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100
{ "en": "The aim of this part was to characterized the genetic profile of MF by sequencing 67 WES samples and identified recurrent SNVs, SCNVs, mutational signatures and approached clonal evolution in patients, some of whom had sequential samples.", "fr": "L'objectif de cette partie a été de caractériser le profil génétique du MF par le séquençage WES de 67 échantillons tumoraux et identifier les SNVs récurrents, les SCNVs, les signatures mutationnelles et de visualiser l'évolution clonale chez les patients dont certains présentaient des échantillons séquentiels." }
101
{ "en": "We propose to explore all the technologies mastered by the two partners, including generative molecules algorithms, docking, and machine-learning approaches capable of predicting whether the molecules generated are likely to exhibit a desired biological activity.", "fr": "Nous proposons d'explorer l'ensemble des technologies maîtrisées par les deux partenaires, incluant des algorithmes génératifs de molécules, du docking, et des approches de machine-learning capables de prédire si les molécules générées sont susceptibles de présenter une activité biologique recherchée." }
102
{ "en": "The research work of this thesis is structured around two main axes.", "fr": "Les travaux de recherche de cette thèse s'articulent sur deux axes principaux." }
103
{ "en": "Nevertheless, this thesis provides an incremental methodology, in order to design discrete models for biology, which has some similarities to software spiral development model.", "fr": "Cette thèse fournit néanmoins une méthode incrémentale de conception de modèles discrets, pour la biologie, qui possède certaines similarités avec les méthodes de développement de logiciel en spirale." }
104
{ "en": "Class A G-protein-coupled receptors (GPCRs) constitute the largest family of transmembrane receptors in the human genome and are involved in the regulation of many physiological functions.", "fr": "Les récepteurs couplés aux protéines G de classe A (RCPG) constituent la plus grande famille de récepteurs transmembranaires du génome humain et sont impliqués dans la régulation de nombreux mécanismes physiologiques." }
105
{ "en": "In this context, my pHDthesis (2010-2013) aimed to analyze the role of Hsp27 in muscle development and its involvement in the determination of the characteristics related to the quality of the meat tissue.", "fr": "Dans cette optique, mon travail de thèse (2010-2013) avait pour objectif d'analyser le rôle de Hsp27 dans le développement du muscle et son implication dans le déterminisme des caractéristiques des tissus liés à la qualité de la viande." }
106
{ "en": "Standard inference methods include maximum-likelihood and Bayesian approaches.", "fr": "Les méthodes standards d'estimation incluent le maximum de vraisemblance et les approches bayésiennes." }
107
{ "en": "We have also defined the concept of cluster of ME-sustainability, related to the biomass components to which they are required and which we have applied over the six previous metabolic networks and over 3600 degraded networks of iJR904 of E. coli and reconstructed according to three methods of gapfilling (Gapfill, Fastgapfill and Meneco) to compare the results.", "fr": "Nous avons aussi défini le concept de cluster de métabolites essentiels du point du vue de la persistance du réseau lié aux composants de la biomasse auxquels ils sont nécessaires et que nous avons appliqué sur les six réseaux métaboliques précédents et sur 3600 réseaux dégradés du réseau iJR904de E. coli puis reconstruits selon trois méthodes de gapfilling (Gapfill, Fastgapfill et Meneco) afin de comparer ces dernières." }
108
{ "en": "Subfunctionalization is a neutral mutation process of constructive neutral evolution meaning that no new adaptations are formed.", "fr": "La sous-fonctionnalisation est un processus mutationnel neutre, ce qui signifie qu'aucune adaptation nouvelle n'est formée." }
109
{ "en": "A disease-related locus has been identified in one breed and candidate point mutations and structural variants were identified in the two breeds and are being validated by targeted sequencing.", "fr": "Un locus lié à la maladie a été identifié dans une race et des variants ponctuels et structuraux candidats ont été identifiés dans les deux races et sont en cours de validation par séquençage ciblé." }
110
{ "en": "Bioinformatic analyses predict amongst others, three potential phosphorylation sites on p73 for the calcium-calmodulin dependant kinase 2 (CamKII), which is also implicated in cell cycle, neuronal apoptosis and differenciation.", "fr": "Notre analyse bio-informatique prédit entre autres, trois sites sur p73 potentiellement phosphorylés par la calcium-calmoduline dépendante kinase 2 (CamKII), qui est aussi impliquée dans le cycle cellulaire, l'apoptose et la différenciation neuronale." }
111
{ "en": "Additional experiments allowed us to identify genes that are specifically associated with the thermal component of sun exposure, among which genes encoding HSP, ABC transporters, and enzymes of flavonoid metabolism.", "fr": "Des expériences complémentaires ont permis d'identifier divers gènes spécifiquement associés à la composante thermique de l'exposition au soleil, parmi lequels des gènes codant pour des HSP, des transporteurs ABC, et des enzymes du métabolisme flavonoïdique." }
112
{ "en": "Due to the heterogeneity of resources, the composition of services is a difficult task.", "fr": "À cause de l'hétérogénéité des ressources, la composition de services est une tâche difficile." }
113
{ "en": "A regulatory network was then built by merging their automatically-extracted contents and the most connected elements related to energy metabolism were found by topological analysis.", "fr": "Suite à cette analyse un graphe d'influence a été construit et l'analyse de sa topologie a permis de mettre en évidence les éléments les plus connectés possédant un lien avec le métabolisme énergétique." }
114
{ "en": "This thesis presents an algorithm, called P-DCFold, based on the comparative approach, for the prediction of RNA secondary structures with a complexity of O(n2).", "fr": "Cette thèse présente un algorithme, appelé P-DCfold, basé sur l'approche comparative pour la prédiction de structures secondaires des ARN avec une complexité en O(n2)." }
115
{ "en": "The predictions were in agreement with the available experimental data, and helped to propose several new target candidates.", "fr": "Les prédictions réalisées sont apparues être en accord avec les données expérimentales disponibles, et ont permis de proposer plusieurs nouvelles cibles candidates." }
116
{ "en": "They are scattered across a geographical area defining the terrain of interest for the phenomenon captured.", "fr": "Ils sont dispersés à travers une zone géographique définissant le terrain d'intérêt pour le phénomène capté." }
117
{ "en": "Moreover, large-scale GWA analysis using worldwide populations was conducted to decipher the genetic architecture at the metabolic level and provide links between the metabolomic plasticity and phenotypic diversity behind local adaptation. In addition, this extends our vision of the diversity at the species scale.", "fr": "En outre, une analyse GWA à grande échelle utilisant un set d'accession mondial a été menée pour déchiffrer l'architecture génétique au niveau métabolique afin de rapprocher la compréhension de la plasticité métabolomique et de la diversité phénotypique et d'étendre notre vision de cette diversité à l'échelle des espèces." }
118
{ "en": "The fight against forest fires is a key issue at the beginning of the twenty-first century.", "fr": "La lutte contre les feux de forêts est un enjeu primordial en ce début de XXIime siècle." }
119
{ "en": "These uses, as we will see it, do not concern all the socioprofessional categories in the same way and they also influence how the respondents interact with their online friends.", "fr": "Ces usages, comme on le verra, sont ainsi différemment adoptés selon les catégories socioprofessionnelles et influent par ailleurs sur les modalités d'échanges et d'interactions des enquêtés avec leurs amis en ligne." }
120
{ "en": "Breast cancer is now considered as a large collection of distinct biological entities, the management of which is increasingly personalized.", "fr": "Le cancer du sein est de plus en plus reconnu comme une large collection d'entités biologiques différentes, dont la prise en charge tend vers une personnalisation accrue." }
121
{ "en": "A large portion of the information contained in next-generation sequencing data is potentially lost through classical bioinformatics analysis.", "fr": "Une grande partie des informations contenues dans les données de séquençage de nouvelle génération est potentiellement perdue par l'analyse bioinformatique classique." }
122
{ "en": "contraction) is said \"of arity n and order m\" if it copies (resp.", "fr": "la contraction) est dite \" n-aire d'ordre m \", si elle copie (resp." }
123
{ "en": "Genetic information is encoded in DNA, a huge-size nucleotidic polymer.", "fr": "L'information génétique est portée par la molécule d'ADN, un polymère de nucléotides de très grande taille." }
124
{ "en": "For example, a common pattern in Security is the detection of concerted attacks toward a same target, such as a DDOS.", "fr": "Par exemple, dans le cadre de la sécurité, on souhaite détecter des tentatives d'intrusions concertées, tel des DDOS." }
125
{ "en": "This result confirms the low involvement of the burmannica group in the genome of cultivated bananas.", "fr": "Ce résultat confirme la faible implication du groupe burmannica dans le génome des bananiers cultivés." }
126
{ "en": "The concept of reactions modules may then reflect the ancestral metabolic pathways for which they would be basic elements.", "fr": "Appliqué à diverses voies, le concept de modules réactionnels refléterait donc les voies métaboliques ancestrales dont ils seraient les éléments de base." }
127
{ "en": "The search for biomarkers is conducted using large equipments in a specialised laboratory; The results being communicated to the doctor, who will then interpret them by applying a medical diagnostic algorithm.", "fr": "La recherche des bio-marqueurs se fait a l'aide d'équipements importants, dans un laboratoire d'analyse; les résultats étant communiqués au médecin, qui va les interpréter en appliquant un algorithme de diagnostic médical." }
128
{ "en": "Hence it is essential to prove the specificity of antigenic proteins, a combination of various antigens therefore needs to be tested to enable the development of new biomarkers for the diagnosis and prognosis of CC.", "fr": "Pour trouver des protéines antigéniques spécifiques du CC, une combinaison de plusieurs semble nécessaire afin de permettre le développement de nouveaux biomarqueurs pour le diagnostic et le pronostic des CC." }
129
{ "en": "It can thus be envisaged that sequence databases of major veterinary pathogens will have an ever-increasing role in animal health especially if enriched by related metadata.", "fr": "Il est dès lors possible d'envisager que les bases de données sur les séquences des principaux agents pathogènes vétérinaires joueront un rôle croissant dans la santé animale, surtout si elles sont enrichies par les métadonnées connexes." }
130
{ "en": "Orthology is defined relative to the last common ancestor of the species being considered, thereby determining the hierarchical nature of orthologous classifications.", "fr": "L'orthologie est définie par rapport au dernier ancêtre commun des espèces considérées, de manière à déterminer la nature hiérarchique des orthologues." }
131
{ "en": "One of the selected scFvs, P90C2, was optimized and expressed in E. coli BL21 (DE3) bacteria in the form of inclusion bodies and then solubilized and refolded.", "fr": "L'un d'entre eux, le scFv P90C2, a été cloné et exprimé dans des bactéries E. coli BL21 (DE3) sous forme de corps d'inclusion, puis solubilise et enfin renaturé." }
132
{ "en": "Toxoplasma gondii is a member of Apicomplexa phylum, which is charaterzied by the presence of three parasite's specific secretory organelles named micronemes, rhoptries and dense granules.", "fr": "Toxoplasma gondii est membre des parasites Apicomplexa qui sont caractérisés non seulement par un développement intracellulaire obligatoire, mais aussi par trois organites sécrétoires spécifiques à savoir les micronèmes, rhoptries et les granules denses." }
133
{ "en": "The TDG is very complicated to manage because of risk for the environment and human life.", "fr": "Le TMD est très compliqué à gérer en raison des risques pour l'environnement et la vie humaine." }
134
{ "en": "I also show how Bwolo can be used and have set up an original study on the distribution of potential miRNA target sites in two plant genomes, Arabidopsis thaliana and Arabidopsis lyrata.", "fr": "Nous montrons également comment utiliser Bwolo pour mettre en place une analyse originale sur l'étude de la distribution des cibles potentielles de miARN dans deux génomes de plantes, Arabidopsis thaliana et Arabidopsis lyrata." }
135
{ "en": "As potentially important components of unmanaged and cultivated ecosystems, there is a need to explore the diversity of the viruses associated with plant populations and to understand the drivers shaping their diversity in space and time.", "fr": "Ces virus constituant une composante potentiellement importante des écosystèmes naturels ou des agrosystèmes anthropisés, il est important d'explorer la diversité des virus associés aux populations végétales et de comprendre les forces structurant cette diversité dans le temps et dans l'espace." }
136
{ "en": "We showed its usefulness for short-term studies (find specificity of a pathogenic strain of E. anophelis), long-term (genomic diversity of E. coli species), or to identify different species in an little-known genus (Morganella).", "fr": "Nous avons montré l'utilité de l'outil sur des études à court terme (recherche de la particularité d'une souche épidémique d'E. anophelis), sur du long terme (étude de la diversité génomique de l'espèce E. coli), ou encore pour différencier différentes espèces d'un genre peu connu (Morganella)." }
137
{ "en": "While their expression is clearly deregulated in endometriosis, precise identification of the miRNAs involved in the disease is still to be achieved, as the studies published so far have produced discordant results.", "fr": "S'il est clair que leur expression est dérégulée dans l'endométriose, l'identification des micro-ARNs en cause est loin d'être achevée, les études publiées à ce jour étant discordantes entre elles." }
138
{ "en": "A metagenomics-based approach was also carried out in France on asymptomatic plants and revealed a high prevalence (11.6%) of a persistent rice endornavirus (oryza sativa alphaendornavirus,OsEV).", "fr": "La même analyse réalisée en France révèle une prévalence importante (11.6%) d'un endornavirus persistant du riz (oryza sativa alphaendornavirus, OsEV) qui a été retrouvé au sein de plantes asymptomatiques." }
139
{ "en": "Moreover, some proteins were not identified in transcripts, due to the dynamics of the expression of these transcripts in P. falciparum.", "fr": "De plus, certaines protéines n'ont pas été identifiées en transcrits, dû à la dynamique de l'expression de ces transcrits chez P. falciparum." }
140
{ "en": "The recent advent of high-throughput experimental procedures has opened a new era for the quantitative study of biological systems.", "fr": "L'avènement récent des procédures expérimentales à haut débit a ouvert une nouvelle ère pour l'étude quantitative des systèmes biologiques." }
141
{ "en": "HDX-MS identifies a putative binding site of TUA-diCl on the helical domain of EF, a critical region for CaM insertion.", "fr": "Les expériences HDX-MS ont révélé que le TUA-diCl se lierait au domaine hélicoïdal de EF, une région critique pour l'insertion de CaM." }
142
{ "en": "This study extend the previous observations made by the team about implication of some proteins in the QC pathway by genome-wide methods (RNA-seq, ChIP-seq).", "fr": "La présente étude étend les précédentes observations faites par l'équipe quant à l'implication de certaines protéines dans le système de QC par des approches globales (RNA-seq, ChIP-seq)." }
143
{ "en": "This thesis aimed at providing a rational explanation for the observed impact of mutations on the regioselectivity of BaSP in view of controlling the synthesis of rare pre-biotic disaccharides like kojibiose and nigerose.", "fr": "Cette thèse vise d'une part, à fournir une explication rationnelle quant aux modifications de la régiosélectivité de BaSP apportées par des mutations et d'autre part à proposer un canevas pour le contrôle de la régiosélectivité de couplage en vue de la synthèse de disaccharides pré-biotiques rares comme le kojibiose et le nigerose." }
144
{ "en": "Quantitative super-resolution microscopy provides access to the nanoscale organization of membrane receptors playing a physiological role.", "fr": "La microscopie de super-résolution permet l'accès à l'organisation et la dynamique des récepteurs membranaires avec des résolutions nanométrique." }
145
{ "en": "By combining these and public-domain data, this bioinformatics/biostatistics project will first extract genomic alterations, immunologic types and activated oncogenic pathways in each tumor sample.", "fr": "En combinant ces données et des données du domaine public, ce projet de bioinformatique / biostatistique extraira d'abord les altérations génomiques, les profils immunologiques et les voies oncogéniques activées dans chaque échantillon de tumeur." }
146
{ "en": "In this study we showed that the ORs are associated with DNA sequences that are prone to form secondary structures, termed G-quadruplexes, which have been linked to transcriptional regulation.", "fr": "Nous avons montré que les ORs sont associés à des séquences d'ADN capables de former des structures secondaires (appelés G-quadruplex) qui sont connus comme régulateur de la transcription." }
147
{ "en": "The main advantages of this method are its reliability, speed and low cost.", "fr": "Cette méthode a comme principaux avantages d'être fiable, rapide et peu coûteuse." }
148
{ "en": "To identify these compounds, we developed fractionation of the bear serum (chromatography, proteolysis, high abundance protein depletion) and showed that ketone bodies could be involved.", "fr": "Pour identifier ces composés, nous avons développé le fractionnement du sérum d'ours (chromatographie, protéolyse, déplétion des protéines majoritaires) et montré que les corps cétoniques pourraient être impliqués." }
149
{ "en": "Thanks to the participation of the four European Reference Networks (ERN) ITHACA (Rare Congenital Malformations and Rare Intellectual Disability), RND (Rare Neurological Diseases), NMD (Rare Neuromuscular Diseases) and GENTURIS (Genetic Tumor Risk Syndromes), this project will allow us to build the first European cohort of patients with rare diseases.", "fr": "Grâce à la participation des quatre European Reference Networks (ERN) ITHACA (Rare Congenital Malformations and Rare Intellectual Disability), RND (Rare Neurological Diseases), NMD (Rare Neuromuscular Diseases) et GENTURIS (Genetic Tumor Risk Syndromes), ce projet permettra de construire la première cohorte européenne de patients atteints de maladies rares." }
150
{ "en": "Over the last few decades, the emergence of a wide range of new technologies has produced a massive amount of biological data (genomics, proteomics...).", "fr": "Au cours des dernières décennies, l'émergence d'une large gamme de nouvelles technologies a permis de produire une quantité massive de données biologiques (génomique, protéomique...)." }
151
{ "en": "We are interested in an open, dynamic and unstable context in which agents can dynamically cooperate.", "fr": "Nous nous intéressons à un contexte ouvert, dynamique et instable dans lequel les agents peuvent coopérer de manière dynamique." }
152
{ "en": "Some papers in this Review focus on specific pathogens of veterinary importance, such as foot and mouth disease virus, Mycobacterium bovis (the bacteria that causes tuberculosis in bovines and a range of other animals, including humans) and the Middle East respiratory syndrome (MERS) coronavirus, which circulates in camels and is responsible for zoonotic respiratory infections in humans, many of them lethal.", "fr": "Certains articles de ce numéro de la Revue sont consacrés à des agents pathogènes importants au plan vétérinaire, par exemple le virus de la fièvre aphteuse, Mycobacterium bovis (bactérie responsable de la tuberculose chez les bovins et d'autres espèces ainsi que chez l'homme) et le coronavirus responsable du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (Cov-MERS) chez les camélidés et d'infections respiratoires zoonotiques chez l'homme, dont certaines sont mortelles." }
153
{ "en": "Many bio-informatics methods are still developed for RNA-seq data processing, trying to get the maximum out of it.", "fr": "De nombreuses méthodes bioinformatiques ont été et sont encore développées pour permettre l'analyse des données issues du RNAseq et en tirer le maximum d'information." }
154
{ "en": "This thesis proposes a new approach to discover signatures of families (and superfamilies) enzymes.", "fr": "Cette thèse propose une nouvelle approche de découverte de signatures de familles (et superfamilles) d'enzymes." }
155
{ "en": "Next generation sequencing (NGS) technologies offer new opportunities to explore polyploid genomes and their corresponding transcriptomes.", "fr": "Les nouvelles technologies de séquençage (NTS) offrent de nouvelles opportunités d'explorer les génomes et transcriptomes d'espèces polyploïdes." }
156
{ "en": "It has been suggested that there are only around 2,000 distinct protein folds in nature, though there are many millions of different proteins.", "fr": "Il a été suggéré qu'il n'y aurait qu'environ 2 000 plis protéiques distincts dans la nature, contre plusieurs millions de protéines différentes." }
157
{ "en": "To cope with this, the photoactive Orange Carotenoid Protein (OCP) induces thermal dissipation of the excess energy harvested by the antenna complex, the phycobilisome (PBS) to decrease the energy arriving at the photochemical centers.", "fr": "Pour y faire face, la photoactive orange carotenoid protein (OCP) induit une dissipation thermique de l'énergie excédentaire récoltée par le complexe d'antennes, le phycobilisome (PBS), afin de diminuer l'énergie arrivant aux centres photochimiques." }
158
{ "en": "Additional structural and functional information could also be exploited to improve the final alignment accuracy.", "fr": "Des informations structurales et fonctionnelles supplémentaires peuvent également être utilisées pour améliorer la précision de l'alignement final." }
159
{ "en": "Finally, this work also allowed the identification of two potential new clusters of immune genes, the GBHs and the UNKs, which are among the most overexpressed genes during the tripartite interaction.", "fr": "Ce travail a également été marqué par la découverte de deux potentiels nouveaux clusters de gènes immunitaires, les GBHs et les UNKs, qui sont parmi les gènes les plus fortement induits lors de l'interaction tripartite." }
160
{ "en": "Finally, the third part of my thesis links the first two parts.", "fr": "Enfin, la troisième partie de ma thèse fait le lien entre les deux premières." }
161
{ "en": "Without timely diagnosis and proper treatment, metastasis can develop and lead to lethal diseases.", "fr": "Sans un diagnostic en temps utile et un traitement approprié, des métastases peuvent se développer et entraîner des maladies mortelles." }
162
{ "en": "Phenotype switching of arterial smooth muscle cells (SMC) from a contractile phenotype through a synthetic phenotype in response to pathogenic stimuli is involved in the development of arteriosclerosis.", "fr": "La modulation phénotypique des cellules musculaires lisses (CML) artérielles d'un phénotype contractile vers un phénotype synthétique en réponse à des stimuli pathogènes est impliquée dans le développement de l'artériosclérose." }
163
{ "en": "Wendl and Wilson report a simple set of optimization rules that maximize the probability of discovery for a given set of parameters.", "fr": "Wendl et Wilson proposent un ensemble simple de règles d'optimisation qui maximisent la probabilité de découverte pour un ensemble donné de paramètres." }
164
{ "en": "Based on crystallographic data, it has become possible to study on a large scale the existing interaction modalities between the two molecular entities.", "fr": "En s'appuyant sur des informations fournies par la bio-cristallographie, il est devenu possible d'étudier à grande échelle les modalités d'interaction existantes entre ces deux entités moléculaires." }
165
{ "en": "Eukaryotic genes are composed of exons and introns.", "fr": "Les gènes des organismes eucaryotes sont structurés en exons et en introns." }
166
{ "en": "We observe a multi-colonization process that implies not only one but several tumor clones that could cooperate in the metastatic process.", "fr": "Enfin il semble exister un phénomène de multi-colonisation, qui implique non pas un, mais plusieurs clones tumoraux qui pourraient agir conjointement dans le processus métastatique." }
167
{ "en": "This review will develop the process of computational imaging analysis and present its potential in immuno-oncology.", "fr": "Cette revue développe le processus de l'analyse en imagerie computationnelle et présente le potentiel de son utilisation en immuno-oncologie." }
168
{ "en": "Myeloproliferative Neoplasms (MPN) are chronic hematological malignancies characterized by an excessive proliferation of myeloid progenitors, resulting from the acquisition of driver mutations.", "fr": "Les Néoplasies Myéloprolifératives(NMP) sont des hémopathies malignes chroniques caractérisées par une prolifération excessive des progéniteurs myéloïdes, résultant de l'acquisition de mutations \" driver \" dans les voies de signalisation des cytokines." }
169
{ "en": "Finally, a pipeline dedicated to the ChIP-seq analyses has been implemented.", "fr": "Enfin, un pipeline d'analyse dédié au ChIP-seq a été implémenté." }
170
{ "en": "Based on the literature, hypotheses of causal relationships have been established between certain contaminants detected in the WWTP effluent (38 PPs and 4 pesticides) and the effects observed.", "fr": "En se basant sur la littérature, des hypothèses de relation de cause à effet ont pu être établies entre certains contaminants détectés dans le rejet de STEP (38 PP et 4 pesticides) et les effets observés." }
171
{ "en": "This acquisition was likely performed via multiple horizontal transfers of genes belonging to this metabolic pathway.", "fr": "Cette acquisition a vraisemblablement été réalisée par le biais de multiples transferts horizontaux de gènes de cette voie métabolique." }
172
{ "en": "This thesis focuses on the development of new bioinformatics solutions, integrating Big Data and Big Data associated approaches to improve the study of rare diseases.", "fr": "Cette thèse porte sur le développement de nouvelles solutions bioinformatiques, intégrant des données Big Data et des approches guidées par la connaissance pour améliorer l'étude des maladies rares." }
173
{ "en": "With a high pluri-disciplinary potential, the graphlet methodology is also discussed and explored itself.", "fr": "A fort potentiel pluri-disciplinaire, la méthodologie graphlets elle même est également discutée et explorée." }
174
{ "en": "In summary, during our thesis, we followed an epidemiologic approach and proposed integrated designs in order to upgrade the investigations on genetic epidemiology of cardiovascular diseases Most commonly used similarity search methods in genomic sequences are heuristic ones.", "fr": "En conclusion, lors de notre thèse, nous avons eu à la fois une démarche épidémiologique et une démarche de proposition de designs intégrés permettant de mener plus avant les investigations sur l'étiologie génétique des pathologies cardiovasculaires." }
175
{ "en": "Characterize the expression profile of AKI and the underlying mechanisms using RNA sequencing.", "fr": "Caractériser le profil d'expression de l'IRA et des mécanismes sous-jacents en utilisant le séquençage de l'ARN." }
176
{ "en": "The knowledge of protein interactions is essential to understand cell functions.", "fr": "La connaissance des interactions entre protéines est indispensable à la compréhension du fonctionnement de la cellule." }
177
{ "en": "Specifically, three main categories of complexity measurements are introduced, which further divide the 414 pseudoknots into a series of subclasses respectively.", "fr": "Plus précisément, trois grandes catégories de mesures complexes sont introduites, qui divisent encore les 414 pseudonoeuds en une série de sous-classes respectivement." }
178
{ "en": "The emergence of new sequencing technologies, as long-read sequencing, has paved the way for the production of reference genomes at an affordable cost.", "fr": "L'avènement des nouvelles technologies de séquençage puis du séquençage longues lectures a ouvert la voie vers la production de génomes de référence à un coût abordable." }
179
{ "en": "First, I deeply analyzed the sequences of the orphan domain family HHD, found in few neuronal proteins, using bioinformatics tools to predict functional surfaces involved in protein-protein interactions and the effect of human pathogenic mutations.", "fr": "J'ai en premier lieu analysé les séquences protéiques de la famille de domaines HHD, exprimés seulement dans quelques protéines neuronales, en utilisant des outils bioinformatiques afin de prédire la fonction de différentes surfaces dans des interactions protéine-protéine ainsi que l'effet de mutations pathogènes humaines." }
180
{ "en": "Current climate projections predict that crops will be exposed to an increase of multiple and combined environmental constraints, leading to complex and generally non-deductible impacts.", "fr": "Les modélisations climatiques actuelles prévoient l'augmentation des contraintes environnementales multiples et combinées sur les cultures, dont les effets complexes s'avèrent généralement peu prédictibles." }
181
{ "en": "The icosahedral particle of the CeV virus has a diameter of 160 nm and contains a 474-kb genome. The analysis of the latter confirmed that CeV is related to the viruses of the Mimiviridae family, originally defined around the giant viruses prototypes Mimivirus and Megavirus which infect the amoebae.", "fr": "La particule icosahédrique du virus CeV a un diamètre de 160 nm et contient un génome de 474-kb dont l'analyse a confirmé que CeV est apparenté aux virus de la famille des Mimiviridae, initialement définie autour des virus géant prototypes Mimivirus et Megavirus infectant des amibes." }
182
{ "en": "The work initiated here opens up a field of innovative investigation to identify new targets for plant breeding and for an improved end-use value and nutritional quality of wheat in the context of inputs limitation.", "fr": "Les travaux initiés dans cette thèse ouvrent un champ d'investigation innovant pour l'identification de nouvelles cibles de sélection variétale pour l'amélioration de la valeur technologique et de la qualité nutritionnelle du blé." }
183
{ "en": "With this background in mind, there are several significant and intriguing studies, both cardiac and non-cardiac, that have added to our understanding of perioperative neurologic outcome and genomics.13,16 The first investigations of perioperative genetic variation and cerebral outcome (now almost 15 years old) focused on single gene variants.", "fr": "Gardant ces faits à l'esprit, il existe tout de même plusieurs études importantes et intrigantes, dans les domaines cardiaque et non cardiaque, qui ont permis d'étendre notre compréhension des devenirs neurologiques et de la génomique périopératoire.13,16 Les premières études portant sur les variations génétiques périopératoires et le devenir cérébral (il y a près de 15 ans) se sont concentrées sur les variantes d'un seul gène." }
184
{ "en": "As we describe in more detail below, not only do we seek efficient algorithms, but also methods that can deal with the high level of uncertainty in reconstructing past indel events.", "fr": "Comme nous le décrivons plus en détail ci-dessous, nous recherchons non seulement des algorithmes efficaces, mais aussi des méthodes capables de gérer le niveau élevé d'incertitude dans la reconstruction des indels passés." }
185
{ "en": "Therefore, the aim of this work was to determine the role of ERα36 in the physiological development of the mammary gland.", "fr": "C'est pourquoi le premier objectif de ce travail était de déterminer le rôle d'ERα36 dans le développement physiologique de cette glande." }
186
{ "en": "It include the development of a new tool to manage analytical correlation generated on metabolomics data during acquisition and filter it ; deployment of variable selection strategies using different statistical models to provide a MetS signature for elderly people ; or execution of bio-informatics tools to go further in biological interpretation of data across visualization on metabolomics networks.", "fr": "Il a inclus le développement d'un outil de filtration des corrélations analytiques rencontrées en métabolomique lors de la génération des données ; la mise en place d'une stratégie de sélection de variables utilisant différents modèles statistiques afin d'arriver à proposer une signature du SMet chez la personne âgée ; ou encore la mise en oeuvre d'outils bio-informatiques permettant d'aller plus loin dans l'interprétation biologique des données à travers la visualisation dans des réseaux métaboliques." }
187
{ "en": "Some regulatory elements are conserved at a precise location in promoters.", "fr": "Certains éléments régulateurs sont conservés à une position préférentielle dans les promoteurs." }
188
{ "en": "iv) 4420 DMCs from the comparison between constant genomic cow (Somatic cell nuclear transfer, clones) and variable genomic cows but with the same age and raised in the same conditions than clones.", "fr": "Iv) 4420 DMC issues de la comparaison entre méthylomes de vaches à génome constant (issues du transfert nucléaire, clones) et de vaches à génome variable mais de même âge et élevées dans les mêmes conditions que les clones." }
189
{ "en": "Novel strategies are needed to treat epilepsy, in order to ensure efficiency, security and prevention.", "fr": "Des stratégies nouvelles sont nécessaires pour le traitement de l'épilepsie, du point de vue de l'efficacité, de la sécurité et de la prévention." }
190
{ "en": "(2) Each DC type is plastic, expressing a specific array of innate immune recognition receptors, able to sense different input signals.", "fr": "2) Chaque type de DC est lui-même plastique. Il exprime des récepteurs de reconnaissance de l'immunité innée, chacun capable de détecter différents signaux d'entrée." }
191
{ "en": "In-vivo validation of these predictions is in progress.", "fr": "La validation in-vivo de ces prédictions est en cours." }
192
{ "en": "Then, we search dynamical properties which can be deduced from the interaction graph.", "fr": "Ensuite, nous recherchons des propriétés dynamiques qui peuvent se déduire du graphe d'interactions." }
193
{ "en": "By formalizing simple rules used by researchers to infer gene regulatory events, I was able to automatically recover, from the experimental data available in ANISEED, a network of gene regulatory interactions throughout ascidian development.", "fr": "A partir de la formalisation de règles simples utilisées par les chercheurs pour inférer des interactions, j'ai pu extraire automatiquement, des données expérimentales disponibles en ANISEED, un réseau de régulation de gènes pendant le développement embryonnaire de l'ascidie." }
194
{ "en": "This approach has been experimented in the case of bacterial mixtures where the model bacterium was largely in minority and for samples containing various food matrices such as mineral water or milk.", "fr": "Cette approche a été expérimentée dans le cas de mélanges de bactéries où la bactérie modèle était largement minoritaire et dans des échantillons de matrices alimentaires diverses telles que de l'eau minérale ou du lait." }
195
{ "en": "To characterize in detail the immune microenvironment and oncogenic processes of specific sarcomas, single-cell RNA-seq was performed for some of them, notably dedifferentiated liposarcomas (DDLPS).", "fr": "Pour caractériser en détail le microenvironnement immunitaire et les processus oncogéniques de sarcomes spécifiques, certains d'entre eux ont été étudiés par du RNA-seq à l'échelle unicellulaire (single-cell RNA-seq), notamment les liposarcomes dédifférenciés (DDLPS)." }
196
{ "en": "This network was compared to an experimental network in terms of structure.", "fr": "Ce dernier a été comparé à un réseau d'interactions identifiées expérimentalement, notamment en termes de structure." }
197
{ "en": "In the second part, the design and the use of a chip dedicated to Buchnera allowed to study the bacterial transcriptome, under nutritionnal and osmotic stress in the diet of the aphid.", "fr": "Dans une seconde partie, la conception et l'utilisation d'une puce dédiée à Buchnera ont permis d'étudier le transcriptome de la bactérie, lorsque son hôte subit un stress nutritionnel et osmotique." }
198
{ "en": "This evaluation led to the isolation of datasets features that impact the performance of the aggregation algorithms, and to design a guide to characterize the needs of a user and advise him in the choice of the algorithm to be use.", "fr": "Cette évaluation a permis d'isoler les caractéristiques des jeux de données ayant un impact sur les performances des algorithmes d'agrégation et de concevoir un guide pour caractériser le besoin d'un utilisateur et le conseiller dans le choix de l'algorithme à privilégier." }
199
{ "en": "Indeed, there are several thematic deficiencies present in most of the reported studies.", "fr": "En effet, plusieurs faiblesses thématiques sont apparentes dans la plupart des études rapportées à ce sujet." }