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OTAR3088
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BioData-CellLine_annotated

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PMC11806613
I-J Effects of OST-01 on BCSCs in vitro and in vivo.
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PMC7987994
Shaking eliminates the concentration gradient in the vicinity of the sample.
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PMC11725127
The scale bar represents 20 μm. (
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PMC11594641
The relative gene expression was calculated using the 2(−ΔΔCt) formula.
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PMC11545737
The genus Yersinia includes three human pathogens: Y. pestis, Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica.
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PMC9429973
Aims: To determine the interrelationship of clinical-laboratory (as well as molecular-genetic) prognostic markers with various courses of CLL.
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PMC11539788
H-K) After RNF19A was knocked down, cell migration and invasion were evaluated via wound healing and transwell invasion assays. (
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PMC11615828
The normalized mean speed of the indicated vesicles is shown in (e).
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PMC11064533
The groups of proteins categorized as “Translation, including ribosome structure and biogenesis” were significantly (P.BH < 0.05) downregulated group of COG in the adherent bacteria.
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PMC11397654
Moreover, 13 is a tertiary amide, while the other compounds are secondary amides able to form hydrogen bonds.
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PMC11377827
Mean ± sd, one-way ANOVA. (
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PMC9429973
Multiple splanchnic vein thromboses were observed in 42% of patients.
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PMC10890307
We also found that tumor cells’ specific growth rate (µ) was higher than the µ of the fibroblasts.
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PMC11699178
The in vitro cell invasion assay was conducted using Transwell chambers (8 μm pore size; Corning, USA).
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PMC11687663
It is a serious issue, particularly in less developed countries.
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PMC11788920
Targeting the DNA by RNP2 and RNP3 simultaneously reduced the Cy5/Cy3 ratio to 0.24 ± 0.04-fold of the control.
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PMC11748335
Two-tailed t-test was used (***p < 0.001, **p < 0.01, *p < 0.05, NS.
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PMC10605143
It is composed of branching epithelial ducts embedded within a stromal fat, comprising adipocytes, fibroblasts, lymphatic cells and vascular cells, whose interactions ensure proper organ functioning.
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PMC11204465
Two new compounds O-methyl-5-methoxysterigmatocystin (35) and O-acetyl-5-methoxysterigmatocystin (36), were isolated from Aspergillus sp. .
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PMC9621239
High serum HBV DNA levels are correlated in the clinical setting with liver damage accumulation, evolution to cirrhosis and development of HCC.
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PMC11583010
mAbs were used at a final concentration of 0.25 μg/mL. Detection of binding was performed by using an anti-hIgG Fc coupled to AF647.
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PMC9848491
These findings show that the immune function of high-risk groups is relatively more active.
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PMC11700340
To overcome these hazards that result from chemotherapy side effects, several alternative cancer treatments are under investigation to determine their efficacy and safety compared with traditional cancer chemotherapy; one tactic employed was drug repositioning, which involves finding new uses for pharmaceuticals already on the market.
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PMC8336407
Statistical analysis was performed using one-way analysis of variance (ANOVA) with subsequent post hoc comparisons by POST HOC (LSD) TEST (SPSS 21.0). (
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PMC10391797
Expression of CD123 and CLL-1 on AML cells and function of CD123 and CLL-1 CARs. (
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PMC9429973
Methods: We retrospectively reviewed the data of twenty-three patients who were diagnosed with COVID-19 and managed on ECMO.
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PMC4360730
In addition, each term in the ontology can have one or more relationships to more general terms (often called ‘parent’ terms) and one or more specific terms (often called ‘child’ terms).
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PMC11754094
K562 (ATCC, CCL-243) cells were maintained in Roswell Park Memorial Institute (RPMI) 1640 medium supplemented with 10% FBS, 100 U ml penicillin and 100 U ml streptomycin.
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PMC10761218
In this study, cells in 6-well plates were used to examine the morphology of the cell lines in vitro under an inverted microscope.
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PMC11317131
Bxb1 IntePACE lagoon phage titer (colored lines) measured by activity-independent plaque assay shown on the y-axis in log scale.
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PMC10335954
The medium was replaced and the optimal number of lentiviruses with siRNA was added.
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PMC11295144
The box and whisker plot shows the mean (square dot with no fill), median (horizontal line), and standard deviation of the mean (whiskers), with filled dots representing individual cells.
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PMC9429973
One of the three FLT3-mutated AML reached CR, and 2 became FLT3-negative.
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PMC11781181
Determining the predominant pathway in the pathogenesis of SJS/TEN is highly challenging.
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PMC11025866
Drugs were used at concentrations noted in the figures and legends.
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PMC10196713
A total of three candidate gene transcripts (Fdx1, Timp1 and Usp17l11) were identified that were highly expressed in A2780cis and OVK18cis cells compared with their parental cells (Fig. 1C).
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PMC11670407
However, in the context of cisplatin intervention, OTULIN knockdown markedly enhanced the inhibitory effect of cisplatin on proliferation (Fig. 2a, b).
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The most common all-grade AE was upper respiratory tract infection (30%).
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PMC10204952
Prolonged treatment did not intensify the effect.
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PMC11727000
This function is hypothesized to rely on association with the N-CoR nuclear co-repressor .
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PMC9100622
Total proteins were extracted using RIPA buffer (150 mM NaCl, 50 mM Tris pH 7.5, 1 mM EDTA, 0.1% SDS, 0.25% deoxycholic acid, 1% NP-40, 1 mM PMSF, and protease inhibitor cocktail tablets (Roche, Basel, Switzerland)).
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PMC6182045
Concentrated and buffer-exchanged MGAT1 CHO supernatant containing TZ97008 rgp120 was passed through a 5 cm anion exchange (HiTrap Q FF column, GE Healthcare, Chicago, IL) and flow through fractions containing gp120 were collected.
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PMC11637284
Whereas the fully assembled TAC remained insoluble and was recovered in the P1 pellet, a small fraction of the TAC60ΔC283-myc variants and TAC40, which likely represent assembly intermediates, were solubilized by this treatment.
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PMC10988555
These results agree with the literature.
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PMC11727145
A glass insert was gently placed in the center of the DED using forceps to aid in cell containment and localization.
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PMC11349530
One example of this approach is using of multi-target drugs like multi-kinase inhibitors (93).
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PMC11552389
Ki-67 and FOXN3 quantification was achieved by measuring the ratio of the number of cells positive for brown staining to the total cells in a given field of view at 40x magnification.
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PMC11013014
In addition, compound 2 exhibits six interactions: two important hydrogen bonds with ILe A134 and Gln A135 at distances of 3.46 Å and 2.5 Å, respectively, and four hydrophobic bonds with LeuA88, LeuB48, Tyr B63, and Val A144 at distances 3.56 Å, 5.39 Å, 5.76 Å, and 4.64 Å, respectively.
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PMC11354225
Absorbance was measured at 570 nm with a background subtraction at 690 nm using a multi-well plate reader.
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PMC9429973
Unedited parental Jurkat cell line and Jurkat cells with edited silent mutations (WT/WT) were used as controls.
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PMC9429973
The retina is very sensitive to ischemic damage, which can result in sickle cell retinopathy (SCR).
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PMC11604015
Chimeric antigen receptor (CAR) T-cells are highly effective in treating B cell malignancies .
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PMC6442998
PDEs expression and functions have been studied mainly in brain, heart, vascular SMC, platelets and oocyte .
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PMC11240571
Similarly, high levels of sPD-L1 have been associated with poor prognoses in patients with hepatocellular carcinoma , melanoma , and small-cell lung cancer .
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PMC11740508
S7048, SelleckChem®) given by oral gavage or carrier, and/or 0.2 mg/kg decitabine (Cat. #
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PMC11583010
Cos cells grown to 50% to 80% confluency were transfected with appropriate cDNA expression plasmids by the FuGENE6 reagent method.
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PMC9822769
Indeed, during the study of the three simple cisplatin-based Pt(IV) complexes (OC-6-33)-diamminedichloridodihydroxidoplatinum(IV) (1), (OC-6-44)-acetatodiamminedichloridohydroxidoplatinum(IV) (2), and (OC-6-33)-diamminedichloridodiacetatoplatinum(IV) (3, Figure 1) , all bearing axial ligands deprived of biological activity, unsymmetric complex 2 was unexpectedly more active than its symmetric counterparts 1–3, and therefore, clarification of the overall scenario, in particular the possible difference in their cellular uptake mechanism, is required.
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PMC10571053
Subsequent to the discovery of erastin, other small molecules have been developed to induce ferroptosis by direct or indirect inhibition of GPX4.
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PMC11228511
Consistent with earlier studies (27, 30), NM ruptures occurred more frequently in cells with nuclear blebs (Fig. 6B).
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PMC11200978
Samples, antibody diluent, primary and secondary antibodies, luminol and peroxide, and wash buffers were aliquoted to appropriate locations within the plate, and then the plate was centrifuged at 1000× g for 5 min.
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PMC10656496
In addition, the assay can measure genome-wide LOH, including copy-neutral LOH.
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These results indicate that vorinostat reduces CCS cell proliferation by inducing G0–G1 cell-cycle arrest and apoptosis in vitro.
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Following irradiation, the cells were incubated for seven days, during which the medium was refreshed every three days.
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PMC3813807
Gain-of-function experiments are widely used for functional studies of miRNAs.
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F. Stegelmann, E. Jahn, S. Koschmieder, F. Heidel, A. Hochhaus, H. Hebart, S. Isfort, A. Reiter, M. Bangerter, C. F. Waller, D. Wolleschak, C. Scheid, J. Göthert, P. Schafhausen, T. Kindler, M. P. Radsak, N. Gattermann, R. Möhle, N. von Bubnoff, A. Schrade, T. Brümmendorf, H. Döhner, M. Griesshammer, K. Döhner Internal Medicine III, University Hospital of Ulm, Ulm; Hematology, Oncology, Hemostaseology and Stem Cell Transplantation, RWTH Aachen University, Aachen; Klinik und Poliklinik für Innere Medizin C, Universitätsmedizin Greifswald, Greifswald; Klinik für Innere Medizin 2, Universitätsklinikum Jena, Jena; Internal Medicine, Stauferklinikum, Mutlangen; III.
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PMC7504302
Compelling experimental evidence suggests that ncRNAs have a profound impact on cancer hallmarks.
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In the absence of Treg, HP1α-deficient cells phenocopy their wild-type counterparts and acquire a Th1- or Th17-like phenotype (Fig. 2a-d).
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PMC11049548
Interestingly, the trend of decrease in UDP-NAcGlc and UDP-NAcGal concentrations is opposite with respect to the degree of glycolytic phenotype of the cells under study, suggesting that the consumption of these metabolites is higher in more glycolytic cells.
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PMC9429973
Tel Aviv University; Pathology department; Hematology department, Tel Aviv Medical Center; Pathology department, Tel Aviv Sourasky Medical Center; Imagene AI, Tel Aviv, Israel Background: Aggressive B cell Non-Hodgkin Lymphomas (B-NHL) are divided into two main categories: diffuse large B cell lymphoma (DLBCL) accounting for 90% of cases, and high-grade B-cell lymphoma (HGBL).
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PMC11599565
Furthermore, Tenascin C, which is expressed in the extracellular matrix in neurogenic domains of the central nervous system and also temporarily during organogenesis, was overexpressed in SKOV3 cells.
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PMC11805741
Several other mechanisms are displayed by carotenoids against different cancer cel lines.
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PMC11604768
This discordant finding may reflect TF/TRE-specific translation rates observed in previous studies, and emphasizes the necessity to validate individual candidate promoters in orthogonal assays.
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PMC9429973
K. Klein, M. Randhawa, A. Witalisz-Siepracka, J. Trifinopoulos, P. Kudweis, V. M. Knab, D. Gotthardt, V. Sexl Institute of Pharmacology and Toxicology, University of Veterinary Medicine Vienna, Vienna; Department of Pharmacology, Physiology and Microbiology, Division Pharmacology, Karl Landsteiner University of Health Sciences, Krems, Austria Background: The signal transducer and activator of transcription 5B (STAT5B) regulates development, survival and function of innate(-like) lymphocytes.
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PMC11781181
FTH1 is involved in various disease signaling pathways.
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PMC11564322
c-Src kinase is involved in a number of processes such as regulation of embryonic development, cell growth and proliferation, cell survival, and activation of cancer progression and invasion pathways [8–10].
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PMC10125312
In this paper, we report the effects of PPTT, from the cytotoxicity of the nanomaterial to the outcomes of hyperthermia, in cancerous and noncancerous cell lines of three different organs.
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PMC11011837
Furthermore, a particular abundance of ether chains with 16 and 18 carbon atoms is observed, which are mostly present in the two cell lines Molt-4 and CCRF-CEM.
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PMC11535726
The dataset with 67 strains of Kirschsteiniothelia, including gaps, comprises 2290 characters (ITS: 1–506 base pairs (bp), LSU: 507–1330 bp and SSU: 1331–2283 bp).
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PMC11342785
A, schematic depicting strategy for systematically varying the condensate-forming component (IDR sequence) of an inducible synMAP TPPP-IDR circuit.
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PMC11420784
A, Colocalization of NDP52 with the WT strain expressing GFP, ΔpldA expressing mCherry, or both strains at a 1:1 ratio in 5637 cells at 4 hpi.
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PMC11790971
To validate the cell line classification results in artificial pools, different combinations of the A, B, C, and D cell lines were created for each passage (i.e., AB, AC, AD, BC, BD, CD, ABC, ABD, ACD, BCD, ABCD).
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PMC11638255
To understand how these processes may be facilitated, we used CellChatDB to examine changes in cell-cell communication between immune and tumor clusters in the control and TEPA-treated datasets.
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PMC11323699
d Assessment of TAX2-Cy5 biodistribution (administered IV at a 10 mg/kg BW dose) in mice bearing ID8 Trp53 Brca2.
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PMC11468365
Therefore, we search for other drug combinations that are more suitable for both sensitivity and synergy scores, such as ‘DASATINIB’ and ‘SUNITINIB’ which have a predicted synergy score of 43.7 and predicted sensitivity score of 35.4.
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PMC3734024
Additionally, these CpG-elicited FasL B cells induced FasL-mediated apoptosis in CD4 T cells in vitro and showed no evidence of increased IL-10 secretion.
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PMC11019355
In sharp contrast to previous work, they found that activity of elements were either retained (cis effects) or lost (trans effects) in the other species’ cell lines at near equal proportions, with a surprising 60%–70% of the species-specific elements influenced by both cis and trans effects in both human and rhesus macaque.
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PMC11742670
Its ability to identify new features for compounds and its potential to enhance the field of drug discovery makes it a valuable contribution to both AI research and the quest for more efficient and impactful anticancer treatments.
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PMC8711270
Although the HeLa cell line was used for rAAV production in early studies (Tratschin et al., 1984), HEK293 based cell lines are typically favored due to the expression of the adenoviral viral helper genes, E1A/B, which improves rAAV titers during production.
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PMC9479186
Survival curves were assessed by Kaplan–Meier method and Cox proportional hazards regression model, and the differences were analyzed by a log-rank test.
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PMC11240448
The core network inferred for this cell line suggests that mTOR is the main oncogenic driver in these cells, with PKC being a secondary driver, and MEK/ERK only weakly contributing to DPDonc (Figure 4A and SI file cSTAR_networks.zip).
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PMC10713411
TRIB3 (Tribbles Pseudokinase 3) is a protein-coding gene in humans.
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The gene editing was confirmed by PCR with specific primers (5′-GGACGAATCCCTTTTGTCGC-3′ and 5′-ATGCTAGCTGGGATCTAACAC-3′) followed by Sanger sequencing of resulting products.
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PMC11745823
The tissue sections were treated with secondary antibodies conjugated to Cy3, a fluorescent dye or another appropriate fluorophore.
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The autophosphorylation of FAK at Y397 is a key step for its activation as it provides a binding site for Src kinase and, consequently, phosphorylation at Y576 and Y577 in the activation loop of its kinase domain (Lietha et al, 2007).
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PMC10975211
RGD-SeD showed antitumor effectiveness in αVβ3 integrin-overexpressing HepG2 liver cancer cells .
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PMC11271278
HiChIP data from the other cell lines included in the study was obtained from the NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) (Supplementary Table 1).
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PMC11297139
For hexanediol treatment, 293T cells were seeded in a confocal dish, and the nuclei were stained with Hoechst 33342.
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Binding to its ligands, pleiotrophin (PTN) and midkine (MK), leads to oligomerization and inactivation of the phosphatase receptor, resulting in sustained phosphorylation of its substrates, such as β-catenin and anaplastic lymphoma kinase (ALK).
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PMC9919300
Our results show the downregulation of PPARGC1α, which could be related to the observed reduction of LDs and TG content after treatment.
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PMC11747949
Although VEGFR expression increased in transwell in normoxia, it decreased in hypoxia (Figure 1E).
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