OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "as", "an", "endogenously", "occurring", "population", "of", "nps", ",", "human", "central", "nervous", "system", "stem", "cells", "grown", "as", "neuros", "##pheres", "(", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "were", "utilized", "as", "a", "natural", "benchmark", "for", "derived", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "we", "developed", "an", "approach", "called", "reap", "(", "regression", "-", "based", "exon", "array", "protocol", ")", ",", "which", "is", "based", "on", "robust", "regression", "that", "analyzed", "signal", "estimates", "from", "affymetrix", "exon", "array", "data", "to", "identify", "as", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "experimental", "validation", "revealed", "alternative", "exons", "that", "disting", "ui", "##sh", "hescs", "from", "nps", ";", "some", "of", "them", "also", "disting", "ui", "##sh", "hescs", "from", "a", "variety", "of", "differentiated", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "comparison", "of", "reap", "-", "predicted", "alternative", "events", "with", "independent", "methods", ",", "such", "as", "using", "publicly", "available", "transcripts", "(", "ests", "and", "mrnas", ")", "and", "computational", "predictions", "based", "on", "genomic", "sequence", "information", "alone", "[", "55", "]", ",", "showed", "a", "strong", "concordance", "of", "reap", "-", "identified", "as", "exons", "with", "as", "events", "identified", "from", "these", "orthogonal", "methods", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "using", "analysis", "of", "the", "sequences", "flanking", "reap", "-", "identified", "alternative", "exons", ",", "we", "were", "able", "to", "discover", "known", "and", "novel", "cis", "-", "regulatory", "elements", "that", "potentially", "regulate", "these", "as", "events", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "derivation", "of", "neural", "progenitors", "from", "embryonic", "stem", "cells", "##nps", "were", "independently", "derived", "from", "two", "hesc", "lines", ",", "and", "rna", "extracted", "from", "the", "cell", "lines", "was", "processed", "and", "hy", "##br", "##i", "diz", "ed", "onto", "affymetrix", "human", "1", ".", "0", "st", "exon", "arrays", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "and", "reverse", "-", "transcriptase", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "rt", "-", "pcr", ")", "analyses", "demonstrated", "that", "the", "hescs", "expressed", "pluripotent", "marker", "genes", ",", "and", "the", "derived", "nps", "expressed", "multipotent", "and", "neurogenic", "markers", "similar", "to", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "undifferentiated", "cyt", "##her", "##a", "(", "cyt", "-", "es", ")", "and", "hu", "##es", "##6", "(", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", "hesc", "lines", "were", "maintained", "in", "culture", "as", "previously", "described", "[", "12", ",", "23", ",", "56", "]", "." ]	[ "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "utilizing", "specific", "antibod", "ie", "##s", ",", "we", "observed", "that", "undifferentiated", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "cells", "were", "positive", "for", "the", "pluripotent", "markers", "oct4", ",", "sse", "##a", "-", "4", ",", "and", "tra", "-", "1", "–", "80", "(", "unpublished", "data", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "nps", "were", "derived", "from", "the", "hesc", "cell", "lines", "using", "protocols", "optimized", "for", "each", "line", "(", "see", "materials", "and", "methods", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "greater", "than", "90", "%", "of", "derived", "np", "cells", "(", "cyt", "-", "np", "from", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "from", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", "were", "positive", "for", "sox", "##1", ",", "an", "early", "neuro", "##ect", "##odermal", "marker", ",", "and", "nestin", "(", "figure", "1a", ")", ",", "and", "negative", "for", "oct4", "(", "unpublished", "data", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "a", "natural", "benchmark", "for", "the", "derived", "nps", ",", "we", "utilized", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "which", "were", "previously", "isolated", "from", "fresh", "human", "fetal", "brain", "tissues", "using", "antibod", "ie", "##s", "to", "cell", "-", "surface", "markers", "and", "fluorescence", "-", "activated", "cell", "sorting", "[", "12", ",", "23", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "form", "neuros", "##pheres", "in", "culture", "which", "are", "greater", "than", "90", "%", "nestin", "and", "sox", "##1", "positive", ",", "and", "differentiate", "into", "both", "neurons", "and", "glial", "cells", "in", "vitro", "[", "12", ",", "23", "]", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "analysis", "confirmed", "that", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "were", "negative", "for", "oct4", "(", "unpublished", "data", ")", "and", "positive", "for", "sox", "##1", "and", "nestin", "(", "figure", "1a", ")", ".", "figure", "1m", "##olecular", "characterization", "of", "human", "embryonic", "stem", "cell", "lines", "and", "neuronal", "progenitors", "(", "a", ")", "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "analysis", "of", "markers", "in", "nps", "derived", "from", "the", "hesc", "lines", "(", "cyt", "-", "np", "from", "cyt", "-", "es", ";", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "from", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", "and", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-Tissue", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "cells", "were", "nestin", "and", "sox", "##1", "positive", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "nuclei", "stained", "positive", "for", "dapi", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "white", "horizontal", "bar", "indicated", "15", "μm", ".", "(", "b", ")", "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "of", "marker", "genes", "(", "gapdh", ",", "oct4", ",", "nanog", ",", "nestin", ",", "notch1", ",", "dn", "##er", ",", "and", "sox", "##1", ")", "from", "affymetrix", "exon", "array", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "vertical", "bars", "indicated", "average", "log2", "normalized", "signal", "estimates", ",", "and", "error", "bars", "represented", "standard", "deviations", "from", "three", "independent", "replicate", "experiments", "per", "cell", "type", ".", "(", "c", ")", "rt", "-", "pcr", "of", "marker", "genes", "(", "gapdh", ",", "oct4", ",", "nanog", ",", "nestin", ",", "notch1", ",", "dn", "##er", ",", "and", "sox", "##1", ")", ".", "here", ",", "known", "molecular", "markers", "were", "subjected", "to", "rt", "-", "pcr", "measurements", ",", "which", "were", "compared", "to", "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "generated", "from", "the", "exon", "array", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "total", "rna", "was", "extracted", ",", "and", "labeled", "cdna", "targets", "were", "generated", "from", "three", "independent", "preparations", "of", "each", "cell", "type", ",", "namely", "cyt", "-", "es", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ",", "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "to", "facilitate", "downstream", "analyses", ",", "instead", "of", "utilizing", "the", "meta", "-", "gene", "sets", "available", "from", "the", "manufacturers", ",", "we", "generated", "our", "own", "gene", "models", "by", "clustering", "alignments", "of", "ests", "and", "mrnas", "to", "annotate", "d", "known", "genes", "from", "the", "university", "of", "california", "santa", "cruz", "(", "ucsc", ")", "genome", "browser", "database", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "hy", "##br", "##i", "diz", "at", "##ion", ",", "scanning", ",", "and", "extraction", "of", "signal", "estimates", "for", "each", "probes", "##et", "on", "the", "exon", "arrays", ",", "gene", "-", "level", "estimates", "were", "computed", "based", "on", "our", "gene", "models", "using", "available", "normalization", "and", "signal", "estimation", "software", "from", "affymetrix", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "every", "gene", ",", "a", "t", "-", "statistic", "and", "corresponding", "p", "-", "value", "were", "computed", "representing", "the", "relative", "enrichment", "of", "the", "expression", "of", "the", "gene", "in", "hesc", "versus", "np", ",", "such", "as", "in", "cyt", "-", "es", "versus", "cyt", "-", "np", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "correcting", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "using", "the", "benjamini", "-", "hochberg", "method", ",", "a", "p", "-", "value", "cutoff", "of", "0", ".", "01", "was", "used", "to", "identify", "enriched", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "close", "inspection", "of", "all", "pairs", "of", "hesc", "-", "np", "comparisons", "revealed", "a", "generally", "significant", "overlap", "from", "31", "%", "to", "85", "%", "of", "the", "smaller", "of", "two", "compared", "sets", "of", "enriched", "genes", "(", "see", "figure", "s1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", "for", "the", "purpose", "of", "identifying", "overall", "pluripotent", "and", "neural", "lineage", "-", "specific", "genes", ",", "the", "collective", "set", "of", "nps", "(", "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "was", "compared", "to", "the", "collective", "set", "of", "hescs", "(", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", ".", "oct4", "and", "nanog", ",", "which", "are", "important", "in", "maintaining", "the", "pluripotent", "state", "of", "embryonic", "stem", "cells", "(", "escs", ")", ",", "were", "highly", "expressed", "in", "hescs", "but", "were", "significantly", "lower", "in", "nps", "(", "figure", "1b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "rt", "-", "pcr", "of", "oct4", "and", "nanog", "mrna", "levels", "ac", "curate", "ly", "reflected", "the", "signal", "estimates", "from", "the", "array", "(", "figure", "1c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "interestingly", ",", "nestin", "was", "not", "significantly", "higher", "in", "nps", "as", "compared", "to", "the", "hesc", "from", "the", "gene", "-", "level", "estimates", "(", "p", "-", "value", "0", ".", "06", "##5", ")", ",", "which", "was", "further", "confirmed", "by", "rt", "-", "pcr", "(", "figure", "1c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "notch", "was", "recently", "identified", "to", "be", "important", "in", "promoting", "the", "neural", "lineage", "entry", "in", "mouse", "escs", "[", "57", "]", "and", "was", "shown", "to", "regulate", "stem", "cell", "proliferation", "in", "somatic", "mouse", "and", "hesc", "[", "58", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "suggested", "that", "notch", "was", "significantly", "higher", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "relative", "to", "hescs", ",", "but", "levels", "of", "notch", "were", "not", "significantly", "different", "in", "the", "derived", "nps", "compared", "to", "hescs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "delta", "/", "notch", "-", "like", "egf", "-", "related", "receptor", "(", "dn", "##er", ")", ",", "a", "neuron", "-", "specific", "transmembrane", "protein", ",", "was", "recently", "shown", "to", "bind", "to", "notch", "at", "cell", "–", "cell", "contacts", "and", "activates", "notch", "signaling", "in", "vitro", "[", "59", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "rt", "-", "pcr", "validation", "of", "dn", "##er", "confirmed", "array", "-", "derived", "signal", "estimates", ",", "indicating", "an", "enrichment", "of", "dn", "##er", "in", "nps", "relative", "to", "hescs", "(", "figure", "1c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "sox", "##1", ",", "a", "hmg", "-", "box", "protein", "related", "to", "sr", "##y", ",", "was", "shown", "to", "be", "one", "of", "the", "earliest", "transcription", "factors", "expressed", "in", "cells", "committed", "to", "the", "neural", "fate", "[", "60", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", "the", "gene", "-", "level", "estimates", "indicated", "that", "sox", "##1", "was", "expressed", "significantly", "higher", "in", "nps", "relative", "to", "hescs", "(", "p", "-", "value", "0", ".", "0001", "##3", ",", "figure", "1b", ")", ",", "a", "finding", "that", "was", "confirmed", "by", "rt", "-", "pcr", "(", "figure", "1c", ")", ".", "from", "these", "examples", ",", "we", "concluded", "that", "rt", "-", "pcr", "validation", "correlated", "well", "with", "gene", "-", "level", "estimates", "from", "the", "exon", "array", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "the", "derived", "nps", "had", "decreased", "levels", "of", "pluripotent", "markers", "oct4", "and", "nanog", "but", "had", "levels", "of", "sox", "##1", "that", "were", "comparable", "to", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "this", "finding", "confirmed", "that", "the", "derived", "nps", "were", "committed", "to", "a", "neural", "fate", "and", "validated", "the", "use", "of", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "as", "a", "benchmark", "for", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "next", "we", "asked", "whether", "the", "highest", "enriched", "genes", "in", "hescs", "relative", "to", "nps", "reflected", "our", "existing", "knowledge", "in", "the", "literature", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "the", "above", "-", "mentioned", "groupings", "of", "hescs", "(", "cyt", "-", "es", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", "and", "nps", "(", "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", ",", "2", ",", "94", "##5", "genes", "were", "enriched", "in", "hescs", "relative", "to", "nps", ";", "and", "55", "##2", "genes", "were", "enriched", "in", "the", "nps", "relative", "to", "hescs", ",", "at", "a", "p", "-", "value", "significance", "cutoff", "of", "0", ".", "01", "(", "correcting", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "using", "the", "benjamini", "-", "hochberg", "method", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "15", "most", "enriched", "genes", "in", "hescs", "included", "genes", "such", "as", "terat", "##ocarcinoma", "-", "derived", "growth", "factor", "1", "(", "td", "##gf", "##1", "/", "cri", "##pt", "##o", ";", "p", "-", "value", "<", "10−", "##12", ")", ",", "zinc", "finger", "protein", "42", "(", "zfp", "##42", "/", "rex", "##1", ";", "p", "-", "value", "<", "10−", "##12", ")", ",", "oct4", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##12", ")", ",", "nanog", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##10", ")", ",", "lin", "-", "28", "homolog", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##10", ")", ",", "cadherin", "1", "prep", "##rotein", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##10", ")", ",", "claudin", "6", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##9", ")", ",", "ephrin", "receptor", "epha", "##1", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##9", ")", ",", "and", "erbb3", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##9", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "td", "##gf", "##1", "/", "cri", "##pt", "##o", "was", "first", "shown", "to", "stimulate", "dna", "synthesis", "and", "cell", "proliferation", "of", "both", "undifferentiated", "and", "differentiated", "embryonic", "carcinoma", "cells", "[", "61", "]", "and", "was", "later", "shown", "to", "be", "important", "for", "cardio", "myoc", "yt", "##e", "formation", "from", "mouse", "esc", "[", "62", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "oct4", ",", "reviewed", "in", "[", "63", "]", ",", "and", "nanog", "[", "64", "]", "are", "crucial", "for", "the", "pluripotency", "of", "hescs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "recently", ",", "knockdown", "of", "zfp", "##42", "/", "rex", "-", "1", "in", "mouse", "esc", "caused", "the", "cells", "to", "differentiate", "[", "65", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "gene", "-", "level", "exon", "array", "analysis", "confirmed", "that", "the", "hescs", "and", "nps", "were", "molecularly", "distinc", "t", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "reveal", "global", "functional", "differences", "between", "the", "enriched", "genes", "in", "hescs", "or", "nps", ",", "the", "enriched", "genes", "were", "subjected", "to", "a", "gene", "ontology", "(", "go", ",", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "gene", "##onto", "##log", "##y", ".", "org", ")", "analysis", "as", "described", "previously", "[", "55", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "enriched", "genes", "in", "hescs", "were", "more", "likely", "to", "be", "in", "molecular", "function", "categories", ",", "such", "as", "“", "rna", "binding", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##12", ")", ",", "“", "structural", "constituent", "of", "ribosome", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−5", "##1", ")", ",", "“", "exonuclease", "activity", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−6", ")", ",", "“", "cytochrome", "-", "c", "oxidase", "activity", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−5", ")", ",", "and", "“", "atp", "binding", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−6", ")", ",", "and", "in", "biological", "processes", "involved", "with", "“", "trna", "processing", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−6", ")", "and", "“", "protein", "biosynthesis", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−4", "##8", ")", ",", "consistent", "with", "our", "knowledge", "of", "hescs", "as", "a", "rapidly", "proliferating", "population", "of", "cells", "(", "figure", "2a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similar", "analysis", "of", "the", "enriched", "genes", "in", "nps", "revealed", "an", "overr", "##ep", "##res", "##entation", "in", "molecular", "functional", "categories", ",", "such", "as", "“", "calcium", "ion", "binding", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##8", ")", "and", "“", "structural", "molecule", "activity", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−5", ")", ",", "and", "in", "biological", "processes", "involved", "with", "“", "neurogenesis", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−3", "##8", ")", ",", "“", "cell", "adhesion", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##13", ")", ",", "“", "cell", "motility", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−4", ")", ",", "“", "development", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−6", ")", ",", "“", "neuropeptide", "signaling", "pathway", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−4", ")", ",", "and", "“", "endocyt", "os", "##is", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−4", ")", "(", "figure", "2b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "considering", "that", "these", "were", "the", "only", "categories", "that", "were", "significantly", "enriched", "out", "of", "more", "than", "18", ",", "000", "go", "terms", ",", "and", "that", "randomly", "selected", "sets", "of", "similar", "numbers", "of", "genes", "did", "not", "reveal", "statistical", "differences", "in", "go", "categories", ",", "our", "results", "confirmed", "that", "the", "global", "molecular", "profiles", "derived", "from", "exon", "array", "analysis", "were", "consistent", "with", "known", "differences", "between", "hescs", "and", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "figure", "2g", "##ene", "ontology", "analysis", "##di", "##ffer", "##ential", "gene", "expression", "of", "hescs", "(", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", "and", "nps", "(", "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "was", "computed", "from", "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "statistical", "significance", "for", "differential", "gene", "expression", "was", "determined", "by", "using", "t", "-", "statistics", "with", "benjamini", "-", "hochberg", "correction", "for", "false", "discovery", "rate", "(", "p", "<", "0", ".", "01", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "gene", "ontology", "“", "molecular", "function", ",", "”", "“", "cellular", "component", ",", "”", "and", "“", "biological", "process", "”", "categories", ",", "which", "differed", "significantly", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "in", "the", "representation", "between", "significantly", "enriched", "genes", "(", "black", "bars", ")", "and", "all", "other", "genes", "(", "white", "bars", ")", ",", "were", "shown", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "statistical", "significance", "for", "go", "analysis", "was", "assessed", "by", "using", "χ2", "statistics", "with", "bonferroni", "correction", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "go", "categories", "are", "ordered", "from", "top", "to", "bottom", "in", "order", "of", "decreasing", "##ly", "significant", "bias", "toward", "enriched", "genes", ".", "(", "a", ")", "go", "analysis", "of", "enriched", "genes", "in", "hescs", ".", "(", "b", ")", "go", "analysis", "of", "enriched", "genes", "in", "nps", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "to", "summarize", ",", "firstly", "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "and", "rt", "-", "pcr", "evidence", "validated", "that", "the", "cells", "exhibited", "expected", "characteristics", ";", "secondly", ",", "stage", "-", "specific", "marker", "gene", "differences", "by", "rt", "-", "pcr", "were", "reflected", "ac", "curate", "ly", "by", "gene", "-", "level", "estimates", "from", "the", "exon", "arrays", ";", "thirdly", ",", "the", "hesc", "-", "enriched", "genes", "were", "coherent", "with", "known", "genes", "that", "controlled", "pluripotency", "and", "self", "-", "renewal", ";", "and", "lastly", ",", "the", "global", "functional", "profiles", "exemplified", "expected", "biological", "differences", "between", "hesc", "and", "np", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "description", "of", "the", "regression", "-", "based", "exon", "array", "protocol", "##con", "##vin", "##ced", "that", "the", "signal", "estimates", "from", "the", "exon", "arrays", "reflected", "expected", "molecular", "and", "biological", "differences", "between", "hescs", "and", "nps", ",", "we", "sought", "to", "identify", "as", "events", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "compared", "cyt", "-", "es", "to", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "to", "illustrate", "our", "approach", "." ]	[ "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", "we", "normalized", "the", "data", "and", "generated", "signal", "estimates", "with", "robust", "multic", "##hip", "analysis", "(", "rm", "##a", ")", "and", "estimated", "the", "probability", "that", "each", "probes", "##et", "was", "detected", "above", "background", "(", "dab", "##g", ")", "using", "publicly", "available", "affymetrix", "power", "tools", "(", "apt", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "analyzed", "probes", "##ets", "that", "(", "i", ")", "comprised", "three", "or", "more", "individual", "probes", ";", "(", "ii", ")", "were", "localized", "within", "the", "exons", "of", "our", "gene", "models", "with", "evidence", "from", "at", "least", "three", "sources", "(", "mrna", ",", "est", ",", "or", "full", "-", "length", "cdna", ")", ";", "and", "(", "iii", ")", "were", "detected", "above", "background", "in", "at", "least", "one", "of", "the", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "total", ",", "17", ",", "430", "gene", "models", "were", "represented", "by", "probes", "##ets", "that", "satisfied", "these", "criteria", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", "we", "asked", "whether", "the", "probes", "##et", "expression", "within", "each", "gene", "model", "was", "positively", "correlated", "for", "any", "two", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "do", "this", "we", "calculated", "the", "pearson", "correlation", "coefficient", "between", "the", "vectors", "of", "median", "signal", "estimates", "across", "replicates", "in", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "the", "vast", "majority", "of", "genes", "(", ">", "80", "%", ")", "was", "found", "to", "have", "probes", "##et", "-", "level", "pearson", "correlation", "coefficients", "of", "greater", "than", "0", ".", "8", "(", "figure", "3a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", "we", "randomly", "perm", "##uted", "the", "association", "between", "the", "median", "signal", "estimates", "and", "the", "probes", "##ets", "for", "each", "gene", "in", "hescs", "(", "or", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "and", "observed", "that", "the", "distribution", "of", "pearson", "correlation", "coefficients", "for", "the", "perm", "##uted", "sets", "was", "centered", "at", "zero", ",", "as", "expected", "(", "figure", "3a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "indicated", "that", "the", "signal", "estimates", "for", "probes", "##ets", "between", "hescs", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "were", "highly", "correlated", "and", "suggested", "that", "a", "scatter", "plot", "of", "probes", "##et", "signal", "estimates", "between", "hescs", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "would", "reveal", "a", "linear", "relationship", "for", "the", "majority", "of", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "hypothesized", "that", "a", "linear", "regression", "to", "determine", "if", "some", "probes", "##ets", "behaved", "unexpectedly", "in", "one", "cell", "type", "compared", "to", "the", "other", "might", "be", "a", "reasonable", "approach", "to", "identify", "as", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "figure", "3d", "##es", "##cript", "##ion", "of", "the", "reap", "algorithm", "comparing", "exon", "array", "signal", "estimates", "from", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "and", "cyt", "-", "es", "(", "a", ")", "histogram", "of", "pearson", "correlation", "coefficients", "computed", "from", "median", "signal", "estimates", "for", "probes", "##ets", "between", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "for", "genes", "(", "blue", "bars", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genes", "were", "required", "to", "have", "more", "than", "five", "probes", "##ets", "localized", "within", "the", "exons", "in", "the", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "red", "bars", "represented", "pearson", "correlation", "coefficients", "computed", "from", "exons", "with", "shuff", "##led", "signal", "estimates", ".", "(", "b", ")", "each", "probes", "##et", "contained", "probes", "##et", "-", "level", "estimates", "from", "three", "replicates", "each", ",", "(", "a", ",", "b", ",", "c", ")", "in", "cyt", "-", "es", "and", "(", "d", ",", "e", ",", "f", ")", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "the", "five", "points", "summarizing", "the", "log2", "probes", "##et", "-", "level", "estimates", "are", "indicated", "by", "black", "filled", "circles", ".", "(", "c", ")", "each", "probes", "##et", "was", "summarized", "by", "five", "points", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "scatter", "plots", "of", "signal", "estimates", "for", "probes", "##ets", "that", "were", "present", "in", "at", "least", "one", "cell", "type", "(", "cyt", "-", "es", "or", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "for", "the", "eh", "##bp1", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "probes", "##ets", "were", "considered", "present", "if", "the", "dab", "##g", "p", "-", "value", "was", "<", "0", ".", "05", "for", "all", "three", "replicates", "in", "the", "cell", "type", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "regression", "line", "derived", "from", "robust", "linear", "regression", "with", "mm", "estimation", "is", "indicated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "points", "above", "the", "line", "represent", "probes", "##ets", "within", "exons", "that", "were", "enriched", "in", "cyt", "-", "es", "and", "points", "below", "represent", "exons", "that", "were", "enriched", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "points", "close", "to", "the", "regression", "line", "are", "not", "significantly", "different", "in", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "boxed", "points", "represented", "the", "five", "-", "point", "summary", "of", "a", "probes", "##et", "that", "was", "significantly", "enriched", "in", "cyt", "-", "es", "but", "was", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ".", "(", "d", ")", "histogram", "of", "student", "##ized", "residuals", "for", "points", "from", "the", "scatter", "plot", "in", "(", "c", ")", "in", "eh", "##bp1", ".", "(", "e", ")", "the", "histogram", "of", "student", "##ized", "residuals", "for", "all", "points", "for", "all", "analyzed", "probes", "##ets", "(", "100", "bins", ")", ".", "(", "f", ")", "the", "scatter", "plot", "of", "student", "##ized", "residuals", "generated", "from", "comparing", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", "of", "5", ",", "000", "randomly", "chosen", "probes", "##ets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "a", "possible", "representation", "of", "the", "data", "was", "explored", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "if", "we", "had", "n", "replicates", "in", "one", "condition", "and", "m", "replicates", "in", "the", "other", ",", "we", "could", "consider", "n", "*", "m", "points", "if", "we", "analyzed", "every", "possible", "pairing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "instance", ",", "three", "replicate", "signal", "estimates", "for", "every", "probes", "##et", "per", "cell", "line", ",", "such", "as", "signal", "estimates", "a", ",", "b", ",", "and", "c", "in", "hescs", "and", "d", ",", "e", ",", "and", "f", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "would", "translate", "to", "pairing", "every", "signal", "(", "d", ",", "a", ")", ",", "(", "d", ",", "b", ")", ",", "(", "d", ",", "c", ")", "…", "(", "f", ",", "a", ")", ",", "(", "f", ",", "b", ")", ",", "(", "f", ",", "c", ")", "for", "linear", "regression", "(", "figure", "3b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "instead", ",", "pairing", "the", "signal", "estimates", "of", "all", "replicates", "in", "one", "condition", "to", "the", "median", "of", "the", "other", "would", "only", "require", "n", "+", "m", "−", "1", "points", "and", "would", "capture", "the", "variation", "of", "the", "signal", "estimates", "of", "each", "probes", "##et", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "example", ",", "we", "considered", "(", "d", ",", "b", ")", ",", "(", "e", ",", "a", ")", ",", "(", "e", ",", "b", ")", ",", "(", "e", ",", "c", ")", ",", "and", "(", "f", ",", "b", ")", "points", "where", "b", "and", "d", "were", "the", "median", "intensities", "for", "the", "replicates", "in", "cyt", "-", "es", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "respectively", "(", "figure", "3b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "scatter", "plot", "of", "all", "probes", "##ets", "of", "the", "eh", "##bp1", "(", "eh", "domain", "binding", "protein", ",", "refseq", "identifier", "nm", "_", "015", "##25", "##2", ")", "is", "shown", "in", "figure", "3c", "in", "the", "format", "described", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "probes", "##et", "was", "represented", "by", "5", "points", "of", "log", "-", "transformed", "(", "base", "2", ")", "values", ";", "and", "each", "point", "on", "the", "scatter", "plot", "reflected", "the", "extent", "of", "inclusion", "of", "an", "exon", "in", "hescs", "and", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "figure", "3c", ")", ".", "a", "classical", "linear", "regression", "model", "could", "be", "proposed", "to", "fit", "the", "response", "variable", "yi", "##j", ",", "the", "log2", "expression", "of", "probes", "##et", "i", "in", "cell", "-", "type", "j", "(", "for", "example", ",", "j", "is", "cyt", "-", "esc", ")", "to", "explanatory", "variables", "xi", "##k", ",", "and", "the", "log2", "expression", "of", "probes", "##et", "i", "in", "cell", "type", "k", "(", "for", "example", ",", "k", "is", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "however", ",", "classical", "linear", "regression", "by", "least", "-", "squares", "estimation", "is", "biased", "because", "the", "least", "squares", "predictions", "are", "strongly", "influenced", "by", "the", "outliers", ",", "leading", "to", "completely", "incorrect", "regression", "line", "estimates", ",", "masking", "of", "the", "outliers", ",", "and", "incorrect", "predictions", "of", "outliers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "therefore", ",", "we", "applied", "m", "-", "estimation", "robust", "regression", "to", "estimate", "the", "line", ",", "which", "is", "less", "sensitive", "to", "outliers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "fitting", "was", "performed", "using", "an", "iter", "##ated", ",", "re", "-", "weighted", "least", "squares", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "assumption", "was", "that", "most", "of", "the", "points", "were", "“", "correct", ",", "”", "i", ".", "e", ".", ",", "that", "most", "of", "the", "exons", "were", "constitutively", "spliced", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "robust", "regression", "would", "find", "the", "line", "that", "was", "least", "dependent", "on", "outliers", ",", "which", "would", "be", "potential", "as", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "assumption", "was", "substantiate", "d", "by", "our", "observation", "that", ",", "using", "publicly", "available", "ests", "and", "mrnas", ",", "a", "minority", "of", "human", "exons", "(", "7", "%", ")", "have", "evidence", "for", "exon", "-", "skipping", ",", "the", "most", "common", "form", "of", "as", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "robust", "regression", ",", "the", "regression", "line", "for", "cyt", "-", "esc", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "in", "the", "eh", "##bp1", "gene", "is", "illustrated", "in", "figure", "3c", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "boxed", "points", "belonged", "to", "a", "probes", "##et", "that", "was", "enriched", "in", "hescs", "but", "depleted", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "which", "was", "suspected", "to", "be", "due", "to", "as", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "difference", "between", "the", "actual", "and", "regression", "-", "based", "predicted", "value", ",", "normalized", "by", "the", "estimate", "of", "its", "standard", "deviation", ",", "is", "called", "the", "student", "##ized", "residuals", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "student", "##ized", "residuals", "were", "computed", "for", "all", "probes", "##et", "pairs", "in", "eh", "##bp1", ",", "and", "the", "histogram", "depicting", "their", "distribution", "is", "illustrated", "in", "figure", "3d", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "expected", ",", "the", "mean", "of", "the", "distribution", "was", "close", "to", "zero", ",", "and", "the", "distribution", "was", "approximated", "by", "a", "t", "-", "distribution", "with", "n", "-", "p", "-", "1", "degrees", "of", "freedom", ",", "where", "n", "was", "the", "number", "of", "points", "on", "the", "scatter", "plot", ",", "and", "the", "number", "of", "parameters", "p", "was", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "boxed", "points", "had", "student", "##ized", "residuals", "of", "1", ".", "82", "##9", ",", "3", ".", "104", ",", "2", ".", "63", "##4", ",", "3", ".", "012", ",", "and", "2", ".", "125", "with", "p", "-", "values", "of", "0", ".", "034", ",", "0", ".", "001", "##19", ",", "0", ".", "004", "##77", ",", "0", ".", "001", "##58", ",", "and", "0", ".", "017", "##80", ",", "respectively", ",", "computed", "based", "on", "the", "t", "-", "distribution", "(", "figure", "3c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "at", "a", "stringent", "p", "-", "value", "cutoff", "of", "0", ".", "01", ",", "four", "of", "the", "five", "student", "##ized", "residuals", "were", "designated", "as", "significant", "“", "outliers", ",", "”", "indicating", "that", "the", "probes", "##et", "was", "“", "unusual", ".", "”" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "rt", "-", "pcr", "confirmed", "that", "the", "exon", ",", "represented", "by", "the", "probes", "##et", ",", "was", "indeed", "differentially", "included", "in", "hescs", "and", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "figure", "7b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "applying", "this", "approach", "to", "all", "gene", "models", "revealed", "that", ",", "as", "expected", ",", "the", "majority", "of", "student", "##ized", "residuals", "are", "centered", "at", "zero", "(", "figure", "3e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", "far", "in", "the", "example", ",", "our", "analysis", "was", "based", "on", "regression", "of", "hescs", "(", "y", "-", "axis", ")", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "x", "-", "axis", ")", "(", "figure", "3b", "–", "3d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "robust", "regression", "as", "described", "was", "not", "symmetrical", ",", "i", ".", "e", ".", ",", "parameter", "estimation", "of", "y", "as", "a", "function", "of", "x", "was", "not", "the", "same", "as", "that", "of", "x", "as", "a", "function", "of", "y", ".", "the", "negative", "slope", "revealed", "that", "probes", "##ets", "enriched", "in", "hescs", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "positive", "valued", ")", ",", "were", "expected", "##ly", "depleted", "when", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "was", "compared", "to", "hescs", "(", "negative", "valued", ";", "figure", "3f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "our", "method", "for", "predicting", "candidate", "alternative", "exons", "was", "based", "on", "identification", "of", "outliers", "using", "robust", "regression", ",", "we", "named", "the", "method", "reap", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "identification", "and", "removal", "of", "false", "positives", "##in", "the", "process", "of", "experimentally", "validating", "our", "predictions", ",", "we", "encountered", "three", "main", "sources", "of", "false", "positives", "(", "fp", ")", "from", "robust", "regression", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "we", "identified", "genes", "with", "probes", "##et", "signal", "estimates", "that", "were", "poorly", "correlated", "and", "were", "not", "amenable", "to", "our", "method", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "an", "endogenously", "occurring", "population", "of", "nps", ",", "human", "central", "nervous", "system", "stem", "cells", "grown", "as", "neuros", "##pheres", "(", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "were", "utilized", "as", "a", "natural", "benchmark", "for", "derived", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "we", "developed", "an", "approach", "called", "reap", "(", "regression", "-", "based", "exon", "array", "protocol", ")", ",", "which", "is", "based", "on", "robust", "regression", "that", "analyzed", "signal", "estimates", "from", "affymetrix", "exon", "array", "data", "to", "identify", "as", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "experimental", "validation", "revealed", "alternative", "exons", "that", "disting", "ui", "##sh", "hescs", "from", "nps", ";", "some", "of", "them", "also", "disting", "ui", "##sh", "hescs", "from", "a", "variety", "of", "differentiated", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "comparison", "of", "reap", "-", "predicted", "alternative", "events", "with", "independent", "methods", ",", "such", "as", "using", "publicly", "available", "transcripts", "(", "ests", "and", "mrnas", ")", "and", "computational", "predictions", "based", "on", "genomic", "sequence", "information", "alone", "[", "55", "]", ",", "showed", "a", "strong", "concordance", "of", "reap", "-", "identified", "as", "exons", "with", "as", "events", "identified", "from", "these", "orthogonal", "methods", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "using", "analysis", "of", "the", "sequences", "flanking", "reap", "-", "identified", "alternative", "exons", ",", "we", "were", "able", "to", "discover", "known", "and", "novel", "cis", "-", "regulatory", "elements", "that", "potentially", "regulate", "these", "as", "events", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "derivation", "of", "neural", "progenitors", "from", "embryonic", "stem", "cells", "##nps", "were", "independently", "derived", "from", "two", "hesc", "lines", ",", "and", "rna", "extracted", "from", "the", "cell", "lines", "was", "processed", "and", "hy", "##br", "##i", "diz", "ed", "onto", "affymetrix", "human", "1", ".", "0", "st", "exon", "arrays", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "and", "reverse", "-", "transcriptase", "polymerase", "chain", "reaction", "(", "rt", "-", "pcr", ")", "analyses", "demonstrated", "that", "the", "hescs", "expressed", "pluripotent", "marker", "genes", ",", "and", "the", "derived", "nps", "expressed", "multipotent", "and", "neurogenic", "markers", "similar", "to", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "undifferentiated", "cyt", "##her", "##a", "(", "cyt", "-", "es", ")", "and", "hu", "##es", "##6", "(", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", "hesc", "lines", "were", "maintained", "in", "culture", "as", "previously", "described", "[", "12", ",", "23", ",", "56", "]", "." ]

[ "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "utilizing", "specific", "antibod", "ie", "##s", ",", "we", "observed", "that", "undifferentiated", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", "cells", "were", "positive", "for", "the", "pluripotent", "markers", "oct4", ",", "sse", "##a", "-", "4", ",", "and", "tra", "-", "1", "–", "80", "(", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "nps", "were", "derived", "from", "the", "hesc", "cell", "lines", "using", "protocols", "optimized", "for", "each", "line", "(", "see", "materials", "and", "methods", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "greater", "than", "90", "%", "of", "derived", "np", "cells", "(", "cyt", "-", "np", "from", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "from", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", "were", "positive", "for", "sox", "##1", ",", "an", "early", "neuro", "##ect", "##odermal", "marker", ",", "and", "nestin", "(", "figure", "1a", ")", ",", "and", "negative", "for", "oct4", "(", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "a", "natural", "benchmark", "for", "the", "derived", "nps", ",", "we", "utilized", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "which", "were", "previously", "isolated", "from", "fresh", "human", "fetal", "brain", "tissues", "using", "antibod", "ie", "##s", "to", "cell", "-", "surface", "markers", "and", "fluorescence", "-", "activated", "cell", "sorting", "[", "12", ",", "23", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "form", "neuros", "##pheres", "in", "culture", "which", "are", "greater", "than", "90", "%", "nestin", "and", "sox", "##1", "positive", ",", "and", "differentiate", "into", "both", "neurons", "and", "glial", "cells", "in", "vitro", "[", "12", ",", "23", "]", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "analysis", "confirmed", "that", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "were", "negative", "for", "oct4", "(", "unpublished", "data", ")", "and", "positive", "for", "sox", "##1", "and", "nestin", "(", "figure", "1a", ")", ".", "figure", "1m", "##olecular", "characterization", "of", "human", "embryonic", "stem", "cell", "lines", "and", "neuronal", "progenitors", "(", "a", ")", "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "analysis", "of", "markers", "in", "nps", "derived", "from", "the", "hesc", "lines", "(", "cyt", "-", "np", "from", "cyt", "-", "es", ";", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "np", "from", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", "and", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-Tissue", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "cells", "were", "nestin", "and", "sox", "##1", "positive", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "nuclei", "stained", "positive", "for", "dapi", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "white", "horizontal", "bar", "indicated", "15", "μm", ".", "(", "b", ")", "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "of", "marker", "genes", "(", "gapdh", ",", "oct4", ",", "nanog", ",", "nestin", ",", "notch1", ",", "dn", "##er", ",", "and", "sox", "##1", ")", "from", "affymetrix", "exon", "array", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "vertical", "bars", "indicated", "average", "log2", "normalized", "signal", "estimates", ",", "and", "error", "bars", "represented", "standard", "deviations", "from", "three", "independent", "replicate", "experiments", "per", "cell", "type", ".", "(", "c", ")", "rt", "-", "pcr", "of", "marker", "genes", "(", "gapdh", ",", "oct4", ",", "nanog", ",", "nestin", ",", "notch1", ",", "dn", "##er", ",", "and", "sox", "##1", ")", ".", "here", ",", "known", "molecular", "markers", "were", "subjected", "to", "rt", "-", "pcr", "measurements", ",", "which", "were", "compared", "to", "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "generated", "from", "the", "exon", "array", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "total", "rna", "was", "extracted", ",", "and", "labeled", "cdna", "targets", "were", "generated", "from", "three", "independent", "preparations", "of", "each", "cell", "type", ",", "namely", "cyt", "-", "es", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ",", "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "to", "facilitate", "downstream", "analyses", ",", "instead", "of", "utilizing", "the", "meta", "-", "gene", "sets", "available", "from", "the", "manufacturers", ",", "we", "generated", "our", "own", "gene", "models", "by", "clustering", "alignments", "of", "ests", "and", "mrnas", "to", "annotate", "d", "known", "genes", "from", "the", "university", "of", "california", "santa", "cruz", "(", "ucsc", ")", "genome", "browser", "database", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "hy", "##br", "##i", "diz", "at", "##ion", ",", "scanning", ",", "and", "extraction", "of", "signal", "estimates", "for", "each", "probes", "##et", "on", "the", "exon", "arrays", ",", "gene", "-", "level", "estimates", "were", "computed", "based", "on", "our", "gene", "models", "using", "available", "normalization", "and", "signal", "estimation", "software", "from", "affymetrix", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "every", "gene", ",", "a", "t", "-", "statistic", "and", "corresponding", "p", "-", "value", "were", "computed", "representing", "the", "relative", "enrichment", "of", "the", "expression", "of", "the", "gene", "in", "hesc", "versus", "np", ",", "such", "as", "in", "cyt", "-", "es", "versus", "cyt", "-", "np", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "correcting", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "using", "the", "benjamini", "-", "hochberg", "method", ",", "a", "p", "-", "value", "cutoff", "of", "0", ".", "01", "was", "used", "to", "identify", "enriched", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "close", "inspection", "of", "all", "pairs", "of", "hesc", "-", "np", "comparisons", "revealed", "a", "generally", "significant", "overlap", "from", "31", "%", "to", "85", "%", "of", "the", "smaller", "of", "two", "compared", "sets", "of", "enriched", "genes", "(", "see", "figure", "s1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", "for", "the", "purpose", "of", "identifying", "overall", "pluripotent", "and", "neural", "lineage", "-", "specific", "genes", ",", "the", "collective", "set", "of", "nps", "(", "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "was", "compared", "to", "the", "collective", "set", "of", "hescs", "(", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", ".", "oct4", "and", "nanog", ",", "which", "are", "important", "in", "maintaining", "the", "pluripotent", "state", "of", "embryonic", "stem", "cells", "(", "escs", ")", ",", "were", "highly", "expressed", "in", "hescs", "but", "were", "significantly", "lower", "in", "nps", "(", "figure", "1b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "rt", "-", "pcr", "of", "oct4", "and", "nanog", "mrna", "levels", "ac", "curate", "ly", "reflected", "the", "signal", "estimates", "from", "the", "array", "(", "figure", "1c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "interestingly", ",", "nestin", "was", "not", "significantly", "higher", "in", "nps", "as", "compared", "to", "the", "hesc", "from", "the", "gene", "-", "level", "estimates", "(", "p", "-", "value", "0", ".", "06", "##5", ")", ",", "which", "was", "further", "confirmed", "by", "rt", "-", "pcr", "(", "figure", "1c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "notch", "was", "recently", "identified", "to", "be", "important", "in", "promoting", "the", "neural", "lineage", "entry", "in", "mouse", "escs", "[", "57", "]", "and", "was", "shown", "to", "regulate", "stem", "cell", "proliferation", "in", "somatic", "mouse", "and", "hesc", "[", "58", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "suggested", "that", "notch", "was", "significantly", "higher", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "relative", "to", "hescs", ",", "but", "levels", "of", "notch", "were", "not", "significantly", "different", "in", "the", "derived", "nps", "compared", "to", "hescs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "delta", "/", "notch", "-", "like", "egf", "-", "related", "receptor", "(", "dn", "##er", ")", ",", "a", "neuron", "-", "specific", "transmembrane", "protein", ",", "was", "recently", "shown", "to", "bind", "to", "notch", "at", "cell", "–", "cell", "contacts", "and", "activates", "notch", "signaling", "in", "vitro", "[", "59", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "rt", "-", "pcr", "validation", "of", "dn", "##er", "confirmed", "array", "-", "derived", "signal", "estimates", ",", "indicating", "an", "enrichment", "of", "dn", "##er", "in", "nps", "relative", "to", "hescs", "(", "figure", "1c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "sox", "##1", ",", "a", "hmg", "-", "box", "protein", "related", "to", "sr", "##y", ",", "was", "shown", "to", "be", "one", "of", "the", "earliest", "transcription", "factors", "expressed", "in", "cells", "committed", "to", "the", "neural", "fate", "[", "60", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", "the", "gene", "-", "level", "estimates", "indicated", "that", "sox", "##1", "was", "expressed", "significantly", "higher", "in", "nps", "relative", "to", "hescs", "(", "p", "-", "value", "0", ".", "0001", "##3", ",", "figure", "1b", ")", ",", "a", "finding", "that", "was", "confirmed", "by", "rt", "-", "pcr", "(", "figure", "1c", ")", ".", "from", "these", "examples", ",", "we", "concluded", "that", "rt", "-", "pcr", "validation", "correlated", "well", "with", "gene", "-", "level", "estimates", "from", "the", "exon", "array", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "the", "derived", "nps", "had", "decreased", "levels", "of", "pluripotent", "markers", "oct4", "and", "nanog", "but", "had", "levels", "of", "sox", "##1", "that", "were", "comparable", "to", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "this", "finding", "confirmed", "that", "the", "derived", "nps", "were", "committed", "to", "a", "neural", "fate", "and", "validated", "the", "use", "of", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "as", "a", "benchmark", "for", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "next", "we", "asked", "whether", "the", "highest", "enriched", "genes", "in", "hescs", "relative", "to", "nps", "reflected", "our", "existing", "knowledge", "in", "the", "literature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "the", "above", "-", "mentioned", "groupings", "of", "hescs", "(", "cyt", "-", "es", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", "and", "nps", "(", "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", ",", "2", ",", "94", "##5", "genes", "were", "enriched", "in", "hescs", "relative", "to", "nps", ";", "and", "55", "##2", "genes", "were", "enriched", "in", "the", "nps", "relative", "to", "hescs", ",", "at", "a", "p", "-", "value", "significance", "cutoff", "of", "0", ".", "01", "(", "correcting", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "using", "the", "benjamini", "-", "hochberg", "method", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "15", "most", "enriched", "genes", "in", "hescs", "included", "genes", "such", "as", "terat", "##ocarcinoma", "-", "derived", "growth", "factor", "1", "(", "td", "##gf", "##1", "/", "cri", "##pt", "##o", ";", "p", "-", "value", "<", "10−", "##12", ")", ",", "zinc", "finger", "protein", "42", "(", "zfp", "##42", "/", "rex", "##1", ";", "p", "-", "value", "<", "10−", "##12", ")", ",", "oct4", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##12", ")", ",", "nanog", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##10", ")", ",", "lin", "-", "28", "homolog", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##10", ")", ",", "cadherin", "1", "prep", "##rotein", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##10", ")", ",", "claudin", "6", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##9", ")", ",", "ephrin", "receptor", "epha", "##1", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##9", ")", ",", "and", "erbb3", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##9", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "td", "##gf", "##1", "/", "cri", "##pt", "##o", "was", "first", "shown", "to", "stimulate", "dna", "synthesis", "and", "cell", "proliferation", "of", "both", "undifferentiated", "and", "differentiated", "embryonic", "carcinoma", "cells", "[", "61", "]", "and", "was", "later", "shown", "to", "be", "important", "for", "cardio", "myoc", "yt", "##e", "formation", "from", "mouse", "esc", "[", "62", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "oct4", ",", "reviewed", "in", "[", "63", "]", ",", "and", "nanog", "[", "64", "]", "are", "crucial", "for", "the", "pluripotency", "of", "hescs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "recently", ",", "knockdown", "of", "zfp", "##42", "/", "rex", "-", "1", "in", "mouse", "esc", "caused", "the", "cells", "to", "differentiate", "[", "65", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "gene", "-", "level", "exon", "array", "analysis", "confirmed", "that", "the", "hescs", "and", "nps", "were", "molecularly", "distinc", "t", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "reveal", "global", "functional", "differences", "between", "the", "enriched", "genes", "in", "hescs", "or", "nps", ",", "the", "enriched", "genes", "were", "subjected", "to", "a", "gene", "ontology", "(", "go", ",", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "gene", "##onto", "##log", "##y", ".", "org", ")", "analysis", "as", "described", "previously", "[", "55", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "enriched", "genes", "in", "hescs", "were", "more", "likely", "to", "be", "in", "molecular", "function", "categories", ",", "such", "as", "“", "rna", "binding", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##12", ")", ",", "“", "structural", "constituent", "of", "ribosome", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−5", "##1", ")", ",", "“", "exonuclease", "activity", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−6", ")", ",", "“", "cytochrome", "-", "c", "oxidase", "activity", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−5", ")", ",", "and", "“", "atp", "binding", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−6", ")", ",", "and", "in", "biological", "processes", "involved", "with", "“", "trna", "processing", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−6", ")", "and", "“", "protein", "biosynthesis", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−4", "##8", ")", ",", "consistent", "with", "our", "knowledge", "of", "hescs", "as", "a", "rapidly", "proliferating", "population", "of", "cells", "(", "figure", "2a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similar", "analysis", "of", "the", "enriched", "genes", "in", "nps", "revealed", "an", "overr", "##ep", "##res", "##entation", "in", "molecular", "functional", "categories", ",", "such", "as", "“", "calcium", "ion", "binding", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##8", ")", "and", "“", "structural", "molecule", "activity", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−5", ")", ",", "and", "in", "biological", "processes", "involved", "with", "“", "neurogenesis", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−3", "##8", ")", ",", "“", "cell", "adhesion", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−", "##13", ")", ",", "“", "cell", "motility", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−4", ")", ",", "“", "development", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−6", ")", ",", "“", "neuropeptide", "signaling", "pathway", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−4", ")", ",", "and", "“", "endocyt", "os", "##is", "”", "(", "p", "-", "value", "<", "10−4", ")", "(", "figure", "2b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "considering", "that", "these", "were", "the", "only", "categories", "that", "were", "significantly", "enriched", "out", "of", "more", "than", "18", ",", "000", "go", "terms", ",", "and", "that", "randomly", "selected", "sets", "of", "similar", "numbers", "of", "genes", "did", "not", "reveal", "statistical", "differences", "in", "go", "categories", ",", "our", "results", "confirmed", "that", "the", "global", "molecular", "profiles", "derived", "from", "exon", "array", "analysis", "were", "consistent", "with", "known", "differences", "between", "hescs", "and", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "figure", "2g", "##ene", "ontology", "analysis", "##di", "##ffer", "##ential", "gene", "expression", "of", "hescs", "(", "cyt", "-", "es", "and", "hu", "##es", "##6", "-", "es", ")", "and", "nps", "(", "cyt", "-", "np", ",", "hu", "##es", "##6", "-", "np", ",", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "was", "computed", "from", "gene", "-", "level", "signal", "estimates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "statistical", "significance", "for", "differential", "gene", "expression", "was", "determined", "by", "using", "t", "-", "statistics", "with", "benjamini", "-", "hochberg", "correction", "for", "false", "discovery", "rate", "(", "p", "<", "0", ".", "01", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "gene", "ontology", "“", "molecular", "function", ",", "”", "“", "cellular", "component", ",", "”", "and", "“", "biological", "process", "”", "categories", ",", "which", "differed", "significantly", "(", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "in", "the", "representation", "between", "significantly", "enriched", "genes", "(", "black", "bars", ")", "and", "all", "other", "genes", "(", "white", "bars", ")", ",", "were", "shown", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "statistical", "significance", "for", "go", "analysis", "was", "assessed", "by", "using", "χ2", "statistics", "with", "bonferroni", "correction", "for", "multiple", "hypothesis", "testing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "go", "categories", "are", "ordered", "from", "top", "to", "bottom", "in", "order", "of", "decreasing", "##ly", "significant", "bias", "toward", "enriched", "genes", ".", "(", "a", ")", "go", "analysis", "of", "enriched", "genes", "in", "hescs", ".", "(", "b", ")", "go", "analysis", "of", "enriched", "genes", "in", "nps", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "to", "summarize", ",", "firstly", "immunoh", "is", "##to", "##chemical", "and", "rt", "-", "pcr", "evidence", "validated", "that", "the", "cells", "exhibited", "expected", "characteristics", ";", "secondly", ",", "stage", "-", "specific", "marker", "gene", "differences", "by", "rt", "-", "pcr", "were", "reflected", "ac", "curate", "ly", "by", "gene", "-", "level", "estimates", "from", "the", "exon", "arrays", ";", "thirdly", ",", "the", "hesc", "-", "enriched", "genes", "were", "coherent", "with", "known", "genes", "that", "controlled", "pluripotency", "and", "self", "-", "renewal", ";", "and", "lastly", ",", "the", "global", "functional", "profiles", "exemplified", "expected", "biological", "differences", "between", "hesc", "and", "np", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "description", "of", "the", "regression", "-", "based", "exon", "array", "protocol", "##con", "##vin", "##ced", "that", "the", "signal", "estimates", "from", "the", "exon", "arrays", "reflected", "expected", "molecular", "and", "biological", "differences", "between", "hescs", "and", "nps", ",", "we", "sought", "to", "identify", "as", "events", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "compared", "cyt", "-", "es", "to", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "to", "illustrate", "our", "approach", "." ]

[ "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", "we", "normalized", "the", "data", "and", "generated", "signal", "estimates", "with", "robust", "multic", "##hip", "analysis", "(", "rm", "##a", ")", "and", "estimated", "the", "probability", "that", "each", "probes", "##et", "was", "detected", "above", "background", "(", "dab", "##g", ")", "using", "publicly", "available", "affymetrix", "power", "tools", "(", "apt", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "analyzed", "probes", "##ets", "that", "(", "i", ")", "comprised", "three", "or", "more", "individual", "probes", ";", "(", "ii", ")", "were", "localized", "within", "the", "exons", "of", "our", "gene", "models", "with", "evidence", "from", "at", "least", "three", "sources", "(", "mrna", ",", "est", ",", "or", "full", "-", "length", "cdna", ")", ";", "and", "(", "iii", ")", "were", "detected", "above", "background", "in", "at", "least", "one", "of", "the", "cell", "lines", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "total", ",", "17", ",", "430", "gene", "models", "were", "represented", "by", "probes", "##ets", "that", "satisfied", "these", "criteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", "we", "asked", "whether", "the", "probes", "##et", "expression", "within", "each", "gene", "model", "was", "positively", "correlated", "for", "any", "two", "cell", "lines", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "do", "this", "we", "calculated", "the", "pearson", "correlation", "coefficient", "between", "the", "vectors", "of", "median", "signal", "estimates", "across", "replicates", "in", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "the", "vast", "majority", "of", "genes", "(", ">", "80", "%", ")", "was", "found", "to", "have", "probes", "##et", "-", "level", "pearson", "correlation", "coefficients", "of", "greater", "than", "0", ".", "8", "(", "figure", "3a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", "we", "randomly", "perm", "##uted", "the", "association", "between", "the", "median", "signal", "estimates", "and", "the", "probes", "##ets", "for", "each", "gene", "in", "hescs", "(", "or", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "and", "observed", "that", "the", "distribution", "of", "pearson", "correlation", "coefficients", "for", "the", "perm", "##uted", "sets", "was", "centered", "at", "zero", ",", "as", "expected", "(", "figure", "3a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "indicated", "that", "the", "signal", "estimates", "for", "probes", "##ets", "between", "hescs", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "were", "highly", "correlated", "and", "suggested", "that", "a", "scatter", "plot", "of", "probes", "##et", "signal", "estimates", "between", "hescs", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "would", "reveal", "a", "linear", "relationship", "for", "the", "majority", "of", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "hypothesized", "that", "a", "linear", "regression", "to", "determine", "if", "some", "probes", "##ets", "behaved", "unexpectedly", "in", "one", "cell", "type", "compared", "to", "the", "other", "might", "be", "a", "reasonable", "approach", "to", "identify", "as", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "figure", "3d", "##es", "##cript", "##ion", "of", "the", "reap", "algorithm", "comparing", "exon", "array", "signal", "estimates", "from", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "and", "cyt", "-", "es", "(", "a", ")", "histogram", "of", "pearson", "correlation", "coefficients", "computed", "from", "median", "signal", "estimates", "for", "probes", "##ets", "between", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "for", "genes", "(", "blue", "bars", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "genes", "were", "required", "to", "have", "more", "than", "five", "probes", "##ets", "localized", "within", "the", "exons", "in", "the", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "red", "bars", "represented", "pearson", "correlation", "coefficients", "computed", "from", "exons", "with", "shuff", "##led", "signal", "estimates", ".", "(", "b", ")", "each", "probes", "##et", "contained", "probes", "##et", "-", "level", "estimates", "from", "three", "replicates", "each", ",", "(", "a", ",", "b", ",", "c", ")", "in", "cyt", "-", "es", "and", "(", "d", ",", "e", ",", "f", ")", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "the", "five", "points", "summarizing", "the", "log2", "probes", "##et", "-", "level", "estimates", "are", "indicated", "by", "black", "filled", "circles", ".", "(", "c", ")", "each", "probes", "##et", "was", "summarized", "by", "five", "points", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "scatter", "plots", "of", "signal", "estimates", "for", "probes", "##ets", "that", "were", "present", "in", "at", "least", "one", "cell", "type", "(", "cyt", "-", "es", "or", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "for", "the", "eh", "##bp1", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "probes", "##ets", "were", "considered", "present", "if", "the", "dab", "##g", "p", "-", "value", "was", "<", "0", ".", "05", "for", "all", "three", "replicates", "in", "the", "cell", "type", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "regression", "line", "derived", "from", "robust", "linear", "regression", "with", "mm", "estimation", "is", "indicated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "points", "above", "the", "line", "represent", "probes", "##ets", "within", "exons", "that", "were", "enriched", "in", "cyt", "-", "es", "and", "points", "below", "represent", "exons", "that", "were", "enriched", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "points", "close", "to", "the", "regression", "line", "are", "not", "significantly", "different", "in", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "boxed", "points", "represented", "the", "five", "-", "point", "summary", "of", "a", "probes", "##et", "that", "was", "significantly", "enriched", "in", "cyt", "-", "es", "but", "was", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ".", "(", "d", ")", "histogram", "of", "student", "##ized", "residuals", "for", "points", "from", "the", "scatter", "plot", "in", "(", "c", ")", "in", "eh", "##bp1", ".", "(", "e", ")", "the", "histogram", "of", "student", "##ized", "residuals", "for", "all", "points", "for", "all", "analyzed", "probes", "##ets", "(", "100", "bins", ")", ".", "(", "f", ")", "the", "scatter", "plot", "of", "student", "##ized", "residuals", "generated", "from", "comparing", "cyt", "-", "es", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "versus", "cyt", "-", "es", "of", "5", ",", "000", "randomly", "chosen", "probes", "##ets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "a", "possible", "representation", "of", "the", "data", "was", "explored", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "if", "we", "had", "n", "replicates", "in", "one", "condition", "and", "m", "replicates", "in", "the", "other", ",", "we", "could", "consider", "n", "*", "m", "points", "if", "we", "analyzed", "every", "possible", "pairing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "instance", ",", "three", "replicate", "signal", "estimates", "for", "every", "probes", "##et", "per", "cell", "line", ",", "such", "as", "signal", "estimates", "a", ",", "b", ",", "and", "c", "in", "hescs", "and", "d", ",", "e", ",", "and", "f", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "would", "translate", "to", "pairing", "every", "signal", "(", "d", ",", "a", ")", ",", "(", "d", ",", "b", ")", ",", "(", "d", ",", "c", ")", "…", "(", "f", ",", "a", ")", ",", "(", "f", ",", "b", ")", ",", "(", "f", ",", "c", ")", "for", "linear", "regression", "(", "figure", "3b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "instead", ",", "pairing", "the", "signal", "estimates", "of", "all", "replicates", "in", "one", "condition", "to", "the", "median", "of", "the", "other", "would", "only", "require", "n", "+", "m", "−", "1", "points", "and", "would", "capture", "the", "variation", "of", "the", "signal", "estimates", "of", "each", "probes", "##et", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "example", ",", "we", "considered", "(", "d", ",", "b", ")", ",", "(", "e", ",", "a", ")", ",", "(", "e", ",", "b", ")", ",", "(", "e", ",", "c", ")", ",", "and", "(", "f", ",", "b", ")", "points", "where", "b", "and", "d", "were", "the", "median", "intensities", "for", "the", "replicates", "in", "cyt", "-", "es", "and", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "respectively", "(", "figure", "3b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "scatter", "plot", "of", "all", "probes", "##ets", "of", "the", "eh", "##bp1", "(", "eh", "domain", "binding", "protein", ",", "refseq", "identifier", "nm", "_", "015", "##25", "##2", ")", "is", "shown", "in", "figure", "3c", "in", "the", "format", "described", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "each", "probes", "##et", "was", "represented", "by", "5", "points", "of", "log", "-", "transformed", "(", "base", "2", ")", "values", ";", "and", "each", "point", "on", "the", "scatter", "plot", "reflected", "the", "extent", "of", "inclusion", "of", "an", "exon", "in", "hescs", "and", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "figure", "3c", ")", ".", "a", "classical", "linear", "regression", "model", "could", "be", "proposed", "to", "fit", "the", "response", "variable", "yi", "##j", ",", "the", "log2", "expression", "of", "probes", "##et", "i", "in", "cell", "-", "type", "j", "(", "for", "example", ",", "j", "is", "cyt", "-", "esc", ")", "to", "explanatory", "variables", "xi", "##k", ",", "and", "the", "log2", "expression", "of", "probes", "##et", "i", "in", "cell", "type", "k", "(", "for", "example", ",", "k", "is", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "however", ",", "classical", "linear", "regression", "by", "least", "-", "squares", "estimation", "is", "biased", "because", "the", "least", "squares", "predictions", "are", "strongly", "influenced", "by", "the", "outliers", ",", "leading", "to", "completely", "incorrect", "regression", "line", "estimates", ",", "masking", "of", "the", "outliers", ",", "and", "incorrect", "predictions", "of", "outliers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "therefore", ",", "we", "applied", "m", "-", "estimation", "robust", "regression", "to", "estimate", "the", "line", ",", "which", "is", "less", "sensitive", "to", "outliers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "fitting", "was", "performed", "using", "an", "iter", "##ated", ",", "re", "-", "weighted", "least", "squares", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "assumption", "was", "that", "most", "of", "the", "points", "were", "“", "correct", ",", "”", "i", ".", "e", ".", ",", "that", "most", "of", "the", "exons", "were", "constitutively", "spliced", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "robust", "regression", "would", "find", "the", "line", "that", "was", "least", "dependent", "on", "outliers", ",", "which", "would", "be", "potential", "as", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "assumption", "was", "substantiate", "d", "by", "our", "observation", "that", ",", "using", "publicly", "available", "ests", "and", "mrnas", ",", "a", "minority", "of", "human", "exons", "(", "7", "%", ")", "have", "evidence", "for", "exon", "-", "skipping", ",", "the", "most", "common", "form", "of", "as", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "robust", "regression", ",", "the", "regression", "line", "for", "cyt", "-", "esc", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "in", "the", "eh", "##bp1", "gene", "is", "illustrated", "in", "figure", "3c", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "boxed", "points", "belonged", "to", "a", "probes", "##et", "that", "was", "enriched", "in", "hescs", "but", "depleted", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", ",", "which", "was", "suspected", "to", "be", "due", "to", "as", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "difference", "between", "the", "actual", "and", "regression", "-", "based", "predicted", "value", ",", "normalized", "by", "the", "estimate", "of", "its", "standard", "deviation", ",", "is", "called", "the", "student", "##ized", "residuals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "student", "##ized", "residuals", "were", "computed", "for", "all", "probes", "##et", "pairs", "in", "eh", "##bp1", ",", "and", "the", "histogram", "depicting", "their", "distribution", "is", "illustrated", "in", "figure", "3d", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "expected", ",", "the", "mean", "of", "the", "distribution", "was", "close", "to", "zero", ",", "and", "the", "distribution", "was", "approximated", "by", "a", "t", "-", "distribution", "with", "n", "-", "p", "-", "1", "degrees", "of", "freedom", ",", "where", "n", "was", "the", "number", "of", "points", "on", "the", "scatter", "plot", ",", "and", "the", "number", "of", "parameters", "p", "was", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "boxed", "points", "had", "student", "##ized", "residuals", "of", "1", ".", "82", "##9", ",", "3", ".", "104", ",", "2", ".", "63", "##4", ",", "3", ".", "012", ",", "and", "2", ".", "125", "with", "p", "-", "values", "of", "0", ".", "034", ",", "0", ".", "001", "##19", ",", "0", ".", "004", "##77", ",", "0", ".", "001", "##58", ",", "and", "0", ".", "017", "##80", ",", "respectively", ",", "computed", "based", "on", "the", "t", "-", "distribution", "(", "figure", "3c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "at", "a", "stringent", "p", "-", "value", "cutoff", "of", "0", ".", "01", ",", "four", "of", "the", "five", "student", "##ized", "residuals", "were", "designated", "as", "significant", "“", "outliers", ",", "”", "indicating", "that", "the", "probes", "##et", "was", "“", "unusual", ".", "”" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "rt", "-", "pcr", "confirmed", "that", "the", "exon", ",", "represented", "by", "the", "probes", "##et", ",", "was", "indeed", "differentially", "included", "in", "hescs", "and", "ski", "##pp", "##ed", "in", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "figure", "7b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "applying", "this", "approach", "to", "all", "gene", "models", "revealed", "that", ",", "as", "expected", ",", "the", "majority", "of", "student", "##ized", "residuals", "are", "centered", "at", "zero", "(", "figure", "3e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", "far", "in", "the", "example", ",", "our", "analysis", "was", "based", "on", "regression", "of", "hescs", "(", "y", "-", "axis", ")", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "x", "-", "axis", ")", "(", "figure", "3b", "–", "3d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "robust", "regression", "as", "described", "was", "not", "symmetrical", ",", "i", ".", "e", ".", ",", "parameter", "estimation", "of", "y", "as", "a", "function", "of", "x", "was", "not", "the", "same", "as", "that", "of", "x", "as", "a", "function", "of", "y", ".", "the", "negative", "slope", "revealed", "that", "probes", "##ets", "enriched", "in", "hescs", "versus", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "(", "positive", "valued", ")", ",", "were", "expected", "##ly", "depleted", "when", "hc", "##ns", "-", "scn", "##s", "was", "compared", "to", "hescs", "(", "negative", "valued", ";", "figure", "3f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "our", "method", "for", "predicting", "candidate", "alternative", "exons", "was", "based", "on", "identification", "of", "outliers", "using", "robust", "regression", ",", "we", "named", "the", "method", "reap", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "identification", "and", "removal", "of", "false", "positives", "##in", "the", "process", "of", "experimentally", "validating", "our", "predictions", ",", "we", "encountered", "three", "main", "sources", "of", "false", "positives", "(", "fp", ")", "from", "robust", "regression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "we", "identified", "genes", "with", "probes", "##et", "signal", "estimates", "that", "were", "poorly", "correlated", "and", "were", "not", "amenable", "to", "our", "method", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]