Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC8728081
Ayurvedic process of Rasasindura manufacturing is tedious and requires several days for preparing the final product as it involves several steps such as purification, mixing heat-treating steps.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Ayurvedic", "process", "of", "Rasasindura", "manufacturing", "is", "tedious", "and", "requires", "several", "days", "for", "preparing", "the", "final", "product", "as", "it", "involves", "several", "steps", "such", "as", "purification", ",", "mixing", "heat-treating", "steps", "." ] } ]
PMC8916024
The development of sequencing technology has provided a new way to study the microbial communities of lower mollusks.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "development", "of", "sequencing", "technology", "has", "provided", "a", "new", "way", "to", "study", "the", "microbial", "communities", "of", "lower", "mollusks", "." ] } ]
PMC10772747
The percentage of cell death (A, B) and the percentage of cell distribution in each phase (C, D) were measured using flow cytometry after staining with Annexin V-FITC/PI and PI, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "percentage", "of", "cell", "death", "(", "A", ",", "B", ")", "and", "the", "percentage", "of", "cell", "distribution", "in", "each", "phase", "(", "C", ",", "D", ")", "were", "measured", "using", "flow", "cytometry", "after", "staining", "with", "Annexin", "V-FITC/PI", "and", "PI", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC10940855
Data were taken from two sources: The Multiple Myeloma Research Foundation (MMRF) CoMMpass trial and the Total Therapy Studies (37).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "were", "taken", "from", "two", "sources", ":", "The", "Multiple", "Myeloma", "Research", "Foundation", "(", "MMRF", ")", "CoMMpass", "trial", "and", "the", "Total", "Therapy", "Studies", "(", "37", ")", "." ] } ]
PMC11248911
Data were analyzed using Kaluza v1.2 (Beckman Coulter).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "were", "analyzed", "using", "Kaluza", "v1.2", "(", "Beckman", "Coulter", ")", "." ] } ]
PMC3995603
A voucher specimen (AC-2009-EBM30) has been deposited at the Herbal Medicine Formulation Research Group at the Korea Institute of Oriental Medicine.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "voucher", "specimen", "(", "AC-2009-EBM30", ")", "has", "been", "deposited", "at", "the", "Herbal", "Medicine", "Formulation", "Research", "Group", "at", "the", "Korea", "Institute", "of", "Oriental", "Medicine", "." ] } ]
PMC10198699
The reason is that in this scenario the present-day Henrietta Lacks is the owner of a tradeable legal object(s), namely the cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "reason", "is", "that", "in", "this", "scenario", "the", "present-day", "Henrietta", "Lacks", "is", "the", "owner", "of", "a", "tradeable", "legal", "object(s", ")", ",", "namely", "the", "cell", "line", "." ] } ]
PMC3765139
In contrast, cancer testis antigens (CTA) are expressed in several malignancies of different histological origin and are also expressed on a few non-neoplastic cell populations including spermatogonia and trophoblasts, but not in healthy melanocytes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "cancer", "testis", "antigens", "(", "CTA", ")", "are", "expressed", "in", "several", "malignancies", "of", "different", "histological", "origin", "and", "are", "also", "expressed", "on", "a", "few", "non-neoplastic", "cell", "populations", "including", "spermatogonia", "and", "trophoblasts", ",", "but", "not", "in", "healthy", "melanocytes", "." ] } ]
PMC11033180
Non-human primate (Green monkey cell line) COS-7 cells were grown in DMEM (cat: 11965092, Gibco) containing 10% (vol/vol) heat-inactivated FBS (Eurobio), fetal calf serum (FCS), 10 mM glutamine (cat: 25030-024, Gibco), and antibiotics (50,000 IU Penicillin/50,000 IU Streptomycin) (cat: 15140-122,Gibco).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Non-human", "primate", "(", "Green", "monkey", "cell", "line", ")", "COS-7", "cells", "were", "grown", "in", "DMEM", "(", "cat", ":", "11965092", ",", "Gibco", ")", "containing", "10", "%", "(", "vol/vol", ")", "heat-inactivated", "FBS", "(", "Eurobio", ")", ",", "fetal", "calf", "serum", "(", "FCS", ")", ",", "10", "mM", "glutamine", "(", "cat", ":", "25030", "-", "024", ",", "Gibco", ")", ",", "and", "antibiotics", "(", "50,000", "IU", "Penicillin/50,000", "IU", "Streptomycin", ")", "(", "cat", ":", "15140", "-", "122,Gibco", ")", "." ] } ]
PMC11218145
Most antiparasitic agents target mitochondria , therefore studies on the activity at this level are fully warranted.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Most", "antiparasitic", "agents", "target", "mitochondria", ",", "therefore", "studies", "on", "the", "activity", "at", "this", "level", "are", "fully", "warranted", "." ] } ]
PMC9429973
Digests were run on 2 % agarose gel at 50 V in 1X Tris–borate- EDTA (TBE) buffer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Digests", "were", "run", "on", "2", "%", "agarose", "gel", "at", "50", "V", "in", "1X", "Tris", "–", "borate-", "EDTA", "(", "TBE", ")", "buffer", "." ] } ]
PMC11789597
viSNE maps colored by the normalized expression of the indicated markers in MM1S cells. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "viSNE", "maps", "colored", "by", "the", "normalized", "expression", "of", "the", "indicated", "markers", "in", "MM1S", "cells", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
The primary endpoint, to demonstrate a superior complete response (CR) rate for GEM-P by contrast-enhanced CT (CECT) at end of treatment (EOT) was not met.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "primary", "endpoint", ",", "to", "demonstrate", "a", "superior", "complete", "response", "(", "CR", ")", "rate", "for", "GEM-P", "by", "contrast-enhanced", "CT", "(", "CECT", ")", "at", "end", "of", "treatment", "(", "EOT", ")", "was", "not", "met", "." ] } ]
PMC11544771
Human NSCLC (A549 and A427) cell lines (American Type Culture Collection, Manassas, VA, USA) were grown in DMEM containing 10% FBS, and cultured in a humidified incubator (37 °C and 5% CO2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Human", "NSCLC", "(", "A549", "and", "A427", ")", "cell", "lines", "(", "American", "Type", "Culture", "Collection", ",", "Manassas", ",", "VA", ",", "USA", ")", "were", "grown", "in", "DMEM", "containing", "10", "%", "FBS", ",", "and", "cultured", "in", "a", "humidified", "incubator", "(", "37", "°", "C", "and", "5", "%", "CO2", ")", "." ] } ]
PMC11335267
Fig. 6Expression of Alx3 in the hypothalamic arcuate nucleus (A) RT-qPCR showing expression of Alx3 mRNA in the hypothalamus of wild type but not Alx3-ko mice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "6Expression", "of", "Alx3", "in", "the", "hypothalamic", "arcuate", "nucleus", "(", "A", ")", "RT-qPCR", "showing", "expression", "of", "Alx3", "mRNA", "in", "the", "hypothalamus", "of", "wild", "type", "but", "not", "Alx3-ko", "mice", "." ] } ]
PMC9910796
These viral forms, previously described as zipper structures, represent aberrant assemblies of the unprocessed forms of polyproteins pp220 and pp62 .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "viral", "forms", ",", "previously", "described", "as", "zipper", "structures", ",", "represent", "aberrant", "assemblies", "of", "the", "unprocessed", "forms", "of", "polyproteins", "pp220", "and", "pp62", "." ] } ]
PMC5600151
Despite showing good efficacy, it is also well known for its systemic side effects, mainly cardiomyopathy .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Despite", "showing", "good", "efficacy", ",", "it", "is", "also", "well", "known", "for", "its", "systemic", "side", "effects", ",", "mainly", "cardiomyopathy", "." ] } ]
PMC9429973
By Week 24, significant improvements were observed with zanubrutinib vs BR in GHS, physical functioning, role functioning as well as greater reductions in diarrhea, fatigue, and nausea/vomiting.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "Week", "24", ",", "significant", "improvements", "were", "observed", "with", "zanubrutinib", "vs", "BR", "in", "GHS", ",", "physical", "functioning", ",", "role", "functioning", "as", "well", "as", "greater", "reductions", "in", "diarrhea", ",", "fatigue", ",", "and", "nausea/vomiting", "." ] } ]
PMC9429973
V. Marasco, A. Guidetti, A. Piciocchi, A. Candoni, M. Bocchia, R. Bruna, P. Musto, A. Visentin, M. Turrini, A. Tucci, C. Selleri, E. Crea, P. Fazi, F. Passamonti, P. Corradini Hematology and Bone Marrow Transplantation, Istituto Nazionale Dei Tumori di Milano; School of Medicine, Università degli Studi di Milano, Milan; GIMEMA Foundation, Rome; Dipartimento di Medicina Specialistica, University of Udine, Udine; Hematology Unit, University of Siena, Azienda Ospedaliero Universitaria Senese, Siena; Division of Hematology, Department of Translational Medicine, University of Eastern Piedmont and Ospedale Maggiore della Carità, Novara; Department of Emergency and Organ Transplantation, “Aldo Moro” University School of Medicine and Unit of Hematology and Stem Cell Transplantation, AOU Consorziale Policlinico, Bari; Hematology and Clinical Immunology unit, Department of Medicine, University of Padova, Padova; Hematology, Ospedale Valduce, Napoli; Department of Hematology, ASST Spedali Civili di Brescia, Brescia; Hematology, Ospedale San Giovanni di Dio e Ruggi D’Aragona, Salerno; Department of Medicine and Surgery, niversity of Insubria and ASST Sette Laghi, Ospedale di Circolo of Varese, Varese, Italy Background: Patients with hematological malignancies (HM) infected with SARS-CoV-2 have a higher risk of developing severe coronavirus disease (COVID-19) with consequent death, due to immune system impairment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "V.", "Marasco", ",", "A.", "Guidetti", ",", "A.", "Piciocchi", ",", "A.", "Candoni", ",", "M.", "Bocchia", ",", "R.", "Bruna", ",", "P.", "Musto", ",", "A.", "Visentin", ",", "M.", "Turrini", ",", "A.", "Tucci", ",", "C.", "Selleri", ",", "E.", "Crea", ",", "P.", "Fazi", ",", "F.", "Passamonti", ",", "P.", "Corradini", "Hematology", "and", "Bone", "Marrow", "Transplantation", ",", "Istituto", "Nazionale", "Dei", "Tumori", "di", "Milano", ";", "School", "of", "Medicine", ",", "Università", "degli", "Studi", "di", "Milano", ",", "Milan", ";", "GIMEMA", "Foundation", ",", "Rome", ";", "Dipartimento", "di", "Medicina", "Specialistica", ",", "University", "of", "Udine", ",", "Udine", ";", "Hematology", "Unit", ",", "University", "of", "Siena", ",", "Azienda", "Ospedaliero", "Universitaria", "Senese", ",", "Siena", ";", "Division", "of", "Hematology", ",", "Department", "of", "Translational", "Medicine", ",", "University", "of", "Eastern", "Piedmont", "and", "Ospedale", "Maggiore", "della", "Carità", ",", "Novara", ";", "Department", "of", "Emergency", "and", "Organ", "Transplantation", ",", "“", "Aldo", "Moro", "”", "University", "School", "of", "Medicine", "and", "Unit", "of", "Hematology", "and", "Stem", "Cell", "Transplantation", ",", "AOU", "Consorziale", "Policlinico", ",", "Bari", ";", "Hematology", "and", "Clinical", "Immunology", "unit", ",", "Department", "of", "Medicine", ",", "University", "of", "Padova", ",", "Padova", ";", "Hematology", ",", "Ospedale", "Valduce", ",", "Napoli", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "ASST", "Spedali", "Civili", "di", "Brescia", ",", "Brescia", ";", "Hematology", ",", "Ospedale", "San", "Giovanni", "di", "Dio", "e", "Ruggi", "D’Aragona", ",", "Salerno", ";", "Department", "of", "Medicine", "and", "Surgery", ",", "niversity", "of", "Insubria", "and", "ASST", "Sette", "Laghi", ",", "Ospedale", "di", "Circolo", "of", "Varese", ",", "Varese", ",", "Italy", "Background", ":", "Patients", "with", "hematological", "malignancies", "(", "HM", ")", "infected", "with", "SARS-CoV-2", "have", "a", "higher", "risk", "of", "developing", "severe", "coronavirus", "disease", "(", "COVID-19", ")", "with", "consequent", "death", ",", "due", "to", "immune", "system", "impairment", "." ] } ]
PMC11770746
The animals were controlled for pain and/or distress development, and the body weight and tumor size were closely monitored.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "animals", "were", "controlled", "for", "pain", "and/or", "distress", "development", ",", "and", "the", "body", "weight", "and", "tumor", "size", "were", "closely", "monitored", "." ] } ]
PMC9856122
Moreover, marine alkaloids such as lamellarins alkaloids also exhibited anti-HIV action .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "marine", "alkaloids", "such", "as", "lamellarins", "alkaloids", "also", "exhibited", "anti-HIV", "action", "." ] } ]
PMC11774747
Innovative approaches, including shRNA-based CYAD-101 and iPSC-derived FT819, have shown good tolerability and stable outcomes (51–53).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Innovative", "approaches", ",", "including", "shRNA-based", "CYAD-101", "and", "iPSC-derived", "FT819", ",", "have", "shown", "good", "tolerability", "and", "stable", "outcomes", "(", "51–53", ")", "." ] } ]
PMC11787355
b Experimental design to assess preferential killing of TCR-T cells on dye-retaining SCCs or dye-losing FCCs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "b", "Experimental", "design", "to", "assess", "preferential", "killing", "of", "TCR-T", "cells", "on", "dye-retaining", "SCCs", "or", "dye-losing", "FCCs", "." ] } ]
PMC11583010
6–10).
[ { "tags": [ "O", "O", "O" ], "tokens": [ "6–10", ")", "." ] } ]
PMC9688728
The behavior of 14% of core metabolites (e.g., creatine, HMDB0000064, and cadaverine, HMDB0002322) was completely non-reproducible between the first and second biological replications.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "behavior", "of", "14", "%", "of", "core", "metabolites", "(", "e.g.", ",", "creatine", ",", "HMDB0000064", ",", "and", "cadaverine", ",", "HMDB0002322", ")", "was", "completely", "non-reproducible", "between", "the", "first", "and", "second", "biological", "replications", "." ] } ]
PMC11585254
Three Ser/Thr phospho-site clusters are indicated: Proximal (Prox), Medial (Med), and Distal (Dis). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Three", "Ser/Thr", "phospho-site", "clusters", "are", "indicated", ":", "Proximal", "(", "Prox", ")", ",", "Medial", "(", "Med", ")", ",", "and", "Distal", "(", "Dis", ")", ".", "(" ] } ]
PMC11252033
Supernatants were then collected, as internal protein control samples, and beads were washed four times using wash buffer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Supernatants", "were", "then", "collected", ",", "as", "internal", "protein", "control", "samples", ",", "and", "beads", "were", "washed", "four", "times", "using", "wash", "buffer", "." ] } ]
PMC11297139
In line with this, our observations reveal co-condensation between ARID1A and EWS/FLI1, facilitated by mutual interactions of their PrLDs (Fig. 6a, b).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "line", "with", "this", ",", "our", "observations", "reveal", "co-condensation", "between", "ARID1A", "and", "EWS/FLI1", ",", "facilitated", "by", "mutual", "interactions", "of", "their", "PrLDs", "(", "Fig.", "6a", ",", "b", ")", "." ] } ]
PMC11718031
The evaluated basal media significantly impacted CHO cell metabolism and resulted in varied accumulation of certain by-products such as lactate and ammonia which are known to affect cell growth above a certain threshold (Xing et al. 2008).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "evaluated", "basal", "media", "significantly", "impacted", "CHO", "cell", "metabolism", "and", "resulted", "in", "varied", "accumulation", "of", "certain", "by-products", "such", "as", "lactate", "and", "ammonia", "which", "are", "known", "to", "affect", "cell", "growth", "above", "a", "certain", "threshold", "(", "Xing", "et", "al.", "2008", ")", "." ] } ]
PMC11740399
Bladder cancer cell lines T24 and 5637 were cultured in McCoy’s 5 A and RPMI 1640 medium, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bladder", "cancer", "cell", "lines", "T24", "and", "5637", "were", "cultured", "in", "McCoy", "’s", "5", "A", "and", "RPMI", "1640", "medium", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC7294030
The stained cells were then analyzed by flow cytometry.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "stained", "cells", "were", "then", "analyzed", "by", "flow", "cytometry", "." ] } ]
PMC9784246
Long-term use of current anticancer drugs is associated with serious side effects and a high rate of death.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Long-term", "use", "of", "current", "anticancer", "drugs", "is", "associated", "with", "serious", "side", "effects", "and", "a", "high", "rate", "of", "death", "." ] } ]
PMC11794847
A: The difference of OCR in control and T cells with GPT2 knockdown; B-D: Glycolytic function difference in in control and T cells with GPT2 knockdown; E–F: CCK8 assay results of lung cancer cells co-cultured with control and GPT2 knockdown T cells (activated), indicating an upsurge in cancer cell proliferation; G-I: Colony formation assay results of lung cancer cells co-cultured with control and GPT2 knockdown T cells (activated); J-L: Transwell assay results of lung cancer cells co-cultured with control and GPT2 knockdown T cells (activated)Fig.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", ":", "The", "difference", "of", "OCR", "in", "control", "and", "T", "cells", "with", "GPT2", "knockdown", ";", "B-D", ":", "Glycolytic", "function", "difference", "in", "in", "control", "and", "T", "cells", "with", "GPT2", "knockdown", ";", "E", "–", "F", ":", "CCK8", "assay", "results", "of", "lung", "cancer", "cells", "co-cultured", "with", "control", "and", "GPT2", "knockdown", "T", "cells", "(", "activated", ")", ",", "indicating", "an", "upsurge", "in", "cancer", "cell", "proliferation", ";", "G-I", ":", "Colony", "formation", "assay", "results", "of", "lung", "cancer", "cells", "co-cultured", "with", "control", "and", "GPT2", "knockdown", "T", "cells", "(", "activated", ")", ";", "J-L", ":", "Transwell", "assay", "results", "of", "lung", "cancer", "cells", "co-cultured", "with", "control", "and", "GPT2", "knockdown", "T", "cells", "(activated)Fig", "." ] } ]
PMC11806106
The fastest agonist-washout was detected for fentanyl, followed by DAMGO.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "fastest", "agonist-washout", "was", "detected", "for", "fentanyl", ",", "followed", "by", "DAMGO", "." ] } ]
PMC5941560
Reference alleles for the SNP array data were retrieved from dbSNP, and genotype calls that either did not match with dbSNP or were homozygous for the reference allele were removed, leaving 407,817 out of 883,076 variant loci.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Reference", "alleles", "for", "the", "SNP", "array", "data", "were", "retrieved", "from", "dbSNP", ",", "and", "genotype", "calls", "that", "either", "did", "not", "match", "with", "dbSNP", "or", "were", "homozygous", "for", "the", "reference", "allele", "were", "removed", ",", "leaving", "407,817", "out", "of", "883,076", "variant", "loci", "." ] } ]
PMC5963610
The therapy with 7A7 mAb induce a CD8T cells response against EGFR specific peptides .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "therapy", "with", "7A7", "mAb", "induce", "a", "CD8", "T", "cells", "response", "against", "EGFR", "specific", "peptides", "." ] } ]
PMC9429973
Thus, this need for a specialist examination and confounding presentation means that often patient’s oGvHD may be advanced before the diagnosis is established and subsequent referral to specialist care.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "this", "need", "for", "a", "specialist", "examination", "and", "confounding", "presentation", "means", "that", "often", "patient", "’s", "oGvHD", "may", "be", "advanced", "before", "the", "diagnosis", "is", "established", "and", "subsequent", "referral", "to", "specialist", "care", "." ] } ]
PMC10713411
UCHL1 had a positive correlation with DCN and PROM2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "UCHL1", "had", "a", "positive", "correlation", "with", "DCN", "and", "PROM2", "." ] } ]
PMC11789597
p < 0.05; , p < 0.01; , p < 0.001; , p < 0.0001.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "<", "0.05", ";", ",", "p", "<", "0.01", ";", ",", "p", "<", "0.001", ";", ",", "p", "<", "0.0001", "." ] } ]
PMC11612626
A one-way ANOVA (equal SDs) assessed the statistical significance for Fig. 7C.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "one-way", "ANOVA", "(", "equal", "SDs", ")", "assessed", "the", "statistical", "significance", "for", "Fig.", "7C", "." ] } ]
PMC11786767
It has been suggested previously that Ki-67 may serve as a surface-active agent (surfactant) to mediate the individualization of sister chromatid pairs (22) and to exclude the cytoplasm from fully condensed chromosomes (23).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "has", "been", "suggested", "previously", "that", "Ki-67", "may", "serve", "as", "a", "surface-active", "agent", "(", "surfactant", ")", "to", "mediate", "the", "individualization", "of", "sister", "chromatid", "pairs", "(", "22", ")", "and", "to", "exclude", "the", "cytoplasm", "from", "fully", "condensed", "chromosomes", "(", "23", ")", "." ] } ]
PMC11786156
Tumor cells receive abundant proliferative stimulation from the TME via CD54, which results in a high Ki-67 index.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tumor", "cells", "receive", "abundant", "proliferative", "stimulation", "from", "the", "TME", "via", "CD54", ",", "which", "results", "in", "a", "high", "Ki-67", "index", "." ] } ]
PMC10882807
18 S was used as an endogenous control.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "18", "S", "was", "used", "as", "an", "endogenous", "control", "." ] } ]
PMC9596868
Isobologram analysis of quercetin and MST-312 co-treatment in PA-1 cells was performed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Isobologram", "analysis", "of", "quercetin", "and", "MST-312", "co-treatment", "in", "PA-1", "cells", "was", "performed", "." ] } ]
PMC10957991
Tubulin acts as a loading control. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tubulin", "acts", "as", "a", "loading", "control", ".", "(" ] } ]
PMC10858941
ANOVA analysis significance were # (panel D), ## (panel C) and ### (panels B and E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ANOVA", "analysis", "significance", "were", "#", "(", "panel", "D", ")", ",", "#", "#", "(", "panel", "C", ")", "and", "#", "#", "#", "(", "panels", "B", "and", "E", ")", "." ] } ]
PMC8557138
On the other hand, deposition of biomaterials in a pre-defined matrix determines the precise structure of the organoid facilitating functional replacement of the patho(physiological) tissue/organ.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "the", "other", "hand", ",", "deposition", "of", "biomaterials", "in", "a", "pre-defined", "matrix", "determines", "the", "precise", "structure", "of", "the", "organoid", "facilitating", "functional", "replacement", "of", "the", "patho(physiological", ")", "tissue/organ", "." ] } ]
PMC9429973
Complete blood count (CBC) demonstrated normocytic anemia (Hb 79 g/L, MCV 81 fL), leucocytosis (11.4 x10/L) with lymphocytosis (72%) and NK cells (14%) in peripheral blood smear, accompanied with presence of spherocytes and reticulocytosis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Complete", "blood", "count", "(", "CBC", ")", "demonstrated", "normocytic", "anemia", "(", "Hb", "79", "g/L", ",", "MCV", "81", "fL", ")", ",", "leucocytosis", "(", "11.4", "x10/L", ")", "with", "lymphocytosis", "(", "72", "%", ")", "and", "NK", "cells", "(", "14", "%", ")", "in", "peripheral", "blood", "smear", ",", "accompanied", "with", "presence", "of", "spherocytes", "and", "reticulocytosis", "." ] } ]
PMC11750696
Furthermore, IRE1α can directly activate caspase-12, leading to β cell death in a rat model of virus-induced diabetes (78).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "IRE1α", "can", "directly", "activate", "caspase-12", ",", "leading", "to", "β", "cell", "death", "in", "a", "rat", "model", "of", "virus-induced", "diabetes", "(", "78", ")", "." ] } ]
PMC10047551
The primer sequences are available in the Supplementary Materials and Methods.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "primer", "sequences", "are", "available", "in", "the", "Supplementary", "Materials", "and", "Methods", "." ] } ]
PMC11753949
The endoplasmic reticulum (ER) is a continuous cellular endomembrane network that displays focal specializations.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "endoplasmic", "reticulum", "(", "ER", ")", "is", "a", "continuous", "cellular", "endomembrane", "network", "that", "displays", "focal", "specializations", "." ] } ]
PMC11592008
In contrast, the supernatants of HaCaT and SVTERT cells had a complete lack of secreted IL-1β.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "the", "supernatants", "of", "HaCaT", "and", "SVTERT", "cells", "had", "a", "complete", "lack", "of", "secreted", "IL-1β", "." ] } ]
PMC8389560
Selenium nanoparticles (kindly provided by Dr. S.V. Gudkov, Prokhorov General Physics Institute of the Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Selenium", "nanoparticles", "(", "kindly", "provided", "by", "Dr.", "S.V.", "Gudkov", ",", "Prokhorov", "General", "Physics", "Institute", "of", "the", "Russian", "Academy", "of", "Sciences", ",", "Moscow", ",", "Russia", ")", "." ] } ]
PMC11683240
Sixth, α1AT, solvent control, and PT were added directly to CHO-K1 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Sixth", ",", "α1AT", ",", "solvent", "control", ",", "and", "PT", "were", "added", "directly", "to", "CHO-K1", "cells", "." ] } ]
PMC10607604
PTPN13 overexpression in OVCAR-8 cells did not modify migration or EMT driver gene expression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PTPN13", "overexpression", "in", "OVCAR-8", "cells", "did", "not", "modify", "migration", "or", "EMT", "driver", "gene", "expression", "." ] } ]
PMC11342785
EC50s were obtained by fitting these curves to a one-site–binding hyperbola (24, 33, 67).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "EC50s", "were", "obtained", "by", "fitting", "these", "curves", "to", "a", "one-site", "–", "binding", "hyperbola", "(", "24", ",", "33", ",", "67", ")", "." ] } ]
PMC11767793
We also have evidence that a lower positive Au-PEI particle charge from some commercial sources (Au-PEI@NIST, Au-PEI@C1, and Au-PEI@C2) results in their lower cytotoxicity when tested with SK-MEL-28 cells (Table S2, Figure S11).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "also", "have", "evidence", "that", "a", "lower", "positive", "Au-PEI", "particle", "charge", "from", "some", "commercial", "sources", "(", "Au-PEI@NIST", ",", "Au-PEI@C1", ",", "and", "Au-PEI@C2", ")", "results", "in", "their", "lower", "cytotoxicity", "when", "tested", "with", "SK-MEL-28", "cells", "(", "Table", "S2", ",", "Figure", "S11", ")", "." ] } ]
PMC11291490
The dusCD40L could bind and promote duCD40 expression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "dusCD40L", "could", "bind", "and", "promote", "duCD40", "expression", "." ] } ]
PMC8557138
When the Na8 cells were cocultured with HMEC, an enhanced endothelial cell networking was observed in NA8 spheroid.
[ { "tags": [ "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "When", "the", "Na8", "cells", "were", "cocultured", "with", "HMEC", ",", "an", "enhanced", "endothelial", "cell", "networking", "was", "observed", "in", "NA8", "spheroid", "." ] } ]
PMC11463018
The cocrystal of HDAC6 (PDB: 5EDU) and JAK2 (PDB: 4P7E) were used as the receptors, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cocrystal", "of", "HDAC6", "(", "PDB", ":", "5EDU", ")", "and", "JAK2", "(", "PDB", ":", "4P7E", ")", "were", "used", "as", "the", "receptors", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11095939
Data are presented as means ± SEM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "SEM", "." ] } ]
PMC9917080
ImageJ 2002 software (RRID: SCR_003070) was used to analyze data.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ImageJ", "2002", "software", "(", "RRID", ":", "SCR_003070", ")", "was", "used", "to", "analyze", "data", "." ] } ]
PMC9727330
The concentration of produced IL-1α (pm/ml) in the fluids media of Caco-2 cells that were subjected to 4 mg/ml of each amino acid at the indicated time points compared with DMSO-treated cells. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "concentration", "of", "produced", "IL-1α", "(", "pm/ml", ")", "in", "the", "fluids", "media", "of", "Caco-2", "cells", "that", "were", "subjected", "to", "4", "mg/ml", "of", "each", "amino", "acid", "at", "the", "indicated", "time", "points", "compared", "with", "DMSO-treated", "cells", ".", "(" ] } ]
PMC11705547
Consequently, the combination of FASN inhibitors and T cell activators may enhance the response of tumor cells to FASN inhibitors .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consequently", ",", "the", "combination", "of", "FASN", "inhibitors", "and", "T", "cell", "activators", "may", "enhance", "the", "response", "of", "tumor", "cells", "to", "FASN", "inhibitors", "." ] } ]
PMC10565698
Therefore, we performed interference experiments using BEL-7404 and the HCCLM3 cell lines and overexpression experiments using the SK-Hep-1 cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "we", "performed", "interference", "experiments", "using", "BEL-7404", "and", "the", "HCCLM3", "cell", "lines", "and", "overexpression", "experiments", "using", "the", "SK-Hep-1", "cell", "line", "." ] } ]
PMC11300639
We found that inhibiting the mTOR signaling pathway can eliminate the regulatory effects of RNF26 on VEGFA expression, ccRCC cell migration, proliferation, and angiogenesis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "inhibiting", "the", "mTOR", "signaling", "pathway", "can", "eliminate", "the", "regulatory", "effects", "of", "RNF26", "on", "VEGFA", "expression", ",", "ccRCC", "cell", "migration", ",", "proliferation", ",", "and", "angiogenesis", "." ] } ]
PMC9429973
COO distribution was similar between early PD and non-ePD patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "COO", "distribution", "was", "similar", "between", "early", "PD", "and", "non-ePD", "patients", "." ] } ]
PMC11711127
In 2018, Newton et al. (35) showed that FOXO1 has a critical role in regulating specialized lymphocyte functions and maintaining T cell quiescence.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "2018", ",", "Newton", "et", "al.", "(", "35", ")", "showed", "that", "FOXO1", "has", "a", "critical", "role", "in", "regulating", "specialized", "lymphocyte", "functions", "and", "maintaining", "T", "cell", "quiescence", "." ] } ]
PMC8009078
In the current study, the published 3D structure of the TMPRSS2 was used as a target for virtual screening of a set of 144 reported bioactive compounds of M. alba, which were retrieved from the PubChem .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "current", "study", ",", "the", "published", "3D", "structure", "of", "the", "TMPRSS2", "was", "used", "as", "a", "target", "for", "virtual", "screening", "of", "a", "set", "of", "144", "reported", "bioactive", "compounds", "of", "M.", "alba", ",", "which", "were", "retrieved", "from", "the", "PubChem", "." ] } ]
PMC10243817
Fluorescence was determined for all cells in each sample after debris, dead cells, and aggregates were excluded by forward angle and side scatter gating (50).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fluorescence", "was", "determined", "for", "all", "cells", "in", "each", "sample", "after", "debris", ",", "dead", "cells", ",", "and", "aggregates", "were", "excluded", "by", "forward", "angle", "and", "side", "scatter", "gating", "(", "50", ")", "." ] } ]
PMC11095939
Data are presented as means ± SEM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "are", "presented", "as", "means", "±", "SEM", "." ] } ]
PMC11789597
CAV‐1 overexpression was found in both MM cell lines and patient myeloma cells and may contribute to MM cell growth and migration.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CAV‐1", "overexpression", "was", "found", "in", "both", "MM", "cell", "lines", "and", "patient", "myeloma", "cells", "and", "may", "contribute", "to", "MM", "cell", "growth", "and", "migration", "." ] } ]
PMC11711663
H.ratiose95% CIpvalueGradient ngtdm Contrast-0.730.480.26[0.29, 0.8]0.01Logσ=3 3DFirstorder RootMeanSquared-0.310.730.14[0.56, 0.96]0.02Logσ=0.1-3D glszmSmallAreaLowGrayLevelEmphasis0.271.310.10[1.07, 1.6]0.01Exponential gldmLargeDependenceHighGrayLevelEmphasis0.191.210.09[1.02, 1.44]0.03Gradient ngtdm Strength-0.230.790.14[0.6, 1.05]0.11Concordance Index0.72Standard error0.028Likelihood ratio test48.63e-09Wald Test35.51e-06Score (logrank) test37.16e-0795% CI is calculated by exp(coef ± 1.96×se).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H.ratiose95", "%", "CIpvalueGradient", "ngtdm", "Contrast-0.730.480.26[0.29", ",", "0.8]0.01Logσ=3", "3DFirstorder", "RootMeanSquared-0.310.730.14[0.56", ",", "0.96]0.02Logσ=0.1", "-", "3D", "glszmSmallAreaLowGrayLevelEmphasis0.271.310.10[1.07", ",", "1.6]0.01Exponential", "gldmLargeDependenceHighGrayLevelEmphasis0.191.210.09[1.02", ",", "1.44]0.03Gradient", "ngtdm", "Strength-0.230.790.14[0.6", ",", "1.05]0.11Concordance", "Index0.72Standard", "error0.028Likelihood", "ratio", "test48.63e-09Wald", "Test35.51e-06Score", "(", "logrank", ")", "test37.16e-0795", "%", "CI", "is", "calculated", "by", "exp(coef", "±", "1.96", "×", "se", ")", "." ] } ]
PMC9895440
c Representative flow cytometry plots and quantification of SNX9 expression measured by antibody staining in flow cytometry of human CD8 T cells of the ex vivo model with the different conditions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "c", "Representative", "flow", "cytometry", "plots", "and", "quantification", "of", "SNX9", "expression", "measured", "by", "antibody", "staining", "in", "flow", "cytometry", "of", "human", "CD8", "T", "cells", "of", "the", "ex", "vivo", "model", "with", "the", "different", "conditions", "." ] } ]
PMC11641532
The implications of our findings extend beyond the identification of a novel biomarker.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "implications", "of", "our", "findings", "extend", "beyond", "the", "identification", "of", "a", "novel", "biomarker", "." ] } ]
PMC10976516
Very efficient LIGHT expression and onset of innate and adaptive immune responses.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Very", "efficient", "LIGHT", "expression", "and", "onset", "of", "innate", "and", "adaptive", "immune", "responses", "." ] } ]
PMC11597291
The cells were then washed with PBS, harvested (0.25 %w/v trypsin), and transferred to FACS tubes for centrifugation (1600 rpm for 5 min).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "then", "washed", "with", "PBS", ",", "harvested", "(", "0.25", "%", "w/v", "trypsin", ")", ",", "and", "transferred", "to", "FACS", "tubes", "for", "centrifugation", "(", "1600", "rpm", "for", "5", "min", ")", "." ] } ]
PMC9429973
M. Dostalova Merkerova, A. Hrustincova, I. Trsova, Z. Krejcik, D. Kundrat, J. Klema, K. Szikszai, A. V. Le, J. Cermak, A. Jonasova, M. Belickova Department of Genomics, Institute of Hematology and Blood Transfusion; Department of Computer Sciences, Czech Technical University; Laboratory of Anemias, Institute of Hematology and Blood Transfusion; First Department of Medicine, General University Hospital, Prague, Czechia Background: Prediction of response to azacitidine (AZA) treatment is an important challenge in the management of higher-risk myelodysplastic syndromes (MDS) and acute myeloid leukemia (AML).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "M.", "Dostalova", "Merkerova", ",", "A.", "Hrustincova", ",", "I.", "Trsova", ",", "Z.", "Krejcik", ",", "D.", "Kundrat", ",", "J.", "Klema", ",", "K.", "Szikszai", ",", "A.", "V.", "Le", ",", "J.", "Cermak", ",", "A.", "Jonasova", ",", "M.", "Belickova", "Department", "of", "Genomics", ",", "Institute", "of", "Hematology", "and", "Blood", "Transfusion", ";", "Department", "of", "Computer", "Sciences", ",", "Czech", "Technical", "University", ";", "Laboratory", "of", "Anemias", ",", "Institute", "of", "Hematology", "and", "Blood", "Transfusion", ";", "First", "Department", "of", "Medicine", ",", "General", "University", "Hospital", ",", "Prague", ",", "Czechia", "Background", ":", "Prediction", "of", "response", "to", "azacitidine", "(", "AZA", ")", "treatment", "is", "an", "important", "challenge", "in", "the", "management", "of", "higher-risk", "myelodysplastic", "syndromes", "(", "MDS", ")", "and", "acute", "myeloid", "leukemia", "(", "AML", ")", "." ] } ]
PMC11589157
Hi-C reads were also incorporated at this stage to achieve better haplotype-phased assemblies.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Hi-C", "reads", "were", "also", "incorporated", "at", "this", "stage", "to", "achieve", "better", "haplotype-phased", "assemblies", "." ] } ]
PMC8777939
Body weights were measured weekly.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Body", "weights", "were", "measured", "weekly", "." ] } ]
PMC9504875
HAZV N gene was cloned into the pcDNA3.1 vector (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) as previously described .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HAZV", "N", "gene", "was", "cloned", "into", "the", "pcDNA3.1", "vector", "(", "Invitrogen", ",", "Carlsbad", ",", "CA", ",", "USA", ")", "as", "previously", "described", "." ] } ]
PMC7351993
In the case of sorting based on the Raman spectrum of lipids, the sorted cells were stained with BODIPY (0.5 mM, D3921, Thermo Fisher) for evaluation by fluorescence microscopy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "case", "of", "sorting", "based", "on", "the", "Raman", "spectrum", "of", "lipids", ",", "the", "sorted", "cells", "were", "stained", "with", "BODIPY", "(", "0.5", "mM", ",", "D3921", ",", "Thermo", "Fisher", ")", "for", "evaluation", "by", "fluorescence", "microscopy", "." ] } ]
PMC9878562
Uptake of the chimeric chemokine CXCL11_12 AF647 by DLBCL.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Uptake", "of", "the", "chimeric", "chemokine", "CXCL11_12", "AF647", "by", "DLBCL", "." ] } ]
PMC6468656
The differentially expressed genes between the two groups were selected (Table S1, threshold: > 1.5 fold change and p < 0.05) for further analysis using the IPA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "differentially", "expressed", "genes", "between", "the", "two", "groups", "were", "selected", "(", "Table", "S1", ",", "threshold", ":", ">", "1.5", "fold", "change", "and", "p", "<", "0.05", ")", "for", "further", "analysis", "using", "the", "IPA", "." ] } ]
PMC11765243
Cells positively selected (approximately 5%) pass through a transitional stage of high expression of CD24 to go into the mature SP compartment (SP-CD4 or SP-CD8), with progressively lower expression of CD24 (reviewed in ).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "positively", "selected", "(", "approximately", "5", "%", ")", "pass", "through", "a", "transitional", "stage", "of", "high", "expression", "of", "CD24", "to", "go", "into", "the", "mature", "SP", "compartment", "(", "SP-CD4", "or", "SP-CD8", ")", ",", "with", "progressively", "lower", "expression", "of", "CD24", "(", "reviewed", "in", ")", "." ] } ]
PMC11754784
Boxed region in the plots indicated the percentage of macrophage that phagocytized cancer cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Boxed", "region", "in", "the", "plots", "indicated", "the", "percentage", "of", "macrophage", "that", "phagocytized", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC10033453
Efficacy of VMG in xenograft sarcoma model A673 (A) Average tumor volume of 10 female mice per group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Efficacy", "of", "VMG", "in", "xenograft", "sarcoma", "model", "A673", "(", "A", ")", "Average", "tumor", "volume", "of", "10", "female", "mice", "per", "group", "." ] } ]
PMC11481779
The classifier (that uses the features discovered by CNN) was xgboost.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "classifier", "(", "that", "uses", "the", "features", "discovered", "by", "CNN", ")", "was", "xgboost", "." ] } ]
PMC11477621
The crude product was purified by silica gel chromatography to give the light brown solid (53 mg, 14%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "crude", "product", "was", "purified", "by", "silica", "gel", "chromatography", "to", "give", "the", "light", "brown", "solid", "(", "53", "mg", ",", "14", "%", ")", "." ] } ]
PMC11656048
The IC50 of MG63 and 143B cells treated with shikonin for 24 h was 1.432 uM and 1.638 uM (Figures 1B, C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "IC50", "of", "MG63", "and", "143B", "cells", "treated", "with", "shikonin", "for", "24", "h", "was", "1.432", "uM", "and", "1.638", "uM", "(", "Figures", "1B", ",", "C", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: Pts with CML-CP with T315I were enrolled if treated with ≥1 prior TKI and no other effective therapy was available, provided informed consent, and received asciminib 200 mg BID.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "Pts", "with", "CML-CP", "with", "T315I", "were", "enrolled", "if", "treated", "with", "≥1", "prior", "TKI", "and", "no", "other", "effective", "therapy", "was", "available", ",", "provided", "informed", "consent", ",", "and", "received", "asciminib", "200", "mg", "BID", "." ] } ]
PMC9325715
Such transitions are the reason for the development of pink-salmon color in bLTF upon Fe embedding to iron-binding sites.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Such", "transitions", "are", "the", "reason", "for", "the", "development", "of", "pink-salmon", "color", "in", "bLTF", "upon", "Fe", "embedding", "to", "iron-binding", "sites", "." ] } ]
PMC11546117
Cell analysis was performed using the MacsQuant Analyzer10 (Miltenyi Biotec, Bergisch Gladbach, Germany) and the Flowlogic™ software (version 7.1, Inivai Technologies, Mentone, VIC, Australia).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "analysis", "was", "performed", "using", "the", "MacsQuant", "Analyzer10", "(", "Miltenyi", "Biotec", ",", "Bergisch", "Gladbach", ",", "Germany", ")", "and", "the", "Flowlogic", "™", "software", "(", "version", "7.1", ",", "Inivai", "Technologies", ",", "Mentone", ",", "VIC", ",", "Australia", ")", "." ] } ]
PMC11476264
It is noteworthy that the impact of FBXO11 expression on tumor grade is more likely to be seen in the early stages (I–II) of the tumor, when cancer cells are about to develop and have spread to a small extent (Table 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "noteworthy", "that", "the", "impact", "of", "FBXO11", "expression", "on", "tumor", "grade", "is", "more", "likely", "to", "be", "seen", "in", "the", "early", "stages", "(", "I", "–", "II", ")", "of", "the", "tumor", ",", "when", "cancer", "cells", "are", "about", "to", "develop", "and", "have", "spread", "to", "a", "small", "extent", "(", "Table", "1", ")", "." ] } ]
PMC10976516
Study is ongoing.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Study", "is", "ongoing", "." ] } ]
PMC10291556
These complexes were designed to prepare prospective Pt-based prodrugs exhibiting mechanisms of action typical for Pt56MeSS complexes and DCF simultaneously.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "complexes", "were", "designed", "to", "prepare", "prospective", "Pt-based", "prodrugs", "exhibiting", "mechanisms", "of", "action", "typical", "for", "Pt56MeSS", "complexes", "and", "DCF", "simultaneously", "." ] } ]
PMC10123657
Functional enrichment analysis of the 67 mouse proteins presumably transferred to human cells indicated that the most accurately represented biological processes were related to cellular responses to interleukin-7, drugs, hydrogen peroxide, or endoplasmic reticulum stress, and other processes such as glycolysis, cell shape and motility, or actin dynamics (Figure 3A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Functional", "enrichment", "analysis", "of", "the", "67", "mouse", "proteins", "presumably", "transferred", "to", "human", "cells", "indicated", "that", "the", "most", "accurately", "represented", "biological", "processes", "were", "related", "to", "cellular", "responses", "to", "interleukin-7", ",", "drugs", ",", "hydrogen", "peroxide", ",", "or", "endoplasmic", "reticulum", "stress", ",", "and", "other", "processes", "such", "as", "glycolysis", ",", "cell", "shape", "and", "motility", ",", "or", "actin", "dynamics", "(", "Figure", "3A", ")", "." ] } ]
PMC11472569
Beyond the direct transfer of bioactive molecules, EVs also reshaped the TME, facilitating the transmission of MDR.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Beyond", "the", "direct", "transfer", "of", "bioactive", "molecules", ",", "EVs", "also", "reshaped", "the", "TME", ",", "facilitating", "the", "transmission", "of", "MDR", "." ] } ]
PMC10969097
PICOS criteria (participants, intervention, comparison and outcome) were used as described in Table 1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PICOS", "criteria", "(", "participants", ",", "intervention", ",", "comparison", "and", "outcome", ")", "were", "used", "as", "described", "in", "Table", "1", "." ] } ]
PMC11266100
As it can be seen, CHO-K1 cell line is significantly more susceptible to the treatment resulting in a rapid decline of viability following the GET procedure.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "it", "can", "be", "seen", ",", "CHO-K1", "cell", "line", "is", "significantly", "more", "susceptible", "to", "the", "treatment", "resulting", "in", "a", "rapid", "decline", "of", "viability", "following", "the", "GET", "procedure", "." ] } ]