solution", "and", "to", "study", "their", "biological", "properties", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,535

[ "The", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "and", "A11", "reactivity", "of", "peptide", "2", "support", "the", "model", "proposed", "by", "Larsen", "and", "Lesné", "and", "suggest", "that", "β", "-", "hairpins", "constitute", "a", "fundamental", "building", "block", "for", "nonfibrillar", "oligomers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,537

[ "The", "foldon", "domain", "of", "bacteriophage", "T4", "fibritin", "is", "composed", "of", "three", "β", "-", "hairpins", "that", "assemble", "into", "a", "triangular", "trimer", "similar", "to", "the", "triangular", "trimer", "formed", "by", "peptide", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O" ]

1,539

[ "Although", "we", "began", "these", "studies", "with", "a", "relatively", "simple", "hypothesis", "—", "that", "the", "trimers", "and", "dodecamers", "formed", "by", "peptide", "1", "could", "accommodate", "the", "Aβ24", "–", "29", "loop", "—", "an", "even", "more", "exciting", "finding", "has", "emerged", "—", "that", "the", "dodecamers", "can", "assemble", "to", "form", "annular", "pores", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,541

[ "This", "finding", "could", "not", "have", "been", "anticipated", "from", "the", "X", "-", "ray", "crystallographic", "structure", "of", "peptide", "1", "and", "reveals", "a", "new", "level", "of", "hierarchical", "assembly", "that", "recapitulates", "micrographic", "observations", "of", "annular", "protofibrils", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,542

[ "While", "E2", "showed", "similar", "L", "‐", "Luc", "ERα", "‐", "WT", "and", "ERα", "‐", "ΔAB", "activities", ",", "tamoxifen", "showed", "complete", "loss", "of", "activity", "without", "the", "AB", "domain", "(", "Fig", "EV1B", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,586

[ "Correlation", "analysis", "of", "L", "‐", "Luc", "ERα", "‐", "ΔAB", "activity", "versus", "endogenous", "ERα", "activity", "of", "OBHS", "analogs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,592

[ "Correlation", "analysis", "of", "L", "‐", "Luc", "ERα", "‐", "ΔF", "activity", "versus", "endogenous", "ERα", "activities", "of", "OBHS", "analogs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,593

[ "OBHS", "analogs", "showed", "an", "average", "L", "‐", "Luc", "ERα", "‐", "ΔAB", "activity", "of", "3", ".", "2", "%", "±", "3", "(", "mean", "+", "SEM", ")", "relative", "to", "E2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,607

[ "Despite", "this", "nearly", "complete", "lack", "of", "activity", ",", "the", "pattern", "of", "L", "‐", "Luc", "ERα", "‐", "ΔAB", "activity", "was", "still", "highly", "correlated", "with", "the", "E", "‐", "Luc", "activity", "and", "GREB1", "expression", "(", "Fig", "EV3D", "and", "E", "),", "demonstrating", "that", "very", "small", "AF", "‐", "2", "activities", "can", "be", "amplified", "by", "AF", "‐", "1", "to", "produce", "robust", "signals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,608

[ "To", "overcome", "barriers", "to", "crystallization", "of", "ERα", "LBD", "complexes", ",", "we", "developed", "a", "conformation", "‐", "trapping", "X", "‐", "ray", "crystallography", "approach", "using", "the", "ERα", "‐", "Y537S", "mutation", "(", "Nettles", "et", "al", ",", "2008", ";", "Bruning", "et", "al", ",", "2010", ";", "Srinivasan", "et", "al", ",", "2013", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,645

[ "Eleven", "of", "these", "structures", "have", "been", "published", ",", "while", "65", "are", "new", ",", "including", "the", "DES", "‐", "bound", "ERα", "‐", "Y537S", "LBD", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O" ]

1,646

[ "The", "SPA", "signal", "was", "corrected", "by", "subtraction", "of", "control", "data", "with", "no", "GST", "-", "PAK", "or", "HR1", "-", "His6", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O" ]

1,769

[ "The", "Kd", "values", "derived", "for", "the", "TOCA1", "HR1", "with", "Cdc42Δ7", "and", "full", "-", "length", "Cdc42", "were", "6", ".", "05", "±", "1", ".", "96", "and", "5", ".", "39", "±", "1", ".", "69", "μm", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,770

[ "Competition", "of", "GST", "-", "ACK", "GBD", "bound", "to", "[", "3H", "]", "GTP", "·", "Cdc42", "by", "free", "ACK", "GBD", "was", "used", "as", "a", "control", "and", "to", "establish", "the", "value", "of", "background", "counts", "when", "Cdc42", "is", "fully", "displaced", "." ]

[ "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,774

[ "The", "HR1", "-", "SH3", "protein", "could", "not", "be", "purified", "to", "homogeneity", "as", "a", "fusion", "protein", ",", "so", "it", "was", "assayed", "in", "competition", "assays", "after", "cleavage", "of", "the", "His", "tag", "." ]

[ "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,783

[ "C", "–", "E", ",", "representative", "examples", "of", "competition", "SPA", "experiments", "carried", "out", "with", "the", "indicated", "concentrations", "of", "the", "TOCA1", "HR1", "-", "SH3", "construct", "titrated", "into", "30", "nm", "GST", "-", "ACK", "and", "30", "nm", "Cdc42Δ7Q61L", "·[", "3H", "]", "GTP", "(", "C", ")", "or", "HR1CIP4", "(", "D", ")", "or", "HR1FBP17", "(", "E", ")", "titrated", "into", "30", "nm", "GST", "-", "ACK", "and", "30", "nm", "Cdc42FLQ61L", "·[", "3H", "]", "GTP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,788

[ "N52T", "is", "one", "of", "a", "combination", "of", "seven", "residues", "found", "to", "confer", "ACK", "binding", "on", "Rac1", "and", "so", "may", "represent", "a", "specific", "Cdc42", "-", "effector", "contact", "residue", "." ]

[ "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,909

[ "A", "direct", "link", "between", "ACC", "and", "cancer", "is", "provided", "by", "cancer", "-", "associated", "mutations", "in", "the", "breast", "cancer", "susceptibility", "gene", "1", "(", "BRCA1", "),", "which", "relieve", "inhibitory", "interactions", "of", "BRCA1", "with", "ACC", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,967

[ "Here", "we", "provide", "the", "structure", "of", "Saccharomyces", "cerevisiae", "(", "Sce", ")", "ACC", "CD", ",", "intermediate", "-", "and", "low", "-", "resolution", "structures", "of", "human", "(", "Hsa", ")", "ACC", "CD", "and", "larger", "fragments", "of", "fungal", "ACC", "from", "Chaetomium", "thermophilum", "(", "Cth", ";", "Fig", ".", "1a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

1,993

[ "To", "compare", "the", "organization", "of", "fungal", "and", "human", "ACC", "CD", ",", "we", "determined", "the", "structure", "of", "a", "human", "ACC1", "fragment", "that", "comprises", "the", "BT", "and", "CD", "domains", "(", "HsaBT", "-", "CD", "),", "but", "lacks", "the", "mobile", "BCCP", "in", "between", "(", "Fig", ".", "1a", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,011

[ "With", "CDL", "/", "CDC1", "superposed", ",", "CDN", "in", "HsaBT", "-", "CD", "is", "rotated", "by", "160", "°", "around", "a", "hinge", "at", "the", "connection", "of", "CDN", "/", "CDL", "(", "Supplementary", "Fig", ".", "1d", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,013

[ "This", "rotation", "displaces", "the", "N", "terminus", "of", "CDN", "in", "HsaBT", "-", "CD", "by", "51", "Å", "compared", "with", "SceCD", ",", "resulting", "in", "a", "separation", "of", "the", "attachment", "points", "of", "the", "N", "-", "terminal", "linker", "to", "the", "BCCP", "domain", "and", "the", "C", "-", "terminal", "CT", "domain", "by", "67", "Å", "(", "the", "attachment", "points", "are", "indicated", "with", "spheres", "in", "Fig", ".", "1e", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,014

[ "The", "BT", "domain", "of", "HsaBT", "-", "CD", "consists", "of", "a", "helix", "that", "is", "surrounded", "at", "its", "N", "terminus", "by", "an", "antiparallel", "eight", "-", "stranded", "β", "-", "barrel", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,015

[ "MS", "analysis", "of", "the", "HsaBT", "-", "CD", "crystallization", "sample", "reveals", "partial", "proteolytic", "digestion", "of", "the", "regulatory", "loop", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,020

[ "Accordingly", ",", "most", "of", "this", "loop", "is", "not", "represented", "in", "the", "HsaBT", "-", "CD", "crystal", "structure", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O" ]

2,021

[ "Using", "molecular", "replacement", "based", "on", "fungal", "ACC", "CD", "and", "CT", "models", ",", "we", "obtained", "structures", "of", "a", "variant", "comprising", "CthCT", "and", "CDC1", "/", "CDC2", "in", "two", "crystal", "forms", "at", "resolutions", "of", "3", ".", "6", "and", "4", ".", "5", "Å", "(", "CthCD", "-", "CTCter1", "/", "2", "),", "respectively", ",", "as", "well", "as", "of", "a", "CthCT", "linked", "to", "the", "entire", "CD", "at", "7", ".", "2", "Å", "resolution", "(", "CthCD", "-", "CT", ";", "Figs", "1a", "and", "2", ",", "Table", "1", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,025

[ "For", "CthΔBCCP", ",", "crystals", "diffracting", "to", "8", ".", "4", "Å", "resolution", "were", "obtained", "." ]

[ "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,026

[ "Owing", "to", "the", "limited", "resolution", "the", "discussion", "of", "structures", "of", "CthCD", "-", "CT", "and", "CthΔBCCP", "is", "restricted", "to", "the", "analysis", "of", "domain", "localization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,027

[ "Analysis", "of", "the", "impact", "of", "phosphorylation", "on", "the", "interface", "between", "CDC2", "and", "CDL", "/", "CDC1", "in", "CthACC", "variant", "structures", "is", "precluded", "by", "the", "limited", "crystallographic", "resolution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,036

[ "However", ",", "MS", "analysis", "of", "CthCD", "-", "CT", "and", "CthΔBCCP", "constructs", "revealed", "between", "60", "and", "70", "%", "phosphorylation", "of", "Ser1170", "(", "corresponding", "to", "SceACC", "Ser1157", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "I-mutant", "I-mutant", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

2,037