OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "and", "the", "matching", "cell", "type", "from", "the", "braun", "et", "al", ".", "primary", "dataset", "as", "well", "as", "the", "data", "from", "ref", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "prevent", "technology", "effects", "to", "affect", "this", "analysis", ",", "we", "only", "used", "cells", "generated", "with", "the", "10x", "genomics", "3", "′", "v", ".", "2", "protocol", "in", "this", "comparison", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "generate", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "samples", "as", "described", "above", "and", "corrected", "organ", "##oid", "age", "in", "days", "and", "number", "of", "cells", "per", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "sample", "in", "the", "de", "comparison", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "the", "same", "edge", "##r", "-", "based", "procedure", "and", "cut", "-", "offs", "as", "described", "above", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "the", "sci", "##py", "fc", "##lu", "##st", "##er", "method", "to", "cluster", "genes", "on", "the", "basis", "of", "their", "log", "-", "fold", "changes", "in", "the", "two", "primary", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "grouped", "clusters", "to", "represent", "consistently", "upregulated", ",", "consistently", "downregulated", "and", "three", "different", "inconsistent", "##ly", "regulated", "groups", "of", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "computed", "functional", "enrichment", "of", "each", "gene", "group", "as", "described", "above", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "evaluate", "the", "effect", "of", "different", "organ", "##oid", "datasets", "on", "the", "protocol", "-", "based", "de", "analysis", ",", "we", "computed", "de", "between", "dorsal", "telencephal", "ic", "neuron", "nt", "-", "vglut", "of", "every", "organ", "##oid", "publication", "(", "further", "split", "by", "protocol", ",", "where", "more", "than", "one", "protocol", "was", "used", "in", "a", "publication", ")", "and", "the", "matching", "cell", "type", "in", "the", "dataset", "from", "ref", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "computed", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "samples", "and", "carried", "out", "the", "de", "analysis", "using", "the", "same", "procedure", "and", "cut", "-", "offs", "as", "in", "the", "protocol", "-", "based", "de", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "estimate", "the", "transcriptomic", "similarity", "between", "neurons", "in", "hn", "##oca", "and", "the", "human", "developing", "brain", "atlas", ",", "we", "first", "summarized", "the", "average", "expression", "of", "each", "neural", "cell", "type", "in", "the", "primary", "reference", ",", "as", "well", "as", "in", "each", "dataset", "of", "hn", "##oca", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "hn", "##oca", "dataset", ",", "only", "neural", "cell", "types", "with", "at", "least", "20", "cells", "were", "considered", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "across", "the", "neural", "cell", "types", "in", "the", "primary", "reference", "using", "a", "chi", "-", "squared", "test", "-", "based", "variance", "ratio", "test", "on", "the", "generalized", "linear", "model", "with", "gamma", "distribution", "(", "identity", "link", ")", ",", "given", "coefficient", "of", "variance", "of", "transcript", "counts", "across", "neural", "cell", "types", "as", "the", "response", "and", "the", "reciprocal", "of", "average", "transcript", "count", "across", "neural", "cell", "types", "as", "the", "independent", "variable", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genes", "with", "benjamini", "–", "hochberg", "adjusted", "p", "values", "less", "than", "0", ".", "01", "were", "considered", "as", "highly", "variable", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similarity", "between", "one", "neural", "cell", "type", "in", "the", "primary", "atlas", "and", "its", "counterpart", "in", "each", "hn", "##oca", "dataset", "was", "then", "calculated", "as", "the", "spearman", "correlation", "coefficient", "across", "the", "identified", "highly", "variable", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "identify", "metabolically", "stressed", "cells", "in", "the", "datasets", ",", "we", "used", "the", "scan", "##py", "score", "_", "genes", "function", "with", "default", "parameters", "to", "score", "the", "‘", "canonical", "glyco", "lysis", "’", "gene", "set", "obtained", "from", "the", "enrich", "##r", "go", "_", "biological", "_", "process", "_", "202", "##1", "database", "across", "all", "neuronal", "cells", "from", "hn", "##oca", "and", "refs", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "characterize", "heterogeneity", "of", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", ",", "we", "first", "transferred", "the", "cell", "type", "labels", "(", "as", "indicated", "as", "the", "‘", "type", "’", "label", "in", "the", "given", "metadata", ")", "from", "the", "human", "neocortical", "development", "atlas", "to", "the", "hn", "##oca", "telencephal", "ic", "npcs", ",", "intermediate", "progenitor", "cells", "and", "neurons", ",", "on", "the", "basis", "of", "transcriptomic", "correlation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "brief", ",", "each", "primary", "atlas", "cluster", "we", "obtained", "as", "mentioned", "above", "was", "assigned", "to", "a", "cell", "type", "as", "the", "most", "abundant", "cell", "type", "among", "cells", "in", "the", "cluster", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "label", "of", "the", "best", "-", "correlated", "primary", "cluster", "was", "then", "transferred", "to", "every", "query", "cell", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "given", "the", "transferred", "label", ",", "together", "with", "the", "level", "2", "cell", "type", "annotation", "shown", "in", "fig", ".", "1c", ",", "as", "the", "annotation", "label", ",", "scp", "##oli", "was", "applied", "to", "the", "telencephal", "ic", "subset", "of", "hn", "##oca", "for", "data", "integration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "benchmark", "how", "well", "different", "integration", "strategies", "recover", "the", "neuron", "subc", "##ell", "type", "heterogeneity", ",", "we", "generated", "four", "different", "clustering", "labels", ":", "(", "1", ")", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "(", "resolution", ",", "2", ")", "with", "the", "original", "scp", "##oli", "latent", "representation", ";", "(", "2", ")", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "(", "resolution", ",", "2", ")", "with", "the", "updated", "scp", "##oli", "representation", ";", "(", "3", ")", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "(", "resolution", ",", "2", ")", "with", "pca", "of", "hn", "##oca", "telencephal", "ic", "subset", "(", "based", "on", "scaled", "expression", "of", "3", ",", "000", "highly", "variable", "genes", "of", "the", "telencephal", "ic", "subset", "with", "flavor", "=", "‘", "se", "##ura", "##t", "’", ")", "and", "(", "4", ")", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "(", "resolution", ",", "1", ")", "for", "each", "sample", "separately", "(", "each", "with", "3", ",", "000", "highly", "variable", "genes", "identified", "with", "flavor", "=", "‘", "se", "##ura", "##t", "’", ",", "followed", "by", "data", "scale", "and", "pca", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "for", "each", "sample", "with", "at", "least", "500", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", ",", "the", "adjusted", "mutual", "information", "scores", "were", "calculated", "between", "each", "of", "those", "four", "clustering", "labels", "with", "the", "transferred", "cell", "type", "label", "mentioned", "above", "as", "the", "gold", "standard", ",", "across", "the", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", "as", "annotate", "d", "as", "the", "level", "2", "annotation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "create", "a", "comprehensive", "primary", "atlas", "of", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", "for", "de", "analysis", "between", "neural", "organoids", "and", "primary", "tissues", ",", "we", "subset", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", "or", "neocortical", "neurons", "from", "four", "different", "primary", "atlas", "##es", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "ref", ".", "," ]	[ "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "in", "five", "author", "-", "defined", "clusters", "(", "60", ",", "57", ",", "79", ",", "45", ",", "65", ")", "with", "high", "expression", "of", "map2", ",", "dcx", "and", "neuro", "##d", "##6", "were", "selected", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "ref", ".", "," ]	[ "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "with", "the", "following", "‘", "cluster", "##v2", "-", "final", "’", "labels", "were", "selected", ":", "‘", "neuron", "_", "28", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "34", "’", ",", "‘", "gw", "##19", "_", "2", "_", "29", "##ne", "##uron", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "30", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "66", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "gw", "##18", "_", "2", "_", "42", "##ne", "##uron", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "33", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "39", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "35", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "63", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "9", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "11", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "20", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "22", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "5", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "21", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "18", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "101", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "17", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "19", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "16", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "50", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "12", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "13", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "68", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "100", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "25", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "27", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "53", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "23", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "26", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "24", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "102", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "72", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "15", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "29", "’", "and", "‘", "neuron", "_", "35", "##ne", "##uron", "’", "on", "the", "basis", "of", "their", "high", "expression", "of", "neuro", "##d", "##6", "and", "fox", "##g1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "ref", ".", "," ]	[ "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "dissected", "from", "dorsal", "telencephalon", "that", "were", "annotate", "d", "as", "neurons", "with", "and", "only", "with", "the", "vglut", "nt", "##t", "label", "were", "selected", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "ref", ".", "," ]	[ "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "annotate", "d", "as", "excitatory", "neurons", "were", "selected", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "the", "curate", "d", "clusters", "of", "the", "wang", "et", "al", ".", "primary", "atlas", ",", "as", "described", "earlier", ",", "were", "also", "subset", "to", "those", "with", "excitatory", "neuron", "labels", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "selected", "dorsal", "telencephal", "ic", "neuron", "subsets", "of", "the", "atlas", "##es", "were", "merged", "into", "the", "joint", "neocortical", "neuron", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "next", ",", "cells", "in", "the", "joint", "neocortical", "neuron", "atlas", "were", "correlated", "with", "the", "average", "expression", "profile", "of", "each", "excitatory", "neuron", "cluster", "of", "the", "wang", "et", "al", ".", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "cluster", "label", "of", "the", "best", "-", "correlated", "cluster", "was", "assigned", "to", "each", "cell", "in", "the", "joined", "neocortical", "neuron", "atlas", ",", "so", "that", "cell", "cluster", "labels", "were", "harmon", "##ized", "for", "all", "cells", "in", "the", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "label", "-", "aware", "data", "integration", "was", "then", "performed", "using", "scp", "##oli", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "on", "the", "basis", "of", "the", "scp", "##oli", "latent", "representation", ",", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "was", "performed", "on", "the", "joint", "neocortical", "neuron", "atlas", "(", "resolution", ",", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "cluster", "label", "was", "transferred", "to", "the", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", "in", "hn", "##oca", "with", "max", "-", "correlation", "manner", "across", "highly", "variable", "genes", "defined", "on", "average", "transcriptomic", "profiles", "of", "clusters", "in", "the", "joint", "neocortical", "neuron", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "included", "11", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "of", "neural", "organoids", ",", "which", "were", "designed", "to", "model", "10", "different", "neural", "diseases", "including", "microc", "##ep", "##hal", "##y", ",", "amyot", "rop", "##hic", "lateral", "sclerosis", ",", "alzheimer", "’", "s", "disease", ",", "autism", ",", "fxs", ",", "schizophrenia", ",", "neuronal", "hetero", "##top", "##ia", ",", "pit", "##t", "–", "hopkins", "syndrome", ",", "myo", "##tonic", "dystrophy", "and", "glioblastoma", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "count", "matrices", "and", "metadata", "were", "directly", "downloaded", "for", "the", "ten", "datasets", "with", "processed", "data", "provided", "in", "the", "gene", "expression", "omnibus", "or", "array", "##exp", "##ress", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "the", "dataset", "with", "only", "fast", "##q", "files", "available", ",", "we", "downloaded", "the", "fast", "##q", "files", "and", "used", "cell", "range", "##r", "(", "v", ".", "4", ".", "0", ")", "to", "map", "reads", "to", "the", "human", "reference", "genome", "and", "transcriptome", "retrieved", "from", "cell", "range", "##r", "website", "(", "gr", "##ch", "##38", "v", ".", "3", ".", "0", ".", "0", ")", "for", "gene", "expression", "quantification", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "datasets", "were", "concatenated", "together", "with", "ann", "##da", "##ta", "in", "python", "(", "join", "=", "‘", "inner", "’", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "dataset", ",", "samples", "were", "grouped", "into", "either", "‘", "disease", "’", "or", "‘", "control", "’", "as", "their", "disease", "status", ",", "with", "‘", "disease", "’", "representing", "data", "from", "patient", "cell", "lines", ",", "mutant", "cell", "lines", "with", "disease-related", "alleles", ",", "cells", "carrying", "targeting", "guide", "rnas", "(", "grna", "##s", ")", "in", "crispr", "-", "based", "screen", "and", "tumour", "-", "derived", "organoids", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "and", "‘", "control", "’", "representing", "data", "from", "healthy", "cell", "lines", ",", "mutation", "-", "corrected", "cell", "lines", "and", "cells", "carrying", "only", "non", "-", "targeting", "grna", "##s", "in", "a", "crispr", "-", "based", "screen", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "next", ",", "for", "both", "hn", "##oca", "and", "the", "disease", "-", "modelling", "atlas", ",", "cells", "were", "represented", "by", "the", "concatenated", "representation", "of", "hn", "##oca", "-", "scp", "##oli", "and", "primary", "-", "scan", "##vi", "models", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "bip", "##artite", "wk", "##nn", "graph", "was", "then", "reconstructed", "as", "mentioned", "above", ",", "by", "identifying", "50", "nearest", "neighbour", "##s", "in", "hn", "##oca", "for", "each", "disease", "-", "modelling", "atlas", "cell", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "on", "the", "basis", "of", "the", "bip", "##artite", "wk", "##nn", ",", "the", "majority", "vo", "##ting", "-", "based", "label", "transfer", "was", "applied", "to", "transfer", "the", "four", "levels", "of", "hierarchical", "cell", "type", "annotation", "and", "regional", "identity", "to", "the", "disease", "-", "modelling", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "analyse", "the", "glioblastoma", "organ", "##oid", "dataset", "(", "gbm", "-", "2019", ")", ",", "cells", "from", "the", "publication", "were", "subset", "from", "the", "integrated", "disease", "-", "modelling", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "scan", "##py", ",", "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "with", "default", "parameters", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "log", "-", "normalized", "expression", "values", "of", "the", "highly", "variable", "genes", "were", "then", "scaled", "across", "cells", ",", "the", "truncated", "pca", "was", "performed", "with", "the", "top", "20", "principal", "components", "used", "for", "the", "following", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "harmon", "##yp", "##y", ",", "the", "python", "implementation", "of", "harmon", "##y", ",", "was", "applied", "to", "integrate", "cells", "from", "different", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "on", "the", "basis", "of", "the", "harmon", "##y", "-", "integrated", "embedding", "##s", ",", "the", "neighbour", "graph", "was", "reconstructed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "um", "##ap", "embedding", "##s", "and", "lo", "##uv", "##ain", "clusters", "(", "resolution", ",", "0", ".", "5", ")", "were", "created", "on", "the", "basis", "of", "the", "nearest", "neighbour", "graph", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "among", "the", "12", "identified", "clusters", ",", "cluster", "-", "7", "and", "cluster", "-", "0", ",", "the", "two", "clusters", "with", "the", "highest", "aqp4", "expression", ",", "were", "selected", "for", "the", "following", "de", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "analyse", "the", "fxs", "dataset", "(", "fxs", "-", "202", "##1", ")", ",", "cells", "from", "the", "publication", "were", "subset", "from", "the", "integrated", "disease", "-", "modelling", "atlas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "same", "procedure", "of", "highly", "variable", "gene", "identification", ",", "data", "scaling", "and", "pca", "as", "the", "gbm", "-", "2019", "dataset", "was", "applied", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "the", "nearest", "neighbour", "graph", "was", "created", "directly", "on", "the", "basis", "of", "the", "top", "20", "principal", "components", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "um", "##ap", "embedding", "##s", "and", "lo", "##uv", "##ain", "clusters", "(", "resolution", ",", "1", ")", "were", "then", "created", "on", "the", "basis", "of", "the", "reconstructed", "nearest", "neighbour", "graph", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "among", "the", "30", "clusters", ",", "cluster", "-", "17", "and", "cluster", "-", "23", ",", "which", "express", "em", "##x1", "and", "fox", "##g1", "and", "were", "largely", "predicted", "to", "be", "dorsal", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "according", "to", "the", "transferred", "labels", "from", "hn", "##oca", ",", "were", "selected", "for", "the", "following", "de", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "construct", "the", "hn", "##oca", "-", "ce", ",", "we", "first", "collected", "raw", "count", "matrices", "and", "associated", "metadata", "of", "five", "more", "neural", "organ", "##oid", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "two", "publications", ",", "we", "obtained", "them", "from", "the", "sources", "listed", "in", "the", "‘", "data", "availability", "’", "section", "of", "the", "paper", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "the", "remaining", "three", "publications", ",", "count", "matrices", "and", "associated", "metadata", "were", "provided", "directly", "by", "the", "authors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "subset", "each", "dataset", "to", "the", "healthy", "control", "cells", "and", "removed", "any", "cells", "with", "fewer", "than", "200", "genes", "expressed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "subset", "the", "gene", "space", "of", "every", "dataset", "to", "the", "3", ",", "000", "hv", "##gs", "of", "hn", "##oca", "while", "filling", "the", "expression", "of", "missing", "genes", "in", "the", "community", "datasets", "with", "zero", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "on", "average", ",", "23", "%", "of", "genes", "with", "zero", "expression", "were", "added", "per", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "instant", "##iated", "a", "mapping", "object", "from", "the", "hn", "##oca", "-", "tools", "package", "(", "at", "commit", "fe3", "##8", "##c5", "##2", ")", "using", "the", "saved", "scp", "##oli", "model", "weights", "from", "the", "hn", "##oca", "integration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "the", "map", "_", "query", "method", "of", "the", "mapp", "##er", "instance", ",", "we", "projected", "the", "community", "datasets", "to", "hn", "##oca", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "the", "following", "training", "hyperparameter", "s", ":", "retr", "##ain", "=", "‘", "partial", "’", ",", "batch", "_", "size", "=", "256", ",", "unlabeled", "_", "prototype", "_", "training", "=", "false", ",", "n", "_", "epochs", "=", "10", ",", "pret", "##ra", "##ining", "_", "epochs", "=", "9", ",", "early", "_", "stopping", "_", "kw", "##arg", "##s", "=", "early", "_", "stopping", "_", "kw", "##arg", "##s", ",", "eta", "=", "10", ",", "alpha", "_", "epoch", "_", "anneal", "=", "10", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "computed", "the", "wk", "##nn", "graph", "using", "the", "compute", "_", "wk", "##nn", "method", "of", "the", "mapp", "##er", "instance", "with", "k", "=", "100", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "transferred", "the", "final", "level", "_", "2", "cell", "type", "labels", "from", "hn", "##oca", "to", "the", "community", "datasets", "using", "this", "neighbour", "graph", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "obtain", "the", "combined", "representation", "of", "hn", "##oca", "-", "ce", ",", "we", "projected", "hn", "##oca", "together", "with", "the", "added", "community", "datasets", "through", "the", "trained", "model", "and", "computed", "a", "neighbour", "graph", "and", "um", "##ap", "from", "the", "resulting", "latent", "representation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "multimodal", "profiling", "reveals", "tissue", "-", "directed", "signatures", "of", "human", "immune", "cells", "altered", "with", "age", "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "the", "immune", "system", "comprises", "multiple", "cell", "lineages", "and", "subsets", "maintained", "in", "tissues", "throughout", "the", "lifespan", ",", "with", "unknown", "effects", "of", "tissue", "and", "age", "on", "immune", "cell", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", "we", "comprehensively", "profiled", "rna", "and", "surface", "protein", "expression", "of", "over", "1", ".", "25", "million", "immune", "cells", "from", "blood", "and", "lymphoid", "and", "mucosal", "tissues", "from", "24", "organ", "donors", "aged", "20", "–", "75", "years", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "annotate", "d", "major", "lineages", "(", "t", "cells", ",", "b", "cells", ",", "innate", "lymphoid", "cells", "and", "myeloid", "cells", ")", "and", "corresponding", "subsets", "using", "a", "multimodal", "classifier", "and", "probabilistic", "modeling", "for", "comparison", "across", "tissue", "sites", "and", "age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "we", "identified", "dominant", "site", "-", "specific", "effects", "on", "immune", "cell", "composition", "and", "function", "across", "lineages", ";", "age", "-", "associated", "effects", "were", "manifested", "by", "site", "and", "lineage", "for", "macrophages", "in", "mucosal", "sites", ",", "b", "cells", "in", "lymphoid", "organs", ",", "and", "circulating", "t", "cells", "and", "natural", "killer", "cells", "across", "blood", "and", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "our", "results", "reveal", "tissue", "-", "specific", "signatures", "of", "immune", "homeostasis", "throughout", "the", "body", ",", "from", "which", "to", "define", "immune", "pathologies", "across", "the", "human", "lifespan", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "the", "immune", "system", "lever", "##ages", "a", "dynamic", "network", "of", "specialized", "cells", "spread", "across", "the", "body", "to", "defe", "##nd", "against", "infections", "and", "cancer", ",", "regulate", "inflammation", "and", "repair", "tissue", "damage", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "myeloid", "cells", "—", "macrophages", ",", "monocytes", "and", "dendritic", "cells", "(", "dcs", ")", "—", "initiate", "innate", "immunity", "at", "mucosal", "and", "barrier", "sites", ",", "while", "adaptive", "immunity", "is", "mediated", "by", "antigen-specific", "t", "and", "b", "lymphocytes", "in", "lymphoid", "organs", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "immune", "memory", "is", "established", "following", "antigen", "-", "driven", "activation", "and", "differentiation", "of", "t", "cells", "and", "b", "cells", ",", "resulting", "in", "heterogeneous", "subsets", "of", "circulating", "and", "tissue", "resident", "memory", "t", "cells", "(", "t", "rm", ")", "and", "b", "cells", "that", "persist", "in", "diverse", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "with", "age", ",", "immune", "memory", "accumulates", ",", "although", "responses", "can", "become", "dysregulated", ",", "increasing", "susceptibility", "to", "infections", ",", "cancer", "and", "autoimmunity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "human", "immune", "cells", "and", "the", "effect", "of", "age", "are", "mostly", "studied", "in", "blood", ",", "we", "lack", "a", "comprehensive", "understanding", "of", "the", "effect", "of", "age", "on", "the", "majority", "of", "innate", "and", "adaptive", "immune", "cells", "that", "are", "maintained", "in", "tissues", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "investigating", "human", "tissue", "immunity", "across", "diverse", "ages", "has", "been", "difficult", "to", "achieve", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "obtaining", "tissues", "from", "organ", "donors", "enables", "the", "acquisition", "of", "blood", "and", "multiple", "tissues", "from", "individual", "donors", "and", "the", "isolation", "of", "viable", "immune", "cells", "across", "lineages", "for", "phenotypic", ",", "functional", "and", "multimodal", "single", "-", "cell", "profiling", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "previous", "studies", "of", "lymphocytes", "from", "organ", "donors", "showed", "that", "t", "lymphocyte", ",", "natural", "killer", "(", "nk", ")", "cell", "and", "innate", "lymphoid", "cell", "(", "il", "##c", ")", "subset", "composition", ",", "tissue", "residence", "and", "certain", "functional", "attributes", "are", "specific", "to", "the", "tissue", ",", "indicating", "that", "localization", "has", "a", "dominant", "role", "in", "determining", "the", "maintenance", "and", "functional", "responses", "of", "lymphocytes", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "whether", "these", "tissue", "-", "specific", "effects", "on", "human", "t", "cells", "are", "exhibited", "by", "other", "immune", "cell", "lineages", ",", "such", "as", "b", "cells", "and", "myeloid", "cells", ",", "and", "whether", "aging", "exerts", "general", "or", "tissue", "-", "specific", "effects", "have", "not", "been", "established", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "here", ",", "we", "present", "a", "comprehensive", "analysis", "of", "human", "immune", "cells", "using", "cellular", "index", "##ing", "of", "transcriptomes", "and", "epitopes", "(", "cite", "-", "seq", ")", "to", "simultaneously", "profile", "transcriptomes", "and", ">", "125", "surface", "proteins", "of", "myeloid", "and", "lymphoid", "-", "lineage", "cells", "in", "14", "tissue", "sites", "of", "24", "organ", "donors", "aged", "20", "–", "75", "years", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "identified", "a", "crucial", "role", "of", "tissue", "on", "immune", "cell", "composition", ",", "function", ",", "homing", "and", "differentiation", "across", "myeloid", "and", "lymphocyte", "lineages", ",", "including", "signatures", "specific", "for", "the", "gut", ",", "lungs", "and", "lymphoid", "organs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "across", "age", ",", "site", "-", "specific", "immune", "cell", "composition", "was", "largely", "maintained", ",", "although", "age", "-", "associated", "changes", "in", "function", ",", "signaling", "and", "metabolism", "were", "identified", "in", "certain", "subsets", "and", "sites", ",", "including", "macrophages", "in", "the", "lung", ",", "b", "cells", "in", "lymphoid", "organs", "and", "cd8", "t", "cells", "across", "sites", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "together", ",", "our", "findings", "reveal", "the", "complex", "interplay", "between", "tissue", ",", "lineage", ",", "subset", "and", "age", "in", "immune", "homeostasis", "that", "is", "important", "for", "defining", "immune", "dysfunctions", "in", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "isolated", "mononuclear", "cells", "(", "mn", "##cs", ")", "from", "blood", ",", "multiple", "lymphoid", "organs", ",", "lungs", ",", "airways", ",", "intestines", "and", "other", "sites", "using", "established", "protocols", "from", "24", "donors", "(", "10", "females", "and", "14", "males", ",", "aged", "20", "–", "75", "years", ")", "(", "fig", ".", "1a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "organ", "donors", "originated", "from", "new", "york", "city", "(", "usa", ")", "and", "cambridge", "(", "uk", ")", "and", "were", "free", "of", "chronic", "infection", ",", "cancer", "and", "overt", "disease", "(", "supplementary", "table", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "performed", "single", "-", "cell", "rna", "sequencing", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", "on", "tissues", "from", "all", "donors", ",", "including", "cite", "-", "seq", "with", "127", "proteins", "from", "22", "donors", "(", "supplementary", "table", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "obtained", "1", ".", "28", "million", "immune", "cell", "events", "from", "10", "sites", "with", ">", "75", ",", "000", "cells", "per", "site", ",", "including", "blood", ",", "bone", "marrow", "(", "bm", ")", ",", "spleen", ",", "different", "lymph", "nodes", "(", "lns", ")", "including", "lung", "-", "associated", "ln", "(", "ll", "##n", ")", ",", "mesenteric", "ln", "(", "mln", ")", "and", "inguinal", "ln", "(", "il", "##n", ")", ",", "lungs", ",", "comprising", "bronch", "##o", "alveol", "ar", "lavage", "(", "bal", ")", "and", "lung", "parenchyma", ",", "and", "jejunum", "(", "je", "##j", ")", ",", "divided", "into", "the", "intraepithelial", "layer", "(", "je", "##l", ")", "and", "lamina", "propria", "(", "jl", "##p", ")", "(", "fig", ".", "1a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "also", "purified", "low", "numbers", "of", "immune", "cells", "from", "liver", ",", "skin", ",", "colon", "epithelium", "and", "colon", "lamina", "propria", "from", "9", "donors", "(", "4", "females", ",", "aged", "25", "–", "75", "years", ";", "5", "males", ",", "aged", "20", "–", "55", "years", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "sites", "were", "therefore", "not", "included", "in", "the", "annotate", "d", "dataset", "below", "and", "are", "provided", "as", "a", "separate", "reference", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "data", "integration", ",", "we", "lever", "##aged", "multi", "-", "resolution", "variation", "##al", "inference", "(", "mr", "##vi", ")", ",", "which", "is", "designed", "for", "cohort", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mr", "##vi", "harmon", "##izes", "variation", "between", "cell", "states", "(", "for", "unified", "annotation", "of", "cell", "states", "across", "samples", ")", "and", "accounts", "for", "differences", "between", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "visualization", "with", "uniform", "manifold", "approximation", "and", "projection", "(", "um", "##ap", ")", "showed", "similar", "results", "across", "us", "and", "uk", "donors", ",", "sequencing", "technologies", "and", "other", "donor", "covariates", "such", "as", "sex", ",", "cytomegalovirus", "(", "cmv", ")", "and", "epstein", "–", "barr", "virus", "ser", "##ostat", "##us", "(", "fig", ".", "1b", "and", "extended", "data", "fig", ".", "1b", "–", "g", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "cells", "from", "blood", "and", "lymphoid", "organs", "(", "bm", ",", "spleen", ",", "lns", ")", "clustered", "similarly", ",", "cells", "from", "mucosal", "sites", "(", "lung", ",", "je", "##j", ")", "clustered", "distinc", "tl", "##y", "(", "fig", ".", "1c", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "annotation", ",", "we", "used", "multimodal", "classifier", "hierarchy", "(", "mm", "##och", "##i", ")", ",", "which", "lever", "##ages", "both", "surface", "protein", "and", "gene", "expression", "to", "hierarchical", "##ly", "classify", "cells", "into", "predefined", "categories", "(", "supplementary", "fig", ".", "1", "and", "supplementary", "table", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mm", "##och", "##i", "defined", "six", "major", "immune", "lineages", "found", "across", "all", "tissues", "(", "fig", ".", "1d", ")", "comprising", "13", "t", "cell", ",", "5", "nk", "/", "il", "##c", ",", "6", "b", "cell", "and", "7", "myeloid", "subsets", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "and", "the", "matching", "cell", "type", "from", "the", "braun", "et", "al", ".", "primary", "dataset", "as", "well", "as", "the", "data", "from", "ref", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "prevent", "technology", "effects", "to", "affect", "this", "analysis", ",", "we", "only", "used", "cells", "generated", "with", "the", "10x", "genomics", "3", "′", "v", ".", "2", "protocol", "in", "this", "comparison", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "generate", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "samples", "as", "described", "above", "and", "corrected", "organ", "##oid", "age", "in", "days", "and", "number", "of", "cells", "per", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "sample", "in", "the", "de", "comparison", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "the", "same", "edge", "##r", "-", "based", "procedure", "and", "cut", "-", "offs", "as", "described", "above", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "the", "sci", "##py", "fc", "##lu", "##st", "##er", "method", "to", "cluster", "genes", "on", "the", "basis", "of", "their", "log", "-", "fold", "changes", "in", "the", "two", "primary", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "grouped", "clusters", "to", "represent", "consistently", "upregulated", ",", "consistently", "downregulated", "and", "three", "different", "inconsistent", "##ly", "regulated", "groups", "of", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "computed", "functional", "enrichment", "of", "each", "gene", "group", "as", "described", "above", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "evaluate", "the", "effect", "of", "different", "organ", "##oid", "datasets", "on", "the", "protocol", "-", "based", "de", "analysis", ",", "we", "computed", "de", "between", "dorsal", "telencephal", "ic", "neuron", "nt", "-", "vglut", "of", "every", "organ", "##oid", "publication", "(", "further", "split", "by", "protocol", ",", "where", "more", "than", "one", "protocol", "was", "used", "in", "a", "publication", ")", "and", "the", "matching", "cell", "type", "in", "the", "dataset", "from", "ref", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "computed", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "samples", "and", "carried", "out", "the", "de", "analysis", "using", "the", "same", "procedure", "and", "cut", "-", "offs", "as", "in", "the", "protocol", "-", "based", "de", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "estimate", "the", "transcriptomic", "similarity", "between", "neurons", "in", "hn", "##oca", "and", "the", "human", "developing", "brain", "atlas", ",", "we", "first", "summarized", "the", "average", "expression", "of", "each", "neural", "cell", "type", "in", "the", "primary", "reference", ",", "as", "well", "as", "in", "each", "dataset", "of", "hn", "##oca", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "hn", "##oca", "dataset", ",", "only", "neural", "cell", "types", "with", "at", "least", "20", "cells", "were", "considered", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "across", "the", "neural", "cell", "types", "in", "the", "primary", "reference", "using", "a", "chi", "-", "squared", "test", "-", "based", "variance", "ratio", "test", "on", "the", "generalized", "linear", "model", "with", "gamma", "distribution", "(", "identity", "link", ")", ",", "given", "coefficient", "of", "variance", "of", "transcript", "counts", "across", "neural", "cell", "types", "as", "the", "response", "and", "the", "reciprocal", "of", "average", "transcript", "count", "across", "neural", "cell", "types", "as", "the", "independent", "variable", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "genes", "with", "benjamini", "–", "hochberg", "adjusted", "p", "values", "less", "than", "0", ".", "01", "were", "considered", "as", "highly", "variable", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similarity", "between", "one", "neural", "cell", "type", "in", "the", "primary", "atlas", "and", "its", "counterpart", "in", "each", "hn", "##oca", "dataset", "was", "then", "calculated", "as", "the", "spearman", "correlation", "coefficient", "across", "the", "identified", "highly", "variable", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "identify", "metabolically", "stressed", "cells", "in", "the", "datasets", ",", "we", "used", "the", "scan", "##py", "score", "_", "genes", "function", "with", "default", "parameters", "to", "score", "the", "‘", "canonical", "glyco", "lysis", "’", "gene", "set", "obtained", "from", "the", "enrich", "##r", "go", "_", "biological", "_", "process", "_", "202", "##1", "database", "across", "all", "neuronal", "cells", "from", "hn", "##oca", "and", "refs", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "characterize", "heterogeneity", "of", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "in", "hn", "##oca", ",", "we", "first", "transferred", "the", "cell", "type", "labels", "(", "as", "indicated", "as", "the", "‘", "type", "’", "label", "in", "the", "given", "metadata", ")", "from", "the", "human", "neocortical", "development", "atlas", "to", "the", "hn", "##oca", "telencephal", "ic", "npcs", ",", "intermediate", "progenitor", "cells", "and", "neurons", ",", "on", "the", "basis", "of", "transcriptomic", "correlation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "brief", ",", "each", "primary", "atlas", "cluster", "we", "obtained", "as", "mentioned", "above", "was", "assigned", "to", "a", "cell", "type", "as", "the", "most", "abundant", "cell", "type", "among", "cells", "in", "the", "cluster", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "label", "of", "the", "best", "-", "correlated", "primary", "cluster", "was", "then", "transferred", "to", "every", "query", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "given", "the", "transferred", "label", ",", "together", "with", "the", "level", "2", "cell", "type", "annotation", "shown", "in", "fig", ".", "1c", ",", "as", "the", "annotation", "label", ",", "scp", "##oli", "was", "applied", "to", "the", "telencephal", "ic", "subset", "of", "hn", "##oca", "for", "data", "integration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "benchmark", "how", "well", "different", "integration", "strategies", "recover", "the", "neuron", "subc", "##ell", "type", "heterogeneity", ",", "we", "generated", "four", "different", "clustering", "labels", ":", "(", "1", ")", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "(", "resolution", ",", "2", ")", "with", "the", "original", "scp", "##oli", "latent", "representation", ";", "(", "2", ")", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "(", "resolution", ",", "2", ")", "with", "the", "updated", "scp", "##oli", "representation", ";", "(", "3", ")", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "(", "resolution", ",", "2", ")", "with", "pca", "of", "hn", "##oca", "telencephal", "ic", "subset", "(", "based", "on", "scaled", "expression", "of", "3", ",", "000", "highly", "variable", "genes", "of", "the", "telencephal", "ic", "subset", "with", "flavor", "=", "‘", "se", "##ura", "##t", "’", ")", "and", "(", "4", ")", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "(", "resolution", ",", "1", ")", "for", "each", "sample", "separately", "(", "each", "with", "3", ",", "000", "highly", "variable", "genes", "identified", "with", "flavor", "=", "‘", "se", "##ura", "##t", "’", ",", "followed", "by", "data", "scale", "and", "pca", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "for", "each", "sample", "with", "at", "least", "500", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", ",", "the", "adjusted", "mutual", "information", "scores", "were", "calculated", "between", "each", "of", "those", "four", "clustering", "labels", "with", "the", "transferred", "cell", "type", "label", "mentioned", "above", "as", "the", "gold", "standard", ",", "across", "the", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", "as", "annotate", "d", "as", "the", "level", "2", "annotation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "create", "a", "comprehensive", "primary", "atlas", "of", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", "for", "de", "analysis", "between", "neural", "organoids", "and", "primary", "tissues", ",", "we", "subset", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", "or", "neocortical", "neurons", "from", "four", "different", "primary", "atlas", "##es", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "ref", ".", "," ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "in", "five", "author", "-", "defined", "clusters", "(", "60", ",", "57", ",", "79", ",", "45", ",", "65", ")", "with", "high", "expression", "of", "map2", ",", "dcx", "and", "neuro", "##d", "##6", "were", "selected", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "ref", ".", "," ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "with", "the", "following", "‘", "cluster", "##v2", "-", "final", "’", "labels", "were", "selected", ":", "‘", "neuron", "_", "28", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "34", "’", ",", "‘", "gw", "##19", "_", "2", "_", "29", "##ne", "##uron", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "30", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "66", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "gw", "##18", "_", "2", "_", "42", "##ne", "##uron", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "33", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "39", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "35", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "63", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "9", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "11", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "20", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "22", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "5", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "21", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "18", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "101", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "17", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "19", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "16", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "50", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "12", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "13", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "68", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "100", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "25", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "27", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "53", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "23", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "26", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "24", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "102", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "72", "##ne", "##uron", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "15", "’", ",", "‘", "neuron", "_", "29", "’", "and", "‘", "neuron", "_", "35", "##ne", "##uron", "’", "on", "the", "basis", "of", "their", "high", "expression", "of", "neuro", "##d", "##6", "and", "fox", "##g1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "ref", ".", "," ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "dissected", "from", "dorsal", "telencephalon", "that", "were", "annotate", "d", "as", "neurons", "with", "and", "only", "with", "the", "vglut", "nt", "##t", "label", "were", "selected", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "ref", ".", "," ]

[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "annotate", "d", "as", "excitatory", "neurons", "were", "selected", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "the", "curate", "d", "clusters", "of", "the", "wang", "et", "al", ".", "primary", "atlas", ",", "as", "described", "earlier", ",", "were", "also", "subset", "to", "those", "with", "excitatory", "neuron", "labels", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "selected", "dorsal", "telencephal", "ic", "neuron", "subsets", "of", "the", "atlas", "##es", "were", "merged", "into", "the", "joint", "neocortical", "neuron", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "next", ",", "cells", "in", "the", "joint", "neocortical", "neuron", "atlas", "were", "correlated", "with", "the", "average", "expression", "profile", "of", "each", "excitatory", "neuron", "cluster", "of", "the", "wang", "et", "al", ".", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "cluster", "label", "of", "the", "best", "-", "correlated", "cluster", "was", "assigned", "to", "each", "cell", "in", "the", "joined", "neocortical", "neuron", "atlas", ",", "so", "that", "cell", "cluster", "labels", "were", "harmon", "##ized", "for", "all", "cells", "in", "the", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "label", "-", "aware", "data", "integration", "was", "then", "performed", "using", "scp", "##oli", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "on", "the", "basis", "of", "the", "scp", "##oli", "latent", "representation", ",", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "was", "performed", "on", "the", "joint", "neocortical", "neuron", "atlas", "(", "resolution", ",", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "cluster", "label", "was", "transferred", "to", "the", "dorsal", "telencephal", "ic", "neurons", "in", "hn", "##oca", "with", "max", "-", "correlation", "manner", "across", "highly", "variable", "genes", "defined", "on", "average", "transcriptomic", "profiles", "of", "clusters", "in", "the", "joint", "neocortical", "neuron", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "we", "included", "11", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "of", "neural", "organoids", ",", "which", "were", "designed", "to", "model", "10", "different", "neural", "diseases", "including", "microc", "##ep", "##hal", "##y", ",", "amyot", "rop", "##hic", "lateral", "sclerosis", ",", "alzheimer", "’", "s", "disease", ",", "autism", ",", "fxs", ",", "schizophrenia", ",", "neuronal", "hetero", "##top", "##ia", ",", "pit", "##t", "–", "hopkins", "syndrome", ",", "myo", "##tonic", "dystrophy", "and", "glioblastoma", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "count", "matrices", "and", "metadata", "were", "directly", "downloaded", "for", "the", "ten", "datasets", "with", "processed", "data", "provided", "in", "the", "gene", "expression", "omnibus", "or", "array", "##exp", "##ress", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "the", "dataset", "with", "only", "fast", "##q", "files", "available", ",", "we", "downloaded", "the", "fast", "##q", "files", "and", "used", "cell", "range", "##r", "(", "v", ".", "4", ".", "0", ")", "to", "map", "reads", "to", "the", "human", "reference", "genome", "and", "transcriptome", "retrieved", "from", "cell", "range", "##r", "website", "(", "gr", "##ch", "##38", "v", ".", "3", ".", "0", ".", "0", ")", "for", "gene", "expression", "quantification", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "datasets", "were", "concatenated", "together", "with", "ann", "##da", "##ta", "in", "python", "(", "join", "=", "‘", "inner", "’", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "dataset", ",", "samples", "were", "grouped", "into", "either", "‘", "disease", "’", "or", "‘", "control", "’", "as", "their", "disease", "status", ",", "with", "‘", "disease", "’", "representing", "data", "from", "patient", "cell", "lines", ",", "mutant", "cell", "lines", "with", "disease-related", "alleles", ",", "cells", "carrying", "targeting", "guide", "rnas", "(", "grna", "##s", ")", "in", "crispr", "-", "based", "screen", "and", "tumour", "-", "derived", "organoids", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "and", "‘", "control", "’", "representing", "data", "from", "healthy", "cell", "lines", ",", "mutation", "-", "corrected", "cell", "lines", "and", "cells", "carrying", "only", "non", "-", "targeting", "grna", "##s", "in", "a", "crispr", "-", "based", "screen", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "next", ",", "for", "both", "hn", "##oca", "and", "the", "disease", "-", "modelling", "atlas", ",", "cells", "were", "represented", "by", "the", "concatenated", "representation", "of", "hn", "##oca", "-", "scp", "##oli", "and", "primary", "-", "scan", "##vi", "models", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "bip", "##artite", "wk", "##nn", "graph", "was", "then", "reconstructed", "as", "mentioned", "above", ",", "by", "identifying", "50", "nearest", "neighbour", "##s", "in", "hn", "##oca", "for", "each", "disease", "-", "modelling", "atlas", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "on", "the", "basis", "of", "the", "bip", "##artite", "wk", "##nn", ",", "the", "majority", "vo", "##ting", "-", "based", "label", "transfer", "was", "applied", "to", "transfer", "the", "four", "levels", "of", "hierarchical", "cell", "type", "annotation", "and", "regional", "identity", "to", "the", "disease", "-", "modelling", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "analyse", "the", "glioblastoma", "organ", "##oid", "dataset", "(", "gbm", "-", "2019", ")", ",", "cells", "from", "the", "publication", "were", "subset", "from", "the", "integrated", "disease", "-", "modelling", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "scan", "##py", ",", "highly", "variable", "genes", "were", "identified", "with", "default", "parameters", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "log", "-", "normalized", "expression", "values", "of", "the", "highly", "variable", "genes", "were", "then", "scaled", "across", "cells", ",", "the", "truncated", "pca", "was", "performed", "with", "the", "top", "20", "principal", "components", "used", "for", "the", "following", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "harmon", "##yp", "##y", ",", "the", "python", "implementation", "of", "harmon", "##y", ",", "was", "applied", "to", "integrate", "cells", "from", "different", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "on", "the", "basis", "of", "the", "harmon", "##y", "-", "integrated", "embedding", "##s", ",", "the", "neighbour", "graph", "was", "reconstructed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "um", "##ap", "embedding", "##s", "and", "lo", "##uv", "##ain", "clusters", "(", "resolution", ",", "0", ".", "5", ")", "were", "created", "on", "the", "basis", "of", "the", "nearest", "neighbour", "graph", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "among", "the", "12", "identified", "clusters", ",", "cluster", "-", "7", "and", "cluster", "-", "0", ",", "the", "two", "clusters", "with", "the", "highest", "aqp4", "expression", ",", "were", "selected", "for", "the", "following", "de", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "analyse", "the", "fxs", "dataset", "(", "fxs", "-", "202", "##1", ")", ",", "cells", "from", "the", "publication", "were", "subset", "from", "the", "integrated", "disease", "-", "modelling", "atlas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "same", "procedure", "of", "highly", "variable", "gene", "identification", ",", "data", "scaling", "and", "pca", "as", "the", "gbm", "-", "2019", "dataset", "was", "applied", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "the", "nearest", "neighbour", "graph", "was", "created", "directly", "on", "the", "basis", "of", "the", "top", "20", "principal", "components", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "um", "##ap", "embedding", "##s", "and", "lo", "##uv", "##ain", "clusters", "(", "resolution", ",", "1", ")", "were", "then", "created", "on", "the", "basis", "of", "the", "reconstructed", "nearest", "neighbour", "graph", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "among", "the", "30", "clusters", ",", "cluster", "-", "17", "and", "cluster", "-", "23", ",", "which", "express", "em", "##x1", "and", "fox", "##g1", "and", "were", "largely", "predicted", "to", "be", "dorsal", "telencephal", "ic", "npcs", "and", "neurons", "according", "to", "the", "transferred", "labels", "from", "hn", "##oca", ",", "were", "selected", "for", "the", "following", "de", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "to", "construct", "the", "hn", "##oca", "-", "ce", ",", "we", "first", "collected", "raw", "count", "matrices", "and", "associated", "metadata", "of", "five", "more", "neural", "organ", "##oid", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "two", "publications", ",", "we", "obtained", "them", "from", "the", "sources", "listed", "in", "the", "‘", "data", "availability", "’", "section", "of", "the", "paper", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "the", "remaining", "three", "publications", ",", "count", "matrices", "and", "associated", "metadata", "were", "provided", "directly", "by", "the", "authors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "subset", "each", "dataset", "to", "the", "healthy", "control", "cells", "and", "removed", "any", "cells", "with", "fewer", "than", "200", "genes", "expressed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "subset", "the", "gene", "space", "of", "every", "dataset", "to", "the", "3", ",", "000", "hv", "##gs", "of", "hn", "##oca", "while", "filling", "the", "expression", "of", "missing", "genes", "in", "the", "community", "datasets", "with", "zero", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "on", "average", ",", "23", "%", "of", "genes", "with", "zero", "expression", "were", "added", "per", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "instant", "##iated", "a", "mapping", "object", "from", "the", "hn", "##oca", "-", "tools", "package", "(", "at", "commit", "fe3", "##8", "##c5", "##2", ")", "using", "the", "saved", "scp", "##oli", "model", "weights", "from", "the", "hn", "##oca", "integration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "the", "map", "_", "query", "method", "of", "the", "mapp", "##er", "instance", ",", "we", "projected", "the", "community", "datasets", "to", "hn", "##oca", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "the", "following", "training", "hyperparameter", "s", ":", "retr", "##ain", "=", "‘", "partial", "’", ",", "batch", "_", "size", "=", "256", ",", "unlabeled", "_", "prototype", "_", "training", "=", "false", ",", "n", "_", "epochs", "=", "10", ",", "pret", "##ra", "##ining", "_", "epochs", "=", "9", ",", "early", "_", "stopping", "_", "kw", "##arg", "##s", "=", "early", "_", "stopping", "_", "kw", "##arg", "##s", ",", "eta", "=", "10", ",", "alpha", "_", "epoch", "_", "anneal", "=", "10", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "computed", "the", "wk", "##nn", "graph", "using", "the", "compute", "_", "wk", "##nn", "method", "of", "the", "mapp", "##er", "instance", "with", "k", "=", "100", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "transferred", "the", "final", "level", "_", "2", "cell", "type", "labels", "from", "hn", "##oca", "to", "the", "community", "datasets", "using", "this", "neighbour", "graph", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "obtain", "the", "combined", "representation", "of", "hn", "##oca", "-", "ce", ",", "we", "projected", "hn", "##oca", "together", "with", "the", "added", "community", "datasets", "through", "the", "trained", "model", "and", "computed", "a", "neighbour", "graph", "and", "um", "##ap", "from", "the", "resulting", "latent", "representation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##115", "##78", "##87", "##8", "multimodal", "profiling", "reveals", "tissue", "-", "directed", "signatures", "of", "human", "immune", "cells", "altered", "with", "age", "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "the", "immune", "system", "comprises", "multiple", "cell", "lineages", "and", "subsets", "maintained", "in", "tissues", "throughout", "the", "lifespan", ",", "with", "unknown", "effects", "of", "tissue", "and", "age", "on", "immune", "cell", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", "we", "comprehensively", "profiled", "rna", "and", "surface", "protein", "expression", "of", "over", "1", ".", "25", "million", "immune", "cells", "from", "blood", "and", "lymphoid", "and", "mucosal", "tissues", "from", "24", "organ", "donors", "aged", "20", "–", "75", "years", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "annotate", "d", "major", "lineages", "(", "t", "cells", ",", "b", "cells", ",", "innate", "lymphoid", "cells", "and", "myeloid", "cells", ")", "and", "corresponding", "subsets", "using", "a", "multimodal", "classifier", "and", "probabilistic", "modeling", "for", "comparison", "across", "tissue", "sites", "and", "age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "we", "identified", "dominant", "site", "-", "specific", "effects", "on", "immune", "cell", "composition", "and", "function", "across", "lineages", ";", "age", "-", "associated", "effects", "were", "manifested", "by", "site", "and", "lineage", "for", "macrophages", "in", "mucosal", "sites", ",", "b", "cells", "in", "lymphoid", "organs", ",", "and", "circulating", "t", "cells", "and", "natural", "killer", "cells", "across", "blood", "and", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "our", "results", "reveal", "tissue", "-", "specific", "signatures", "of", "immune", "homeostasis", "throughout", "the", "body", ",", "from", "which", "to", "define", "immune", "pathologies", "across", "the", "human", "lifespan", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "the", "immune", "system", "lever", "##ages", "a", "dynamic", "network", "of", "specialized", "cells", "spread", "across", "the", "body", "to", "defe", "##nd", "against", "infections", "and", "cancer", ",", "regulate", "inflammation", "and", "repair", "tissue", "damage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "myeloid", "cells", "—", "macrophages", ",", "monocytes", "and", "dendritic", "cells", "(", "dcs", ")", "—", "initiate", "innate", "immunity", "at", "mucosal", "and", "barrier", "sites", ",", "while", "adaptive", "immunity", "is", "mediated", "by", "antigen-specific", "t", "and", "b", "lymphocytes", "in", "lymphoid", "organs", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "immune", "memory", "is", "established", "following", "antigen", "-", "driven", "activation", "and", "differentiation", "of", "t", "cells", "and", "b", "cells", ",", "resulting", "in", "heterogeneous", "subsets", "of", "circulating", "and", "tissue", "resident", "memory", "t", "cells", "(", "t", "rm", ")", "and", "b", "cells", "that", "persist", "in", "diverse", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "with", "age", ",", "immune", "memory", "accumulates", ",", "although", "responses", "can", "become", "dysregulated", ",", "increasing", "susceptibility", "to", "infections", ",", "cancer", "and", "autoimmunity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "human", "immune", "cells", "and", "the", "effect", "of", "age", "are", "mostly", "studied", "in", "blood", ",", "we", "lack", "a", "comprehensive", "understanding", "of", "the", "effect", "of", "age", "on", "the", "majority", "of", "innate", "and", "adaptive", "immune", "cells", "that", "are", "maintained", "in", "tissues", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "investigating", "human", "tissue", "immunity", "across", "diverse", "ages", "has", "been", "difficult", "to", "achieve", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "obtaining", "tissues", "from", "organ", "donors", "enables", "the", "acquisition", "of", "blood", "and", "multiple", "tissues", "from", "individual", "donors", "and", "the", "isolation", "of", "viable", "immune", "cells", "across", "lineages", "for", "phenotypic", ",", "functional", "and", "multimodal", "single", "-", "cell", "profiling", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "previous", "studies", "of", "lymphocytes", "from", "organ", "donors", "showed", "that", "t", "lymphocyte", ",", "natural", "killer", "(", "nk", ")", "cell", "and", "innate", "lymphoid", "cell", "(", "il", "##c", ")", "subset", "composition", ",", "tissue", "residence", "and", "certain", "functional", "attributes", "are", "specific", "to", "the", "tissue", ",", "indicating", "that", "localization", "has", "a", "dominant", "role", "in", "determining", "the", "maintenance", "and", "functional", "responses", "of", "lymphocytes", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "whether", "these", "tissue", "-", "specific", "effects", "on", "human", "t", "cells", "are", "exhibited", "by", "other", "immune", "cell", "lineages", ",", "such", "as", "b", "cells", "and", "myeloid", "cells", ",", "and", "whether", "aging", "exerts", "general", "or", "tissue", "-", "specific", "effects", "have", "not", "been", "established", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "here", ",", "we", "present", "a", "comprehensive", "analysis", "of", "human", "immune", "cells", "using", "cellular", "index", "##ing", "of", "transcriptomes", "and", "epitopes", "(", "cite", "-", "seq", ")", "to", "simultaneously", "profile", "transcriptomes", "and", ">", "125", "surface", "proteins", "of", "myeloid", "and", "lymphoid", "-", "lineage", "cells", "in", "14", "tissue", "sites", "of", "24", "organ", "donors", "aged", "20", "–", "75", "years", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "identified", "a", "crucial", "role", "of", "tissue", "on", "immune", "cell", "composition", ",", "function", ",", "homing", "and", "differentiation", "across", "myeloid", "and", "lymphocyte", "lineages", ",", "including", "signatures", "specific", "for", "the", "gut", ",", "lungs", "and", "lymphoid", "organs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "across", "age", ",", "site", "-", "specific", "immune", "cell", "composition", "was", "largely", "maintained", ",", "although", "age", "-", "associated", "changes", "in", "function", ",", "signaling", "and", "metabolism", "were", "identified", "in", "certain", "subsets", "and", "sites", ",", "including", "macrophages", "in", "the", "lung", ",", "b", "cells", "in", "lymphoid", "organs", "and", "cd8", "t", "cells", "across", "sites", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "together", ",", "our", "findings", "reveal", "the", "complex", "interplay", "between", "tissue", ",", "lineage", ",", "subset", "and", "age", "in", "immune", "homeostasis", "that", "is", "important", "for", "defining", "immune", "dysfunctions", "in", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "isolated", "mononuclear", "cells", "(", "mn", "##cs", ")", "from", "blood", ",", "multiple", "lymphoid", "organs", ",", "lungs", ",", "airways", ",", "intestines", "and", "other", "sites", "using", "established", "protocols", "from", "24", "donors", "(", "10", "females", "and", "14", "males", ",", "aged", "20", "–", "75", "years", ")", "(", "fig", ".", "1a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "organ", "donors", "originated", "from", "new", "york", "city", "(", "usa", ")", "and", "cambridge", "(", "uk", ")", "and", "were", "free", "of", "chronic", "infection", ",", "cancer", "and", "overt", "disease", "(", "supplementary", "table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "performed", "single", "-", "cell", "rna", "sequencing", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", "on", "tissues", "from", "all", "donors", ",", "including", "cite", "-", "seq", "with", "127", "proteins", "from", "22", "donors", "(", "supplementary", "table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "obtained", "1", ".", "28", "million", "immune", "cell", "events", "from", "10", "sites", "with", ">", "75", ",", "000", "cells", "per", "site", ",", "including", "blood", ",", "bone", "marrow", "(", "bm", ")", ",", "spleen", ",", "different", "lymph", "nodes", "(", "lns", ")", "including", "lung", "-", "associated", "ln", "(", "ll", "##n", ")", ",", "mesenteric", "ln", "(", "mln", ")", "and", "inguinal", "ln", "(", "il", "##n", ")", ",", "lungs", ",", "comprising", "bronch", "##o", "alveol", "ar", "lavage", "(", "bal", ")", "and", "lung", "parenchyma", ",", "and", "jejunum", "(", "je", "##j", ")", ",", "divided", "into", "the", "intraepithelial", "layer", "(", "je", "##l", ")", "and", "lamina", "propria", "(", "jl", "##p", ")", "(", "fig", ".", "1a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "also", "purified", "low", "numbers", "of", "immune", "cells", "from", "liver", ",", "skin", ",", "colon", "epithelium", "and", "colon", "lamina", "propria", "from", "9", "donors", "(", "4", "females", ",", "aged", "25", "–", "75", "years", ";", "5", "males", ",", "aged", "20", "–", "55", "years", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "sites", "were", "therefore", "not", "included", "in", "the", "annotate", "d", "dataset", "below", "and", "are", "provided", "as", "a", "separate", "reference", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "data", "integration", ",", "we", "lever", "##aged", "multi", "-", "resolution", "variation", "##al", "inference", "(", "mr", "##vi", ")", ",", "which", "is", "designed", "for", "cohort", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mr", "##vi", "harmon", "##izes", "variation", "between", "cell", "states", "(", "for", "unified", "annotation", "of", "cell", "states", "across", "samples", ")", "and", "accounts", "for", "differences", "between", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "visualization", "with", "uniform", "manifold", "approximation", "and", "projection", "(", "um", "##ap", ")", "showed", "similar", "results", "across", "us", "and", "uk", "donors", ",", "sequencing", "technologies", "and", "other", "donor", "covariates", "such", "as", "sex", ",", "cytomegalovirus", "(", "cmv", ")", "and", "epstein", "–", "barr", "virus", "ser", "##ostat", "##us", "(", "fig", ".", "1b", "and", "extended", "data", "fig", ".", "1b", "–", "g", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "although", "cells", "from", "blood", "and", "lymphoid", "organs", "(", "bm", ",", "spleen", ",", "lns", ")", "clustered", "similarly", ",", "cells", "from", "mucosal", "sites", "(", "lung", ",", "je", "##j", ")", "clustered", "distinc", "tl", "##y", "(", "fig", ".", "1c", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "annotation", ",", "we", "used", "multimodal", "classifier", "hierarchy", "(", "mm", "##och", "##i", ")", ",", "which", "lever", "##ages", "both", "surface", "protein", "and", "gene", "expression", "to", "hierarchical", "##ly", "classify", "cells", "into", "predefined", "categories", "(", "supplementary", "fig", ".", "1", "and", "supplementary", "table", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mm", "##och", "##i", "defined", "six", "major", "immune", "lineages", "found", "across", "all", "tissues", "(", "fig", ".", "1d", ")", "comprising", "13", "t", "cell", ",", "5", "nk", "/", "il", "##c", ",", "6", "b", "cell", "and", "7", "myeloid", "subsets", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]