Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC9429973
With these data obtained, it could be established that patients at high risk of failure to harvest, such as those with multiple myeloma, are considered to be harvested receiving a smaller number of lines of treatment and consider stimulation with other stimulants such as plerixafor.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "these", "data", "obtained", ",", "it", "could", "be", "established", "that", "patients", "at", "high", "risk", "of", "failure", "to", "harvest", ",", "such", "as", "those", "with", "multiple", "myeloma", ",", "are", "considered", "to", "be", "harvested", "receiving", "a", "smaller", "number", "of", "lines", "of", "treatment", "and", "consider", "stimulation", "with", "other", "stimulants", "such", "as", "plerixafor", "." ] } ]
PMC9429973
Part 1 enrolled 3-6 patients at de-escalating dose levels: 160mg BID days 1-14 of 28 d cycles, 120mg BID d1-14, and 80mg BID d1-14.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Part", "1", "enrolled", "3", "-", "6", "patients", "at", "de-escalating", "dose", "levels", ":", "160", "mg", "BID", "days", "1", "-", "14", "of", "28", "d", "cycles", ",", "120", "mg", "BID", "d1", "-", "14", ",", "and", "80", "mg", "BID", "d1", "-", "14", "." ] } ]
PMC9429973
C57BL/6 mice and the humanized aggressive lymphoma model hMB were used for in vivo treatment with the pentose phosphate pathway (PPP) inhibitor S3 and analysis of macrophage programming and overall survival.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C57BL/6", "mice", "and", "the", "humanized", "aggressive", "lymphoma", "model", "hMB", "were", "used", "for", "in", "vivo", "treatment", "with", "the", "pentose", "phosphate", "pathway", "(", "PPP", ")", "inhibitor", "S3", "and", "analysis", "of", "macrophage", "programming", "and", "overall", "survival", "." ] } ]
PMC11513011
It is possible that the Ras mutations of T24 cells explains their higher sensitivity to DIB than 5637 cells without Ras mutation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "possible", "that", "the", "Ras", "mutations", "of", "T24", "cells", "explains", "their", "higher", "sensitivity", "to", "DIB", "than", "5637", "cells", "without", "Ras", "mutation", "." ] } ]
PMC11190538
Similar letters are not significant while different letters are significant at P ≤ 0.05.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Similar", "letters", "are", "not", "significant", "while", "different", "letters", "are", "significant", "at", "P", "≤", "0.05", "." ] } ]
PMC10560648
In the present study, it was shown that C. Andromeda venom inhibits cell growth and induces apoptosis in the Jurkat cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "present", "study", ",", "it", "was", "shown", "that", "C.", "Andromeda", "venom", "inhibits", "cell", "growth", "and", "induces", "apoptosis", "in", "the", "Jurkat", "cell", "line", "." ] } ]
PMC11634027
Deletion of the D motif decreased Dachsous levels at cell membranes, increased wing size, and disrupted wing, leg and hindgut patterning and planar cell polarity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Deletion", "of", "the", "D", "motif", "decreased", "Dachsous", "levels", "at", "cell", "membranes", ",", "increased", "wing", "size", ",", "and", "disrupted", "wing", ",", "leg", "and", "hindgut", "patterning", "and", "planar", "cell", "polarity", "." ] } ]
PMC6642070
Cells with indicated treatments were changed with fresh medium and incubated for an additional 8 h. Culture medium was collected, and glucose and lactate concentrations were determined using the Glucose (GO) Assay Kit (Life technology) and the Lactate Assay Kit (Trinity Biotech) respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "with", "indicated", "treatments", "were", "changed", "with", "fresh", "medium", "and", "incubated", "for", "an", "additional", "8", "h.", "Culture", "medium", "was", "collected", ",", "and", "glucose", "and", "lactate", "concentrations", "were", "determined", "using", "the", "Glucose", "(", "GO", ")", "Assay", "Kit", "(", "Life", "technology", ")", "and", "the", "Lactate", "Assay", "Kit", "(", "Trinity", "Biotech", ")", "respectively", "." ] } ]
PMC11680562
The implementation of green synthesis methods offers a wide range of benefits, the most prominent of which is a substantial decrease in energy consumption and production costs associated with NPs manufacturing.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "implementation", "of", "green", "synthesis", "methods", "offers", "a", "wide", "range", "of", "benefits", ",", "the", "most", "prominent", "of", "which", "is", "a", "substantial", "decrease", "in", "energy", "consumption", "and", "production", "costs", "associated", "with", "NPs", "manufacturing", "." ] } ]
PMC9429973
Serious AEs occurred in 32% (14/44) of pts (33% [6/18] in treatment-naive and 31% [8/26] in switched pts), of which 5% (2/44) were assessed as related to study treatment by the investigator.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Serious", "AEs", "occurred", "in", "32", "%", "(", "14/44", ")", "of", "pts", "(", "33", "%", "[", "6/18", "]", "in", "treatment-naive", "and", "31", "%", "[", "8/26", "]", "in", "switched", "pts", ")", ",", "of", "which", "5", "%", "(", "2/44", ")", "were", "assessed", "as", "related", "to", "study", "treatment", "by", "the", "investigator", "." ] } ]
PMC11772585
Subsequently, the samples were transferred to a PVDF membrane using a membrane transfer instrument and blocked with 5% skim milk for 2 h. Following this, the membrane was incubated overnight at 4 °C with primary antibodies, which included METTL1 (Abcam, ab271063, 1:1000), ATF4 (Abcam, ab216839, 1:1000), PCNA (CST, 13110, 1:1000), BCL-2 (BIOSS, bs-0032R, 1:800), BAX (BIOSS, bsm-33283M, 1:1000), and β-Tubulin (CST, 2146, 1:2000).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "the", "samples", "were", "transferred", "to", "a", "PVDF", "membrane", "using", "a", "membrane", "transfer", "instrument", "and", "blocked", "with", "5", "%", "skim", "milk", "for", "2", "h.", "Following", "this", ",", "the", "membrane", "was", "incubated", "overnight", "at", "4", "°", "C", "with", "primary", "antibodies", ",", "which", "included", "METTL1", "(", "Abcam", ",", "ab271063", ",", "1:1000", ")", ",", "ATF4", "(", "Abcam", ",", "ab216839", ",", "1:1000", ")", ",", "PCNA", "(", "CST", ",", "13110", ",", "1:1000", ")", ",", "BCL-2", "(", "BIOSS", ",", "bs-0032R", ",", "1:800", ")", ",", "BAX", "(", "BIOSS", ",", "bsm-33283", "M", ",", "1:1000", ")", ",", "and", "β-Tubulin", "(", "CST", ",", "2146", ",", "1:2000", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Median age in HH cohort was 71, while in NHH it was 61.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Median", "age", "in", "HH", "cohort", "was", "71", ",", "while", "in", "NHH", "it", "was", "61", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: From the GEMFIN multicenter database, 668 myelofibrosis patients with enough information to calculate MIPSS70 were selected.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "From", "the", "GEMFIN", "multicenter", "database", ",", "668", "myelofibrosis", "patients", "with", "enough", "information", "to", "calculate", "MIPSS70", "were", "selected", "." ] } ]
PMC9429973
The depth of response did not change in ASCT patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "depth", "of", "response", "did", "not", "change", "in", "ASCT", "patients", "." ] } ]
PMC11683240
There are currently no effective treatments for pertussis, complicating care for nonvaccinated individuals, especially newborns.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "are", "currently", "no", "effective", "treatments", "for", "pertussis", ",", "complicating", "care", "for", "nonvaccinated", "individuals", ",", "especially", "newborns", "." ] } ]
PMC10142392
In a different study, poly(ε-caprolactone) micelles grafted onto guar gum (GG-g-PCL) were prepared using a membrane dialysis method to load ketoprofen.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "a", "different", "study", ",", "poly(ε-caprolactone", ")", "micelles", "grafted", "onto", "guar", "gum", "(", "GG-g-PCL", ")", "were", "prepared", "using", "a", "membrane", "dialysis", "method", "to", "load", "ketoprofen", "." ] } ]
PMC7452526
A negative value suggests that the surface of the nanoparticles is negatively charged as shown in Figure 3, which causes a strong electrostatic repulsion force between the particles, thus increases the stability of the formulation AgNPs without adding any capping agent.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "negative", "value", "suggests", "that", "the", "surface", "of", "the", "nanoparticles", "is", "negatively", "charged", "as", "shown", "in", "Figure", "3", ",", "which", "causes", "a", "strong", "electrostatic", "repulsion", "force", "between", "the", "particles", ",", "thus", "increases", "the", "stability", "of", "the", "formulation", "AgNPs", "without", "adding", "any", "capping", "agent", "." ] } ]
PMC9927933
Another interesting finding we made in this study is that the DEPTOR levels fluctuated during cell cycle progression, with the lowest level at the G1 phase when APC/C is in a highly active state (4).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Another", "interesting", "finding", "we", "made", "in", "this", "study", "is", "that", "the", "DEPTOR", "levels", "fluctuated", "during", "cell", "cycle", "progression", ",", "with", "the", "lowest", "level", "at", "the", "G1", "phase", "when", "APC/C", "is", "in", "a", "highly", "active", "state", "(", "4", ")", "." ] } ]
PMC7887261
Briefly, the damage ratio is defined as (Q2/Q3)/(Q1/Q4), where Q2 is the portion of transfected γH2AX-positive cells; Q3 is the portion of transfected, γH2AX -negative cells; Q1 is the portion of untransfected, γH2AX-positive cells; and Q4 is the portion of untransfected, γH2AX-negative cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Briefly", ",", "the", "damage", "ratio", "is", "defined", "as", "(Q2/Q3)/(Q1/Q4", ")", ",", "where", "Q2", "is", "the", "portion", "of", "transfected", "γH2AX-positive", "cells", ";", "Q3", "is", "the", "portion", "of", "transfected", ",", "γH2AX", "-negative", "cells", ";", "Q1", "is", "the", "portion", "of", "untransfected", ",", "γH2AX-positive", "cells", ";", "and", "Q4", "is", "the", "portion", "of", "untransfected", ",", "γH2AX-negative", "cells", "." ] } ]
PMC7961460
Subsequently, cells were washed with PBST 1%BSA and incubated with a proper secondary antibody: anti-rabbit-FITC 1:100 (sc-2012, Santa Cruz), anti-mouse-TRITC 1:100 (t4202 Sigma), 1 h 30 min RT in the dark.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "cells", "were", "washed", "with", "PBST", "1%BSA", "and", "incubated", "with", "a", "proper", "secondary", "antibody", ":", "anti-rabbit-FITC", "1:100", "(", "sc-2012", ",", "Santa", "Cruz", ")", ",", "anti-mouse-TRITC", "1:100", "(", "t4202", "Sigma", ")", ",", "1", "h", "30", "min", "RT", "in", "the", "dark", "." ] } ]
PMC11703896
Through molecular docking and simulations, it was found that the receptors EGFR, FKBP12, MET, FGFR, ROS1 and ALK were capable of binding with rapamycin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Through", "molecular", "docking", "and", "simulations", ",", "it", "was", "found", "that", "the", "receptors", "EGFR", ",", "FKBP12", ",", "MET", ",", "FGFR", ",", "ROS1", "and", "ALK", "were", "capable", "of", "binding", "with", "rapamycin", "." ] } ]
PMC8759873
When the gap increases, we aspirate the digestion solution to stop digestion; we repeatedly blow the cells with Ixbinding buffer 200 and transfer cell suspension to a centrifuge tube; take 100 g of the cell suspension to a 1.5 ml centrifuge tube and add Annexin-VR-PE 10^1, after flicking and mixing, avoid light and ice bath for 20-30 min; we add Ixbinding buffer 380^1, then add 7-AAD 10 g, flick and mix; and finally, we detect it on flow cytometer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "When", "the", "gap", "increases", ",", "we", "aspirate", "the", "digestion", "solution", "to", "stop", "digestion", ";", "we", "repeatedly", "blow", "the", "cells", "with", "Ixbinding", "buffer", "200", "and", "transfer", "cell", "suspension", "to", "a", "centrifuge", "tube", ";", "take", "100", "g", "of", "the", "cell", "suspension", "to", "a", "1.5", "ml", "centrifuge", "tube", "and", "add", "Annexin-VR-PE", "10", "^", "1", ",", "after", "flicking", "and", "mixing", ",", "avoid", "light", "and", "ice", "bath", "for", "20", "-", "30", "min", ";", "we", "add", "Ixbinding", "buffer", "380", "^", "1", ",", "then", "add", "7-AAD", "10", "g", ",", "flick", "and", "mix", ";", "and", "finally", ",", "we", "detect", "it", "on", "flow", "cytometer", "." ] } ]
PMC11607321
Lastly, we aimed to assess the advantages of developing a method capable of natively integrating more than two omics.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lastly", ",", "we", "aimed", "to", "assess", "the", "advantages", "of", "developing", "a", "method", "capable", "of", "natively", "integrating", "more", "than", "two", "omics", "." ] } ]
PMC11627133
Protein visualization by genetically encoded bifunctional AP3‐RhoBAST in live COS7 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Protein", "visualization", "by", "genetically", "encoded", "bifunctional", "AP3‐RhoBAST", "in", "live", "COS7", "cells", "." ] } ]
PMC11792766
The procedure was carried out in duplicate over 2 separate days.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "procedure", "was", "carried", "out", "in", "duplicate", "over", "2", "separate", "days", "." ] } ]
PMC11599565
Eager to distinguish and localize the neuronal or neuroepithelial cell type that might be implied in the tumorigenesis in ovarian tissues, we sought to search for cells with such a molecular signature in both tissues, regular and tumoral.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Eager", "to", "distinguish", "and", "localize", "the", "neuronal", "or", "neuroepithelial", "cell", "type", "that", "might", "be", "implied", "in", "the", "tumorigenesis", "in", "ovarian", "tissues", ",", "we", "sought", "to", "search", "for", "cells", "with", "such", "a", "molecular", "signature", "in", "both", "tissues", ",", "regular", "and", "tumoral", "." ] } ]
PMC11412721
A 1.5 kb fragment containing the WT or mutant p53RE was cloned upstream a luciferase reporter, then transfected into Trp53 MEFs together with an expression plasmid for full length p53 (FL), p53-AS or the DNA-binding mutant p53 (RH).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "1.5", "kb", "fragment", "containing", "the", "WT", "or", "mutant", "p53RE", "was", "cloned", "upstream", "a", "luciferase", "reporter", ",", "then", "transfected", "into", "Trp53", "MEFs", "together", "with", "an", "expression", "plasmid", "for", "full", "length", "p53", "(", "FL", ")", ",", "p53-AS", "or", "the", "DNA-binding", "mutant", "p53", "(", "RH", ")", "." ] } ]
PMC11751675
These studies aimed to identify compounds with improved physicochemical and pharmacokinetic properties and to correlate the observed antiviral activities with in silico predictions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "studies", "aimed", "to", "identify", "compounds", "with", "improved", "physicochemical", "and", "pharmacokinetic", "properties", "and", "to", "correlate", "the", "observed", "antiviral", "activities", "with", "in", "silico", "predictions", "." ] } ]
PMC9370419
After 24 h, the medium was replaced with 10% CCK-8 diluted in fresh DMEM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "24", "h", ",", "the", "medium", "was", "replaced", "with", "10", "%", "CCK-8", "diluted", "in", "fresh", "DMEM", "." ] } ]
PMC9429973
The most common subsequent tx were BCL2i-based (N=113; ORR: 76.2%) or another BTKi-based (N=41; ORR: 54.8%) regimens.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "most", "common", "subsequent", "tx", "were", "BCL2i-based", "(", "N=113", ";", "ORR", ":", "76.2", "%", ")", "or", "another", "BTKi-based", "(", "N=41", ";", "ORR", ":", "54.8", "%", ")", "regimens", "." ] } ]
PMC9429973
The COVID-19 incidence in them was 18.1%, while without the Fy antigen it reached 30.4% (p=0.02).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "COVID-19", "incidence", "in", "them", "was", "18.1", "%", ",", "while", "without", "the", "Fy", "antigen", "it", "reached", "30.4", "%", "(", "p=0.02", ")", "." ] } ]
PMC11093197
Total RNA was isolated from MCF10A cells using TRIzol (#15596018, Thermo Fisher Scientific) according to the manufacturer's instructions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Total", "RNA", "was", "isolated", "from", "MCF10A", "cells", "using", "TRIzol", "(", "#", "15596018", ",", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'s", "instructions", "." ] } ]
PMC11228511
Scale bar, 10 µm.)
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bar", ",", "10", "µm", ".", ")" ] } ]
PMC11590870
Reactive oxygen species (ROSs) are produced as a result of cellular metabolism .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Reactive", "oxygen", "species", "(", "ROSs", ")", "are", "produced", "as", "a", "result", "of", "cellular", "metabolism", "." ] } ]
PMC11244823
All tests were not statistically significant (p-value >0.05).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "tests", "were", "not", "statistically", "significant", "(", "p-value", ">", "0.05", ")", "." ] } ]
PMC5417661
As shown in Figure 6A, NOV202 caused a dose-dependent reduction in tumor volume, and at the highest dose (40 mg/kg) a clear antitumor effect that was comparable to the impact generated with paclitaxel at 24 mg/kg.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "shown", "in", "Figure", "6A", ",", "NOV202", "caused", "a", "dose-dependent", "reduction", "in", "tumor", "volume", ",", "and", "at", "the", "highest", "dose", "(", "40", "mg/kg", ")", "a", "clear", "antitumor", "effect", "that", "was", "comparable", "to", "the", "impact", "generated", "with", "paclitaxel", "at", "24", "mg/kg", "." ] } ]
PMC7685376
According to the proteomics results, we performed a hierarchical cluster analysis on the protein expression profile.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "According", "to", "the", "proteomics", "results", ",", "we", "performed", "a", "hierarchical", "cluster", "analysis", "on", "the", "protein", "expression", "profile", "." ] } ]
PMC8540611
Further research is needed to find optimal conditions, siRNA sequences, and modifications of surface dendrons.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Further", "research", "is", "needed", "to", "find", "optimal", "conditions", ",", "siRNA", "sequences", ",", "and", "modifications", "of", "surface", "dendrons", "." ] } ]
PMC11611077
Lane 1: CHO cells transfected with FLAG-tagged prestin .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lane", "1", ":", "CHO", "cells", "transfected", "with", "FLAG-tagged", "prestin", "." ] } ]
PMC7090062
Cells transfected with a mRFP-GFP-LC3 adenovirus or a control were treated with or without IM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "transfected", "with", "a", "mRFP-GFP-LC3", "adenovirus", "or", "a", "control", "were", "treated", "with", "or", "without", "IM", "." ] } ]
PMC11707577
For analysis on their intracellular localization, MitoTracker™ Deep Red FM (Thermo Fisher Scientific) was added at the final concentration of 50 nm and incubated for 45 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "analysis", "on", "their", "intracellular", "localization", ",", "MitoTracker", "™", "Deep", "Red", "FM", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", "was", "added", "at", "the", "final", "concentration", "of", "50", "nm", "and", "incubated", "for", "45", "min", "." ] } ]
PMC10547921
The cytotoxicity of this series of derivatives increased with the increase of alkyl chain length, and neither the spatial volume of substituents nor the increase of hydrophobicity resulted in a decrease in the activity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cytotoxicity", "of", "this", "series", "of", "derivatives", "increased", "with", "the", "increase", "of", "alkyl", "chain", "length", ",", "and", "neither", "the", "spatial", "volume", "of", "substituents", "nor", "the", "increase", "of", "hydrophobicity", "resulted", "in", "a", "decrease", "in", "the", "activity", "." ] } ]
PMC11635519
The systems were then equilibrated in two sequential NVT ensemble simulations before being equilibrated in five successive NPT ensemble simulations at p = 1 bar and T = 310 K. We gradually released the position restraints applied to the protein-heavy atoms in both steps.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "systems", "were", "then", "equilibrated", "in", "two", "sequential", "NVT", "ensemble", "simulations", "before", "being", "equilibrated", "in", "five", "successive", "NPT", "ensemble", "simulations", "at", "p", "=", "1", "bar", "and", "T", "=", "310", "K.", "We", "gradually", "released", "the", "position", "restraints", "applied", "to", "the", "protein-heavy", "atoms", "in", "both", "steps", "." ] } ]
PMC9000591
In this cancer, the structure and function of bone are damaged due to accumulated cells in bone marrow .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "cancer", ",", "the", "structure", "and", "function", "of", "bone", "are", "damaged", "due", "to", "accumulated", "cells", "in", "bone", "marrow", "." ] } ]
PMC11155445
Single crystal XRD analysis of the complexes showed that the compounds crystallized in a trigonal crystal system adopting the P1̄ space group based on the observation that Cu(i) ion appeared to be surrounded by two PPh3 groups, one acyl thiourea neutral ligand and one chloride anion.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Single", "crystal", "XRD", "analysis", "of", "the", "complexes", "showed", "that", "the", "compounds", "crystallized", "in", "a", "trigonal", "crystal", "system", "adopting", "the", "P1̄", "space", "group", "based", "on", "the", "observation", "that", "Cu(i", ")", "ion", "appeared", "to", "be", "surrounded", "by", "two", "PPh3", "groups", ",", "one", "acyl", "thiourea", "neutral", "ligand", "and", "one", "chloride", "anion", "." ] } ]
PMC7351993
In summary, a careful design, adaptation, adjustment, and optimization of the system are required, depending on the application, since these parameters are not independent, but are interrelated, whereas a more sensitive SRS microscope is expected to boost the overall system performance including the throughput, number of colors, number of pixels, and cell size range.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "summary", ",", "a", "careful", "design", ",", "adaptation", ",", "adjustment", ",", "and", "optimization", "of", "the", "system", "are", "required", ",", "depending", "on", "the", "application", ",", "since", "these", "parameters", "are", "not", "independent", ",", "but", "are", "interrelated", ",", "whereas", "a", "more", "sensitive", "SRS", "microscope", "is", "expected", "to", "boost", "the", "overall", "system", "performance", "including", "the", "throughput", ",", "number", "of", "colors", ",", "number", "of", "pixels", ",", "and", "cell", "size", "range", "." ] } ]
PMC10154097
Protein band was visualized with Bioimaging System.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Protein", "band", "was", "visualized", "with", "Bioimaging", "System", "." ] } ]
PMC11144200
Our data demonstrate that, following drug loading, LPS-RGD-Nb36-DOX exhibits homogeneous particle size as well as dispersion with no noticeable modifications in liposome characterization.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "data", "demonstrate", "that", ",", "following", "drug", "loading", ",", "LPS-RGD-Nb36-DOX", "exhibits", "homogeneous", "particle", "size", "as", "well", "as", "dispersion", "with", "no", "noticeable", "modifications", "in", "liposome", "characterization", "." ] } ]
PMC11085211
The stationary phase of the TLC used a silica gel matrix with a 254 nm florescent indicator (Sigma-Aldrich), while EtOH:MeOH:H2O (10:1.35:1) was used as the mobile phase.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "stationary", "phase", "of", "the", "TLC", "used", "a", "silica", "gel", "matrix", "with", "a", "254", "nm", "florescent", "indicator", "(", "Sigma-Aldrich", ")", ",", "while", "EtOH", ":", "MeOH", ":", "H2O", "(", "10:1.35:1", ")", "was", "used", "as", "the", "mobile", "phase", "." ] } ]
PMC11012012
Four type III BL lines (Raji, Daudi, P3HR1, and Namalwa), seven EBV-negative BL lines (BL41, BL49, BL28, DG75, BL2, CA 46, and Ramos) and two EBV-negative B-cell lymphoma lines (JD38 and Bjab) were all SAP negative.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Four", "type", "III", "BL", "lines", "(", "Raji", ",", "Daudi", ",", "P3HR1", ",", "and", "Namalwa", ")", ",", "seven", "EBV-negative", "BL", "lines", "(", "BL41", ",", "BL49", ",", "BL28", ",", "DG75", ",", "BL2", ",", "CA", "46", ",", "and", "Ramos", ")", "and", "two", "EBV-negative", "B-cell", "lymphoma", "lines", "(", "JD38", "and", "Bjab", ")", "were", "all", "SAP", "negative", "." ] } ]
PMC11790599
Representative phase-contrast images showing time-dependent effects on vacuoles emergent, aggregation and cell rupture in TSL-treated SK-BR-3 and ZR-75-1 cells (6.32 μM, 0, 4, 8, 16, 32, 64 h) (20×) (n = 3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Representative", "phase-contrast", "images", "showing", "time-dependent", "effects", "on", "vacuoles", "emergent", ",", "aggregation", "and", "cell", "rupture", "in", "TSL-treated", "SK-BR-3", "and", "ZR-75", "-", "1", "cells", "(", "6.32", "μM", ",", "0", ",", "4", ",", "8", ",", "16", ",", "32", ",", "64", "h", ")", "(", "20", "×", ")", "(", "n", "=", "3", ")", "." ] } ]
PMC11638288
This interaction triggers signal transduction in NK cells, leading to their cytotoxic activity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "interaction", "triggers", "signal", "transduction", "in", "NK", "cells", ",", "leading", "to", "their", "cytotoxic", "activity", "." ] } ]
PMC11723947
Over the past decade, we and others exposed heterochromatin-dependent gene silencing in this process.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Over", "the", "past", "decade", ",", "we", "and", "others", "exposed", "heterochromatin-dependent", "gene", "silencing", "in", "this", "process", "." ] } ]
PMC11543935
The system has the potential to be adapted to other ablation techniques due to the modular concept.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "system", "has", "the", "potential", "to", "be", "adapted", "to", "other", "ablation", "techniques", "due", "to", "the", "modular", "concept", "." ] } ]
PMC9219615
Furthermore, this study also determined that 5248881 induced apoptosis by staining the spheroids for caspase-cleaved keratin-18 and active caspase-3 .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "this", "study", "also", "determined", "that", "5248881", "induced", "apoptosis", "by", "staining", "the", "spheroids", "for", "caspase-cleaved", "keratin-18", "and", "active", "caspase-3", "." ] } ]
PMC11397654
The L-proline-based calixarene derivatives 2–6 (Figure 2) were evaluated for their activity against A-549, PC-3 (prostate cancer), DLD-1 (colon cancer), HePG2 (liver cancer) cell lines, and PNT1A prostate healthy cell lines by treating the cells with various calixarenes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "L-proline-based", "calixarene", "derivatives", "2–6", "(", "Figure", "2", ")", "were", "evaluated", "for", "their", "activity", "against", "A-549", ",", "PC-3", "(", "prostate", "cancer", ")", ",", "DLD-1", "(", "colon", "cancer", ")", ",", "HePG2", "(", "liver", "cancer", ")", "cell", "lines", ",", "and", "PNT1A", "prostate", "healthy", "cell", "lines", "by", "treating", "the", "cells", "with", "various", "calixarenes", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: Adult patients with ND-AML ineligible for IC were enrolled.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "Adult", "patients", "with", "ND-AML", "ineligible", "for", "IC", "were", "enrolled", "." ] } ]
PMC9503685
After determining the antimicrobial effects of the substances on P. aeruginosa planktonic cells, their cytotoxicity on the A549 cell line was also determined.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "determining", "the", "antimicrobial", "effects", "of", "the", "substances", "on", "P.", "aeruginosa", "planktonic", "cells", ",", "their", "cytotoxicity", "on", "the", "A549", "cell", "line", "was", "also", "determined", "." ] } ]
PMC11806106
Overall, these results suggest that the newly constructed FRET-based receptor conformation sensor for the MOR is detecting various opioids in a physiological range and is suitable for analysis in high-throughput setting in microtiter plate format.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Overall", ",", "these", "results", "suggest", "that", "the", "newly", "constructed", "FRET-based", "receptor", "conformation", "sensor", "for", "the", "MOR", "is", "detecting", "various", "opioids", "in", "a", "physiological", "range", "and", "is", "suitable", "for", "analysis", "in", "high-throughput", "setting", "in", "microtiter", "plate", "format", "." ] } ]
PMC9429973
Median age was 67 (26 – 78), 11 (20.1 %) had DHL/THL, 46 (86.8 %) had IPI score 3-5.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Median", "age", "was", "67", "(", "26", "–", "78", ")", ",", "11", "(", "20.1", "%", ")", "had", "DHL/THL", ",", "46", "(", "86.8", "%", ")", "had", "IPI", "score", "3", "-", "5", "." ] } ]
PMC9398137
However, S63845 has an approximately 6-fold higher affinity for the human protein in comparison to murine MCL1 indicating that mouse models are not sensitive enough to reveal all potential toxic side effects (32).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "S63845", "has", "an", "approximately", "6-fold", "higher", "affinity", "for", "the", "human", "protein", "in", "comparison", "to", "murine", "MCL1", "indicating", "that", "mouse", "models", "are", "not", "sensitive", "enough", "to", "reveal", "all", "potential", "toxic", "side", "effects", "(", "32", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Thus, the identification of LSCs-specific vulnerabilities is needed for more efficacious treatments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "the", "identification", "of", "LSCs-specific", "vulnerabilities", "is", "needed", "for", "more", "efficacious", "treatments", "." ] } ]
PMC9429973
Patients received FC regimen (fludarabine and cyclophosphamide) before CAR-T cells infusion.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Patients", "received", "FC", "regimen", "(", "fludarabine", "and", "cyclophosphamide", ")", "before", "CAR-T", "cells", "infusion", "." ] } ]
PMC11805741
A Colony morphology of Paracoccus sp. EGY7 on PY medium.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "Colony", "morphology", "of", "Paracoccus", "sp.", "EGY7", "on", "PY", "medium", "." ] } ]
PMC11473843
Next, to assess whether ERK5 upregulation was responsible for FAK inhibitor tolerance, we treated VS4718-T cancer cells with XMD8-92.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Next", ",", "to", "assess", "whether", "ERK5", "upregulation", "was", "responsible", "for", "FAK", "inhibitor", "tolerance", ",", "we", "treated", "VS4718-T", "cancer", "cells", "with", "XMD8", "-", "92", "." ] } ]
PMC9429973
The role functioning scale behaved similarly (-5.9 vs +5.2 at 3 months with VMP vs Rd; P=0.038).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "role", "functioning", "scale", "behaved", "similarly", "(", "-5.9", "vs", "+", "5.2", "at", "3", "months", "with", "VMP", "vs", "Rd", ";", "P=0.038", ")", "." ] } ]
PMC10761571
Owing to the large surface area and small size, these particles could distribute to the host body and reach their target site.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Owing", "to", "the", "large", "surface", "area", "and", "small", "size", ",", "these", "particles", "could", "distribute", "to", "the", "host", "body", "and", "reach", "their", "target", "site", "." ] } ]
PMC11786767
Upper: An example of the line scanning result.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Upper", ":", "An", "example", "of", "the", "line", "scanning", "result", "." ] } ]
PMC9429973
As the contribution of CH to high or low myeloid skewing is currently unknown, individuals >60 years were selected with the highest and lowest myeloid percentages, together with age and sex matched controls.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "the", "contribution", "of", "CH", "to", "high", "or", "low", "myeloid", "skewing", "is", "currently", "unknown", ",", "individuals", ">", "60", "years", "were", "selected", "with", "the", "highest", "and", "lowest", "myeloid", "percentages", ",", "together", "with", "age", "and", "sex", "matched", "controls", "." ] } ]
PMC9429973
Busulfan + melphalan (Bu-Mel) conditioning was used in 12% vs. 18% in Len-only vs. Len-combo groups (p=0.32).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Busulfan", "+", "melphalan", "(", "Bu-Mel", ")", "conditioning", "was", "used", "in", "12", "%", "vs.", "18", "%", "in", "Len-only", "vs.", "Len-combo", "groups", "(", "p=0.32", ")", "." ] } ]
PMC11779960
We reanalysed the TCRβ clonotype frequency in the patients’ samples analysed by Thiele et al. using sequencing data from Liu et al.and Suma et al.. We quantified the dominant TCRβ clonotype in each sample and found a median frequency of 22.2% in Angioimmunoblastic T-cell lymphoma (AITL) (n = 9, range 4.4–100), 56.3% in Cutaneous T-cell lymphoma (CTCL) (n = 10, range 1.2–98.3), 75.5% in PTCL (n = 1), and 99.3% in T-Cell Prolymphocytic Leukemia (TPLL) (n = 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "reanalysed", "the", "TCRβ", "clonotype", "frequency", "in", "the", "patients", "’", "samples", "analysed", "by", "Thiele", "et", "al.", "using", "sequencing", "data", "from", "Liu", "et", "al.and", "Suma", "et", "al", "..", "We", "quantified", "the", "dominant", "TCRβ", "clonotype", "in", "each", "sample", "and", "found", "a", "median", "frequency", "of", "22.2", "%", "in", "Angioimmunoblastic", "T-cell", "lymphoma", "(", "AITL", ")", "(", "n", "=", "9", ",", "range", "4.4–100", ")", ",", "56.3", "%", "in", "Cutaneous", "T-cell", "lymphoma", "(", "CTCL", ")", "(", "n", "=", "10", ",", "range", "1.2–98.3", ")", ",", "75.5", "%", "in", "PTCL", "(", "n", "=", "1", ")", ",", "and", "99.3", "%", "in", "T-Cell", "Prolymphocytic", "Leukemia", "(", "TPLL", ")", "(", "n", "=", "1", ")", "." ] } ]
PMC7215722
As shown in Figure 4B, 15 and 30 min into the chase, DPPIV was still found in the ER as a mannose-rich Endo H-sensitive protein.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "shown", "in", "Figure", "4B", ",", "15", "and", "30", "min", "into", "the", "chase", ",", "DPPIV", "was", "still", "found", "in", "the", "ER", "as", "a", "mannose-rich", "Endo", "H-sensitive", "protein", "." ] } ]
PMC9275501
Cheng et al. (2018) prepared CUR and CDDP co-loaded liposomes (CDDP/CUR-Lip) for the treatment of hepatocellular carcinoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cheng", "et", "al.", "(", "2018", ")", "prepared", "CUR", "and", "CDDP", "co-loaded", "liposomes", "(", "CDDP/CUR-Lip", ")", "for", "the", "treatment", "of", "hepatocellular", "carcinoma", "." ] } ]
PMC8735881
Consistently, the previous studies also showed that MPER-directed bNAbs had a relatively lower capacity to inhibit HIV-1 cell–cell spread and were strain- and epitope-dependent [46–48].
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consistently", ",", "the", "previous", "studies", "also", "showed", "that", "MPER-directed", "bNAbs", "had", "a", "relatively", "lower", "capacity", "to", "inhibit", "HIV-1", "cell", "–", "cell", "spread", "and", "were", "strain-", "and", "epitope-dependent", "[", "46–48", "]", "." ] } ]
PMC11377827
Cells were lysed in a 1xSDS lysis buffer (1% SDS, 50 mM Tris pH 6.8, 10% glycerol, 0.01% (w/v) bromophenol blue, 0.1 M DTT, and 1:500 Benzonase or Denarase for 10 min before heating at 90 °C for 5 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "lysed", "in", "a", "1xSDS", "lysis", "buffer", "(", "1", "%", "SDS", ",", "50", "mM", "Tris", "pH", "6.8", ",", "10", "%", "glycerol", ",", "0.01", "%", "(", "w/v", ")", "bromophenol", "blue", ",", "0.1", "M", "DTT", ",", "and", "1:500", "Benzonase", "or", "Denarase", "for", "10", "min", "before", "heating", "at", "90", "°", "C", "for", "5", "min", "." ] } ]
PMC11612315
In addition to their neuroprotective role, GLP-1 analogs have also been studied for their influence on spinal excitatory synaptic transmission under pathophysiological conditions such as neuropathic pain.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", "to", "their", "neuroprotective", "role", ",", "GLP-1", "analogs", "have", "also", "been", "studied", "for", "their", "influence", "on", "spinal", "excitatory", "synaptic", "transmission", "under", "pathophysiological", "conditions", "such", "as", "neuropathic", "pain", "." ] } ]
PMC11731161
The data are expressed as mean ± SD. *
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "data", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SD", ".", "*" ] } ]
PMC11719944
We noted that peripheral naive T cells can be largely sustained by homeostatic expansion and tonic T cell receptor (TCR) signaling.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "noted", "that", "peripheral", "naive", "T", "cells", "can", "be", "largely", "sustained", "by", "homeostatic", "expansion", "and", "tonic", "T", "cell", "receptor", "(", "TCR", ")", "signaling", "." ] } ]
PMC11321678
Overall, our study provides a comprehensive single‐cell regulatory map of four molecular subgroups and reveals the therapeutic vulnerabilities of MB transcription‐factors neurotransmitter receptors regulatory network.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Overall", ",", "our", "study", "provides", "a", "comprehensive", "single‐cell", "regulatory", "map", "of", "four", "molecular", "subgroups", "and", "reveals", "the", "therapeutic", "vulnerabilities", "of", "MB", "transcription‐factors", "neurotransmitter", "receptors", "regulatory", "network", "." ] } ]
PMC10988808
D Representative immunoblots of biomarkers of the Hippo pathway, using ACTIN as reference.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D", "Representative", "immunoblots", "of", "biomarkers", "of", "the", "Hippo", "pathway", ",", "using", "ACTIN", "as", "reference", "." ] } ]
PMC11525028
Statistical significance was determined by p < 0.05.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "p", "<", "0.05", "." ] } ]
PMC10882807
What’s more, hsa_circ_0005397 correlated with EIF4A3 significantly positively (Fig. 5G).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "What", "’s", "more", ",", "hsa_circ_0005397", "correlated", "with", "EIF4A3", "significantly", "positively", "(", "Fig.", "5", "G", ")", "." ] } ]
PMC9341513
Typically, these features arise in the model due to protein-mediated enhancer-promoter interactions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Typically", ",", "these", "features", "arise", "in", "the", "model", "due", "to", "protein-mediated", "enhancer-promoter", "interactions", "." ] } ]
PMC10955424
OC is the second most common form of gynecological malignancy and has a poor 5 years survival rate .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "OC", "is", "the", "second", "most", "common", "form", "of", "gynecological", "malignancy", "and", "has", "a", "poor", "5", "years", "survival", "rate", "." ] } ]
PMC9429973
SF3B1 mutations were found in AML with recurrent genetic abnormalities (24/471; 5%), AML with myelodysplasia-related changes (MRC; 11/158; 7%) and AML not otherwise specified (NOS; 6/106; 6%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SF3B1", "mutations", "were", "found", "in", "AML", "with", "recurrent", "genetic", "abnormalities", "(", "24/471", ";", "5", "%", ")", ",", "AML", "with", "myelodysplasia-related", "changes", "(", "MRC", ";", "11/158", ";", "7", "%", ")", "and", "AML", "not", "otherwise", "specified", "(", "NOS", ";", "6/106", ";", "6", "%", ")", "." ] } ]
PMC10882807
Regulating the hsa_circ_0005397/EIF4A3 axis would be a potential strategy for HCC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Regulating", "the", "hsa_circ_0005397/EIF4A3", "axis", "would", "be", "a", "potential", "strategy", "for", "HCC", "." ] } ]
PMC11777207
Error bars indicate SEM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Error", "bars", "indicate", "SEM", "." ] } ]
PMC11670954
With GAPDH was used as a control and mRNA levels were calculated using the 2 formula.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "control", "and", "mRNA", "levels", "were", "calculated", "using", "the", "2", "formula", "." ] } ]
PMC11185260
In addition, scL-SMARCB1 treatment significantly downregulated AURKA, which plays a critical role in mitosis and ATRT tumorigenesis.36 Taken together, these data indicate that the systemically administered scL-SMARCB1 nanocomplex restored functional SMARCB1 expression in intracranial tumors and effectively suppressed the growth of SMARCB1-deficient tumors, leading to the extended survival of tumor-bearing mice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "scL-SMARCB1", "treatment", "significantly", "downregulated", "AURKA", ",", "which", "plays", "a", "critical", "role", "in", "mitosis", "and", "ATRT", "tumorigenesis.36", "Taken", "together", ",", "these", "data", "indicate", "that", "the", "systemically", "administered", "scL-SMARCB1", "nanocomplex", "restored", "functional", "SMARCB1", "expression", "in", "intracranial", "tumors", "and", "effectively", "suppressed", "the", "growth", "of", "SMARCB1-deficient", "tumors", ",", "leading", "to", "the", "extended", "survival", "of", "tumor-bearing", "mice", "." ] } ]
PMC11597291
The extraction process was repeated in triplicate for each sample.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "extraction", "process", "was", "repeated", "in", "triplicate", "for", "each", "sample", "." ] } ]
PMC11502327
Compared with free Hypericin, Hypericin-loaded PLA Nanoparticles present stronger in vitro photoactivity, which can significantly reduce the drug dose of Hypericin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Compared", "with", "free", "Hypericin", ",", "Hypericin-loaded", "PLA", "Nanoparticles", "present", "stronger", "in", "vitro", "photoactivity", ",", "which", "can", "significantly", "reduce", "the", "drug", "dose", "of", "Hypericin", "." ] } ]
PMC11467964
SOX11. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SOX11", ".", "(" ] } ]
PMC6222726
The leaves are simple (unifoliolate), often less than 6 cm long and 2.5 cm wide.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "leaves", "are", "simple", "(", "unifoliolate", ")", ",", "often", "less", "than", "6", "cm", "long", "and", "2.5", "cm", "wide", "." ] } ]
PMC8557138
Many studies have attempted to mimic the angiogenic tumor microenvironment using microfluidic devices.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Many", "studies", "have", "attempted", "to", "mimic", "the", "angiogenic", "tumor", "microenvironment", "using", "microfluidic", "devices", "." ] } ]
PMC9878278
ZIKV infection induced expression of RIG-I and MDA5 mRNA in human skin fibroblasts and DC (Hamel et al., 2015; Bowen et al., 2017); however, only silencing of RIG-I significantly increased virus replication in fibroblasts (Hamel et al., 2015).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ZIKV", "infection", "induced", "expression", "of", "RIG-I", "and", "MDA5", "mRNA", "in", "human", "skin", "fibroblasts", "and", "DC", "(", "Hamel", "et", "al.", ",", "2015", ";", "Bowen", "et", "al.", ",", "2017", ")", ";", "however", ",", "only", "silencing", "of", "RIG-I", "significantly", "increased", "virus", "replication", "in", "fibroblasts", "(", "Hamel", "et", "al.", ",", "2015", ")", "." ] } ]
PMC10809689
After treatment with PMA, cells are activated and proliferation increases, hence, cells need to provide energy and produce macromolecules to the intermediate compounds resulting from the decomposition of glutamine and glutamate like α-KG, so the amount of α-KG increases.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "treatment", "with", "PMA", ",", "cells", "are", "activated", "and", "proliferation", "increases", ",", "hence", ",", "cells", "need", "to", "provide", "energy", "and", "produce", "macromolecules", "to", "the", "intermediate", "compounds", "resulting", "from", "the", "decomposition", "of", "glutamine", "and", "glutamate", "like", "α-KG", ",", "so", "the", "amount", "of", "α-KG", "increases", "." ] } ]
PMC7039683
Interestingly, the highest-scoring tile within the larger enhancer, marked by H3K27Ac in normal human epidermal keratinocytes (NHEK), is in the top-scoring 0.2% bin of tiles (Figure 4C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "the", "highest-scoring", "tile", "within", "the", "larger", "enhancer", ",", "marked", "by", "H3K27Ac", "in", "normal", "human", "epidermal", "keratinocytes", "(", "NHEK", ")", ",", "is", "in", "the", "top-scoring", "0.2", "%", "bin", "of", "tiles", "(", "Figure", "4C", ")", "." ] } ]
PMC9587298
Quercetin-3-glucoside and quercetin-3-rutinoside trap MGO in less extent.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quercetin-3-glucoside", "and", "quercetin-3-rutinoside", "trap", "MGO", "in", "less", "extent", "." ] } ]
PMC11265931
Garlic SEVs at concentrations up to 60 μg/mL had a significant cytotoxic effect on these cancer cell lines, reducing the viability of U87 (Figure 2A), SH-SY5Y (Figure 2B), PC-3 (Figure 2C), Panc-1a (Figure 2D), and Hep3B (Figure 2E) cells to 25–40% within 72 h. Significantly, the viability of normal HDF cells remained unaffected when the dosages of garlic SEVs were increased.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Garlic", "SEVs", "at", "concentrations", "up", "to", "60", "μg/mL", "had", "a", "significant", "cytotoxic", "effect", "on", "these", "cancer", "cell", "lines", ",", "reducing", "the", "viability", "of", "U87", "(", "Figure", "2A", ")", ",", "SH-SY5Y", "(", "Figure", "2B", ")", ",", "PC-3", "(", "Figure", "2C", ")", ",", "Panc-1a", "(", "Figure", "2D", ")", ",", "and", "Hep3B", "(", "Figure", "2E", ")", "cells", "to", "25–40", "%", "within", "72", "h.", "Significantly", ",", "the", "viability", "of", "normal", "HDF", "cells", "remained", "unaffected", "when", "the", "dosages", "of", "garlic", "SEVs", "were", "increased", "." ] } ]
PMC8336407
In the previous studies, the extract showed significant anti-hyperglycemic and anti-hyperlipemic activity .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "previous", "studies", ",", "the", "extract", "showed", "significant", "anti-hyperglycemic", "and", "anti-hyperlipemic", "activity", "." ] } ]