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Limiti dei test diagnostici rapidi in pazienti con sospetta malaria: una valutazione dell'accuratezza diagnostica dallo Swaziland, un paese a bassa endemicità che mira all'eliminazione della malaria.Il Le prestazioni dei test diagnostici rapidi (RDT) basati su proteine 2 ricche di istidina specifici per Plasmodium falciparum per valutare la sospetta malaria in ambienti a bassa endemia non sono state ben caratterizzate. Utilizzando campioni di macchie di sangue secco da pazienti con sospetta malaria in 37 strutture sanitarie dal 2012 fino al 2014 nel paese a bassa endemia dello Swaziland, abbiamo studiato l'accuratezza diagnostica degli RDT a base di proteina 2 ricca di istidina utilizzando la reazione a catena della polimerasi qualitativa (PCR) (nested PCR mirata al gene del citocromo b) e la PCR quantitativa come standard di riferimento. esplorare le ragioni dei risultati falsi negativi e/o falsi positivi, abbiamo utilizzato la PCR specifica per pfhrp2/3 e analisi di regressione logistica di fattori epidemiologici potenzialmente associati. Da 1353 pazienti, Il 93,0% dei campioni RDT-positivi (n = 185) e il 31,2% dei campioni RDT-negativi (n = 340) erano disponibili e selezionati per il test. Rispetto alla PCR nidificata, la sensibilità, la specificità, il valore predittivo positivo (PPV) e il valore predittivo negativo (NPV) degli RDT erano rispettivamente del 51,7%, 94,1%, 67,3% e 89,1%. Dopo l'esclusione di campioni con densità di parassiti <100/μL, che rappresentavano il 75,7% dei risultati falsi negativi e il 33,3% delle infezioni rilevabili tramite PCR, la sensibilità, la specificità, il PPV e il VPN erano 78,8%, 93,7%, 62,3%, e 97,1%. Non sono state rilevate delezioni di pfhrp2. La falsa positività era più probabile durante il secondo anno e non era associata a dati demografici, malaria recente, caratteristiche dei test delle strutture sanitarie o potenziale degradazione del DNA. Nell'ambiente a bassa trasmissione dello Swaziland, abbiamo dimostrato una bassa sensibilità della RDT per la diagnosi della malaria, a causa di una percentuale inaspettatamente elevata di infezioni a bassa densità tra i soggetti sintomatici. Anche il PPV era basso, il che richiedeva ulteriori indagini. Potrebbe essere necessaria una diagnostica più accurata al punto di cura per supportare gli sforzi di eliminazione della malaria.
MiR-218 sopprime la metastasi e l'EMT delle cellule HCC mirando a SERBP1.Il carcinoma epatocellulare (HCC) è la principale causa di decessi correlati al cancro in tutto il mondo. Sebbene siano stati fatti molti sforzi per il trattamento dell'HCC, il tasso di sopravvivenza rimane insoddisfatto. Sempre più prove indicano che il microRNA-218 (miR-218) funziona come un soppressore del tumore e coinvolge molti processi biologici come l'inizio del tumore, lo sviluppo e la metastasi in alcuni tipi di tumori umani. Tuttavia, la funzione potenziale e il meccanismo molecolare sottostante di miR-218 nell'HCC devono ancora essere chiariti. Poiché l'HCC è una malattia genetica, esplorare i meccanismi della patogenesi e l'integrazione sono essenziali per la scoperta di nuovi obiettivi di trattamento per l'HCC Pertanto, lo scopo del presente studio era di indagare il livello di espressione anormale di miR-218 nei tessuti clinici dell'HCC e nelle cellule dell'HCC e di valutarne la funzione e i meccanismi sottostanti nell'HCC. I nostri risultati hanno rivelato che l'espressione di miR-218 era significativamente sottoregolata nei tessuti e nelle linee cellulari dell'HCC. I saggi di guadagno e perdita di funzione hanno indicato che l'espressione forzata di miR-218 nelle cellule HCC ha inibito la migrazione/invasione cellulare e ha invertito la transizione epiteliale-mesenchimale (EMT) alla transizione mesenchimale-epiteliale (MET), mentre l'eliminazione di miR -218 ha promosso la migrazione/invasione cellulare e ha contribuito alla formazione del fenotipo EMT. L'analisi bioinformatica e l'analisi del reporter della luciferasi hanno confermato che la proteina 1 legante l'mRNA della serpina (SERBP1) era un gene bersaglio di miR-218 e l'analisi di salvataggio ha ulteriormente confermato che SERBP1 è coinvolto nella funzione di miR-218 nell'HCC. Tutti questi risultati hanno suggerito che la via del segnale miR-218/SERBP1 potrebbe inibire la formazione del fenotipo maligno e che mirare a questa via potrebbe essere un potenziale nuovo modo per le terapie dell'HCC.
Comorbilità della sindrome di Klinefelter legate all'aumento del dosaggio del gene del cromosoma X e all'alterata attività dell'interattoma proteico.La sindrome di Klinefelter (KS) (47,XXY) è la più comune aneuploidia dei cromosomi sessuali maschili. La diagnosi e la supervisione clinica rimangono una sfida a causa della diversa presentazione fenotipica e dell'insufficiente caratterizzazione della sindrome. Qui combiniamo l'epidemiologia basata sui dati sanitari e la biologia dei sistemi a livello molecolare per migliorare la comprensione di KS e l'interazione molecolare che influenza la sua comorbilità. In totale, 78 comorbidità sovrarappresentate da KS sono state identificate utilizzando i dati del registro dei pazienti interni e ambulatoriali dell'intera popolazione danese che copre 6,8 milioni di individui. Le comorbilità estratte includevano sia clinicamente ben note (ad esempio infertilità e osteoporosi) sia KS ancora meno accertati comorbilità (ad es. ipofunzione della ghiandola pituitaria e carie dentale). Sono stati applicati diversi approcci di biologia dei sistemi per identificare attori molecolari chiave alla base delle comorbilità KS: identificazione di moduli co-espressi, nonché hub centrali e complessi proteici perturbati dal dosaggio genico in una rete di comorbidità KS costruita da proteine patologiche note e dalle loro interazioni proteina-proteina. Gli approcci alla biologia dei sistemi insieme hanno indicato nuovi aspetti dei fenotipi della malattia di KS, tra cui la via Jak-STAT perturbata, i geni disregolati importanti per il sistema immunitario disturbato (IL4), il bilancio energetico (POMC e LEP) e la segnalazione dell'eritropoietina in KS. Presentiamo uno studio epidemiologico esteso che collega le comorbidità KS al livello molecolare e identifica i potenziali attori causali nella biologia della malattia alla base delle comorbidità identificate.
Evidenza che una risposta di tolleranza degli erbivori influenza la selezione sui tratti floreali e l'architettura dell'infiorescenza nella lischereccia viola (Lythrum salicaria).Lo studio dell'evoluzione dei fiori si è generalmente concentrato sull'impollinazione come principale fattore di selezione. Tuttavia, gli erbivori possono anche imporre la selezione sui tratti floreali attraverso una varietà di meccanismi, tra cui il florivorio e il parassitismo. Meno chiaro è se i tratti dell'architettura floreale e dell'infiorescenza che influenzano una pianta\' tolleranza agli erbivori, come la ricrescita compensatoria, alterano la selezione mediata dagli impollinatori Poiché il danno degli erbivori ai meristemi di Lythrum salicaria porta tipicamente ad un aumento del numero di infiorescenze e delle dimensioni dell'esposizione floreale, è stato condotto un esperimento per verificare se l'erbivoro simulato ( cioè il ritaglio del meristema in via di sviluppo) potrebbe alterare la grandezza o la direzione della selezione mediata dall'impollinatore su una suite di fiori e i tratti dell'architettura della nflorescenza. Utilizzando un protocollo di integrazione del polline, la limitazione del polline è stata confrontata in presenza e assenza di danni al meristema al fine di quantificare qualsiasi interazione tra impollinatore e selezione mediata da erbivori sui tratti floreali. Sorprendentemente, nonostante un evidente impatto sull'esposizione floreale e sull'architettura, con piante tagliate che producono più infiorescenze e più fiori, non c'era differenza nella limitazione del polline tra piante tagliate e non tagliate. Di conseguenza, non c'erano prove che l'imposizione di danni da erbivori alterasse la selezione mediata dagli impollinatori in questo sistema. Piuttosto, è stato riscontrato che il solo trattamento erbivoro altera la selezione diretta sulla visualizzazione floreale, con piante tagliate che sperimentano una maggiore selezione per la fioritura precoce e una selezione più debole per il numero di infiorescenze rispetto alle piante non tagliate. Questi risultati implicano che l'erbivoro da solo può guidare la selezione sui tratti floreali delle piante e sull'architettura delle infiorescenze in questa specie, anche più degli impollinatori. In particolare, l'erbivoro può imporre la selezione sui tratti floreali se tali tratti influenzano la tolleranza della pianta all'erbivoro, ad esempio attraverso il momento della fioritura e/o la risposta compensativa di ricrescita.
Il trasporto gastrointestinale è un importante serbatoio di infezione da Klebsiella pneumoniae nei pazienti in terapia intensiva.Klebsiella pneumoniae è un patogeno opportunista e principale causa di infezioni ospedaliere I pazienti delle unità di terapia intensiva (ICU) sono particolarmente a rischio. Klebsiella pneumoniae fa parte del microbioma umano sano, fornendo un potenziale serbatoio per l'infezione. Tuttavia, la frequenza della colonizzazione intestinale e il suo contributo alle infezioni non sono ben caratterizzati. Abbiamo condotto un Studio prospettico di coorte di 1 anno in cui 498 pazienti in terapia intensiva sono stati sottoposti a screening per il trasporto rettale e faringeo di K. pneumoniae subito dopo il ricovero. La Klebsiella pneumoniae isolata da tamponi di screening e campioni diagnostici clinici è stata caratterizzata utilizzando il sequenziamento dell'intero genoma e combinata con dati epidemiologici per identificare probabili eventi di trasmissione. Le frequenze di trasporto di Klebsiella pneumoniae sono state stimate al 6% (intervallo di confidenza 95% [CI], 3 %-8%) tra i pazienti in terapia intensiva ricoverati direttamente dalla comunità e il 19% (95% CI, 14%-51%) tra quelli con contatti sanitari recenti. La colonizzazione dell'intestino al momento del ricovero era significativamente associata alla successiva infezione (rischio di infezione 16% vs 3%, odds ratio [OR] = 6.9, P < .001) e i dati sul genoma indicavano la corrispondenza tra portatori e isolati di infezione nell'80% delle coppie di isolati. Sono state identificate cinque probabili catene di trasmissione, responsabili del 12% delle infezioni da K. pneumoniae in terapia intensiva. In sintesi, il 49% delle infezioni da K. pneumoniae è stato causato dal ceppo unico del paziente e il 48% dei pazienti selezionati con infezioni era positivo per una precedente colonizzazione. Questi dati confermano che la colonizzazione da K. pneumoniae è un fattore di rischio significativo per l'infezione in terapia intensiva e indicano che circa il 50% delle infezioni da K. pneumoniae deriva dal microbiota dei pazienti. Lo screening per la colonizzazione al momento del ricovero potrebbe limitare il rischio di infezione nel paziente colonizzato e in altri.
Lo sfruttamento finanziario è associato a differenze strutturali e funzionali del cervello negli anziani sani.I cambiamenti cerebrali legati all'età che portano a un alterato funzionamento socio-emotivo possono aumentare la vulnerabilità a sfruttamento finanziario. Se confermato, ciò suggerirebbe un nuovo meccanismo che porta ad un aumento del rischio di sfruttamento finanziario negli anziani. Lo sviluppo di marcatori neurali predittivi potrebbe facilitare una maggiore vigilanza e prevenzione. In questo studio preliminare, abbiamo cercato di identificare le differenze strutturali e funzionali del cervello associate a sfruttamento finanziario negli anziani Sono stati valutati gli anziani sfruttati finanziariamente (n = 13, 7 femmine) e una coorte abbinata di anziani che erano stati esposti, ma evitati, una situazione di potenziale sfruttamento (n = 13, 7 femmine) Utilizzando la risonanza magnetica, abbiamo esaminato lo spessore corticale e la connettività funzionale dello stato di riposo. I dati comportamentali sono stati raccolti utilizzando lo stand valutazioni cognitive avanzate, misurazioni self-report dell'umore e del funzionamento sociale. Il gruppo sfruttato ha mostrato un assottigliamento corticale nell'insula anteriore e nella corteccia temporale superiore posteriore, regioni associate rispettivamente all'elaborazione delle informazioni affettive e sociali. La connettività funzionale che comprende queste regioni, all'interno delle reti predefinite e di rilievo, è stata ridotta, mentre è stata aumentata la connettività tra le reti. La rabbia e l'ostilità dichiarate erano maggiori per il gruppo sfruttato. Abbiamo osservato lo sfruttamento finanziario associato alle differenze cerebrali nelle regioni coinvolte nel funzionamento socioemotivo. Questi risultati esplorativi e preliminari suggeriscono che le alterazioni nelle regioni del cervello implicate nel funzionamento socioemotivo possono essere un indicatore del rischio di sfruttamento finanziario. Sono necessari studi prospettici su larga scala per convalidare questo meccanismo neurale e sviluppare marcatori predittivi da utilizzare nella pratica clinica.
Valore diagnostico della valutazione della riserva di perfusione miocardica globale basata su misurazioni del flusso del seno coronarico mediante risonanza magnetica cardiovascolare in aggiunta all'imaging di perfusione da stress miocardico.Riserva di perfusione miocardica (MPR) è definito come il massimo aumento possibile del flusso sanguigno miocardico (MBF) al di sopra delle condizioni di base. L'MBF globale può essere misurato in modo non invasivo mediante risonanza magnetica cardiovascolare (CMR) con codifica della velocità del flusso del seno coronarico (VENC). per esplorare la relazione tra MBF/MPR globale e l'estensione e la gravità della malattia coronarica (CAD) in pazienti sottoposti a CMR con stress da adenosina cinquantotto pazienti con sospetta CAD ostruttiva sono stati sottoposti sia a CMR da stress da adenosina che angiografia coronarica invasiva Oltre all'imaging cine-e-gadolinio avanzato (LGE) standard, l'imaging di perfusione miocardica di primo passaggio (MPI) e le misurazioni del flusso del seno coronarico (VENC) sono state eseguiti a riposo e durante il picco di stress (dopo 140 µg/kg/min di adenosina), rispettivamente. Diciannove giovani pazienti con una probabilità pre-test CAD molto bassa e normale CMR da stress da adenosina hanno formato il gruppo di controllo. Il cinquantanove percento (n = 34) del gruppo di studio ha mostrato difetti di perfusione miocardica segmentale, indotti da adenosina rispetto a nessuno del gruppo di controllo (P < 0,001). L'MPR globale era inferiore nel gruppo di studio rispetto al gruppo di controllo: 2,3 (1,5-3,1) rispetto a 3,1 (2,0-4,3), P = 0,016. Il punteggio SYNTAX era più alto nei pazienti del gruppo di studio con MPR alterato (<2) rispetto a quelli con MPR conservato (3,0 contro 16,0, P = 0,01), principalmente a causa della maggiore prevalenza di stenosi epicardiche prossimali (60% contro 27%, P = 0,02) e malattia multivasale (56% contro 24%, P = 0,017). La resa diagnostica della CMR da stress per la diagnosi di CAD (>50% stenosi) è aumentata dal 65 all'88% quando è stata considerata la valutazione MPR globale oltre all'MPI (P = 0.025). I valori globali di MBF e MPR sono correlati all'estensione anatomica e alla complessità della CAD e aumentano la resa diagnostica della CMR da stress non invasiva nel work-up della CAD. Le misurazioni MBF e MPR basate sulla CMR potrebbero svolgere un ruolo futuro nella valutazione del carico ischemico totale, in particolare nei pazienti con malattia multivasale.
Determinazione del livello di affinità antigene-anticorpo O:4 nelle varianti antigene O:5 positive e negative di Salmonella enterica sierotipo Typhimurium.Salmonella enterica sierotipo Typhimurium (S. Typhimurium) ha due varianti sierologiche: una che esprime l'antigene O:5 (1,4,5,12:i:1,2) e una priva dell'antigene O:5 (1,4,12:i: 1,2). Per la sierotipizzazione, S. Typhimurium è agglutinato dal siero dell'antigene O:4 diagnostico. Questo studio è stato condotto per confrontare l'affinità antigene-anticorpo dell'antigene O:4 in S. Typhimurium χ3306 O:5-positivo e S. . Typhimurium χ3306 ceppi O:5-negativi. L'affinità dell'antigene O:4 con il siero dell'antigene O:4 è risultata più forte nei ceppi O:5-negativi rispetto ai ceppi O:5-positivi. Successivamente, abbiamo studiato il affinità antigene-anticorpo dell'antigene O:4 con siero dell'antigene O:4 in ceppi di campo di S. Typhimurium, che ha mostrato la stessa tendenza nell'affinità osservata con ceppi di S. Typhimurium χ3306 O:5-positivi e negativi. udy suggerisce che la presenza o l'assenza dell'antigene O:5 causa differenze nelle reazioni di agglutinazione di O:4 con diversi ceppi di campo di S. Typhimurium.
Neuroimaging e caratteristiche cliniche negli adulti con delezione 22q11.2 a rischio di malattia di Parkinson.La delezione ricorrente 22q11.2 è una genetica fattore di rischio per la malattia di Parkinson ad esordio precoce. Gli adulti con la sindrome da delezione 22q11.2 associata (22q11.2DS) possono presentare fenotipi che potrebbero aiutare a identificare quelli a più alto rischio e rivelare le traiettorie della malattia. Abbiamo studiato le caratteristiche cliniche e di neuroimaging rilevanti per il Parkinson Malattia in 26 adulti: 13 con 22q11.2DS a rischio genetico di malattia di Parkinson (età media = 41,5 anni, deviazione standard = 9,7), 12 controlli di età sana e abbinati al sesso e un paziente 22q11.2DS Il gruppo 22q11.2DS senza Parkinson La malattia ha dimostrato deficit motori e olfattivi significativi rispetto ai controlli. Otto (61,5%) sono stati classificati clinicamente con parkinsonismo. L'ecografia transcranica ha mostrato un'area media significativamente più ampia di ecogenicità della substantia nigra nel gruppo di rischio 22q11.2DS rispetto ai controlli (P = 0,03). Il paziente 22q11.2DS con malattia di Parkinson ha mostrato il pattern previsto di legame 11C-DTBZ striatale gravemente ridotto. Il gruppo 22q11.2DS senza malattia di Parkinson, tuttavia, ha mostrato un legame 11C-DTBZ striatale significativamente elevato rispetto ai controlli (∼33%; P < 0,01). I risultati erano simili all'interno del gruppo 22q11.2DS per quelli con (n = 7) e senza (n = 6) malattia psicotica. Questi risultati suggeriscono che le manifestazioni di parkinsonismo e/o l'evoluzione alla malattia di Parkinson in questa popolazione genetica a rischio possono includere un meccanismo iperdopaminergico. Sono necessari studi longitudinali e modelli animali adeguatamente potenziati per valutare la rilevanza dei fenotipi clinici e di imaging osservati per la malattia di Parkinson e altri disturbi che sono più prevalenti nella 22q11.2DS, come la schizofrenia.
Raggruppamento di consenso basato sull'entropia per la stratificazione dei pazienti.La stratificazione dei pazienti o la sottotipizzazione della malattia è fondamentale per la medicina di precisione e il trattamento personalizzato di malattie complesse. La crescente disponibilità di dati molecolari ad alto rendimento offre una grande opportunità per la stratificazione dei pazienti. Molti metodi di clustering sono stati impiegati per affrontare questo problema in modo puramente basato sui dati. Tuttavia, i metodi esistenti che sfruttano i dati molecolari ad alto rendimento spesso soffrono di varie limitazioni, ad esempio il rumore , eterogeneità dei dati, elevata dimensionalità o scarsa interpretabilità. Qui abbiamo introdotto un metodo ECC (Consensus Clustering) basato sull'entropia che supera tutte insieme queste limitazioni. Il nostro metodo ECC utilizza una funzione di utilità basata sull'entropia per fondere molte partizioni di base in una di consenso che concorda il più possibile con quelli di base. Massimizzare la funzione di utilità in ECC ha un'interpretazione molto più significativa di qualsiasi altra metodi di clustering del consenso. Inoltre, mappiamo esattamente il complesso problema di massimizzazione dell'utilità al classico problema di clustering di K-means, che può quindi essere risolto in modo efficiente con complessità lineare di tempo e spazio. Il nostro metodo ECC può anche integrare naturalmente più tipi di dati molecolari misurati dallo stesso insieme di soggetti e gestire facilmente i valori mancanti senza alcuna imputazione. Abbiamo applicato l'ECC a 110 set di dati sintetici e 48 reali, inclusi 35 set di dati di riferimento sull'espressione genica del cancro e 13 tipi di cancro con quattro tipi di dati molecolari da The Cancer Genome Atlas. Abbiamo scoperto che ECC mostra prestazioni superiori rispetto ai metodi di clustering esistenti. I nostri risultati dimostrano chiaramente il potere dell'ECC nella stratificazione dei pazienti clinicamente rilevante. Il pacchetto Matlab è disponibile su http://scholar. harvard. edu/yyl/ecc. yunfu@ece. neu. edu o yyl@channing. harvard. edu. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatica online.
Coleottero delle foglie dei cereali (Coleoptera: Chrysomelidae) Dispersione regionale e relazione con la densità del supporto di grano.Scarabeo delle foglie dei cereali, Oulema melanopus L. , è un parassita di piccoli grani e la letteratura è in conflitto sul fatto che sia più abbondante in boschi radi o densi di grano. I nostri obiettivi erano di determinare l'impatto della densità del popolamento sull'abbondanza di coleotteri dei cereali e di indagare sulla dispersione regionale dei coleotteri dei cereali nella Carolina del Nord e Virginia. Centoventi campi sono stati campionati nella Carolina del Nord e in Virginia durante il 2011 per la densità del popolamento e per le uova, le larve e gli adulti di coleotteri delle foglie di cereali. Due esperimenti di grano su piccoli appezzamenti sono stati piantati nella Carolina del Nord utilizzando un tasso di semina basso e uno alto Le parcelle principali sono state divise, con una che riceve una singola applicazione di azoto e una che ne riceve 2. La densità delle uova, ma non quella delle larve o degli adulti, è stata positivamente correlata con la densità del popolamento nell'indagine regionale. Inoltre, la regione Tutti i modelli spaziali di aggregazione sono stati notati sia per la densità del popolamento che per il numero di uova. Negli esperimenti su piccoli appezzamenti, la velocità di semina ha influenzato la densità del popolamento, ma non l'applicazione di azoto. In un esperimento, le densità delle uova per unità di superficie erano più alte nel grano più denso, mentre nell'altro esperimento, le densità delle uova per coltivatore erano più basse nel grano più denso. Le larve non sono state influenzate da alcun fattore. Nel complesso, c'erano più uova di coleottero di foglie di cereali in banchi di grano più densi. Precedenti osservazioni secondo cui i boschi radi di grano sono più inclini all'infestazione da coleotteri dei cereali possono essere attribuite al fatto che i boschi più radi hanno un minor numero di colture, il che aumenta il rapporto tra coleotteri e colture rispetto a quelle più dense.
Conteggio dei globuli bianchi e mortalità totale e causa-specifica nell'iniziativa per la salute delle donne.Il conteggio dei globuli bianchi (WBC) sembra prevedere mortalità totale e mortalità per malattia coronarica (CHD), ma non è chiaro fino a che punto l'associazione rifletta fattori confondenti dovuti a fumo, malattie di base o condizioni di comorbidità. Abbiamo utilizzato i dati della Women\'s Health Initiative per esaminare le associazioni di conta leucocitaria con mortalità totale, mortalità per malattie coronariche e mortalità per cancro. La conta leucocitaria è stata misurata al basale in 160.117 donne in postmenopausa e di nuovo nell'anno 3 in 74.375 partecipanti. I partecipanti sono stati seguiti per una media di 16 anni. Sono stati utilizzati modelli di rischio proporzionale di Cox per stimare la mortalità relativa rischi associati ai decili della conta leucocitaria basale e della media della conta leucocitaria al basale + anno 3. Alti decili sia della conta leucocitaria basale che media erano positivamente associati alla mortalità totale e alla mortalità per coronaropatia, mentre associazione con la mortalità per cancro era più debole. L'associazione della conta leucocitaria con la mortalità era indipendente dal fumo e non sembrava essere influenzata dalla precedente storia di malattia. La potenziale utilità clinica di questo comune test di laboratorio nella previsione del rischio di mortalità richiede ulteriori studi.
rMSI: un pacchetto R per la gestione e la visualizzazione dei dati di imaging MS.La piattaforma R fornisce alcuni pacchetti utili per elaborare l'imaging con spettrometria di massa (MSI) dati; tuttavia, nessuno di essi fornisce un'interfaccia utente grafica (GUI) facile da usare. Qui presentiamo rMSI, un pacchetto R per l'analisi dei dati MSI focalizzato sulla fornitura di un modo efficiente per gestire i dati MSI insieme a una GUI integrata nell'ambiente R. I dati MS vengono caricati in un formato personalizzato rMSI ottimizzato per ridurre al minimo l'ingombro della memoria pur mantenendo un rapido accesso agli spettri. La GUI rMSI è progettata per l'esplorazione e la visualizzazione dei dati in modo semplice ed efficace. Inoltre, rMSI è progettato per essere integrato nell'ambiente R attraverso un libreria di funzioni che possono essere utilizzate per condividere i dati MS tra altri pacchetti R. Il rilascio di rMSI per l'ambiente R stabilisce una piattaforma nuova e flessibile per l'analisi dei dati MSI, completamente gratuita e open-source. Il codice, la documentazione, un tutorial e esempio I dati sono disponibili open-source su: github. com/prafols/rMSI. jesus. brezmes@urv. cat. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatica online.
Implicazioni della resistenza agli antibiotici per i pazienti\' Recupero da infezioni comuni nella comunità: una revisione sistematica e una meta-analisi.L'uso di antibiotici è il principale conducente per il trasporto di batteri resistenti agli antibiotici. Esiste la percezione che il fallimento del trattamento antibiotico dovuto alla resistenza agli antibiotici abbia un impatto clinico limitato nella comunità. Abbiamo cercato MEDLINE, EMBASE, PubMed, Cochrane Central Register of Controlled Trials e Web of Science dall'inizio al 15 aprile 2016 senza restrizioni linguistiche. Sono stati inclusi studi condotti in contesti comunitari che riportavano dati a livello di paziente su infezioni confermate in laboratorio (vie respiratorie, vie urinarie, pelle o tessuti molli), resistenza agli antibiotici ed esiti clinici. Il nostro esito primario era fallimento della risposta clinica. Gli esiti secondari erano il riconsulto, ulteriori prescrizioni di antibiotici, la durata e la gravità dei sintomi. Ove possibile, abbiamo calcolato gli odds ratio con h Intervalli di confidenza al 95% eseguendo una meta-analisi utilizzando modelli a effetti casuali. Abbiamo incluso 26 studi (5659 partecipanti). Il fallimento della risposta clinica era significativamente più probabile nei partecipanti con infezioni del tratto urinario da Escherichia coli resistenti agli antibiotici (odds ratio [OR] = 4,19; intervallo di confidenza al 95% [CI] = 3,27-5,37; n = 2432 partecipanti), Streptococcus pneumoniae otite media (OR = 2,51; 95% IC = 1,29-4,88; n = 921 partecipanti) e polmonite acquisita in comunità da S. pneumoniae (OR = 2,15; 95% IC = 1,32-3,51; n = 916 partecipanti). L'eterogeneità clinica ha precluso la meta-analisi dell'esito primario per le infezioni della pelle o dei tessuti molli da Staphylococcus aureus. La resistenza agli antibiotici ha un impatto significativo sul carico di malattia dei pazienti nella comunità. I pazienti con infezioni urinarie e del tratto respiratorio resistenti agli antibiotici confermate in laboratorio hanno maggiori probabilità di subire ritardi nella guarigione clinica dopo il trattamento con antibiotici. Una migliore comprensione del rischio di resistenza agli antibiotici sugli esiti che contano per i pazienti dovrebbe informare discussioni più significative tra operatori sanitari e pazienti sul trattamento antibiotico per le infezioni comuni.
PARTIE: un motore di partizione per separare progetti metagenomici e ampliconi nel Sequence Read Archive.Il Sequence Read Archive (SRA) contiene dati grezzi da molti diversi tipi di progetti di sequenza. A partire dal 2017, l'SRA conteneva circa dieci petabasi di sequenza di DNA (10 16 bp). Le annotazioni dei dati sono fornite dal mittente e l'estrazione dei dati nell'SRA è complicata sia dalla quantità di dati e il dettaglio all'interno di tali annotazioni. Qui introduciamo PARTIE, un motore di partizione ottimizzato per differenziare i dati di lettura della sequenza in set di dati di sequenza metagenomici (casuali) e ampliconi (mirati). Parte sottocampioni legge dal file di sequenziamento e calcola quattro diverse statistiche: k -mer frequency, abbondanza 16S, abbondanza di lettura procariotica e virale. Queste metriche vengono utilizzate per creare un albero decisionale RandomForest per classificare i dati di sequenziamento e PARTIE fornisce meccanismi per la classificazione sia supervisionata che non supervisionata. Dimostriamo l'accuratezza di PARTIE per la classificazione dei dati SRA, discutiamo i probabili tassi di errore nelle annotazioni SRA e introduciamo una risorsa che valuta i dati SRA. Le voci PARTIE e metagenome SRA riclassificate sono disponibili su https://github. com/linsalrob/partie. redwards@mail. sdsu. edu. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatica online.
Il sequenziamento mirato del cromosoma 15q25 ha identificato nuove varianti associate al rischio di cancro ai polmoni e al comportamento del fumo in cinese.Precedenti studi di associazione sull'intero genoma (GWAS) nelle popolazioni di discendenza europea ha identificato un locus di suscettibilità al cancro del polmone a 15q25 che era biologicamente associato alla dipendenza da nicotina. Tuttavia, la frequenza allelica delle varianti di suscettibilità identificate in questa regione variava notevolmente tra le popolazioni europee e asiatiche, suggerendo che il rischio aggiuntivo di polimorfismo a singolo nucleotide (SNPs ) negli asiatici devono essere identificati. Pertanto, abbiamo condotto uno studio di mappatura fine del cromosoma 15q25 utilizzando il risequenziamento mirato di 200 casi di cancro al polmone e 300 controlli di origine cinese. Un'analisi condizionale e congiunta approssimativa dei dati di scoperta ha rivelato due nuovi SNP con effetti indipendenti (rs6495304: OR = 1,79, P = 9,37 × 10-4; e rs74733525: OR = 1,68, P = 8,05 × 10-3) Entrambe le varianti erano comuni negli asiatici ma rari o monomorfici nei bianchi. Questi risultati sono stati ulteriormente supportati dalla convalida in silico, inclusi 8047 casi e 8898 controlli da studi di associazione multietnica del genoma del cancro del polmone (GWAS) (rs6495304: OR = 1.32, P = 1.21 × 10-11; e rs74733525: OR = 1,29, P = 4,29 × 10-4); tuttavia, rs6495304 ha dimostrato effetti significativi solo nei fumatori abituali (P = 0,004 per il test di eterogeneità del fumo). L'analisi della mediazione ha indicato che il comportamento del fumo può mediare l'effetto di rs6495304 sul rischio di cancro ai polmoni. Inoltre, l'analisi dei loci dei tratti quantitativi dell'espressione ha mostrato che l'allele di rischio (A) di rs6495304 era significativamente associato a una minore espressione di mRNA di CHRNA3 (P = 0,029) in 81 campioni di tessuto ipotalamico. Questa scoperta fornisce nuove informazioni sull'associazione tra la suscettibilità al cancro del polmone e il locus 15q25.
La down-regulation dipendente dall'età del canale 4 attivato da nucleotide ciclico attivato dall'iperpolarizzazione causa il deterioramento della funzione del nodo senoatriale canino.L'attività delle cellule pacemaker nel nodo seno-atriale (SAN) è un indicatore del normale ritmo sinusale. Gli studi clinici hanno rivelato che la disfunzione del SAN aumenta progressivamente con l'invecchiamento. In questo studio, abbiamo determinato i cambiamenti nel canale 4 attivato da nucleotide ciclico attivato dall'iperpolarizzazione (HCN4 ) espressione e la relazione tra invecchiamento e disfunzione SAN canina I risultati della determinazione elettrofisiologica cardiaca hanno rivelato che la frequenza cardiaca intrinseca è diminuita da 168 ± 11 battiti min-1 nei cani giovani a 120 ± 9 battiti min-1 negli adulti e a 88 ± 9 battiti min-1 nei canini anziani Il tempo di recupero del nodo del seno (TNS) è aumentato da 412 ± 32 ms nei canini giovani a 620 ± 56 ms negli adulti e a 838 ± 120 ms nei cani anziani. 55 ± 12 ms pollici canini giovani a 117 ± 27 ms negli adulti ea 171 ± 37 ms nei cani anziani. Questi risultati hanno indicato che la funzione SAN si è deteriorata con l'invecchiamento nel cuore del cane. Tuttavia, la colorazione istologica ha dimostrato che la fibrosi non era significativamente aumentata con l'invecchiamento nella SAN canina. La reazione a catena della polimerasi in tempo reale ha indicato che l'espressione dell'mRNA di HCN4 era sottoregolata nel SAN canino anziano. Allo stesso modo, abbiamo anche verificato che l'espressione della proteina HCN4 all'interno della SAN è diminuita con l'invecchiamento tramite colorazione di immunofluorescenza e analisi western blot. Presi insieme, i nostri dati mostrano che il rimodellamento elettrico, correlato alla down-regulation di HCN4, è responsabile dell'incidenza gradualmente maggiore della disfunzione della SAN con l'invecchiamento. I nostri risultati forniscono ulteriori prove per spiegare i meccanismi di deterioramento legato all'età nella SAN.
Trombosi della valvola aortica transcatetere: la relazione tra ispessimento dei lembi ipoattenuato, emodinamica valvolare anormale e ictus.Presenza di ispessimento dei lembi ipoattenuato (HALT) e/o ridotto movimento dei lembi alla tomografia computerizzata multi-detettore (MDCT) è stato proposto come possibile marker per la trombosi della valvola aortica transcatetere precoce, tuttavia, la sua associazione con l'emodinamica valvolare anormale all'ecocardiografia (un altro potenziale marker di trombosi) e gli esiti clinici (ictus) rimangono poco chiari. Il presente studio ha valutato la prevalenza di HALT alla TC MD e l'emodinamica valvolare anormale all'ecocardiografia. Inoltre, è stata valutata l'insorgenza di ictus ischemico e/o attacco ischemico transitorio (TIA). Un totale di 434 sono stati valutati i pazienti (età media 80α 7 anni, 51% maschi) sottoposti a sostituzione della valvola aortica transcatetere (TAVR). L'emodinamica della valvola transcatetere è stata valutata all'ecocardiografia alla dimissione, 6 mesi, e successivamente annualmente (fino a 3 anni post-TAVR). La presenza di HALT e/o ridotto movimento dei lembi è stata valutata su MDCT eseguita 35 giorni [range interquartile 19-210] dopo TAVR in 128 di questi 434 pazienti. La possibile trombosi della valvola TAVR è stata definita dall'ecocardiografia mediante gradiente transvalvolare medio ≥ 20 mmHg e area della valvola aortica (AVA) ≤ 1,1 cm2 o dalla presenza di HALT o riduzione del movimento dei lembi alla TCMD. È stata registrata la comparsa di ictus ischemico/TIA al follow-up. L'HALT e/o la riduzione del movimento dei lembi erano presenti nel 12,5% dei 128 pazienti sottoposti a MDCT ed erano associati a un gradiente transvalvolare medio leggermente più elevato (12,4α 8,0 mmHg vs 9,4α 4,3 mmHg; P = 0,026) e AVA più piccoli (1,49 ± 0,39 cm2 contro 1,78 ± 0,45 cm2, P = 0,017). Solo un paziente con HALT alla TCMD ha rivelato un'emodinamica valvolare anormale all'ecocardiografia. Al follow-up di 3 anni, è stata osservata un'emodinamica valvolare anormale all'ecocardiografia nel 3% dei pazienti. L'HALT alla TCMD e l'emodinamica valvolare anormale all'ecocardiografia non sono stati associati ad un aumento del rischio di ictus ischemico/TIA. Alla MDCT, il 12,5% dei pazienti ha mostrato HALT o ridotto movimento dei lembi, mentre solo uno di questi pazienti aveva un'emodinamica valvolare anormale all'ecocardiografia. Né l'HALT né l'aumento del gradiente transvalvolare sono stati associati a ictus/TIA.
Modelli di Neisseria di infezione e persistenza nel tratto respiratorio superiore.Il genere di batteri Gram-negativi Neisseria comprende specie patogene e commensali che si trovano principalmente nel tratto respiratorio superiore di esseri umani e animali. Lo sviluppo di modelli animali per studiare la patogenesi dei neisseria si è concentrato quasi esclusivamente su due specie che causano malattie nell'uomo. Queste includono Neisseria meningitidis, un commensale obbligato che può causare malattie invasive, e N. gonorrhoeae , l'agente eziologico della gonorrea. Entrambi gli agenti patogeni possono persistere nel tratto respiratorio superiore. Questo articolo fornirà una breve panoramica del genere Neisseria. Verrà discussa l'anatomia del tratto respiratorio superiore e il suo uso come nicchia per i batteri. Successivamente, saranno esaminati gli studi che forniscono informazioni sulla prima fase dell'infezione del tratto respiratorio superiore, vale a dire la colonizzazione. La maggior parte degli studi sull'infezione del tratto respiratorio superiore si sono concentrati su N. meningitidis dei topi di laboratorio. Questa recensione discuterà anche i modelli di persistenza del tratto respiratorio da specie di Neisseria, compresi i commensali, nei topi, nei primati non umani e nei volontari umani. L'articolo include una sezione che discute l'utilità futura dei modelli del tratto respiratorio superiore nell'informare lo sviluppo di terapie antimicrobiche efficaci. Tale conoscenza è necessaria per ridurre al minimo la diffusione della resistenza antimicrobica dai serbatoi respiratori.
I pattern Doppler dell'arteria coronaria sono associati agli esiti clinici dell'operazione di switch post-arterioso per la trasposizione delle grandi arterie.Trasposizione delle grandi arterie (TGA) viene generalmente riparato utilizzando l'operazione di switch arterioso (ASO) che comporta il trasferimento coronarico. L'obiettivo di questo studio prospettico era determinare se specifici pattern Doppler coronarici predicevano intraoperatoriamente eventi avversi precoci del miocardio. I pazienti < 3 mesi con TGA sottoposti a ASO erano eleggibili. Tutti i pazienti (quando fattibile) sono stati sottoposti a eco transesofagea (TEE) intraoperatoria più un'eco epicardico e sono stati sottoposti a ecocardiogramma funzionale pre-operatorio, post-operatorio precoce, pre-dimissione e follow-up. L'endpoint primario era un miocardio composito evento ischemico (qualsiasi tra: alterazioni ST post-operatorie, tachicardia ventricolare, necessità di ossigenazione extracorporea a membrana (ECMO). Le associazioni dei pattern di flusso Doppler coronarico con gli esiti erano modelli d con modelli di regressione logistica. Da maggio 2009 a dicembre 2012 sono stati reclutati 40 pazienti (29 maschi, peso alla nascita 3,29 ± 0,58 kg). n = 32 aveva TEE + epicardico, solo quattro TEE, solo quattro epicardico. Sette (18%) pazienti hanno avuto un evento miocardico avverso (cinque alterazioni ST, due tachicardia ventricolare (una anche ECMO). C'è stato un decesso. n = 3 ha avuto una revisione dell'arteria coronaria (CA) dopo l'intervento e tre hanno avuto re -operazione per cause non CA Con TEE, l'inversione del flusso nell'arteria coronaria sinistra è stata associata all'endpoint composito [Odds Ratio (OR) 31,5, P = 0,004] e per torace aperto > 3 giorni (OR 6,67, P = 0.0537). I modelli di flusso Doppler coronarico erano simili per TEE ed eco epicardico. I parametri del Doppler tissutale hanno mostrato una diminuzione post-operatoria precoce (P < 0.001 per tutte le misure), con recupero completo al follow-up in 31/37 casi. La valutazione intraoperatoria dei modelli di flusso dell'arteria coronaria dovrebbe essere presa in considerazione per i pazienti sottoposti a ASO.
Valutazione del sequenziamento de novo in proteomica: già un'accurata alternativa all'identificazione dei peptidi basata su database?Mentre le identificazioni di peptidi nella spettrometria di massa (MS)-based la proteomica shotgun è per lo più ottenuta utilizzando metodi di ricerca del database, i dati dello spettro ad alta risoluzione dai moderni strumenti MS offrono oggi la prospettiva di migliorare le prestazioni del sequenziamento computazionale de novo dei peptidi. Il principale vantaggio del sequenziamento de novo è che non richiede un database di riferimento per dedurre sequenze peptidiche a lunghezza intera o parziali basate su tag direttamente da spettri sperimentali di spettrometria di massa tandem Sebbene siano stati sviluppati vari algoritmi per il sequenziamento automatizzato de novo, l'accuratezza della previsione delle soluzioni proposte è stata raramente valutata in studi di benchmarking indipendenti. di questo lavoro è fornire una valutazione dettagliata sulle prestazioni di algoritmi di sequenziamento de novo su dati ad alta risoluzione. o questo scopo, abbiamo elaborato quattro set di dati sperimentali acquisiti da diversi tipi di strumenti dalla modalità di frammentazione indotta da collisione e dissociazione collisionale (HCD) ad alta energia utilizzando i pacchetti software Novor, PEAKS e PepNovo. Inoltre, l'accuratezza di questi algoritmi viene testata anche su dati di verità al suolo basati su spettri simulati generati dal software di previsione dell'intensità di picco. Abbiamo scoperto che Novor mostra le migliori prestazioni complessive rispetto a PEAKS e PepNovo per quanto riguarda l'accuratezza delle previsioni corrette del peptide completo, basate su tag e del singolo residuo. Inoltre, lo stesso strumento ha superato il concorrente commerciale PEAKS in termini di accelerazione del tempo di esecuzione di fattori di circa 12-17. Nonostante l'accuratezza di previsione di circa il 35% per sequenze peptidiche complete su set di dati HCD, presi nel loro insieme, gli algoritmi valutati si comportano moderatamente sui dati sperimentali ma mostrano prestazioni significativamente migliori sui dati simulati (accuratezza fino all'84%). Inoltre, descriviamo gli errori di sequenziamento de novo più frequenti e valutiamo l'influenza dei picchi di ioni dei frammenti mancanti e del rumore spettrale sull'accuratezza. Infine, discutiamo del potenziale del sequenziamento de novo per ora essere più ampiamente utilizzato nel campo.
Uniformità e diversità delle proiezioni corticali alle aree precuneate nel macaco: cosa definisce l'area PGm?Segnaliamo le connessioni corticocorticali delle aree sul superficie mesiale della corteccia parietale posteriore del macaco, sulla base di 10 iniezioni di tracciante retrogrado mirate a diverse parti del giro precuneato L'analisi delle connessioni afferenti ha supportato l'esistenza di due aree: PGm (nota anche come 7 m) e area 31. Entrambe le aree hanno ricevuto importanti afferenti dal complesso V6A e dalla suddivisione esterna dell'area 23, ma differivano nella maggior parte degli altri aspetti. L'area 31 mostrava una maggiore enfasi sulle connessioni con le aree premotorie e sensomotorie parietali, mentre la PGm riceveva una proporzione maggiore delle sue afferenze dalle strutture visuomotorie coinvolte cognizione spaziale (compresa la corteccia intraparietale laterale, il lobulo parietale inferiore e le presunte aree visive nella parte ventrale del precuneo). Medialmente, il cingolo anteriore corteccia (area 24) ha come target preferenzialmente l'area 31, mentre le aree retrosplenial hanno come target preferenzialmente PGm. Questi risultati indicano che le precedenti opinioni sulle connessioni di PGm erano basate su iniezioni di traccianti che includevano parti di aree adiacenti (compresa l'area 31) e richiedono una rivalutazione dei limiti di PGm. I nostri risultati sono compatibili con un ruolo primario di PGm nella cognizione visuospaziale (inclusa la navigazione), supportando al contempo un ruolo per l'area 31 nella pianificazione e coordinazione sensomotoria.
Fibrillazione atriale postoperatoria dopo chirurgia cardiaca: una complicanza persistente.La fibrillazione atriale postoperatoria (POAF) è una complicanza comune, costosa e potenzialmente morbosa a seguito di chirurgia cardiaca La POAF si verifica in circa il 35% dei casi di chirurgia cardiaca e ha un picco di incidenza nel secondo giorno postoperatorio. ulteriori 2-5 giorni di ricovero in ospedale. La POAF è stata identificata come un predittore indipendente di numerosi esiti avversi, tra cui un aumento da 2 a 4 volte del rischio di ictus, reintervento per sanguinamento, infezione, insufficienza renale o respiratoria, arresto cardiaco, complicanze, necessità di posizionamento permanente del pacemaker e un aumento di 2 volte della mortalità per tutte le cause a 30 giorni e a 6 mesi. La patogenesi della POAF è compresa in modo incompleto, ma probabilmente coinvolge l'interazione tra i comp fisiologici preesistenti onenti e infiammazioni locali e sistemiche. La POAF è associata a numerosi fattori di rischio tra cui l'età avanzata, condizioni preesistenti che causano il rimodellamento cardiaco e alcune condizioni non cardiovascolari. La gestione clinica della POAF include misure sia profilattiche che terapeutiche, sebbene l'efficacia di molti interventi rimanga in discussione. Questa recensione fornisce un riepilogo completo e aggiornato della patogenesi della POAF, delinea le attuali linee guida cliniche per la profilassi e la gestione della POAF e discute nuove strade per ulteriori indagini.
Età al menarca e rischio di sclerosi multipla: uno studio prospettico di coorte basato sulla coorte di nascita nazionale danese.Pochi studi hanno affrontato la possibile associazione tra età al menarca e alla sclerosi multipla (SM), e i risultati sono contrastanti. Abbiamo studiato questo problema in un ampio studio di coorte prospettico. La coorte dello studio comprendeva 77.330 donne incluse nella coorte di nascita nazionale danese (1996-2002). Le informazioni sull'età del menarca sono state accertato al primo colloquio, avvenuto alla 16a settimana di gravidanza. Le donne per SM sono state seguite dal primo colloquio al 31 dicembre 2011. Le associazioni tra età al menarca e rischio di SM sono state valutate con hazard ratio e intervalli di confidenza 95% utilizzando modelli di regressione dei rischi proporzionali di Cox. Complessivamente, 226 donne hanno sviluppato SM durante un periodo medio di follow-up di 11,7 anni. L'età al menarca tra le donne con SM era generalmente inferiore a quella tra le donne senza SM (Wilcoxon rank-sum tes T; P = 0,002). Abbiamo osservato un'associazione inversa tra età al menarca e rischio di SM. Per ogni aumento di 1 anno dell'età al menarca, il rischio di SM è stato ridotto del 13% (rapporto di rischio = 0,87, intervallo di confidenza al 95%: 0,79, 0,96). L'età precoce al menarca sembra essere associata ad un aumentato rischio di SM. I meccanismi alla base di questa associazione devono ancora essere stabiliti.
Effetti differenziali di precedenti esposizioni all'influenza sulla reattività crociata H3N2 di sieri umani postvaccinati.L'efficacia dei vaccini contro l'influenza stagionale dipende principalmente da quanto bene i ceppi vaccinali rappresentano virus circolanti; ceppi non corrispondenti possono portare a una protezione ridotta. Gli esseri umani hanno storie complesse di esposizione all'influenza che aumentano con l'età, il che può portare a diverse risposte post-vaccinazione alle varianti influenzali emergenti. Recenti studi osservazionali suggeriscono anche che la vaccinazione precedente può influenzare le prestazioni degli attuali vaccini stagionali Per chiarire gli effetti delle pre-esposizioni dell'età e dell'influenza sulla reattività crociata degli anticorpi umani indotti dalla vaccinazione, abbiamo generato mappe antigeniche basate sui titoli di inibizione dell'emoagglutinazione postvaccinazione contro le varianti H3 rappresentative circolanti durante il 2015-2016, 2014-2015 e 2012-2013 stagioni influenzali Mappe antigeniche determinate utilizzando sieri di soggetti 18-64 e ≥65 anni ag e correlavano bene tra loro ma scarsamente con quelli determinati utilizzando sieri di bambini. Le mappe antigeniche derivate da sieri umani post-vaccinazione con preesposizione all'influenza H1 erano anche scarsamente correlate con quelle derivate da sieri senza preesposizione né all'influenza H1 né di tipo B e la correlazione è diminuita considerevolmente nel tempo. Al contrario, le mappe antigeniche derivate da sieri post-vaccinazione umani con solo preesposizione all'influenza di tipo B hanno mostrato costantemente una buona correlazione con quelle derivate da sieri senza preesposizione all'influenza né H1 né di tipo B. I nostri risultati suggeriscono una differenza specifica per età nelle risposte postvaccinali umane. I nostri risultati suggeriscono anche che la precedente esposizione all'influenza H1 o di tipo B può influenzare in modo differenziale la reattività crociata delle risposte anticorpali di inibizione dell'emoagglutinazione H3-indotta dalla vaccinazione e, di conseguenza, potrebbe influenzare l'efficacia del vaccino. Il nostro studio evidenzia la necessità di studiare l'impatto dell'esposizione precedente sulle prestazioni del vaccino antinfluenzale.
Diversità di Calyptratae Sarcosaprophagous (Diptera) sulle spiagge sabbiose esposte a crescenti livelli di urbanizzazione in Brasile.Le spiagge sabbiose sono tra gli ecosistemi più colpiti in tutto il mondo, e gli effetti dell'urbanizzazione sulla biodiversità di questi habitat sono in gran parte sconosciuti, in particolare in Brasile. Abbiamo studiato la composizione e la struttura di assembramenti di insetti sarcosaprofagi (Ditteri: Calliphoridae, Sarcophagidae e Muscidae) su sei spiagge sabbiose esposte a livelli differenziali di impatto nello stato di Pernambuco, Brasile. In totale, sono stati raccolti 20.672 adulti di 40 specie, di cui il 70% erano Calliphoridae. Sarcophagidae aveva la più alta diversità con 26 specie di nove generi. Una forte sovrapposizione nella composizione degli assemblaggi attraverso le sei spiagge è stato osservato, con solo poche specie limitate a un tipo di spiaggia. La carne vola Dexosarcophaga carvalhoi (Lopes), Peckia intermutans (Walker) e Titanogrypa larv icida (Lopes) si è verificata esclusivamente in spiagge a basso impatto antropico. Specie di forte importanza medica e veterinaria come Synthesiomyia nudiseta (Wulp) si sono verificate anche in spiagge a bassa presenza umana. Le specie invasive Chrysomya albiceps (Wiedemann) e Chrysomya megacephala (F. ) (Calliphoridae) erano dominanti in tutte le spiagge, il che espone la vulnerabilità delle spiagge sabbiose alle specie esotiche. I nostri dati implicano che le mosche sarcosaprofaghe possono essere utilizzate come primi indicatori biologici per suggerire l'urbanizzazione negli ambienti costieri.
La promiscuità e l'efficacia della simbiotica legume-rizobium non influiscono sull'invasività delle piante.Si pensa che la capacità di fissare l'azoto atmosferico svolga un ruolo importante nell'invasione successo dei legumi. Le interazioni tra i legumi e i batteri che fissano l'azoto (rizobi) abbracciano un continuum di specializzazione e si pensa che i legumi promiscui abbiano maggiori possibilità di formare simbiosi efficaci in nuove gamme. Utilizzando specie di acacia australiana in Sud Africa, è stato ipotizzato che specie diffuse e altamente invasive saranno più generaliste nelle loro esigenze simbiotiche rizobiali e più efficaci nel fissare l'azoto atmosferico rispetto alle specie localizzate e meno invasive. Per verificare queste ipotesi, sono state esaminate otto acacie localizzate e 11 diffuse utilizzando dati di sequenziamento di nuova generazione per la gene nodulation, nodC , per confrontare l'identità, la ricchezza di specie, la diversità e la somiglianza compositiva dei rizobi associati a t hese acacie. L'analisi degli isotopi stabili è stata utilizzata anche per determinare i livelli di azoto ottenuti dall'atmosfera tramite fissazione simbiotica dell'azoto. Non sono state riscontrate differenze nella ricchezza, diversità e composizione della comunità tra acacie localizzate e diffuse. Allo stesso modo, le acacie diffuse e localizzate non differivano nella loro capacità di fissare l'azoto atmosferico. Tuttavia, per alcune specie per confronto tra siti, sono state trovate differenze significative nelle firme isotopiche δ15N, indicando un'efficacia simbiotica differenziale tra queste specie in località specifiche. Nel complesso, i risultati supportano recenti scoperte secondo cui la diversità rizobiale del nodulo radicale e la composizione della comunità non differiscono tra le acacie che variano nella loro invasività. L'invasività differenziale delle acacie in Sud Africa è probabilmente legata ad attributi come le differenze nella pressione dei propaguli, le ragioni (ad esempio silvicoltura rispetto a quelle ornamentali) e l'estensione delle piantagioni nel paese.
Stima di verosimiglianza marginale di parametri binomiali negativi con applicazioni a dati RNA-seq.I dati RNA-Seq presentano tipicamente grandi varianze, che devono essere opportunamente conto in qualsiasi modello proposto. Per prima cosa esploriamo gli effetti di questa variabilità sullo stimatore di massima verosimiglianza (MLE) del parametro di dispersione della distribuzione binomiale negativa, e proponiamo invece di utilizzare uno stimatore ottenuto tramite la massimizzazione della verosimiglianza marginale in un coniugato Quadro bayesiano Mostriamo, tramite studi di simulazione, che il MLE marginale può controllare meglio questa variazione e produrre uno stimatore più stabile e affidabile. Quindi formuliamo un modello gerarchico bayesiano coniugato e usiamo questo nuovo stimatore per proporre un test di ipotesi bayesiano per rilevare geni differenzialmente espressi nei dati RNA-Seq Usiamo studi numerici per dimostrare che il nostro approccio molto più semplice è competitivo con altre procedure basate su binomiali negativi, un d usiamo un set di dati reali per illustrare l'attuazione e la flessibilità della procedura.
Alta percentuale di Chlamydia trachomatis anorettale e Neisseria gonorrhoeae dopo lo screening urogenitale e anorettale universale di routine nelle donne che visitano la clinica per le infezioni a trasmissione sessuale.Test su indicazione di il sesso anale o i sintomi auto-riferiti viene utilizzato per gestire le infezioni anorettali da Chlamydia trachomatis (clamidia) e Neisseria gonorrhoeae (gonorrea) nelle donne. Poco si sa circa l'impatto di un'altra strategia di test, lo screening anorettale universale di routine rispetto alla prevalenza di clamidia e gonorrea e fattori di rischio A tutte le donne (n = 1012) di età ≥16 anni che hanno frequentato la nostra clinica per le infezioni sessualmente trasmissibili nel 2015 è stato offerto uno screening universale di routine. sintomi), il 72,5% (n = 689) non aveva un'indicazione e l'8,0% (n = 76) aveva informazioni mancanti sull'indicazione. Le analisi di regressione logistica sono state utilizzate per identificare i determinanti ass ociated con clamidia anorettale e gonorrea. Di tutte le donne che hanno visitato la nostra clinica, il 94% (n = 950) ha partecipato allo studio. La positività complessiva alla clamidia/gonorrea anorettale è stata del 13,4% (n = 127)/1,3% (n = 12). Il sesso anale auto-riferito e i sintomi anali erano associati indipendentemente alla gonorrea anorettale (odds ratio [OR], 3,3 [intervallo di confidenza 95% {CI}, 1,01-10,7] e 14,5 [IC 95%, 2,8-75,0], rispettivamente), ma non con la clamidia anorettale. Di tutti i casi di clamidia/gonorrea anorettale, il 72% (n = 92)/33% (n = 4) è stato diagnosticato in donne senza indicazione, di cui il 19% (n = 19)/0% (n = 0) erano solo anorettali. Per le donne con indicazione mancante, questo era del 7% (n = 9)/8% (n = 1) e del 44% (n = 4)/100% (n = 1). Lo screening anorettale nelle donne senza indicazioni è fattibile e altamente accettabile. I test selettivi su indicazione potrebbero essere una strategia di controllo appropriata per la gonorrea anorettale, poiché poche infezioni verrebbero perse. Al contrario, il test selettivo è una strategia di controllo non ottimale per la clamidia anorettale, poiché abbiamo riscontrato un'alta prevalenza nelle donne con e senza indicazione per il test anorettale, insieme a una notevole quantità di infezioni solo anorettali.
Una valutazione delle caratteristiche cliniche della febbre enterica pediatrica: revisione sistematica e meta-analisi dell'insorgenza di malattie stratificate per età.I bambini sopportano un sostanziale percentuale del carico di malattia da febbre enterica nelle aree endemiche. Persistono controversie su quali gruppi di età siano più colpiti, portando a incertezza sulle strategie di intervento ottimali. Abbiamo eseguito una revisione sistematica e una meta-analisi degli studi in Asia e in Africa per confrontare la proporzione relativa di bambini con febbre enterica nelle fasce di età <5 anni, 5-9 anni e 10-14 anni Nel complesso, gli studi condotti in Africa hanno mostrato un'incidenza relativamente minore della malattia nella fascia di età più giovane, mentre in Asia il quadro era più misto con un grado molto ampio di eterogeneità nelle stime. Le caratteristiche cliniche della febbre enterica esaminate qui differiscono tra bambini più piccoli e più grandi e adulti, portando probabilmente a un'ulteriore incertezza sul carico di malattia. evidente dalla nostra revisione che anche i bambini in età prescolare e i neonati contribuiscono in misura significativa al carico di malattia, ma non sono stati adeguatamente presi di mira tramite i programmi di vaccinazione, che si sono concentrati principalmente sulle campagne di vaccinazione nelle scuole.
Aozan: una pipeline di elaborazione dei dati post-sequencing automatizzata.La gestione dei dati e il controllo della qualità dell'output dai sequenziatori Illumina è uno spazio e un tempo su disco -Pertanto, abbiamo sviluppato Aozan per gestire automaticamente il trasferimento dei dati, il demultiplexing, la conversione e il controllo di qualità una volta terminata una corsa. Questo software migliora notevolmente la gestione dei dati di corsa e il monitoraggio delle statistiche di corsa tramite e-mail automatiche e report web HTML. implementato in Java e Python, supportato su sistemi Linux e distribuito sotto licenza GPLv3 su: http://www. outils. genomique. biologie. ens. fr/aozan/ Il codice sorgente di Aozan è disponibile su GitHub: https:// github. com/GenomicParisCentre/aozan. aozan@biologie. ens. fr.
Stenosi aortica grave con calcificazione della valvola aortica bassa: caratteristiche e risultati dopo l'impianto della valvola aortica transcatetere.Calcificazione della valvola aortica alta (AVC) valutata con TC può essere utilizzato per distinguere tra stenosi aortica (SA) grave e non grave. Tuttavia, in alcuni casi ai pazienti con bassa calcificazione viene diagnosticata una SA emodinamicamente grave. La prevalenza, il meccanismo della stenosi valvolare e le implicazioni per l'impianto della valvola aortica transcatetere (TAVI) di bassa AVC severa AS rimane poco chiara. Abbiamo valutato le caratteristiche cliniche ed emodinamiche e l'esito dei pazienti con severa AS e bassa AVC che sono stati sottoposti a TAVI. Novantatre pazienti che avevano un punteggio di calcificazione della valvola aortica TC basso (AVCS) sono stati confrontati con 470 pazienti con alta AVCS. AS grave ad alto gradiente è stata trovata nel 53,8% (50/93) dei pazienti con bassa AVCS rispetto all'86% (404/470) dei pazienti con alta AVCS (P < 0,001). Tasso di successo del dispositivo wa è simile tra i due gruppi. Ci sono stati tassi significativamente più bassi di rigurgito paravalvolare postprocedurale (PVR) nel gruppo AVCS basso (PVR ≥ lieve: 12,9% vs 23,6%; P = 0,03). Nel complesso, ci sono stati solo due casi (0,4%) di embolizzazione valvolare in pazienti con AVCS alto e 1 (1,1%) in pazienti con AVCS basso (P = 0,42). La mortalità a trenta giorni e le complicanze maggiori erano simili tra i gruppi. La TAVI espandibile con palloncino in pazienti con valvola aortica lievemente calcificata non è stata associata ad un aumento del rischio di embolizzazione valvolare o mortalità. Abbiamo dimostrato un elevato successo del dispositivo e tassi inferiori di PVR per questi pazienti. Questi risultati suggeriscono che nei pazienti con evidenza di SA emodinamicamente grave all'ecocardiografia, la presenza di ACVS basso alla TC non dovrebbe precludere la considerazione della TAVI.
EthSEQ: annotazione etnica dai dati di sequenziamento dell'intero esoma.Il sequenziamento dell'intero esoma (WES) è ampiamente utilizzato sia negli studi di genomica traslazionale del cancro che nel contesto della medicina di precisione. La stratificazione dell'etnia individuale è fondamentale per la corretta interpretazione dell'impatto della variazione genomica personale. Abbiamo implementato EthSEQ per fornire annotazioni etniche affidabili e rapide dai dati individuali del sequenziamento dell'intero esoma, convalidato su 1000 Genome Project e dati TCGA (2700 campioni) dimostrando un'elevata precisione e valutando infine le prestazioni computazionali rispetto ad altri strumenti. EthSEQ può essere integrato in qualsiasi pipeline di elaborazione basata su WES e sfrutta le funzionalità multi-core. Pacchetto R disponibile su github. com/aromanel/EthSEQ e repository CRAN. alessandro. romanel@unitn. it o f. demichelis@unitn. it. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatica online.
Una mutazione WARS ricorrente è una nuova causa di neuropatia motoria ereditaria distale autosomica dominante.La neuropatia motoria ereditaria distale è un gruppo eterogeneo di neuropatie ereditarie caratterizzate da debolezza muscolare e atrofia degli arti distali. Anche se almeno 15 geni sono stati implicati nella neuropatia motoria ereditaria distale, le cause genetiche rimangono sfuggenti in molte famiglie. Per identificare un gene causale aggiuntivo per la neuropatia motoria ereditaria distale, abbiamo eseguito il sequenziamento dell'esoma per due individui affetti e due membri non affetti in una famiglia taiwanese con una neuropatia motoria ereditaria distale autosomica dominante in cui erano state escluse mutazioni nei geni comuni implicati nella neuropatia motoria ereditaria distale. Il sequenziamento dell'esoma ha rivelato una mutazione eterozigote, c.770A > G (p. His257Arg ), nel gene citoplasmatico della triptofanil-tRNA sintetasi (TrpRS) (WARS) che co-segrega con la neuropatia della famiglia. WARS in altri 79 pedigree taiwanesi con neuropatie ereditarie e 163 casi indice da famiglie australiane, europee e coreane di neuropatia motoria ereditaria distale hanno identificato la stessa mutazione in un altro pedigree di neuropatia motoria ereditaria distale di Taiwan con ascendenze diverse e un'ulteriore famiglia belga di neuropatia motoria ereditaria distale di origine caucasica. Gli studi sulla trasfezione cellulare hanno dimostrato un effetto dominante-negativo della mutazione p. His257Arg sull'attività di aminoacilazione di TrpRS, che successivamente ha compromesso la sintesi proteica e ridotto la vitalità cellulare. His257Arg TrpRS ha anche inibito la crescita dei neuriti e ha portato alla degenerazione dei neuriti nelle linee cellulari neuronali e nei motoneuroni di ratto. Ulteriori analisi in vitro hanno mostrato che la mutazione WARS potrebbe potenziare le attività angiostatiche di TrpRS migliorando la sua interazione con la caderina endoteliale vascolare. Presi insieme, questi risultati stabiliscono WARS come un gene le cui mutazioni possono causare neuropatia motoria ereditaria distale e alterare le funzioni canoniche e non canoniche di TrpRS.
Adattamento evolutivo rivelato dall'analisi comparativa del genoma di mammut lanosi ed elefanti.Gli studi di genomica comparativa in genere limitano la loro attenzione alle varianti a singolo nucleotide (SNV) e che è stato il caso di precedenti confronti di genomi di mammut lanosi. Abbiamo esteso l'analisi per identificare sistematicamente non solo SNV ma anche varianti strutturali più grandi (SV) e indel e abbiamo trovato più delezioni e duplicazioni specifiche dei mammut che interessano gli esoni o addirittura i geni completi. SV trovata era un'amplificazione della RNasi L (con diversi numeri di copie in diversi genomi di mammut, fino a 9 volte), coinvolta nella difesa antivirale e nella funzione dell'inflammasoma. Questa amplificazione era accompagnata da mutazioni che interessavano diversi domini della proteina tra cui il sito attivo e prodotto diversi set di paraloghi RNasi L in quattro genomi mammut che probabilmente contribuiscono agli adattamenti alle minacce ambientali Oltre all'immunità e alla difesa nse, abbiamo trovato molti altri cambiamenti genetici unici nei mammut lanosi che suggeriscono adattamenti alla vita in condizioni artiche dure, comprese varianti che coinvolgono il metabolismo dei lipidi, i ritmi circadiani e le caratteristiche scheletriche e del corpo. Insieme, queste varianti dipingono un quadro complesso dell'evoluzione delle specie di mammut e possono essere rilevanti negli studi sulla storia della loro popolazione e sull'estinzione.
Biologia di Scolytus piceae (Coleoptera: Curculionidae: Scolytinae) nell'Idaho settentrionale e note sulle caratteristiche anatomiche comparate delle larve.Le foreste del nord Le Montagne Rocciose ospitano nove specie di scolitidi Nearctic conifere del genere Scolytus Geoffroy. Uno di questi, Scolytus piceae Swaine (Coleoptera: Curculionidae), infesta gli abeti rossi in tutto il continente tra cui Picea engelmannii Parry (Pinaceae) in Idaho. Larve mature svernava prima di trasformarsi in adulti, che infestavano nuovi ospiti all'inizio di giugno. Scolytus piceae infestava più comunemente i rami inferiori ombreggiati dell'abete rosso maturo vivo. In sporadici abeti abbattuti dal vento, il coleottero infestava la porzione terminale dei rami in tutta la chioma, mentre un altro Scolytinae , Polygraphus rufipennis (Kirby), infestava la parte basale della corteccia più spessa degli stessi rami. Questa separazione di nicchia derivava dalla differenza di tempo del loro volo di dispersione e dalla capacità di S piceae per colonizzare la corteccia sottile incidendo l'alburno sottostante. Il reclutamento della popolazione di S. piceae era basso nei rami inferiori ombreggiati, in equilibrio con questa risorsa ospite limitata. Le caratteristiche della testa delle larve di S. piceae differivano da quelle riportate in letteratura, inclusa la dentatura della mandibola, il campo antennale e il disegno delle setole sul postlabio.
Atrofia focale del sottocampo ippocampale CA3 a seguito di encefalite limbica con anticorpi complessi VGKC LGI1.La risonanza magnetica ha collegato il complesso del canale del potassio voltaggio-dipendente cronico (VGKC) encefalite limbica mediata da anticorpi con atrofia dell'ippocampo generalizzata. Tuttavia, gli autoanticorpi si legano a specifici sottocampi dell'ippocampo di roditori. Qui, il sottocampo dell'ippocampo umano (subiculum, cornu ammonis 1-3 e giro dentato) bersagli di LGI1 VGKC-complesso trattato con immunomodulazione l'encefalite limbica è stata studiata utilizzando la risonanza magnetica in vivo ad altissima risoluzione (0,39 × 0,39 × 1,0 mm3) 7,0 T [n = 18 pazienti, 17 pazienti (94%) positivi per l'anticorpo LGI1 e un paziente negativo per LGI1/CASPR2 ma positivo per gli anticorpi del complesso VGKC, età media: 64,0 ± 2,55 anni, mediana 4 anni dopo l'insorgenza dell'encefalite limbica; n = 18 controlli]. In primo luogo, la morfometria quantitativa del sottocampo ippocampale indicava una significativa perdita di volume limitato a CA3 bilaterale [F(1,34) = 16.87, P < 0.0001], nonostante il segnale iperintenso evidente in 5 dei 18 pazienti alla presentazione. In secondo luogo, l'intervento precoce e successivo (<3 rispetto a >3 mesi dall'insorgenza dei sintomi) era associato all'atrofia CA3. In terzo luogo, la morfometria voxel per voxel dell'intero cervello non ha rivelato alcuna perdita significativa di materia grigia. In quarto luogo, l'atrofia del sottocampo CA3 è stata associata a una grave amnesia episodica ma non semantica per eventi autobiografici postmorbosi previsti dalla variabilità del volume di CA3. I risultati sollevano importanti domande sui legami con l'istopatologia, sull'impatto dell'atrofia focale osservata su altri meccanismi ricostruttivi ed episodici mediati da CA3 e sul ruolo della potenziale patogenicità mediata da anticorpi come parte della cascata fisiopatologica negli esseri umani.
Costruire mappe di collegamento nell'era della genomica con MapDisto 2.0.La genotipizzazione mediante sequenziamento (GBS) genera set di dati difficili da gestire con gli attuali software di mappatura genetica con interfaccia grafica. I genetisti hanno bisogno di nuovi programmi per computer user-friendly in grado di analizzare i dati GBS su computer desktop. Ciò richiede miglioramenti nell'efficienza di calcolo, sia in termini di velocità che di utilizzo della memoria ad accesso casuale (RAM). MapDisto v.2.0 è un programma per computer di facile utilizzo per la costruzione di mappe di collegamento genetico che include diverse nuove funzionalità principali: (i) gestione di set di dati di genotipizzazione molto grandi come quelli generati da GBS; (ii) importazione diretta e conversione di file Variant Call Format (VCF) ; (iii) rilevamento di linkage, ovvero costruzione di gruppi di linkage in caso di distorsione della segregazione; (iv) imputazione dei dati su file VCF utilizzando un nuovo approccio, chiamato LB-Impute. Le funzionalità da i a iv operano attraverso l'inclusione di nuovi moduli Java che sono noi ed in modo trasparente da MapDisto; (v) Rilevamento QTL tramite una nuova interfaccia grafica R/qtl. Il programma è disponibile gratuitamente su mapdisto. free. fr. mapdisto@gmail. com. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatica online.
Associazioni tra polimorfismi a singolo nucleotide in RYBP e prognosi di carcinoma epatocellulare in una popolazione cinese.Ringl down-regolato e proteina legante YYl (RYBP) è segnalato per essere un predittore indipendente di una prognosi sfavorevole nei pazienti con carcinoma epatocellulare (HCC). Tuttavia, l'associazione genetica dei polimorfismi RYBP con il rischio e la prognosi di HCC non è stata studiata ora. In questo studio, cinque SNP RYBP, rs12956, rs2118593 , rs17009699, rs4676875 e rs4532099, sono stati studiati da uno studio caso-controllo ospedaliero comprendente 1100 casi (pazienti con HCC) e 1100 controlli (pazienti non con HCC) nel Guangxi, in Cina. Tutti questi SNP hanno interagito con fattori di rischio ambientali, come Infezione da HBV, assunzione di alcol e fumo nella patogenesi dell'HCC Rispetto al genotipo CC, i pazienti con genotipo TT di rs12956 avevano un rischio ridotto di HCC (OR = 0,587, 95% CI = 0,403~0,923) e una maggiore sopravvivenza tempo (Co-domi nant, HR = 0,745, 95% CI = 0,594~0,934), mentre quelli con genotipo TT di rs2118593 avevano un aumentato rischio di HCC (OR = 1,538, 95% CI = 1,093~2,735) e un tempo di sopravvivenza ridotto (Co-dominante, HR = 1.447, 95% CI = 1.174~1.782). Nessuna differenza significativa è stata trovata tra gli altri tre polimorfismi RYBP con rischio e prognosi di HCC. Inoltre, abbiamo scoperto che il numero del tumore, la stadiazione del tumore, le metastasi e rs2118593 erano associati alla sopravvivenza globale dei pazienti con HCC mediante analisi di regressione COX multivariata. Il nostro studio suggerisce RYBP SNP, rs2118593 come nuovo predittore di prognosi infausta dei pazienti con HCC.
Attività antivirale, sicurezza e relazioni esposizione-risposta di GSK3532795, un inibitore della maturazione del virus dell'immunodeficienza umana di seconda generazione di tipo 1, somministrato come monoterapia o in combinazione con atazanavir con o senza Ritonavir in uno studio di fase 2a randomizzato, a dosaggio variabile, controllato (AI468002).GSK3532795 è un inibitore della maturazione del virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1) di seconda generazione che prende di mira il bavaglio dell'HIV-1, inibendo la scissione finale della proteasi tra la proteina p24 del capside e la proteina spaziatrice-1, producendo virioni immaturi, non infettivi. Questo è stato uno studio di fase 2a, randomizzato, in più parti. Nella parte A, i soggetti con infezione del sottotipo B hanno ricevuto 5-120 mg di GSK3532795 ( o placebo) una volta al giorno per 10 giorni. Nella parte B, i soggetti con infezione da sottotipo B hanno ricevuto 40 mg o 80 mg di GSK3532795 una volta al giorno con atazanavir (ATV) con o senza (±) ritonavir (RTV) o standard di cura (SOC) ( tenofovir disoproxil fumarato 300 mg, emtricitabina 2 00 mg e ATV/RTV 300 mg/100 mg) per 28 giorni. Nella parte C, i soggetti con infezione da sottotipo C hanno ricevuto 40 mg o 120 mg di GSK3532795 una volta al giorno (o placebo) per 10 giorni. Gli endpoint includevano la variazione dell'RNA dell'HIV-1 dal basale il giorno 11 (parti A/C) o il giorno 29 (parte B). Un declino mediano >1 log10 dell'RNA dell'HIV-1 è stato raggiunto il giorno 11 nelle parti A e C e il giorno 29 nella parte B a dosi GSK3532795 ≥40 mg; i soggetti della parte B che hanno ricevuto GSK3532795 e ATV ± RTV hanno ottenuto riduzioni simili a quelli che hanno ricevuto SOC. La mediana delle diminuzioni massime dell'RNA dell'HIV-1 era simile per i gruppi con dose giornaliera di 40-120 mg, indipendentemente dai polimorfismi Gag al basale. Non ci sono stati decessi, eventi avversi che hanno portato all'interruzione o eventi avversi gravi. GSK3532795 ha dimostrato una potente attività antivirale contro il sottotipo B (monoterapia o con ATV ± RTV) e il sottotipo C ed è stato generalmente ben tollerato, il che ha supportato lo sviluppo continuo di GSK3532795 in soggetti con HIV-1 sottotipo B o sottotipo C. NCT01803074.
Sofosbuvir e Velpatasvir per il trattamento del virus dell'epatite C in pazienti coinfettati con virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1: uno studio in aperto, di fase 3.Un regime sicuro, semplice, efficace e pan-genotipico per il trattamento dell'infezione da virus dell'epatite C (HCV) in pazienti con coinfezione da virus dell'immunodeficienza umana di tipo 1 (HIV-1) rimane un'esigenza medica Abbiamo valutato l'efficacia e la sicurezza della polimerasi NS5B inibitore sofosbuvir e l'inibitore NS5A velpatasvir per HCV in pazienti coinfettati con HIV-1 Questo studio di fase 3, in aperto, a braccio singolo in 17 centri negli Stati Uniti ha arruolato pazienti con HCV di qualsiasi genotipo e coinfezione da HIV-1, inclusi quelli con cirrosi compensata. Tutti i pazienti hanno ricevuto sofosbuvir-velpatasvir una volta al giorno per 12 settimane. L'endpoint primario era la risposta virologica sostenuta 12 settimane dopo il trattamento (SVR12). L'efficacia e la sicurezza sono state valutate in tutti i pazienti che hanno ricevuto almeno 1 dose di trattamento. Di 106 paziente s, 91 (86%) erano uomini, 48 (45%) erano neri e 19 (18%) avevano la cirrosi. SVR12 è stata raggiunta da 101 pazienti su 106 (95% [intervallo di confidenza 95% {CI}, 89% -99%]): 74 su 78 (95% [IC 95%, 87% -99%]) con genotipo 1; tutti gli 11 (100% [IC 95%, 72%-100%]) con genotipo 2; 11 su 12 (92% [IC 95%, 62%-100%]) con genotipo 3; e tutti e 5 (100% [IC 95%, 48%-100%]) con genotipo 4. Tutti i 19 pazienti con cirrosi avevano SVR12. Due pazienti hanno avuto una recidiva, 2 sono stati persi al follow-up e 1 ha ritirato il consenso. Due hanno interrotto il trattamento a causa di eventi avversi e 2 hanno avuto eventi avversi gravi. Gli eventi avversi più comuni sono stati affaticamento (25%), cefalea (13%), infezione del tratto respiratorio superiore (8%) e artralgia (8%). Sofosbuvir-velpatasvir per 12 settimane è risultato sicuro e ha fornito alti tassi di SVR12 in pazienti con coinfezione da HCV e HIV-1. NCT02480712.
Effetti della cognizione, della funzione e dei sintomi comportamentali e psicologici sulle spese dell'assistenza sanitaria e sull'utilizzo dell'assistenza sanitaria per le persone con demenza.Caratteristiche cliniche della demenza (cognizione , funzione e sintomi comportamentali/psicologici [BPSD]) possono influenzare in modo differenziale le spese Medicare/l'utilizzo dell'assistenza sanitaria Abbiamo collegato i dati trasversali dello studio sull'invecchiamento, i dati demografici e la memoria ai dati di Medicare per valutare l'associazione tra le caratteristiche cliniche della demenza tra quelle con demenza e spese Medicare/utilizzo dell'assistenza sanitaria (n = 234). La cognizione è stata valutata utilizzando il Mini-Mental State Examination (MMSE). La funzione è stata valutata come il numero di limitazioni funzionali (0-10). La BPSD è stata valutata come il numero di sintomi (0-12) La spesa è stata stimata con un modello lineare generalizzato (log-link e distribuzione gamma) Numero di ricoveri, visite ambulatoriali istituzionali e visite mediche sono state stimate ted con una regressione binomiale negativa. Le giornate di assistenza infermieristica qualificata coperte da Medicare sono state stimate con un modello binomiale negativo gonfiato zero. Cognizione e BPSD non erano associati alle spese. Tra gli individui con meno di sette limitazioni funzionali, un'ulteriore limitazione è stata associata a una spesa Medicare mensile aggiuntiva di $ 123 (intervallo di confidenza 95%: $ 19- $227). Una migliore cognizione e una funzione più scadente sono state associate a più ricoveri tra quelli con un MMSE inferiore a tre e meno di sei limitazioni funzionali, rispettivamente. BPSD non ha avuto alcun effetto sui ricoveri. Una funzione più scadente e un minor numero di BPSD erano associati a un'assistenza infermieristica più qualificata tra gli individui con da uno a sette limitazioni funzionali e più di quattro sintomi, rispettivamente. La cognizione non ha avuto alcun effetto sull'assistenza infermieristica qualificata. Nessuna caratteristica clinica è stata associata all'assistenza ambulatoriale istituzionale. Di individui con un MMSE inferiore a 15, la cognizione più scarsa era associata a un minor numero di visite mediche. Tra quelli con più di sei limitazioni funzionali, una funzione più scadente era associata a un minor numero di visite mediche. Una funzione più scadente, non cognitiva o BPSD, era associata a maggiori spese Medicare.
L'effetto del peso alla nascita sul rendimento scolastico: analisi delle variabili strumentali.Da un punto di vista osservazionale, un peso alla nascita inferiore è solitamente associato a un rendimento scolastico inferiore; se questa associazione è causale o il risultato del confondimento è sconosciuto. Per indagare su questa domanda, abbiamo ottenuto una stima dell'effetto, che può avere un'interpretazione causale sotto specifiche ipotesi, del peso alla nascita sul livello di istruzione utilizzando l'analisi delle variabili strumentali basata su polimorfismi a singolo nucleotide che determinano il peso alla nascita combinato con i risultati dello studio Social Science Genetic Association Consortium su 126.559 caucasici. In modo simile abbiamo ottenuto una stima dell'effetto del peso alla nascita sul rendimento scolastico in 4.067 adolescenti della coorte di nascita dei bambini di Hong Kong\' (cinese) del 1997 (1997-2016), utilizzando lo status di gemello come variabile strumentale Il peso alla nascita non era associato agli anni di scolarizzazione (per 100 g di aumento del peso alla nascita, -0. 006 anni, intervallo di confidenza al 95% (CI): -0,02, 0,01) o completamento del college (odds ratio = 1.00, IC al 95%: 0,96, 1,03). Anche il peso alla nascita non era correlato al rendimento scolastico negli adolescenti (per aumento di 100 g del peso alla nascita, grado -0,004, IC 95%: -0,04, 0,04) utilizzando l'analisi delle variabili strumentali, sebbene la regressione convenzionale fornisse una piccola associazione positiva (grado 0,02 superiore , IC 95%: 0,01, 0,03). Le associazioni osservate del peso alla nascita con il rendimento scolastico potrebbero non essere causali, suggerendo che gli interventi dovrebbero concentrarsi sui fattori contestuali che generano questa correlazione.
Pentatomidae (Hemiptera: Heteroptera) negli strati erbacei e arbustivi dei resti della foresta atlantica nel Brasile nordorientale.La maggior parte dei pentatomidi sono fitofagi, molti dei quali sono economicamente importanti parassiti delle colture. La famiglia può anche essere un gruppo potenzialmente importante per monitorare la salute delle foreste neotropicali. Tuttavia, mancano inventari biologici di Pentatomidae, specialmente nei resti forestali della foresta atlantica brasiliana. Questa è la prima indagine sistematica di pentatomidi segnalati in tre frammenti di foresta atlantica nel nord-est del Brasile. In totale, sono stati registrati 997 individui appartenenti a 38 specie, alcuni dei quali sono considerati parassiti economicamente importanti. Singleton e doubleton rappresentavano il 45,9% di tutte le specie raccolte. I generi più abbondanti erano Mormidea Amyot \& Serville, 1843; Stictochilus Bergroth, 1918; Xynocoris Garbelotto \& Campos 2014; e Edessa F. , 1803. La ricchezza delle specie differiva tra i frammenti, con un gradiente di ricchezza correlato alla diminuzione dell'urbanizzazione e all'aumento delle dimensioni dei frammenti. La distribuzione dell'abbondanza delle specie corrispondeva alla funzione di logseries ma non a quella lognormale, in accordo con quanto riscontrato per altri assemblaggi nel sud del Brasile. Anche la composizione delle specie è cambiata, in associazione con le variazioni di temperatura (rivelate dall'analisi della corrispondenza canonica [CCA]), tra i frammenti. Murici è una delle ultime fitte foreste rimaste con un'elevata diversità vegetale nella regione, con una maggiore ricchezza di specie di pentatomidi e una fauna distintiva. Questo primo studio sulla diversità per i Pentatomidae in frammenti della foresta atlantica tropicale nel nord-est del Brasile rivela una ricchezza paragonabile a quella del Brasile meridionale subtropicale, con alcune specie in comune.
Consumo di prodotti lattiero-caseari e tutte le cause, malattie cardiovascolari e mortalità per cancro: lo studio di coorte di Golestan.Abbiamo studiato l'associazione tra consumo di prodotti lattiero-caseari e per tutte le cause, malattie cardiovascolari (CVD) e mortalità per cancro nel Golestan Cohort Study, uno studio prospettico di coorte lanciato nel gennaio 2004 nella provincia di Golestan, nel nord-est dell'Iran. Un totale di 42.403 uomini e donne hanno partecipato allo studio e hanno completato un questionario sulla dieta al momento dell'arruolamento. Per stimare gli hazard ratio e gli intervalli di confidenza al 95% sono stati utilizzati modelli di rischio proporzionale di Cox. Abbiamo documentato 3.291 decessi (1.467 per CVD e 859 per cancro) durante 11 anni di follow-up (2004-2015). Il più alto quintile del totale il consumo di prodotti lattiero-caseari (rispetto al più basso) è stato associato a un rischio di mortalità per tutte le cause inferiore del 19% (hazard ratio (HR) = 0,81, intervallo di confidenza (IC): 0,72, 0,91; Ptrend = 0,006) e inferiore del 28% Rischio di mortalità cardiovascolare (HR = 0,72, IC 95%: 0. 60, 0,86; Tendenza = 0,005). L'elevato consumo di latticini a basso contenuto di grassi era associato a un minor rischio di tutte le cause (HR = 0,83, 95% CI: 0,73, 0,94; Ptrend = 0,002) e CVD (HR = 0,74, 95% CI: 0,61, 0,89; Ptrend = 0,001) mortalità. Abbiamo notato l'11% in meno di mortalità per tutte le cause e il 16% in meno di mortalità per malattie cardiovascolari con un'elevata assunzione di yogurt. L'assunzione di formaggio è stata associata a una mortalità per tutte le cause inferiore del 16% e a un rischio di mortalità cardiovascolare inferiore del 26%. Una maggiore assunzione di latticini e latte ad alto contenuto di grassi non è stata associata a mortalità per tutte le cause o CVD. Né l'assunzione di singoli prodotti lattiero-caseari né l'assunzione di prodotti lattiero-caseari totali erano significativamente associati alla mortalità complessiva per cancro. L'elevato consumo di latticini, in particolare yogurt e formaggio, può ridurre il rischio di mortalità generale e cardiovascolare.
Ruolo protettivo e relativo meccanismo di Gnaq nelle cellule neurali danneggiate dallo stress ossidativo.Gnaq è un membro della famiglia delle proteine G ed è ricco di tessuto cerebrale. Ha attirato l'attenzione di molti ricercatori nel melanoma a causa del suo alto rapporto di mutazione. In precedenza abbiamo riportato che il livello di espressione di Gnaq nella corteccia del proencefalo di topo era significativamente diminuito con l'età. Lo stress ossidativo (OS) è la causa principale che porta all'invecchiamento cerebrale e alle malattie correlate. I ruoli e i meccanismi di Gnaq nell'antiossidazione nel cervello non sono stati completamente esplorati. Nel presente studio, la tecnica di ricombinazione genica e la tecnica di trasfezione del lentivirus sono state utilizzate per generare un modello cellulare con sovraespressione di Gnaq (Gnaq-SY5Y ) accoppiato con H2O2 per costruire un modello OS Sono stati confrontati la vitalità delle cellule, la concentrazione di specie reattive dell'ossigeno (ROS), le proteine correlate all'apoptosi (Bcl-2 e Bax) e le vie di segnale (NF-κB e Erk1/2) tra celle modello e controllo c elli. I risultati hanno mostrato che la capacità antiossidante delle cellule Gnaq-SY5Y era significativamente migliorata. Contemporaneamente, il livello di ROS nelle cellule Gnaq-SY5Y era significativamente diminuito indipendentemente dal fatto che le cellule fossero soggette o meno al trattamento con H2O2. La proteina anti-apoptotica Bcl-2 era up-regolata e la proteina Bax che promuoveva l'apoptosi era down-regolata nelle cellule Gnaq-SY5Y dopo il trattamento con H2O2. NF-κB e Erk1/2 fosforilato (p-Erk1/2) erano significativamente down-regolati nelle cellule Gnaq-SY5Y. Il trattamento con H2O2 ha diminuito l'espressione di Gnaq ma ha aumentato le espressioni di NF-κB e p-Erk1/2 nelle cellule Gnaq-SY5Y. Si conclude quindi che Gnaq svolge un ruolo fondamentale nell'antiossidazione nelle cellule neurali. Un possibile meccanismo per questo sarebbe che il Gnaq sovraespresso inibisce l'effetto dannoso cellulare mediato dalle vie del segnale NF-κB e Erk1/2.
Pronostico Bloodstream infezione dovuta al resistente alla vancomicina Enterococcus nei pazienti sottoposti a leucemia induzione o staminali ematopoietiche-Cell Transplantation.", Infezione del sistema circolatorio (BSI) a causa resistente alla vancomicina Enterococcus (VRE) è una complicazione importante di malignità ematologiche. Determinare quando utilizzare empirica contro VRE-terapia antibiotica in questa popolazione rimane una sfida clinica. una coorte singolo centro che rappresenta 664 ricoveri per induzione o trapianto di cellule staminali ematopoietiche ( HSCT) 2006-2014 è stato selezionato. Abbiamo ricavato un punteggio previsione utilizzando i fattori di rischio per VRE BSI e valutato il modello \ 's prestazioni predittiva calcolando per ciascuno dei 16232 BSI a rischio giorni di degenza. VRE BSI incidenza è stata del 6,5% dei ricoveri. (2,7 VRE BSI per 1000 giorni BSI a rischio) rettificato mortalità a 1 anno e durata erano significativamente maggiore nei pazienti con VRE VRE BSI colonizzazione (odds ratio [aOR] \ = 8.4. ; 95% intervallo di confidenza [CI] \ = 3,4-20,6; P <, 0001), insufficienza renale (aOR \ = 2,4; 95% CI \ = 1,0-5,8; P \ = .046), uso amminoglicosidi (aOR \ = 4,7; 95% CI \ = 2,2-9,8; P < .0001), e l'uso di antibiotici antianaerobic (aOR \ = 2,8; 95% CI \ = 1,3-5,8; P \ = .007) correlata più strettamente con VRE BSI. Un modello di previsione con prestazioni ottimali incluso questi fattori inclusa disturbi gastrointestinali, neutropenia grave, e prima beta-lattamici uso di antibiotici. Il punteggio pazienti efficacemente rischio stratificata (area sotto la curva di funzionamento ricevitore \ = 0,84; 95% CI \ = 0,79-0,89). A una soglia di ≥ 5 punti, al giorno probabilità di VRE BSI è stato aumentato quasi 4 volte. Questo romanzo punteggio metodo si basa su fattori di rischio che riflettono un modello fisiopatologico plausibile per VRE BSI in pazienti con neoplasie ematologiche. L'integrazione di VRE stato di colonizzazione con fattori di rischio per lo sviluppo di BSI è un metodo promettente di guidare l'uso razionale della terapia antimicrobica empirica anti-VRE in pazienti con neoplasie ematologiche. La convalida di questo romanzo punteggio predittivo è necessario per confermare utilità clinica.
Fattori di rischio ed esiti dell'infezione da citomegalovirus resistente al Ganciclovir nei riceventi di trapianto di organi solidi.Il citomegalovirus (CMV) resistente al Ganciclovir (ganR) è un emergente e importante problema nei riceventi di trapianto di organo solido (SOT). Solo attraverso il confronto diretto dell'infezione da CMV ganR- e ganciclovir-sensibile (ganS) possono essere determinati in modo appropriato i fattori di rischio e gli esiti attribuibili specificamente alla resistenza al ganciclovir. Abbiamo eseguito un caso-controllo retrospettivo (1:3) studio di riceventi SOT con ganR-CMV genotipicamente confermato (n = 37) e infezione da ganS-CMV (n = 109), abbinato a sierostato CMV donatore/ricevente, anno e organo trapiantato e manifestazione clinica. Abbiamo utilizzato i test χ2 (categoriale) e Mann-Whitney (continuo) per determinare i fattori predisponenti e la morbilità attribuibili alla resistenza e i grafici di Kaplan-Meier per analizzare le differenze di sopravvivenza. Il tasso di ganR-CMV era dell'1% (37/3467) in generale e 4,1% (3 2/777) tra i pazienti CMV donatore-positivo, ricevente-negativo, ed è rimasto stabile durante il periodo di studio. GanR-CMV è stato associato ad una maggiore esposizione precedente al ganciclovir (mediana, 153 vs 91 giorni, P < .001). Il diciotto percento (3/17) dei riceventi di trapianto di polmone con ganR-CMV aveva ricevuto <6 settimane di precedenti ganciclovir (soglia di test di resistenza raccomandata dalle linee guida attuali) e tutti i riceventi non di polmone avevano ricevuto ≥90 giorni (mediana, 160 [intervallo , 90-284 giorni]) prima della diagnosi di ganR-CMV. GanR-CMV è stato associato a una maggiore mortalità (11% vs 1%, P = .004), meno giorni di vita e non ospedalizzati (73 vs 81, P = .039) e ridotta funzionalità renale (42% vs 19%, P = .008) entro 3 mesi dalla diagnosi. GanR-CMV è associato a una durata antivirale precedente più lunga e a una maggiore morbilità e mortalità attribuibili rispetto a ganS-CMV. Le prossime linee guida CMV riviste dovrebbero includere soglie specifiche per il trapianto di organi di precedente esposizione al farmaco per guidare il test razionale del ganR-CMV nei riceventi SOT. Sono necessarie strategie migliorate per la prevenzione e il trattamento del ganR-CMV.
Correlazioni tra righe e colonne: evitare l'errore ecologico negli studi sull'espressione di RNA/proteine.I ricercatori biomedici sono spesso interessati a calcolare la correlazione tra RNA e proteine abbondanza. Tuttavia, le correlazioni possono essere calcolate tra righe di una matrice di dati o tra colonne e i risultati non sono gli stessi. La convinzione che questi due tipi di correlazione stiano stimando lo stesso fenomeno è un caso speciale di un errore logico ben noto chiamato fallacia ecologica. In questo articolo, esaminiamo i diversi usi della correlazione trovati in letteratura, spieghiamo le differenze tra le correlazioni di riga e colonna e sosteniamo che uno di essi ha un'interpretazione indesiderabile nella maggior parte delle applicazioni. Attraverso studi di simulazione e derivazioni teoriche, abbiamo mostrano che il coefficiente di Pearson comunemente usato, calcolato da proteine e dati di trascrizione da un singolo campione, è solo vagamente correlato alla correlazione biologica che la maggior parte r i ricercatori saranno interessati a studiare. Oltre alla nostra esplorazione di base dell'errore ecologico, esaminiamo come le correlazioni sono influenzate dai dati di proteomica di quantificazione relativa e dalle procedure di normalizzazione comuni, scoprendo che la doppia normalizzazione è in grado di mascherare completamente le vere relazioni di correlazione. Concludiamo con le linee guida per identificare e calcolare correttamente coefficienti di correlazione coerenti.
GenomeScope: profilazione rapida del genoma senza riferimenti da brevi letture.GenomeScope è uno strumento web open source per stimare rapidamente le caratteristiche complessive di un genoma , comprese le dimensioni del genoma, il tasso di eterozigosi e il contenuto ripetuto di brevi letture non elaborate. Queste caratteristiche sono essenziali per studiare l'evoluzione del genoma e aiutano a scegliere i parametri per l'analisi a valle. Dimostriamo la sua accuratezza su 324 set di dati simulati e 16 reali con un'ampia gamma nel genoma dimensioni, livelli di eterozigosi e tassi di errore. http://genomescope. org , https://github. com/schatzlab/genomescope. git. mschatz@jhu. edu. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatics online.
La mortalità nel virus dell'immunodeficienza umana grave-tubercolosi è associata all'attivazione immunitaria innata e alla disfunzione dei monociti.Tassi di mortalità tra i pazienti ospedalizzati con diagnosi di virus dell'immunodeficienza umana La tubercolosi associata all'HIV rimane alta e la micobatteriemia da tubercolosi è comune. Il nostro obiettivo era definire la natura delle risposte immunitarie innate associate alla mortalità a 12 settimane in questa popolazione. Questo studio di coorte prospettico è stato condotto presso il Khayelitsha Hospital, Cape Town, South Africa. Sono stati inclusi pazienti ospedalizzati affetti da tubercolosi con infezione da HIV con conta CD4 <350 cellule/µl; in tutti sono state eseguite emocolture per tubercolosi. Pazienti ambulatoriali con infezione da HIV senza tubercolosi attiva sono stati reclutati come controlli. Il sangue intero è stato stimolato con lipopolisaccaride derivato da Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae ucciso dal calore e Mycobacterium tuberculosis Biomarcatori di infiammazione e sepsi, intracellulari (f bassa citometria) e le citochine secrete (Luminex), sono state valutate per le associazioni con la mortalità a 12 settimane utilizzando modelli di rischio proporzionale di Cox. In secondo luogo, abbiamo studiato le associazioni di questi marcatori immunitari con la micobatteriemia della tubercolosi. Sessanta pazienti sono stati inclusi (conta CD4 mediana 53 cellule/µl (intervallo interquartile [IQR], 22-132); 16 (27%) sono deceduti dopo una mediana di 12 (IQR, 0-24) giorni. Trentuno (52%) ) è cresciuto M. tuberculosis su emocoltura. La mortalità è stata associata a concentrazioni più elevate di procalcitonina, attivazione del sistema immunitario innato (% di monociti CD16+CD14+, interleuchina-6, fattore di necrosi tumorale-ɑ e fattore stimolante le colonie 3) e antinfiammatorio marcatori (aumento dell'antagonista del recettore dell'interleuchina-1 e minore risposta dei monociti e dei neutrofili agli stimoli batterici). La micobatteriemia da tubercolosi non è stata associata alla mortalità, né ai biomarcatori di sepsi. La mortalità a dodici settimane è stata associata a maggiori alterazioni pro- e antinfiammatorie del sistema immunitario innato sistema, simili a quelli riportati nella sepsi batterica grave.
L'associazione tra durata del sonno estremo e controllo dell'autonomia cardiaca negli anziani residenti in comunità: The Yilan Study, Taiwan.Gli obiettivi del presente studio erano per determinare le associazioni e le relazioni sesso-specifiche tra la durata estrema del sonno e il controllo autonomico cardiaco in una coorte di individui più anziani. Un sondaggio basato sulla comunità è stato condotto nella città di Yilan, Taiwan. Gli anziani residenti in comunità di età ≥65 sono stati selezionati casualmente per La durata del sonno estremo è stata definita come sonno breve (≤5 ore) o lungo (≥8 ore). Il controllo autonomico cardiaco è stato valutato utilizzando i parametri dell'analisi nel dominio della frequenza della variabilità della frequenza cardiaca. Di 1.721 partecipanti, il 58,7% era femmina. Nelle analisi di regressione logistica multipla, la durata del sonno breve non era correlata con nessuno dei parametri non salutari della variabilità della frequenza cardiaca. Al contrario, la durata del sonno lunga era associata a un rischio elevato di scarsa frequenza cardiaca. valori di incidenza (odds ratio [OR]: 1,83, intervallo di confidenza al 95% [CI]: 1,34-2,50) e i valori sfavorevoli a bassa frequenza (OR: 1,44, IC al 95%: 1,05-1,97). Quando stratificate per sesso, le associazioni tra durata estrema del sonno e scarsa variabilità della frequenza cardiaca erano più robuste nei maschi. Uno scarso controllo autonomico cardiaco può essere alla base del legame tra la durata estrema del sonno e gli esiti avversi sulla salute negli anziani. È stata trovata anche una relazione sesso-specifica tra la scarsa funzione autonomica cardiaca e l'estrema durata del sonno.
Contributo dei test sierologici nella valutazione dei tassi di infezione da virus influenzale e dell'efficacia del vaccino nelle donne in gravidanza: rapporto da studi randomizzati controllati.L'utilità del sierologico Il test per valutare l'efficacia del vaccino contro l'influenza stagionale inattivata (IIV) è controverso Abbiamo mirato a valutare l'efficacia dell'IIV contro l'infezione influenzale diagnosticata sierologicamente (SDI) e la malattia influenzale confermata dalla reazione a catena della polimerasi a trascrizione inversa (PCR-CI) nelle donne vaccinati durante la gravidanza. Abbiamo intrapreso un'analisi post hoc di 2 studi clinici randomizzati che valutano l'efficacia dell'IIV tra donne in gravidanza non infette da virus dell'immunodeficienza umana (HIV) e con infezione da HIV. L'SDI è stato definito come un aumento ≥4 volte dei titoli di inibizione degli anticorpi dell'emoagglutinina appaiati da 1 mese dopo la vaccinazione fino alla fine dello studio La PCR-CI è stata definita come evidenza diagnostica molecolare del virus dell'influenza in campioni faringei raccolti durante c malattia lineare. Tra i destinatari del placebo, la rispettiva incidenza di PCR-CI e SDI è stata del 5,6% e 35,0% nelle donne non infette da HIV e del 20,5% e 43,6% tra le donne con infezione da HIV. L'efficacia del vaccino nelle donne non infette da HIV era simile per PCR-CI (66,9%; intervallo di confidenza al 95% [CI], da -20,1% a 90,9%) e SDI (59,2%; 95% CI, 37,0%-73,5%); tuttavia, un numero inferiore di donne ha richiesto la vaccinazione per prevenire 1 episodio di SDI (5; 95% CI, 3-9) rispetto alla PCR-CI (27; 95% CI, 12-∞). Inoltre, l'efficacia del vaccino era simile per PCR-CI (61,2%; 95% CI, 10,7%-83,2%) e SDI (60,9%; 95% CI, 33,9%-76,9%) nelle donne con infezione da HIV, con 2 volte meno donne che necessitano di essere vaccinate per prevenire la SDI (4; 95% CI, 3-8) rispetto alla PCR-CI (8; 95% CI, 4-52). Sebbene l'efficacia del vaccino fosse simile quando misurata per PCR-CI o SDI, la vaccinazione IIV ha impedito un numero maggiore di SDI rispetto a PCR-CI; la rilevanza clinica del primo garantisce l'interrogatorio. Clinical Trials Registration. NCT01306669 e NCT01306682.
Rischio di malattia coronarica acuta dopo il ricovero per sepsi nella coorte dei motivi delle differenze geografiche e razziali nell'ictus (REGARDS).La sepsi è associata a lungo - conseguenze sulla salute a lungo termine. Abbiamo cercato di determinare i rischi a lungo termine di eventi di malattia coronarica acuta e fatale (CHD) dopo i ricoveri per sepsi tra gli adulti residenti in comunità. Abbiamo analizzato i dati di 30329 partecipanti ai motivi basati sulla popolazione per motivi geografici e razziali Differenze nella coorte di ictus (REGARDS). Gli eventi di sepsi includevano ricoveri per un'infezione grave con ≥2 criteri di sindrome da risposta infiammatoria sistemica. Gli eventi di CHD acuti includevano infarti del miocardio (IM; non fatali e fatali) e decessi acuti per CHD. CHD fatali includevano decessi ≤ 28 giorni di un infarto miocardico acuto e decessi per coronaropatia acuta. Abbiamo abbinato per età e tempo ogni partecipante con sepsi con 5 partecipanti senza sepsi. Abbiamo valutato le associazioni tra ricoveri per sepsi e futuri acuti e fa eventi CHD tal utilizzando la regressione di Cox, il modello Gray\'s e l'analisi dei rischi concorrenti, aggiustando per le comorbilità. La coorte abbinata conteneva 1070 partecipanti con sepsi e 5350 senza sepsi. Il rischio di malattia coronarica acuta era più alto per la sepsi rispetto ai controlli non sepsi dopo aggiustamento per sesso, razza, istruzione, reddito, regione, uso di tabacco e condizioni mediche croniche selezionate (rapporto di rischio aggiustato 0-1 anno [HR], 4,38 [intervallo di confidenza 95% (CI), 2,03-9,45]; 1-4 anni, 1,78 [1,09-2,88]; e 4+ anni, 1,18 [0,52-2,67]). Il rischio di CHD fatale era similmente più alto per i soggetti con sepsi rispetto ai soggetti non sepsi (HR aggiustato 0-1 anno, 3,12 [IC 95%, 1,35-7,23]; 1-4 anni, 3,29 [1,89-5,74]; e HR 4+ anni, 1,15 [0,34-3,94]). I rischi a lungo termine di CHD acuta e fatale sono elevati dopo il ricovero per sepsi. La gestione del rischio acuto di malattia coronarica può essere importante per le persone che sopravvivono a un evento di sepsi.
Genomica funzionale degli apocarotenoidi nello zafferano: approfondimenti dalla chimica, dalla biologia molecolare e dalle applicazioni terapeutiche.Lo zafferano è considerato la spezia più costosa del mondo. È stata considerata una pianta medicinale molto apprezzata in Ayurveda per il trattamento di vari disturbi. Negli ultimi anni, si è sviluppato un notevole interesse per lo zafferano a causa delle sue proprietà antitumorali, antimutagene, antiossidanti e immunomodulatorie. Il colore dello zafferano, il sapore amaro e l'aroma sono le sue tre caratteristiche principali e peculiari, che sono conferite da tre sostanze chimiche e cioè: crocina, picrocrocina e safranale, rispettivamente. La presente recensione si concentra su recenti ricerche/progressi compiuti nello zafferano nell'area della genomica funzionale e mette in evidenza il potenziale di diversi geni e trascrizione fattori coinvolti nella via dei carotenoidi/apocarotenoidi e responsabili del sapore e dell'aroma dello zafferano.
Effetti causali eterogenei per il trattamento personalizzato del cancro.Il cancro non è una singola malattia e coinvolge diversi sottotipi caratterizzati da diversi insiemi di molecole. Pazienti con differenti i sottotipi di cancro spesso reagiscono in modo eterogeneo allo stesso trattamento. Attualmente, per determinare il trattamento più adatto vengono utilizzate diagnosi cliniche piuttosto che profili molecolari. Un approccio a livello molecolare consentirà un modo più preciso e informato per prendere decisioni terapeutiche, portando a una migliore sopravvivenza possibilità e meno sofferenza dei pazienti. Sebbene siano stati proposti molti metodi computazionali per identificare i sottotipi di cancro a livello molecolare, per quanto a nostra conoscenza nessuno di essi è progettato per scoprire sottotipi con risposte di trattamento eterogenee. In questo articolo proponiamo l'albero causale di sopravvivenza (SCT) SCT è progettato per scoprire sottogruppi di pazienti con effetti di trattamento eterogenei da dati osservazionali censurati ta. I risultati sui set di dati sul carcinoma mammario invasivo TCGA e sul glioma hanno mostrato che per ciascun sottotipo identificato da SCT, i pazienti trattati con radioterapia mostrano un modello di sopravvivenza libera da recidiva significativamente diverso rispetto ai pazienti senza trattamento. Con la capacità di identificare i sottotipi di cancro con risposte terapeutiche eterogenee, SCT è utile per aiutare a scegliere il trattamento più adatto per i singoli pazienti. Dati e codice sono disponibili su https://github. com/WeijiaZhang24/SurvivalCausalTree. weijia. zhang@mymail. uinsa. edu. au. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatica online.
Incrocio tra epigenetica e metabolismo-Yin e Yang di istone demetilasi e metiltransferasi nel cancro.La metilazione dell'istone è una modificazione epigenetica della cromatina che subisce cambiamenti dinamici e bilanciare le richieste tessuto-specifiche di proliferazione e differenziazione. Nel cancro, la metilazione aberrante dell'istone può facilitare i programmi oncogenici e di soppressione del tumore modulando l'espressione genica. I rimodellatori dell'istone come la lisina metiltransferasi e la lisina demetilasi sono forze apparentemente opposte o contrarie ma possono essere parte di un rete che si completano a vicenda. Identifichiamo diversi strati di comunicazione molecolare in cui i regolatori principali epigenetici si impegnano nel dialogo tra il metabolismo del tumore e il rimodellamento dell'istone. I regolatori principali epigenetici hanno la capacità di cooperare con i membri del macchinario trascrizionale, le metiltransferasi del DNA e altri modificatori dell'istone Sequenziamento e omici ad alto rendimento i dati in combinazione con l'analisi della biologia dei sistemi oncologici hanno il potere di dare priorità agli eventi regolatori a livello dell'epigenoma.
Calcolo sequenziale di modi elementari e set di tagli minimi in reti metaboliche su scala genomica utilizzando la programmazione lineare intera alternata.Modi elementari (flusso) (EM) sono serviti come uno strumento prezioso per studiare le proprietà strutturali e funzionali delle reti metaboliche. L'identificazione dell'intero set di EM nelle reti su scala genomica rimane difficile a causa dell'esplosione combinatoria di EM in reti complesse. Spesso, tuttavia, solo un piccolo è necessario conoscere un sottoinsieme di EM rilevanti, per i quali il calcolo sequenziale basato sull'ottimizzazione è un'utile alternativa. La maggior parte dei metodi attualmente disponibili su questa linea si basano sull'uso iterativo della programmazione lineare intera mista (MILP), la cui efficacia significativamente si deteriora con l'aumentare del numero di iterazioni Per alleviare il carico computazionale associato all'implementazione di MILP, presentiamo qui un nuovo algoritmo di ottimizzazione chiamato numero intero alternativo l programmazione lineare (AILP). Il nostro algoritmo è stato progettato per risolvere in modo iterativo una coppia di programmazione intera (IP) e programmazione lineare (LP) per calcolare EM in modo sequenziale. In ogni fase, l'IP identifica un sottoinsieme minimo di reazioni, la cui eliminazione disabilita tutti gli EM precedentemente identificati. Pertanto, una successiva soluzione LP soggetta a questo vincolo di cancellazione della reazione diventa un EM distinto. Nei casi in cui non è disponibile una soluzione LP fattibile, gli insiemi di delezione di reazione derivati da IP rappresentano gli insiemi di taglio minimo (MCS). Nonostante il calcolo aggiuntivo di MCS, AILP ha ottenuto una significativa riduzione dei tempi di calcolo degli EM per ordini di grandezza. L'algoritmo AILP proposto non solo offre un vantaggio computazionale nell'analisi EM delle reti su scala genomica, ma migliora anche la comprensione del legame tra EM e MCS. Il software è implementato in Matlab, ed è fornito come informazione supplementare. hyunseob. song@pnnl. gov. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatica online.
L'API RNASeq-er-un gateway per l'analisi sistematicamente aggiornata dei dati RNA-seq pubblici.La crescita esponenziale del sequenziamento dell'RNA disponibile al pubblico ( I dati RNA-Seq) rappresentano una sfida crescente per i ricercatori che desiderano scoprire, analizzare e archiviare tali dati, in particolare quelli con sede in istituzioni con risorse computazionali limitate. EMBL-EBI è in una posizione ideale per affrontare queste sfide e consentire alla comunità scientifica di accesso a dati RNA-Seq non solo grezzi, ma anche elaborati Vi presentiamo un servizio Web per accedere ai risultati di un allineamento standardizzato sistematicamente e continuamente aggiornato, nonché alla quantificazione dell'espressione genica ed esonica di tutta la massa pubblica (e nel prossimo futuro anche single-cell) RNA-Seq viene eseguito in 264 specie in European Nucleotide Archive, utilizzando Representational State Transfer. L'API RNASeq-er (Application Programming Interface) consente la ricerca e il recupero basati sull'ontologia di CRAM, bigwig e file bedGraph s, matrici di quantificazione dell'espressione genica ed esonica (frammenti per kilobase di esone per milione di frammenti mappati, trascrizioni per milione, conteggi grezzi) e attributi del campione annotati con termini ontologici. Ad oggi sono state elaborate e rese disponibili tramite l'API oltre 270 00 RNA-Seq run in quasi 10 000 studi (1 PB di dati FASTQ grezzi) in 264 specie in ENA. È possibile accedere all'API RNASeq-er all'indirizzo http://www. ebi. ac. uk/fg/rnaseq/api. I comandi utilizzati per analizzare i dati sono disponibili nei materiali supplementari e su https://github. com/nunofonseca/irap/wiki/iRAP-single-library. rnaseq@ebi. ac. uk ; rpetry@ebi. ac. uk. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatica online.
L'attività fisica è associata a una ridotta massa ventricolare sinistra negli afroamericani obesi e ipertesi.L'attività fisica (PA) è stata associata a una diminuzione del ventricolo sinistro ( LV) ipertrofia in studi precedenti. Tuttavia, si sa poco sulla relazione tra PA e struttura LV e sui fattori che influenzano questa relazione tra gli afroamericani. Abbiamo valutato 1.300 afroamericani con frazione di eiezione LV conservata (EF > 50%) dal Genetic Studio Epidemiology Network of Arteriopathy (GENOA) (età media 62,4 anni, 73% donne). L'indice PA è stato calcolato come 3 * ore di attività intensa + 2 * ore di attività moderata + ore di attività leggera/giorno. La relazione tra indice PA e struttura LV è stata valutata utilizzando l'equazione di stima generalizzata. L'associazione tra indice PA e indice di massa LV per fascia di età, sesso, indice di massa corporea (BMI), storia di ipertensione, diabete o malattia coronarica, filtrazione glomerulare stimata sono stati tracciati il tasso di assunzione e l'attuale stato di fumatore. Dopo l'aggiustamento per questi fattori, un indice PA più elevato è stato associato indipendentemente a un indice di massa LV più basso (P < 0,05). Ci sono state interazioni significative tra indice PA e obesità (BMI ≥ 30) e storia di ipertensione sull'indice di massa LV (P per interazione <0.05, per entrambi). Un indice PA più alto era associato a un indice di massa ventricolare sinistro più basso nei partecipanti obesi o ipertesi rispetto ai partecipanti non obesi o non ipertesi. Un indice PA più elevato è stato associato a una ridotta ipertrofia del ventricolo sinistro negli afroamericani obesi e ipertesi. Sono giustificati studi prospettici volti a valutare se l'aumento della PA previene l'ipertrofia ventricolare sinistra e potenzialmente riduce il rischio di insufficienza cardiaca in questi gruppi a rischio.
Associazione dell'allele HLA-B53:01 con reazione al farmaco con eosinofilia e sindrome di sintomi sistemici (DRESS) durante il trattamento dell'infezione da HIV con raltegravir.La sindrome da reazione al farmaco con eosinofilia e sintomi sistemici (DRESS) è un evento avverso raro e grave durante il trattamento con raltegravir. L'insorgenza della sindrome DRESS durante il trattamento con altri farmaci è fortemente associata a particolari alleli HLA. Abbiamo eseguito test HLA in 3 dei i 5 pazienti precedentemente segnalati per aver sviluppato la sindrome DRESS indotta da raltegravir e in 1 paziente precedentemente non segnalato. Abbiamo quindi utilizzato la modellazione virtuale per visualizzare le interazioni tra raltegravir e la molecola HLA imputata. Cinque dei 6 pazienti che hanno sviluppato la sindrome DRESS indotta da raltegravir erano africani , e 1 era ispanico. La tipizzazione HLA è stata eseguita in 4 pazienti, tutti portatori sia dell'allele HLA-B53 che dell'allele HLA-C04 a cui è comunemente aplotipico. Nessun altro allele HLA es sono stati condivisi da tutti i pazienti testati. Data la prevalenza approssimativa del portatore di HLA-B53 nelle popolazioni africane (20%) e ispaniche (6%), la probabilità che tutti e 4 i pazienti siano portatori di HLA-B53 e che 2 su 3 pazienti africani siano omozigoti per HLA- B53:01, è circa 0,00002. Questi dati implicano l'allele africano prevalente HLA-B53:01 nell'immunopatogenesi della sindrome DRESS indotta da raltegravir. Sebbene i meccanismi immunopatogeni siano attualmente sconosciuti, la modellazione virtuale suggerisce che il raltegravir può legarsi all'interno della fessura di legame dell'antigene della molecola HLA-B53:01, ma non all'interno della molecola HLA-B35:01 strettamente correlata. Sono necessari ulteriori studi per confermare la forza dell'associazione tra il trasporto dell'allele HLA-B53:01 e la sindrome DRESS indotta da raltegravir e la potenziale utilità dello screening HLA prima del trattamento con raltegravir.
Inferenza bayesiana per meccanismi causali con applicazione a uno studio randomizzato per il controllo del dolore postoperatorio.Conduciamo la principale stratificazione e analisi di mediazione per indagare in che misura l'effetto complessivo positivo del trattamento sul controllo del dolore postoperatorio è mediato dall'autosomministrazione postoperatoria di analgesia endovenosa da parte dei pazienti in uno studio prospettico, randomizzato, in doppio cieco. Utilizzando l'approccio bayesiano per l'inferenza, stimiamo sia gli effetti degli strati principali associativi che dissociativi derivanti nella stratificazione principale, nonché sugli effetti naturali dell'analisi della mediazione. Evidenziamo che la stratificazione principale e l'analisi della mediazione si concentrano su diverse stime causali, rispondono a diverse domande causali e coinvolgono diversi insiemi di ipotesi strutturali.
Una minore probabilità di cadere all'età di 90 anni è associata all'esercizio quotidiano di un quarto di secolo prima: The 90+ Study.per esplorare la relazione tra il rischio di cadere all'età di 90+ anni e l'attività fisica precedente all'età di 60-70 anni. Studio di coorte basato sulla popolazione (The 90+ Study). Comunità di pensionati della California. Di 1596 membri della coorte, 1536 avevano sia cadute che dati sull'attività precedente. Età media = 94 anni; 78% donne; 99% caucasici. Il tempo trascorso in attività fisica attiva è stato auto-riferito negli anni '80; l'anamnesi, i farmaci, i dispositivi di assistenza, il tipo di residenza e le cadute (risultato) sono stati raccolti negli anni 2000. Attività/caduta le relazioni sono state valutate utilizzando la regressione logistica. Le cadute sono state riportate dal 52% dei partecipanti, le cadute ricorrenti dal 32% e le lesioni gravi dal 21% dei soggetti che hanno perso. , TIA/ictus, artrite, disturbi della vista, depressione, demenza), medicatio n uso (ipnotici, antipsicotici, antidepressivi), uso di ausili (bastone, deambulatore, sedia a rotelle), tipo di residenza (convivente con parenti, vita protetta) e fonte di informazioni (segnalazione vs informatore). I rischi di caduta e cadute ricorrenti all'età di 90+ anni erano inferiori del 35-45% in coloro che riportavano 30+ minuti/giorno di attività fisica attiva all'età di 60-70 anni rispetto a nessuna attività. L'odds ratio di caduta era 0,65 (95% CI = 0,44-0,97) per 30-45 minuti/giorno e 0,64 (0,44-0,94) per 1+ ora/giorno aggiustando per età, sesso, anamnesi (ictus/TIA, disturbi della vista, depressione), uso di ausili e fonte di informazioni. le cadute sono estremamente comuni tra i più anziani e una percentuale significativa porta a lesioni gravi. Questo lavoro è il primo a mostrare un'associazione tra l'esercizio all'età di 60-70 anni e un minor rischio di cadere all'età di 90+ anni.
Importanza del progetto di indagine per lo studio dell'epidemiologia dell'uso di prodotti del tabacco emergenti tra i giovani.Una sorveglianza accurata è fondamentale per monitorare l'epidemiologia dei prodotti del tabacco emergenti in negli Stati Uniti e la scienza del sondaggio suggerisce che il formato di risposta del sondaggio può influire sulle stime di prevalenza. Abbiamo utilizzato i dati del New Jersey Youth Tobacco Survey 2014 (n = 3.909) per confrontare le stime della prevalenza di 4 comportamenti (mai uso di narghilè, narghilè attuale uso, mai uso di sigarette elettroniche e uso corrente di sigarette elettroniche) tra gli studenti delle scuole superiori del New Jersey, come valutato utilizzando domande "controlla tutto ciò che si applica", con stime misurate mediante "scelta forzata" " domande. Le discrepanze di misurazione erano evidenti per tutti e 4 gli esiti, con le domande a scelta forzata che producevano stime di prevalenza circa il doppio di quelle delle domande controlla tutto ciò che si applica e l'accordo era da giusto a moderato. La sensibilità del check-all- che-applica q Le domande, trattando il formato a scelta forzata come "gold standard", variavano dal 38,1% (uso corrente di narghilè) al 58,3% (uso di sigarette elettroniche), indicando tassi di falsi negativi sostanziali. Questi risultati evidenziano l'impatto del formato di risposta alle domande sulle stime di prevalenza dei prodotti del tabacco emergenti tra i giovani e suggeriscono che le stime generate mediante domande check-all-that-apply possono essere distorte verso il basso. Dovrebbero essere presi in considerazione modelli di indagine alternativi per evitare formati di risposta "check-all-that-apply" e i ricercatori dovrebbero prestare attenzione quando interpretano i dati sull'uso del tabacco ottenuti dai formati check-all-that-apply.
Annusare è raccontare: i segnali olfattivi umani influenzano i giudizi sociali nelle interazioni semi-realistiche.In che modo l'olfatto di una persona influisce sulle impressioni degli altri. La maggior parte delle ricerche sull'odore del corpo chiede a chi percepisce di esprimere giudizi sociali basati sul sudore delle ascelle senza profumo o deodorante, presentato sulle magliette. Eppure, nella vita reale, i percettori incontrano odori corporei profumati, su tutto il corpo. I nostri "valutatori" indossavano bende e tappi per le orecchie e ripetutamente annusato "donatori" dello stesso sesso in interazioni dal vivo. In una condizione, i donatori indossavano il loro normale deodorante e profumo (odore "diplomatico") mentre nell'altra condizione, ai donatori è stato chiesto di evitare tutto fuori influenze della fragranza (odore "naturale"). Abbiamo valutato l'affidabilità dei giudizi sociali basati su tali interazioni dal vivo e le relazioni tra giudizi dal vivo e giudizi tradizionali basati sulle magliette e tra giudizi basati sull'odore naturale e diplomatico. Valutatori \' ripetuto live social ju I giudizi (ad esempio, cordialità, simpatia) erano altamente coerenti sia per l'odore diplomatico che naturale e convergevano con giudizi basati sulle magliette. Tuttavia, i giudizi sociali basati sull'odore naturale non hanno predetto coerentemente i giudizi sociali basati sull'odore diplomatico, suggerendo che l'odore corporeo naturale e diplomatico può trasmettere diversi tipi di informazioni sociali. I nostri risultati forniscono la prova che gli individui possono percepire segnali olfattivi sociali affidabili e significativi da interi corpi, a distanze sociali, indipendentemente dalla presenza o assenza di profumo. È importante notare, tuttavia, che il valore sociale di questi segnali viene modificato dall'aggiunta di fragranze esogene. Inoltre, la nostra attenzione sui giudizi nelle diadi omosessuali suggerisce che questi segnali olfattivi hanno un valore sociale in contesti di non accoppiamento. Suggeriamo che la ricerca futura utilizzi metodi più rilevanti dal punto di vista ecologico.
Applicazione della farmacogenomica di sistema nelle malattie infettive.La nuova era nella farmacologia dei sistemi ha rivoluzionato la biologia umana. La sua applicabilità, il trattamento preciso, la risposta adeguata e la sicurezza misure si adattano a tutti i paradigmi della pratica medico/clinica. L'importanza dei modelli matematici nella comprensione della patologia della malattia e dell'epideomologia è ora in fase di realizzazione. L'avvento delle tecnologie ad alto rendimento e l'emergere della biologia dei sistemi hanno portato alla creazione di sistemi farmacogenomici e l'attenzione è ora sulla medicina personalizzata. Tuttavia, ci sono alcuni problemi normativi che devono essere affrontati; siamo pronti per questa adozione universale. Questo articolo descrive in dettaglio alcuni degli sviluppi della farmacogenomica delle malattie infettive in questo settore.
Apoptosi e rotture della cuffia dei rotatori: evidenze scientifiche dalla scienza di base ai risultati clinici.L'eccessiva apoptosi è stata ipotizzata come possibile causa di tendinopatia e rottura del tendini della cuffia dei rotatori (RC). Diversi meccanismi e molecole giocano un ruolo chiave nella regolazione cellulare. Gli interventi biologici possono influenzare il processo di apoptosi per controllare il processo di tendinopatia e possono essere utili per progettare nuovi trattamenti. Abbiamo identificato la scienza di base, in studi preclinici e clinici in vitro e in vivo elencati nei database Pubmed Google Scholar, CINAHL, Cochrane Central e Embase Biomedical in inglese, spagnolo, italiano e francese sugli effetti dell'apoptosi sui tendini RC L'omeostasi tra i processi apoptotici e infiammatori è dinamica e controllato da meccanismi e segnali pro e anti-apoptotici, con equilibrio variabile in diverse aree dei tendini RC in campioni umani. L'apoptosi può essere identificata lungo th e tutto il tendine, non solo nell'area della lesione. Pertanto, non è necessario eseguire un ampio sbrigliamento dei bordi strappati del tendine quando si esegue una riparazione. L'identificazione dei vari fattori che controllano l'apoptosi e dei suoi meccanismi può aiutare a progettare nuovi trattamenti ed esercitare effetti positivi nel recupero dalle lesioni tendinee. Sono necessari ulteriori studi per produrre linee guida chiare per determinare come bilanciare il processo di apoptosi per ridurre la risposta di guarigione fallita trovata nelle lacrime RC non traumatiche.
Possibile interazione tra fumo di sigaretta e variazione di HLA-DRB1 nel rischio di linfoma follicolare.Il rischio di linfoma follicolare (FL) è fortemente associato alla genetica germinale variazione dell'antigene leucocitario umano (HLA) di classe II. È stato suggerito che il fumo di sigaretta aumenti il rischio di FL, principalmente tra le donne. Abbiamo ipotizzato che gli aminoacidi nella subunità β1 correlata all'antigene D HLA (DRB1) interagiscano con il fumo nel rischio di FL, come mostrato per l'artrite reumatoide. Abbiamo analizzato 373 pazienti con FL e 818 controlli da 2 studi caso-controllo basati sulla popolazione in Svezia e Danimarca (1999-2003). Gli aplotipi in HLA-DRB1 sono stati imputati alle posizioni aminoacidiche 11, 13, 28, 30 e 70-74 (epitopo condiviso). Abbiamo stimato il rischio relativo di FL come odds ratio con intervalli di confidenza del 95% per diverse combinazioni di stato di fumo/aplotipo. L'interazione è stata definita come allontanamento dall'additività degli effetti e quantificata dalla proporzione attribuibile ( AP) Relativo a ne fumatori ver che non portavano alleli epitopi condivisi, il fumo era associato al rischio di FL tra tutti i soggetti (per ex fumatori, odds ratio (OR) = 2.20, intervallo di confidenza 95% (CI): 1,10, 4,41; ORcurrent = 3,56, 95% CI: 1,60, 7,92) e donne (ORformer = 2,95, 95% CI: 1,18, 7,37; ORcurrent = 5.63, 95% CI: 2,07, 15,3) portatori di 2 epitopi alleli condivisi ma non tra quelli che portano zero o 1 allele epitopico condiviso. Il fumo e lo stato dell'epitopo condiviso hanno interagito in modo significativo come misurato da AP (complessivo, AP = 0,6, 95% CI: 0,15, 1,0; per le donne, AP = 0,5, 95% CI: 0,005, 1,0). Questi risultati suggeriscono una possibile interazione tra il fumo e la presentazione dell'antigene associato a HLA-DRB1 nel rischio di FL e forniscono un modello per svelare ulteriormente l'eziologia di FL.
Differenze di età e sesso nell'espressione dei microRNA durante il processo di invecchiamento del timo.L'involuzione del timo in base al genere e l'importanza dei microRNA (miRNA, miR ) espressione nella modulazione dello sviluppo del timo sono stati riportati in molti studi. Tuttavia, come maschi e femmine differiscono in così tanti modi nell'involuzione del timo rimane poco chiaro. Per rispondere a questa domanda, abbiamo studiato i profili di espressione dei miRNA in entrambi non trattati 3- e 12- timo di topo femmina e maschio di un mese. I risultati hanno mostrato che 7 e 18 miRNA sono stati definiti rispettivamente come i miRNA specifici per sesso ed età. L'espressione di miR-181c-5p, miR-20b-5p, miR-98b- 5p, miR-329-3p, miR-341-5p e miR-2137 hanno mostrato una significativa differenza di età nel timo dei topi mediante reazione a catena della polimerasi quantitativa. Alti livelli di espressione di miR-2137 sono stati rilevati nelle cellule epiteliali timiche dei topi e gradualmente aumentati durante il processo di invecchiamento del timo MiR-27b-3p e miR-378a-3p del bias femminile d miRNA sono stati confermati come miRNA sensibili al sesso e agli estrogeni nei topi timo in vivo. I loro potenziali geni bersaglio e il percorso sono stati identificati dal software online. Sono stati discussi i possibili ruoli di regolazione dell'espressione di miRNA specifici per sesso ed età durante il processo di invecchiamento del timo. I nostri risultati hanno suggerito che questi miRNA potrebbero essere potenziali biomarcatori per lo studio dell'invecchiamento e dell'involuzione del timo specifici per sesso ed età.
Ruolo della lingua madre nella valutazione immediata post-commozione cerebrale e nei test cognitivi (ImPACT) degli atleti giovanili.Lo scopo di questa ricerca era esaminare il ruolo della lingua madre nelle prestazioni degli atleti giovanili su una batteria di test neuropsicologici computerizzati, l'Immediate Post-Concussion Assessment and Cognitive Test (ImPACT). Lo studio ha confrontato i punteggi del test di base di 5545 partecipanti la cui lingua madre era l'inglese rispetto a 195 la cui lingua madre non era inglese. L'età media dei partecipanti era di 15,06 anni. Un'analisi multivariata della varianza non ha rivelato differenze nei cinque punteggi ImPACT Composite dei due gruppi linguistici. Contrariamente alla ricerca precedente, non ci si può semplicemente aspettare che gli anglofoni non nativi fare più male su ImPACT rispetto ai madrelingua inglesi. Si raccomandano ulteriori ricerche sull'uso di ImPACT con altri giovani atleti non nativi di lingua inglese.
Un metodo LC-MS semplice e diretto per la determinazione dell'impurezza genotossica nei composti farmaceutici.L'idrossilammina è un noto composto di impurità genotossiche che deve essere controllato fino al livello di ppm nei processi farmaceutici. È difficile da rilevare utilizzando tecniche analitiche convenzionali a causa delle sue proprietà fisico-chimiche come mancanza di cromoforo, basso peso molecolare, assenza di atomo di carbonio e alta polarità. Inoltre, l'analisi del campioni farmaceutici incontra una notevole ostruzione dai componenti della matrice che oscurano notevolmente la risposta dell'idrossilammina. Questo studio descrive un metodo cromatografico-spettrometrico di massa liquido (LC-MS) semplice, sensibile e diretto per il rilevamento di idrossilammina nei composti farmaceutici. Il metodo LC-MS è stato rilevato fino a 0,008 ppm di idrossilammina con S/N > 3.0 e quantificato fino a 0,025 ppm di idrossilammina con rapporto S/N >10.0. od può essere applicato come metodo generico per rilevare l'idrossilammina per il controllo del processo farmaceutico e il rilascio di sostanze farmaceutiche.
Le onde gliali del calcio sono innescate dall'attività convulsiva e non sono essenziali per l'inizio dell'insorgenza dell'ictal o dell'accoppiamento neurovascolare.È stato ipotizzato che la glia svolga un ruolo critico nella modificazione dell'attività neuronale, nella mediazione dell'accoppiamento neurovascolare e nell'inizio delle crisi epilettiche. Abbiamo studiato il ruolo della glia nell'ictogenesi e nell'accoppiamento neurovascolare attraverso l'imaging multicellulare e a 2 fotoni a singola cellula del calcio e l'imaging del segnale intrinseco del volume ematico cerebrale in un modello vivo di ratto di crisi focali neocorticali. Gli eventi ictali hanno innescato un'onda di calcio gliale a propagazione lenta che è stata marcatamente ritardata dopo l'insorgenza sia neuronale che emodinamica. Le onde di calcio gliale hanno mostrato una diffusione stereotipata che è terminata prima dell'offset delle crisi e si è propagata in un'area maggiore del 60% circa rispetto all'area di propagazione dei segnali neurali e vascolari. Il blocco completo dell'attività gliale con fluoroacetato non ha comportato alcun cambiamento nei neuroni o nell'emodina attività del microfono. Queste onde gliali ictali sono state bloccate dal carbenoxolone, un bloccante delle giunzioni gap. I nostri dati in vivo rivelano che gli eventi ictali innescano un'onda di calcio gliale stereotipata a propagazione lenta, mediata da giunzioni gap, che è spazialmente e temporalmente indipendente dalle attività neuronali ed emodinamiche. Introduciamo una nuova onda di calcio gliale che si propaga in modo ictale, mettendo in discussione la criticità dell'onda di calcio gliale sia nell'insorgenza ictale che nell'accoppiamento neurovascolare.
Identificazione di peptidi differenzialmente espressi in dati di proteomica ad alto rendimento.Con l'avvento della proteomica ad alto rendimento, il tipo e la quantità di dati pongono un sfida significativa per gli approcci statistici utilizzati per convalidare l'attuale analisi quantitativa. Mentre molti studi si concentrano sull'analisi a livello di proteine, l'analisi dei dati a livello di peptide fornisce informazioni sui cambiamenti a livello di sottoproteina, comprese le varianti di giunzione, le isoforme e un intervallo di modifiche post-traduzionali La valutazione statistica della cromatografia liquida-spettrometria di massa/spettrometria di massa basata su peptidi dati differenziali privi di etichetta viene più comunemente eseguita utilizzando un t-test o un'analisi della varianza, spesso dopo l'applicazione dell'imputazione dei dati per ridurre il numero di valori mancanti. Nella proteomica ad alto rendimento, i metodi di analisi statistica e le tecniche di imputazione sono difficili da valutare, data la mancanza di set di dati standard di riferimento. Qui, usiamo ex dati perimentali e ricampionato per valutare le prestazioni di quattro metodi di analisi statistica e il valore aggiunto dell'imputazione, per diversi numeri di repliche biologiche. Troviamo che tre o quattro repliche sono il requisito minimo per l'analisi dei dati ad alto rendimento e l'assegnazione sicura di cambiamenti significativi. L'imputazione dei dati aumenta la sensibilità in alcuni casi, ma porta a un tasso effettivo di false scoperte molto più elevato. Inoltre, troviamo che il metodo empirico di Bayes (limma) raggiunge la massima sensibilità e quindi raccomandiamo il suo utilizzo per eseguire analisi di espressione differenziale a livello di peptide.
L'associazione tra inquinamento atmosferico e insorgenza di depressione tra donne di mezza età e anziane.Nonostante le associazioni segnalate di recente tra inquinamento atmosferico ed esiti psichiatrici acuti, l'associazione con l'insorgenza della depressione non è stata, a nostra conoscenza, precedentemente esaminata. Abbiamo condotto uno studio di coorte prospettico tra 41.844 donne nel Nurses\' Health Study, negli Stati Uniti. Le donne avevano un'età media di 66,6 (deviazione standard, 7,6) anni, erano liberi da depressione nel 1996 e sono stati seguiti fino al 2008. Le esposizioni all'ozono maggio-settembre sono state previste interpolando le concentrazioni dai monitor più vicini 5. Concentrazioni medie di uno, 2 e 5 anni di particolato con un diametro aerodinamico inferiore o uguale a 2,5 μm (PM2,5) sono stati previsti nella residenza di ciascun partecipante utilizzando un modello spazio-temporale. Abbiamo definito la depressione come il rapporto di diagnosi del medico o l'uso di farmaci antidepressivi. Abbiamo stimato rapporti di rischio giusti con modelli Cox variabili nel tempo. I rapporti di rischio per entrambi gli inquinanti erano elevati (per 10 parti per miliardo di aumento dell'ozono, rapporto di rischio (HR) = 1,06; intervallo di confidenza al 95% (CI): 1,00, 1,12; per aumento di 10 μg/m3 in 1 -anno PM2,5, HR = 1,08; 95% CI: 0,97, 1,20). Le associazioni erano più forti quando veniva utilizzato solo l'uso di antidepressivi per definire i casi (per ozono, FC = 1,08; 95% CI: 1,02, 1,14; per PM2,5, FC = 1,12; 95% CI: 1,00, 1,25). A nostra conoscenza, questi risultati rappresentano la prima identificazione di una possibile associazione tra l'esposizione a lungo termine all'ozono e al PM2,5 e l'insorgenza di depressione. Sebbene l'associazione più forte specificamente con l'uso di antidepressivi possa riflettere che questo endpoint cattura meglio il tempo di insorgenza e i casi più lievi, i nostri risultati dovrebbero essere interpretati con cautela.
Misurare l'associazione tra indice di massa corporea e mortalità per tutte le cause in presenza di dati mancanti: analisi dal registro nazionale scozzese del diabete.Gestione scorretta i dati mancanti possono portare a stime imprecise e distorte. Descriviamo l'effetto dell'applicazione di approcci diversi alla gestione dei dati mancanti in un'analisi dell'associazione tra indice di massa corporea e mortalità per tutte le cause tra le persone con diabete di tipo 2. Abbiamo utilizzato i dati dello studio scozzese registro del diabete che è stato collegato ai dati dei ricoveri ospedalieri e alle registrazioni dei decessi. L'analisi si è basata su persone con diagnosi di diabete di tipo 2 tra il 2004 e il 2011, con follow-up fino al 31 maggio 2014. L'associazione tra indice di massa corporea e mortalità è stata studiata utilizzando Modelli di rischio proporzionale di Cox. I risultati sono stati confrontati utilizzando 4 diversi metodi di dati mancanti: analisi del caso completo, 2 modelli di imputazione multipla e imputazione del vicino più prossimo. C'erano 124.451 c casi di diabete di tipo 2, tra i quali ci sono stati 17.085 decessi durante 787.275 anni-persona di follow-up. I pazienti con dati mancanti (24,8%) avevano una mortalità più elevata rispetto a quelli senza dati mancanti (rapporto di rischio aggiustato = 1,36, intervallo di confidenza 95%: 1,31, 1,41). È stata osservata una relazione a forma di U tra indice di massa corporea e mortalità, con i rapporti di rischio più bassi che si verificano tra le persone moderatamente obese, indipendentemente dall'approccio scelto per la gestione dei dati mancanti. I dati mancanti possono influenzare in modo diverso le stime del rischio assoluto e relativo e dovrebbero essere considerati nelle analisi dei dati raccolti di routine.
Modelli misti multivariati $t$ non lineari con applicazione a studi censurati sull'AIDS multi-risultato.In studi multivariati longitudinali sull'HIV/AIDS, multi-risultato misure ripetute su ciascun paziente nel tempo possono contenere valori anomali e le cariche virali sono spesso soggette a un limite di rilevazione superiore o inferiore a seconda dei saggi di quantificazione. In questo articolo, consideriamo un'estensione del modello multivariato non lineare a effetti misti adottando una distribuzione congiunta multivariata-$t$ per gli effetti casuali e gli errori all'interno del soggetto e tenendo conto delle informazioni di censura delle risposte multiple. Il modello proposto è chiamato modello multivariato-$t$ non lineare a effetti misti con risposte censurate (MtNLMMC), consentendo l'analisi di dati longitudinali multi-risultati che mostrano modelli di crescita non lineari con censura e comportamento a coda di grasso. Utilizzando il metodo di linearizzazione della serie di Taylor, una versione di pseudo-dati della massimizzazione condizionale delle aspettative n entrambi gli algoritmi (ECME) sono sviluppati per eseguire in modo iterativo la stima della massima verosimiglianza. Illustriamo le nostre tecniche con due esempi di dati provenienti da studi sull'HIV/AIDS. I risultati sperimentali indicano che il MtNLMMC si comporta favorevolmente rispetto al suo analogo gaussiano e ad alcuni approcci esistenti.
Un modello congiunto basato sulla transizione per il riconoscimento e la normalizzazione di una malattia denominata entità.Le entità denominate della malattia svolgono un ruolo centrale in molte aree della ricerca biomedica e il riconoscimento automatico e la normalizzazione di tali entità hanno ricevuto una crescente attenzione nelle comunità di ricerca biomedica. I metodi esistenti in genere utilizzano modelli di pipeline con due fasi indipendenti: (i) un sistema di riconoscimento di entità denominato malattia (DER) viene utilizzato per trovare i confini delle menzioni nel testo e (ii) viene utilizzato un sistema di normalizzazione dell'entità denominato malattia (DEN) per collegare le menzioni riconosciute a concetti in un vocabolario controllato. I problemi principali di tali modelli sono: (i) c'è propagazione dell'errore da DER a DEN e (ii) DEN è utile per DER, ma i modelli di pipeline non possono utilizzarlo. Proponiamo un modello basato sulla transizione per eseguire congiuntamente il riconoscimento e la normalizzazione di entità denominate malattie, trasformando il processo di costruzione dell'output in uno stato di transizione incrementale zione, apprendimento di sequenze di azioni di transizione a livello globale, che corrispondono a risultati strutturali comuni. Vengono utilizzati la ricerca del fascio e l'apprendimento strutturato online, con l'apprendimento progettato per guidare la ricerca. Rispetto all'unico metodo esistente per DEN e DER congiunti, il nostro metodo consente di utilizzare caratteristiche non locali, il che migliora significativamente la precisione. Valutiamo il nostro modello su due corpora: il corpus BioCreative V Chemical Disease Relation (CDR) e il corpus della malattia NCBI. Gli esperimenti mostrano che il nostro framework congiunto raggiunge prestazioni significativamente più elevate rispetto alle linee di base della pipeline della concorrenza. Il nostro metodo si confronta favorevolmente con altri approcci allo stato dell'arte. Dati e codice sono disponibili su https://github. com/louyinxia/jointRN. dhji@whu. edu. cn.
Analisi multivariabile sparsa multiblocco supervisionata con applicazione alla genetica di imaging cerebrale multimodale.Questo articolo propone una procedura per descrivere la relazione tra set di dati ad alta dimensionalità, come immagini cerebrali multimodali e dati genetici. Proponiamo una tecnica supervisionata per incorporare l'esito clinico per determinare un punteggio, che è una combinazione lineare di variabili con strutture ieratiche a multimodalità. Questo approccio dovrebbe ottenere punteggi interpretabili e predittivi. Il proposto è stato applicato a uno studio sulla malattia di Alzheimer (AD). Proponiamo un metodo diagnostico per l'AD che prevede l'utilizzo di immagini di risonanza magnetica (MRI) e tomografia a emissione di positroni (PET) dell'intero cervello e selezioniamo regioni cerebrali efficaci per il probabilità diagnostica e indagare l'associazione genome-wide con le regioni utilizzando polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs). Il metodo di riduzione dimensionale in due fasi, che noi precedentemente introdotto, è stato ritenuto applicabile a tale studio e consente di incorporare parzialmente il metodo proposto. Mostriamo che il metodo proposto offre funzioni di classificazione con fattibilità e ragionevole accuratezza di previsione basata sull'analisi delle caratteristiche operative del ricevitore (ROC) e regioni ragionevoli del cervello e dei genomi. Il nostro studio di simulazione basato sul set di dati strutturati sintetici ha mostrato che il metodo proposto ha superato il metodo originale e ha fornito la caratteristica per la funzione supervisionata.
Trainable Weka Segmentation: uno strumento di apprendimento automatico per la classificazione dei pixel della microscopia.I microscopi ottici ed elettronici all'avanguardia sono in grado di acquisire grandi set di dati di immagini, ma la valutazione quantitativa dei dati spesso comporta l'annotazione manuale delle strutture di interesse. Questo processo richiede tempo e spesso rappresenta un grosso collo di bottiglia nella pipeline di valutazione. Per superare questo problema, abbiamo introdotto la Trainable Weka Segmentation (TWS), una macchina strumento di apprendimento che sfrutta un numero limitato di annotazioni manuali per addestrare un classificatore e segmentare automaticamente i dati rimanenti. Inoltre, TWS può fornire schemi di apprendimento di segmentazione non supervisionati (clustering) e può essere personalizzato per utilizzare funzionalità di immagine o classificatori progettati dall'utente. TWS è distribuito come software open source come parte della distribuzione di elaborazione delle immagini Fiji di ImageJ all'indirizzo http://imagej. net/Trainable_Weka_Segmentation. ignacio. arganda@ehu. eus. Suppleme i dati ntari sono disponibili su Bioinformatics online.
ConKit: un'interfaccia Python per contattare le previsioni.I recenti progressi negli algoritmi di previsione del contatto dei residui proteici hanno portato all'emergere di molti nuovi metodi e una varietà di formati di file. Presentiamo ConKit , un'interfaccia Python open source, modulare ed estensibile che consente una facile conversione tra i formati e fornisce un'interfaccia per l'analisi degli allineamenti delle sequenze e dei set di predizioni di contatto. ConKit è disponibile tramite l'indice dei pacchetti Python. La documentazione può può essere trovato all'indirizzo http://www. conkit. org. ConKit è concesso in licenza con BSD 3-Clause. hlfsimko@liverpool. ac. uk o drigden@liverpool. ac. uk. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatics online.
Cpipe: una piattaforma computazionale completa per analisi sequenziali e basate sulla struttura dei residui di cisteina.A causa della loro plasticità chimica, i residui di cisteina (Cys) possono servono molte funzioni diverse. Identificare e classificare la Cys reattiva non è un lavoro banale: attualmente, non esiste uno strumento disponibile per un'analisi completa e completa (comprensiva di tutti i diversi tipi funzionali) di Cys; qui presentiamo una piattaforma computazionale chiamata Cp i pe, dedicato a questo compito: implementa protocolli all'avanguardia, elaborando e visualizzando un patrimonio di informazioni, sufficientemente ortogonale da consentire una valutazione approfondita di tutti i principali aspetti della reattività di Cys. Cp i pe è implementato in Python e disponibile gratuitamente all'indirizzo http://cpipe. explora-biotech. com/cpipe/start. py. Tutti i principali browser sono supportati. s. marino@explora-biotech. com. I dati supplementari sono disponibili su Bioinformatics online.
Le tendenze temporali dell'incidenza del deterioramento cognitivo tra gli anziani cinesi nella comunità: sulla base delle coorti CLHLS dal 1998 al 2014.per esaminare un 16 -anno trend nell'incidenza del deterioramento cognitivo (CI) e fattori associati tra le persone anziane cinesi di età pari o superiore a 60 anni la cui funzione cognitiva era normale al primo test un'analisi secondaria che ha identificato i soggetti dal database del Chinese Longitudinal Healthy Longevity Survey (CLHLS) Il database conteneva coorti longitudinali miste di anziani cinesi intervistati nel 1998, 2000, 2002, 2005, 2008-09, 2011-12 e 2014. La funzione cognitiva dei soggetti è stata testata utilizzando il Chinese Mini-Mental State Examination (CMMSE) in ogni ondata. Il codice individuale univoco ha identificato una coorte mista di 17.896 soggetti che avevano più misure CMMSE in un periodo di 16 anni e covariate disponibili per l'analisi. CI è stato definito come il punteggio CMMSE inferiore a 18 punti. Grezzo e standardizzato per età inc l'identicità dell'IC per genere è stata calcolata per anno di indagine. Le tendenze temporali aggiustate per i fattori di rischio nell'incidenza sono state esaminate utilizzando modelli di regressione multilivello. l'incidenza dell'IC standardizzata per età è diminuita da 58,77‰ a 10,09‰ (P < 0,001) dal 1998 al 2014 e questa diminuzione è rimasta dopo l'aggiustamento per le covariate. Circa il 15,8% del calo osservato è stato spiegato dall'istruzione superiore e il 7,9% è dovuto alla pratica sanitaria (esercizio fisico regolare, attività fisica e attività cognitiva), oltre agli effetti dell'età e del genere. l'incidenza dell'IC tra i cinesi anziani è diminuita dal 1998 al 2014. Il livello di istruzione inferiore e le pratiche sanitarie meno frequenti menzionate sopra sono stati importanti fattori di rischio nella prevenzione dell'IC.
Stima dell'effetto protettivo diretto e indiretto della vaccinazione antinfluenzale negli Stati Uniti.Con tassi di vaccinazione antinfluenzale negli Stati Uniti che hanno recentemente superato il 45% della popolazione , è importante comprendere l'impatto che la vaccinazione sta avendo sulla trasmissione dell'influenza. In questo studio, abbiamo utilizzato un approccio di modellazione bayesiana, combinato con un semplice modello dinamico di trasmissione dell'influenza, per stimare questo impatto. Il quadro combinato ha sintetizzato le prove da una gamma di fonti di dati relative alla trasmissione dell'influenza e alla vaccinazione negli Stati Uniti. Abbiamo riscontrato che, per le epidemie stagionali, il numero di infezioni evitate variava da 9,6 milioni nella stagione 2006-2007 (intervallo di credibilità del 95% (CI): 8,7, 10,9) a 37,2 milioni (95% CI: 34,1, 39,6) nella stagione 2012-2013. Espressa in termini relativi, la proporzione evitata variava dal 20,8% (95% CI: 16,8, 24,3) di potenziali infezioni nella stagione 2011-2012 a 47,5% (IC 95%: 43. 7, 50.8) nella stagione 2008-2009. La percentuale evitata è stata solo dell'1,04% (IC 95%: 0,15, 3,2) per la pandemia H1N1 del 2009, a causa del ritardo nel programma di vaccinazione rispetto alla pandemia nell'emisfero settentrionale. In futuro, un'ulteriore copertura vaccinale, nonché migliori vaccini antinfluenzali (specialmente quelli che offrono una migliore protezione negli anziani), potrebbero avere un effetto ancora più forte sulle epidemie annuali di influenza.
L'intervallo climatico delle specie influenza i tratti idraulici e stomatici nelle specie di eucalipto.I tratti idraulici delle piante influenzano la capacità delle specie di crescere e sopravvivere in ambienti con acqua limitata , ma il loro studio comparativo in un sito comune è stato limitato. Lo scopo principale di questo studio era determinare se le pressioni selettive sulle specie originarie di ambienti soggetti a siccità limitano i tratti idraulici tra specie affini cresciute in condizioni comuni. anatomia, comportamento stomatico e vulnerabilità all'embolia indotta dalla siccità sono stati misurati su sei specie di eucalipto che crescono in un giardino comune per determinare se questi tratti fossero correlati all'intervallo climatico delle specie attuali e per comprendere i collegamenti tra i tratti. punto di perdita, il potenziale idrico alla chiusura stomatica e la vulnerabilità all'embolia indotta dalla siccità erano significativamente ( P < 0,05) correlata con i parametri climatici dell'areale di specie. C'era una coordinazione tra i parametri dello stelo e della foglia con il potenziale idrico alla perdita di turgore, il 12% di perdita di conduttività e il punto di chiusura stomatica significativamente correlato. La correlazione dei tratti idraulici, stomatici e anatomici con le variabili climatiche degli intervalli originari delle specie suggerisce che questi tratti sono geneticamente vincolati. La natura conservativa dei tratti xilematici negli alberi di eucalipto ha importanti implicazioni per i limiti delle risposte delle specie alle mutevoli condizioni ambientali e quindi per la sopravvivenza e la distribuzione delle specie nel futuro, e fornisce nuove informazioni per i modelli fisiologici.
Metodi avanzati per rilevare gli effetti aplotipici sull'espressione genica.Loci dei caratteri quantitativi di espressione (eQTL), varianti genetiche associate ai livelli di espressione genica, sono identificati in Studi di mappatura eQTL. Tali studi in genere testano un'associazione tra polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) ed espressione in un modello additivo, che ignora l'interazione e gli effetti aplotipici. Le discrepanze tra il modello testato e l'architettura genetica sottostante possono portare a una perdita di potere di associazione Qui introduciamo un nuovo test basato sull'aplotipo per studi eQTL che cerca gli effetti aplotipici sui livelli di espressione. Il nostro test è motivato da architetture eterozigoti composte, un modello di malattia comune per i disturbi monogenici recessivi, in cui due diversi alleli possono avere lo stesso effetto su una funzione di un gene. Quando la vera architettura causale sottostante per un gene simulato è un eterozigote composto, il nostro metodo è in grado di catturare meglio e segnale rispetto al metodo SNP marginale. Quando il modello sottostante è un singolo SNP, non c'è differenza nella potenza del nostro metodo rispetto al metodo SNP marginale. Applichiamo il nostro metodo ai dati empirici di espressione genica misurati in 373 individui europei dallo studio GEUVADIS e troviamo 29 più eGeni (geni con almeno un'associazione) rispetto al metodo SNP marginale standard. Inoltre, in 974 dei 3529 eGeni totali, il nostro metodo basato sull'aplotipo si traduce in un segnale di associazione più forte rispetto al metodo SNP marginale standard. Ciò dimostra che il nostro metodo aumenta il potere rispetto al metodo standard e fornisce prove di architetture aplotipiche che regolano l'espressione genica. http://bogdan. bioinformatics. ucla. edu/software/. rob. brown@ucla. edu o pasaniuc@ucla. edu.
Differenze razziali ed etniche nella posizione socioeconomica e rischio di leucemia linfoblastica acuta infantile.Differenze razziali ed etniche nelle associazioni tra posizione socioeconomica (SEP) e rischio della leucemia linfoblastica acuta (ALL) dell'infanzia sono stati studiati utilizzando i dati dei registri dei tumori basati sulla popolazione nel Surveillance, Epidemiology, and End Results Program negli Stati Uniti. Lo studio ha incluso 8.383 casi di ALL diagnosticati all'età di ≤ 19 anni nel 2000-2010. L'indice SEP composito a livello di tratto di censimento in quintili è stato assegnato in base alla residenza al momento della diagnosi I rapporti del tasso di incidenza e gli intervalli di confidenza al 95% associati a SEP e razza/etnia, aggiustati per sesso, età e anno di diagnosi, sono stati stimati utilizzando Modelli di regressione di Poisson. Il tasso di incidenza della ALL infantile era associato negativamente con SEP tra gli ispanici ma era associato positivamente tra i bambini di altre razze/etnie. Rispetto al SE più basso P, i rapporti del tasso di incidenza aggiustato per i bambini con il SEP più alto erano 1,29 (intervallo di confidenza 95% (CI): 1,15, 1,44) per i bianchi non ispanici, 1,67 (IC 95%: 1,20, 2,34) per i neri non ispanici, 1,57 (IC al 95%: 1,17, 2,09) per gli asiatici/isolani del Pacifico, 2,33 (IC al 95%: 0,93, 5,83) per gli indiani d'America/nativi dell'Alaska e 0,70 (IC al 95%: 0,60, 0,81) per gli ispanici. I risultati di un'associazione inversa negli ispanici devono essere confermati e ulteriormente spiegati in studi futuri che utilizzano diverse misure di SEP.
Recupero contestuale di moduli funzionali in reti di interazione proteina-proteina.Sono state sviluppate varie tecniche per identificare i più probabili interagenti di una proteina sotto un dato contesto biologico In questo articolo, analizzeremo gli effetti della scelta della rete di interazione proteina-proteina (PPI) e la manipolazione delle impostazioni PPI sulla rete vicina alla rete del virus dell'influenza A (IAV), nonché i colpi nei risultati dello screening di piccoli RNA interferenti a livello di genoma per i fattori host IAV Indaghiamo il potenziale del filtraggio del contesto, che utilizza prove di text mining collegate ai bordi PPI, come complemento ai punteggi di confidenza dei bordi tipicamente forniti nei PPI per il filtraggio, per ottenere più quartieri di rete biologicamente rilevanti Qui, stimiamo le prestazioni massime del filtraggio del contesto per isolare una rete Ki dell'Enciclopedia dei geni e dei genomi (KEGG) di Kyoto da un'unione di reti KEGG e la sua rete vicina borhood. Il lavoro fornisce approfondimenti sull'uso di PPI umani negli approcci di vicinato di rete per l'inferenza funzionale.
La classificazione della variazione intraspecifica nelle strategie funzionali delle piante rivela l'adattamento al clima.Nelle piante esiste un'ampia variazione intraspecifica nell'allocazione delle risorse tra crescita vegetativa e riproduzione, riflettendo diverse strategie funzionali. Un metodo semplice per la classificazione della variazione intraspecifica in queste strategie consentirebbe la caratterizzazione dei processi evolutivi ed ecologici. La teoria della CSR può essere applicata per classificare le strategie funzionali (competitiva C; tollerante allo stress, S; ruderal, R) in diverse specie vegetali Utilizzando un insieme diversificato di accessioni di arabidopsis ( Arabidopsis thaliana ) coltivate in condizioni comuni, è stato testato se un approccio semplice progettato per allocare strategie CSR a livello di specie può essere utilizzato anche per analizzare intra -variazione specifica. Sostanziale variazione intra-specifica tra le accessioni di arabidopsis è stata trovata lungo l'asse SR. C'era una correlazione positiva ione di temperatura all'origine geografica con la dimensione di S e una correlazione negativa con la dimensione di R. Il tempo di fioritura in un ciclo annuale naturale e il contenuto di sostanza secca fogliare sono stati identificati come le principali determinanti di questo adattamento, con piante provenienti da climi più caldi con un contenuto di sostanza secca fogliare più elevato e fioritura anticipata in un giardino comune. È stato dimostrato che le strategie funzionali riflettono l'adattamento al clima, con conseguenze per tratti importanti come la fecondità e il peso secco totale della pianta. L'approccio potrebbe essere utilizzato negli studi di associazione sull'intero genoma per determinare le basi genetiche delle strategie funzionali nelle specie selvatiche o nelle colture.
Dimensione corporea infantile e rischio di melanoma maligno nell'età adulta.Il melanoma maligno (MM) è la forma più aggressiva di cancro della pelle. L'antropometria adulta influenza Sviluppo del MM; tuttavia, le associazioni tra la dimensione corporea dell'infanzia e la futura melanomagenesi sono in gran parte sconosciute. Abbiamo studiato se altezza, indice di massa corporea (BMI; peso (kg)/altezza (m)2) e superficie corporea (BSA) all'età di 7 anni. -13 anni e peso alla nascita sono associati al MM adulto. I dati del Copenhagen School Health Records Register, contenente misurazioni annuali di altezza e peso di 372.636 bambini danesi nati nel 1930-1989, sono stati collegati con il Danish Cancer Registry. Sono state eseguite analisi di regressione di Cox Durante il follow-up, si sono verificati 2.329 casi di MM. L'altezza all'età di 7-13 anni era significativamente associata al MM, anche dopo aggiustamenti di BMI e BSA. Nessuna associazione significativa di BMI-MM o BSA-MM è stata rilevata durante l'aggiustamento per l'altezza. erano costantemente alti a Sia l'età di 7 anni che l'età di 13 anni avevano un rischio di MM significativamente aumentato rispetto ai bambini che erano cresciuti più alti tra quelle età. Il peso alla nascita era associato positivamente al MM. Concludiamo che le associazioni tra dimensione corporea e MM hanno origine nei primi anni di vita e sono guidate in gran parte dall'altezza e dal peso alla nascita, senza alcuna influenza comparabile di BMI o BSA. È improbabile che la trasformazione del melanoma sia dovuta all'altezza di per sé; tuttavia, i processi di regolazione dell'altezza nell'infanzia presentano nuove aree per le esplorazioni meccanicistiche di questa malattia.
Modellazione delle variabili con un picco a zero: esempi e raccomandazioni pratiche.Nella maggior parte degli studi epidemiologici e nella ricerca clinica in generale, ci sono variabili con un picco a zero, ovvero variabili per le quali una proporzione di individui ha esposizione zero (es. mai fumatori) e tra gli esposti la variabile ha una distribuzione continua Esistono diverse opzioni per modellare tali variabili, come la categorizzazione in cui i non esposti formano il gruppo di riferimento, o ignorando il picco includendo la variabile nel modello di regressione con o senza alcune procedure di trasformazione o modellazione È stato dimostrato che tali situazioni possono essere analizzate aggiungendo un indicatore binario (esposto/non esposto) al modello di regressione e un metodo basato su polinomi frazionari con cui stimare una forma funzionale adeguata per la porzione positiva della distribuzione variabile spike-at-zero è stato sviluppato In questo articolo, confrontiamo diversi ap utilizzando i dati di 3 studi caso-controllo condotti in Germania: il Mammary Carcinoma Risk Factor Investigation (MARIE), uno studio sul cancro al seno condotto nel 2002-2005 (Flesch-Janys et al. , Int J Cancer. 2008;123(4):933-941); il Rhein-Neckar Larynx Study, uno studio sul cancro della laringe condotto nel 1998-2000 (Dietz et al. , Int J Cancer. 2004;108(6):907-911); e uno studio sul cancro del polmone condotto nel 1988-1993 (Jöckel et al. , Int J Epidemiol. 1998;27(4):549-560). Vengono dimostrati i punti di forza e i limiti delle diverse procedure e vengono fornite alcune raccomandazioni per l'uso pratico.
Analisi dettagliata dell'apparato riproduttivo maschile in una potenziale specie bioindicatrice - L'invertebrato marino Galeolaria caespitosa (Polychaeta: Serpulidae).Per il primo tempo, questo studio ha studiato sistematicamente il sistema riproduttivo maschile in un invertebrato marino sessile riproduttore di uova, Galeolaria caespitosa (Polychaeta: Serpulidae), che ha un potenziale significativo come specie bio-indicatore di inquinamento marino costiero. L'addome di G. caespitosa era diviso da setti intersegmentali in oltre 80 segmenti del tronco. Ogni segmento fungeva da camera germinale con una disposizione gonadica a forma di C costituita da diversi compartimenti distinti: un compartimento dell'epitelio seminifero (SE) situato al centro della camera, con ciascuno dei suoi due termina collegandosi a un compartimento della cellula infermiera (NC) e quindi a un compartimento del dotto efferente (ED). Il compartimento SE conteneva un epitelio seminifero multistrato in cui è stata avviata la spermatogenesi. gli ermatidi sono stati rilasciati a coppie nel lume del compartimento SE e quindi trasportati nel compartimento NC dove sono stati sottoposti a spermiogenesi con il supporto di vescicole secretorie rilasciate dalle cellule nutrice. Gli spermatozoi sono stati immagazzinati nel compartimento ED e successivamente rilasciati nell'acqua di mare attraverso i dotti deferenti. A differenza dei vertebrati in cui le cellule germinali si sono differenziate in prossimità della popolazione di cellule nutrici (cioè le cellule di Sertoli), le cellule spermatogene di G. caespitosa non hanno mostrato alcun contatto diretto con le cellule di supporto in nessuno stadio spermatogenico. Questa scoperta ha suggerito che la spermatogenesi in G. caespitosa era più dipendente dalla programmazione dello sviluppo intrinseca rispetto alla maggior parte delle specie. Nonostante tali differenze, c'erano chiari paralleli tra il sistema riproduttivo maschile di G. caespitosa e i mammiferi, in termini di struttura e funzione. L'indipendenza delle cellule spermatogene dalle cellule di supporto in G. caespitosa ha sollevato la possibilità di indurre la spermiogenesi in vitro, che fornirebbe uno strumento utile per sezionare i meccanismi alla base di questo complesso processo di differenziazione cellulare negli invertebrati e in altri animali di ordine superiore.
Il composto dell'odore del corpo umano, l'androstadienone, porta a effetti dipendenti dalla rabbia in un compito emotivo Stroop ma non dot-probe usando volti umani.Il derivato degli androgeni l'androstadienone è una sostanza che si trova nel sudore umano e quindi è un presunto chemosegnale umano. L'androstadienone è stato studiato in relazione agli effetti sugli stati d'animo, sulle valutazioni dell'attrattiva, sull'attivazione fisiologica e neurale. Con l'attuale esperimento, abbiamo mirato a esplorare in che modo l'androstadienone influisce attenzione ai segnali sociali (volti umani). Inoltre, abbiamo voluto testare se gli effetti dipendono da specifiche emozioni, dal sesso dei partecipanti\' e dalla sensibilità individuale all'olfatto dell'androstadienone. Per farlo, abbiamo studiato 56 individui sani (di cui 29 donne che assumono contraccettivi orali ) con due task di attenzione in due giorni consecutivi (una volta sotto androstadienone, una volta sotto esposizione a placebo in ordine pseudorandomizzato). Con un compito emozionale dot-probe abbiamo misurato visuo-spa l'attivazione di un segnale mentre un compito di Stroop emotivo ci ha permesso di indagare sul controllo delle interferenze. I nostri risultati suggeriscono che l'androstadienone agisce in modo specifico per sesso, attività ed emozione poiché una riduzione dei processi di interferenza nel compito emotivo di Stroop era evidente solo per i volti arrabbiati negli uomini esposti all'androstadienone. Più specificamente, gli uomini hanno mostrato una differenza minore nei tempi di reazione per prove congruenti rispetto a prove incongruenti. Allo stesso tempo anche le donne erano leggermente colpite dall'odore di androstadienone poiché classificavano i volti arrabbiati più spesso correttamente sotto androstadienone. Per il compito dot-probe emotivo non è stata osservata alcuna modulazione da parte dell'androstadienone. Inoltre, in entrambi i paradigmi di attenzione la sensibilità individuale all'androstadienone non era né correlata con i tempi di reazione né con i tassi di errore negli uomini e nelle donne. Per concludere, l'esposizione all'androstadienone sembra potenziare la rilevanza dei volti arrabbiati sia negli uomini che nelle donne in relazione al controllo delle interferenze, mentre i processi di cueing visuo-spaziale rimangono inalterati.
Diabete di tipo 1: sviluppo del primo modello di stima del rischio per predire l'ischemia miocardica silente. Il ruolo potenziale dell'insulino-resistenza.Lo scopo dello studio era quello di sviluppare un nuovo modello di stima del rischio per predire l'ischemia miocardica silente (SMI) in pazienti con diabete di tipo 1 (T1DM) e nessuna malattia cardiovascolare clinica, valutando il ruolo potenziale dell'insulino-resistenza in tale modello. Inoltre, l'accuratezza di questo modello è stato confrontato con i modelli attualmente disponibili per la previsione della malattia coronarica clinica (CAD) nelle popolazioni generali e diabetiche. I pazienti con diabete di tipo 1 (35-65 anni, >10 anni di durata) e nessuna malattia cardiovascolare clinica sono stati valutati consecutivamente per: 1) clinica e antropometria dati (compresi i classici fattori di rischio cardiovascolare), 2) sensibilità all'insulina (stima del tasso di smaltimento del glucosio (eGDR)) e 3) SMI diagnosticata da stress perfusione miocardica gated SPECTs. sono stati valutati [50,1±9,3 anni, 50% uomini, 36,9% fumatori attivi, durata del diabete di tipo 1: 19,0 (15,9-27,5) anni e eGDR 7,8 (5,5-9,4) mg·kg-1·min-1]. Di questi, dieci sono stati diagnosticati con SMI (11,9%). I modelli di regressione logistica multivariata hanno mostrato che solo l'eGDR (OR = -0.593, p = 0,005) e il fumo attivo (OR = 7.964, p = 0,018) erano associati indipendentemente all'SMI. L'AUC della curva ROC di questo modello di stima del rischio per la previsione dell'SMI era 0,833 (95% CI: 0,692-0,974), superiore a quella ottenuta con l'uso dei modelli attualmente disponibili per la previsione della CAD clinica (Framingham Risk Equation: 0.833 vs. 0.688 , p = 0,122; Motore di rischio UKPDS (0,833 contro 0,559; p = 0,001) ed equazione EDC: 0,833 contro 0,558, p = 0,027). Questo studio fornisce il primo modello di stima del rischio mai riportato per la previsione dell'SMI nel diabete di tipo 1. Il modello include solo la resistenza all'insulina e il fumo attivo come principali predittori di SMI.
Isolamento e caratterizzazione del ceppo 15-1 di Magnetospirillum sp. come degradatore anaerobico del toluene rappresentativo da un modello di zona umida costruita.Precedentemente, piantato fisso- I reattori a letto (PFR) sono stati utilizzati per studiare la rimozione microbica del toluene nella rizosfera delle zone umide artificiali. La degradazione aerobica del toluene era predominante in questi sistemi modello sebbene le condizioni redox di massa fossero da ipossiche ad anossiche. Tuttavia, approcci indipendenti dalla coltura indicavano anche che i microbi in grado di La degradazione anaerobica del toluene era abbondante. Pertanto, abbiamo mirato a isolare i degradatori anaerobi-toluene da uno di questi PFR. Dalle colonie ottenute che consistevano di batteri a forma di spirilli, è stato selezionato un ceppo designato 15-1 per ulteriori indagini. Analisi del suo 16S Il gene rRNA ha rivelato la massima somiglianza (99%) con Magnetospirillum sp. TS-6 che degrada il toluene. L'isolato 15-1 è cresciuto con fino a 0,5 mM di toluene in condizioni di riduzione dei nitrati. Le cellule hanno reagito a concentrazioni più elevate di toluene aumentando il grado di saturazione dei loro acidi grassi di membrana. Il ceppo 15-1 conteneva geni chiave per la degradazione anaerobica del toluene tramite benzilsuccinato e successivamente la via del benzoil-CoA, ovvero bssA, che codifica per la subunità alfa della benzilsuccinato sintasi, bcrC per la subunità C della benzoil-CoA reduttasi e bamA per 6-ossocicloes -1-ene-1-carbonil-CoA idrolasi. Infine, la maggior parte dei membri di una libreria di cloni di bssA generata dal PFR aveva la massima somiglianza con bssA dal ceppo 15-1. Il nostro studio fornisce approfondimenti sulle capacità fisiologiche di un ceppo di Magnetospirillum isolato da un sistema piantato in cui è in corso un rizorimedio attivo del toluene.
Denguenti socioeconomici e ambientali della trasmissione della dengue in un ambiente urbano: uno studio ecologico a Nouméa, Nuova Caledonia.La dengue è un virus trasmesso dalle zanzare che provoca un'ampia morbilità e perdite economiche in molte regioni tropicali e subtropicali del mondo. Spesso presente nelle città, il virus della dengue si sta diffondendo rapidamente a causa dell'urbanizzazione, dei cambiamenti climatici e dell'aumento dei movimenti umani. I casi di dengue sono spesso distribuiti in modo eterogeneo in tutte le città, suggerendo che i piccoli determinanti di scala influenzano la trasmissione urbana della dengue. Una migliore comprensione di questi determinanti è fondamentale per indirizzare in modo efficiente misure di prevenzione come il controllo dei vettori e l'istruzione. Lo scopo di questo studio era determinare quali determinanti socioeconomici e ambientali erano associati all'incidenza della dengue in un ambiente urbano in Pacifico È stato eseguito uno studio ecologico utilizzando dati riassunti per quartiere (cioè il quartiere è l'unità di an alysis) da due epidemie di dengue (2008-2009 e 2012-2013) nella città di Nouméa, capitale della Nuova Caledonia. I modelli spaziali e gli hotspot di trasmissione della dengue sono stati valutati utilizzando le statistiche Moran\'s I globali e locali. Sono stati utilizzati modelli di regressione binomiale negativa multivariata per studiare l'associazione tra l'incidenza della dengue e vari fattori socioeconomici e ambientali in tutta la città. L'epidemia del 2008-2009 è stata strutturata spazialmente, con gruppi di quartieri ad alta e bassa incidenza. Nel 2012-2013, i tassi di incidenza della dengue erano più omogenei in tutta la città. In tutti i modelli testati, i tassi di incidenza della dengue più elevati sono stati costantemente associati a uno stato socioeconomico inferiore (disoccupazione più elevata, reddito inferiore o percentuale più elevata di popolazione nata nel Pacifico, che sono correlati). Una percentuale più alta di appartamenti è stata associata a tassi di incidenza della dengue più bassi durante entrambe le epidemie in tutti i modelli tranne uno. È stato anche rilevato un collegamento tra la copertura della vegetazione e i tassi di incidenza della dengue, ma il collegamento variava a seconda del modello utilizzato. Questo studio dimostra una solida associazione spaziale tra i tassi di incidenza della dengue e lo stato socioeconomico nei diversi quartieri della città di Nouméa. I nostri risultati forniscono informazioni utili per guidare la politica e aiutare a indirizzare gli sforzi di prevenzione della dengue dove sono più necessari.
Il volume dell'atrio destro mediante risonanza magnetica cardiovascolare predice la mortalità nei pazienti con insufficienza cardiaca con frazione di eiezione ridotta.Indice del volume dell'atrio destro (RAVI) misurato mediante ecocardiografia è un predittore indipendente di morbilità nei pazienti con insufficienza cardiaca (HF) con frazione di eiezione ridotta (HFrEF). Lo scopo di questo studio è valutare il valore predittivo di RAVI valutato mediante risonanza magnetica cardiaca (CMR) per la mortalità per tutte le cause nei pazienti con HFrEF e per valutare il suo contributo additivo al punteggio convalidato Meta-Analysis Global Group in Chronic heart failure (MAGGIC) Abbiamo identificato 243 pazienti (età media 60 ± 15; 33% donne) con frazione di eiezione ventricolare sinistra (LVEF) ≤ 35 % misurata mediante CMR. Il volume atriale destro è stato calcolato in base all'area nelle viste a due e quattro camere utilizzando l'equazione convalidata, seguita dall'indicizzazione alla superficie corporea. Il punteggio MAGGIC è stato calcolato utilizzando il calcolatore online. Durante il periodo medio di 2,4 anni ars 33 pazienti (14%) sono morti. Il RAVI medio era 53 ± 26 ml/m2; significativamente maggiore nei pazienti con che senza un evento (78,7±29 ml/m2 vs 48±22 ml/m2, p<0,001). RAVI (per ml/m2) era un predittore indipendente di mortalità [HR = 1,03 (1,01-1,04), p = 0,001]. RAVI ha una capacità discriminatoria maggiore di LVEF, indice di volume atriale sinistro e frazione di eiezione ventricolare destra (RVEF) (statistica C 0,8±0,08 vs 0,55±0,1, 0,62±0,11, 0,68±0,11 rispettivamente, tutti p<0.02). L'aggiunta di RAVI al punteggio MAGGIC migliora significativamente la stratificazione del rischio (miglioramento della discriminazione integrata del 13% e miglioramento della riclassificazione netta senza categorie del 73%, entrambi p<0.001). RAVI by CMR è un predittore indipendente di mortalità nei pazienti con HFrEF. L'aggiunta di RAVI al punteggio MAGGIC migliora la stratificazione del rischio di mortalità.
Le associazioni tra tempo di utilizzo di Internet e rendimento scolastico tra gli adolescenti coreani differiscono a seconda dello scopo dell'uso di Internet.Sebbene sia stato suggerito un uso eccessivo di Internet per essere correlato a scarsi risultati scolastici, gli effetti dell'uso di Internet per l'istruzione sul rendimento scolastico hanno mostrato risultati conflittuali in studi precedenti. Di conseguenza, le associazioni tra rendimento scolastico e uso di Internet per lo studio e per scopi generali sono state esplorate in una vasta popolazione di adolescenti coreani I dati trasversali dell'indagine basata sul web sui comportamenti a rischio dei giovani coreani del 2013 (KYRBWS) sono stati recuperati per 59.105 adolescenti di età compresa tra 12 e 18 anni. Le associazioni tra rendimento scolastico e uso di Internet sono state analizzate utilizzando la regressione logistica multinomiale con un campionamento complesso Giorni di attività fisica, sesso, obesità, regione di residenza, livello di reddito, livello di istruzione dei genitori, stress, tempo di sonno, fumo, consumo di alcol, uso di droghe e il tempo totale di studio è stato registrato e aggiustato come fattori confondenti. Il rendimento scolastico superiore è stato associato positivamente a un uso più lungo di Internet per lo studio (odds ratio aggiustato, AOR, di 2+ h [intervallo di confidenza 95%] = 2,43 [2,10-2,82], 2,02 [1,78-2,30], 1,66 [1,46-1,89 ] e 1,30 [1,15-1,47] per i gruppi di prestazioni A, B, C e D, rispettivamente, P < 0,001) ma negativamente associati a un uso più lungo di Internet per scopi generali (AOR di 3+ h [intervallo di confidenza 95%] = 0,68 [0,60-0,78], 0,85 [0,76-0,94], 0,83 [0,75-0,92] e 0,98 [0,89-1,08] per i gruppi di prestazioni A, B, C e D, rispettivamente, P < 0,001). Il rendimento scolastico superiore è correlato in modo significativamente positivo con l'uso di Internet per lo studio, ma è correlato negativamente con l'uso di Internet per scopi generali. L'uso accademico di Internet potrebbe essere un mezzo per ottenere buoni risultati scolastici.
Attivazione dell'inflammasoma indotta dall'infezione da virus di Epstein-Barr nei monociti umani.Gli inflammasomi sono sensori citoplasmatici che regolano l'attività della caspasi-1 e la secrezione di interleuchina-1β (IL-1β) o interleuchina-18 (IL-18) in risposta a molecole estranee, compresi gli agenti patogeni virali. Sono considerati un importante collegamento tra le risposte immunitarie innate e adattative. Tuttavia, il meccanismo con cui l'inflammasoma l'attivazione si verifica durante l'infezione primaria da virus di Epstein-Barr (EBV) rimane sconosciuta. I linfociti B umani e le cellule epiteliali sono i principali bersagli di EBV, sebbene possa anche infettare una varietà di altri tipi di cellule. In questo studio, abbiamo scoperto che EBV potrebbe infettare primariamente monociti umani e la linea cellulare monocitaria, THP-1, che induce l'attivazione dell'inflammasoma. Abbiamo incubato EBV privo di cellule con cellule THP-1 o monociti umani primari, quindi confermato l'infezione da EBV mediante microscopia confocale e citometria a flusso. I geni EBV litici e latenti erano d etetto mediante RT-PCR in tempo reale in monociti infettati da EBV. L'infezione da EBV delle cellule THP-1 e dei monociti umani primari ha indotto la produzione di IL-1β dipendente dalla caspasi, mentre l'infezione da EBV delle linee di cellule B o T non ha indotto la produzione di IL-1β. Per identificare la molecola sensore responsabile dell'attivazione dell'inflammasoma durante l'infezione da EBV, abbiamo esaminato l'mRNA e i livelli proteici della famiglia NLR contenente il dominio pirinico 3 (NLRP3), assente nel melanoma 2 (AIM2) e la proteina 16 inducibile dall'interferone (IFI16). . Livelli aumentati di AIM2 sono stati osservati nelle cellule THP-1 infettate da EBV e nei monociti umani primari, mentre i livelli di IFI16 e NLRP3 non hanno mostrato cambiamenti notevoli. Inoltre, il knockdown di AIM2 da parte di piccoli RNA interferenti ha attenuato l'attivazione della caspasi-1. Presi insieme, i nostri risultati suggeriscono che l'infezione da EBV dei monociti umani induce la produzione di IL-1β dipendente dalla caspasi-1 e che AIM2, agendo come un inflammasoma, è coinvolto in questa risposta.
Le nanoparticelle poli (acido lattico-co-glicolico) funzionalizzate con glicole polietilenico e le nanoparticelle di ossido di grafene inducono risposte pro-infiammatorie e apoptotiche nelle cellule epiteliali vaginali infettate da Candida albicans.", Le nanoparticelle muco-penetranti costituite da acido polilattico-acido co-glicolico (PLGA)-polietilenglicole (PEG) potrebbero migliorare il targeting dei farmaci microbicidi per le malattie sessualmente trasmissibili mediante inoculazione intravaginale. Le nanoparticelle possono indurre risposte infiammatorie, che possono esacerbare l'infiammazione che si verifica nei tratti vaginali delle donne con infezioni da lieviti. Questo studio ha valutato gli effetti di queste nanoparticelle di rilascio di farmaci sulle risposte proinfiammatorie delle cellule epiteliali vaginali VK2(E6/E7) alle infezioni da lieviti da Candida albicans. Monostrati di cellule epiteliali vaginali sono stati infettati con C. albicans ed esposto a 100 μg/ml di nanosfere di PLGA-PEG da 49,5 nm o 20 μg/ml di 1,1 x 500 nm di fogli di ossido di grafene funzionalizzato con PEG (GO-PEG). s sono stati valutati per i cambiamenti nell'espressione dell'mRNA e delle proteine dei geni correlati all'infiammazione mediante RT-qPCR e marcatori fisiologici dello stress cellulare utilizzando analisi ad alto contenuto e citometria a flusso. L'esposizione a C. albicans ha soppresso l'espressione del gene apoptotico, ma ha indotto lo stress ossidativo nelle cellule. I nanomateriali hanno indotto citotossicità e risposte di morte cellulare programmate da soli e con C. albicans. Le nanoparticelle di PLGA-PEG hanno indotto l'espressione di mRNA di geni correlati all'apoptosi e hanno indotto la scissione della poli (ADP-ribosio) polimerasi (PARP), aumento dei rapporti BAX/BCL2 e condensazione della cromatina indicativa di apoptosi. Hanno anche indotto autofagia, stress del reticolo endoplasmatico e danni al DNA. Hanno indotto le cellule a espellere molecole di reclutamento infiammatorie chemochine (motivo C-X-C) ligando 1 (CXCL1), interleuchina-1α (IL1A), interleuchina-1β (IL1B), calprotectina (S100A8) e fattore di necrosi tumorale α (TNF). Le nanoparticelle GO-PEG hanno indotto l'espressione di geni correlati alla necrosi e citotossicità. Hanno ridotto l'autofagia e lo stress del reticolo endoplasmatico e le risposte di espressione genica apoptotica. I risultati mostrano che i veicoli nascosti per la somministrazione di farmaci a nanoparticelle possono causare danni intracellulari alle cellule epiteliali vaginali mediante diversi meccanismi e che il loro uso per la somministrazione intravaginale di farmaci può esacerbare l'infiammazione nelle infezioni attive da lieviti mediante un aumento del reclutamento infiammatorio.
ANKRD54 seleziona preferenzialmente la tirosina chinasi (BTK) di Bruton\' da una libreria di domini Human Src-Homology 3 (SH3).Tirosina chinasi di Bruton\'s (BTK) è una proteina tirosina chinasi citoplasmatica con un ruolo fondamentale nello sviluppo e nell'attivazione dei linfociti B. Lo spostamento nucleocitoplasmatico di BTK è specificamente modulato dalla proteina Ankyrin Repeat Domain 54 (ANKRD54) e l'interazione è nota per essere esclusivamente SH3-dipendente Per identificare lo spettro dell'interattoma SH3 ANKRD54, abbiamo applicato lo screening della visualizzazione fagica di una libreria contenente tutti i 296 domini SH3 umani. Il dominio BTK-SH3 era il principale interattore. L'analisi quantitativa del western blotting ha dimostrato l'accuratezza della procedura di screening Rivelare lo spettro e la specificità di ANKRD54-interactome è un passo fondamentale verso l'analisi funzionale nelle cellule e nei tessuti.