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BioData-CellLine_annotated

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PMC6643347
The TZM-bl cell line (NIH AIDS Reagent Program No. 8129, USA) was obtained by genetic engineering of HeLa cells; it expresses CD4, CXCR4, and CCR5 and contains the Tat-dependent luciferase reporter gene under the regulatory control of HIV-1 LTR.
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PMC8567602
C, Heat map hierarchical clustering of the most differentially expressed genes between the six groups of tumors, with k-means clustering.
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PMC11496728
After transfection for 48 h, transiently expressed cells were resuspended in six-well plates at a density of 5 × 10 cells/mL using CHO serum-free medium (Proteineasy, Xinxiang, China) and incubated in an incubator at 37 °C and 5% CO2 with shaking at 120 rpm.
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PMC8343815
The current study was supported by the Shiraz University of Medical Sciences
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PMC9429973
The identification of combinations of silent defects with severe thalassemia mutations is essential for the genetic counseling of at-risk couples.
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PMC11727306
The excessive secretion of cytokines creates excess inflammation that breaks down immune tolerance and consequently the immune cells may mistakenly attack healthy cells and cause major alterations in tissues, and this may be the causative mechanism in abrin-associated autoimmune demyelinating disease.
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PMC10335954
TRIP13 significantly upregulated and downregulated the expression of IL-6 and caspase-3, respectively (Fig. 4C).Table 3Differences in TRIP13 expression related to different gene pathways in cancerGene set nameNESNOM p-valFDR q-valCell cycle2.310.000.00p53 signaling pathway1.870.0080.017Cytokine receptor interaction − 2.080.0040.017JAK/STAT signaling pathway − 1.830.0060.041Fig.
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PMC6461034
Single treatment with either BMS‐754807 or afatinib resulted in a strong reduction of cellular viability for both CRC0177 (IC50BMS‐754807 = 25 nM, 95% CI = 18.2–29.5 nM; IC50afatinib = 50 nM, 95% CI = 33.9–64.6 nM) and CRC0254 (IC50BMS‐754807 = 4 nM, 95% CI = 2.8–5.0 nM; IC50afatinib = 4 nM, 95% CI = 2.8–6.6 nM; Appendix Fig S11B).
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PMC10852540
A significant reduction in MN frequency was observed compared to animals given DOX in combination with RA.
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PMC11381192
TIDE, Tumour Immune Dysfunction and Exclusion. **
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PMC11352746
Immortalized cell cultures are derived from neuronal tumors, which makes their culturing process relatively easy due to their unlimited proliferation.
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PMC3164356
Twelve independent studies were summarized to compile a list of human genes important for viral infection.
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PMC11740399
Flow cytometry analysis showed that 3025@ML + OXA significantly increased the percentage of apoptotic cells in T24 and 5637 cells (Fig. 5E).
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PMC7351993
The powers of the four beams are controlled by changing the driving current of the laser diode in the bidirectional YDFA in each arm.
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PMC11122631
Its molecular formula was determined as C23H34O6 (Δ = 9) by the interpretation of the mass spectrum (m/z 429.2246 [M + Na], calcd.
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PMC11407042
Discard the supernatant and resuspend the cell pellet with 2 mL DMEM containing 1% FBS.
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PMC11756907
Moreover, the use of the GO-2ME hybrid at a dilution of 1:10 (0.0181 g/mL) produces a similar cytotoxic effect to the use of 2ME at the initial concentration for hybrid formation (1 mg/mL).
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PMC11593713
Peroxiredoxins vary in their location and reactivation mechanisms.
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PMC9878562
Cells were resuspended at 10 cells mL in PBS and incubated for 30 minutes on ice.
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PMC10878518
Normal skeletal muscle tissues were cultured on a collagen-coated dish containing a culture medium that promotes fibroblast growth.
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PMC9429973
Currently, it is characterized by the presence of microangiopathic hemolytic anemia, thrombocytopenia and variable target organ lesion.
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PMC10958426
DEGs among tumor subclones were separated into two population at the lowest point of the distribution (r = 0.29).
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PMC11803918
These results demonstrated that the photosensitive hybrid γδ-T exosomes could induce a light-triggered ICD effect, promote dendritic cell maturation, and induce a melanoma antigen-specific CD4 and CD8 T-cell response, and finally enhance antitumor immunity.
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PMC11770746
The half-lives for the reduction are provided in Table 1.
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PMC8984067
Figure 5 shows the IR spectra for UCNPs, UCNPs-Ce6, and anti-EpCAM-UCNPs-Ce6.
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PMC11306019
Ten gallotannins used in this study include 2-isopropyl-O‐β‐(6′‐O‐galloyl)‐glucopyranoside (IG), 4-hydroxy-3-methoxyphenol 1-O-β-D-(2′,6′-di-O-galloyl) glucoside (2′,6′-diGG), 1,3,6-tri-O-galloyl-β-D-glucose (1,3,6-triGG), 1,2,6-tri-O-galloyl-β-D-glucose (1,2,6-triGG), 1,4,6-tri-O-galloyl-β-D-glucose (1,4,6-triGG), corilagin (Cori-triGG), 1,2,3-tri-O-galloyl-beta-D-glucose (1,2,3-triGG), 1,2,3,6-tetragalloyl-beta-D-glucose (1,2,3,6-tetraGG), 1,2,3,4,6-penta-O-galloyl-β-D-glucose (PGG), tellimagrandin II (Telli-PGG).
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PMC7685376
First, the results indicated that MCM2, MCM3, MCM4, MCM5, MCM6, and MCM7 were expressed at higher levels in HCC tissues than in normal liver tissues (Figure 4A, Supplementary Fig. S2A).
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PMC11541409
Metabolism changes in GISTs.
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PMC10652261
Found: 448.1810.
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PMC11441402
Whole wells were imaged and analyzed.
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PMC9429973
Overall, 46% of pts had >75 years and 40% were frail.
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Of these 57 pts, 30 (53%) were male, 27 (47%) were female, 50 (88%) were white, 46 (81%) were not of Hispanic or Latino/a or Spanish origins, and 54 (95%) were <65 years old.
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PMC11519567
Resuspend the Flag beads (DYKDDDDK tag Nanoselector Magnetic beads, Code: 016-101-003) by gently pipetting up and down or by inverting the tube.
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PMC11675244
This raises an important question of whether these pathways operate independently or they interact, thus, obstructing attempts to target Wnt signaling.
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PMC8567602
Pleio.,
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PMC11754436
Bax and caspase 3 proteins have pro-apoptotic effects.
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PMC11733919
To functionalize the MNPs with streptavidin (STV), MNPs (0.5 mg of Fe) were activated with 20 mM EDC and 40 mM S-NHS in MES buffer (100 mM, pH = 6.5) at 37 °C and 60 rpm for 30 min.
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PMC11507371
Also, the treatment was significantly more cytotoxic in A431 cells, aligning with the results obtained in this work.
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PMC11549612
Additionally, genetic alteration analyses reveal associations between BOLA genes and patient survival outcomes, with BOLA1 and BOLA2 mutations linked to shorter OS.
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PMC11701801
These downloaded data were analyzed as follows.
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PMC9429973
Randomization for induction was stratified by Revised International Staging System.
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PMC11742047
Indeed, it has been shown that TG accumulation could activate a similar apoptotic response in macrophages.
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PMC8336407
Exposure of the cells treated with 2.0 mg/mL concentration of the extract to t-BHP concentrations (100 µM, 150 µM, 200 µM), showed a slightly decreasing trend in the antioxidant capacity (t100/E2.0, 2438 ± 32.23, p = 0.03, t150/E2.0, 2294 ± 30.81, p < 0.001, and t200/E2.0, 2234 ± 12.14, p < 0.001).
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PMC11531735
The statistical analysis using the log-rank Bonferroni correction test for comparing ER121 high, ER121 Low and Herceptin showed statistical significance.
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Cells were grown in endothelial cell growth medium (EGM-2) from Lonza, (Basel, Switzerland).
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To determine whether increasing miR-373 reversed the inhibition of cellular proliferation observed due to overexpression, the GES-1 cells were transfected with miR-373 mimics and compared with the results for miR-373-ASO, miR-NC-ASO and miR-NC.
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One of these components is pachymic acid (PA), which is the wool sterol-8-ene triterpene (C33H52O5).
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PMC11240448
The reduction in the number of analytes utilized to compute the DPD scores did not impact the precision of detecting oncogenic transformation, yet it decreased precision in the detection of BC subtypes, as outlined in the Section 3.3.
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PMC3122064
RITA induced massive apoptosis at nanomolar concentrations in the absence of transcriptional activation of any of the p53 targets tested (p53, MDM2, p21, and Fas).
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Vβ PCR products were cloned into pGEMTeasy (Promega, Germany) and amplified in XL1-Blue competent cells (Stratagene, USA) using standard procedures.
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MNPs were then resuspended in 20 mL of 0.05 M NaOH and rota-evaporated (200 mbar, 70 °C) to obtain complete evaporation of CHCl3.
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C and D) Quantitative analysis of the mean fluorescence intensity of FAM.
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α4β3δ-GABAARs do not induce synaptic contact formation but potentiate the induction of contacts by NL-2.
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PMC10317042
CUT&RUN-seq data were analyzed by mapping the reads using Bowtie2.
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Longer treatment and follow-up is warranted to determine the durability of responses after therapy discontinuation.
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Primary antibodies against cleaved‐caspase‐1 (1:1000), caspase‐3 (1:1000), gasdermin‐D (GSDMD) (1:2000), gasdermin‐E (GSDME) (1:2000), IL‐1β (1:1000), NLRP3 (1:1000), P2X7 (1:1000), TET2 (1:1000), p‐JAK1 (1:1000), phosphorylated‐signal transduction and activators of transcription 3 (p‐stat3) (1:2000), protein 53 (p53) (1:1000), protein 21 (p21) (1:2000), cell division cycle 25B (Cdc25B) (1:1000), cyclinB1 (1:1000), cyclin‐dependent kinase 1 (CDK1) (1:10,000), bcl‐2 (1:5000), BCL2 associated agonist of cell death (BAD) (1:1000), poly‐ADP‐ribose polymerase 1 (PARP1) (1:1000), and α‐tubulin (1:2000) were purchased from Abcam.
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Fig 3 Bioprinted breast cancer models.
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This especially holds for the three OV types most used against lung cancer, namely HSV, adenovirus, and pox virus.
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This presentation mandates high levels of suspicious for early diagnosis.
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Our finding of increased Salmonella Typhimurium replication in STING-deficient HepG2 cells provides the basis for further studies on pathogen-host interactions.
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After incubation, coverslips were washed 3 times with distilled water.
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According to these findings, it seems that MSCs can be stimulated with intestinal microorganisms and repair gastrointestinal tract damage through anti-inflammatory function and epithelial regeneration.
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On the other hand, CNVnator can identify large homozygous deletions, but its calls are much less precise.
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Microarray data from a previous study was processed.
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First, it promotes NDRG1 protein expression without changing the levels of NDRG1 mRNA (Figure 2).
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Each column represents a peak type from a Roadmap sample, with color intensity showing the level of significance.
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PMC9412887
When siRNAsome was incubated with a dithiothreitol (DTT) solution, DOX was rapidly released from the nanostructure, and more than 75% of the encapsulated DOX was released after 24 h incubation with dithiothreitol (Figure 4b), indicating that siRNAsome was sensitive to an intracellular environment and intracellular redox conditions could effectively disintegrate the structure of siRNAsome to control drug release.
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PMC11770130
These studies with contradictory conclusions highlighted the importance of studying NTS-NTSR2 signaling with cell type-specific models in physiological conditions.
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PMC9429973
In RIP-seq analysis we identified 384 transcripts depleted in RISC by at least 20% upon miR-625-5p inhibition and having at least one putative 3’UTR binding site for this miRNA.
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PMC9386809
The inertness of the o-substituted substrates may be attributed to the inhibition in the activation of the carbonyl function by the Zr–metal center, which is marginally present in a pocket.
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PMC9587298
Co-incubation of HepG2 cells with rich-phenolic extract (M) from Sabugueiro and MGO did not show significant protective effect, in contrast with Sabugueira (p = 0.0196) and Bastardeira extracts (p = 0.0019) as both decreased the cytotoxicity of MGO, producing a similar protective effect.
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PMC11592837
For interpretation, we contemplate the individual pharmacodynamical properties: DOX belongs to the class of anthracyclines that intercalates with DNA, thus blocking its repair, replication and transcription .
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PMC8658661
The key features of HCC and several oncological diseases are a mutation of the TERT gene promoter, which triggers the activation of telomerase reverse transcriptase, the process of tumor formation.
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PMC9065483
.
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PMC7229095
Meanwhile, CDM3 suffered from the poor overall clone growth.
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PMC10809689
Histogram graphs of HL-60 cell line (b) before (purple curve) and after 24-hour treatment with PMA (blue curve) and THP-1 (d.) cell line before (green curve) and after 24-hour treatment with PMA (blue curve) revealed TIM-3 expression have increased to 47.7% and 63.9%, respectively TIM-3 expression at 24, 48, 72 h after treatment with PMA in HL-60 and THP-1 cell lines.
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PMC7039683
Gene set enrichment analysis was performed using GSEA (v 3.0) (Subramanian et al., 2005).
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PMC9516447
A P-value of ≤ 0.05 is signified by *, P-value of ≤ 0.01 by **, and P-value of ≤ 0.001 by ***, ns denotes not significant.
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PMC6889484
C and D) Equal amounts of p24-containing virus from NL4-3 and three subtype B patient isolates (PtB-1, -2, and -3) were used to infect (C) CEMSS and (D) CEMSS/D128K cell lines, respectively.
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PMC10940855
A total of 1 × 10 multiple myeloma cells were cultured in 24-well plates with ECs and the culture progeny were transplanted.
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PMC11741906
Table 2 shows these target cellular pathways, and the number of genes targeted in them and p-values.
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PMC11422497
After 5 weeks of feeding, the mice were euthanized, and nude mice were taken out to measure their size and weighed. (
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We conclude that in the analyzed sample set, neither PD-L1 DNA methylation nor mRNA expression significantly differs between paired normal and tumor tissues.
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PMC11701801
A measure of 5 × 10 cells were harvested, washed with PBS, and lysed at 95°C for 5 minutes with 150 μL of 1× SDS sample buffer to extract proteins.
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In the case of another selected target, mTOR1, standard drug sirolimus showed higher binding energy than 7- wedelolactone despite an additional H-bond and pi-pi interactions (Figure 8A & B).
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PMC10421378
The first step was carried out on ice to limit cell damage, which can result from thawing at room temperature.
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PMC11730000
Various pharmacologic treatments, including hematopoietic cytokines, iron-chelating agents, and antioxidants, have been studied to mitigate the adverse effects of DOX.
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PMC10329074
Moreover, the expression of YBX3 was positively correlated with the infiltration of multiple immune cells.
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PMC11696576
H-L-Cys-OMe (3.00 mmol, 515 mg) was added, and the reaction mixture was stirred overnight at room temperature.
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To test whether actin filaments are involved in the MT‐independent motility we proposed, we attempted to trap VOIs on actin filaments following nocodazole‐induced MT disassembly.
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PMC11769522
Furthermore, CPEKs stimulated with IFN-γ showed a significant decrease in CXCL8 production compared to the vehicle (Figure 1B).
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PMC11604015
CD4 is an antigen normally expressed in a group of T cells and some T cell-derived malignancies, including most mature TCLs and some T-ALL.
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Since lipid metabolism is linked to changes in physiology, the growth and the survival of C. elegans (Sun et al., 2016), we next determined whether BMS treatment we used affected worm size, locomotive behavior, growth rate and lifespan.
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PMC9429973
Methods: We conducted a retrospective single-center chart review analysis of adult MM patients with high-risk cytogenetic abnormalities that received autoHCT between 2008-2018, followed by Len-based maintenance therapy.
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PMC11803918
The photosensitive hybrid γδ-T exosomes have several advantages over conventional chemotherapy and radiotherapy for the treatment of melanoma.
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PMC11743414
The enriched pathways included the Wnt signaling pathway, Notch signaling pathway, calcium signaling pathway, and phosphatidylinositol 3-kinase signaling pathway, as well as processes such as skin cell differentiation, smooth muscle cell differentiation, endothelial cell, and progenitor cell differentiation during vascular development, protein transport, small cell lung cancer, and chronic myeloid leukemia (Fig. 6).Fig.
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PMC11803918
Colors, stained with corresponding antibodies.
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PMC11545868
There is still no definitive cure, and many side effects occur even after treatment.
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PMC10734950
They have been previously reported to exhibit a broad spectrum of properties and varied uses in the field of medicine.
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PMC11224020
The wafers were then washed again with isopropanol, dried and plasma treated for 2 min.
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