Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC11471176
Each cell line underwent rapid culturing and trypsinization to initiate seeding into a 96-well tissue culture plate, with 10,000 cells/well for each line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Each", "cell", "line", "underwent", "rapid", "culturing", "and", "trypsinization", "to", "initiate", "seeding", "into", "a", "96-well", "tissue", "culture", "plate", ",", "with", "10,000", "cells/well", "for", "each", "line", "." ] } ]
PMC11552389
Based on the formula volume (mm) = [length (mm) x width (mm)] / 2, a growth curve for the tumor was generated. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Based", "on", "the", "formula", "volume", "(", "mm", ")", "=", "[", "length", "(", "mm", ")", "x", "width", "(", "mm", ")", "]", "/", "2", ",", "a", "growth", "curve", "for", "the", "tumor", "was", "generated", ".", "(" ] } ]
PMC10898159
Monocytic zinc finger (MOZ) is a histone acetyltransferase that mediate the activation of histone acetylation in a complex with other molecules .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Monocytic", "zinc", "finger", "(", "MOZ", ")", "is", "a", "histone", "acetyltransferase", "that", "mediate", "the", "activation", "of", "histone", "acetylation", "in", "a", "complex", "with", "other", "molecules", "." ] } ]
PMC9429973
The most frequent malignancy was acute myeloid leukaemia.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "most", "frequent", "malignancy", "was", "acute", "myeloid", "leukaemia", "." ] } ]
PMC11792766
Therefore, it is plausible that the longer the exposure of the Caco‐2 cell line to ethanol, the lower the harmful concentration threshold.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "it", "is", "plausible", "that", "the", "longer", "the", "exposure", "of", "the", "Caco‐2", "cell", "line", "to", "ethanol", ",", "the", "lower", "the", "harmful", "concentration", "threshold", "." ] } ]
PMC11718809
Bta-miR-326, which targets and regulates NUMBL, is also significantly downregulated in the LP group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bta-miR-326", ",", "which", "targets", "and", "regulates", "NUMBL", ",", "is", "also", "significantly", "downregulated", "in", "the", "LP", "group", "." ] } ]
PMC11653168
Together, these results indicated that Stattic could induce both apoptotic and autophagic processes in CCRF-CEM and Jurkat cells, with more robust effects observed in CCRF-CEM cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Together", ",", "these", "results", "indicated", "that", "Stattic", "could", "induce", "both", "apoptotic", "and", "autophagic", "processes", "in", "CCRF-CEM", "and", "Jurkat", "cells", ",", "with", "more", "robust", "effects", "observed", "in", "CCRF-CEM", "cells", "." ] } ]
PMC11365427
Employing metabolomic approaches permits the detection of the metabolic spectrum of the BM microenvironment, thereby enhancing our understanding of the metabolic plasticity of MM and unveiling novel intervention mechanisms.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Employing", "metabolomic", "approaches", "permits", "the", "detection", "of", "the", "metabolic", "spectrum", "of", "the", "BM", "microenvironment", ",", "thereby", "enhancing", "our", "understanding", "of", "the", "metabolic", "plasticity", "of", "MM", "and", "unveiling", "novel", "intervention", "mechanisms", "." ] } ]
PMC11544122
Data were analyzed by one-way ANOVA, followed by Dunnett’s multiple comparison test compared to SNX9 KO #2 with SNX18 siRNA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "were", "analyzed", "by", "one-way", "ANOVA", ",", "followed", "by", "Dunnett", "’s", "multiple", "comparison", "test", "compared", "to", "SNX9", "KO", "#", "2", "with", "SNX18", "siRNA", "." ] } ]
PMC10495912
Chemical interactions of TQ and hydrogen peroxide In this study, no significant chemical interactions were observed between TQ and different concentrations of hydrogen peroxide in the absorption spectrum obtained from the wavelength range of 220-500 nm (Figure 2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Chemical", "interactions", "of", "TQ", "and", "hydrogen", "peroxide", "In", "this", "study", ",", "no", "significant", "chemical", "interactions", "were", "observed", "between", "TQ", "and", "different", "concentrations", "of", "hydrogen", "peroxide", "in", "the", "absorption", "spectrum", "obtained", "from", "the", "wavelength", "range", "of", "220", "-", "500", "nm", "(", "Figure", "2", ")", "." ] } ]
PMC11194678
Moreover, STAU1 depletion was found to reduce the accumulation of mutant ATXN2 protein and ameliorate disease phenotype in mice model of spinocerebellar ataxia type2 (SCA2) (Paul et al., 2018), a progressive autosomal dominantly inherited neurodegenerative disease caused by CAG repeat expansion in ATXN2 (Paulson et al., 2017).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "STAU1", "depletion", "was", "found", "to", "reduce", "the", "accumulation", "of", "mutant", "ATXN2", "protein", "and", "ameliorate", "disease", "phenotype", "in", "mice", "model", "of", "spinocerebellar", "ataxia", "type2", "(", "SCA2", ")", "(", "Paul", "et", "al.", ",", "2018", ")", ",", "a", "progressive", "autosomal", "dominantly", "inherited", "neurodegenerative", "disease", "caused", "by", "CAG", "repeat", "expansion", "in", "ATXN2", "(", "Paulson", "et", "al.", ",", "2017", ")", "." ] } ]
PMC11543885
Initially, to confirm the efficacy of the biotinylating efficiency achieved by APEX2 labeling, biotinylated proteins can be visualized as a band profile by SDS-PAGE and streptavidin blotting.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Initially", ",", "to", "confirm", "the", "efficacy", "of", "the", "biotinylating", "efficiency", "achieved", "by", "APEX2", "labeling", ",", "biotinylated", "proteins", "can", "be", "visualized", "as", "a", "band", "profile", "by", "SDS-PAGE", "and", "streptavidin", "blotting", "." ] } ]
PMC9429973
GHS/QoL scores were significantly improved (p≤0.05) for IVO+AZA versus placebo+AZA at C2D1, C2D15, C7 and C9 (Table), and differences between treatment arms were clinically meaningful at C2D1, C2D15, C7, C9, C13, C15 and C19 (Table).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GHS/QoL", "scores", "were", "significantly", "improved", "(", "p≤0.05", ")", "for", "IVO+AZA", "versus", "placebo+AZA", "at", "C2D1", ",", "C2D15", ",", "C7", "and", "C9", "(", "Table", ")", ",", "and", "differences", "between", "treatment", "arms", "were", "clinically", "meaningful", "at", "C2D1", ",", "C2D15", ",", "C7", ",", "C9", ",", "C13", ",", "C15", "and", "C19", "(", "Table", ")", "." ] } ]
PMC11371747
In contrast, PMX uptake by RFC is less efficient, as is its conversion to polyglutamate forms in 4 h, thus resulting in less potent TS inhibition.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "PMX", "uptake", "by", "RFC", "is", "less", "efficient", ",", "as", "is", "its", "conversion", "to", "polyglutamate", "forms", "in", "4", "h", ",", "thus", "resulting", "in", "less", "potent", "TS", "inhibition", "." ] } ]
PMC9429973
Even an in vitro exposure to M2 macrophages suffices to alter the biology of AML cells transforming a non-engraftable cell into a cell with high leukemic potential.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Even", "an", "in", "vitro", "exposure", "to", "M2", "macrophages", "suffices", "to", "alter", "the", "biology", "of", "AML", "cells", "transforming", "a", "non-engraftable", "cell", "into", "a", "cell", "with", "high", "leukemic", "potential", "." ] } ]
PMC11585587
Western blot was used to analyze the expression level of apoptosis-related proteins of MM.1 S (C) and RPMI 8226 (G) cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Western", "blot", "was", "used", "to", "analyze", "the", "expression", "level", "of", "apoptosis-related", "proteins", "of", "MM.1", "S", "(", "C", ")", "and", "RPMI", "8226", "(", "G", ")", "cells", "." ] } ]
PMC11409031
AKT serves as a crucial actor in various cancer types .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AKT", "serves", "as", "a", "crucial", "actor", "in", "various", "cancer", "types", "." ] } ]
PMC7090062
P < 0.001 vs. NC (e) the beclin-1 expression level was assayed by qRT-PCR. **
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "<", "0.001", "vs.", "NC", "(", "e", ")", "the", "beclin-1", "expression", "level", "was", "assayed", "by", "qRT-PCR", ".", "*", "*" ] } ]
PMC9895440
Intratumoral T cells are characterized by a distinct transcriptional pattern compared to their functional counterparts.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Intratumoral", "T", "cells", "are", "characterized", "by", "a", "distinct", "transcriptional", "pattern", "compared", "to", "their", "functional", "counterparts", "." ] } ]
PMC11107915
While the majority of cases demonstrated ChatGPT's competence in providing accurate diagnoses, the misclassification in Case 9 underscores the need for language models to possess an enhanced nuanced understanding of psychiatric disorders, especially those with subtle distinctions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "the", "majority", "of", "cases", "demonstrated", "ChatGPT", "'s", "competence", "in", "providing", "accurate", "diagnoses", ",", "the", "misclassification", "in", "Case", "9", "underscores", "the", "need", "for", "language", "models", "to", "possess", "an", "enhanced", "nuanced", "understanding", "of", "psychiatric", "disorders", ",", "especially", "those", "with", "subtle", "distinctions", "." ] } ]
PMC11441402
It is also able to analyze 384 well plates, however, this has not been tested in this study.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "also", "able", "to", "analyze", "384", "well", "plates", ",", "however", ",", "this", "has", "not", "been", "tested", "in", "this", "study", "." ] } ]
PMC4485786
Cellular senescence and proliferation within tumor sections were determined by immunofluorescent double-staining for nuclear p-HP1γ or p16 (red) in combination with PCNA or Ki67 (blue), respectively (1:100).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cellular", "senescence", "and", "proliferation", "within", "tumor", "sections", "were", "determined", "by", "immunofluorescent", "double-staining", "for", "nuclear", "p-HP1γ", "or", "p16", "(", "red", ")", "in", "combination", "with", "PCNA", "or", "Ki67", "(", "blue", ")", ",", "respectively", "(", "1:100", ")", "." ] } ]
PMC9429973
J. Khwaja, D. Smyth, A. Rismani, C. Hoskote, C. Kyriakou, M. P. Lunn, S. D’Sa Department of Haematology, University College London Hospital; Centre for Neuromuscular Disease; Department of Neuroradiology, National Hospital for Neurology and Neurosurgery, London, United Kingdom Background: Bing-Neel syndrome (BNS) is a rare complication of lymphoplasmacytic lymphoma (LPL) comprising LPL infiltration in the central nervous system (CNS).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "J.", "Khwaja", ",", "D.", "Smyth", ",", "A.", "Rismani", ",", "C.", "Hoskote", ",", "C.", "Kyriakou", ",", "M.", "P.", "Lunn", ",", "S.", "D’Sa", "Department", "of", "Haematology", ",", "University", "College", "London", "Hospital", ";", "Centre", "for", "Neuromuscular", "Disease", ";", "Department", "of", "Neuroradiology", ",", "National", "Hospital", "for", "Neurology", "and", "Neurosurgery", ",", "London", ",", "United", "Kingdom", "Background", ":", "Bing-Neel", "syndrome", "(", "BNS", ")", "is", "a", "rare", "complication", "of", "lymphoplasmacytic", "lymphoma", "(", "LPL", ")", "comprising", "LPL", "infiltration", "in", "the", "central", "nervous", "system", "(", "CNS", ")", "." ] } ]
PMC10047551
dCas9-TET1 and dCas9-DNMT3A could induce PD-L1 hypo- and hyper-methylation, respectively, with the latter conferring a decrease in expression showing the functional impact of methylation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "dCas9-TET1", "and", "dCas9-DNMT3A", "could", "induce", "PD-L1", "hypo-", "and", "hyper-methylation", ",", "respectively", ",", "with", "the", "latter", "conferring", "a", "decrease", "in", "expression", "showing", "the", "functional", "impact", "of", "methylation", "." ] } ]
PMC11638255
For neuroblastoma tumors, fresh sections were roughly minced and incubated in a tumor digestion mix consisting of DMEM supplemented with 25 μg/mL DNase I (Sigma-Aldrich, USA; #11284932001) and 20 μg/mL Collagenase IV (Worthington Biochemical, USA; #LS004186) for 1 h on an orbital shaker at 37 °C at 130RPM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "neuroblastoma", "tumors", ",", "fresh", "sections", "were", "roughly", "minced", "and", "incubated", "in", "a", "tumor", "digestion", "mix", "consisting", "of", "DMEM", "supplemented", "with", "25", "μg/mL", "DNase", "I", "(", "Sigma-Aldrich", ",", "USA", ";", "#", "11284932001", ")", "and", "20", "μg/mL", "Collagenase", "IV", "(", "Worthington", "Biochemical", ",", "USA", ";", "#", "LS004186", ")", "for", "1", "h", "on", "an", "orbital", "shaker", "at", "37", "°", "C", "at", "130RPM", "." ] } ]
PMC11543935
Further imaging sequences can be optimized for specific ablation techniques.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Further", "imaging", "sequences", "can", "be", "optimized", "for", "specific", "ablation", "techniques", "." ] } ]
PMC10253973
It can also mimic Fe(III) ions and bind to transferrin, which are typical for Ru(III) complexes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "can", "also", "mimic", "Fe(III", ")", "ions", "and", "bind", "to", "transferrin", ",", "which", "are", "typical", "for", "Ru(III", ")", "complexes", "." ] } ]
PMC11701801
By simultaneously inhibiting a paralog pair, it may be possible to develop therapies that effectively target two proteins using a single agent.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "simultaneously", "inhibiting", "a", "paralog", "pair", ",", "it", "may", "be", "possible", "to", "develop", "therapies", "that", "effectively", "target", "two", "proteins", "using", "a", "single", "agent", "." ] } ]
PMC5925824
Cleaved Fc and undigested PD-L1-Fc were purified out of the sample via standard ProA affinity column.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cleaved", "Fc", "and", "undigested", "PD-L1-Fc", "were", "purified", "out", "of", "the", "sample", "via", "standard", "ProA", "affinity", "column", "." ] } ]
PMC9822769
Additionally, their uptake has been evaluated under normal and hypothermic conditions and in the presence of selective inhibitors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "their", "uptake", "has", "been", "evaluated", "under", "normal", "and", "hypothermic", "conditions", "and", "in", "the", "presence", "of", "selective", "inhibitors", "." ] } ]
PMC10772747
By combining these findings with our research results, it can be strengthened that the compounds in EBE play an important role in inhibiting growth and inducing apoptosis in cancer cells (Mutiah et al., 2020; Mutiah et al., 2020).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "combining", "these", "findings", "with", "our", "research", "results", ",", "it", "can", "be", "strengthened", "that", "the", "compounds", "in", "EBE", "play", "an", "important", "role", "in", "inhibiting", "growth", "and", "inducing", "apoptosis", "in", "cancer", "cells", "(", "Mutiah", "et", "al.", ",", "2020", ";", "Mutiah", "et", "al.", ",", "2020", ")", "." ] } ]
PMC11658074
a Schematic diagram of the intervention in each group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "a", "Schematic", "diagram", "of", "the", "intervention", "in", "each", "group", "." ] } ]
PMC9878278
We next evaluated whether the downstream signaling of these PRRs is functional in these cells as these PRR pathways are not well characterized in human SC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "next", "evaluated", "whether", "the", "downstream", "signaling", "of", "these", "PRRs", "is", "functional", "in", "these", "cells", "as", "these", "PRR", "pathways", "are", "not", "well", "characterized", "in", "human", "SC", "." ] } ]
PMC11604830
The PFCE‐NE spectrum intensity has been reduced to the 25% of the original value, for comparison purposes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "PFCE‐NE", "spectrum", "intensity", "has", "been", "reduced", "to", "the", "25", "%", "of", "the", "original", "value", ",", "for", "comparison", "purposes", "." ] } ]
PMC11588008
ERK1/2 inhibitor AZD0364 could inhibit GSH/GSSG ratio in leukemia cells .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ERK1/2", "inhibitor", "AZD0364", "could", "inhibit", "GSH/GSSG", "ratio", "in", "leukemia", "cells", "." ] } ]
PMC7334607
In the case of drug response, we define fitness as the EC50 of a cell line to a given drug, where increasing EC50 denotes higher fitness in the presence of this drug.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "case", "of", "drug", "response", ",", "we", "define", "fitness", "as", "the", "EC50", "of", "a", "cell", "line", "to", "a", "given", "drug", ",", "where", "increasing", "EC50", "denotes", "higher", "fitness", "in", "the", "presence", "of", "this", "drug", "." ] } ]
PMC9429973
E. Joffe, G. Nowakowski, H. Tun, A. Rosenthal, M. Lunning, R. Ramchandren, C.-C. Li, L. Zhou, E. Martinez, R. von Roemeling, R. Earhart, M. McMahon, I. Isufi, L. Leslie MSKCC, NY; Mayo Clinic-Minnesota, Rochester, Rochester; Mayo Clinic-Florida, Jacksonville; Department of Hematology, Mayo Clinic- Arizona, Phoenix; University of Nebraska, Omaha; University of Tennessee Medical Center, Knoxville; Curis, Lexington; Yale New Haven Hospital, New Haven; John Theurer Cancer Center, Hackensack, United States of America Background: Emavusertib (CA-4948) is a novel oral inhibitor of interleukin-1 receptor-associated kinase 4 (IRAK4), which is essential for toll-like receptor (TLR) and interleukin-1 receptor (IL-1R) signaling in B cell proliferation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "E.", "Joffe", ",", "G.", "Nowakowski", ",", "H.", "Tun", ",", "A.", "Rosenthal", ",", "M.", "Lunning", ",", "R.", "Ramchandren", ",", "C.-C.", "Li", ",", "L.", "Zhou", ",", "E.", "Martinez", ",", "R.", "von", "Roemeling", ",", "R.", "Earhart", ",", "M.", "McMahon", ",", "I.", "Isufi", ",", "L.", "Leslie", "MSKCC", ",", "NY", ";", "Mayo", "Clinic-Minnesota", ",", "Rochester", ",", "Rochester", ";", "Mayo", "Clinic-Florida", ",", "Jacksonville", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "Mayo", "Clinic-", "Arizona", ",", "Phoenix", ";", "University", "of", "Nebraska", ",", "Omaha", ";", "University", "of", "Tennessee", "Medical", "Center", ",", "Knoxville", ";", "Curis", ",", "Lexington", ";", "Yale", "New", "Haven", "Hospital", ",", "New", "Haven", ";", "John", "Theurer", "Cancer", "Center", ",", "Hackensack", ",", "United", "States", "of", "America", "Background", ":", "Emavusertib", "(", "CA-4948", ")", "is", "a", "novel", "oral", "inhibitor", "of", "interleukin-1", "receptor-associated", "kinase", "4", "(", "IRAK4", ")", ",", "which", "is", "essential", "for", "toll-like", "receptor", "(", "TLR", ")", "and", "interleukin-1", "receptor", "(", "IL-1R", ")", "signaling", "in", "B", "cell", "proliferation", "." ] } ]
PMC11224020
cPLA2 is in gray, and the nuclei are in red; scale bar, 10 µm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "cPLA2", "is", "in", "gray", ",", "and", "the", "nuclei", "are", "in", "red", ";", "scale", "bar", ",", "10", "µm", "." ] } ]
PMC3730428
However, because it lacks enzymatic activity and because there is a current lack of structural data, FLIP is a difficult therapeutic target.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "because", "it", "lacks", "enzymatic", "activity", "and", "because", "there", "is", "a", "current", "lack", "of", "structural", "data", ",", "FLIP", "is", "a", "difficult", "therapeutic", "target", "." ] } ]
PMC3164356
The resistance of CHO cells to viral infection is not limited to the regulation of viral entry.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "resistance", "of", "CHO", "cells", "to", "viral", "infection", "is", "not", "limited", "to", "the", "regulation", "of", "viral", "entry", "." ] } ]
PMC8998437
In the LCLs, the CCR1 transcript copy number per 1000 copies of the TBP transcript varied from 969 ± 6 copies in the LCL-1year cells and 1650 ± 155 copies in the LCL-2mon cells to 2670 ± 398 copies in the LCL-1mon cells (Figure 1A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "LCLs", ",", "the", "CCR1", "transcript", "copy", "number", "per", "1000", "copies", "of", "the", "TBP", "transcript", "varied", "from", "969", "±", "6", "copies", "in", "the", "LCL-1year", "cells", "and", "1650", "±", "155", "copies", "in", "the", "LCL-2mon", "cells", "to", "2670", "±", "398", "copies", "in", "the", "LCL-1mon", "cells", "(", "Figure", "1A", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Vaccine responses were evaluated pre-SARS-CoV-2 vaccination and 2 weeks, 3- and 6-months post SARS-CoV-2 vaccination.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Vaccine", "responses", "were", "evaluated", "pre-SARS-CoV-2", "vaccination", "and", "2", "weeks", ",", "3-", "and", "6-months", "post", "SARS-CoV-2", "vaccination", "." ] } ]
PMC11731614
Then, we used Census and Quantitative Analysis in IP2 for protein quantification.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Then", ",", "we", "used", "Census", "and", "Quantitative", "Analysis", "in", "IP2", "for", "protein", "quantification", "." ] } ]
PMC11052306
The biological properties of the dendrons alone and of the dendrons grafted to GO were tested towards the cancerous cell line HCT116 and the non-cancerous cells of human retinal pigment epithelial-1 (RPE1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "biological", "properties", "of", "the", "dendrons", "alone", "and", "of", "the", "dendrons", "grafted", "to", "GO", "were", "tested", "towards", "the", "cancerous", "cell", "line", "HCT116", "and", "the", "non-cancerous", "cells", "of", "human", "retinal", "pigment", "epithelial-1", "(", "RPE1", ")", "." ] } ]
PMC11740508
All experiments use at least triplicate samples, and performed at least twice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "experiments", "use", "at", "least", "triplicate", "samples", ",", "and", "performed", "at", "least", "twice", "." ] } ]
PMC9341513
Colored dotted lines show where the boundaries lie on the map in A. (C) Simulated 4C from viewpoints positioned at DHSs across the region (blue triangles).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Colored", "dotted", "lines", "show", "where", "the", "boundaries", "lie", "on", "the", "map", "in", "A.", "(", "C", ")", "Simulated", "4C", "from", "viewpoints", "positioned", "at", "DHSs", "across", "the", "region", "(", "blue", "triangles", ")", "." ] } ]
PMC11301095
Cranial CT and MRI scans indicated signs of brain edema and meningitis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cranial", "CT", "and", "MRI", "scans", "indicated", "signs", "of", "brain", "edema", "and", "meningitis", "." ] } ]
PMC4355729
The U6-gRNA expression cassette including U6 promoter and +83 bp sgRNA tails was synthesized (Invitrogen) and inserted into pCEP4 vector (Invitrogen) by KpnI and XhoI. The sgRNA was synthesized (Invitrogen) and inserted into two AarI site between U6 promoter and sgRNA tails to form the pCEP4-U6-gRNA expression vector (Supplementary Figure 2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "U6-gRNA", "expression", "cassette", "including", "U6", "promoter", "and", "+", "83", "bp", "sgRNA", "tails", "was", "synthesized", "(", "Invitrogen", ")", "and", "inserted", "into", "pCEP4", "vector", "(", "Invitrogen", ")", "by", "KpnI", "and", "XhoI.", "The", "sgRNA", "was", "synthesized", "(", "Invitrogen", ")", "and", "inserted", "into", "two", "AarI", "site", "between", "U6", "promoter", "and", "sgRNA", "tails", "to", "form", "the", "pCEP4-U6-gRNA", "expression", "vector", "(", "Supplementary", "Figure", "2", ")", "." ] } ]
PMC9429973
The cumulative incidence of relapse was 32.5%, the non-relapse mortality (NRM) was 20.0%.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cumulative", "incidence", "of", "relapse", "was", "32.5", "%", ",", "the", "non-relapse", "mortality", "(", "NRM", ")", "was", "20.0", "%", "." ] } ]
PMC11424574
Moreover, our in vitro study results revealed high levels of MTA2 expression in osteosarcoma cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "our", "in", "vitro", "study", "results", "revealed", "high", "levels", "of", "MTA2", "expression", "in", "osteosarcoma", "cells", "." ] } ]
PMC11721587
When NIH3T3 cells were treated with Shh for increasing amount of time, an SDS-resistant Ulk3 oligomer (hereafter called mature Ulk3) emerged after Shh treatment for 2 hours, which temporarily coincided with Gli2 phosphorylation and activation (Fig. 6G).
[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "When", "NIH3T3", "cells", "were", "treated", "with", "Shh", "for", "increasing", "amount", "of", "time", ",", "an", "SDS-resistant", "Ulk3", "oligomer", "(", "hereafter", "called", "mature", "Ulk3", ")", "emerged", "after", "Shh", "treatment", "for", "2", "hours", ",", "which", "temporarily", "coincided", "with", "Gli2", "phosphorylation", "and", "activation", "(", "Fig.", "6", "G", ")", "." ] } ]
PMC10914904
Full-length vtRNAs can participate in several cellular processes .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Full-length", "vtRNAs", "can", "participate", "in", "several", "cellular", "processes", "." ] } ]
PMC11594641
In contrast, in extremely aggressive A375 melanoma cells, Rab27A does not participate in either sEV biogenesis, cellular motility, or passage through the ECM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "in", "extremely", "aggressive", "A375", "melanoma", "cells", ",", "Rab27A", "does", "not", "participate", "in", "either", "sEV", "biogenesis", ",", "cellular", "motility", ",", "or", "passage", "through", "the", "ECM", "." ] } ]
PMC11774112
p <0.05, **p <0.01, ***p <0.001, **** p <0.0001.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "<", "0.05", ",", "*", "*", "p", "<", "0.01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0.001", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0.0001", "." ] } ]
PMC11696576
cDNA was synthesized from RNA by using qScript Ultra SuperMix (Quanta bio).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "cDNA", "was", "synthesized", "from", "RNA", "by", "using", "qScript", "Ultra", "SuperMix", "(", "Quanta", "bio", ")", "." ] } ]
PMC4839679
Total lipid from the Caki2+Vector and Caki2+PBRM1 cells was extracted in accordance with the Bligh and Dyer protocol .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Total", "lipid", "from", "the", "Caki2+Vector", "and", "Caki2+PBRM1", "cells", "was", "extracted", "in", "accordance", "with", "the", "Bligh", "and", "Dyer", "protocol", "." ] } ]
PMC9429973
Image: Summary/Conclusion: Real-world data on clinical practice and outcomes in patients with BT are lacking.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "Real-world", "data", "on", "clinical", "practice", "and", "outcomes", "in", "patients", "with", "BT", "are", "lacking", "." ] } ]
PMC11732523
Immunoglobulin levels were significantly reduced: IgG < 3.00 g/L, IgA < 0.50 g/L, IgM < 0.25 g/L, and IgE < 10 IU/mL. CRP was elevated at 21.5 mg/L, while N-terminal pro B-type natriuretic peptide (NT-proBNP) and cardiac troponin T (cTnT) levels were within normal ranges.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Immunoglobulin", "levels", "were", "significantly", "reduced", ":", "IgG", "<", "3.00", "g/L", ",", "IgA", "<", "0.50", "g/L", ",", "IgM", "<", "0.25", "g/L", ",", "and", "IgE", "<", "10", "IU/mL.", "CRP", "was", "elevated", "at", "21.5", "mg/L", ",", "while", "N-terminal", "pro", "B-type", "natriuretic", "peptide", "(", "NT-proBNP", ")", "and", "cardiac", "troponin", "T", "(", "cTnT", ")", "levels", "were", "within", "normal", "ranges", "." ] } ]
PMC9966931
In general terms, all the concentrations tested exerted medium to low bioactivities.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "general", "terms", ",", "all", "the", "concentrations", "tested", "exerted", "medium", "to", "low", "bioactivities", "." ] } ]
PMC11721064
Analogous to the LEPCs extraction protocols, we employed dispase enzyme to remove the dermis from skin tissues, thereby obtaining the epidermis keratinocytes (Calenic et al., 2015; Li et al., 2017).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Analogous", "to", "the", "LEPCs", "extraction", "protocols", ",", "we", "employed", "dispase", "enzyme", "to", "remove", "the", "dermis", "from", "skin", "tissues", ",", "thereby", "obtaining", "the", "epidermis", "keratinocytes", "(", "Calenic", "et", "al.", ",", "2015", ";", "Li", "et", "al.", ",", "2017", ")", "." ] } ]
PMC11650848
The structure of the ZFP57 protein in mice is well characterised and consists of a 5’ Krüppel-associated box (KRAB) domain accompanied by 7 C2H2 zinc fingers (ZF) at the 3’ end .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "structure", "of", "the", "ZFP57", "protein", "in", "mice", "is", "well", "characterised", "and", "consists", "of", "a", "5", "’", "Krüppel-associated", "box", "(", "KRAB", ")", "domain", "accompanied", "by", "7", "C2H2", "zinc", "fingers", "(", "ZF", ")", "at", "the", "3", "’", "end", "." ] } ]
PMC11791203
The structures of compounds identified through GC-MS (ligands) were obtained from PubChem database (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/), prepared using Open Babel GUI software and subjected to virtual molecular screening through multiple ligands docking using PyRx software.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "structures", "of", "compounds", "identified", "through", "GC-MS", "(", "ligands", ")", "were", "obtained", "from", "PubChem", "database", "(", "https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/", ")", ",", "prepared", "using", "Open", "Babel", "GUI", "software", "and", "subjected", "to", "virtual", "molecular", "screening", "through", "multiple", "ligands", "docking", "using", "PyRx", "software", "." ] } ]
PMC7602170
The initiation step starts with the assembly of an elongation-appropriate complex, of a 43S pre-initiation complex that is composed of the 40S small ribosomal subunit, methionine tRNAi, and a group of eIFs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "initiation", "step", "starts", "with", "the", "assembly", "of", "an", "elongation-appropriate", "complex", ",", "of", "a", "43S", "pre-initiation", "complex", "that", "is", "composed", "of", "the", "40S", "small", "ribosomal", "subunit", ",", "methionine", "tRNAi", ",", "and", "a", "group", "of", "eIFs", "." ] } ]
PMC9429973
The assay has demonstrated good linearity, specificity and sensitivity to meet clinical threshold requirement of 10 (FR1 LoD is 2.3x10, FR3 LoD is 1.8x10) and showed excellent concordance in detection of patient specific clonal sequences at MRD levels.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "assay", "has", "demonstrated", "good", "linearity", ",", "specificity", "and", "sensitivity", "to", "meet", "clinical", "threshold", "requirement", "of", "10", "(", "FR1", "LoD", "is", "2.3x10", ",", "FR3", "LoD", "is", "1.8x10", ")", "and", "showed", "excellent", "concordance", "in", "detection", "of", "patient", "specific", "clonal", "sequences", "at", "MRD", "levels", "." ] } ]
PMC10578720
Blood samples were collected weekly from the submandibular vein of all mice and tested for HBV-related serological markers (HBeAg, HBsAg, and HBV DNA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Blood", "samples", "were", "collected", "weekly", "from", "the", "submandibular", "vein", "of", "all", "mice", "and", "tested", "for", "HBV-related", "serological", "markers", "(", "HBeAg", ",", "HBsAg", ",", "and", "HBV", "DNA", ")", "." ] } ]
PMC8609870
Differentially expressed lncRNAs, miRNAs and genes (DELs, DEMs and DEGs, respectively) were identified, and Geno Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analyses were used to determine the functions of DELs and DEGs, which were analysed by Fisher’s test.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Differentially", "expressed", "lncRNAs", ",", "miRNAs", "and", "genes", "(", "DELs", ",", "DEMs", "and", "DEGs", ",", "respectively", ")", "were", "identified", ",", "and", "Geno", "Ontology", "(", "GO", ")", "and", "Kyoto", "Encyclopedia", "of", "Genes", "and", "Genomes", "(", "KEGG", ")", "analyses", "were", "used", "to", "determine", "the", "functions", "of", "DELs", "and", "DEGs", ",", "which", "were", "analysed", "by", "Fisher", "’s", "test", "." ] } ]
PMC9878278
To further understand the synergy between the two RLRs, ZIKV titers were also determined in SC silenced with both RIG-I and MDA5 (Figure 4G).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "further", "understand", "the", "synergy", "between", "the", "two", "RLRs", ",", "ZIKV", "titers", "were", "also", "determined", "in", "SC", "silenced", "with", "both", "RIG-I", "and", "MDA5", "(", "Figure", "4", "G", ")", "." ] } ]
PMC10723784
Furthermore, the cytotoxicity is likely to involve ROS as it was ameliorated in the presence of an antioxidant.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "the", "cytotoxicity", "is", "likely", "to", "involve", "ROS", "as", "it", "was", "ameliorated", "in", "the", "presence", "of", "an", "antioxidant", "." ] } ]
PMC8973725
Alteration in DNA methylation is one of the most common events and plays an important role in the initiation and development of tumors .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Alteration", "in", "DNA", "methylation", "is", "one", "of", "the", "most", "common", "events", "and", "plays", "an", "important", "role", "in", "the", "initiation", "and", "development", "of", "tumors", "." ] } ]
PMC9429973
Disease evaluation is performed according to Dohner 2017 and Cheson 2006 response criteria for AML and MDS respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Disease", "evaluation", "is", "performed", "according", "to", "Dohner", "2017", "and", "Cheson", "2006", "response", "criteria", "for", "AML", "and", "MDS", "respectively", "." ] } ]
PMC6835428
An emerging drug administration strategy for ovarian cancer is the IP route.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "An", "emerging", "drug", "administration", "strategy", "for", "ovarian", "cancer", "is", "the", "IP", "route", "." ] } ]
PMC8557138
Wörsdörfer et al., generated complex tumor organoids by employing mesodermal progenitor cells (MPCs) to overcome the limitations of iPSCs-derived organoids including lack of stroma, immune cells, and a functional vasculature.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Wörsdörfer", "et", "al.", ",", "generated", "complex", "tumor", "organoids", "by", "employing", "mesodermal", "progenitor", "cells", "(", "MPCs", ")", "to", "overcome", "the", "limitations", "of", "iPSCs-derived", "organoids", "including", "lack", "of", "stroma", ",", "immune", "cells", ",", "and", "a", "functional", "vasculature", "." ] } ]
PMC9429973
Additionally, no differences in aGVHD [34% (10/29) vs 45% (10/22)], P=0.4, or cGVHD [18% (4/22) vs 14% (4/29), P=0.9] were observed between colonized and non-colonized patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "no", "differences", "in", "aGVHD", "[", "34", "%", "(", "10/29", ")", "vs", "45", "%", "(", "10/22", ")", "]", ",", "P=0.4", ",", "or", "cGVHD", "[", "18", "%", "(", "4/22", ")", "vs", "14", "%", "(", "4/29", ")", ",", "P=0.9", "]", "were", "observed", "between", "colonized", "and", "non-colonized", "patients", "." ] } ]
PMC11366496
Cell growth curves were assessed employing CCK‐8 assay in various treatment cohorts. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "growth", "curves", "were", "assessed", "employing", "CCK‐8", "assay", "in", "various", "treatment", "cohorts", ".", "(" ] } ]
PMC11092382
Hence, it is intriguing to explore whether sophocarpine also modulates other currents such as the slow delayed rectifier K current (I ks ), transient outward K current (I to ), or other α subunits, such as the KCNQ1 gene and its upstream regulatory genes of the KCNE family, in addition to regulating IKr currents associated with the hERG.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Hence", ",", "it", "is", "intriguing", "to", "explore", "whether", "sophocarpine", "also", "modulates", "other", "currents", "such", "as", "the", "slow", "delayed", "rectifier", "K", "current", "(", "I", "ks", ")", ",", "transient", "outward", "K", "current", "(", "I", "to", ")", ",", "or", "other", "α", "subunits", ",", "such", "as", "the", "KCNQ1", "gene", "and", "its", "upstream", "regulatory", "genes", "of", "the", "KCNE", "family", ",", "in", "addition", "to", "regulating", "IKr", "currents", "associated", "with", "the", "hERG", "." ] } ]
PMC11746948
Statistical analysis: two-way ANOVA with Tukey’s test for (b, f, k, l).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "analysis", ":", "two-way", "ANOVA", "with", "Tukey", "’s", "test", "for", "(", "b", ",", "f", ",", "k", ",", "l", ")", "." ] } ]
PMC11803918
For the confocal laser scanning microscopy (CLSM) assay, the A375 cells were washed with PBS three times and stained with DAPI for observation after different treatments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "the", "confocal", "laser", "scanning", "microscopy", "(", "CLSM", ")", "assay", ",", "the", "A375", "cells", "were", "washed", "with", "PBS", "three", "times", "and", "stained", "with", "DAPI", "for", "observation", "after", "different", "treatments", "." ] } ]
PMC9429973
H. Ezzat, A. Al Zayed, H. Al Saeed, M. AlDarwish, M. Albagshi, H. Malhan, A. Tarawa, A. AlManea, I. AlHazmi, M. Qari, A. Al Jefr, A. Alzahrani, M. Alzahran, W. Soliman, M. Arsalan, W. Jastaniah Johns Hopkins Aramco Healthcare, Dahran; Qatif Central Hospital, Qatif; Almana General Hospital-Al Ahsa, Hofouf; Prince Mohamed ben Naser, Jizan; King Salman Medical City Al Madinah, Madinah; King Fahad Armed Forces Hospital; King Abdulaziz University Hospital, Jeddah; King Faisal Specialist Hospital; Prince Sultan Military Medical City; King Abdulaziz Medical City; Novartis, Riyadh; King Faisal Specialist Hospital & Research Center (Gen. Org.),
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H.", "Ezzat", ",", "A.", "Al", "Zayed", ",", "H.", "Al", "Saeed", ",", "M.", "AlDarwish", ",", "M.", "Albagshi", ",", "H.", "Malhan", ",", "A.", "Tarawa", ",", "A.", "AlManea", ",", "I.", "AlHazmi", ",", "M.", "Qari", ",", "A.", "Al", "Jefr", ",", "A.", "Alzahrani", ",", "M.", "Alzahran", ",", "W.", "Soliman", ",", "M.", "Arsalan", ",", "W.", "Jastaniah", "Johns", "Hopkins", "Aramco", "Healthcare", ",", "Dahran", ";", "Qatif", "Central", "Hospital", ",", "Qatif", ";", "Almana", "General", "Hospital-Al", "Ahsa", ",", "Hofouf", ";", "Prince", "Mohamed", "ben", "Naser", ",", "Jizan", ";", "King", "Salman", "Medical", "City", "Al", "Madinah", ",", "Madinah", ";", "King", "Fahad", "Armed", "Forces", "Hospital", ";", "King", "Abdulaziz", "University", "Hospital", ",", "Jeddah", ";", "King", "Faisal", "Specialist", "Hospital", ";", "Prince", "Sultan", "Military", "Medical", "City", ";", "King", "Abdulaziz", "Medical", "City", ";", "Novartis", ",", "Riyadh", ";", "King", "Faisal", "Specialist", "Hospital", "&", "Research", "Center", "(", "Gen.", "Org", ".", ")", "," ] } ]
PMC10899471
In this study, we found that BATF2 was downregulated in sarcoma tissues and cells, correlating with a poor prognosis of sarcoma patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "found", "that", "BATF2", "was", "downregulated", "in", "sarcoma", "tissues", "and", "cells", ",", "correlating", "with", "a", "poor", "prognosis", "of", "sarcoma", "patients", "." ] } ]
PMC11489351
A, schematic showing pHi-dependent biology and dysregulated pHi of cancer and neurodegeneration.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", ",", "schematic", "showing", "pHi-dependent", "biology", "and", "dysregulated", "pHi", "of", "cancer", "and", "neurodegeneration", "." ] } ]
PMC9503685
In this study, we observed that ceragenins displayed antibacterial activities at concentrations well below those required by cecropin, magainin, and LL-37 for the same activities.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "observed", "that", "ceragenins", "displayed", "antibacterial", "activities", "at", "concentrations", "well", "below", "those", "required", "by", "cecropin", ",", "magainin", ",", "and", "LL-37", "for", "the", "same", "activities", "." ] } ]
PMC11499955
Co-localization experiments conducted with a membrane tracker (CellBrite Fix 640) confirmed the effective TAMRA-labelling of Cetuximab bound to the EGFR embedded in the cell membrane.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Co-localization", "experiments", "conducted", "with", "a", "membrane", "tracker", "(", "CellBrite", "Fix", "640", ")", "confirmed", "the", "effective", "TAMRA-labelling", "of", "Cetuximab", "bound", "to", "the", "EGFR", "embedded", "in", "the", "cell", "membrane", "." ] } ]
PMC11472569
They also suggest that the levels of MDR mediated by ABCG2-rich EVs can be assessed by measuring the ABCG2-dependent intravesicular concentration of riboflavin in EVs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "They", "also", "suggest", "that", "the", "levels", "of", "MDR", "mediated", "by", "ABCG2-rich", "EVs", "can", "be", "assessed", "by", "measuring", "the", "ABCG2-dependent", "intravesicular", "concentration", "of", "riboflavin", "in", "EVs", "." ] } ]
PMC9966931
The percentage of spore germination inhibition (SGI) was calculated using the following formula :(2)SGI=Gc−GtGt×100 where Gc is the total number of germinated spores in the control group and Gt is the total number of germinated spores in the treatment group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "percentage", "of", "spore", "germination", "inhibition", "(", "SGI", ")", "was", "calculated", "using", "the", "following", "formula", ":", "(2)SGI", "=", "Gc−GtGt", "×", "100", "where", "Gc", "is", "the", "total", "number", "of", "germinated", "spores", "in", "the", "control", "group", "and", "Gt", "is", "the", "total", "number", "of", "germinated", "spores", "in", "the", "treatment", "group", "." ] } ]
PMC11612794
Several CENP-T mutants (CENP-T, CENP-T, CENP-T, and CENP-T) were generated by PCR based mutagenesis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Several", "CENP-T", "mutants", "(", "CENP-T", ",", "CENP-T", ",", "CENP-T", ",", "and", "CENP-T", ")", "were", "generated", "by", "PCR", "based", "mutagenesis", "." ] } ]
PMC11126803
In preexperiments, we confirmed that the regulation of ERβ expression can affect the formation of VM and invasion in RCC (Fig. S4).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "preexperiments", ",", "we", "confirmed", "that", "the", "regulation", "of", "ERβ", "expression", "can", "affect", "the", "formation", "of", "VM", "and", "invasion", "in", "RCC", "(", "Fig.", "S4", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: This retrospective study was conducted in the hematology care network “Hämatologieverbund der Österreichischen Gesundheitskasse (OEGK)”, consisting of the Hanusch hospital and three outpatient centers, in Vienna, Austria.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "This", "retrospective", "study", "was", "conducted", "in", "the", "hematology", "care", "network", "“", "Hämatologieverbund", "der", "Österreichischen", "Gesundheitskasse", "(", "OEGK", ")", "”", ",", "consisting", "of", "the", "Hanusch", "hospital", "and", "three", "outpatient", "centers", ",", "in", "Vienna", ",", "Austria", "." ] } ]
PMC11451940
complexes lack the ability to directly scavenge the radical species and reduce them to less deleterious forms, yet zinc can elicit the biosynthesis of several antioxidant molecules, such as metallothioneins, and activate antioxidant genes, such as metal regulatory transcription factor 1 (MTF-1), as well as redox ones (via nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (NRF2)).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "complexes", "lack", "the", "ability", "to", "directly", "scavenge", "the", "radical", "species", "and", "reduce", "them", "to", "less", "deleterious", "forms", ",", "yet", "zinc", "can", "elicit", "the", "biosynthesis", "of", "several", "antioxidant", "molecules", ",", "such", "as", "metallothioneins", ",", "and", "activate", "antioxidant", "genes", ",", "such", "as", "metal", "regulatory", "transcription", "factor", "1", "(", "MTF-1", ")", ",", "as", "well", "as", "redox", "ones", "(", "via", "nuclear", "factor", "erythroid", "2-related", "factor", "2", "(", "NRF2", ")", ")", "." ] } ]
PMC11474209
AuNP-CNTWater2.8 ng/LDual-signal readout and enzyme-free immunoassay AuNP-CNt was developed to sensitively and accurately detect MC-LR.2Surface-enhanced Raman spectroscopy (SERS)Advantage - High sensitivity in detecting individual molecules, specific selectivity like fingerprints, and ability to work in water-based conditions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AuNP-CNTWater2.8", "ng/LDual-signal", "readout", "and", "enzyme-free", "immunoassay", "AuNP-CNt", "was", "developed", "to", "sensitively", "and", "accurately", "detect", "MC-LR.2Surface-enhanced", "Raman", "spectroscopy", "(SERS)Advantage", "-", "High", "sensitivity", "in", "detecting", "individual", "molecules", ",", "specific", "selectivity", "like", "fingerprints", ",", "and", "ability", "to", "work", "in", "water-based", "conditions", "." ] } ]
PMC11787651
To demonstrate that the method could identify changes in histone modifications more subtle than those induced by treatment with an HDACi, histones extracted from cells treated with transforming growth factor beta (TGF-β) to induce epithelial–mesenchymal transition (EMT) were also analyzed using each method.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "demonstrate", "that", "the", "method", "could", "identify", "changes", "in", "histone", "modifications", "more", "subtle", "than", "those", "induced", "by", "treatment", "with", "an", "HDACi", ",", "histones", "extracted", "from", "cells", "treated", "with", "transforming", "growth", "factor", "beta", "(", "TGF-β", ")", "to", "induce", "epithelial", "–", "mesenchymal", "transition", "(", "EMT", ")", "were", "also", "analyzed", "using", "each", "method", "." ] } ]
PMC10907726
For interpretation of the references to colour in this figure legend, the reader is referred to the Web version of this article.)Fig.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "interpretation", "of", "the", "references", "to", "colour", "in", "this", "figure", "legend", ",", "the", "reader", "is", "referred", "to", "the", "Web", "version", "of", "this", "article.)Fig", "." ] } ]
PMC9429973
We need more data to evaluate Aza/Ven as first line regimen in young patients with predictable chemoresistant disease.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "need", "more", "data", "to", "evaluate", "Aza/Ven", "as", "first", "line", "regimen", "in", "young", "patients", "with", "predictable", "chemoresistant", "disease", "." ] } ]
PMC11746948
b Cell death analysis in A375 cells infected with lentiviruses encoding control or depalmitoylase shRNAs, treated with RSL3 (4 μM) for 6 h, with or without Fer-1 (2 μM).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "b", "Cell", "death", "analysis", "in", "A375", "cells", "infected", "with", "lentiviruses", "encoding", "control", "or", "depalmitoylase", "shRNAs", ",", "treated", "with", "RSL3", "(", "4", "μM", ")", "for", "6", "h", ",", "with", "or", "without", "Fer-1", "(", "2", "μM", ")", "." ] } ]
PMC9429973
In a Phase 1 trial in B-cell malignancies, plamotamab was generally well tolerated, with no Grade ≥ 3 cytokine release syndrome events at the recommended Phase 2 dose (RP2D) regimen, and other safety events being generally mild or moderate in severity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "a", "Phase", "1", "trial", "in", "B-cell", "malignancies", ",", "plamotamab", "was", "generally", "well", "tolerated", ",", "with", "no", "Grade", "≥", "3", "cytokine", "release", "syndrome", "events", "at", "the", "recommended", "Phase", "2", "dose", "(", "RP2D", ")", "regimen", ",", "and", "other", "safety", "events", "being", "generally", "mild", "or", "moderate", "in", "severity", "." ] } ]
PMC9429973
To determine factors with impact on overall survival and response to therapy, a univariate logistic regression analysis was performed, and no association was found with age at diagnosis, ECOG PS, ICC, hemoglobin, leukocytes, platelets, fibrinogen, D-dimers, DHL, creatinine, albumin, additional karyotype changes, PML-RARA breakpoint type and aberrant marker expression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "determine", "factors", "with", "impact", "on", "overall", "survival", "and", "response", "to", "therapy", ",", "a", "univariate", "logistic", "regression", "analysis", "was", "performed", ",", "and", "no", "association", "was", "found", "with", "age", "at", "diagnosis", ",", "ECOG", "PS", ",", "ICC", ",", "hemoglobin", ",", "leukocytes", ",", "platelets", ",", "fibrinogen", ",", "D-dimers", ",", "DHL", ",", "creatinine", ",", "albumin", ",", "additional", "karyotype", "changes", ",", "PML-RARA", "breakpoint", "type", "and", "aberrant", "marker", "expression", "." ] } ]
PMC11599565
We suspected that the darkness of some cells among 3D cell cultures (hanging drops, data not shown) could be a result of melanin pigments, therefore we employed the Fontana-Masson silver staining commonly used in histopathology to detect argentaffin pigments, including melanin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "suspected", "that", "the", "darkness", "of", "some", "cells", "among", "3D", "cell", "cultures", "(", "hanging", "drops", ",", "data", "not", "shown", ")", "could", "be", "a", "result", "of", "melanin", "pigments", ",", "therefore", "we", "employed", "the", "Fontana-Masson", "silver", "staining", "commonly", "used", "in", "histopathology", "to", "detect", "argentaffin", "pigments", ",", "including", "melanin", "." ] } ]
PMC11759543
The partial reversal of cell viability by Z-VAD-FMK also indicates that the drug combination may potentially induce other cell death mechanisms except apoptosis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "partial", "reversal", "of", "cell", "viability", "by", "Z-VAD-FMK", "also", "indicates", "that", "the", "drug", "combination", "may", "potentially", "induce", "other", "cell", "death", "mechanisms", "except", "apoptosis", "." ] } ]
PMC11544771
Our results support the notion that inhibition of Chk1 with PRE can enhance the anticancer activity of CPX in NSCLC cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "results", "support", "the", "notion", "that", "inhibition", "of", "Chk1", "with", "PRE", "can", "enhance", "the", "anticancer", "activity", "of", "CPX", "in", "NSCLC", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
The enrichment of genomic regions of interest using sgRNA libraries led e.g. to a median coverage of 44 reads (range 5-136-fold) of the t(8;21) region-of-interest in primary AML samples, which allow the detection of the exact coordinates of the breakpoints.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "enrichment", "of", "genomic", "regions", "of", "interest", "using", "sgRNA", "libraries", "led", "e.g.", "to", "a", "median", "coverage", "of", "44", "reads", "(", "range", "5", "-", "136-fold", ")", "of", "the", "t(8;21", ")", "region-of-interest", "in", "primary", "AML", "samples", ",", "which", "allow", "the", "detection", "of", "the", "exact", "coordinates", "of", "the", "breakpoints", "." ] } ]
PMC11240448
Bioinformatic inference algorithms, such as those based on random forests (GENIE3) and mutual information (ARACNE), can only build associative, correlation networks and do not discriminate between direct causal connections and correlations .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bioinformatic", "inference", "algorithms", ",", "such", "as", "those", "based", "on", "random", "forests", "(", "GENIE3", ")", "and", "mutual", "information", "(", "ARACNE", ")", ",", "can", "only", "build", "associative", ",", "correlation", "networks", "and", "do", "not", "discriminate", "between", "direct", "causal", "connections", "and", "correlations", "." ] } ]